Vous êtes sur la page 1sur 160

Stewart 2/04/08 10:50 Page 1

john stewart
john stewart

laVie existe-t-elle ?
rconcilier gntique et biologie

la vie existe-t-elle ? rconcilier gntique et biologie


On ninterroge plus la vie dans les laboratoires dclarait Franois Jacob. Partant de ce John Stewart
constat, lauteur explique comment on a pu en arriver l : lobjet central de la biologie
contemporaine nest plus la vie, mais le gne.

Or, depuis sa fondation par Mendel au XIXe sicle, la gntique est ce quon appelle une
science diffrentielle au sens o une diffrence dans un facteur gntique est la cause
dune diffrence dans un phnotype observable. Il sensuit que, l o il ny a pas de diff-
rences, la gntique nest plus oprationnelle. Autrement dit, la gntique ne permet pas
dobserver linvariant ni mme de le concevoir. Cest notamment le cas pour le plus
important parmi tout ce qui est invariant : le fait que les organismes vivants ne sont pas
laVie
existe-t-elle ?
des choses , mais des flux dnergie et de matire organiss de telle sorte que ces orga-
nismes se produisent en permanence, dinstant en instant. Appel autopose, cet rconcilier
invariant-l est ignor de la gntique. Do le divorce historique qui spare la gntique gntique et biologie
de la biologie des organismes.
On peut penser que les grandes dcouvertes de la biologie molculaire rendent caduques
ces considrations dhistoire et de philosophie des sciences, mais il nen est rien. On a, cer-
tes, dcouvert la structure molculaire de lADN support matriel des gnes ainsi que
le code gntique . Mais un organisme vivant ne se rduit pas un assemblage de pro-
tines. Et les notions-cls d information , de message et de code importes de
la cyberntique ont une face cache : aucun message cod ne porte en lui-mme le dispo-
sitif permettant de linterprter.
Lauteur examine aussi les possibilits dune rconciliation entre une vritable biologie des
organismes et une gntique ramene sa juste place par une reconnaissance de ses limi-
tes : ce nest pas parce que les gnes ne peuvent pas tout faire quils ne peuvent rien faire.
Ils constituent indniablement le support dinformations codes puisque depuis trois
milliards dannes ces mmes informations ont permis lvolution par variation alatoire
et slection naturelle ; une volution laquelle nous ne devons pas moins que lensemble
des organismes vivants actuels.

Gnticien de formation, John Stewart est depuis 1979 charg de recherche au CNRS.
Aprs dix ans de recherches combinant gntique et physiologie chez la souris, il a tra-
vaill successivement dans les domaines de la sociologie des sciences, de limmunologie
thorique, des sciences cognitives, et de la philosophie de la technique. Il est lauteur
dune centaine darticles scientifiques et de plusieurs livres portant notamment sur
lhrdit du QI, sur les manipulations gntiques et sur lvolution du systme immu-
nitaire. Il est actuellement rattach lUniversit de technologie de Compigne.

ISBN 2 7117 5368 9 En couverture : Jacques-mile Ruhlmann, Lampas au


ruban (1922-23), soie, Cornille. Archives Prelle,
UCAD, Paris. Clich Laurent Sully-Jaulmes
-:HSMHLB=\ZX[]U: www. vuibert .fr vuibert
Lim.qxd 2/04/08 10:52 Page a

La vie existe-t-elle ?
Lim.qxd 2/04/08 10:52 Page 1

john stewart

La vie existe-t-elle ?
rconcilier gntique et biologie

vuibert
Lim.qxd 2/04/08 10:52 Page 2

galement aux ditions Vuibert :


Patrick LAURE,
Histoire du dopage et des conduites dopantes, 224 pages
Bernard MARTY et Henri MONIN
Le premier ge de lADN. Histoire dune molcule de lhrdit, 176 pages,
codition Vuibert/ADAPT
Jean-Pierre GASC
Histoire naturelle de la tte. Leon danatomie compare, 176 pages
Michel PETIT
Quest-ce que leffet de serre ? 128 pages, postface de Robert DAUTRAY
Jacques FONTAN
Les pollutions de lair, 208 pages
Gabriel GOHAU
Naissance de la gologie historique, 128 pages, codition Vuibert/ADAPT
Valerio SCARANI
Initiation la physique quantique, 128 pages, prface de Jean-Marc LVY-LEBLOND
Claude LCAILLE
Laventure de la chimie jusqu Lavoisier, 320 pages, prface de Jean ROSMORDUC,
codition Vuibert/ADAPT
Paul MAZLIAK
Avicenne et Averros. Mdecine et biologie dans la civilisation de lIslam, 256 pages,
codition Vuibert/ADAPT

et des dizaines dautres ouvrages de sciences et dhistoire des sciences : www.vuibert.fr

En couverture : Jacques-mile Ruhlmann, Lampas au ruban (1922-23), soie, Cornille.


Archives Prelle, UCAD, Paris. Clich Laurent Sully-Jaulmes

Couverture : Vuibert / Arnaud Martin


Maquette, composition & mise en page : Isabelle Paisant
Schmas : Lionel Auvergne
Relecture et correction : Alain Rossignol

www.vuibert.fr ISBN 2 7117 5368 9


La loi du 11 mars 1957 nautorisant aux termes des alinas 2 et 3 de larticle 41, dune part, que les copies ou reproductions
strictement rserves lusage priv du copiste et non destines une utilisation collective et, dautre part, que les analyses et
les courtes citations dans un but dexemple et dillustration, toute reprsentation ou reproduction intgrale, ou partielle, faite
sans le consentement de lauteur ou de ses ayants droit ou ayants cause, est illicite (alina 1er de larticle 40). Cette
reprsentation ou reproduction, par quelque procd que ce soit, constituerait donc une contrefaon sanctionne par les
articles 425 et suivants du Code pnal. Des photocopies payantes peuvent tre ralises avec laccord de lditeur. Sadresser au
Centre franais dexploitation du droit de copie : 20 rue des Grands Augustins, F-75006 Paris. Tl. : 01 44 07 47 70

Vuibert septembre 2004 20 rue Berbier-du-Mets, F-75647 Paris cedex 13


Table des matires

Avant-propos . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . V
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Gntique et biologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Quest-ce quun gne ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

C HAPITRE 1. La gntique formelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5


Lexprience mendlienne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
Le linkage et les expriences de Morgan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
La cartographie, 12 Le sex-linkage, 16
Lapothose de la gntique formelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
Rsum, 19 La thorie chromosomique, 21
La suite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

C HAPITRE 2. Spendeurs et misres de la gntique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33


La force et la faiblesse de la gntique formelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
La phylogense . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
La thorie de lvolution, entre Darwin et Mendel, 35 Weismann et le chemi-
nement vers le nodarwinisme, 38 Programme gntique et hritabilit, 40
Linformation, 44 Les invariances invisibles dont dpend le programme
gntique , 48 Conclusions : la gntique nest pas une science de lhrdit, 55
Lontogense . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
La Forme et la Matire, 61 Les premires tapes de lembryogense, 65
Au-del de lintrieur vs lextrieur, 67 Conclusions : au-del du programme
gntique, 68
Lautopose et la vie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
La vie existe-t-elle ? 69 Les structures dissipatives : lindividuation physique et
biologique, 69 Lautopose, 71 Lautomate de tesslation, 73 Conclusions, 76
Synthses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
Les relations entre phylogense, ontogense et autopose, 78 Lamarck et
lhistoire naturelle, 85
Interlude : objections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
IV LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

C HAPITRE 3. Regain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Introduction : vers une biologie avec une gntique ramene sa juste place 93
Trois exemples de gnes remis leur place . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Le mtabolisme, 94 Les plans du corps, 96 La phnylctonurie et lintel-
ligence, 96
Lanalyse des phnotypes mendliens . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
Les chanes de causalit diffrentielle, 98 Les vertus dun phnotype mend-
lien, 103 La synergie entre physiologie et gntique, 107 Les maladies
multifactorielles, 113
Lontogense . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Introduction, 119 Les phnocopies, 120 Une synergie possible entre
embryologie et gntique, 122
Lvolution revisite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Introduction, 126 Les rythmes de la macro-volution, 126 Lassimilation
gntique, 129 Un problme non rsolu : la variation gntique au sein des
populations naturelles, 131 Conclusions, 134

Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Les maladies multifactorielles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Transgense et knock-out . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
Une dynamique sociale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
Le Tao de la gntique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

Bibliographie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Index terminologique. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
Index des noms dauteurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
00.Prface Page V Lundi, 6. septembre 2004 1:35 13

Avant-propos

Ce livre naurait jamais pu voir le jour sans trois grands scientifiques que jai eu
le privilge de connatre.
John M. Thoday tait professeur de gntique luniversit de Cambridge. Chef
de dpartement, il tait responsable de la dlicate question de la rpartition des
enseignements ; la diffrence de tous les autres directeurs de dpartement universi-
taire que jai connus, Thoday pensait que le cours le plus important quil ne laissait
personne dautre le soin dassurer tait le tout premier cours dinitiation. Une fois
initis la matire, de bons tudiants sauraient toujours tirer parti dun enseignement
parfois mdiocre ; mais ce quil ne fallait aucun prix compromettre, ctait le niveau
lmentaire des fondements. Ce cours dintroduction la gntique, auquel jai assist
en 1961, fut pour moi une rvlation et il le reste 40 ans plus tard. Le chapitre 1 de
ce livre, qui insiste notamment sur le caractre diffrentiel de la gntique, est bti sur
lempreinte profonde de ce cours de Thoday.
Stuart Goronwy Spickett, lve de Thoday, fut mon directeur de thse. Son inspi-
ration et son amiti furent dterminantes dans ma dcision dentamer une carrire
de recherche scientifique. Les perspectives que jessaie de prsenter dans le chapitre 3
sont issues trs directement de sa vision.
Jai rencontr Francisco Varela Paris en 1986, un autre tournant de mon parcours
scientifique. ce moment-l, javais dlaiss la biologie par dcouragement devant
le dferlement du tout gntique rductionniste. Par la thorie de lautopose,
quil avait labore avec Humberto Maturana, Francisco ma redonn lespoir que les
organismes vivants, en tant que tels, peuvent tre de vritables objets scientifiques
pour la biologie.
La liste des autres influences enrichissantes que jai reues est bien trop longue
pour que je puisse essayer de la dtailler sans commettre dinjustices par omission. Je
voudrais nanmoins mentionner Evelyn Fox-Keller et Susan Oyama. Au-del de leurs
contributions intellectuelles, qui sont considrables, leurs crits expriment ce que
lon tait trop souvent : les choix scientifiques sont aussi, et peut-tre surtout, des
choix de vie.
Finalement, je tiens remercier tout particulirement Janine Guespin, qui a lu trs
attentivement une premire version de mon manuscrit. Ses commentaires amicaux
mont t dautant plus prcieux quelle sest livre des critiques sans complaisance.

John Stewart
Paris, avril 2004
00.Prface Page VI Lundi, 6. septembre 2004 1:35 13
00.Intro Page 1 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

Introduction

Gntique et biologie
En lespace de quarante ans le temps dune vie de chercheur , les relations entre
la gntique et la biologie se sont modifies de faon spectaculaire. En 1963, alors que
je faisais mes tudes au dpartement de gntique de luniversit de Cambridge en
Angleterre, la gntique tait une discipline tout fait marginale. Dans ma promo-
tion, nous tions en tout et pour tout six tudiants avoir opt pour la gntique ;
lanne prcdente, ils navaient t que deux. Comme cest si souvent le cas, les
disciplines dominantes de lpoque expliquaient que leur suprmatie tait rationnel-
lement justifie. Ainsi, les embryologistes voulaient bien admettre, la rigueur, que
les gnes puissent influencer des caractres superficiels tels que la couleur des fleurs
ou des yeux. Mais ds quil sagissait des processus fondamentaux de lembryogense
par exemple, les mouvements de la gastrulation, par lesquels laxe du corps animal
prend forme , ils considraient que les gnes taient superftatoires. Il est rvlateur
quils appuyaient ce mpris pour les gnes sur le fait que mme si le noyau dun uf
fertilis tait inactiv, la gastrulation se produisait malgr tout1. Les physiologistes,
de leur ct, visaient lidentification de principes et de systmes universels . Ils
pouvaient admettre que la physiologie animale ntait pas identique la physiologie
vgtale, que celle des vertbrs ntait pas la mme que celle des invertbrs, et
mme, au sein des vertbrs, quil y avait entre les poissons et les mammifres une
progression dans la complexit, mais sans solution de continuit et sur des bases
essentiellement similaires. Ainsi, ils ne se rsolvaient pas envisager que lidal-type
de LA physiologie cardio-vasculaire (par exemple) puisse diffrer selon les espces : si
les rsultats provenant de deux laboratoires ntaient pas les mmes, les physiologistes
cherchaient tout dabord attribuer lcart des artefacts exprimentaux plutt
quau fait quun de ces laboratoires travaillait sur des chiens et lautre sur des rats.
On peut alors aisment imaginer que, quand notre quipe, Cambridge, chercha
mettre en vidence des diffrences physiologiques entre diverses souches de souris
diffrences gntiques au sein dune mme espce, donc , nos efforts furent trs

1. Mme si on admet lobservation empirique, linterprtation en est extrmement discutable.


00.Intro Page 2 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

2 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

frachement accueillis par la communaut des physiologistes qui y virent une hrsie
impardonnable. Finalement, la grande tradition de lhistoire naturelle tait encore
bien vivace. En botanique et en zoologie compares, on se dlectait encore dcrire et
rpertorier la diversit des structures anatomiques et des formes de vie, et raliser
une organisation taxinomique des espces, comme lavait fait Charles Darwin lors de
son grand priple sur le Beagle. Outre ces descriptions compares, ltude de lvolution
tait base essentiellement sur lexamen minutieux des fossiles. La gntique des
populations tait une spcialit hautement abstraite et mathmatise, et navait prati-
quement aucun impact sur les tudes de terrain.
En 2004, les choses ont bien chang ; nous vivons prsent dans lre du tout
gntique . Lembryologie rebaptise gntique du dveloppement est devenue
ltude de lactivation des gnes dans les diffrents tissus aux diffrents stades du
dveloppement. Pour tout matrialiste consquent, la morphogense est ncessaire-
ment, en dernier ressort, le rsultat de forces physiques seules capables de dterminer
des mouvements de la matire. Nanmoins, aujourdhui, on se contente de ramener
la morphogense lactivit des gnes ce qui est rvlateur, soit dit en passant, dun
certain no-vitalisme qui attribue aux gnes des pouvoirs extraordinaires. Quant
la physiologie, elle est devenue trs largement molculaire . On y tudie les cascades
dvnements molculaires qui suivent loccupation dun rcepteur molculaire la
surface de la cellule par un ligand (une hormone, par exemple). Comme pour la
morphogense embryologique, on ne pousse pas lanalyse jusqu identifier les effets
dune hormone sur les proprits physiques de la cellule ; on se contente de suivre la
cascade jusqu ses effets sur lexpression dun ou plusieurs gnes. Ainsi, encore
une fois, on considre les gnes comme des homoncules tout-puissants. Corrla-
tivement, les anciens instruments qui permettaient dobserver le fonctionnement des
organes sont rangs dans les greniers, et les physiologistes qui savaient les fabriquer
et les utiliser sont la retraite. Finalement, ltude de lvolution est devenue celle
des modifications qui sont intervenues dans les squences dADN depuis les premiers
organismes dots de gnes chromosomiques. Ainsi, les tudes compares entre espces
mettent au premier plan la comparaison de leurs squences dADN ; moyennant des
calculs bass sur lhypothse dune horloge molculaire , cela permet de fixer une
date pour leur dernier anctre commun. Quant aux fossiles, puisque lon ne peut pas
en extraire de lADN, leur tude noccupe plus une place importante ; de fait, leur rle
se borne calibrer les horloges molculaires. Les naturalistes qui sintressaient
lanatomie, la physiologie, aux modes de vie et aux relations cologiques entre
espces sont devenus eux-mmes une espce en voie dextinction.
Le rsultat de ce basculement dans le tout gntique est que les organismes
vivants, en tant que tels, ne constituent plus un objet dtude dans la biologie
contemporaine. Un biologiste aussi fin que Franois Jacob le dit clairement : On
ninterroge plus la vie dans les laboratoires. Henri Atlan confirme le diagnostic avec
toute la lucidit qui le caractrise : Aujourdhui, un biologiste molculaire na pas
00.Intro Page 3 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

INTRODUCTION 3

utiliser, pour son travail, le mot vie Cela veut dire que la biologie tudie un objet, lobjet
de sa science, qui nest pas la vie ! [Atlan & Bousquet, 1994]. En effet, le principal objet
thoriquement constitu de la biologie contemporaine nest pas la vie , mais le
gne .
Or, au-del du changement intervenu depuis quarante ans dans le radicalisme
mme de ce basculement entre une biologie des organismes qui relguait la gntique
une position marginale, et une gntique triomphante qui anantit toute possibilit
dune biologie des organismes , on peut se demander sil ny a pas lexpression dune
constante sous-jacente : tout sest pass comme sil y avait une relation profonde
dexclusion mutuelle entre la gntique et la biologie des organismes. Le but de ce livre
est de revenir sur les fondements pistmologiques de la gntique mendlienne,
pour voir si on peut y dceler les racines dune telle exclusion mutuelle ; non pas pour
la justifier ou la consacrer, mais au contraire pour la surmonter en cherchant les voies
dune rconciliation, dune relation plus harmonieuse et mutuellement enrichissante
entre la gntique et la biologie.

Quest-ce quun gne ?


Qu'est-ce qu'un gne, en effet ? Dans un dossier rvlateur publi par la revue La
Recherche en 2001, la question avait t pose dix-huit spcialistes de gntique. La
rdaction de la revue avait soulign la grande diversit des rponses obtenues : il y
avait autant de rponses diffrentes que de spcialistes interrogs. Cette absence de
consensus clair ntait dailleurs pas ncessairement une mauvaise chose : on pouvait
y voir le signe dune science vivante en train de se faire . Mais au-del de la diversit,
il y avait une constante que les rdacteurs du dossier navaient pas releve : toutes les
rponses faisaient la part belle lADN. Or, il y a quelque chose de profondment
insuffisant dans une telle rponse. Cest un peu comme si on rpondait la question
quest-ce quune chaise ? en disant : cest un objet en bois ayant une certaine
forme . Mme sil tait vrai que dans la socit en question toutes les chaises sont,
en loccurrence, fabriques en bois, on passerait ct dun aspect essentiel : une
chaise est un objet sur lequel on sassoit. Une rponse portant uniquement sur la
matrialit du substrat est rductrice et rifiante, car elle nglige la dimension de la
fonction ; et en biologie, la notion de fonction, aussi problmatique soit-elle, est
fondamentale. Pour prendre un autre exemple un peu moins trivial que celui de la
chaise : rpondre la question quest-ce quun gne en disant que cest un morceau
dADN, cest comme si, la question quest-ce quun mot ? , on rpondait que,
cest une certaine forme phonologique ou graphique. On passerait alors ct de
quelque chose dessentiel : un mot, en tant quentit linguistique, possde deux
aspects absolument insparables, le signifiant (la forme sonore ou graphique) et le
signifi. Pour filer la mtaphore linguistique, la question est celle-ci : quel est le
signifi dun gne ?
00.Intro Page 4 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

4 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Pour tre tout fait juste, la dimension fonctionnelle ntait pas totalement
absente des rponses obtenues dans lenqute de La Recherche. La fonction des gnes
le plus souvent mise en avant tait celle de leur rle dans la fabrication des protines :
la squence de nuclotides dans lADN code (moyennant lintermdiaire de lARN-
messager) pour la squence dacides amins dans les protines. Cest, dailleurs, par
rapport cette fonction que soprait le foisonnement de dfinitions diffrentes de
ce quest un gne. LADN chromosomique contient des squences de nuclotides (les
introns ) qui ne sont pas transcrites en squences dacides amins : est-ce que les
introns font ou non partie dun gne ? Et dautre part, en amont de la squence
codante, il y a des squences de nuclotides (les promoteurs ) qui servent rguler
la transcription : est-ce que les promoteurs font ou non partie dun gne ? Mais ce sont
l des dtails relativement peu importants pour notre sujet. Si la seule fonction des
gnes tait de contribuer la synthse des protines, la gntique serait simplement
une sous-discipline de la biochimie, elle-mme une sous-discipline de la physiologie.
Dans ce cas, la gntique ne serait pas en mesure dexercer une hgmonie2 sur la
biologie tout entire ; et la relation dexclusion rciproque entre la gntique et une
biologie des organismes naurait pu stablir de la mme manire.
Ce quil faut lucider, donc, cest comment on en vient considrer que les gnes
dterminent non seulement la squence dacides amins dans les protines, mais
lensemble des caractres de lorganisme tout entier ; et, par ailleurs, pourquoi on
considre que les gnes forment la base de lhrdit des organismes. Si les gnes
ntaient que de simples molcules dADN, ils ne seraient pas capables de tels exploits.
On entend souvent dire que lADN est capable la fois de se rpliquer et de
sexprimer (et, partant, de diriger tous les processus de lorganisme). Or, il doit tre
clair quune simple molcule dADN, laisse elle-mme dans un tube essai, ne fait
rien du tout. Parmi toutes les molcules biologiques, celle de lADN est chimiquement
lune des plus inertes (cest bien pour cette raison quon peut lextraire, relativement
peu endommage, des momies gyptiennes ou des mammouths pris dans la glace).
Ce qui est vrai, cest que, dans le contexte dune cellule vivante, une molcule dADN
peut tre copie et, par ailleurs, transcrite. Mais cela ne justifie en rien les pouvoirs
exorbitants que lon accorde si souvent aux gnes. Pour faire la part des choses, pour
voir ce qui est juste et ce qui est excessif dans les proprits attribues aux gnes, il
faut bien comprendre en quoi un gne nest pas rductible une molcule dADN.
Et pour ce faire, il convient de revenir sur les fondements pistmologiques de la
gntique mendlienne. Nous verrons, en effet, quil existe une dfinition de ce quest
un gne qui ne fait aucune rfrence lADN. Cest cette dfinition, historiquement
la premire mais aujourdhui largement oublie et ignore, qui nous permettra de
mieux comprendre les relations entre la gntique et la biologie.

2. Si lon veut comprendre cette hgmonie, il faut prendre en compte la confusion opre par la
biologie molculaire actuelle entre gne, protine et fonction. Voir pages 88-91 pour une discus-
sion de ce point.
01.Stewart Page 5 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

CHAPITRE 1

La gntique formelle

Lexprience mendlienne
La base pistmologique de la gntique repose sur le schma de lexprience
mendlienne. Un certain nombre de commentaires pralables sont ici requis.
Il existe une premire prcondition essentielle pour entrer en matire : il faut
disposer de deux lignes parentales exhibant une diffrence systmatique quand les
individus sont levs dans des conditions comparables. Cela signifie notamment que,
sil ny a pas de diffrence, la gntique est impuissante. Autrement dit, la gntique
possde une tache aveugle concernant toutes les proprits qui sont invariantes,
cest--dire qui ne varient pas dun individu un autre. La diffrence en question
peut tre quelconque (de taille, de poids, de couleur, de forme, dodeur, etc.) ; cela
peut trs bien tre une diffrence de comportement, ou mme une caractristique
psychique. La seule condition est que cette diffrence observable doit permettre de
catgoriser sans ambigut un individu comme appartenant lune ou lautre ligne
parentale. Nous avons suppos, dans le schma de la figure 1, quil sagit dune diff-
rence de taille, de sorte que les individus peuvent tre catgoriss comme tant
grands ou petits . Le fait que la gntique formelle soit une science diffrentielle
est un point absolument capital : il sagit dun leitmotiv qui courra tout au long de ce
livre.
La deuxime prcondition est quil doit tre possible de croiser les individus de
chaque ligne entre eux. On prsuppose donc quil sagit dorganismes qui se repro-
duisent sexuellement. Cela signifie que la gntique, au sens strict, ne sapplique qu
des diffrences entre individus dune mme espce. Un corollaire de ces deux pr-
conditions prises ensemble est que tous les individus produits par des croisements
lintrieur de lune ou de lautre des lignes parentales, pendant un nombre indfini
de gnrations (dans la pratique, une vingtaine de gnrations suffisent), doivent
reproduire la diffrence entre les lignes qui permet de catgoriser les individus.
01.Stewart Page 6 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

6 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Nous sommes maintenant en mesure de procder lexprience mendlienne


proprement dite. Celle-ci consiste, en premier lieu, croiser un individu de la ligne
P1 avec un individu de la ligne P2, pour produire des individus de la premire gn-
ration hybride (dite F1 ). Le rsultat (parfois appel premire loi de Mendel ) est
que les individus de la gnration F1 sont uniformes, et ressemblent aux individus de
lune ou lautre ligne parentale. Dans le schma, nous avons suppos que les individus
F1 ressemblaient ceux de la ligne P1, autrement dit quils taient grands .
Ensuite, on croise des individus F1 entre eux. Le rsultat ( deuxime loi de
Mendel ) est quon voit apparatre dans la gnration F2 (la deuxime gnration
hybride) des individus varis, dans les proportions (statistiques) dun quart petits
(ressemblant la ligne P2), et de trois quarts grands (ressemblant la ligne P1).

Gnration Ligne parentale 1 (P1) Ligne parentale 2 (P2)

Grand Grand Petit Petit

Grand Grand Petit Petit

Grand Grand Petit Petit

P Grand Petit

F1 Tous Grands

F1 F1

F2 (statistiquement) 3/4 Grands : 1/4 Petits

Figure 1. Le schma de lexprience mendlienne


Des individus issus de deux lignes parentales, P1 et P2, sont croiss pour
produire la gnration F1. Des individus F1 sont croiss entre eux pour
produire la gnration F2.

Sur ces bases, on peut procder au raisonnement suivant.


1) Les individus de la gnration F1 ont d recevoir quelque chose de leur parent
P2. La preuve en est que, quand ces individus F1 sont croiss entre eux, ils pro-
duisent des descendants petits , cest--dire exhibant le type de la ligne P2 ;
alors que des individus dans la ligne P1 ne produisent jamais de descendants
01.Stewart Page 7 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 7

petits . Il est clair que les individus F1 ont aussi reu quelque chose de leur
parent P1 non seulement parce quils ont des descendants grands exhibant
le type P1, mais aussi parce quils ressemblent eux-mmes au type P1.

2) Il sensuit quil convient de faire une distinction entre le phnotype et le


gnotype dun individu. Le phnotype correspond ici1 lapparence
extrieure de lindividu le fait dtre grand ou petit , ce qui permet de le
catgoriser comme appartenant au type P1 ou P2. Le gnotype correspond
la constitution gntique de lindividu, rvle par son comportement loccasion
des croisements. Le gnotype est compos de ces quelque chose reus de chacun
des deux parents, et transmis ses descendants. La distinction entre phnotype
et gnotype est ncessaire, car les individus F1 ont le mme phnotype que leur
parent P1 (ils sont grands ), mais leur gnotype est manifestement diffrent (ils
ont des descendants petits , alors que les individus P1 croiss entre eux nont
jamais de descendants petits ). On apprcie prsent toute limportance des
prconditions, qui nous assurent que des individus P1 croiss entre eux nont
jamais que des descendants grands . On peut donc dresser le tableau suivant,
qui rsume les relations entre gnotype et phnotype :

Tableau 1

Gnotype Phnotype Illustration

Des quelque chose uniquement Grand (P1)


de type P1

Des quelque chose uniquement Petit (P2)


de type P2

Des quelque chose de type P1 plus Grand (F1)


des quelque chose de type P2

3) Considrons prsent les individus F2 qui ont le phnotype petit . On voit,


daprs le tableau ci-dessus, que leur gnotype est ncessairement compos de
quelque chose uniquement de type P2. En effet, si leur gnotype comportait
des quelque chose de type P1 en plus des quelque chose de type P2 , ils
auraient immanquablement exhib le phnotype grand . Il sensuit que chacun
de leurs deux parents F1 a d leur transmettre uniquement des quelque chose de
type P2 . On arrive une conclusion de la plus haute importance. Ces quelque

1. Plus gnralement, le phnotype nest pas forcment lapparence extrieure de lorganisme, mais
correspond nimporte quelle caractristique mesurable au besoin moyennant des techniques
dobservation de caractristiques physiologiques, biochimiques, histologiques ou autres qui sont
internes lorganisme. Nous en verrons des exemples par la suite, notamment pages 98-119.
01.Stewart Page 8 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

8 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

chose , qui peuvent tre soit de type P1 soit de type P2, ont un caractre discret :
ce sont des particules qui peuvent sortir non contamines par une cohabitation
avec des quelque chose de lautre type (comme ctait le cas au sein du gno-
type des individus F1). Ce ne serait pas le cas, par exemple, si ces quelque chose
pouvaient se mlanger, comme le feraient de leau et de lencre ; car aprs un tel
mlange, on ne peut retrouver de leau pure. Ce phnomne, qui tablit la nature
discrte de ces quelque chose qui constituent le gnotype, sappelle la sgrga-
tion : il sagit du phnomne le plus important de toute la gntique mendlienne.
En effet, ces quelque chose discrets, qui peuvent tre soit de type P1 soit de
type P2, sont les facteurs mendliens que lon appellera par la suite des gnes .

4) Pour aller plus loin, nous aurons besoin dintroduire une notation. En effet, les
priphrases quelque chose de type P1 et quelque chose de type P2 , naturelles
dans un premier temps, vont vite devenir excessivement lourdes ds quil sagira
de les manipuler souvent et, comme nous allons le voir, ce sera le cas. Cest
pourquoi les gnticiens, commencer par Mendel lui-mme, ont remplac
lexpression quelque chose de type P1 par un simple symbole, par exemple G ,
et lexpression quelque chose de type P2 par un symbole apparent : g . On
devine les raisons dun tel choix. Le symbole G est un aide-mmoire pour le
phnotype Grand ; le g rappelle que dans la combinaison G + g, le phno-
type est toujours Grand (on dit que le g est rcessif , alors que le G est
dominant ). Nanmoins, le choix de ce systme de notation aura des cons-
quences extrmement graves par la suite, car il laisse entendre que le G en
question possde en lui-mme quelque chose de Grand , quun quelque chose
de type P1 porte en lui-mme, inscrit comme un homoncule, le caractre
Grand . Or, le caractre foncirement diffrentiel de la gntique mendlienne
signifie que cela nest absolument pas justifi. Du fait que, toutes choses gales
par ailleurs, une diffrence entre un quelque chose de type P1 et un quelque
chose de type P2 puisse tre la cause dune diffrence entre un phnotype grand
et un phnotype petit , il ne suit en rien que les quelque chose en question
soient eux-mmes grands ou petits .
Cette confusion est catastrophique, car elle alimente la base lhgmonie indue
de la gntique. Cest elle qui donnera lieu des locutions malencontreuses, comme
un gne de la schizophrnie ou un gne de lintelligence (voir pages 96-97).
Cependant, le besoin dune notation maniable est bien rel. Je propose, pour la
suite, un compromis : au lieu de G ou g , je vais employer des symboles du
genre G/ ou /G , g/ ou /g . La notation / intervient pour rappeler
que les quelque chose en question autrement dit, les facteurs mendliens ou
les gnes ne sont pas eux-mmes porteurs du caractre phnotypique lui-mme.
01.Stewart Page 9 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 9

5) Aprs cet interlude consacr la notation, revenons au raisonnement partir de


lexprience mendlienne. Jusquici, largument tait quasiment dductif ; pour
faire un pas de plus, il faut introduire des hypothses. La premire question est de
savoir combien de facteurs G/ ou g/ sont ncessaires pour constituer un
gnotype, et combien de facteurs un individu reoit de chacun de ses parents.
Lhypothse la plus simple est quun individu reoit un seul facteur de chaque
parent, et que le gnotype comporte alors deux facteurs. Et cest cette hypothse
que nous allons retenir pour examiner ses consquences. Quand un individu
deviendra son tour un parent, il (ou elle) transmettra lun ou lautre de ses deux
facteurs chacun de ses descendants. La deuxime question est donc de savoir
comment le choix du facteur transmettre est dtermin. Lhypothse est ici que
ce choix est dtermin alatoirement. Autrement dit, le facteur paternel est trans-
mis avec une probabilit de 50 %, lautre facteur (maternel) ltant galement
avec une probabilit de 50 %.
Il est noter que puisque chaque individu na que deux parents, mais quil peut
avoir un nombre illimit de descendants, ces hypothses impliquent quun gne
peut tre copi pour donner lieu un nombre illimit dexemplaires2.
Nous pouvons prsent reprendre le tableau 1 sous une forme plus lgante :

Tableau 2

Gnotype Phnotype
G//G Grand
g//g Petit
G//g (=g//G) Grand

Ces deux hypothses sont suffisantes pour gnrer des prdictions quantitatives,
en premier lieu concernant la gnration F2. Dressons le tableau suivant :

Tableau 3

Facteur transmis par le premier parent F1 :


Facteur transmis par le deuxime parent F1 :
50 % g/ 50 % G/
50 % /G 25 % G//G 25 % g//G
50 % /g 25 % G//g 25 % g//g

2. En fait, ce serait dj le cas si chaque parent navait que deux descendants (le strict minimum pour
assurer la survie de lespce). En effet, si les gnes reus des parents taient simplement transmis
tels quels, sans tre copis, aprs avoir transmis un gne (par exemple, le gne paternel) un
premier descendant, il ne resterait que lautre gne (maternel, dans notre exemple) transmettre
au deuxime descendant. Dans ce cas, les proportions dans les gnrations F2, backcross, etc., ne
seraient pas statistiques, mais exactes ce qui nest pas le cas. Nous nentrerons pas ici plus avant
dans ces considrations statistiques, qui peuvent devenir subtiles et complexes.
01.Stewart Page 10 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

10 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

En se rapportant au tableau 2, on voit que le gnotype g//g correspond au phno-


type Petit , que les gnotypes G//g et g//G (qui sont identiques) correspondent
au phnotype Grand , et que le gnotype G//G correspond aussi au phnotype
Grand . La prdiction est donc que dans la gnration F2, il y aura 25 % + 25 %
+ 25 % = 75 % dindividus Grands , et 25 % dindividus Petits . Cette prdic-
tion est conforme aux rsultats de la figure 1.

6) videmment, jusquici notre schma na fait que rendre compte des observations
initiales qui ont servi son laboration. Cest bien la moindre des choses. Mais
comme la soulign Popper, une hypothse scientifique se doit de fournir, au-del
des observations initiales, des prdictions nouvelles qui permettront de mettre
lhypothse lpreuve. Mendel a ralis un grand nombre dexpriences ultrieures
de ce type. Par exemple, il a crois les individus F2 entre eux, pour produire des
gnrations F3, F4, etc. Il faut prciser ici que Mendel travaillait sur des petits pois,
des organismes hermaphrodites qui permettent de croiser un individu avec lui-
mme. Dans ces conditions, les prdictions ne sont pas trop difficiles tablir. En
se rapportant au tableau 3, on voit que les 25 % dindividus qui ont le gnotype
g//g (et qui ont donc le phnotype petit ), croiss avec eux-mmes, auront des
descendants 100 % g//g avec le phnotype donc petit . Cela se prolongera, bien
sr, dans les gnrations F4, F5 On est revenu, en quelque sorte, la ligne
parentale P2 ce qui fournit une illustration de plus de la nature discrte des
facteurs g/, qui nont t en rien contamins par leur passage dans la gnration
F1 o ils ont ctoy, au sein dun mme gnotype, des facteurs de type G/. Quen
est-il si on croise avec eux-mmes des individus de la gnration F2 ayant le
phnotype grand ? Toujours daprs le tableau 3, on voit que 25 % / 75 %,
cest--dire un tiers de ces individus, ont le gnotype G//G ; la prdiction est donc
que 100 % de leurs descendants auront le gnotype G//G et un phnotype
grand (on est revenu en quelque sorte la ligne parentale P1, et on voit que
les facteurs G/ nont pas non plus t contamins par le fait davoir ctoy des
facteurs g/). 50 % / 75 %, cest--dire les deux tiers restants des individus grands
de la gnration F2, auront un gnotype G//g (comme les individus F1) : croiss
avec eux-mmes, ils auront donc des descendants varis, 75 % grands et 25 %
petits . Ces prdictions qui sont assez prcises et dtailles, et qui nont rien
de trivial ont t amplement vrifies par Mendel. On laissera au lecteur le soin
dimaginer dautres types de croisements, et den tablir les prdictions ; cest un
exercice hautement recommandable afin de simprgner du schma mendlien.
On terminera cette section avec un croisement particulier qui sera dune grande
utilit pour la suite. Il sagit du croisement dun individu F1 avec un individu de
la ligne parentale P2 (ce que lon appelle un backcross ). Le tableau permettant
dtablir la prdiction est celui-ci :
01.Stewart Page 11 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 11

Tableau 4

Facteur transmis par le parent F1 G//g :


Facteur transmis par le parent P2 g//g :
50 % G/ 50 % g/
100 % /G 50 % G//g 50 % g//G

Les individus G//g ayant un phnotype grand , et les individus g//g un phno-
type petit , la prdiction est donc que les individus issus dun backcross seront
50 % grands et 50 % petits . Cette prdiction a t galement vrifie par
Mendel.

7) Aujourdhui, on emploie couramment le terme phnotype pour dsigner


nimporte quel trait mesurable dun organisme. On ninsistera jamais assez sur le
fait que cet usage nest pas conforme au cadre conceptuel de la gntique formelle
initie par Mendel. Dans ce cadre, un trait mesurable nest vritablement un
phnotype que : a) sil exhibe une diffrence catgorielle, et b) si cette diff-
rence se comporte dans des croisements en conformit avec le schma mendlien
(celui de la figure 1, et aussi les autres croisements illustrs dans la section 6
ci-dessus). En effet, cest seulement dans ces conditions que lon peut tablir le
tableau 2 spcifiant les relations entre phnotype et gnotype. Autrement dit, les
deux concepts cls de phnotype et de gnotype forment un couple ins-
parable ; un phnotype se dfinit par le fait quil permet de suivre la trace la
sgrgation de facteurs mendliens. Pour souligner ce point tout fait essentiel,
je propose demployer le nologisme phnotype mendlien pour dsigner un
phnotype ainsi dfini. Cela permet de dire que la plupart des phnotypes , au
sens lche de nimporte quel trait mesurable, ne sont pas des phnotypes men-
dliens . Mendel a dcouvert un certain nombre de phnotypes mendliens
chez ses petits pois3 ; il na pas fait grand tat de ses checs avec des phnotypes
non mendliens , bien quil y en ait trs certainement eu, notamment quand
il a cherch gnraliser ses rsultats dautres espces. Mais la science naurait
rien gagn, au contraire elle aurait t singulirement appauvrie, si Mendel avait
noy sa grande dcouverte concernant les phnotypes mendliens dans une masse
dobservations non interprtables.

3. Mendel a travaill avec sept caractres diffrentiels : trois caractres concernent les graines
(forme arrondie ou ride , tguments bruns ou verts, cotyldons jaunes ou verts la germination),
deux caractres concernent les gousses (avec ou sans tranglement, couleur verte ou jaune de la
gousse non mre), et deux caractres concernent la position des fleurs (axiale ou terminale) et la
longueur des tiges (longues ou courtes) [Mazliak, 2002].
01.Stewart Page 12 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

12 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Le linkage et les expriences de Morgan


La cartographie
Que se passe-t-il si lon observe simultanment, chez les mmes individus, le
comportement de deux phnotypes mendliens ? Imaginons, dans le schma de la fi-
gure 1, que les individus de la ligne P1 sont Rouges et les individus de la ligne P2
Blancs, que les individus F1 sont tous Rouges, et que dans la gnration F2 on retrouve
la relation statistique de 1/2 Rouges et 1/2 Blancs. On pourra en infrer, exactement
de la mme manire que prcdemment, quil existe une paire de facteurs mendliens
que lon peut dsigner par R/ et r/. Quelle prdiction peut-on faire concernant la
distribution conjointe des phnotypes Grand versus Petit, et Rouge versus Blanc, dans
la gnration F2 ? Dans toutes les expriences de ce type quil a effectues, Mendel a
observ que les proportions taient de 9 Grand-Rouge, 3 Grand-Blanc, 3 Petit-Rouge,
1 Petit-Blanc. Il en a dduit que la sgrgation des facteurs G/ et g/ et celle des facteurs
R/ et r/ taient indpendantes. On appelle parfois troisime loi de Mendel cette
rgle de la sgrgation indpendante. Toutefois, dans les annes 1920, le gnticien
amricain Morgan et ses collaborateurs, qui avaient tudi le comportement dun trs
grand nombre de phnotypes mendliens chez le moucheron de lespce Drosophila
melanogaster, ont dcouvert que cette troisime loi ntait pas toujours respecte.
Pour tudier lindpendance (ou non) de la sgrgation simultane de plusieurs
facteurs mendliens, il est plus commode de considrer non pas le croisement F2,
mais plutt le backcross des individus F1 avec la ligne parentale P2. Dans le cas
dune sgrgation indpendante, dans les mmes conditions que prcdemment, on
prvoit les proportions : 25 % Grand-Rouge, 25 % Grand-Blanc, 25 % Petit-Rouge,
25 % Petit-Blanc. Mais envisageons un cas plus gnral, o les proportions seraient
les suivantes :
Tableau 5

Phnotype conjoint Proportion


Grand-Rouge a
Grand-Blanc b
Petit-Rouge c
Petit-Blanc d
Somme 100 %

Si le phnotype Grand versus Petit est bien un phnotype mendlien (ce qui est
bien lhypothse de dpart), le backcross aura la composition : 50 % grands , 50 %
petits . Par consquent, nous avons :
01.Stewart Page 13 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 13

a+b=c+d quation [1]

De mme, concernant le phnotype Rouge versus Blanc, nous avons :


a+c=b+d quation [2]

En additionnant les quations [1] et [2], nous avons :


2a + b + c = c + b + 2d
do
2a = 2d
et donc
a=d quation [3]
Par soustraction des quations [1] et [2], nous avons :
bc=cb
do
2b = 2c
et donc
b=c quation [4]

Les deux catgories Grand-Rouge et Petit-Blanc correspondent des combi-


naisons dj prsentes dans les lignes parentales P1 et P2. Puisque les proportions
de ces deux catgories sont ncessairement gales (daprs lquation [3]), nous ne
perdons aucune information les runir dans une seule catgorie parentale ayant
une frquence (a+d). De faon similaire, les deux catgories Grand-Blanc et Petit-
Rouge correspondent des combinaisons inexistantes dans les lignes parentales
P1 et P2. Puisque les proportions de ces deux catgories sont ncessairement gales
(daprs lquation [4]), nous ne perdons pas non plus dinformations utiles en les
runissant dans une seule catgorie recombinante ayant une frquence (b+c). Par
consquent, on peut rsumer de faon conome les rsultats de ce genre dexprience
en retenant seulement un seul chiffre : la proportion de phnotypes recombinants
= (b+c)/(b+c+a+d). Nous pouvons dsigner cette proportion, le taux de recombi-
naison , par le symbole r . Dans le cas o les sgrgations de deux facteurs
mendliens sont indpendantes, r prendra la valeur de 50 %. Ce que Morgan et ses
collaborateurs ont dmontr, cest que dans bien des cas la valeur de r tait moins que
50 % ; autrement dit, que la sgrgation de lun des facteurs tait lie celle de
lautre. Ce phnomne est dsign, en anglais, par le terme linkage .
La prochaine tape, dun niveau dabstraction suprieur, consiste tudier les
relations qui peuvent exister concernant les taux de recombinaison r entre trois
facteurs mendliens. Dsignons ces trois facteurs par les tiquettes 1 , 2 et 3 .
Nous avons alors trois taux de recombinaison entre les facteurs pris deux deux : r12 ,
r23 et r13. Sans perte de gnralit, nous pouvons renommer les trois facteurs de telle
sorte que r13 soit toujours le taux de recombinaison le plus lev des trois. Schmati-
quement, les rsultats obtenus par lquipe de Morgan taient les suivants :
01.Stewart Page 14 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

14 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Tableau 6

r12 r23 r13

1 1 2
1 2 3
2 3 5
3 5 8
5 8 13
8 13 19
13 19 27
19 27 36
27 36 44
36 44 48
44 48 50
50 50 50

Comment peut-on interprter ces rsultats ? Tout dabord, on peut remarquer que
si r12 et r23 sont tous les deux petits moins de 10 % chacun , il existe une relation
simple : r13 est la somme de r12 et r13. Algbriquement, r13 = r12 + r23. Cela suggre
linterprtation suivante : tout se passe comme si les taux de recombinaison corres-
pondaient des distances sur une carte, et que les facteurs mendliens taient organiss
de faon linaire sur cette carte. Ainsi par exemple, si la distance entre Londres et
Salzbourg est de 1100 km, la distance entre Salzbourg et Istanbul est de 1470 km, et
la distance entre Londres et Istanbul est de 2580 km (autrement dit, la somme de
1100 + 1470), cela signifie que les trois villes sont alignes en une ligne droite sur la
carte (ce qui est peu prs le cas).
Ensuite, on remarquera que cette relation simple ne tient plus au fur et mesure
que les taux de recombinaison augmentent. Pour des valeurs de r12 et de r23 au-dessus
de 10 %, r13 est toujours moins que la somme de r12 et r13 , et ne dpasse en aucun cas
la limite de 50 %. Mais si on persiste dans lide dune organisation linaire des
facteurs gntiques sur une carte, cela peut sexpliquer aussi. En effet, si les facteurs
gntiques sont ordonns linairement les uns par rapport aux autres, pour quil y ait
recombinaison entre le Facteur 1 et le Facteur 3, il faut quil y ait :
soit une recombinaison entre 1 et 2, mais alors pas de recombinaison entre 2 et 3
(car alors la double recombinaison nous ramnerait la configuration parentale
du dpart) ;
soit une recombinaison entre 2 et 3, mais alors pas de recombinaison entre 1 et 2
(pour les mmes raisons que prcdemment).

Afin dexprimer cette ide mathmatiquement, il convient de diviser les taux de


recombinaison par 100, pour les transformer en probabilits : p12 , p23 et p13. Ainsi,
01.Stewart Page 15 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 15

la probabilit dune recombinaison entre 1 et 3 est la probabilit dune recombinaison


entre 1 et 2, mais non pas entre 2 et 3 ; plus la probabilit dune recombinaison entre
2 et 3, mais non pas entre 1 et 2. Cela donne :

p13 = p12 (1 p23) + p23 (1 - p12)


= p12 + p23 2 p12 p23 quation [5]

Or, les rsultats du Tableau 6 sont en parfait accord avec cette relation ( une
fraction de % prs). Ainsi se consolide le concept selon lequel les facteurs gntiques
sont situs les uns ct des autres sur une carte linaire. Cest ainsi que Morgan
et ses collaborateurs ont synthtis leurs rsultats ; et cest plus que jamais le cas
aujourdhui avec la cartographie des gnomes. Il faut souligner que ce rsultat
nest en aucun cas trivial. Il ny aurait aucune impossibilit algbrique ce quon ait
des rsultats du genre : r12 = r23 = r13 = x %, que x ait la valeur de 1 %, 5 % ou 25 %.
Or, ce nest absolument pas ce que lon trouve (sauf dans le cas limite o x = 50 %,
qui est prcisment prvu par lquation [5]). Par consquent, il est tout fait lgitime
dinterprter les rsultats du Tableau 6 comme une confirmation de lhypothse selon
laquelle les facteurs gntiques sont aligns sur une carte linaire.
Aprs avoir tudi des centaines de phnotypes mendliens chez les drosophiles,
Morgan et ses collaborateurs sont parvenus regrouper tous les facteurs correspon-
dants dans quatre groupes de linkage . Pour des facteurs appartenant des groupes
diffrents, le taux de recombinaison tait de 50 %, et la sgrgation tait donc ind-
pendante. Pour des facteurs appartenant un mme groupe, tous les rsultats taient
conformes lquation [5], signifiant un alignement linaire. En additionnant de
proche en proche les taux de recombinaison entre des facteurs adjacents sur la carte,
il tait possible destimer la longueur totale de chaque groupe de linkage. On nom-
me cette unit de mesure le centi-Morgan , ou cM, en lhonneur de son inventeur.
Les rsultats pour les quatre groupes de linkage chez les drosophiles taient les suivants :

Tableau 7

Groupe cM
I 103
II 106
III 87
IV 4

Afin de consolider cette vision cartographique des facteurs mendliens, le


moment est venu dintroduire quelques termes techniques employs par les spcialistes
de la gntique formelle. Le fait que chaque facteur occupe un site bien dtermin
sur une carte est exprim par lemploi du terme consacr de locus pour dsigner
ce site. Les diffrentes formes dun mme facteur, que nous avons jusquici dsignes
01.Stewart Page 16 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

16 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

par des symboles du type G/ et g/, sont appeles des allles. On dit donc que les diff-
rents allles dun mme facteur (ou gne ) peuvent occuper le mme locus. Deux
autres termes techniques : on dit quun individu est homozygote (pour un locus donn)
si les deux allles sont identiques ; lindividu est htrozygote si les deux allles sont
diffrents. Ainsi, les individus P1 et 25 % des individus F2 sont homozygotes pour les
allles G//G ; les individus P2 et 25 % des individus F2 sont des homozygotes g//g ;
tous les individus F1 et 50 % des individus F2 sont des htrozygotes G//g.

