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Sélection de souches de microalgues

Article · February 2012

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Simon Barnabé Réjean Tremblay

Université du Québec à Trois-Rivières Université du Québec à Rimouski UQAR
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BTD 12-4 Février 2012

bioproduits industriels
Sélection de souches
de microalgues

Source : Palmer, Mervin. 1962. Algae in water

Sommaire supplies: U.S. Department of Health, Education
and Welfare. #Pub.-216489.

1. Introduction

2. Problématique
2.1 Classification et propriétés des souches
1. Introduction
2.2 Disponibilité de collections
2.3 Information sur la productivité commerciale
des souches Les microalgues suscitent un intérêt
d’investissement mondial, car elles
3. Applications
permettent, entre autres, de générer une
3.1 Sélection d’une souche de microalgues
variété de produits à valeur ajoutée et des
3.2 Cas des biocarburants : le biodiésel biocarburants de troisième génération sans
3.3 Cas des produits à haute valeur ajoutée : entrer en compétition avec le marché des
les oméga-3 et oméga-6 produits alimentaires. Leur productivité
3.4 Cas de la phycoremédiation dépasse celle des plantes et leur production
peut s’effectuer à des emplacements peu
4. Perspectives
propices à l’agriculture. Leur utilisation est
5. Glossaire intéressante pour le marché des énergies
renouvelables, mais aussi pour le secteur
6. Références
de la phycoremédiation, comme processus
de séquestration du gaz carbonique face
à la problématique des gaz à effet de serre,
ou pour l'épuration des nutriments et des
métaux contenus dans les eaux usées.

L'innovation au profit
des bio-industries

www.cqvb.qc.ca

1. Introduction
Toutes les nouvelles applications potentielles des
microalgues dépendent d’une première étape primor-
diale : la sélection des souches. Les microalgues
sont très diversifiées, tant par leur forme (cellule
unique, en chaînes ou en groupes de cellules), que
par leur taille (entre 2 et 100 μm), leur composition
en pigments et autres composés cellulaires, le milieu
aquatique d’où elles proviennent (eaux douce,
saumâtre, marine, hypersaline) et leurs conditions
de culture (température, pH, disponibilité en nutri-
2. Problématique
La sélection de souches est un élément essentiel
dans l’élaboration d’un procédé de production de
microalgues pour obtenir une productivité maximale
du produit recherché. En effet, chaque espèce
possède une capacité de synthèse unique en matière
de produits dérivés et de quantité, la rendant plus
appropriée pour certaines applications. Afin d’assurer
des rendements stables et élevés en biomasse
microalgale ou en produits et coproduits dérivés,
un processus de sélection s’impose. Ce processus
est complexe, car les souches disponibles sont
abondantes, les produits synthétisés diffèrent entre
les espèces et leur capacité d’adaptation au milieu
est variable. Cette section présente les critères de
classification des microalgues, les espèces les plus
reconnues pour leur applicabilité dans divers marchés
et les différentes collections disponibles pour s’appro-
visionner. Il est également question de l’intérêt de se
doter d’une collection provinciale de microalgues qui
offre un service de recherche et développement (R-D)
bioproduits industriels
Retour au sommaire
ments). Des milliers de souches sont actuellement
disponibles, et la bioprospection des microalgues est
faite depuis une quarantaine d’années par plusieurs
groupes dans des environnements extrêmes ou
locaux (cours d’eau, eaux usées industrielles, etc.).
Ce BioTendance® discutera de cette étape importante,
en examinant plus particulièrement les microalgues,
qui sont très prometteuses en matière d’algocarbu-
rants et de produits à haute valeur ajoutée.
Note : les mots soulignés se trouvent dans le glossaire.
2
sur la sélection et le maintien de souches actives.
Ceci permettrait de soutenir le développement des
entreprises dans le domaine et l’intégration de la
production de microalgues à des infrastructures
existantes (p. ex. : stations de traitement des eaux
usées ou des industriels qui souhaitent se lancer dans
la production de microalgues de façon connexe).
2.1 Classification et propriétés des souches
Le nombre d’espèces de microalgues identifiées et
analysées s’élève à environ 30 000, mais une part
importante de la diversité réelle, estimée à plusieurs
millions, reste à découvrir. Les familles se distinguent
par leurs pigments photosynthétiques (couleurs),
leur réserve énergétique, leur paroi cellulaire, ainsi
que par de nombreuses caractéristiques structurales
(mode de groupement, morphologie, mobilité, patron
de division cellulaire) qui permettent de les identifier [1].
 bioproduits industriels
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2. Problématique

Dépendamment de la famille de microalgues, l’énergie
est accumulée sous diverses formes de réserve :
des polymères de glucose (amidon, chrysolamina-
rine, paramylon, etc.) ou des lipides. Les cellules
de microalgues contiennent essentiellement des
protéines (10-70 %), des carbohydrates (10-60 %),
des lipides (2-40 %) et des acides aminés dans des
proportions qui diffèrent selon les espèces et les
conditions de culture (Tableau 1). D’autres composés,
dont les pigments, les antioxydants, les vitamines,
sont déterminants pour la valeur globale de la biomasse.

