Biochimie

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Biochimie
Reprsentation tridimensionnelle de la neuraminidase. Les
coordonnes des atomes ont t obtenues par Diffractomtrie
de rayons X sur un cristal de la protine.
La biochimie est la discipline
scientifique qui tudie les ractions
chimiques ayant lieu au sein des
cellules.
Le terme a t cr en 1903 par
Carl Neuberg d'aprs la racine
grecque
(biochmeia)
[rf.ncessaire]
On
distingue plusieurs grandes
subdivisions de cette discipline :
l'nergtique, production d'nergie
par la cellule ; l'enzymologie ou
tude des catalyseurs biologiques ;
le mtabolisme, divis en
anabolisme, ractions de synthse
des molcules et catabolisme,
ractions de dgradation des
molcules. Ces grands groupes se
subdivisent ensuite en des domaines
de plus en plus spcialiss. Par
exemple, l'enzymologie moderne
tche de relier la structure
tridimensionnelle d'une protine
avec sa fonction. La biochimie, tout
comme la chimie, dtaille aussi les
raisons de la ractivit des
molcules.
Les principales catgories de molcules tudies en biochimie sont les glucides, les lipides,
les protines et les acides nucliques. Ces molcules sont constitues principalement de
carbone, d'hydrogne, d'oxygne et d'azote. Ces classes de molcules reprsentent les
lments fondamentaux de l'dification et du fonctionnement de la cellule, divises en deux
groupes, les macrolments, et les microlments (aussi appels oligolments),
c'est--dire l'or, le fer, le zinc existant l'tat de trace dans notre organisme.
L'un des buts ultimes de la biochimie est d'intgrer les donnes obtenues l'chelle
molculaire un niveau de complexit suprieur, celui de la cellule. Il existe toutefois deux
divisions entre la molcule et la cellule : la premire est aborde par la chimie
supramolculaire, qui tudie les assemblages de macromolcules (comme le ribosome ou
les interactions enzymatiques au sein d'une voie mtabolique) et les proprits mergentes
; la seconde s'occupe de la biochimie des organelles, comme la mitochondrie ou le
chloroplaste, entits supramolculaires existant l'intrieur des cellules complexes.
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mergence de la biochimie
Justus von Liebig
Louis Pasteur
Melvin Calvin
L'ide que l'activit de la "matire vivante" provienne de
ractions chimiques est relativement ancienne (Raumur,
Spallanzani, etc.). La synthse de l'ure, ralise en 1828 par
le chimiste allemand Friedrich Whler, en sera une des
confirmations les plus dcisives ralises au XIX
e
sicle.
Avant cette date, on considrait que la substance prsente
dans les organismes prsentait des particularits propres au
vivant (thorie du vitalisme ou des humeurs hrite des
Grecs anciens Aristote, Gallien ou Hippocrate).
Un autre Allemand, Justus von Liebig sera le promoteur
d'une nouvelle science, la biochimie, qui sera un domaine
d'illustration pour plusieurs de ses compatriotes jusqu' la
seconde guerre mondiale. Parmi les plus clbres on
retiendra Hermann Emil Fischer (la clbre projection de
Fischer des glucides), Eduard Buchner (biochimie de la
fermentation) et Richard Willsttter (mcanisme des
ractions enzymatiques).
Ds lors l'exploration de la cellule connat un nouvel essor
mais on s'intressera plus particulirement ses
constituants chimiques et la faon dont ils ragissent entre
eux afin de raliser un mtabolisme au niveau cellulaire.
Aprs les travaux de Louis Pasteur, la recherche va se porter
dans les substances intervenant dans les fermentations et les
digestions (les ferments solubles). Antoine Bchamp les
nommera en 1864 "zymases" mais on prfrera utiliser le
nom d'enzymes introduit ds 1878 par Wilhelm Khne.
Les autres composants attirant l'attention sont des molcules
"albuminodes" nommes protines depuis 1838. Celles-ci
sont considres comme des agrgats de petites molcules
l'origine de l'tat collodal du hyaloplasme de la cellule.
Selon Friedrich Engels elles sont la manifestation mme de
la vie (Dialectique de la nature, 1835); cela suscite ds lors
une attitude vitaliste qui en France sera dfendue par mile
Duclaux. Cependant, ds 1920, une autre interprtation
s'impose avec la mise en vidence de la nature molculaire
des protines par Hermann Staudinger. Ce nouveau statut
est accompagn de caractristiques structurales qui
conduisent de nouvelles interprtations fonctionnelles,
certaines protines pouvant tre des enzymes, comme Victor
Henri l'avait pressenti ds 1903.
Otto Warburg met en place la chimie cellulaire et met le
microrespiromtre la disposition des chercheurs. Cet
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appareil va aider le Hongrois Albert Szent-Gyrgyi puis l'Allemand Hans Adolf Krebs
lucider le mcanisme de la respiration cellulaire. Il est dmontr alors que le gaz
carbonique produit cette occasion est le rsultat d'une srie de ractions biochimiques
effectues l'aide d'enzymes spcifiques, le Cycle de Krebs. On tablit aussi que toutes les
cellules tirent leur nergie d'une mme molcule, l'adnosine triphosphate ou ATP,
dcouverte en 1929 par Karl Lohmann.
