Amélioration des plantes

Amélioration des plantes allogames

La structure génétique des populations allogames est différente des
populations autogames.

La sélection des plantes individuelles n’est pratiquement pas utilisée dans la

création variétale chez les plantes allogames dont les variétés peuvent être
hautement hétérozygotes.

On distingue 2 groupes majeurs de variétés chez les plantes allogames:

1. Variétés à pollinisation libres constituées de populations améliorées ou non.

2. Variétés à pollinisation contrôlée est constituée de variétés hybrides et de
variétés synthétiques.
1. Sélection massale
Plus utilisée pour l’amélioration des plantes allogames que pour
l’amélioration des plantes autogames. Elle est à l’origine de développement
de variétés de maïs.
Principe
Les plantes phénotypiquement supérieurs sont récolées au sein d’une
population hétérogène et des quantités égales de semences, à partir de
chaque plante choisie, sont mélangées.
Le processus est répétés tant que la population présente une variabilité et
amélioration du caractère en question.
 L’évaluation et la sélection sont basés sur le phénotype.
 Les descendances à partir des plantes sélectionnées sont utilisées en
Bulk.
Inconvénients de la sélection massale

•Le non contrôle du parent mâle.

•Les données sont collectés sur des populations allogames pour lesquelles
la dépression de consanguinité est très importante.
•L’évaluation est souvent subjective.
•La variabilité du sol

•Parcelles quadrillées (Gardner) de 40 plantes et sélectionner 10%

(meilleurs)  diminuer la variance et augmenter l’héritabilité.
2. Sélection récurrente
C’est la méthode de sélection généralement utilisée pour les caractères à
hérédité quantitatives. Cette méthode vise à augmenter la fréquence des
gènes favorables dans une population.

Exemple
On considère 3 gènes favorables avec les fréquences correspondantes:
Fréq. A= 0,1 Fréq. B = 0,2 Fréq. C = 0,3
La fréquence du génotypes AABBCC est: 0,12 x 0,22 x 0,32 = 0,000036
La taille de la population à analyser pour avoir un ce génotype avec une
probabilité de 0,90 est:
N = log(1-0,9)/log(1-0,000036) = 63960 plantes
Si on souhaite augmenter ces valeurs à:
Fréq. A= 0,6 Fréq. B = 0,7 Fréq. C = 0,8
La fréquence du génotypes AABBCC sera: 0,62 x 0,72 x 0,82 = 0,113
La taille de la population à analyser pour avoir un ce génotype avec une
probabilité de 0,90 est:
N = log(1-0,9)/log(1-0,113) = 20 plantes

Principe
Elle se base sur une sélection cyclique dont chaque cycle est constitué de
deux phases:
1. Sélection des génotypes possédant des gènes favorables.
2. Intercroisement entre les génotypes sélectionnés (différentes
combinaisons).
Réponse à la sélection récurrente du pourcentage d’huile dans une population de
maïs (cycle 0: population d’origine). P: moyenne de la population, P’: moyenne des dix
meilleurs épis choisis comme parents pour le cycle suivant (Sprague et al, 1952)
• La moyenne de la population s’améliore après chaque cycle de sélection.
• Chaque cycle dure 2 ans.
• Elle se base sur le phénotype.
• Cette méthode est efficace uniquement pour les caractères hautement
héritables.
• C’est une extension de la sélection massale.
2.1. Sélection récurrente phénotypique

Principe
● La 1ère année consiste à choisir des plantes et à les autoféconder,
● La 2ème année consiste à faire des croissements dans différentes
combinaisons entre les descendances des plantes autofécondées en 1ère
année.
● Chaque cycle de sélection dure 2 ans.

• Cette méthode est efficace uniquement pour les caractères hautement

héritables.
• Elle se base sur le phénotype,
• C’est une extension de la sélection massale.
Année 1 O O O O O O O O
O O ʘ O O O ʘ O Sélection et autofécondation (S0)
ʘ O O ʘ O ʘ O O Dans la population source
O ʘ O O O O ʘ O

Année 2 O O O O O O O
O O O O O O O Intercroisement des S1
O O O O O O O
O O O O O O O

