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Chapitre

2 La nature du vivant
Introduction

1- La composition des tres vivants


2- La biochimie de la vie
2-1- Le monde inerte et le monde vivant

2-2- La richesse en eau du vivant


2-3- les molcules chimiques constitutives des tres vivants
3- Les cellules sont les units de bases de tous les tres vivants
3-1-Les diffrents types de cellules

3-2-La cellule procaryote

3-3- La cellule eucaryote


A- Quelques exemples dorganismes unicellulaires

B - Quelques exemples de cellules appartenant des organismes pluricellulaires


4 - Les caractristiques structurales des cellules eucaryotes
5- LADN est le support universel de linformation gntique
5-1- Localisation du support de linformation gntique dans les cellules eucaryotes

5-2- Les expriences de transgnse confirment luniversalit de la molcule dADN


5-3-La nature chimique de la molcule dADN
6- La variation gntique repose sur la variabilit de la molcule dADN

6-1-Les agents mutagnes


6-2- Transmission des mutations
A- Mutations somatiques
B- Mutations germinales

7- Les caractristiques fonctionnelles des cellules


7-1-Le contrle du mtabolisme cellulaire par les conditions du milieu
7-2- Le contrle du mtabolisme cellulaire par le patrimoine gntique

7-3- Les ncessaires changes avec le milieu extrieur


Conclusion



Introduction
Dans lUnivers, il y a 118 lments chimiques diffrents connus, dont 94 existent l'tat naturel sur
Terre.

Mis part l'hydrogne et une petite partie de l'hlium, qui ont exist ds le dbut de l'Univers, tous les
autres lments naturels ont t fabriqus l'intrieur de plusieurs gnrations d'toiles par des
ractions thermonuclaires.



Abondance relative des lments
chimiques dans lUnivers


Au rythme des supernovae (explosion dtoiles massives) et des nbuleuses plantaires (formations
des systmes plantaires), des molcules chimiques se forment dans le milieu interstellaire (entre les
toiles). Cette formation dlments (nuclosynthses) ne se limite pas des lments simples, des
molcules complexes se forment galement.
Bref aperu des molcules chimiques prsentes dans le milieu interstellaire


Pour que lvolution molculaire se poursuive, il faut un milieu dense, qui favorise les contacts, un
milieu protecteur et un milieu temprature modre qui acclre les ractions sans dtruire les
molcules fragiles.

Ces conditions sont ralises sur les plantes. Cest donc sur la Terre que nous allons poursuivre la
dcouverte de la nature du vivant.
1- La composition des tres vivants

Les tres vivants sont constitus dlments chimiques disponibles sur le globe terrestre. Le tableau priodique des lments ou table de
Mendeleev rpertorie lensemble des lments disponibles sur Terre.


Les lments avec une bordure continue grise peuvent tre trouvs naturellement sur Terre, sous la
forme d'un ou plusieurs isotopes stables.
Les lments avec une bordure en tirets noirs apparaissent naturellement lors de la dsintgration
d'autres lments chimiques, mais n'ont pas d'isotopes plus anciens que la Terre.
Les lments avec une bordure en pointills bleus sont artificiels (lments synthtiques), crent par
lHomme.
Cest donc partir de lensemble de ces atomes et des molcules complexes interstellaire (voir
introduction) que les molcules de la vie (les briques du vivant) ont merg.

2- La biochimie de la vie
2-1- Le monde inerte et le monde vivant
Les proportions des lments chimiques sont diffrentes dans le monde inerte (qui est sans activit
propre ex : les minraux constitutifs des roches, leau de mer) et dans le monde vivant .
Tableau de comparaison de labondance relative des lments entre le vivant et linerte


On distingue, en fonction de leur importance chez les tres vivants, les lments majeurs qui sont en
quantit suprieure 1%, les lments biognes dont limportance est moindre, et les oligolments
souvent prsents ltat de traces et dont labsence entraine diverses carences.
Le silicium est abondant dans la lithosphre o il forme de trs nombreux composs stables tandis que
lazote, rare dans la lithosphre, est un constituant important des tres vivants.
Loxygne est un lment commun au monde vivant et au monde minral.
La liste des lments les plus abondants de la biosphre peut se rsumer symboliquement par
la formule CHNOPS (Carbone, Hydrogne, Azote(N), Oxygne, Phosphore, Soufre)
2-2- La richesse en eau du vivant

La majorit de loxygne et de lhydrogne contenu dans un organisme vivant est sous la forme deau.
Cette eau participe aux ractions chimiques de lorganisme et est un lment stabilisant majeur du
monde vivant.
Les tres vivants sont constitus majoritairement deau.







