Microbioparasito - msIGEA 2021 22

Documents Prof.
Younès SAOUD
Fiche technique
Module majeur , Filière master spécialisé IGEA Semestre 1
intitulé: Pollution Biologique des eaux
Objectifs:
Le module est destiné à offrir aux étudiants une formation de base visant à combler les
lacunes et acquérir des notions scientifiques et techniques indispensables dans les
domaines fondamentale de la biologie des eaux et appliqué de l’hydrobiologie des eaux
naturelles et usées.
 Les matières composant ce module permettront aux candidats d’approfondir leur

connaissances et d’acquérir des notions fondamentales pour suivre et approfondir les
études d’ingénierie et de gestion de l’eau.
Les apports théoriques et pratiques de ce module sur la biologie de l’eau (qualité
biologique, micro-organismes, parasites et indicateurs biologiques) permettent d’identifier
les composantes principales des milieux hydriques et de concevoir la notion de qualité dans
le domaine
Documents Prof. Younès SAOUD

Contenu :
Cours et TD :
Introduction Générale
I: Eau, milieu vivant Microbiologie des eaux :
II: Pollution des eaux :
III: Microbiologie et Parasitologie des eaux
IV: Eaux usées: Définitions, caractéristiques, traitement et réutilisation
Rapport d’activité : Etude de cas de traitement
Evaluation : Examen final + Rapport

Examen final 3/4 de la note
Rapport 1/4 de la note

►La Pollution Biologique (par des microorganismes ou par des parasites) de l'eau,
intéresse l 'ingénieur dans La mesure où la présence de ces microorganismes
provoque des modifications dans les possibilités d‘utilisation de cette eau , en vue
d'un usage déterminé.
► Les variations de la qualité micro-

Organismes
biologique et parasitologique ont une
vivants dans
influence particulièrement importante
léau
sur les usages sanitaires de l'eau.
► De nombreuses maladies d'origine

hydrique sont liées au manque
d'assainissement (Cholera, Hépatites,
Diarrhées, Dysenteries et divers gastroentérites).

(suite)
La nature et la fréquence des germes pathogènes contenus dans l’eau (naturelle ou usée)
sont déterminées à travers des analyses microbiologique et parasitologique, ces dernières
sont susceptibles de fournir plusieurs informations, à savoir :
►La surveillance épidémiologique des infections entériques.;

► Le contrôle de la pollution de l’environnement, cette analyse permet
d’apprécier l’importance de la pollution microbiologique quotidiennement déversée dans
le milieu naturel.
Les enjeux en matière d'assainissement sont nombreux.

L'accès à l'assainissement apporte des conditions d'hygiène meilleures pour les populations
urbaines et rurales
Un manque d'assainissement est une menace pour la santé car les eaux usées contiennent
des microbes (virus et bactéries) et autres parasites d’origine animale et fongique.

I. EAU, milieu vivant et ressource stratégique :
►Léau naturelle est un milieu de vie où plusieurs organismes, toutes catégories , peuvent y vivre ou
utiliser pendant leur existence.
►Compte-tenu de son caractère vital, de son importance dans l'économie, et de son inégale distribution
sur la Terre, sa maitrise est l'objet de forts enjeux géopolitiques.
 Grâce aux conditions particulières de température et de pression qui règnent sur Terre, l’eau y est
présente dans ses trois états (vapeur, liquide et solide). C’est ainsi que l’on distingue quatre grands réservoirs
d’eau dans l’hydrosphère : les mers et océans, les eaux continentales (superficielles et souterraines),
l’atmosphère et la biosphère.
Planète bleue

I.1/ Cycle de léau
►La circulation de l’eau au sein des différents
Systèmes para-biosphériques (atmosphère, Hydro-
sphère et lithosphère) est décrite par les phases
du cycle de l'eau (précipitations, écoulement,
filtration, évaporation, condensation, etc…) .
►Léau circule sans arrêt sur et dans la planète

Terre, en passant par les 3 états de la matière.
L‘eau est un produit de l'économie et un

élément majeur de l'environnement. Il existe 3
différents types déau exploitables:
l’eau minérale naturelle,

l’eau de source et
 l’eau du robinet.
Chacune de ces eaux possède des propriétés

différentes de par leur origine, leur composition
et leur traitement.

I.2 /Biologie et léau
Nous sommes essentiellement des êtres hydriques, comme la grande majorité formes de vie (micro-
organismes, végétaux et des animaux) . Léau représente entre 70 à 96 % du de poids frais des êtres
vivants.
En tant que composé essentiel à la vie, l’eau a une grande

importance pour l'Homme, mais aussi pour toutes les espèces
végétales et animales.
Source de vie et objet de culte depuis les origines de
l'Homme,
Le % de léau dans le corps humain varie depuis la naissance

á la sénescence

Léau tient une grande place dans la vie de l’homme. Sans elle aucune vie n’est possible. L’homme l’emploi
pour : boire, se laver-se baigner, faire la vaisselle, laver les habits, faire la cuisine, construire la maison,
abreuver (faire boire) les animaux domestiques.
 Nombreuse sont les réactions biochimiques

ayant lieu en milieu aqueux (Photosynthèse et
respiration cellulaire) .
Léau est un vecteur potentiel de germes infectieux, elle
peut transporter ou véhiculer des agents pathogènes
responsables de plusieurs maladies et être ainsi, la cause de la
mort de beaucoup d’enfants.
D’après l’OMS 80% des maladies sont dues à un manque
d’hygiène ou à un manque d’eau.

II. Pollution de léau
Qualités biologique & microbiologique

II.1/ Qualité biologique des eaux naturelles :
►Aussi bien les eaux de surface (marine et continentale) que les eaux souterraines (nappe phréatique et puits)
présentent une qualité biologique qui correspond à leur composition en espèces animales, végétales, fongiques et
microbiennes.
 Ces espèces forment une communauté et vivent en parfait équilibre. Toute altération du milieu aquatique
induit le désquilibre de la communauté et de la qualité biologique.
 L’état biologique dúne eau repose sur une expertise des espèces vivantes recensées dans les eaux
naturelles ( eaux marines et eaux continentales).
 L’ensemble des organismes constituent des bio-indicateurs de la qualité des eaux.

►L'utilisation de variables biologiques (indicateurs biologiques) s'est ainsi progressivement imposée
comme moyen d'apprécier la qualité des eaux et des systèmes aquatiques, car elles présentent un
certain nombre d'avantages et de complémentarités par rapport aux variables physico-chimiques.
► Elles visent à caractériser les perturbations par

leurs effets et non par leurs causes. Elles peuvent
révéler une pollution ponctuelle, passée, au contraire
d'une analyse trop tardive de l'eau, les populations
aquatiques constituant une véritable mémoire ou
des indices biologiques (= indices biotiques, IB).

II.2/ Qualité microbiologique et parasitologique des eaux :
► La qualité microbiologique et parasitologique des eaux = est un état de l'eau caractérisé par un
niveau de présence des microorganismes (virus, bactéries et de parasites dórigine animale.) pouvant
induire un risque sanitaire plus ou moins grand.
►Deux catégories d'indicateurs sont utilisées pour mesurer la pollution microbiologique des eaux.
Deux types de germes sont recherchés, Escherichia coli et les Streptocoques fécaux.
Ces germes ne sont pas dangereux en soi, mais jouent le rôle de témoin, pouvant indiquer, par leur présence, la
présence de germes pathogenes dangereux. En cas de pollution avérée, on recherche, en plus, les Salmonelles et
les entérovirus.
E.coli Streptocoques
 D'autres paramètres sont pris en compte, comme le pH, la transparence, les huiles minérales, les mousses, les
phénols et les matières flottantes.

Qualité parasitologique des eaux:
►Pour le cas des parasites dórigine animale et /ou fongique, sont ciblés divers types de germes
(voir parasitologie des eux usées).
L´évaluation de la charge parasitaire est effectuée sur des échantillons ponctuels et séquentiels
des eaux.
 Chercher la concentration des spores et /ou d´œufs d’helminthes.