Au dbut des annes 1940, Albert Claude montre que la synthse de l'ATP se droule au
niveau de la membrane interne des mitochondries. Dans le mme temps, le britannique
Peter Mitchell explique le mcanisme de cette raction, qui s'accompagne de formation
d'eau.
L'tude des thylakodes dans les chloroplastes des vgtaux chlorophylliens permet de
comprendre progressivement le mcanisme de la photosynthse. En 1932, Robert Emerson
reconnat une phase lumineuse et une phase obscure et en 1937 Archibald Vivian Hill
dmontre que la production d'oxygne caractristique de la photosynthse rsulte de la
photolyse (dcomposition chimique par la lumire) de l'eau. Enfin partir de 1947, Melvin
Calvin dcrit la fabrication des substances carbones partir du dioxyde de carbone
absorb, c'est le Cycle de Calvin.
En 1951, Erwin Chargaff montre que la molcule d'ADN, connue depuis 1869, est
essentiellement prsente au niveau des chromosomes. On remarque aussi qu'il y a autant
d'adnine que de thymine, de guanine que de cytosine. Le jeune James Dewey Watson et
Francis Harry Compton Crick vont publier la structure en double hlice de l'ADN dans la
revue Nature le 25 avril 1953. Ils se basent sur les images en diffraction des rayons X
obtenues par Maurice Wilkins et Rosalind Elsie Franklin.
Toutes ces dcouvertes sont le prlude une meilleure comprhension molculaire de la
vie et de nombreuses autres avances mdicales et biologiques.
Apparition des techniques de biochimie
C'est en 1929 que Theodor Svedberg l'ide de soumettre le matriel cellulaire une
centrifugation pousse (ultracentrifugation) afin d'isoler les diffrents constituants des
cellules. En 1906, le botaniste Mikhal Tswett met au point la chromatographie, technique
permettant de sparer les biomolcules. La technique d'lectrophorse a t dveloppe en
1930 par Arne Wilhelm Tiselius, elle permet la sparation des biomolcules charges sous
l'effet d'un champ lectrique. Le biochimiste britannique Frederick Sanger dveloppa en
1955 une nouvelle mthode pour analyser la structure molculaire des protines (squence
d'acides amins) et montra qu'une molcule d'insuline contenait deux chanes peptidiques,
relies ensemble par deux ponts disulfure.
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Colonnes de chromatographie (1950)
lectrophorse sur gel (2004)
Biomolcules
L'eau
L'eau est l'lment primordial de la
vie.
L'eau est le constituant principal des tres vivants.
Chez l'tre humain cette molcule reprsente de 55
75% de la masse corporelle (mais varie selon la
croissance et l'environnement). Certaines des
caractristiques de l'eau font d'elle une molcule
remarquable, aux particularits qui ont permis la vie
sur Terre de se dvelopper. Ces caractristiques sont
surtout lies sa nature dipolaire.
L'eau a une force de cohsion leve grce aux
liaisons hydrogne, ce qui rend cette matire difficile
vaporer (temprature d'bullition particulirement
leve pour une molcule de cette masse molaire). Cela permet une importante phase
liquide d'exister aux tempratures connues sur Terre, phase liquide indispensable la vie
telle que nous la connaissons.
De mme, ses proprits de solvant "doux" permettent un trs grand nombre de
ractions biochimiques de se produire. L'eau est particulirement un excellent solvant
pour les soluts polaires ou ioniques. L'eau est en effet capable d'entourer et de sparer
les particules charges en formant des sphres de solvatation.
L'eau peut former des liaisons hydrogne avec certains atomes composant les
biomolcules (la liaison hydrogne avec l'acide carboxylique des lipides explique la tte
hydrophile des lipides, les liaisons hydrogne ont une influence sur la structure spatiale
des protines).
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L'eau se dissocie naturellement en ion oxonium (ou hydronium) H
3
O
+
et ion hydroxyde
OH
-
.
Le pH de l'eau varie donc en fonction du rapport entre ces deux ions, cette proprit
influant fortement sur des molcules telles que les enzymes. Certaines enzymes digestives
agissent dans l'estomac (au pH acide proche de 2) et sont inactives dans l'intestin (au pH
basique proche de 8) [exemple : le Coca a un pH de 4 et le citron de 3].
L'eau est implique dans la plupart des ractions biochimiques, car c'est le solvant
principal et essentiel pour que ces ractions aient lieu.
Enfin elle est fortement utilise en biochimie pour faire des dilutions et obtenir des
solutions avec certaines particularits (solutions tampon).
On peut aussi signaler l'importance de l'eau pour la vie dans son aspect gnral :
Le fait que la densit de l'eau soit plus grande l'tat liquide que solide, proprit
commune avec le bismuth, a une consquence remarquable : la glace flotte sur l'eau ! En
rgle gnrale, la densit l'tat liquide est plus faible qu' l'tat solide pour les autres
corps).
De surcrot, le fait que la densit de l'eau soit maximale 4C fait que la temprature au
fond d'un lac ne peut pas descendre en-dessous de 4C (sauf cas extrmes). Cela permet
la vie aquatique de survivre aux priodes glaces, car l'eau reste liquide sous son
manteau de glace isolante.
Par ailleurs, sa tension superficielle particulirement leve permet le phnomne de
capillarit, qui permet, entre autres, aux plantes de pousser et de nombreux tres
vivants de se dplacer sur la surface de l'eau.