Le sex-linkage
Avant de terminer cette section sur les travaux de lcole de Morgan, il y a une
dernire srie dexpriences qui se sont prsentes dans un premier temps comme
une bizarrerie, mais dont linterprtation sest rvle finalement fort instructive et
qui apportent une pierre considrable ldifice de la gntique formelle. Soit lexp-
rience suivante, portant sur le phnotype chez les drosophiles de la couleur des yeux,
qui pouvaient tre soit rouges soit blancs. On dispose donc, conformment au schma
de la figure 1, de deux lignes parentales : chez P1 les individus ont invariablement
les yeux rouges, chez P2 les yeux blancs. On produit une gnration F1 en croisant
une femelle P1 avec un mle P2 ; ces individus F1 sont uniformment rouges. On
croise ces individus F1 entre eux pour produire une gnration F2 ; on trouve 75 %
dindividus rouges, 25 % dindividus blancs. On en conclut, comme prcdemment,
que la diffrence entre individus rouges et blancs est imputable la sgrgation dun
facteur mendlien, dont on peut dsigner les allles par R/ et r/ . Jusquici, il ny a rien
de nouveau, et tout va bien.
Cependant, y regarder de plus prs, on a une premire surprise : on constate que
les individus blancs de la gnration F2 sont tous des mles ! Cette association trs
manifeste entre le sexe et le fait davoir un phnotype rouge ou blanc indique que la
diffrence de sexe le fait dtre mle ou femelle est dtermine par la sgrgation
dun facteur mendlien troitement li au locus occup par les allles R/ et r/ . Dsi-
gnons les allles en question par M/ et F/ . Il existe alors deux possibilits simples :
soit les individus htrozygotes M//F sont des mles, auquel cas les femelles seront
des homozygotes F//F ; soit les individus htrozygotes M//F sont des femelles,
auquel cas les mles seront des homozygotes M//M. Dans les deux cas, le croisement
entre un mle et une femelle est en quelque sorte un backcross, ce qui explique pourquoi
la proportion des mles et des femelles parmi les descendants est gnralement de
50 % / 50 %. Nous admettrons, sans en faire la dmonstration, que dans le cas qui
nous intresse ici ce sont les mles qui sont htrozygotes M//F, et que les femelles
sont des homozygotes F//F. (Cest effectivement le cas chez les drosophiles, et plus
gnralement chez les insectes et aussi chez les mammifres ; par contre, chez les
oiseaux et chez certains reptiles, ce sont les femelles qui sont htrozygotes et les
mles homozygotes). Voyons si ces hypothses permettent dexpliquer les rsultats
de lexprience.
01.Stewart Page 17 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 17

Chez la ligne P1, les femelles auront le gnotype R-F//R-F, et les mles le gnotype
R-F//R-M. Chez la ligne P2, les femelles auront le gnotype r-F//r-F, et les mles le
gnotype r-F//r-M. Si donc on croise une femelle P1 avec un mle P2, les femelles F1
auront le gnotype R-F//r-F, et les mles F1 auront le gnotype R-F//r-M. Ces gnotypes
ont tous le phnotype rouge , ce qui est conforme lobservation. Afin dtablir
une prdiction pour le F2, on prsuppose quil ny a pas de recombinaison entre les
allles R/ ou r/, et les allles M/ ou F/. Cela permet de dresser le tableau suivant
(comparable au Tableau 3) :
Tableau 8

Facteurs transmis par le Facteurs transmis par le parent F1 mle :


parent F1 femelle :
50 % R-F/ 50 % r-M/
50 % /R-F 25 % R-F//R-F 25 % r-M//R-F
50 % /r-F 25 % R-F//r-F 25 % r-M//r-F

On voit que les 25 % dindividus ayant le gnotype r//r (et donc un phnotype
blanc ) ont aussi un gnotype M//F (et donc le phnotype mle ) ; les 75 %
dindividus restants ont tous un gnotype R//R ou R//r (et donc, mles ou femelles,
auront un phnotype rouge ). Ces prdictions sont conformes lobservation.
Toutefois, on peut signaler (sans en faire la dmonstration, quon laissera au soin des
lecteurs devenus des adeptes de la gntique formelle deffectuer) que si lon avait
adopt lhypothse alternative, selon laquelle les femelles sont des htrozygotes
F//M et les mles des homozygotes M//M, on aurait abouti la mme prdiction
concernant les proportions des phnotypes chez les mles et les femelles de la gn-
ration F2. Cela illustre bien le point soulign par Popper, selon lequel la vrification
dune prdiction, aussi gratifiant que cela puisse tre, ne constitue jamais une preuve
dfinitive de la validit dune hypothse, car il est toujours possible quune hypothse
alternative fournisse la mme prdiction. Ainsi, seules les rfutations sont dcisives.
Puisque, de toute faon, nous navons jusquici russi qu reproduire les observations
initiales qui ont suscit llaboration de nos hypothses, il convient de procder des
prdictions indites.
On va donc tablir des prdictions concernant lexprience suivante, qui est
une variante de la prcdente. Cette fois-ci, on produit la gnration F1 en croisant
un mle P1 avec une femelle P2. En se basant sur les mmes hypothses que prcdem-
ment, les femelles F1 auront le gnotype r-F//R-F, et les mles F1 auront le gnotype
r-F//R-M. On prvoit donc que les individus F1, mles ou femelles, seront uniform-
ment rouges. Afin dtablir les prdictions pour la gnration F2, on dresse le tableau
suivant :
01.Stewart Page 18 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

18 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Tableau 9

Facteurs transmis par le Facteurs transmis par le parent F1 mle :


parent F1 femelle : 50 % r-F/ 50 % R-M/
50 % /R-F 25 % r-F//R-F 25 % R-M//R-F
50 % /r-F 25 % r-F//r-F 25 % R-M//r-F

On prvoit donc quen F2, il y aura 25 % dindividus r-F//r-F avec un phnotype


femelle aux yeux blancs , et que les 75 % restants, mles ou femelles, auront les
yeux rouges .
Quand on ralise lexprience, ces prdictions ne sont que trs partiellement
remplies. Certes, dans la gnration F2, il y a 25 % dindividus qui sont des femelles
aux yeux blancs, comme le voulait la prdiction. Mais, premire surprise, la moiti
des mles (25 % de la F2, donc) ont aussi les yeux blancs ! Plus choquant encore, dj
la gnration F1, autre grande surprise : les femelles avaient bien les yeux rouges
comme prvu, mais tous les mles avaient les yeux blancs ! Comment peut-on
comprendre ces rsultats ?
examiner calmement la situation, il en ressort que les anomalies proviennent
toutes dun seul gnotype, r-F//R-M, que lon retrouve chez tous les mles F1 et la
moiti des mles F2. Ces individus sont tous bien des mles, comme le veulent nos
hypothses ; mais ils ont les yeux blancs, alors quils devraient avoir les yeux rouges
en vertu de leur gnotype R//r. Tout se passe, donc, comme si lallle R/, quand il est
associ avec lallle M/, tait inactiv ou peut-tre mme absent. Dans ces conditions,
le phnotype est dtermin exclusivement par lallle associ lallle F/. On peut
exprimer cette nouvelle hypothse en mettant lallle R/, ou r/, entre parenthses
chaque fois quil est associ lallle M/. On crit donc : {R}-M/ et {r}-M/. On laissera
au lecteur le soin de vrifier que cet ajustement permet bien de rendre compte des
observations (cest la moindre des choses, car la nouvelle hypothse tait labore
prcisment pour cela), et que, par ailleurs, les prdictions concernant lexprience
prcdente, illustre schmatiquement dans le Tableau 9, restent inchanges. Dautre
part, on signalera que cet ajustement, finalement assez lgant et conome, ne fonction-
nerait pas dans le cas de lhypothse alternative selon laquelle les femelles seraient
F//M et les mles M//M. On tient donc ici une indication positive concernant notre
hypothse, admise jusquici sans dmonstration, selon laquelle le gnotype M//F
correspond un phnotype mle et que le gnotype des femelles est F//F.
Bien sr, puisquon vient de rajuster nos hypothses, il faudrait pour tre complet
tablir de nouvelles prdictions. On peut le faire, notamment concernant les quatre
types de backcross possibles (on peut produire le F1 soit en croisant une femelle P1
avec un mle P2, soit en croisant un mle P1 avec une femelle P2 ; et dans les deux
cas, on peut raliser le backcross soit en croisant une femelle F1 avec un mle P2,
soit en croisant un mle F1 avec une femelle P2). Mais le but nest pas de lasser nos
01.Stewart Page 19 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 19

lecteurs de la gntique formelle (ceux et celles qui y auront pris got peuvent exa-
miner ces cas comme un exercice) ; on se contentera donc de dire que ces prdictions,
et bien dautres encore, ont bien t vrifies par Morgan et ses collaborateurs. Ainsi,
les hypothses que nous avons formules sont, sinon dfinitivement prouves (mais
rappelons, en suivant Popper, quaucune hypothse scientifique ne lest jamais),
tout le moins trs bien tayes.
Avant de quitter les travaux de lcole de Morgan, nous ferons une dernire remar-
que sur ce phnomne que lon nomme en anglais le sex-linkage . Nous avons
suppos, afin dtablir le Tableau 8, quil ny avait pas de recombinaison entre les
allles R/ ou r/, et les allles M/ ou F/ . Maintenant que nous avons tabli que lallle
M/ annule en quelque sorte les allles R/ ou r/ qui lui sont associs ce que nous
avons exprim par les formules {R}-M/ et {r}-M/ labsence de recombinaison entre
M/, dune part, et R/ ou r/, dautre part, sexplique naturellement. Il reste la question
dune possible recombinaison entre lallle F/ et les allles R/ ou r/. De telles recombi-
naisons pourraient se produire chez des individus femelles avec le gnotype R-F//r-F ;
seulement elles seraient indcelables, car la mre ne peut que transmettre ses
descendants les combinaisons R-F/ et r-F, dans les proportions 50 % / 50 %, quil y
ait ou non recombinaison. Pour cette raison, on ne peut pas cartographier les allles
F/ (et M/). Par contre, il existe un grand nombre de loci (chez les drosophiles, notam-
ment) qui exhibent le phnomne de sex-linkage cest--dire que les phnotypes
exhibent le mme type de comportement que celui que lon vient de dcrire pour la
diffrence phnotypique yeux rouges versus yeux blancs . Or, pour tous ces loci
pris deux deux, on peut parfaitement produire (chez des femelles) des individus qui
sont des doubles htrozygotes (ce qui est la condition pour quune recombinaison
soit dcelable). Il est donc tout fait possible de cartographier ces loci entre eux. Il
nest pas surprenant (mais il est quand mme rconfortant) que ces loci se regroupent
tous dans un seul groupe de linkage, dans le sens que nous avons dfini page 15 (en
loccurrence, il sagit du groupe III du Tableau 7).

Lapothose de la gntique formelle


Rsum
Essayons de rsumer succinctement les conclusions essentielles auxquelles nous
sommes parvenus. Dans ce chapitre, lobjet principal est une entit que nous avons
appele successivement : un quelque chose qui peut tre de type 1 ou de type
2 , un facteur mendlien , et un gne . Dornavant, nous pouvons considrer
que ces trois expressions sont synonymes. Il sera utile pour la suite de donner une
dfinition de ce quest un gne :

Dfinition 1 : Un gne est un facteur tel quune diffrence entre des formes de ce
facteur est la cause dune diffrence entre des formes dun phnotype mendlien.
01.Stewart Page 20 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

20 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Dans le contexte de la gntique formelle, un gne est une entit que lon ne
peut pas observer directement en tant que telle. Cest un objet scientifique qui
est constitu, de prime abord, en thorie ; on ne peut lobserver, et le caractriser,
quindirectement, en vertu de ses effets sur dautres entits qui, elles, sont observables.
Dun point de vue pistmologique, ce nest pas une nouveaut, au contraire : cet
gard, les gnes sont comparables dautres objets scientifiques majeurs comme
les atomes en chimie, les particules lmentaires en physique ou les trous noirs en
astronomie, qui eux aussi sont constitus en thorie et ne sont observables quindi-
rectement en vertu de leurs effets.
Dans le cas des gnes, les effets en question sont des diffrences phnotypiques
dans des croisements contrls. Or, malgr la grande simplicit de ces observations
et malgr le fait quil sagit dobservations qui ne portent quindirectement sur les
gnes eux-mmes, nous avons pu caractriser les gnes avec une prcision et un dtail
tout fait remarquables. Faisons linventaire de leurs caractristiques, assorti de quel-
ques commentaires :
Les gnes sont des entits discrtes, qui ne se mlangent pas quand elles se ctoient.
(Commentaire : Les gnticiens de lpoque classique les concevaient volontiers
comme de petites particules ou, dune faon plus image, comme de petites billes
solides. Autrement dit, les gnes ne sont pas des entits ayant la continuit dun
fluide, car dans ce cas ils se mlangeraient irrvocablement comme de lencre et
de leau. Mais ce ne sont l que des mtaphores).
Chaque gne possde deux formes distinctes, que lon appelle des allles. (Commen-
taire : Un gne peut, ventuellement, possder plusieurs allles : trois, quatre ou
mme plus ; dans ce cas, on parle dune srie alllique . La seule condition est
quune diffrence dallle doit correspondre une diffrence dans un phnotype
observable. Par contre, un gne nayant quun seul allle serait de ce fait inobser-
vable, mme indirectement4).
Pour un gne donn, le gnotype entit thorique que lon ne peut dfinir que
dans sa relation avec un phnotype diffrentiel est compos dexactement deux
gnes. (Commentaire : rappelons que le phnotype nest pas nimporte quel
trait mesurable de lorganisme. Ce que nous avons appel un phnotype men-
dlien doit permettre de catgoriser les individus dans deux classes distinctes ;
de plus, ces diffrences phnotypiques doivent se comporter en accord avec le
schma de la figure 1, ce qui permet den infrer la sgrgation des gnes).
Des deux gnes qui composent le gnotype dun individu, lun provient de
son parent mle, lautre de son autre parent femelle. (Commentaire : la gntique
formelle met les deux sexes sur un pied dgalit parfaite).

4. Si on dfinit un gne comme tant un certain type de squence dADN qui code pour une protine,
comme on le fait aujourdhui, cette affirmation nest plus exacte. Mais mme dans ce cas, si on
veut dire quun gne dtermine un caractre phnotypique dun organisme (notamment quand
le phnotype existe un niveau dorganisation au-del de celui des protines), on est bien oblig
de revenir la dfinition diffrentielle. Cette question sera discute en pages 88-91.
01.Stewart Page 21 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 21

Quand un individu devient son tour parent, les gnes reus de ses propres parents
sont copis un grand nombre dexemplaires.
Un parent transmet chacun de ses descendants une copie de lun ou lautre de
ses deux gnes ancestraux. Le choix du gne transmettre se fait alatoirement,
avec une probabilit de 50 % pour chacun.
Les gnes sont organiss linairement les uns par rapport aux autres, dans un
certain nombre de groupes de linkage . (Commentaire : les gnticiens classiques,
en filant la mtaphore des billes , simaginaient que les gnes senfilaient sur
une ficelle, la faon des perles dun collier. Un peu plus abstraitement, on peut
reprsenter les gnes comme occupant des sites en ligne droite sur une carte ).
Des gnes appartenant des groupes de linkage diffrents sont transmis indpen-
damment les uns des autres. (Commentaire : cela veut dire que chaque groupe de
linkage possde sa propre carte ).
- Des gnes appartenant un mme groupe de linkage ne sont pas transmis indpen-
damment les uns des autres. Lassociation entre deux gnes est dautant plus forte
(cest--dire que la probabilit dune recombinaison par rapport aux configurations
ancestrales est dautant plus faible) que les gnes sont proches sur la carte du groupe
de linkage.
Chez les drosophiles, il existe quatre groupes de linkage, avec les longueurs
suivantes : Groupe I 106 cM, Groupe II 103 cM, Groupe III 87 cM, Groupe IV 4 cM.
Lun des groupes de linkage prsente la particularit de comporter un gne dont
les deux allles M/ et F/ dterminent la diffrence de sexe entre les mles et les
femelles. Chez les drosophiles, ce gne se situe dans le Groupe III. Les femelles
sont des homozygotes F//F, les mles des htrozygotes M//F.
Lallle M/ annule les allles qui normalement lui seraient associs dans ce
groupe de linkage.
De ce fait, il ny a pas de recombinaison entre les allles associs lallle M/. Par
contre, la recombinaison se fait normalement entre des allles associs lallle F
chez les femelles F//F.

La thorie chromosomique
Cest en 1887 que Boveri et Van Beneden ont observ pour la premire fois des
structures microscopiques, que lon appelle des chromosomes en raison de leur
capacit absorber des colorants. Les chromosomes sont visibles sous le microscope
dans les noyaux de toutes les cellules au moment de la division cellulaire. Dans les
annes 1920, les proprits des chromosomes avaient t dcrites avec une grande
prcision. Faisons linventaire :
Les chromosomes sont gnralement prsents en nombre pair, ce que lon indi-
que par la formule 2n . Des observations portant sur la morphologie fine des
01.Stewart Page 22 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

22 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Cellule parentale

Prophase

Mtaphase

Anaphase

Tlophase

Deux cellules filles

Figure 2. Une illustration schmatique de la mitose


Pour la clart, seules deux paires de chromosomes sont dessines. La mitose comporte
plusieurs phases successives :
la prophase : la chromatine se condense pour former les chromosomes visibles.
Lenveloppe nuclaire disparat ;
la mtaphase : les chromosomes salignent sur la plaque quatoriale ;
lanaphase : les chromatides filles se sparent, tires par les centromres ;
la tlophase : la chromatine se disperse, et le cytoplasme se divise pour former deux
nouvelles cellules.

chromosomes montrent que non seulement le nombre est pair, mais quil sagit
vritablement de n chromosomes diffrents dont chacun est prsent en deux
exemplaires apparemment identiques.
Lors de la division cellulaire normale, appele mitose, les chromosomes sont
dupliqus. Des observations fines rvlent lexistence dun mcanisme trs prcis
(la mitose) qui assure que chacune des deux cellules filles obtient un et un seul
exemplaire de chacun des 2n chromosomes.
01.Stewart Page 23 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 23

Lors de la formation des gamtes (les cellules sexuelles, ovules et spermatozodes),


il se produit une division cellulaire dun type particulier appel miose. Au cours
de la miose, il y a deux divisions cellulaires mais une seule duplication des
chromosomes, de sorte que chaque gamte contient seulement n chromosomes.
Des observations fines montrent quau dbut de la miose, les deux chromosomes
homologues de chacune des n paires sassocient (ce qui constitue une preuve
supplmentaire du fait que les 2n chromosomes sont bien composs de n paires).
Un mcanisme cellulaire trs prcis assure que chaque gamte reoit un et un seul
exemplaire de chacun des n chromosomes. Ce type de division cellulaire est appel
une division rductrice (car lissue de la miose, le nombre de chromosomes
par cellule est rduit de moiti).

1 2 3 4 5 6

Spindle

Prophase 1 Mtaphase 1 Anaphase 1

7 8 9

Mtaphase 2 Anaphase 2 Tlophase 2

Figure 3. Une illustration schmatique de la miose


Pour la clart, une seule paire de chromosomes est reprsente. De plus, les deux chromosomes
de cette paire un chromosome paternel, lautre maternel sont diffrencis par le niveau de
gris (en ralit, cette diffrence nest pas visible au microscope). On distingue plusieurs phases
successives :
la prophase 1 : la chromatine se condense pour former les chromosomes visibles (1). Les deux
chromosomes homologues salignent (2). Il y a formation dun chiasme , configuration en
X qui correspond une recombinaison des chromatides (3). Avec la rsorption du chiasme,
les chromatides ont achev leur recombinaison (4) ;
la mtaphase 1 : les chromosomes salignent sur la plaque quatoriale (5) ;
lanaphase 1 : les chromosomes homologues (mais non les chromatides) se sparent, tirs par
les centromres (6) ;
une premire division cellulaire (non montre) ;
la mtaphase 2 : les chromosomes salignent de nouveau sur des plaques quatoriales (7) ;
lanaphase 2 : les chromatides filles se sparent, tires par les centromres (8) ;
la tlophase 2 : le cytoplasme se divise de nouveau pour former quatre nouvelles cellules en
tout, dont chacune possde un seul chromosome.
01.Stewart Page 24 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

24 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Quand les gamtes (ovule et spermatozode) fusionnent lors de la fcondation, les


noyaux fusionnent aussi. Ainsi, luf fcond recouvre demble le complment
normal de 2n chromosomes.
Les chromosomes sont des structures linaires. De plus, au moment de la dupli-
cation des chromosomes lors de la division cellulaire, on voit trs clairement que
les deux nouveaux chromosomes en formation (que lon appelle des chromatides
avant leur sparation et leur rpartition entre les cellules issues de la division)
sont aligns latralement lun par rapport lautre. Cette organisation assure que
chacun des chromosomes issus dune duplication conserve la structure linaire de
loriginal.
lissue de la miose, la rpartition entre les gamtes des copies des n chromosomes
parentaux est indpendante dun chromosome un autre.
Lors de la miose, on observe un phnomne dit crossing-over . Les deux chro-
matides extrieures conservent la configuration ancestrale. Par contre, les deux
chromatides intrieures sont recombinantes , tant composes dun premier
segment qui est une copie de lun des chromosomes parentaux, attach par un
chiasme un deuxime segment qui est une copie de lautre chromosome
parental.
Chez les drosophiles, il existe quatre paires de chromosomes (n=4, 2n=8). Physi-
quement, les longueurs des 4 chromosomes sont les suivantes :

Tableau 10

Chromosome Longueur (microns)*


I 1,0
II 1,0
III 0,9
IV 0,05

* Ces valeurs sont typiques, mais varient considrablement selon le stade exact de la division cellulaire
et le mode de prparation cytologique.

Toujours chez les drosophiles, les deux chromosomes (III) des femelles sont
parfaitement homologues ; on les dsigne habituellement dailleurs par la notation
chromosomes X . Par contre, chez les mles, il existe un seul chromosome X
normal (cest--dire homologue aux chromosomes X des femelles). Lautre
chromosome III (que lon peut juger tel en raison de son association avec le
chromosome III normal lors de la miose) est tout petit : on lappelle un chromo-
some Y .
01.Stewart Page 25 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 25

Il naura sans doute pas chapp au lecteur attentif quil existe des correspondances
remarquables entre les proprits des gnes, telles que nous les avons dtailles
pages 20-21, et celles des chromosomes que nous venons dnumrer. Afin de souligner
ces correspondances, dressons un tableau rcapitulatif dans lequel les caractrisations
respectives des gnes et des chromosomes soient dbarrasses des commentaires et
des remarques mthodologiques et explicatives.

Tableau 11

Proprits des gnes Proprits des chromosomes

Entits discrtes Entits discrtes


Gnotype compos de 2 gnes 2n chromosomes composs de n paires
Un seul gne transmis chaque descendant Un seul membre de chaque paire dans les gamtes
Un gne reu de chaque parent Le complment plein de 2n chromosomes
reconstitus par fusion des gamtes
Les gnes ancestraux sont copis Les chromosomes de luf sont dupliqus
Les gnes sont organiss linairement Les chromosomes sont des structures linaires
Des gnes appartenant des groupes de linkage Lors de la miose, les chromosomes sont
diffrents sont transmis indpendamment les rpartis indpendamment les uns des autres
uns des autres
Des gnes appartenant un mme groupe de Lors de la miose, deux sites sur un mme
linkage peuvent se recombiner, mais de faon chromosome sont spars si et seulement si un
limite chiasme se forme entre eux
Chez les drosophiles :
4 groupes de linkage 4 paires de chromosomes
Groupes de linkage sont de longueur variable Chromosomes de longueur variable
Mles M//F, femelles F//F Mles XY, femelles XX
Lallle M/ annule les allles associs dans le Le chromosome Y est trs court
groupe de linkage III.
Chez les humains :

23 groupes de linkage 23 paires de chromosomes


Groupes de linkage sont de longueur variable Chromosomes de longueur variable
Mles M//F, femelles F//F Mles XY, femelles XX
Lallle M/ annule les allles associs dans le Le chromosome Y est trs court
groupe de linkage 23

On nomme caryotype limage obtenue partir dune photographie des chromo-


somes en mtaphase de la mitose, o lon dcoupe les chromosomes pour les
aligner par paires. Dans la figure 4, on voit le caryotype humain, avec ses 23 paires
de chromosomes, et la diffrence visible entre le chromosome X et le chromosome Y
(plus court).
01.Stewart Page 26 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

26 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

1 2 3 4 5

6 7 8 9 10 11 12

13 14 15 16 17 18

19 20 21 22 X Y

Figure 4. Caryotype humain


Le caryotype est une image obtenue partir dune photographie des chromosomes
en mtaphase de la mitose, au cours de laquelle les chromosomes sont dcoups et
aligns par paires. Ici sont reprsents le caryotype humain, avec ses 23 paires de
chromosomes, et la diffrence visible entre le chromosome X et le chromosome Y
(plus court).

350
Distance gntique (cM)

300
250
200
150
100
50
0
0 0,5 1 1,5 2 2,5 3
Longueur des chromosomes (microns)

Figure 5. L cM versus L m
La relation troite entre les longueurs des diffrents groupes de linkage mesures
en cM, et les longueurs des chromosomes correspondants mesures physiquement
en microns sur un caryotype. Il sagit ici des valeurs chez ltre humain.
01.Stewart Page 27 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 27

Dans la figure 5, on voit la trs bonne correspondance entre les longueurs des
diffrents groupes de linkage mesures en cM, et les longueurs des chromosomes
mesures physiquement en microns.
Ces correspondances sont dautant plus remarquables que les proprits des gnes
dune part, des chromosomes dautre part, ont t tablies dans lindpendance la
plus totale. Les proprits des gnes sont tablies par des observations portant uni-
quement sur des diffrences phnotypiques dans des croisements contrls. Les
proprits des chromosomes sont tablies par des observations cytologiques, faites
laide dun microscope et ne ncessitant pas de croisements particuliers. Mais ce ntait
pas seulement la nature des observations qui tait diffrente ; les deux communauts
des gnticiens dune part, des cytologistes dautre part, signoraient mutuellement.
Cet isolement (on ne peut pas parler de divorce car il ny a jamais eu de mariage)
prfigurait dj lexclusion rciproque entre gntique et biologie que nous avons
note dans lIntroduction.
Nanmoins, les correspondances listes dans le Tableau 11 sont si remarquables
quelles ont fini par tre remarques (on ne sait pas exactement par qui : il ny a pas
de grand nom associ ce qui deviendra la thorie chromosomique ). Et une
fois remarques, ces correspondances conduisent inluctablement une conclusion
vidente : les gnes se situent dans les chromosomes. Autrement dit, les gnes ces
entits inobservables, constitues de prime abord en thorie possdent bel et bien
une existence matrielle. Comme le disait trs joliment un gnticien anonyme de
lpoque, si les chromosomes navaient pas exist, il aurait fallu les inventer ce
qui en dit long sur le primat de la thorie dans lesprit des gnticiens classiques.
Les correspondances du Tableau 11 sont loquentes au plus haut point. Toutefois,
ce stade la thorie chromosomique reste une interprtation aprs-coup de rsultats
antrieurs. Afin de consolider son statut en tant que thorie pleinement scientifique,
il serait souhaitable den tirer des prdictions indites que lon pourrait mettre
lpreuve. Et il existe, en effet, un point sur lequel il subsiste un flou artistique. Il y a
bien une correspondance entre le fait qu lintrieur dun groupe de linkage, il y
ait recombinaison entre les gnes et le fait que lors de la miose, la formation dun
chiasme produise une recombinaison des chromatides. Mais il reste dmontrer que
lvnement singulier dune recombinaison gntique est rigoureusement le mme
vnement singulier quune recombinaison entre chromatides. La dmonstration positive
en fut apporte par McClintock. Ce nest peut-tre pas un hasard si Barbara McClintock
tait cet oiseau rare, une scientifique la fois gnticienne, cytologiste et, de surcrot,
une biologiste pourvue dune sensibilit extrme pour lorganisme [Fox-Keller,
1983]. Afin dtudier cette question, il faut une situation o la diffrence entre deux
allles gntiques soit observable au niveau cytologique des chromosomes, ce qui
nest gnralement pas le cas. McClintock a dcouvert un certain nombre de variants
morphologiques au niveau des chromosomes qui produisaient des diffrences
01.Stewart Page 28 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

28 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

phnotypiques au niveau de lorganisme, et qui taient donc des allles observables


au niveau cytologique. En employant deux de ces variants se situant sur le mme
chromosome, McClintock a pu dmontrer, dabord, que les allles gntiques corres-
pondants appartiennent au mme groupe de linkage ; ensuite, et surtout, que sur des
centaines de cas, il y avait recombinaison gntique si mais seulement si il y avait
recombinaison chromosomique. Cette dmonstration mettait les points sur les i ;
et soixante-dix ans aprs, la thorie chromosomique na jamais t dmentie. Son
histoire, culminant avec les correspondances du Tableau 11 et la dmonstration de
McClintock, figure parmi les plus belles pages de la science tout entire.

La suite
La suite de lhistoire est aujourdhui beaucoup mieux connue, et on se contentera
ici de la rsumer assez succinctement et partiellement. Dun point de vue biochimique,
les chromosomes sont composs de deux sortes de molcules : des protines et des
acides nucliques. Dans les annes 1930, les protines taient bien connues pour avoir
des proprits biologiques intressantes. En particulier, les enzymes qui catalysent les
ractions mtaboliques de la cellule sont des protines. De plus, on savait quil existait
une relation intime entre les gnes et les protines. Notamment grce aux travaux de
Beadle et Tatum chez le champignon Neurospora, on savait quune mutation gntique
(cest--dire une altration dun gne gnrant un nouvel allle) pouvait avoir comme
phnotype un enzyme dysfonctionnel ce qui a conduit la formule clbre :
1 gne 1 enzyme . Dun autre ct, les acides nucliques taient beaucoup moins
tudis ; on considrait gnralement quils taient chimiquement assez inertes (ce
qui est toujours vrai), et structurellement assez monotones (ce qui sest avr un
peu moins vrai quon ne le pensait). Il tait donc tout fait naturel de considrer que
les gnes taient des protines et que les acides nucliques des chromosomes en
particulier, lADN jouaient un rle subalterne dossature structurelle. Encore fallait-
il le prouver.
En 1944, Avery, travaillant sur le phnomne de la transformation chez des
bactries, a dmontr quun caractre phnotypique (la virulence par rapport
des formes bnignes ) pouvait tre transmis dune souche virulente une souche
bnigne par des extraits cellulaires. En fractionnant la matire transmise en des
composants plus spcifiques, on pouvait examiner si la composante active tait
constitue de protines ou dADN. Cela a donn lieu un pisode assez amusant du
point de vue de la sociologie de la science. Au point de dpart, les chromosomes
taient connus pour tre composs en proportions peu prs gales de protines et
dacides nucliques ; ce stade, pour les raisons que nous avons expliques, la quasi-
totalit de la communaut des gnticiens considraient que les gnes figuraient
dans la partie protique. Les premires purifications taient trs imparfaites : on
01.Stewart Page 29 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 29

montrait que la fraction active tait compose de 70 % dacides nucliques et de 30 %


de protines. Un bon nombre de gnticiens nabandonnrent pas leur jugement a
priori, et estimrent que les gnes faisaient partie des 30 % protiques. Mme quand
la composition protique de la fraction active fut rduite 1 %, il resta encore quelques
irrductibles notamment le gnticien Goldschmidt, un penseur profond par
ailleurs. Aujourdhui, on se gausse de lerreur de Goldschmidt ; mais dun point de
vue intellectuel, il avait peut-tre moins tort quon ne le pense prsent. Aprs tout,
il ntait pas sr que le phnomne de la transformation chez des bactries ft rel-
lement comparable celui de la sgrgation gntique chez des organismes multi-
cellulaires. Une indication autrement plus solide provenait des recherches des
biochimistes sur les processus de biosynthse des protines. Dans les annes 1950, les
biochimistes ont dcouvert que les protines sont synthtises dans les ribosomes, o
des acides nucliques jouent un rle essentiel. Comme le remarque fort justement
Morange (1994), le rle actif des biochimistes dans le dcryptage du code gntique
fut pourtant mconnu. Tout le monde, aujourdhui, connat la dcouverte en 1953,
par Watson et Crick, de la structure en double hlice de lADN. Leur bref article paru
dans la revue Nature est trs justement reconnu comme lun des grands classiques de
la littrature scientifique (bien que leurs spculations audacieuses fussent bases sur
des donnes pirates, comme le reconnut sans vergogne Watson (1968) dans son
livre dsopilant La Double Hlice). Dans la structure propose par Watson et Crick, les
chelons transversaux reliant les deux chanes de la spirale taient composs chacun
de deux nuclotides complmentaires, soit A-T soit C-G. Leur article se termine par
une litote dlicieuse : Il na pas chapp notre attention que la structure propose
permet la duplication. En effet, un seul brin dADN contient toute linformation
sous forme dune squence de nuclotides, par exemple A-T-C-C-G-T ncessaire
pour reconstituer le brin complmentaire (en loccurrence, T-A-G-G-C-A). Quelques
annes plus tard, le code gntique par lequel des triplets de nuclotides spcifient
chacun un acide amin dtermin tait dchiffr. Puisquil y a 4 4 4 = 64 triplets
possibles, et seulement 22 acides amins plus trois codons syntaxiques spcifiant
le dbut ou larrt de la transcription, le code gntique est ncessairement redondant :
plusieurs triplets codent pour un mme acide amin. Ce que lon souligne souvent
moins, cest le rle non seulement des ARN de transfert mais aussi des enzymes
spcifiques, les aminoacyl-tRNA-synthtases , qui sont essentiels pour tablir le
code gntique . Sans cela, il ny a rien dintrinsque lADN qui fasse quune
squence de nuclotides code ncessairement pour une squence dacides amins dans
une protine en voie de synthse.
La biologie molculaire, initie dans les annes 1940 par Delbrck et dont le
premier grand rsultat fut celui de Watson et Crick, a pris aujourdhui lampleur que
lon sait. Laccumulation quasiment exponentielle de connaissances dtailles et
prcises est telle quil est aujourdhui hors de question de passer en une seule anne
01.Stewart Page 30 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

30 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

dtude du stade de linitiation complte aux frontires de la recherche, comme jai


pu le faire en 1963. Corrlativement, ce qui fut autrefois une science artisanale est
devenue ce que les Anglo-Saxons appellent de la Big Science , ncessitant des
appareils et des produits coteux ainsi que des quipes nombreuses et hirarchiquement
organises. Grce notamment au gnie gntique, la biologie molculaire a acquis
une puissance oprationnelle (et financire !) considrable. Pourtant, dans un certain
sens, il ny a pas eu de vritable invention conceptuelle depuis les annes 1930 [Luzzati
2003]. Plus prcisment, les grandes dcouvertes de la biologie molculaire, partir
de 1953, nont pour lessentiel rien chang la nature diffrentielle du gne. Examinons
ce point capital de plus prs.
Avec les travaux de Morgan, on connaissait dj toutes les proprits essentielles des
gnes, telles que nous les avons listes pages 20-21. Avec la thorie chromosomique,
on savait dj que les gnes possdent un substrat matriel identifiable. Et avec la
thorie 1 gne 1 enzyme , on savait dj quil existe une relation intime entre
gnes et protines. Ainsi, dune certaine manire, tout ce qui a suivi y compris les
dcouvertes majeures de Watson et Crick correspond la rsolution de ce que Kuhn
a appel les nigmes caractristiques de la science normale . Une nigme ,
au sens kuhnien, est un problme dont on sait davance quil possde une solution
accessible avec les concepts et les mthodes standard du paradigme existant. En cela,
les nigmes kuhniennes sont comparables aux mots croiss publis dans le journal,
ou aux problmes quun professeur pose ses lves lors dun examen. La rsolution
des nigmes peut faire appel beaucoup dingniosit, de rigueur et de travail ; mais
elle ne remet jamais en question les termes mmes dans lesquels lnigme tait
formule.
Or, cest un fait que rien, dans toute la masse des connaissances accumules par
la biologie molculaire, na srieusement mis en cause le cadre conceptuel de la
gntique formelle5. On dirait mme plus : il est difficile dimaginer que des dcou-
vertes empiriques en biologie molculaire, qui prsupposent le cadre conceptuel de la
gntique formelle, puissent mettre ce cadre en cause. Par exemple, sil stait avr
que le substrat matriel des gnes ntait pas lADN, cela aurait t une autre molcule
biochimique avec des proprits fonctionnelles quivalentes. Il ny a aucune magie
intrinsque lADN en tant que tel. Fox-Keller (2000) a opportunment remarqu
que, pour dupliquer une molcule dADN, il fallait non seulement des enzymes
spcifiques, avec bien sr une source dnergie et des prcurseurs appropris, mais
aussi tout un dispositif de dtection et de correction des erreurs que seule une cellule
vivante pouvait fournir ; faute de quoi, le taux derreurs (de lordre de 1 %) serait tel
que lADN deviendrait rapidement inutilisable.

5. Si ce nest que les dveloppements de la biologie molculaire ont permis de ne plus jamais men-
tionner la gntique formelle, ni sen servir, ni surtout lenseigner. Voir encore pages 88-91.
01.Stewart Page 31 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13

LA GNTIQUE FORMELLE 31

Il ny a rien danormal ce que le paradigme de la gntique formelle, qui est la


base de la biologie molculaire, nait jamais t mis en dfaut. Au contraire, cest trs
prcisment la situation que recherchent les scientifiques, car cela leur permet de
formuler des problmes bien poss , avec la garantie quil existe des solutions
accessibles, et, par consquent, damasser des connaissances positives avec une belle
productivit (considration tout sauf ngligeable une poque o la carrire des
chercheurs dpend du nombre de leurs publications). Les donnes concernant les
squences dADN, qui ont pris des proportions telles que des moyens informatiques
sont devenus indispensables rien que pour les stocker, en sont une illustration
parfaite. Toutefois, la longue, cette situation acquiert un inconvnient qui finit par
devenir grave. force de ne jamais rencontrer de limites, on en vient considrer
quil ny en a pas et que le paradigme employ permet de connatre tout ce quil peut
y avoir connatre6. Cette tendance est dautant plus redoutable que des considrations
pistmologiques sont en quelque sorte noyes sous la masse impressionnante des
connaissances accumules.
Et pourtant Le cadre conceptuel de la gntique formelle, avec ses immenses
qualits, possde bien des limites caractrises : des taches aveugles que non seulement
on ne voit pas, mais quon ne voit pas que lon ne voit pas. Quand on passe de la
gntique formelle classique la biologie molculaire, et que lobjet scientifique
quest un gne est rifi pour devenir ni plus ni moins quune squence dADN,
ces limites pistmologiques ne sont en rien dissipes ou surmontes ; au contraire,
elles ne sont quaggraves tout en devenant plus difficiles que jamais dceler7. Aprs
avoir prsent dans ce chapitre les fondements pistmologiques du cadre conceptuel
de la gntique formelle ce que lon fait rarement aujourdhui, de sorte quils sont
largement oublis , on passera dans le chapitre suivant un exercice auquel on ne
se livre jamais, savoir une analyse des limites intrinsques de cette thorie si belle par
ailleurs.

6. Cela est dautant plus facile quon a compltement oubli les origines de la gntique mend-
lienne, et donc les questions poses lorigine.
7. Notamment en incluant la fonction de la synthse des protines dans la dfinition du gne. Voir
pages 88-91.
01.Stewart Page 32 Lundi, 6. septembre 2004 1:36 13
02.Stewart Page 33 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

CHAPITRE 2

Spendeurs et misres
de la gntique

La force et la faiblesse de la gntique formelle


La faiblesse insigne de la gntique formelle est insparable de ce qui fait sa force
inoue. Nous avons vu, en pages 5-19, comment des observations remarquablement
simples sur le comportement de diffrences phnotypiques dans des croisements
observations parfaitement accessibles une science trs artisanale permettaient
dtablir de faon prcise et dtaille les proprits essentielles des gnes telles que
nous les avons listes pages 20-21. Lconomie des moyens pour obtenir un rsultat
aussi fondamental est proprement poustouflante. Mais il y a une condition cela : la
clause caeteris paribus, toutes choses gales par ailleurs . Cette clause est tratresse,
car ds quelle est satisfaite, on la prend comme allant de soi et on sous-estime son
importance cruciale. Dans le cas qui nous intresse, la condition pour que lon puisse
caractriser les gnes partir dobservations sur des phnotypes est celle-ci : un grand
nombre dautres choses doivent tre suffisamment gales par ailleurs pour
quune diffrence dans un gne soit la cause dune diffrence (discontinue) dans un
phnotype observable. Or, la chane causale qui conduit dune diffrence dans un
gne une diffrence phnotypique est longue ; et surtout, elle prsuppose lexistence
dun organisme ayant un certain nombre de niveaux dorganisation. Soulignons ce
point en rappelant quun organisme vivant est un phnomne mergent ; ou, plutt,
quun organisme vivant est le rsultat de toute une srie de processus mergents. Les
principaux niveaux dorganisation sont reprsents, ultra-schmatiquement, dans la
figure 6.
02.Stewart Page 34 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

34 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Gntique Niveau Chane


formelle d'organisation causale

Organisme, phnotype Diffrence

Systmes physiologiques Diffrence

Tissues, organes Diffrence

Cellules Diffrence

Macro-molcules Diffrence
(dont les gnes)

Figure 6. Les niveaux dorganisation et leur relation avec la gntique formelle,


dune part, et la biologie, dautre part.
gauche, on voit que la gntique permet de passer directement des observations sur le
phnotype de lorganisme (visible extrieurement) des infrences sur les proprits
des facteurs gntiques. droite, on voit que la biologie appelle un dchiffrement de la
chane causale qui mne dune diffrence dans un facteur gntique une diffrence dans
le phnotype final, en passant ncessairement par chacun des niveaux dorganisation.

Dans ce schma, lexistence mme de chaque niveau dorganisation est une mer-
gence qui dpend du maintien dun certain nombre de relations spcifiques entre les
entits appartenant au niveau dorganisation sous-jacent. Autrement dit, il y a tout
un ensemble de relations, des niveaux dorganisation successifs, qui doivent absolu-
ment rester invariantes : faute de quoi, il ny aurait tout simplement ni organisme, ni
phnotype, ni gnes. Ainsi, la possibilit mme pour quune diffrence dans un gne
puisse parcourir toute la chane causale pour aboutir une diffrence phnotypique
observable, est conditionne par le maintien dun ensemble dinvariances sous-
jacentes.
Nous arrivons un moment important : dune certaine manire, tout ce livre se
rsume en ce point. Nous avons dj soulign que la gntique formelle est constitu-
tivement aveugle tout ce qui est invariant. La conclusion simpose : la gntique
formelle possde la particularit pistmologique dtre radicalement aveugle quant
ses propres conditions de possibilit 1.

1. Il est plus que probable quun biologiste molculaire contemporain rtorquerait : Oui, ctait vrai
de la vieille gntique formelle ; mais ce nest plus vrai de la gntique molculaire, qui elle, au
contraire, en soccupant de la fonction du gne (cest--dire de la protine pour laquelle il code)
rpond toutes ces critiques. Mais cela est compltement faux (et le fait que le biologiste molcu-
laire ne comprend pas illustre seulement le fait quil sagit bel et bien dune tache aveugle, o lon
ne voit pas que lon ne voit pas). En deux mots : la focalisation sur le niveau des protines nannule
en rien la nature diffrentielle intrinsque toute information ; elle occulte seulement limpor-
tance de toutes les tapes de la chane de causalit diffrentielle conduisant au phnotype final ,
cest--dire celui qui est biologiquement significatif pour lorganisme en tant que tel. Pour une
discussion plus labore, voir pages 88-91.
02.Stewart Page 35 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 35

Cette particularit apparat dune faon clatante dans la comparaison entre la


partie gauche et la partie droite de la figure 6. gauche, cest toute la force de la
gntique formelle qui sexprime dans la possibilit de passer directement de lobser-
vation de diffrences phnotypiques une caractrisation fine des proprits des gnes,
en court-circuitant tous les dtails de la longue chane causale qui mne, droite,
dune diffrence gntique une diffrence phnotypique. Mais en mme temps,
cest toute la faiblesse de la gntique formelle qui rside ici ; car en effectuant ce
court-circuit, la gntique se coupe radicalement de tout ce qui aurait pu la relier
une biologie des organismes. Nous touchons ici la racine de lexclusion rciproque
entre gntique et biologie que nous avons voque dans lIntroduction.
Nous examinerons dans le chapitre 3 les voies qui pourraient permettre de remdier
cette faiblesse insigne de la gntique. En quelques mots, par anticipation : il sagira
dtudier dans le dtail la totalit de la chane causale qui conduit dune diffrence au
niveau dun facteur gntique une diffrence du caractre phnotypique correspon-
dant, sans perdre de vue les relations invariantes qui sont essentielles lexistence
mme des niveaux dorganisation que traverse la chane causale. Une gntique
raffine, qui connat modestement sa juste place, pourra contribuer cette tche
(nous verrons comment) ; mais elle ne pourra en aucun cas y parvenir toute seule. Il
faudra donc rhabiliter bien des domaines de la biologie des organismes qui ont t
crass et marginaliss par la monte en puissance du tout gntique . Mais avant
cela, il convient de faire une analyse critique des dgts occasionns par une gntique
qui ignore ses propres limites. Nous examinerons successivement les trois chelles
temporelles de la biologie : la phylogense, qui se droule sur des millions dannes
(MA) ; lontogense, qui se droule sur des annes ; et lautopose, le processus par
lequel chaque organisme vivant se reconduit dinstant en instant.

La phylogense
La thorie de lvolution, entre Darwin et Mendel
Le nom de Darwin est intimement associ la thorie de lvolution, lide selon
laquelle les organismes vivants nont pas toujours t comme ils sont aujourdhui,
mais quils se sont lentement transforms au cours des temps gologiques. Les deux
propositions majeures de la thorie de lvolution sont les suivantes :
1. Tous les tres vivants descendent dun seul (ou, la rigueur, de quelques rares)
anctre(s) commun(s), dorganisation trs simple.
2. Toutes les espces actuellement vivantes drivent les unes des autres, formant une
espce gnalogique, buissonnante partir de la souche originelle [Mazliak,
2002].
02.Stewart Page 36 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

36 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Les observations empiriques en faveur de la thorie de lvolution sont, dune part,


les fossiles et, dautre part, la structure hirarchiquement embote de la taxinomie
royaumes, phyla, classes, ordres, familles, genres et espces qui sinterprte trs
naturellement comme la consquence dune diversification gnalogique, les ressem-
blances lintrieur de chaque catgorie taxinomique provenant du fait de partager
un anctre commun plus ou moins loign.
Lantithse de la thorie de lvolution est le fixisme , lide selon laquelle il y
a eu une (ou plusieurs) crations despces immuables. Or, contrairement ce que
lon pense souvent, quand on considre que toute critique de Darwin quivaut
prner le crationnisme, la contribution majeure de Darwin ntait pas de proposer
la thorie de lvolution dans le sens que lon vient de dfinir. La thorie de lvolution
avait t propose bien avant Darwin, notamment par Geoffroy Saint-Hilaire et
Lamarck. La contribution vritablement originale de Darwin tait de proposer un
mcanisme pour les transformations de lvolution : savoir, la thorie de lvolution
par la slection naturelle. Or, dans lnorme controverse publique qui a suivi la publi-
cation de LOrigine des espces en 1859, la grande masse des objections portait sur la
thorie de lvolution, telle que nous lavons dfinie ci-dessus ; ce qui a certainement
contribu identifier le nom de Darwin avec le principe mme de lvolution. Dans
leur grande masse galement, ces objections taient manifestement obscurantistes et
largement irrationnelles ; et Darwin pouvait laisser son fidle lieutenant T. H. Huxley,
qui avait le got de la polmique, le soin dy rpondre. Toutefois, il y eut une objection,
formule par lingnieur cossais Fleeming Jenkin, qui portait rellement sur le
mcanisme de la slection naturelle et que Darwin se devait de prendre lui-mme au
srieux.
Lobjection de Jenkin portait sur la transmission de variations dune gnration
la suivante. Si, comme on le pensait communment lpoque, et comme le pensait
Darwin lui-mme avec sa thorie des pangnes , le passage dune gnration
une autre se fait par simple mlange des contributions parentales, il sensuit que les
descendants seront systmatiquement intermdiaires entre les valeurs de leurs deux
parents ; et dans ce cas, on peut dmontrer mathmatiquement que les variations
diminuent ncessairement de moiti chaque gnration. Le problme, cest que
dans ce cas les variations devraient se diluer dans la population, et seraient donc
perdues avant que la slection ne puisse avoir prise sur elles.
Aujourdhui, on sait que la solution ce problme est apporte par la gntique
mendlienne. En pages 5-11, nous avons soulign le fait que les facteurs mendliens
sont des entits discrtes qui ne se mlangent pas. On comprend que cela rsout dun
trait le problme de Jenkin ; et Fisher a pu dmontrer mathmatiquement que, dans
le cas dune gntique mendlienne, un avantage slectif minime dun allle sur un
autre, de lordre de 0,1 %, est largement suffisant pour que lallle avantag devienne
02.Stewart Page 37 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 37

prdominant dans la population, en quelques dizaines de gnrations seulement.


Ainsi sest constitue ce que lon appelle la thorie synthtique de lvolution , ne
prcisment dune synthse entre la thorie de la slection naturelle due Darwin, et
la gntique mendlienne.
Cette thorie synthtique , dite encore thorie nodarwinienne , est deve-
nue la thorie orthodoxe de lvolution biologique, et elle le reste aujourdhui malgr
certaines critiques assez rcentes sur lesquelles nous aurons loccasion de revenir.
Toutefois, la thorie synthtique ne fut formule que vers les annes 1940, alors que,
Darwin et Mendel ayant t contemporains, il aurait suffi quils se communiquent
leurs rsultats pour que la synthse apparaisse demble comme une vidence.
Comment expliquer ce retard de plus de 70 ans ? La question a fait couler beaucoup
dencre. On a parl de loubli pendant 30 ans des travaux de Mendel, avant leur
redcouverte simultane par de Vries, Correns et Tschermak en 1900 ; et sur cette
base, on a rig le mythe de Mendel comme dun prcurseur gnial incompris .
Cette faon de voir a t conteste par certains historiens [Brannigan, 1979 ; Moore,
2001, Olby 1979], qui ont fait valoir que Mendel ne sintressait pas la thorie
darwinienne, et aussi et surtout quil naccordait pas ses travaux la mme signification
que nous aujourdhui2. Dans un certain sens, Mendel lui-mme ntait pas vraiment
mendlien . Quoi quil en soit, vint ensuite la querelle entre lcole biomtrique ,
qui mettait laccent sur laccumulation dun grand nombre de petites variations
quantitatives, et lcole des saltationnistes , qui mettait laccent sur le rle des
innovations discontinues dans lapparition de nouvelles espces. Les hritiers de la
pense de Darwin (notamment son cousin Galton) appartenaient lcole biomtrique,
alors que lune des motivations principales ayant conduit la redcouverte de
Mendel fut lintrt des saltationnistes pour les diffrences discontinues comme celles
tudies par Mendel. Cette querelle contribua certainement retarder le rapproche-
ment entre Darwin et Mendel, qui dut attendre la dmonstration par Fisher que des
variations quantitatives et continues pouvaient parfaitement provenir de facteurs
mendliens, condition que ceux-ci soient suffisamment nombreux et combins
avec des variations environnementales pour lisser les distributions.
Ici, nous allons examiner un autre aspect du difficile rapprochement entre
Darwin et Mendel, complmentaire et non contradictoire avec les prcdents, mais
qui sera particulirement pertinent pour la suite de notre propos.