Tableau 1. Composition de quelques espèces de microalgues comparées à certains aliments

Source Protéines Carbohydrates Lipides

Viande 43 1 34
Lait 26 38 28
Riz 8 77 2
Graine de soya 37 30 20
Chlamydomonas rheinhardii 48 17 21
Chlorella vulgaris 51–58 12–17 14–22 3
Dunaliella salina 57 32 6
Porphyridium cruentum 28–39 40–57 9–14
Scenedesmus obliquus 50–56 10–17 12–14
Spirulina maxima 60–71 13–16 6–7

Source : adapté de Richmond (2004) [1]

Les microalgues se diversifient également quant à
leur mode trophique : autotrophe, hétérotrophe ou
mixotrophe. Les microalgues autotrophes sont les
plus répandues. La culture hétérotrophe à partir de
sucres en biofermenteur est limitée par le coût de la
source de carbone qui est un obstacle majeur à la
commercialisation. La source de carbone sélectionnée
doit permettre la production commerciale de façon
soutenue, en qualité et en quantité, et sans dépendre
d’une autre production agricole ou industrielle dont
le prix sur le marché alimentaire pourrait en être
influencé (p. ex. : le sucre de canne). Seuls quelques
genres de microalgues peuvent croître dans ce
mode trophique, dont Chorella, Nitzschia, Cyclotella,
Tetraselmis, Crypthecodinium, Schizochitrium, etc.
Le genre Chlorella est particulièrement étudié pour
son applicabilité commerciale de production d’énergie
et de protéines alimentaires. Cette espèce a une
efficacité photosynthétique élevée, autour de 8 %, et
peut croître autant en autotrophie qu’en hétérotro-
phie [2]. Le coût d’une culture en hétérotrophie est
considéré comme étant 10 fois moindre que celui en
autotrophie. Ce type de culture élimine le problème
de la limitation en lumière ou de photoinhibition,
procure un meilleur contrôle de la culture et facilite la
séparation en raison de la plus forte densité cellulaire.
Actuellement, deux compagnies œuvrent dans le
domaine : Solazyme (États-Unis) et Fermentalg
(France). Finalement, les microalgues capables
de mixotrophie possèdent ces deux métabolismes

2. Problématique
(autotrophie et hétérotrophie), ce qui leur permet
une alternance de leurs sources d’énergie, selon la
disponibilité en lumière ou de carbone métabolisable
[3]. La sélection de la souche peut non seulement
avoir un impact sur le mode de production,
mais aussi sur les intrants, donc sur le coût de
production.
En autotrophie, la croissance microalgale est forte-
ment influencée par la pénétration d’une bande de
lumière dans la colonne d’eau, dont les longueurs
d’onde vont de 400 à 700 nm, soit la bande du bleu
Figure 1. Spectre de la lumière et radiation active de photosynthèse
Source : figure adaptée de Wikipédia (http://fr.wikipedia.org/wiki/Lumi%C3%A8re_visible)
Divers groupes de pigments existent, notamment
les chlorophylles (pigments verts), les caroténoïdes
(pigments jaunes ou oranges) et les phycobilines
(pigments bleus ou rouges). Les groupes de
pigments absorbent mieux certaines longueurs
d’onde. Présente chez l’ensemble des microalgues,
la chlorophylle absorbe bien les lumières bleues et
rouges, mais pas la lumière verte, ce qui explique la
bioproduits industriels
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au rouge (Figure 1). C’est la lumière utilisable, aussi
appelée radiation active de photosynthèse (RAP).
L'énergie lumineuse est fournie sous forme de photons,
dont le potentiel énergétique est inversement propor-
tionnel à la longueur d’onde. Ainsi, le photon de la
lumière bleue (400 nm) est plus énergétique que
celui de la lumière rouge (700 nm). Cela est détermi-
nant pour l’espèce cultivée en phototrophie, selon
les pigments qu’elle possède et qui lui permettent
de capter une certaine portion des photons du spectre
de lumière.
couleur des microalgues. La chlorophylle permet à
elle seule de capter 30 à 40 % de la RAP. Pour élargir
l’étendue du spectre utilisable, les microalgues ont
des pigments accessoires qui améliorent l’utilisation
de l’énergie lumineuse et qui leur confèrent une
couleur différente selon la combinaison de pigments
(Figure 2). Par ailleurs, chaque espèce possède un
optimum d’irradiance : un excès de lumière peut lui
 bioproduits industriels
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2. Problématique

être nuisible. Quand la lumière est trop intense, il y a Figure 2. Spectre d’absorption des différents pigments
photoinhibition; la chaîne de réaction de la photosyn-
thèse est bloquée momentanément, ce qui permet de
dissiper le surplus d'énergie et de réajuster l’assimi-
lation des photons à la capacité de métaboli­sation.
En fait, le rendement photosynthétique d’une espèce
varie selon la nature de ses pigments et leur quantité
relative. Une espèce peut ainsi être sélectionnée
en considérant la composition pigmentaire, afin de
maximiser, via le rendement photosynthétique, la
production de microalgues ou de produits [4].

Les principales familles taxonomiques retrouvées

dans les eaux du nord de l’Amérique sont : les
Chlorophyceae, Bacillariophyceae, Chrysophyceae,
Cryptophyceae, Dinophyceae, Euglenophyceae,
Eustimatophyceae, Haptophyceae, Prasinophyceae
5
et Cyanophyceae (Tableau 2). Source : figure adaptée de Williams (2010) [4]

Tableau 2. Caractéristiques des principales familles de microalgues

Quelques
Groupe Nom commun Réserve Pigments1, 2, 3 Paroie cellulaire représentants les
plus reconnus
Diatomées Crysolaminarine, Chla, c Frustule de silice Chaetoceros sp.; Cryp-
Lipides Caroténoïdes: tomonas sp.; Phaeo-
(fucoxantine, dactylum tricornutum;
Bacillariophyceae β-carotène) Thalassiosira pseudona-
na; Amphora sp.; Skele-
tonema sp.; Navicula sp.

Chrysolaminarine, Chla Cellulose Tribonema sp.

Xanthophyceae Mannitol, Caroténoïdes
— Glucose
(Tribophyceae)

Algues vertes Principalement Chla, b Cellulose, Écailles Dunaliella sp.; Hae-

l'amidon, Caroténoïdes matococcus pluvialis;
Lipides sous en condition Chlorella sp; Neochloris
certaines de stress oleoabundans; Botryo-
conditions (Xantophiles, coccus braunii; Chloro-
Chlorophyceae Carotènes) coccum sp.; Scenedes-
mus sp.; Stichococcus
sp.; Chlamydomonas
reinhardtii; Ankistrodes-
mus sp.

