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john stewart
john stewart
laVie existe-t-elle ?
rconcilier gntique et biologie
Or, depuis sa fondation par Mendel au XIXe sicle, la gntique est ce quon appelle une
science diffrentielle au sens o une diffrence dans un facteur gntique est la cause
dune diffrence dans un phnotype observable. Il sensuit que, l o il ny a pas de diff-
rences, la gntique nest plus oprationnelle. Autrement dit, la gntique ne permet pas
dobserver linvariant ni mme de le concevoir. Cest notamment le cas pour le plus
important parmi tout ce qui est invariant : le fait que les organismes vivants ne sont pas
laVie
existe-t-elle ?
des choses , mais des flux dnergie et de matire organiss de telle sorte que ces orga-
nismes se produisent en permanence, dinstant en instant. Appel autopose, cet rconcilier
invariant-l est ignor de la gntique. Do le divorce historique qui spare la gntique gntique et biologie
de la biologie des organismes.
On peut penser que les grandes dcouvertes de la biologie molculaire rendent caduques
ces considrations dhistoire et de philosophie des sciences, mais il nen est rien. On a, cer-
tes, dcouvert la structure molculaire de lADN support matriel des gnes ainsi que
le code gntique . Mais un organisme vivant ne se rduit pas un assemblage de pro-
tines. Et les notions-cls d information , de message et de code importes de
la cyberntique ont une face cache : aucun message cod ne porte en lui-mme le dispo-
sitif permettant de linterprter.
Lauteur examine aussi les possibilits dune rconciliation entre une vritable biologie des
organismes et une gntique ramene sa juste place par une reconnaissance de ses limi-
tes : ce nest pas parce que les gnes ne peuvent pas tout faire quils ne peuvent rien faire.
Ils constituent indniablement le support dinformations codes puisque depuis trois
milliards dannes ces mmes informations ont permis lvolution par variation alatoire
et slection naturelle ; une volution laquelle nous ne devons pas moins que lensemble
des organismes vivants actuels.
Gnticien de formation, John Stewart est depuis 1979 charg de recherche au CNRS.
Aprs dix ans de recherches combinant gntique et physiologie chez la souris, il a tra-
vaill successivement dans les domaines de la sociologie des sciences, de limmunologie
thorique, des sciences cognitives, et de la philosophie de la technique. Il est lauteur
dune centaine darticles scientifiques et de plusieurs livres portant notamment sur
lhrdit du QI, sur les manipulations gntiques et sur lvolution du systme immu-
nitaire. Il est actuellement rattach lUniversit de technologie de Compigne.
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john stewart
La vie existe-t-elle ?
rconcilier gntique et biologie
vuibert
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Avant-propos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . V
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Gntique et biologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Quest-ce quun gne ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
C HAPITRE 3. Regain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Introduction : vers une biologie avec une gntique ramene sa juste place 93
Trois exemples de gnes remis leur place . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Le mtabolisme, 94 Les plans du corps, 96 La phnylctonurie et lintel-
ligence, 96
Lanalyse des phnotypes mendliens . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
Les chanes de causalit diffrentielle, 98 Les vertus dun phnotype mend-
lien, 103 La synergie entre physiologie et gntique, 107 Les maladies
multifactorielles, 113
Lontogense . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Introduction, 119 Les phnocopies, 120 Une synergie possible entre
embryologie et gntique, 122
Lvolution revisite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Introduction, 126 Les rythmes de la macro-volution, 126 Lassimilation
gntique, 129 Un problme non rsolu : la variation gntique au sein des
populations naturelles, 131 Conclusions, 134
Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Les maladies multifactorielles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Transgense et knock-out . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Une dynamique sociale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Le Tao de la gntique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Bibliographie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Index terminologique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
Index des noms dauteurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
00.Prface Page V Lundi, 6. septembre 2004 1:35 13
Avant-propos
Ce livre naurait jamais pu voir le jour sans trois grands scientifiques que jai eu
le privilge de connatre.
John M. Thoday tait professeur de gntique luniversit de Cambridge. Chef
de dpartement, il tait responsable de la dlicate question de la rpartition des
enseignements ; la diffrence de tous les autres directeurs de dpartement universi-
taire que jai connus, Thoday pensait que le cours le plus important quil ne laissait
personne dautre le soin dassurer tait le tout premier cours dinitiation. Une fois
initis la matire, de bons tudiants sauraient toujours tirer parti dun enseignement
parfois mdiocre ; mais ce quil ne fallait aucun prix compromettre, ctait le niveau
lmentaire des fondements. Ce cours dintroduction la gntique, auquel jai assist
en 1961, fut pour moi une rvlation et il le reste 40 ans plus tard. Le chapitre 1 de
ce livre, qui insiste notamment sur le caractre diffrentiel de la gntique, est bti sur
lempreinte profonde de ce cours de Thoday.
Stuart Goronwy Spickett, lve de Thoday, fut mon directeur de thse. Son inspi-
ration et son amiti furent dterminantes dans ma dcision dentamer une carrire
de recherche scientifique. Les perspectives que jessaie de prsenter dans le chapitre 3
sont issues trs directement de sa vision.
Jai rencontr Francisco Varela Paris en 1986, un autre tournant de mon parcours
scientifique. ce moment-l, javais dlaiss la biologie par dcouragement devant
le dferlement du tout gntique rductionniste. Par la thorie de lautopose,
quil avait labore avec Humberto Maturana, Francisco ma redonn lespoir que les
organismes vivants, en tant que tels, peuvent tre de vritables objets scientifiques
pour la biologie.
La liste des autres influences enrichissantes que jai reues est bien trop longue
pour que je puisse essayer de la dtailler sans commettre dinjustices par omission. Je
voudrais nanmoins mentionner Evelyn Fox-Keller et Susan Oyama. Au-del de leurs
contributions intellectuelles, qui sont considrables, leurs crits expriment ce que
lon tait trop souvent : les choix scientifiques sont aussi, et peut-tre surtout, des
choix de vie.
Finalement, je tiens remercier tout particulirement Janine Guespin, qui a lu trs
attentivement une premire version de mon manuscrit. Ses commentaires amicaux
mont t dautant plus prcieux quelle sest livre des critiques sans complaisance.
John Stewart
Paris, avril 2004
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00.Intro Page 1 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
Introduction
Gntique et biologie
En lespace de quarante ans le temps dune vie de chercheur , les relations entre
la gntique et la biologie se sont modifies de faon spectaculaire. En 1963, alors que
je faisais mes tudes au dpartement de gntique de luniversit de Cambridge en
Angleterre, la gntique tait une discipline tout fait marginale. Dans ma promo-
tion, nous tions en tout et pour tout six tudiants avoir opt pour la gntique ;
lanne prcdente, ils navaient t que deux. Comme cest si souvent le cas, les
disciplines dominantes de lpoque expliquaient que leur suprmatie tait rationnel-
lement justifie. Ainsi, les embryologistes voulaient bien admettre, la rigueur, que
les gnes puissent influencer des caractres superficiels tels que la couleur des fleurs
ou des yeux. Mais ds quil sagissait des processus fondamentaux de lembryogense
par exemple, les mouvements de la gastrulation, par lesquels laxe du corps animal
prend forme , ils considraient que les gnes taient superftatoires. Il est rvlateur
quils appuyaient ce mpris pour les gnes sur le fait que mme si le noyau dun uf
fertilis tait inactiv, la gastrulation se produisait malgr tout1. Les physiologistes,
de leur ct, visaient lidentification de principes et de systmes universels . Ils
pouvaient admettre que la physiologie animale ntait pas identique la physiologie
vgtale, que celle des vertbrs ntait pas la mme que celle des invertbrs, et
mme, au sein des vertbrs, quil y avait entre les poissons et les mammifres une
progression dans la complexit, mais sans solution de continuit et sur des bases
essentiellement similaires. Ainsi, ils ne se rsolvaient pas envisager que lidal-type
de LA physiologie cardio-vasculaire (par exemple) puisse diffrer selon les espces : si
les rsultats provenant de deux laboratoires ntaient pas les mmes, les physiologistes
cherchaient tout dabord attribuer lcart des artefacts exprimentaux plutt
quau fait quun de ces laboratoires travaillait sur des chiens et lautre sur des rats.
On peut alors aisment imaginer que, quand notre quipe, Cambridge, chercha
mettre en vidence des diffrences physiologiques entre diverses souches de souris
diffrences gntiques au sein dune mme espce, donc , nos efforts furent trs
frachement accueillis par la communaut des physiologistes qui y virent une hrsie
impardonnable. Finalement, la grande tradition de lhistoire naturelle tait encore
bien vivace. En botanique et en zoologie compares, on se dlectait encore dcrire et
rpertorier la diversit des structures anatomiques et des formes de vie, et raliser
une organisation taxinomique des espces, comme lavait fait Charles Darwin lors de
son grand priple sur le Beagle. Outre ces descriptions compares, ltude de lvolution
tait base essentiellement sur lexamen minutieux des fossiles. La gntique des
populations tait une spcialit hautement abstraite et mathmatise, et navait prati-
quement aucun impact sur les tudes de terrain.
En 2004, les choses ont bien chang ; nous vivons prsent dans lre du tout
gntique . Lembryologie rebaptise gntique du dveloppement est devenue
ltude de lactivation des gnes dans les diffrents tissus aux diffrents stades du
dveloppement. Pour tout matrialiste consquent, la morphogense est ncessaire-
ment, en dernier ressort, le rsultat de forces physiques seules capables de dterminer
des mouvements de la matire. Nanmoins, aujourdhui, on se contente de ramener
la morphogense lactivit des gnes ce qui est rvlateur, soit dit en passant, dun
certain no-vitalisme qui attribue aux gnes des pouvoirs extraordinaires. Quant
la physiologie, elle est devenue trs largement molculaire . On y tudie les cascades
dvnements molculaires qui suivent loccupation dun rcepteur molculaire la
surface de la cellule par un ligand (une hormone, par exemple). Comme pour la
morphogense embryologique, on ne pousse pas lanalyse jusqu identifier les effets
dune hormone sur les proprits physiques de la cellule ; on se contente de suivre la
cascade jusqu ses effets sur lexpression dun ou plusieurs gnes. Ainsi, encore
une fois, on considre les gnes comme des homoncules tout-puissants. Corrla-
tivement, les anciens instruments qui permettaient dobserver le fonctionnement des
organes sont rangs dans les greniers, et les physiologistes qui savaient les fabriquer
et les utiliser sont la retraite. Finalement, ltude de lvolution est devenue celle
des modifications qui sont intervenues dans les squences dADN depuis les premiers
organismes dots de gnes chromosomiques. Ainsi, les tudes compares entre espces
mettent au premier plan la comparaison de leurs squences dADN ; moyennant des
calculs bass sur lhypothse dune horloge molculaire , cela permet de fixer une
date pour leur dernier anctre commun. Quant aux fossiles, puisque lon ne peut pas
en extraire de lADN, leur tude noccupe plus une place importante ; de fait, leur rle
se borne calibrer les horloges molculaires. Les naturalistes qui sintressaient
lanatomie, la physiologie, aux modes de vie et aux relations cologiques entre
espces sont devenus eux-mmes une espce en voie dextinction.
Le rsultat de ce basculement dans le tout gntique est que les organismes
vivants, en tant que tels, ne constituent plus un objet dtude dans la biologie
contemporaine. Un biologiste aussi fin que Franois Jacob le dit clairement : On
ninterroge plus la vie dans les laboratoires. Henri Atlan confirme le diagnostic avec
toute la lucidit qui le caractrise : Aujourdhui, un biologiste molculaire na pas
00.Intro Page 3 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
INTRODUCTION 3
utiliser, pour son travail, le mot vie Cela veut dire que la biologie tudie un objet, lobjet
de sa science, qui nest pas la vie ! [Atlan & Bousquet, 1994]. En effet, le principal objet
thoriquement constitu de la biologie contemporaine nest pas la vie , mais le
gne .
Or, au-del du changement intervenu depuis quarante ans dans le radicalisme
mme de ce basculement entre une biologie des organismes qui relguait la gntique
une position marginale, et une gntique triomphante qui anantit toute possibilit
dune biologie des organismes , on peut se demander sil ny a pas lexpression dune
constante sous-jacente : tout sest pass comme sil y avait une relation profonde
dexclusion mutuelle entre la gntique et la biologie des organismes. Le but de ce livre
est de revenir sur les fondements pistmologiques de la gntique mendlienne,
pour voir si on peut y dceler les racines dune telle exclusion mutuelle ; non pas pour
la justifier ou la consacrer, mais au contraire pour la surmonter en cherchant les voies
dune rconciliation, dune relation plus harmonieuse et mutuellement enrichissante
entre la gntique et la biologie.
Pour tre tout fait juste, la dimension fonctionnelle ntait pas totalement
absente des rponses obtenues dans lenqute de La Recherche. La fonction des gnes
le plus souvent mise en avant tait celle de leur rle dans la fabrication des protines :
la squence de nuclotides dans lADN code (moyennant lintermdiaire de lARN-
messager) pour la squence dacides amins dans les protines. Cest, dailleurs, par
rapport cette fonction que soprait le foisonnement de dfinitions diffrentes de
ce quest un gne. LADN chromosomique contient des squences de nuclotides (les
introns ) qui ne sont pas transcrites en squences dacides amins : est-ce que les
introns font ou non partie dun gne ? Et dautre part, en amont de la squence
codante, il y a des squences de nuclotides (les promoteurs ) qui servent rguler
la transcription : est-ce que les promoteurs font ou non partie dun gne ? Mais ce sont
l des dtails relativement peu importants pour notre sujet. Si la seule fonction des
gnes tait de contribuer la synthse des protines, la gntique serait simplement
une sous-discipline de la biochimie, elle-mme une sous-discipline de la physiologie.
Dans ce cas, la gntique ne serait pas en mesure dexercer une hgmonie2 sur la
biologie tout entire ; et la relation dexclusion rciproque entre la gntique et une
biologie des organismes naurait pu stablir de la mme manire.
Ce quil faut lucider, donc, cest comment on en vient considrer que les gnes
dterminent non seulement la squence dacides amins dans les protines, mais
lensemble des caractres de lorganisme tout entier ; et, par ailleurs, pourquoi on
considre que les gnes forment la base de lhrdit des organismes. Si les gnes
ntaient que de simples molcules dADN, ils ne seraient pas capables de tels exploits.
On entend souvent dire que lADN est capable la fois de se rpliquer et de
sexprimer (et, partant, de diriger tous les processus de lorganisme). Or, il doit tre
clair quune simple molcule dADN, laisse elle-mme dans un tube essai, ne fait
rien du tout. Parmi toutes les molcules biologiques, celle de lADN est chimiquement
lune des plus inertes (cest bien pour cette raison quon peut lextraire, relativement
peu endommage, des momies gyptiennes ou des mammouths pris dans la glace).
Ce qui est vrai, cest que, dans le contexte dune cellule vivante, une molcule dADN
peut tre copie et, par ailleurs, transcrite. Mais cela ne justifie en rien les pouvoirs
exorbitants que lon accorde si souvent aux gnes. Pour faire la part des choses, pour
voir ce qui est juste et ce qui est excessif dans les proprits attribues aux gnes, il
faut bien comprendre en quoi un gne nest pas rductible une molcule dADN.
Et pour ce faire, il convient de revenir sur les fondements pistmologiques de la
gntique mendlienne. Nous verrons, en effet, quil existe une dfinition de ce quest
un gne qui ne fait aucune rfrence lADN. Cest cette dfinition, historiquement
la premire mais aujourdhui largement oublie et ignore, qui nous permettra de
mieux comprendre les relations entre la gntique et la biologie.
2. Si lon veut comprendre cette hgmonie, il faut prendre en compte la confusion opre par la
biologie molculaire actuelle entre gne, protine et fonction. Voir pages 88-91 pour une discus-
sion de ce point.
01.Stewart Page 5 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
CHAPITRE 1
La gntique formelle
Lexprience mendlienne
La base pistmologique de la gntique repose sur le schma de lexprience
mendlienne. Un certain nombre de commentaires pralables sont ici requis.
Il existe une premire prcondition essentielle pour entrer en matire : il faut
disposer de deux lignes parentales exhibant une diffrence systmatique quand les
individus sont levs dans des conditions comparables. Cela signifie notamment que,
sil ny a pas de diffrence, la gntique est impuissante. Autrement dit, la gntique
possde une tache aveugle concernant toutes les proprits qui sont invariantes,
cest--dire qui ne varient pas dun individu un autre. La diffrence en question
peut tre quelconque (de taille, de poids, de couleur, de forme, dodeur, etc.) ; cela
peut trs bien tre une diffrence de comportement, ou mme une caractristique
psychique. La seule condition est que cette diffrence observable doit permettre de
catgoriser sans ambigut un individu comme appartenant lune ou lautre ligne
parentale. Nous avons suppos, dans le schma de la figure 1, quil sagit dune diff-
rence de taille, de sorte que les individus peuvent tre catgoriss comme tant
grands ou petits . Le fait que la gntique formelle soit une science diffrentielle
est un point absolument capital : il sagit dun leitmotiv qui courra tout au long de ce
livre.
La deuxime prcondition est quil doit tre possible de croiser les individus de
chaque ligne entre eux. On prsuppose donc quil sagit dorganismes qui se repro-
duisent sexuellement. Cela signifie que la gntique, au sens strict, ne sapplique qu
des diffrences entre individus dune mme espce. Un corollaire de ces deux pr-
conditions prises ensemble est que tous les individus produits par des croisements
lintrieur de lune ou de lautre des lignes parentales, pendant un nombre indfini
de gnrations (dans la pratique, une vingtaine de gnrations suffisent), doivent
reproduire la diffrence entre les lignes qui permet de catgoriser les individus.
01.Stewart Page 6 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
P Grand Petit
F1 Tous Grands
F1 F1
LA GNTIQUE FORMELLE 7
petits . Il est clair que les individus F1 ont aussi reu quelque chose de leur
parent P1 non seulement parce quils ont des descendants grands exhibant
le type P1, mais aussi parce quils ressemblent eux-mmes au type P1.
Tableau 1
1. Plus gnralement, le phnotype nest pas forcment lapparence extrieure de lorganisme, mais
correspond nimporte quelle caractristique mesurable au besoin moyennant des techniques
dobservation de caractristiques physiologiques, biochimiques, histologiques ou autres qui sont
internes lorganisme. Nous en verrons des exemples par la suite, notamment pages 98-119.
01.Stewart Page 8 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
chose , qui peuvent tre soit de type P1 soit de type P2, ont un caractre discret :
ce sont des particules qui peuvent sortir non contamines par une cohabitation
avec des quelque chose de lautre type (comme ctait le cas au sein du gno-
type des individus F1). Ce ne serait pas le cas, par exemple, si ces quelque chose
pouvaient se mlanger, comme le feraient de leau et de lencre ; car aprs un tel
mlange, on ne peut retrouver de leau pure. Ce phnomne, qui tablit la nature
discrte de ces quelque chose qui constituent le gnotype, sappelle la sgrga-
tion : il sagit du phnomne le plus important de toute la gntique mendlienne.
En effet, ces quelque chose discrets, qui peuvent tre soit de type P1 soit de
type P2, sont les facteurs mendliens que lon appellera par la suite des gnes .
4) Pour aller plus loin, nous aurons besoin dintroduire une notation. En effet, les
priphrases quelque chose de type P1 et quelque chose de type P2 , naturelles
dans un premier temps, vont vite devenir excessivement lourdes ds quil sagira
de les manipuler souvent et, comme nous allons le voir, ce sera le cas. Cest
pourquoi les gnticiens, commencer par Mendel lui-mme, ont remplac
lexpression quelque chose de type P1 par un simple symbole, par exemple G ,
et lexpression quelque chose de type P2 par un symbole apparent : g . On
devine les raisons dun tel choix. Le symbole G est un aide-mmoire pour le
phnotype Grand ; le g rappelle que dans la combinaison G + g, le phno-
type est toujours Grand (on dit que le g est rcessif , alors que le G est
dominant ). Nanmoins, le choix de ce systme de notation aura des cons-
quences extrmement graves par la suite, car il laisse entendre que le G en
question possde en lui-mme quelque chose de Grand , quun quelque chose
de type P1 porte en lui-mme, inscrit comme un homoncule, le caractre
Grand . Or, le caractre foncirement diffrentiel de la gntique mendlienne
signifie que cela nest absolument pas justifi. Du fait que, toutes choses gales
par ailleurs, une diffrence entre un quelque chose de type P1 et un quelque
chose de type P2 puisse tre la cause dune diffrence entre un phnotype grand
et un phnotype petit , il ne suit en rien que les quelque chose en question
soient eux-mmes grands ou petits .
Cette confusion est catastrophique, car elle alimente la base lhgmonie indue
de la gntique. Cest elle qui donnera lieu des locutions malencontreuses, comme
un gne de la schizophrnie ou un gne de lintelligence (voir pages 96-97).
Cependant, le besoin dune notation maniable est bien rel. Je propose, pour la
suite, un compromis : au lieu de G ou g , je vais employer des symboles du
genre G/ ou /G , g/ ou /g . La notation / intervient pour rappeler
que les quelque chose en question autrement dit, les facteurs mendliens ou
les gnes ne sont pas eux-mmes porteurs du caractre phnotypique lui-mme.
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LA GNTIQUE FORMELLE 9
Tableau 2
Gnotype Phnotype
G//G Grand
g//g Petit
G//g (=g//G) Grand
Ces deux hypothses sont suffisantes pour gnrer des prdictions quantitatives,
en premier lieu concernant la gnration F2. Dressons le tableau suivant :
Tableau 3
2. En fait, ce serait dj le cas si chaque parent navait que deux descendants (le strict minimum pour
assurer la survie de lespce). En effet, si les gnes reus des parents taient simplement transmis
tels quels, sans tre copis, aprs avoir transmis un gne (par exemple, le gne paternel) un
premier descendant, il ne resterait que lautre gne (maternel, dans notre exemple) transmettre
au deuxime descendant. Dans ce cas, les proportions dans les gnrations F2, backcross, etc., ne
seraient pas statistiques, mais exactes ce qui nest pas le cas. Nous nentrerons pas ici plus avant
dans ces considrations statistiques, qui peuvent devenir subtiles et complexes.
01.Stewart Page 10 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
6) videmment, jusquici notre schma na fait que rendre compte des observations
initiales qui ont servi son laboration. Cest bien la moindre des choses. Mais
comme la soulign Popper, une hypothse scientifique se doit de fournir, au-del
des observations initiales, des prdictions nouvelles qui permettront de mettre
lhypothse lpreuve. Mendel a ralis un grand nombre dexpriences ultrieures
de ce type. Par exemple, il a crois les individus F2 entre eux, pour produire des
gnrations F3, F4, etc. Il faut prciser ici que Mendel travaillait sur des petits pois,
des organismes hermaphrodites qui permettent de croiser un individu avec lui-
mme. Dans ces conditions, les prdictions ne sont pas trop difficiles tablir. En
se rapportant au tableau 3, on voit que les 25 % dindividus qui ont le gnotype
g//g (et qui ont donc le phnotype petit ), croiss avec eux-mmes, auront des
descendants 100 % g//g avec le phnotype donc petit . Cela se prolongera, bien
sr, dans les gnrations F4, F5 On est revenu, en quelque sorte, la ligne
parentale P2 ce qui fournit une illustration de plus de la nature discrte des
facteurs g/, qui nont t en rien contamins par leur passage dans la gnration
F1 o ils ont ctoy, au sein dun mme gnotype, des facteurs de type G/. Quen
est-il si on croise avec eux-mmes des individus de la gnration F2 ayant le
phnotype grand ? Toujours daprs le tableau 3, on voit que 25 % / 75 %,
cest--dire un tiers de ces individus, ont le gnotype G//G ; la prdiction est donc
que 100 % de leurs descendants auront le gnotype G//G et un phnotype
grand (on est revenu en quelque sorte la ligne parentale P1, et on voit que
les facteurs G/ nont pas non plus t contamins par le fait davoir ctoy des
facteurs g/). 50 % / 75 %, cest--dire les deux tiers restants des individus grands
de la gnration F2, auront un gnotype G//g (comme les individus F1) : croiss
avec eux-mmes, ils auront donc des descendants varis, 75 % grands et 25 %
petits . Ces prdictions qui sont assez prcises et dtailles, et qui nont rien
de trivial ont t amplement vrifies par Mendel. On laissera au lecteur le soin
dimaginer dautres types de croisements, et den tablir les prdictions ; cest un
exercice hautement recommandable afin de simprgner du schma mendlien.
On terminera cette section avec un croisement particulier qui sera dune grande
utilit pour la suite. Il sagit du croisement dun individu F1 avec un individu de
la ligne parentale P2 (ce que lon appelle un backcross ). Le tableau permettant
dtablir la prdiction est celui-ci :
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LA GNTIQUE FORMELLE 11
Tableau 4
Les individus G//g ayant un phnotype grand , et les individus g//g un phno-
type petit , la prdiction est donc que les individus issus dun backcross seront
50 % grands et 50 % petits . Cette prdiction a t galement vrifie par
Mendel.
3. Mendel a travaill avec sept caractres diffrentiels : trois caractres concernent les graines
(forme arrondie ou ride , tguments bruns ou verts, cotyldons jaunes ou verts la germination),
deux caractres concernent les gousses (avec ou sans tranglement, couleur verte ou jaune de la
gousse non mre), et deux caractres concernent la position des fleurs (axiale ou terminale) et la
longueur des tiges (longues ou courtes) [Mazliak, 2002].
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Si le phnotype Grand versus Petit est bien un phnotype mendlien (ce qui est
bien lhypothse de dpart), le backcross aura la composition : 50 % grands , 50 %
petits . Par consquent, nous avons :
01.Stewart Page 13 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 13
Tableau 6
1 1 2
1 2 3
2 3 5
3 5 8
5 8 13
8 13 19
13 19 27
19 27 36
27 36 44
36 44 48
44 48 50
50 50 50
Comment peut-on interprter ces rsultats ? Tout dabord, on peut remarquer que
si r12 et r23 sont tous les deux petits moins de 10 % chacun , il existe une relation
simple : r13 est la somme de r12 et r13. Algbriquement, r13 = r12 + r23. Cela suggre
linterprtation suivante : tout se passe comme si les taux de recombinaison corres-
pondaient des distances sur une carte, et que les facteurs mendliens taient organiss
de faon linaire sur cette carte. Ainsi par exemple, si la distance entre Londres et
Salzbourg est de 1100 km, la distance entre Salzbourg et Istanbul est de 1470 km, et
la distance entre Londres et Istanbul est de 2580 km (autrement dit, la somme de
1100 + 1470), cela signifie que les trois villes sont alignes en une ligne droite sur la
carte (ce qui est peu prs le cas).
Ensuite, on remarquera que cette relation simple ne tient plus au fur et mesure
que les taux de recombinaison augmentent. Pour des valeurs de r12 et de r23 au-dessus
de 10 %, r13 est toujours moins que la somme de r12 et r13 , et ne dpasse en aucun cas
la limite de 50 %. Mais si on persiste dans lide dune organisation linaire des
facteurs gntiques sur une carte, cela peut sexpliquer aussi. En effet, si les facteurs
gntiques sont ordonns linairement les uns par rapport aux autres, pour quil y ait
recombinaison entre le Facteur 1 et le Facteur 3, il faut quil y ait :
soit une recombinaison entre 1 et 2, mais alors pas de recombinaison entre 2 et 3
(car alors la double recombinaison nous ramnerait la configuration parentale
du dpart) ;
soit une recombinaison entre 2 et 3, mais alors pas de recombinaison entre 1 et 2
(pour les mmes raisons que prcdemment).
