TD 1

Master II Biochimie Applique

Exercice 1/

1. Dans une tasse de thé, on peut dissoudre un morceau de sucre, mais pas 20 morceaux.
Expliquer cette affirmation.
2. L'étiquette d'un sirop contre la toux montre ses différents constituants : Glycéroi - Acide
citrique - Sucre Citrate de sodium - Eau purifiée II est aussi indiqué que 200 m L de ce sirop
C; contiennent entre autres 440 g de sucre. .: ,=
a) L'eau joue le rôle de solvant dans cette solution. Définir « solvant ».
b) Comment appelle-t-on ce genre particulier de solution ?
c) Quel nomi dorme-t-on aux autres constituants ? . .
d) Quelle est la masse de sucre dans im litre de ce sirop ?

Exercice 2/

L'acide benzoïque est un solide blanc utilisé comme conservateur. Sa solubilité dans Peau, à 25 °C,
est égale à 2,4 g.L''.

1. Définir la solubilité d'une espèce chimique. Donner les unités correspondantes.

2. Quelle masse maximale d'acide benzoïque peut-on dissoudre dans 1,0 L d'eau? Dans 2,0 L
d'eau?

3. Que se passe-t-il si on veut dissoudre 3 g d'acide benzoïque dans 1,0 L d'eau ? Justifiez.

4. On peut dissoudre facilement 4,0 g d'acide benzoïque dans 1,0 L d'une solution d'acétate
d'éthyle. Que peut-on conclure sur la solubilité de l'acide benzoïque dans l'eau et dans
l'acétate d'éthyle ?

5. Dans chaque tube à essais représenté ci-dessous, c'naque mélange est constitué de 5 mL d'eau
et 10 mL de solvant organique. Légender chaque tube en vous aidant du tableau suivant.
justifie/, ctiaquc choix. *

Exercice 3/

L'eucalyptus est un arbre dont les feuilles contiennent une huile essentielle odorante dont la principale
espèce chimique est l'eucalyptol. On hache menu quelques feuilles d'eucalyptus, que l ' o n place dans
un erlenmeyer contenant 2 0 0 m L d'eau froide, puis on fait bouillir le tout pendant 30 min. On filtre
pour éliminer les feuilles, puis on obtient un mélange d'eau et d'huile essentielle d'eucalyptus.

1. Comment se nomme cette méthode d'extraction ? Citer une autre méthode que l'on aurait pu
utiliser.

L'objectif est d'extraire de la solution, l'eucalyptol à l'aide d'un solvant. Quatre solvants sont à notre
disposition.

1
 2. Quel solvant d'extraction doit-on choisir ? Procéder pai- élimination en justifiant les réponses.

Solvants Miscibilité Solubilité de Densité (à Daugerosité

avec l'eau l'eucalyptol (à 20°C
20°C)

Toluène Non miscible Peu soluble 0,87 Inflammable, nocif, irritant,

pollution de l'environnement

Cyclohexane (vr Non miscible Très soluble . 0,78 - Inflammable, pollution de

l'environnement

Ethano! Miscible ' " Très soluble 0,81 Inflammable, pollution de

l'environnement

Dichlorométhane Non miscible Très soluble 1,33 Très toxique, mflanunable,

pollution de l'environnement

3. On introduit dans une ampoule 5 mL du solvant retenu et le filtrat précédent (eau+eucalyptol),

on agite puis on laisse décanter. Faire un schéma légende de l'ampoule à décanter et de son
contenu avant puis après décantation, en indiquant et en justifiant l'ordre et le contenu de ces
phases.

4. La masse volumique du toluène est 0,87 g.mL"\r réaliser une expérience, .Ajthur a besoin
de 8,7 g de toluène et ne dispose que d'une éprouvette graduée. Quelle grandeur va-t-il
mesurer ? Calculer sa valeur.

Pour une autre expérience, on a besoin de 20 mL de toluène et ne dispose que d'une balance. Quelle
grandeur va-t-elle mesurer ? Calculer sa valeur.

Exercice 4/

.Comment s'appelle la technique schématisée ci-dessous ? •

V

ThetiKomètre

2) Quel changement d'état a lieu dans le

ballon?
Cêtonm
àïlisttter" 3) Quel est le rôle du réfrigérant ?

4) Quel changement d'état a lieu dans le

réfrigérant ?
Bâton Chaufl«

Sappot
1 éfévjileur
L- ^

2
Exercice 5/

L'estragol est une espèce chimique présente dans les feuilles d'estragon. L'huile essentielle d'estragon
aurait des vertus antiallergiques. Elle peut être extraite par hydrodistillation. Les phases aqueuse et
organique de l'hydrodistiliat obtenu sont très difficiles à séparer par une simple décantation. Une
extraction à l'aide d'un solvant est nécessaire.

1) Parmi les solvants proposés dans le tableau ci-dessous, lesquels peut-on à priori choisir ? Justifier
la réponse. ' .

2) Pour des questions de santé et de sécurité, l'un de ces solvants est à éviter particulièrement : lequel?