2. Cest le lieu de reconnatre explicitement que la prsentation des travaux de Mendel pages 5 11
de ce livre nest sans doute pas exactement celle quaurait donne Mendel lui-mme. Notre prsen-
tation sappuie notamment sur linterprtation donne par William Bateson, professeur de gntique
luniversit de Cambridge, lors de la redcouverte de Mendel au dbut du XXe sicle.
02.Stewart Page 38 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

38 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Weismann et le cheminement vers le nodarwinisme


Sous limpulsion de la critique de Jenkin, Darwin lui-mme estima quil devait
admettre une source importante de nouvelles variations chaque gnration, afin de
compenser celles perdues par mlange. Il sest notamment senti oblig de reconnatre
la transmission de caractres acquis par lusage. Or, il faut remarquer que cela rduit
singulirement le rle de la slection naturelle comme mcanisme de lvolution.
la limite, partir du moment o lon admet une transmission de caractres acquis,
on peut se passer totalement de la slection naturelle, et revenir une thorie pure-
ment lamarckienne.
Cest dans ce contexte que lapport du biologiste allemand August Weismann
(1834-1914) sest avr dterminant pour la suite. Plus darwinien que Darwin lui-
mme, en quelque sorte, cest partir de ses rflexions sur lvolution que Weismann
en est venu proposer sa nouvelle thorie de la continuit du plasma germinatif 3 ,
thorie qui comporte comme corollaire tout fait dcisif lexclusion radicale de toute
transmission la descendance des caractres acquis au cours de la vie individuelle.
Weismann est parvenu cette conclusion la suite de ses rflexions sur le fait que
lvolution a conduit tablir une dure de vie limite dans chaque espce (multi-
cellulaire). En effet, on comprend bien que des variations dans la dure de vie ne
peuvent gure tre transmises, car quand le caractre sexprime lindividu qui le porte
est mort ! vrai dire, les rflexions de Weismann taient plutt obsessionnelles et
tortueuses, et ne rsistent absolument pas un examen critique [Medawar, 1957],
mais cela nenlve rien leur importance historique. En tablissant (pour son poque)
limpossibilit dune transmission des caractres acquis, Weismann ranimait lanomalie
souleve par Jenkin et obligeait les thoriciens de lpoque rexaminer la question
de la transmission de variations. Et cest bien cela qui a incit les volutionnistes,
Bateson et les autres, redcouvrir et, en fait, rinterprter les travaux de Mendel.
Comme le dit Lenay (1999), avec beaucoup de perspicacit, la gntique, bien plutt
quune solution apporte de lextrieur la thorie de la slection naturelle, est porter au
crdit de lhritage darwinien .
Il sera clairant pour la suite dinverser lordre habituel de prsentation. Si lon
tient comme postulat a priori que le mcanisme essentiel de lvolution est la slection
naturelle, alors il sensuit que les variations sur lesquelles porte la slection naturelle
doivent tre alatoires . En effet, si ces variations ntaient pas alatoires si elles
comportaient dj une tendance systmatique, ce qui serait notamment le cas si des
variations acquises au cours de la vie individuelle pouvaient tre transmises aux
descendants , alors cela pourrait tre cette tendance et non plus la slection naturelle

3. Cette thorie, ainsi que les concepts de plasma germinatif et de plasma somatique , sera
explique dans la prochaine section en relation avec la figure 7.
02.Stewart Page 39 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 39

qui dterminerait le cours de lvolution4. Mais la gntique mendlienne remplit


parfaitement le cahier des charges que lui confie la thorie nodarwinienne. Les facteurs
mendliens sortent indemnes de leur cohabitation avec dautres allles dans le gnotype
dun individu ; et ils sont effectivement transmis inchangs aux descendants, ind-
pendamment des vicissitudes de la vie de lindividu qui les a ports. Quant lorigine
des diffrences entre allles, rien ne soppose ce que cela provienne de mutations
alatoires.
Il semble donc que tout aille pour le mieux dans le meilleur des mondes. Dj en
1887, Weismann en vint associer son plasma germinatif aux chromosomes ; et
nous avons vu pages 19-28 que la thorie chromosomique, selon laquelle les facteurs
mendliens se situent dans les chromosomes, tait lapothose de la gntique formelle.
Le mariage entre la gntique mendlienne et la thorie darwinienne, si long se
dessiner, a t dune fcondit inoue car il a engendr la biologie molculaire. En effet,
le dogme central de la biologie molculaire, selon lequel linformation peut tre
transmise de lADN vers lARN-messager et ensuite vers les protines, mais jamais en
sens inverse, traduit parfaitement en termes molculaires linterdiction weismannienne
dune transmission de caractres acquis5.
Weismann, dj, sinquitait de savoir comment son plasma germinatif pouvait
la fois diriger la formation du plasma somatique et en mme temps rester
indemne de tout changement. Et il proposait, comme solution spculative, que le
plasma germinatif pouvait gnrer des copies de travail qui migreraient vers le
cytoplasme pour effectuer le sale travail . On croit rver devant cette prescience,
car cest trs exactement la relation que la biologie molculaire a dcouverte entre
lADN (relativement inerte et, au besoin, soigneusement rpar) et lARN-messager
qui, copie de lADN, dirige la synthse des protines. O est le problme ?
Jai parl dans lIntroduction dune malencontreuse relation dexclusion rciproque
entre la gntique et une biologie des organismes. La thorie no-darwinienne semble
tre le parfait contre-exemple de ce que jy ai affirm, car elle consiste en une profonde
synthse de la gntique formelle et de la thorie de Darwin grand naturaliste
devant lternel sil en est. Et pourtant malgr le fait quil sagisse dune magnifique
russite, et dans un certain sens parce que la synthse est si profonde, le nodarwi-
nisme hrite des limitations pistmologiques intrinsques la gntique formelle.
Cest ce que nous allons examiner prsent.

4. Ce point est plaisamment illustr par lanecdote du maire mafieux dune grande ville amricaine, qui
aurait dit : Je veux bien laisser le peuple voter, condition que ce soit moi qui choisisse les candidats .
En effet, la slection (comme le vote) devient drisoire si les variations (comme les candidats) sont
truques davance. Le rle incontournable du hasard dans la thorie darwinienne, et consolid
dans la version nodarwinienne, est profondment discut et mis en vidence par les travaux de
Lenay (1999).
5. Il est vrai que la transcriptase rverse sinscrit un peu en faux contre luniversalit absolue dune
transmission unidirectionnelle de linformation ; mais il sagit justement dune exception qui
prouve la rgle et qui ne change rien dessentiel au dogme .
02.Stewart Page 40 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

40 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Programme gntique et hritabilit


Pour asseoir notre critique du nodarwinisme, nous allons prendre appui sur la
thorie de Weismann concernant le plasma germinatif. Nous avons vu, dans la
section prcdente, que cette thorie avec son corollaire de la non-transmission de
caractres acquis a jou un rle dcisif dans le long cheminement conduisant la
thorie synthtique de lvolution, si bien quil convient de considrer que cette
thorie provient dune synthse entre les contributions non pas de deux, mais de
trois auteurs : Darwin, Mendel et Weismann [Lenay, 1999]. Il convient aussi de re-
marquer que le schma weismannien ne se prsente pas comme le rsultat inductif
bas sur une grande masse dobservations empiriques6. Il sagit dun schma qui pro-
vient avant tout dune rflexion proprement thorique, et dont la ncessit est issue
des exigences de cohrence interne de lensemble de ldifice nodarwinien.
Or, que nous dit le schma weismannien, tel quil apparat dans la figure 7 ? On
y voit que sa pice matresse le plasma germinatif , reprsent dans la figure 7 par
germen G joue un rle double. Premirement, il se transmet inchang de gnration
en gnration : cest la ligne horizontale en bas de la figure 7. Mais deuximement,
chaque gnration, il dirige aussi la formation du soma , autrement dit le corps de
lorganisme. lorigine, Weismann identifiait le plasma germinatif avec la ligne

Soma Soma Soma Soma

Germen G G G G

Figure 7. Le schma weismannien


Le germen G, ou plasma germinatif , se transmet inchang de gnration en
gnration sans recevoir la moindre influence de lenvironnement. chaque
gnration, le soma S (autrement dit, le corps de lorganisme) se forme partir du
plasma germinatif.

6. Il est vrai que Weismann dit avoir coup des queues de souris sur vingt gnrations, et observ qu
la vingt-et-unime gnration, les souris naissaient quand mme avec des queues. Mais on peut
mettre cette prtendue observation sur le mme plan que lexprience de Galile, qui dit
tre mont en haut du mt dun bateau en pleine mer, avoir laiss tomb un poids et observ que
celui-ci tombait non pas en arrire mais au pied du mt. Questionn ce propos vers la fin de sa
vie, Galile a reconnu quil navait jamais ralis cette exprience ; il la simplement imagine des
fins polmiques, afin de donner une illustration saisissante de sa thorie. On peut penser quil en
est de mme pour lexprience de Weismann : mme sil la vraiment faite, ctait aprs avoir
formul sa thorie, afin de lillustrer de faon dramatise. Quoi quil en soit, cette exprience ne
prouve rien du tout : pour une discussion la fois approfondie et plaisamment humoristique, voir
Oyama (1985).
02.Stewart Page 41 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 41

cellulaire qui donne lieu aux gamtes (spermatozodes ou ovules). Dans les espces
quil a observes, cette ligne cellulaire germinale tait squestre trs tt dans
lembryogense, peu de temps aprs la fcondation de luf. Il sest avr par la suite
que ce phnomne de squestration prcoce tait lexception et non la rgle : presque
toutes les cellules des plantes, et un grand nombre de cellules embryonnaires chez les
animaux, peuvent donner lieu des gamtes. Mais cette erreur de Weismann, aussi
rvlatrice quelle soit de la nature a priori de son schma conceptuel, ne porte pas
consquence partir du moment o le plasma germinatif est identifi avec les
gnes chromosomiques, qui mme dans les cellules somatiques sont peu affects par
des influences environnementales.
Dans le cadre de la synthse nodarwinienne, le plasma germinatif est donc
identifi avec les facteurs mendliens situs dans les chromosomes. Par la suite, le
paradigme nodarwinien a donn lieu au formidable programme de recherche de la
biologie molculaire. Comme on le sait, cela a permis didentifier le substrat bio-
chimique des gnes entits transmises inchanges de gnration en gnration
comme tant lADN. Mais, ce qui est bien plus pertinent pour notre propos, les gnes
dans leur ensemble ont repris aussi le deuxime rle attribu par Weismann au plasma
germinatif . Cest ainsi quest n le concept dun programme gntique cens
diriger la formation du corps de lorganisme. Nous avons remarqu, dans lIntroduction,
que si la seule fonction des gnes tait dintervenir dans la synthse des protines, la
gntique naurait jamais pris la position hgmonique qui est la sienne au sein de la
biologie contemporaine. Nous dtenons ici la cl de lnigme : la gntique est hg-
monique parce que les gnes sont supposs constituer un programme gntique
qui dtermine la quasi-totalit de chaque organisme vivant. Afin de disposer dune
formulation autorise, citons lun des plus grands thoriciens de la biologie mol-
culaire, Franois Jacob (1970).

Lhrdit se dcrit aujourdhui en termes dinformation, de messages, de code.


La reproduction dun organisme est devenue celle des molcules qui le constituent.
Non que chaque espce chimique possde laptitude produire des copies delle-
mme. Mais parce que la structure des macromolcules est dtermine jusque dans
le dtail par des squences de quatre radicaux chimiques contenus dans le patrimoine
gntique. Ce qui est transmis de gnration en gnration, ce sont les "instructions"
spcifiant les structures molculaires. Ce sont les plans darchitecture du futur or-
ganisme. Ce sont aussi les moyens de mettre ces plans excution et de coordonner
les activits du systme. Chaque uf contient donc, dans les chromosomes reus
de ses parents, tout son propre avenir, les tapes de son dveloppement, la forme et
les proprits de ltre qui en mergera. Lorganisme devient ainsi la ralisation
dun programme prescrit par lhrdit.

Tout comme il est parfois salutaire de demander si le roi nest pas nu, il peut tre
utile ici de poser la question nave, tellement lencontre de ce que tout le monde
02.Stewart Page 42 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

42 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

prend comme allant de soi que celui qui ose la poser risque de se couvrir de ridicule.
La question est : comment sait-on que le programme7 est gntique ? Dans la
littrature, on trouve trois types de rponse cette question :

a) On considre quun caractre est gntique si une diffrence dans un gne, les
autres choses tant suffisamment gales par ailleurs, est la cause dune diffrence
dans le caractre. Dans ce sens, loppos dun caractre gntique est un carac-
tre environnemental o une diffrence dans un caractre est imputable une
diffrence dans lenvironnement, les gnes tant suffisamment gaux par ailleurs.
b) On considre quun caractre est gntique sil est inn , cest--dire sil est
invariant au sein dune espce.
c) Le soma dun organisme multicellulaire est form par le processus de lontogense.
Au cours de ce processus, les cellules issues des divisions successives de luf
fertilis se diffrencient progressivement. Chez les animaux, lissue de la gastru-
lation se forment trois types de cellules : lendoderme, lectoderme et le msoderme.
Par la suite, lendoderme donne lieu aux cellules de lestomac et du tract intestinal ;
lectoderme donne lieu aux cellules de la peau et du tissu nerveux ; le msoderme
donne lieu aux muscles, aux os et au sang. Or, on sait qu la suite des divisions
mitotiques, les gnes de toutes les cellules sont identiques. Par consquent, si de
telles diffrences se produisaient entre des individus diffrents, on naurait aucune
hsitation les qualifier de diffrences environnementales (voir (a) ci-dessus).
Mais ds que ces diffrences se produisent lintrieur dun seul organisme au
cours de son ontogense, on dclare quelles sont gntiques pour la seule
raison, semble-t-il, que lontogense est cense rsulter du dploiement du
programme gntique .

Chacune de ces raisons, prise sparment, peut tre examine et pourrait ven-
tuellement tre recevable. Mais avant mme de discuter plus en dtail chacune de ces
trois raisons ce que lon fera , il est remarquer quelles sont totalement incoh-
rentes entre elles. On ne peut pas sappuyer sur une dfinition qui ne fait sens que si
des caractres sont variables comme en (a), et en mme temps faire fond sur des
phnomnes dinvariance comme en (b). Quant la dfinition (c), elle est en contra-
diction directe avec (a). Le fait mme que ces incohrences passent gnralement
inaperues est dj troublant, et indique que le roi du royaume nodarwinien nest
peut-tre pas aussi bien habill quon le croit8.
Regardons donc de plus prs chacune des raisons habituellement donnes pour
considrer que le programme est gntique.

7. Si programme il y a. Nous reviendrons sur cette question dans la section suivante, o nous
examinerons plus en profondeur la question de lontogense.
8. Comme dans la blague, celui qui dit : Ta vieille machine, je te lai dj rendue en bon tat, dailleurs
elle tait dj casse quand tu me la file, dailleurs tu ne me la jamais prte en rajoute trop et nest
manifestement pas net.
02.Stewart Page 43 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 43

La dfinition (a) de ce qui est gntique et de ce qui ne lest pas est parfaitement
cohrente avec tout ce que nous avons dit de la gntique mendlienne au chapitre 1,
et nous allons la retenir ici.
La dfinition (c) est directement contradictoire avec (a), et nous pouvons la rejeter
sans autre forme de procs. On remarquera que, de toute faon, elle est vicie par une
circularit : elle revient dire que le programme gntique est gntique parce quil
est gntique.
La dfinition (b) nest pas compatible avec lpistmologie foncirement diffren-
tielle de la gntique mendlienne. En effet, il faut quil y ait des variations dans un
caractre observable pour que lon puisse faire une analyse de variance, et attribuer ces
variations soit des diffrences gntiques, soit des diffrences environnementales.
Si le caractre en question est invariant, cela ne veut pas dire quil est gntique ,
ni dailleurs quil est environnemental , mais tout simplement que la distinction
gntique versus environnemental na plus de sens.
Ce point a donn lieu tant de confusions quil mrite un approfondissement.
On dfinit lhritabilit dun caractre comme la proportion de la variation totale
qui provient de diffrences gntiques. Ainsi, si les variations sont principalement
dues des diffrences gntiques, lhritabilit sera proche de 1,0 ; par contre, si les
variations sont dues des diffrences environnementales, lhritabilit sera proche
de 0. Or, lhritabilit nest pas une bonne proprit dun caractre donn, car elle
dpend de la population considre. Ainsi, un mme caractre peut avoir une hrita-
bilit soit proche de 1, soit proche de 0, suivant la population en question. Prenons
lexemple du caractre couleur de la peau chez les tres humains. Si la population
provient dune hybridation entre des Africains noirs et des Europens blancs, et que
tous les membres de cette population vivent dans un milieu relativement constant,
les variations de la couleur de la peau au sein de cette population seront presque en-
tirement gntiques et lhritabilit sera proche de 1. Par contre, si la population
est racialement homogne (par exemple, tous les individus sont des Europens), mais
quil se trouve que certains individus se sont exposs au soleil plus de dautres de sorte
que certains sont bronzs et dautres pas, les variations de la couleur de la peau
au sein de cette population seront presque entirement environnementales ; par
consquent, lhritabilit de ce mme caractre sera proche de 0.
En fait, si lon veut dcrire les diffrents caractres dun organisme par une
proprit qui est stable et qui ne dpend pas de la population particulire que lon
observe, il ne faut surtout pas prendre lhritabilit. Un bien meilleur candidat est la
distinction entre des caractres qui sont plastiques (cest--dire quil est relativement
ais de les faire varier) et dautres qui sont immuables . Nous reviendrons sur ce
point loccasion de notre discussion de lontogense. Pour le moment, prenons
simplement des exemples. Chez les tres humains, il nest pas rare de trouver des
individus qui psent moins de 50 kg, alors que dautres psent plus que 100 kg ; ainsi,
02.Stewart Page 44 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

44 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

le caractre poids est plastique car il varie facilement dun facteur deux. Par
contraste, le caractre nombre de doigts est assez immuable : presque tout le monde
a 10 doigts ; il est trs rare de trouver un individu avec 9 ou 11 doigts, et mme dans
ce cas il sagit gnralement dun accident manifestement exceptionnel. Or, si un
caractre est plastique, dans une population naturelle o il existe la fois des diff-
rences gntiques et des diffrences environnementales, il est probable que les deux
provoqueront des diffrences dans le caractre de sorte que lhritabilit de celui-ci
sera de lordre de 50 %. Par contre, si le caractre est immuable, ni des diffrences
gntiques ni des diffrences environnementales ny provoqueront des variations, de
sorte que son hritabilit ne sera ni grande ni petite, mais 0/0, cest--dire indtermine.
Comme nous lavons dj dit, tout ce qui est invariant tombe dans la tache aveugle
de la gntique. La conclusion est claire : ds que lon veut employer le concept de
programme gntique pour expliquer les rgularits et les invariances, il ne reste
plus aucune raison valable pour considrer que le programme est gntique9.

Linformation
En faisant le bilan jusquici, on constate que les difficults saccumulent bien
autour de la question des invariances au cours de lontogense. Afin de pousser plus
loin notre analyse critique, il est utile de remarquer que la notion dun programme
gntique tire une grande partie de son attrait et de sa lgitimit apparente de sa
proximit avec le concept de programme en informatique. En effet, un programme
informatique dirige bel et bien un ensemble de calculs raliss par un ordinateur. Les
liens conceptuels et les emprunts (rciproques dailleurs) entre la biologie molculaire
et la cyberntique sont bien connus [Morange, 1994 ; Jacob, 1970, 1981]. En particulier,
les notions de transmission et de traitement de linformation jouent un rle cl dans
les deux domaines. Il convient donc dexaminer de plus prs les fondements pistmo-
logiques de ce concept d information , afin de dgager ses conditions de validit.
Comme mot de la langue, le terme information est trs polysmique. Ainsi,
on parle des infos de 20 heures la tlvision (ou la radio), des informations
recherches par des espions ou des services secrets. On parle douvrir une information
dans un contexte judiciaire (instruction) ou policier (enqute). Beaucoup plus bana-
lement, les services dinformation la gare renseignent sur les horaires des trains
et leurs ventuels retards. En franais, ltude des ordinateurs sappelle informatique .

9. Grce la gntique molculaire, et notamment au squenage, on peut remplacer une diffrence


qui ne se repre que par un effet au niveau du phnotype, par une diffrence directe au niveau du
gnotype. Cette nouveaut majeure de la gntique molculaire ne fait que renforcer le divorce
entre gntique et biologie qui est le thme principal de ce livre. En effet, partir du moment o le
gnotype est dfini directement au niveau de lADN, il ny a plus rien qui puisse le connecter au
phnotype de lorganisme entier. En particulier, pour ce qui nous concerne ici, le programme
cens diriger les rgularits de lontogense peut moins que jamais tre considr comme
gntique . La porte de cette restriction nest gure alttnue par lextension au niveau des
protines. Voir pages 88-91.
02.Stewart Page 45 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 45

Et, comme nous lavons vu, en biologie nodarwinienne, on parle des informations
gntiques . Or, la science saccommode mal de ce genre de polysmie ; il est donc
important de donner ce terme information une dfinition beaucoup plus prcise
et rigoureuse. Cest ce que permet la thorie de Shannon et Weaver.
Cette thorie se base sur le schma dun metteur qui met un message lintention
dun receveur. Dun point de vue formel (qui est videmment tout fait cohrent ici, car
la gntique mendlienne est aussi un cadre thorique formel), le message consiste
en une chane de symboles, pris dans un alphabet fini (par exemple A1, A2, A3, ... An).
On peut alors donner une dfinition prcise et quantitative de la quantit dinformation
dans un message. Lide de base est la suivante : on considrera que la quantit
dinformation est dautant plus grande que la probabilit du message est faible. Cela
correspond assez bien lintuition : si vous me dites il y a eu des embouteillages sur
lautoroute A6 lentre de Paris ce matin (vnement dont la probabilit a priori
tait trs leve), vous ne mapportez pas beaucoup dinformation ; mais si vous me
dites il ny a pas eu dembouteillages sur lautoroute , ce sera une information impor-
tante. Appliqu aux symboles dun message, cela permet dcrire mathmatiquement :

I = 1/pi , o I est la quantit dinformation et pi la probabilit du symbole Ai. Pour


une suite de symboles A1, A2, A3, etc., si lon considre que la probabilit de chaque
symbole est indpendante de celles qui le prcdent et qui le suivent, nous avons :

I = (1/p1) (1/p2) (1/p3)...

Il est usuel de recourir des logarithmes, ce qui transforme les multiplications en


sommes (ce qui signifie que la quantit dinformation apporte par un vnement
certain, dont la probabilit est 1.0, est nulle) :
I = ! log(pi)

Puisque chaque symbole Ai apparat avec une frquence pi , lefficacit dun systme
de communication est donne par la formule10 :
I = ! pi log(pi)

Cette formule est dune trs grande utilit pour les ingnieurs des tlcommuni-
cations, dont le travail consiste en grande partie optimiser le flux des informations
ainsi dfinies. On remarquera que, dans ce contexte, un acte de communication com-
porte trois parties : i) lmission dun signal, ii) le transport (physique) du message de
lmetteur au rcepteur, et iii) la rception du signal. Or, dans le cas (gnral) o le
signal mis nest pas directement perceptible comme tel par le rcepteur, il faut
encoder le signal dans une forme propice sa transmission distance, et ensuite dcoder

10. Cette formule est mathmatiquement quivalente celle employe en mcanique statistique pour
dfinir lentropie dun systme physique. Cette quivalence a donn lieu une abondante littra-
ture sur une ventuelle ralit physique de linformation , qui permettrait aux systmes
dynamiques de rsister une tendance vers le dsordre . Je ne rentrerai pas dans ces questions
ici.
02.Stewart Page 46 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

46 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

le message pour restituer le signal initial. Par exemple, le code Morse consiste encoder
les lettres de lalphabet habituel en bips brefs ou longs ( S cod ... , O cod
_ _ _ , etc.), forme adapte sa transmission par une radiophonie relativement rudi-
mentaire. Pour le tlphone, les ondes sonores de la voix doivent tre encodes (par
un microphone) sous forme de variations dintensit dun courant lectrique, ce qui
permet sa transmission par des fils conducteurs, avec dcodage par un haut-parleur.
Il en est de mme pour les missions de radio ou de la tlvision.
Ce qui est noter, cest que toutes ces oprations sont purement formelles, cest-
-dire quelles ne prennent absolument pas en compte laspect smantique (ventuel)
du message en cause. Mais ds lors, la question est pose : comment se fait-il que la
communication ainsi dfinie possde quand mme un sens, quelle veuille dire
quelque chose ?
Lopration de base de la smantique formelle (hrite du programme de
recherche sur les fondements des mathmatiques initi par Hilbert) consiste mettre
en place un systme de correspondances, terme terme, entre les symboles, dune
part, et leurs rfrents , dautre part. Appliquons ce schma la situation qui nous
intresse ici, savoir la communication par voie de transmission dinformations. Il
faut que lmetteur dispose dune manire de catgoriser les situations dans le monde
qui font sens pour lui ; et ensuite, dune manire dencoder la situation dans laquelle
il se trouve sous forme dune chane de symboles. Or, pour que les interlocuteurs
puissent comprendre smantiquement quoi que ce soit par leur acte de communication,
le rcepteur doit partager la mme manire de catgoriser les situations du monde, et
il doit aussi partager la mme manire de les encoder/dcoder dans des chanes
symboliques. Toute la question est alors de savoir par quel genre de processus les inter-
locuteurs peuvent en venir partager leurs systmes de catgorisation et de codage.
Cette question est dautant plus redoutable quen temps normal, quand la
communication fonctionne plus ou moins bien (cest--dire quand il ny a pas de
mcomprhension flagrante), le fait que la communication smantique dpende
radicalement de cette mise en commun disparat de la conscience des interlocuteurs.
Leur attention et cest tout fait normal est tout entire focalise sur laspect
variable des messages ; cest bien cela qui est intressant, qui contient en effet des
informations. Prcisment parce que les systmes de catgorisation et de codage sont
invariants, on les prend comme allant de soi, et on ne leur accorde aucune attention.
Toutefois, dun point de vue scientifique, cette tache aveugle est dune impor-
tance capitale. Une premire raction, quand on pose la question presque impensable
de savoir comment la mise en commun a t ralise, est de suggrer quil y a eu une
communication justement ce propos. Cependant, la rflexion montre que cela nest
pas possible. En effet, pour communiquer (dans le sens prcis que nous dfinissons
ici) propos dune manire de catgoriser, il faudrait quil y ait une mta-catgorisation
partage... des manires de catgoriser, et un systme de codage correspondant. Mais
alors, il faudrait quil y ait une mta-mta-catgorisation partage... Le problme ne
02.Stewart Page 47 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 47

fait que saggraver, dans une fuite vicieuse linfini. Mieux vaut confronter le problme
la base ; mais cela veut dire que la question initiale est carrment pose, savoir
comment une mise en commun des systmes de catgorisation et de codage a t
ralise sans recours un systme de transmission dinformations dj mis en place.
Que deviennent ces considrations quand le concept nomade de linforma-
tion migre de son domaine dorigine, celui de lingnierie des tlcommunications et
de linformatique thorique, pour se dployer dans le domaine de la biologie no-
darwinienne ? On constate quelles gardent toute leur pertinence. Tout dabord, au
niveau du rle des gnes dans la synthse des protines, on constate que le schma
shannonien sapplique bien. Il existe, en effet, un code gntique qui spcifie les
relations entre les squences de nuclotides dans lADN, et les squences des acides
amins dans les protines. Plus prcisment, une squence de 3 nuclotides (ce que lon
appelle un codon ) spcifie un acide amin dtermin. Puisquil y a 4 nuclotides
(A, T, G et C), il y a 4 4 4 = 64 codons diffrents ; cest un peu plus quil nen faut
pour coder les 22 acides amins employs par le mtabolisme de tous les organismes
terrestres, de sorte que le code gntique est partiellement redondant.
Bien videmment, ce code doit tre invariant ; et la question se pose de savoir
comment le code lui-mme est tabli. Dans le cas prsent, on remonte dun niveau
car le code gntique dpend de molcules appeles ARN de transfert , et la
synthse des ARN-t est elle-mme (partiellement) code . Mais cela ne fait que
repousser le problme, car il faut alors se demander comment ce mta-code lui-
mme est tabli. On arrive, fatalement, un niveau o les codes et mta-codes
dpendent de structures dont lorganisation est et doit tre invariante, mais dont
linvariance nest pas et ne peut pas tre code dans les gnes. En loccurrence,
cette organisation invariante est celle dune cellule vivante, avec sa membrane et
des relations prcises entre ses composants (dont des ribosomes et des chromosomes).
La question se pose, videmment, de savoir comment cette organisation invariante
peut tre produite et maintenue, si elle ne peut pas tre code dans les gnes.
Cest une question tout fait fondamentale, et nous y reviendrons dans la section
pages 71-73 consacre lautopose. Pour le moment, nous retiendrons seulement
que la notion de programme gntique rencontre dj des limites quand il sagit
de savoir comment les gnes contribuent dterminer la squence linaire des acides
amins dans les protines.
Or, sous limpulsion du schma weismannien, la notion de programme gntique
va bien au-del dune spcification des acides amins dans les protines. Selon les termes
de Franois Jacob, les informations dans les gnes sont aussi des instructions :
Ce sont les plans darchitecture du futur organisme. Ce sont aussi les moyens de mettre ces
plans excution et de coordonner les activits du systme. Or, ce que Jacob ne voit pas,
cest que pour que des informations deviennent des instructions , il faut une ins-
tance dinterprtation, et pour que des instructions soient mises excution ,
il faut une instance capable de les raliser matriellement (ce dont les gnes eux-mmes
02.Stewart Page 48 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

48 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

sont manifestement incapables). La raison pour laquelle Jacob ne voit pas ces instances
dinterprtation et de mise en uvre matrielle, cest quelles sont (et doivent tre)
invariantes. Il convient donc de les identifier explicitement.

Les invariances invisibles dont dpend le programme gntique


Ce thme est bien trop vaste pour quon puisse prtendre le traiter de faon
exhaustive. Nous allons donc nous contenter de lillustrer par deux exemples : la
structure tridimensionnelle de lhmoglobine et les algorithmes gntiques .
Les molcules dhmoglobine, qui sont les principaux composants des globules
rouges du sang, possdent la proprit trs particulire dattacher mais aussi de relcher
des molcules doxygne avec une grande facilit. Cette proprit, purement physico-
chimique, est dune grande signification biologique car cest elle qui permet aux
globules rouges de remplir leur fonction de transport de loxygne des poumons vers
les tissus. Les dterminants de cette proprit rsident-ils dans les gnes ?
Lhmoglobine est une protine et, comme pour toutes les protines, il est vrai
que dans des conditions normales la squence linaire des acides amins qui constitue
la structure primaire de la protine est littralement code par la squence de
nuclotides dans le gne correspondant. Cependant, la proprit qui nous intresse
dpend non pas de cette structure primaire en tant que telle, mais de la manire dont
cette chane linaire dacides amins se replie sur elle-mme pour former la structure
tridimensionnelle de la molcule. Fait noter tout particulirement, cette structure
est telle que des atomes de fer viennent sy loger. Ceci est tout fait essentiel, car ces
atomes, avec les deux formes Fe++ et Fe+++, jouent un rle primordial dans la capacit
de la molcule lier loxygne. Or la configuration replie de la chane dacides amins
dpend radicalement du milieu dans lequel se trouve la molcule. Par exemple, en
milieu aqueux (ce qui reprsente le cas normal), des acides amins hydrophobes
sattirent rciproquement et forment des nuds qui maintiennent une certaine
structure tridimensionnelle en place. Mais en milieu aromatique (par exemple, dans
du benzne), il en serait autrement et la molcule prendrait une tout autre configu-
ration. Dans ces conditions, on comprend quil ny a pas de squence de nuclotides
identifiable qui encode le fer. La proprit significative de lhmoglobine dpend
dun gne, certes, mais elle dpend tout autant de certaines proprits physico-
chimiques de la matire : celles de leau, dune part, et des matires grasses de lautre,
qui tablissent ensemble la polarit hydrophile-hydrophobe, celles de latome de fer
avec une certaine taille et une valence variable, et ainsi de suite. Or, ces proprits
physico-chimiques de la matire sont prcisment invariantes.
Si lon essaie dtendre lemprise de linformation gntique au-del de la seule
squence dacides amins pour inclure les proprits biologiques de la molcule
dhmoglobine, il faudrait prendre en compte lensemble de ces aspects invariants.
02.Stewart Page 49 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 49

Autrement dit, si lon tient absolument dire que lhmoglobine en tant que mol-
cule biologique est dtermine par des informations , il faudrait admettre que ces
informations ne sont pas localises exclusivement dans les gnes ; elles seraient alors
distribues entre les relations de tous les lments matriels qui entrent en interaction
pour dterminer les proprits de la molcule. Mais cette voie nest gure recomman-
dable, car elle reviendrait vider le concept dinformation de son sens. Il vaut mieux
reconnatre, plus simplement, que linformation gntique ne dtermine pas tout.
La deuxime srie dexemples qui illustrent limportance des invariants, pour rendre
possible lencodage dinformations gntiques, est celle des algorithmes gntiques .
Inspirs heuristiquement par le schma nodarwinien lui-mme, ce qui les rend
particulirement pertinents pour notre propos, les algorithmes gntiques sont
une technique dveloppe dans le domaine de la vie artificielle , et employe avec
succs dans un certain nombre dapplications en ingnierie. On peut prendre comme
premier exemple le problme consistant mettre au point un rseau de neurones
artificiel pour piloter un robot autonome, en reliant les entres sensorielles aux
commandes envoyes aux moteurs. Lide de base consiste coder des variations
dun certain nombre de caractres dans notre exemple, le nombre de neurones
et les poids des connexions synaptiques des neurones entre eux et avec les entres et
sorties dans un gnome artificiel compos dune srie de 0 et de 1. chaque
gnotype une srie dfinie de 0 et de 1 correspond un rseau de neurones
particulier. Ltape suivante consiste placer ce rseau dans un robot rel ou, le plus
souvent, simul avec des capteurs sensoriels et des effecteurs (par exemple, des
roues actionnes par des moteurs), et de lcher le robot dans une arne. Le robot
va alors se dplacer dune certaine manire dans larne, ce qui gnre un comportement.
Ensuite, on tablit un calcul permettant dattribuer un score chaque compor-
tement, ce qui revient dfinir (implicitement) un comportement idal. Dans le cas
que nous prsentons ici, tir des travaux du groupe COGS de luniversit du Sussex
[Husbands et alii, 1994], les exprimentateurs avaient trac sur le mur de larne un
triangle et un rectangle. Afin dobtenir un bon score, le robot plac au centre de larne
avec une orientation alatoire devait se diriger vers le triangle, mais pas vers le
rectangle. Tout est maintenant en place pour procder un volution artificielle .
On commence avec une population de robots (par exemple, une centaine) ayant des
gnotypes alatoires. chaque gnration, on prend les robots ayant eu les meilleurs
scores (par exemple, 20 % de la population) et on utilise leurs gnotypes pour gnrer
ceux de la gnration suivante. Ces nouveaux gnotypes ne sont toutefois pas tous
de simples copies des anciens : on introduit une certaine proportion de nouveaux
gnotypes, dune part, par recombinaison entre les anciens et, dautre part, par
mutation (un 0 est transform en 1, ou vice versa). Cela correspond tout fait
lesprit du schma nodarwinien, dune volution par variation alatoire des gnes et
slection des phnotypes.
02.Stewart Page 50 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

50 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

v1
G+

G-
v2

Entres
visuelles D+

D-

Sorties
motrices

Figure 8. Un exemple des rsultats aprs une volution artificielle


par algorithmes gntiques, chez des robots autonomes
En haut, on voit le rseau de neurones reliant les entres sensorielles (v1 et v2, gauche)
et les sorties motrices (les commandes sur les moteurs : G+, G-, D+ et D-, droite sur la
figure). Larchitecture de ce rseau est bizarre , et trs diffrente de ce quaurait invent
un ingnieur humain. En bas, on voit le comportement dun robot ayant cette architecture
de commande : le robot se dirige efficacement vers le triangle (mais non vers le rectangle),
quelle que soit sa position de dpart.

Les rsultats de ces expriences taient souvent trs intressants. Dans lexemple
que nous avons cit, les robots de la premire gnration faisaient un peu nimporte
quoi , et leurs scores taient assez bas. Mais au bout de 200 gnrations, la popu-
lation convergeait vers des robots ayant tous des scores levs. Qualitativement, leur
comportement correspondait bien ce que lon pouvait attendre : placs initialement
un endroit quelconque, ils se dirigeaient vers le triangle. Fait intressant, les archi-
tectures des rseaux de neurones des robots volus semblaient, premire vue,
bizarres et trs diffrentes de celles quauraient inventes des ingnieurs humains,
bien que, par une analyse rtrospective, il ft possible de comprendre comment
larchitecture en question gnrait effectivement le comportement observ. Autre
fait encore plus intressant : si on rptait lexprience un certain nombre de fois,
02.Stewart Page 51 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 51

partir de populations initiales diffrentes, on obtenait gnralement en fin dexp-


rience une population de robots avec de bons scores, mais les solutions ntaient pas
les mmes dune exprience lautre. Par exemple, dans lune des expriences, les robots
volus taient borgnes , nutilisant les entres que de lun de leurs deux capteurs.
On retrouve ici une proprit bien connue de ce que les ingnieurs appellent les
problmes inverses : le comportement dsir est bien spcifi ; partir dune
structure donne, on sait dduire rapidement le comportement fonctionnel qui en
rsulte, mais il nexiste aucun moyen direct permettant de remonter du compor-
tement dsir vers une structure qui va le produire. Les problmes inverses possdent
une proprit incommode : il ny a aucune garantie quune solution existe ; mais sil
en existe au moins une, il y en a probablement une pluralit sensiblement quivalentes.
Autrement dit, ce sont des problmes qui ne possdent pas une solution unique
optimale. Pour les problmes commodes, ayant une seule solution, les mthodes
classiques (dites remonte de gradient ) sont efficaces ; mais face des problmes
inverses, ces mthodes classiques scroulent. La technique des algorithmes gntiques,
par contre, fonctionne bien sur ces problmes inverses par ailleurs si incommodes, ce
qui explique son utilit pour les ingnieurs.
Mais revenons la biologie. Quelle est la signification de ces expriences dvolution
artificielle par algorithmes gntiques pour la question qui nous intresse, savoir la
critique du schma nodarwinien ? La rponse est simple : elles illustrent merveille
limportance cruciale de tout ce qui est invariant pour que lvolution nodarwinienne
puisse avoir lieu. Faisons la liste de tout ce qui, dans ces expriences, est invariant
et qui doit ltre.
i) Tout dabord, il y a lexistence mme dun rseau de neurones. En effet, il ny a
rien, dans la squence de 1 et de 0 constituant le gnotype , qui spcifie que ce
dernier doit coder un rseau de neurones.
ii) Ensuite, il y a le code lui-mme : la manire de mettre en correspondance
chaque gnotype possible avec un rseau de neurones bien spcifi.
iii) Lexistence mme dun robot, et le fait que le rseau de neurones se situe dans
un robot avec comme fonction de relier les entres sensorielles aux sorties de
commande des moteurs.
iv) Le fait que chaque robot se situe dans un environnement, et que sa structure va
gnrer un comportement.
v) Le choix dun critre permettant dattribuer un score au comportement.
vi) La mise en place de tout le dispositif permettant le droulement effectif du
processus dvolution ; notamment, la reproduction chaque gnration dune
population de robots, et les rgles qui en spcifient les modalits.

Or, ce qui est patent dans les expriences dvolution artificielle employant des
algorithmes gntiques, cest que tous ces aspects invariants sont assurs par un deus
ex machina, savoir lingnieur humain. En particulier, on notera que cest lingnieur
02.Stewart Page 52 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

52 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

qui fabrique les robots (rels ou simuls) avec leurs rseaux de neurones. Ce qui est
apport par linformation gntique la spcification des valeurs prcises de certains
paramtres variables naurait plus aucun sens sil tait coup des processus matriels
de fabrication qui, dans ces expriences portant sur lvolution artificielle, sont trs
clairement assurs par ailleurs. On commence alors mesurer lampleur de tout ce qui
tombe dans la tache aveugle de la gntique dans le cas de lvolution naturelle
des organismes vivants ; car dans ce cas, videmment, il ny a nul deus ex machina
pour accomplir les processus de fabrication. La seule solution possible (qui soit compa-
tible avec une dmarche scientifique, ne faisant pas appel aux miracles sentend) est
de prendre en compte le fait que les organismes vivants sont des entits ayant la
proprit trs particulire de se fabriquer eux-mmes. Cest trs prcisment l o Jacob
se trompe quand il dit que les informations gntiques sont aussi les moyens de
mettre ces plans excution . Il attribue alors aux gnes un pouvoir magique quils
nont pas et quils ne peuvent avoir. Quant savoir comment un organisme vivant
entier (dont les gnes ne sont que des composants) peut se fabriquer lui-mme (et,
partant, interprter les informations rellement codes dans les gnes), cest LA
question fondamentale de la biologie, question dont la gntique ne reconnat mme
pas lexistence. Nous y reviendrons la section pages 71-75 consacre lautopose.
Ce point fondamental est mis en vidence avec une telle clart par les expriences
dvolution artificielle par algorithmes gntiques, quavant de poursuivre il sera ins-
tructif de lillustrer par deux exemples supplmentaires plus proches de la biologie.
Tous ceux qui ont ralis de telles expriences savent bien que leur russite ou non
dpend essentiellement de lart avec lequel les points i) vi) ci-dessus sont mis en
uvre ; en gros, le choix de ce quil y a encoder, et le choix dun code. Ces points ne
peuvent tre eux-mmes encods, car ils sont la condition de possibilit en amont de
tout code. Les exemples suivants en donnent des illustrations concrtes.
Le premier exemple provient du travail de Karl Sims (1994). Le but de Sims tait
de produire des cratures virtuelles , ayant des corps composs dun certain nombre
de blocs , articuls par des joints flexibles et anims par des muscles sous le
contrle de circuits neuronaux . Ces cratures taient alors plonges dans un
milieu simul par une physique raliste, tel que leau ou une surface solide. Elles
taient alors slectionnes pour leur capacit raliser certaines tches, telles que
nager, nager la poursuite dune source lumineuse, se mouvoir sur une surface, sauter
sur une surface, ou sapproprier une cible en comptition avec une autre crature.
Quelques exemples sont prsents dans la Figure 9.
Ces expriences ont produit des ensembles de cratures aussi fascinantes
qutonnantes. Certaines formes taient familires, comme un poisson avec des
nageoires ou une raie. Dautres cratures taient efficaces dans laccomplissement de
leur tche, mais leurs formes et leur style de mouvements taient bizarres et
totalement inhabituels. Cette prolifration exubrante de formes rappelle fortement
celle qui sest produite chez les premiers animaux multicellulaires lpoque de
02.Stewart Page 53 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 53

Trois exemples
Trois exemplesde
de robots marcheurs
robots marcheurs

Un
Un sauteur
sauteur
Deux
Deuxnageurs
nageurs

Daprs Sims K., 1994 - 2 - [VII-62]

Figure 9. Quelques cratures de Sims, slectionnes pour leur capacit


avancer dans un milieu simul

lexplosion cambrienne . En effet, comme la soulign Gould (1991), il y avait


cette poque un grand nombre de formes exprimentales , dont seule une fraction
a survcu pour nous devenir familire aujourdhui. En cohrence avec cela, le style
que Sims a adopt pour prsenter ses rsultats tait celui de lhistoire naturelle. Le but
de ces expriences ntait pas de produire une forme unique optimale , mais plutt
une diversit de solutions un but pour lequel, comme nous lavons dit, la technique
dvolution par algorithme gntique est particulirement approprie.
Ainsi, lintrt de ces expriences ne rside pas dans lvolution des gnotypes
eux-mmes en tant que tels, non interprts, ils nont gure de signification mais
bien plutt dans la diversit des formes et comportements des cratures , autrement
dit des organismes . Mais ce que lon retiendra surtout ici, cest que la russite de
Sims manifeste et impressionnante provient de ses qualits dimagination, de
crativit et de sret de jugement dans ses choix concernant : a) la manire de dfinir
et dengendrer les formes et fonctionnalits de ses cratures, et b) la manire dencoder
les diverses formes possibles dans des gnotypes . Or ni (a) ni (b) ntaient eux-
mmes cods ; ils navaient pas besoin de ltre car ils taient invariants pour chaque
srie dexpriences ; et ils nauraient pas pu ltre, sans entrer dans une rgression
linfini qui naurait fait que compliquer (inutilement) la tche.
Le deuxime exemple est celui des Biomorphs invents par Dawkins, et prsents
pour la premire fois dans son livre LHorloger aveugle [Dawkins, 1986]. Cet exemple
est particulirement piquant dans la mesure o Richard Dawkins se prsente volontiers
lui-mme comme un chantre de la thorie de lvolution, quil interprte selon les
02.Stewart Page 54 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

54 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Biomorphe de base avec huit embranchements

Nol F117 Reine des araignes

Arbre Furieux Insecte

Figure 10. Quelques exemples des biomorphes que Dawkins


a produits par volution artificielle
Sur des bases simples, on obtient des rsultats diversifis et vocateurs
de formes biologiques.

canons du nodarwinisme le plus strict. En effet, dans son clbre livre Le Gne goste,
il se livre la provocation consistant relguer les organismes un rle subalterne.
Selon lui, les organismes ne sont que le moyen invent par les gnes pour mieux se
reproduire. Lironie, cest quavec ses biomorphes, il exhibe de faon exemplaire ce
que lui-mme ne voit pas.
En effet, les biomorphes sont des entits qui, mme si elles sont purement statiques
et ne prsentent pas les comportements dynamiques des cratures de Sims, possdent
nanmoins des morphologies riches qui rappellent effectivement celles des organis-
mes vivants. Lobjectif initial de Dawkins tait de gnrer des formes darbres, partant
dun tronc avec des branches et sous-branches. Or, lutilisation de Biomorph a
rapidement montr que lalgorithme ntait aucunement limit la ralisation de
diffrents arbres (sapin, pommier...), mais que lon pouvait gnrer toutes sortes de
formes, biologiques ou non. Dawkins a ainsi t trs surpris de dcouvrir un biomorphe
insectode avant de voir apparatre des avions, des chauves-souris, des candlabres...
02.Stewart Page 55 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 55

La russite de Dawkins, mme si elle est moins riche que celle de Sims, est nan-
moins impressionnante. Mais ce dont Dawkins lui-mme ne sest apparemment pas
rendu compte, cest que sa russite provenait de deux facteurs : a) le choix dune faon
astucieuse de gnrer les formes, et b) la manire dencoder par une combinatoire (dans
un gnotype 9 dimensions) les 500 milliards de formes possibles. Contrairement
ce que semble penser Dawkins, ni (a) ni (b) ntaient cods dans les gnotypes
de ses biomorphes ; il a t (pour une fois) trop modeste, car cest lui avec sa crativit
dtre humain qui a invent les invariants de ses biomorphes, y compris la manire
de les matrialiser en utilisant la prothse quest un ordinateur avec un cran. Faut-il le
dire, ces aspects qui sont tombs dans sa tache aveugle ne rsident pas non plus de
faon code dans les gnes de Dawkins lui-mme.

Conclusions : la gntique nest pas une science de lhrdit


Lanalyse critique que nous avons mene dans les sections prcdentes consolide
un certain nombre de conclusions, la fois positives et ngatives.
Positivement, elle confirme :
lidentification de la nature diffrentielle de la gntique et, partant, du cadre no-
darwinien ;
la trs grande cohrence de ce cadre, avec ses prolongements dans la biologie mol-
culaire et ses affinits lectives avec la cyberntique et les thories de linformation.

Ngativement, elle confirme que ce qui manque la gntique, quelle soit men-
dlienne ou molculaire, est bien ce qui touche aux aspects invariants (et qui doivent
tre invariants pour que linformation code dans les gnes existe et fasse sens). Il peut
tre utile de rsumer cela par une formule : contrairement ce que lon prsuppose
habituellement, la gntique nest pas une science de lhrdit.
Il est vrai que la gntique est parfaitement adquate en ce qui concerne la trans-
mission de gnration en gnration de certaines diffrences phnotypiques qui
peuvent tre codes par des diffrences gntiques. Et il est vrai aussi que pour la thorie
darwinienne de lvolution, o laccent est mis sur la slection naturelle et in fine sur
la reproduction diffrentielle, la gntique est parfaitement pertinente do son
intgration dans le schma nodarwinien. Mais un niveau plus fondamental,
lhrdit est en tout premier lieu une question de la reproduction non pas de diff-
rences, mais du mme au mme. Aucun organisme vivant actuellement prsent sur
la plante Terre nest le produit dune gnration spontane partir de la matire
inorganique. La grande rgle est que la vie provient de la vie ; chaque organisme vivant
est issu de la reproduction de ses anctres qui taient galement des organismes
vivants. Par exemple, un couple de chats produit une progniture, sous forme de
chatons, qui vont se dvelopper pour devenir des chats adultes qui ressembleront
02.Stewart Page 56 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

56 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

leurs parents. Comme Pasteur sest si soigneusement appliqu le dmontrer, la


mme rgle tient mme pour les microbes : ceux-ci ne surgissent jamais par gnration
spontane, mais toujours par la reproduction dautres microbes vivants qui les ont
prcds.
Il est important de souligner que cette observation le fait que la vie soit engen-
dre par la vie nest pas un point daboutissement, mais au contraire un point de
dpart. Elle renvoie la question : quest-ce que la vie, pour quelle puisse engendrer
la vie ? On verra plus tard, pages 69-78, que la cl de cette nigme rside dans le fait
quavant mme quil soit question dun engendrement de gnration en gnration,
chaque organisme vivant est un processus qui sengendre lui-mme dinstant en instant.
Mais revenons pour le moment notre critique des limites du schma nodarwinien.
Quand on met de ct la question des diffrences informationnelles ce qui est le
vritable domaine de prdilection de la gntique pour poser celle de la reproduction
lidentique, la pauvret extrme de ce schma saute aux yeux. En effet, que nous dit
le nodarwinisme pour rpondre cette question ? Sa rponse comporte deux parties :
(i) les gnes se reproduisent lidentique, (ii) le programme gntique contenu
dans les gnes engendre lorganisme. Examinons de plus prs chacun de ces deux
points.
En ce qui concerne (i), il est tout simplement faux de dire que les gnes se
reproduisent . Laisses elles-mmes, des molcules dADN dans un tube essai ne
se reproduisent pas11. Certes, elles peuvent tre copies, ce qui est une proprit
importante du point de vue de la thorie de linformation ; mais ce nest pas la mme
chose. Prenons une analogie un peu brutale. Un texte crit sur une feuille de papier
peut tre copi la main, sil sagit dune criture alphabtique, ou alors par une
photocopieuse. Cependant, cela ne reviendrait lesprit de personne de dire que le
texte se reproduit 12 car dans ce cas, on a trop conscience de la ncessit du dis-
positif qui effectue la copie. Mais au fond, il en est de mme pour lADN. Pour quune
molcule dADN soit copie, il faut tout un ensemble de conditions trs particulires :
des prcurseurs, une source dnergie, des enzymes spcifiques, et caetera, le tout dans
une configuration particulire. Dans la nature, ces conditions ne sont ralises que
dans le contexte dune cellule vivante. Autrement dit, pour que lADN puisse tre
reproduit, il faut quil y ait dj un organisme vivant.
En ce qui concerne le point (ii), les limites du schma nodarwinien en tant que
vritable explication dun processus dengendrement sont encore plus flagrantes.

