Biochimie Structurale

Biochimie structurale
Glucides.
Introduction.
Glucides = Cn(H20)n "hydrates de carbone" (1) ou polysaccharides
Trs rpandus dans la matire vivante : 5% poids sec animaux, 70% poids sec vgtaux ( importance des polymres) En alimentation : pain, sucre, crales, lait Oses : glucides simples, non hydrolysables en milieu acide Osides : glucides complexes, dont l'hydrolyse donne plusieurs produits : o holosides : constitus uniquement d'oses simples (amidon, glycogne, saccharose) o htrosides : constitus d'une partie glucidique importante et d'un aglycone = partie non glucidique (chane carbone autre).
Oses.
Composs les plus simples : chane carbone linaire (au moins en thorie)
Le terme hydrate de carbone correspond la traduction de lamricain carbohydrate mais na pas
de sens en franais : seuls les termes glucide ou ose et leurs drivs doivent tre employs.
Ph. Collas UCO Bretagne Nord
Biochimie structurale Tous les carbones portent une fonction alcool primaire ou secondaire sauf : un aldhyde sur C1 = aldoses une ctone sur C2 = ctoses
Glucides
Ces deux fonctions sont rductrices (cf. infra).
Aldoses.
Le plus simple comporte 3 C : glycraldhyde = aldhyde glycrique la molcule possde 1 C asymtrique = OH gauche On connat sa configuration absolue

2 nantiomres possibles : D = OH droite ou L
base pour la nomenclature de tous les autres glu-
cides. On regarde l'avant dernier carbone. Les glucides naturels sont de la srie D.
polariseur
solution
analyseur
Par ailleurs l'asymtrie du carbone confre la molcule un pouvoir rotatoire, c'est dire qu'une solution de glucide est susceptible de dvier le plan de vibration d'une lumire polarise. L'angle de dviation dpend de plusieurs facteurs, notamment le pH, la concentration et la longueur du trajet optique (conditions standardises), mais aussi de la nature du glucide. Les glucides qui dvient la lumire droite sont dits dextrogyres et nots (+), ceux qui la dvient gauche sont lvogyres (-).
Biochimie structurale []=1000A/(Cl)
Glucides
Il ne faut pas confondre les notations ni les notions d'nantiomres et de pouvoir rotatoire, malgr l'analogie possible. Par la synthse de Kiliani, on peut passer d'un glucide (n) carbones son homologue suprieur (n+1) carbones. Cette synthse n'est pas strospcifique mais fournit deux pimres (isomres se diffrenciant par la position d'un groupement hydroxyle). Aldoses remarquables : glycraldhyde ; rythrose ; ribose ; arabinose ; xylose ; glucose ; mannose ; galactose.
Ctoses.
On peut faire driver les ctoses de la dihydroxyactone : CH2OH-CO-CH2OH. Les ctoses portent une fonction ctone sur le deuxime carbone, ce qui fait qu'ils possdent un carbone asymtrique de moins que leur homologue aldose. Les autres proprits sont semblables celles des aldoses. Ctoses remarquables : dihydroxyactone ; ribulose ; fructose.
Glucides
Composs apparents aux oses.

Osamines. L'hydroxyle du C2 est remplac par une amine : galactosamine, glucosamine, ou encore par NH-CO-CH2 : Nactyl-glucosamine Acides uroniques. Oxydation de la fonction alcool I en fonction carboxylique (et conservent fonction aldhyde) : acide glucuronique (forme de dtoxication), acide galacturonique (pectines).
CH2OH OH OH HO CH2OH
H C CH 2OH H H OH OH H N H O H OH C CH 3 HO H
H C OH HO C H H C OH H C OH C O Acide D glucuronique
O N-actyl-D-glucosamine
Autres. Acide ascorbique = Vitamine C Polyalcools = polyols
OH Sorbitol
Glucides
Proprits des oses.

Cyclisation.
Mise en vidence ; Nature.
Le pouvoir rotatoire d'une solution de glucose volue au cours du temps, alors que c'est en thorie une constante, au mme titre que le point de fusion ou la masse molculaire. Par ailleurs, certaines ractions caractristiques des aldhydes ne se font pas compltement. Ces observations et d'autres ont conduit postuler l'existence d'un carbone asymtrique supplmentaire par rapport la forme linaire. Cette situation est possible par l'apparition d'un cycle form par l'limination d'une molcule d'eau entre la fonction aldhydique et l'hydroxyle port par le carbone 4 ou le carbone 5. Dans le cas du pont oxydique 1-5, on a un cycle hexagonal comportant 5 atomes de carbone et 1 atome d'oxygne : c'est un noyau pyrannose2. Dans le cas du pont 1-4, on a un cycle pentagonal 4 atomes de carbone et 1 oxygne : c'est un noyau furannose. L'loignement des carbones 1 et 4/5 et faible lorsqu'on prend en considration non la reprsentation linaire, mais la reprsentation spatiale des molcules.
H2 C O O HC CH HC CH C C C C 2 H H H H pyranne = ; furanne =
Formes chaise et bateau.
Glucides
Les cycles peuvent prendre deux formes diffrentes dans l'espace : la forme chaise ou la forme bateau. Ceci est d principalement des problmes lis d'une part aux contraintes cres par les liaisons et leurs angles, et d'autre part par l'encombrement strique des atomes. Ces formes sont des tats d'quilibre. On admet que la configuration en chaise est la plus stable, et que c'est de cette faon que sont les oses en solution.
Nomenclature.
Lorsque le groupement hydroxyle port par le carbone 1 est en dessous du plan du cycle, c'est un -pyrannose, tandis que si elle est au-dessus, c'est un -pyrannose (ou furannose). Proprits chimiques des oses.
Solubilit.
Les oses sont de petites molcules, trs polarisables : ils sont donc trs solubles dans l'eau (jusqu' 3 M, c'est dire 540 g.l-1 !).
Estrification.
alcool + acide ester + eau
La fonction alcool primaire des glucides peut facilement tre estrifie, notamment par de l'acide phosphorique : les oses impliqus dans le mtabolisme sont le plus souvent sous cette forme : glucose-6-P, fructose 1 ou 6 ou 1,6 P, etc., ce qui correspond en fait une nergisation de ces composs.
Oxydation des oses = caractre rducteur.
Glucides
La fonction aldhydique ou ctonique des oses est susceptible d'tre oxyde, les oses sont donc des composs rducteurs : glucide rducteur + 2 Cu2+ glucide oxyd + 2 Cu+
Le cuivre prsent dans la liqueur de Felhing ragit ensuite avec la soude pour donner un prcipit rouge brique caractristique : 2 Cu+ + 2 OH- 2 CuOH Cu2O + H2O
Action des acides concentrs.
Sous l'action d'un acide concentr chaud, les aldoses et les ctoses donnent naissance au furfural ou des drivs de furfural. Celui-ci peut ensuite ragir avec divers phnols et donner des colorations caractristiques et quantitatives. Par ailleurs, cest un des principes de la raction de Maillard (coloration de la crote du pain, caramlisation, etc.)
Osides.
Holosides.
La liaison osidique. Les fonctions hydroxyle de deux oses peuvent se condenser en librant une molcule d'eau et former une liaison entre les oses : R1-CH-OH + H-OCH-R2 R1-CH-O-CH-R2 + H2O
Glucides
La fonction rductrice peut tre libre ou engage dans la liaison osidique, donc le polyholoside ne sera pas forcment rducteur, mme si les osides qui le composent le sont. Diholosides. Composs forms de 2 oses lis par une liaison osidique : Maltose : D glucopyrannosyl (1-4) D glucopyrannose ; Cellobiose : D glucopyrannosyl (1-4) D glucopyrannose ; Lactose : D galactopyrannosyl (1-4) D glucopyrannose ; Saccharose : D glucopyrannosyl (1-2) D fructofurannose. Maltose : Dglucopyrannosyl (1-4)Dglucopyrannose
CH2OH O OH HO OH O OH OH HO OH CH2OH O
Saccharose :
Dglucopyrannosyl (1-2)Dfructofurannose
CH2OH CH2OH O OH O OH O
OH
CH2OH
Lactose : Dgalactopyrannosyl (1-4)Dglucopyrannose