Qualité parasitologique des eaux (SUITE):
►Cas des formes animales unicellulaires libres dans les eaux usées.
 Exemple des Rhizopodes; des zooflagellés et des Ciliés (Protozoaires = Protistes animaux)

►Méthodes d’évaluation de l’état des eaux.
► Les analyses de paramètres physico-chimiques et biologiques permettent de dresser un bilan de l’état des eaux.
la qualité physico-chimique est évaluée selon une grille d’évaluation (selon le système d’évaluation de la
qualité des eaux =SEQ-Eau et le Système d’Evaluation de l’Etat de l’Eau =SEEE);
la qualité biologique évaluée grâce à des indicateurs relatifs aux peuplements de végétaux (Indice
Biologique Diatomées ou IBD), d’invertébrés (Indice Biologique Global Normalisé ou IBGN) et de poissons
(Indice Poisson Rivière ou IPR).
la qualité microbiologique (bactériologique et virologique) est estimée par des analyses spécifiques aux
types de germes recherchés
►Aussi bien les eaux naturelles que léau potable ont des normes de qualité pour être exploitées
et ou consommées. Cette qualité est estimée sur le plan physico chimique et biologique
(microbiologique et parasitologique) .

MICROBIOLOGIE & PARASITOLOGIE
DES EAUX USEES
I) Introduction à la microbiologie:
1- Définition:
La microbiologie est une discipline de la Biologie qui étudie les micro-organismes (microbes)
et les activités qui les caractérisent. Comme science appliquée, elle se consacre
 à l'identification et à la caractérisation des micro-organismes ;
 à l'étude de leur origine et de leur évolution ;
 à définir leurs caractéristiques, les produits de leurs activités et leurs besoins ; et
 à comprendre les relations qu’ils entretiennent entre eux et avec leur milieu naturel ou artificiel.
2- Cést qui les micro-organismes?:

Les micro-organismes sont des êtres vivants ayant une structure cellulaire eucaryote ou procaryote, ou qui est
acaryote. Ils se caractérisent par:
- l'unicellularité,
- une taille microscopique ou ultramicroscopique,
- un potentiel métabolique et de reproduction,
- l'omniprésence et l'abondance.
Les micro-organismes sont répartis en cinq groupes :

les algues, les protozoaires, les mycètes , les bactéries et les virus.
Exemples de microrganismes:
Les bactéries sont classées parmi les monères (cellule procaryote).
►Les algues unicellulaires font partie des protistes procaryotes et eucaryotes.
►Les champignons unicellulaires, les lichens et les protozoaires sont des protistes eucaryotes.
►Les virus sont des acaryotes (soit sans organisation cellulaire).
Ex: Bactérie, Algue uni cellulaire, Champignon unicellulaire Virus
On parle aussi maintenant de « microbiologie moléculaire »,

dans le domaine des Biotechnologies. Il s'agit des études se
rapportant aux acides nucléiques et séquençage ( analyse et
Synthèse: analyse génétique, analyse de fragments, analyse
de liens, électrophorèse, médecine légale et identification
humaine, identification microbienne ).

II) Eléments de Bactériologie:
1- Définition:
 La bactériologie est une discipline de microbiologie consacrée à l'étude des BACTERIES. Elle a pour but :
d'identifier des bactéries, de les classer et d'étudier leur interaction c'est-à-dire l'action de l'une sur l'autre avec le
milieu extérieur, chez l'homme et chez l'animal et chez les autres organismes.
Les bactéries sont des microbes unicellulaires appartenant aux Règne des MONERES (= Procaryote) qui se caractérise
par lábsence dórganites membranés et de noyau.
 Sont des microorganismes ubiquistes et cosmopolites. Elles présentent différentes formes et regroupement
cellulaires: Sphériques (coques), en bâtonnets (Bacilles), incurvées et
spiralées (spirilles et vibrions).
 Ces formes peuvent sássocier:
- en chaines (=Strepto-);
- en doublé (= Diplo-)
- en amas (=Staphylo-)
 Ces formes peuvent

présenter des varaitions
Morphologiques cas de:
- cocco-bacilles;
- pseudo-bacilles ramifiés;
- rickettsies
►De taille microscopique:

ne peuvent être observées
que par:
-microscopie électronique
Grossis >X10.000
-microscopie optique
X1500 >Grossis >X1.000 Documents Prof. Younès SAOUD
►mobilité bactérienne: Environ la moitié de toutes les espèces bactériennes sont capables de locomotion
Orientée. Ce sont principalement les bacilles qui possèdent une mobilité.
Le mode de locomotion des bactéries est assuré par des flagelles ou
des cils.
-Dans un milieu homogène les bactéries errent au hasard
-Dans un milieu hétérogène, les bactéries sont capables de taxie
(chimiotaxie)
Distribution des flagelles
► Les flagelles sont des appendices protéiques flexibles ( flagelline). Leur nombre et leur position peuvent différer
selon les espèces de bactéries.
► La flagellation (ou ciliature) polaire monotriche correspond à la présence d’un seul flagelle à un pôle de la bactérie
(exemple des Vibrio). La flagellation polaire lophotriche correspond à la présence de plusieurs flagelles au pôle de la
bactérie (Pseudomonas par exemple). D’autres bactéries comme Escherichia coli produisent des flagelles sur toute la
surface cellulaire et possèdent donc une flagellation péritriche.

2- Utrastructure Bactérienne:
La microscopie électronique révèle les constituants
Fondamentaux dúne bactérie :
1- Matériel génétique: (nucléide) formé dún chromosome
bactérien (ADN) + plasmides (éléments extra-chromosomiques
Indépendants);
2-Paroi bactérienne: enveloppe externe à la membrane
plasmique, composée de polymères de glucide et de poly-
peptides (peptidoglycane); -voir figure-
3- Capsule: gaine superficielle constituée de polysaccharides
acides. Certaines gaines ont un pouvoirs pathogène.
4-Spore bactérienne: produite par la bactérie quand les
conditions sont défavorables.
Ultrastructure dúne bactérie (type bacille)
Micrographie éléctronique dúne bactérie (MET)

3- Classification:
►Existe différents types de classifications des bactéries. Certains distinguent différents niveaux : le règne,
l’embranchement, la famille, le genre et l’espèce. Chaque espèce se différencie par des caractéristiques Morphologiques,
physiologiques, métaboliques et écologiques..
►Un des outils importants pour lídentification et aussi la classification, fréquemment utilisé, correspond à
la coloration de Gram. Il s’agit d’une méthode permettant de différencier les bactéries en fonction de leur
capacité de coloration variant selon la composition de leur paroi. Ainsi, les bactéries colorées en bleu-violet
seront dites à Gram + (bactéries a paroi épaisse épaisse) et celles en rose à Gram – (bactéries a paroi fine) .
Coloration gram
Consiste á colorer des
bactéries avec un colorant
violet de líode, á les
rincer de lálcool, puis á les
colorer encore, avec un
colorant rouge , la
coloration dépend de la
structure de la paroi
bactérienne:
Les Gram+ (paroi riche en
peptidoglycane) retiennent
la coloration violette
Les Gram- ont moins de
peptidoglycane, conservent
le colorant rouge.

4- Métabolisme et Nutrition bactériens:
► Le métabolisme bactérien est l'ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par la bactérie pour permettre sa
croissance , sa survie et assurer la production de biomasse et ou des métabolites.
•La bactérie comme la majorité des êtres vivants utilise les deux
voies métaboliques:
1- Catabolisme= réactions de dégradation des macromolécules en petites molécules avec production d´énergie
chimique (ATP). Le catabolisme correspond à des oxydations, sont des réactions exergoniques.
2-Anabolisme = réactions de synthèse de macromolécules a partir de composes simples. Il utilise de lÁTP.
LÁnabolisme correspond à des réductions, sont des réactions endergoniques.
Ex : Glycolyse: se déroule dans le cytoplasme en anaérobiose, le
glucose (6C) est oxydé en 2 pyruvate (3C). Le devenir de ce produit
diffère selon que le métabolisme est respiratoire ou fermentif.

4.1Sources de nutrition et d´énergie
►Pour assurer sa croissance ou sa survie, une bactérie doit trouver dans son environnement de quoi satisfaire
ses besoins nutritifs: sources d'énergie, de carbone, d'azote, etc…
Ces éléments doivent être apportés dans un milieu où règnent des conditions physico-chimiques favorables
(température, pH, pression osmotique, etc...).
Source de nourriture: C,H, N, O, P..servent de matière première pour la croissance et la division.