11. En fait, comme Lewontin (2003) la fait remarquer, il y a peu de molcules biologiques qui soient
aussi chimiquement inertes que lADN. Cest bien ce qui explique le fait que lon puisse rcuprer
lADN des mammouths gels dans les glaces, des momies gyptiennes, ou aujourdhui partir de
quelques traces des fins criminologiques.
12. Mme si ce texte comprenait des instructions sur la manire de construire une photocopieuse, il
faudrait un ingnieur humain pour comprendre le texte, et surtout pour effectuer la construction
matrielle de la photocopieuse. Donc mme dans ce cas, il nest pas exact de dire que le texte se
reproduit.
02.Stewart Page 57 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 57

Comme nous lavons dit, la notion mme de programme gntique est lhritire
directe du schma weismannien illustr par la figure 7. Mais quand on se tourne vers
celle-ci pour demander une explication des processus par lesquels le plasma germinatif
peut engendrer le soma, on se rend compte quil sagit dune pure ptition de prin-
cipe, un diktat vide de tout contenu vritable. Cest peine si on prcise que ce
schma sapplique uniquement la reproduction sexuelle chez les organismes multi-
cellulaires : pour les organismes unicellulaires, la distinction entre une ligne germinale
et une ligne somatique, et la possibilit dune squestration de la ligne germi-
nale, nexistent mme pas13. Or, ds que lon reconnat explicitement que le schma
weismannien concerne en premier lieu les organismes multicellulaires, lexamen
mme le plus superficiel rvle immdiatement que le processus qui conduit du plasma
germinal au soma est celui de lontogense. En effet, la reproduction lidentique dun
organisme multicellulaire adulte passe par la formation dune cellule unique, luf
fertilis, qui se dveloppe pour former dabord un embryon, puis aprs la naissance
un jeune organisme, pour devenir enfin un adulte comme ses parents.
Or il est frappant (mais ce nest pas un accident) de constater que les nodarwi-
nistes naccordent pas beaucoup dimportance la biologie du dveloppement
[Saunders, 1993]. Certains, comme Dawkins (1976) et Maynard Smith (1982), affirment
sans ambages que le dveloppement na rien voir avec lvolution14. Cette position
a le mrite dtre cohrente ; mais il est clair quelle interdit demble de comprendre
comment un gnotoype peut engendrer un phnotype (pour employer les termes
modernes) ; et nous verrons plus en dtail par la suite quelle empche galement de
comprendre lvolution elle-mme. Beaucoup dautres nodarwinistes se sentent plus
gns et essaient de trouver un moyen de reconnatre limportance du dveloppement,
sans toutefois aller jusqu linclure dans leurs travaux. Par exemple, Dobzhansky et
alii (1977) crivent dans leur manuel que la biologie du dveloppement est un
domaine dune importance fondamentale pour ltude de lvolution et nen disent
plus un mot dans la suite de leur livre.
Les nodarwinistes voquent des arguments varis, mais en fin de compte ils
agissent tous de la mme manire : naccordant aucune attention lontogense, ils
cherchent expliquer lvolution purement en termes davantages slectifs. Mais en
voulant tout expliquer concernant les formes et les comportements des organismes

13. Faut-il le dire ? La notion de programme gntique qui est ici critique ne vaut pas mieux pour
les organismes unicellulaires que pour les organismes multicellulaires. La gntique bactrienne est
tout aussi diffrentielle que la gntique des organismes multicellulaires, et prsentent les mmes
limitations qui deviennent gnantes si elles ne sont pas correctement reconnues.
14. Mais on rappellera que quand il sagit dillustrer concrtement un processus volutif, avec ses
Biomorphs , Dawkins lui-mme a introduit un processus dveloppemental assez rduit peut-
tre, mais absolument vital pour sa propre dmonstration. Quand Maynard Smith, il fut un
temps o il crivit (1975) comprendre lvolution exige que lon comprenne le dveloppement ; mais il
semblerait quil ait chang davis par la suite.
02.Stewart Page 58 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

58 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

vivants par la seule slection naturelle, ils se mettent dans une posture fcheuse, car
ils sobligent eux-mmes trouver non seulement un avantage slectif tout ce qui
existe, mais aussi un dsavantage slectif tout ce qui nexiste pas. Pour prendre des
exemples caricaturaux mais clairs : comment expliquer quil nexiste pas de vaches
sautant par-dessus la lune, ni mme de cochons qui volent15 ? Pour le nodarwiniste,
lexplication serait la suivante : il y a bien eu des vaches sautant par-dessus la lune et
des cochons volants, produits par des mutations alatoires ; seulement, exprience
faite, le bilan cots-avantages sest avr dsastreux et ces animaux intressants ont
malheureusement t limins par la slection naturelle ! Lexplication autrement
plus parcimonieuse (mme si elle est un peu prosaque), selon laquelle de telles
cratures nont jamais pu exister pour tre soumises la slection naturelle, ne leur
est pas disponible. Ces exemples farfelus illustrent la difficult gnrique pour le no-
darwinisme bien grer le caractre alatoire de la variation sur laquelle opre la
slection naturelle. En fait, la notion mme de lalatoire ne fonctionne bien dans
un contexte scientifique que si lon peut dj, par ailleurs, donner une bonne spcifi-
cation de ce que sont les catgories entre lesquelles un processus probabiliste rpartit
les occurrences. Il est noter que cette contrainte est trs correctement satisfaite en ce
qui concerne les mutations gntiques elles-mmes : celles-ci ne sont pas quelconques,
mais correspondent une modification dans la squence des nuclotides A, T, C et
G. Le problme survient quand il sagit de spcifier les variations phnotypiques qui
correspondent ces mutations. Si on na pas dj prcis par ailleurs (a) la totalit des
formes possibles16 et (b) la manire dencoder ces diffrences par des diffrences gn-
tiques, la tche est impossible ; mais, comme nous lavons vu, ce sont prcisment
des aspects invariants sur lesquels la gntique na aucune prise.
Ces difficults ne samenuisent pas quand il sagit dexpliquer des formes qui exis-
tent rellement. Prenons un exemple, initialement d DArcy Thompson (cit par
Saunders, 1993) : imaginons que nous ayons expliquer la forme de la petite mduse
de la figure 11 ( gauche) :

15. Ces exemples appartiennent la culture anglaise. Le premier est tir dune chanson enfantine :
Hey diddle diddle/ The cat and the fiddle/ The cow jumped over the moon/ The little dog laughed/ To see
such fun/ And the dish ran away with the spoon . Le deuxime provient de lexpression When pigs
will fly , pour dsigner de faon ironique une ventualit nayant aucune chance de se produire ;
lquivalent en franais serait Quand les poules auront des dents .
16. Dans des travaux exemplaires, portant sur le nombre et lemplacement des apertures dans des
grains de pollen, Gouyon et ses collaborateurs (Ressayre et alii, 2002) se sont employs identifier
le mcanisme qui gnre de faon combinatoire le jeu complet des possibles, qui sont ici au nombre
de 32. Ce travail, qui en tant que tel ne doit rien la gntique, constitue un excellent pralable
pour une rintroduction approprie de la gntique sous la forme dune identification des diff-
rences gntiques qui peuvent alors rellement coder la ou les forme(s) de pollen produite(s)
par une plante donne.
02.Stewart Page 59 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 59

Figure 11. La production de formes naturelles


gauche, la mduse Cordylophora ; droite, une goutte de fioul tombe
dans de la paraffine.
Daprs DArcy Thompson

Lexplication nodarwinienne consistera identifier lavantage slectif apport


par cette forme actuelle, et par quelle squence de petites amliorations la mduse a
pu voluer partir dune forme ancestrale moins labore. La solution ne parat pas
immdiatement vidente ; mais supposons quen mettant lingniosit quil faut, le
nodarwiniste parvienne proposer un scnario relativement plausible.
Regardons prsent la partie droite de la figure 11, qui montre un objet ressemblant
remarquablement la mduse. Seulement, il ne sagit pas dun organisme vivant,
mais dune goutte de fioul quon a laiss tomber dans de la paraffine. Comment allons-
nous en expliquer la forme ? Srement pas par la slection naturelle de mutations
alatoires : une goutte dhuile na pas danctres, pas plus quelle na de gnome.
Lexplication est tout simplement quau moment o la goutte est entre dans la
paraffine, des forces physiques ont agi de telle manire quelle a pris cette forme
complique, sans que le processus soit inform de lextrieur.
Revenons maintenant la partie gauche de la figure. Est-ce que la forme apparem-
ment si labore de la mduse semble toujours le rsultat dun avantage slectif ?
Srement pas. Lessentiel de lexplication de cette forme rside tout simplement dans
02.Stewart Page 60 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

60 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

le fait quelle a pu tre produite par un processus physique relativement simple. Mais
que penser alors du scnario invent par notre nodarwiniste ? Il parat du coup futile
et superflu. Il est noter que du point de vue scientifique, le grand inconvnient de
ce genre de scnarios est quils sont pratiquement irrfutables ; mais du coup, ils ne
constituent quun faux-semblant dexplication. ses origines, le paradigme no-
darwinien avait lambition prcisment de surmonter ce genre de faiblesse dans le
darwinisme classique, comme le montre cette citation de lun de ses fondateurs,
Julian Huxley (1942) :

Et finalement le darwinisme lui-mme est devenu de plus en plus thorique. Une


dmonstration purement spculative que tel ou tel caractre tait ou pouvait tre
adaptatif suffisait convaincre quil devait son origine la slection naturelle. Les
tudes portant sur lvolution se sont peu peu rduites de simples cas dcole
dadaptations relles ou hypothtiques. Le darwinisme de la fin du dix-neuvime
sicle sest mis ressembler lcole de thologie naturelle du dbut de ce sicle. Un
retour Paley, pourrait-on dire, mais en ayant renvers sa philosophie en mettant
la slection naturelle la place dun artificier divin dans le rle du Deus ex machina.

Lironie, bien sr, cest que le nodarwinisme de la fin du vingtime sicle ressemble
trangement ce que Huxley crit du darwinisme du dix-neuvime sicle.
Le diagnostic que lon peut porter sur cette dconvenue est le suivant : le problme
provient de lenthousiasme exagr qui veut que le programme gntique forg
par la slection naturelle puisse tout faire. ce propos, il est rvlateur de noter lmoi
provoqu dans la communaut des biologistes nodarwiniens par la dcouverte
rcente que le gnome des mammifres (dont les primates et les tres humains) ne
comporte que de lordre de 30 000 gnes. Certains esprits se sont alors brusquement
rveills, en se demandant si 30 000 gnes suffisent, tant donn lampleur de tout
ce que le programme gntique doit accomplir. Et cest vrai quil y a de quoi
sinquiter. Par exemple, le cerveau humain comporte 1011 neurones avec 1015
connexions synaptiques ; devant de tels chiffres astronomiques, 30 000 gnes semblent
bien peu. Par ailleurs, la complexit de lontogense est telle quon peut avoir des
doutes sur la capacit de seulement 30 000 gnes la spcifier. Ce problme est
dmultipli par le fait que le programme gntique doit non seulement assurer la
rgularit de lontogense dans des conditions normales, mais aussi toutes les variantes
qui se produisent rgulirement dans des conditions diffrentes. Oyama (1985) en
donne un exemple dlicieux. Si lon place des rats de laboratoire dans une cage
surpeuple une poque de grande chaleur, on observe trs rgulirement que
certains dentre eux choisissent de dormir suspendus par les dents au grillage qui forme
le toit de la cage. Peut-on pour autant srieusement supposer que le comportement
dormir suspendu par les dents fut providentiellement inscrit ds son origine dans
le programme gntique des rats ? Cela est manifestement absurde rappelons
02.Stewart Page 61 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 61

quau moment o sest fix le programme gntique des rats, il y a quelques dizaines
de millions dannes, il ny avait pas encore dtres humains, et encore moins de
laboratoires fonctionnant avec des cages rats. La conclusion simpose : vouloir tout
faire faire par le programme gntique , celui-ci se trouve investi dune mission
impossible. Dailleurs, on peut sinterroger sur ce rveil un peu tardif : ce que 30 000
gnes ne peuvent faire, est-ce que 100 000 ou mme un million de gnes pourraient
le faire ? Il est craindre que la vritable leon nait pas t comprise : on dit, par
exemple, que, puisquil ny a que 30 000 gnes, le programme gntique ne peut
dterminer lontogense que dans ses grandes lignes . Mais comme nous avons
essay de lexpliquer, le problme est bien plus profond que cela. Quelle que soit la
quantit dinformation code dans les gnes, cette information ne peut tre interprte,
et encore moins utilise dans un processus de mise en uvre matrielle, que par des
instances invariantes qui chappent la gntique.
Nous avons vu, la fin de la section page 42-44, quil ny avait aucune raison
valable pour considrer que le programme qui est cens rgir les rgularits et in-
variances de lontogense soit gntique . Le moment est donc venu de se pencher
plus directement sur les processus effectifs de lontogense qui sont, nous lavons cons-
tat, largement passs sous silence par la biologie nodarwinienne. On verra que non
seulement le programme nest pas gntique , mais que la notion mme de
programme ne rsiste pas lanalyse critique.

Lontogense
La Forme et la Matire
Lontogense est le processus, extrmement compliqu, qui conduit de la fertilisa-
tion de luf au jeune adulte en passant par lembryogense. Dailleurs, lontogense
se poursuit au-del de la maturit par le vieillissement et (si une mort accidentelle ne
survient pas avant, ce qui est le plus souvent le cas dans des populations naturelles)
par la mort au terme dune dure de vie caractristique de lespce. Or, la rgularit
de ce processus est tout fait remarquable ; il sagit mme de lun des faits les plus
saillants de toute la biologie. Les avortons et les embryons monstrueux sont trs rares,
surtout au regard de la nature manifestement trs dlicate du processus ontogn-
tique17. De plus, cette rgularit est manifestement dynamique : lembryon survit
de nombreuses perturbations, lune des plus spectaculaires tant la division de

17. Le taux de rats est probablement plus lev quil ny parat, car des recherches relativement
rcentes indiquent quil y a beaucoup de fausses couches qui servent liminer des embryons
monstrueux. Mais outre le fait que ce mcanisme davortement spontan prcoce est lui-mme
une adaptation, le taux de russite reste remarquablement lev.
02.Stewart Page 62 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

62 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

lembryon en deux (et ceci jusqu une tape tonnamment tardive), ce qui donne
lieu non pas deux demi-embryons mais des jumeaux monozygotes trs justement
dits identiques . Cette tonnante rgularit de lontogense est prcisment ce qui
rend superficiellement attrayante la notion de programme gntique : en effet, si
le processus nest pas programm , comment expliquer cette rgularit ?
Toutefois, nous avons dj entrevu ce quil pouvait y avoir de problmatique dans
la notion de programme gntique . Tout dabord, il ny a aucune base (autre
quune simple ptition de principe) permettant daffirmer que le programme est
gntique . En approfondissant la question ce qui fera lobjet de cette section ,
nous allons constater que cest la notion mme dun programme (quil soit gn-
tique ou non) qui est problmatique.
Allons droit au but : si les processus de lontogense ont jusquici rsist lexpli-
cation scientifique (autrement que par le faux-semblant dun programme ), cest
pour une raison profonde. Comme Oyama (1985) la trs bien vu, cette raison rside
dans un prjug vhicul par toute la pense occidentale depuis Platon et Aristote,
concernant la relation entre la Forme et la Matire. Ce prjug consiste considrer
que la matire est en elle-mme essentiellement inerte, ou au mieux le sige de
processus chaotiques ; il sensuit que tout processus matriel organis doit tre
in-form partir dune source essentiellement extrieure au processus lui-mme.
Dans le cas dun organisme multicellulaire en cours de dveloppement, il existe deux
rservoirs potentiels dinformations extrieures : dune part, lenvironnement (qui
est manifestement extrieur lorganisme) ; dautre part, les informations gntiques.
En effet, mme si les gnes se situent physiquement dans les chromosomes nuclaires
au cur de chaque cellule, dans le cadre de la thorie weismannienne les gnes sont
bel et bien pistmologiquement extrieurs aux processus somatiques18. Dans le cadre
de la thorie nodarwinienne, il est donc tout fait cohrent de postuler a priori que
les ressources informationnelles sont rparties entre les gnes et lenvironnement, et
de chercher dfinir leurs proportions respectives. Cest pour cette raison que lana-
lyse de variance partitionne entre diffrences gntiques et diffrences environne-
mentales prend une grande importance, et que lon thmatise une opposition de
linn versus lacquis . Mais quen est-il si les processus matriels ne sont
ni inertes ni mme chaotiques, mais possdent des capacits intrinsques dauto-
organisation ?
Afin de comprendre comment une rgularit morphogntique peut exister sans
quil y ait de programme , il sera utile de commencer par un exemple qui relve

18. Cette extriorit des gnes par rapport aux processus somatiques de lorganisme lui-mme ne fait
que se renforcer avec la dfinition moderne de ce quest un gne directement dans les termes de
lADN. Voir pages 88-91.
02.Stewart Page 63 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 63

Figure 12. Des flocons de neige, dessins daprs des photographies


au microscope
Il existe en gnral une symtrie hexagonale, mais les formes sont riches et remar-
quablement diversifies : on comprend rapidement quil nexiste jamais deux flocons
de neige semblables. Cependant, lintrieur de chaque flocon, les six bras sont
remarquablement similaires (sans tre exactement identiques).

prcisment du registre inorganique. Les flocons de neige sont dots dune structure
remarquable. Chaque flocon possde six bras, dont chacun est muni dune structure
dentele et crnele dune telle richesse quil ny a jamais eu deux flocons identiques.
Pourtant, lintrieur dun flocon donn, chacun des six bras est remarquablement
similaire aux cinq autres (sans que les six bras soient absolument identiques voir la
figure 12). Comment cela est-il possible ? Comment chaque bras peut-il savoir
quelle forme est prise par les autres afin de sy conformer ? La tentation est presque
aussi grande que dans le cas de lontogense biologique de supposer quil doit y avoir
un programme quelque part, extrieur aux bras eux-mmes, qui les informe
sur la morphologie quils doivent prendre. Mais dans le cas du flocon de neige, on
sait pertinemment quun tel programme nexiste nulle part : ni au centre du flocon,
ni dans lenvironnement qui lentoure.
Lexplication, dans ses grandes lignes, semble en fait tre la suivante [Begley &
Carey, 1983]. Le processus de cristallisation de la glace est extrmement sensible aux
conditions prcises et combines de temprature, de pression et dhumidit. Si les six
02.Stewart Page 64 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

64 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

bras sont presque identiques, cest parce quils partagent la mme histoire de fluctua-
tions du microclimat dans lequel le processus de leur croissance se droule. Le caractre
unique de cette histoire est dmultipli par le fait quun autre facteur dterminant
pour la morphologie de chaque accroissement, savoir la forme du bras prexistant
ce moment-l, est galement (dinstant en instant) identique pour chacun des bras
mais (progressivement) diffrent dun flocon un autre. En clair, ltonnante similitude
des six bras nest rien dautre quune application stricte de ce principe scientifique par
excellence, selon lequel les mmes causes produisent les mmes effets.
Lexemple des flocons de neige illustre bien la capacit des processus matriels
sauto-organiser en donnant lieu des formes ventuellement complexes . Or, bien
y rflchir, les bases physiques de la morphogense matrielle sont ncessairement
les mmes chez les organismes vivants que dans des processus inorganiques. Dans les
deux cas, les seules forces qui soient capables de faire bouger la matire sont des forces
physiques des forces mcaniques comme la pression hydrostatique ou la viscosit,
des forces lectromagntiques comme lattraction ou la rpulsion lectrostatique, les
forces de Van der Waals, la polarit hydrophile-hydrophobe, etc19. Nous verrons dans
la section suivante (pages 69-78) ce qui distingue les organismes vivants des processus
purement physico-chimiques ; mais dores et dj, on peut affirmer quil ny a rien
dans les processus du vivant qui fasse intervenir des forces autres que celles des lois
physico-chimiques. En particulier, les gnes quelles que soient leurs proprits par
ailleurs ne sont en aucune faon des petits sculpteurs capables de faonner
matriellement les formes des organismes vivants, au moyen de forces qui leur seraient
propres20. Nous avons dj vu un exemple de la proximit de la morphogense du
vivant et de la morphogense physique, avec la mduse de DArcy Thompson illustre
dans la figure 11.
Notre analyse des rgularits remarquables dans la morphogense des flocons de
neige aboutit deux conclusions importantes. Tout dabord, si programme il y a,
il nest localis nulle part ; il est distribu sur lensemble des lments qui entrent
en interaction au cours du processus, sans en privilgier aucun. En second lieu, ce
programme ne prexiste pas aux processus en question ; linformation , si lon
tient garder ce concept, est cre au fur et mesure, en temps rel, par le processus
mme qui lexprime . En fait, une vritable explication de la morphogense en

19. Quand il sagit de la morphogense dun organisme vivant, ces forces sexercent videmment
lintrieur du corps de celui-ci.
20. Cest pourtant ce que Jacob laisse entendre quand il dit que les informations gntiques sont aussi
les moyens de mettre ces plans excution . Cependant, il serait sans doute plus conforme lesprit
du concept de programme gntique de considrer que celui-ci se contente de donner les
instructions, comme larchitecte donne ses instructions au maon. On notera limplication : une
fois que larchitecte a dit son mot, on considre que le travail du maon va de soi et, dune certaine
manire, ne compte pas . Cette attitude de mpris vis--vis du travail manuel nest peut-tre pas
non plus trangre la fascination exerce par la notion de programme gntique .
02.Stewart Page 65 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 65

termes physiques rend tout fait superftatoire la notion mme dun programme .
Quen est-il ds lors du programme biologique qui est cens informer lonto-
gense des organismes multicellulaires ? Ds que lon se penche sur les processus rels
de lontogense, il apparat clairement que, si les causes efficientes de lontogense
senchanent les unes aux autres avec une grande fiabilit, cest essentiellement parce
que leur organisation sappuie sur des rgularits qui sont produites de manire fiable
par le processus de dveloppement lui-mme21.

Les premires tapes de lembryogense


Les toutes premires tapes de lembryogense, qui sont communes un grand
nombre danimaux multicellulaires (notamment les vertbrs et les chinodermes22),
sont reprsentes schmatiquement dans la figure 13. Une analyse relativement simple
de ces tapes suffit pour rvler quil sagit dun processus historique qui cre lui-
mme, au fur et mesure, les conditions de son propre droulement ultrieur. Ainsi,

a b c

Fluide
bauche de
cavit intestinale
Endoderme
Msoderme
Ectoderme

Figure 13. Quatre tapes dans lembryogense prcoce


des animaux multicellulaires
a) luf fertilis, b) la morula, c) la blastula, d) la gastrula.

21. Pour viter les malentendus, prcisons que nous considrons ici les invariances ; ds lors quil sagit
dexpliquer des diffrences, linformation gntique retrouve tous ses droits. Ainsi, sil sagit dexpli-
quer pourquoi la descendance dun cochon ne ressemble pas celle dune chatte, les diffrences
gntiques redeviennent pertinentes.
22. Ce schma ne sapplique pas aux insectes.
02.Stewart Page 66 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

66 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

les premires divisions cellulaires donnent lieu la morula, amas de cellules peu
diffrencies possdant une forme globale sphrique (voir la figure 13b). Pourquoi la
morula est-elle sphrique23 ? Essentiellement pour la raison en vertu de laquelle une
gouttelette dhuile suspendue dans de leau lest galement : lnergie libre des contacts
des cellules (ou des molcules dhuile) entre elles tant moindre que celle des contacts
avec le milieu aqueux, la forme qui minimise lnergie libre globale est celle qui mini-
mise le rapport surface/volume; dans un espace trois dimensions, et cette forme est
une sphre. Ce mcanisme nest nullement inscrit dans les gnes . Par consquent,
la forme qui en rsulte ne peut ltre non plus. Par ailleurs, les interactions des cellules
entre elles et avec le milieu environnant qui conduisent la ralisation effective de
la forme, si elles sont parfaitement prvisibles, sont produites par le processus
embryologique lui-mme et ne sauraient donc lui prexister.
Cette caractristique historique du processus embryologique ne fait que
saccentuer lors des tapes ultrieures. En raison mme de la forme sphrique de la
morula, certaines cellules vont se trouver la surface en contact avec le milieu ext-
rieur, alors que dautres seront lintrieur entoures dautres cellules. Cette diffrence
se prsente la seule condition que la morula soit effectivement sphrique ; du point
de vue de lorganisation de lembryogense, elle peut donc tre utilise comme un
signal parfaitement fiable pour dclencher une diffrenciation approprie entre les
deux types de cellules. En loccurrence, les cellules intrieures ragissent en scrtant
un fluide. Ceci explique comment il se fait que lembryon prenne ensuite la forme
dune blastula, une sphre creuse paroi pithliale (figure 13c).
Rsultant de la forme prcdente, la blastula est son tour la prcondition pour
la formation du stade qui lui succde. En effet, la forme de la sphre creuse offre la
possibilit du mouvement particulier dit de gastrulation : un groupe de cellules
initialement situes la surface extrieure plongent dans le centre de la sphre
pour donner la forme trs caractristique de la gastrula. Comme on le voit dans la
figure 13d, ces cellules forment lendoderme et lbauche de lintestin ; les cellules
restes la surface forment lectoderme, qui donnera lieu la peau et aussi au tissu
nerveux ; les cellules situes entre lectoderme et lendoderme forment le msoderme,
qui sera lorigine du squelette, des muscles et du sang. Encore une fois, la tche de
lembryologie est de dterminer de quelle manire les signaux qui dterminent cette
triple diffrenciation cellulaire sont relis aux particularits de leurs positions respec-
tives dans lembryon. En un certain sens, la topologie relationnelle entre endoderme,
ectoderme et msoderme est tout fait contingente ; mais dans un autre sens, on
comprend quelle devient inluctable prcisment dans la mesure o elle provient du
processus embryologique lui-mme. Autrement dit, cest prcisment la mise en

23. Plutt que dtre une feuille plate deux dimensions, un filament une dimension, ou bien
simplement une collection de cellules disperses dans le milieu.
02.Stewart Page 67 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 67

vidence du fait que linformation ncessaire pour organiser le processus ne lui


prexiste pas, mais quelle est constitue au fur et mesure par le processus lui-mme,
qui constitue une explication scientifique de la grande rgularit et de la fiabilit de
lontogense24.

Au-del de lintrieur vs lextrieur


Les possibilits dune organisation de ce type, loin de sestomper, vont se dmul-
tiplier au fur et mesure que lembryon se dveloppe en se complexifiant. Dans ces
rgularits relationnelles, il est noter quil nexiste pas de distinction essentielle
entre celles qui sont internes lorganisme et celles qui relvent de ses relations
externes avec sa niche cologique. Par ailleurs, comme Jacob (1981) lui-mme la
soulign, lorganisation biologique est typiquement un bricolage qui se caractrise
par sa nature essentiellement contingente et opportuniste. Puisque ces aspects sont
importants, non seulement pour les questions de la localisation et de la prexistence
dun programme , mais plus gnralement au regard de la question de linn et
de lacquis, il sera utile de les illustrer par un exemple provenant dune tape de
dveloppement beaucoup plus tardive.
Cet exemple, tir dOyama (1985), concerne lorganisation dun moment critique
dans le dveloppement dune certaine espce de moucheron : lclosion du jeune
adulte qui sort du cocon. Il se trouve quen raison du climat de la rgion o vit cette
espce, ce problme est dlicat. Dans ce lieu gographique particulier, les nuits sont
trs froides, de sorte que si le jeune moucheron sort pendant la nuit, il mourra de
froid. Dun autre ct, les journes sont extrmement chaudes et sches, de sorte que
sil sort en plein jour, il mourra grill avant que ses ailes et son corps naient eu le
temps de se durcir au contact de lair. Pour survivre, il faut quil sorte un moment
trs prcis du petit matin, quand il commence faire un peu plus chaud mais avant
les grandes chaleurs sches. On aurait pu penser quil existe une solution relativement
simple et logique ce problme : il suffirait que le processus dclosion soit dclench
par un rcepteur thermosensible. Mais il savre quune telle organisation ne serait
pas viable. La mise en route du processus dclosion requiert un certain temps avant
daboutir; de sorte que si le processus tait dclench par une augmentation sensible
de la temprature, le temps que le jeune moucheron sorte effectivement de son
cocon, il ferait dj tellement chaud et sec que le moucheron serait bel et bien grill.

24. Cela ne veut pas dire quil suffirait de mettre en boule des cellules dont on aurait dtruit les noyaux
par un laser, pour obtenir le dveloppement dun embryon. Les proprits de la surface dune
cellule dpendent en grande partie des protines qui y sont insres ; et sans gnes, la cellule ne
pourrait pas fabriquer des protines. De plus, dans des cellules diffrencies, les gnes qui sont
exprims et, par consquent, les protines qui y sont fabriques sont diffrents ; et lexpres-
sion des gnes est rgule par des facteurs de transcription qui sont eux-mmes des protines
fabriques laide dautres gnes. Cependant, la rgulation de lexpression des gnes doit in fine
tre dtermine par des signaux physico-chimiques gnrs par le processus de dveloppement lui-
mme.
02.Stewart Page 68 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

68 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Comment se rsout ce problme ? Il se trouve que dans cet endroit, il commence


faire jour une heure avant que la chaleur naugmente. Donc, si lclosion est dclenche
par des photo-rcepteurs, le moucheron sortira au moment idal. Et cest bien de la
sorte que fonctionne cette espce. Mais on mesurera toute la contingence de cette
organisation. La lumire en tant que telle na aucune relation intrinsque avec ce qui
est pertinent pour la survie du moucheron. Et la preuve en est que, si cette espce est
dplace dans un lieu o ces relations contingentes entre luminosit, chaleur et
humidit ne sont pas tablies, ce mode dorganisation nest plus viable.
Cet exemple illustre bien de quelle manire le droulement mme de lontogense
peut crer des situations riches en occasions saisir. Cest le moucheron lui-mme,
dans la logique de lorganisation de son ontogense, qui construit la possibilit que
la lumire de laube puisse tre le signe annonciateur de la chaleur. Sans le moucheron,
le milieu nest rien ; en tout cas, rien de tout cela. Rciproquement, lorganisation
qui assure la rgularit du dveloppement ne peut pas tre cantonne lintrieur de
lorganisme : le moucheron sappuie sur certaines relations (dcalage temporel entre
lumire et chaleur) qui sont suffisamment fiables pour quil puisse btir lorganisation
de son dveloppement sur elles.

Conclusions : au-del du programme gntique


Ces quelques considrations sont videmment extrmement sommaires, et ne
constituent en aucun cas une vritable thorie de lontogense qui, vrai dire, reste
laborer dans la quasi-totalit de ses dtails. Comme nous lavons vu page 62, les
prjugs concernant la relation entre Forme et Matire, avec leur corollaire que des
processus rguliers doivent tre programms par des informations , ont dvoy
les recherches de leur vritable objet. Ce que la gntique et partant, le cadre no-
darwinien dans son ensemble ne voit pas, cest la construction dinvariances auto-
organises ; car, prcisment, il sagit de processus invariants bass, dune part, sur les
lois de la physique et de la chimie et, dautre part, sur des relations essentiellement
contingentes mais, en contexte, rgulires et fiables. Or, ces lois invariantes ne sont
codes nulle part.
Nous avons fait valoir que linformation qui guide les processus ontogn-
tiques ntait localise nulle part, mais distribue sur la totalit des lments matriels
qui entrent en interaction au cours du processus ; et que, de surcrot, cette informa-
tion ne prexistait pas au processus en question. Un programme qui nest ni
localis ni prexistant par rapport aux vnements quil est cens diriger nexplique
videmment rien du tout. Mais jespre aussi en avoir dit assez pour montrer que
labandon du concept de programme (gntique ou autre) ne rend pas impossible,
loin de l, lexplication scientifique des rgularits de lontogense. Comme nous
lavons dj remarqu page 64, il y a un sens dans lequel la morphogense des orga-
nismes vivants nest pas diffrente de la morphogense dans le monde inorganique ;
02.Stewart Page 69 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 69

elle se prte aux mmes types dexplications en termes de structures dissipatives et de


forces physico-chimiques. La diffrence qui est certes de taille est que les conditions
aux limites qui, comme dans tout systme physique, sont une cause des vnements
morphogntiques sont aussi, dans le cas dun embryon, le rsultat des actions des
organismes de la gnration parentale. Il sagit, en fait, dun dploiement lchelle
du temps de lontogense de la circularit causale de lautopose qui, comme nous
allons le voir, est la caractristique essentielle du vivant.

Lautopose et la vie
La vie existe-t-elle ?
En 55-56, nous avons pos la question quest-ce que la vie, pour quelle puisse
engendrer la vie ? . Pour commencer cette section, on notera que cette question est
purement et simplement limine par la biologie nodarwinienne contemporaine,
qui dclare que la vie nexiste pas (tout au moins en tant quobjet dtude). Dans La
Logique du vivant, Franois Jacob (1987) le dit trs clairement : On ninterroge plus la
vie aujourdhui dans les laboratoires. Citant le biologiste hongrois Szent-Gyrgi, Henri
Atlan (1994) affirme : La vie en tant que telle nexiste pas, personne ne la jamais vue...
Le nom "vie" na pas de sens, car une telle chose nexiste pas. Et Atlan de poursuivre :
Cela veut dire que la biologie tudie un objet, lobjet de sa science, qui nest pas la vie !
Lobjet de la biologie est physico-chimique. partir du moment o on fait de la biochimie
et de la biophysique, et o lon comprend les mcanismes physico-chimiques qui rendent
compte des proprits des tres vivants, alors la vie svanouit ! Aujourdhui, un biologiste
molculaire na pas utiliser, pour son travail, le mot "vie".
Surprenante et mme choquante premire vue, cette affirmation selon laquelle
la vie nexiste pas est nanmoins comprhensible ; car sil y a une caractristique
qui est invariante chez tous les organismes vivants, cest bien le fait que ce sont des
entits qui se produisent elles-mmes. Nous avons dj vu dans notre discussion de
lontogense, et notamment dans la section pages 61-65, que ce qui tombe dans la
tache aveugle de la gntique et par consquent du nodarwinisme, ce sont les
capacits auto-organisatrices des processus matriels. Nous allons reprendre ce fil
pour aborder la question, encore plus fondamentale, de la vie elle-mme.

Les structures dissipatives : lindividuation physique et biologique


Dans leur livre La Nouvelle Alliance, Prigogine et Stengers (1979) introduisent
le concept des structures dissipatives qui se produisent spontanment, par brisure
de symtrie, dans tous les systmes loin de lquilibre thermodynamique. En effet,
de telles structures existent dj dans le monde inorganique. Les tourbillons en
02.Stewart Page 70 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

70 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

(c)

(a) (b)

Chaleur

Figure 14. Les cellules de Bnard


Un liquide est retenu entre deux plaques de verre horizontales, lesquelles sont
chauffes par en dessous. Quand le taux de chauffage est faible, la chaleur se
dissipe par diffusion ; mais au-del dun certain taux de chauffage, il se forme
spontanment des courants de convection qui peuvent tre visualiss. Vus du
dessus, les courants montants sorganisent dans une configuration hexagonale.

fournissent un exemple prototypique. Parmi les exemples artificiels, on peut citer les
tourbillons de Bnard , ou encore une flamme de bougie. Parmi les phnomnes
naturels, un bon exemple est donn par les cyclones.
Simondon (1989) a propos le terme individuation physique pour caractriser
ce genre de structures dynamiques. En effet, ce sont des entits qui possdent une
capacit certaine rsister des perturbations. Par exemple, une flamme de bougie
peut vaciller sous leffet des courants dair ; mais si elle ne steint pas, elle reprend
par la suite le cours de son existence dynamique comme si de rien ntait. Nanmoins,
comme Simondon la soulign, les entits exhibant ce genre dindividuation physique
sont intrinsquement phmres : elles ne durent quaussi longtemps que certaines
conditions externes, sur lesquelles elles nont aucune prise, se trouvent tre mainte-
nues. Ainsi, les tourbillons de Bnard svanouissent aussitt que lon cesse de chauffer
par en dessous le liquide entre les plaques de verre. De la mme faon, des cyclones
peuvent se maintenir pendant des semaines (ce qui illustre bien leur capacit dindi-
viduation, au point quon leur donne des noms). Mais la longue, leur drive incon-
trle les amne dans des zones o les conditions climatiques ncessaires leur
fonctionnement ne sont plus runies, et ils disparaissent.
02.Stewart Page 71 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 71

Cette caractrisation de lindividuation physique fournit larrire-plan pour dfinir


une individuation biologique autrement dit, un organisme vivant. En effet, de
ce point de vue, la proprit essentielle des organismes vivants est celle-ci : leur propre
fonctionnement exerce un contrle sur leurs conditions aux bords, de telle sorte que
ces conditions restent dans les limites ncessaires la reconduction de leur indivi-
duation. Les organismes vivants sont mortels, car ils ne peuvent jamais tre labri
dune perturbation grave et exceptionnelle de lextrieur qui interrompt irrmdia-
blement leur individuation (tout comme la flamme de la bougie, dj, peut tre
teinte par un courant dair). Cela est mme ncessaire la dfinition du vivant ,
car sil existait une entit (ou, mieux, un processus) qui ne pourrait en aucun cas
mourir, il ny aurait aucun sens dire quelle est ( un moment donn) vivante
[Maturana & Varela, 1980]. Mais en mme temps, il dcoule de notre dfinition que
tout organisme vivant est potentiellement immortel : son activit, consistant main-
tenir ses propres conditions aux bords dans les limites ncessaires son individuation,
peut, en droit, continuer indfiniment.

Lautopose
Ces considrations, conduisant une dfinition scientifique de la vie , ont
trouv une forme canonique avec la thorie de lautopose, due Maturana et Varela
(1980). Depuis son plus jeune ge, Maturana sest pos inlassablement la mme
question : quelle est la caractristique essentielle des organismes vivants ? Que doit
tre un organisme vivant pour quil puisse mourir ? Lapproche habituelle ce genre
de question consiste partir dune dfinition de sens commun de considrer
quau fond on sait dj suffisamment ce quest un organisme vivant, assez en tout cas
pour dire sans hsitation quun chien est vivant alors quune pierre ne lest pas et
dexaminer empiriquement les proprits communes toutes les entits ainsi
catgorises comme vivantes . Mais cette approche ne suffit pas. Maturana (1980)
raconte comment, pendant de longues annes au dbut de sa qute (et notamment
en essayant de rpondre aux questions de ses tudiants), il tait oblig daccepter que
lon pouvait reconnatre des systmes vivants quand on en rencontrait, mais que lon
ne pouvait pas encore dire ce quils taient. Je le cite :

Je pouvais numrer des traits des systmes vivants, tels que la reproduction,
lhrdit, lirritabilit, la croissance, et ainsi de suite. Mais jusquo devait-on
continuer la liste ? Comment pouvait-on savoir si elle tait complte ou non ? Afin
de savoir quand la liste serait complte, il me fallait savoir ce qutait un organisme
vivant, ce qui me ramenait la mme question qui avait motiv llaboration de la
liste. Je pouvais parler de ladaptation et de lvolution, du dveloppement et de la
diffrenciation, et montrer comment tous ces phnomnes taient interconnects
par le phnomne de la slection naturelle. Mais la question "Quel est le trait inva-
riant des systmes vivants autour duquel la slection naturelle opre ?" restait sans
rponse. Chacune de ces tentatives me ramenait au point de dpart.
02.Stewart Page 72 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

72 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

On dirait Alice au Pays des Merveilles, cherchant atteindre le sommet de la


colline mais se retrouvant chaque fois en train de rentrer dans la maison ! On peut
ajouter que si la voie de la liste ne peut aboutir, lapprofondissement dun seul
lment de la liste rencontre le mme problme. Prenons, par exemple, le premier
trait sur la liste de Maturana (et pas seulement de lui) : la reproduction. Premire
objection : les mules (par exemple) ne se reproduisent pas, mais est-ce que cela veut
dire quelles ne sont pas vivantes ? Mais cette objection nest pas trs grave ; aprs
tout, cest lexception qui confirme la rgle et les organismes vivants qui ne se
reproduisent pas sont bien des exceptions. Bien plus profonde est la mme objection
que celle qui invalide lapproche par une liste : si on ne sait pas dj ce quest un
organisme vivant, le fait que ce soit une entit qui se reproduise ne nous renseigne
pas davantage. Par exemple, dans certaines conditions, des cristaux et aujourdhui,
aprs lpidmie de la maladie de la vache folle, les prions se reproduisent ;
sensuit-il pour autant quils soient vivants ?
la suite de ces longues interrogations, Maturana sest rendu compte quil fallait
changer radicalement dapproche. Cependant, la diffrence dAlice, la rponse na
pas t immdiate. Cest petit petit quil a t amen penser quil fallait caractri-
ser les systmes vivants non pas par rfrence leur environnement ou leur contexte,
mais par rapport eux-mmes en tant quentits autonomes. En 1969, il parla pour la
premire fois des systmes vivants en disant quils taient constitus en tant quentits
par la circularit des processus de production de leurs propres composants. En effet,
une fois quon y pense, cette ide possde une vidence intuitive. Si on se demande
ce qui fabrique un organisme vivant, il est clair que cest... lorganisme lui-mme. Que
ce soit un animal, une plante ou un micro-organisme, les tissus et les organes sont le
rsultat dun processus dynamique permanent de production ; les molcules qui les
composent se renouvellent continuellement. Et cela nest vrai que des tres vivants.
Toute machine fabrique par des tres humains, par exemple que ce soit une usine
entire, une machine-outil ou autre , produit autre chose quelle-mme, et en mme
temps elle est elle-mme produite par autre chose quelle-mme. Cette circularit
auto-rfrentielle semble donc bien tre une caractristique essentielle des orga-
nismes vivants. En collaboration avec Francisco Varela, cherchant une formulation
plus adquate de la notion de organisation circulaire , Maturana a invent le mot
autopose , du grec autos (soi) et poiein (produire). La dfinition canonique est la
suivante [Varela, 1989] :

Un systme autopotique est organis comme un rseau de processus de produc-


tion de composants qui (a) rgnrent continuellement par leurs transformations
et leurs interactions le rseau qui les a produits, et qui (b) constituent le systme en
tant quunit concrte dans lespace o il existe, en spcifiant le domaine topologique
o il se ralise comme rseau.
02.Stewart Page 73 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 73

Il sensuit quune machine autopotique engendre et spcifie continuellement sa


propre organisation. Elle accomplit ce processus incessant de remplacement de ses
composants, parce quelle est continuellement soumise des perturbations externes,
et constamment force de compenser ces perturbations. Ainsi, une machine auto-
potique est un systme... relations stables dont linvariant fondamental est sa
propre organisation (le rseau de relations qui la dfinit).

Nous sommes bien au cur de notre sujet : un organisme vivant est un systme
dont linvariant fondamental est sa propre organisation. Prcisment parce quil sagit
dun invariant, la gntique ne peut pas le voir.

Lautomate de tesslation
Le concept de lautopose est tellement fondamental quil est utile de lillustrer
par un exemple, afin de le rendre moins abstrait. Varela a propos ce quil considre
comme un modle minimal de lautopose, que lon peut simuler sur un ordi-
nateur. Nous le prsentons ici dans une forme lgrement modifie [Bourgine &
Stewart, 2004], qui vite certaines complications attaches la version originale
[McMullin & Varela, 1997].
Ce petit automate est reprsent dans la figure 15. On le dfinit de la faon
suivante :

A +A B
D

C C
C
A B C
A C
A
A B B
B
A
A
A A
B
A B
A

Figure 15. Une illustration schmatique de lautomate de tesslation


dcrit dans le texte
La partie largie montre les processus ayant lieu dans une couche fine juste en dessous de
la membrane : la production catalytique des composants B, et un composant B entrant dans
la membrane en devenant un composant C. La raction C " D correspond la dsint-
gration dun composant C, ce qui laisse un trou dans la membrane. Les composants B sont
normalement confins par la membrane, mais peuvent schapper par des trous.
02.Stewart Page 74 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

74 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

a) Lautomate comporte une membrane M. Cette membrane est ferme sur elle-
mme, de sorte quelle dlimite un espace intracellulaire. Cette membrane est
forme de composants C, assembls pour former une surface bidimensionnelle
(lautomate que lon considre ici est tridimensionnel).
b) Les composants C qui sont dans la membrane se dsintgrent spontanment,
pour former un produit D : C " D. En termes mathmatiques, la vitesse de cette
raction dpend dun paramtre kp qui correspond au taux de dsintgration
spontane par unit de surface de la membrane. Le produit D ne sintgre pas
dans la membrane : il schappe vers lenvironnement extracellulaire, laissant
derrire lui un trou dans la membrane (ou bien, si le composant C qui vient de se
dsintgrer tait dj au bord dun trou, celui-ci sagrandit).
c) Les composants B sont forms par une raction entre deux molcules du substrat
A : A+A " B. Cette raction est catalyse par la surface intrieure de la membrane.
En termes mathmatiques, la vitesse de cette raction dpend dun paramtre ks
qui correspond lefficacit de la catalyse.
d) Le substrat A est librement disponible dans le milieu extrieur, avec une concentra-
tion fixe a0. A diffuse librement travers la membrane. Puisque la concentration de
A lintrieur de la membrane est diminue par la raction chimique A+A " B,
il y a un flux net de A vers lintrieur.
e) La membrane est impermable aux composants B, qui saccumulent par cons-
quent dans lespace intracellulaire. Deux composants B ne se combinent pas ;
mais si un composant B rencontre le bord dun trou dans la membrane, il satta-
che la surface et devient un composant C qui rpare le trou : compltement, si
le trou tait d la dsintgration dun seul composant C ; partiellement, si le
trou est plus grand. Toutefois, si le trou est plus grand quun composant C, il y a
une probabilit finie que le composant B passera par le trou sans sattacher aux
bords. Cette probabilit augmente avec la taille du trou. Si un composant B passe
effectivement par un trou, il se perd dans le milieu extrieur.

Le comportement de cet automate peut tre simul directement, comme cela a t


fait notamment par Varela (1989) et McMullin (1997). Mais on peut aussi dcrire ce
comportement mathmatiquement25, ce qui permet dobtenir une expression pour
les relations entre les trois paramtres kp, ks et a0 qui permettent dobtenir lquilibre.

25. Techniquement, il faut dabord tablir des quations diffrentielles partielles et spatialises portant
sur a(x,t) et b(x,t), cest--dire les concentrations de A et de B chaque point du volume lint-
rieur de la membrane [Bourgine & Stewart, 2004]. Cela permet de dcrire mathmatiquement ltat
dquilibre dynamique, o #a/#t = #b/#t = 0, et ensuite, par intgration sur la totalit du volume
intrieur, dobtenir des quations ordinaires qui se rapportent la condition dquilibre. Il faut
dabord modliser le processus de formation des trous, pour dfinir la frquence des trous de
chaque dimension. Cela permet de calculer les pertes de B par les trous et, par consquent, de dfi-
nir les relations entre les trois paramtres kp, ks et a0 qui permettent dobtenir lquilibre.
02.Stewart Page 75 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 75

Qualitativement, on comprend que ks et a0 (qui contrlent le processus de rparation


des trous) doivent tre suffisamment grands par rapport kp (qui contrle la formation
des trous). Si cest le cas, lautomate peut continuer de vivre indfiniment (et
mme de survivre des perturbations extrieures qui provoqueraient la formation de
trous supplmentaires).
Par contre, si ks et a0 ne sont pas suffisamment grands par rapport kp, la dyna-
mique ne parvient plus compenser la formation des trous. Il nest pas difficile
dimaginer la suite. Certains des trous ne sont plus rpars temps. Cela acclre les
pertes de B, ce qui rend encore plus difficile la rparation des trous, qui sagrandissent
encore. Le systme court sa perte et son effondrement en tant que systme auto-
potique. Autrement dit, il meurt .
Il convient de souligner le rle fondamental de la membrane qui confine les
interactions ayant lieu dans lespace intracellulaire. Ces interactions reconstituent les
composants et le rseau des processus qui les produit, en accord avec la dfinition de
lautopose donne pages 72-73. Mais avant tout, ces interactions rendent possibles
la rparation de la membrane elle-mme et le maintien de la proprit vitale de semi-
permabilit A mais non B. Autrement dit, lorganisation du systme est dfinie
par la relation circulaire qui existe entre la membrane et le mtabolisme .
Cest cette circularit qui donne lieu deux rgimes bien distincts dans lespace
de phases de lopration du systme autopotique. Au-dessus de la condition dqui-
libre, le systme se maintient et peut mme crotre. En dessous de cette condition, le
systme entre dans une boucle de rtroaction positive et acclre sa course vers sa
destruction totale26. Ainsi, la circularit de lorganisation accentue la sparation pour

Membrane

Ncessaire
Ncessaire pour catalyser le
pour reconstituer mtabolisme
la membrane et retenir les
mtabolites

Mtabolisme

Figure 16. La relation circulaire entre la membrane et le mtabolisme

26. Il sagit dun rsultat assez gnral de la cyberntique, selon lequel une rtroaction positive donne
lieu une bistabilit. Ce rsultat est thmatis par les travaux de Ren Thomas (1998).
02.Stewart Page 76 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

76 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

donner lieu deux rgimes de fonctionnement qui sont qualitativement diffrents.