LA GNTIQUE FORMELLE 15
Or, les rsultats du Tableau 6 sont en parfait accord avec cette relation ( une
fraction de % prs). Ainsi se consolide le concept selon lequel les facteurs gntiques
sont situs les uns ct des autres sur une carte linaire. Cest ainsi que Morgan
et ses collaborateurs ont synthtis leurs rsultats ; et cest plus que jamais le cas
aujourdhui avec la cartographie des gnomes. Il faut souligner que ce rsultat
nest en aucun cas trivial. Il ny aurait aucune impossibilit algbrique ce quon ait
des rsultats du genre : r12 = r23 = r13 = x %, que x ait la valeur de 1 %, 5 % ou 25 %.
Or, ce nest absolument pas ce que lon trouve (sauf dans le cas limite o x = 50 %,
qui est prcisment prvu par lquation [5]). Par consquent, il est tout fait lgitime
dinterprter les rsultats du Tableau 6 comme une confirmation de lhypothse selon
laquelle les facteurs gntiques sont aligns sur une carte linaire.
Aprs avoir tudi des centaines de phnotypes mendliens chez les drosophiles,
Morgan et ses collaborateurs sont parvenus regrouper tous les facteurs correspon-
dants dans quatre groupes de linkage . Pour des facteurs appartenant des groupes
diffrents, le taux de recombinaison tait de 50 %, et la sgrgation tait donc ind-
pendante. Pour des facteurs appartenant un mme groupe, tous les rsultats taient
conformes lquation [5], signifiant un alignement linaire. En additionnant de
proche en proche les taux de recombinaison entre des facteurs adjacents sur la carte,
il tait possible destimer la longueur totale de chaque groupe de linkage. On nom-
me cette unit de mesure le centi-Morgan , ou cM, en lhonneur de son inventeur.
Les rsultats pour les quatre groupes de linkage chez les drosophiles taient les suivants :
Tableau 7
Groupe cM
I 103
II 106
III 87
IV 4
par des symboles du type G/ et g/, sont appeles des allles. On dit donc que les diff-
rents allles dun mme facteur (ou gne ) peuvent occuper le mme locus. Deux
autres termes techniques : on dit quun individu est homozygote (pour un locus donn)
si les deux allles sont identiques ; lindividu est htrozygote si les deux allles sont
diffrents. Ainsi, les individus P1 et 25 % des individus F2 sont homozygotes pour les
allles G//G ; les individus P2 et 25 % des individus F2 sont des homozygotes g//g ;
tous les individus F1 et 50 % des individus F2 sont des htrozygotes G//g.
Le sex-linkage
Avant de terminer cette section sur les travaux de lcole de Morgan, il y a une
dernire srie dexpriences qui se sont prsentes dans un premier temps comme
une bizarrerie, mais dont linterprtation sest rvle finalement fort instructive et
qui apportent une pierre considrable ldifice de la gntique formelle. Soit lexp-
rience suivante, portant sur le phnotype chez les drosophiles de la couleur des yeux,
qui pouvaient tre soit rouges soit blancs. On dispose donc, conformment au schma
de la figure 1, de deux lignes parentales : chez P1 les individus ont invariablement
les yeux rouges, chez P2 les yeux blancs. On produit une gnration F1 en croisant
une femelle P1 avec un mle P2 ; ces individus F1 sont uniformment rouges. On
croise ces individus F1 entre eux pour produire une gnration F2 ; on trouve 75 %
dindividus rouges, 25 % dindividus blancs. On en conclut, comme prcdemment,
que la diffrence entre individus rouges et blancs est imputable la sgrgation dun
facteur mendlien, dont on peut dsigner les allles par R/ et r/ . Jusquici, il ny a rien
de nouveau, et tout va bien.
Cependant, y regarder de plus prs, on a une premire surprise : on constate que
les individus blancs de la gnration F2 sont tous des mles ! Cette association trs
manifeste entre le sexe et le fait davoir un phnotype rouge ou blanc indique que la
diffrence de sexe le fait dtre mle ou femelle est dtermine par la sgrgation
dun facteur mendlien troitement li au locus occup par les allles R/ et r/ . Dsi-
gnons les allles en question par M/ et F/ . Il existe alors deux possibilits simples :
soit les individus htrozygotes M//F sont des mles, auquel cas les femelles seront
des homozygotes F//F ; soit les individus htrozygotes M//F sont des femelles,
auquel cas les mles seront des homozygotes M//M. Dans les deux cas, le croisement
entre un mle et une femelle est en quelque sorte un backcross, ce qui explique pourquoi
la proportion des mles et des femelles parmi les descendants est gnralement de
50 % / 50 %. Nous admettrons, sans en faire la dmonstration, que dans le cas qui
nous intresse ici ce sont les mles qui sont htrozygotes M//F, et que les femelles
sont des homozygotes F//F. (Cest effectivement le cas chez les drosophiles, et plus
gnralement chez les insectes et aussi chez les mammifres ; par contre, chez les
oiseaux et chez certains reptiles, ce sont les femelles qui sont htrozygotes et les
mles homozygotes). Voyons si ces hypothses permettent dexpliquer les rsultats
de lexprience.
01.Stewart Page 17 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 17
Chez la ligne P1, les femelles auront le gnotype R-F//R-F, et les mles le gnotype
R-F//R-M. Chez la ligne P2, les femelles auront le gnotype r-F//r-F, et les mles le
gnotype r-F//r-M. Si donc on croise une femelle P1 avec un mle P2, les femelles F1
auront le gnotype R-F//r-F, et les mles F1 auront le gnotype R-F//r-M. Ces gnotypes
ont tous le phnotype rouge , ce qui est conforme lobservation. Afin dtablir
une prdiction pour le F2, on prsuppose quil ny a pas de recombinaison entre les
allles R/ ou r/, et les allles M/ ou F/. Cela permet de dresser le tableau suivant
(comparable au Tableau 3) :
Tableau 8
On voit que les 25 % dindividus ayant le gnotype r//r (et donc un phnotype
blanc ) ont aussi un gnotype M//F (et donc le phnotype mle ) ; les 75 %
dindividus restants ont tous un gnotype R//R ou R//r (et donc, mles ou femelles,
auront un phnotype rouge ). Ces prdictions sont conformes lobservation.
Toutefois, on peut signaler (sans en faire la dmonstration, quon laissera au soin des
lecteurs devenus des adeptes de la gntique formelle deffectuer) que si lon avait
adopt lhypothse alternative, selon laquelle les femelles sont des htrozygotes
F//M et les mles des homozygotes M//M, on aurait abouti la mme prdiction
concernant les proportions des phnotypes chez les mles et les femelles de la gn-
ration F2. Cela illustre bien le point soulign par Popper, selon lequel la vrification
dune prdiction, aussi gratifiant que cela puisse tre, ne constitue jamais une preuve
dfinitive de la validit dune hypothse, car il est toujours possible quune hypothse
alternative fournisse la mme prdiction. Ainsi, seules les rfutations sont dcisives.
Puisque, de toute faon, nous navons jusquici russi qu reproduire les observations
initiales qui ont suscit llaboration de nos hypothses, il convient de procder des
prdictions indites.
On va donc tablir des prdictions concernant lexprience suivante, qui est
une variante de la prcdente. Cette fois-ci, on produit la gnration F1 en croisant
un mle P1 avec une femelle P2. En se basant sur les mmes hypothses que prcdem-
ment, les femelles F1 auront le gnotype r-F//R-F, et les mles F1 auront le gnotype
r-F//R-M. On prvoit donc que les individus F1, mles ou femelles, seront uniform-
ment rouges. Afin dtablir les prdictions pour la gnration F2, on dresse le tableau
suivant :
01.Stewart Page 18 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
Tableau 9
LA GNTIQUE FORMELLE 19
lecteurs de la gntique formelle (ceux et celles qui y auront pris got peuvent exa-
miner ces cas comme un exercice) ; on se contentera donc de dire que ces prdictions,
et bien dautres encore, ont bien t vrifies par Morgan et ses collaborateurs. Ainsi,
les hypothses que nous avons formules sont, sinon dfinitivement prouves (mais
rappelons, en suivant Popper, quaucune hypothse scientifique ne lest jamais),
tout le moins trs bien tayes.
Avant de quitter les travaux de lcole de Morgan, nous ferons une dernire remar-
que sur ce phnomne que lon nomme en anglais le sex-linkage . Nous avons
suppos, afin dtablir le Tableau 8, quil ny avait pas de recombinaison entre les
allles R/ ou r/, et les allles M/ ou F/ . Maintenant que nous avons tabli que lallle
M/ annule en quelque sorte les allles R/ ou r/ qui lui sont associs ce que nous
avons exprim par les formules {R}-M/ et {r}-M/ labsence de recombinaison entre
M/, dune part, et R/ ou r/, dautre part, sexplique naturellement. Il reste la question
dune possible recombinaison entre lallle F/ et les allles R/ ou r/. De telles recombi-
naisons pourraient se produire chez des individus femelles avec le gnotype R-F//r-F ;
seulement elles seraient indcelables, car la mre ne peut que transmettre ses
descendants les combinaisons R-F/ et r-F, dans les proportions 50 % / 50 %, quil y
ait ou non recombinaison. Pour cette raison, on ne peut pas cartographier les allles
F/ (et M/). Par contre, il existe un grand nombre de loci (chez les drosophiles, notam-
ment) qui exhibent le phnomne de sex-linkage cest--dire que les phnotypes
exhibent le mme type de comportement que celui que lon vient de dcrire pour la
diffrence phnotypique yeux rouges versus yeux blancs . Or, pour tous ces loci
pris deux deux, on peut parfaitement produire (chez des femelles) des individus qui
sont des doubles htrozygotes (ce qui est la condition pour quune recombinaison
soit dcelable). Il est donc tout fait possible de cartographier ces loci entre eux. Il
nest pas surprenant (mais il est quand mme rconfortant) que ces loci se regroupent
tous dans un seul groupe de linkage, dans le sens que nous avons dfini page 15 (en
loccurrence, il sagit du groupe III du Tableau 7).
Dfinition 1 : Un gne est un facteur tel quune diffrence entre des formes de ce
facteur est la cause dune diffrence entre des formes dun phnotype mendlien.
01.Stewart Page 20 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
Dans le contexte de la gntique formelle, un gne est une entit que lon ne
peut pas observer directement en tant que telle. Cest un objet scientifique qui
est constitu, de prime abord, en thorie ; on ne peut lobserver, et le caractriser,
quindirectement, en vertu de ses effets sur dautres entits qui, elles, sont observables.
Dun point de vue pistmologique, ce nest pas une nouveaut, au contraire : cet
gard, les gnes sont comparables dautres objets scientifiques majeurs comme
les atomes en chimie, les particules lmentaires en physique ou les trous noirs en
astronomie, qui eux aussi sont constitus en thorie et ne sont observables quindi-
rectement en vertu de leurs effets.
Dans le cas des gnes, les effets en question sont des diffrences phnotypiques
dans des croisements contrls. Or, malgr la grande simplicit de ces observations
et malgr le fait quil sagit dobservations qui ne portent quindirectement sur les
gnes eux-mmes, nous avons pu caractriser les gnes avec une prcision et un dtail
tout fait remarquables. Faisons linventaire de leurs caractristiques, assorti de quel-
ques commentaires :
Les gnes sont des entits discrtes, qui ne se mlangent pas quand elles se ctoient.
(Commentaire : Les gnticiens de lpoque classique les concevaient volontiers
comme de petites particules ou, dune faon plus image, comme de petites billes
solides. Autrement dit, les gnes ne sont pas des entits ayant la continuit dun
fluide, car dans ce cas ils se mlangeraient irrvocablement comme de lencre et
de leau. Mais ce ne sont l que des mtaphores).
Chaque gne possde deux formes distinctes, que lon appelle des allles. (Commen-
taire : Un gne peut, ventuellement, possder plusieurs allles : trois, quatre ou
mme plus ; dans ce cas, on parle dune srie alllique . La seule condition est
quune diffrence dallle doit correspondre une diffrence dans un phnotype
observable. Par contre, un gne nayant quun seul allle serait de ce fait inobser-
vable, mme indirectement4).
Pour un gne donn, le gnotype entit thorique que lon ne peut dfinir que
dans sa relation avec un phnotype diffrentiel est compos dexactement deux
gnes. (Commentaire : rappelons que le phnotype nest pas nimporte quel
trait mesurable de lorganisme. Ce que nous avons appel un phnotype men-
dlien doit permettre de catgoriser les individus dans deux classes distinctes ;
de plus, ces diffrences phnotypiques doivent se comporter en accord avec le
schma de la figure 1, ce qui permet den infrer la sgrgation des gnes).
Des deux gnes qui composent le gnotype dun individu, lun provient de
son parent mle, lautre de son autre parent femelle. (Commentaire : la gntique
formelle met les deux sexes sur un pied dgalit parfaite).
4. Si on dfinit un gne comme tant un certain type de squence dADN qui code pour une protine,
comme on le fait aujourdhui, cette affirmation nest plus exacte. Mais mme dans ce cas, si on
veut dire quun gne dtermine un caractre phnotypique dun organisme (notamment quand
le phnotype existe un niveau dorganisation au-del de celui des protines), on est bien oblig
de revenir la dfinition diffrentielle. Cette question sera discute en pages 88-91.
01.Stewart Page 21 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 21
Quand un individu devient son tour parent, les gnes reus de ses propres parents
sont copis un grand nombre dexemplaires.
Un parent transmet chacun de ses descendants une copie de lun ou lautre de
ses deux gnes ancestraux. Le choix du gne transmettre se fait alatoirement,
avec une probabilit de 50 % pour chacun.
Les gnes sont organiss linairement les uns par rapport aux autres, dans un
certain nombre de groupes de linkage . (Commentaire : les gnticiens classiques,
en filant la mtaphore des billes , simaginaient que les gnes senfilaient sur
une ficelle, la faon des perles dun collier. Un peu plus abstraitement, on peut
reprsenter les gnes comme occupant des sites en ligne droite sur une carte ).
Des gnes appartenant des groupes de linkage diffrents sont transmis indpen-
damment les uns des autres. (Commentaire : cela veut dire que chaque groupe de
linkage possde sa propre carte ).
- Des gnes appartenant un mme groupe de linkage ne sont pas transmis indpen-
damment les uns des autres. Lassociation entre deux gnes est dautant plus forte
(cest--dire que la probabilit dune recombinaison par rapport aux configurations
ancestrales est dautant plus faible) que les gnes sont proches sur la carte du groupe
de linkage.
Chez les drosophiles, il existe quatre groupes de linkage, avec les longueurs
suivantes : Groupe I 106 cM, Groupe II 103 cM, Groupe III 87 cM, Groupe IV 4 cM.
Lun des groupes de linkage prsente la particularit de comporter un gne dont
les deux allles M/ et F/ dterminent la diffrence de sexe entre les mles et les
femelles. Chez les drosophiles, ce gne se situe dans le Groupe III. Les femelles
sont des homozygotes F//F, les mles des htrozygotes M//F.
Lallle M/ annule les allles qui normalement lui seraient associs dans ce
groupe de linkage.
De ce fait, il ny a pas de recombinaison entre les allles associs lallle M/. Par
contre, la recombinaison se fait normalement entre des allles associs lallle F
chez les femelles F//F.
La thorie chromosomique
Cest en 1887 que Boveri et Van Beneden ont observ pour la premire fois des
structures microscopiques, que lon appelle des chromosomes en raison de leur
capacit absorber des colorants. Les chromosomes sont visibles sous le microscope
dans les noyaux de toutes les cellules au moment de la division cellulaire. Dans les
annes 1920, les proprits des chromosomes avaient t dcrites avec une grande
prcision. Faisons linventaire :
Les chromosomes sont gnralement prsents en nombre pair, ce que lon indi-
que par la formule 2n . Des observations portant sur la morphologie fine des
01.Stewart Page 22 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
Cellule parentale
Prophase
Mtaphase
Anaphase
Tlophase
chromosomes montrent que non seulement le nombre est pair, mais quil sagit
vritablement de n chromosomes diffrents dont chacun est prsent en deux
exemplaires apparemment identiques.
Lors de la division cellulaire normale, appele mitose, les chromosomes sont
dupliqus. Des observations fines rvlent lexistence dun mcanisme trs prcis
(la mitose) qui assure que chacune des deux cellules filles obtient un et un seul
exemplaire de chacun des 2n chromosomes.
01.Stewart Page 23 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 23
1 2 3 4 5 6
Spindle
7 8 9
Tableau 10
* Ces valeurs sont typiques, mais varient considrablement selon le stade exact de la division cellulaire
et le mode de prparation cytologique.
Toujours chez les drosophiles, les deux chromosomes (III) des femelles sont
parfaitement homologues ; on les dsigne habituellement dailleurs par la notation
chromosomes X . Par contre, chez les mles, il existe un seul chromosome X
normal (cest--dire homologue aux chromosomes X des femelles). Lautre
chromosome III (que lon peut juger tel en raison de son association avec le
chromosome III normal lors de la miose) est tout petit : on lappelle un chromo-
some Y .
01.Stewart Page 25 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 25
Il naura sans doute pas chapp au lecteur attentif quil existe des correspondances
remarquables entre les proprits des gnes, telles que nous les avons dtailles
pages 20-21, et celles des chromosomes que nous venons dnumrer. Afin de souligner
ces correspondances, dressons un tableau rcapitulatif dans lequel les caractrisations
respectives des gnes et des chromosomes soient dbarrasses des commentaires et
des remarques mthodologiques et explicatives.
Tableau 11
1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18
19 20 21 22 X Y
350
Distance gntique (cM)
300
250
200
150
100
50
0
0 0,5 1 1,5 2 2,5 3
Longueur des chromosomes (microns)
Figure 5. L cM versus L m
La relation troite entre les longueurs des diffrents groupes de linkage mesures
en cM, et les longueurs des chromosomes correspondants mesures physiquement
en microns sur un caryotype. Il sagit ici des valeurs chez ltre humain.
01.Stewart Page 27 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 27
Dans la figure 5, on voit la trs bonne correspondance entre les longueurs des
diffrents groupes de linkage mesures en cM, et les longueurs des chromosomes
mesures physiquement en microns.
Ces correspondances sont dautant plus remarquables que les proprits des gnes
dune part, des chromosomes dautre part, ont t tablies dans lindpendance la
plus totale. Les proprits des gnes sont tablies par des observations portant uni-
quement sur des diffrences phnotypiques dans des croisements contrls. Les
proprits des chromosomes sont tablies par des observations cytologiques, faites
laide dun microscope et ne ncessitant pas de croisements particuliers. Mais ce ntait
pas seulement la nature des observations qui tait diffrente ; les deux communauts
des gnticiens dune part, des cytologistes dautre part, signoraient mutuellement.
Cet isolement (on ne peut pas parler de divorce car il ny a jamais eu de mariage)
prfigurait dj lexclusion rciproque entre gntique et biologie que nous avons
note dans lIntroduction.
Nanmoins, les correspondances listes dans le Tableau 11 sont si remarquables
quelles ont fini par tre remarques (on ne sait pas exactement par qui : il ny a pas
de grand nom associ ce qui deviendra la thorie chromosomique ). Et une
fois remarques, ces correspondances conduisent inluctablement une conclusion
vidente : les gnes se situent dans les chromosomes. Autrement dit, les gnes ces
entits inobservables, constitues de prime abord en thorie possdent bel et bien
une existence matrielle. Comme le disait trs joliment un gnticien anonyme de
lpoque, si les chromosomes navaient pas exist, il aurait fallu les inventer ce
qui en dit long sur le primat de la thorie dans lesprit des gnticiens classiques.
Les correspondances du Tableau 11 sont loquentes au plus haut point. Toutefois,
ce stade la thorie chromosomique reste une interprtation aprs-coup de rsultats
antrieurs. Afin de consolider son statut en tant que thorie pleinement scientifique,
il serait souhaitable den tirer des prdictions indites que lon pourrait mettre
lpreuve. Et il existe, en effet, un point sur lequel il subsiste un flou artistique. Il y a
bien une correspondance entre le fait qu lintrieur dun groupe de linkage, il y
ait recombinaison entre les gnes et le fait que lors de la miose, la formation dun
chiasme produise une recombinaison des chromatides. Mais il reste dmontrer que
lvnement singulier dune recombinaison gntique est rigoureusement le mme
vnement singulier quune recombinaison entre chromatides. La dmonstration positive
en fut apporte par McClintock. Ce nest peut-tre pas un hasard si Barbara McClintock
tait cet oiseau rare, une scientifique la fois gnticienne, cytologiste et, de surcrot,
une biologiste pourvue dune sensibilit extrme pour lorganisme [Fox-Keller,
1983]. Afin dtudier cette question, il faut une situation o la diffrence entre deux
allles gntiques soit observable au niveau cytologique des chromosomes, ce qui
nest gnralement pas le cas. McClintock a dcouvert un certain nombre de variants
morphologiques au niveau des chromosomes qui produisaient des diffrences
01.Stewart Page 28 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
La suite
La suite de lhistoire est aujourdhui beaucoup mieux connue, et on se contentera
ici de la rsumer assez succinctement et partiellement. Dun point de vue biochimique,
les chromosomes sont composs de deux sortes de molcules : des protines et des
acides nucliques. Dans les annes 1930, les protines taient bien connues pour avoir
des proprits biologiques intressantes. En particulier, les enzymes qui catalysent les
ractions mtaboliques de la cellule sont des protines. De plus, on savait quil existait
une relation intime entre les gnes et les protines. Notamment grce aux travaux de
Beadle et Tatum chez le champignon Neurospora, on savait quune mutation gntique
(cest--dire une altration dun gne gnrant un nouvel allle) pouvait avoir comme
phnotype un enzyme dysfonctionnel ce qui a conduit la formule clbre :
1 gne 1 enzyme . Dun autre ct, les acides nucliques taient beaucoup moins
tudis ; on considrait gnralement quils taient chimiquement assez inertes (ce
qui est toujours vrai), et structurellement assez monotones (ce qui sest avr un
peu moins vrai quon ne le pensait). Il tait donc tout fait naturel de considrer que
les gnes taient des protines et que les acides nucliques des chromosomes en
particulier, lADN jouaient un rle subalterne dossature structurelle. Encore fallait-
il le prouver.
En 1944, Avery, travaillant sur le phnomne de la transformation chez des
bactries, a dmontr quun caractre phnotypique (la virulence par rapport
des formes bnignes ) pouvait tre transmis dune souche virulente une souche
bnigne par des extraits cellulaires. En fractionnant la matire transmise en des
composants plus spcifiques, on pouvait examiner si la composante active tait
constitue de protines ou dADN. Cela a donn lieu un pisode assez amusant du
point de vue de la sociologie de la science. Au point de dpart, les chromosomes
taient connus pour tre composs en proportions peu prs gales de protines et
dacides nucliques ; ce stade, pour les raisons que nous avons expliques, la quasi-
totalit de la communaut des gnticiens considraient que les gnes figuraient
dans la partie protique. Les premires purifications taient trs imparfaites : on
01.Stewart Page 29 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 29
5. Si ce nest que les dveloppements de la biologie molculaire ont permis de ne plus jamais men-
tionner la gntique formelle, ni sen servir, ni surtout lenseigner. Voir encore pages 88-91.
01.Stewart Page 31 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
LA GNTIQUE FORMELLE 31
6. Cela est dautant plus facile quon a compltement oubli les origines de la gntique mend-
lienne, et donc les questions poses lorigine.
7. Notamment en incluant la fonction de la synthse des protines dans la dfinition du gne. Voir
pages 88-91.
01.Stewart Page 32 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
02.Stewart Page 33 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
CHAPITRE 2
Spendeurs et misres
de la gntique
Cellules Diffrence
Macro-molcules Diffrence
(dont les gnes)
Dans ce schma, lexistence mme de chaque niveau dorganisation est une mer-
gence qui dpend du maintien dun certain nombre de relations spcifiques entre les
entits appartenant au niveau dorganisation sous-jacent. Autrement dit, il y a tout
un ensemble de relations, des niveaux dorganisation successifs, qui doivent absolu-
ment rester invariantes : faute de quoi, il ny aurait tout simplement ni organisme, ni
phnotype, ni gnes. Ainsi, la possibilit mme pour quune diffrence dans un gne
puisse parcourir toute la chane causale pour aboutir une diffrence phnotypique
observable, est conditionne par le maintien dun ensemble dinvariances sous-
jacentes.
Nous arrivons un moment important : dune certaine manire, tout ce livre se
rsume en ce point. Nous avons dj soulign que la gntique formelle est constitu-
tivement aveugle tout ce qui est invariant. La conclusion simpose : la gntique
formelle possde la particularit pistmologique dtre radicalement aveugle quant
ses propres conditions de possibilit 1.
1. Il est plus que probable quun biologiste molculaire contemporain rtorquerait : Oui, ctait vrai
de la vieille gntique formelle ; mais ce nest plus vrai de la gntique molculaire, qui elle, au
contraire, en soccupant de la fonction du gne (cest--dire de la protine pour laquelle il code)
rpond toutes ces critiques. Mais cela est compltement faux (et le fait que le biologiste molcu-
laire ne comprend pas illustre seulement le fait quil sagit bel et bien dune tache aveugle, o lon
ne voit pas que lon ne voit pas). En deux mots : la focalisation sur le niveau des protines nannule
en rien la nature diffrentielle intrinsque toute information ; elle occulte seulement limpor-
tance de toutes les tapes de la chane de causalit diffrentielle conduisant au phnotype final ,
cest--dire celui qui est biologiquement significatif pour lorganisme en tant que tel. Pour une
discussion plus labore, voir pages 88-91.
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La phylogense
La thorie de lvolution, entre Darwin et Mendel
Le nom de Darwin est intimement associ la thorie de lvolution, lide selon
laquelle les organismes vivants nont pas toujours t comme ils sont aujourdhui,
mais quils se sont lentement transforms au cours des temps gologiques. Les deux
propositions majeures de la thorie de lvolution sont les suivantes :
1. Tous les tres vivants descendent dun seul (ou, la rigueur, de quelques rares)
anctre(s) commun(s), dorganisation trs simple.
2. Toutes les espces actuellement vivantes drivent les unes des autres, formant une
espce gnalogique, buissonnante partir de la souche originelle [Mazliak,
2002].
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2. Cest le lieu de reconnatre explicitement que la prsentation des travaux de Mendel pages 5 11
de ce livre nest sans doute pas exactement celle quaurait donne Mendel lui-mme. Notre prsen-
tation sappuie notamment sur linterprtation donne par William Bateson, professeur de gntique
luniversit de Cambridge, lors de la redcouverte de Mendel au dbut du XXe sicle.
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3. Cette thorie, ainsi que les concepts de plasma germinatif et de plasma somatique , sera
explique dans la prochaine section en relation avec la figure 7.
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4. Ce point est plaisamment illustr par lanecdote du maire mafieux dune grande ville amricaine, qui
aurait dit : Je veux bien laisser le peuple voter, condition que ce soit moi qui choisisse les candidats .
En effet, la slection (comme le vote) devient drisoire si les variations (comme les candidats) sont
truques davance. Le rle incontournable du hasard dans la thorie darwinienne, et consolid
dans la version nodarwinienne, est profondment discut et mis en vidence par les travaux de
Lenay (1999).
5. Il est vrai que la transcriptase rverse sinscrit un peu en faux contre luniversalit absolue dune
transmission unidirectionnelle de linformation ; mais il sagit justement dune exception qui
prouve la rgle et qui ne change rien dessentiel au dogme .