CH2OH HO OH O O OH O OH CH2OH OH
Cellobiose :
Dglucopyrannosyl (1-4)Dglucopyrannose
CH2OH O OH HO OH O OH
OH
O CH2OH
Biochimie structurale Polyholosides. Amylopectine

O (1-6)
Glucides
Amidon : rserve glucidique des vgtaux

amylose : liaisons 1-4, MM 150 000 600 000 amylopectine : liaisons 1-4 et 1-6 : ramifications
O (1-4)
O O
possibles Glycogne : rserve chez les animaux

mme structure que l'amylopectine, mais plus ramifie
O O O O
Cellulose : constituant des parois vgtales

liaisons 1-4 ; structure fibreuse
Pectine
CH2OH O O O O OH O O O OMe
Autres :
dextranes (bactries)
Galactose
chitine : polymre de N-actyl glucosa-
... mine
pectine : polymre dacides galacturoniO
...
O O O OMe O
ques
Acides galacturoniques
Htrosides.
Partie non osidique = aglycone strols, phnols,
Lipides.
Introduction.
Les lipides sont des substances insolubles en milieu aqueux, mais solubles dans les solvants organiques : thanol, chloroforme, ther, Ce sont les huiles (liquides) et les graisses (glifies ou solides). Il existe plusieurs classifications anciennes, bases sur les produits d'hydrolyse (lipides simples ou complexes), mais elles sont abandonnes au profit d'une classification base sur la structure.
Acides gras.
En petite quantit l'tat libre, mais en grande quantit engags dans des liaisons ester ou amide. En gnral, acides monocarboxyliques chane linaire non ramifie contenant un nombre pair d'atomes de carbone (4 - 30). Par convention, on numrote les atomes de carbone partir de celui qui porte la fonction carboxyle.
Acides gras saturs.

Formule. CH3-(CH2)n-COOH = CnH2nO2
10
Lipides
Les plus frquents sont l'acide palmitique (C16, n = 14) et l'acide starique (C18 ; n = 16). En moins grande quantit, on trouve des acides soit 14, soit 20 carbones. Les autres sont plus rares et ne se rencontrent que dans des tissus spcialiss. Les acides gras nombre impair de carbones sont trs rares, mais ils existent. La chane carbone forme un zigzag.
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 C C C C C C C C COOH H 3C C C C C C C C C H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2
Acide starique: C 18
H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 H2 C C C C C C C C C C C C COOH H 3C C C C C H2 H2 H2 H2 H2 H2 H H
Acide olique: C 18:1
Nomenclature. acide myristique acide palmitique acide starique = = = C14 C16 C18 = = = acide n ttradcanoque acide n hexadcanoque acide n octadcanoque
Acides gras insaturs.

Dits aussi dsaturs, ils comportent au moins une double liaison C = C, c'est dire qu'ils ne sont pas saturs en hydrogne. Acides gras monoinsaturs. Ils ne comportent qu'une seule double liaison acide olique= C18 :1 = acide 9-ne octadcanoque CH3-(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-COOH
11
Biochimie structurale Acides gras polyinsaturs. Ils comportent plusieurs doubles liaisons : C18 :2 acide linolique C18 :3 acide linolnique CH3-(CH2)4-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
Lipides
CH3-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
Les doubles liaisons ne sont gnralement pas conjugues (elles sont spares par un mthylne -CH2-), mais on rencontre des cas de conjugaison chez certains vgtaux.
Acides gras spciaux.

Certaines structures particulires peuvent se rencontrer :

ramification nombre impair de carbones les deux : ramification et nombre impair de C triple liaison cyclisation
Proprits des acides gras.

Proprits physiques.

solubilit dans les solvants organiques point de fusion : dpend de 2 facteurs : - nombre de carbones : le point de fusion augmente avec le nombre de carbones, pour une srie homologue. - le degr d'insaturation : le point de fusion diminue avec l'insaturation, pour un nombre constant d'atomes de C.
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Biochimie structurale Acide gras C18 :0 C18 :1 C18 :2 C18 :3 Point de fusion (C) 69
Lipides Les lipides prsents en milieu aqueux s'associent d'une faon stable thermodynamiquement : structure feuillete ou structure en
16 -5 -11
micelles. De toute faon, les ples hydrophobes (apolaires) se font face, tandis que les ples hydrophiles (polaires) font face au milieu aqueux. Les micelles peuvent tre renverss lorsque les lipides sont en plus grande quantit que l'eau : celle-ci se trouve alors pige dans des gouttelettes au sein de la
phase lipidique. Proprits chimiques.

Saponification.
R-COOH + NaOH R-COO-, Na+ + H2O
Un acide gras en prsence d'une base forte, chaud, donne un sel ou savon, et de l'eau. Le savon est soluble dans l'eau, et prsente des proprits dtergentes et un pouvoir moussant. On peut doser les acides gras l'aide d'une solution de potasse (KOH) alcoolique, en prsence de phnolphtaline. Ceci permet d'valuer la quantit globale d'acides gras libres. On obtient un indice d'acide, correspondant aux mg de potasse ncessaires pour neutraliser l'acidit libre contenue dans 1 g de matire grasse.
13
Lipides
Glycrolipides.
On distingue deux grands groupes : les glycrides et les phospholipides. Leur structure est commune : un glycrol est estrifi par plusieurs acides gras.
Glycrides.
Nature. Neutres, ils ne contiennent que C,H et O. Ce sont des esters d'acide gras et de glycrol : CH2OH CHOH CH2OH + R1-COOH R2-COOH R3-COOH CH2-O-C=O-R1 CH-O-C=O-R2 CH2-O-C=O-R3
Une ou plusieurs des trois fonctions alcool du glycrol peuvent tre estrifies, et ceci par le mme acide gras ou par des acides gras diffrents. Les Triglycrides sont les constituants majeurs du tissu adipeux des animaux, et des huiles et graisses vgtales. R1 = R2 = R3 = C17H33 homogne : triolate de glycryle (olique = C18 :1) ; R1 = R3 = C17H33 ; R2 = C17H35 htrogne : olate-1 starate-2 olate-3 de glycryle. Proprits physiques. Le point de fusion dpend des acides gras estrifiant le glycrol. Mmes rgles. Les glycrides sont insolubles dans l'eau. Proprits chimiques.
Hydrolyse - Saponification.
Hydrolyse enzymatique (lipases) glycrol + acides gras ;
14
Biochimie structurale ou en milieu alcalin chaud glycrol + savons (sels d'acides gras).
Lipides
indice d'estrification = mg de NaOH ncessaires pour estrifier 1 g de matire grasse. Indice de saponification = indice d'acidit + indice d'estrification
Ractions lies l'insaturation.

hydrognation = ajout de H des acides insaturs : sous pression, avec un catalyseur ; addition d'halognes : l'iode se fixe uniquement sur les doubles liaisons. L'indice d'iode correspond aux mg d'I2 que peuvent fixer 100 g de matires grasses. L'indice d'iode permet de calculer l'insaturation des lipides.
oxygnation : donne le got rance aux matires grasses.
Phospholipides (Glycrophospholipides).
Nature. Ce sont des glycrolipides dont un des carbones du glycrol porte non un acide gras, mais un acide phosphorique, ce qui donne un acide phosphatydique. CH2-O-C=O-R1 CH2-O-C=O-R2 CH2-O-PO3H2
Phosphatidyl choline
H 2C O C R1 R2 C O CH
Choline
CH 3 C O P O C C N+ CH 3 H2 H2 H2 CH 3
(Les flches indiquent les liaisons susceptibles d'tre hydrolyses par des enzymes.)
Le groupement phosphoryle peut tre port soit par le carbone , soit par le carbone .
15
Lipides
La fonction acide du phosphoryle peut tre elle-mme estrifie, par diverses molcules alcooliques : choline, thanolamine, srine. Les phospholipides sont des intermdiaires importants du mtabolisme. Rles. Une molcule ayant deux charges opposes des proprits tensioactives, c'est dire qu'elle permet de stabiliser des mulsions. Ce sont les phospholipides de la membrane plasmique. Alors que les acides gras constituent la partie hydrophobe, l'acide phosphorique constitue la partie hydrophile. Ces acides gras s'arrangent naturellement en structure feuillete bicouche lipidique. Si on agite, la structure feuillete est dsordonne et les lipides peuvent se rarranger en micelles. Action des enzymes sur les phospholipides. L'action des enzymes permet, par les produits qu'elle libre, de dterminer prcisment la composition de lipides inconnus.
Autres types de lipides.