Comme la flamme dune bougie, le systme est soit vivant soit mort . Sil est
vivant, il peut vaciller par moments (plusieurs trous peuvent se former), mais le
systme peut rcuprer et perptuer son existence comme si de rien ntait. Si le
systme est mort, par contre, rien ne peut le ressusciter ; il seffondre et se dsintgre
totalement27.
Il est noter que la formulation de lautomate de tesslation prsent ici se foca-
lise sur les transformations des composants matriels A, des molcules libres de B, des
molcules de C intgres dans la membrane, et le produit final D. Nous avons donc
mis en avant des flux de matire. Toutefois, puisque lon considre que les processus
squentiels A+A " B, des molcules libres qui sintgrent dans la membrane B " C,
et la dsintgration des molcules C " D se produisent tous spontanment, le rsultat
global A+A " D correspond aussi une dissipation dnergie. Par consquent, un
systme autopotique dont lautomate de tesslation est un exemple prototypique
et minimal nest pas proprement parler une chose . Cest bien plutt un pur
processus, un pur flux la fois dnergie et de matire. Cest bien en tant que processus,
quun systme autopotique possde des proprits dauto-organisation et quil na
pas besoin dtre in-form par des informations extrieures (cf. page 62). Un systme
autopotique ne redevient une chose , compose de matire relativement inerte,
que quand il est mort.

Conclusions
Ce qui est invariant chez tout organisme vivant, cest son organisation autopo-
tique. Il sagit de la proprit absolument essentielle et fondamentale qui dfinit ce que
cest que la vie. Car le propre dun systme autopotique consiste trs prcisment,
ni plus ni moins, maintenir invariante sa propre organisation en tant que processus
dynamique. Autrement dit, il sagit en quelque sorte dun mta-invariant qui englobe
tous les autres.
Puisquil sagit dun invariant linvariant le plus fondamental de tous , il sensuit
que la gntique ne le voit pas et quelle ne peut pas voir cet aspect des organismes
vivants. Il est donc, aprs tout, parfaitement logique que la biologie molculaire issue
de la synthse nodarwinienne, elle-mme issue de la gntique mendlienne
dclare que la vie nexiste pas28 . Mais il est clair quon ne peut pas accepter cette
dclaration, sous peine dadmettre un divorce dfinitif et total entre gntique et
biologie.

27. Dun point de vue technique, cest encore la membrane qui rend possible lopration dintgration
des quations diffrentielles spatialises et, par consquent, permet dobtenir une formulation
mathmatique de la relation entre les paramtres qui est ncessaire lquilibre. Cest parce que la
membrane permet au systme de contrler ses propres conditions aux bords, que la re-modlisation
du systme en tant que systme dynamique dtermin par son tat est rendue possible.
28. On pourrait nuancer ce propos. lexpression image la vie nexiste pas , on pourrait substituer
la vie nest pas (actuellement) un objet dtude . La deuxime assertion aboutit au mme hic et nunc,
mais laisse la place au temps. Les perspectives qui souvrent alors seront examines au chapitre 3.
02.Stewart Page 77 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 77

Nous avons commenc cette section sur lautopose en reposant la question


quest-ce que la vie, pour quelle puisse engendrer la vie ? . La thorie de lautopose
met en avant le fait quavant mme de se re-produire, les organismes vivants sont
tout dabord de purs processus qui sengendrent eux-mmes dinstant en instant.
Cette proprit fondamentale possde deux corollaires importants. Le premier, cest
que les organismes vivants possdent la proprit de pouvoir se rparer. Comme cela
est illustr par lexemple de lautomate de tesslation, lautorparation (en loccur-
rence, des trous dans la membrane) dcoule du processus mme de lautopose.
Le deuxime corollaire, cest que les systmes autopotiques possdent la capacit
de vritablement se reproduire (et pas seulement, comme les gnes, dtre copis).
En effet, il suffit pour une cellule autopotique de crotre (ce qui est un processus
exactement du mme type que son autofabrication permanente) jusqu doubler de
volume, et puis de se diviser en deux. Certes, cette division doit elle-mme tre orga-
nise, de sorte que chacune des deux nouvelles entits conserve lorganisation auto-
potique. Mais cette condition (qui ne devrait pas tre trop difficile satisfaire, que
ce soit dans lautomate ou dans la ralit), on finit avec deux cellules autopotiques
l o il ny en avait quune ; autrement dit, il y a reproduction. Lidentification de
la vie avec une organisation autopotique explique bien comment la vie peut
engendrer la vie .
On remarquera que lexemple que nous avons donn dun systme autopotique
minimal lautomate de tesslation ne contient pas de gnes. Cela est tout fait
dlibr, et illustre le fait que la vie en tant que telle ne peut, en aucun cas, tre rduite
des informations gntiques. Cela ne veut pas dire, toutefois, que des organismes
autopotiques ne peuvent pas possder des gnes. Au contraire, tous les organismes
autopotiques naturels que lon connat actuellement sur la plante Terre, mme les
bactries les plus primitives29 , sont des organismes vivants qui possdent des gnes.
Cela veut seulement dire que lautopose est une condition pralable ncessaire pour
quun matriel gntique quil sagisse de lADN, de lARN, ou ventuellement
des argiles dont Cairns-Smith (1985) a fait lhypothse quils taient les tout premiers
matriaux gntiques soit vritablement un gne. Ainsi, de lADN tout seul dans un
tube essai nest pas vraiment un gne. Rappelons les deux proprits fondamentales
des gnes, daprs la dfinition 1 en p. 19-21 : (i) ce sont des entits corpusculaires,
qui peuvent tre copies lidentique de gnration en gnration ; (ii) ce sont des
entits telles quune diffrence dans un gne, toutes choses suffisamment gales par
ailleurs, est la cause dune diffrence dans un phnotype observable30. Or, ces propri-
ts prsupposent que les gnes soient dj intgrs dans le fonctionnement mtabo-
lique dune cellule vivante, avec une organisation circulaire (voir la figure 17).

29. Daprs leur nom, les bactries les plus primitives seraient les archobactries . Mais des recherches
rcentes indiquent que les archobactries sont apparues plus rcemment que les bactries. Cela
naffecte pas largument, car archobactries et bactries possdent toutes des gnes.
30. La dfinition moderne du gne, directement dans les termes de lADN, ne fait quaccentuer le
divorce entre gntique et biologie (voir la note 8 ci-dessus et les pages 88-91 ci-dessous).
02.Stewart Page 78 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

78 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Gnes

Ncessaire
pour rparer, Ncessaire
rpliquer et pour fabriquer
transcrire les enzymes
les gnes

Mtabolisme

Figure 17. La relation circulaire entre le mtabolisme et les gnes

Ainsi, les gnes doivent, dune part, tre produits, rpars et re-produits par le
mtabolisme ; et, dautre part, ils doivent avoir une influence en retour sur le mta-
bolisme, de sorte quune diffrence gntique soit la cause dune diffrence dans le
fonctionnement mtabolique. Dans le cas des algorithmes gntiques de la section
pages 53-55, par exemple les biomorphes de Dawkins, ces fonctions taient assures
par Dawkins lui-mme (avec laide de son ordinateur). Mais dans le cas de systmes
naturels, ces fonctions ne peuvent tre assures que par un systme autopotique
dj en place.

Synthses
Les relations entre phylogense, ontogense et autopose
Dans les trois sections prcdentes, pages 35-78, nous avons abord les trois
phnomnes majeurs de la biologie que sont la phylogense, lontogense et lauto-
pose, et nous avons thmatis chaque fois ce qui est invariant et, par consquent,
invisible la gntique. Or, bien que ces phnomnes se droulent sur des chelles
temporelles trs diffrentes respectivement de lordre des millions dannes, des an-
nes et des secondes , il existe des liens profonds entre eux, quil convient prsent
dexpliciter.
Commenons par les relations intimes qui existent entre la phylogense et lonto-
gense. Premirement, lvolution des organismes multicellulaires nest pas pleinement
intelligible si on la considre comme la modification des formes adultes : ce qui est
modifi, en ralit, ce nest pas la forme adulte en tant que telle, mais le processus
ontogntique qui la produit. Ainsi et contrairement la thorie nodarwinienne
la variation propose la slection naturelle est tout sauf alatoire ; ne peuvent tre
proposes que des variations qui sont le rsultat dune modification ponctuelle de
02.Stewart Page 79 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 79

lontogense. Et puisque lontogense est soumise des contraintes organisationnelles


propres comme nous lavons vu pages 65-68 , la phylogense est elle-mme
contrainte par ces considrations.
Deuximement, et rciproquement, lontogense un moment donn est elle-
mme le rsultat de la phylogense. Elle est donc bricole , ayant toujours tenir
compte de lorganisation prcdente. Cest ainsi que lontogense prend parfois les
allures dune rcapitulation en raccourci de la phylogense. Ce serait mme
systmatiquement le cas si la phylogense procdait toujours par lajout dtapes
supplmentaires en prolongement des ontogenses prcdentes. Cest ce que pensait
Haeckel, qui promut la rcapitulation au rang de loi . Un exemple connu est le fait
que les embryons des mammifres passent par une tape o ils possdent des branchies
qui nont plus la fonctionnalit quelles avaient pour leurs anctres les poissons. Mais
en fait, la rcapitulation est loin dtre une rgle gnrale. La raison en est que
lvolution procde souvent par notnie, la forme plus volue ressemblant plus
aux jeunes quaux adultes de la forme ancienne. Parfois, toute la partie ultrieure de
lontogense de la forme ancestrale est mise lcart, celle de lespce nouvelle
prenant une direction indite partir dun stade relativement prcoce. Un bon
exemple en est celui des tuniciers, anctres probables des vertbrs. Les formes adultes
des tuniciers taient des animaux sdentaires, qui vivaient accrochs au fond marin.
Cette forme tait produite par mtamorphose, aprs une premire tranche de vie
passe comme larve nageant librement. Les premiers vertbrs taient peut-tre des
espces chez qui cette mtamorphose navait simplement pas lieu. Mais que ce soit
par rcapitulation ou par notnie, il existe toujours une relation rciproque entre
ontogense et phylogense.
Troisimement, la relation la plus profonde est simplement celle-ci : lontogense
possde elle-mme une origine phylogntique. Il y a quelque 600 MA, lpoque
gologique appele priode cambrienne , il sest produit lun des vnements les
plus remarquables de toute lhistoire de la vie sur Terre. Cet vnement est appel
lexplosion cambrienne, pour la raison suivante. On sait que tous les animaux
macroscopiques actuels appartiennent lun ou lautre de sept phyla, ayant chacun
un Bauplan , ou architecture corporelle spcifique. Ce sont : les ponges, les coraux
(y compris les mduses), les annlides (vers de terre, sangsues), les arthropodes
(insectes, araignes, crustacs), les mollusques (coquillages, escargots, calamars), les
chinodermes (toiles de mer, oursins) et les chords (y compris les vertbrs). Or, ces
phyla sont tous apparus au cours de lexplosion cambrienne, dans un laps de temps
tonnamment court sans doute quelques millions dannes, mais, rapport
lchelle gologique, ce temps tait si court quil apparat comme un bref instant dans
les traces fossiles. Plus encore, lexplosion cambrienne a t dune crativit si riche
et si dbordante que non seulement tous les sept phyla actuels y trouvent leur origine,
mais aussi quil y a eu galement lapparition dun nombre au moins gal dautres
02.Stewart Page 80 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

80 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

1 cm
b
1 cm
a

c 1 cm

1 cm
d

f
e
1 cm

g 1 cm

1 cm

Figure 18. Quelques reprsentants de la faune de Burgess


qui ne peuvent tre rattachs des taxons connus actuellement
a Nectocaris ; b Hallucigenia ; c Wiwaxia ; d Opabinia ; e Odontogriphus ;
f Dinomischus ; g Anomalocaris.
[Daprs Gould, 1991]

Bauplan, dont certains sont touchants de bizarrerie nos yeux, et qui se sont
teints sans laisser de descendants dans la suite de lvolution. [Gould, 1991]. Sept de
ces animaux tranges sont reprsents dans la figure 18.
Au niveau taxonomique des phyla, qui dfinissent les architectures fondamentales
des corps animaux, il ny a jamais rien eu de comparable ni avant ni aprs. En termes
techniques, on appelle ce genre de foisonnement de formes nouvelles une radiation
volutive. Aprs lexplosion cambrienne, pendant 600 MA, il ny a pas eu un seul
nouveau Bauplan invent [Buss, 1987]. Une configuration aussi remarquable toute
cette crativit architecturale comprime dans une seule et trs courte priode
appelle une explication.
02.Stewart Page 81 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 81

Le point dappui dterminant pour expliquer ce phnomne est le suivant. Juste


avant lexplosion cambrienne, les organismes vivants taient tous des unicellulaires,
ayant une organisation autopotique et dots dune capacit se reproduire. La
reproduction est importante, car cela signifie que, dans certaines lignes cellulaires,
il a pu y avoir une exploration de nouvelles formes dorganisation, dont celle dune
organisation multicellulaire. Cette exploration bnficiait dune grande libert, et
pouvait donc tre audacieuse, pour trois raisons. Premirement, lchec dune tentative
de vie multicellulaire ne compromettait pas la viabilit des lignes cousines restes
avec une organisation unicellulaire. Deuximement, la forme de vie multicellulaire
fait advenir des niches cologiques indites, avec des stratgies de vie tout aussi indites.
Par consquent, la slection naturelle diffrentielle mettant en comptition les
anciennes formes unicellulaires et les nouvelles formes multicellulaires tait prati-
quement inexistante. Troisimement, la diversit des niches cologiques ouvertes
par la nouvelle vie multicellulaire tait telle que la slection naturelle diffrentielle
des formes multicellulaires entre elles tait aussi trs rduite. Il y avait tellement
despace (dans le sens abstrait et mtaphorique dun espace de formes possibles)
quil ntait pas difficile desquiver la comptition do la radiation volutive. Cest
cette situation qui changera plus tard, du fait mme de linstallation dune multitude
dorganismes multicellulaires. ce stade, une nouvelle forme de vie multicellulaire
issue directement dorganismes unicellulaires entrerait immdiatement en comptition
avec des formes bien tablies et affines par une slection naturelle diffrentielle. On
comprend que la nouvelle forme ne fasse pas long feu. Cest ainsi que sexplique, en
partie, le tarissement de la crativit en termes de formes radicalement nouvelles.
Aussi grande ft-elle, cette libert dexploration tait nanmoins relative, car elle
tait soumise des contraintes de deux types : externes et internes . La con-
trainte externe provenait du fait que les anctres immdiats des premiers animaux
multicellulaires taient des organismes unicellulaires ayant un mtabolisme arobie.
Autrement dit, ctaient des cellules qui avaient besoin dune pression partielle
doxygne dans leur milieu immdiat au-dessus dun seuil minimal de lordre de
100 millibars. Quand il sagit dorganismes unicellulaires disperss dans leur milieu,
chaque cellule est en contact direct avec ce milieu ; par consquent, ce seuil sapplique
directement au milieu extrieur. Par contre, quand il sagit dorganismes composs
dun amas de cellules, seule une petite fraction de ces cellules est en contact direct
avec le milieu extrieur ; de faon gnrique, la majorit des cellules sont entoures
dautres cellules. Puisque loxygne ne pntre au centre de lamas que par diffusion31,

31. Chez des animaux plus volus, il existe bien sr un systme de circulation sanguine et de respira-
tion pulmonaire. Cest ainsi que des animaux de la taille dun lphant ou dune baleine peuvent
exister. Mais mme l, loxygne ne traverse les tissus que par diffusion ; et, surtout, des organismes
ayant une telle complexit physiologique ne peuvent surgir immdiatement partir danctres
unicellulaires.
02.Stewart Page 82 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

82 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

le seuil minimal dans le milieu extrieur est dmultipli. Cest un fait que, pendant
la majeure partie du temps aprs lorigine de la vie, le taux doxygne dans latmo-
sphre tait trs faible (moins de 1 %). Cest seulement vers 800 MA, peu de temps
avant lapparition des premiers animaux multicellulaires, que ce taux est brusquement
mont vers sa valeur actuelle de 20 % 32 [Reichholf, 1993]. Autrement dit, en raison
de contraintes externes, la vie multicellulaire naurait pas pu apparatre plus tt.
La contrainte interne qui limite la libert dexploration est la ncessit absolue
pour que lontogense soit auto-organise. En effet, il ne suffit pas que les cellules issues
de la reproduction33 restent colles les unes aux autres au lieu de se sparer, pour
donner lieu un organisme multicellulaire. Cela pourrait produire un amas de cellules
plus ou moins identiques les unes aux autres, une colonie si lon veut, mais en
aucun cas un vritable organisme avec sa propre individualit. Pour cela, il faut quil
y ait une diffrenciation cellulaire, et il faut que cette diffrenciation donne lieu
une morphogense ordonne. Par ailleurs, il faut que la reproduction des diffrentes
lignes cellulaires soit contrle, faute de quoi il y aurait des cancers dont on sait
quils sont mortels pour les organismes multicellulaires.
Malheureusement, encore aujourdhui nous ignorons presque tout de lenchane-
ment prcis de causes efficientes spcifiques qui donne lieu la rgularit de lonto-
gense34. Nos seules connaissances positives ce sujet au-del du fait quil doit y
avoir de tels mcanismes, sinon les organismes multicellulaires nexisteraient pas
sont trs gnrales. Ainsi, nous savons que des processus dissipatifs peuvent donner
lieu des rgularits morphologiques, parce que la morphogense se produit sponta-
nment dans des systmes inorganiques. Par ailleurs, nous savons que des systmes
dynamiques non linaires composs dun grand nombre dlments exhibent
spontanment des proprits auto-organisatrices35 . Plus prcisment : si un systme
de ce type est perturb, il reviendra gnralement vers sa trajectoire dorigine ; en
mme temps, il possde des solutions multiples, de sorte que sil est perturb au point
de ne plus pouvoir revenir la trajectoire initiale, il en empruntera une autre quali-
tativement diffrente. Cependant, bien que multiples, les solutions ne sont pas en
nombre illimit ; pour un systme donn, le nombre dattracteurs de sa dynamique
est bien dfini.

32. Cette brusque augmentation peut elle-mme sexpliquer. En raison des proprits physiques du
processus de cration des plantes, latmosphre initiale de la Terre ne contenait pas doxygne
libre [Reichholf, 1993].
33. Par croissance et puis division, de sorte quil y a deux cellules l o il ny en avait quune auparavant.
34. Cela provient en partie du fait que le problme est rellement difficile. Mais cela vient aussi du fait
que le faux-semblant dun programme gntique une explication apparente qui en ralit
nen est pas une masque jusqu lexistence du problme, et nous empche par l mme de
laborder srieusement.
35. En termes techniques : des systmes dynamiques de ce type peuvent facilement seffondrer (les
valeurs de toutes les variables tendent vers zro) ou exploser (certaines variables augmentent
exponentiellement sans limite). Mais si le systme est stable (autrement dit, sil ny a ni effon-
drement ni explosion), alors sa dynamique est caractrise par un paysage dattracteurs .
02.Stewart Page 83 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 83

Ces proprits gnrales, bien que trs peu prcises, suffisent pour clairer notre
problme de lorigine des organismes multicellulaires. Lembryon dun animal multi-
cellulaire en cours de dveloppement est bien un systme dynamique non linaire.
Parmi tous les systmes possibles en accord avec les lois physico-chimiques qui rgissent
le comportement des structures dissipatives, on peut tout dabord liminer ceux dont
les solutions sont instables. En effet, de tels systmes seront incapables de maintenir
leur autopose, et vont donc sliminer deux-mmes par slection naturelle directe
bien en amont de toute slection naturelle par reproduction diffrentielle. Ensuite,
on peut regrouper les solutions restantes en fonction de la topologie des plans
du corps qui en rsultent. Comme nous lavons dit, les solutions dun systme
dynamique sont multiples, mais leur nombre nest pas illimit. On ne connat pas le
nombre exact des plans du corps qui sont possibles, dans le sens o ils peuvent tre
gnrs par des systmes dynamiques auto-organisateurs, car des recherches prcises
ce propos restent presque entirement faire. Admettons, pour illustrer notre
propos, que ce nombre soit dune trentaine36. Nous sommes maintenant en mesure
dexpliquer, dans ses grandes lignes, le phnomne de lorigine phyltique des animaux
multicellulaires.
Pourquoi ny a-t-il pas eu danimaux multicellulaires avant 600 MA ? Cest parce
que des animaux multicellulaires ne peuvent exister que si la proportion doxygne
dans le milieu est de lordre de 20 %. Des animaux multicellulaires sont apparus
ds que cette condition a t satisfaite.
Pourquoi y a-t-il eu une priode initiale de crativit intense, avec linvention de
13 phyla indits ? Cest parce que, dans cette priode initiale, lexploration de
lespace de formes possibles tait relativement libre. Si lon admet quil ny a
en tout et pour tout quune trentaine de formes possibles, les 13 formes dont
lexistence est atteste en constituent une proportion significative. Quant aux
17 formes restantes, il se peut quelles aient exist, mais quelles aient trs rapi-
dement t limines par une slection naturelle concurrentielle. Rappelons
quaujourdhui il ne subsiste que 7 des 13 formes initiales ; 6 de ces formes ont

36. Afin dillustrer la faon dont des considrations topologiques peuvent conduire une classification
en termes dun nombre restreint de formes possibles, on peut prendre le principe de la symtrie.
Des objets tridimensionnels peuvent tre regroups selon le nombre daxes de symtrie quils
possdent, ce qui donne quatre formes de base : 3 axes donnent des symtries sphriques, 2 axes
donnent des symtries radiales, 1 axe donne des symtries bilatrales, et aucun axe donne une
forme irrgulire. Lautomate de tesslation dcrit pages 73-76 possde une symtrie sphrique ; il
en est de mme des premires tapes embryologiques, la morula et la blastula ; mais ds le stade de
la gastrulation, tous les animaux multicellulaires possdent au plus 2 axes de symtrie. De simples
colonies nont souvent aucun axe de symtrie ; mais pratiquement tous les organismes multi-
cellulaires ayant une vritable ontogense rgulire possdent soit 2 soit 1 axe de symtrie. La
quasi-totalit des plantes multicellulaires et des animaux relativement primitifs comme les
ponges, les coraux et les chinodermes possde une symtrie radiale. Les autres animaux les
annlides, les arthropodes, les mollusques et les chords possdent une symtrie bilatrale.
02.Stewart Page 84 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

84 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

t limines par slection naturelle. Il se peut aussi que certaines de ces 17 formes
aient exist, mais que lon nen ait simplement pas (encore) trouv de fossiles,
voire mme quelles aient t difficilement fossilisables. Il se peut enfin que
certaines de ces formes ne se soient jamais produites soit pour des raisons pure-
ment contingentes, soit parce que les formes en question ne pouvaient pas tre
produites par les processus morphogntiques naturellement inhrents aux struc-
tures dissipatives. En effet, ce que nous avons appel lexploration des formes
possibles, bien que relativement libre, ntait pas ncessairement exhaustive.
Pourquoi ny a-t-il pas eu de cration de plans de corps nouveaux depuis
600 MA ? Cest parce que lexploration de lespace de formes possibles ntait
plus aussi libre ds lors que des formes de vie multicellulaires staient installes
et avaient pris leur essor. On comprend, en effet, quil y ait trs peu de chances
pour quune forme de vie unicellulaire russisse donner lieu aujourdhui des
animaux multicellulaires ; car un tel nouveau venu subirait de plein fouet la
comptition de formes dj existantes qui ont eu tout loisir de se perfectionner
par une slection naturelle diffrentielle. Cet argument sapplique toutes les
poques postrieures la premire mise en place des animaux multicellulaires. Il
sapplique galement quelle que soit la forme du nouveau venu que cette for-
me soit lune des 7 existantes aujourdhui (mais alors la comptition serait directe
et froce), quelle soit lune des 6/13 ayant disparu (car les raisons ayant conduit
sa disparition restent fortes), ou quelle soit lune des 17/30 dont il ne subsiste
pas de trace (car les mmes raisons restent galement fortes).

Une extension de ce type de raisonnement permet dexpliquer une autre caract-


ristique de lvolution biologique : le fait quelle procde par une srie dquilibres
ponctus . En effet, certaines formes peuvent rester virtuellement inchanges pen-
dant de trs longues priodes des dizaines, voire mme des centaines de millions
dannes et puis disparatre aussi rapidement quelles taient venues. Ce phnomne
sexplique en grande partie par la circularit de lorganisation du vivant. Fondamen-
talement, cette circularit est celle de lautopose elle-mme ; quoi se rajoute une
circularit de deuxime ordre, celle de lontogense qui doit se re-produire de faon
la fois robuste et prcise chaque gnration. Or, chaque composant dune entit
ayant une organisation circulaire fonctionne relationnellement par rapport aux autres ;
il sensuit que les composants se tiennent les uns les autres. On peut illustrer ce
principe relationnel par la mtaphore des pierres qui constituent une vote en plein
cintre. Aucune pierre particulire ne peut bouger sans que les autres ne bougent ;
mais sa propre immobilit oblige les autres galement ne pas bouger. Mais alors, si
lon admet la stabilit produite par une organisation circulaire, comment expliquer
la ponctuation de lquilibre ? Le fait est que si une organisation circulaire de ce
type vient se modifier, les modifications ont de bonnes chances dtre dune ampleur
02.Stewart Page 85 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 85

considrable. En effet, dans ce cas, cest toute lorganisation densemble qui est
refaire. On comprend alors que dans ces conditions, des formes de vie radicalement
nouvelles puissent apparatre.
Sans que cela soit une explication ncessairement systmatique des ponctua-
tions de lquilibre, on en vient actuellement accorder une place trs importante
des vnements extrieurs qui modifient drastiquement les conditions de vie sur la
Terre. Laugmentation brusque de la teneur atmosphrique en oxygne, qui a prcd
de peu lmergence des animaux multicellulaires, en est un bon exemple. Il est
noter que, puisquune partie trs importante de lenvironnement de chaque organisme
vivant est constitue par dautres organismes vivants, leffet dun vnement extrieur
est dmultipli par les ractions en chane provenant des relations des organismes
vivants entre eux. Cest ainsi que lon explique les extinctions de masse qui se sont
produites plusieurs reprises au cours de lvolution terrestre [Gould, 1991]. Lune
des plus connues est celle dil y a 70 MA qui a conduit lextinction des dinosaures,
probablement la suite dune collision avec une comte ayant eu un effet catastro-
phique sur le climat pendant quelques annes de suite, avec notamment une espce
dhiver due aux poussires qui arrtaient la lumire du Soleil. Cela a tout dabord
produit un effet calamiteux sur la vgtation qui dpendait directement de la lumire
et, par voie de consquence, sur les grands dinosaures qui dpendaient de cette vg-
tation pour se nourrir. La raction en chane sest poursuivie avec les mammifres,
qui existaient dj depuis 100 MA environ, mais qui taient cantonns par la prsence
des dinosaures dans une niche cologique tout fait mineure (ces premiers mammi-
fres taient tous de petits rongeurs). Un tout nouvel espace de formes possibles
sest alors ouvert aux mammifres, qui ont connu alors une radiation volutive
impressionnante. Trs rapidement (sur lchelle de temps de lvolution), il y a eu
lapparition dune gamme danimaux allant des chauves-souris aux baleines, en
passant par les taupes, les castors, les chiens et les chats, les girafes et les lphants,
et les primates. Cette explosion , bien qu une moindre chelle taxonomique car
confine lintrieur de la classe des mammifres, exhibe le mme type de proprits
systmiques que lexplosion cambrienne.

Lamarck et lhistoire naturelle


Dans la section prcdente, nous avons voqu quelques vnements saillants
dans lhistoire naturelle de la vie terrestre : lexplosion cambrienne qui a marqu
lorigine des animaux multicellulaires vers 600 MA, la radiation volutive des mammi-
fres partir de la disparition des dinosaures vers 70 MA. Nous avons vu que la
comprhension de tels vnements exigeait que lon tienne compte des relations
profondes entre la phylogense, lontogense et lautopose, et notamment que
lon tienne compte du rle fondamental jou par les invariances construites par
02.Stewart Page 86 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

86 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

lautopose dabord, par lontogense ensuite. Nous avons vu aussi quil fallait tenir
compte de la nature profondment historique de lvolution biologique : les vne-
ments chaque stade se produisent sur la base de la situation cre de toutes pices
par lhistoire antrieure.
Or, cette dimension proprement historique de lvolution biologique tait au
cur de la pense de Lamarck. Comme nous lavons dj remarqu pages 55-56,
aucun des organismes vivants actuels nest le rsultat dune gnration spontane
partir de processus matriels inorganiques. La vie provient de la vie. Mais si lon
remonte dans ce processus, il y a eu ncessairement un moment ou un autre une
origine de la vie. Nous savons aujourdhui que cette origine a eu lieu vers 3500 MA,
trs peu de temps aprs la formation de la plante Terre vers 4000 MA. Lamarck ne
savait pas cela, mais il avait parfaitement bien compris le principe. Or, qui dit origine
dit bien gnration spontane de la vie, prcisment partir de processus inorganiques.
Et pour quune telle gnration spontane ft possible, les tout premiers organismes
vivants ont d tre autrement plus simples que les organismes actuels, mme les plus
primitifs dentre eux comme les bactries. Sans avoir vraiment rsolu lnigme de
lorigine de la vie, nous avons soulign pages 69-71 la grande proximit entre lindi-
viduation physique et lindividuation biologique des structures dissipatives. Ayant
cern ainsi la nature des premiers organismes vivants, il est clair quils taient effec-
tivement autrement plus simples que les organismes vivants actuels. partir de l, il
sensuit logiquement que lhistoire naturelle de la vie terrestre est ncessairement celle
dune complexification croissante dans la continuit des processus historiques par
lesquels la vie engendre la vie. Tout leffort thorique de Lamarck tait arc-bout sur
la ncessit de comprendre cette complexification dans la continuit.
Il est noter, pour viter tout malentendu, que ce constat nimplique pas que la
phylogense soit tlologiquement guide vers une forme ultime (ne serait-ce que
lhomme !), ni quil existe une tendance intrinsque la complexification. la diff-
rence de lautopose et de lontogense37, la phylogense est un processus totalement
ouvert, sans finalit particulire. Localement, la phylogense est intrinsquement
symtrique, dans ce sens quune forme de vie peut tre soit moins complexe, soit plus
complexe que la forme ancestrale qui la engendre. Seulement, le processus
densemble est born par une asymtrie de base : en dessous dun seuil minimal de
complexit, lautopose elle-mme ne peut plus tre assure. Ainsi, un processus qui
commence juste au-dessus du seuil minimal, et qui chaque pas de temps donne lieu
deux formes, lune plus complexe et lautre moins complexe, produira au cours du

37. Lautopose est tlologique, car si la somme des processus locaux ne conduisent pas la recon-
duction de lorganisation autopotique, lorganisme disparat immdiatement. Lontogense est
aussi tlologique, car le processus dveloppemental partir dun uf fertilis doit conduire la
fabrication dun organisme adulte qui ressemble aux parents de luf. Pour une discussion de la
tlologie en biologie, voir Stewart (2000).
02.Stewart Page 87 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 87

Complexit

Temps

Figure 19. La tendance une augmentation de la complexit maximale


au cours de lvolution
Localement, chaque pas de temps, il ny a aucune asymtrie : la progniture
peut tout aussi bien tre moins complexe que plus complexe que ses anctres.
Cependant, puisquil y a un seuil minimal de complexit ncessaire pour assurer
lautopose, la complexit maximale tend augmenter.

temps un ensemble de formes dont la majorit seront relativement peu complexes,


mais dont le degr de complexit des plus complexes augmentera progressivement
(voir figure 19).
Ce point tant clarifi, revenons la continuit historique de lvolution. La pense
de Lamarck est aujourdhui largement discrdite, notamment parce que sa doctrine
de lhrdit des caractres acquis heurte de plein fouet le dogme weismannien qui
se focalise sur la continuit du plasma germinatif et qui nie toute possibilit dun
effet du corps somatique sur le germen. Mais cette objection est beaucoup moins
importante quon ne le pense gnralement. Tout dabord, la doctrine de lhrdit
des caractres acquis nest en rien essentielle la pense lamarckienne, et Lamarck
lui-mme ne lui accordait pas une importance particulire [Pichot, 1999]. Ensuite, et
surtout, cest le principe mme dune opposition entre linn et lacquis qui
svanouit ds lors que lon renouvelle la question de lontogense comme nous
lavons fait pages 61-69, en rvisant les prjugs classiques concernant la relation entre
Forme et Matire. Il est noter que tous les caractres qui rsultent de lontogense
sont ncessairement acquis au cours de la vie individuelle de lorganisme en
devenir ! Est-ce dire quaucun de ces caractres ne peut tre transmis ? Dans un certain
sens, cest bien impossible : aucun organisme adulte ne transmet ses descendants
son propre nez, ou ses propres yeux, comme cela peut tre fait avec un objet prcieux
comme un tableau de famille qui est littralement transmis de gnration en gnra-
tion. Ce ne sont pas les caractres qui sont transmis, ni (seulement) les gnes, mais
lensemble des conditions qui permettent au systme dveloppemental de se
drouler nouveau en re-produisant lontogense typique de lespce [Oyama, 1985].
02.Stewart Page 88 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

88 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Mais ds lors, le concept mme de linn ne veut plus rien dire38 ; les rgularits
remarquables de lontogense restent toujours expliquer, et ne doivent en aucun cas
tre hypostasies par le faux-semblant dun programme gntique .
Lamarck avait donc plus raison, et moins tort, quon ne le pense gnralement
aujourdhui. Ce nest pas anodin, car le grand tort du schma weismannien est de
relguer larrire-plan les processus rels de lontogense, et les conditions la fois
matrielles et historiques dans lesquels ces processus se droulent effectivement. En
un mot, on en vient oublier les organismes et leurs conditions de vie ; lattention
est focalise exclusivement, dornavant, sur le plasma germinatif (autrement dit, en
termes modernes, sur les gnes). Le rsultat est que la thorie nodarwinienne de
lvolution est curieusement anhistorique39. Lhistoire relle, riche en vnements,
en multiples formes et stratgies de vie, est ramene une simple question de chan-
gements dans des squences de nuclotides. Et lhistoire ainsi dulcore et tronque
peut elle-mme tre rduite la situation synchronique de lensemble des squences
actuelles [Pichot, 1999]. Le divorce entre la gntique et une biologie des organismes
est encore une fois patent. Le mrite de la vision de Lamarck, quelles que soient ses
faiblesses et insuffisances par ailleurs, est de ramener lhistoire relle au premier plan.
Comme pour lhistoire humaine, on ne peut comprendre la situation actuelle que si
lon comprend lensemble des processus qui y ont conduit.

Interlude : objections
Avant daborder, dans le chapitre 3, les perspectives davenir pour une biologie o
la gntique serait remise sa juste place, il convient de rpondre explicitement aux
objections probables dun biologiste contemporain aux arguments critiques prsents
dans ce chapitre 2. Le point central concerne la dfinition de ce quest un gne. La
dfinition que jai propose page 19, bien quhistoriquement correcte, nest plus de
mise aujourdhui : elle nest ni enseigne, ni employe dans les recherches de labora-
toire. Pour fixer les ides, une dfinition contemporaine pourrait tre :

Dfinition 2. Un gne est une squence nuclotidique qui contient une longueur
raisonnable sans triplet correspondant des codons stop (en cadre de lecture
ouvert, ou ORF = Open Reading Frame ). Qui plus est, ces ORF sont traduits
automatiquement en squences dacides amins dans une ou plusieurs protines,
et on cherche les homologies dans les bases de donnes40.

38. Pour mettre les points sur les i , une fois de plus : il ne sagit pas de disqualifier linn au
profit de lacquis : cest le principe mme du couple inn versus acquis quil convient de
revoir [Stewart, 1993].
39. Je dis curieusement car Darwin lui-mme tait, bien sr, un grand naturaliste.
40. Comme je lai remarqu dans lIntroduction, il existe actuellement une pluralit de dfinitions.
Cependant, toutes les dfinitions courantes font rfrence des squences de nuclotides dans
lADN, et celle que je propose ici est reprsentative. On remarquera que cette dfinition emploie
des termes techniques que je nai pas dfinis ici : codons stop , ORF , etc. Je renvoie le lecteur
intress nimporte quel manuel de gntique contemporain.
02.Stewart Page 89 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 89

Le glissement de la dfinition 1 la dfinition 2 sest fait progressivement, sans


solution abrupte de continuit. Ainsi, on peut noter une dfinition intermdiaire,
traduite du glossaire dun manuel de gntique bactrienne in vivo [Joset et Guespin,
1993] :

Dfinition 3. Gne : lunit gntique (fonctionnelle), anciennement quivalente


au cistron : une partie dune molcule dacide nuclique qui porte linformation
gntique qui code soit i) pour une chane polypeptidique soit ii) pour un ARN
stable.

On notera quen 1993 (cest--dire un peu avant les premiers squenages de


chromosomes entiers), le gne tait dj dfini par la protine quil encode ; le rappel
du mot cistron nest mis l que pour montrer la continuit dans lvolution du
concept de gne , et non pas pour souligner que la gntique est aveugle tout
ce qui est invariant . Ainsi, malgr la continuit, il y a une question quil ne faut pas
luder : lintroduction dune rfrence fonctionnelle dans la dfinition de ce quest
un gne (le rle jou par lADN pour rendre possible la biosynthse de protines) ne
suffit-elle pas rendre caduque toute la critique de ce chapitre 2 ? cela, il y a trois
rponses.
Premirement, mme si la fonction des gnes se limitait leur rle dans la
synthse des protines, cela nenlverait pas leur caractre diffrentiel. En effet, ce
rle est foncirement informationnel. Comme nous lavons expliqu page 46, la notion
mme d information prsuppose que soient dj mises en place des catgories entre
lesquelles linformation va trancher ; et cette mise en place ne peut tre luvre du
message cod lui-mme. Cela se traduit, trs concrtement, par le fait que de lADN
tout seul dans un tube essai ne fait rien du tout, et il est radicalement incapable de
synthtiser des protines. Pour que lADN puisse concourir la fabrication de protines,
il faut que soient prsents : les nuclotides ncessaires pour sa traduction en
ARN-messager, des ribosomes, des ARN de transfert, des acides amins, une source
approprie dnergie (en loccurrence, de lATP), et tout un ensemble denzymes. Il
est vrai que les enzymes sont eux-mmes des protines ; par consquent, si le systme
tait convenablement amorc , il pourrait rcursivement produire les enzymes. Il
ne reste pas moins vrai que la seule situation naturelle o lensemble de ces conditions
est rempli est celle dune cellule vivante. Autrement dit, il faut quil y ait dj de
lautopose pour que lADN puisse jouer son rle dans la fabrication de protines.
Deuximement, la fonction de lADN ne se rduit nullement son rle dans la
fabrication de protines. Comme nous lavons dj remarqu dans lIntroduction, si
la seule fonction des gnes tait de contribuer la synthse des protines, la gntique
serait tout simplement une sous-discipline de la biochimie, elle-mme une sous-
discipline de la physiologie. Les gnes sont importants pour les organismes vivants
parce que des diffrences dans lADN peuvent tre la cause de diffrences dans tous les
02.Stewart Page 90 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

90 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

caractres de lorganisme entier. Nous verrons pages 129-131 que les gnes sont
importants prcisment parce quils crent la possibilit dune volution des organismes
autopotiques par slection naturelle.
Paradoxalement, les grandes dcouvertes de la biologie molculaire partir de
1953 ont fait plus de mal que de bien si on considre les relations entre gntique et
biologie41. Au fond, elles ne changent rien la nature intrinsquement diffrentielle
des informations gntiques ; mais en rifiant les gnes, elles ont occult cette
particularit (en effet, la gntique formelle nest plus enseigne ni prise en consid-
ration par les chercheurs). Pire encore, ces dcouvertes ne rendent pas service quand
elles rduisent toute considration des fonctions biologiques au niveau des protines.
Faut-il le dire, les organismes vivants ne sont pas rductibles un sac de protines.
Lironie, cest que les gnes sont importants pour la biologie prcisment parce que
les effets dune diffrence gntique stendent bien au-del du niveau des protines.
Il suffit de se rapporter la figure 6 de ce chapitre 2, qui sera reprise ci-dessous dans
une forme spcifique dans la figure 20 du chapitre 3, pour se rendre compte de
lappauvrissement que cela reprsente. Amputes de tout ce qui se situe au-del du
niveau dorganisation des protines, ces figures se rduisent une peau de chagrin.
Troisimement, la vision actuelle qui accorde un rle prpondrant aux gnes
(sans reconnatre leur caractre diffrentiel) tire une grande partie de sa plausibilit
dune conception rifie des organismes vivants. Plus prcisment, on considre
quun organisme nest rien dautre quun assemblage de molcules. Ainsi, on tient un
raisonnement du type suivant : Les gnes dterminent les protines ; les protines
(qui sont des enzymes) dterminent les ractions biochimiques qui ont lieu dans les
cellules, et dterminent donc la composition molculaire des cellules ; par consquent,
les gnes dterminent la composition molculaire, et, puisquil ny a rien dautre
dterminer, les gnes dterminent lorganisme. CQFD. Dans cette optique, on
comprend bien que le vivant en tant que tel ne soit pas un objet dtude scientifique.
La rponse est assez claire : les organismes vivants ne sont pas des choses (ils
deviennent des choses seulement quand ils sont morts) ; comme nous lavons dit,
ce sont en quelque sorte de purs processus.
Un aphorisme clbre de Francis Crick a beaucoup contribu la rification : Si
vous ne comprenez pas une fonction, tudiez une structure. Si le but reste fermement de
comprendre des fonctions, la phrase de Crick peut avoir son utilit comme consigne
mthodologique. Lennui, cest que trop souvent ltude de la structure devient un
but en soi, et on oublie de revenir aux fonctions (et donc aux processus). Toutefois,
avant de quitter cette question, il y a une situation qui mrite rflexion car, premire
vue, elle semble bien donner raison Crick. Lexemple prototypique en est celui des

41. On ne peut manquer de faire un lien avec les dgts du progrs qui caractrisent la socit
contemporaine tout entire. Cette question mriterait un approfondissement, mais dpasse le
cadre de ce livre.
02.Stewart Page 91 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22

SPENDEURS ET MISRES DE LA GNTIQUE 91

spores et des graines. En effet, lcologie de beaucoup dorganismes vivants est telle
que les conditions propices au dploiement dune vie active sont intermittentes,
tant entrecoupes de priodes souvent trs longues o la vie nest pas possible. Afin
de survivre dans la dure, ces organismes doivent tre capables dentrer dans un tat
danimation suspendue, o ils sont effectivement de pures structures. Ces structures
ne sont pas seulement inertes, elles doivent tre physiquement et chimiquement iner-
tes afin de perdurer pendant que lautopose nest pas possible42. Ce phnomne
fascinant impose deux contraintes43 : dune part, la phase anime doit pouvoir donner
lieu des structures inertes appropries ; dautre part, ces structures doivent pouvoir
redonner lieu une phase active quand les conditions de temprature, dhumidit,
de disponibilit dun flux dnergie, et caetera, sont runies de nouveau. Autrement
dit, ces structures inertes ne sont ni vivantes ni intressantes en elles-mmes ; elles
sont intressantes seulement parce quelles peuvent la fois tre produites par un
organisme autopotique et donner lieu un organisme vivant. Cette situation
correspond donc un dploiement dans le temps des relations synchroniques entre
des composants spatialement diffrencis dun organisme autopotique : comme
Kant la trs finement analys, chaque composant dun organisme vivant est l la
fois par les autres et pour les autres composants [Stewart, 2000]. En conclusion,
lexception apparente constitue par les structures inertes de lanimation suspendue
est une exception qui prouve la rgle : ces structures ne sont biologiquement signifi-
catives qu condition dtre remises en relation avec les processus de lautopose.

42. On remarquera que le vivant tire profit des situations o ce sont les mmes conditions qui i) rendent
lautopose impossible et ii) favorisent la conservation de structures inertes. Cest le cas notamment
de la scheresse et, dautre part, des trs basses tempratures o leau est congele et lagitation
thermique est rduite.
43. Ces contraintes sont difficiles raliser. Dans la nature, cela se produit principalement chez des
organismes relativement simples : les organismes unicellulaires comme les bactries et les zygotes,
qui sont la phase unicellulaire du cycle de vie des organismes multicellulaires. Chez les organismes
multicellulaires proprement dits, lanimation est gnralement ralentie plutt que suspendue ;
on pense lhibernation des ours, aux chrysalides chez les insectes et aux arbres en hiver. La
conglation profonde des organismes multicellulaires, avec possibilit dun rveil, requiert des
moyens artificiels labors ; pour le moment, cela nest possible que pour des organismes relative-
ment simples comme les vers nmatodes.
02.Stewart Page 92 Lundi, 6. septembre 2004 10:00 22
03.Stewart Page 93 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

CHAPITRE 3

Regain

Introduction : vers une biologie avec une gntique ramene


sa juste place
On remarquera qu partir de la page 61 du chapitre prcdent, il na pas
beaucoup t question des gnes. Et encore, quand ils ont t mentionns, ctait
surtout pour souligner ce quils ne pouvaient pas faire. Ctait tout fait dlibr, car
le but de ce chapitre tait de mettre clairement en vidence les limites de la gntique,
limites qui dcoulent essentiellement de son pistmologie diffrentielle. Aveugle
tout ce qui est invariant, la gntique ignore totalement lorganisation autopotique,
qui est linvariant le plus fondamental commun tous les organismes vivants. La
gntique est tout aussi incapable dexpliquer les rgularits de lontogense, parce
quil sagit encore dun invariant. Ces deux invariances ne sont pas pour autant inac-
cessibles lintelligibilit scientifique : elles sont construites sur la base des proprits
auto-organisatrices et morphogntiques des structures dissipatives considres dans
leur matrialit. Finalement, en raison de ces deux premires limitations, la gntique
ne possde quune vision singulirement appauvrie et rduite de la phylogense ; elle
rate lhistoricit de lvolution en termes de stratgies de vie et de formes dorganismes
bien individualiss au niveau de leur corps somatique.
La gntique, elle seule, ne peut donc pas tout faire. Contrairement ce que lon
affirme souvent, lADN nest pas le secret de la vie . Toutefois, en insistant sur ces
limitations de la gntique (et celles du nodarwinisme et de la biologie molculaire
qui en dcoulent), le but vis nest pas de discrditer la gntique, ni de dire que,
puisquils ne peuvent pas tout faire, les gnes ne peuvent rien faire. En particulier, le
but nest pas dessayer de revenir la situation davant 1950, o la gntique tait
presque inexistante en tant que discipline biologique. Au contraire, le but de ce livre
03.Stewart Page 94 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

94 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

est de ramener la gntique sa juste place en tant que discipline biologique parmi
dautres. La gntique possde des limitations, certes, mais elle apporte aussi une
contribution spcifique et irremplaable. Libre de la prtention exorbitante de tout
faire, et ramene au registre qui est authentiquement le sien, la gntique peut beau-
coup apporter la biologie. Les gnes ne peuvent pas constituer ce quil y a encoder.
Ils ne peuvent pas non plus mettre en place le systme de codage. Mais si ces deux
fonctions sont assures par ailleurs (en gros, par les invariances construites de lauto-
pose et de lontogense), les gnes sont parfaitement mme de constituer le
support dinformations codes. Ces informations sont essentielles pour le fonction-
nement des organismes vivants tels quon les connat aujourdhui ; notamment, elles
structurent la possibilit dune volution par variation alatoire et slection naturelle.
Nous avons dj eu un aperu de ce que des informations gntiques peuvent faire
(en complment ce quelles ne peuvent pas faire) avec les algorithmes gntiques
de la vie artificielle que nous avons prsents pages 48-55. Il sagit, dans ce chapitre,
de retransposer ces schmes dans leur domaine dorigine, savoir la biologie relle
des organismes vivants.

Trois exemples de gnes remis leur place


Dans cette section, nous allons prsenter trois exemples du changement de
perspective opr ds lors que lon parvient expliciter les conditions en amont qui
rendent possible lencodage gntique dinformations biologiquement significatives.