Source dénergie: -
-Energie lumineuse (= bactéries phototrophes) ;
-Energie chimique (= bactéries Chimiotrophes)..
Type de besoin nutritif Nature du besoin Type trophique
Source dénergie ►Lumière Phototrophe

►Oxydation des Chimiotrophe
composés
Donneurs délectrons Mineral Lithotrophe

Organique Organotrophe
Source de carbone * Composé mineral Autotrophe

* Composé Hétérotrophe
organique
4.2 classes nutritionnelles : Se distinguent 4 classes :
-Photolithoautotrophes: utilisant la lumière pour la synthèse de matière organique a partir de CO2 et de H2O
(Cyanobacter , Microalgues)
-Photoorganohétérotrophes: utilisant la lumière pour produire dÁTP
-Chimiolithoautotrophes: Ne requièrent que de CO2 comme source de carbone. Elles tirent leur énergie en oxydant H2S,
NH3 et Fe++
-Chimioorganohétérotrophes: utilisant une source chimique d´énergie et de sources organiques de carbone.

5- Flore microbienne des eaux usées :
 Les eaux de surface sont susceptibles d’être contaminées par des microorganismes pathogènes. Il existe
comme germes bactériens les espèces dÉscherichia coli, de Salmonella, de Shigella, etc..). Des bactéries
indicatrices présentes en grand nombre dans le tube digestif des animaux à sang chaud, comme les coliformes
fécaux (coliformes thermotolérants) et les Escherichia coli (E. coli), sont utilisées pour évaluer le niveau de
contamination bactériologique des eaux.
Bactéries (Agents Maladies, symptômes des

pathogènes) maladies ou organes concernés
E. coli Diarrhée (Enterotoxine)

Leptospira Fièvre, hépatite épidemique, méningite
Salmonelles Gastro-entérite, Vomissements
Shigella Colite, Colique, Diarrhée
Yersinia enterocolitica Fièvre, Entérite, érythème
Clostridium tetani Tétanos
Pseudomonas aeruginosa Inflammation des voies urinaires
Staphylococcus Accumulation de pus, inflammation des
Streptococcus voies respiratoires
Klebsiella pneumoniae Infection locale, endocardite, otite
Proteus Pneumonie
Inflammation des voies urinaires

►Les paramètres microbiologiques (bactériologique):
Les bactéries sont ubiquitaires , seules quelques dizaines d’espèces sont adaptées à l’homme : la
plupart sont inoffensives ou même utiles, étant commensales et faisant partie des flores cutanées,
digestive, buccale, génitale ; certaines sont pathogènes, opportunistes ; une minorité est réguliè-
rement pathogène. (RODIER, 2005).
►Les coliformes :
Sont un certain nombre d’espèces bactériennes appartenant en fait à la famille des Enterobacteriaceae . Les coliformes
comprennent les genres : Echerichia, Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella,Yersinia, Serratia.
 Le terme de « coliformes fécaux » ou « coliformes-tolérants » correspond à des bactéries qui

présentent les mêmes propriétés (caractéristiques de coliformes) après incubation à la température de
44 C°. Le groupe des coliformes fécaux comprend les espèces suivantes : Citrobacter freundii,
Citrobacter diversus, Citrobacter amalonaticus, Entrobacter aerogenes, Entrobacter cloacae, Echerichia coli,
Klebsiella pneumonia, Klebsiella oxytoca, Moellerella wisconsensis, Salmonella (sous genre III Arizona),
Yersinia enterocoltica.
Le terme « E. coli présumé » correspond à des coliformes thermotolérants qui produisent de l’indole
à partir de tryptophane, à 44 C°. Les coliformes ont les caractères biochimiques propres à cette
espèce. (RODIER, 2005).
►Les streptocoques fécaux et Enterococcus

L’ensemble des streptocoques possédant la substance (acide teichoïque) antigénique caractéristique du groupe D de
Lancefield, c'est-à-dire essentiellement : Enterococcus faecalis, E.faecium, E.durans, E. hirae, Streptococcus
bovis, S. suis et S. equinus.

Le genre Streptococcus est vaste et divers, de sorte qu’il est difficile de classer ces bactéries de façon claire
Les 29 espèces du genre Streptococcus sont subdivisées en 5 groupes princpaux :
Les streptocoques pyogènes hémolytiques ;
Les streptocoques oraux ;
Les entérocoques ;
Les streptocoques lactiques.
Le genre unique original est maintenant séparé en 3 genres différents:

Streptococcus : comprend la plupart des espèces pathogènes pour l’homme ;
Enterococus : correspond au précédent groupe des enterocoques ;
Lactococcus : correspend aux streptocoques lactiques.
La norme ISO 7899-2 donne la définition suivante :
« Microorganismes se développant à 37 C° sur un milieu de Salnetz et Bartley, donnant une réaction positive à 44 C°
sur une gélose biliée à l’esculine et qui, de plus, donnent une réaction négative dans l’essai à la catalase ».
Streptococcus pyogenes. Left.

Gram stain of Streptococcus pyogenes in a
clinical specimen. Right.
Colonies of Streptococcus pyogenes on
blood agar

6- Les types de bactéries des eaux usées et les «indicatrices»:
 Trois type de germes bactériens sont susceptibles de se trouver dans les eaux (naturelles ou polluées ):
►- Des germes aquatiques (Cyanobactéries, Vibrio, Pseudomonas, Achromobacter, Chromobacterium, Spirillum,
Crenothrix, Sphaetotilus, Galionella,…);
►- Des germes telluriques, bactéries sporulées (Bacillus, Clostridium);
►- Des germes de contamination humaine ou animale, pathogènes (bactéries intestinales, comme
Escherichia coli ou les entérocoques ).
Les eaux usées ont une grande charge bactérienne (108 – 10 11 bact/ml) liée a la contamination fécale.
Une contamination industrielle peut avoir lieu ( rejet de levures et bactéries lactiques,…).
Caractéristiques des Microorganismes « indicateurs » de la qualité de léau:

Ces microbes se caractérisent par:
 Leur présence dans léau polluée et leur absence dans léau potable ;
Sont présents dans léau au même temps que des pathogènes;
Sont présents en plus grand nombre que les pathogènes;
Leur quantité est proportionnelle au taux de pollution;
Peuvent survivre facilement que les pathogènes;
Ont des propriétés uniformes et stables;
 Ne nuisent ni aux humains ni aux animaux;
On peut les mettre en évidence par des techniques de laboratoires simples.
Exemples-type: (Bacilles gram-, non sporulés, anaérobies facultatifs, fermentent la lactose au moins de 48h á 35°C)
- Escherichia coli, résident normal des intestins de l´homme et des animaux
- Klebsiella pneumoniae, coliforme aussi des voies intestinales humaines et animales. Se trouve également dans le sol,
léau et le blé
- Enterobacter aerogenes, coliforme de même distribution, se trouve aussi dans les produits laitiers.

7-Analyse et contrôle bactériologique des eaux :
►L’objectif de l’analyse bactériologique d’une eau n’est pas d’effectuer un inventaire de toutes les espèces
présentes, mais de rechercher soit celles qui sont susceptibles d’être pathogènes, soit celles qui sont indicatrices
de contamination fécales.
Une gamme complète d’analyses bactériologiques consiste á chercher :
Germes totaux à 22°C ; Germes totaux à 37°C ;
Coliformes totaux ; Coliformes fécaux ;
Streptocoques fécaux ; Staphylocoques aureus ;
Pseudomonas aeruginosa ;
Levures ; Moisissures.
Il est impératif de respecter les étapes suivantes:
 L´échantillon doit être représentatif du milieu ;
Eviter son contamination pendant et après le prélèvement;
Tester l´échantillon le plus rapidement possible
Entre le moment du prélèvement et du traitement, l´échantillon doit être
gardé á une T° entre 0° et 10°.
 Il est possible de procéder à l’identification des coliformes totaux de trois manières (APHA, AWWA
et WEF, 2012; Santé Canada, 2012) :
- Méthode qualitative présence/absence;
- Filtration sur membrane (méthode quantitative);
- Fermentation en tubes (méthode semi-quantitative).
La méthode présence/absence et la filtration sur membrane (FM) avec un milieu de culture à substrats
enzymatiques qui permettent la détection simultanée d’E. coli et des coliformes totaux sont les plus employées
actuellement.
Principe:
►L’échantillon d’eau à analyser est mélangé au milieu de culture solide préalablement fondu et
refroidi à une T proche de la T de solidification.
► Après incubation, les colonies qui se développent à la surface et à l’intérieur du milieu sont
comptées.
Les techniques déxamen bactériologiques courantes consistent en :
1. un décompte des colonies pour déterminer le nombre de bactéries présentes : après ensemencement de
l´échantillon sur milieux appropriés.
 Deux types de milieux de cultures qui peuvent être implanter en tubes ou en boites de Pétri ,
 Ils sont divers et varient selon le but de la culture, il est possible de placer les micro-organismes dans des
conditions optimales, ou tout à fait défavorables.
2. Lecture des résultats: les résultats sont exprimés en UFC/ml (Unité Formant colonie par millilitre), Il s'agit de
l'unité permettant de dénombrer les bactéries vivantes. Une UFC correspond à une colonie
Les résultats sont exprimés en nombre d'unités formant colonies (UFC) :
- par ml pour les micro-organismes aérobies à 37°C et à 22°C
- par 100 ml pour les coliformes à 37°C, les coliformes thermotolérants et les streptocoques
fécaux.