Sphingolipides.
Les acides gras ne sont plus lis une molcule de glycrol, mais une sphingosine : Comme dans le cas des phospholipides, l'acide phosphorique peut tre estrifi (par la choline sphingomyline).
16
Lipides
L'un des H de la fonction amine est substitu et porte donc un radical li par une amide (ce n'est plus un ester). Importants
Crides.
Esters d'acide gras et d'alcool chane non ramifie ayant un nombre pair d'atomes de carbone. Constituants majeurs de la cire des abeilles.
Strides et composs isoprniques.

La structure isoprne se rpte
Cholestrol
H 2C H 3C
un certain nombre de fois, ventuellement en formant des cycles.
C C CH 2 H
isoprne
HO
carotne : pigment important des vgtaux, inclus dans les
membranes des thylakodes du fait de son caractre hydrophobe fort. Strides : esters d'acides gras et de strol. Entrent dans le mtabolisme des strodes (hormones).
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Lipides
Mthodes d'analyse.
Extraction.
L'extraction des lipides se fait au moyen de solvants organiques, tels que le chloroforme, le mthanol, etc. Aprs broyage du matriel biologique, on ajoute le solvant, et agite et on laisse reposer. Les phases aqueuses (contenue dans le matriel) et organique se sparent par dcantation. On recueille la phase organique.
Sparation et dosage.
La sparation des lipides du solvant de dpart ainsi qu'entre eux se fait par des techniques chromatographiques. Le principe est que chaque molcule possde une affinit propre pour une certaine autre molcule (solide, liquide ou gazeuse). Si on fait passer un mlange complexe sur cette molcule, les constituants du mlange seront d'autant plus retenus que leur affinit sera grande. En utilisant des jeux de colonnes et de solvants adapts, on peut donc sparer les diffrents lments du mlange. Grce un systme de dtection appropri, on peut ensuite quantifier chaque espce molculaire sortant de l'appareillage. Chromatographie basse pression sur colonne Chromatographie liquide haute pression Chromatographie sur couche mince Ph. Collas UCO Bretagne Nord 18
Lipides
Chromatographie en phase gazeuse (demandant une drivation pralable, mais de loin la mieux adapte aux lipides).
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Peptides.
Acides amins.
COOH HC NH 2 R
Formule gnrale.
Le carbone portant la fonction carboxylique acide est dit "0", donc le car-
bone suivant est le carbone . Il porte la fonction amine NH2. Ce sont donc des acides amins. On trouve en gros 20 AA naturels protinognes, combins ou non soit entre eux, soit avec d'autres molcules.
Principaux acides amins naturels.

Acides amins aliphatiques. Le radical R est une chane carbone, ramifie ou non :
Acides amins chane hydrocarbone:

Glycine (Gly; G)
H CH NH 2 COOH
Alanine (Ala; A)
H3 C CH NH 2 COOH H3 C H3 C
Valine (Val; V)
CH CH NH 2 COOH H3 C
Leucine (Leu; L)
CH H3 C C CH COOH H2 NH 2 H3 C
Isoleucine (Ile; I)
C CH CH COOH H2 CH 3 NH 2
Acides amins hydroxyls / Acides amins soufrs

Srine (Ser; S)
H2 C CH OH NH 2 COOH
Thronine (Thr; T)
H3 C CH CH OH NH 2 COOH
Cystine (Cys; C)
HS C CH COOH H2 NH 2 S
Mthionine (Met; M)
H2 C CH 2 C CH COOH H2 NH 2
Acides amins dicarboxyliques et leurs amides:

Ac. aspartique (Asp; D) Ac. glutamique (Glu; E)
HOOC C CH COOH H2 NH 2 C H2 C CH COOH H2 NH 2
Asparagine (Asn; N) Glutamine (Gln; Q)
OC
C CH COOH H2 NH 2 NH 2 C H2 C CH COOH H2 NH 2
HOOC
OC NH 2
20
Biochimie structurale Acides amins basiques

Lysine (Lys; K)
H2 C NH 2 C H2 C H2 C CH COOH H2 NH 2 H2 N
Peptides
Arginine (Arg; R)
C NH N H C H2 C H2 C CH COOH H2 NH 2 N
Histidine (His; H)
H C C H C C CH COOH H2 NH NH 2
Acides amins cycliques. L'atome d'azote des acides htrocycliques est en fait une imine : acides imins.
Acides amins aromatiques:

Phnylalanine (Phe; F)
C CH COOH H2 NH 2 HO
Tyrosine (Tyr; Y)
C CH COOH H2 NH 2
Tryptophane (Trp; W)
H2 C CH NH 2 N H COOH
Acides amins htrocycliques:

HO
Proline (Pro; P)
COOH N H
Hydroxyproline
COOH N H
Ac. pipcolique
N H
COOH
Proprits.
Carbone asymtrique.
Glycraldhyde
CHO H C OH HO CHO C H H COOH C NH 2 H 2N
Alanine
COOH C H
CH 2OH
CH 2OH
CH 3
CH 3
A l'exception de la glycine, tous les acides amins comportent au moins un carbone asymtrique. Comme dans le cas des glucides, on distinguera les deux sries, D et L, mais les acides amins naturels sont de la srie L (glucides de la srie D).
21
Biochimie structurale Pour les mmes raisons, ces molcules sont dotes d'un pouvoir rotatoire. Dissociation.
Peptides
En fonction du pH du milieu, les fonctions acides ou basiques se dissocient. Par exemple, en milieu acide, un excs de protons bloque la fonction carboxyle, qui ne se dissocie pas, tandis que la fonction amine peut accepter un proton supplmentaire : acide R-CH-NH2-COOH + H+ R-CH-NH3(+)-COOH (1)
neutre R-CH-NH2-COOH + OHbasique
R-CH-NH2-COO-
R-CH-NH2-COOH R-CH-NH3(+)-COO- (2)
12 9 6
pH
Les constantes de dissociation des deux fonctions sont elles aussi caractristiques de l'acide amin :
[ R COO ][ H + ] R COOH [ R NH 2 ][ H + ]
+ [ R NH 3 ]
K1 =
et K 2 =
3 1 0,5 + H+ 0 0,5 + OH1 Bien que les valeurs exactes varient d'un compos l'autre, on peut considrer que K1 10-4 10-6 et K2 10-8 10-10. A pH = 7, pour des valeurs moyennes de K1 = 10-5 et K2 = 10-9, on a :
10
5
[ R COO ] 10 7 [ R COOH ]
[ R COO ] [ R COOH ]
= 10
Ce qui revient dire qu' pH = 7, il y a une molcule non dissocie pour 100 molcules ionises. De la mme faon, on calcule :
22
10
9
Peptides
[ R NH 2 ] 10 7
+ [ R NH 3 ]
+ [ R NH 3 ]
[ R NH 2 ]
= 10
Il y a l aussi 1% de formes non dissocies. Lorsque la concentration en H+ est gale
K1, c'est dire quand pK1 = pH, il y a autant de molcules non dissocies que d'anions. Le pK correspond au pH de demi-dissociation. Les acides amins sont donc des composs amphotres, les deux fonctions sont ionisables. On dfinit le point isolectrique ou pHi comme la valeur du pH pour laquelle on obtient une forme comportant les deux fonctions ionise et appele amphiion. Le pHi est une valeur caractristique de l'acide amin.
pH i = pK 1 + pK 2 2
La prsence de plusieurs groupes carboxyles ou amins sur une mme molcule entrane une modification du pHi par rapport une molcule
n'ayant qu'un seul de chaque groupement. Le pHi est alors calcul sur l'ensemble des groupements. En fonction de l'ionisation de l'acide amin, il se dplacera dans un champ lectrique soit vers la cathode (s'il est charg positivement), soit vers l'anode (charge ngative). Solubilit. Les acides amins sont solubles dans l'eau, pas dans les solvants organiques (la nature du radical peut cependant modifier cette solubilit). Ractivit.
Liaison peptidique.
Elle est lie la prsence des deux groupements qui peuvent ragir ensemble pour former une liaison peptidique :
23
Peptides
R1
CH
NH 2
HOOC
CH NH 2
R2
R1
CH
COOH
N H COOH
C O
C H NH 2
R2
Les atomes engags dans la liaison peptidique sont tous placs dans le mme plan. Grce cette liaison peptidique, des polymres de taille parfois trs grande peuvent tre forms : acide amin = 1 < oligopeptide < 4 - 5 < polypeptide < 100 < protine
sujet des chapitres suivants.