Le mtabolisme
Lexistence dun mtabolisme biochimique plus ou moins labor est lune des
caractristiques les plus fondamentales de tous les organismes vivants. Lautomate de
tesslation que nous avons prsent pages 73-76, comme illustration dune organisa-
tion autopotique minimale, possde en effet un mtabolisme. En loccurrence, il
sagit dun mtabolisme bas sur une chimie artificielle invente sur mesure pour
rendre possible lmergence dune organisation autopotique particulirement
simple. Si lon veut transposer ce schme conceptuel au monde rel et, en particulier,
si lon veut approfondir le problme de lorigine de la vie terrestre, la question qui se
pose est de savoir comment la chimie relle peut donner lieu au mtabolisme dun
organisme autopotique.
On sait que la particularit de la chimie qui rend possible la vie terrestre rside
dans certaines proprits singulires de latome de carbone, notamment sa quadri-
valence. En effet, cest celle-ci qui rend possible des molcules organiques ayant
des chanes de carbone, plus ou moins longues et ventuellement branches, tout
en laissant des valences disponibles pour des liens avec dautres atomes (notamment
H, O, S, N et P). Dans son enqute concernant des scnarios possibles pour lorigine
03.Stewart Page 95 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 95

de la vie, Cairns-Smith (1985) a tudi la structure topologique du rseau de ractions


mtaboliques chez un grand nombre despces. Il a observ que ces rseaux possdent
tous le mme noyau de ractions cls qui se situent au carrefour de toutes les
autres ractions ; et il en a conclu que ce noyau devait exister dj chez les premiers
organismes vivants. Ce noyau comporte notamment le cycle de Krebs qui fournit
de lnergie la cellule. Lhypothse de Cairns-Smith saccorde tout fait avec lide
que les organismes vivants sont des structures dissipatives, car le cycle de Krebs
est trs prcisment un cycle, autrement dit une espce de tourbillon chimique .
Or, le point quil faut souligner cest que toutes ces considrations sur la chimie
organique et tout particulirement, le fait quil existe une srie de molcules chimiques
qui peuvent tre transformes les unes dans les autres par des ractions simples, et
que cette srie se boucle sur elle-mme pour former un cycle qui fournit de lnergie
sous une forme transportable ne doivent rien aux gnes. Ce sont simplement des
donnes qui rsultent de la nature de la chimie organique, laquelle est rgie par des
lois effectivement invariantes. Nous sommes bien dans le cas de figure annonc : les
gnes ne sont pour rien dans la constitution de ce quil y a encoder. Cela nannule
absolument pas limportance des gnes, qui encodent des lments capables de cata-
lyser prcisment les ractions biologiquement pertinentes.
Ces considrations ne suffisent pas rsoudre lnigme de lorigine de la vie. Nous
avons dj mentionn, en page 78 (figure 17), que les gnes doivent non seulement
contribuer tablir un mtabolisme, mais quils doivent aussi tre produits en retour
par le mtabolisme. Ces contraintes sappliquent lensemble des organismes vivants,
y compris les tout premiers. Comme Cairns-Smith la remarqu, le mtabolisme
ncessaire pour produire rgulirement des nuclotides (et donc de lADN) est complexe
et, de surcrot, trs priphrique dans la topologie des rseaux mtaboliques. Il en a
conclu que lavnement des gnes faits dacides nucliques tait un vnement bien
ultrieur aux premiers organismes vivants, et quil tait lui-mme dj le rsultat
dune complexification du type envisag par Lamarck. Ainsi, il est trs peu probable
que les premiers lments gntiques aient t des acides nucliques, et les recher-
ches sur lorigine de la vie se fourvoient si elles se focalisent sur la possibilit de
produire de minuscules quantits de nuclotides et dacides amins par des dcharges
lectriques dans une soupe primitive . De telles dcharges, intrinsquement
sporadiques car correspondant dans la nature des clairs, ne peuvent correspondre
aux flux rguliers dnergie ncessaire la formation de structures dissipatives.
En conclusion, les recherches visant identifier les tout premiers lments
gntiques doivent commencer par identifier ce quil y a encoder , mais qui est
dj constitu avant mme quil soit question de gnes ; fondamentalement, il ne
peut sagir que dune forme de mtabolisme. Ensuite, il sagit de chercher quels l-
ments peuvent tre produits par ce mtabolisme, tout en contribuant le consolider
en retour. Ce cahier des charges est assez diffrent de celui qui domine actuellement,
03.Stewart Page 96 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

96 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

mais qui fait la double erreur : premirement, de focaliser sur le gntique ind-
pendamment du contexte dun organisme autopotique, et, deuximement, diden-
tifier le gntique de faon rifie des molcules dADN.

Les plans du corps


Certains chercheurs, effrays par la dcouverte rcente quil ny a que 30 000
gnes pour raliser lensemble des exploits attribus au programme gntique ,
croient en toute bonne foi faire une concession. Bien sr , disent-ils, les gnes
ne peuvent pas entirement dterminer lorganisme dans tous ses dtails. Les gnes
dterminent seulement les grandes lignes architecturales du corps ; les dtails plus fins
sont les rsultats dune pigense . Malheureusement, cette concession , mme si
elle est bien intentionne, passe ct de la plaque.
Revenons notre discussion sur les plans du corps et, plus prcisment, sur les
grands phyla des animaux multicellulaires (page 79). Ce qui constitue lespace de formes
possibles nous avons suppos quil existait une trentaine de formes possibles pour
larchitecture de base des animaux relve des proprits intrinsques de la matire,
telles quelles se rvlent ds lors que les conditions permettant lmergence de struc-
tures dissipatives sont runies. Rappelons-le, la morphogense est essentiellement de
mme nature, quelle se produise dans une situation inorganique comme pour le
flocon de neige (o il ny a videmment pas de gnes), ou chez un embryon en cours
de dveloppement. Tout cela fait partie de ce qui est gal par ailleurs soit parce
que lgalit est une consquence plus ou moins directe des lois physico-chimiques
de la nature, qui sont videmment les mmes pour tous les organismes vivants, soit
parce que linvariance a t construite par lorganisation biologique elle-mme.
Or, cest trs prcisment dans ces conditions, o tout est suffisamment gal
par ailleurs , quune diffrence dans un facteur gntique peut tre la cause dune
diffrence dans un phnotype mme si ce phnotype est aussi grandiose quun
plan du corps . On ne sait pas combien de diffrences gntiques interviennent
pour provoquer la diffrence architecturale entre phyla ; mais la limite, en principe,
une diffrence dans un seul facteur gntique pourrait suffire.

La phnylctonurie et lintelligence
La question de lhrdit de lintelligence a fait, en son temps, lobjet de vives
polmiques [Dumaret & Stewart, 1989]. Existe-t-il des gnes de lintelligence ? Ce
qui est sr, cest quil existe bien chez les tres humains un facteur gntique que lon
dtecte par le phnotype de la phnylctonurie ; plus prcisment, par la prsence ou
absence de certaines substances, les phnylctones, dans lurine. Ce gne est rcessif ,
cest--dire que les deux allles doivent avoir la forme altre (que lon peut dsigner
par le symbole pku/ ) pour produire le phnotype en question. Maintenant, il se
03.Stewart Page 97 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 97

trouve aussi que les individus phnylctonuriques sont le plus souvent atteints dune
dbilit mentale profonde. Quelle que soit la dfinition donne de lintelligence, il est
patent que cette diffrence dans un gne entrane une diffrence dans lintelligence.
Ce gne est donc un gne de lintelligence , dans le seul sens rigoureux de cette
expression.
Nous savons que la fonction dun gne est, en gnral, de dterminer la structure
dune protine donne. Dans le cas de la phnylctonurie, la protine en question est
un enzyme qui catalyse le mtabolisme dun acide amin, la phnylalanine. Cet acide
amin est un constituant de toutes les protines dont on se nourrit lait, viande,
fromage, ufs, etc. La forme altre du gne produit un enzyme inactif qui nest pas
capable de catalyser le mtabolisme de la phnylalanine. La consquence en est que
des formes dgrades de cet acide amin les phnylctones saccumulent dans le
sang et apparaissent dans lurine (do le nom de phnylctonurie). En outre, les
proportions de toute une srie dacides amins se trouvent perturbes du fait de cette
accumulation massive ; et il se trouve que ces perturbations sont le plus souvent
nocives pour le dveloppement du cerveau chez le nourrisson, do la consquence
de dbilit.
Cette explication est intellectuellement satisfaisante, en ce sens que les divers
symptmes de cette maladie peuvent tous tre ramens une cause premire la forme
altre dun enzyme spcifique , elle-mme ramene une diffrence dans le gne
concern. Elle est satisfaisante, par ailleurs, en ce sens quelle permet un traitement,
ou plutt une prvention efficace de cette maladie : si lenfant est nourri ds sa
naissance avec un rgime spcial ne contenant pas de phnylalanine, les perturba-
tions dans les proportions des acides amins nont pas lieu et la dbilit est vite.
Dans la plupart des hpitaux des pays dvelopps, des tests biochimiques simples sur
lurine de tous les nouveau-ns permettent de dpister les quelques rares cas de cette
maladie. Aujourdhui, il y a des milliers denfants normaux qui ont t sauvs de la
dbilit grce un rgime alimentaire appropri.
Mais aussi satisfaisante quelle puisse tre sur ces deux plans, cette explication est
tout fait droutante un autre niveau. En gnral, quand on parle dun gne de
lintelligence , on imagine que ltude de ce gne apportera une rponse scientifique
la question quest-ce que lintelligence ? . Cette histoire de phnylctonurie ne
nous apporte presque rien ce niveau-l. Mais cest a, justement, la leon essentielle.
Un gne na jamais le pouvoir de constituer un caractre phnotypique. Lorganisme,
qui peut tre dcrit aprs coup en termes de caractres phnotypiques, est constitu
pour lessentiel par des processus invariants auxquels la gntique est aveugle. Cest
seulement dans le contexte o un organisme (avec ses caractres phnotypiques) est
dj l, quune diffrence dans un gne peut provoquer une diffrence dans un phno-
type.
03.Stewart Page 98 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

98 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Gntique Niveau Chane


formelle d'organisation causale

Organisme, phnotype Diffrence

Systmes physiologiques Diffrence

Tissues, organes Diffrence

Cellules Diffrence

Macro-molcules Diffrence
(dont les gnes)

Figure 6. Les niveaux dorganisation et leur relation avec la gntique formelle,


dune part, et la biologie, dautre part
gauche, on voit que la gntique permet de passer directement des observations sur
le phnotype de lorganisme (visible extrieurement) des infrences sur les proprits
des facteurs gntiques. droite, on voit que la biologie appelle un dchiffrement de la
chane causale qui mne dune diffrence dans un facteur gntique une diffrence dans
le phnotype final, en passant ncessairement par chacun des niveaux dorganisation.

Lanalyse des phnotypes mendliens


Page 11, jai propos le terme phnotype mendlien pour dsigner un
phnotype dont lobservation permettait de dtecter la sgrgation dun seul facteur
gntique. Nous allons voir, dans cette section, que ce concept est dune importance
capitale et stratgique pour notre projet consistant remettre ensemble la gntique
et une biologie des organismes.

Les chanes de causalit diffrentielle


Pages 33-35, en rfrence la figure 6 que nous reproduisons ici, nous avons iden-
tifi ce qui fait la fois la force et la faiblesse de la gntique formelle. Sa force provient
de sa capacit, partir dobservations relativement simples sur un phnotype mend-
lien, dinfrer les proprits fondamentales des facteurs gntiques, en faisant totale-
ment abstraction de la chane causale qui mne dune diffrence dans un gne une
diffrence dans un phnotype observable. Sa faiblesse provient du fait quen court-cir-
cuitant cette chane causale, la gntique se coupe dune biologie des organismes.
Nous avions dj annonc, galement page 35, la voie principale qui permettrait
de remdier cette faiblesse et de rintgrer la gntique comme une discipline
biologique parmi dautres. Il sagit essentiellement de semployer dchiffrer, dans le
03.Stewart Page 99 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 99

dtail, la totalit de la chane causale qui mne dune diffrence dans un gne une
diffrence dans un phnotype1. Si lon russit faire cela dans le dtail, on disposera
dun bon antidote lillusion selon laquelle les caractres se situent dans les gnes .
Le moment est venu dexaminer de faon plus approfondie ce quimplique un tel
programme de recherche.
Puisque ce sont prcisment les dtails qui sont importants, il ny a gure dautre
moyen de prsenter ce programme que de prendre un exemple. Celui que jai choisi
est issu de travaux auxquels jai moi-mme particip, il y a 35 ans ; il est noter que
les moyens exprimentaux mis en uvre taient tout fait modestes et artisanaux.
Contrairement ce que lon pourrait penser, le dchiffrage dune chane de causalit
diffrentielle (conduisant dune diffrence dans un gne une diffrence dans un
phnotype) est une entreprise qui nest pas ncessairement excessivement onreuse.
Je reviendrai, pages 103-113, sur les conditions qui rendent ce type dexercice praticable.
La situation exprimentale tait la suivante. Il existe chez les souris un phnotype
que lon nomme oligosyndactylie : la diffrence des souris normales, chez qui
les doigts des pattes sont bien spars, les souris oligosyndactyles ont les doigts plus
ou moins fusionns. Il sagit dun bon phnotype mendlien : la diffrence entre
les souris oligosyndactyles et les souris normales est due la sgrgation dun seul
gne, que lon nomme Os/ 2. Or, nous avions remarqu que les souris ayant le
gnotype Os//+ ntaient pas seulement oligosyndactyles ; elles avaient aussi un
dficit dans leur capacit concentrer lurine. Lurine des souris normales est, en
moyenne, de lordre de 1 800 mOsm (cest--dire 6 fois plus concentre que le sang
qui est 300 mOsm) ; lurine des souris Os//+ tait 1 200 mOsm (cest--dire seule-
ment 4 fois plus concentre que le sang). Notre question tait celle-ci : quelle est la
chane causale qui conduit dune diffrence entre lallle Os/ et lallle +/ cette
diffrence dans la concentration de lurine ?

1. Dans la biologie molculaire contemporaine, on accorde une importance croissante aux processus
de traduction de lADN en protines, notamment avec le projet de la protomique visant
caractriser la composition de la cellule en protines. Mais si un organisme ne se rduit pas
lADN, il ne se rduit gure plus un sac de protines. Le fait de focaliser sur une toute petite partie
de cette chane causale (celle qui conduit de lADN la protine) masque encore plus labsence du
reste : une rponse incomplte une question est encore plus dangereuse que pas de rponse du
tout.
2. Jai dj comment, page 8, la trs mauvaise habitude des gnticiens consistant nommer les
allles un locus donn par un symbole se rapportant au phnotype mendlien qui permet
den suivre la sgrgation. Le gne en question ici, dont on dsigne lallle qui provoque loligo-
syndactylie par le symbole Os/ , ne porte nullement en lui la capacit constituer le caractre
oligosyndactylie . Toutefois, dans la mesure o il nexiste aucun moyen en gntique formelle
de suivre la sgrgation de cet allle autrement quen observant ce phnotype, cette habitude est
indniablement commode. Il est esprer que la suite de la prsentation de ce cas, o il deviendra
clair que la diffrence alllique est la cause dautres diffrences phnotypiques, apportera un anti-
dote au moins partiel cette mauvaise habitude. Pour mmoire, le gnotype Os//+ donne le
phnotype oligosyndactylie ; le gnotype +//+ ce locus donne le phnotype normal ; le
gnotype Os//Os donne un phnotype qui nest pas viable. On dit quil sagit dun allle semi-
dominant ltal .
03.Stewart Page 100 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

100 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Pour expliquer notre dmarche, il faut demble introduire quelques lments de


physiologie rnale (ce qui est un signe, dj, que lintgration entre la gntique et la
biologie est en marche). Lurine est produite par les reins, et le processus de concen-
tration de lurine dans les reins est contrl par une hormone nomme hormone
anti-diurtique , ou ADH. En effet, en labsence de cette hormone, lurine produite
est abondante et dilue. A priori, donc, un dficit dans la capacit concentrer lurine
pourrait tre d soit un dficit dADH, soit un dficit dans la capacit du rein
rpondre lADH. Pour trancher cette question, notre premire exprience tait simple :
nous avons inject de lADH des souris Os//+. Cela ne produisait pratiquement
aucun effet, et ne suffisait absolument pas ramener la concentration de 1 200 mOsm
la valeur normale de 1 800 mOsm. Nous en avons conclu que le dficit devait se
situer du ct des reins.
Afin de confirmer cette hypothse, notre deuxime exprience tait encore plus
simple : nous avons sacrifi une souris Os//+, et nous avons ouvert son abdomen
pour regarder les reins. Avant de donner le rsultat, le fait mrite dtre soulign que,
dans le contexte de lpoque, cette dmarche tait insolite et mme choquante. Les
anatomistes et les physiologistes ouvraient bien des animaux, mais, comme je lai
expliqu dans lIntroduction, il paraissait saugrenu pour eux demployer ces mthodes
pour rpondre une question de gntique. Les gnticiens, de leur ct, taient
encore trs largement sous lemprise de la gntique formelle ; et lun des grands
attraits de ce formalisme tait de conforter une rpugnance se salir les mains digne
des philosophes grecs de lAntiquit ou des brahmanes de lInde. Mais quoiquil en
soit que notre dmarche relevt de lhubris ou de laudace , nous fmes immdia-
tement rcompenss. Quand nous avons regard les reins de la souris Os//+, nous
avons vu quils taient beaucoup plus petits que les reins normaux. Le dficit se
situait manifestement du ct des reins.
Il ne fallait surtout pas sarrter en si bon chemin. Nous avons pes les reins des
souris Os//+, et vrifi que leur poids ne reprsentait que 50 % de celui des reins
normaux. Ltape suivante consistait identifier la cause de cette petite taille. Encore
quelques lments de physiologie : les reins sont composs dun grand nombre de
petits tubules, appels des nphrons ; lentre de chaque nphron, il y a une struc-
ture, le glomrule, qui sert filtrer le sang (cest le filtrat qui entre dans le nphron
et, aprs un traitement tout au long de son parcours dans le nphron, donnera lurine
sa sortie). Si les reins des souris Os//+ taient plus petits, ctait soit parce que le
nombre de nphrons tait rduit, soit parce que la taille de chaque nphron tait plus
petite. Nous avons donc compt le nombre de glomrules (gal au nombre de nphrons)
dans des sections histologiques de reins. Nous avons dcouvert, notre surprise, que
la taille de chaque nphron tait plus grande chez les souris Os//+, dans la proportion
de 250 %, mais que le nombre de nphrons tait extrmement rduit, ntant que de
20 % du nombre normal (250 20/100 = 50 %, donc nous retombions sur nos pieds).
03.Stewart Page 101 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 101

Cela nous posait un problme imprvu : comment expliquer que la taille des
nphrons individuels soit plus grande chez les souris Os//+ ? On sait (encore des
connaissances biologiques !) que si lun des deux reins est enlev, le rein restant grossit
par un processus dhypertrophie compensatoire ; et que cette hypertrophie est due
non pas une prolifration des nphrons, mais une augmentation de la taille de
chacun. Il nous semblait donc possible que la cause premire de toutes les diffrences
chez les souris Os//+ tait une diminution de 80 % du nombre de nphrons, et que
les autres diffrences, dont la grande taille des nphrons individuels, en taient des
consquences. Afin de mettre cette hypothse lpreuve, nous avons chirurgicalement
enlev environ 80 % du tissu rnal chez des jeunes souris de 2 semaines dge3. Puis,
nous avons examin les reins de ces souris lge adulte (10 semaines), et nous avons
observ quen effet lhypertrophie du tissu rnal restant tait trs proche de celle des
souris Os//+. Ce rsultat, satisfaisant pour nous, tait dailleurs tout fait cohrent
avec des tudes comparables rapportes dans la littrature scientifique.
Il nous restait, videmment, expliquer les diffrences fonctionnelles entre les
souris Os//+ et les souris normales ; et, notamment, la diffrence dans la concen-
tration de lurine qui tait notre point de dpart. Le paramtre cl ici tait le taux de
filtration glomrulaire (TFG), cest--dire le dbit total du sang filtr qui entre dans
lensemble des nphrons. Nous avons mesur ce taux chez les souris Os//+, et nous
avons trouv quil tait rduit de 50 % par rapport celui des souris normales. Cela
pouvait sexpliquer trs naturellement par la diminution dans la mme proportion
de la masse des reins. Or, on sait (encore lappel des connaissances physiologiques)
que la concentration de lurine qui peut tre obtenue dpend du rapport entre le dbit
des soluts excrts dans lurine, Sx, et le TFG. Comme on le voit dans la figure 20,
une augmentation dans le rapport Sx / TFG conduit une diminution dans la con-
centration de lurine. Il est noter que cette courbe est trs bien tablie, dune part,
par un grand nombre dexpriences rapports dans la littrature et, dautre part (sans
entrer dans les dtails techniques), par des modlisations thoriques du processus de
concentration de lurine [Stewart et alii, 1972]. Maintenant, la valeur de Sx le dbit
des soluts excrts dans lurine doit a priori tre la mme chez les souris Os//+ et
les souris +//+, car elles ont les mmes besoins de nettoyer leur sang en liminant ces
soluts (principalement de lure et des sels) ; et nous avons vrifi exprimentale-
ment que ctait bien le cas. On notera, toutefois, quafin dobtenir le mme dbit
dexcrtion de lure avec un TFG diminu de moiti, la concentration dure dans le
sang doit tre augmente ; nous avons vrifi exprimentalement que ctait aussi le
cas. La valeur de Sx est donc bien la mme chez les souris Os//+ et les souris +//+. Par
consquent, puisque le TFG est diminu de moiti chez les souris Os//+, la valeur du
rapport Sx / TFG est double ; et on voit daprs la courbe de la figure 20 que cela est

3. Nous avons enlev un rein entier et, approximativement, les deux tiers du rein restant.
03.Stewart Page 102 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

102 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

1800 +//+
Concentration de l'urine mOsm

1200 Os//+

600

0
1 2 6 25 100
Sx/GFR %

Figure 20. La concentration de lurine dpend du rapport (Sx / GFR)


o Sx est le dbit des soluts excrts dans lurine, et GFR est le taux de filtration
glomrulaire. Si le GFR diminue, avec Sx constant, cela provoque une diminution
dans la concentration de lurine comme pour les souris Os//+ compares des
souris +//+.

une cause suffisante pour produire une diminution de la concentration de lurine,


prcisment de 1 800 1 200 mOsm. Nous avons dailleurs directement vrifi ce
point nous-mmes, en doublant exprimentalement la valeur de Sx chez des souris
normales, ce qui produit effectivement une diminution de la concentration de lurine
de 1 800 1 200 mOsm.
Ce dchiffrage de la chane causale reliant une diffrence gntique un ensem-
ble de diffrences phnotypiques nest videmment pas complet. En particulier, nous
navons pas approfondi la partie de la chane causale qui relie la diffrence dans le
gne Os/ une diffrence (importante) dans le nombre de nphrons. Dautres cher-
cheurs ont dmontr que la quasi-totalit des effets de lallle Os/ sur le squelette et
les muscles pouvaient tre expliqus comme des consquences secondaires dune r-
duction dans le bord pr-axial des membres lge de 11 jours de gestation. Puisque
le squelette, les muscles et les reins sont tous des tissus issus du msoderme, il serait
fascinant de poursuivre ces recherches pour identifier une vritable cause commune
lensemble des effets de lallle Os/. Toutefois, dans la mesure o le champ de la bio-
logie qui nous intressait tait celui de la physiologie rnale, de telles recherches
ntaient pas directement pertinentes.
Cette petite tude, aussi modeste ft-elle, a trs bien rempli son cahier des charges,
qui tait de dchiffrer la chane de causalit reliant tout un ensemble de diffrences
entre les souris Os//+ et les souris +//+. La liste en est, en effet, assez longue : la concen-
tration de lurine, le poids des reins, la taille des nphrons, le nombre des nphrons,
03.Stewart Page 103 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 103

Niveau
d'organisation Phnotype Invariant

6 concentration 100 % Diffrence 67 %


de l'urine
...................... [urine] vs
Sx/TFG (Fig 19)
5 ure 100 % Diffrence 200 %
plasmatique ....................... Sx constant

4 taux 100 % Diffrence 50 %


de filtration relation
..................................
glomrulaire structure/fonction

3 poids des 100 % Diffrence 50 %


reins ......................... anatomie

2 taille des 100 % Diffrence 250 %


nphrons
....................... hypertrophie
compensatrice
1 nombre de 100 % Diffrence 20 %
nphrons ..................................organisation
de l'embriogense

0 gnotype +//+ Diffrence Os//+

Figure 21. Larbre gnalogique des causes


conduisant dune diffrence dans le facteur gntique Os/ versus +/ une diffrence
dans le phnotype concentration de lurine . Il sagit dun exemple particulier de
la partie droite de la figure 6.

le taux de filtration glomrulaire, et la concentration de lure dans le sang. cela, il


convient dajouter des lments qui ntaient pas diffrents, notamment le dbit des
soluts excrts dans lurine et la courbe reprsente dans la figure 20. Or, la fin de
ltude, il tait possible de situer tous ces lments dans un mme schme causal
(figure 21), do il ressort que la totalit des effets de lallle Os/ sur la physiologie
rnale peuvent tre ramens un seul effet primaire sur le nombre de nphrons. Ces
qualits font de cette tude un modle du genre ; elle est dautant plus intressante,
rappelons-le, que les moyens mis en uvre navaient rien dextravagant. Dans la
prochaine section, nous allons examiner les conditions qui permettraient sa gnra-
lisation.

Les vertus dun phnotype mendlien


Le type dtude prsent pages 99-103, bien quil ne soit pas frquent, nest pas non
plus un cas isol. Outre les autres travaux raliss dans les annes 1962 1970 dans
le cadre du groupe de Gntique endocrinienne cr par S.G. Spickett luniversit
de Cambridge, il y a le cas classique de la phnylctonurie prsent ici pages 96-97 :
03.Stewart Page 104 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

104 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

on y trouve on laura sans doute remarqu la mme vise consistant ramener de


multiples effets phnotypiques dans un mme schme de causalit diffrentielle. Il
y a aussi, et surtout, les travaux dune tout autre envergure consacrs la compr-
hension de lanmie falciforme. Ici, lanalyse causale stend magistralement depuis
le niveau molculaire (avec lidentification de lunique acide amin anormal, qui
altre la structure tridimensionnelle de la molcule de lhmoglobine) jusquau
niveau cologique et la relation avec le paludisme endmique, en passant par les
effets physiologiques sur le comportement des globules rouges dans les capillaires et,
dautre part, sur la rsistance au plasmodium parasitaire qui provoque la maladie.
Quel est le principe commun qui permet ce genre dtudes daboutir ?
Pour rpondre cette question, je serais tent de faire cho aux Beatles, qui dans les
annes 1960 chantaient : All you need is love . Dans le cas prsent, la maxime pourrait
tre : La seule chose dont vous ayez besoin, cest dun phnotype mendlien . La
raison en est la suivante. Si lon a russi identifier un premier phnotype mendlien,
que lon peut appeler le phnotype principal , on peut tout dabord classifier les
individus en fonction de leur gnotype (cest la dfinition mme dun phnotype
mendlien ). Pour gnraliser lexemple de loligosyndactylie, appelons ces deux
gnotypes G1 et G2 .
Ensuite, on sait a priori, avant mme toute observation empirique prcise, quil
doit exister une chane causale reliant la diffrence gnotypique la diffrence phno-
typique. Lavantage de travailler avec un phnotype principal qui est bien un phno-
type mendlien, cest que lon sait davance que toutes les diffrences systmatiques
que lon pourra observer entre des individus G1 et G2 seront galement des phnotypes
mendliens, relis la mme diffrence gntique la base. Plus prcisment encore,
on sait que tous ces phnotypes doivent se situer sur les nuds dune structure arbo-
rescente relativement simple, du type de celle qui est illustre dans la figure 22.
Pour illustrer cela par le cas de loligosyndactylie, le phnotype principal tait
la diffrence dans le concentration de lurine ; les phnotypes mendliens suppl-
mentaires taient : le poids des reins, la taille des nphrons, le nombre des nphrons,
le taux de filtration glomrulaire, et la concentration de lure dans le sang. cela,
il peut tre utile dajouter une liste de phnotypes qui ne sont pas des phnotypes
mendliens (dans cette tude4), car ils ne sont pas systmatiquement diffrents entre
des individus Os//+ et +//+ : la quantit de lhormone ADH stocke dans les glandes
pituitaires, limpossibilit de corriger le dficit dans la concentration de lurine par

4. Cest le lieu de mentionner que le fait de savoir si un phnotype est ou non un phnotype
mendlien nest pas une proprit intrinsque du phnotype. Cela dpend, totalement, des
diffrences gntiques qui existent ou non dans la population considre. Par exemple, dans une
autre tude chez les rats de Brattleboro qui manifestaient galement un dficit dans la concen-
tration de lurine, les reins taient normaux et ctait cette fois bien la production de lADH qui
tait altre. Cette question est rapprocher de celle de lhritabilit , qui nest pas non plus une
proprit intrinsque dun caractre (voir page 43).
03.Stewart Page 105 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 105

Niveau Phnotype
d'organisation principal
7 Y Y YY PP Y YY Y

6 Y Y X X Y Y

5 Y Y X YY Y

4 Y YY XX Y

3 Y X X

2 Y X

1 X

Figure 22. Le schma a priori des relations causales entre un ensemble de phnotypes
mendliens pour lesquels les variations sont toutes dues un mme facteur gntique
Le phnotype principal est dsign par PP . Les sous-phnotypes qui se situent sur la chane de
causalit entre le facteur gntique et le phnotype principal, sont dsigns par X ; les sous-
phnotypes collatraux qui ne se situent pas sur cette chane causale sont dsigns par Y . Quand
un sous-phnotype est affect par deux (ou plusieurs) sous-phnotypes au niveau dorganisation
immdiatement infrieur, il est dsign par XX ou YY .

une injection dADH, et Sx, le dbit des soluts excrts dans lurine. La tche qui
nous incombe est de situer tous ces phnotypes sur les nuds du schme reprsent
dans la figure 22 ; cest bien ce qui tait ralis dans la figure 21.
La figure 22 fait apparatre quafin dy arriver, il sera ncessaire de distinguer en-
tre, dune part, les phnotypes X qui se situent sur la chane de casualit entre le
facteur gntique et le phnotype principal, et qui sont surligns par un fond gris
dans la figure 22 ; et, dautre part, les phnotypes Y qui sont collatraux et qui ne
se situent pas sur cette chane causale. Par souci dconomie, on souhaiterait ne pas
observer trop de phnotypes collatraux se situant sur des nuds ne conduisant
pas la diffrence dans le phnotype principal, bien que cela ne soit pas trop grave
et puisse mme avoir un intrt propre. Or, cette formulation fait apparatre que,
contrairement ce que les Beatles disaient de lamour, des phnotypes mendliens
03.Stewart Page 106 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

106 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

ne sont pas la seule chose dont on ait besoin. Afin de bien identifier les phnotypes
quil est indispensable dobserver, et pour situer ces phnotypes correctement sur
la structure a priori de la figure 22, on a besoin de solides connaissances et aussi de
techniques exprimentales dans le domaine de la biologie concern (ici, la physiologie
rnale). Cest dailleurs bien pour cette raison la ncessit de combiner lanalyse
gntique et lanalyse physiologique que ce genre dtude est si peu frquent.
Par ailleurs, on notera la complication qui provient du fait quune diffrence ph-
notypique un niveau dorganisation peut avoir des effets sur deux (ou plusieurs)
phnotypes au niveau dorganisation suivant ; et par ailleurs que deux (ou plusieurs)
diffrences phnotypiques un niveau dorganisation peuvent conjuguer leurs effets
sur une diffrence phnotypique au niveau dorganisation suivant (cette situation est
note XX dans la figure 22). Ainsi, dans le cas de loligosyndactylie, la diminution
de 80 % du nombre de nphrons provoque une hypertrophie des nphrons indi-
viduels ; ce qui se conjugue avec la diminution de leur nombre pour produire une
diminution dans le poids des reins de 50 % seulement. Par ailleurs, la diminution de
50 % dans le TFG provoque une augmentation dans la concentration de lure dans
le sang, ce qui a pour effet de laisser Sx inchang. Cela est important, car si Sx avait
galement diminu de 50 % le rapport Sx / TFG naurait pas augment et, par cons-
quent, il ny aurait eu aucun effet sur la concentration de lurine. La ncessit de
pouvoir surmonter ce genre de complication est une raison de plus pour combiner
lanalyse gntique et lanalyse physiologique. Nous reviendrons prcisment sur
cette question dans la section suivante. Toutefois, avant cela, il faut terminer cette
discussion en expliquant pourquoi des phnotypes mendliens, sils ne sont pas
suffisants, restent nanmoins absolument indispensables.
En effet, que deviendrait le schme a priori de la figure 22 si le phnotype
principal auquel on souhaite sintresser ntait pas un phnotype mendlien ?
Cela voudrait dire que la variation dans ce phnotype proviendrait non plus dune
seule cause la racine, mais dune multiplicit de causes indpendantes les unes des
autres5. Par consquent, larbre gnalogique des causes devient celui de la figure 23.
Devant un tel enchevtrement, il ny a aucun espoir dexpliquer la variation dans
le phnotype principal . La conclusion simpose : on a bien besoin dun phno-
type mendlien . On reviendra cette question avec une discussion des maladies
multifactorielles pages 113-119.

5. partir du moment o les causes sont multiples, elles peuvent tre indiffremment gntiques
et/ou environnementales. Comme nous lavons expliqu page 43-44, partir du moment o un
phnotype est plastique (et quil peut donc varier), les causes de la variation sont gnralement
la fois gntiques et environnementales.
03.Stewart Page 107 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 107

Niveau Phnotype
d'organisation principal
7 Y Y YY PP Y YY Y

1 a b c d e f g h i j

Figure 23 Lenchevtrement qui se produit ds lors que la variation


dans le phnotype principal est due une multiplicit de facteurs
gntiques (et environnementaux)
Le contraste avec la simplicit de la figure 22 est vident.

La synergie entre physiologie et gntique


Le type dtude dont il est question dans lensemble de cette section, qui permet
de viser une (r)intgration entre la gntique et la biologie, requiert que lon parte
dun phnotype principal qui soit un bon phnotype mendlien , pour les
raisons que nous venons dexpliquer page 106. Toutefois, cela ne suffit pas. Il faut
ensuite identifier des phnotypes mendliens supplmentaires ayant la mme
racine et se situant non pas sur des branches collatrales mais, de prfrence, sur
les chemins causaux menant de la racine au phnotype principal. Et il faut, enfin,
vrifier que la chane causale pure (la partie surligne de la figure 22) est
complte, et que les diffrences phnotypiques un niveau dorganisation sont bien
des causes suffisantes des diffrences observes au niveau suivant dans la chane.
03.Stewart Page 108 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

108 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Pour cela, des connaissances biologiques dans le domaine concern par le phnotype
principal sont indispensables, allies bien sr des capacits techniques pour raliser
les mesures exprimentales.
Lexemple de la section pages 99-106 illustre bien comment des connaissances
physiologiques permettent une dmarche structure et systmatique pour identifier
des phnotypes mendliens supplmentaires qui soient pertinents, ce qui permet
dailleurs de les situer immdiatement sur le schme causal. Le point de dpart tant
une question de concentration de lurine, ce sont des connaissances physiologiques
qui nous ont permis de poser un choix binaire : soit un dficit dADH, soit un dficit
au niveau des reins. Sachant que le dficit se situait du ct des reins, nous avons
observs ceux-ci et dcouvert quils taient plus petits chez les souris Os//+. Ce sont
alors encore des connaissances physiologiques qui nous ont permis de poser un choix
binaire : soit un dficit dans le nombre de nphrons, soit un dficit dans leur taille ;
et une technique, en loccurrence lhistologie, qui nous a permis de rpondre. On
remarquera, toutefois, que mme si la dmarche tait systmatique, elle ntait pas tout
fait linaire dans le sens dune analyse descendante. Ayant dcouvert que les reins
taient plus petits, il fallait encore identifier les consquences fonctionnelles de cette
diffrence structurelle (TFG diminu de 50 %), et dmontrer que cela constituait une
explication suffisante du dficit de la concentration urinaire (relation entre Sx / TFG
et concentration de lurine). L encore, ce sont des connaissances physiologiques (la
courbe de la figure 20) et les capacits exprimentales correspondantes qui ont permis
lenqute daboutir. Tout cela a dj t bien not loccasion de la prsentation
pages 99-106, et je ninsisterai pas davantage tant la cause semble entendue6.
Afin de poursuivre la discussion, on peut aborder la question de que faire si le phno-
type principal que lon souhaite tudier nest pas un bon phnotype mendlien .

6. Dans loptique actuelle, la problmatique est inverse. On commencerait, sans doute, par identifier
la protine code par le gne Os/. Il faudrait alors remonter la chane causale, du bas vers le haut,
jusqu dcouvrir leffet sur les reins (et les pattes) de la souris. Cela est peut-tre possible. Et si la
dmarche aboutit, cela revient dune certaine manire au mme, car lessentiel du cahier des charges
dchiffrer la totalit de la chane causale menant dune diffrence dans un facteur gntique
une diffrence dans le phnotype principal est rempli. Il y a nanmoins un inconvnient majeur
cela, qui provient du fait quil est difficile de remonter la chane causale du bas vers le haut car on
ne sait pas bien o on va. Plus prcisment, il est difficile didentifier les consquences pertinentes
dune altration dans la structure dune protine on va assez aveuglment la pche , et la
consquence, de fait, est quon reste bloqu au niveau de la protine et quon naborde jamais
la physiologie proprement dite. Cette difficult est dmultiplie par le fait, notamment chez les
animaux knock-out (cf. pages 139-142), que si la protine en question est un facteur de transcrip-
tion, il peut trs bien y avoir des diffrences dans des dizaines dautres protines et on ne sait
plus quelles sont les pistes quil faut suivre. La dmarche prsente ici, pages 99-106, consiste
dchiffrer la chane causale en partant du haut vers le bas. Lavantage norme est quen conjonc-
tion avec des connaissances physiologiques appropries (dont on a soulign limportance), il est
possible de procder systmatiquement pour descendre les niveaux dorganisation. Par consquent,
la dmarche prconise ici nest pas rendue caduque et prime par les avances plus rcentes. Au
contraire, il sagit dune dmarche davenir.
03.Stewart Page 109 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 109

Niveau
d'organisation

n a) Concentration
de l'urine

(n-1) b) Poids des reins

(n-2) c) Nombre de nphrons

Figure 24. La relation entre le niveau dorganisation et limportance


relative des variations environnementales
a) Les distributions de la concentration durine se chevauchent.
b) Les distributions du sous-phnotype poids du rein sont mieux distingues.
c) Les distributions du sous-phnotype nombre de nphrons sont totalement
spares.

Commenons par le cas o la raison pour laquelle le phnotype nest pas mendlien
est quil existe bien un seul locus gntique o la sgrgation des allles produise des
variations dans le phnotype, mais quil existe des variations environnementales
importantes, de sorte que les diffrents gnotypes ne donnent pas lieu des phnotypes
clairement distingus. Pour illustrer cela, on peut reprendre lexemple pages 99-106.
La diffrence dans la concentration de lurine entre les souris Os//+ et les souris +//+
nest pas trs importante : 1 200 mOsm versus 1 800 mOsm, ce qui ne reprsente que
33 %. Il suffit que ltat de lhydratation des souris ne soit pas trs bien contrl pour
quune souris +//+ ayant rcemment bu ait une urine 1 300 mOsm, alors quune
souris Os//+ assoiffe (et affame, ce qui diminuerait Sx) ait une urine 1 400 mOsm.
Autrement dit, les distributions statistiques du phnotype concentration de lurine
peuvent se chevaucher (figure 24a).
videmment, une chose faire serait de contrler plus soigneusement les tats
dhydratation, par exemple en privant toutes les souris deau pendant 8 heures. Mais
il y a plus intressant que cela. En ralisant lanalyse physiologique et en descendant
donc les niveaux dorganisation de la figure 6 on constate que la diminution dans
le TFG et le poids des reins chez les souris Os//+ (qui sont les causes de la diminution
03.Stewart Page 110 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

110 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

de concentration de lurine) est de 50 %. En mme temps, les variations environne-


mentales sont moindres. Par consquent, les distributions statistiques du phnotype
poids du rein sont trs nettement dmarques, et nous avons donc trouv un trs
bon phnotype mendlien (figure 24b). En poursuivant lanalyse et en descendant
encore un niveau dorganisation, on arrive au phnotype nombre de nphrons
qui est la cause de la diffrence dans le poids des reins (lhypertrophie compensatrice
ne fait que masquer partiellement cet effet) ; et ici, la dmarcation est encore plus
accentue, car la diffrence est maintenant de 80 % (figure 24c).
Si lon rflchit bien, cette accentuation de la dmarcation au fur et mesure que
lon descend les niveaux dorganisation na rien de fortuit. Une diffrence trs nette
au niveau n peut trs bien tre la cause dune diffrence moins nette au niveau (n+1),
si le phnotype au niveau (n+1) est affect par des variations plus ou moins alatoires
dorigine environnementale. Mais une diffrence phnotypique au niveau n o les
distributions se chevauchent ne peut jamais tre la cause dune diffrence nette et
bien dmarque au niveau (n+1)7. Par consquent, il apparat que ce que nous avons
appel lanalyse physiologique non seulement requiert des phnotypes mendliens
(pour les raisons que nous avons voques page 106), mais quelle peut aussi
contribuer en retour fournir des phnotypes mendliens l o il ny en avait pas
auparavant.
Est-ce quon peut tendre cette procdure au-del du cas o la raison pour laquelle
un phnotype nest pas un bon phnotype mendlien est un excs de variations
environnementales, pour aborder le cas plus important o il y a une multiplicit de
facteurs gntiques qui contribuent la variation phnotypique de dpart ? La rponse
est oui .
Considrons, schmatiquement, le cas o la variation gntique dans un phno-
type principal qui nous intresse est due la sgrgation alllique 16 loci distincts.
La situation est a priori celle de la figure 23, cest--dire quelle est peu attrayante
premire vue. Mais ne cdons pas tout de suite la panique : mobilisons de bonnes
connaissances en physiologie avec les techniques exprimentales correspondantes,
et appliquons la procdure que nous avons nomme analyse physiologique en
descendant les niveaux dorganisation. Restons avec notre exemple de la concentration
de lurine, et posons-nous la question : est-ce que la variation dans la concentration
dans lurine est due une diffrence dans les taux dADH, ou bien une diffrence
dans la sensibilit du rein lADH ? Dans la mesure o notre phnotype de dpart
ntait pas un phnotype mendlien, la rponse sera presque invitablement : un
peu des deux , ce qui ne semble gure encourageant. Mais posons-nous une autre
question : combien de loci contribuent-ils chacun de nos sous-phnotypes, le

7. La seule exception possible cette rgle serait le cas o les mesures au niveau n auraient t
entaches derreurs purement exprimentales navant aucune influence sur le phnotype au
niveau (n+1). Mais cette exception ne ferait que confirmer la rgle.
03.Stewart Page 111 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 111

Niveau Nombre de loci Phnotype


d'organisation par phnotype pricncipal

7 (16) PP

6 (8) XX XX

5 (4) XX XX XX XX

4 (2) XX XX XX XX XX XX XX XX

3 (1) X X X X X X X X X X X X X X X X

2 (1) a b c d e f g h i j k l m n o p

Figure 25. Le schma dune procdure systmatique pour identifier


des phnotypes mendliens
En descendant les niveaux dorganisation, le nombre de loci par phnotype diminue.

taux dADH et la sensibilit du rein lADH ? tant donn que nos 16 loci auront
a priori des effets physiologiques relativement spcifiques, il y a peu de chances quun
mme locus ait un effet la fois sur le taux dADH et sur la sensibilit du rein lADH.
Par consquent, il y aura une rpartition des 16 loci entre ceux qui ont une influence
sur le taux dADH et ceux qui ont une influence sur la sensibilit du rein lADH.
Admettons, par exemple, que cette rpartition soit 8 : 8 (ce serait vraiment un manque
de chance que ce soit 0 : 16 ou 16 : 0). On peut alors ritrer la procdure. Une diff-
rence dans le taux dADH dans le sang peut tre due soit une diffrence dans le taux
de scrtion de lhormone, soit une diffrence dans la vitesse de sa destruction : cela
nous amnera des sous-sous-phnotypes dont la variation est due 4 loci seulement.
On peut procder de la mme faon sur lautre branche de la rpartition : une diff-
rence dans la sensibilit du rein lADH peut tre due soit une diffrence dans la
structure anatomique du rein (comme ctait le cas avec le locus Os/), soit une
diffrence dans les proprits des parois des nphrons. Et ainsi de suite : en continuant
lanalyse physiologique aussi longtemps quil faudra, le nombre de loci impliqus
dans chaque sous-phnotype ne peut que diminuer. Et on doit logiquement et syst-
matiquement parvenir identifier des sous-sous sous-phnotypes qui soient main-
tenant de bons phnotypes mendliens , dont chacun est spcifique pour lun des
16 loci. Nous sommes arrivs au but. Cette procdure systmatique est illustre, de
faon schmatique et gnrale, dans la figure 25.
03.Stewart Page 112 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

112 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Cela requiert videmment plus de travail que si lon tait parti dj avec un
bon phnotype mendlien, mais le point de dpart tait bien plus difficile. Et, dune
certaine manire, ce que lon perd dun ct on le regagne en grande partie de lautre8.
Dans loptique prsente ici, ds que l'on a russi descendre suffisamment de
niveaux d'organisation pour identifier un sous-phnotype mendlien , il n'est plus
ncessaire de descendre encore jusqu'au niveau de l'ADN ( moins de considrer que
le niveau molculaire est, en soi, le seul qui soit digne d'intrt, ce qui n'est nullement
une obligation). Le travail quon aura ralis pour identifier les 16 phnotypes
mendliens est dj une trs jolie illustration dune toute nouvelle synergie entre
gntique et physiologie. Dune part, cest lanalyse physiologique qui permet diden-
tifier des phnotypes mendliens et, par consquent, de mener bien lanalyse gn-
tique. Mais dautre part, cette analyse gntique permet en retour de nourrir et de
consolider les connaissances du domaine physiologique en question. En effet, le fac-
teur gntique devient en quelque sorte une bonne variable exprimentale que le
physiologiste peut manipuler de faon contrle. Par exemple, dans ltude de la
section pages 99-106, le facteur gntique Os//+ devient une manire extrmement
commode et propre de faire varier le nombre de nphrons la naissance. Cela peut
tre fait par une manipulation exprimentale dans ce cas, par une intervention
chirurgicale chez de jeunes souris , mais il sagit dune opration excessivement
dlicate et fastidieuse, alors que le facteur gntique produit le mme rsultat presque
gratuitement . Ce genre de synergie entre gntique et physiologie produit alors
une espce de cercle vertueux , reprsent dans la figure 26.

Physiologie

Fournit un bon
"variable exprimental" Ncessaire
permettant de nourrir pour obtenir
et consolider les des phnotypes
connaissances mendliens
biologiques

Gntique

Figure 26. La synergie entre physiologie et gntique, formant


un cercle vertueux

8. Comme le disent plus joliment les Anglais : What you lose on the merry-go-round you make up on the
swings.
03.Stewart Page 113 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 113

Les maladies multifactorielles


Les considrations de la section prcdente sont pertinentes pour un champ de
recherche dune grande actualit. En gntique humaine, les maladies classiques
(par exemple, l'anmie falciforme et la phnylctonurie que nous avons dj men-
tionnes, et dautres comme la chore de Huntington ou la mucoviscidose) sont
monogniques , c'est--dire que la prsence ou l'absence de la maladie est imputable
des diffrences dans un seul facteur gntique parmi les 20 ou 30 mille que comporte
le gnome humain. Ce sont donc des cas o la maladie elle-mme est dj, directement,
un phnotype mendlien , ce qui explique les progrs qui ont pu tre faits dans
llucidation de la totalit de la chane causale conduisant du facteur gntique au
phnotype final. Toutefois, toutes ces maladies sont extrmement rares ; les allles
qui les provoquent sont limins assez rapidement par la slection naturelle, et en
fait ils nexistent dans la population que parce quil y a des mutations rcurrentes.
Mme dans leur ensemble, et malgr le battage mdiatique qui est fait leur sujet
(notamment loccasion du Tlthon), ils ne reprsentent gure une menace impor-
tante pour la sant publique.
Aujourd'hui, il y a un intrt croissant pour une autre catgorie de maladies dites
multifactorielles . Ici, des facteurs gntiques et des facteurs environnementaux
sont galement importants9. Depuis peu, grce notamment aux marqueurs micro-
satellites, il est devenu possible destimer le nombre de facteurs gntiques impliqus
dans chaque maladie. Ce nombre dpend videmment de la prcision et de la spcificit
de la dfinition de la maladie en termes cliniques : plus la dfinition est spcifique,
moindre sera le nombre de facteurs gntiques dont la variation contribue la suscep-
tibilit la maladie10. Si lon prend des dfinitions aussi spcifiques que possibles,
tant donn ltat actuel des connaissances cliniques, le nombre de facteurs gn-
tiques est gnralement de lordre dune dizaine11. Avec les mmes dfinitions, la
frquence dune maladie multifactorielle est typiquement de lordre de 5/1000, ce
qui est autrement plus important que les maladies monogniques. Toujours avec les
mmes dfinitions, il y a environ 200 maladies multifactorielles. Par consquent,
dans leur ensemble, les maladies multifactorielles sont extrmement frquentes.
la limite, on pourrait dire que pratiquement toutes les maladies humaines sont des
maladies multifactorielles ; mme les maladies infectieuses, par exemple, possdent

9. L'hritabilit est gnralement de l'ordre de 50 %, ce qui nest pas surprenant pour un caractre
plastique (cf. la discussion pages 43-44).
10. Une maladie spcifique par exemple, le diabte type-1 dont on parlera plus en dtail par la suite
est un sous-phnotype par rapport aux maladies auto-immunes en gnral, qui sont elles-mmes
un sous-phnotype par rapport au phnotype maladie en gnral.
11. Le nombre de facteurs gntiques est plus que 1, cest--dire que ce ne sont pas des maladies
monogniques classiques ; il est mme certainement plus que 2 ou 3, donc les facteurs gn-
tiques sont multiples ; mais il est moins que 100. Lestimation du nombre comme tant de
lordre dune dizaine est confirme par des maladies modles chez les souris.
03.Stewart Page 114 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

114 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

une composante gntique qui est responsable de la variation dans la susceptibilit


la maladie. Mis dans les mmes conditions environnementales, tout le monde ne
dveloppera pas les mmes maladies ; par contre, des jumeaux monozygotes qui sont
gntiquement identiques possdent des profils cliniques qui sont fortement corrls.
Les maladies multifactorielles reprsentent donc un enjeu majeur de sant publique.
Toutefois, dun point de vue scientifique, les recherches nont pas beaucoup avanc
jusquici. Il y a une raison assez vidente cela. Avec une dizaine de facteurs gn-
tiques, et des variations environnementales en plus, le phnotype maladie est tout
sauf un phnotype mendlien . Cela reste vrai mme si la dfinition clinique de la
maladie est relativement spcifique, comme dans lexemple du diabte type-1 que
nous tudierons ci-dessous. Par consquent, on se trouve dans la situation illustre
dans la figure 23, et on comprend quil soit difficile de dchiffrer la situation. En fait,
la grande majorit des chercheurs dans ce domaine sont daccord pour estimer que
ce quil convient de faire pour avancer, cest didentifier les diffrents facteurs gn-
tiques individuellement. Les recherches pitinent nanmoins, et il se peut que cela soit
d deux erreurs conceptuelles. La premire, laquelle jai dj fait allusion page 88,
consiste considrer que identifier un gne quivaut identifier un segment
dADN chromosomique12. Cette erreur, fondamentale, est trs rpandue, et elle est
tellement au cur du thme de ce livre que je reviendrai dessus dans la prochaine
section, pages 113-119. Il existe nanmoins un certain nombre de chercheurs qui ont
bien compris que identifier un gne consiste identifier un phnotype mendlien
correspondant, ce qui est pistmologiquement correct. Ils recherchent donc des
sous-phnotypes , plus spcifiques que la maladie multifactorielle en question qui
correspond au phnotype principal , et qui pourront donc tre des phnotypes
mendliens permettant didentifier individuellement les facteurs gntiques con-
cerns. Leur dmarche se rapproche donc beaucoup de celle prsente pages 110-111.
Malheureusement, ils sont gnralement victimes dune deuxime erreur conceptuelle,
beaucoup plus subtile, mais qui empche nanmoins leurs recherches daboutir.
Cette deuxime erreur consiste supposer que chaque sous-phnotype recherch
sera ncessairement une sous-catgorie du phnotype principal. Le sous-phnotype
se manifestera donc uniquement chez des individus atteints du phnotype principal
(la maladie en question), mais jamais chez des individus normaux, de sorte que le
sous-phnotype sera moins frquent que le phnotype principal. Ce point de vue traduit
une prsupposition sous-jacente, selon laquelle une maladie multifactorielle
correspond un regroupement dune dizaine de syndromes distincts, dont chacun
est en ralit une maladie monognique. Cette prsupposition nest pas absurde,
mais il se peut quelle soit errone. Voyons cela de plus prs.