Pour lHomme, la quantit deau varie en
fonction de lge



2-3- les molcules chimiques constitutives des tres vivants
Les lments chimiques se rpartissent dans les diverses molcules chimiques des tres vivants.

On distingue chez le vivant deux classes de molcules :


Les petites molcules, matriau de base pour ldification des macromolcules et du reste des
structures cellulaires, qui sont identiques chez tous les tres vivants.

Les molcules gantes ou macromolcules dont les types sont relativement peu nombreux,
mais dont la structure fine est trs variable que ce soit du point de vue de lindividu, de lorgane
ou du tissu.
Les constituants de la matire organique peuvent se regrouper en quelques types fondamentaux :

Les glucides forms essentiellement de Carbone, Oxygne et Hydrogne.



Les lipides forms essentiellement de Carbone et dHydrogne.

Les Acides amins (au nombre de 20 sur Terre), forms essentiellement de Carbone,
Oxygne, Azote et Hydrogne. Les acides amins lis les uns aux autres constituent les
protines.

Les nuclotides forms essentiellement dAzote et de Carbone.

Bilan :

La matire organique caractristique des tres vivants est matrialise par un nombre
restreint de catgories molculaires. Ce constat peut justifier lide dune relative unit
chimique du vivant. Cette unit chimique des tres vivants est un indice de leur parent.

De nombreux logiciels (Rasmol, Rastop, Jmol, Chime.) permettent de visualiser la structure en 3


dimensions des molcules organiques ou inorganiques.
Un code couleur permettant de reconnatre les diffrents atomes a t adopt par la plus part des
logiciels.


Voici quelques exemples de molcules biologiques produites par les tres vivants :



3- Les cellules sont les units de bases de tous les tres vivants
La cellule (du latin cellula qui signifie petite chambre) est lunit structurale des tres vivants. Elle
constitue lunit de base de la construction dun organisme.
Les tres vivants peuvent tre composs :

Dune seule cellule : tat unicellulaire (organisme unicellulaire).


De plusieurs cellules : tat pluricellulaire (organisme pluricellulaire).
3-1-Les diffrents types de cellules
Il existe deux types fondamentaux de cellules selon quelles possdent dans le milieu intracellulaire un
noyau spar par une membrane :
Les cellules procaryotes ne possdent pas de noyau vrai (leur matriel gntique nest
pas individualis dans un compartiment spcial), ce sont exclusivement des organismes
unicellulaires : les bactries par exemple.
Les cellules eucaryotes : possdent lintrieur du compartiment intracellulaire un
noyau dlimit par une membrane. Ce sont des organismes qui peuvent tre unicellulaires
ou pluricellulaires.
Les cellules sont toutes dlimites par une membrane plasmique qui dfinit deux compartiments :

Un compartiment intracellulaire lintrieur de la cellule.


Un compartiment extracellulaire lextrieur de la cellule.
3-2-La cellule procaryote

Un procaryote (du latin pro, avant et du grec karuon, noyau) est un tre vivant dont les cellules ne
comportent pas de noyau ni d'autres organites.
Les premiers procaryotes taient peut-tre dj prsents il y a plus de 3,6 milliards dannes.





Schma dune cellule de procaryote type

(tous les procaryotes de possdent pas
lassociation de lensemble des structures
cellulaires prsentes sur le schma)




Quelques exemples de cellules procaryotes




Metallireducens bacteria Salmonella sp. Francisella tularensis



Escherichia coli Streptococcus pneumoniae Staphylococcus sp.

3-3- La cellule eucaryote
La majorit des organismes vivants actuellement rpertoris sont des eucaryotes. Leurs tailles et leurs
complexits sont trs variables, allant de lorganisme unicellulaire des pluricellulaires hautement
organis, comme le squoia ou une baleine.
Par souci de simplification, nous regrouperons les organismes eucaryotes en 4 grandes familles : les
animaux, les vgtaux, les champignons et les protistes. (Remarque : cette classification est arbitraire
et ne correspond pas la classification phylogntique actuelle, que vous apprendrez plus tard)

A- Quelques exemples dorganismes unicellulaires



Spirogyra sp. Amoeba proteus



Arcella sp Euglena clavata
B - Quelques exemples de cellules appartenant des organismes pluricellulaires



Daphnia sp. Cellules pidermiques Cellule pidermique Cellules pidermiques de
Primula veris Loasacea sp. Kleina tomentosa




Macrophages humains Hmaties et lymphocyte Aspergillus fumigatus Neurone de rat
attaquant un parasite humain



4 - Les caractristiques structurales des cellules eucaryotes
Les organismes eucaryotes (du grec eu, vrai , et du grec karuon, noyau) sont caractriss
principalement par des cellules spares du milieu extrieur par une membrane : la membrane
plasmique ou membrane cellulaire.
Elles possdent galement un noyau dlimit par une membrane, la membrane nuclaire.
Le compartiment intracellulaire comprend de nombreux organites, des lments intracellulaires
spcialiss qui sont dlimits par une ou deux membranes qui baignent dans un liquide appel
cytosol. Lensemble des organites plus le cytosol constitue le cytoplasme.