Ractions lies au carboxyle.
A pH trs lev, il peut donner un sel. La dcarboxylation peut tre ralise chimiquement ou par une enzyme. Elle conduit la formation d'une amine simple (R-CH2-NH2), et elle intervient frquemment dans le mtabolisme (interconversion de composs).
Ractions lies l'amine.
Les hydrognes de l'amine peuvent tre substitu par d'autres radicaux, aliphatiques, aromatiques, etc. Les acides dicarboxyliques et leurs amines sont importants pour le transfert des groupements amins : intervention de transaminases : R1-CO-NH2 + R2-CO-COOH R1-CO-COOH + R2-CO-NH2 Glu + AOA KG + Asp Glu + Pyr KG + Ala
24
Peptides
Le formol agit sur la fonction amine primaire pour conduire la formation d'une amine tertiaire :
COO R CH NH 2 O COO R CH H N CH 2OH CH 2OH
Raction la ninhydrine.
+2
Les acides amins ragissent avec la ninhydrine oxyde pour former un com-
plexe de deux molcules de ninhydrine (rduites) lies par l'azote de l'AA. Ce complexe absorbe fortement 570 nm environ et la raction sert au dosage des acides amins. Mthodes d'analyse. L'extraction des acides amins libres peut se faire simplement l'eau, puisqu'ils sont solubles. On les spare sur des colonnes changeuses d'anions ou de cations, c'est dire en fonction de leur caractre acide ou basique un pH donn : on recueille ainsi trois fractions, acide, basique et neutre. La fraction neutre contient en plus les glucides solubles. La sparation fine se fait gnralement par chromatographie (papier, basse ou haute pression, CCM,). On utilise frquemment l'lectrophorse (sur papier ou sur gel) pour analyser les acides amins. Le support est plac dans une solution tamponne ( pH choisi convenablement) et soumis un champ lectrique. En fonction du pH et du champ, les AA migrent dans un sens, dans l'autre, ou restent au niveau du dpt. L'analyse et la quantification se font gnralement soit par raction colore (ninhydrine), soit par dtection dans l'UV des longueurs d'onde gnralement infrieures 230 nm (les glucides, par exemple, n'absorbent pas dans l'UV et donc n'interfrent pas dans le dosage).
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Peptides
Peptides et protines.
Les peptides sont de petits polymres d'acides amins, lis entre eux par des liaisons peptidiques. La raction du biuret permet le dosage des peptides en milieu alcalin : les liaisons peptidiques forment un complexe violet en prsence d'ions cuivriques. Leurs proprits sont intermdiaires entre celles des acides amins et celles des protines. Ils sont plus ou moins solubles dans l'eau, et prsentent un caractre amphotre, li leur pHi
Gnralits.
Polymres d'acides amins relis par des liaisons peptidiques. Il existe 20 AA majeurs entrant dans la composition des protines (plus quelques autres, un peu originaux). Les conventions d'criture placent la fonction N terminale gauche, et la fonction C terminale droite. Les protines jouent diffrents rles dans l'organisme : structure (maintien de la membrane plasmique) ou mtabolisme (enzymes ; protines porteuses,)
Structure primaire.
C'est la squence en acides amins.
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Biochimie structurale Composition en acides amins.

Hydrolyse.
Peptides
La composition brute en AA peut tre dtermine par hydrolyse chimique (HCl 6N, 105C, 24 h, ampoule scelle). Le mlange obtenu est ensuite analys par chromatographie (papier 2 dimensions, HPLC, ). Cette mthode pose problme car elle conduit la destruction de certains AA, l'isomrisation D - L d'autres, etc. L'hydrolyse peut aussi tre ralise par voie enzymatique (protases), mais on n'obtient gnralement que des polypeptides, et non les AA eux-mmes.
Nombre d'acides amins - Titration au formol.
Une protine ne contient thoriquement qu'une seule fonction acide libre et une seule fonction amine libre, les autres tant engages dans les liaisons peptidiques. Cependant les acides dicarboxyliques ou diamins ventuels prsentent une fonction libre chacun. On prend l'exemple d'une protine n'ayant ni acide dicarboxylique, ni acide diamin. On bloque la fonction amine terminale par raction au formol. Il ne reste que la fonction acide libre. Un dosage acide - base donne un certain volume de base ncessaire la neutralisation de la fonction acide. On refait la mme exprience avec la protine hydrolyse. Cette fois, toutes les fonctions acides sont disponibles, et il faut d'autant plus de base pour les neutraliser. Le rapport entre les deux volumes donne une approximation du nombre d'acides amins composant la protine.
27
Biochimie structurale Dtermination de la squence propre en AA.