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Germen G G G G
6. Il est vrai que Weismann dit avoir coup des queues de souris sur vingt gnrations, et observ qu
la vingt-et-unime gnration, les souris naissaient quand mme avec des queues. Mais on peut
mettre cette prtendue observation sur le mme plan que lexprience de Galile, qui dit
tre mont en haut du mt dun bateau en pleine mer, avoir laiss tomb un poids et observ que
celui-ci tombait non pas en arrire mais au pied du mt. Questionn ce propos vers la fin de sa
vie, Galile a reconnu quil navait jamais ralis cette exprience ; il la simplement imagine des
fins polmiques, afin de donner une illustration saisissante de sa thorie. On peut penser quil en
est de mme pour lexprience de Weismann : mme sil la vraiment faite, ctait aprs avoir
formul sa thorie, afin de lillustrer de faon dramatise. Quoi quil en soit, cette exprience ne
prouve rien du tout : pour une discussion la fois approfondie et plaisamment humoristique, voir
Oyama (1985).
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cellulaire qui donne lieu aux gamtes (spermatozodes ou ovules). Dans les espces
quil a observes, cette ligne cellulaire germinale tait squestre trs tt dans
lembryogense, peu de temps aprs la fcondation de luf. Il sest avr par la suite
que ce phnomne de squestration prcoce tait lexception et non la rgle : presque
toutes les cellules des plantes, et un grand nombre de cellules embryonnaires chez les
animaux, peuvent donner lieu des gamtes. Mais cette erreur de Weismann, aussi
rvlatrice quelle soit de la nature a priori de son schma conceptuel, ne porte pas
consquence partir du moment o le plasma germinatif est identifi avec les
gnes chromosomiques, qui mme dans les cellules somatiques sont peu affects par
des influences environnementales.
Dans le cadre de la synthse nodarwinienne, le plasma germinatif est donc
identifi avec les facteurs mendliens situs dans les chromosomes. Par la suite, le
paradigme nodarwinien a donn lieu au formidable programme de recherche de la
biologie molculaire. Comme on le sait, cela a permis didentifier le substrat bio-
chimique des gnes entits transmises inchanges de gnration en gnration
comme tant lADN. Mais, ce qui est bien plus pertinent pour notre propos, les gnes
dans leur ensemble ont repris aussi le deuxime rle attribu par Weismann au plasma
germinatif . Cest ainsi quest n le concept dun programme gntique cens
diriger la formation du corps de lorganisme. Nous avons remarqu, dans lIntroduction,
que si la seule fonction des gnes tait dintervenir dans la synthse des protines, la
gntique naurait jamais pris la position hgmonique qui est la sienne au sein de la
biologie contemporaine. Nous dtenons ici la cl de lnigme : la gntique est hg-
monique parce que les gnes sont supposs constituer un programme gntique
qui dtermine la quasi-totalit de chaque organisme vivant. Afin de disposer dune
formulation autorise, citons lun des plus grands thoriciens de la biologie mol-
culaire, Franois Jacob (1970).
Tout comme il est parfois salutaire de demander si le roi nest pas nu, il peut tre
utile ici de poser la question nave, tellement lencontre de ce que tout le monde
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prend comme allant de soi que celui qui ose la poser risque de se couvrir de ridicule.
La question est : comment sait-on que le programme7 est gntique ? Dans la
littrature, on trouve trois types de rponse cette question :
a) On considre quun caractre est gntique si une diffrence dans un gne, les
autres choses tant suffisamment gales par ailleurs, est la cause dune diffrence
dans le caractre. Dans ce sens, loppos dun caractre gntique est un carac-
tre environnemental o une diffrence dans un caractre est imputable une
diffrence dans lenvironnement, les gnes tant suffisamment gaux par ailleurs.
b) On considre quun caractre est gntique sil est inn , cest--dire sil est
invariant au sein dune espce.
c) Le soma dun organisme multicellulaire est form par le processus de lontogense.
Au cours de ce processus, les cellules issues des divisions successives de luf
fertilis se diffrencient progressivement. Chez les animaux, lissue de la gastru-
lation se forment trois types de cellules : lendoderme, lectoderme et le msoderme.
Par la suite, lendoderme donne lieu aux cellules de lestomac et du tract intestinal ;
lectoderme donne lieu aux cellules de la peau et du tissu nerveux ; le msoderme
donne lieu aux muscles, aux os et au sang. Or, on sait qu la suite des divisions
mitotiques, les gnes de toutes les cellules sont identiques. Par consquent, si de
telles diffrences se produisaient entre des individus diffrents, on naurait aucune
hsitation les qualifier de diffrences environnementales (voir (a) ci-dessus).
Mais ds que ces diffrences se produisent lintrieur dun seul organisme au
cours de son ontogense, on dclare quelles sont gntiques pour la seule
raison, semble-t-il, que lontogense est cense rsulter du dploiement du
programme gntique .
Chacune de ces raisons, prise sparment, peut tre examine et pourrait ven-
tuellement tre recevable. Mais avant mme de discuter plus en dtail chacune de ces
trois raisons ce que lon fera , il est remarquer quelles sont totalement incoh-
rentes entre elles. On ne peut pas sappuyer sur une dfinition qui ne fait sens que si
des caractres sont variables comme en (a), et en mme temps faire fond sur des
phnomnes dinvariance comme en (b). Quant la dfinition (c), elle est en contra-
diction directe avec (a). Le fait mme que ces incohrences passent gnralement
inaperues est dj troublant, et indique que le roi du royaume nodarwinien nest
peut-tre pas aussi bien habill quon le croit8.
Regardons donc de plus prs chacune des raisons habituellement donnes pour
considrer que le programme est gntique.
7. Si programme il y a. Nous reviendrons sur cette question dans la section suivante, o nous
examinerons plus en profondeur la question de lontogense.
8. Comme dans la blague, celui qui dit : Ta vieille machine, je te lai dj rendue en bon tat, dailleurs
elle tait dj casse quand tu me la file, dailleurs tu ne me la jamais prte en rajoute trop et nest
manifestement pas net.
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La dfinition (a) de ce qui est gntique et de ce qui ne lest pas est parfaitement
cohrente avec tout ce que nous avons dit de la gntique mendlienne au chapitre 1,
et nous allons la retenir ici.
La dfinition (c) est directement contradictoire avec (a), et nous pouvons la rejeter
sans autre forme de procs. On remarquera que, de toute faon, elle est vicie par une
circularit : elle revient dire que le programme gntique est gntique parce quil
est gntique.
La dfinition (b) nest pas compatible avec lpistmologie foncirement diffren-
tielle de la gntique mendlienne. En effet, il faut quil y ait des variations dans un
caractre observable pour que lon puisse faire une analyse de variance, et attribuer ces
variations soit des diffrences gntiques, soit des diffrences environnementales.
Si le caractre en question est invariant, cela ne veut pas dire quil est gntique ,
ni dailleurs quil est environnemental , mais tout simplement que la distinction
gntique versus environnemental na plus de sens.
Ce point a donn lieu tant de confusions quil mrite un approfondissement.
On dfinit lhritabilit dun caractre comme la proportion de la variation totale
qui provient de diffrences gntiques. Ainsi, si les variations sont principalement
dues des diffrences gntiques, lhritabilit sera proche de 1,0 ; par contre, si les
variations sont dues des diffrences environnementales, lhritabilit sera proche
de 0. Or, lhritabilit nest pas une bonne proprit dun caractre donn, car elle
dpend de la population considre. Ainsi, un mme caractre peut avoir une hrita-
bilit soit proche de 1, soit proche de 0, suivant la population en question. Prenons
lexemple du caractre couleur de la peau chez les tres humains. Si la population
provient dune hybridation entre des Africains noirs et des Europens blancs, et que
tous les membres de cette population vivent dans un milieu relativement constant,
les variations de la couleur de la peau au sein de cette population seront presque en-
tirement gntiques et lhritabilit sera proche de 1. Par contre, si la population
est racialement homogne (par exemple, tous les individus sont des Europens), mais
quil se trouve que certains individus se sont exposs au soleil plus de dautres de sorte
que certains sont bronzs et dautres pas, les variations de la couleur de la peau
au sein de cette population seront presque entirement environnementales ; par
consquent, lhritabilit de ce mme caractre sera proche de 0.
En fait, si lon veut dcrire les diffrents caractres dun organisme par une
proprit qui est stable et qui ne dpend pas de la population particulire que lon
observe, il ne faut surtout pas prendre lhritabilit. Un bien meilleur candidat est la
distinction entre des caractres qui sont plastiques (cest--dire quil est relativement
ais de les faire varier) et dautres qui sont immuables . Nous reviendrons sur ce
point loccasion de notre discussion de lontogense. Pour le moment, prenons
simplement des exemples. Chez les tres humains, il nest pas rare de trouver des
individus qui psent moins de 50 kg, alors que dautres psent plus que 100 kg ; ainsi,
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le caractre poids est plastique car il varie facilement dun facteur deux. Par
contraste, le caractre nombre de doigts est assez immuable : presque tout le monde
a 10 doigts ; il est trs rare de trouver un individu avec 9 ou 11 doigts, et mme dans
ce cas il sagit gnralement dun accident manifestement exceptionnel. Or, si un
caractre est plastique, dans une population naturelle o il existe la fois des diff-
rences gntiques et des diffrences environnementales, il est probable que les deux
provoqueront des diffrences dans le caractre de sorte que lhritabilit de celui-ci
sera de lordre de 50 %. Par contre, si le caractre est immuable, ni des diffrences
gntiques ni des diffrences environnementales ny provoqueront des variations, de
sorte que son hritabilit ne sera ni grande ni petite, mais 0/0, cest--dire indtermine.
Comme nous lavons dj dit, tout ce qui est invariant tombe dans la tache aveugle
de la gntique. La conclusion est claire : ds que lon veut employer le concept de
programme gntique pour expliquer les rgularits et les invariances, il ne reste
plus aucune raison valable pour considrer que le programme est gntique9.
Linformation
En faisant le bilan jusquici, on constate que les difficults saccumulent bien
autour de la question des invariances au cours de lontogense. Afin de pousser plus
loin notre analyse critique, il est utile de remarquer que la notion dun programme
gntique tire une grande partie de son attrait et de sa lgitimit apparente de sa
proximit avec le concept de programme en informatique. En effet, un programme
informatique dirige bel et bien un ensemble de calculs raliss par un ordinateur. Les
liens conceptuels et les emprunts (rciproques dailleurs) entre la biologie molculaire
et la cyberntique sont bien connus [Morange, 1994 ; Jacob, 1970, 1981]. En particulier,
les notions de transmission et de traitement de linformation jouent un rle cl dans
les deux domaines. Il convient donc dexaminer de plus prs les fondements pistmo-
logiques de ce concept d information , afin de dgager ses conditions de validit.
Comme mot de la langue, le terme information est trs polysmique. Ainsi,
on parle des infos de 20 heures la tlvision (ou la radio), des informations
recherches par des espions ou des services secrets. On parle douvrir une information
dans un contexte judiciaire (instruction) ou policier (enqute). Beaucoup plus bana-
lement, les services dinformation la gare renseignent sur les horaires des trains
et leurs ventuels retards. En franais, ltude des ordinateurs sappelle informatique .
Et, comme nous lavons vu, en biologie nodarwinienne, on parle des informations
gntiques . Or, la science saccommode mal de ce genre de polysmie ; il est donc
important de donner ce terme information une dfinition beaucoup plus prcise
et rigoureuse. Cest ce que permet la thorie de Shannon et Weaver.
Cette thorie se base sur le schma dun metteur qui met un message lintention
dun receveur. Dun point de vue formel (qui est videmment tout fait cohrent ici, car
la gntique mendlienne est aussi un cadre thorique formel), le message consiste
en une chane de symboles, pris dans un alphabet fini (par exemple A1, A2, A3, ... An).
On peut alors donner une dfinition prcise et quantitative de la quantit dinformation
dans un message. Lide de base est la suivante : on considrera que la quantit
dinformation est dautant plus grande que la probabilit du message est faible. Cela
correspond assez bien lintuition : si vous me dites il y a eu des embouteillages sur
lautoroute A6 lentre de Paris ce matin (vnement dont la probabilit a priori
tait trs leve), vous ne mapportez pas beaucoup dinformation ; mais si vous me
dites il ny a pas eu dembouteillages sur lautoroute , ce sera une information impor-
tante. Appliqu aux symboles dun message, cela permet dcrire mathmatiquement :
Puisque chaque symbole Ai apparat avec une frquence pi , lefficacit dun systme
de communication est donne par la formule10 :
I = ! pi log(pi)
Cette formule est dune trs grande utilit pour les ingnieurs des tlcommuni-
cations, dont le travail consiste en grande partie optimiser le flux des informations
ainsi dfinies. On remarquera que, dans ce contexte, un acte de communication com-
porte trois parties : i) lmission dun signal, ii) le transport (physique) du message de
lmetteur au rcepteur, et iii) la rception du signal. Or, dans le cas (gnral) o le
signal mis nest pas directement perceptible comme tel par le rcepteur, il faut
encoder le signal dans une forme propice sa transmission distance, et ensuite dcoder
10. Cette formule est mathmatiquement quivalente celle employe en mcanique statistique pour
dfinir lentropie dun systme physique. Cette quivalence a donn lieu une abondante littra-
ture sur une ventuelle ralit physique de linformation , qui permettrait aux systmes
dynamiques de rsister une tendance vers le dsordre . Je ne rentrerai pas dans ces questions
ici.
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le message pour restituer le signal initial. Par exemple, le code Morse consiste encoder
les lettres de lalphabet habituel en bips brefs ou longs ( S cod ... , O cod
_ _ _ , etc.), forme adapte sa transmission par une radiophonie relativement rudi-
mentaire. Pour le tlphone, les ondes sonores de la voix doivent tre encodes (par
un microphone) sous forme de variations dintensit dun courant lectrique, ce qui
permet sa transmission par des fils conducteurs, avec dcodage par un haut-parleur.
Il en est de mme pour les missions de radio ou de la tlvision.
Ce qui est noter, cest que toutes ces oprations sont purement formelles, cest-
-dire quelles ne prennent absolument pas en compte laspect smantique (ventuel)
du message en cause. Mais ds lors, la question est pose : comment se fait-il que la
communication ainsi dfinie possde quand mme un sens, quelle veuille dire
quelque chose ?
Lopration de base de la smantique formelle (hrite du programme de
recherche sur les fondements des mathmatiques initi par Hilbert) consiste mettre
en place un systme de correspondances, terme terme, entre les symboles, dune
part, et leurs rfrents , dautre part. Appliquons ce schma la situation qui nous
intresse ici, savoir la communication par voie de transmission dinformations. Il
faut que lmetteur dispose dune manire de catgoriser les situations dans le monde
qui font sens pour lui ; et ensuite, dune manire dencoder la situation dans laquelle
il se trouve sous forme dune chane de symboles. Or, pour que les interlocuteurs
puissent comprendre smantiquement quoi que ce soit par leur acte de communication,
le rcepteur doit partager la mme manire de catgoriser les situations du monde, et
il doit aussi partager la mme manire de les encoder/dcoder dans des chanes
symboliques. Toute la question est alors de savoir par quel genre de processus les inter-
locuteurs peuvent en venir partager leurs systmes de catgorisation et de codage.
Cette question est dautant plus redoutable quen temps normal, quand la
communication fonctionne plus ou moins bien (cest--dire quand il ny a pas de
mcomprhension flagrante), le fait que la communication smantique dpende
radicalement de cette mise en commun disparat de la conscience des interlocuteurs.
Leur attention et cest tout fait normal est tout entire focalise sur laspect
variable des messages ; cest bien cela qui est intressant, qui contient en effet des
informations. Prcisment parce que les systmes de catgorisation et de codage sont
invariants, on les prend comme allant de soi, et on ne leur accorde aucune attention.
Toutefois, dun point de vue scientifique, cette tache aveugle est dune impor-
tance capitale. Une premire raction, quand on pose la question presque impensable
de savoir comment la mise en commun a t ralise, est de suggrer quil y a eu une
communication justement ce propos. Cependant, la rflexion montre que cela nest
pas possible. En effet, pour communiquer (dans le sens prcis que nous dfinissons
ici) propos dune manire de catgoriser, il faudrait quil y ait une mta-catgorisation
partage... des manires de catgoriser, et un systme de codage correspondant. Mais
alors, il faudrait quil y ait une mta-mta-catgorisation partage... Le problme ne
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fait que saggraver, dans une fuite vicieuse linfini. Mieux vaut confronter le problme
la base ; mais cela veut dire que la question initiale est carrment pose, savoir
comment une mise en commun des systmes de catgorisation et de codage a t
ralise sans recours un systme de transmission dinformations dj mis en place.
Que deviennent ces considrations quand le concept nomade de linforma-
tion migre de son domaine dorigine, celui de lingnierie des tlcommunications et
de linformatique thorique, pour se dployer dans le domaine de la biologie no-
darwinienne ? On constate quelles gardent toute leur pertinence. Tout dabord, au
niveau du rle des gnes dans la synthse des protines, on constate que le schma
shannonien sapplique bien. Il existe, en effet, un code gntique qui spcifie les
relations entre les squences de nuclotides dans lADN, et les squences des acides
amins dans les protines. Plus prcisment, une squence de 3 nuclotides (ce que lon
appelle un codon ) spcifie un acide amin dtermin. Puisquil y a 4 nuclotides
(A, T, G et C), il y a 4 4 4 = 64 codons diffrents ; cest un peu plus quil nen faut
pour coder les 22 acides amins employs par le mtabolisme de tous les organismes
terrestres, de sorte que le code gntique est partiellement redondant.
Bien videmment, ce code doit tre invariant ; et la question se pose de savoir
comment le code lui-mme est tabli. Dans le cas prsent, on remonte dun niveau
car le code gntique dpend de molcules appeles ARN de transfert , et la
synthse des ARN-t est elle-mme (partiellement) code . Mais cela ne fait que
repousser le problme, car il faut alors se demander comment ce mta-code lui-
mme est tabli. On arrive, fatalement, un niveau o les codes et mta-codes
dpendent de structures dont lorganisation est et doit tre invariante, mais dont
linvariance nest pas et ne peut pas tre code dans les gnes. En loccurrence,
cette organisation invariante est celle dune cellule vivante, avec sa membrane et
des relations prcises entre ses composants (dont des ribosomes et des chromosomes).
La question se pose, videmment, de savoir comment cette organisation invariante
peut tre produite et maintenue, si elle ne peut pas tre code dans les gnes.
Cest une question tout fait fondamentale, et nous y reviendrons dans la section
pages 71-73 consacre lautopose. Pour le moment, nous retiendrons seulement
que la notion de programme gntique rencontre dj des limites quand il sagit
de savoir comment les gnes contribuent dterminer la squence linaire des acides
amins dans les protines.
Or, sous limpulsion du schma weismannien, la notion de programme gntique
va bien au-del dune spcification des acides amins dans les protines. Selon les termes
de Franois Jacob, les informations dans les gnes sont aussi des instructions :
Ce sont les plans darchitecture du futur organisme. Ce sont aussi les moyens de mettre ces
plans excution et de coordonner les activits du systme. Or, ce que Jacob ne voit pas,
cest que pour que des informations deviennent des instructions , il faut une ins-
tance dinterprtation, et pour que des instructions soient mises excution ,
il faut une instance capable de les raliser matriellement (ce dont les gnes eux-mmes
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sont manifestement incapables). La raison pour laquelle Jacob ne voit pas ces instances
dinterprtation et de mise en uvre matrielle, cest quelles sont (et doivent tre)
invariantes. Il convient donc de les identifier explicitement.
Autrement dit, si lon tient absolument dire que lhmoglobine en tant que mol-
cule biologique est dtermine par des informations , il faudrait admettre que ces
informations ne sont pas localises exclusivement dans les gnes ; elles seraient alors
distribues entre les relations de tous les lments matriels qui entrent en interaction
pour dterminer les proprits de la molcule. Mais cette voie nest gure recomman-
dable, car elle reviendrait vider le concept dinformation de son sens. Il vaut mieux
reconnatre, plus simplement, que linformation gntique ne dtermine pas tout.
La deuxime srie dexemples qui illustrent limportance des invariants, pour rendre
possible lencodage dinformations gntiques, est celle des algorithmes gntiques .
Inspirs heuristiquement par le schma nodarwinien lui-mme, ce qui les rend
particulirement pertinents pour notre propos, les algorithmes gntiques sont
une technique dveloppe dans le domaine de la vie artificielle , et employe avec
succs dans un certain nombre dapplications en ingnierie. On peut prendre comme
premier exemple le problme consistant mettre au point un rseau de neurones
artificiel pour piloter un robot autonome, en reliant les entres sensorielles aux
commandes envoyes aux moteurs. Lide de base consiste coder des variations
dun certain nombre de caractres dans notre exemple, le nombre de neurones
et les poids des connexions synaptiques des neurones entre eux et avec les entres et
sorties dans un gnome artificiel compos dune srie de 0 et de 1. chaque
gnotype une srie dfinie de 0 et de 1 correspond un rseau de neurones
particulier. Ltape suivante consiste placer ce rseau dans un robot rel ou, le plus
souvent, simul avec des capteurs sensoriels et des effecteurs (par exemple, des
roues actionnes par des moteurs), et de lcher le robot dans une arne. Le robot
va alors se dplacer dune certaine manire dans larne, ce qui gnre un comportement.
Ensuite, on tablit un calcul permettant dattribuer un score chaque compor-
tement, ce qui revient dfinir (implicitement) un comportement idal. Dans le cas
que nous prsentons ici, tir des travaux du groupe COGS de luniversit du Sussex
[Husbands et alii, 1994], les exprimentateurs avaient trac sur le mur de larne un
triangle et un rectangle. Afin dobtenir un bon score, le robot plac au centre de larne
avec une orientation alatoire devait se diriger vers le triangle, mais pas vers le
rectangle. Tout est maintenant en place pour procder un volution artificielle .
On commence avec une population de robots (par exemple, une centaine) ayant des
gnotypes alatoires. chaque gnration, on prend les robots ayant eu les meilleurs
scores (par exemple, 20 % de la population) et on utilise leurs gnotypes pour gnrer
ceux de la gnration suivante. Ces nouveaux gnotypes ne sont toutefois pas tous
de simples copies des anciens : on introduit une certaine proportion de nouveaux
gnotypes, dune part, par recombinaison entre les anciens et, dautre part, par
mutation (un 0 est transform en 1, ou vice versa). Cela correspond tout fait
lesprit du schma nodarwinien, dune volution par variation alatoire des gnes et
slection des phnotypes.
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v1
G+
G-
v2
Entres
visuelles D+
D-
Sorties
motrices
Les rsultats de ces expriences taient souvent trs intressants. Dans lexemple
que nous avons cit, les robots de la premire gnration faisaient un peu nimporte
quoi , et leurs scores taient assez bas. Mais au bout de 200 gnrations, la popu-
lation convergeait vers des robots ayant tous des scores levs. Qualitativement, leur
comportement correspondait bien ce que lon pouvait attendre : placs initialement
un endroit quelconque, ils se dirigeaient vers le triangle. Fait intressant, les archi-
tectures des rseaux de neurones des robots volus semblaient, premire vue,
bizarres et trs diffrentes de celles quauraient inventes des ingnieurs humains,
bien que, par une analyse rtrospective, il ft possible de comprendre comment
larchitecture en question gnrait effectivement le comportement observ. Autre
fait encore plus intressant : si on rptait lexprience un certain nombre de fois,
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Or, ce qui est patent dans les expriences dvolution artificielle employant des
algorithmes gntiques, cest que tous ces aspects invariants sont assurs par un deus
ex machina, savoir lingnieur humain. En particulier, on notera que cest lingnieur
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qui fabrique les robots (rels ou simuls) avec leurs rseaux de neurones. Ce qui est
apport par linformation gntique la spcification des valeurs prcises de certains
paramtres variables naurait plus aucun sens sil tait coup des processus matriels
de fabrication qui, dans ces expriences portant sur lvolution artificielle, sont trs
clairement assurs par ailleurs. On commence alors mesurer lampleur de tout ce qui
tombe dans la tache aveugle de la gntique dans le cas de lvolution naturelle
des organismes vivants ; car dans ce cas, videmment, il ny a nul deus ex machina
pour accomplir les processus de fabrication. La seule solution possible (qui soit compa-
tible avec une dmarche scientifique, ne faisant pas appel aux miracles sentend) est
de prendre en compte le fait que les organismes vivants sont des entits ayant la
proprit trs particulire de se fabriquer eux-mmes. Cest trs prcisment l o Jacob
se trompe quand il dit que les informations gntiques sont aussi les moyens de
mettre ces plans excution . Il attribue alors aux gnes un pouvoir magique quils
nont pas et quils ne peuvent avoir. Quant savoir comment un organisme vivant
entier (dont les gnes ne sont que des composants) peut se fabriquer lui-mme (et,
partant, interprter les informations rellement codes dans les gnes), cest LA
question fondamentale de la biologie, question dont la gntique ne reconnat mme
pas lexistence. Nous y reviendrons la section pages 71-75 consacre lautopose.
Ce point fondamental est mis en vidence avec une telle clart par les expriences
dvolution artificielle par algorithmes gntiques, quavant de poursuivre il sera ins-
tructif de lillustrer par deux exemples supplmentaires plus proches de la biologie.
Tous ceux qui ont ralis de telles expriences savent bien que leur russite ou non
dpend essentiellement de lart avec lequel les points i) vi) ci-dessus sont mis en
uvre ; en gros, le choix de ce quil y a encoder, et le choix dun code. Ces points ne
peuvent tre eux-mmes encods, car ils sont la condition de possibilit en amont de
tout code. Les exemples suivants en donnent des illustrations concrtes.
Le premier exemple provient du travail de Karl Sims (1994). Le but de Sims tait
de produire des cratures virtuelles , ayant des corps composs dun certain nombre
de blocs , articuls par des joints flexibles et anims par des muscles sous le
contrle de circuits neuronaux . Ces cratures taient alors plonges dans un
milieu simul par une physique raliste, tel que leau ou une surface solide. Elles
taient alors slectionnes pour leur capacit raliser certaines tches, telles que
nager, nager la poursuite dune source lumineuse, se mouvoir sur une surface, sauter
sur une surface, ou sapproprier une cible en comptition avec une autre crature.
Quelques exemples sont prsents dans la Figure 9.
Ces expriences ont produit des ensembles de cratures aussi fascinantes
qutonnantes. Certaines formes taient familires, comme un poisson avec des
nageoires ou une raie. Dautres cratures taient efficaces dans laccomplissement de
leur tche, mais leurs formes et leur style de mouvements taient bizarres et
totalement inhabituels. Cette prolifration exubrante de formes rappelle fortement
celle qui sest produite chez les premiers animaux multicellulaires lpoque de
02.Stewart Page 53 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
Trois exemples
Trois exemplesde
de robots marcheurs
robots marcheurs
Un
Un sauteur
sauteur
Deux
Deuxnageurs
nageurs
canons du nodarwinisme le plus strict. En effet, dans son clbre livre Le Gne goste,
il se livre la provocation consistant relguer les organismes un rle subalterne.
Selon lui, les organismes ne sont que le moyen invent par les gnes pour mieux se
reproduire. Lironie, cest quavec ses biomorphes, il exhibe de faon exemplaire ce
que lui-mme ne voit pas.