Les caractéristiques des milieux de culture se rapportant à la microbiologie:
- Milieu minimum (milieu défini) comportant les éléments chimiques strictement nécessaires à la
croissance bactérienne (glucose, K2HPO4, (NH4)2SO4, MgCl2, Fer, ou des sels de Cu, Zn, Co, Ni, B, Ti);
- Milieu empirique dont on ne connaît pas exactement la composition (cœur-cervelle, embryon de
poulet,…);
- Milieux sélectifs permettent uniquement la culture de certains genmes. Pour cela on ajoute des éléments
qui inhibent la croissance (antibiotiques, NaCl,…):
- Milieux enrichis contenant, outre les composants de base, des composants indispensables aux bactéries,
que celles-ci ne peuvent pas synthétiser (Gélose au sang frais, gélose Braid Parker –BP);
- Milieu de culture différentiel (indicateur) permet de distinguer deux types de microorganismes se
développant dans un même milieu. Les indicateurs colorés de pH ou d'oxydoréduction (tel que Rouge neutre,
Rouge de phénol, l´éosine ou Bleu de méthylène)
-Ex: Géloses CLED-BCP, EMB, MCK, MSA, SS, XLD,…etc.

2- Tests pour mettre en évidence des coliformes : utilisation de milieux sélectifs pour rechercher les coliformes
dans léau:
Inoculation en bouillon lactosé, ni gaz, ni acide ne sont produits dans une eau de bonne qualité;
filtration sur membrane stérile, les bactéries sont retenues. Le filtre est placé sur un tampon saturé dún milieu de
culture approprié (incubation dans boites de Pétrie). Cette techniques présente les avantages suivants:
- permet déxaminer une grande quantité déau;
- permet dóbtenir des résultats plus rapidement que la technique dínoculation en ML,
- permet d´évaluer quantitativement certains types bactériens tels les coliformes.

INTERPRÉTATION DES QUELQUES RÉSULTATS ET RÉSULTATS SOUHAITABLES:
Coliformes fécaux et entérocoques:
La présence de coliformes fécaux (E. coli) et des entérocoques dans l’eau met en évidence une pollution
d’origine fécale, humaine ou animale, et la présence possible de pathogènes entériques. Toute eau contenant
ces bactéries ne doit pas être consommée.
Quantité acceptable : <1 UFC/100 mL
Résultat hors normes : 1 UFC/100 mL.
Coliformes totaux: La présence de CT dans l’eau n’indique généralement pas une contamination d’origine
fécale ni un risque sanitaire mais plutôt une dégradation de la qualité bactérienne de l’eau. L’analyse des CT
permet d’obtenir de l’information sur la vulnérabilité possible d’une eau à la pollution. Dès que leur nombre
dépasse 10 UFC/100 mL, il faut procéder à une désinfection préventive.
Quantité acceptable : 10 UFC/100 mL
Résultat hors normes : >10 UFC/100 mL.
Colonies atypiques : La détection de la présence de colonies atypiques (colonies qui ne possèdent pas la
morphologie coloniale attendue-aspect et couleur) sur le milieu de culture employé. Si ces bactéries se
retrouvent en grand nombre (>200 UFC/100 mL), elles peuvent masquer la présence de CT.
Quantité acceptable : 200 UFC/100 mL
Résultat hors normes : >200 UFC/100 mL. (Procéder à la désinfection).
RECOMMANDATION:
De façon préventive Il est recommandé de faire analyser l’eau potable (provenant de puits, de lacs, de
rivières, sources, ruisseaux, etc) au moins une à deux fois par année soit au début du printemps et à
l’automne (abondance d’eau).

Des microorganismes autres que les coliformes sont rencontrés dans léau:
-Bactéries nuisibles dans les conduites déau, occasionnant des problèmes dódeur, de couleur et de gout.
Elles forment aussi des précipités insolubles empêchant la circulation de léau.
Exemple:
- Bactéries visqueuses,
- Bactéries ferrugineuses,
- Bactéries sulfureuses et
- Microalgues

8- Les biofilms bactériens :
Ont une grande importance en santé animale, en santé publique et en environnement aquatique:
Les biofilms bactériens sont des amas structurés de cellules bactériennes enrobées d’une matrice
polymérique et attachées à une surface. Le biofilm protège les bactéries et leur permet de survivre
dans des conditions environnementales hostiles,
La formation d’un biofilm se fait en cinq étapes selon un modèle bien établi:
étapes 1-2 : des bactéries planctoniques isolées évoluant librement dans un milieu liquide se fixent sur une surface
(adhésion réversible) et s’organisent en amas ;
étape 3 : les bactéries s’ancrent de façon irréversible sur la surface via des appendices cellulaires et les exopolymères
autoproduits ;
étape 4 : le biofilm arrive à maturation. Il acquiert alors une structure tridimensionnelle et des microenvironnements
s’instaurent en son sein ;
étape 5 : en fin de maturation, un certain nombre de cellules retournent à l’état planctonique et peuvent former plus
loin un nouveau biofilm.
Le biofilm est à lórigine de bioencrassement

(=biofouling) induisant la formation d'une
couche gênante d'êtres vivants sur une surface
artificielle en contact permanent ou fréquent
avec de l'eau.
►On estime que 80 % de la biomasse microbienne
de notre planète réside sous forme d’un biofilm..
► La présence de biofilms pourra avoir comme
effet d’interférer avec un traitement adéquat de
l’animal ou une désinfection efficace des surfaces.

III) Eléments de Virologie des eaux:
1- Définition:
 La virologie est une discipline de la microbiologie qui síntéresse a l´étude des VIRUS.
 Les Virus sont agents infectieux, tous parasites et potentiellement pathogènes. Ce sont des entités nucléo-
protéiques possédant un seul type d’acide nucléique (ARN ou ADN) (= 1 génome).
Se reproduisent par la cellule hôte à partir de leur propres matériel génétique, ils sont incapables de croître
et de se diviser sans infecter une cellule hôte (parasitisme intracellulaire absolu ).
Leur taille est ultra microscopique:
organisme Taille moyenne
Cellule animale ± 200 µm

Bactérie ± 2 µm
Virus ± 0,2 – 0,3 µm
Les dimensions de qlqs virus

pathogènes

2- Classification:
Le comité international de la nomenclature des virus a depuis 1976 classé les virus selon les critères suivants :
- Le type d'acide nucléique (ADN ou ARN) (+ ou -).
- La symétrie de la capside (icosaédrique ou hélicoïdale).
- La présence ou l'absence d'enveloppes (péplos).
- Le nombre des capsomères.
Nous pouvons distinguer :
►Virus à ARN : ►Virus à ADN :
+ ARN monocaténaire + ADN bicaténaire
+ ARN monocaténaire segmenté + ADN monocaténaire
+ ADN monocaténaire
+ ARN monocaténaire diploïde
+ ARN bicaténaire
Type de Exemples:
Virus
Virus a ADN Herpèsvirus (Herpesviridae); * Herpes simplex (HSV-1, HSV-2)
Enveloppés * Virus varicelle-zona (VZV); * Cytomégalovirus (CMV); * Herpèsvirus
humains (HHV-6, HHV-7, HHV-8) Hépadnavirus , * Virus de l’hépatite
B (HBV, VHB); Poxvirus (Poxviridae)
NUS Adénovirus (Adenoviridae); Papillomavirus (Papillomaviridae)
Polyomavirus (Polyomaviridae); Parvovirus (Parvoviridae)
Virus a ARN Orthomyxovirus (Orthomyxoviridae); * Virus grippaux (influenza)
Enveloppés Virus parainfluenza ; * Virus des oreillons; * Virus de la rougeole; *
Virus respiratoire syncytial (RSV) ; Coronavirus (Coronaviridae) ,
Rhabdovirus (Rhabdoviridae);* Virus de la rage Togavirus
(Togaviridae); * Virus de la rubéole, Flavivirus (Flaviviridae); * Virus
de l’hépatite C ; (Arénavirus (Arenaviridae) * Virus de la
chorioméningite, * Virus de la fièvre de Lassa Filovirus (Filoviridae)
* Virus Ebola; Hantavirus (famille des Bunyaviridae) Rétrovirus
(Retroviridae) , Virus delta ou de l’hépatite D (HDV) .
NUS Picornavirus (Picornaviridae), * Poliovirus, * Coxsackievirus
* Echovirus, * Virus de l’hépatite A , Calicivirus (Caliciviridae) ,
* Virus de l’hépatite E , Rotavirus (famille des Reoviridae)
3- Cycle viral et multiplication dans la cellule hôte :
Le cycle viral correspond a toutes les étapes
que doit subir un virus pour aboutir a la production
de nouvelles particules virales.
Tout virus a besoin dúne cellule hôte pour se
multiplier. Aucun virus ne peut se reproduire en
dehors de la cellule vivante.
►La multiplication virale est un phénomène