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2. Problématique

Tableau 2. Caractéristiques des principales familles de microalgues (suite)

Quelques
Groupe Nom commun Réserve Pigments1, 2, 3 Paroie cellulaire représentants les
plus reconnus
Algues dorées Chrysolaminarine Chla, c Diversifié:
Caroténoïdes Aucune, cel-
Chrysophyceae (fucoxantine, lulose, Lorica —
β-carotène) Écaille de silice,
Polysaccharidique

Cryptomonades Amidon Chla, c Périplast Chromonas salina;

Phycobilines: Rhodomonas salina;
Cryptophyceae (PC ou PE) Oocystis sp.; Chrypto-
monas sp.

Amidon Chlb, c Thèque, Écailles Tetraselmis suecica

Prasinophyceae —
Caroténoïdes

Inclus les cocco- Chrysolaminarine, Chla, c Écaille non Isochrysis galbana;

lithophoridées Lipides Caroténoïdes: silicieuses, Pavlova lutheri (ancien-
Prymnesiophyceae (fucoxanthin) emboitées dans nement Monochrysis
(Haptophyta) un mucilage et
parfois calcifié
lutheri); Pleurochrysis
sp.
6
(coccoliths)

Dinoflagellées Amidon, Chla, c Thèque, Plaque Crypthecodinium cohnii;

Lipides Caroténoïdes: de cellulose Amphidinium carteri;
Dinophyceae (peridinine) Gauniaulax sp.; Thraus-
(Pyrrophytes)
tochytrium sp.; Schizo-
chytrium sp.

Lipides Chla Polysaccharidique Nannochloropsis sp.;

Eustigmatophyceae — Caroténoïdes: Monodus subterraneus
(violaxanthin)

Algues rouge Amidon Chla Cellulose ou xylan Porphyridium cruentum

Rhodophyceae Phycobilines: et mucillage poly-
(PC, PE, APC) saccharidique

Euglénoïdes Paramylon, Chla, b Pellicule Euglena gracilis

Euglenophyceae Lipides

Bactéries pho- Amidon cyano- Chla Matrice de pep- Arthrospira platensis

tosynthétiques, phycéen Phycobilines: tidoglycane avec (spiruline)
Cyanophyceae Cyanobactéries (PC, PE, APC) une couche de
lipopolysaccharide

1. Les caroténoides sont classés en deux groupes : ceux qui ne contiennent que des hydrocarbures (carotènes: α-carotène,
β-carotène) et ceux qui contiennent des hydrocarbones oxygénés (xantophiles : astaxanthine, zeaxanthine,
canthaxantine, fucoxanthine, peridinine)
2. Les Phycobiline sont classés en trois groupes : PE= phycoerythrin (rouge); PC= Phycocyanine (Bleu); APC= Allophycocyanine
3. La chlorophylle (vert) est classée en trois types: Chl a (α), Chl b (β) et Chl c

Source : adapté de Richmond 2004 et Wehr, 2003 [1, 5]

 bioproduits industriels
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2. Problématique

Plus de 30 % de la production mondiale de micro- antioxydants et acides gras polyinsaturés

algues est destinée à l’alimentation animale et aqui-
cole. À l’exception d’Arthrospira platensis (spiruline),
peu d’espèces sont recherchées pour leur valorisation
sur le marché de l’alimentation humaine en raison du
contenu élevé en cellulose qui les rend difficilement
digestibles. Les autres marchés pour les microalgues
sont, entre autres, la cosmétique, la pharmaceutique,
la nutraceutique, les matières bioplastiques, les maté-
riaux composites, la chimie fine, la phycoremédiation
et les fertilisants. Les microalgues ont des applica-
tions industrielles diversifiées, car elles sont riches
en protéines, vitamines, sels minéraux, pigments,
à longues chaînes [1,6].
Plusieurs compagnies commercialisent des produits
dérivés des microalgues. La demande mondiale en
acides gras polyinsaturés et en caroténoïdes (astaxan-
thine, β-carotène, lutéine) représente un marché
important, actuellement très convoité par plusieurs
groupes et entreprises. Les microalgues d’intérêt
commercial sont, entre autres, Haematococcus
pluvialis (pigments et antioxydant-astaxanthine),
spiruline (protéine alimentaire, antioxydant),
Chlorella sp. (protéine alimentaire) et Dunaliella salina
(antioxydant-β-carotène) (Tableau 3).

Tableau 3. Compagnies commercialisant les microalgues sur divers marchés

Produits de synthèse
des microalgues
Microalgue Prix ($ US) Producteur 7
β-carotène Dunaliella 300–3 000/kg ƒƒ AquaCarotene (Washington, États-Unis)
ƒƒ Cognis Nutrition & Health (Australie)
ƒƒ Cyanotech (Hawaii, États-Unis)
ƒƒ Nikken Sohonsha Corporation (Japon)
ƒƒ Tianjin Lantai Biotechnology (Chine)
ƒƒ Parry Pharmaceuticals (Inde)
Astaxanthine Haematococcus 10 000/kg ƒƒ AlgaTechnologies (Israël)
ƒƒ Bioreal (Hawaii, États-Unis)
ƒƒ Cyanotech (Hawaii, États-Unis)
ƒƒ Mera Pharmaceuticals (Hawaii, États-Unis)
ƒƒ Parry Pharmaceuticals (Inde)
Cellule entière en Spirulina 50/kg ƒƒ BlueBiotech International GmbH (Allemagne)
supplément allimentaire Chlorella ƒƒ Cyanotech (Hawaii, États-Unis)
Chlamydomonas ƒƒ Earthrise Nutritionals (Californie, États-Unis)
ƒƒ Phycotransgenics (Ohio, États-Unis)
Cellule entière pour Tetraselmis 70/L ƒƒ Aquatic Eco-Systems (Floride, États-Unis)
l'aquaculture Nannochloropsis ƒƒ BlueBiotech International GmbH (Allemagne)
Isochrysis ƒƒ Coastal BioMarine (Connecticut, États-Unis)
Nitzschia ƒƒ Reed Mariculture (Californie, États-Unis)
Acides gras polyinsaturés Crypthecodinium 60/g ƒƒ BlueBiotech International GmbH (Allemagne)
(AGPI) Schizochytrium ƒƒ Spectra Stable Isotopes (Maryland, États-Unis)
ƒƒ Martek Biosciences (Maryland, États-Unis)
Biomasse ou lipides Botryococcus N/D ƒƒ Cellana (Hawaii, États-Unis)
en biocarburant Chlamydomonas ƒƒ GreenFuel Technologies (Massachusetts, États-Unis)
Chlorella ƒƒ LiveFuels, Inc. (Californie, États-Unis)
Dunaliella ƒƒ PetroAlgae (Floride, États-Unis)
Neochloris ƒƒ Sapphire Energy (Californie, États-Unis)
ƒƒ Solazyme, Inc. (Californie, États-Unis)
ƒƒ Solix Biofuels (Colorado, États-Unis)