Les glucides (hydrates de carbone)
Cristaux de saccharose ou sucre de
table, le plus familier des glucides.
Les glucides ou sucres sont des composs
polyfonctionnels qui ont pour formule globale C
n
(H
2
O)
n
,
d'o leur nom d'hydrates de carbone.
Les sucres, plus correctement appels oses, jouent un
rle majeur dans le mtabolisme nergtique, c'est
dire la production d'nergie chimique qui sera utilise
au cours des ractions d'anabolisme. Ils sont galement
trs importants dans d'autres processus mtaboliques
tels que la synthse d'acides nucliques, les processus
d'hydroxylation et la synthse de crbrosides et de
glycoprotines. Les glucides interviennent aussi dans le
transfert des cations dans l'intestin et dans des mcanismes de dtoxification tels que la
glycuroconjugaison, l'excrtion d'ammoniac et l'puration de l'hydrogne.
Chez les bactries, ils sont une partie importante de la membrane externe appele paroi.
Chez certaines bactries, les lipides tant en quantit ngligeable, l'assemblage de ces oses
donne le peptidoglycane rsistant l'alcool. Chez d'autres, ils sont conjugus des lipides,
formant les lipopolysaccharides, ou LPS. Ils sont responsables des ractions immunitaires
d'un organisme lorsque celui-ci est expos une entre bactrienne. Ils jouent aussi un rle
important comme dterminant antignique la surface des cellules eucaryotes. Ils
dterminent les groupes sanguins et sont une part importante du complexe majeur
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d'histocompatibilit, ou CMH.
Classification des glucides
Par nombre de rsidus
Les molcules de glucides simples sont appels oses ou monosaccharides (par exemple
glucose, fructose et galactose).
Les glucides composs de deux rsidus sont des diholosides ou disaccharides
(saccharose, lactose). Il existe des enchanements de plus de deux oses.
Les oligosaccharides comprennent au plus dix rsidus de monosaccharides et les
polysaccharides, plus de dix. Les polysaccharides sont donc des polymres de plusieurs
units osidiques et jouent un rle important dans le stockage de l'nergie (amidon,
glycogne) ainsi que dans la structure des tissus vgtaux (cellulose, chitine).
Par groupement chimique
Parmi les glucides on distingue les aldoses et les ctoses :
les aldoses sont composs d'une chane d'alcools secondaires ayant une extrmit un
alcool primaire et un aldhyde l'autre extrmit. Ces derniers prsentent une
nantiomrie (sries L et D).
Les ctoses possdent une fonction ctone dans leurs chanes, les autres carbones tant
porteur d'une fonction alcool primaire ou secondaire selon la position.
Par nombre d'atomes de carbone
Les oses sont classs aussi par leur nombre d'atomes de carbone de la manire suivante: C
3
trioses, C
4
ttroses, C
5
pentoses, C
6
hexoses, C
7
heptoses.
Exemples
Le glycraldhyde est l'ose le plus simple dans la classe des aldoses, c'est un aldotriose
(C
3
). De mme pour la dihydroxyactone dans la classe des ctoses (ctotriose). Le ribose
est un aldopentose (C
5
) qui entre dans la composition des acides nucliques.
Le glucose (gluco, du grec glukus, saveur sucre) est un aldohexose de formule
C
6
H
12
O
6
. On le trouve dans les fruits mrs, le nectar des fleurs, la sve, le sang et
certains sirops.
Le fructose (du latin fructus, fruit) appel aussi lvulose, est un ctohexose. On le
rencontre dans les fruits, le miel, dans certaines boissons sucres et dans les scrtions
sminales.
Le saccharose (du grec sakkharon, sucre) de formule C
12
H
22
O
11
est un disaccharide qui
donne par hydrolyse du glucose et du fructose. Il se trouve dans la plupart des vgtaux
et en particulier dans la betterave sucrire, la canne sucre.
Le maltose est un disaccharide qui donne par hydrolyse deux molcules de glucose.
Le lactose est un disaccharide qui donne par hydrolyse un glucose et un -galactose. Le
lactose est retrouv notamment dans le lait et les produits laitiers.
Formules cycliques du glucose, fructose et saccharose
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Glucose
Fructose
Saccharose
Lipides
Beurre
Dfinition
Les lipides, du grec lipos ( graisse ), constituent
une classe assez htrogne de molcules. Sont
regroupes sous cette dnomination les molcules
ayant un caractre hydrophobe marqu, c'est dire
trs peu solubles dans l'eau mais solubles dans la
plupart des solvants organiques, comme le chloroforme,
par exemple. Nous trouvons aussi des lipides dans la
cire de bougie, les graisses animales, l'huile d'olive et
pratiquement tous les corps gras. La biochimie a
complt cette dfinition en montrant que les lipides possdaient des voies de synthse
communes. Cependant, il n'existe pas encore de dfinition unique d'un lipide reconnue par
l'ensemble de la communaut scientifique. Ceci tient probablement au fait que les lipides
forment un ensemble de molcules aux structures et aux fonctions extrmement varies
dans le monde du vivant
[1]
.
D'un point de vue mtabolique, les lipides constituent des rserves nergtiques. Les
sucres sont par exemple transforms en lipides et stocks dans les cellules adipeuses en
cas de consommation suprieure l'utilisation.