En effet, les biomorphes sont des entits qui, mme si elles sont purement statiques
et ne prsentent pas les comportements dynamiques des cratures de Sims, possdent
nanmoins des morphologies riches qui rappellent effectivement celles des organis-
mes vivants. Lobjectif initial de Dawkins tait de gnrer des formes darbres, partant
dun tronc avec des branches et sous-branches. Or, lutilisation de Biomorph a
rapidement montr que lalgorithme ntait aucunement limit la ralisation de
diffrents arbres (sapin, pommier...), mais que lon pouvait gnrer toutes sortes de
formes, biologiques ou non. Dawkins a ainsi t trs surpris de dcouvrir un biomorphe
insectode avant de voir apparatre des avions, des chauves-souris, des candlabres...
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La russite de Dawkins, mme si elle est moins riche que celle de Sims, est nan-
moins impressionnante. Mais ce dont Dawkins lui-mme ne sest apparemment pas
rendu compte, cest que sa russite provenait de deux facteurs : a) le choix dune faon
astucieuse de gnrer les formes, et b) la manire dencoder par une combinatoire (dans
un gnotype 9 dimensions) les 500 milliards de formes possibles. Contrairement
ce que semble penser Dawkins, ni (a) ni (b) ntaient cods dans les gnotypes
de ses biomorphes ; il a t (pour une fois) trop modeste, car cest lui avec sa crativit
dtre humain qui a invent les invariants de ses biomorphes, y compris la manire
de les matrialiser en utilisant la prothse quest un ordinateur avec un cran. Faut-il le
dire, ces aspects qui sont tombs dans sa tache aveugle ne rsident pas non plus de
faon code dans les gnes de Dawkins lui-mme.
Ngativement, elle confirme que ce qui manque la gntique, quelle soit men-
dlienne ou molculaire, est bien ce qui touche aux aspects invariants (et qui doivent
tre invariants pour que linformation code dans les gnes existe et fasse sens). Il peut
tre utile de rsumer cela par une formule : contrairement ce que lon prsuppose
habituellement, la gntique nest pas une science de lhrdit.
Il est vrai que la gntique est parfaitement adquate en ce qui concerne la trans-
mission de gnration en gnration de certaines diffrences phnotypiques qui
peuvent tre codes par des diffrences gntiques. Et il est vrai aussi que pour la thorie
darwinienne de lvolution, o laccent est mis sur la slection naturelle et in fine sur
la reproduction diffrentielle, la gntique est parfaitement pertinente do son
intgration dans le schma nodarwinien. Mais un niveau plus fondamental,
lhrdit est en tout premier lieu une question de la reproduction non pas de diff-
rences, mais du mme au mme. Aucun organisme vivant actuellement prsent sur
la plante Terre nest le produit dune gnration spontane partir de la matire
inorganique. La grande rgle est que la vie provient de la vie ; chaque organisme vivant
est issu de la reproduction de ses anctres qui taient galement des organismes
vivants. Par exemple, un couple de chats produit une progniture, sous forme de
chatons, qui vont se dvelopper pour devenir des chats adultes qui ressembleront
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11. En fait, comme Lewontin (2003) la fait remarquer, il y a peu de molcules biologiques qui soient
aussi chimiquement inertes que lADN. Cest bien ce qui explique le fait que lon puisse rcuprer
lADN des mammouths gels dans les glaces, des momies gyptiennes, ou aujourdhui partir de
quelques traces des fins criminologiques.
12. Mme si ce texte comprenait des instructions sur la manire de construire une photocopieuse, il
faudrait un ingnieur humain pour comprendre le texte, et surtout pour effectuer la construction
matrielle de la photocopieuse. Donc mme dans ce cas, il nest pas exact de dire que le texte se
reproduit.
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Comme nous lavons dit, la notion mme de programme gntique est lhritire
directe du schma weismannien illustr par la figure 7. Mais quand on se tourne vers
celle-ci pour demander une explication des processus par lesquels le plasma germinatif
peut engendrer le soma, on se rend compte quil sagit dune pure ptition de prin-
cipe, un diktat vide de tout contenu vritable. Cest peine si on prcise que ce
schma sapplique uniquement la reproduction sexuelle chez les organismes multi-
cellulaires : pour les organismes unicellulaires, la distinction entre une ligne germinale
et une ligne somatique, et la possibilit dune squestration de la ligne germi-
nale, nexistent mme pas13. Or, ds que lon reconnat explicitement que le schma
weismannien concerne en premier lieu les organismes multicellulaires, lexamen
mme le plus superficiel rvle immdiatement que le processus qui conduit du plasma
germinal au soma est celui de lontogense. En effet, la reproduction lidentique dun
organisme multicellulaire adulte passe par la formation dune cellule unique, luf
fertilis, qui se dveloppe pour former dabord un embryon, puis aprs la naissance
un jeune organisme, pour devenir enfin un adulte comme ses parents.
Or il est frappant (mais ce nest pas un accident) de constater que les nodarwi-
nistes naccordent pas beaucoup dimportance la biologie du dveloppement
[Saunders, 1993]. Certains, comme Dawkins (1976) et Maynard Smith (1982), affirment
sans ambages que le dveloppement na rien voir avec lvolution14. Cette position
a le mrite dtre cohrente ; mais il est clair quelle interdit demble de comprendre
comment un gnotoype peut engendrer un phnotype (pour employer les termes
modernes) ; et nous verrons plus en dtail par la suite quelle empche galement de
comprendre lvolution elle-mme. Beaucoup dautres nodarwinistes se sentent plus
gns et essaient de trouver un moyen de reconnatre limportance du dveloppement,
sans toutefois aller jusqu linclure dans leurs travaux. Par exemple, Dobzhansky et
alii (1977) crivent dans leur manuel que la biologie du dveloppement est un
domaine dune importance fondamentale pour ltude de lvolution et nen disent
plus un mot dans la suite de leur livre.
Les nodarwinistes voquent des arguments varis, mais en fin de compte ils
agissent tous de la mme manire : naccordant aucune attention lontogense, ils
cherchent expliquer lvolution purement en termes davantages slectifs. Mais en
voulant tout expliquer concernant les formes et les comportements des organismes
13. Faut-il le dire ? La notion de programme gntique qui est ici critique ne vaut pas mieux pour
les organismes unicellulaires que pour les organismes multicellulaires. La gntique bactrienne est
tout aussi diffrentielle que la gntique des organismes multicellulaires, et prsentent les mmes
limitations qui deviennent gnantes si elles ne sont pas correctement reconnues.
14. Mais on rappellera que quand il sagit dillustrer concrtement un processus volutif, avec ses
Biomorphs , Dawkins lui-mme a introduit un processus dveloppemental assez rduit peut-
tre, mais absolument vital pour sa propre dmonstration. Quand Maynard Smith, il fut un
temps o il crivit (1975) comprendre lvolution exige que lon comprenne le dveloppement ; mais il
semblerait quil ait chang davis par la suite.
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vivants par la seule slection naturelle, ils se mettent dans une posture fcheuse, car
ils sobligent eux-mmes trouver non seulement un avantage slectif tout ce qui
existe, mais aussi un dsavantage slectif tout ce qui nexiste pas. Pour prendre des
exemples caricaturaux mais clairs : comment expliquer quil nexiste pas de vaches
sautant par-dessus la lune, ni mme de cochons qui volent15 ? Pour le nodarwiniste,
lexplication serait la suivante : il y a bien eu des vaches sautant par-dessus la lune et
des cochons volants, produits par des mutations alatoires ; seulement, exprience
faite, le bilan cots-avantages sest avr dsastreux et ces animaux intressants ont
malheureusement t limins par la slection naturelle ! Lexplication autrement
plus parcimonieuse (mme si elle est un peu prosaque), selon laquelle de telles
cratures nont jamais pu exister pour tre soumises la slection naturelle, ne leur
est pas disponible. Ces exemples farfelus illustrent la difficult gnrique pour le no-
darwinisme bien grer le caractre alatoire de la variation sur laquelle opre la
slection naturelle. En fait, la notion mme de lalatoire ne fonctionne bien dans
un contexte scientifique que si lon peut dj, par ailleurs, donner une bonne spcifi-
cation de ce que sont les catgories entre lesquelles un processus probabiliste rpartit
les occurrences. Il est noter que cette contrainte est trs correctement satisfaite en ce
qui concerne les mutations gntiques elles-mmes : celles-ci ne sont pas quelconques,
mais correspondent une modification dans la squence des nuclotides A, T, C et
G. Le problme survient quand il sagit de spcifier les variations phnotypiques qui
correspondent ces mutations. Si on na pas dj prcis par ailleurs (a) la totalit des
formes possibles16 et (b) la manire dencoder ces diffrences par des diffrences gn-
tiques, la tche est impossible ; mais, comme nous lavons vu, ce sont prcisment
des aspects invariants sur lesquels la gntique na aucune prise.
Ces difficults ne samenuisent pas quand il sagit dexpliquer des formes qui exis-
tent rellement. Prenons un exemple, initialement d DArcy Thompson (cit par
Saunders, 1993) : imaginons que nous ayons expliquer la forme de la petite mduse
de la figure 11 ( gauche) :
15. Ces exemples appartiennent la culture anglaise. Le premier est tir dune chanson enfantine :
Hey diddle diddle/ The cat and the fiddle/ The cow jumped over the moon/ The little dog laughed/ To see
such fun/ And the dish ran away with the spoon . Le deuxime provient de lexpression When pigs
will fly , pour dsigner de faon ironique une ventualit nayant aucune chance de se produire ;
lquivalent en franais serait Quand les poules auront des dents .
16. Dans des travaux exemplaires, portant sur le nombre et lemplacement des apertures dans des
grains de pollen, Gouyon et ses collaborateurs (Ressayre et alii, 2002) se sont employs identifier
le mcanisme qui gnre de faon combinatoire le jeu complet des possibles, qui sont ici au nombre
de 32. Ce travail, qui en tant que tel ne doit rien la gntique, constitue un excellent pralable
pour une rintroduction approprie de la gntique sous la forme dune identification des diff-
rences gntiques qui peuvent alors rellement coder la ou les forme(s) de pollen produite(s)
par une plante donne.
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le fait quelle a pu tre produite par un processus physique relativement simple. Mais
que penser alors du scnario invent par notre nodarwiniste ? Il parat du coup futile
et superflu. Il est noter que du point de vue scientifique, le grand inconvnient de
ce genre de scnarios est quils sont pratiquement irrfutables ; mais du coup, ils ne
constituent quun faux-semblant dexplication. ses origines, le paradigme no-
darwinien avait lambition prcisment de surmonter ce genre de faiblesse dans le
darwinisme classique, comme le montre cette citation de lun de ses fondateurs,
Julian Huxley (1942) :
Lironie, bien sr, cest que le nodarwinisme de la fin du vingtime sicle ressemble
trangement ce que Huxley crit du darwinisme du dix-neuvime sicle.
Le diagnostic que lon peut porter sur cette dconvenue est le suivant : le problme
provient de lenthousiasme exagr qui veut que le programme gntique forg
par la slection naturelle puisse tout faire. ce propos, il est rvlateur de noter lmoi
provoqu dans la communaut des biologistes nodarwiniens par la dcouverte
rcente que le gnome des mammifres (dont les primates et les tres humains) ne
comporte que de lordre de 30 000 gnes. Certains esprits se sont alors brusquement
rveills, en se demandant si 30 000 gnes suffisent, tant donn lampleur de tout
ce que le programme gntique doit accomplir. Et cest vrai quil y a de quoi
sinquiter. Par exemple, le cerveau humain comporte 1011 neurones avec 1015
connexions synaptiques ; devant de tels chiffres astronomiques, 30 000 gnes semblent
bien peu. Par ailleurs, la complexit de lontogense est telle quon peut avoir des
doutes sur la capacit de seulement 30 000 gnes la spcifier. Ce problme est
dmultipli par le fait que le programme gntique doit non seulement assurer la
rgularit de lontogense dans des conditions normales, mais aussi toutes les variantes
qui se produisent rgulirement dans des conditions diffrentes. Oyama (1985) en
donne un exemple dlicieux. Si lon place des rats de laboratoire dans une cage
surpeuple une poque de grande chaleur, on observe trs rgulirement que
certains dentre eux choisissent de dormir suspendus par les dents au grillage qui forme
le toit de la cage. Peut-on pour autant srieusement supposer que le comportement
dormir suspendu par les dents fut providentiellement inscrit ds son origine dans
le programme gntique des rats ? Cela est manifestement absurde rappelons
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quau moment o sest fix le programme gntique des rats, il y a quelques dizaines
de millions dannes, il ny avait pas encore dtres humains, et encore moins de
laboratoires fonctionnant avec des cages rats. La conclusion simpose : vouloir tout
faire faire par le programme gntique , celui-ci se trouve investi dune mission
impossible. Dailleurs, on peut sinterroger sur ce rveil un peu tardif : ce que 30 000
gnes ne peuvent faire, est-ce que 100 000 ou mme un million de gnes pourraient
le faire ? Il est craindre que la vritable leon nait pas t comprise : on dit, par
exemple, que, puisquil ny a que 30 000 gnes, le programme gntique ne peut
dterminer lontogense que dans ses grandes lignes . Mais comme nous avons
essay de lexpliquer, le problme est bien plus profond que cela. Quelle que soit la
quantit dinformation code dans les gnes, cette information ne peut tre interprte,
et encore moins utilise dans un processus de mise en uvre matrielle, que par des
instances invariantes qui chappent la gntique.
Nous avons vu, la fin de la section page 42-44, quil ny avait aucune raison
valable pour considrer que le programme qui est cens rgir les rgularits et in-
variances de lontogense soit gntique . Le moment est donc venu de se pencher
plus directement sur les processus effectifs de lontogense qui sont, nous lavons cons-
tat, largement passs sous silence par la biologie nodarwinienne. On verra que non
seulement le programme nest pas gntique , mais que la notion mme de
programme ne rsiste pas lanalyse critique.
Lontogense
La Forme et la Matire
Lontogense est le processus, extrmement compliqu, qui conduit de la fertilisa-
tion de luf au jeune adulte en passant par lembryogense. Dailleurs, lontogense
se poursuit au-del de la maturit par le vieillissement et (si une mort accidentelle ne
survient pas avant, ce qui est le plus souvent le cas dans des populations naturelles)
par la mort au terme dune dure de vie caractristique de lespce. Or, la rgularit
de ce processus est tout fait remarquable ; il sagit mme de lun des faits les plus
saillants de toute la biologie. Les avortons et les embryons monstrueux sont trs rares,
surtout au regard de la nature manifestement trs dlicate du processus ontogn-
tique17. De plus, cette rgularit est manifestement dynamique : lembryon survit
de nombreuses perturbations, lune des plus spectaculaires tant la division de
17. Le taux de rats est probablement plus lev quil ny parat, car des recherches relativement
rcentes indiquent quil y a beaucoup de fausses couches qui servent liminer des embryons
monstrueux. Mais outre le fait que ce mcanisme davortement spontan prcoce est lui-mme
une adaptation, le taux de russite reste remarquablement lev.
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lembryon en deux (et ceci jusqu une tape tonnamment tardive), ce qui donne
lieu non pas deux demi-embryons mais des jumeaux monozygotes trs justement
dits identiques . Cette tonnante rgularit de lontogense est prcisment ce qui
rend superficiellement attrayante la notion de programme gntique : en effet, si
le processus nest pas programm , comment expliquer cette rgularit ?
Toutefois, nous avons dj entrevu ce quil pouvait y avoir de problmatique dans
la notion de programme gntique . Tout dabord, il ny a aucune base (autre
quune simple ptition de principe) permettant daffirmer que le programme est
gntique . En approfondissant la question ce qui fera lobjet de cette section ,
nous allons constater que cest la notion mme dun programme (quil soit gn-
tique ou non) qui est problmatique.
Allons droit au but : si les processus de lontogense ont jusquici rsist lexpli-
cation scientifique (autrement que par le faux-semblant dun programme ), cest
pour une raison profonde. Comme Oyama (1985) la trs bien vu, cette raison rside
dans un prjug vhicul par toute la pense occidentale depuis Platon et Aristote,
concernant la relation entre la Forme et la Matire. Ce prjug consiste considrer
que la matire est en elle-mme essentiellement inerte, ou au mieux le sige de
processus chaotiques ; il sensuit que tout processus matriel organis doit tre
in-form partir dune source essentiellement extrieure au processus lui-mme.
Dans le cas dun organisme multicellulaire en cours de dveloppement, il existe deux
rservoirs potentiels dinformations extrieures : dune part, lenvironnement (qui
est manifestement extrieur lorganisme) ; dautre part, les informations gntiques.
En effet, mme si les gnes se situent physiquement dans les chromosomes nuclaires
au cur de chaque cellule, dans le cadre de la thorie weismannienne les gnes sont
bel et bien pistmologiquement extrieurs aux processus somatiques18. Dans le cadre
de la thorie nodarwinienne, il est donc tout fait cohrent de postuler a priori que
les ressources informationnelles sont rparties entre les gnes et lenvironnement, et
de chercher dfinir leurs proportions respectives. Cest pour cette raison que lana-
lyse de variance partitionne entre diffrences gntiques et diffrences environne-
mentales prend une grande importance, et que lon thmatise une opposition de
linn versus lacquis . Mais quen est-il si les processus matriels ne sont
ni inertes ni mme chaotiques, mais possdent des capacits intrinsques dauto-
organisation ?
Afin de comprendre comment une rgularit morphogntique peut exister sans
quil y ait de programme , il sera utile de commencer par un exemple qui relve
18. Cette extriorit des gnes par rapport aux processus somatiques de lorganisme lui-mme ne fait
que se renforcer avec la dfinition moderne de ce quest un gne directement dans les termes de
lADN. Voir pages 88-91.
02.Stewart Page 63 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
prcisment du registre inorganique. Les flocons de neige sont dots dune structure
remarquable. Chaque flocon possde six bras, dont chacun est muni dune structure
dentele et crnele dune telle richesse quil ny a jamais eu deux flocons identiques.
Pourtant, lintrieur dun flocon donn, chacun des six bras est remarquablement
similaire aux cinq autres (sans que les six bras soient absolument identiques voir la
figure 12). Comment cela est-il possible ? Comment chaque bras peut-il savoir
quelle forme est prise par les autres afin de sy conformer ? La tentation est presque
aussi grande que dans le cas de lontogense biologique de supposer quil doit y avoir
un programme quelque part, extrieur aux bras eux-mmes, qui les informe
sur la morphologie quils doivent prendre. Mais dans le cas du flocon de neige, on
sait pertinemment quun tel programme nexiste nulle part : ni au centre du flocon,
ni dans lenvironnement qui lentoure.
Lexplication, dans ses grandes lignes, semble en fait tre la suivante [Begley &
Carey, 1983]. Le processus de cristallisation de la glace est extrmement sensible aux
conditions prcises et combines de temprature, de pression et dhumidit. Si les six
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bras sont presque identiques, cest parce quils partagent la mme histoire de fluctua-
tions du microclimat dans lequel le processus de leur croissance se droule. Le caractre
unique de cette histoire est dmultipli par le fait quun autre facteur dterminant
pour la morphologie de chaque accroissement, savoir la forme du bras prexistant
ce moment-l, est galement (dinstant en instant) identique pour chacun des bras
mais (progressivement) diffrent dun flocon un autre. En clair, ltonnante similitude
des six bras nest rien dautre quune application stricte de ce principe scientifique par
excellence, selon lequel les mmes causes produisent les mmes effets.
Lexemple des flocons de neige illustre bien la capacit des processus matriels
sauto-organiser en donnant lieu des formes ventuellement complexes . Or, bien
y rflchir, les bases physiques de la morphogense matrielle sont ncessairement
les mmes chez les organismes vivants que dans des processus inorganiques. Dans les
deux cas, les seules forces qui soient capables de faire bouger la matire sont des forces
physiques des forces mcaniques comme la pression hydrostatique ou la viscosit,
des forces lectromagntiques comme lattraction ou la rpulsion lectrostatique, les
forces de Van der Waals, la polarit hydrophile-hydrophobe, etc19. Nous verrons dans
la section suivante (pages 69-78) ce qui distingue les organismes vivants des processus
purement physico-chimiques ; mais dores et dj, on peut affirmer quil ny a rien
dans les processus du vivant qui fasse intervenir des forces autres que celles des lois
physico-chimiques. En particulier, les gnes quelles que soient leurs proprits par
ailleurs ne sont en aucune faon des petits sculpteurs capables de faonner
matriellement les formes des organismes vivants, au moyen de forces qui leur seraient
propres20. Nous avons dj vu un exemple de la proximit de la morphogense du
vivant et de la morphogense physique, avec la mduse de DArcy Thompson illustre
dans la figure 11.
Notre analyse des rgularits remarquables dans la morphogense des flocons de
neige aboutit deux conclusions importantes. Tout dabord, si programme il y a,
il nest localis nulle part ; il est distribu sur lensemble des lments qui entrent
en interaction au cours du processus, sans en privilgier aucun. En second lieu, ce
programme ne prexiste pas aux processus en question ; linformation , si lon
tient garder ce concept, est cre au fur et mesure, en temps rel, par le processus
mme qui lexprime . En fait, une vritable explication de la morphogense en
19. Quand il sagit de la morphogense dun organisme vivant, ces forces sexercent videmment
lintrieur du corps de celui-ci.
20. Cest pourtant ce que Jacob laisse entendre quand il dit que les informations gntiques sont aussi
les moyens de mettre ces plans excution . Cependant, il serait sans doute plus conforme lesprit
du concept de programme gntique de considrer que celui-ci se contente de donner les
instructions, comme larchitecte donne ses instructions au maon. On notera limplication : une
fois que larchitecte a dit son mot, on considre que le travail du maon va de soi et, dune certaine
manire, ne compte pas . Cette attitude de mpris vis--vis du travail manuel nest peut-tre pas
non plus trangre la fascination exerce par la notion de programme gntique .
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termes physiques rend tout fait superftatoire la notion mme dun programme .
Quen est-il ds lors du programme biologique qui est cens informer lonto-
gense des organismes multicellulaires ? Ds que lon se penche sur les processus rels
de lontogense, il apparat clairement que, si les causes efficientes de lontogense
senchanent les unes aux autres avec une grande fiabilit, cest essentiellement parce
que leur organisation sappuie sur des rgularits qui sont produites de manire fiable
par le processus de dveloppement lui-mme21.
a b c
Fluide
bauche de
cavit intestinale
Endoderme
Msoderme
Ectoderme
21. Pour viter les malentendus, prcisons que nous considrons ici les invariances ; ds lors quil sagit
dexpliquer des diffrences, linformation gntique retrouve tous ses droits. Ainsi, sil sagit dexpli-
quer pourquoi la descendance dun cochon ne ressemble pas celle dune chatte, les diffrences
gntiques redeviennent pertinentes.
22. Ce schma ne sapplique pas aux insectes.
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les premires divisions cellulaires donnent lieu la morula, amas de cellules peu
diffrencies possdant une forme globale sphrique (voir la figure 13b). Pourquoi la
morula est-elle sphrique23 ? Essentiellement pour la raison en vertu de laquelle une
gouttelette dhuile suspendue dans de leau lest galement : lnergie libre des contacts
des cellules (ou des molcules dhuile) entre elles tant moindre que celle des contacts
avec le milieu aqueux, la forme qui minimise lnergie libre globale est celle qui mini-
mise le rapport surface/volume; dans un espace trois dimensions, et cette forme est
une sphre. Ce mcanisme nest nullement inscrit dans les gnes . Par consquent,
la forme qui en rsulte ne peut ltre non plus. Par ailleurs, les interactions des cellules
entre elles et avec le milieu environnant qui conduisent la ralisation effective de
la forme, si elles sont parfaitement prvisibles, sont produites par le processus
embryologique lui-mme et ne sauraient donc lui prexister.
Cette caractristique historique du processus embryologique ne fait que
saccentuer lors des tapes ultrieures. En raison mme de la forme sphrique de la
morula, certaines cellules vont se trouver la surface en contact avec le milieu ext-
rieur, alors que dautres seront lintrieur entoures dautres cellules. Cette diffrence
se prsente la seule condition que la morula soit effectivement sphrique ; du point
de vue de lorganisation de lembryogense, elle peut donc tre utilise comme un
signal parfaitement fiable pour dclencher une diffrenciation approprie entre les
deux types de cellules. En loccurrence, les cellules intrieures ragissent en scrtant
un fluide. Ceci explique comment il se fait que lembryon prenne ensuite la forme
dune blastula, une sphre creuse paroi pithliale (figure 13c).
Rsultant de la forme prcdente, la blastula est son tour la prcondition pour
la formation du stade qui lui succde. En effet, la forme de la sphre creuse offre la
possibilit du mouvement particulier dit de gastrulation : un groupe de cellules
initialement situes la surface extrieure plongent dans le centre de la sphre
pour donner la forme trs caractristique de la gastrula. Comme on le voit dans la
figure 13d, ces cellules forment lendoderme et lbauche de lintestin ; les cellules
restes la surface forment lectoderme, qui donnera lieu la peau et aussi au tissu
nerveux ; les cellules situes entre lectoderme et lendoderme forment le msoderme,
qui sera lorigine du squelette, des muscles et du sang. Encore une fois, la tche de
lembryologie est de dterminer de quelle manire les signaux qui dterminent cette
triple diffrenciation cellulaire sont relis aux particularits de leurs positions respec-
tives dans lembryon. En un certain sens, la topologie relationnelle entre endoderme,
ectoderme et msoderme est tout fait contingente ; mais dans un autre sens, on
comprend quelle devient inluctable prcisment dans la mesure o elle provient du
processus embryologique lui-mme. Autrement dit, cest prcisment la mise en
23. Plutt que dtre une feuille plate deux dimensions, un filament une dimension, ou bien
simplement une collection de cellules disperses dans le milieu.
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24. Cela ne veut pas dire quil suffirait de mettre en boule des cellules dont on aurait dtruit les noyaux
par un laser, pour obtenir le dveloppement dun embryon. Les proprits de la surface dune
cellule dpendent en grande partie des protines qui y sont insres ; et sans gnes, la cellule ne
pourrait pas fabriquer des protines. De plus, dans des cellules diffrencies, les gnes qui sont
exprims et, par consquent, les protines qui y sont fabriques sont diffrents ; et lexpres-
sion des gnes est rgule par des facteurs de transcription qui sont eux-mmes des protines
fabriques laide dautres gnes. Cependant, la rgulation de lexpression des gnes doit in fine
tre dtermine par des signaux physico-chimiques gnrs par le processus de dveloppement lui-
mme.
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Lautopose et la vie
La vie existe-t-elle ?
En 55-56, nous avons pos la question quest-ce que la vie, pour quelle puisse
engendrer la vie ? . Pour commencer cette section, on notera que cette question est
purement et simplement limine par la biologie nodarwinienne contemporaine,
qui dclare que la vie nexiste pas (tout au moins en tant quobjet dtude). Dans La
Logique du vivant, Franois Jacob (1987) le dit trs clairement : On ninterroge plus la
vie aujourdhui dans les laboratoires. Citant le biologiste hongrois Szent-Gyrgi, Henri
Atlan (1994) affirme : La vie en tant que telle nexiste pas, personne ne la jamais vue...
Le nom "vie" na pas de sens, car une telle chose nexiste pas. Et Atlan de poursuivre :
Cela veut dire que la biologie tudie un objet, lobjet de sa science, qui nest pas la vie !
Lobjet de la biologie est physico-chimique. partir du moment o on fait de la biochimie
et de la biophysique, et o lon comprend les mcanismes physico-chimiques qui rendent
compte des proprits des tres vivants, alors la vie svanouit ! Aujourdhui, un biologiste
molculaire na pas utiliser, pour son travail, le mot "vie".