Mthodes chimiques.
Peptides
F O2 N
H2 N CH R
COOH O2 N
HN
CH R
COOH
+ HF
Mthode de Sanger : Rsidu N terminal.
Le dinitrofluorobenzne
NO 2 NO 2
(NDFB) forme, avec la
fonction N terminale, un driv avec libration d'acide fluorhydrique. L'hydrolyse de la protine libre ensuite le compos driv, qui prsente des caractristiques propres de coloration et de migration en chromatographie ou en lectrophorse. En comparant le rsultat de l'analyse aux standards connue et l'hydrolyse "simple" pratique plus haut, on peut connatre l'acide amin N terminal.
Dansylation : Rsidu N terminal.
Le chlorure de 1-dinthyl-amino-naphtalne-5-sulfonyle (DANS) ragit avec le NH2 terminal et donne un driv (dansyl-amino-acide) dcelable par sa fluorescence jaune. La mthodologie est la mme que dans le cas de la mthode de Sanger, mais la raction est 100 fois plus sensible. La dansylation est utilise pour doser les acides amins par HPLC car elle permet une meilleure dtection et une meilleure quantification.
28
R1 S C O R2 C H N H CH C O
Peptides
Mthode d'Edman :
R2 C O C H N H C O
R1 C H NH 2
H N C N S
Rsidu N terminal.
Peptide 1
R3 C O C H N H C O R2 C H NH 2 1 (-)
Phnylthioisocyanate
R1 CH OC H N C N S
Le
phnylthioisocyanate
donne une phPhnylthiodantoine
+
1
nylthiodantoine avec l'acide N
Peptide 2 = peptide
AA
terminal. Il libre un nouveau polypeptide, ayant un AA de moins que le prcdent, avec lequel il peut alors ragir. Cette dtermination est donc dite rcurrente. En l'arrtant temps, ou en utilisant diverses mthodes mathmatiques, on peut ainsi connatre de proche en proche la composition complte de la molcule. Cette technique a t utilise dans un appareil automatis.
Raction l'hydrazine : Rsidu C terminal.
HN
CH R
C O
N H
CH R1
COOH
H2 N
NH 2
H2 N
CH R
C O
N H
NH 2
+ n
H2 N
CH R1
COOH
Un traitement l'hydrazine 100C hydrolyse toutes les liaisons peptidiques, et libre des hydrazides de tous les AA sauf le C terminal, qui se prsente comme un AA libre normal. Il est alors facile isoler et identifier.
Mthodes enzymatiques.
Pour chacune des extrmits, il existe une enzyme particulire qui hydrolyse les acides terminaux. Il s'agit de la carboxypeptidase et de l'aminopeptidase, qui librent respectivement l'acide C-terminal et l'acide N-terminal. Il s'agit de mthodes rcurrentes, qui d-
29
Peptides
gradent le polypeptide dans toute sa longueur. On parvient connatre la squence grce la vitesse de libration des acides amins.
Structure secondaire.
L'encombrement strique des acides amins et les angles des liaisons font que l'enchanement n'est pas linaire, mais prsente un certain nombre de replis. En outre, les diffrentes portions des replis peuvent tablir entre elles des liaisons qui vont contribuer consolider la structure. Liaisons intervenant dans la structure spatiale.
Liaison disulfure.
C'est une liaison covalente forte tablie entre deux rsidus cystine appartenant une seule chane ou deux chanes diffrentes.
Liaison ionique (ou saline).
C'est une liaison lectrovalente (plus faible) tablie entre deux charges de signe oppos : NH3+ et COO-. Ce type d'interaction permet la liaison de deux molcules de type diffrent dans les htroprotines.
Liaison hydrogne.
Ce type de liaison non covalente se forme lorsque sont proximit l'un de l'autre d'une part un atome d'hydrogne li un azote ou un oxygne, et d'autre part un doublet lectronique non partag d'un autre azote ou d'un autre oxygne. Ces liaisons peuvent s'tablir entre :
les C=O et les N-H des liaisons peptidiques ;
30
Peptides
les radicaux des rsidus d'acides amins, impliquant par exemple les noyaux phnoliques, le carboxyle du glutamate, etc.
Liaison hydrophobe.
Les chanes latrales hydrophobes de certains acides amins (Ala ; Val ; Leu ; Ile ; Phe) sont repousses par l'eau et ont donc tendance se rapprocher les unes des autres (interactions de type Van der Waals). 2. Proprits spatiales de la liaison peptidique.
R1 H C H C N H H C R2 O H
C C O N
H C
C C -O N+
H C
La liaison peptidique peut s'crire sous deux formes : elle possde donc un caractre de double liaison, ce qui implique que les atomes soient tous dans le mme plan. Il existe une possibilit d'isomrie cis - trans pour les rsidus de part et d'autre de la liaison. Ces proprits entranent trois possibilits de conformation spatiale :
les plans successifs alternent de part et d'autre selon deux orientations privilgies, et on parlera de structure en feuillet pliss ;
les plans successifs tournent rgulirement dans le mme sens, et on parlera de structure hlicodale ;
il n'y a pas de direction privilgie, et on parlera de pelote statistique. Feuillets plisss.
Protines fibreuses. Liaisons hydrognes inter-chanes
31
Biochimie structurale Hlices . Protines globulaires. Liaisons hydrogne intra-chane.
Peptides
Structure tertiaire.
Dfinition. Une protine peut en fait adopter les diffrents types de structure secondaire en diffrents endroits de sa structure primaire, ou selon les conditions extrieures. Il s'ensuit que la molcule acquiert un encombrement strique particulier : la conformation de la protine. Notion de site actif. Le volume est rempli par les acides amins. Des acides loigns dans la structure primaire peuvent se placer proximit les uns des autres, voire tablir de nouvelles liaisons. L'environnement lectronique des acides est donc modifi. Des cryptes peuvent se former : en fonction de la nature des acides amins et de l'espace vide qu'ils entourent, certaines molcules extrieures pourront venir s'y placer, mais pas d'autres. Parmi les molcules pouvant se fixer, certaines subiront des modifications : site de fixation et site actif des enzymes.
Structure quaternaire.
Il arrive qu'une protine seule ne soit pas fonctionnelle. Il faut que plusieurs molcules de la mme protine s'associent pour que la fonction soit assure. On parle alors de monomres s'associant en oligomres ou en polymres.
32
Peptides
Dans certains cas, l'association concerne plusieurs oligomres d'une mme protine, mais parfois il s'agit de monomres de molcules diffrentes : cas des porines (8 fois la mme protine, formant canal) ou de la RubisCO (2 x 4 protines) La dnaturation d'une protine peut correspondre la rupture des liaisons entre les chanes. Sans atteinte aux liaisons peptidiques, la protine perd alors ses proprits fonctionnelles.
Principales proprits des protines.

Solubilit. Elle est trs variable, et dpend de plusieurs facteurs :
Electrolytes.
Les sels neutres faible concentration ont un effet dissolvant, tandis qu' forte concentration, ils provoquent la prcipitation des protines. On peut alors sparer les diffrentes classes de protines en fonction de la concentration laquelle elles prcipitent. On ajoute progressivement du sel (ex. sulfate d'ammonium) dans le milieu. Entre chaque ajout, on centrifuge et on recueille la fraction ayant prcipit.
pH.
La solubilit d'une protine est minimale au voisinage de son pHi. Dans certains cas, on peut obtenir la cristallisation d'une protine en augmentant progressivement sa concentration tout en la maintenant son pHi.
Solvant organiques.
L'thanol, le mthanol et l'actone peuvent tre utiliss pour faire prcipiter les protines.
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Biochimie structurale Dtermination de la masse molculaire. Les masses molculaires peuvent varier de 10 000 plus de 1 000 000.
Filtration sur gel de dextrane.
Peptides
Les gels utiliss sont de type Sephadex. Ce sont des polymres glucidiques synthtiques ayant des liaisons croises. Ces liaisons dterminent une certaine porosit. On parle de tamisage molculaire : les plus grosses molcules, exclues du gel, passent rapidement, tandis que les plus petites sont retenues par le rseau. On commence par talonner le gel en faisant passer des molcules de masse connues et en mesurant leur temps de rtention, puis on fait passer des chantillons de masse inconnue, et on compare leur temps de rtention ceux mesurs.
Ultracentrifugation. Sdimentation.
La centrifugation haute vitesse d'une solution de protine provoque sa sdimentation en fonction de sa densit (qui est ncessairement suprieure celle du solvant). Grce des systmes optiques, on peut suivre cette sdimentation au cours du temps. On parvient sparer les diffrentes protines de la solution, et les comparer des tmoins. On peut aussi utiliser un solvant de densit variable, et les protines vont alors se placer dans la zone correspondant leur densit. Cette mthode est aussi applique la sparation des organites cellulaires.
Electrophorse.
L'lectrophorse, notamment sur gel de polyacrylamide (PAGE), utilise le caractre amphotre des protines. Places dans un champ lectrique, elles se dplacent vers l'lectrode qui les attire. Comme dans les autres cas, la comparaison des protines de rfrence permet de savoir leur masse molculaire. Ph. Collas UCO Bretagne Nord 34
Peptides
Classification des protines.

Classification selon la forme des molcules.
Protines fibreuses ou sclroprotines.
Pratiquement insolubles. Fibrones de la soie ; collagnes (tissus conjonctifs transformables par la chaleur en glatines) ; kratines.
Protines globulaires ou sphroprotines.
Forme gnrale sphrique ou ovode. Classification selon la solubilit.

Albumines.
Solubles dans l'eau distille. Prcipitent par addition de sulfate d'ammonium entre 70 et 100% de la saturation. pHi < 7 (caractre acide).
Globulines.
insolubles dans l'eau pure, mais solubles dans les solutions salines dilues (NaCl 5%), prcipitent par addition de sulfate d'ammonium 50% de la saturation. Souvent des glycoprotines ou lipoprotines.
Protamines et histones.
Solubles, taille petite (plutt polypeptides que protines) ; trs basiques (lysine et arginine)
pHi lev.
Globines.
solubles dans l'eau.
35
Prolamines et glutlines
Peptides
Protines vgtales insolubles dans l'eau, mais solubles dans les acides et les bases dilus. Classification selon la composition.
Holoprotines.
Elles ne sont constitues que d'acides amins.