Les lipides, en particulier les phospholipides, constituent l'lment majeur des membranes
cellulaires. Ils dfinissent une sparation entre le milieu intracellulaire et le milieu
extracellulaire. Leur caractre hydrophobe rend impossible le passage de molcules
polaires ou charges, comme l'eau et les ions, car ils forment des groupements trs
compacts issus de liaisons covalentes faibles appeles interaction hydrophobe. Seules voies
de passage possible : les protines membranaires o, par exemple, les ions entrent et
sortent de la cellule par le biais de canaux ioniques.
Plusieurs hormones sont des lipides, en gnral drives du cholestrol (progestrone,
testostrone, etc.), ce qui permet d'agir comme filtre aux entres des cellules. Les
vitamines liposolubles peuvent aussi tre classes parmi les lipides.
Contrairement aux acides nucliques ou aux protines, les lipides ne sont pas des
macromolcules constitues d'une succession d'units de base.
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Structure et classification
Les lipides peuvent tre classs selon la structure de leur squelette carbon (atomes de
carbone chans, cycliques, prsence d'insaturations, etc.)
[2]
:
les acides gras : il s'agit d'acides carboxyliques longue chane carbone pouvant tre
sature, insature, ramifie, etc. Des exemples bien connus sont les omga-3 et -6, mais
aussi les prostaglandines.
les acylglycrols et phosphoacylglycrols : ces lipides sont forms par estrification
d'un glycrol et d'un trois acides gras (ou mono-, di- et triglycrides). Dans le cas des
phosphoacylglycrols, l'estrification se fait avec glycrol, un ou deux acides gras et un
phosphate
[3]
. Le groupe phosphate peut son tour subir une estrification par diffrents
composs hydroxyls comme la choline ou la srine. On obtient alors de la
phosphatidylcholine et de la phosphatidylsrine, respectivement. Il est noter
qu'acylglycrols et phosphoacylglycrols sont galement connus sous les noms de
glycrides et phosphoglycrides.
les sphingolipides : ces lipides rsultent de l'estrification puis de l'amidification de la
srine par deux acides gras. Une sous-classe bien connue de sphingolipides est celle des
cramides.
les strols : les strols sont des lipides possdant une chane carbone plusieurs fois
cyclise. Ils ne sont donc pas linaires comme les acides gras. Des exemples bien connus
de strols sont le cholestrol, la vitamine D et les hormones strodiennes (testostrone,
strognes, cortisone).
les prnols : il s'agit de lipides drivant de l'isoprne, comme par exemple les vitamines
E et K ou le -carotne.
les polyktides : ils forment une gamme trs vaste de composs naturels dont sont
drivs de nombreux antibiotiques comme les macrolides.
les saccharolipides : ils rsultent de l'estrification et/ou de l'amidification de sucres et
d'acides gras. L'exemple le plus connu de saccharolipide est sans doute le
lipopolysaccharide.
Pour des raisons pratiques et historiques, acylglycrol et phosphoacylglycrol sont souvent
considrs comme deux catgories diffrentes, de mme que phosphoacylglycrol et
phosphosphingolipide peuvent tre regroups sous l'appellation de phospholipides
[4]
.
Quelques exemples de lipides
acide gras insatur
tri-acylglycrol
phosphoacylglycrol
cramide
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cholestrol
-carotne
macrolide
saccharolipide prcurseur
du lipopolysaccharide
Protines (protides)
La myoglobine, protine respiratoire
des muscles.
Les protines (du grec prtos, premier) sont des
polymres composs d'une combinaison de quelques 20
acides amins. La plupart des protines sont formes
de l'union de plus de 100 acides amins (rsidus) relis
entre eux par des liaisons peptidiques. Pour un nombre
moins important de rsidus on parle de peptides (< 50
rsidus) et de polypeptides ( 50 rsidus).
Acides amins
Les acides amins ( amin du grec ammniakos,
ammoniac) sont des composs organiques azots qui
possdent une formule gnrale du type :
L'atome de carbone central C (carbone alpha) est reli un groupement amine (NH2 -),
un groupement carboxyl acide (- COOH) et un radical R variable d'un acide amin un
autre. Les radicaux (R) peuvent avoir des proprits diffrentes, certains sont hydrophiles,
d'autres hydrophobes. Certains, en solution aqueuse, s'ionisent positivement (basiques) et
d'autres ngativement (acides) ou restent neutres. Les mammifres possdent les enzymes
ncessaires pour la synthse de l'alanine, l'asparagine, l'aspartate, la cystine, le
glutamate, la glutamine, la glycine, la proline, la srine, et la tyrosine. Quant l'arginine et
l'histidine, ils sont produits mais en quantit insuffisante surtout pour les jeunes individus.
En revanche, l'isoleucine, la leucine, la lysine, la mthionine, la phnylalanine, la thronine,
le tryptophane, et la valine ne peuvent pas tre fabriqus par notre organisme. Au risque de
dficit, ils doivent tre apports rgulirement par l'alimentation dans les bonnes
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proportions : ce sont les acides amins essentiels.