Surprenante et mme choquante premire vue, cette affirmation selon laquelle
la vie nexiste pas est nanmoins comprhensible ; car sil y a une caractristique
qui est invariante chez tous les organismes vivants, cest bien le fait que ce sont des
entits qui se produisent elles-mmes. Nous avons dj vu dans notre discussion de
lontogense, et notamment dans la section pages 61-65, que ce qui tombe dans la
tache aveugle de la gntique et par consquent du nodarwinisme, ce sont les
capacits auto-organisatrices des processus matriels. Nous allons reprendre ce fil
pour aborder la question, encore plus fondamentale, de la vie elle-mme.
(c)
(a) (b)
Chaleur
fournissent un exemple prototypique. Parmi les exemples artificiels, on peut citer les
tourbillons de Bnard , ou encore une flamme de bougie. Parmi les phnomnes
naturels, un bon exemple est donn par les cyclones.
Simondon (1989) a propos le terme individuation physique pour caractriser
ce genre de structures dynamiques. En effet, ce sont des entits qui possdent une
capacit certaine rsister des perturbations. Par exemple, une flamme de bougie
peut vaciller sous leffet des courants dair ; mais si elle ne steint pas, elle reprend
par la suite le cours de son existence dynamique comme si de rien ntait. Nanmoins,
comme Simondon la soulign, les entits exhibant ce genre dindividuation physique
sont intrinsquement phmres : elles ne durent quaussi longtemps que certaines
conditions externes, sur lesquelles elles nont aucune prise, se trouvent tre mainte-
nues. Ainsi, les tourbillons de Bnard svanouissent aussitt que lon cesse de chauffer
par en dessous le liquide entre les plaques de verre. De la mme faon, des cyclones
peuvent se maintenir pendant des semaines (ce qui illustre bien leur capacit dindi-
viduation, au point quon leur donne des noms). Mais la longue, leur drive incon-
trle les amne dans des zones o les conditions climatiques ncessaires leur
fonctionnement ne sont plus runies, et ils disparaissent.
02.Stewart Page 71 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
Lautopose
Ces considrations, conduisant une dfinition scientifique de la vie , ont
trouv une forme canonique avec la thorie de lautopose, due Maturana et Varela
(1980). Depuis son plus jeune ge, Maturana sest pos inlassablement la mme
question : quelle est la caractristique essentielle des organismes vivants ? Que doit
tre un organisme vivant pour quil puisse mourir ? Lapproche habituelle ce genre
de question consiste partir dune dfinition de sens commun de considrer
quau fond on sait dj suffisamment ce quest un organisme vivant, assez en tout cas
pour dire sans hsitation quun chien est vivant alors quune pierre ne lest pas et
dexaminer empiriquement les proprits communes toutes les entits ainsi
catgorises comme vivantes . Mais cette approche ne suffit pas. Maturana (1980)
raconte comment, pendant de longues annes au dbut de sa qute (et notamment
en essayant de rpondre aux questions de ses tudiants), il tait oblig daccepter que
lon pouvait reconnatre des systmes vivants quand on en rencontrait, mais que lon
ne pouvait pas encore dire ce quils taient. Je le cite :
Je pouvais numrer des traits des systmes vivants, tels que la reproduction,
lhrdit, lirritabilit, la croissance, et ainsi de suite. Mais jusquo devait-on
continuer la liste ? Comment pouvait-on savoir si elle tait complte ou non ? Afin
de savoir quand la liste serait complte, il me fallait savoir ce qutait un organisme
vivant, ce qui me ramenait la mme question qui avait motiv llaboration de la
liste. Je pouvais parler de ladaptation et de lvolution, du dveloppement et de la
diffrenciation, et montrer comment tous ces phnomnes taient interconnects
par le phnomne de la slection naturelle. Mais la question "Quel est le trait inva-
riant des systmes vivants autour duquel la slection naturelle opre ?" restait sans
rponse. Chacune de ces tentatives me ramenait au point de dpart.
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Nous sommes bien au cur de notre sujet : un organisme vivant est un systme
dont linvariant fondamental est sa propre organisation. Prcisment parce quil sagit
dun invariant, la gntique ne peut pas le voir.
Lautomate de tesslation
Le concept de lautopose est tellement fondamental quil est utile de lillustrer
par un exemple, afin de le rendre moins abstrait. Varela a propos ce quil considre
comme un modle minimal de lautopose, que lon peut simuler sur un ordi-
nateur. Nous le prsentons ici dans une forme lgrement modifie [Bourgine &
Stewart, 2004], qui vite certaines complications attaches la version originale
[McMullin & Varela, 1997].
Ce petit automate est reprsent dans la figure 15. On le dfinit de la faon
suivante :
A +A B
D
C C
C
A B C
A C
A
A B B
B
A
A
A A
B
A B
A
a) Lautomate comporte une membrane M. Cette membrane est ferme sur elle-
mme, de sorte quelle dlimite un espace intracellulaire. Cette membrane est
forme de composants C, assembls pour former une surface bidimensionnelle
(lautomate que lon considre ici est tridimensionnel).
b) Les composants C qui sont dans la membrane se dsintgrent spontanment,
pour former un produit D : C " D. En termes mathmatiques, la vitesse de cette
raction dpend dun paramtre kp qui correspond au taux de dsintgration
spontane par unit de surface de la membrane. Le produit D ne sintgre pas
dans la membrane : il schappe vers lenvironnement extracellulaire, laissant
derrire lui un trou dans la membrane (ou bien, si le composant C qui vient de se
dsintgrer tait dj au bord dun trou, celui-ci sagrandit).
c) Les composants B sont forms par une raction entre deux molcules du substrat
A : A+A " B. Cette raction est catalyse par la surface intrieure de la membrane.
En termes mathmatiques, la vitesse de cette raction dpend dun paramtre ks
qui correspond lefficacit de la catalyse.
d) Le substrat A est librement disponible dans le milieu extrieur, avec une concentra-
tion fixe a0. A diffuse librement travers la membrane. Puisque la concentration de
A lintrieur de la membrane est diminue par la raction chimique A+A " B,
il y a un flux net de A vers lintrieur.
e) La membrane est impermable aux composants B, qui saccumulent par cons-
quent dans lespace intracellulaire. Deux composants B ne se combinent pas ;
mais si un composant B rencontre le bord dun trou dans la membrane, il satta-
che la surface et devient un composant C qui rpare le trou : compltement, si
le trou tait d la dsintgration dun seul composant C ; partiellement, si le
trou est plus grand. Toutefois, si le trou est plus grand quun composant C, il y a
une probabilit finie que le composant B passera par le trou sans sattacher aux
bords. Cette probabilit augmente avec la taille du trou. Si un composant B passe
effectivement par un trou, il se perd dans le milieu extrieur.
25. Techniquement, il faut dabord tablir des quations diffrentielles partielles et spatialises portant
sur a(x,t) et b(x,t), cest--dire les concentrations de A et de B chaque point du volume lint-
rieur de la membrane [Bourgine & Stewart, 2004]. Cela permet de dcrire mathmatiquement ltat
dquilibre dynamique, o #a/#t = #b/#t = 0, et ensuite, par intgration sur la totalit du volume
intrieur, dobtenir des quations ordinaires qui se rapportent la condition dquilibre. Il faut
dabord modliser le processus de formation des trous, pour dfinir la frquence des trous de
chaque dimension. Cela permet de calculer les pertes de B par les trous et, par consquent, de dfi-
nir les relations entre les trois paramtres kp, ks et a0 qui permettent dobtenir lquilibre.
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Membrane
Ncessaire
Ncessaire pour catalyser le
pour reconstituer mtabolisme
la membrane et retenir les
mtabolites
Mtabolisme
26. Il sagit dun rsultat assez gnral de la cyberntique, selon lequel une rtroaction positive donne
lieu une bistabilit. Ce rsultat est thmatis par les travaux de Ren Thomas (1998).
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Conclusions
Ce qui est invariant chez tout organisme vivant, cest son organisation autopo-
tique. Il sagit de la proprit absolument essentielle et fondamentale qui dfinit ce que
cest que la vie. Car le propre dun systme autopotique consiste trs prcisment,
ni plus ni moins, maintenir invariante sa propre organisation en tant que processus
dynamique. Autrement dit, il sagit en quelque sorte dun mta-invariant qui englobe
tous les autres.
Puisquil sagit dun invariant linvariant le plus fondamental de tous , il sensuit
que la gntique ne le voit pas et quelle ne peut pas voir cet aspect des organismes
vivants. Il est donc, aprs tout, parfaitement logique que la biologie molculaire issue
de la synthse nodarwinienne, elle-mme issue de la gntique mendlienne
dclare que la vie nexiste pas28 . Mais il est clair quon ne peut pas accepter cette
dclaration, sous peine dadmettre un divorce dfinitif et total entre gntique et
biologie.
27. Dun point de vue technique, cest encore la membrane qui rend possible lopration dintgration
des quations diffrentielles spatialises et, par consquent, permet dobtenir une formulation
mathmatique de la relation entre les paramtres qui est ncessaire lquilibre. Cest parce que la
membrane permet au systme de contrler ses propres conditions aux bords, que la re-modlisation
du systme en tant que systme dynamique dtermin par son tat est rendue possible.
28. On pourrait nuancer ce propos. lexpression image la vie nexiste pas , on pourrait substituer
la vie nest pas (actuellement) un objet dtude . La deuxime assertion aboutit au mme hic et nunc,
mais laisse la place au temps. Les perspectives qui souvrent alors seront examines au chapitre 3.
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29. Daprs leur nom, les bactries les plus primitives seraient les archobactries . Mais des recherches
rcentes indiquent que les archobactries sont apparues plus rcemment que les bactries. Cela
naffecte pas largument, car archobactries et bactries possdent toutes des gnes.
30. La dfinition moderne du gne, directement dans les termes de lADN, ne fait quaccentuer le
divorce entre gntique et biologie (voir la note 8 ci-dessus et les pages 88-91 ci-dessous).
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Gnes
Ncessaire
pour rparer, Ncessaire
rpliquer et pour fabriquer
transcrire les enzymes
les gnes
Mtabolisme
Ainsi, les gnes doivent, dune part, tre produits, rpars et re-produits par le
mtabolisme ; et, dautre part, ils doivent avoir une influence en retour sur le mta-
bolisme, de sorte quune diffrence gntique soit la cause dune diffrence dans le
fonctionnement mtabolique. Dans le cas des algorithmes gntiques de la section
pages 53-55, par exemple les biomorphes de Dawkins, ces fonctions taient assures
par Dawkins lui-mme (avec laide de son ordinateur). Mais dans le cas de systmes
naturels, ces fonctions ne peuvent tre assures que par un systme autopotique
dj en place.
Synthses
Les relations entre phylogense, ontogense et autopose
Dans les trois sections prcdentes, pages 35-78, nous avons abord les trois
phnomnes majeurs de la biologie que sont la phylogense, lontogense et lauto-
pose, et nous avons thmatis chaque fois ce qui est invariant et, par consquent,
invisible la gntique. Or, bien que ces phnomnes se droulent sur des chelles
temporelles trs diffrentes respectivement de lordre des millions dannes, des an-
nes et des secondes , il existe des liens profonds entre eux, quil convient prsent
dexpliciter.
Commenons par les relations intimes qui existent entre la phylogense et lonto-
gense. Premirement, lvolution des organismes multicellulaires nest pas pleinement
intelligible si on la considre comme la modification des formes adultes : ce qui est
modifi, en ralit, ce nest pas la forme adulte en tant que telle, mais le processus
ontogntique qui la produit. Ainsi et contrairement la thorie nodarwinienne
la variation propose la slection naturelle est tout sauf alatoire ; ne peuvent tre
proposes que des variations qui sont le rsultat dune modification ponctuelle de
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1 cm
b
1 cm
a
c 1 cm
1 cm
d
f
e
1 cm
g 1 cm
1 cm
Bauplan, dont certains sont touchants de bizarrerie nos yeux, et qui se sont
teints sans laisser de descendants dans la suite de lvolution. [Gould, 1991]. Sept de
ces animaux tranges sont reprsents dans la figure 18.
Au niveau taxonomique des phyla, qui dfinissent les architectures fondamentales
des corps animaux, il ny a jamais rien eu de comparable ni avant ni aprs. En termes
techniques, on appelle ce genre de foisonnement de formes nouvelles une radiation
volutive. Aprs lexplosion cambrienne, pendant 600 MA, il ny a pas eu un seul
nouveau Bauplan invent [Buss, 1987]. Une configuration aussi remarquable toute
cette crativit architecturale comprime dans une seule et trs courte priode
appelle une explication.
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31. Chez des animaux plus volus, il existe bien sr un systme de circulation sanguine et de respira-
tion pulmonaire. Cest ainsi que des animaux de la taille dun lphant ou dune baleine peuvent
exister. Mais mme l, loxygne ne traverse les tissus que par diffusion ; et, surtout, des organismes
ayant une telle complexit physiologique ne peuvent surgir immdiatement partir danctres
unicellulaires.
02.Stewart Page 82 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
le seuil minimal dans le milieu extrieur est dmultipli. Cest un fait que, pendant
la majeure partie du temps aprs lorigine de la vie, le taux doxygne dans latmo-
sphre tait trs faible (moins de 1 %). Cest seulement vers 800 MA, peu de temps
avant lapparition des premiers animaux multicellulaires, que ce taux est brusquement
mont vers sa valeur actuelle de 20 % 32 [Reichholf, 1993]. Autrement dit, en raison
de contraintes externes, la vie multicellulaire naurait pas pu apparatre plus tt.
La contrainte interne qui limite la libert dexploration est la ncessit absolue
pour que lontogense soit auto-organise. En effet, il ne suffit pas que les cellules issues
de la reproduction33 restent colles les unes aux autres au lieu de se sparer, pour
donner lieu un organisme multicellulaire. Cela pourrait produire un amas de cellules
plus ou moins identiques les unes aux autres, une colonie si lon veut, mais en
aucun cas un vritable organisme avec sa propre individualit. Pour cela, il faut quil
y ait une diffrenciation cellulaire, et il faut que cette diffrenciation donne lieu
une morphogense ordonne. Par ailleurs, il faut que la reproduction des diffrentes
lignes cellulaires soit contrle, faute de quoi il y aurait des cancers dont on sait
quils sont mortels pour les organismes multicellulaires.
Malheureusement, encore aujourdhui nous ignorons presque tout de lenchane-
ment prcis de causes efficientes spcifiques qui donne lieu la rgularit de lonto-
gense34. Nos seules connaissances positives ce sujet au-del du fait quil doit y
avoir de tels mcanismes, sinon les organismes multicellulaires nexisteraient pas
sont trs gnrales. Ainsi, nous savons que des processus dissipatifs peuvent donner
lieu des rgularits morphologiques, parce que la morphogense se produit sponta-
nment dans des systmes inorganiques. Par ailleurs, nous savons que des systmes
dynamiques non linaires composs dun grand nombre dlments exhibent
spontanment des proprits auto-organisatrices35 . Plus prcisment : si un systme
de ce type est perturb, il reviendra gnralement vers sa trajectoire dorigine ; en
mme temps, il possde des solutions multiples, de sorte que sil est perturb au point
de ne plus pouvoir revenir la trajectoire initiale, il en empruntera une autre quali-
tativement diffrente. Cependant, bien que multiples, les solutions ne sont pas en
nombre illimit ; pour un systme donn, le nombre dattracteurs de sa dynamique
est bien dfini.
32. Cette brusque augmentation peut elle-mme sexpliquer. En raison des proprits physiques du
processus de cration des plantes, latmosphre initiale de la Terre ne contenait pas doxygne
libre [Reichholf, 1993].
33. Par croissance et puis division, de sorte quil y a deux cellules l o il ny en avait quune auparavant.
34. Cela provient en partie du fait que le problme est rellement difficile. Mais cela vient aussi du fait
que le faux-semblant dun programme gntique une explication apparente qui en ralit
nen est pas une masque jusqu lexistence du problme, et nous empche par l mme de
laborder srieusement.
35. En termes techniques : des systmes dynamiques de ce type peuvent facilement seffondrer (les
valeurs de toutes les variables tendent vers zro) ou exploser (certaines variables augmentent
exponentiellement sans limite). Mais si le systme est stable (autrement dit, sil ny a ni effon-
drement ni explosion), alors sa dynamique est caractrise par un paysage dattracteurs .
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Ces proprits gnrales, bien que trs peu prcises, suffisent pour clairer notre
problme de lorigine des organismes multicellulaires. Lembryon dun animal multi-
cellulaire en cours de dveloppement est bien un systme dynamique non linaire.
Parmi tous les systmes possibles en accord avec les lois physico-chimiques qui rgissent
le comportement des structures dissipatives, on peut tout dabord liminer ceux dont
les solutions sont instables. En effet, de tels systmes seront incapables de maintenir
leur autopose, et vont donc sliminer deux-mmes par slection naturelle directe
bien en amont de toute slection naturelle par reproduction diffrentielle. Ensuite,
on peut regrouper les solutions restantes en fonction de la topologie des plans
du corps qui en rsultent. Comme nous lavons dit, les solutions dun systme
dynamique sont multiples, mais leur nombre nest pas illimit. On ne connat pas le
nombre exact des plans du corps qui sont possibles, dans le sens o ils peuvent tre
gnrs par des systmes dynamiques auto-organisateurs, car des recherches prcises
ce propos restent presque entirement faire. Admettons, pour illustrer notre
propos, que ce nombre soit dune trentaine36. Nous sommes maintenant en mesure
dexpliquer, dans ses grandes lignes, le phnomne de lorigine phyltique des animaux
multicellulaires.
Pourquoi ny a-t-il pas eu danimaux multicellulaires avant 600 MA ? Cest parce
que des animaux multicellulaires ne peuvent exister que si la proportion doxygne
dans le milieu est de lordre de 20 %. Des animaux multicellulaires sont apparus
ds que cette condition a t satisfaite.
Pourquoi y a-t-il eu une priode initiale de crativit intense, avec linvention de
13 phyla indits ? Cest parce que, dans cette priode initiale, lexploration de
lespace de formes possibles tait relativement libre. Si lon admet quil ny a
en tout et pour tout quune trentaine de formes possibles, les 13 formes dont
lexistence est atteste en constituent une proportion significative. Quant aux
17 formes restantes, il se peut quelles aient exist, mais quelles aient trs rapi-
dement t limines par une slection naturelle concurrentielle. Rappelons
quaujourdhui il ne subsiste que 7 des 13 formes initiales ; 6 de ces formes ont
36. Afin dillustrer la faon dont des considrations topologiques peuvent conduire une classification
en termes dun nombre restreint de formes possibles, on peut prendre le principe de la symtrie.
Des objets tridimensionnels peuvent tre regroups selon le nombre daxes de symtrie quils
possdent, ce qui donne quatre formes de base : 3 axes donnent des symtries sphriques, 2 axes
donnent des symtries radiales, 1 axe donne des symtries bilatrales, et aucun axe donne une
forme irrgulire. Lautomate de tesslation dcrit pages 73-76 possde une symtrie sphrique ; il
en est de mme des premires tapes embryologiques, la morula et la blastula ; mais ds le stade de
la gastrulation, tous les animaux multicellulaires possdent au plus 2 axes de symtrie. De simples
colonies nont souvent aucun axe de symtrie ; mais pratiquement tous les organismes multi-
cellulaires ayant une vritable ontogense rgulire possdent soit 2 soit 1 axe de symtrie. La
quasi-totalit des plantes multicellulaires et des animaux relativement primitifs comme les
ponges, les coraux et les chinodermes possde une symtrie radiale. Les autres animaux les
annlides, les arthropodes, les mollusques et les chords possdent une symtrie bilatrale.
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t limines par slection naturelle. Il se peut aussi que certaines de ces 17 formes
aient exist, mais que lon nen ait simplement pas (encore) trouv de fossiles,
voire mme quelles aient t difficilement fossilisables. Il se peut enfin que
certaines de ces formes ne se soient jamais produites soit pour des raisons pure-
ment contingentes, soit parce que les formes en question ne pouvaient pas tre
produites par les processus morphogntiques naturellement inhrents aux struc-
tures dissipatives. En effet, ce que nous avons appel lexploration des formes
possibles, bien que relativement libre, ntait pas ncessairement exhaustive.
Pourquoi ny a-t-il pas eu de cration de plans de corps nouveaux depuis
600 MA ? Cest parce que lexploration de lespace de formes possibles ntait
plus aussi libre ds lors que des formes de vie multicellulaires staient installes
et avaient pris leur essor. On comprend, en effet, quil y ait trs peu de chances
pour quune forme de vie unicellulaire russisse donner lieu aujourdhui des
animaux multicellulaires ; car un tel nouveau venu subirait de plein fouet la
comptition de formes dj existantes qui ont eu tout loisir de se perfectionner
par une slection naturelle diffrentielle. Cet argument sapplique toutes les
poques postrieures la premire mise en place des animaux multicellulaires. Il
sapplique galement quelle que soit la forme du nouveau venu que cette for-
me soit lune des 7 existantes aujourdhui (mais alors la comptition serait directe
et froce), quelle soit lune des 6/13 ayant disparu (car les raisons ayant conduit
sa disparition restent fortes), ou quelle soit lune des 17/30 dont il ne subsiste
pas de trace (car les mmes raisons restent galement fortes).
considrable. En effet, dans ce cas, cest toute lorganisation densemble qui est
refaire. On comprend alors que dans ces conditions, des formes de vie radicalement
nouvelles puissent apparatre.
Sans que cela soit une explication ncessairement systmatique des ponctua-
tions de lquilibre, on en vient actuellement accorder une place trs importante
des vnements extrieurs qui modifient drastiquement les conditions de vie sur la
Terre. Laugmentation brusque de la teneur atmosphrique en oxygne, qui a prcd
de peu lmergence des animaux multicellulaires, en est un bon exemple. Il est
noter que, puisquune partie trs importante de lenvironnement de chaque organisme
vivant est constitue par dautres organismes vivants, leffet dun vnement extrieur
est dmultipli par les ractions en chane provenant des relations des organismes
vivants entre eux. Cest ainsi que lon explique les extinctions de masse qui se sont
produites plusieurs reprises au cours de lvolution terrestre [Gould, 1991]. Lune
des plus connues est celle dil y a 70 MA qui a conduit lextinction des dinosaures,
probablement la suite dune collision avec une comte ayant eu un effet catastro-
phique sur le climat pendant quelques annes de suite, avec notamment une espce
dhiver due aux poussires qui arrtaient la lumire du Soleil. Cela a tout dabord
produit un effet calamiteux sur la vgtation qui dpendait directement de la lumire
et, par voie de consquence, sur les grands dinosaures qui dpendaient de cette vg-
tation pour se nourrir. La raction en chane sest poursuivie avec les mammifres,
qui existaient dj depuis 100 MA environ, mais qui taient cantonns par la prsence
des dinosaures dans une niche cologique tout fait mineure (ces premiers mammi-
fres taient tous de petits rongeurs). Un tout nouvel espace de formes possibles
sest alors ouvert aux mammifres, qui ont connu alors une radiation volutive
impressionnante. Trs rapidement (sur lchelle de temps de lvolution), il y a eu
lapparition dune gamme danimaux allant des chauves-souris aux baleines, en
passant par les taupes, les castors, les chiens et les chats, les girafes et les lphants,
et les primates. Cette explosion , bien qu une moindre chelle taxonomique car
confine lintrieur de la classe des mammifres, exhibe le mme type de proprits
systmiques que lexplosion cambrienne.
lautopose dabord, par lontogense ensuite. Nous avons vu aussi quil fallait tenir
compte de la nature profondment historique de lvolution biologique : les vne-
ments chaque stade se produisent sur la base de la situation cre de toutes pices
par lhistoire antrieure.
Or, cette dimension proprement historique de lvolution biologique tait au
cur de la pense de Lamarck. Comme nous lavons dj remarqu pages 55-56,
aucun des organismes vivants actuels nest le rsultat dune gnration spontane
partir de processus matriels inorganiques. La vie provient de la vie. Mais si lon
remonte dans ce processus, il y a eu ncessairement un moment ou un autre une
origine de la vie. Nous savons aujourdhui que cette origine a eu lieu vers 3500 MA,
trs peu de temps aprs la formation de la plante Terre vers 4000 MA. Lamarck ne
savait pas cela, mais il avait parfaitement bien compris le principe. Or, qui dit origine
dit bien gnration spontane de la vie, prcisment partir de processus inorganiques.
Et pour quune telle gnration spontane ft possible, les tout premiers organismes
vivants ont d tre autrement plus simples que les organismes actuels, mme les plus
primitifs dentre eux comme les bactries. Sans avoir vraiment rsolu lnigme de
lorigine de la vie, nous avons soulign pages 69-71 la grande proximit entre lindi-
viduation physique et lindividuation biologique des structures dissipatives. Ayant
cern ainsi la nature des premiers organismes vivants, il est clair quils taient effec-
tivement autrement plus simples que les organismes vivants actuels. partir de l, il
sensuit logiquement que lhistoire naturelle de la vie terrestre est ncessairement celle
dune complexification croissante dans la continuit des processus historiques par
lesquels la vie engendre la vie. Tout leffort thorique de Lamarck tait arc-bout sur
la ncessit de comprendre cette complexification dans la continuit.
Il est noter, pour viter tout malentendu, que ce constat nimplique pas que la
phylogense soit tlologiquement guide vers une forme ultime (ne serait-ce que
lhomme !), ni quil existe une tendance intrinsque la complexification. la diff-
rence de lautopose et de lontogense37, la phylogense est un processus totalement
ouvert, sans finalit particulire. Localement, la phylogense est intrinsquement
symtrique, dans ce sens quune forme de vie peut tre soit moins complexe, soit plus
complexe que la forme ancestrale qui la engendre. Seulement, le processus
densemble est born par une asymtrie de base : en dessous dun seuil minimal de
complexit, lautopose elle-mme ne peut plus tre assure. Ainsi, un processus qui
commence juste au-dessus du seuil minimal, et qui chaque pas de temps donne lieu
deux formes, lune plus complexe et lautre moins complexe, produira au cours du
37. Lautopose est tlologique, car si la somme des processus locaux ne conduisent pas la recon-
duction de lorganisation autopotique, lorganisme disparat immdiatement. Lontogense est
aussi tlologique, car le processus dveloppemental partir dun uf fertilis doit conduire la
fabrication dun organisme adulte qui ressemble aux parents de luf. Pour une discussion de la
tlologie en biologie, voir Stewart (2000).
02.Stewart Page 87 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
Complexit
Temps
Mais ds lors, le concept mme de linn ne veut plus rien dire38 ; les rgularits
remarquables de lontogense restent toujours expliquer, et ne doivent en aucun cas
tre hypostasies par le faux-semblant dun programme gntique .
Lamarck avait donc plus raison, et moins tort, quon ne le pense gnralement
aujourdhui. Ce nest pas anodin, car le grand tort du schma weismannien est de
relguer larrire-plan les processus rels de lontogense, et les conditions la fois
matrielles et historiques dans lesquels ces processus se droulent effectivement. En
un mot, on en vient oublier les organismes et leurs conditions de vie ; lattention
est focalise exclusivement, dornavant, sur le plasma germinatif (autrement dit, en
termes modernes, sur les gnes). Le rsultat est que la thorie nodarwinienne de
lvolution est curieusement anhistorique39. Lhistoire relle, riche en vnements,
en multiples formes et stratgies de vie, est ramene une simple question de chan-
gements dans des squences de nuclotides. Et lhistoire ainsi dulcore et tronque
peut elle-mme tre rduite la situation synchronique de lensemble des squences
actuelles [Pichot, 1999]. Le divorce entre la gntique et une biologie des organismes
est encore une fois patent. Le mrite de la vision de Lamarck, quelles que soient ses
faiblesses et insuffisances par ailleurs, est de ramener lhistoire relle au premier plan.