Htroprotines.
Elles comportent une ou plusieurs chanes peptidiques associes (homoprotine) lies par covalence un groupement prosthtique de nature non glucidique. La nature de ce groupement est extrmement varie : glucide lipide phosphate ion mtallique glycoprotines lipoprotines phosphoprotines chromoprotines (hmoglobines, cytochromes)
36
Acides nucliques
Introduction
Constituants universels de la matire vivante, reprsentant 10 20 % de la masse sche. Caractre acide Regroups en deux classes : acides dsoxyribonucliques = ADN acides ribonucliques = ARN
Composition
O O
HOH 2 C
OH
HOH 2 C
OH
Oses
Deux pentoses peuvent entrer dans
HO
OH
HO
D ribose
2 dsoxy D ribose
la composition des acides nucliques : le ribose ou sa forme 2 d-
soxy.
Bases azotes
Les constituants de base des acides nucliques sont des composs portant plusieurs fonctions amines, ce qui leur confre un caractre basique. On distingue deux groupes : les bases puriques et les bases pyrimidiques.
37
Biochimie structurale Bases puriques
Acides nucliques
Deux bases puriques principales sont trouves dans les acides nucliques : la guanine et l'adnine.
NH 2 N N O N
N H
N H
H2 N
N H
Purine
Adnine = 6 amino-purine
Guanine = 2-amino-6-oxy-purine
Il existe d'autres bases naturelles, que l'on trouve par exemple dans certains ARNt, ainsi que des drivs ayant des fonctions particulires, notamment des hormones vgtales (cytokinines, impliques dans la division cellulaire). Bases pyrimidiques Elles drivent de la pyrimidine.
NH 2 O O CH 3 N N HN HN
N H
N H
N H
N H
Pyrimidine
Cytosine (2-oxy-4-amino-pyrimidine)
Uracile (2,4-dioxy-pyrimidine)
Thymine (2,4 dioxy-5-mthyl pyrimidine ou 5-mthyl-uracile)
Comme dans le cas des bases puriques, il en existe d'autres, par exemple dans l'ADN de certains bactriophages (virus infectant des bactries). La cytosine et l'uracile se trouvent dans les ARN, mais la thymine remplace l'uracile dans les ADN.
38
NH 2
6
Acides nucliques
NH 2
Nuclosides
La liaison d'une base et d'un pentose forme
N1
2
N7
5 8 4
HOH 2 C5 '
N3
4' 3'
N9
1' 2'
O HOH 2 C5 '
O O
4' H H 3'
N1
1'
un nucloside. On numrote les atomes de

H
H
2'
la base de 1 9 (bases puriques) ou de 1 6 (bases pyrimidique). Pour ne pas les confondre, les atomes du pentose sont nu-
OH
Adnosine
dCytosine
mrots de 1' 5'.
Nuclotides.
Nuclotides monophosphate. La fonction alcool primaire du carbone 5' du pentose peut tre estrifie par un acide phosphorique. On obtient alors un nuclotide. Il peut tre monophosphate s'il n'y a qu'un seul phosphore.
Base Adnine Guanine Uracile Cytosine
Ribonucloside Adnosine Guanosine Uridine Cytidine Adnylate Guanylate Uridylate Cytidylate
Ribonuclotide Adnosine monophosphate (AMP) Guanosine monophosphate (GMP) Uridine monophosphate (UMP) Cytosine monophosphate (CMP)
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Biochimie structurale Base Dsoxyribonucloside Adnine Dsoxyadnosine Dsoxyadnylate Guanine Dsoxyguanosine Dsoxyguanylate Uracile Dsoxyuridine Dsoxyuridylate
Acides nucliques Dsoxyribonuclotide
Dsoxyadnosine monophosphate (dAMP) Dsoxyguanosine monophosphate (dGMP) Dsoxyuridine monophosphate (dUMP)
Thymine
Thymidine
Thymidylate
Thymidine monophosphate (TMP)
Nuclotides diphosphate et triphosphate. Les molcules d'acide phosphorique portes par le pentose peuvent se lier d'autres molcules du mme acide par une liaison dite phosphodiester. Ces liaisons demandent une grande nergie pour leur formation, mais peuvent restituer cette nergie lors de leur hydrolyse.
O O OH O P OH O O P O CH 2 O N N OH N OH NH 2 N O P O CH 2 O N O O P O OH OH O NH P OH OH
ATP
UTP
Adnine
Uracile
H OH OH OH OH
Ribose
Ribose
40
Acides nucliques
Structure
Structure primaire
L'alternance pentose - phosphate cre le squelette de l'acide nuclique (ADN et ARN).
O O HN
HO P O O N H2 O O C NH 2 O HO P O H2 O C N N O NH 2 O N N N
Structure secondaire de l'ADN

Watson et Crick, 1953.
A T
G C
= 1 et
A +G T+C
= 1 ou A + G = T + C ,
c'est
dire qu'il y a autant de bases puriques que de bases pyrimidiques.
HO P O O N H2 O C O
En revanche,
A +T G+C
est trs variable et spci-
fique.
Les tudes en Rx (aprs cristallisation) mon-
trent qu'il s'agit d'une hlice.

Il existe des liaisons hydrogne. La structure est celle d'une double hlice. ; il y a appariement des bases homologues.
La molcule hlicodale est dextrogyre. Le pas de l'hlice est de 30, le diamtre de 20. Il y a toujours la mme quantit d'ADN dans un noyau, et une composition fixe en bases azotes pour tous les types cellulaires d'un espce donne.
41
Acides nucliques
La complmentarit des bases st essentielle la stabilit de la double hlice. Les deux chanes sont opposes, ou anti-parallles.
Proprits de l'ADN
L'ADN est soluble dans l'eau sous forme de sels de sodium (en donnant une solution visqueuse). Il prcipite dans l'thanol ( moyen efficace pour l'isoler puis l'tudier). La prsence des bases provoque une absorption caractristique dans l'UV 260 nm. Cette absorption est de 30% infrieure celle d'un mlange comportant la mme quantit de bases et les mmes proportions que l'ADN tudi : c'est l'effet hypochrome, d aux liaisons hydrognes entre les bases des deux brins. Dnaturation thermique. A partir d'une solution d'ADN natif, lorsqu'on augmente progressivement la temprature, on constate une lvation de la DO260 l'ADN. Cette augmentation brusque de la DO est appele effet hyperchrome. En mme temps, on note une diminution de la viscosit de la solution. La courbe de fusion correspond la sparation des deux brins qui forment l'hlice. La rupture des liaisons hydrogne provoque une dspiraliT
courbe de fusion de
DO 260
sation de la molcule. L'ADN devient monoca-
tnaire, il est dnatur.
42
Acides nucliques
Les courbes de fusion de deux molcules d'ADN prsentent des valeurs diffrentes de temprature de demi-dissociation cause d'une composition diffrente en bases : lorsque la teneur en G+C augmente, la temprature augmente aussi. Le phnomne est rversible par simple refroidissement progressif de la solution. L'ADN reforme la double hlice et redevient donc bicatnaire. Si le refroidissement est brusque, les chanes restent monocatnaires. La reformation de la double hlice est d'autant meilleure que la complmentarit entre les brins est plus grande. En consquence, si on place dans la solution deux brins bicatnaires diffrents, et qu'on chauffe, les deux donnent chacun deux brins. Lors du refroidissement, les sections ayant des bases homologues pourront s'apparier, tandis que les sections non homologues ne le pourront pas. Il y a formation de portions bicatnaires, et de portions en boucles non apparies. C'est l'hybridation des acides nucliques.
Structure secondaire des ARN

Structure et proprits gnrales Leur masse molculaire est plus faible que celle des ADN : ils sont plus petits. Ce sont des chanes monocatnaires de nuclotides : A, G, C, U. Il peut y avoir des portions complmentaires de parties diffrentes de la chane crant des replis : zones bicatnaires, stabilises par des liaisons hydrognes. Leur solubilit et leur absorption dans l'UV sont proches de celles de l'ADN. On n'obtient pas dans leur cas de courbe de fusion directement comparable celle de l'ADN, mais en revanche, on peut provoquer l'hybridation d'un ADN et d'un ARN. IL n'y a pas d'effet hyperchrome ni d'effet hypochrome.
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Biochimie structurale Diffrents types d'ARN
Acides nucliques
A part dans le cas des Virus, le cellules prsentent trois types diffrent d'ARN au moins.
ARN messagers = ARNm
Il s'agit de la squence complmentaire d'une portion de l'ADN de la cellule. Il est obtenu par transcription partir de l'ADN. Transcription : on garde le mme langage (c'est dire le code gntique), mais on change d'alphabet (T -> U). Traduction : on change de langage
du code gntique en codon, on passe aux proti-
nes constitues d'acides amins. Moyen mnmotechnique : les oprations se font dans l'ordre alphabtique inverse. Les ARN messagers sont "linaires". Leur masse molculaire est trs leve, en liaison avec la taille de la protine qu'ils codent. Elle volue au cours de leur maturation (maturation post transcriptionnelle) : une partie de ce qui a t transcrit est limin. En particulier, ils sont souvent prcds, leur extrmit 3' d'une chane de plusieurs adnosines (30 200) : ARNm poly A. Cette squence une rle signal intervenant dans la reconnaissance avec les ribosomes. Les ARNm ont une dure de vie courte (demi-vie de quelques heures pour la plupart), sauf dans des cas particuliers, par exemple dans les formes de vie ralentie comme les graines des vgtaux.
ARN de transfert = ARNt
Les ARNt ont gnralement une configuration en feuille de trfle. Ils prsentent des replis et des zones apparies. Une des boucle porte l'anti-codon, c'est dire le triplet de bases
44
Acides nucliques
complmentaires du triplet codant de l'ARN messager. L'extrmit 3' porte l'acide amin pour lequel code le codon.
ARN ribosomiaux = ARNr
Ils reprsentent 80% de l'ARN total de la cellule. Leur masse molculaire est trs importante. On les distingue sur la base de leur coefficient de sdimentation. Un ribosome est form de plusieurs chanes d'acide nuclique.
Les acides nucliques particuliers