Source : adapté de Rosenberg (2008) [7]

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2. Problématique

2.2 Disponibilité de collections

Des milliers d’espèces sont conservées dans des
collections à travers le monde. Il est possible de se
procurer des souches auprès de plusieurs collections
(Tableau 4). Il est également possible de sélectionner
les souches endémiques au lieu de production en
prélevant de l’eau en milieu naturel. Cette biopros-
pection permet de sélectionner des souches sauvages
ou des consortia de microalgues adaptées à un
milieu spécifique, souvent à des conditions extrêmes
ou toxiques. D’ailleurs, la robustesse des souches
sauvages face à des conditions climatiques, toxiques
ou extrêmes réduit les risques de contamination.

Tableau 4. Certaines collections de microalgues

Collection Pays

Alfred Wegener Institute (AWI) -Souches Antarctique- Allemagne

Algobank-Caen (Université de Caen) France
Australian National Algae Culture Collection (ANACC) Australie 8
Botryococcus Culture Collection (BCC) États-Unis
Canadian Center for Culture Collection (North East Pacific Culture Collection (NEPCC) et Collection de UBC) Canada
Canadian Phycological Culture Centre (CPCC, University of Toronto Culture Collection) Canada
Cawthron Institute Culture Collection of Micro-Algae (CICCM) Canada
Coimbra Culture Collection of Algae (ACOI) Portugal
Collection of the Goettingen University (SAG) Allemagne
CSIRO Collection of Living Microalgae (CCLM) Australie
CSIRO Collection of Living Microalgae (CCLM) Australie
Culture Collection of Algae at the University of Cologne (CCAC) Allemagne
Culture Collection of Algae at the University of Vienna (ASW) Autriche
Culture collection of algae de l'Université de Göttingen (SAG, Sammlung von Algenkulturen) Allemagne
Culture Collection of Algae of Charles University Prague (CAUP) République tchèque
Culture Collection of Autotrophic Organisms (CCALA) République tchèque
Culture Collection of Cryophilic Algae (CCCryo) Allemagne
Culture Collection of Microorganisms from Extreme Environments (CCMEE) États-Unis
Culture Collection of Algae & Protozoa (CCAP) Danemark
Dunaliella Culture Collection at Brooklyn College (DCCBC) États-Unis
Institute of Applied Microbiology (IAM) Japon
Marine Biotechnology Institute Culture collection (MBIC) Japon
Microbial Culture Collection at the National Institute for Environmental Studies (NIES Collection) Japon
National Center for Marine Algae and Microbiota (NCMA, anciennement le CCMP) États-Unis


2. Problématique
Tableau 4. Certaines collections de microalgues (suite)
Collection
National Institute for Environmental Studies (NIES)
NITE Biological Resource Center (NBRC)
Northeast Pacific Culture Collection (NEPCC)
Pasteur Culture Collection of Cyanobacteria (PCC)
Plymouth Culture Collection of Marine Algae (PLY)
Roscoff Culture Collection (RCC) –Souches Arctique–
Scandinavian Culture Collection of Algae and Protozoa (SCCAP)
University of Texas Algal Culture Collection (UTEX)
2.3 Information sur la productivité commerciale des souches
Plusieurs études ont permis de caractériser les
espèces de microalgues et d’étudier la variation
de leur composition cellulaire, de même que leur
productivité en fonction de divers paramètres de
culture. D’autres études ont caractérisé l’espèce du
point de vue de la génétique pour en identifier ses
gènes d’intérêt. Toutes ces études sont essentielles,
quoiqu’elles soient difficilement comparables entre
elles. En effet, les conditions, le système et le volume
de culture varient généralement d’une étude à
l’autre. Ces cultures sont le plus souvent effectuées
à l’échelle du laboratoire et donnent peu de rensei-
gnements sur la réponse de la microalgue à l’échelle
industrielle. Quoi qu’il en soit, ces études identifient
les espèces d’intérêt et servent à orienter le choix
des conditions de culture pour la mise à l’échelle
commerciale.
bioproduits industriels
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Pays
Japon
Japon
Canada
France
Danemark
France
Danemark
États-Unis
9
Au Québec et au Canada, il serait pertinent de se
doter d’un centre de recherche permettant de carac-
tériser les souches potentielles pour la production de
produits d’intérêt commercial. Ce centre permettrait
de conserver en banque des souches, leurs profils
biochimique et génétique, ainsi que des informations
sur leur productivité et les conditions de culture
optimales à l’échelle pilote. Ceci pourrait favoriser
l’investissement dans le domaine en fournissant des
renseignements pertinents aux entreprises et autres
groupes désireux de se lancer dans la production
de microalgues.
Le laboratoire Arizona Center for Algae
Technology and Innovation (AzCATI) a développé
une expertise sur la sélection de souches et valide
leur applicabilité industrielle sur divers systèmes de
production. Des vidéos du centre AzCATI, disponibles
sur leur site internet, présentent leurs installations.
 bioproduits industriels
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3. Applications

