1.

Contexte et objectifs de l’étude :

Contexte

Cette étude porte sur la composition taxonomique de la tribu Arvicanthini, qui comprend
actuellement 18 genres. La plupart de ces genres sont africains, à l’exception de Golunda,
qui est le seul représentant asiatique. La composition de cette tribu a varié considérablement
depuis sa création par Misonne (1969). Une étude récente, basée sur la morphologie et la
génétique moléculaire, a permis de clarifier la composition de la tribu au niveau des genres.
Les espèces sont regroupées en deux complexes géographiquement séparés par la Cross
River. Le complexe d’espèces trivirgatus, limité à la forêt guinéenne et à l’ouest du Nigeria,
est composé de deux espèces : H. trivirgatus et H. planifrons. Le complexe d’espèces
univittatus, restreint au bloc forestier congolais, comprend quatre espèces : H. univittatus,
H. badius, H. lunaris et H. basilii.

Il s’agit donc, d’utiliser les implications taxonomiques pour évaluer la monophylie du genre
Hybomys à l’aide des séquences d’ADN ou des données morphologiques.

Objectifs :

• tester la monophylie du genre Hybomys

• évaluer l’état taxonomique de plusieurs espèces.

2. Méthodologie

Echantillonnage des taxons

 Échantillons inclus :
o Sept spécimens de Hybomys (un spécimen par espèce) ont été inclus dans les
analyses phylogénétiques finales.
o Cela comprenait cinq des six espèces actuellement reconnues du genre.
o Les deux espèces H. rufocanus et H. eisentrauti ont été considérées comme
des synonymes de H. univittatus et H. badius.

Amplification et séquençage de l’ADN

Dans cette étude, les chercheurs ont séquencé le gène cytochrome b (cyt b) complet ainsi que
des parties de l’exon 1 du gène Interphotoreceptor Banding Protein (IRBP) et de l’exon 10
du gène du récepteur de l’hormone de croissance (GHR) pour tous les spécimens de
Hybomys. Ils ont extrait l’ADN génomique en utilisant la méthode du CTAB (bromure de
cetylméthylammonium). Les séquences ont ensuite été amplifiées par PCR en utilisant des
amorces spécifiques pour chaque gène. Le processus de PCR comprenait une dénaturation
initiale, suivi de cycles de dénaturation, d’hybridation d’amorces et d’extension. Les détails
sur les amorces et les longueurs des amplicons PCR sont disponibles dans le tableau 3. En fin
de compte, cette approche a permis d’obtenir des informations génétiques essentielles pour
l’étude phylogénétique et taxonomique des Hybomys.

Analyse phylogénétique

 Alignement des séquences : Les séquences génétiques ont été alignées à l’aide des
logiciels BioEdit et Clustal W.
 Arbre génétique du gène cytochrome b (cyt b) : Un arbre phylogénétique a été
construit pour vérifier la monophylie des espèces de Hybomys. Les spécimens
analysés comprenaient plusieurs individus de différentes espèces.
 Sélection des spécimens : Seuls un spécimen par espèce a été retenu pour les analyses
finales, car l’objectif principal était la phylogénie du genre Hybomys.
 Reconstructions phylogénétiques finales : Elles ont été réalisées à partir des données
mitochondriales et nucléaires. Aucun conflit entre les différentes topologies n’a été
observé.
 Méthodes d’inférence : Les méthodes d’inférence bayésienne et du maximum de
vraisemblance ont été utilisées pour explorer les relations phylogénétiques.
 Sélection des modèles : Le logiciel Partition Finder 2 a été utilisé pour choisir les
modèles de substitution en fonction du critère d’information bayésien (BIC).
 Paramètres du modèle : Les paramètres du modèle ont été définis en fonction des
résultats de Partition Finder 2.

Distances génétiques :
 Calcul des distances génétiques : Les distances génétiques entre toutes les espèces de
Hybomys ont été calculées pour le gène cytochrome b (cyt b) en utilisant le logiciel
PAUP version 4.0b10 (Swofford, 1993).
 Variabilité intra-spécifique : Pour tenir compte de la variabilité intra-spécifique dans
les analyses de distances génétiques, autant de spécimens que possible ont été inclus
dans ces analyses. Les spécimens analysés comprenaient des individus de différentes
espèces de Hybomys (par exemple, H. badius, H. eisentrauti, H. lunaris, H. rufocanus,
H. univittatus, H. planifrons, H. trivirgatus).

3. Les principaux résultats :

 Taille de l’ensemble de données :

o L’ensemble de données final comprenait 37 espèces.
o Il était constitué de 3 264 caractères nucléotidiques.
o Ces caractères représentaient 1 140, 1 202 et 922 paires de bases pour les
gènes cytochrome b (cyt b), IRBP et GHR, respectivement.
 Concordance des topologies d’arbres :
o Les arbres phylogénétiques obtenus par maximum de vraisemblance (ML) et
inférence bayésienne (BI) sont hautement congruents.
o La tribu Arvicanthini est fortement soutenue et est le groupe frère de la tribu
Otomyini.
o Le clade regroupant Pelomys, Mylomys, Rhabdomys, Desmomys,
Lamottemys, Lemniscomys et Arvicanthis est également fortement soutenu.
o Le clade regroupant Lemniscomys et Arvicanthis est bien soutenu.
o Le clade englobant Mylomys et Pelomys est bien soutenu.
 Groupe bien soutenu des genres :
o Les genres Hybomys, Dephomys et Stochomys forment un groupe bien
soutenu.
 Monophylie du genre Hybomys :
o Le genre Hybomys n’est pas monophylétique.
o Les membres du complexe d’espèces univittatus (H. lunaris, H. univittatus, H.
badius, H. rufocanus et H. eisentrauti) sont regroupés avec un clade
comprenant Dephomys et Stochomys.
o Les deux représentants du complexe d’espèces trivirgatus (H. trivirgatus et H.
planifrons) sont regroupés avec une position basale.
o Des relations sœurs sont observées au sein du complexe d’espèces univittatus
entre H. eisentrauti et H. rufocanus, entre H. badius, H. rufocanus et H.
eisentrauti, ainsi qu’entre H. univittatus, H. badius, H. rufocanus et H.
eisentrauti.
o Hybomys lunaris occupe une position basale au sein du complexe d’espèces
univittatus.