complexe au cours duquel le virus va détourner
la machinerie cellulaire à son profit. Les virus ne
peuvent pas se multiplier eux-mêmes.
 Ses principales étapes sont:
1- Attachement; 2-Pénétration; 3-Décapsidation;
4-Réplication (ADN ou ARN); 5-Multiplication;
6-Assemblage et maturation; 7- Libération des virus

4- La pollution virale des eaux usées, de surface et d'alimentation:
la pollution virale du milieu hydrique, concerne le cycle de contamination des eaux usées - eaux
superficielles - et des eaux d'alimentation.
►La mise en évidence des entérovirus, des virus des hépatites , des gastroentérites, des adénovirus et des
bactériophages , constitue la principale tâche des recherches systématique de la pollution virale en milieu
aquatique.
► L’évaluation de la contamination virale dans
le milieu aquatique est difficile et sujette à une
grande variabilité car elle dépend d’un certain
nombre de paramètres.

III) Eléments de la Mycoflore des eaux polluées :
1- Définition:
 Les champignons aquatiques sont microscopiques, unicellulaires, et relativement mal
connus bien que largement répandus. Le plus souvent sont formés de filaments plus ou
moins ramifiés, cloisonnés, ou non, en cellules, appelés mycélium
Sont des eucaryotes hétérotrophes, ils vivent soit sur les matières organiques en
décomposition provenant des cadavres ou des déjections des êtres vivants (Champignons
saprophytes), soit en parasites sur ou dans les corps des Animaux ou des Végétaux (Champignons parasites).
2- Principaux contaminants fongiques des eaux:

 La contamination de l’eau par de champignons microscopiques, sous
forme de levures et de champignons filamenteux, est considérée comme
n’étant pas un problème majeur de santé, néanmoins, de rares épidémies
identifiées à Aspergillus sp., Fusarium sp., ou Exophiala janselmei ainsi que
la fréquence des infections due à Pseudallescheria, sont là pour attester du
risque infectieux.
 La méthode pour les recherches dans l’eau n’est pas standardisée. Une
approche possible repose sur la filtration de l’eau froide étudiée, puis le
dépôt des filtres obtenus sur milieu gélosé et leur incubation à une T° voisine
de 30°C.
Les champignons peuvent interagir avec d’autres organismes, s’organiser en biofilms leur conférant une résistance
accrue aux traitements.
Agents pathogènes pathologies
Aspergillus spp. Mycose broncho-pulmonaire

A. fumigatus, A. niger Mycose des ongles, Otite, Granulome
Trichophyton spp. Mycose de la peau
Candida albicans Affections des membranes muqueuses

Candida Crusei (bouche)
Cryptococcus neoformans Poumons, Méningo-encephalite,
Documents Prof. Younès SAOUD Granulome,
IV) Microorganismes et Environnement:
1- Rôle dans les cycles biogéochimiques:
►Les bactéries ainsi que de nombreux champignons microscopiques jouent un rôle primordial dans le recyclage des éléments
chimiques (cycles biogéochimiques de C, N , P et S). Ces microorganismes décomposent et transforment dábord la matière
organique (cadavres et déchets) en matière minérale susceptibles de nourrir dáutre organismes.
►Les bactéries jouent le rôle díntermédiaire dans la circulation des éléments de provenance non biologique (eau, sol, air)
Cycle de Carbone:
Deux processus biologiques caractérisent ce cycle, la Photosynthèse et la
Respiration. La décomposition se fait par les microorganismes qui forment
deux groupes:
- les aérobies utilisant lÓ2 libre, produisent par respiration le CO2 et
- les anaérobies utilisant lÓ2 des molécules de la matière organique et
grâce á la fermentation produisent du CO2 et du méthane (CH4)
Cycle de lázote:
Le cycle biogéochimique de l'azote décrit la succession des modifications subies par les différentes formes de l‘azote (di-azote N2,
nitrate NO3-, nitrite NO2- et ammoniaque NH4+). Les composés organiques azotés subissent une décomposition microbienne
produisant de lámmoniaque (ammonification), de nitrate (nitrification) et de lázote (dénitrification).
Les bactéries impliquées: Azotobacter, Nitrobacter, Pseudomonas
denitrificans, Nitosomonas,… Cycle de lázote
Cycle du Soufre: Les principales étapes du cycle du soufre sont :
La minéralisation du soufre organique en une forme inorganique
(sulfure d’hydrogène (H2S).
L’oxydation du sulfure, du soufre élémentaire (S) et de ses
composés connexes en sulfates (SO42-).
- La réduction des sulfates en sulfures. &
- L’immobilisation microbienne des composés soufrés et leur
incorporation dans une forme organique.
Le SO2 et l'H2S proviennent de la minéralisation de la matière
organique selon le pH du milieu ou du métabolisme de certaines
bactéries
La fermentation sulfhydrique, anaérobie, transforme les composés

organiques soufrés en H2S (Chromatium) alors que d’autres bactéries,
aérobies, sont capables d’oxyder H2S (Thiobacillus, Beggiatoa ou
Thiothrix,..) pour former du soufre colloïdal puis éventuellement de
l’acide sulfurique. Desulfovibrio assure la reduction des sulfates
Cycle du Phosphore:
Le cycle du phosphore est unique parmi les cycles biogéochimiques majeurs car il ne possède pas de composante
gazeuse. Láction des bactéries (Eubacillus) et des champignons, concerne dans la transformation de phosphate
organique en phosphate inorganique. Cette conversion est souvent liée au pH.
les bactéries "phosphorisantes «

sont rares. Le phosphore circule
néanmoins dans les différents
compartiments lithosphériques, en
milieu aquatique et terrestre et
dans les réseaux trophiques-

2- Bactéries et Biomasse épuratrice des eaux:
 Les biomasses épuratrices qui se développent dans une boue activée ou sur un support quelconque (ex : biolite, support des lits
bactériens) sont composées d’un mélange intime de :
- micro-organismes vivants ou morts (bactéries et mycètes);
- débris végétaux et/ou minéraux ;
- colloïdes ;
-microfaune de quelques µm au mm, spécifique du site.
le dénombrement d’une population prélevée sur une
station boue activée en fonctionnement stable en aéra-
tion prolongée donne les ordres de grandeur suivants :
- métazoaires (rotifères – nématodes) : 1 à 5 · 105 ·L–1 ;
- protozoaires (flagelles , amibes et ciliés) : 107 ·L–1 ;
-bactéries (floculées, filamenteuses, dispersées) : 1012 ·L–1
Les genres les plus fréquents de bactéries floculantes

sont : Pseudomonas ; Actrobacter ; Arthrobacter ;
Alcaligenes ; Zooglea ; Citromonas ; Flaviobacterium &
Achromobacter.