12. lheure actuelle, il y a une tendance considrer que identifier un gne revient identifier, si
possible, la (ou les) protine(s) quil encode. Cest tellement vrai que le langage courant (le jargon
de laboratoire) fait de plus en plus la confusion entre gne et protine. Mais comme nous lavons
remarqu dans la note 1, cela ne rsout pas le problme.
03.Stewart Page 115 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 115

Supposons (pour la clart de largument) quil y ait exactement 10 facteurs gn-


tiques impliqus dans la maladie multifactorielle laquelle on sintresse. chaque
locus, il y a deux allles, ce qui fait 20 allles en tout. Ces allles sont de deux types :
les allles +/ qui sont normaux, et les allles m/ qui prdisposent la maladie.
La question qui se pose est celle-ci : combien dallles de type m/ faut-il pour
dclencher la maladie ? Si la maladie multifactorielle correspond un regroupement
dune dizaine de syndromes distincts, dont chacun est en ralit une maladie mono-
gnique, 1 ou 2 allles m/ sur les 20 suffiront dclencher la maladie. Or, des
calculs rcents montrent que ce nest pas le cas. Ces mmes calculs suggrent que
pour toute une gamme de maladies multifactorielles, il faut gnralement quune
majorit des allles soient de la forme m/ pour que la maladie se dclenche
[Stewart, 2002]. Autrement dit, les facteurs gntiques en question interagissent
fortement entre eux ; aucun nest suffisant lui tout seul pour provoquer la maladie,
car celle-ci ne se produit que quand il y a une combinaison des facteurs qui y pr-
disposent. Un corollaire important de cela est que les sous-phnotypes spcifiques
pour chaque facteur seront plus frquents que la maladie elle-mme, car un tel sous-
phnotype peut parfaitement apparatre chez des individus sains, condition de ne
pas tre combin avec un nombre suffisant dautres facteurs gntiques. En effet, les
mmes calculs montrent aussi que si un sous-phnotype mendlien est prsent
chez 40 % des individus ayant la maladie, il sera prsent chez 20 % des individus
sains. Et puisque la maladie elle-mme est relativement rare (de lordre de 5 pour
1000), limmense majorit des individus qui exhibent le sous-phnotype recherch
seront des individus non pas malades mais sains.
Par consquent, il est trs possible quil faille rviser assez radicalement le cahier
des charges qui guide la recherche de sous-phnotypes mendliens : ceux-ci sont
probablement bien plus frquents que la maladie elle-mme. Gardons cette possibilit
lesprit, et revenons la stratgie de recherche prsente pages 107-112, notamment
dans la figure 25. Pour changer de notre sempiternel exemple de la concentration de
lurine, prenons le cas du diabte type-1 qui est un exemple assez typique dune maladie
multifactorielle. En effet, on pense aujourd'hui (sur la base dtudes employant des
marqueurs microsatellites) que le nombre de facteurs gntiques est de l'ordre de 15.
Cette conclusion est conforte par un bon modle chez la souris ; et lanalyse gntique
chez la souris confirme aussi que la maladie nest dclenche que si une grande
majorit des 15 facteurs gntiques sont prsents simultanment. Quelle analyse
physiologique peut-on proposer, afin de rechercher systmatiquement des sous-
phnotypes mendliens spcifiques pour chacun de ces 15 facteurs ?
Le diabte type-1 est une forme spcifique de diabte, o une dficience en insu-
line est provoque par la destruction auto-immune des cellules ! du pancras. Il sagit
donc dune maladie auto-immune. Or, les connaissances actuelles de la physiologie
du systme immunitaire permettent de proposer une analyse du phnotype
maladie auto-immune , qui descend systmatiquement les niveaux dorganisation.
Puisque cette analyse possde une structure hirarchique, avec un branchement chaque
03.Stewart Page 116 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

116 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

fois que lon descend un niveau dorganisation, le nombre de sous-phnotypes


saccrot de faon exponentielle. Cela est trs positif pour la recherche systmatique
de sous-phnotypes mendliens (car on peut esprer obtenir des sous-phnotypes
mendliens ds que leur nombre dpasse le nombre de facteurs gntiques), mais
pose des problmes vidents pour une prsentation exhaustive. Ici, pour chaque
nouveau niveau dorganisation, nous nexaminerons quun seul des sous-phnotypes
du niveau suprieur (celui qui est choisi est indiqu par une astrisque*).
0) Lauto-immunit est due :
soit une anomalie dans la sensibilit de lorgane cible (ici, les cellules ! du
pancras) ;
soit une anomalie dans les lymphocytes qui circulent dans le sang*.
1) Une anomalie dans les lymphocytes qui circulent dans le sang est due :
soit une anomalie des lymphocytes B ;
soit une anomalie des lymphocytes T*.
2) Une anomalie des lymphocytes T dans le sang est due :
soit une anomalie dans la dynamique des interactions priphriques ;
soit une anomalie dans la production des lymphocytes T par le thymus*.
3) Une anomalie dans la production des lymphocytes T par le thymus est due :
soit une anomalie dans la production positive des lymphocytes T rgu-
lateurs * ;
soit une anomalie dans llimination des lymphocytes T qui sont violemment
ractifs vis--vis des tissus du corps.
4) Une anomalie dans la production positive des lymphocytes T rgulateurs est
due :
soit une anomalie des lymphocytes produits par la moelle osseuse et qui
entrent dans le thymus ;
soit une anomalie du traitement des lymphocytes T lors de leur passage dans
le thymus*.
5) Une anomalie du traitement des lymphocytes T dans le thymus est due :
soit une anomalie dans la prsentation des antignes du corps par les cellules
du thymus ;
soit une anomalie dans les ractions des lymphocytes en formation ce
stimulus.
6) Et ainsi de suite, aussi longtemps que cela sera ncessaire pour obtenir un
phnotype mendlien spcifique pour chacun des facteurs gntiques impliqus
dans le diabte type-1.

Cet exercice correspond donc un cas particulier du dploiement de la stratgie


gnrale reprsente dans la figure 2513.

13. On notera que dans ce schma, il ny a toujours que deux cas possibles chaque niveau. Toutefois,
sil existe 3 ou plusieurs possibilits au niveau (n-1), cela ne change rien au principe de la dmarche.
03.Stewart Page 117 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 117

Il est noter que cette analyse dpend de connaissances physiologiques, la fois


thoriques afin de pouvoir procder systmatiquement, et exprimentales pour
mesurer avec la prcision requise les diffrents sous-phnotypes et sous-sous-
phnotypes . Il faut reconnatre qu lheure actuelle, ces connaissances ne sont pas
solidement tablies. Mais il faut souligner, ce propos, que la gntique ne peut en
aucun cas suppler des carences dans les connaissances physiologiques ; au contraire,
ce sont ces connaissances physiologiques qui sont ncessaires pour pouvoir mener
bien lanalyse gntique. Cela dit, le programme de recherche envisag ici fournirait
un bon cadre pour dvelopper les connaissances physiologiques ; nous sommes dans
le cas de la synergie entre gntique et physiologie illustre dans la figure 26. Pour
approfondir ce point, revenons la question des interactions entre des facteurs gn-
tiques qui semblent tre ncessaires pour provoquer le phnotype principal , sa-
voir un cas de diabte type-1.
Le schme de base pour analyser des interactions est le suivant. Considrons deux
niveaux dorganisation, que nous dsignerons par n et (n+1) . On supposera
galement quau niveau n, il existe deux sous-phnotypes indpendants, que nous
appellerons A et B , et quau niveau (n+1), il existe un seul sous-phnotype, qui
est affect la fois par des variations en A et en B, et que nous appellerons C (voir
figure 27). On dit, techniquement, quil y a interaction au niveau (n+1) si, mais
seulement si, la variation dans C qui est produite par une variation dans A dpend de
la valeur prcise de B, et rciproquement. Il sensuit de ces dfinitions quil ne peut
pas exister des interactions au niveau dorganisation qui est celui dun phnotype
mendlien14. En effet, la variation dans un phnotype mendlien est produite par un
seul facteur gntique, et il ne peut donc pas tre question dinteractions. Par cons-
quent, on sait que les interactions entre facteurs gntiques se produisent des
niveaux dorganisation ncessairement suprieurs celui qui sert identifier un
phnotype mendlien. En plus de cet argument purement logique, il semble probable
que la plupart des interactions ont lieu un niveau dorganisation relativement lev.
Par exemple, on peut trs bien imaginer que le diabte type-1 ne soit pas provoqu
par la seule susceptibilit des cellules ! du pancras, ni par la seule augmentation du
taux des lymphocytes T ractifs avec les tissus du corps, ni par la seule dficience dans
les lymphocytes T rgulateurs, mais seulement par une conjonction de ces trois
facteurs. Cela confirme ce que nous avons dj remarqu : ds que l'on a russi
descendre suffisamment de niveaux d'organisation pour identifier un sous-phnotype
mendlien , il n'est plus ncessaire de descendre encore vers le niveau de l'ADN.

14. Par contre, on notera que sil existe des interactions au niveau (n+1), il en existe ncessairement
tous les niveaux suprieurs. On ne peut pas dfaire des interactions en montant des niveaux
dorganisation. Cela rappelle la remarque que nous avons faite page 110, selon laquelle une
diffrence phnotypique au niveau n o les distributions se chevauchent, ne peut jamais tre la
cause dune diffrence nette et bien dmarque au niveau (n+1).
03.Stewart Page 118 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

118 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Additivit "A(B2)
Valeur
de C
"A(B1)

A1-B1 A1-B2 A2-B1 A2-B2

Epistasie
Valeur "A(B2)
de C

"A(B1)

A1-B1 A1-B2 A2-B1 A2-B2


Hypostasie
"A(B2)
Valeur
"A(B1)
de C

A1-B1 A1-B2 A2-B1 A2-B2

Figure 27. Les interactions entre deux sous-phnotypes A et B, au niveau


dorganisation n, dans leurs effets sur le sous-phnotype C au niveau (n+1)
a) Leffet de A sur C ne dpend pas de la valeur de B (et rciproquement, non
reprsent). Dans ce cas, il ny a pas dinteraction ; on dit que les effets de A et
de B sont additifs . [Figure 27a ici]
b) A ne produit un effet sur C que si la valeur de B est leve (et rciproquement,
non reprsent). Dans ce cas, on dit quil y a interaction pistatique entre A
et B. [Figure 27b ici]
c) A produit un effet important sur C en labsence de leffet de B (et rciproquement,
non reprsent), mais la combinaison des deux effets de A et de B ne produit
gure daugmentation supplmentaire dans la valeur de C. Dans ce cas, on dit
quil y a interaction hypostatique entre A et B. [Figure 27c ici]

En conclusion, on ne sait pas jusqu quel niveau dorganisation il faudra descendre


pour identifier des sous-phnotypes mendliens. Ce que lon sait, par contre, cest
que si on souhaite expliquer la variation dans un phnotype principal ici, les
maladies multifactorielles , il faut de toute faon commencer par le haut, dans une
approche que les Anglais appellent top-down . On sait, de plus, que si lon tient les
03.Stewart Page 119 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 119

deux bouts le phnotype principal dune part, les sous-phnotypes mendliens de


lautre , les niveaux n et (n+1) , o les interactions physiologiquement int-
ressantes se produisent, se situeront forcment entre ces deux bouts. Par consquent,
l'approche propose ici ne pourra tre implmente que si on inverse une tendance
actuelle et que l'on rhabilite la physiologie au niveau des organes et des systmes.

Lontogense
Introduction
Dans les deux exemples tudis en dtail dans la section III.3, les phnotypes
principaux que nous avons analyss taient concentration de lurine et auto-
immunit . Les connaissances biologiques que nous avons mobilises afin
daboutir des chanes causales reliant une diffrence gntique une diffrence
phnotypique, comme dans la figure 24, relvent principalement de la physiologie,
cest--dire du fonctionnement dynamique de lorganisme en synchronie un moment
donn. Cest notamment le cas, par exemple, des connaissances exprimes dans la
figure 23. Des connaissances physiologiques de ce genre sont ncessaires, et prcieuses
car elles montrent quun phnotype nest pas une chose mais bien plutt un
rgime de fonctionnement dynamique. Par ailleurs, comme nous lavons vu, de telles
connaissances peuvent permettre didentifier des phnotypes mendliens , condi-
tion sine qua non pour crer la synergie entre analyse gntique et analyse biologique
dont il a t question pages 107-112.
Cela tant, des connaissances purement physiologiques ne sont pas tout fait
suffisantes pour dconstruire entirement lillusion selon laquelle les caractres se
situent dans les gnes. On pourrait continuer imaginer, dans lexemple de la section
pages 99-106, que le caractre phnotypique nombre rduit de nphrons se situe
en quelque sorte dans lallle Os/. Or, il est noter que la diffrence gnotypique
Os//+ versus +//+ existe dj dans luf fertilis. Pourtant, celui-ci ne possde
pas de reins. Par consquent, le caractre phnotypique nombre rduit de nphrons
ne saurait exister ds le dpart. La diffrence dans le phnotype nombre de nphrons
ne peut sactualiser quau fur et mesure que les reins se forment au cours du processus
de lembryogense, qui se prolonge par le dveloppement post-natal.
Cette dimension celle de lontogense ntait pas totalement absente de lanalyse
que nous avons prsente pages 99-106. Il tait en effet question de lhypertrophie
compensatrice des reins, ce qui est bien un processus dveloppemental. Nous avons
mme mentionn que si lon voulait poursuivre le dchiffrage de larbre gnalogique
des causes diffrentielles jusqu inclure les effets de la diffrence Os//+ versus
+//+ la fois sur le squelette (le phnotype oligosyndactylie proprement dit)
et sur les reins (nombre de nphrons), il aurait fallu entreprendre des tudes embryo-
logiques. Toutefois, dans lensemble de la section pages 98-119, laccent tait mis sur la
03.Stewart Page 120 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

120 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

dimension physiologique. Il sagit prsent de rtablir lquilibre entre physiologie


et embryologie en thmatisant plus explicitement lontogense : non pas quil y ait
antagonisme entre ces deux chelles temporelles, mais au contraire parce que chacune
est ncessaire la pleine comprhension de lautre. En effet, un systme physiologique
avec ses organes et son mode de fonctionnement dynamique un moment donn
est toujours le rsultat dun processus ontogntique. Ainsi, si lon veut pleinement
comprendre quels sont les effets phnotypiques dune diffrence gntique, on ne
peut faire lconomie dune comprhension de lontogense, et notamment de son
organisation propre.
Comme nous lavons dit, la voie principale permettant de rintgrer la gntique
comme discipline biologique parmi dautres consiste dchiffrer, dans le dtail, la
totalit de la chane causale qui mne dune diffrence dans un gne une diffrence
dans un phnotype. Quand les connaissances biologiques mobilises sont dordre
physiologique, comme dans la figure 24, larbre gnalogique des causes diffren-
tielles traverse des niveaux dorganisation considrs en synchronie. Quand il sagit
de lontogense et des connaissances en embryologie, larbre gnalogique des causes
diffrentielles possde une structure analogue, mais avec une diffrence : la struc-
ture en question se dploie dans le temps. Comme nous lavons dit, notamment en
pages 65-67, lontogense est un processus historique o chaque stade cre les
conditions du stade suivant. Par consquent, les jalons naturels pour une analyse de la
chane causale sont ces stades, qui se succdent dans le temps. Dans la mesure o les
diffrents niveaux dorganisation dun organisme multicellulaire adulte se sont mis en
place par mergences successives au cours de lontogense, il existe certainement des
recoupements entre les deux types danalyse (qui peuvent par ailleurs se combiner,
comme cest le cas jusqu un certain point dans nos analyses de loligosyndactylie
et de la phnylctonurie). Toutefois, la primaut de la temporalit lchelle des
jours et des mois, qui forme la trame mme de lanalyse en embryologie, reste
une marque distinctive. Nous verrons dans la prochaine section que le concept de
paysage pigntique , qui reprsente larrire-fond des connaissances en embryo-
logie indispensables en amont pour toute analyse de causalits diffrentielles, se
caractrise en effet par sa nature temporelle.

Les phnocopies
Pages 61-69, nous avons dj soulign le fait que lontogense est un processus
hautement organis et que cette organisation rsulte non pas dune in-formation
extrieure, mais de la nature auto-organise du processus lui-mme. Ainsi, le processus
de dveloppement est la fois stable et capable de changements organiss importants.
Waddington, qui tait la fois embryologiste et gnticien, a illustr cette ide par la
mtaphore dun paysage pigntique :
03.Stewart Page 121 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 121

Figure 28. Le paysage pigntique de Waddington (1957)


Le cours de lontogense est reprsent mtaphoriquement par la boule qui roule
sur une pente. Quand la boule est dans une valle, lontogense est canalise
et des perturbations ne produiront pas deffet. Par contre, quand la boule se situe
un point de bifurcation, des perturbations mme minimes peuvent produire de
grandes diffrences dans le cours ultrieur de lontogense (une valle plutt
quune autre).

Ici, lontogense dun organisme est reprsente par le parcours dune bille des-
cendant dans une valle de ce paysage. Leffet dune perturbation extrieure sera
pratiquement nul si la bille reste dans la mme valle, ce qui illustre la stabilit du
processus. Par contre, si la perturbation fait passer la bille dune valle dans une autre,
le changement sera important mais pas du tout quelconque , car la bille restera
alors dans le parcours dfini par la nouvelle valle. On remarquera, en outre, que la
facilit avec laquelle une perturbation extrieure fait changer la bille de valle dpend
beaucoup du moment de son parcours. Ainsi, au moment o la bille est plonge dans
une valle profonde et troite, il y a peu de chances pour quune perturbation pro-
duise un effet. Par contre, quand la bille est dans la rgion o lentre dans une valle
ou une autre se dessine, une modification mme minime fera changer la bille de valle.
Nous savons aujourdhui que ces caractristiques un paysage caractris par
un nombre limit de zones de stabilit qui sont des bassins dattraction , spars
par des crtes sont des proprits mathmatiques dune grande classe de systmes
dynamiques non linaires. Waddington, quant lui, est parvenu cette vision des
choses partir de ses observations empiriques en tant quembryologiste. Parmi les
phnomnes qui mettent en vidence lexistence dun paysage pigntique , lun
des plus saillants est celui connu sous le nom de phnocopie . Une phnocopie est
03.Stewart Page 122 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

122 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

une forme mutante, en premier lieu identifie comme le rsultat d'une altration
dans un gne, mais qui peut aussi tre produite par une modification approprie de
l'environnement. Par exemple, un embryon de drosophile trait avec la vapeur
dther peut produire une mouche adulte ayant une paire dailes supplmentaire,
exactement comme le mutant gntique bi-thorax . Loin d'tre l'exception, les
phnocopies sont la rgle : dans les annes 1940, le gnticien Goldschmidt a russi
obtenir des phnocopies de tous les mutants gntiques connus de la drosophile.
Or, pour produire une phnocopie donne, la nature de la perturbation environ-
nementale est souvent relativement indiffrente : une modification de temprature,
un traitement avec la vapeur d'ther, ou mme un choc mcanique, peuvent tous
provoquer la mme phnocopie. Par contre, ce qui est spcifique est le moment
prcis de l'embryogense o la perturbation intervient ce qui correspond tout fait
limage dun paysage pigntique .
Du coup, on comprend mieux comment la mme variante phnotypique peut tre
produite soit par une mutation gntique, soit par une perturbation du milieu.
Variations gntiques et variations environnementales sont mises dans le mme sac :
toutes sont des perturbations (ventuellement, des informations ) externes au
processus lui-mme. Ainsi, la spcificit des effets qui peuvent tre produits ne rside
pas dans la perturbation elle-mme (qui peut tre remarquablement peu spcifique),
mais dans lorganisation intrinsque de lontogense en tant que systme autonome15.

Une synergie possible entre embryologie et gntique


videmment, il ne sagit pas de substituer une rification hypostasiante une
autre. Ce nest pas la peine de dconstruire la notion de programme gntique , si
on ne fait que la remplacer par le terme paysage pigntique . Il faut le souligner :
la mtaphore dun paysage pigntique nest pas en elle-mme une explication :
tout au plus, elle correspond lidentification dun phnomne qui est expliquer.
Et il faut reconnatre, lucidement, que nous sommes malheureusement assez peu
avancs dans cette voie. Dans loptique de ce chapitre, consacr aux perspectives
dun regain , y aurait-il une possibilit dinstaurer une synergie entre embryologie
et gntique, analogue celle que nous avons identifie page 112 entre gntique et
physiologie ?
Dans notre discussion des phnocopies la section prcdente, nous avons dit
que la spcificit des effets dune perturbation du processus embryologique ne rsidait
pas dans la nature de la perturbation elle peut tre indiffremment gntique ou
environnementale. Pourtant, les mmes expriences montrent quil existe bien une

15. On peut penser que les mutations gntiques sont beaucoup plus spcifiques. Mais si cette analyse
du phnomne des phnocopies est correcte, la spcificit apparente des mutations gntiques est
due non pas aux spcificits de la protine encode, mais plutt la spcificit du lieu et du temps
de laction du gne au cours de lontogense.
03.Stewart Page 123 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 123

spcificit de la perturbation, qui permet de prvoir le type deffet quelle peut


produire : il sagit de sa temporalit, le moment prcis de lontogense o elle intervient.
Cela est extrmement intressant, car videmment la temporalit, en elle-mme,
explique trs peu de choses. Le simple fait de savoir quune perturbation intervient
dans une fentre temporelle troite, par exemple entre 22 et 23 heures aprs la
formation de la chrysalide chez les drosophiles, ne permet pas dexpliquer ses effets.
Pour cela, il faut mettre cette temporalit en relation avec ce qui est en train de se
produire chez lembryon ce moment-l. Il est noter que la mtaphore du paysage
pigntique est, en ralit, un concept temporel : les valles ne sont pas de
simples lieux statiques, ce sont des attracteurs qui voluent eux-mmes au cours du
temps (celui de la bille qui avance). Waddington lui-mme a propos le terme
chrode pour indiquer, trs prcisment, que les valles se construisent elles-
mmes au cours du processus.
Lidentification de limportance cruciale des relations temporelles est dautant
plus intressante que des recherches actuelles en gntique du dveloppement
commencent fournir des donnes qui, bien interprtes, pourraient tre trs
pertinentes. Lun des grands centres dintrt actuellement est celui des gnes dits
homotiques . Ces gnes se caractrisent par le fait quune diffrence dans un facteur
gntique produit une diffrence remarquable dans la morphologie (par exemple, une
patte la place dune antenne, ou un il dans une position saugrenue) et, plus
gnralement, dans la segmentation du corps. Certains de ces gnes sont connus
depuis longtemps, comme le mutant bi-thorax dont il a t question plus haut ;
dautres ont t dcouverts plus rcemment. Sous lemprise de la notion de program-
me gntique , beaucoup de chercheurs ont cru que le secret de ces caractres
morphologiques tait cod dans ces gnes ; et on a procd au squenage des
segments dADN correspondants dans lespoir de dchiffrer ce secret . Cela na pas
donn la rponse attendue, mais a amen une dcouverte surprenante : des gnes
homologues par leur squence nuclotidique existent chez une grande varit
despces ayant des plans du corps qualitativement diffrents (les insectes, les mammi-
fres et mme des coraux) ! Cela aurait pu semer un doute chez ceux qui croyaient
que le caractre tait inscrit dans le gne, car comment expliquer alors que le
mme gne nait jamais produit une patte de souris chez une drosophile, ou vice
versa ; et que penser de lexistence de ces mmes gnes chez des coraux dont le
corps nest mme pas segment du tout ?! En fait, les gnes homotiques, pour
spectaculaires quils soient, ne fournissent pas une explication mais posent bien
plutt un problme expliquer : comment se fait-il quune simple diffrence dans un
facteur gntique puisse produire une telle diffrence phnotypique ? Au risque de
nous rpter, il faut dire quil ny a aucune rponse possible cette question, autre
que le dchiffrage de la totalit de la chane causale conduisant de la diffrence gn-
tique la diffrence phnotypique. Et pour cela, il faudra mobiliser des connaissances
concernant lorganisation de lontogense en tant que systme autonome.
03.Stewart Page 124 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

124 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Quoi quil en soit, le squenage des gnes homotiques (et les mesures permises
par celui-ci) a quand mme apport dautres renseignements utiles. Il savre que ces
gnes se situent les uns ct des autres dans les chromosomes et, plus important
encore, quils sont activs la suite les uns des autres dans une squence temporelle
organise. Cela nous ramne limportance dcisive de la temporalit pour la compr-
hension de lontogense. En gardant prsent lesprit les tudes sur les phnocopies,
il se peut que, quand on a identifi quel moment temporel le gne en question est
activ (et en y ajoutant, ce qui peut aussi avoir son importance, la localisation spatiale
dans lembryon des cellules qui expriment le gne), on dtienne dj la majeure par-
tie de ce qui explique les effets spcifiques dune diffrence dans ce gne.
Que reste-t-il alors faire pour dchiffrer la totalit de la chane causale qui mne
dune diffrence dans un gne une diffrence dans un phnotype ? Nous avons
conclu la section pages 98-119 en disant que si lon veut vraiment expliquer la variation
dans un phnotype principal , il convient de commencer lanalyse causale par le
haut . Dans le cas de lontogense, les phnotypes principaux (cest--dire les
phnotypes mendliens qui permettent, en premire instance, didentifier les facteurs
gntiques correspondants) sont le plus souvent des diffrences morphologiques
chez ladulte. Nous sommes donc dans le domaine de la morphogense. Or, comme
nous lavons dit page 64, les bases physiques de la morphogense matrielle sont
ncessairement les mmes chez les organismes vivants que dans des processus inor-
ganiques : dans les deux cas, il sagit de structures dissipatives qui mobilisent des forces
mcaniques comme la pression hydrostatique ou la viscosit, des forces lectromagn-
tiques comme lattraction ou la rpulsion lectrostatique, les forces de Van der Waals,
la polarit hydrophile-hydrophobe, etc. En mme temps, lexemple du flocon de neige
a montr quun autre lment dterminant dans le processus morphogntique un
moment donn nest rien dautre que la forme produite par lhistoire jusque-l. Ainsi,
pour reprendre lexemple du phnotype bi-thorax , la cause principale de la diff-
rence morphologique entre une drosophile bi-thorax adulte et un individu normal
est sans doute la diffrence morphologique entre les deux mmes individus un ge
plus jeune. Comme nous lavons dj remarqu, la dmarche consistant descendre
les niveaux dorganisation lors dune analyse physiologique possde son analogue
lors de lanalyse ontogntique, qui est de remonter le temps. La question qui se pose
alors est celle-ci : jusquo faut-il remonter dans le temps du dveloppement ? Certai-
nement pas jusqu luf fertilis, car ce moment-l il nexiste aucune diffrence
morphologique entre les individus bi-thorax et normaux.
Cest ici que se prsente la possibilit dune trs jolie synergie entre gntique et
embryologie. Comme nous lavons vu avec lexemple des gnes homotiques, les
outils spcifiques de la gntique permettent didentifier avec prcision le moment
temporel et aussi la localisation spatiale o les toutes premires diffrences morpho-
logiques se dessinent. Habituellement, on prend la mutation gntique comme
03.Stewart Page 125 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 125

modle, et on appelle phnocopie le mme phnotype produit par une perturbation


environnementale. Ici, on inverse la perspective : le phnotype bi-thorax est en
quelque sorte une copie gntique de la phnocopie , o la mme diffrence phno-
typique qui peut tre produite par une intervention exprimentale est maintenant
produite par une diffrence gntique. Le grand avantage de la variation gntique,
par rapport la variation exprimentale qui produit les mmes effets, outre sa com-
modit, rside dans sa prcision et sa fiabilit16. Ayant apport sa contribution qui
est celle davoir identifi le lieu et le temps dune diffrence cruciale dans des processus
morphogntiques proprement dits , la gntique peut (et doit) se retirer et passer
la main. Lembryologie peut alors prendre le relais, pour dcrire exactement quelles
sont les diffrences dans les processus morphogntiques en cours en ce temps et
ce lieu, et pour ramener ces diffrences, probablement, des diffrences dans des
mouvements de cellules. La prochaine tape consiste expliquer ces diffrences de
mouvements par des diffrences dans les proprits des cellules ce seront a priori des
diffrences dans leurs proprits physiques. La dernire tape consiste alors expliquer
ces diffrences morphogntiquement pertinentes par des diffrences dans le mtabo-
lisme des cellules, que lon pourra ramener enfin la diffrence gntique entre les
allles.
Pour rsumer : il existe une synergie potentielle trs forte entre gntique et
embryologie. Lembryologie est absolument ncessaire pour dchiffrer la totalit de
la chane causale conduisant dune diffrence gntique une diffrence dans le
phnotype principal en bout de chane. La gntique fournit un matriel de choix
pour conduire ce genre danalyse. (Pour des raisons totalement analogues celles ex-
poses page 106, il faut sassurer que le phnotype principal est bien un phnoty-
pe mendlien. Si jamais ce nest pas le cas, il faut encore une synergie entre
embryologie et gntique pour dcouvrir de bons phnotypes mendliens , en
analogie avec notre discussion page 111.) Nous avons remarqu les multiples analogies
entre analyse physiologique et analyse embryologique dans leurs relations potentielles
avec la gntique, qui en font en quelque sorte des variantes (complmentaires) dans
une stratgie de recherche commune. Le point le plus important est peut-tre celui-ci :
dans les deux cas, il convient de commencer lanalyse biologique par le haut17 .
Nous reviendrons cette question dans notre discussion finale.

16. En effet, la procdure consistant administrer un choc (thermique ou autre) des embryons ayant
un ge trs prcis est non seulement assez fastidieuse, mais surtout grossire (il nexiste aucune
prcision spatiale) et peu fiable (il est rare que 100 % des embryons traits manifestent la phno-
copie ). Cet avantage de la variation gntique par rapport une variation exprimentale est tout
fait analogue celui du gnotype Os//+ par comparaison avec une intervention chirurgicale
sur les reins, que nous avons not page 112.
17. Cela ntonnera personne de savoir que la biologie contemporaine commence ses analyses, notam-
ment des effets des gnes homotiques, par le bas . Pour le moment en tout cas, ces recherches
sont englues dans la dcouverte de cascades deffets molculaires, qui deviennent trs compli-
qus sans que lon voie la fin du tunnel savoir, le moment o lon identifiera enfin les causes
physiques de la morphogense. La situation est tout fait analogue celle dcrite dans la note 6.
03.Stewart Page 126 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

126 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Lvolution revisite
Introduction
Lune des caractristiques majeures de la thorie nodarwinienne de lvolution
rside dans son insistance sur le fait que les variations gntiques sur lesquelles opre
la slection naturelle doivent tre alatoires . Cette insistance dcoule son tour
du postulat encore plus fondamental, hrit de la thorie de Darwin lui-mme, selon
lequel la slection est la seule force directrice de lvolution [Mayr, 1980]. En effet,
comme nous lavons expliqu pages 38-40, si les variations phnotypiques ntaient pas
alatoires si elles comportaient dj une tendance systmatique alors cela pourrait
tre cette tendance et non plus la slection naturelle qui dterminerait le cours de
lvolution. La nature alatoire des variations gntiques semble tre conforte
par les dcouvertes de la biologie molculaire. En effet, au niveau molculaire, le
mcanisme principal dune mutation gntique est celui de la substitution dun
nuclotide (A, T, C ou G) par un autre loccasion de la rplication (ou de la rparation)
de lADN ; et de telles substitutions, qui sont la consquence derreurs , sont effec-
tivement alatoires. Mais mme si les nouvelles variations qui adviennent par mutation
sont alatoires au niveau de lADN ce que lon peut admettre , il ne sensuit pas
que les variations soient alatoires au niveau du phnotype. Comme nous lavons
soulign tout au long de ce chapitre, une diffrence dans un facteur gntique ne pro-
duit une diffrence dans un phnotype quau terme dune longue chane causale, qui
traverse de multiples niveaux dorganisation. Notamment dans le cas des organismes
multicellulaires, la constitution mme des caractres phnotypiques ne se ralise
que par le processus de lontogense ; et ce systme tant hautement organis, les
variations qui peuvent sy produire sont tout sauf alatoires. Nous en avons eu une
illustration concrte avec ltude des phnocopies : une perturbation alatoire
produira soit aucun effet soit (sil se produit dans une fentre temporelle assez troite)
une forme morphologique trs caractristique (par exemple, bi-thorax ).
Toute thorie de lvolution se base ncessairement sur les variations existant au
sein dune population un moment donn, car ces variations sont en quelque sorte
la matire premire de toute volution possible. Cela est vrai, quelle que soit lim-
portance que lon accorde (ou non) la slection naturelle : si la population tait ri-
goureusement homogne, aucune volution ne serait possible. Si nous prenons en
compte les considrations des sections pages 99-125, il sensuit que les variations au
sein dune population ne sont pas alatoires . Dans cette section, nous allons
examiner quelques consquences de cela pour la thorie de lvolution.

Les rythmes de la macro-volution


Nous avons remarqu, page 57, que la thorie nodarwinienne naccordait prati-
quement aucune place lontogense. Que se passe-t-il si, dans la perspective du
03.Stewart Page 127 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 127

prsent chapitre, nous envisageons une nouvelle biologie des organismes qui ramne
la gntique sa juste place ? Nous verrons que la thorie de lvolution qui en rsulte
dtrne la slection naturelle de sa place comme seule force directrice de lvolution ,
mais quen contrepartie, la puissance explicative de la nouvelle thorie est grandement
accrue.
Nous mettrons de ct ici lorigine mme des organismes multicellulaires lpoque
de lexplosion cambrienne il y a 600 MA. Cet pisode, dont nous avons longue-
ment parl pages 79-89, ne peut certes pas sexpliquer sans rfrence lontogense.
Toutefois, on pourrait la limite faire valoir que cet pisode sexplique, en grande
partie, par un changement dramatique dans les conditions de la slection naturelle
(notamment, une augmentation brusque et importante dans le taux doxygne
atmosphrique). La question que je propose daborder prsent est celle-ci : y a-t-il
une diffrence dans le processus mme de lvolution, avant et aprs lexplosion
cambrienne ?
Nous avons vu que les premiers organismes vivants sont apparus relativement
peu de temps aprs la formation de la plante Terre vers 4000 MA, et que des archo-
bactries , ayant dj un appareil gntique form dacides nucliques et capable de
synthtiser des protines, taient dj en place vers 3500 MA. partir de ce moment-
l, on peut dire que, dune certaine manire, il ne sest pas pass grand-chose jusqu
600 MA. Il sagit, il faut lavouer, dune simplification grossire qui ferait hurler des
biologistes connaissant bien les subtilits de la vie microbienne18. Il y a eu, notamment,
linvention de la photosynthse [Reichholf, 1993] ; il y a eu, aussi, lmergence des
organismes eucaryotes, avec un noyau et des mitochondries, par symbiose entre des
formes de vie procaryotes. Mais aussi lourdes de consquences quelles soient pour la
suite19, ces innovations nont pas permis de dpasser les limitations intrinsques la
vie unicellulaire. Ce qui change, partir de 600 MA, cest le rythme de lvolution.
Avant, pendant 29 centaines de MA, une volution extrmement lente o, en termes
de morphologie et de comportement, il ny a aucune innovation marquante. Aprs,
lvolution devient (relativement !) extrmement rapide : il ne se passe pas une
centaine de MA sans une innovation notable. Pour illustrer cela, on peut prendre la
ligne des vertbrs. Il y a eu successivement lapparition des formes suivantes : les

18. Une microbiologiste a crit ceci : En fait, parce que les unicellulaires ne sont pas trs diffrents de
forme, on simagine quils sont peu diffrencis. Cest absolument faux. Les capacits dadaptation
inoues des bactries en font les tres les plus volus de la plante. Les innovations sont en termes
de mtabolisme et de variabilit adaptative. Cela dit, au risque dencourir laccusation dun
jugement anthropomorphique, je maintiens la simplification en me basant sur les critres de
morphologies et de comportements visibles (au besoin, sous le microscope).
19. La photosynthse non seulement permet un mtabolisme autrement plus dynamique, mais cest
elle qui conduira, terme, laugmentation du taux de loxygne atmosphrique qui permettra
lclosion des organismes multicellulaires. Les organismes multicellulaires sont tous des eucaryotes,
ce qui laisse supposer que cette forme cellulaire est ncessaire sinon suffisante pour que puisse se
dployer une ontogense.
03.Stewart Page 128 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

128 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

poissons sans mchoire (lamproies), les poissons cartilagineux (requins, raies), les
poissons osseux (saumons), les amphibiens (grenouilles), les reptiles (tortues, ser-
pents, lzards), les dinosaures, et puis la fois les oiseaux et les mammifres.
Comment peut-on expliquer ce brusque changement dans le rythme de lvolu-
tion ? Tout simplement par le fait que les variations phnotypiques possibles, qui
seront soumises la slection naturelle, ne sont pas alatoires . La gamme de
variations possibles chez les organismes unicellulaires est trs rduite, tant du point
de vue morphologique quen termes de stratgie de vie. Un organisme unicellulaire
reste forcment microscopique (mme les paramcies ou les amibes les plus grandes
ne dpassent pas une fraction de millimtre) ; et comme style de vie , il na gure
dautre choix que de se fixer sur une surface, ou de driver plus ou moins alatoirement
dans leau20. Chez des organismes multicellulaires, la gamme de morphologies et de
comportements possibles est incommensurablement plus large. Certes, comme nous
lavons soulign pages 58 et 78, tout nest pas possible : lontogense est un systme
autonome, avec ses propres contraintes, de sorte que les seules variations qui puissent
advenir sont celles qui rsultent dune modification dans le processus de lontogense.
Mais la gamme de ce qui reste possible est norme, et sans commune mesure avec ce
qui lest des organismes unicellulaires. Pour sen convaincre, il suffit dapprcier la
varit des formes de vie multicellulaire des chnes aux souris qui ont t retenues
par la slection naturelle (ce qui nest videmment quun sous-chantillon de ce qui
a pu tre propos mais rejet car non viable). En conclusion, le rythme de lvolution
sest acclr parce que la gamme des variations possibles a littralement explos.
Cet effet a t dmultipli par le fait que le comportement est lui-mme une sorte
de moteur de lvolution, comme la not Piaget (1976)21. En effet, les forces de
slection naturelle ne sont pas de simples variables exognes. Par leur comportement,
les organismes vivants contribuent constituer dans leur diversit les forces de slection
qui vont jouer. Lewontin (2003) a bien soulign que lenvironnement ntait pas
une entit prdonne par les lois de la physique et de la chimie. Ce quest lenviron-
nement pour un organisme ne peut pas tre spcifi sans se rfrer lorganisme
lui-mme : cela dpend de ce que lorganisme peut y faire22. En ce qui concerne les

20. Les organismes unicellulaires peuvent passer de faon transitoire par lair ou sur terre, sous forme
de poussires , mais ils ne peuvent pas y dvelopper leur vie active. La microbiologiste proteste :
Pas du tout daccord ! Les bactries peuvent vivre 100 C ou 0 C, dans les eaux interstitielles
des roches profondes ou dans leau de surface, voire dans les fentes des roches du Sahara. Certaines,
comme le smyxiobactereis, font mme des arborescences multicellulaires transitoires. En plus, elles
sadaptent tout ce qui arrive de nouveau, que ce soit lhomme ou ses produits industriels les plus
sophistiqus. Il y aurait de quoi devenir lyrique.
21. On notera aussi que limportance du comportement tait bien reconnue par Lamarck, qui avait
donc moins tort quon ne le pense gnralement.
22. Au niveau de la perception, Gibson (1979) soutient quun organisme ne forme pas des reprsen-
tations de la ralit , mais que, plutt, il peroit directement des occasions pour dployer telle ou
telle action.
03.Stewart Page 129 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 129

rythmes de lvolution, le fait que les organismes contribuent spcifier leurs propres
forces de slection est en principe tout aussi valable pour les organismes unicellulaires
que pour les organismes multicellulaires. Toutefois, partir du moment o la gamme
des comportements possibles samplifie chez les organismes multicellulaires, limpor-
tance de cette dynamique est elle aussi dmultiplie. Pour ne prendre quun exemple
majeur : les organismes multicellulaires, les vgtaux comme les animaux, peuvent
sortir de leau pour aller sur les terres et aussi pour voler dans les airs. Cela sest
produit, dabord pour les plantes et, leur suite, pour les animaux, aux alentours de
400 MA. Les organismes multicellulaires ont ainsi cr de toutes pices des niches co-
logiques indites.

Lassimilation gntique
Nous avons critiqu plusieurs reprises (notamment pages 61-69 et 87-88) le
principe mme dune opposition entre linn et lacquis . Il sera intressant de
voir ce quil en est, ds lors que la gntique est rintgre sa juste place dans une
biologie des organismes qui cherche articuler phylogense et ontogense. cet gard,
des expriences dune grande porte conceptuelle ont t ralises par Waddington
(1953), sous le nom de lassimilation gntique . Ces expriences, dsormais clas-
siques, portent sur une phnocopie nomme cross-veinless23 . Normalement, les
ailes des drosophiles comportent un certain nombre de veines dotes d'une configu-
ration caractristique (voir figure 29).

a b

Veines Veines
transversales absentes

Figure 29
a) La forme normale de laile du moucheron Drosophila.
b) Un caractre acquis , dnomm veinless : suite un choc thermique 22 heures
aprs la formation de la chrysalide, les veines transversales sont absentes.

23. Littralement, sans veine transversale .


03.Stewart Page 130 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

130 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Cependant, si le dveloppement des chrysalides est lgrement perturb un


moment prcis24, une certaine proportion des moucherons, de l'ordre de 30 % dans
une population naturelle, prsente une configuration modifie des veines (figure 29).
Ce nouveau caractre, cross-veinless, est par excellence un caractre acquis car il
est produit par un effet de lenvironnement. Le postulat essentiel de Weismann est
prcisment qu'un tel caractre ne saurait devenir hrditaire ou inn . En effet,
le choc thermique n'affecte pas directement les gnes, de sorte que la brve exposition
une temprature leve, mme pendant des dizaines de gnrations, ne devrait rien
modifier. Toutefois, en prenant comme parents de la gnration suivante des droso-
philes cross-veinless, Waddington put observer que la proportion de la population qui
ragissait au choc thermique en produisant cette forme phnotypique, augmentait.
En poursuivant cette slection pendant une vingtaine de gnrations, il en vint
constater que 90 % de la population ragissait ainsi. Encore plus intressant, partir
de la douzime gnration de slection, on observait l'apparition de quelques mou-
cherons prsentant le phnotype cross-veinless sans mme avoir t exposs au choc
thermique. En choisissant ces drosophiles comme parents, et en poursuivant la slection
pendant vingt gnrations encore, la proportion de la population qui prsentait
spontanment le phnotype cross-veinless approchait les 90 %. Autrement dit, le
caractre acquis tait devenu un caractre inn . Ainsi, l'exprience de l'assimila-
tion gntique montre non seulement qu'un mme caractre peut tre indiffremment
acquis ou inn , mais que la transition entre les deux tats est relativement
aise.
Il est important de souligner qu'en un sens, cette exprience ne contrevient en
rien au dogme weismannien, pas plus qu' l'orthodoxie nodarwinienne la plus stricte,
car la modification gntique de la population provient non pas dun effet direct de
lenvironnement sur les gnes, mais d'un processus classique de slection de variations
gntiques prexistantes. De ce point de vue, le choc thermique ne fonctionne que
comme rvlateur de variations gntiques invisibles pour l'exprimentateur. la
limite, grce aux techniques modernes d'identification directe des squences de
nuclotides, le mme rsultat final (slection d'une population presque entirement
cross-veinless) aurait pu tre obtenu sans recours au choc thermique.
Cependant, cette vision des choses passe ct du point le plus important. L'exp-
rience de Waddington prend appui sur le fait que la mme diffrence phnotypique
peut tre produite soit par une modification environnementale, soit par une modifi-
cation gntique. Il n'y a pas deux ontogenses l'une contrle par les gnes, l'autre
par l'environnement , mais une seule ; la gamme des caractres qui peuvent tre
produits par une modification ponctuelle du processus ontogntique est dtermine

24. En l'occurrence, pour obtenir le caractre acquis cross-veinless, il suffit de soumettre les chrysalides
une temprature de 40 C pendant deux heures seulement, entre 21 et 23 heures aprs formation
de la chrysalide.
03.Stewart Page 131 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 131

par l'organisation dynamique du processus ontogntique lui-mme. Sur ces bases, le


scnario imagin et ralis par Waddington illustre le fait qu'un vnement survenant
au cours de l'ontogense peut, en provoquant l'apparition d'un caractre nouveau,
modifier si radicalement les conditions et critres d'une slection ultrieure (naturelle
ou artificielle) que lvolution de l'espce s'en trouve durablement modifie. Loin de
sopposer, variations environnementales et variations gntiques peuvent trs bien
se relayer. Des variations environnementales peuvent servir exhiber des variations
phnotypiques qui peuvent tre produites par une modification du cours de lonto-
gense ; ce faisant, elles peuvent rendre possible une slection de variations gntiques
qui produisent le mme rsultat.
Les expriences de Waddington mettent en vidence le phnomne de lassimila-
tion gntique . Il faut reconnatre que jusqu prsent, cela reste une possibilit toute
thorique ; il ny a pratiquement aucune tude qui examine srieusement si tel ou tel
vnement au cours de lhistoire naturelle de lvolution relle a effectivement mis en
uvre un mcanisme de ce type. Cette question doit donc sinscrire dans le programme
de recherche dune nouvelle biologie qui reste presque entirement faire.
En attendant, rsumons les leons essentielles de ce phnomne dit dassimilation
gntique . Une diffrence phnotypique (dans notre exemple, entre des ailes de
moucheron normales et veinless ), produite en premire instance par une diff-
rence dans un seul gne mendlien (celui que lon nomme vs/ ), peut tout aussi
bien tre produite par une diffrence environnementale (un choc peu spcifique
quant sa nature, mais trs spcifique quant au moment de lembryogense o elle
intervient). Ce qui est encore plus rvlateur : cette mme diffrence phnotypique
peut aussi tre produite par laccumulation de diffrences allliques une dizaine de
loci gntiques, sans rapport particulier avec le locus de la mutation initiale ( vs/ ).
Cela illustre merveille la grande plasticit du gnotype confre par les variations
gntiques existant au sein de toute population naturelle. Des diffrences gnotypiques
peuvent encoder pratiquement nimporte quelle diffrence phnotypique la seule
condition que cette diffrence phnotypique puisse effectivement tre produite par
une modification locale du processus ontogntique. partir du moment o on re-
nonce une vision o le gnotype dtermine tout dans le sens dune matrise, les
gnes se rvlent tre trs prcieux parce quils peuvent encoder peu prs tout ce
qui est encodable. De ce fait, ils crent la possibilit dune volution des organismes
autopotiques par slection, que celle-ci soit artificielle ou naturelle.