Les bactries et les virus (procaryotes), d'une part, ainsi que les chloroplastes et les mitochondries ont des acides nucliques comparables ceux des autres cellules d'un point de vue gnral, mais prsentant un certain nombre de particularits connatre. L'ADN n'est par organis en chromatine ni en chromosome ; il n'est pas enferm dans une enveloppe nuclaire. Le code gntique est lgrement diffrent. C'est chez ces organismes qu'on rencontre le plus de bases rares. Les ribosomes ont des coefficients de sdimentation diffrents. Les rtrovirus prsentent la particularit de possder uniquement une molcule d'ARN, mais pas d'ADN. Cet ARN doit d'abord tre transcrit en ADN par la cellule hte. L'enzyme implique est la transcriptase reverse.
Mthodes d'tude
L'extraction se fait partir d'un matriel riche en acide nuclique : de prfrence des cellules jeunes, en division. Aprs broyage (fort, de faon faire clater les noyaux) et souPh. Collas UCO Bretagne Nord 45
Acides nucliques
vent dlipidation, l'extraction se fait dans une solution saline. L'extrait contient alors gnralement un mlange de protines et d'acides nucliques. Les protines sont limines par centrifugation, puis les acides nucliques sont prcipits par l'thanol. On peut effectuer un dosage colorimtrique portant soit sur le phosphore, soit sur le pentose. La sparation des diffrentes classes d'acides se fait gnralement par lectrophorse sur gel, avec des techniques varie (biologie molculaire). On parvient caractriser des groupes d'ARN, par exemple, caractristiques de telle ou telle phase du dveloppement de l'organisme, c'est dire que les protines correspondantes ne sont synthtises qu' certaines priodes de la vie. La localisation cellulaire peut tre faite par diverses mthodes. Une coloration de type Feulgen colore spcifiquement l'ADN en rose. Aprs l'ajout d'une molcule marque (par exemple thymine tricie), certaines molcules d'ADN seront marques. La prparation cellulaire est fixe, puis on la place sous une plaque photographique. Les grains d'argent de l'mulsion photographique sont impressionns par l'mission radioactive, ce qui permet de localiser les compartiments cellulaires dans lesquels s'est fait l'incorporation.
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Mthodes d'tude
Prparation de l'chantillon : Fractionnement cellulaire

Constitution gnrale des tissus et des cellules
De l'extrieur vers l'intrieur : Tissu = de cellules, entre lesquelles il n'y a pas de vide, mais des parois vgtales, des constituants interstitiels animaux, le tout baignant dans un liquide complexe avoir besoin d'analyser les constituants en question. Cellule : membrane plasmique : lipides, protines cytoplasme / cytosol : gel de protines, de sels minraux, de toutes sortes de molcules organites : enveloppe de 2 membranes + matrice (stroma) propres.
on peut
Fractionnement
Lorsque le compartiment cellulaire n'est pas abordable directement, il faut commencer par le sparer des autres parties du tissu ou de la cellule (le sang est directement isolable, par exemple).
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Index Broyage fin, mais trop long = pertes / polytron, Moulinex, mortier - pilon, sable de Fontainebleau,
poudre fine de prfrence
pH fix / tampon anti-oxydant (pb phnols) froid (enzymes en gnral) BSA : protases osmoticum : organites qualitatif / quantitatif : les impratifs ne sont pas les mmes Sparation
Solubilisation
selon le compos isoler : solvant organique lipides et composs apolaires solvant aqueux tite taille, insolubles importante Mlanges ou successions de solvants : Un premier passage d'un solvant organique peut par exemple liminer les lipides (dlipidation), et laisser les autres composs. Une limination spcifique d'un compos est parfois plus efficace qu'une tentative de purification directe du compos cherch.