2- Rôle des bactéries épuratrices des eaux:
► Quand survient une pollution organique dans les eaux douces, les microbes se multiplient, y trouvant une source de nourriture.
Loin de provoquer un déséquilibre, les bactéries travaillent á faire disparaitre la source de pollution (=Autoépuration) .
 Des bactéries spécifiques se chargent de dépolluer lèau contaminée.
-Bactéries dégradant la matière carbonée: sont des hétérotrophes, en anaérobiose produisant le CO2 et ou le CH4
Ex: Methanococcus, Methanobacillus, Methanobacterium.
-Bactéries nitrifiantes : sont des Autotrophes, aérobies produisant NO2- a partir de NH4+ et NO3- a partir de NO2-
DEx: Nitrosomonas sp et Nitrobacter
-Bactéries réduisant les nitrates: En anoxie, elles respirent sur les NO3- en fixant lÓ2 et libérant le N2 gazeux.
Ex: Paracoccus denitrificans et Thiobacillus denitrificans
-Bactéries déphosphatantes: La déphosphoration se fait par alternance de phases anaérobies / aérobies.. Des composes Poly-
phosphatés sont stockes dans les bactéries ce qui se traduit par un appauvrissement du milieu en P.
Ex: Acinetobacter
-Bactéries réduisant les sulfates: sont capables de réduire les SO4 – en H2S et HS
Ex: Desulfovibrio desulfuricans

IV) Introduction à la Parasitologie des eaux usées :
1/ Définition : PARASITOLOGIE : (parasite+logos) => science des parasites

Discipline biologique qui traite le parasitisme (relation parasite - hôte) en tant que mode de
vie au sein du monde vivant.
►Cette science s’occupe de l’étude morphologique et biologique des parasites

vivant
dans des eaux usées (EU) et des affections qu'ils entraînent ainsi que leur diagnostic, leur
prophylaxie et leur traitement.
►L'étude porte également sur les vecteurs (organismes responsables de la

transmission des parasites), les hôtes (organismes hébergeant les parasites) et les réservoirs
animaux des parasitoses.

 Le cycle est direct quand l’évolution du
parasite se déroule chez le même hôte (HD) ou
partiellement dans le milieu externe. Le parasite
dans ce cas est dit monoxène (= cycle monoxène)
qui peut être:
 - Court quand l’œuf ou la larve est directement
infestant sans passage obligatoire dans le milieu
extérieur.
 - Long quand l’œuf ou la larve doit subir un
développement extérieur avant de devenir
infestant.
Exemples: La grande majorité des protozoaires
parasites ont un cycle monoxène, c’est le cas des
sporozoaires, des amibiens des zooflagelés ,…

 Le parasitisme est dit latent, occulte ou inapparent quand le germe
est assez rare ou bien toléré par l’hôte.

 Chaque groupes de ces animaux parasites est aussi
Parasitose Agent étiologique subdivisé en d'autres sous catégories caractérisant la
Amibiase Amibes parasitose qui leur correspond, ainsi:
Ankylostomose Ankylostoma
► les Helminthiases : regroupent
Ascaridiose Ascaris
 - les Cestodoses : 1-Téniasis (T. saginata) ; 2-Téniasis (T.
Aspergillose Aspergillus solium) ; 3- Hydatidose ; 4-Echinococcose alvéolaire ; 5-
Bilharziose (Scistosomiase) Schistosoma
Hymenolepiase ; 6-Dipylidiose ; 7-Bothrio-cephalose.
 - les Trématodoses: 1-Fasciolose ; 2-Clonorchiase ; 3-
Coccidiose Coccidies Opisthorchiase ; 4- Paragonimose ; 5-Bilharziose rectale ;
6-Bilharziose urinaire ; 7-Bilharziose artérioso-veineuse.
Cryptococcose Cryptococcus
 - les Nématodoses : 1-Ascaridiose ; 2-Trichocéphalose ; 3-
Cryptosporidiose Cryptosporidies Oxyurose ; 4- Anisakiase ; 5-Toxocarose ; 6-
Dermatophytose Epidermophyton,…. Ankylostomose ; 7-Anguillulose ; 8- Dermatites rampantes ;
9- Trichinellose ; 10-Wuchereriose ; 11-Loase ; 12-
Fasciolose Fasciola Onchocercose ; 13- Dracunculose.
Helminthiase Helminthes ► les Protozooses : rassemblent
 1-Amibiase ; 2-Giardiose ; 3- Trichomonose ; 4-
Protozooses (certaines) Protozoaires (qlqs) Leishmanioses ; 5- Maladie du sommeil ; 6- Maladie de
Leishmaniose Leishmania Chagas ; 7- Balantidiose ; 8- Isosporose ; 9- Cyclosporose ;
Paludisme (Malaria) Plasmodium 10- Cryptosporidiose ; 11- Sarcocystose ; 12-
Toxoplasmose ; 13- Paludisme; 14- Pneumocystose.
Parasitose = d'origine hydrique
► les Mycoses : regroupent
 Dermatophytoses ; 2- Candidoses ; 3 -Cryptococcoses ; 4-
Pityriasis versicolor ; 5- Aspergilloses.

Tableau des principales maladies d'origine hydrique et leurs agents responsables
Maladies Agents
Origine bactérienne
Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes Salmonella
Dysenterie bacillaire Shigella
Choléra Vibrio cholera
Gastro-entérites aiguës et diarrhées Escherichia coli
Origine virale
Hépatites A et E Virus hépatite A et E
Poliomyélite Virus poliomyélitique
Gastro-entérites aiguës et diarrhées Entérovirus
Adénovirus
Origine parasitaire
Gastro-entérites Amibes, Balantidium, Giardia
, Cryptosporidium & certains
œufs d’helminthes

1- Les Protozoaires :
sont les protistes animaux (animaux unicellulaires), l'organisme est représenté par une cellule
totipotente capable de la reproduction, de la croissance et du maintient de l'être. Les protozoaires
parasites peuvent être groupés en 4 grandes classes se distinguant par leur mode de déplacement ou de
locomotion:
 1.1- Les Amibes:
Les plus dangereux sont les amibes provoquant
des amibiases. Elles appartiennent à la classe des
Rhizopodes (Amoebiens), sont des cellules
présentant des avancées cytoplasmiques dites
pseudopodes qui leur permettent de se déplacer
quand ils sont sous la forme végétative. Ces
mouvements amœboïdes sont liés à la présence de
protéines contractiles identiques à l'actine et à la
myosine qui forment des microfilaments.
 Les espèces qui peuvent parasiter l'homme
sont: Entamoeba histolytica ; Entamœba coli ;
Entamœba hartmani ; Endolimax nana ;
Dientamœba fragilis ; Entamœba gingivalis.
Entomoeba proteus/ Chaos diffluens
 Ces agents provoquent des dysenteries, des
hépatites amébiennes.

Entamoeba histolytica
Kyste Trophozoite

Trophozoite + prékyste Kystes
Balantidium coli

Trophozoïte Kyste Trophozoïte Kyste
Giardia intestinalis Chilomastix mesnili

Oocystes (forme de résistance) de Cryotosporidium muris par microscopie
Cryptosporidium sp., colorés par electroniqueà balayage
la technique de Ziehl Nielsen

FACTEUR ENKYSTEMENT DEKYSTEMENT
pH < 6,5 6,8 < pH < 8,6

Potentiel O/R Assez élevé (forte oxydation) Assez bas (forte réduction)
Température en °C Ө°< 10 ou Ө°> 20 10 < Ө° < 20
Éléments nutritifs Milieu pauvre Milieu riche
Minéralisation Elevée à forte faible

Adulte
Adulte (Ascaris) Œuf (Ascaris)

Eaux résiduaires et Helminthes:
 ►Les eaux usées contiennent également divers Helminthes parasites qui sont
représentés exclusivement par leurs œufs et rarement en forme larvaire.
 Les plus important sont les vers du tube digestif comme Ascaris lumbricoidea, les tenias
Taenia saginata, Trichuris richuira, Strongyloides stercolaris, les Ancylostomes :
Ancylostoma duodenale y Necator americanus et les Trématodes : Schistosoma hamatobium
ou S. mansoni, Fasciola hepatica, etc …..
 Les pathologies qu'ils engendrent correspondent aux diverses parasitoses signalées au
début.
 Les Helminthes comportent un cycle évolutif assez complexe et sont pour la plupart des
hétéroxènes (cycles indirects a 2 ou plusieurs hôtes) .
Ø de l’œuf Œuf à éperon Œuf à clapet Œuf sans éperon ni
(ex : Schictosome) (ex : Douve et clapet
Cestode)
Ø > 120 µm Eperon latéral : Trématodes Ex : Coque épaisse:
Ex : Schistosoma mansoni ; -Fasciola hepatica ; Ex : Cestodes (Taenia)
Eperon terminal: -Fasciolopsis; Coque mince:
Ex : Schistosoma -Gastrodicoides Ex : Nématodes
haematobium & (Strongyles)
S. intercalatum
Ø < 100 µm Ex : Schistosoma japonicum 70 <Ø < 100 µm Coque épaisse: Nématodes
(Trématodes) Ex: Paragonimus, Ex : Ascaris & Trichuris
Dibothriocephalus Coque mince: Nématodes
Ø ~ 30 µm Ex : Ancylostomes.
Ex: Dicrocoelium,
Clonorchis,
Opisthorchis.