Un problme non rsolu : la variation gntique au sein des populations


naturelles
Toute thorie de lvolution prsuppose ncessairement des variations au sein des
populations naturelles, car ces variations sont la matire premire de toute volution
possible. Darwin, trs logiquement, sest employ mettre en vidence lexistence de
03.Stewart Page 132 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

132 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

telles variations ; et sa mthode privilgie cet effet tait de faire appel aux rsultats
de la slection artificielle25. En effet, si on prend une population naturelle de nim-
porte quelle espce ayant une reproduction sexue, et si on fait une slection pour
nimporte quel caractre quantitatif, on constate quau bout dune vingtaine de
gnrations de slection, on peut soit doubler soit diminuer de moiti la valeur
moyenne de ce caractre. On peut complter cette dmonstration en faisant appel
aux rsultats de la slection ralise par des leveurs chez des espces domestiques,
aussi bien de plantes que danimaux. La conclusion est sans appel : il existe bel et
bien une variation gntique importante dans toutes les populations naturelles. Il est
prciser que, pour lessentiel, ces rponses la slection artificielle ne sont pas dues
des mutations nouvelles intervenues au cours de la slection ; la variation gntique
existe dj au sein de la population de dpart.
Or, cette prsence ubiquitaire de la variation gntique dans les populations
naturelles pose un problme thorique. Nous avons vu, page 36, que lune des
motivations principales qui ont conduit lintgration de la gntique mendlienne
dans la synthse nodarwinienne, tait le problme de la perte de variation gntique
par mlange ; et nous avons mentionn la dmonstration mathmatique par Fisher
que dans le cas dune gntique mendlienne, o les facteurs gntiques ne se
mlangent prcisment pas, un avantage slectif minime dun allle sur un autre (de
lordre de 0,1 %) est largement suffisant pour que lallle avantag devienne pr-
dominant dans la population, en quelques dizaines de gnrations seulement. Cela
rsout magistralement le problme initial. Mais ce que lon souligne gnralement
moins, cest que la solution fishrienne fonctionne dune certaine manire trop bien,
et par l cre un autre problme. En effet, lextrme efficacit de la slection naturelle
mise en vidence par Fisher conduit inluctablement la prdiction thorique
quune population naturelle doit tre gntiquement homogne pour lallle optimal
chaque locus. Mais cela est en contradiction directe avec lobservation selon laquelle
la variation gntique est ubiquitaire dans des populations naturelles.
On considre souvent que la thorie de la drive gntique , initialement due
Sewall Wright et dveloppe plus rcemment par Kimura, permet de rsoudre cette
anomalie ; mais il nest en rien. De deux choses lune : soit une diffrence alllique
produit une diffrence phnotypique significative, soit elle nen produit pas. Il est
tout fait possible quune diffrence alllique ne produise aucune diffrence biologi-
quement significative. Cela est sans doute le cas pour des diffrences de squence
nuclotidique dans ce que lon appelle lADN de pacotille , des rgions dADN qui
ne sont pas transcrites en ARN-messager et protines, et qui ne servent apparemment
rien. Cela est probablement aussi le cas pour des mutations silencieuses : en
effet, en raison de la redondance partielle du code gntique, il y a parfois plusieurs

25. Pour une discussion approfondie de la signification pistmique profonde de la slection artifi-
cielle chez Darwin, voir Lenay (1999).
03.Stewart Page 133 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 133

triplets de nuclotides qui codent pour le mme acide amin. Cela semble encore tre
le cas pour certaines diffrences gntiques qui donnent bien lieu des diffrences
dans la squence dacides amins dans une protine, mais o lacide amin en question
se situe dans un endroit peu important dans la protine de sorte quil ny a aucune
diffrence fonctionnelle dans la protine. Ce dernier type de diffrence est connu
depuis assez longtemps, car il est possible de sparer les diffrentes formes de protines
par la technique de la chromatographie mme si ces formes sont fonctionnellement
quivalentes. Dans ces conditions, des mutations gntiques peuvent saccumuler
librement au cours de lvolution, donnant lieu une drive gntique . Cela est
mme la base de ce que lon appelle une horloge molculaire : partir des diffrences
entre les squences nuclotidiques de deux espces contemporaines, on peut faire
une estimation du temps coul depuis leur anctre commun. Mais dans tous ces cas
de figure, il y a drive prcisment parce que la diffrence alllique ne produit aucune
diffrence biologiquement significative. Mais, du coup, ces variations gntiques qui
nont pratiquement aucun effet phnotypique, ne peuvent pas tre la base dune
rponse phnotypique une slection, quelle soit artificielle ou naturelle26.
Cela nous renvoie donc lautre branche de lalternative : celle o la diffrence
alllique en question produit une diffrence phnotypique biologiquement signifi-
cative. Dans ce cas, les diffrences allliques pourraient bien tre lorigine dune
rponse la slection. Mais, du coup, il devient extrmement improbable que les
coefficients de slection des diffrents allles puissent tre exactement gaux, avec
une prcision plus grande que 0,1 %. Le problme reste donc entier.
Plusieurs propositions ont t faites pour rsoudre ce paradoxe, mais aucune nest
vraiment concluante27. Tout ce que lon peut dire, cest que, dune manire ou dune
autre, ces propositions font intervenir des considrations de lcologie naturelle des

26. La thorie neutraliste de lvolution propose par Kimura se base sur ces mutations gntiques
(au niveau de lADN) qui nont pas deffets phnotypiques. Mais les modifications dans la
squence nuclotidique de lADN qui peuvent saccumuler par ce genre de drive , ne comptent
comme volution que si lon rduit lvolution biologique des modifications de lADN.
Comme je lai not dans lIntroduction, cest effectivement le cas aujourdhui. Mais si on revient
aux organismes, comme lensemble de ce livre le propose, alors ces mutations neutres nont
simplement aucune signification biologique.
27. Par exemple, on peut postuler lexistence dun avantage de lhtrozygote sur les deux formes
homozygotes, comme dans le cas de lanmie falciforme. Cependant, celui-ci produit un fardeau
gntique car, chaque gnration, la sgrgation produira un nombre important dindividus
homozygotes qui sont, par dfinition, moins bien adapts que la forme htrozygote. Ce mca-
nisme ne saurait donc tre gnralis un grand nombre de loci. Dautres suggestions invoquent
une diversit de niches cologiques , dans lespace et/ou dans le temps, avec une migration
restreinte entre les sous-populations. Une autre hypothse serait que lavantage ou non dune
forme alllique dpend de sa propre frquence relative : rare, elle devient avantageuse alors que le
fait mme de devenir frquente la rendrait dsavantageuse. Cela est clairement le cas pour le
bimorphisme sexuel, mais il reste savoir si largument peut tre gnralis. Ces diverses hypothses
ne sont pas du tout impossibles ; mais pour le moment, aucune dentre elles na pu tre valide.
Cest prcisment le travail quil reste faire.
03.Stewart Page 134 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

134 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

populations en question. Or, la seule dmarche qui permettrait de venir vraiment


bout de cette question est apparente celle prsente pages 98-113. Il faudrait iden-
tifier des phnotypes mendliens pour les diffrences allliques responsables des
variations gntiques dans des populations naturelles, mener son terme lanalyse
de la chane causale qui conduit dune diffrence alllique une diffrence dans un
phnotype principal ayant une signification biologique. Et on serait, alors, en mesure
de procder des considrations cologiques afin de comprendre comment ces diff-
rences gntiques peuvent rsister leur limination prvue par les calculs de Fisher.
On peut noter que les travaux raliss dans les annes 1962 1970 par le groupe de
Gntique endocrinienne cr par S.G. Spickett luniversit de Cambridge, men-
tionns pages 103-112 [Spickett et alii, 1967], taient issus des tudes en gntique des
populations qui portaient trs prcisment sur le paradoxe identifi ici [Thoday, 1961].
En effet, la diffrence de perspective est celle-ci. Dans le cadre nodarwinien, les
variations sur lesquelles porte la slection naturelle sont attribues directement des
mutations nouvelles ce qui permet de conforter leur caractre alatoire . Dans la
nouvelle thorie esquisse ici, lorigine ultime des variations gntiques est bien celle
des mutations ; mais avant dtre soumises la slection naturelle (ou peut-tre bien
une drive naturelle) long terme, conduisant ainsi un changement volutif, ces
variations gntiques sont tries . Les mutations gntiques qui sont dsastreuses,
car une diffrence alllique un seul locus compromet gravement la viabilit de lorga-
nisme (comme chez les maladies gntiques monogniques dont il tait question
page 113), sont demble limines, et ne subsistent une frquence trs basse dans
la population que parce que les mutations sont rcurrentes. Par contre, il existe une
autre catgorie de mutations , celles qui restent gnralement dans le domaine de
la normalit (sauf, peut-tre, dans des combinaisons rares avec des allles dautres
loci). Ces allles peuvent subsister dans la population avec des frquences de lordre
de 10 % ou plus (cela semble bien tre le cas pour les allles responsables des maladies
multifactorielles ). En conclusion, lvolution long terme se base sur des variations
qui ne sont pas alatoires , car tries davance par une dynamique en gntique
des populations relativement court terme.

Conclusions
Les considrations dveloppes dans les pages 93-133 ne sont pas mutuellement
exclusives, mais bien plutt complmentaires. En particulier, elles ont un point en
commun : elles convergent vers la conclusion que les variations proposes la slec-
tion naturelle ne sont pas alatoires . De ce fait, le poids explicatif de la slection
naturelle et des gnes, sil nest pas rduit nant, est considrablement relativis.
Le cours de lvolution, et notamment de la macro-volution, sexplique en grande
partie par les variations qui peuvent advenir avant dtre codes par des variations
03.Stewart Page 135 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

REGAIN 135

gntiques et soumises la slection. Il sensuit que lvolution est mal comprise


comme un processus de progrs continu, conduisant des formes toujours mieux
adaptes. Il serait peu convaincant de dire que les organismes multicellulaires sont
mieux adapts que les unicellulaires, ou que les tres humains sont mieux
adapts que dautres animaux. En effet, si lon devait prendre des paris sur la compo-
sition de la biosphre terrestre dici 5000 MA, on pourrait affirmer que les chances de
survie des insectes sont probablement bien plus grandes que celles des descendants
des tres humains, et celles des microbes plus grandes que les chances des organismes
multicellulaires. Et, dans tous les cas de figure, lvolution biologique ne se rsume
pas aux modifications des seules squences de nuclotides dans lADN.
Par ailleurs, limportance de la slection naturelle comme explication de lvolution
est relativise dune autre manire par la nouvelle biologie propose ici. Cela provient
du fait que les forces de slection naturelle sont elles-mmes autant expliquer que
sources dexplication. Cela provient du fait que ce que seront les forces de slection
est dtermin non pas par un environnement prdonn, mais par une niche
cologique qui est en grande partie cre par les comportements des organismes
eux-mmes. Il est intressant de noter quen cela, ces nouvelles perspectives rejoignent
une intuition de Darwin lui-mme, qui a t largement perdue de vue par la version
nodarwinienne. En effet, en se basant sur le ressort mtaphorique de la slection
artificielle, Darwin fut trs impressionn par la situation des leveurs. Comme
lexplique Lenay (1999), les leveurs de son poque taient gnralement dans
lincapacit de produire des variations gntiques volont ; ils taient donc tribu-
taires des variations qui se produisaient spontanment . On peut aisment en tirer
la conclusion que les leveurs navaient pas dide fixe lavance, mais bien plutt
sinspiraient des variations qui se prsentaient pour former un projet et des critres de
slection aprs coup. Si lon transpose ce schme la situation naturelle, limportance
de la nature non alatoire des variations se trouve encore renforce ; non seulement
ces variations structurent lvolution possible, mais elles contribuent dterminer ce
que seront les forces de slection elles-mmes.
Des considrations de cet ordre ne peuvent tre mobilises pour rendre intelligibles
les processus de lvolution qu partir du moment o des organismes vivants en tant
que tels sont des objets part entire de la biologie. Elles sont donc largement inac-
cessibles dans le cadre nodarwinien. Par contre, dans un cadre thorique o les
gnes sont ramens leur juste place dans une relation non hgmonique avec une
biologie des organismes, comme nous le proposons ici, de tout nouveaux horizons
explicatifs souvrent. Cela dit, pour viter un malentendu, il convient de prciser
quil ne sagit pas non plus dliminer les gnes. Certes, les gnes ne constituent pas
lespace des possibilits explorer ; ils ne dterminent pas non plus les forces slectives
qui vont diriger lexploration. Mais une fois que lespace est constitu et cod, et les
critres identifis, lappareil gntique permet bel et bien un processus dexploration
03.Stewart Page 136 Lundi, 6. septembre 2004 1:40 13

136 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

systmatique de cet espace. Nous avons prsent des exemples de cela avec les algo-
rithmes gntiques de la vie artificielle , pages 49-55 ; les simulations de Karl Sims,
notamment, o des cratures virtuelles dveloppent une pluralit de styles de nage,
en sont une illustration magnifique. Il souvre ici tout un programme de recherche,
consistant dvelopper des modlisations de ce type, mais avec une vise plus explicite
et plus pousse de comprhension des diffrents pisodes rels de lhistoire naturelle
de lvolution.
04.Stewart Page 137 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

Conclusion

Introduction
Une mauvaise blague, lue dans un magazine grande diffusion, exprime une
conception trs courante du rle des gnes en biologie :

Deux chercheurs discutent : Nous avons enfin trouv le gne de la timidit, mais
quest-ce quon a eu du mal ! Comment a ? Eh bien, il tait tellement timide
quil se cachait notre microscope lectronique.

La blague est caricaturale, certes, mais elle est rvlatrice prcisment cause de
cela. Elle exprime, merveille, lerreur fondamentale qui grve les relations entre la
gntique et la biologie. Cette erreur consiste considrer que les caractres sont en
quelque sorte contenus dans les gnes. On voit trs bien, dans lexemple du gne
de la timidit , ce que cette conception colporte de vitalisme et de rification hypo-
stasiante. La critique de cette erreur est un leitmotiv qui court tout au long de ce livre ;
et dans le chapitre prcdent, nous avons prsent ce qui pourrait tre un antidote,
savoir le programme de recherche consistant dchiffrer systmatiquement la to-
talit de la chane causale qui mne dune diffrence gnotypique une diffrence dans
le phnotype correspondant. La difficult, ici, rside dans le fait quaussi longtemps
que lon persistera penser que les caractres peuvent tre trouvs dans les gnes,
on ne ressentira aucunement la ncessit dun antidote . Cest pour cette raison
que le programme de recherche esquiss dans le chapitre 3 nest pas, pour le moment,
trs souvent mis en uvre. Examinons ce point de plus prs, partir de quelques
exemples.
04.Stewart Page 138 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

138 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Les maladies multifactorielles


On peut commencer par les recherches sur les maladies multifactorielles, discutes
pages 113-118. Dans ce domaine, il y a un accord apparent sur le fait quil faut iden-
tifier individuellement les gnes concerns. Mais il rgne un grand malentendu sur
ce qu identifier un gne veut dire. Rappelons la dfinition que nous avons donne
page 19, qui est pistmologiquement correcte en gntique formelle : un gne est
un facteur tel quune diffrence dans ce facteur est la cause dune diffrence dans un
phnotype mendlien. Par contre, comme nous lavons dit dans lIntroduction et
rappel pages 88-91, dans le contexte actuel, la grande majorit des chercheurs
considrent qu identifier un gne consiste le localiser sur un chromosome, et
connatre la squence nuclotidique de la portion dADN correspondante. Ainsi,
dans le cas des maladies multifactorielles, leur stratgie consiste commencer par des
tudes bases sur lassociation entre la maladie et des marqueurs gntiques ; cela
permet de localiser un facteur gntique dabord grossirement sur lun ou lautre des
chromosomes, ensuite plus finement sur une petite rgion du chromosome en ques-
tion. Ltape suivante fait appel au squenage du gnome humain, effort norme qui
a t consenti prcisment parce que lon croyait que le secret des caractres rsidait
dans les gnes. Ayant circonscrit la localisation du gne une petite rgion, on
peut en effet se rapporter au gnome squenc pour y lire les quelques dizaines de
gnes qui se situent dans cette rgion : ce seront des gnes candidats . Ce que lon
espre, apparemment, cest quune connaissance des squences nuclotidiques des
gnes candidats permettra de reprer parmi ceux-ci le gne recherch, celui qui inter-
vient dans le phnotype maladie . Mais cela savre beaucoup plus difficile que
prvu car, au niveau de lADN, un gne ne signale pas de lui-mme quels sont les
phnotypes qui seraient modifis si le gne tait modifi. On voit ici luvre les
effets nfastes de la croyance selon laquelle les caractres sont dans les gnes,
croyance dautant plus agissante quelle est gnralement tacite, et rarement explici-
te ou vraiment assume. Dans lesprit de certains chercheurs, des connaissances as-
sez vagues et gnrales en biologie peuvent servir reprer un ou plusieurs bons
candidats parmi les dizaines de gnes dans la rgion chromosomique concerne1, et
ensuite, par gnie gntique, modifier ce gne et vrifier que cette modification
produit un effet sur le phnotype maladie . Malheureusement, cette dmarche a
peu de chances de russir si le phnotype nest pas un phnotype mendlien. Dans
le cas des maladies multifactorielles que lon considre ici, une diffrence dans un seul
des gnes produit rarement un effet sur le phnotype maladie , car des variations
dans ce phnotype proviennent de linteraction entre un assez grand nombre de loci
(cf. page 115). Lironie est que si, dune manire ou dune autre, on avait la chance
de disposer dun phnotype mendlien, il suffirait de sen tenir la dfinition de la

1. Par exemple, si la maladie est le diabte, et si lun des gnes code pour linsuline, ce serait un
bon candidat.
04.Stewart Page 139 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

CONCLUSION 139

gntique formelle, pour considrer quon aurait dj identifi le gne. Toute la


dmarche consistant localiser le gne, et le modifier par gnie gntique, serait
simplement superflue. Rappelons que dans la perspective prconise ici, notamment
pages 98-118, lidentification dun phnotype mendlien, qui suffit pour identifier
le gne correspondant, nest pas le point daboutissement, mais bien plutt le (bon)
point de dpart pour une analyse de la totalit de la chane causale conduisant dune
diffrence gntique une diffrence phnotypique.

Transgense et knock-out
Un autre domaine de recherche actuel o se font sentir les effets nfastes de la
croyance selon laquelle les caractres sont dans les gnes , est celui des modifications
gntiques contrles. Dans les expriences classiques de mutagense, ralises ds
les annes 1920, on pouvait augmenter considrablement le taux de mutation, mais
les modifications gntiques ainsi induites taient alatoires2 . Aujourdhui, en
employant les techniques du gnie gntique allies celles de la manipulation des
embryons, il est possible de produire des lignes dorganismes qui diffrent dune ligne
de contrle par une diffrence spcifique dans un seul gne cibl. Il y a principalement
deux types de modifications : celles o le gne cible est limin (ou inactiv), nom-
mes knock-out ou KO ; et celles o un gne supplmentaire est ajout, que lon
appelle transgense . Dlicates raliser, et difficiles mettre au point dans un
premier temps, des expriences de ce genre sont devenues monnaie courante. Il
existe aujourdhui des centaines et des centaines de lignes KO et transgniques,
notamment chez les souris.
On peut comprendre lattente nave qui sous-tend ce genre dexpriences. Dans
la mesure o les caractres se situent dans les gnes, le rajout ou llimination dun
gne devrait se solder par le rajout ou llimination du caractre correspondant. Pour
fixer les ides, on peut prendre pour exemple prototypique le cas des organismes
gntiquement modifis chez les plantes3. Dans ce cas, lajout dun gne par trans-
gense permet de confrer un caractre la plante, notamment la rsistance
des herbicides ou des parasites. Mais les cas o lattente nave est (apparemment)
ralise sont en fait lexception, et une exception qui appelle une explication. Nous
y reviendrons.

2. Alatoires au niveau de lADN, mais pas ncessairement au niveau phnotypique : voir la discussion
page 126.
3. Les OGM sont devenus lobjet dune intense controverse politique. Il y a des raisons cela, notam-
ment les enjeux socio-conomiques de lemprise des grandes firmes multinationales sur la pratique
des agriculteurs. Mais ces questions, aussi passionnantes quelles soient, sont au-del du cadre de
ce livre. On notera simplement quune certaine hystrie, nuisible la qualit des dbats politiques,
provient du fait que les adversaires et partisans des OGM partagent une mme vision errone des
pouvoirs magiques du gnie gntique ; ce qui conduit soit le diaboliser, soit idoltrer le
progrs .
04.Stewart Page 140 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

140 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

En effet, dans la grande majorit des cas, lattente nave nest pas ralise. Par
exemple, un grand nombre de souris knock-out ne prsentent aucune diffrence
manifeste au niveau de leur phnotype. Ces rsultats, assez radicalement inexplicables
(et dcevants) si lon considre que les gnes portent en eux des caractres, sont
en fait extrmement intressants. Lexplication gnrique rside dans le fait que les
caractres sont constitus non par les gnes, mais par les organismes eux-mmes ;
les organismes possdent une organisation propre telle quils ragissent des pertur-
bations non pas de faon prdictible et linaire, mais suivant leurs propres lois auto-
nomes. Il y a plusieurs faons dexprimer cela. On peut dire, comme pages 120-121,
que les organismes sont des systmes non linaires, et quils possdent par cons-
quent une dynamique avec des attracteurs . Une autre manire de le dire est
que les organismes possdent une organisation redondante 4, de sorte quune
dfaillance dans un lment du systme peut tre compense par un ajustement des
autres lments qui en prennent la relve. Mais bien plus intressante que ces expli-
cations gnrales serait celle, dtaille, dun cas prcis. Ainsi, chaque souris KO qui
ne prsente pas de dysfonctionnement majeur et immdiatement perceptible, est un
dfi que de vrais biologistes se devraient de relever.
En fait, toutes les lignes gntiquement modifies, que ce soit par transgense ou
par knock-out, et quelles donnent lieu ou non des diffrences manifestes au niveau
du phnotype global, constituent dexcellents points de dpart pour des tudes
approfondies. Car toutes les diffrences entre une ligne modifie et la ligne de con-
trle (et il en existe forcment, condition de dployer des techniques dobservation
appropries plusieurs niveaux dobservation) sont a priori autant de phnotypes
mendliens, quil doit tre possible de situer sur un arbre gnalogique des causes
avec une racine commune, comme nous en avons discut pages 103-107. De tels
arbres gnalogiques des causes sont chaque fois le reflet de lorganisation bio-
logique de lorganisme, et leur lucidation constitue un bon moyen dapprofondir
notre comprhension scientifique de cette organisation. La croyance selon laquelle
le caractre se situe dans le gne est nfaste, parce quelle conduit considrer ce
qui, en ralit, nest quun point de dpart, comme tant demble un point dabou-
tissement. En effet, si lon considre quun gne nest pas autre chose quune squence
dADN, on pensera quon connat demble tout ce quil y a connatre, car une
connaissance de la squence est ncessaire pour raliser la modification gntique.
Par contre, si on considre quun gne est un facteur tel quune diffrence dans ce
facteur est la cause dune diffrence dans un phnotype mendlien, on comprend
quon ne peut identifier un gne sans identifier le ou les phnotypes mendliens
correspondants.

4. En anglais, on dit de faon image que lorganisation est fail-safe , cest--dire quune dfaillance
locale ne provoque pas leffondrement du systme tout entier.
04.Stewart Page 141 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

CONCLUSION 141

Cest parce que ce point nest pas compris que les lignes transgniques et KO sac-
cumulent, sans que leur potentiel soit ralis. Cela est manifeste dans le cas o des KO
ne donnent lieu aucun phnotype immdiatement manifeste : ces lignes sont g-
nralement mises de ct, et vite oublies comme autant d checs , alors quelles
pourraient tre riches denseignements sur les mcanismes de lauto-organisation
homostatique si caractristique des organismes vivants. Mais cela est tout aussi vrai
dans les cas o, apparemment, on obtient ce que lon veut savoir un caractre qui
apparat ou disparat avec lajout ou llimination dun gne. Ces cas sont, en
ralit, autant dnigmes expliquer : comment se fait-il quune diffrence dans la prsence
ou labsence dun gne peut donner lieu une diffrence phnotypique si marque ?
Linsertion du gne Bt chez le mas donne lieu des plantes rsistant des insectes
parasites, soit ; il sagit dun phnomne vraiment remarquable. Mais, comme dans le cas
des mutations homotiques que nous avons discutes pages 122-123, partir du moment
o lon commence comprendre que les caractres ne se situent pas, et ne peuvent
pas se situer, dans les gnes, ce phnomne devient une excellente nigme au
sens de Kuhn : un problme auquel on sait davance quil doit exister une solution, mais
dont tout lintrt rside dans la possibilit de trouver effectivement cette solution.
En loccurrence, dans le cas du gne Bt, lnigme est pour lessentiel rsolue ; et
cette explication permet de comprendre en quoi ce cas, o le transfert dun gne
permet deffectuer le transfert dun caractre, est bien une exception et non la rgle.
Le gne Bt code pour une protine de la bactrie Bacillus thuringensis. Cette protine
est toxique pour les insectes, mais non pour lhomme. En Inde, on pulvrise la bactrie
elle-mme sur les champs comme insecticide. On peut aussi isoler la protine en
question, et montrer quelle est efficace ds quelle est mange par les insectes ; et les
physiologistes des insectes comprennent les raisons de cette toxicit. Il est plus cher
disoler la protine que dutiliser la bactrie elle-mme, et donc cela na pas beaucoup
dintrt pratique ; mais lexprience permet bien de dchiffrer la chane causale
conduisant du gne au phnotype. Ainsi, le gne Bt, dorigine bactrienne, est efficace
quand il est introduit dans la plante ( condition dtre mis sous le contrle dun
promoteur qui en permet lexpression) parce que la plante synthtise alors la toxine
qui drange les insectes, mais pas lhomme. Ce qui est exceptionnel dans ce cas, cest
que le caractre la rsistance aux insectes parasites est une consquence
presque immdiate de la prsence ou non dune protine. Il est vrai que certaines
conditions doivent tre gales par ailleurs . Notamment, on doit tre dans une
situation o la protine est forme dans les feuilles de certaines plantes, et o les plantes
sont manges par des insectes parasites, faute de quoi la prsence de la protine
naurait aucune valeur de rsistance5 . Mais si ces conditions sont remplies et
dans le cas du mas transgnique, elles le sont , le transfert de la capacit synthtiser

5. Si le gne Bt tait insr dans le gnome dune souris, par exemple, ce ne serait plus un gne de la
rsistance .
04.Stewart Page 142 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

142 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

la protine quivaut pratiquement au transfert du caractre. Toutefois, ce cas de figure


est exceptionnel, surtout chez les organismes multicellulaires ; normalement, la
chane de causalit diffrentielle entre la diffrence gntique et la diffrence dans
le phnotype principal est beaucoup plus longue, et le caractre ne se rduit pas
aux proprits dune protine. Le cas du gne Bt est donc bel et bien lexception qui
prouve la rgle : en gnral, les caractres ne sont nullement dans les gnes.

Une dynamique sociale


Le programme de recherche que nous avons prsent ici permettrait de ramener
la gntique une plus juste place, et de mettre en marche une vritable synergie entre
gntique et biologie au lieu de la relation dexclusion mutuelle qui a prvalu jusquici.
Ce mme programme de recherche constituerait le meilleur antidote qui soit lerreur
consistant croire que les caractres sont dans les gnes, avec son corollaire que
les seules connaissances vraiment ncessaires seraient celles concernant les squences
dADN. Mais en ce qui concerne ladoption de lun ou lautre paradigme par la commu-
naut des biologistes, la situation possde une dynamique (socio-pistmique)
propre. Aussi longtemps que la grande majorit des chercheurs seront convaincus
que les caractres sont rellement dans les gnes et que, par consquent, la seule chose
qui vaille la peine dtre faite est de squencer de lADN6, le programme de recherche
alternatif ne sera pas srieusement mis en uvre, avec le rsultat que la rfutation
du paradigme dominant ne sera pas faite. Personne nest aussi aveugle que celui qui
veut ne pas voir.
Rappelons les rsultats dj obtenus par le paradigme alternatif. Pour fragmen-
taires quils soient, ces rsultats illustrent limpossibilit de comprendre un caractre
(et encore moins lorganisme dans son ensemble) en se basant uniquement sur une
connaissance des gnes et des protines. En effet, il existe une raison profonde la
ncessit de ce que nous avons appel la biologie (notamment la physiologie et
lembryologie), comme complment indispensable une gntique diffrentielle.
Dans le cas, pistmologiquement fondamental, o une diffrence dans un gne est
lorigine dune diffrence phnotypique moyennant une chane causale qui traverse
un bon nombre de niveaux dorganisation , les niveaux dorganisation en question
ne sont pas constitus par le gne en question. Reprenons deux exemples concrets qui
illustrent cela.
Le premier cas est celui du gne appel oligosyndactylie , que les gnticiens
dnote par le symbole Os/ , que nous avons tudi pages 98-103. Chez des souris,

6. Le fait dajouter la gnomique ltude des transcriptomes et protomes , comme on le


fait actuellement, ne suffit nullement rsoudre le problme. Sauf dans des cas tout fait excep-
tionnels, comme celui du gne Bt discut ci-dessus, une protine nest pas en elle-mme un
caractre directement significatif pour lorganisme entier.
04.Stewart Page 143 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

CONCLUSION 143

la diffrence entre les gnotypes Os//+ et +//+ donne lieu, dune part, une diffrence
dans la forme des pieds (do son nom) et, dautre part, une diffrence dans la
concentration de lurine. Imaginons donc que ce gne soit insr dans le gnome dune
plante (ce qui est parfaitement envisageable avec les techniques de la transgense). Il
est totalement impossible que le gne Os/ (considr comme une squence dADN)
donne lieu chez la plante une fusion des doigts du pied, et tout aussi impossible
quil donne lieu une urine anormalement dilue. La raison en est flagrante, au point
de paratre stupide et presque absurde : la plante nayant ni pieds ni urine, la diffrence
Os//+ versus +//+ ne peut en aucun cas donner lieu une diffrence dans la forme des
pieds ou la concentration de lurine.
Le deuxime exemple est strictement analogue. Pages 96-98, nous avons vu que
chez les tres humains, la diffrence gnotypique entre des individus pku//pku et
des individus pku//+ produisait une diffrence phnotypique notable, entre des
individus normaux et des individus mentalement retards. Il sagit donc, dans le seul
sens oprationnellement valide, dun gne de lintelligence . Mais cette mme diff-
rence gntique, transpose par transgense chez des bactries, produirait peut-tre
des diffrences, mais en aucun cas une diffrence dintelligence. Pourquoi cela ? Tout
simplement parce quune diffrence gntique ne peut produire une diffrence
phnotypique que si le caractre lui-mme existe dj. Ainsi, la diffrence gntique
pku//pku versus pku//+ pourrait bien produire des diffrences dans le mta-
bolisme des acides amins chez des bactries, parce que les bactries possdent bel et
bien un mtabolisme, y compris celui des acides amins. Par contre, la diffrence
gntique pku//pku versus pku//+ ne pourrait pas produire chez des bactries
la diffrence phnotypique qui donne son nom lallle pku/ savoir lapparition
des phnylctones dans lurine pour une bonne et simple raison : les bactries ne
produisent pas durine, donc il est impossible que des phnylctones y apparaissent. Et
il est encore moins possible que la diffrence gntique pku//pku versus pku//+
produise une diffrence dintelligence : car les bactries nayant pas de cerveau, la
diffrence gntique ne peut pas provoquer une diffrence dans le dveloppement
crbral, ni dans les facults mentales qui en rsultent.

Le Tao de la gntique
Y a-t-il une morale cette histoire ? Elle pourrait tre celle-ci. Hegel a expliqu
que la malfaisance dune relation matre-esclave ne provient pas seulement du fait
quelle asservit lesclave, mais que cest aussi, sinon surtout, le matre qui savilit lui-
mme en se mettant dans lobligation dassurer une domination crasante par les
moyens les plus brutaux. Dans le mme ordre dides, on pourrait dire que la gntique
samoindrit elle-mme quand elle cherche dominer sans partage la biologie tout
entire.
04.Stewart Page 144 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

144 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

Une voie tout autre nous vient de la philosophie taoste, tradition millnaire de
la Chine. Une interprtation du taosme particulirement pertinente pour notre
propos est celle de Joseph Needham (1969), la fois biologiste et fin connaisseur de
la culture chinoise. Il dit : Le sage doit imiter le Tao, qui uvre de faon invisible et ne
domine pas. En cdant, sans imposer ses prconceptions sur la nature, il pourra observer et
comprendre, et gouverner ainsi sans violence . Afin de donner un aperu de cette pense
singulire, jai choisi quelques extraits de textes classiques (voir encadr).

Extraits de La Voie et sa vertu


XXXIV.
La Grande Voie se rpand comme un flot
Qui peut lui dire droite gauche ?
Chacun dpend dElle pour vivre
Elle ne se dtourne daucun
Elle sacquitte de sa tche
Mais nullement ne sen prvaut
Elle vt et nourrit tout tre
Mais sans lasservir, tant humble
Tout fait retour en son giron
Sans sasservir car Elle est grande
Cest dans loubli de sa grandeur
Que sa grandeur se parachve.
XI.
Bien que trente rayons convergent au moyeu
Cest le vide mdian
Qui fait marcher le char
Largile est employe faonner des vases
Mais cest du vide interne
Que dpend leur usage
Il nest chambre o ne soient perces porte et fentre
Car cest le vide encore
Qui permet lhabitat
Ltre a des aptitudes
Que le non-tre* emploie.
Laozi, entre 460 et 380 av. J.-C.
Traduit du chinois par Franois Houang et Pierre Leyris (1949)

Extrait de Les Chapitres intrieurs


Chapitre III : Nourrir le principe vital
Ding le cuisinier dcoupait un buf pour Wen Hui.
Ses paumes claquaient, ses paules soutenaient,
Ses pieds frappaient, ses genoux calaient,
04.Stewart Page 145 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

CONCLUSION 145

Sa lame fendait, sifflante et rythme,


Toujours en harmonie avec la danse des mriers
Ou lensemble de Jing Shou.
Wen Hui sexclama :
Oh ! Quel sommet dans la matrise !
Ding posant sa lame rpliqua :
Au-del de toute habilet,
Ton humble serviteur ne vise que la Voie.
Dbutant, je ne voyais que le buf ;
Trois annes aprs, jamais plus ne le vis entier.
Dsormais, cest lesprit* qui est luvre
Et non plus les yeux.
Sens et savoir ont cess et lesprit libr se meut.
Je me conforme la structure naturelle,
Glisse dinterstices en cavits selon la forme fixe,
Ne touche ni artres ni tendons
Et encore moins les grands os.
Le fin cuisinier au coup de lame parfait
Nuse quune lame par anne.
Les commis moussent un couteau par mois :
Ils ne font que dchiqueter.
La lame que voici est vieille de dix-neuf ans.
Avec elle jai dcoup mille bufs
Et pourtant son fil est comme frachement meul.
Entre ces jointures, il est un interstice
O ma lame sans paisseur pntre et glisse.
Car pour ce faire il y faut lespace ncessaire.
Cest ainsi que mon couteau conserve un fil parfait
Aprs dix-neuf ans dusage.
Mais, ds que ma lame touche une jointure complexe,
Jen perois la difficult et avec mille prcautions
Je me mets en garde, le regard tout ma tche,
Manipulant avec lenteur la lame qui sanime peine.
Soudain, dun geste, je tranche :
Telle une motte, la bte se dfait.
Alors, couteau en main, je me dresse, combl,
Et range ma lame nettoye.
Superbe ! sexclama Wen Hui. En tcoutant,
Jai compris comment nourrir le Principe Vital.
Zhuangzi, env. 290 av. J.-C.
Traduit du chinois par Jean-Claude Pastor (1990)

[ * Les notes des traducteurs sont commentes dans le corps du livre.]


04.Stewart Page 146 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

146 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

On remarquera que ces textes posent de redoutables problmes de traduction.


Lune des difficults principales provient de la rcurrence de termes comme le vide ,
le non-tre , linvisible et caetera, ce qui donne facilement au lecteur occidental
non initi limpression que le taosme est une voie quitiste faite de contemplation
mystique. Le mot Tao lui-mme est gnralement traduit par La Voie ou La
Grande Voie , ce qui peut occulter le fait que le Tao implique laction. Ainsi, Jean-
Claude Pastor (1990) prcise dans une note propos du mot shen, quil traduit par
esprit : Shen, principe vital, nergie cleste, agissant de manire invisible Shen
dsigne laction de la Voie en tant que force invisible uvrant la potentialit de toutes
choses. Cette potentialit nest quune phase conduisant ncessairement lautre quest
lactualisation et ceci dans un mouvement dynamique et continu. De leur ct, Houang
et Leyris (1949) prcisent galement dans une note : Rappelons que le non-tre
dont le vide offre limage nest pas ici le nant absolu, mais le Principe inconnaissable.
Needham, enfin, semploie corriger un malentendu propos du terme chinois wu
wei. Le mot wei, dans une premire approximation, signifie action ; le mot wu a le
sens dune ngation, dune absence ; ce qui donnerait pour wu wei : la non-action .
Mais Needham explique que wei, en ralit, nest pas simplement action , mais
plutt action violente, contre nature . On peut illustrer cela par lexemple de leau
(on notera que leau, transparente et fluide, est une image mtaphorique affectionne
par les taostes). La nature de leau est de scouler vers le bas. Donc, un excellent
exemple de wei serait de chercher faire couler de leau en remontant une pente. On
comprend que si lon sobstine dans cette manire de faire, on a toutes les chances de
spuiser pour rien. Wu wei prend alors un tout autre sens : si lon sabstient volon-
tairement dactions contre-nature , ce nest pas du tout afin de rester dans linaction ;
tout au contraire, cest pour agir efficacement, avec llgance en prime. Lhistoire du
boucher Ding (voir encadr) en est une loquente illustration : cest en vitant soigneu-
sement les artres, les tendons et surtout les grands os que sa lame sans paisseur, qui
sanime peine, peut dfaire dun coup la carcasse du buf.
Peut-on imaginer un Tao de la gntique , qui serait une application la bio-
logie de cette Voie ? Cest ce que je voudrais suggrer pour clore ce livre. Jai indiqu
que la fonction biologique des gnes, plus encore que de permettre la biosynthse des
protines, est dencoder des variations phnotypiques et, par l, de rendre possible
une phylogense structure. Mais, de mme que le boucher Ding na pas spcifi les
jointures complexes quil se doit au contraire de respecter scrupuleusement, les
gnes ne spcifient pas ce quils ont encoder. Afin dagir dans lesprit du wu wei, la
gntique doit sabstenir de la prtention de tout dominer. En transposant dans le
langage de lpistmologie, on pourrait paraphraser Needham : Le gnticien doit
imiter le Tao En cdant, sans imposer ses prconceptions sur la nature, il pourra
observer et comprendre .
04.Stewart Page 147 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

CONCLUSION 147

Plus prcisment, en termes techniques, cela signifie que la gntique gagnerait


assumer les limites intrinsques son pistmologie fondamentalement diffrentielle.
Cela pourrait conduire non pas liminer la gntique (on ne cherche nullement
revenir la situation antrieure 1963 voque en introduction, quand la gntique
tait le parent pauvre de la biologie), mais tout au contraire donner la gntique
une position spcifique et en mme temps convenablement modeste. On peut remar-
quer quavec les avances techniques, les diffrentes disciplines biologiques (hors
gntique) manifestent une tendance certaine la sur-spcialisation et la fragmen-
tation : elles deviennent autant de sous-disciplines qui nentretiennent plus entre
elles darticulations fcondes. Dans cette situation, le programme de recherche
prsent dans le chapitre 3 possde une vertu non ngligeable. Une diffrence gn-
tique produit une diffrence phnotypique par une chane causale qui traverse
diffrents niveaux dorganisation et les champs disciplinaires correspondants. Si lon
cherche dchiffrer cette chane causale, on en vient rtablir des articulations fortes
entre tous ces champs molculaires, biochimiques, embryologiques, structures ana-
tomiques et fonctions physiologiques, comportements, relations cologiques et
dynamique des populations. Ainsi, la gntique peut occuper une place dune certaine
manire centrale , car cest par elle que les autres disciplines biologiques peuvent
sarticuler les unes aux autres. Mais si la gntique peut tre en ce sens au centre ,
il ne sagit en aucun cas du centre dun pouvoir hgmonique ; au contraire, ce sera
un centre vide, au sens taoste o le centre dune roue est vide.
04.Stewart Page 148 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13
05.Stewart Page 149 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

Bibliographie

A TLAN H. & B OUSQUET B. (1994). Questions de vie. Le Seuil, Paris.


B EGLEY S. & C AREY J. (1983). Newsweek 64, Dec. 26th.
B OURGINE P. & S TEWART J. (2004). Autopoiesis and Cognition . Artificial Life 10 (sous
presse).
B RANNIGAN A. (1979). The reification of Mendel . Social Studies of Science 9, 423-454.
B USS L.W. (1987). The Evolution of Individuality. Princeton University Press.
C AIRNS -S MITH A.G. (1985). Seven clues to the origin of life. Cambridge University Press,
Cambridge.
D AWKINS R. (1976). The selfish gene. Oxford University Press, Oxford.
D AWKINS R. (1986). The Blind Watchmaker. Longman, London.
D OBZHANSKY T., A YALA F.J., S TEBBINS G.L. & V ALENTINE J.W. (1977). Evolution. Freeman,
San Francisco.
D UMARET A. & S TEWART J. (1989). L'Hrdit de l'intelligence. ditions Dumas, Saint-tienne.
F OX -K ELLER E. (1983). A feeling for the organism : the life and work of Barbara McClintock.
Freeman, New York.
F OX -K ELLER E. (2000). The century of the gene. Harvard University Press.
G IBSON J.J. (1979). The Ecological Approach to Visual Perception. Houghton Mifflin Press,
Boston.
G OULD S.J. (1991). Wonderful Life : the Burgess shale and the nature of history. Penguin,
London. Traduction franaise: La Vie est belle : les surprises de lvolution. Le Seuil,
Paris, 1993.
H OUANG F. & L EYRIS P. (1979). Lao-tzeu. La Voie et sa vertu. Le Seuil, Points-Sagesse.
H USBANDS P., H ARVEY I., Cliff D. & M ILLER G. (1994). The use of genetic algorithms for
the development of sensorimotor control systems . In : P.Gaussier & J-D Nicoud
(Eds), From Perception to Action. IEEE Computer Society Press, Los Alamitos.
H UXLEY J. (1942). Evolution, the modern synthesis. George Allen and Unwin, London.
J ACOB F. (1970). La Logique du vivant. Gallimard, Paris.
J ACOB F. (1981). Le Jeu des possibles. Gallimard, Paris.
J ACOB F. (1987). La Statue intrieure. Odile Jacob, Paris.
L ENAY C. (1999). Darwin. Les Belles Lettres, Paris.
L EWONTIN R.C. (2003). La Triple Hlice. Le Seuil, Paris.
L UZZATI V. (2003). Regard sur la biologie molculaire . La Recherche 360, 68-71.
M C M ULLIN B. & V ARELA F. (1997). Rediscovering computational autopoiesis . In :
Husbands P, Harley J. (Eds), Proceedings of the 4th ECAL. MIT Press, Cambridge.
M ATURANA H. & V ARELA F.J. (1980). Autopoiesis and cognition : the realization of the living.
Reidel, Boston.
M AYNARD S MITH J. (1975). Evolution (3rd Edition). Penguin Books, Harmondsworth.
05.Stewart Page 150 Lundi, 6. septembre 2004 1:41 13

150 LA VIE EXISTE - T - ELLE ?

M AYNARD S MITH J. (1982). Evolution and the theory of games. Cambridge University Press,
Cambridge.
M AYR E. (1980). Some thoughts on the evolutionary synthesis . In : E.Mayr & W.Provine
(Eds), The evolutionary synthesis. Harvard University Press, Cambridge, pp. 1-48.
M AZLIAK P. (2002). Les Fondements de la biologie. Vuibert, Paris.
M EDAWAR P.B. (1957). The Uniqueness of the Individual. Methuen, London.
M OORE R. (2001). The Rediscovery of Mendels work . Bioscene, 27(2), 13-24.
M ORANGE M. (1994). Histoire de la biologie molculaire. La Dcouverte, Paris.
N EEDHAM J. (1969). Science and civilization in China, vol. 2. Cambridge University Press,
Cambridge.
O LBY R. (1979). Mendel no Mendelian ? . History of Science 17, 53-72.
O YAMA S. (1985). The ontogeny of information : developmental systems and evolution.
Cambridge University Press, Cambridge.
P ASTOR J.C. (1990). Zhuangzi. Les chapitres intrieurs. Cerf, Paris.
P IAGET J. (1976). Le Comportement, moteur de l'volution. Gallimard, Paris.
P ICHOT A. (1999). Histoire de la notion de gne. Flammarion, Paris.
P RIGOGINE A. et S TENGERS I. (1979). La Nouvelle Alliance, Gallimard, Paris.
La Recherche (2001). Quest-ce quun gne ? Dix-huit facettes dun mme concept . La
Recherche, 348.
R EICHHOLF J.H. (1993). Lmancipation de la vie. Flammarion, Paris.
R ESSAYRE A., G ODELLE B., R AQUIN C. & G OUYON P.H. (2002). Aperture Pattern Ontogeny
in Angiosperms . J. Exp. Zool. 294, 122-135.
S AUNDERS P.T. (1993). Lvolution des formes biologiques . Intellectica 16, 61-84.
S IMONDON G. (1989). L'Individuation psychique et collective. Aubier, Paris.
S IMS K. (1994). Evolving Virtual Creatures . Computer Graphics Annual Conference Procee-
dings, New York, pp. 15-22.
S IMS K. (1994). Evolving 3D Morphology and Behavior by Competition . In : R. Brooks
and P. Maes (eds), Artificial Life IV Proceedings. MIT Press, pp. 28-39.
S PICKETT S.G., S HIRE J.G.M. & S TEWART J. (1967). Genetic variation in adrenal and renal
structure and function . Mem. Soc. Endocrinol. 15, 271-288.
S TEWART J., L UGGEN M. & V ALTIN H. (1972). A computer model of the renal counter-
current system . Kidney International 2, 253-263.
S TEWART J. (1993). Au-del de linn et de lacquis . Intellectica 16, 151-174.
S TEWART J. (2000). Teleology in Biology . Tekhnema 6, 1-34.
S TEWART J. (2002). Towards the genetic analysis of mulfactorial diseases : the estimation
of allele frequency and epistasis . Human Heredity 54, 118-131.
T HODAY J.M. (1961). Location of polygenes . Nature 191, 368-370.
T HOMAS R. (1998). Laws for the dynamics of regulatory networks . Int. J. Dev. Biol. 42,
479-485.
V ARELA F.J. (1989). Autonomie et connaissance : essai sur le vivant. Le Seuil, Paris.
W ADDINGTON C.H. (1953). The genetic assimilation of an acquired character . Evolution
7, 118-126.
W ADDINGTON C.H. (1957). The Strategy of the Genes. Allen & Unwin, London.
W ATSON J.D. (1968). The Double Helix : a personal account of the discovery of the structure of
DNA. Athenaeum, London.
06.Stewart Page 151 Lundi, 6. septembre 2004 1:42 13

Index terminologique

acide amin 29, 97 information 41, 44-48, 49-56, 64, 68, 88,
acide nuclique 28 89, 94
ADN 2-4, 28-31, 39, 41, 47, 88-89, 93, 132, inn acquis 42, 62, 67, 87-88, 129, 130
142 intelligence 96-97
ARN messager 39 invariance 5, 34, 41-47, 48-55, 68-73, 76, 93
ARN de transfert 29, 47 knock-out 139-142
algorithme gntique 49-55 linkage 12-16, 19, 21, 25, 27
allle 16, 18, 20, 36, 39 locus 15
anmie falciforme 104, 133
assimilation gntique 129-131, maladies multifactorielles 113-119, 138-139
automate de tesslation 73-76 miose 23, 24
autopose 69-78, 84-86 mtabolisme 47, 75-78, 94-96, 97, 127, 143
mitose 22
backcross 10, 16 morphogense 2, 64, 68, 82, 96, 124, 125
blastula 66 morula 66
carte gntique 15 nodarwinisme 37-39, 40-47, 55-62, 69, 78,
caryotype 25, 26 88, 126, 130
centi-Morgan 15 niveau dorganisation 33, 34, 35, 109-111,
chromosome 21-28, 39, 41 115-131, 140-147
codage 29, 41, 46-55, 94, 131
concentration de lurine 100-106 oligosyndactylie 99-106
crossing-over 24 ontogense 41, 43, 44, 57, 60, 61-69, 78-88,
93, 119-125, 126
drive gntique 132, 133
diabte type-1 115-116 paysage pigntique 120-123
diffrence 5, 8, 16, 19, 20, 33-43, 55, 65, 78, phnocopie 120-122, 125, 129
89, 96, 98, 123, 130, 137-143 phnotype 7-11, 16-20, 57
phnotype mendlien 11, 15-20, 98-119,
embryogense 1, 2, 65-67 134, 140
quilibres ponctus 84 phnylctonurie 96-97
explosion cambrienne 79-81, 127 phylogense 35-61, 78-88, 93
flocons de neige 62-64 physiologie 1-2, 107-112 , 115-119
fonction 3, 34, 48, 88, 97 programme gntique 40-55, 60-69, 96
protines 28-29, 39, 133, 141
gastrulation 1,41,66
gne 3, 4, 9, 19-21, 25, 31, 41, 62, 78, 88- recombinaison 13-14, 27
90, 137, 139-141 rseau de neurones 49-50
gnes homotiques 123, 125 sgrgation 8, 12-16, 20, 29, 98
gnration spontane 56, 86 slection naturelle 36, 38, 78, 126, 134
gnotype 7-12, 17, 20, 57, 131 sex-linkage 16-19
hmoglobline 48, 104 structures dissipatives 69-70
hritabilit 43 taosme 143-147
htrozygote 17 transgense 139-142
homozygote 17
wu wei 146
06.Stewart Page 152 Lundi, 6. septembre 2004 1:42 13

Index des noms dauteurs

Aristote 62 Husbands 49 Paley 60


Atlan 3, 69 Huxley 36, 60 Pastor 146
Avery 28 Piaget 128
Jacob 41, 44, 47, 48, 52, 64, Pichot 87, 88
Bateson 37, 38 67, 69 Platon 62
Beadle 28 Jenkin 36, 38 Popper 10, 17, 19
Begley 63 Joset 89 Prigogine 69
Bourgine 73, 74
Bousquet 3 Kant 91 Reichholf 82, 127
Boveri 21 Kimura 132, 133 Ressayre 58
Brannigan 37 Kuhn 30, 141
Buss 80 Saint-Hilaire 36
Lamarck 36, 85, 86, 87, 88, Saunders 57, 58
Cairns-Smith 77, 95 95, 128 Sewall Wright 132
Carey 63 Laozi 144 Shannon 45
Correns 37 Lenay 38, 39, 40, 132, 135 Simondon 70
Crick 29, 30, 90 Lewontin 128 Sims 52, 53, 54, 136
Leyris 146 Spickett 103, 134
DArcy Thompson 58, 64 Luzzati 30 Stengers 69
Darwin 35, 36, 37, 38, 40, Stewart 73, 74, 86, 88, 91,
126, 131, 132, 135 Maturana 71, 72 96, 101, 115
Dawkins 53, 54, 55, 57 Maynard Smith 57 Szent-Gyrgi 69
Delbrck 29 Mayr 126
Dobzhansky 57 Mazliak 11, 35 Tatum 28
Dumaret 96 McClintock 27, 28 Thoday 134
McMullin 73, 74 Thomas 75
Fisher 36, 37, 132, 134 Medawar 38 Tschermak 37
Fox-Keller 27, 30 Mendel 6, 8, 10, 11, 12, 37,
38, 40 Van Beneden 21
Galton 37 Moore 37 Varela 71, 72, 73, 74
Gibson 128 Morange 29, 44 Vries 37
Goldschmidt 29, 122 Morgan 12, 13, 15, 16, 19,
Gould 53, 80, 85 30 Waddington 120, 121,
Guespin 89 123, 129, 130, 131
Needham 144, 146 Watson 29, 30
Haeckel 79 Weaver 45
Hegel 143 Olby 37 Weismann 38, 39, 40, 41
Hilbert 46 Oyama 40, 60, 62, 67, 87
Houang 146 Zhuangzi 145