Structure des protines
Les acides amins peuvent se lier les uns aux autres par une liaison peptidique au cours de
la synthse protique dans les ribosomes. La liaison peptidique se fait entre le groupement
acide (COOH) d'un acide amin et le groupement amine (NH
2
) de l'autre :
la raction produit un di-peptide :
Dans la cellule, cette raction est catalyse par la peptidyltransfrase, elle ncessite
l'hydrolyse d'ATP (source d'nergie) et la prsence d'ions magnsium. Pour chaque liaison
forme, une molcule d'eau est forme.
La squence des acides amins d'une protine (l'arrangement et l'ordre des rsidus)
constitue la structure primaire. Par exemple, pour construire un peptide de 10 rsidus
l'aide de la collection de 20 acides amins on dispose de 20
12
possibilits (soit 1 suivi de 13
zros !). En solution aqueuse, comme on a dit, les radicaux possdent des proprits
chimiques diffrentes. Certains radicaux peuvent former des liaisons chimiques plus ou
moins fortes avec d'autres radicaux de la mme chane peptidique. Certains se repoussent
et d'autres se rapprochent et forment des liens chimiques. La chane d'acides amins aura
donc tendance se replier sur elle-mme pour adopter une structure tridimensionnelle
prcise. Et cette structure tridimensionnelle dpend avant tout de la squence des acides
amins formant la chane. En effet, 4 grands types d'interactions interviennent dans le
repliement de la chane peptidique :
L'effet hydrophile / hydrophobe,
Les forces de Van der Waals,
Les liaisons ioniques,
Les liaisons hydrogne,
Ces 4 premiers types d'intractions sont considrs comme tant faibles (forts lorsque
nombreux cependant)
Les ponts disulfure (liaison covalente entre les atomes de soufre qui relient deux
cystines loignes l'une de l'autre sur la chane). Cela constitue une interaction forte.
Ainsi certaines parties de la chane peptidique adoptent une structure rgulire appele
structure secondaire. On en reconnat, selon les angles de torsion des liaisons, 3 grands
types :
L'hlice : la chane peptidique prend la forme d'une spirale. Les diffrentes spires sont
stabilises par des liaisons hydrogne tous les 4 rsidus (liaisons hydognes dites
"intracatnaires").
Le feuillet : il se forme des liaisons hydrogne entre certains segments (brins ) de la
chane peptidique disposs paralllement les uns par rapport aux autres (les liaisons
hydrognes sont dites "intercatnaires"). L'ensemble forme comme un feuillet pliss.
Le coude ou turn : c'est une structure moins ordonne qui forme gnralement un
lien court entre des structures ordonnes (hlice-hlice, feuillet-feuillet ou
feuillet-hlice). Une boucle est un lien plus long.
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La forme finale de la chane peptidique, cest--dire la structure tridimensionnelle
qu'adopte la chane d'acides amins, constitue la structure tertiaire de la protine (Voir la
figure de la myoglobine en 3D).
Certaines protines, plus complexes, rsultent de l'assemblage des diffrentes chanes
(monomres) ce qui constitue la structure quaternaire de la protine. Par exemple,
l'hmoglobine est forme de l'association de 4 chanes peptidiques.
La structure de la protine peut tre dnature par plusieurs facteurs notamment: la
temprature, les pH extrmes et l'augmentation de la force ionique dans le milieu ou par
des agents chimiques dnaturants (2-mercaptothanol). La dnaturation de la structure 3D
d'une protine s'ensuit gnralement par la perte de sa fonction. On parle de relation
structure-fonction.
Fonctions
Les protines assurent plusieurs fonctions au sein des cellules et de l'organisme, qui sont
l'essence mme de la vie. En voici une liste non exhaustive avec quelques exemples :
Structure et soutien : tubuline, lastine, collagne, kratine.
Catalyse des ractions biologiques : enzymes.
Transport et stockage : hmoglobine, ferritine.
Signalisation et rgulation : hormones peptidiques, cytokines.
Rception et transduction des signaux : rcepteurs biologiques.
Mouvement et motricit : systme actine / myosine.
Identit et dfense contre les agressions biologiques : anticorps.
Protection contre le stress environnemental : les chaperonnes.
Dtoxification : cytochrome P450, peroxydases, superoxyde dismutase.
Exemples de quelques protines
Immunoglobuline G
(anticorps).
Insuline (hormone).
Hmoglobine (protine
respiratoire).
Triosephosphate
isomrase (Enzyme).
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Rhodopsine (rcepteur).
G actine, monomrique.
F actine, polymre
(protine de soutien/
protine motrice).
Collagne
(protine
de soutien).
Protome
Pour un total denviron 20000 25 000 gnes (gnome)
[5]
, on estime un million le
nombre de protines diffrentes qui peuvent tre produites dans les cellules humaines
(protome). Le nombre de protines produites par le cerveau humain, dont le rle est
essentiel pour son fonctionnement, est estim environ 12000.
Acides nucliques
Modle atomique d'une molcule
d'ADN bicatnaire, forme par deux
chanes de nuclotides enroules en
hlice.
Les acides nucliques ont t isols initialement des
noyaux des cellules eucaryotes (du latin nucleus,
noyau). Ce sont des macromolcules comportant des
sous-units appeles nuclotides. On peut en distinguer
deux grands types : les acides dsoxyribonucliques
(ADN) et les acides ribonucliques (ARN). L'ADN est le
support universel de l'information gntique (sauf pour
certains virus). Grce deux fonctions catalytiques
cette molcule assure la transmission et l'expression de
l'information qu'elle contient :
La fonction autocatalytique : permet l'autoduplication
de l'ADN et assure la transmission de l'information
d'une gnration une autre.