Coque épaisse: Nématodes
Ex : Trichuris
Œufs de trichocéphale (Trichuris trichiura)

Coque épaisse:
Nématodes
Ex : Ascaris
Coque mince:
Nématodes
Ex : Ancylostomes
Œufs d'ascaris (Ascaris lumbricoides) Œufs d'Ankylostomes

(Ancylostoma duodenale, Necator americanus)

 Clés de distinction de l’œuf d’helminthes: Exemples des œufs de Trématodes
 Œuf ellipsoïde (Schistosomes)
  Présence de 2 bouchons polaires
 Paroi de l’œuf convexe : ………………………..Trichiuris dicolor. Oeufs
 Paroi de l’œuf aplatie : ………………………… Capillaria bovis.
  Absence de bouchon polaire Schistosoma mansoni

Schistosoma intercalatum
 Œuf operculé : 140-180x60µm, éperon
140-200x70µm, éperon
latéral
 Présence de 2 masses germinatives :………………...Dicrocoelium terminal
Schistososma japonicum,
laceolatum. Schistosoma haematobium
70-100x40µm, petit éperon
 Absence de masse germinative : ………………………… Néant ……... 140-170x40µm, éperon
latéral
terminal Oeufs
 Coloration jaunâtre : …………………………….. Fasciola hepatica.
 Coloration verdâtre : ……………………………..Paramphistomum
spp.

 Œuf non operculé :
 Coque épaisse :
 Présence d’1 cellule :………….. …………………Toxocara vitulorum.
 Présence d’1 larve : …………………………….. Gongylonema
pulchrum
 Coque mince :
 Présence d’1 larve : …………………….…………….. Strogyloïdes
papillosus
 Présence de blastomères :
 Œuf de Ø> 130µm : ………………………………. Nematodirus spp.
 Œuf de Ø <130 µm : ………………………..autres Strongyles
digestifs.

  Matériels et instruments :   Examens des échantillons préparés :
 Deux grandes catégories de parasites
- Centrifugeuse (mini-C, de 1200/ 2500
d’origine animale sont recherchées :
T/mn) ;
- Etuves (20-27°C & 30-37°C) et Agitateurs ;
 Les Protozoaires parasites qui peuvent
- Verreries courantes (Entonnoirs, Verres de
cœxister sous 2 formes : (i) forme
montre, Boites de petri à couvercle, tubes,
Trophozoïte et (ii) forme kystique;
lames et lamelles) ;
&
- Loupes binoculaires (Agrandissements de
x4 à x10) ;  Les Helminthes sont présents par leur
stade œufs essentiellement, mais la
- Microscopes photoniques et ou à
présence d’autres stades biologiques (larves
fluorescence à micromètre (Grossissement
cercaires et miracidium) peut également
objectifs de x10 à x 40) ;
décelé.
- Réactifs : Solutions de coloration ( iodo
iodorée, MF, MIF,…etc.)

 Léxamen microscopique ou sous la loupe est similaire a celui
de la coproscopie qui se fonde sur l'identification de parasites
adultes, de larves, d‘œufs ou d'autres formes de propagules,
sur la base de clés détermination ou de tests complémentaires.
Pour les œufs on utilise la cellule de comptage « Mac Master ».
Cette cellule de numération compte une lamelle couvre-objet
avec 2 grilles de numération (10×10 mm, divisées en 10 parties)
collées sur trois supports. La distance entre la plaque inférieure et
la lamelle: 1,5 mm. Cette approche convient
DocumentsauProf.
comptage des
Younès SAOUD
œufs de vers.
Cas des protozoaires :
Cas des helminthes:

Œuf de Fasciola Œuf embryonné de Métacercaires de
dans l’eau Fasciola (miracidium) Fasciola enkystés
dans l’eau sur plantes
aquatiques
Œuf en éclosion dans Œuf embryonné de

l’eau de Schistosoma Schistosoma (miracidium)

Le rejet liquide regroupe trois catégories de rejet n’incluant pas les eaux pluviales qui doivent
être séparées des eaux usées et des déchets solides
DMP

1/les eaux pluviales (E.P) :
Sont les eaux des pluies (précipitations) qui par leurs écoulements, ruissellements et les drainages, peuvent transporter
des charges organiques polluantes vers les milieux récepteurs
E.P en zone urbaine E.P en zone rurale
(mer, océans, rivières, lacs, lagunes, estuaires,…etc.). agricole
►La qualité de l'eau de pluie reflète celle de l'air. Elle a donc beaucoup MES (mg/l) = 5 - 1200 MES (mg/l) = 5-
évolué dans l'espace et dans le temps. DCO (mg/l) = 20 - 610 DCO (mg/l) =
►L'eau de pluie a des caractéristiques biochimiques assez proches
DBO (mg/l) = 1 - 173 DBO (mg/l) =
d'une eau potable et même biocompatibles sans aucun traitement.
►Néanmoins, il existe une relative contamination de l'eau de pluie au Phosphore total (mg/l) = Phosphore total (mg/l) =
0.02 – 7.3 0.1 - 0.65
contact de gaz (oxydes d’azote, de soufre), de particules souvent riches
Azote nitrique (mg/l) = Azote nitrique (mg/l) =
en matériaux lourds et des différents aérosols relâchés par les activités 0.03 - 5
humaines.). Une fois que l'eau de pluie a touché le sol, qu'elle ruisselle Azote total (mg/l) = Azote total (mg/l) =
sur les surfaces les réceptionnant, elle est alors dénommée eau pluviale. 0.3 – 7.5 0.5 – 6.5
Chlorures (mg/l)= 3 - 35 Chlorures (mg/l)=
L’eau de pluie filtrée est suffisante pour une utilisation industrielle
(lavage de surfaces ou de véhicules, refroidissement et démoulage), collective
(alimentation de blocs sanitaires, arrosage d’espaces verts) ou domestique Caractéristiques des eaux pluviales et de
ruissellement dans les zones urbaine et rurale
(usages non alimentaires et non corporels).
agricole
►Dans le cadre des usages domestiques, la quantité d'eau utilisée pour des usages non alimentaires et non corporels se répartit
comme suit : WC : 35 % ; Lessive : 15 % ; Jardin : 5 % ; Nettoyage : 3 %.
Il y a donc un réel potentiel de substitution de l'eau potable par de l'eau de pluie (stockée et filtrée) pour ces
usages.
 Séparation des réseaux "eaux usées eaux pluviales:
Les EP étant « propres », doivent clairement être séparées
des EU. Leur évacuation s’effectue directement dans le milieu naturel .
Généralement , cette séparation vise à protéger le milieu récepteur.

2/les eaux industrielles (E.I):
Les déchets et les effluents industriels définissent largement la qualité et le taux de pollution de ces eaux usées.
►Sont les plus dangereuses pour l'environnement et la santé. Leur composition est riche en produits
chimiques toxiques (détergents, fertilisants, pesticides, hydrocarbures, SOS,…).
►Les industries consomment beaucoup d'eau , Les volumes utilisés peuvent aller de +500 l/jr (agro-
alimentaire) jusqu’à +150000 l/jr (centrale nucléaire).
Les principales industries impliquées dans le rejets des eaux résiduaires sont: L’ agroalimentaire , Le
vinicole , La chimie , La cosmétologie , L’industrie automobile , L’industrie textile , La papeterie, La métallurgie, etc…
►On peut faire un classement des principaux rejets industriels suivant la nature des inconvénients qu’ils déversent :
Pollution due aux matières en suspension minérales (Lavage de

charbon, carrière, tamisage du sable et gravier, industries productrices d’engrais
phosphatés….) ;
 Pollution due aux matières en solution minérales (usine de décapage,
galvanisation…) ;
 Pollution due aux matières organiques et graisses (industries agro-
alimentaires, équarrissages, pâte à papier…) ;
 Pollution due aux rejets hydrocarbonés et chimiques divers (raffineries
de pétrole, porcherie, produits pharmaceutiques…..) ;
 Pollution due aux rejets toxiques (déchets radioactifs non traités,
effluents radioactifs des industrie nucléaires….).
Les eaux résiduaires d’origine industrielle ont généralement une composition