Comme pour lhistoire humaine, on ne peut comprendre la situation actuelle que si
lon comprend lensemble des processus qui y ont conduit.
Interlude : objections
Avant daborder, dans le chapitre 3, les perspectives davenir pour une biologie o
la gntique serait remise sa juste place, il convient de rpondre explicitement aux
objections probables dun biologiste contemporain aux arguments critiques prsents
dans ce chapitre 2. Le point central concerne la dfinition de ce quest un gne. La
dfinition que jai propose page 19, bien quhistoriquement correcte, nest plus de
mise aujourdhui : elle nest ni enseigne, ni employe dans les recherches de labora-
toire. Pour fixer les ides, une dfinition contemporaine pourrait tre :
Dfinition 2. Un gne est une squence nuclotidique qui contient une longueur
raisonnable sans triplet correspondant des codons stop (en cadre de lecture
ouvert, ou ORF = Open Reading Frame ). Qui plus est, ces ORF sont traduits
automatiquement en squences dacides amins dans une ou plusieurs protines,
et on cherche les homologies dans les bases de donnes40.
38. Pour mettre les points sur les i , une fois de plus : il ne sagit pas de disqualifier linn au
profit de lacquis : cest le principe mme du couple inn versus acquis quil convient de
revoir [Stewart, 1993].
39. Je dis curieusement car Darwin lui-mme tait, bien sr, un grand naturaliste.
40. Comme je lai remarqu dans lIntroduction, il existe actuellement une pluralit de dfinitions.
Cependant, toutes les dfinitions courantes font rfrence des squences de nuclotides dans
lADN, et celle que je propose ici est reprsentative. On remarquera que cette dfinition emploie
des termes techniques que je nai pas dfinis ici : codons stop , ORF , etc. Je renvoie le lecteur
intress nimporte quel manuel de gntique contemporain.
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caractres de lorganisme entier. Nous verrons pages 129-131 que les gnes sont
importants prcisment parce quils crent la possibilit dune volution des organismes
autopotiques par slection naturelle.
Paradoxalement, les grandes dcouvertes de la biologie molculaire partir de
1953 ont fait plus de mal que de bien si on considre les relations entre gntique et
biologie41. Au fond, elles ne changent rien la nature intrinsquement diffrentielle
des informations gntiques ; mais en rifiant les gnes, elles ont occult cette
particularit (en effet, la gntique formelle nest plus enseigne ni prise en consid-
ration par les chercheurs). Pire encore, ces dcouvertes ne rendent pas service quand
elles rduisent toute considration des fonctions biologiques au niveau des protines.
Faut-il le dire, les organismes vivants ne sont pas rductibles un sac de protines.
Lironie, cest que les gnes sont importants pour la biologie prcisment parce que
les effets dune diffrence gntique stendent bien au-del du niveau des protines.
Il suffit de se rapporter la figure 6 de ce chapitre 2, qui sera reprise ci-dessous dans
une forme spcifique dans la figure 20 du chapitre 3, pour se rendre compte de
lappauvrissement que cela reprsente. Amputes de tout ce qui se situe au-del du
niveau dorganisation des protines, ces figures se rduisent une peau de chagrin.
Troisimement, la vision actuelle qui accorde un rle prpondrant aux gnes
(sans reconnatre leur caractre diffrentiel) tire une grande partie de sa plausibilit
dune conception rifie des organismes vivants. Plus prcisment, on considre
quun organisme nest rien dautre quun assemblage de molcules. Ainsi, on tient un
raisonnement du type suivant : Les gnes dterminent les protines ; les protines
(qui sont des enzymes) dterminent les ractions biochimiques qui ont lieu dans les
cellules, et dterminent donc la composition molculaire des cellules ; par consquent,
les gnes dterminent la composition molculaire, et, puisquil ny a rien dautre
dterminer, les gnes dterminent lorganisme. CQFD. Dans cette optique, on
comprend bien que le vivant en tant que tel ne soit pas un objet dtude scientifique.
La rponse est assez claire : les organismes vivants ne sont pas des choses (ils
deviennent des choses seulement quand ils sont morts) ; comme nous lavons dit,
ce sont en quelque sorte de purs processus.
Un aphorisme clbre de Francis Crick a beaucoup contribu la rification : Si
vous ne comprenez pas une fonction, tudiez une structure. Si le but reste fermement de
comprendre des fonctions, la phrase de Crick peut avoir son utilit comme consigne
mthodologique. Lennui, cest que trop souvent ltude de la structure devient un
but en soi, et on oublie de revenir aux fonctions (et donc aux processus). Toutefois,
avant de quitter cette question, il y a une situation qui mrite rflexion car, premire
vue, elle semble bien donner raison Crick. Lexemple prototypique en est celui des
41. On ne peut manquer de faire un lien avec les dgts du progrs qui caractrisent la socit
contemporaine tout entire. Cette question mriterait un approfondissement, mais dpasse le
cadre de ce livre.
02.Stewart Page 91 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
spores et des graines. En effet, lcologie de beaucoup dorganismes vivants est telle
que les conditions propices au dploiement dune vie active sont intermittentes,
tant entrecoupes de priodes souvent trs longues o la vie nest pas possible. Afin
de survivre dans la dure, ces organismes doivent tre capables dentrer dans un tat
danimation suspendue, o ils sont effectivement de pures structures. Ces structures
ne sont pas seulement inertes, elles doivent tre physiquement et chimiquement iner-
tes afin de perdurer pendant que lautopose nest pas possible42. Ce phnomne
fascinant impose deux contraintes43 : dune part, la phase anime doit pouvoir donner
lieu des structures inertes appropries ; dautre part, ces structures doivent pouvoir
redonner lieu une phase active quand les conditions de temprature, dhumidit,
de disponibilit dun flux dnergie, et caetera, sont runies de nouveau. Autrement
dit, ces structures inertes ne sont ni vivantes ni intressantes en elles-mmes ; elles
sont intressantes seulement parce quelles peuvent la fois tre produites par un
organisme autopotique et donner lieu un organisme vivant. Cette situation
correspond donc un dploiement dans le temps des relations synchroniques entre
des composants spatialement diffrencis dun organisme autopotique : comme
Kant la trs finement analys, chaque composant dun organisme vivant est l la
fois par les autres et pour les autres composants [Stewart, 2000]. En conclusion,
lexception apparente constitue par les structures inertes de lanimation suspendue
est une exception qui prouve la rgle : ces structures ne sont biologiquement signifi-
catives qu condition dtre remises en relation avec les processus de lautopose.
42. On remarquera que le vivant tire profit des situations o ce sont les mmes conditions qui i) rendent
lautopose impossible et ii) favorisent la conservation de structures inertes. Cest le cas notamment
de la scheresse et, dautre part, des trs basses tempratures o leau est congele et lagitation
thermique est rduite.
43. Ces contraintes sont difficiles raliser. Dans la nature, cela se produit principalement chez des
organismes relativement simples : les organismes unicellulaires comme les bactries et les zygotes,
qui sont la phase unicellulaire du cycle de vie des organismes multicellulaires. Chez les organismes
multicellulaires proprement dits, lanimation est gnralement ralentie plutt que suspendue ;
on pense lhibernation des ours, aux chrysalides chez les insectes et aux arbres en hiver. La
conglation profonde des organismes multicellulaires, avec possibilit dun rveil, requiert des
moyens artificiels labors ; pour le moment, cela nest possible que pour des organismes relative-
ment simples comme les vers nmatodes.
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CHAPITRE 3
Regain
est de ramener la gntique sa juste place en tant que discipline biologique parmi
dautres. La gntique possde des limitations, certes, mais elle apporte aussi une
contribution spcifique et irremplaable. Libre de la prtention exorbitante de tout
faire, et ramene au registre qui est authentiquement le sien, la gntique peut beau-
coup apporter la biologie. Les gnes ne peuvent pas constituer ce quil y a encoder.
Ils ne peuvent pas non plus mettre en place le systme de codage. Mais si ces deux
fonctions sont assures par ailleurs (en gros, par les invariances construites de lauto-
pose et de lontogense), les gnes sont parfaitement mme de constituer le
support dinformations codes. Ces informations sont essentielles pour le fonction-
nement des organismes vivants tels quon les connat aujourdhui ; notamment, elles
structurent la possibilit dune volution par variation alatoire et slection naturelle.
Nous avons dj eu un aperu de ce que des informations gntiques peuvent faire
(en complment ce quelles ne peuvent pas faire) avec les algorithmes gntiques
de la vie artificielle que nous avons prsents pages 48-55. Il sagit, dans ce chapitre,
de retransposer ces schmes dans leur domaine dorigine, savoir la biologie relle
des organismes vivants.
Le mtabolisme
Lexistence dun mtabolisme biochimique plus ou moins labor est lune des
caractristiques les plus fondamentales de tous les organismes vivants. Lautomate de
tesslation que nous avons prsent pages 73-76, comme illustration dune organisa-
tion autopotique minimale, possde en effet un mtabolisme. En loccurrence, il
sagit dun mtabolisme bas sur une chimie artificielle invente sur mesure pour
rendre possible lmergence dune organisation autopotique particulirement
simple. Si lon veut transposer ce schme conceptuel au monde rel et, en particulier,
si lon veut approfondir le problme de lorigine de la vie terrestre, la question qui se
pose est de savoir comment la chimie relle peut donner lieu au mtabolisme dun
organisme autopotique.
On sait que la particularit de la chimie qui rend possible la vie terrestre rside
dans certaines proprits singulires de latome de carbone, notamment sa quadri-
valence. En effet, cest celle-ci qui rend possible des molcules organiques ayant
des chanes de carbone, plus ou moins longues et ventuellement branches, tout
en laissant des valences disponibles pour des liens avec dautres atomes (notamment
H, O, S, N et P). Dans son enqute concernant des scnarios possibles pour lorigine
03.Stewart Page 95 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 95
mais qui fait la double erreur : premirement, de focaliser sur le gntique ind-
pendamment du contexte dun organisme autopotique, et, deuximement, diden-
tifier le gntique de faon rifie des molcules dADN.
La phnylctonurie et lintelligence
La question de lhrdit de lintelligence a fait, en son temps, lobjet de vives
polmiques [Dumaret & Stewart, 1989]. Existe-t-il des gnes de lintelligence ? Ce
qui est sr, cest quil existe bien chez les tres humains un facteur gntique que lon
dtecte par le phnotype de la phnylctonurie ; plus prcisment, par la prsence ou
absence de certaines substances, les phnylctones, dans lurine. Ce gne est rcessif ,
cest--dire que les deux allles doivent avoir la forme altre (que lon peut dsigner
par le symbole pku/ ) pour produire le phnotype en question. Maintenant, il se
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REGAIN 97
trouve aussi que les individus phnylctonuriques sont le plus souvent atteints dune
dbilit mentale profonde. Quelle que soit la dfinition donne de lintelligence, il est
patent que cette diffrence dans un gne entrane une diffrence dans lintelligence.
Ce gne est donc un gne de lintelligence , dans le seul sens rigoureux de cette
expression.
Nous savons que la fonction dun gne est, en gnral, de dterminer la structure
dune protine donne. Dans le cas de la phnylctonurie, la protine en question est
un enzyme qui catalyse le mtabolisme dun acide amin, la phnylalanine. Cet acide
amin est un constituant de toutes les protines dont on se nourrit lait, viande,
fromage, ufs, etc. La forme altre du gne produit un enzyme inactif qui nest pas
capable de catalyser le mtabolisme de la phnylalanine. La consquence en est que
des formes dgrades de cet acide amin les phnylctones saccumulent dans le
sang et apparaissent dans lurine (do le nom de phnylctonurie). En outre, les
proportions de toute une srie dacides amins se trouvent perturbes du fait de cette
accumulation massive ; et il se trouve que ces perturbations sont le plus souvent
nocives pour le dveloppement du cerveau chez le nourrisson, do la consquence
de dbilit.
Cette explication est intellectuellement satisfaisante, en ce sens que les divers
symptmes de cette maladie peuvent tous tre ramens une cause premire la forme
altre dun enzyme spcifique , elle-mme ramene une diffrence dans le gne
concern. Elle est satisfaisante, par ailleurs, en ce sens quelle permet un traitement,
ou plutt une prvention efficace de cette maladie : si lenfant est nourri ds sa
naissance avec un rgime spcial ne contenant pas de phnylalanine, les perturba-
tions dans les proportions des acides amins nont pas lieu et la dbilit est vite.
Dans la plupart des hpitaux des pays dvelopps, des tests biochimiques simples sur
lurine de tous les nouveau-ns permettent de dpister les quelques rares cas de cette
maladie. Aujourdhui, il y a des milliers denfants normaux qui ont t sauvs de la
dbilit grce un rgime alimentaire appropri.
Mais aussi satisfaisante quelle puisse tre sur ces deux plans, cette explication est
tout fait droutante un autre niveau. En gnral, quand on parle dun gne de
lintelligence , on imagine que ltude de ce gne apportera une rponse scientifique
la question quest-ce que lintelligence ? . Cette histoire de phnylctonurie ne
nous apporte presque rien ce niveau-l. Mais cest a, justement, la leon essentielle.
Un gne na jamais le pouvoir de constituer un caractre phnotypique. Lorganisme,
qui peut tre dcrit aprs coup en termes de caractres phnotypiques, est constitu
pour lessentiel par des processus invariants auxquels la gntique est aveugle. Cest
seulement dans le contexte o un organisme (avec ses caractres phnotypiques) est
dj l, quune diffrence dans un gne peut provoquer une diffrence dans un phno-
type.
03.Stewart Page 98 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
Cellules Diffrence
Macro-molcules Diffrence
(dont les gnes)
REGAIN 99
dtail, la totalit de la chane causale qui mne dune diffrence dans un gne une
diffrence dans un phnotype1. Si lon russit faire cela dans le dtail, on disposera
dun bon antidote lillusion selon laquelle les caractres se situent dans les gnes .
Le moment est venu dexaminer de faon plus approfondie ce quimplique un tel
programme de recherche.
Puisque ce sont prcisment les dtails qui sont importants, il ny a gure dautre
moyen de prsenter ce programme que de prendre un exemple. Celui que jai choisi
est issu de travaux auxquels jai moi-mme particip, il y a 35 ans ; il est noter que
les moyens exprimentaux mis en uvre taient tout fait modestes et artisanaux.
Contrairement ce que lon pourrait penser, le dchiffrage dune chane de causalit
diffrentielle (conduisant dune diffrence dans un gne une diffrence dans un
phnotype) est une entreprise qui nest pas ncessairement excessivement onreuse.
Je reviendrai, pages 103-113, sur les conditions qui rendent ce type dexercice praticable.
La situation exprimentale tait la suivante. Il existe chez les souris un phnotype
que lon nomme oligosyndactylie : la diffrence des souris normales, chez qui
les doigts des pattes sont bien spars, les souris oligosyndactyles ont les doigts plus
ou moins fusionns. Il sagit dun bon phnotype mendlien : la diffrence entre
les souris oligosyndactyles et les souris normales est due la sgrgation dun seul
gne, que lon nomme Os/ 2. Or, nous avions remarqu que les souris ayant le
gnotype Os//+ ntaient pas seulement oligosyndactyles ; elles avaient aussi un
dficit dans leur capacit concentrer lurine. Lurine des souris normales est, en
moyenne, de lordre de 1 800 mOsm (cest--dire 6 fois plus concentre que le sang
qui est 300 mOsm) ; lurine des souris Os//+ tait 1 200 mOsm (cest--dire seule-
ment 4 fois plus concentre que le sang). Notre question tait celle-ci : quelle est la
chane causale qui conduit dune diffrence entre lallle Os/ et lallle +/ cette
diffrence dans la concentration de lurine ?
1. Dans la biologie molculaire contemporaine, on accorde une importance croissante aux processus
de traduction de lADN en protines, notamment avec le projet de la protomique visant
caractriser la composition de la cellule en protines. Mais si un organisme ne se rduit pas
lADN, il ne se rduit gure plus un sac de protines. Le fait de focaliser sur une toute petite partie
de cette chane causale (celle qui conduit de lADN la protine) masque encore plus labsence du
reste : une rponse incomplte une question est encore plus dangereuse que pas de rponse du
tout.
2. Jai dj comment, page 8, la trs mauvaise habitude des gnticiens consistant nommer les
allles un locus donn par un symbole se rapportant au phnotype mendlien qui permet
den suivre la sgrgation. Le gne en question ici, dont on dsigne lallle qui provoque loligo-
syndactylie par le symbole Os/ , ne porte nullement en lui la capacit constituer le caractre
oligosyndactylie . Toutefois, dans la mesure o il nexiste aucun moyen en gntique formelle
de suivre la sgrgation de cet allle autrement quen observant ce phnotype, cette habitude est
indniablement commode. Il est esprer que la suite de la prsentation de ce cas, o il deviendra
clair que la diffrence alllique est la cause dautres diffrences phnotypiques, apportera un anti-
dote au moins partiel cette mauvaise habitude. Pour mmoire, le gnotype Os//+ donne le
phnotype oligosyndactylie ; le gnotype +//+ ce locus donne le phnotype normal ; le
gnotype Os//Os donne un phnotype qui nest pas viable. On dit quil sagit dun allle semi-
dominant ltal .
03.Stewart Page 100 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 101
Cela nous posait un problme imprvu : comment expliquer que la taille des
nphrons individuels soit plus grande chez les souris Os//+ ? On sait (encore des
connaissances biologiques !) que si lun des deux reins est enlev, le rein restant grossit
par un processus dhypertrophie compensatoire ; et que cette hypertrophie est due
non pas une prolifration des nphrons, mais une augmentation de la taille de
chacun. Il nous semblait donc possible que la cause premire de toutes les diffrences
chez les souris Os//+ tait une diminution de 80 % du nombre de nphrons, et que
les autres diffrences, dont la grande taille des nphrons individuels, en taient des
consquences. Afin de mettre cette hypothse lpreuve, nous avons chirurgicalement
enlev environ 80 % du tissu rnal chez des jeunes souris de 2 semaines dge3. Puis,
nous avons examin les reins de ces souris lge adulte (10 semaines), et nous avons
observ quen effet lhypertrophie du tissu rnal restant tait trs proche de celle des
souris Os//+. Ce rsultat, satisfaisant pour nous, tait dailleurs tout fait cohrent
avec des tudes comparables rapportes dans la littrature scientifique.
Il nous restait, videmment, expliquer les diffrences fonctionnelles entre les
souris Os//+ et les souris normales ; et, notamment, la diffrence dans la concen-
tration de lurine qui tait notre point de dpart. Le paramtre cl ici tait le taux de
filtration glomrulaire (TFG), cest--dire le dbit total du sang filtr qui entre dans
lensemble des nphrons. Nous avons mesur ce taux chez les souris Os//+, et nous
avons trouv quil tait rduit de 50 % par rapport celui des souris normales. Cela
pouvait sexpliquer trs naturellement par la diminution dans la mme proportion
de la masse des reins. Or, on sait (encore lappel des connaissances physiologiques)
que la concentration de lurine qui peut tre obtenue dpend du rapport entre le dbit
des soluts excrts dans lurine, Sx, et le TFG. Comme on le voit dans la figure 20,
une augmentation dans le rapport Sx / TFG conduit une diminution dans la con-
centration de lurine. Il est noter que cette courbe est trs bien tablie, dune part,
par un grand nombre dexpriences rapports dans la littrature et, dautre part (sans
entrer dans les dtails techniques), par des modlisations thoriques du processus de
concentration de lurine [Stewart et alii, 1972]. Maintenant, la valeur de Sx le dbit
des soluts excrts dans lurine doit a priori tre la mme chez les souris Os//+ et
les souris +//+, car elles ont les mmes besoins de nettoyer leur sang en liminant ces
soluts (principalement de lure et des sels) ; et nous avons vrifi exprimentale-
ment que ctait bien le cas. On notera, toutefois, quafin dobtenir le mme dbit
dexcrtion de lure avec un TFG diminu de moiti, la concentration dure dans le
sang doit tre augmente ; nous avons vrifi exprimentalement que ctait aussi le
cas. La valeur de Sx est donc bien la mme chez les souris Os//+ et les souris +//+. Par
consquent, puisque le TFG est diminu de moiti chez les souris Os//+, la valeur du
rapport Sx / TFG est double ; et on voit daprs la courbe de la figure 20 que cela est
3. Nous avons enlev un rein entier et, approximativement, les deux tiers du rein restant.
03.Stewart Page 102 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
1800 +//+
Concentration de l'urine mOsm
1200 Os//+
600
0
1 2 6 25 100
Sx/GFR %
REGAIN 103
Niveau
d'organisation Phnotype Invariant
4. Cest le lieu de mentionner que le fait de savoir si un phnotype est ou non un phnotype
mendlien nest pas une proprit intrinsque du phnotype. Cela dpend, totalement, des
diffrences gntiques qui existent ou non dans la population considre. Par exemple, dans une
autre tude chez les rats de Brattleboro qui manifestaient galement un dficit dans la concen-
tration de lurine, les reins taient normaux et ctait cette fois bien la production de lADH qui
tait altre. Cette question est rapprocher de celle de lhritabilit , qui nest pas non plus une
proprit intrinsque dun caractre (voir page 43).
03.Stewart Page 105 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 105
Niveau Phnotype
d'organisation principal
7 Y Y YY PP Y YY Y
6 Y Y X X Y Y
5 Y Y X YY Y
4 Y YY XX Y
3 Y X X
2 Y X
1 X
Figure 22. Le schma a priori des relations causales entre un ensemble de phnotypes
mendliens pour lesquels les variations sont toutes dues un mme facteur gntique
Le phnotype principal est dsign par PP . Les sous-phnotypes qui se situent sur la chane de
causalit entre le facteur gntique et le phnotype principal, sont dsigns par X ; les sous-
phnotypes collatraux qui ne se situent pas sur cette chane causale sont dsigns par Y . Quand
un sous-phnotype est affect par deux (ou plusieurs) sous-phnotypes au niveau dorganisation
immdiatement infrieur, il est dsign par XX ou YY .
une injection dADH, et Sx, le dbit des soluts excrts dans lurine. La tche qui
nous incombe est de situer tous ces phnotypes sur les nuds du schme reprsent
dans la figure 22 ; cest bien ce qui tait ralis dans la figure 21.
La figure 22 fait apparatre quafin dy arriver, il sera ncessaire de distinguer en-
tre, dune part, les phnotypes X qui se situent sur la chane de casualit entre le
facteur gntique et le phnotype principal, et qui sont surligns par un fond gris
dans la figure 22 ; et, dautre part, les phnotypes Y qui sont collatraux et qui ne
se situent pas sur cette chane causale. Par souci dconomie, on souhaiterait ne pas
observer trop de phnotypes collatraux se situant sur des nuds ne conduisant
pas la diffrence dans le phnotype principal, bien que cela ne soit pas trop grave
et puisse mme avoir un intrt propre. Or, cette formulation fait apparatre que,
contrairement ce que les Beatles disaient de lamour, des phnotypes mendliens
03.Stewart Page 106 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
ne sont pas la seule chose dont on ait besoin. Afin de bien identifier les phnotypes
quil est indispensable dobserver, et pour situer ces phnotypes correctement sur
la structure a priori de la figure 22, on a besoin de solides connaissances et aussi de
techniques exprimentales dans le domaine de la biologie concern (ici, la physiologie
rnale). Cest dailleurs bien pour cette raison la ncessit de combiner lanalyse
gntique et lanalyse physiologique que ce genre dtude est si peu frquent.
Par ailleurs, on notera la complication qui provient du fait quune diffrence ph-
notypique un niveau dorganisation peut avoir des effets sur deux (ou plusieurs)
phnotypes au niveau dorganisation suivant ; et par ailleurs que deux (ou plusieurs)
diffrences phnotypiques un niveau dorganisation peuvent conjuguer leurs effets
sur une diffrence phnotypique au niveau dorganisation suivant (cette situation est
note XX dans la figure 22). Ainsi, dans le cas de loligosyndactylie, la diminution
de 80 % du nombre de nphrons provoque une hypertrophie des nphrons indi-
viduels ; ce qui se conjugue avec la diminution de leur nombre pour produire une
diminution dans le poids des reins de 50 % seulement. Par ailleurs, la diminution de
50 % dans le TFG provoque une augmentation dans la concentration de lure dans
le sang, ce qui a pour effet de laisser Sx inchang. Cela est important, car si Sx avait
galement diminu de 50 % le rapport Sx / TFG naurait pas augment et, par cons-
quent, il ny aurait eu aucun effet sur la concentration de lurine. La ncessit de
pouvoir surmonter ce genre de complication est une raison de plus pour combiner
lanalyse gntique et lanalyse physiologique. Nous reviendrons prcisment sur
cette question dans la section suivante. Toutefois, avant cela, il faut terminer cette
discussion en expliquant pourquoi des phnotypes mendliens, sils ne sont pas
suffisants, restent nanmoins absolument indispensables.
En effet, que deviendrait le schme a priori de la figure 22 si le phnotype
principal auquel on souhaite sintresser ntait pas un phnotype mendlien ?
Cela voudrait dire que la variation dans ce phnotype proviendrait non plus dune
seule cause la racine, mais dune multiplicit de causes indpendantes les unes des
autres5. Par consquent, larbre gnalogique des causes devient celui de la figure 23.
Devant un tel enchevtrement, il ny a aucun espoir dexpliquer la variation dans
le phnotype principal . La conclusion simpose : on a bien besoin dun phno-
type mendlien . On reviendra cette question avec une discussion des maladies
multifactorielles pages 113-119.
5. partir du moment o les causes sont multiples, elles peuvent tre indiffremment gntiques
et/ou environnementales. Comme nous lavons expliqu page 43-44, partir du moment o un
phnotype est plastique (et quil peut donc varier), les causes de la variation sont gnralement
la fois gntiques et environnementales.
03.Stewart Page 107 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 107
Niveau Phnotype
d'organisation principal
7 Y Y YY PP Y YY Y
1 a b c d e f g h i j
Pour cela, des connaissances biologiques dans le domaine concern par le phnotype
principal sont indispensables, allies bien sr des capacits techniques pour raliser
les mesures exprimentales.
Lexemple de la section pages 99-106 illustre bien comment des connaissances
physiologiques permettent une dmarche structure et systmatique pour identifier
des phnotypes mendliens supplmentaires qui soient pertinents, ce qui permet
dailleurs de les situer immdiatement sur le schme causal. Le point de dpart tant
une question de concentration de lurine, ce sont des connaissances physiologiques
qui nous ont permis de poser un choix binaire : soit un dficit dADH, soit un dficit
au niveau des reins. Sachant que le dficit se situait du ct des reins, nous avons
observs ceux-ci et dcouvert quils taient plus petits chez les souris Os//+. Ce sont
alors encore des connaissances physiologiques qui nous ont permis de poser un choix
binaire : soit un dficit dans le nombre de nphrons, soit un dficit dans leur taille ;
et une technique, en loccurrence lhistologie, qui nous a permis de rpondre. On
remarquera, toutefois, que mme si la dmarche tait systmatique, elle ntait pas tout
fait linaire dans le sens dune analyse descendante. Ayant dcouvert que les reins
taient plus petits, il fallait encore identifier les consquences fonctionnelles de cette
diffrence structurelle (TFG diminu de 50 %), et dmontrer que cela constituait une
explication suffisante du dficit de la concentration urinaire (relation entre Sx / TFG
et concentration de lurine). L encore, ce sont des connaissances physiologiques (la
courbe de la figure 20) et les capacits exprimentales correspondantes qui ont permis
lenqute daboutir. Tout cela a dj t bien not loccasion de la prsentation
pages 99-106, et je ninsisterai pas davantage tant la cause semble entendue6.