La fonction htrocatalytique : gouverne la synthse
protique. tant donn que les enzymes sont des
protines et que toutes les synthses et ractions
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dpendent d'elles, l'ADN contrle toute l'organisation et les processus biologiques des
cellules et des organismes. Ainsi, l'ADN exprime l'information qu'il comprend.
Structure
Le nuclotide, unit de base des acides nucliques, comporte trois composants: de l'acide
phosphorique, un pentose et une base azote :
L'acide phosphorique (H
3
PO
4
) possde 3 fonctions acides. Deux de ces fonctions sont
estrifies par deux fonctions alcools portes par les carbones 3' et 5' du pentose. La
troisime fonction acide est libre. (On numrote les carbones avec des chiffres
accompagns de lindication (') pour viter des confusions avec les numrotations des
bases).
Le pentose (sucre en C
5
) : c'est le ribose, prsent sous deux formes, le 2'-dsoxyribose et
le 2'-oxyribose, respectivement dans l'ADN et l'ARN. La liaison pentose-base est une
liaison glycosidique. Elle se forme par limination d'une molcule d'eau entre la base et
l'OH semi-actalique situ sur le carbone 1' de l'ose. L'association pentose-base est
appele nucloside.
Les bases azotes sont classes en bases pyrimidiques et en bases puriques. Les
principales bases pyrimidiques sont : l'uracile (U), la cytosine (C) et la thymine (T). Les
principales bases puriques sont : l'adnine (A) et la guanine (G). Les bases puriques et
pyrimidiques prsentent des formes chimiques interconvertibles que l'on appelle des
formes tautomres.
Appariement des bases dans l'ADN
double brin
Dans l'ADN bicatnaire les bases azotes des deux
brins s'apparient suivant la rgle de complmentarit :
A appari avec T, C appari avec G. Cet appariement
est maintenu grce des liaisons hydrogne et peut
donc tre affect par la chaleur (dnaturation
thermique). Par convention, la squence d'un acide
nuclique est oriente dans le sens de lextrmit 5'
(comportant un groupement phosphate) vers
lextrmit 3' qui possde un OH libre. Ainsi, dans
l'ADN bicatnaire (double brin), les deux brins sont
disposs dans deux directions opposes. Les extrmits
5' et 3' de l'un des brins correspondent aux extrmits 3' et 5' du brin parallle oppos
(anti-parallles). Dans lespace les deux chanes prsentent une configuration hlicodale.
Elles senroulent autour dun axe imaginaire pour constituer une double hlice rotation
droite (dans les formes A et B de lADN) ou plus exceptionnellement rotation gauche
(dans la forme Z de lADN).
Biochimie
14
Information gntique
Classiquement, on considre que le gne est une rgion d'un brin d'ADN dont la squence
code l'information ncessaire la synthse d'une protine. Trois types d'ADN diffrents
constituent le gnome (l'ensemble des gnes d'un individu ou d'une espce) :
L'ADN domestique : reprsentant environ 75 % du gnome, est form de gnes
prsents en un seul exemplaire ou en un nombre limit de copies. Toutefois, par
extension, ce type d'ADN englobe galement certains gnes spcifiques dits
multicopies, comme ceux des ARN ribosomaux ou bien ceux codant les histones. Ces
derniers existent sous forme de larges amas de copies (50-10 000 copies) localiss sur un
ou plusieurs chromosomes.
L'ADN rptitif et dispers (minisatellites et microsatellites) : constitue 15 % du
gnome et est caractris par de courtes squences nuclotidiques (suprieures 100
pour les minis), rptes en tandem un trs grand nombre de fois (10
5
- 10
6
fois), en de
nombreuses rgions du gnome.
L'ADN satellite : (environ 10 % du gnome) est constitu de squences hautement
rptitives, essentiellement localises dans les rgions des centromres et des tlomres.
Le gnome humain comprend environ 3 milliards de paires de nuclotides reprsentant
prs de 30 000 gnes (en fait, dans les estimations rcentes, c'est entre 20 000 et 25 000
gnes). Toutefois, il ne semble pas y avoir de relation systmatique entre le nombre de
paires de nuclotides par gnome et le degr de complexit d'un organisme. Ainsi,
certaines plantes et organismes amphibiens possdent un gnome comptant plus de 100
milliards de paires de nuclotides, soit 30 fois plus qu'un gnome humain. En effet, le
gnome des cellules eucaryotes semble contenir un large excs d'ADN. Chez les
mammifres, moins de 10 % du gnome serait utile l'expression en protines ou la
rgulation de cette expression.
La squence complte du gne humain HSMG03 codant l'exon 3 de la myoglobine (taille:
1,2 kb), 3 milliards de ces 4 lettres forment le gnome de l'espce humaine (Homo sapiens).