3.1 Sélection d’une souche de microalgues

Les souches disponibles sont nombreuses, et leur
choix dépend de plusieurs critères. Cette section
énumère et discute ces critères pour différentes appli-
cations. Le choix et la mise en culture d’une souche
de microalgues qui permettent à la fois d’obtenir un
taux de croissance satisfaisant et un contenu intéres-
sant sur le marché incarnent des critères essentiels.
La souche sélectionnée devrait posséder, autant que
possible, les caractéristiques suivantes :
1) productivité élevée de biomasse;
2) productivité élevée du produit valorisé;
3) capacité élevée de fixation du CO2,
en autotrophie;
4) capacité élevée d’utilisation de la lumière,
en autotrophie;
5) capacité d’utilisation d’une source de glucose
peu dispendieuse et largement disponible,
en hétérotrophie;
6) capacité de dominance sur les espèces
indigènes en système ouvert;
7) tolérance à une large gamme de température,
suivant les variations diurnes et saisonnières.
Pour le moment, aucune souche connue ne répond
à tous ces critères. Le choix d’une espèce se fait
d’abord en sélectionnant des espèces ayant un
taux de croissance cellulaire rapide, pour permettre
d’atteindre de fortes productivités en biomasse
(Tableau 5). Ensuite, selon le mode de culture et le
produit ciblé, d’autres critères entrent en considéra-
tion. La souche doit être résistante aux conditions de
cultures imposées et à la contamination, et capable
de synthétiser une quantité appréciable du produit
recherché. La sélection de la souche dépend des
produits et coproduits visés; par exemple, une espèce
fortement productrice de lipides est intéressante dans
un contexte de production de biodiésel. La souche
doit aussi être facile à récolter. L’étape de la récolte 10
est le goulot d’étranglement des procédés de produc-
tion d’algues à des fins énergétiques. La sélection
d’une souche pourra influencer les choix technologi-
ques pour sa production, la récolte de la biomasse
et le conditionnement de celle-ci pour en extraire
les produits à haute valeur ajoutée ou fabriquer
des biocarburants.

Tableau 5. Productivité de quelques espèces de microalgues [8]

Taux de croissance maximum (J-1) Temps de doublement (Jour)

Botryococcus branii 0,2 3,4
Chlamydomonas rheinhardii 3,8 0,2
Chlorella vulgaris 1,8 0,4
Dunaliella tertiolecta 3,5 0,2
Isochrysis galbana 2,0 0,3
Navicula muralis 2,6 0,3
Pleurochrysis carterae 0,7 1,1
Rhodomonas salina 0,6 1,2
Spirulina platensis 0,5 1,4
Thalassiosira pseudonana 2,5 0,3

3. Applications
Les recherches menées par le Laboratoire national
d'énergie renouvelable (NREL), aux États-Unis, via
son programme Aquatic Species Program (ASP), ont
permis d’identifier plus de 3000 espèces intéressantes
pour la production de biodiésel en étangs [9]. Les
espèces identifiées proviennent principalement des
familles des Chlorophyceae et des Bacillariophyceae.
Les espèces indigènes sont souvent les plus appro-
priées en système ouvert, car elles dominent en cas
de contamination par d’autres espèces et s’adaptent
plus facilement aux conditions du milieu. Certaines
microalgues qui produisent des toxines sont à éviter,
principalement des cyanobactéries et des dinofla-
gellés, dont Alexandrium spp., Pfiesteria piscicida,
Pseudo-nitzschia spp. qui sont répertoriées par
Richmond [1].
La sélection de souches doit également tenir compte
du système de culture utilisé. La production de
microalgues en autotrophie peut se faire avec diffé-
rents systèmes de culture, notamment en milieu
ouvert (bassin) ou fermé (photobioréacteur).
Le système ouvert est le plus ancien et le plus
simple des systèmes de culture. C’est une tech-
Figure 3. Bassins a) de Cyanotech Corporation à Hawaii et b) d’Earthrise Farms en Californie.
a)
Source : Habib, M.A.B.; Parvin, M.; Huntington, T.C.; Hasan, M.R. A review on culture, production and use of spirulina as food
for humans and feeds for domestic animals and fish. FAO Fisheries and Aquaculture Circular. No. 1034. Rome, FAO. 2008. 33p.
bioproduits industriels
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nologie durable, relativement facile à opérer, avec
une capacité de production élevée, nécessitant peu
d’investissement en infrastructure. Cyanotech
Corporation, à Hawaii, et Earthrise Farms, en
Californie, cultivent sur des superficies respectives
de 75 000 et 437 000 m2, avec des bassins de type
« piste de course » de 1000 à 5000 m2 (Figure 3).
La culture en système ouvert est relativement plus
économique, tant au niveau du coût en capital que
de l’entretien du système. Cependant, ces systèmes
sont affectés par la contamination microbienne, des
espèces indigènes qui supplantent l’espèce cultivée,
ou par des prédateurs (p. ex. : daphnies, copépodes,
rotifères, protozoaires) qui broutent une partie de
la biomasse [3]. En milieu ouvert, il est difficile de
maintenir une culture monospécifique, à moins qu’elle 11
ne soit produite en conditions sélectives peu favora-
bles à d’autres espèces : par exemple, la croissance
de spiruline en milieu très alcalin, Chlorella en milieu
riche en nutriments ou Dunaliella salina en milieu
hypersalin. Le bassin doit idéalement être couvert
pour protéger la culture de l’environnement externe
(précipitation, contamination, etc.) et permettre un
contrôle de la température en climat plus froid.
b)