La plupart des organites sont prsents chez les cellules eucaryotes animales et vgtales, certains
cependant sont spcifiques des cellules vgtales.

5- LADN est le support universel de linformation gntique


5-1- Localisation du support de linformation gntique dans les cellules eucaryotes


Le programme gntique dun individu (caractristiques physiques, mtaboliques, etc.) est contenu
dans le noyau des cellules eucaryotes.

5-2- Les expriences de transgnse confirment luniversalit de la molcule dADN






La transgnse consiste
transfrer un gne dune
espce une autre.

Le gne transfr
sexprime normalement,
ce qui dmontre
luniversalit de la
molcule dADN en tant
que support de
linformation gntique.


5-3-La nature chimique de la molcule dADN
Une molcule dADN est forme de deux chaines (ou brins) enroules lune autour de lautre en double
hlice.


Chaque brin est constitu de lassemblage dunits lmentaires appeles nuclotides.
Un nuclotide est form par lassociation de trois types de molcules diffrentes :
Un sucre : le dsoxyribose

Un acide phosphorique

Une base azote.
Il existe 4 bases azotes diffrentes, donc 4 nuclotides diffrents : Adnine, Thymine, Guanine,
Cytosine


Pour former la double hlice, les nuclotides sassocient deux deux (par complmentarits de bases).

LAdnine sassocie la Thymine par 2 liaisons hydrognes (liaisons faibles)


La Cytosine sassocie la Guanine par 3 liaisons hydrognes.

La molcule dADN est donc forme de deux chaines complmentaires de nuclotides enroules en
double hlice.



Schma de la double hlice dADN.

La succession des nuclotides au sein de chaque
chaine est lie au hasard et ne dpend pas des
nuclotides qui lencadrent.

6- La variation gntique repose sur la variabilit de la molcule dADN


Chaque enchanement de nuclotides ou squences dADN constitue une version du gne, aussi
appele allle.
Linformation gntique est contenue dans la squence des nuclotides de lADN (la suite des
nuclotides au sein dun brin de la molcule dADN).

Le changement dun seul nuclotide de lADN peut entrainer la modification dun acide amin de la
protine correspondante.

Ce changement dun seul acide amin modifie la structure de la protine et altre son fonctionnement.


Lenchanement des nuclotides de lADN peut tre modifi : on parle alors de mutation. Les
mutations sont lorigine des nouveaux allles des gnes. Les mutations sont donc lorigine de la
variabilit gntique au sein des espces (par exemple : couleur des cheveux noir, blond, brun).


6-1-Les agents mutagnes
Les mutations sont des vnements qui se produisent naturellement et continuellement au sein de la
molcule dADN. Certains agents de lenvironnement appels agents mutagnes augmentent les
frquences des mutations.
Il existe : - Des agents physiques : rayons X, radioactivits, rayons ultra-violets, rayons cosmiques,
- Des agents chimiques : benzne, nitrosamine, tolune, amiante

- Des agents biologiques : les virus


6-2- Transmission des mutations
Un gne sexprime par une protine. chaque allle (versions dun gne) correspond donc une version
de la protine. Ce caractre est hrditaire, il se transmet de gnration en gnration.
La squence des nuclotides au sein dun gne constitue un message qui contrle un caractre
hrditaire.
Une cellule mute transmet son patrimoine gntique ses cellules filles : on obtient alors un clone de
cellules mutes.

La consquence dune mutation est diffrente selon le type de cellules quelle affecte :
A- Mutations somatiques
Les cellules somatiques (soma, corps) sont les cellules de lensemble du corps. Les mutations
somatiques nont de consquences quau niveau de lorganisme porteur de la mutation.
B- Mutations germinales

Les cellules germinales ou germen, sont issues des cellules souches et peuvent former les
spermatozodes et ovules). Les mutations germinales peuvent donc se retrouver porte par une cellule
uf lorigine dun nouvel individu. Cette mutation va alors se transmettre de gnration en
gnration.


Aujourdhui, la plupart des gnes possdent plusieurs allles : ces allles sont ns par mutation au
cours de lvolution des espces.
7- Les caractristiques fonctionnelles des cellules
Les cellules sont galement des units de vie.

Le mtabolisme regroupe lensemble des ractions biochimiques qui se droulent dans le milieu
intracellulaire.