plus spécifique et directement liée au type d’industrie considérée.
 Composition des eaux usées
domestiques: Exemple: La pollution journalière produite par une
personne utilisant entre 150 et 200 litres d’eau
Elle varie dans l'espace (selon le milieu est évaluée à :
urbain ou rural) et dans le temps (selon les  de 70 à 90 grammes de matières en suspension
saisons ou les mois de l'année). Les eaux  de 60 à 70 grammes de matières organiques
résiduaires d'origine domestique sont
généralement constituées par:  de 15 à 17 grammes de matières azotées
 4 grammes de phosphore
1- La matière organique:
 plusieurs milliards de germes pour 100 ml:
Elle est aisément biodégradable (40-60% de
protéines, 25-50% des Carbohydrates, de 10% de - Bactéries fécales: les coliformes et les
lipides et des traces des autres composés). La streptocoques essentiellement
matière organique se rencontre sous forme de - Virus: les entérovirus, virus de l'hépatite,
carbone dissous (COD) ou particulaire (COP), Adénovirus,…
2- La fraction biologique:  Protozoaires : les Amibes, les Ciliés, les
Zooflagellés, les Sporozoaires (kystes ou
Elle est représentée par : trophozoites).
(1) des microorganismes (bactéries, virus,  Métazoaires: représentés par les Rotifères et les
champignons,…), ( œufs d’Helminthes,…. (œufs, pontes).
(2) des protozoaires (ciliés, flagellés,

Rhizopodes,…),
(3) des Rotifères (métazoaires de petite taille) et
(4) des vers (Helminthes, Némertiens,
Acanthocéphales,….).
Détails des procédés de traitement et d´épuration:
En fonction des usages qui sont faits de
l’eau pour les besoins agricoles, urbains
ou industriels et de la réglementation en
vigueur, plusieurs étapes de traitement
de l’eau peuvent être envisagées :
la filtration pour assurer lábattement

des particules solides
Les traitements spécifiques pour

l’abattement des pollutions non
biodégradables et des micro-polluants
persistants.
La clarification par membrane d’ultra-

filtration
l’affinage pour l´élimination des

matières dissoutes.
Les traitements combinés , combinant

plusieurs étapes dans un même ouvrage, du
traitement biologique à l’épuration par
membrane

N= A× X
P× V

■ La technique copie l’auto-épuration des étangs ou plans
d’eau peu profonds. Elle consiste en un lent écoulement de l’eau
dans un ou plusieurs réservoirs peu profonds, de l’ordre d’un mètre,
où prolifèrent naturellement des bactéries, algues et autres
organismes vivants. Ceux-ci se nourrissent des matières organiques
et des sels minéraux contenus dans ces eaux usées.
 Simultanément, le nombre des agents pathogènes tels que

certaines bactéries , virus et parasites , est considérablement
réduit, notamment en raison de la longue période de rétention
dans les réservoirs qui entraîne un dépôt par décantation
( sédimentation) puis leur mort.

Ce procédé nécessite énormément de place : environ 10 m2 par habitant.
Il est donc généralement réservé aux petites communes rurales disposant de beaucoup
d’espace et à certaines grandes communes situées dans des régions bien ensoleillées .
Estimation de rendement éliminatoire des station d’épuration par lagunage:
 Performance du lagunage :
La performance se mesure par calcul du rendement éliminatoire des bassins choisis :
Le calcul du rendement (R) se fait sur la différence entre la concentration entrant dans le bassin (concentration
d’affluent ( Ca) et la concentration sortant du bassin ( concentration d’effluent (Ce).
La formule la plus simple et la plus utilisée est:
aC e-C
R = _______ x 100
Ca
Si R> 70% le rendement est assez satisfaisant;

Si R< 70% le rendement est peu satisfaisant
Les meilleurs rendements sont pour R > 80% et les mauvais rendement sont pour R < 35%

Exemple:

Document Pr. Younes SAOUD
Aspect législatif:
Existe une réglementation qui autorise la réutilisation après traitement des eaux usées pour
l’irrigation des cultures. Mais cette possibilité reste peu mise en œuvre.
Les eaux usées traitées utilisables (EUT) en irrigation sont récupérées en sortie de station d’épuration, au lieu
d’être normalement restituées dans les cours d’eau. La réutilisation des eaux usées après traitement concerne
principalement l’irrigation de surfaces agricoles, mais également les espaces verts (terrains de golf notamment).
En fonction des niveaux de qualité des EUT, des contraintes d’usage, de distance vis-à-vis d’espaces sensibles et
de types de terrains sont imposées:
-La catégorie dont les normes associées
sont les plus exigeantes (catégorie A)
vise l’irrigation de cultures maraîchères
non transformées et l’arrosage d’espaces
verts ouverts au grand public (tels que
les golfs);
- La catégorie dont les normes associées
sont les moins exigeantes (catégorie D)
vise l’irrigation de forêts d’exploitation
avec un accès contrôlé du public.
- La catégorie B correspond aux cultures
maraichères, céréalières et fourragères
transformées, ainsi que l’horticulture.
La catégorie C autorise l’usage sur certaines cultures transformées que par irrigation localisée.

La définition de ces niveaux de qualité se fait au travers de programmes analytiques spécifiques
 Les normes considérées par la réglementation pour la qualité des EUT et leur réutilisation sont similaires à celles
utilisées dans les pays européens (France, Espagne, Italie)
A noter que l’utilisation des EUT implique pour l’exploitant que sur chaque parcelle irriguée il réalise une
analyse de sol tous les dix ans sur chaque point de référence. Ces analyses portent sur les éléments traces
(cadmium, chrome, cuivre, mercure, nickel, plomb zinc) et sur le pH.
►Les eaux usées sont employées pour des usages agricoles, industriels et urbains au lieu d'être
rejetées en rivière ou en mer (Tableau ci-dessous).
Formes de réutilisation Application
► Effets et conséquences de la réutilisation
Irrigation en agriculture Culture maraîchère, Arbre fruitiers
des EU épurées.
Cultures industrielles, Aquaculture
L’impact de la réutilisation des EU épurées est
variable et relatif dans l’espace et dans le temps. Utilisations industrielles Eau de refroidissement
Les EU traitées ne sont jamais épurées à 100%,.
Dans leur rejet persistent souvent des germes L'utilisation urbaine Irrigation de parcs, Ecoles, Golfs,
susceptibles d’être transmis à l’homme ou aux Résidences
Protection incendie,
animaux domestiques exposés.
Recyclage en immeuble
 Cependant leur réutilisation dans l’irrigation
des terres agricoles peut avoir: Activités récréatives Augmentation des cours d'eau pour le
- un effet fertilisant (cas où les rejets contiennent pèche, la natation
une charge organique relativement importante et Production de l'eau Production indirecte d'eau potable
riches en N et P ) et /ou potable
- une portée de contamination biologique, cas où
les rejets épurés effluents sont riches en germes microbiens et parasitaires.
 Les EU épurées pourraient constituer une bonne alternative pour l’irrigation des champs,
puisqu’elles peuvent contenir non seulement plus de nutriments ( N, P, K) que les eaux de la nappe
mais elles sont souvent moins salées.
L’impact de ces eaux, destinées à l’irrigation , sur la qualité chimique et microbiologique de la nappe d’eau
souterraine est fortement influencé par la pluviométrie et varie selon le site géographique considéré et la
saison.
 En France le C.S.H.P (Conseil Supérieur d’Hygiène Public). propose de retenir le risque para-
sitologiques comme le plus représentatif du risque infectieux lié à l'utilisation des eaux usées épurées
pour l'irrigation des cultures et l'arrosage des espaces verts.
contraintes bactériologiques et parasitologiques :
− œufs d'helminthes intestinaux : inférieur ou égal à 1 / litre;

− protozoaires (kyste/Trophozoites) : inférieur ou égal 20-50/ litre.
-coliformes thermotolérants (fécaux) : inférieur ou égal à 10 000 / litre.
Les causes exactes de la réduction du nombre de germes pathogènes (germes tests de

contamination fécales dans un lagunage sont encore mal connues).
 Plusieurs hypothèses sont avancées (facteurs favorables) :

- limitation du substrat; - température;
-temps de séjour élevé; - compétition d'espèces,
- prédation; - sédimentation avec les MES;
-limpidité des effluents; - hauteur d'eau;
-rôle germicide des rayons U.V. solaires; - insolation;
-écoulement dans les bassins

Microbioparasito - msIGEA 2021 22

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