Afin de poursuivre la discussion, on peut aborder la question de que faire si le phno-
type principal que lon souhaite tudier nest pas un bon phnotype mendlien .
6. Dans loptique actuelle, la problmatique est inverse. On commencerait, sans doute, par identifier
la protine code par le gne Os/. Il faudrait alors remonter la chane causale, du bas vers le haut,
jusqu dcouvrir leffet sur les reins (et les pattes) de la souris. Cela est peut-tre possible. Et si la
dmarche aboutit, cela revient dune certaine manire au mme, car lessentiel du cahier des charges
dchiffrer la totalit de la chane causale menant dune diffrence dans un facteur gntique
une diffrence dans le phnotype principal est rempli. Il y a nanmoins un inconvnient majeur
cela, qui provient du fait quil est difficile de remonter la chane causale du bas vers le haut car on
ne sait pas bien o on va. Plus prcisment, il est difficile didentifier les consquences pertinentes
dune altration dans la structure dune protine on va assez aveuglment la pche , et la
consquence, de fait, est quon reste bloqu au niveau de la protine et quon naborde jamais
la physiologie proprement dite. Cette difficult est dmultiplie par le fait, notamment chez les
animaux knock-out (cf. pages 139-142), que si la protine en question est un facteur de transcrip-
tion, il peut trs bien y avoir des diffrences dans des dizaines dautres protines et on ne sait
plus quelles sont les pistes quil faut suivre. La dmarche prsente ici, pages 99-106, consiste
dchiffrer la chane causale en partant du haut vers le bas. Lavantage norme est quen conjonc-
tion avec des connaissances physiologiques appropries (dont on a soulign limportance), il est
possible de procder systmatiquement pour descendre les niveaux dorganisation. Par consquent,
la dmarche prconise ici nest pas rendue caduque et prime par les avances plus rcentes. Au
contraire, il sagit dune dmarche davenir.
03.Stewart Page 109 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 109
Niveau
d'organisation
n a) Concentration
de l'urine
Commenons par le cas o la raison pour laquelle le phnotype nest pas mendlien
est quil existe bien un seul locus gntique o la sgrgation des allles produise des
variations dans le phnotype, mais quil existe des variations environnementales
importantes, de sorte que les diffrents gnotypes ne donnent pas lieu des phnotypes
clairement distingus. Pour illustrer cela, on peut reprendre lexemple pages 99-106.
La diffrence dans la concentration de lurine entre les souris Os//+ et les souris +//+
nest pas trs importante : 1 200 mOsm versus 1 800 mOsm, ce qui ne reprsente que
33 %. Il suffit que ltat de lhydratation des souris ne soit pas trs bien contrl pour
quune souris +//+ ayant rcemment bu ait une urine 1 300 mOsm, alors quune
souris Os//+ assoiffe (et affame, ce qui diminuerait Sx) ait une urine 1 400 mOsm.
Autrement dit, les distributions statistiques du phnotype concentration de lurine
peuvent se chevaucher (figure 24a).
videmment, une chose faire serait de contrler plus soigneusement les tats
dhydratation, par exemple en privant toutes les souris deau pendant 8 heures. Mais
il y a plus intressant que cela. En ralisant lanalyse physiologique et en descendant
donc les niveaux dorganisation de la figure 6 on constate que la diminution dans
le TFG et le poids des reins chez les souris Os//+ (qui sont les causes de la diminution
03.Stewart Page 110 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
7. La seule exception possible cette rgle serait le cas o les mesures au niveau n auraient t
entaches derreurs purement exprimentales navant aucune influence sur le phnotype au
niveau (n+1). Mais cette exception ne ferait que confirmer la rgle.
03.Stewart Page 111 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 111
7 (16) PP
6 (8) XX XX
5 (4) XX XX XX XX
4 (2) XX XX XX XX XX XX XX XX
3 (1) X X X X X X X X X X X X X X X X
2 (1) a b c d e f g h i j k l m n o p
taux dADH et la sensibilit du rein lADH ? tant donn que nos 16 loci auront
a priori des effets physiologiques relativement spcifiques, il y a peu de chances quun
mme locus ait un effet la fois sur le taux dADH et sur la sensibilit du rein lADH.
Par consquent, il y aura une rpartition des 16 loci entre ceux qui ont une influence
sur le taux dADH et ceux qui ont une influence sur la sensibilit du rein lADH.
Admettons, par exemple, que cette rpartition soit 8 : 8 (ce serait vraiment un manque
de chance que ce soit 0 : 16 ou 16 : 0). On peut alors ritrer la procdure. Une diff-
rence dans le taux dADH dans le sang peut tre due soit une diffrence dans le taux
de scrtion de lhormone, soit une diffrence dans la vitesse de sa destruction : cela
nous amnera des sous-sous-phnotypes dont la variation est due 4 loci seulement.
On peut procder de la mme faon sur lautre branche de la rpartition : une diff-
rence dans la sensibilit du rein lADH peut tre due soit une diffrence dans la
structure anatomique du rein (comme ctait le cas avec le locus Os/), soit une
diffrence dans les proprits des parois des nphrons. Et ainsi de suite : en continuant
lanalyse physiologique aussi longtemps quil faudra, le nombre de loci impliqus
dans chaque sous-phnotype ne peut que diminuer. Et on doit logiquement et syst-
matiquement parvenir identifier des sous-sous sous-phnotypes qui soient main-
tenant de bons phnotypes mendliens , dont chacun est spcifique pour lun des
16 loci. Nous sommes arrivs au but. Cette procdure systmatique est illustre, de
faon schmatique et gnrale, dans la figure 25.
03.Stewart Page 112 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
Cela requiert videmment plus de travail que si lon tait parti dj avec un
bon phnotype mendlien, mais le point de dpart tait bien plus difficile. Et, dune
certaine manire, ce que lon perd dun ct on le regagne en grande partie de lautre8.
Dans loptique prsente ici, ds que l'on a russi descendre suffisamment de
niveaux d'organisation pour identifier un sous-phnotype mendlien , il n'est plus
ncessaire de descendre encore jusqu'au niveau de l'ADN ( moins de considrer que
le niveau molculaire est, en soi, le seul qui soit digne d'intrt, ce qui n'est nullement
une obligation). Le travail quon aura ralis pour identifier les 16 phnotypes
mendliens est dj une trs jolie illustration dune toute nouvelle synergie entre
gntique et physiologie. Dune part, cest lanalyse physiologique qui permet diden-
tifier des phnotypes mendliens et, par consquent, de mener bien lanalyse gn-
tique. Mais dautre part, cette analyse gntique permet en retour de nourrir et de
consolider les connaissances du domaine physiologique en question. En effet, le fac-
teur gntique devient en quelque sorte une bonne variable exprimentale que le
physiologiste peut manipuler de faon contrle. Par exemple, dans ltude de la
section pages 99-106, le facteur gntique Os//+ devient une manire extrmement
commode et propre de faire varier le nombre de nphrons la naissance. Cela peut
tre fait par une manipulation exprimentale dans ce cas, par une intervention
chirurgicale chez de jeunes souris , mais il sagit dune opration excessivement
dlicate et fastidieuse, alors que le facteur gntique produit le mme rsultat presque
gratuitement . Ce genre de synergie entre gntique et physiologie produit alors
une espce de cercle vertueux , reprsent dans la figure 26.
Physiologie
Fournit un bon
"variable exprimental" Ncessaire
permettant de nourrir pour obtenir
et consolider les des phnotypes
connaissances mendliens
biologiques
Gntique
8. Comme le disent plus joliment les Anglais : What you lose on the merry-go-round you make up on the
swings.
03.Stewart Page 113 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 113
9. L'hritabilit est gnralement de l'ordre de 50 %, ce qui nest pas surprenant pour un caractre
plastique (cf. la discussion pages 43-44).
10. Une maladie spcifique par exemple, le diabte type-1 dont on parlera plus en dtail par la suite
est un sous-phnotype par rapport aux maladies auto-immunes en gnral, qui sont elles-mmes
un sous-phnotype par rapport au phnotype maladie en gnral.
11. Le nombre de facteurs gntiques est plus que 1, cest--dire que ce ne sont pas des maladies
monogniques classiques ; il est mme certainement plus que 2 ou 3, donc les facteurs gn-
tiques sont multiples ; mais il est moins que 100. Lestimation du nombre comme tant de
lordre dune dizaine est confirme par des maladies modles chez les souris.
03.Stewart Page 114 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
12. lheure actuelle, il y a une tendance considrer que identifier un gne revient identifier, si
possible, la (ou les) protine(s) quil encode. Cest tellement vrai que le langage courant (le jargon
de laboratoire) fait de plus en plus la confusion entre gne et protine. Mais comme nous lavons
remarqu dans la note 1, cela ne rsout pas le problme.
03.Stewart Page 115 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 115
13. On notera que dans ce schma, il ny a toujours que deux cas possibles chaque niveau. Toutefois,
sil existe 3 ou plusieurs possibilits au niveau (n-1), cela ne change rien au principe de la dmarche.
03.Stewart Page 117 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 117
14. Par contre, on notera que sil existe des interactions au niveau (n+1), il en existe ncessairement
tous les niveaux suprieurs. On ne peut pas dfaire des interactions en montant des niveaux
dorganisation. Cela rappelle la remarque que nous avons faite page 110, selon laquelle une
diffrence phnotypique au niveau n o les distributions se chevauchent, ne peut jamais tre la
cause dune diffrence nette et bien dmarque au niveau (n+1).
03.Stewart Page 118 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
Additivit "A(B2)
Valeur
de C
"A(B1)
Epistasie
Valeur "A(B2)
de C
"A(B1)
REGAIN 119
Lontogense
Introduction
Dans les deux exemples tudis en dtail dans la section III.3, les phnotypes
principaux que nous avons analyss taient concentration de lurine et auto-
immunit . Les connaissances biologiques que nous avons mobilises afin
daboutir des chanes causales reliant une diffrence gntique une diffrence
phnotypique, comme dans la figure 24, relvent principalement de la physiologie,
cest--dire du fonctionnement dynamique de lorganisme en synchronie un moment
donn. Cest notamment le cas, par exemple, des connaissances exprimes dans la
figure 23. Des connaissances physiologiques de ce genre sont ncessaires, et prcieuses
car elles montrent quun phnotype nest pas une chose mais bien plutt un
rgime de fonctionnement dynamique. Par ailleurs, comme nous lavons vu, de telles
connaissances peuvent permettre didentifier des phnotypes mendliens , condi-
tion sine qua non pour crer la synergie entre analyse gntique et analyse biologique
dont il a t question pages 107-112.
Cela tant, des connaissances purement physiologiques ne sont pas tout fait
suffisantes pour dconstruire entirement lillusion selon laquelle les caractres se
situent dans les gnes. On pourrait continuer imaginer, dans lexemple de la section
pages 99-106, que le caractre phnotypique nombre rduit de nphrons se situe
en quelque sorte dans lallle Os/. Or, il est noter que la diffrence gnotypique
Os//+ versus +//+ existe dj dans luf fertilis. Pourtant, celui-ci ne possde
pas de reins. Par consquent, le caractre phnotypique nombre rduit de nphrons
ne saurait exister ds le dpart. La diffrence dans le phnotype nombre de nphrons
ne peut sactualiser quau fur et mesure que les reins se forment au cours du processus
de lembryogense, qui se prolonge par le dveloppement post-natal.
Cette dimension celle de lontogense ntait pas totalement absente de lanalyse
que nous avons prsente pages 99-106. Il tait en effet question de lhypertrophie
compensatrice des reins, ce qui est bien un processus dveloppemental. Nous avons
mme mentionn que si lon voulait poursuivre le dchiffrage de larbre gnalogique
des causes diffrentielles jusqu inclure les effets de la diffrence Os//+ versus
+//+ la fois sur le squelette (le phnotype oligosyndactylie proprement dit)
et sur les reins (nombre de nphrons), il aurait fallu entreprendre des tudes embryo-
logiques. Toutefois, dans lensemble de la section pages 98-119, laccent tait mis sur la
03.Stewart Page 120 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
Les phnocopies
Pages 61-69, nous avons dj soulign le fait que lontogense est un processus
hautement organis et que cette organisation rsulte non pas dune in-formation
extrieure, mais de la nature auto-organise du processus lui-mme. Ainsi, le processus
de dveloppement est la fois stable et capable de changements organiss importants.
Waddington, qui tait la fois embryologiste et gnticien, a illustr cette ide par la
mtaphore dun paysage pigntique :
03.Stewart Page 121 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 121
Ici, lontogense dun organisme est reprsente par le parcours dune bille des-
cendant dans une valle de ce paysage. Leffet dune perturbation extrieure sera
pratiquement nul si la bille reste dans la mme valle, ce qui illustre la stabilit du
processus. Par contre, si la perturbation fait passer la bille dune valle dans une autre,
le changement sera important mais pas du tout quelconque , car la bille restera
alors dans le parcours dfini par la nouvelle valle. On remarquera, en outre, que la
facilit avec laquelle une perturbation extrieure fait changer la bille de valle dpend
beaucoup du moment de son parcours. Ainsi, au moment o la bille est plonge dans
une valle profonde et troite, il y a peu de chances pour quune perturbation pro-
duise un effet. Par contre, quand la bille est dans la rgion o lentre dans une valle
ou une autre se dessine, une modification mme minime fera changer la bille de valle.
Nous savons aujourdhui que ces caractristiques un paysage caractris par
un nombre limit de zones de stabilit qui sont des bassins dattraction , spars
par des crtes sont des proprits mathmatiques dune grande classe de systmes
dynamiques non linaires. Waddington, quant lui, est parvenu cette vision des
choses partir de ses observations empiriques en tant quembryologiste. Parmi les
phnomnes qui mettent en vidence lexistence dun paysage pigntique , lun
des plus saillants est celui connu sous le nom de phnocopie . Une phnocopie est
03.Stewart Page 122 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
une forme mutante, en premier lieu identifie comme le rsultat d'une altration
dans un gne, mais qui peut aussi tre produite par une modification approprie de
l'environnement. Par exemple, un embryon de drosophile trait avec la vapeur
dther peut produire une mouche adulte ayant une paire dailes supplmentaire,
exactement comme le mutant gntique bi-thorax . Loin d'tre l'exception, les
phnocopies sont la rgle : dans les annes 1940, le gnticien Goldschmidt a russi
obtenir des phnocopies de tous les mutants gntiques connus de la drosophile.
Or, pour produire une phnocopie donne, la nature de la perturbation environ-
nementale est souvent relativement indiffrente : une modification de temprature,
un traitement avec la vapeur d'ther, ou mme un choc mcanique, peuvent tous
provoquer la mme phnocopie. Par contre, ce qui est spcifique est le moment
prcis de l'embryogense o la perturbation intervient ce qui correspond tout fait
limage dun paysage pigntique .
Du coup, on comprend mieux comment la mme variante phnotypique peut tre
produite soit par une mutation gntique, soit par une perturbation du milieu.
Variations gntiques et variations environnementales sont mises dans le mme sac :
toutes sont des perturbations (ventuellement, des informations ) externes au
processus lui-mme. Ainsi, la spcificit des effets qui peuvent tre produits ne rside
pas dans la perturbation elle-mme (qui peut tre remarquablement peu spcifique),
mais dans lorganisation intrinsque de lontogense en tant que systme autonome15.
15. On peut penser que les mutations gntiques sont beaucoup plus spcifiques. Mais si cette analyse
du phnomne des phnocopies est correcte, la spcificit apparente des mutations gntiques est
due non pas aux spcificits de la protine encode, mais plutt la spcificit du lieu et du temps
de laction du gne au cours de lontogense.
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REGAIN 123
Quoi quil en soit, le squenage des gnes homotiques (et les mesures permises
par celui-ci) a quand mme apport dautres renseignements utiles. Il savre que ces
gnes se situent les uns ct des autres dans les chromosomes et, plus important
encore, quils sont activs la suite les uns des autres dans une squence temporelle
organise. Cela nous ramne limportance dcisive de la temporalit pour la compr-
hension de lontogense. En gardant prsent lesprit les tudes sur les phnocopies,
il se peut que, quand on a identifi quel moment temporel le gne en question est
activ (et en y ajoutant, ce qui peut aussi avoir son importance, la localisation spatiale
dans lembryon des cellules qui expriment le gne), on dtienne dj la majeure par-
tie de ce qui explique les effets spcifiques dune diffrence dans ce gne.
Que reste-t-il alors faire pour dchiffrer la totalit de la chane causale qui mne
dune diffrence dans un gne une diffrence dans un phnotype ? Nous avons
conclu la section pages 98-119 en disant que si lon veut vraiment expliquer la variation
dans un phnotype principal , il convient de commencer lanalyse causale par le
haut . Dans le cas de lontogense, les phnotypes principaux (cest--dire les
phnotypes mendliens qui permettent, en premire instance, didentifier les facteurs
gntiques correspondants) sont le plus souvent des diffrences morphologiques
chez ladulte. Nous sommes donc dans le domaine de la morphogense. Or, comme
nous lavons dit page 64, les bases physiques de la morphogense matrielle sont
ncessairement les mmes chez les organismes vivants que dans des processus inor-
ganiques : dans les deux cas, il sagit de structures dissipatives qui mobilisent des forces
mcaniques comme la pression hydrostatique ou la viscosit, des forces lectromagn-
tiques comme lattraction ou la rpulsion lectrostatique, les forces de Van der Waals,
la polarit hydrophile-hydrophobe, etc. En mme temps, lexemple du flocon de neige
a montr quun autre lment dterminant dans le processus morphogntique un
moment donn nest rien dautre que la forme produite par lhistoire jusque-l. Ainsi,
pour reprendre lexemple du phnotype bi-thorax , la cause principale de la diff-
rence morphologique entre une drosophile bi-thorax adulte et un individu normal
est sans doute la diffrence morphologique entre les deux mmes individus un ge
plus jeune. Comme nous lavons dj remarqu, la dmarche consistant descendre
les niveaux dorganisation lors dune analyse physiologique possde son analogue
lors de lanalyse ontogntique, qui est de remonter le temps. La question qui se pose
alors est celle-ci : jusquo faut-il remonter dans le temps du dveloppement ? Certai-
nement pas jusqu luf fertilis, car ce moment-l il nexiste aucune diffrence
morphologique entre les individus bi-thorax et normaux.
Cest ici que se prsente la possibilit dune trs jolie synergie entre gntique et
embryologie. Comme nous lavons vu avec lexemple des gnes homotiques, les
outils spcifiques de la gntique permettent didentifier avec prcision le moment
temporel et aussi la localisation spatiale o les toutes premires diffrences morpho-
logiques se dessinent. Habituellement, on prend la mutation gntique comme
03.Stewart Page 125 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
REGAIN 125
16. En effet, la procdure consistant administrer un choc (thermique ou autre) des embryons ayant
un ge trs prcis est non seulement assez fastidieuse, mais surtout grossire (il nexiste aucune
prcision spatiale) et peu fiable (il est rare que 100 % des embryons traits manifestent la phno-
copie ). Cet avantage de la variation gntique par rapport une variation exprimentale est tout
fait analogue celui du gnotype Os//+ par comparaison avec une intervention chirurgicale
sur les reins, que nous avons not page 112.
17. Cela ntonnera personne de savoir que la biologie contemporaine commence ses analyses, notam-
ment des effets des gnes homotiques, par le bas . Pour le moment en tout cas, ces recherches
sont englues dans la dcouverte de cascades deffets molculaires, qui deviennent trs compli-
qus sans que lon voie la fin du tunnel savoir, le moment o lon identifiera enfin les causes
physiques de la morphogense. La situation est tout fait analogue celle dcrite dans la note 6.
03.Stewart Page 126 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
Lvolution revisite
Introduction
Lune des caractristiques majeures de la thorie nodarwinienne de lvolution
rside dans son insistance sur le fait que les variations gntiques sur lesquelles opre
la slection naturelle doivent tre alatoires . Cette insistance dcoule son tour
du postulat encore plus fondamental, hrit de la thorie de Darwin lui-mme, selon
lequel la slection est la seule force directrice de lvolution [Mayr, 1980]. En effet,
comme nous lavons expliqu pages 38-40, si les variations phnotypiques ntaient pas
alatoires si elles comportaient dj une tendance systmatique alors cela pourrait
tre cette tendance et non plus la slection naturelle qui dterminerait le cours de
lvolution. La nature alatoire des variations gntiques semble tre conforte
par les dcouvertes de la biologie molculaire. En effet, au niveau molculaire, le
mcanisme principal dune mutation gntique est celui de la substitution dun
nuclotide (A, T, C ou G) par un autre loccasion de la rplication (ou de la rparation)
de lADN ; et de telles substitutions, qui sont la consquence derreurs , sont effec-
tivement alatoires. Mais mme si les nouvelles variations qui adviennent par mutation
sont alatoires au niveau de lADN ce que lon peut admettre , il ne sensuit pas
que les variations soient alatoires au niveau du phnotype. Comme nous lavons
soulign tout au long de ce chapitre, une diffrence dans un facteur gntique ne pro-
duit une diffrence dans un phnotype quau terme dune longue chane causale, qui
traverse de multiples niveaux dorganisation. Notamment dans le cas des organismes
multicellulaires, la constitution mme des caractres phnotypiques ne se ralise
que par le processus de lontogense ; et ce systme tant hautement organis, les
variations qui peuvent sy produire sont tout sauf alatoires. Nous en avons eu une
illustration concrte avec ltude des phnocopies : une perturbation alatoire
produira soit aucun effet soit (sil se produit dans une fentre temporelle assez troite)
une forme morphologique trs caractristique (par exemple, bi-thorax ).
Toute thorie de lvolution se base ncessairement sur les variations existant au
sein dune population un moment donn, car ces variations sont en quelque sorte
la matire premire de toute volution possible. Cela est vrai, quelle que soit lim-
portance que lon accorde (ou non) la slection naturelle : si la population tait ri-
goureusement homogne, aucune volution ne serait possible. Si nous prenons en
compte les considrations des sections pages 99-125, il sensuit que les variations au
sein dune population ne sont pas alatoires . Dans cette section, nous allons
examiner quelques consquences de cela pour la thorie de lvolution.
REGAIN 127
prsent chapitre, nous envisageons une nouvelle biologie des organismes qui ramne
la gntique sa juste place ? Nous verrons que la thorie de lvolution qui en rsulte
dtrne la slection naturelle de sa place comme seule force directrice de lvolution ,
mais quen contrepartie, la puissance explicative de la nouvelle thorie est grandement
accrue.
Nous mettrons de ct ici lorigine mme des organismes multicellulaires lpoque
de lexplosion cambrienne il y a 600 MA. Cet pisode, dont nous avons longue-
ment parl pages 79-89, ne peut certes pas sexpliquer sans rfrence lontogense.
Toutefois, on pourrait la limite faire valoir que cet pisode sexplique, en grande
partie, par un changement dramatique dans les conditions de la slection naturelle
(notamment, une augmentation brusque et importante dans le taux doxygne
atmosphrique). La question que je propose daborder prsent est celle-ci : y a-t-il
une diffrence dans le processus mme de lvolution, avant et aprs lexplosion
cambrienne ?
Nous avons vu que les premiers organismes vivants sont apparus relativement
peu de temps aprs la formation de la plante Terre vers 4000 MA, et que des archo-
bactries , ayant dj un appareil gntique form dacides nucliques et capable de
synthtiser des protines, taient dj en place vers 3500 MA. partir de ce moment-
l, on peut dire que, dune certaine manire, il ne sest pas pass grand-chose jusqu
600 MA. Il sagit, il faut lavouer, dune simplification grossire qui ferait hurler des
biologistes connaissant bien les subtilits de la vie microbienne18. Il y a eu, notamment,
linvention de la photosynthse [Reichholf, 1993] ; il y a eu, aussi, lmergence des
organismes eucaryotes, avec un noyau et des mitochondries, par symbiose entre des
formes de vie procaryotes. Mais aussi lourdes de consquences quelles soient pour la
suite19, ces innovations nont pas permis de dpasser les limitations intrinsques la
vie unicellulaire. Ce qui change, partir de 600 MA, cest le rythme de lvolution.
Avant, pendant 29 centaines de MA, une volution extrmement lente o, en termes
de morphologie et de comportement, il ny a aucune innovation marquante. Aprs,
lvolution devient (relativement !) extrmement rapide : il ne se passe pas une
centaine de MA sans une innovation notable. Pour illustrer cela, on peut prendre la
ligne des vertbrs. Il y a eu successivement lapparition des formes suivantes : les
18. Une microbiologiste a crit ceci : En fait, parce que les unicellulaires ne sont pas trs diffrents de
forme, on simagine quils sont peu diffrencis. Cest absolument faux. Les capacits dadaptation
inoues des bactries en font les tres les plus volus de la plante. Les innovations sont en termes
de mtabolisme et de variabilit adaptative. Cela dit, au risque dencourir laccusation dun
jugement anthropomorphique, je maintiens la simplification en me basant sur les critres de
morphologies et de comportements visibles (au besoin, sous le microscope).
19. La photosynthse non seulement permet un mtabolisme autrement plus dynamique, mais cest
elle qui conduira, terme, laugmentation du taux de loxygne atmosphrique qui permettra
lclosion des organismes multicellulaires. Les organismes multicellulaires sont tous des eucaryotes,
ce qui laisse supposer que cette forme cellulaire est ncessaire sinon suffisante pour que puisse se
dployer une ontogense.
03.Stewart Page 128 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13
poissons sans mchoire (lamproies), les poissons cartilagineux (requins, raies), les
poissons osseux (saumons), les amphibiens (grenouilles), les reptiles (tortues, ser-
pents, lzards), les dinosaures, et puis la fois les oiseaux et les mammifres.
Comment peut-on expliquer ce brusque changement dans le rythme de lvolu-
tion ? Tout simplement par le fait que les variations phnotypiques possibles, qui
seront soumises la slection naturelle, ne sont pas alatoires . La gamme de
variations possibles chez les organismes unicellulaires est trs rduite, tant du point
de vue morphologique quen termes de stratgie de vie. Un organisme unicellulaire
reste forcment microscopique (mme les paramcies ou les amibes les plus grandes
ne dpassent pas une fraction de millimtre) ; et comme style de vie , il na gure
dautre choix que de se fixer sur une surface, ou de driver plus ou moins alatoirement
dans leau20. Chez des organismes multicellulaires, la gamme de morphologies et de
comportements possibles est incommensurablement plus large. Certes, comme nous
lavons soulign pages 58 et 78, tout nest pas possible : lontogense est un systme
autonome, avec ses propres contraintes, de sorte que les seules variations qui puissent
advenir sont celles qui rsultent dune modification dans le processus de lontogense.
Mais la gamme de ce qui reste possible est norme, et sans commune mesure avec ce
qui lest des organismes unicellulaires. Pour sen convaincre, il suffit dapprcier la
varit des formes de vie multicellulaire des chnes aux souris qui ont t retenues
par la slection naturelle (ce qui nest videmment quun sous-chantillon de ce qui
a pu tre propos mais rejet car non viable). En conclusion, le rythme de lvolution
sest acclr parce que la gamme des variations possibles a littralement explos.