Bulk
Idem que Année 1
Année 3
Idem que Année 2
Année 4
2.2. Sélection récurrente génotypique
2.2.1. Sélection par la méthode épi-ligne
Principe
● À partir d’une population (population source), des plantes
phénotypiquement supérieurs sont choisies et les épis sont récoltés
séparément.
● La semence de chaque épi est divisé en 2 lots; le 1er est numéroté et
conservé comme réserve de semence et le 2ème est semé épi/ligne.
● Les observations sont faites sur chaque ligne, les lignes supérieurs sont
identifiées. Les réserves de semence à partir des épi qui ont donné les
meilleurs lignes sont alors mélangés et semées en Bulk et le processus
est répété.
● Un cycle dure 2 ans.
Réponse à la sélection pour la teneur en protéines dans une population de maïs (moyenne ajustée)
TE: sélection pour une teneur élevée; TF: sélection pour une teneur faible. La sélection a été faite pendant 70 générations avec
l’utilisation de la méthode épi-ligne pendant les 28 premières générations. (D’après Dudley, 1974).
 2.2.2. Sélection par la méthode épi-ligne modifiée

Principe

● À partir d’une population source on choisit un certain nombre

d’individus (300 à 400). Les semences de chaque individu constitue une
famille de demi-frères.
● Une partie de la semence de chaque famille et mise à côté puis mélangée
pour constituer un seul lot.
● Le reste est gardé séparément et semé épi par ligne dans différentes
environnements (3 à 4).
● Dans l’un d’eux, entre tous les quatre lignes adjacentes (castrées) on
sème deux lignes provenant du mélange de semences de toutes les
familles. (2 lignes sources de pollen).
● On choisit un certain nombre d’individus dans chaque famille castrée.
● On identifie les meilleures familles en se basant sur les données
collectées dans tous les environnements. Les individus supérieurs
provenant des meilleurs familles (castrés) sont retenues pour le cycle
suivant.

• Un cycle dure 2 ans.

• La méthode est rapide
• Elle est plus efficace que les autres méthodes (massale, récurrente φ, épi
ligne) pour les caractères plus complexes car elle tient compte de
l’environnement et le Progeny test.
• Difficile à mettre en œuvre pour la majorité des espèces (limitée au
maïs).
 2.2.3. Sélection récurrente pour l’aptitude à la combinaison

Définition

Aptitude Générale à la Combinaison (AGC): La moyenne d’une souche

dans une série de croisement (Allard).
Aptitude Spécifique à la Combinaison (ASC): La déviation par rapport à la
performance prévue sur la base de l’AGC.

Pour un croisement entre A et B, la performance est:

XAB = X + GA + GB + SAB
(X: moyenne générale, GA et GB : les AGC des parents A et B, SAB:
l’interaction spécifique pour le croisement entre A et B, elle représente
l’ASC pour A et B.
Année 1 S0 x T S0 x T S0 x T S0 x T S0 x T

Année 2 S1 S1 S1

Année 3

BULK

Année 4 Même chose qu’en année 1

 O O O O O O O O
Année 1 O O ʘ O O O ʘ O Sélection et auofécondations
Dans la population source
ʘ O O ʘ O ʘ O O
O ʘ O O O O ʘ O

O O O O O O O
Année 2 O O O O O O O Intercroisement
O O O O O O O
O O O O O O O

Bulk
 2.2.4. Sélection récurrente réciproque

Proposée par Comstock, Robinson et Harvey en 1949. Elle consiste à sélectionner en

même temps pour l’AGC et L’ASC. Deux populations A et B hétérozygotes et
génétiquement très distinctes son utilisées selon le protocole suivant:
Année 1
Semer deux populations A et B séparément. Un certain nombre de plantes de la population A choisies,
autofécondées et, en même temps, croisées à un échantillon de plantes prises au hasard de la population B.
Année 2
Conduire deux essais comparatifs (un pour A et un pour B) des descendances des croisements faits dans
l’année 1. Les essais sont semis épi/ligne. Garder les semences d’autofécondation (S1) comme réserve de
semences. Identifier les meilleurs lignes dans les deux essais.
Année 3
Semer les semences S1 issues des plantes qui ont produits les meilleurs hybrides dans l’année 2. Dans
chaque population (A et B), faire le max possible d’intercroisements entre les différentes descendances S1.
Année 4
Mélanger les semences hybrides des intercroiseements de l’année 3. Chaque population est gardée
séparément de l’autre. Refaire la même chose que dans l’année 1.
 A B
O O O O O O O O O ʘ O O ʘ O O ʘ
O O ʘ O O O ʘ O O O O O O O O O
ʘ O O ʘ O ʘ O O ʘ O O O O ʘ O O
O ʘ O O O O ʘ O O O O ʘ O O O ʘ

O O O O O O O O O O O O
O O O O O O O O O O O O
O O O O O O O O O O O O
O O O O O O O O O O O O
● ● ● ● ● ●

O O O O O O
O O O O O O
O O O O O O
O O O O O O
3. Variétés hybrides
Définition
Un hybride est la première génération (F1) d’un croisement de deux
génotypes différents qu’ils soient des inbreds, des populations, des clones.