O r i g i n e
1 G G T C C T G G A A T A A A G A G A A G G T A G G A G G A C A A C T G A C T C C C A T C T G G C C C
C T G G C T T G T C
6 1 C C A C C C T G G T G A C C A T T T T C T C T C C T C A C C C T C C C T G C A G T T C A T C T C G G
A A T G C A T C A T
1 2 1 C C A G G T T C T G C A G A G C A A G C A T C C C G G G G A C T T T G G T G C T G A T G C C C A G G
G G G C C A T G A A
1 8 1 C A A G G C C C T G G A G C T G T T C C G G A A G G A C A T G G C C T C C A A C T A C A A G G A G C
T G G G C T T C C A
2 4 1 G G G C T A G G C C C C T G C C G C T C C C A C C C C C A C C C A T C T G G G C C C C G G G T T C A
A G A G A G A G C G
3 0 1 G G G T C T G A T C T C G T G T A G C C A T A T A G A G T T T G C T T C T G A G T G T C T G C T T T
G T T T A G T A G A
3 6 1 G G T G G G C A G G A G G A G C T G A G G G G C T G G G G C T G G G G T G T T G A A G T T G G C T T
T G C A T G C C C A
4 2 1 G C G A T G C G C C T C C C T G T G G G A T G T C A T C A C C C T G G G A A C C G G G A G T G C C C
T T G G C T C A C T
4 8 1 G T G T T C T G C A T G G T T T G G A T C T G A A T T A A T T G T C C T T T C T T C T A A A T C C C
A A C C G A A C T T
Biochimie
15
5 4 1 C T T C C A A C C T C C A A A C T G G C T G T A A C C C C A A A T C C A A G C C A T T A A C T A C A
C C T G A C A G T A
6 0 1 G C A A T T G T C T G A T T A A T C A C T G G C C C C T T G A A G A C A G C A G A A T G T C C C T T
T G C A A T G A G G
6 6 1 A G G A G A T C T G G G C T G G G C G G G C C A G C T G G G G A A G C A T T T G A C T A T C T G G A
A C T T G T G T G T
7 2 1 G C C T C C T C A G G T A T G G C A G T G A C T C A C C T G G T T T T A A T A A A A C A A C C T G C
A A C A T C T C A G
7 8 1 T T T C T G C C T G G C A T T T T T C A T C T C C T A G A G T A A A T G A T G C C C C C A C C A G C
A C C A G C A T C A
8 4 1 A G G A A G A A A T G G G A G G A A G G C A G A C C C T G G G C T T G T G T G T G C A G A G A G C C
T C A G G A A A G A
9 0 1 G G A G A A G G G G A G G A G G A A A G G C A G G A G G G T G A G A G G G A C A G G A G C C C A C C
C T C C C T G G G C
9 6 1 C A C C G C T C A G A G G C A G G C C C A G T G C A G G G C A T G G G G A A A T G G A A G G G A C A
G G C T T G G C C C
1 0 2 1 C A G C C T T G G G A G C A C C T T C T C T T C G G G G G A G G T G G G A G G C A G C G A A C A G A
C C T C T G C A A T
1 0 8 1 A C G A G G A G A G A G T G A C A G G T G C G C C A G G C T G T G G G A A C C C A G A G G A G A G G
G G A A G C C A T C
1 1 4 1 A T C A T C A T G G C T G C A A T A C C T T C A G T A A C G T G G G A A G G T C A C C C T G C T A G
T A A G T G G C A G
1 2 0 1 A G C T G G G A C T C A A A C T A T G G C C T G G A
(d'aprs Weller et al., 1984. EMBO J. 3(2); 439-446)
La taille des gnes peut varier de quelques centaines plusieurs dizaines de milliers de
nuclotides. Cependant mme les plus longs gnes n'utilisent qu'une faible portion de leur
squence pour coder l'information ncessaire l'expression en protines. Ces rgions
codantes sont appeles exons et les squences non codantes introns. D'une manire
gnrale, plus l'organisme est complexe, plus la quantit et la taille des introns est
importante. Ainsi la prsence d'introns sur l'ADN d'organismes procaryotes est
extrmement rare. Certaines rgions de l'ADN sont impliques dans la rgulation de
l'expression des gnes. Ces squences de rgulation sont gnralement localises en amont
(du ct 5') ou en aval (ct 3') d'un gne et plus rarement l'intrieur d'introns ou
d'exons.
Vitamines
Cristaux de vitamine C.
Les vitamines (du latin vita, vie) sont des composs
organiques essentiels la vie, agissant de trs faibles
quantits, pour le dveloppement, l'entretien et le
fonctionnement de l'organisme. Nos cellules sont
incapables de les synthtiser et elles doivent tre
apportes par l'alimentation sous peine d'avitaminose
ou de survitaminose. La vitamine B1 (thiamine) est la
premire vitamine avoir t dcouverte par le
Biochimie
16
japonais Suzuki Umetaro cherchant soigner le bribri (une maladie due au dficit en
vitamine B1, caractrise par des atteintes musculaires et neurologiques). Elle fut isole
par Kazimierz Funk (biochimiste amricain d'origine polonaise) en 1912. Aujourd'hui, on
connat 13 vitamines diffrentes pour l'homme. C'est un ensemble htrogne du point de
vue chimique et physiologique (mode d'action).