Cet effet a t dmultipli par le fait que le comportement est lui-mme une sorte
de moteur de lvolution, comme la not Piaget (1976)21. En effet, les forces de
slection naturelle ne sont pas de simples variables exognes. Par leur comportement,
les organismes vivants contribuent constituer dans leur diversit les forces de slection
qui vont jouer. Lewontin (2003) a bien soulign que lenvironnement ntait pas
une entit prdonne par les lois de la physique et de la chimie. Ce quest lenviron-
nement pour un organisme ne peut pas tre spcifi sans se rfrer lorganisme
lui-mme : cela dpend de ce que lorganisme peut y faire22. En ce qui concerne les
20. Les organismes unicellulaires peuvent passer de faon transitoire par lair ou sur terre, sous forme
de poussires , mais ils ne peuvent pas y dvelopper leur vie active. La microbiologiste proteste :
Pas du tout daccord ! Les bactries peuvent vivre 100 C ou 0 C, dans les eaux interstitielles
des roches profondes ou dans leau de surface, voire dans les fentes des roches du Sahara. Certaines,
comme le smyxiobactereis, font mme des arborescences multicellulaires transitoires. En plus, elles
sadaptent tout ce qui arrive de nouveau, que ce soit lhomme ou ses produits industriels les plus
sophistiqus. Il y aurait de quoi devenir lyrique.
21. On notera aussi que limportance du comportement tait bien reconnue par Lamarck, qui avait
donc moins tort quon ne le pense gnralement.
22. Au niveau de la perception, Gibson (1979) soutient quun organisme ne forme pas des reprsen-
tations de la ralit , mais que, plutt, il peroit directement des occasions pour dployer telle ou
telle action.
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REGAIN 129
rythmes de lvolution, le fait que les organismes contribuent spcifier leurs propres
forces de slection est en principe tout aussi valable pour les organismes unicellulaires
que pour les organismes multicellulaires. Toutefois, partir du moment o la gamme
des comportements possibles samplifie chez les organismes multicellulaires, limpor-
tance de cette dynamique est elle aussi dmultiplie. Pour ne prendre quun exemple
majeur : les organismes multicellulaires, les vgtaux comme les animaux, peuvent
sortir de leau pour aller sur les terres et aussi pour voler dans les airs. Cela sest
produit, dabord pour les plantes et, leur suite, pour les animaux, aux alentours de
400 MA. Les organismes multicellulaires ont ainsi cr de toutes pices des niches co-
logiques indites.
Lassimilation gntique
Nous avons critiqu plusieurs reprises (notamment pages 61-69 et 87-88) le
principe mme dune opposition entre linn et lacquis . Il sera intressant de
voir ce quil en est, ds lors que la gntique est rintgre sa juste place dans une
biologie des organismes qui cherche articuler phylogense et ontogense. cet gard,
des expriences dune grande porte conceptuelle ont t ralises par Waddington
(1953), sous le nom de lassimilation gntique . Ces expriences, dsormais clas-
siques, portent sur une phnocopie nomme cross-veinless23 . Normalement, les
ailes des drosophiles comportent un certain nombre de veines dotes d'une configu-
ration caractristique (voir figure 29).
a b
Veines Veines
transversales absentes
Figure 29
a) La forme normale de laile du moucheron Drosophila.
b) Un caractre acquis , dnomm veinless : suite un choc thermique 22 heures
aprs la formation de la chrysalide, les veines transversales sont absentes.
24. En l'occurrence, pour obtenir le caractre acquis cross-veinless, il suffit de soumettre les chrysalides
une temprature de 40 C pendant deux heures seulement, entre 21 et 23 heures aprs formation
de la chrysalide.
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REGAIN 131
telles variations ; et sa mthode privilgie cet effet tait de faire appel aux rsultats
de la slection artificielle25. En effet, si on prend une population naturelle de nim-
porte quelle espce ayant une reproduction sexue, et si on fait une slection pour
nimporte quel caractre quantitatif, on constate quau bout dune vingtaine de
gnrations de slection, on peut soit doubler soit diminuer de moiti la valeur
moyenne de ce caractre. On peut complter cette dmonstration en faisant appel
aux rsultats de la slection ralise par des leveurs chez des espces domestiques,
aussi bien de plantes que danimaux. La conclusion est sans appel : il existe bel et
bien une variation gntique importante dans toutes les populations naturelles. Il est
prciser que, pour lessentiel, ces rponses la slection artificielle ne sont pas dues
des mutations nouvelles intervenues au cours de la slection ; la variation gntique
existe dj au sein de la population de dpart.
Or, cette prsence ubiquitaire de la variation gntique dans les populations
naturelles pose un problme thorique. Nous avons vu, page 36, que lune des
motivations principales qui ont conduit lintgration de la gntique mendlienne
dans la synthse nodarwinienne, tait le problme de la perte de variation gntique
par mlange ; et nous avons mentionn la dmonstration mathmatique par Fisher
que dans le cas dune gntique mendlienne, o les facteurs gntiques ne se
mlangent prcisment pas, un avantage slectif minime dun allle sur un autre (de
lordre de 0,1 %) est largement suffisant pour que lallle avantag devienne pr-
dominant dans la population, en quelques dizaines de gnrations seulement. Cela
rsout magistralement le problme initial. Mais ce que lon souligne gnralement
moins, cest que la solution fishrienne fonctionne dune certaine manire trop bien,
et par l cre un autre problme. En effet, lextrme efficacit de la slection naturelle
mise en vidence par Fisher conduit inluctablement la prdiction thorique
quune population naturelle doit tre gntiquement homogne pour lallle optimal
chaque locus. Mais cela est en contradiction directe avec lobservation selon laquelle
la variation gntique est ubiquitaire dans des populations naturelles.
On considre souvent que la thorie de la drive gntique , initialement due
Sewall Wright et dveloppe plus rcemment par Kimura, permet de rsoudre cette
anomalie ; mais il nest en rien. De deux choses lune : soit une diffrence alllique
produit une diffrence phnotypique significative, soit elle nen produit pas. Il est
tout fait possible quune diffrence alllique ne produise aucune diffrence biologi-
quement significative. Cela est sans doute le cas pour des diffrences de squence
nuclotidique dans ce que lon appelle lADN de pacotille , des rgions dADN qui
ne sont pas transcrites en ARN-messager et protines, et qui ne servent apparemment
rien. Cela est probablement aussi le cas pour des mutations silencieuses : en
effet, en raison de la redondance partielle du code gntique, il y a parfois plusieurs
25. Pour une discussion approfondie de la signification pistmique profonde de la slection artifi-
cielle chez Darwin, voir Lenay (1999).
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REGAIN 133
triplets de nuclotides qui codent pour le mme acide amin. Cela semble encore tre
le cas pour certaines diffrences gntiques qui donnent bien lieu des diffrences
dans la squence dacides amins dans une protine, mais o lacide amin en question
se situe dans un endroit peu important dans la protine de sorte quil ny a aucune
diffrence fonctionnelle dans la protine. Ce dernier type de diffrence est connu
depuis assez longtemps, car il est possible de sparer les diffrentes formes de protines
par la technique de la chromatographie mme si ces formes sont fonctionnellement
quivalentes. Dans ces conditions, des mutations gntiques peuvent saccumuler
librement au cours de lvolution, donnant lieu une drive gntique . Cela est
mme la base de ce que lon appelle une horloge molculaire : partir des diffrences
entre les squences nuclotidiques de deux espces contemporaines, on peut faire
une estimation du temps coul depuis leur anctre commun. Mais dans tous ces cas
de figure, il y a drive prcisment parce que la diffrence alllique ne produit aucune
diffrence biologiquement significative. Mais, du coup, ces variations gntiques qui
nont pratiquement aucun effet phnotypique, ne peuvent pas tre la base dune
rponse phnotypique une slection, quelle soit artificielle ou naturelle26.
Cela nous renvoie donc lautre branche de lalternative : celle o la diffrence
alllique en question produit une diffrence phnotypique biologiquement signifi-
cative. Dans ce cas, les diffrences allliques pourraient bien tre lorigine dune
rponse la slection. Mais, du coup, il devient extrmement improbable que les
coefficients de slection des diffrents allles puissent tre exactement gaux, avec
une prcision plus grande que 0,1 %. Le problme reste donc entier.
Plusieurs propositions ont t faites pour rsoudre ce paradoxe, mais aucune nest
vraiment concluante27. Tout ce que lon peut dire, cest que, dune manire ou dune
autre, ces propositions font intervenir des considrations de lcologie naturelle des
26. La thorie neutraliste de lvolution propose par Kimura se base sur ces mutations gntiques
(au niveau de lADN) qui nont pas deffets phnotypiques. Mais les modifications dans la
squence nuclotidique de lADN qui peuvent saccumuler par ce genre de drive , ne comptent
comme volution que si lon rduit lvolution biologique des modifications de lADN.
Comme je lai not dans lIntroduction, cest effectivement le cas aujourdhui. Mais si on revient
aux organismes, comme lensemble de ce livre le propose, alors ces mutations neutres nont
simplement aucune signification biologique.
27. Par exemple, on peut postuler lexistence dun avantage de lhtrozygote sur les deux formes
homozygotes, comme dans le cas de lanmie falciforme. Cependant, celui-ci produit un fardeau
gntique car, chaque gnration, la sgrgation produira un nombre important dindividus
homozygotes qui sont, par dfinition, moins bien adapts que la forme htrozygote. Ce mca-
nisme ne saurait donc tre gnralis un grand nombre de loci. Dautres suggestions invoquent
une diversit de niches cologiques , dans lespace et/ou dans le temps, avec une migration
restreinte entre les sous-populations. Une autre hypothse serait que lavantage ou non dune
forme alllique dpend de sa propre frquence relative : rare, elle devient avantageuse alors que le
fait mme de devenir frquente la rendrait dsavantageuse. Cela est clairement le cas pour le
bimorphisme sexuel, mais il reste savoir si largument peut tre gnralis. Ces diverses hypothses
ne sont pas du tout impossibles ; mais pour le moment, aucune dentre elles na pu tre valide.
Cest prcisment le travail quil reste faire.
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Conclusions
Les considrations dveloppes dans les pages 93-133 ne sont pas mutuellement
exclusives, mais bien plutt complmentaires. En particulier, elles ont un point en
commun : elles convergent vers la conclusion que les variations proposes la slec-
tion naturelle ne sont pas alatoires . De ce fait, le poids explicatif de la slection
naturelle et des gnes, sil nest pas rduit nant, est considrablement relativis.
Le cours de lvolution, et notamment de la macro-volution, sexplique en grande
partie par les variations qui peuvent advenir avant dtre codes par des variations
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REGAIN 135
systmatique de cet espace. Nous avons prsent des exemples de cela avec les algo-
rithmes gntiques de la vie artificielle , pages 49-55 ; les simulations de Karl Sims,
notamment, o des cratures virtuelles dveloppent une pluralit de styles de nage,
en sont une illustration magnifique. Il souvre ici tout un programme de recherche,
consistant dvelopper des modlisations de ce type, mais avec une vise plus explicite
et plus pousse de comprhension des diffrents pisodes rels de lhistoire naturelle
de lvolution.
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Conclusion
Introduction
Une mauvaise blague, lue dans un magazine grande diffusion, exprime une
conception trs courante du rle des gnes en biologie :
Deux chercheurs discutent : Nous avons enfin trouv le gne de la timidit, mais
quest-ce quon a eu du mal ! Comment a ? Eh bien, il tait tellement timide
quil se cachait notre microscope lectronique.
La blague est caricaturale, certes, mais elle est rvlatrice prcisment cause de
cela. Elle exprime, merveille, lerreur fondamentale qui grve les relations entre la
gntique et la biologie. Cette erreur consiste considrer que les caractres sont en
quelque sorte contenus dans les gnes. On voit trs bien, dans lexemple du gne
de la timidit , ce que cette conception colporte de vitalisme et de rification hypo-
stasiante. La critique de cette erreur est un leitmotiv qui court tout au long de ce livre ;
et dans le chapitre prcdent, nous avons prsent ce qui pourrait tre un antidote,
savoir le programme de recherche consistant dchiffrer systmatiquement la to-
talit de la chane causale qui mne dune diffrence gnotypique une diffrence dans
le phnotype correspondant. La difficult, ici, rside dans le fait quaussi longtemps
que lon persistera penser que les caractres peuvent tre trouvs dans les gnes,
on ne ressentira aucunement la ncessit dun antidote . Cest pour cette raison
que le programme de recherche esquiss dans le chapitre 3 nest pas, pour le moment,
trs souvent mis en uvre. Examinons ce point de plus prs, partir de quelques
exemples.
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1. Par exemple, si la maladie est le diabte, et si lun des gnes code pour linsuline, ce serait un
bon candidat.
04.Stewart Page 139 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13
CONCLUSION 139
Transgense et knock-out
Un autre domaine de recherche actuel o se font sentir les effets nfastes de la
croyance selon laquelle les caractres sont dans les gnes , est celui des modifications
gntiques contrles. Dans les expriences classiques de mutagense, ralises ds
les annes 1920, on pouvait augmenter considrablement le taux de mutation, mais
les modifications gntiques ainsi induites taient alatoires2 . Aujourdhui, en
employant les techniques du gnie gntique allies celles de la manipulation des
embryons, il est possible de produire des lignes dorganismes qui diffrent dune ligne
de contrle par une diffrence spcifique dans un seul gne cibl. Il y a principalement
deux types de modifications : celles o le gne cible est limin (ou inactiv), nom-
mes knock-out ou KO ; et celles o un gne supplmentaire est ajout, que lon
appelle transgense . Dlicates raliser, et difficiles mettre au point dans un
premier temps, des expriences de ce genre sont devenues monnaie courante. Il
existe aujourdhui des centaines et des centaines de lignes KO et transgniques,
notamment chez les souris.
On peut comprendre lattente nave qui sous-tend ce genre dexpriences. Dans
la mesure o les caractres se situent dans les gnes, le rajout ou llimination dun
gne devrait se solder par le rajout ou llimination du caractre correspondant. Pour
fixer les ides, on peut prendre pour exemple prototypique le cas des organismes
gntiquement modifis chez les plantes3. Dans ce cas, lajout dun gne par trans-
gense permet de confrer un caractre la plante, notamment la rsistance
des herbicides ou des parasites. Mais les cas o lattente nave est (apparemment)
ralise sont en fait lexception, et une exception qui appelle une explication. Nous
y reviendrons.
2. Alatoires au niveau de lADN, mais pas ncessairement au niveau phnotypique : voir la discussion
page 126.
3. Les OGM sont devenus lobjet dune intense controverse politique. Il y a des raisons cela, notam-
ment les enjeux socio-conomiques de lemprise des grandes firmes multinationales sur la pratique
des agriculteurs. Mais ces questions, aussi passionnantes quelles soient, sont au-del du cadre de
ce livre. On notera simplement quune certaine hystrie, nuisible la qualit des dbats politiques,
provient du fait que les adversaires et partisans des OGM partagent une mme vision errone des
pouvoirs magiques du gnie gntique ; ce qui conduit soit le diaboliser, soit idoltrer le
progrs .
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En effet, dans la grande majorit des cas, lattente nave nest pas ralise. Par
exemple, un grand nombre de souris knock-out ne prsentent aucune diffrence
manifeste au niveau de leur phnotype. Ces rsultats, assez radicalement inexplicables
(et dcevants) si lon considre que les gnes portent en eux des caractres, sont
en fait extrmement intressants. Lexplication gnrique rside dans le fait que les
caractres sont constitus non par les gnes, mais par les organismes eux-mmes ;
les organismes possdent une organisation propre telle quils ragissent des pertur-
bations non pas de faon prdictible et linaire, mais suivant leurs propres lois auto-
nomes. Il y a plusieurs faons dexprimer cela. On peut dire, comme pages 120-121,
que les organismes sont des systmes non linaires, et quils possdent par cons-
quent une dynamique avec des attracteurs . Une autre manire de le dire est
que les organismes possdent une organisation redondante 4, de sorte quune
dfaillance dans un lment du systme peut tre compense par un ajustement des
autres lments qui en prennent la relve. Mais bien plus intressante que ces expli-
cations gnrales serait celle, dtaille, dun cas prcis. Ainsi, chaque souris KO qui
ne prsente pas de dysfonctionnement majeur et immdiatement perceptible, est un
dfi que de vrais biologistes se devraient de relever.
En fait, toutes les lignes gntiquement modifies, que ce soit par transgense ou
par knock-out, et quelles donnent lieu ou non des diffrences manifestes au niveau
du phnotype global, constituent dexcellents points de dpart pour des tudes
approfondies. Car toutes les diffrences entre une ligne modifie et la ligne de con-
trle (et il en existe forcment, condition de dployer des techniques dobservation
appropries plusieurs niveaux dobservation) sont a priori autant de phnotypes
mendliens, quil doit tre possible de situer sur un arbre gnalogique des causes
avec une racine commune, comme nous en avons discut pages 103-107. De tels
arbres gnalogiques des causes sont chaque fois le reflet de lorganisation bio-
logique de lorganisme, et leur lucidation constitue un bon moyen dapprofondir
notre comprhension scientifique de cette organisation. La croyance selon laquelle
le caractre se situe dans le gne est nfaste, parce quelle conduit considrer ce
qui, en ralit, nest quun point de dpart, comme tant demble un point dabou-
tissement. En effet, si lon considre quun gne nest pas autre chose quune squence
dADN, on pensera quon connat demble tout ce quil y a connatre, car une
connaissance de la squence est ncessaire pour raliser la modification gntique.
Par contre, si on considre quun gne est un facteur tel quune diffrence dans ce
facteur est la cause dune diffrence dans un phnotype mendlien, on comprend
quon ne peut identifier un gne sans identifier le ou les phnotypes mendliens
correspondants.
4. En anglais, on dit de faon image que lorganisation est fail-safe , cest--dire quune dfaillance
locale ne provoque pas leffondrement du systme tout entier.
04.Stewart Page 141 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13
CONCLUSION 141
Cest parce que ce point nest pas compris que les lignes transgniques et KO sac-
cumulent, sans que leur potentiel soit ralis. Cela est manifeste dans le cas o des KO
ne donnent lieu aucun phnotype immdiatement manifeste : ces lignes sont g-
nralement mises de ct, et vite oublies comme autant d checs , alors quelles
pourraient tre riches denseignements sur les mcanismes de lauto-organisation
homostatique si caractristique des organismes vivants. Mais cela est tout aussi vrai
dans les cas o, apparemment, on obtient ce que lon veut savoir un caractre qui
apparat ou disparat avec lajout ou llimination dun gne. Ces cas sont, en
ralit, autant dnigmes expliquer : comment se fait-il quune diffrence dans la prsence
ou labsence dun gne peut donner lieu une diffrence phnotypique si marque ?
Linsertion du gne Bt chez le mas donne lieu des plantes rsistant des insectes
parasites, soit ; il sagit dun phnomne vraiment remarquable. Mais, comme dans le cas
des mutations homotiques que nous avons discutes pages 122-123, partir du moment
o lon commence comprendre que les caractres ne se situent pas, et ne peuvent
pas se situer, dans les gnes, ce phnomne devient une excellente nigme au
sens de Kuhn : un problme auquel on sait davance quil doit exister une solution, mais
dont tout lintrt rside dans la possibilit de trouver effectivement cette solution.
En loccurrence, dans le cas du gne Bt, lnigme est pour lessentiel rsolue ; et
cette explication permet de comprendre en quoi ce cas, o le transfert dun gne
permet deffectuer le transfert dun caractre, est bien une exception et non la rgle.
Le gne Bt code pour une protine de la bactrie Bacillus thuringensis. Cette protine
est toxique pour les insectes, mais non pour lhomme. En Inde, on pulvrise la bactrie
elle-mme sur les champs comme insecticide. On peut aussi isoler la protine en
question, et montrer quelle est efficace ds quelle est mange par les insectes ; et les
physiologistes des insectes comprennent les raisons de cette toxicit. Il est plus cher
disoler la protine que dutiliser la bactrie elle-mme, et donc cela na pas beaucoup
dintrt pratique ; mais lexprience permet bien de dchiffrer la chane causale
conduisant du gne au phnotype. Ainsi, le gne Bt, dorigine bactrienne, est efficace
quand il est introduit dans la plante ( condition dtre mis sous le contrle dun
promoteur qui en permet lexpression) parce que la plante synthtise alors la toxine
qui drange les insectes, mais pas lhomme. Ce qui est exceptionnel dans ce cas, cest
que le caractre la rsistance aux insectes parasites est une consquence
presque immdiate de la prsence ou non dune protine. Il est vrai que certaines
conditions doivent tre gales par ailleurs . Notamment, on doit tre dans une
situation o la protine est forme dans les feuilles de certaines plantes, et o les plantes
sont manges par des insectes parasites, faute de quoi la prsence de la protine
naurait aucune valeur de rsistance5 . Mais si ces conditions sont remplies et
dans le cas du mas transgnique, elles le sont , le transfert de la capacit synthtiser
5. Si le gne Bt tait insr dans le gnome dune souris, par exemple, ce ne serait plus un gne de la
rsistance .
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CONCLUSION 143
la diffrence entre les gnotypes Os//+ et +//+ donne lieu, dune part, une diffrence
dans la forme des pieds (do son nom) et, dautre part, une diffrence dans la
concentration de lurine. Imaginons donc que ce gne soit insr dans le gnome dune
plante (ce qui est parfaitement envisageable avec les techniques de la transgense). Il
est totalement impossible que le gne Os/ (considr comme une squence dADN)
donne lieu chez la plante une fusion des doigts du pied, et tout aussi impossible
quil donne lieu une urine anormalement dilue. La raison en est flagrante, au point
de paratre stupide et presque absurde : la plante nayant ni pieds ni urine, la diffrence
Os//+ versus +//+ ne peut en aucun cas donner lieu une diffrence dans la forme des
pieds ou la concentration de lurine.
Le deuxime exemple est strictement analogue. Pages 96-98, nous avons vu que
chez les tres humains, la diffrence gnotypique entre des individus pku//pku et
des individus pku//+ produisait une diffrence phnotypique notable, entre des
individus normaux et des individus mentalement retards. Il sagit donc, dans le seul
sens oprationnellement valide, dun gne de lintelligence . Mais cette mme diff-
rence gntique, transpose par transgense chez des bactries, produirait peut-tre
des diffrences, mais en aucun cas une diffrence dintelligence. Pourquoi cela ? Tout
simplement parce quune diffrence gntique ne peut produire une diffrence
phnotypique que si le caractre lui-mme existe dj. Ainsi, la diffrence gntique
pku//pku versus pku//+ pourrait bien produire des diffrences dans le mta-
bolisme des acides amins chez des bactries, parce que les bactries possdent bel et
bien un mtabolisme, y compris celui des acides amins. Par contre, la diffrence
gntique pku//pku versus pku//+ ne pourrait pas produire chez des bactries
la diffrence phnotypique qui donne son nom lallle pku/ savoir lapparition
des phnylctones dans lurine pour une bonne et simple raison : les bactries ne
produisent pas durine, donc il est impossible que des phnylctones y apparaissent. Et
il est encore moins possible que la diffrence gntique pku//pku versus pku//+
produise une diffrence dintelligence : car les bactries nayant pas de cerveau, la
diffrence gntique ne peut pas provoquer une diffrence dans le dveloppement
crbral, ni dans les facults mentales qui en rsultent.
Le Tao de la gntique
Y a-t-il une morale cette histoire ? Elle pourrait tre celle-ci. Hegel a expliqu
que la malfaisance dune relation matre-esclave ne provient pas seulement du fait
quelle asservit lesclave, mais que cest aussi, sinon surtout, le matre qui savilit lui-
mme en se mettant dans lobligation dassurer une domination crasante par les
moyens les plus brutaux. Dans le mme ordre dides, on pourrait dire que la gntique
samoindrit elle-mme quand elle cherche dominer sans partage la biologie tout
entire.
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Une voie tout autre nous vient de la philosophie taoste, tradition millnaire de
la Chine. Une interprtation du taosme particulirement pertinente pour notre
propos est celle de Joseph Needham (1969), la fois biologiste et fin connaisseur de
la culture chinoise. Il dit : Le sage doit imiter le Tao, qui uvre de faon invisible et ne
domine pas. En cdant, sans imposer ses prconceptions sur la nature, il pourra observer et
comprendre, et gouverner ainsi sans violence . Afin de donner un aperu de cette pense
singulire, jai choisi quelques extraits de textes classiques (voir encadr).
CONCLUSION 145
CONCLUSION 147
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06.Stewart Page 151 Lundi, 6. septembre 2004 1:42 13
Index terminologique
acide amin 29, 97 information 41, 44-48, 49-56, 64, 68, 88,
acide nuclique 28 89, 94
ADN 2-4, 28-31, 39, 41, 47, 88-89, 93, 132, inn acquis 42, 62, 67, 87-88, 129, 130
142 intelligence 96-97
ARN messager 39 invariance 5, 34, 41-47, 48-55, 68-73, 76, 93
ARN de transfert 29, 47 knock-out 139-142
algorithme gntique 49-55 linkage 12-16, 19, 21, 25, 27
allle 16, 18, 20, 36, 39 locus 15
anmie falciforme 104, 133
assimilation gntique 129-131, maladies multifactorielles 113-119, 138-139
automate de tesslation 73-76 miose 23, 24
autopose 69-78, 84-86 mtabolisme 47, 75-78, 94-96, 97, 127, 143
mitose 22
backcross 10, 16 morphogense 2, 64, 68, 82, 96, 124, 125
blastula 66 morula 66
carte gntique 15 nodarwinisme 37-39, 40-47, 55-62, 69, 78,
caryotype 25, 26 88, 126, 130
centi-Morgan 15 niveau dorganisation 33, 34, 35, 109-111,
chromosome 21-28, 39, 41 115-131, 140-147
codage 29, 41, 46-55, 94, 131
concentration de lurine 100-106 oligosyndactylie 99-106
crossing-over 24 ontogense 41, 43, 44, 57, 60, 61-69, 78-88,
93, 119-125, 126
drive gntique 132, 133
diabte type-1 115-116 paysage pigntique 120-123
diffrence 5, 8, 16, 19, 20, 33-43, 55, 65, 78, phnocopie 120-122, 125, 129
89, 96, 98, 123, 130, 137-143 phnotype 7-11, 16-20, 57
phnotype mendlien 11, 15-20, 98-119,
embryogense 1, 2, 65-67 134, 140
quilibres ponctus 84 phnylctonurie 96-97
explosion cambrienne 79-81, 127 phylogense 35-61, 78-88, 93
flocons de neige 62-64 physiologie 1-2, 107-112 , 115-119
fonction 3, 34, 48, 88, 97 programme gntique 40-55, 60-69, 96
protines 28-29, 39, 133, 141
gastrulation 1,41,66
gne 3, 4, 9, 19-21, 25, 31, 41, 62, 78, 88- recombinaison 13-14, 27
90, 137, 139-141 rseau de neurones 49-50
gnes homotiques 123, 125 sgrgation 8, 12-16, 20, 29, 98
gnration spontane 56, 86 slection naturelle 36, 38, 78, 126, 134
gnotype 7-12, 17, 20, 57, 131 sex-linkage 16-19
hmoglobline 48, 104 structures dissipatives 69-70
hritabilit 43 taosme 143-147
htrozygote 17 transgense 139-142
homozygote 17
wu wei 146
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