3. Applications
Les systèmes fermés les plus connus sont les
photobioréacteurs (PBR) de diverses configurations.
Les PBR ont l’avantage de générer des productivités
optimales avec une concentration cellulaire élevée et
une uniformité dans la qualité du produit. Le système
permet la culture monospécifique d’une multitude
d’espèces, avec un faible risque de contamination.
Toutefois, la contamination dans ce système est
évitée en l’opérant de façon stérile, ce qui augmente
cependant son coût d’entretien. La production
est économiquement viable pour la génération de
produits à valeur ajoutée qui compensent le coût
d’investissement. Ces systèmes ont certains désa-
vantages importants (contrôle de la température,
diffusion du CO2, tendance des microalgues à adhérer
aux parois et surface requise) qui constituent un
problème pour la mise à l’échelle industrielle. Il est
également possible de coupler ces deux systèmes :
photobioréacteur et bassin. Les microalgues sont
d’abord cultivées en PBR pour obtenir des densités de
microalgues élevées. La culture est ensuite inoculée
en bassin, processus plus économique, permettant
aux microalgues de supplanter les espèces indési-
rables. Ce couplage permet d’atteindre des rende-
ments optimaux en plus d’avoir plusieurs unités de
production qui peuvent remettre sur pied une culture
en cas d’éventuels problèmes. Ce système hybride
apparaît comme l’option présentant le meilleur coût
de production.
Les microalgues de glace présentent également un
intérêt parce qu’elles sont adaptées à de faibles lumi-
nosités et de faibles températures; elles favorisent,
en de telles conditions, une allocation préférentielle
au stockage de lipides. Les microalgues de glace
ont une compo­sition biochimique et une allocation
photosynthétique intéressantes, mais leur taux de
croissance est nettement plus lent [10]. L’utilisation
bioproduits industriels
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de souches adaptées à ces conditions pourrait offrir
un potentiel à l’établissement de culture d’algues en
milieu nordique ou en période hivernale. L’Université
Laval détient plusieurs souches Arctique isolées,
dont les travaux de caractérisation sont en cours afin
d’établir le lien entre leur composition cellulaire et
leur génétique.
3.2 Cas des biocarburants : le biodiésel
L’augmentation du prix des carburants fossiles, l’épui-
sement des ressources pétrolières et les changements
climatiques dus aux émissions de gaz à effet de serre
accélèrent la R-D vers de nouvelles sources d'énergie
renouvelables et durables permettant d’éviter des
crises énergétiques ou environnementales.
12
Les microalgues permettent la génération de plusieurs
types de biocarburants. La conversion peut se faire
par des moyens chimiques, thermochimiques et biolo-
giques. Le rendement énergétique varie d’un biocar-
burant à l’autre et le choix de la conversion doit offrir
un bilan de production d’énergie positif. La conversion
chimique permet la production de biodiésel par
extraction des lipides, suivie d’une réaction de trans-
estérification. La conversion biologique de la biomasse
en énergie inclut la digestion anaérobie et la
fermentation. La conversion thermochimique de la
biomasse en énergie inclut la combustion directe,
la liquéfaction, la gazéification et la pyrolyse [1].
Selon la technique de conversion choisie, des lipides,
des carbohydrates (sucres) ou de la biomasse de
microalgues sont requis. Ceci oriente alors le choix de
l’espèce.
Critères de sélection de souches pour le biodiésel
Ce sont les lipides neutres, di- et triglycérides, qui
sont intéressants pour la production de biodiésel.
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3. Applications

Les espèces sont sélectionnées en fonction de leur la sélection d’espèces permet d’obtenir différentes
contenu en lipides neutres, mais également en propriétés de biocarburants. Les microalgues synthé-
fonction du profil lipidique de l’espèce. En effet, la tisent majoritairement des acides gras C14, C16 et
composition en acides gras des microalgues varie et C18. Ces lipides sont le plus souvent insaturés ou

Figure 4. Profil lipidique de différentes familles de microalgues [4]

13

mono-insaturés (Figure 4). Figure 5. Structure des chaînes

d’acides gras EPA et DHA [12]
3.3 Cas des produits à haute valeur ajoutée : les oméga-3
et oméga-6
 

Les acides gras polyinsaturés ω3 et ω6 sont dits essentiels.

N’étant pas synthétisés par l’organisme, ils doivent être assimilés
par l’alimentation ou en supplément. Ce sont des acides gras poly-
insaturés (AGPI), c'est-à-dire une chaîne de carbone sur laquelle
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3. Applications

se retrouvent plusieurs doubles liaisons (Figure 5). Tableau 6. Liste partielle de compagnies
en recherche, développement, production
ou distribution de AGPI ou produits
Le groupe des acides gras polyinsaturés ω3 comprend
contenant des AGPI [13]
principalement les acides : α-linolénique (ALA, 18:3
n-3), stéaridonique (SA, 18:4 n-3), eicosapentaé- Aventis S.A.
noïque (EPA, 20:5 n-3) et docosahexaénoïque (DHA,
22:6 n-3). Le groupe des acides gras polyinsaturés BASF A.G.
ω6 se compose des acides : linoléique (AL, 18:2 n-6),
Friesland Brands A.G.
γ-linolénique (GLA, 18:3 n-6), dihomo-γ-linolénique
(DGLA, 20:3 n-6) et arachidonique (AA, 20:4 n-6) Gist-brocades
[13]. Les acides gras EPA, DHA, GLA et AA. sont
particulièrement recherchés pour le marché de Heinz-Wattie's
l’alimentation humaine. Le tableau suivant présente
quelques compagnies qui commercialisent les AGPI Hoffmann-LaRoche A.G.

(Tableau 6). Les acides EPA et DHA, ayant 20 atomes

Jamieson
de carbone et plus, proviennent principalement de
sources marines [13]. Laboratorios Ordesa
14
Maarbarot
Critères de sélection de souches
pour les oméga-3 et oméga-6 Martek Inc.