Les vitamines se divisent en deux grandes catgories : les vitamines hydrosolubles (groupes
B et C) et les vitamines liposolubles (les groupes A, D, E, et K). Les vitamines hydrosolubles
ne peuvent pas franchir la membrane cellulaire et elle doivent se fixer un rcepteur pour
pntrer la cellule. Elles sont facilement limines par les reins et la sueur, l'alimentation
doit les fournir quotidiennement. Les vitamines liposolubles peuvent facilement traverser la
membrane cellulaire. Leur rcepteur se trouve dans la cellule, soit dans le cytosol, soit dans
le noyau. Elles sont stockes dans le tissu adipeux et le foie (d'o le risque de surdosage,
surtout pour la vitamine A et D). Certaines vitamines sont des cofacteurs ncessaires
l'activit d'enzymes (vitamines du groupe B), d'autres constituent une rserve de pouvoir
rducteur (vitamine C, E). Les fonctions des autres vitamines restent lucider.
Sous-disciplines de la biochimie
Biochimie structurale
Biochimie mtabolique
Biochimie gntique
Biochimie fonctionnelle
Biochimie mdicale et clinique
Biochimie, une science multidisciplinaire
Un laboratoire l'institut de biochimie
de Cologne.
Pour mener bien leurs tudes, les biochimistes font
appel des techniques et des connaissances issues de
nombreuses disciplines scientifiques autres que la
biologie, par exemple :
Disciplines Quelques applications
Chimie analytique Elle utilise notamment les mthodes :
spectroscopiques (pour le dosage et tude des ractions chimiques),
gravimtriques (sparation par centrifugation),
radiochimiques (prparation des radioligands),
chromatographiques (purification et dosage des molcules).
d'lectrophorse (lectrophorse des protines).
Chimio-synthse La synthse artificielle de peptides.
Les racteurs enzymatiques (synthse de mtabolites grande chelle).
Biochimie
17
Cintique chimique L'tude des ractions biochimiques (mtabolisme).
Les proprits catalytiques des enzymes (enzymologie).
Thermochimie L'tude de l'volution des ractions chimiques et des variations de l'nergie
emmagasine dans les biomolcules au cours de ces ractions (bionergtique).
L'tude de l'interaction ligand / rcepteur.
L'tude des mcanismes d'changes cellulaires (diffusion, osmose).
Physique La dtermination de structure des macromolcules :
La microscopie lectronique.
La cristallographie.
La diffraction des rayons X.
La rsonance magntique nuclaire (RMN).
Informatique Applique la biologie (galement appele la bio-informatique), pour l'analyse de
squences nuclotidiques ou d'acides amins :
La recherche de squences dans les banques de donnes gnomiques.
Les alignements et comparaison de squences, la phylognie molculaire.
La modlisation 3D des protines.
Voir aussi
Liens internes
Biophysique
Biochimie clinique
Bibliographie
Philippe de la Cotardire, Histoire des sciences de l'antiquit nos jours, Tallandier,
2004 (ISBN 2847340521)
Lubert Stryer, Jeremy Mark Berg, John L. Tymoczko (trad. Serge Weinman), Biochimie,
Flammarion, Mdecine-Sciences , Paris, 2003, 5
e
d. (ISBN 2-257-17116-0).
Domaines gnraux de la biologie
Anatomie | Biochimie | Bio-informatique | Biologie cellulaire | Biologie de l'volution | Biologie humaine | Biologie
marine | Biologie molculaire | Botanique | cologie | Exobiologie | Gntique | Gobiologie | Microbiologie |
Origines de la vie | Palontologie | Parasitologie | Physiologie | Taxinomie | Zoologie
Rfrences
[1] Le site LIPD MAPS (http:/ / www. lipidmaps. org/ ), un site de ressource sur les lipides, comptait 8259 entres
le 16 aot 2006
[2] (en) Fahy E., Subramaniam S., Brown H.A., Glass C.K., Merrill A.H. Jr., Murphy R.C., Raetz C.R., Russell
D.W., Seyama Y., Shaw W., Shimizu T., Spener F., van Meer G., van Nieuwenhze M.S., White S.H., Witztum J.L.,
Dennis E.A. (2005) A comprehensive classification system for lipids, J Lipid Res., vol. 46(5):839-861
[3] cette molcule est appele acide phosphatidique
[4] Consulter l'entre de l'IUPAC sur la nomenclature des lipides (http:/ / www. chem. qmul. ac. uk/ iupac/ lipid/ )
[5] Finishing the euchromatic sequence of the human genome, International Human Genome Consortium (2004)
Nature 431: 931-945
Sources et contributeurs de l'article
18
Sources et contributeurs de l'article
Biochimie Source: http://fr.wikipedia.org/w/index.php?oldid=42782404 Contributeurs: Alcor33, Almooxo, Amanka, Arielline, Arnaudus, Badmood,
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Crea.scienceculture, Darkdadaah, Darkoneko, David Berardan, Deep silence, Drtissot, EDUCA33E, Elapied, Epop, Erasmus, Fdardel, Federix, Fluti,
Foobar, GaMip, Gagea, Gribeco, Grimlock, Grook Da Oger, Hinginn, IAlex, JLM, Jajaloic, JohnyMan, Kilom691, Kropotkine 113, LD93, Lincher, Litlok,
Medium69, Mikay, Misanthrope, Moez, Montangero, Mutatis mutandis, Nguyenld, NicoRay, NicoV, Nicobzz, Nono64, Ofix, Orthank, Orthogaffe,
Peter17, Phe, Phi-Gastrein, Piglop, Pixeltoo, Pld, Pupinou, PyroKristal, Randall Flagg, Raziel, Remike, Romanc19s, Rominandreu, Rubisco, Rune Obash,
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