3) Décrire les différentes opérations à effectuer lors de cette extraction par un solvant.

Exercice 6/
Le cinéol, ou eucalyptol, peut être extrait de certains végétaux, notamment des feuilles d'eucalyptus.
Cette espèce chimique est utilisée dans certaines spécialités pharmaceutiques, par exemple pour le
traitement des infections des voies respiratoires. Pour extraire le cinéol, des feuilles d'eucalyptus
broyées sont introduites dans un récipient avec de l'eau distillée. Le mélange est chauffe à ébuUition
durant un quart d'heure. Une fois refroidi à température ambiante, le mélange est filtré. Le filtrat
contient de l'eau et une huile essentielle d'eucalj'ptus. Celle-ci est essentiellement constituée de cinéol
et en a les cai-actéristiques physiques.
Données :
• Caractéristiques physiques du cinéol : température de fusion : 2 °C, température d'ébuUition : 176
°C, densité : d = 0,92, Solubilités : peu soluble dan<; l'eau, soluble dans l'éthanol, soluble dans le
cyclohexane. Le cyclohexane n'est pas miscible à l'eau contrairement à l'éthanol.
• Masse volumique de l'eau : p eau; 1,00 g.cm"^.
1. a. D'après les données, le filtrat obtenu est-il un mélange homogène ou hétérogène ?
b. Ou se trouve le cinéol après décantation du filtrat ?
c. Quel est alors l'état physique du cinéol ?
2. a. Déterminer le volume d'huile essentielle obtenu si sa masse est m = 20 g.
b. On veut récupérer le peu de cinéol présent dans l'eau à l'aide d'une extraction par solvant. Indiquer
le solvant à utiliser et justifier ce choix, puis faire le schéma à, la fin de l'expérience avec le matériel
adéquat.
 TD2

Exercice 1/
Le coefficient d e p a r t a g e d e l'iode (12) entre les d e u x s o l v a n t s n o n - m i s c i b l e s : t é t r a c h i o r o m é t h a n e e t
eau, e s t égal à 1 0 0 à 2 5 ° C . À 10 m l d e solution a q u e u s e d'iode à 10 g/1, o n a j o u t e 10 m l d e
t é t r a c h i o r o m é t h a n e (CCU). ^
D o n n é e :I2 e s t plus s o l u b l e d a n s le t é t r a c h l o r o m é t i i a n e q u e d a n s l'eau.
D é t e r m i n e r la c o n c e n t r a t i o n e n iode d a n s le t é t r a c h i o r o m é t h a n e et d a n s l'eau, a p r è s agitation e t
décantation.

Exercice 21
Lors d e l'analyse d ' u n m é d i c a m e n t , o n a réalisé différentes c h r o m a t o g r a p h i e s u r c o u c h e m i n c e avec
trois é l u a n t s différents. L e s c h r o m a t o g r a m m e s o b t e n u s sont d o n n é e s c i - d e s s o u s .

,frontdc^l'ekiant

A.
t

cycioliexar.6

1. Q u e l s s o n t les é l u a n t s q u i n e c o n v i e n n e n t pas? Justifier.

2. D e c o m b i e n d e c o r p s p u r s c e m é d i c a m e n t est-il c o m p o s é ?

Mise en œuvre d'un CCM

ri

fc-'-
-i
|8
V
c

Parmi les s c h é m a s de mise en œ u v r e d'une chromatographie suivants, trouver celui qui con-espond aux
bonnes conditions opératoires ? Justifier la réponse. d

Exercice 3/

O n d é t e r m i n e les t e m p s d e r é t e n t i o n (tr) a u c o u r s d ' u n e c h r o m a t o g r a p h i e s u r S e p h a d e x , d e s protéines

s u i v a n t e s d o n t o n c o n n a î t la m a s s e m o l é c u l a i r e ( M M ) (Le débit d e la c o l o n n e e s t d e 5 m l / min) ;
 MM j tr(min)

Aldolase 145000 1 10,4

Lactate déshydrogénase 135000 11,4

P h o s p h a t a s e alcaline 80000 j 18,4

Ovalbumine 45000 i 26,2

i Lactogiobuline 37100 28,6

1 - Calculer les v o l u m e s d'élution (Ve) c o r r e s p o n d a n t s . Porter le log de M M e n f o n c t i o n d e V e - Q u e

remarquez-vous?

2 - P o u r la g l u c o k i n a s e , tr = 2 1 m i n . D é t e r m i n e r sa m a s s e m o l é c u l a i r e à l'aide d u g r a p h i q u e
p r é c é d e n t . Existe-t-il u n e a u t r e m é t h o d e pour d é t e r m i n e r la M M ?

E x e r c i c e 4/

O n v e u t s é p a r e r 3 a c i d e s - a m i n é s : l'acide L-glutamique, la L-leucine et la L-lysine par

c h r o m a t o g r a p h i e s u r u n e résine p o l y s t y r é n i q u e substituée par d e s g r o u p e m e n t s sulfonate ( - S 0 3 " ) .
Les p H isoélectriques d e l'acide L - g l u t a m i q u e , d e la L-leucine et d e la L-lysine s o n t r e s p e c t i v e m e n t :
3,22 ; 5 , 9 8 ; 9,74, à 2 5 ° C ,

O n d é p o s e c e s 3 a c i d e s a m i n é s s u r la c o l o n n e , à p H 2, puis o n é l u e e n a m e n a n t p r o g r e s s i v e m e n t le
p H à 7.