Les microalgues à la base de la chaîne alimentaire Mead Johnson Nutritionals

marine sont les principales productrices d’EPA et
de DHA. Les microalgues d’eau douce sont, quant Nagase and Co.
à elles, riches en acides gras saturés ou mono-insa-
Nestle S.A.
turés avec généralement des concentrations élevées
en C16 et C18, dont l’ALA. Les espèces préférentielles
Novartis
sont celles ayant un contenu élevé en EPA ou DHA et
celles ayant une paroi cellulaire relativement facile Nutricia
à briser, permettant ainsi de libérer plus facilement
le contenu intracellu­laire. Le contenu en AGPI varie Nutrinova Celanese A.G.
entre les espèces, mais aussi avec les conditions du
Pronova
milieu (p. ex. : nutriments, lumière, température,
etc.), le système de culture et le mode de récolte Ross Products (Div of Abbott)
(discontinu, semi-continu, continu). Les paramètres
de culture doivent être optimisés pour obtenir les Suntory Ltd.
rendements les plus élevés que possible en AGPI
(Tableau 7). Walmart

Wyeth
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3. Applications

Tableau 7. Données du profil en AGPI de plusieurs espèces provenant de différentes études [12]

Rendement
Microalgue Système Mode récolte Mode trophique EPA (mg/l)
Amphidinium carterae — Batch Hétérotrophique 8,3

Isochrysis galbana Fermenteur Continu Photoautotrophique 7,2

Isochrysis galbana Fermenteur Continu Photoautotrophique 15,3

Isochrysis galbana Tube verre Semi-continu Photoautotrophique 4,6

Isochrysis galbana Fermenteur cylindrique Continu Photoautotrophique 23,8

Monodus subterraneus — Batch Photoautotrophique 96,3

Monodus subterraneus Erlenmeyer Continu Photoautotrophique 25,7

Monodus subterraneus Photobioreacteur plat Semi-continu Photoautotrophique 58,9

Nannochloropsis sp. Photobioreacteur tubulaire Continu Photoautotrophique 32,0

Navicula saprophila — Batch Mixotrophique 34,6

15
Nitzschia laevis — Perfusion Hétérotrophique 1112, 0

Nitzschia laevis Fermenteur Perfusion Hétérotrophique 174,6

Phaeodactylum tricornutum — Batch Photoautotrophique 131,0

Phaeodactylum tricornutum Tube verre, Batch Photoautotrophique 19,0

Phaeodactylum tricornutum Contenant verre Continu Photoautotrophique 25,1

Phaeodactylum tricornutum — Continu Photoautotrophique 100,9

Phaeodactylum tricornutum Tube verre Semi-continu Photoautotrophique 5,0

Phaeodactylum tricornutum Contenant verre Batch Mixotrophique 34,0

Phaeodactylum tricornutum — Batch Mixotrophique 356,4

Porphyridium cruentum Flasque Batch Photoautotrophique 3,6

L’EPA est généralement abondant chez les genres
Bacillariophyceae, Chlorophyceae, Cryptophyceae,
Chrysophyceae, Eustigmatophyceae et
Prymnesiophyceae. Les genres qui produisent du
DHA sont habituellement limités aux Dinophyceae et
aux hétérotrophes marins. Seules certaines espèces
produisent de l’EPA et synthétisent à la fois du DHA
en plus faibles proportions, soit les Cryptophyceae,
Prasinophyceae et Prymnesiophyceae [12, 14].
La quantité produite ainsi que le profil sont étroite-
ment liés aux conditions de culture, mais permettent
de faire une présélection d’espèces pour des essais
sur le système de culture à l’échelle pilote
(Tableau 8).
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3. Applications

Tableau 8. Données du profil en AGPI de plusieurs espèces provenant de diverses études [12]

AGPI (% acides gras totaux)

Microalgue
20:4 (AA) 20:5 (EPA) 22:6 (DHA)