Principe
La production d’hybrides passe par 4 étapes:
1. Le développement des inbreds;
2. Le test des inbreds pour l’aptitude à la combinaison;
3. Le croisement des inbreds pour le développement d’hybrides simples
(HS), hybrides 3 voies (H3V), et hybrides doubles (HD);
4. Test puis le choix des meilleurs hybrides.
 3.1. Développement des inbreds

Population source
O O O O O O O O
O O ʘ O O O ʘ O
S0
ʘ O O ʘ O ʘ O O
O ʘ O O O O ʘ O

O O ʘ O O ʘ ʘ
O O ʘ O O ʘ ʘ
S1 (1 à 3 familles)
O O ʘ O O ʘ ʘ
O O ʘ
O O O ʘ ʘ

S5 à S7 Biotique/abiotique
 3.2. Test des inbreds pour l’aptitude à la combinaison

Hybride simple: ASC (inbreds croisés avec un testeur à base génétique

étroite (ex: inbred).
Hybrides 3 Voies ou Hybrides Doubles: AGC (inbreds croisés avec un
testeur à base génétique large (ex: population hétérozygote).

3.3. Développement des hybrides simples

 Croisement diallèle entre les inbreds retenus (2 à 2).

Inbreds A, B, C et D  AxB, AxC, AxD, BxC, BxD, CxD. Hybrides simples
n(n-1)/2
 Essais préliminaires de rendement dans 1 à 4 environnements
 Essais avancés de rendement dans 4 à 10 environnements
 Essais finaux dans plusieurs environnements
 3.4. Développement des hybrides 3 voies et doubles
Les inbreds sont développés après test pour l’AGC et la prédiction de la
performance est faite sur la base des hybrides simples:
• (AxB)xC est faite sur la base de AxC et BxC
• (AxB)x(CxD) sur la base de AxC, AxD , BxC et BxD
Si on dispose de n inbreds on peut produire:

n inbreds 10
n(n-1)/2 hybrides simples 45
n(n-1)(n-2)/2 hybrides 3 voies 360
n(n-1)(n-2)(n-3)/8 hybrides doubles 630
3. Variétés synthétiques
Définition
Une variété synthétique est une population (ou variété) artificielle,
synthétisée par le sélectionneur à partir d’un certain nombre de
composantes (parents).
Composantes: inbreds, clones , populations ... etc.
Conditions:
• Avoir une bonne AGC
• Être maintenu en cas de besoin
• Être disponible au champs au moment de la création de variété
synthétique (chaque composante à la même chance d’être croisée).
 Procédure:
1. Choix des parents potentiels
2. Test des parents pour l’AGC
3. Prédiction de la performance des synthétiques
4. Formation et test des variétés synthétiques prometteuses.

3.1. Avantages des variétés synthétiques sur les variétés hybrides

1. Une alternance à court terme
2. Difficulté de contrôle des croisements à l’échelle commerciale
3. Stabilité de la performance à cause de la variabilité des parents
4. Faible degrés d’inbreeding
5. Coût relativement faible
6. La présence d’un niveau faible de l’ASC par rapport à l’AGC.
 3.2. Estimation de la performance des variétés synthétiques
Paramètres à définir
1. Nombre de parents
2. Quels parents choisir
3. Prédiction de la performance de la variété.

Composantes Syn-0 Composantes Syn-1 Composantes Syn-2

≠ combinaisons Parcelle isollée (éq: F2)
(éq: F1)

Wright a développé la formule: F2 = F1 – (F1-P)/2

Où F1: performance moyenne de tous les croisements possibles
P: performance moyenne de tous les parents
n : le nombre de parents (varie entre 5 et 10).
À partir de n parents on peut produire: 2n – (n+1) variétés synthétiques

(F1-P)/2 est la perte due à la dépression de consanguinité.