Q u e l s a c i d e s a m i n é s s o n t é l u e s et d a n s q u e l o r d r e ? ( O n c o n s i d é r e r a q u e les i n t e r a c t i o n s acide
a m i n é - r é s i n e s o n t u n i q u e m e n t d'ordre é l e c t r o s t a t i q u e s ) .

Exercices/

Un m é l a n g e d ' i m m u n o g l o b u l i n e s G ( M M = 1 6 0 0 0 0 Da) et d ' a l b u m i n e s é r i q u e b o v i n e ( M M = 6 7 0 0 0 Da)

e s t d é p o s é s u r c o l o n n e d e s e p h a d e x G - 1 0 0 (limite d'exclusion = 1 0 0 0 0 0 D a ) .

Rappel : M M = masse moléculaire.

T r a c e r un d i a g r a m m e d'élution v r a i s e m b l a b l e ( D O en fonction d e V e ) en i n d i q u a n t le v o l u m e mort.

 TDt:i:

Exercice 1 :
Soit un mélange de trois peptides:
- A: Glu-Cys-Leu-Glu,-B: Arg-Pro-Gly-Lys,-C: Val-lle-lle-Gly.
Le mélange est soumis à une eiectrophorèse à pH = 7,0. Représenter par un schéma
l'éiectrophorégramme. Justifier.

Exercice 2 :
Un étudiant isole une protéine à partir d'une bactérie anaérobique et soumet son échantillon
à une eiectrophorèse en gel de polyacrylamide en présence de SDS (PAGE-SDS). Après
coloration, une seule bande est visualisée, ce qui enthousiasme beaucoup l'enseignant de
l'étudiant. Cependant, ce dernier suggère à l'étudiante d'effectuer une seconde
eiectrophorèse de son échantillon, mais cette fois sous des conditions natives (i.e. non-
dénaturantes, i.e. sans SDS). Elle observe alors deux bandes après coloration du gel.
Assumant que l'étudiante n'a pas fait de gaffes au cours de ses expériences, expliquez ces
observations.

Exercice 3 :
On effectue l'analyse du sérum albumine bovine (bovine serumalbumin-BSA) en
eiectrophorèse sur gel de polyacrylamide (PAGE-SDS). Au cours de son expérience, il omet
d'ajouter du p-mercaptoéthanol à son échantillon. En comparant ses résultats à ceux de ses
collègues, il s'aperçoit que la masse moléculaire apparent de son échantillon de BSA
déterminé par PAGE-SDS est de 57 kDa, alors que la valeur obtenue par tous les autres
étudiants (qui eux n'ont pas oublié d'ajouter le (3-mercaptoéthanol) est de 68 kDa.
Expliquez l'origine de cette différence.

Exercice 4 :
La créatine kinase préparée à partir du muscle possède une masse molaire d'environ 80000
g/mole. Elle est formée de deux sous-unités identiques. Elle est comparée à une protéine P
de masse molaire 60000 g/mole de pHi supérieur et ne comportant qu'une seule sous unité.
Comparer le comportement des deux protéines dans les systèmes suivants:
1/Eiectrophorèse sur papier.
21 Eiectrophorèse sur gel de polyacrylamide en milieu contenant du dodécyl-sulfate de
sodium (SDS) qui détruit la structure quaternaire.

Exercice 5 :
Le document ci-dessous représente une eiectrophorèse des chaînes bêta de l'hémoglobine
humaine de 7 individus

Montrer que cette eiectrophorèse indique :

a. l'existence de 3 allèles différents.

b. une homozygotie possible chez l'individu 1.

c. une trisomie chez l'individu 6.

1 2 a 4 S s 7
Exercice 6 :
A partir du profil électrophorétique ci-contre, calculez la masse molaire de la protéine
inconnue. '

57
60

Exercice 7 ;
Un laboratoire a un doute sur le contenu de deux flacons qui devraient contenir:
- le flacon A : de l'anticorps anti- Y.
- le flacon B : de l'anticorps anti-Z
On réalise un test pour vérifier le contenu des deux flacons.
Un gel d'agar permettant la diffusion des molécules solubles est coulé dans deux boites de Pétri. Cinq
puits y sont creusés. Dans chaque boite, deux puits périphériques sont remplis avec l'antigène sduble
Y, les deux autres avec l'antigène soluble Z. Le puits central de chaque boite est rempli avec la
solution d'un flacon à tester. Le schéma ci-dessous indique le contenu des puits et les résultats

1/A quoi est du la formation des arcs de précipitations ?

21 Quelle est la technique utilisée pour réaliser ce test ?
3 / Quelle est votre conclusion quant au contenu des deux flacons ?

Zt»<tle«irwZ