Bacillariophyceae

Amphora coffeaformis 4,9 1,4 0,3

Chaetoceros sp. 3,0 16,7 0,8

Navicula incerta - 25,2 -

Navicula pelliculosa - 9,4 -

Navicula saprophila 2,7 16,0 -

Phaeodactylum tricornutum - 34,5 -

Skeletonema costatum - 29,2 -

Chlorophyceae

Chlorella minutissima 5,7 45,0 -

16
Cryptophyceae

Chromonas sp. - 12,0 6,6

Cryptomonas maculata 2,0 17,0 -

Cryptomonas sp. - 16,0 10,0

Rhodomonas sp. - 8,7 4,6

Chrysophyceae

Pavlova lutheri 1,0 19,0 -

Isochrysis galbana - 15,0 7,5

Eustigmatophyceae

Monodus subterraneus 4,7 32,9 -

Nannochloropsis salina 1,0 15,0 -

Nannochloropsis sp. - 35,0 -

Nannochloris sp. - 27,0 -

Prasinophyceae

Hetermastrix rotundra 1,0 28,0 7,0


3. Applications
3.4 Cas de la phycoremédiation
La combinaison d’une production de biodiésel
microalgal à un service de traitement environne-
mental d’eaux usées ou de rejet de CO2 industriel
offre un avantage économique considérable. Ces
rejets constituent une source d’approvisionnement
en éléments de croissance (nutriments et CO2) peu
coûteuse à intégrer dans une production à grande
échelle.
Traitement des eaux usées
La culture de microalgues nécessite une quantité
appréciable de nutriments, dont l'azote (N) et le
phosphore (P). Ces nutriments peuvent être fournis
sous forme d’engrais, mais le coût associé est
notable. L’utilisation de nutriments (NO3-, NH4+, PO43-)
provenant d’eaux usées ou de lisier de porc permet
la réduction du coût de production et l’établissement
d’un service de traitement des eaux riches en nutri-
ments. Cela permet, entre autres, une réduction de
l’eutrophisation des habitats aquatiques liée au rejet
de nutriments dans l’environnement. Les microalgues
ont également la capacité de capter les métaux et
de permettre la décontamination de certains métaux
nuisibles dans l’environnement [1]. La valorisation
des microalgues issues de la phycoremédiation est
toutefois limitée à certains marchés.
Traitement des émissions de gaz industriels
Le réchauffement global et les émissions croissantes
de CO2 issus d’activités humaines constituent une
préoccupation environnementale majeure. La combi-
naison de la biofixation du CO2 et de la valorisation de
la biomasse en biocarburant constitue un potentiel de
développement prometteur pour la technologie. Cela
permet également de générer un marché de crédits
de carbone pour les pays qui légifèrent la réduction
des émissions de gaz à effet de serre (GES). Les
émissions de gaz industriels ont généralement un
contenu en CO2 autour de 2 à 15 %. Cette concen-
bioproduits industriels
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tration est suffisante pour soutenir une production
industrielle de microalgues, alors que la concentration
atmosphérique, autour de 0,03 à 0,06 % (v/v), est
insuffisante à cette échelle. Une concentration très
élevée en CO2 dans le milieu de culture induit cepen-
dant un changement métabolique chez les microal-
gues, qui présentent alors une moindre affinité pour
le CO2 [15]. La concentration élevée en CO2 acidifie
également le milieu, et le pH influence les formes de
carbone et de nutriments disponibles. Par ailleurs,
les émissions de gaz industriels peuvent générer des
oxydes d’azote (NOx) et de soufre (SOx) qui inhibent
la croissance de la plupart des espèces de microal-
gues. La concentration en SOx est plus dommageable
que celle des NOx, qui peuvent être utilisés comme
source d’azote [16].
17
Critères de sélection de souches
pour la phycoremédiation
L’utilisation du CO2 des industries et des nutriments
résiduels des eaux usées rend la production de
microalgues économiquement plus viable. L’espèce
cultivée doit être adaptée à la contrainte du milieu
de culture. Plusieurs contraintes d'utilisation directe
des émissions industrielles de CO2 et des eaux usées
imposent une pression de sélection sur les espèces
de microalgues tolérantes à ce type de conditions
sévères. Dans le cas des émissions de gaz industriels,
les microalgues peuvent être exposées à des concen-
trations élevées en CO2, à la présence de NOx et de
SOx, à de faibles pH et à des températures élevées
de culture. Dans le cas de l’utilisation des eaux usées,
les microalgues peuvent soutenir des concentrations
élevées en nutriments et la présence de composés
inhibiteurs de croissance. Chlorella vulgaris et
Scenedesmus sp. sont des espèces qui atteignent des
productivités intéressantes, allant jusqu’à 10 % de
CO2, et sont utilisées pour le traitement des eaux usées.
 bioproduits industriels
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4. Perspectives

Le domaine des microalgues suscite actuellement un
intérêt d’investissement mondial, et l’avancement
des technologies est rapide. En ce moment, le coût
de production est élevé, et cela oriente le développe-
ment vers les marchés de produits à valeur ajoutée.
Le développement des marchés se fait également
en valorisant la totalité de la biomasse, couplant par
exemple la production d’ω3 et la transformation de la
biomasse résiduelle en bioénergie. Le développement
du domaine des produits à haute valeur ajoutée à
partir de microalgues peut compenser l’investisse-
ment, et des alternatives menant à la réduction des
frais d’exploitation des systèmes sont possibles.
L’expertise développée permet de se positionner pour
le développement d’une source d’énergie durable à
partir des biocarburants de troisième génération.
Au Québec, plusieurs souches sont disponibles, mais
aucune consolidation n’est encore faite pour favoriser
l’utilisation de ces souches et développer leurs appli-
cations potentielles. Les entrepreneurs-investisseurs
et les industriels désireux de se lancer dans la
production de microalgues ne savent pas quelle
souche sélectionner, ni s’ils doivent faire leur propre
bioprospection. Il serait pertinent de former un
groupe offrant un soutien aux entreprises et pouvant
rendre disponible l’information requise pour déve-
lopper ce domaine. Il serait d’autant plus intéressant
de regrouper dans un réseau l’expertise québécoise
sur la sélection de souches dans les universités
(UQAR, UQTR, UL, UdeM) avec celle existante dans
les PME (Alga Genius, Alga-Labs, Nutrocean, etc),
et d’y impliquer des centres collégiaux de transfert
technologique pour accélérer le développement de
bioprocédés industriels à base de microalgues. Cela
permettrait de consolider les efforts de bioprospection
et de sélection de souches, ainsi que de faire de
la R-D à l’échelle pilote sur les souches et sur les 18
conditions appropriées aux secteurs émergents du
domaine. Les souches seraient ainsi caractérisées et
conservées en collection pour les rendre disponibles
aux industriels intéressés.

5. Glossaire

Autotrophes : microalgues capables de synthétiser sa matière organique par photosynthèse à partir du carbone
inorganique (CO2), de la lumière (énergie des photons) et de nutriments (ions nitrate, phosphate, etc.).

Hétérotrophes : microalgues incapables de synthétiser sa propre matière organique et qui nécessitent un apport en
carbone organique (p. ex. : glucose, acétate, glycérol, fructose, sucrose, lactose, galactose et mannose) comme source
d’énergie métabolisable.

Cyanophyceae : bactérie procaryote photosynthétique incluse dans les microalgues eucaryotes en raison de quelques
similitudes morphologiques communes.

Phycoremédiation : bioremédiation effectuée au moyen d’algues.


6. Références
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BTD 12-4 Février 2012

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Reproduction non autorisée

Direction et coordination : Rédaction :

Michel Lachance, Viviane Bélair

Directeur-Bioproduits industriels, Biologiste marine avec maîtrise en chimie, UQAR et UL
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Collaborateurs à la rédaction :

Simon Barnabé et Kokou Adjallé, Université du Québec à Trois-Rivières

Réjean Tremblay, ISMER, Université du Québec à Rimouski

Pour information :

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