composs polaires : glucides, acides amins, peptides, ARN de pe-
nombreuses substances de composition particulire, ou encore de taille
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Index
Filtration
La mthode la plus simple de sparer un lment soluble des lments insolubles (exemple type : la percolation du caf!) Aprs fractionnement, il reste : des dbris cellulaires, des cellules, des organites de taille variable, qui resteront sur le papier filtre.
Centrifugation
L'application d'une force centrifuge un chantillon (liquide ou pteux) quivaut l'application d'une force gravitationnelle contrle. On spare donc les composs en fonction de leur masse et de leur densit. Milieu de sparation : tous les composs de densit suprieure celle du milieu surnageront, tandis que tous les composs de densit infrieure sdimenteront. Le rsultat est le mme que celui de la filtration. Centrifugation sur gradient : il est possible de crer un gradient de densit le long du tube centrifuger. Les composs / organites se placent dans la zone correspondant leur densit.
Exemple : fractionnement du foie de Rat
Homognat 10 min. 600 g culot 10 min. 600 g surnageant 10 min. 8 000 g culot : noyaux et dbris cellulaires culot : mitochondries
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Index 10 min. 15 000 g 60 min. 100 000 g surnageant : molcules culot : lysosomes culot : microsomes
Purification
Solubilit diffrentielle
Exemple : purification des chlorophylles partir de feuilles d'orties : Broyage, extraction dans l'actone 85% : solubilisation de tous les composs apolaires, plus une partie des composs polaires. Filtration sur papier Chlorure d'ammonium 10% : prcipitation des protines Ether : les chlorophylles passent prfrentiellement dans l'ther, la phase actone - eau devient limpide limination Lavages l'eau : certaines impurets peuvent rester dans la phase thre, les lavages permettent de les reprendre et de les liminer Mthanol : la chlorophylle b est plus soluble dans l'thanol que dans l'ther, inverse pour la chlorophylle a
les deux chlorophylles sont spares et peuvent tre (thoriquement)
tudies sparment.
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Index
Techniques chromatographiques
Lorsque plusieurs composs prsentent les mmes caractristiques de solubilit, on peut les sparer par chromatographie : exemple de mlange de composs polaires : broyage, extraction l'eau, filtration : les lipides et les grosses protines restent sur le filtre, les glucides et les acides amins passent dans le filtrat. Chromatographie d'exclusion : les plus grosses molcules (polypeptides, polyosides) passent rapidement et sont exclues, les petites (acides amins et glucides simples) sont recueillies ensuite. Chromatographie d'change ionique : une colonne changeuse d'anions retient tous les composs cationiques (chargs positivement) : acides amins dibasiques notamment une colonne changeuse de cations retient tous les composs chargs ngativement : acides diacides notamment l'utilisation conscutive des deux colonnes permet de sparer le mlange en trois classes : acide, basique et neutre, la dernire correspondant aux glucides et aux acides amins neutres.
Caractrisation
Techniques chromatographiques
Les chromatographies d'adsorption (sur papier, sur couche mince de cellulose ou d'aluminium), en phase gazeuse, d'change d'ions ou d'exclusion permettent soit de faire une
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Index sparation grossire, soit de faire une sparation fine, en fonction des conditions d'utilisation. Exemple : chromatographie bidimensionnelle sur papier d'un mlange de composs polaires dpt d'un chantillon dans un des coins de la feuille migration dans un premier solvant, volatil ; vaporation du solvant (une nuit 40C) migration dans un second solvant, aprs retournement de la feuille 90 schage, rvlation
Electrophorse
L'lectrophorse permet de sparer et de caractriser diverses classes de molcules : glucides simples ou composs, acides amins, peptides et protines. Elle convient un peu moins aux lipides.
Techniques colorimtriques
Rvlation par coloration Aprs une chromatographie ou une lectrophorse, les composs n'tant gnralement pas colors, on cherche leur emplacement sur la feuille grce une coloration : rvlation la ninhydrine pour les acides amins, au bleu de Coomassie ou au nitrate d'argent pour les protines, l'anthrone pour les glucides, etc. Dosages par colorimtrie Lorsque la raction est quantitative, on peut appliquer la loi de Beer-Lambert :
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Index I = I0e- c l log(I/I0) = D. O. = c l avec = coefficient d'extinction molaire, dpendant - de la longueur d'onde ; - de la nature des liaisons du compos tudi c = concentration de la solution l = longueur du trajet optique, fixe 1 cm Puisque l, et sont fixs, on a la relation simple : D. O. = f([c]). On choisit une gamme de concentrations, laquelle on fait subir la raction, et on trace la courbe obtenue :
DO saturation
Il ne faut pas oublier de faire un blanc : il correspond la valeur zro de la concentration, et il permet de savoir quelle est l'absorption due spcifiquement au ractif, et non au
bruit de fond [C]
produit doser. L' blanc doit accompagner toute
srie de dterminations, car les conditions peuvent varier (par exemple dure de passage et temprature du bain-marie).
Spectromtrie
Une autre application de la loi de Beer-Lambert est l'obtention de spectres. Dans ce cas, la concentration est fixe, mais on fait varier la longueur d'onde. La disparition des rayonPh. Collas UCO Bretagne Nord 53
Index nements d'une longueur d'onde correspond l'absorption de l'nergie des photons concerns par une liaison particulire. Un pic d'absorption caractrise donc la prsence d'une liaison dans la solution tudie. Si la prparation est pure, on est donc mme de caractriser parfaitement le compos, en fonction des pics obtenus.
Techniques immunologiques
La facult de reconnaissance antigne - anticorps est de plus en plus utilise. La spcificit de la raction est gnralement totale, mais dans le mme temps, elle ne donne pas de rponse d'une grande ampleur. A la dtection est alors associe une amplification, sous forme d'une raction enzymatique dont le produit est color.
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Index
Index
acide amin, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 30, 31, 32, 36, 44, 45, 48, 51, 52 acide gras, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 acide linolique, 12 acide linolnique, 12 acide olique, 11 acide palmitique, 11 acide phosphatydique, 15 acide phosphorique, 6, 15, 16, 39, 40 acide starique, 11 adnine, 38 ADN, 37, 38, 41, 42, 43, 44, 45, 46 aglycone, 1, 9 Ala, 24, 31 alcool, 4, 6, 14, 17 alcool primaire, 2, 6, 39 alcool secondaire, 2 polyol, 4 aldhyde glycrique, 2 aldose, 2, 3, 7 amidon, 1, 9 amphiion, 23 amylopectine, 9 amylose, 9 AOA, 24 arabinose, 3 ARN, 37, 38, 41, 43, 44, 45, 46, 48 ARNm, 44 ARNt, 38, 44 Asp, 24 bactries, 9, 38, 45 bateau, 6 carotne, 17 Cellobiose, 8 Cellulose, 9 ctose, 2, 3, 7 chaise, 6 chlorophylle, 50 chloroplastes, 45 choline, 16 Chromatographie, 18, 19, 51 cystine, 30 cytochromes, 36 cytokinines, 38 cytosine, 38 cytosol, 47 dextrogyres, 2 dihydroxyactone, 3 dissociation, 22, 23, 43 disulfure, 30 eau, 5, 6, 7, 13, 14, 23, 25, 26, 31, 35, 36, 42, 50, 51 nantiomres, 2, 3 encombrement strique, 6, 30, 32
nergisation, 6 pimres, 3 thanolamine, 16 vaporation, 52 fluorescence, 28 fonction amine, 17, 20, 22, 25, 27 fonction carboxyle, 10, 22 fructose, 3 furannose, 5, 6 furfural, 7 galactosamine, 4 galactose, 3 galacturonique, 4 Glu, 24 glucide, 1, 2, 3, 6, 7, 21, 25, 36, 48, 51, 52 glucosamine, 4, 9 glucose, 3, 5 glucose-6-phosphate, 6 glucuronique, 4 glutamate, 31 glycraldhyde, 2, 3 glycrides, 14 Glycrides, 14 glycrol, 14, 15, 16 glycine, 21 Glycogne, 9 graines, 44 graisses, 10, 14 guanine, 38 htrosides, 1 holosides, 1 huiles, 10, 14 isomres, 3 Kiliani, 3 Lactose, 8 lvogyres, 2 liaison osidique, 7, 8 liaison peptidique, 23, 24, 31 Liaison peptidique, 23 liaisons peptidiques, 26, 27, 29, 30, 33 lipases, 14 lipides, 10, 13, 15, 16, 18, 19, 47, 48, 51, 52 longueur d'onde, 53 lumire, 2 Maltose, 8 mannose, 3 membrane, 16, 26, 47 membrane plasmique, 16, 26, 47 membranes, 17, 47 mitochondries, 45, 49 oligopeptide, 24 Osamines, 4 ose, 1, 4, 5, 6, 7, 8, 37
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Index
oside, 1 osides, 7, 8 oxygne, 5, 30 parois, 9, 47 pectine, 9 pectines, 4 pH, 2, 22, 23, 24, 25, 33, 48 pHi, 23, 26, 33, 35 phospholipides, 14, 16 Phospholipides, 15 phosphoryle, 15, 16 photons, 54 pigment, 17 polypeptide, 24, 29, 30 pouvoir rotatoire, 2, 3, 5, 22 procaryotes, 45 protine, 24, 27, 28, 32, 33, 34, 44 protines, 26, 33, 34, 35, 44, 46, 47, 50, 51, 52 proton, 22 protons, 22 Pyr, 24 pyrannose, 5, 6 raction de Maillard, 7 ribose, 3, 37 ribosomes, 44, 45 ribulose, 3 RubisCO, 33 saccharose, 1 Saccharose, 8 savon, 13 srine, 16 site actif, 32 stroma, 47 techniques chromatographiques, 18 temprature, 42, 43, 53 thylakodes, 17 thymine, 38, 46 traduction, 1 transcription, 44 Triglycrides, 14 uracile, 38 virus, 38, 45 xylose, 3 KG, 24
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Index
Table des matires
Biochimie structurale ...................................................................................................................................... 1 Glucides. ..................................................................................................................................................... 1 Introduction. ........................................................................................................................................... 1 Oses. ................................................................................................................................................... 1 Osides.................................................................................................................................................... 7 Lipides....................................................................................................................................................... 10 Introduction. ......................................................................................................................................... 10 Acides gras. ......................................................................................................................................... 10 Glycrolipides....................................................................................................................................... 14 Autres types de lipides.......................................................................................................................... 16 Mthodes d'analyse. ............................................................................................................................. 18 Peptides. ................................................................................................................................................... 20 Acides amins. ..................................................................................................................................... 20 Peptides et protines. ........................................................................................................................... 26 Acides nucliques ...................................................................................................................................... 37 Introduction .......................................................................................................................................... 37 Composition ......................................................................................................................................... 37 Structure .............................................................................................................................................. 41 Mthodes d'tude....................................................................................................................................... 47 Prparation de l'chantillon : Fractionnement cellulaire .......................................................................... 47 Purification ........................................................................................................................................... 50 Caractrisation ..................................................................................................................................... 51 Index ............................................................................................................................................................ 55 Table des matires ........................................................................................................................................ 57
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Le terme hydrate de carbone correspond la traduction de lamricain carbohydrate mais na pas

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Ces deux fonctions sont rductrices (cf. infra).

2 nantiomres possibles : D = OH droite ou L

base pour la nomenclature de tous les autres glu-

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