Deux types de ractions sont distinguer :


Les ractions de synthses (anabolisme) par exemple la synthse dune protine
Les ractions de dgradation (catabolisme) par exemple la dgradation du glucose en
C02 et H20 avec production dnergie.
7-1-Le contrle du mtabolisme cellulaire par les conditions du milieu
Exemple dune Exprience historique :

Pasteur en 1857 a montr que la Levure de Bire (Saccharomyces cerevisae), un Ascomycte (famille
de champignons ), cultive la surface dune solution de glucose bien are, se dveloppe
abondamment en se multipliant (prolifre) en absorbant de loxygne et en rejetant du dioxyde de
carbone. On dit que la Levure est en arobiose, elle respire.

Lorsque lon place ces mmes Levures (Saccharomyces cerevisae), dans un flacon clos, la Levure
aprs avoir puis le peu de dioxygne laiss sa disposition, fermente. Cette fermentation se traduit
par une consommation de glucose et un dgagement de CO2 avec apparition dalcool thylique
(thanol) aisment reconnaissable son odeur.
Le passage de la respiration la fermentation est rversible : la Levure remise en prsence dair
respire de nouveau. Cette alternance possible constitue leffet Pasteur.

(La fermentation est une fonction gnrale prsente chez tous les tissus vgtaux placs en conditions
sans oxygne. Mais contrairement la Levure cette fonction ne permet pas la croissance, mais
simplement la survie temporaire du tissu vgtal).

Bilan :

Les conditions du milieu (ici prsence ou absence de dioxygne) contrlent le droulement des
activits mtaboliques (respiration ou fermentation) chez la Levure (Saccharomyces cerevisae)


7-2- Le contrle du mtabolisme cellulaire par le patrimoine gntique
Exemple chez la Levure :

Chez la Levure (Saccharomyces cerevisae), on connat des souches qui diffrent par la couleur des
colonies quelles forment sur milieu solide, colonies blanc crme pour la souche sauvage, colonies rose-
rouge pour une souche mutante.
Cette diffrence au niveau du phnotype (ensemble des caractres observables dun individu)
macroscopique entre les deux souches de Levures est due une diffrence biochimique en rapport
avec la capacit synthtiser ou non de ladnine (un acide amin) partir de prcurseurs (lments
de bases servant la production dadnine) prsents dans le milieu.
La chane de biosynthse ( fabrication ) de ladnine est trs complexe et comprend de trs
nombreuses tapes.
Chez la souche mutante colonies rouges, elle est interrompue une tape o le produit intermdiaire
form (AIR) est de teinte rose (en milieu arobie). Cest son accumulation dans une cellule de Levure
qui confre celle-ci une couleur lgrement rose (la couleur rouge de la colonie est due un effet de
masse).
N. B. Ladnine (constituant fondamental de lATP, des ARN et de lADN) est indispensable pour la
croissance des Levures, et donc la formation de colonies.
Dans le cas dun milieu de culture o la quantit dadnine et la quantit dlments prcurseurs sont
modrs, la formation de colonies de Levures mutantes est possible . En consquence, les Levures
mutantes croissent, se multiplient tout en accumulant le produit intermdiaire, do la couleur rouge.
Le gne ADE2 code pour une enzyme (une protine active) qui transforme le produit intermdiaire
color (AIR) en un compos CAIR non color.

Le blocage de cette tape est d une mutation dans le gne ADE2.



Mcanismes en jeu lors de la production dune colonie de Levures de couleur blanche (Phnotype sauvage)



Mcanismes en jeu lors de la production dune colonie de Levures de couleur rouge (Phnotype mutant)


Les squences de lallle sauvage et dallles muts du gne ADE2 ont t tablies.

Bilan :

La capacit utiliser ou non les prcurseurs de lAdnine disponible dans le milieu est donc
chez la Levure (Saccharomyces cerevisae) une proprit lie au patrimoine gntique.

7-3- Les ncessaires changes avec le milieu extrieur


La cellule constitue une unit spatiale, dlimite par une membrane. Celle-ci, loin d'tre hermtique,
constitue une surface d'changes permettant la mise en place de flux.

Les membranes plasmiques malgr leur diversit possdent, sauf exceptions, une structure identique :
une double couche de lipides, qui constitue un filtre de base permettant le passage des
substances hydrophobes (qui naime pas leau), freinant celui des hydrophiles (qui aime leau).
Des protines membranaires aux rles divers (transferts, transport...)
En tant que surface de contact avec l'extrieur (air, eau, milieu extracellulaire), elle assure aussi la
transmission d'informations ncessaires la ractivit de la cellule aux changements de
l'environnement et la coordination avec d'autres cellules. Elle permet aussi le passage de la lumire,
de la chaleur...
Cette structure de base (une membrane organisant les changes entourant un compartiment, lieu de
ractions chimiques spcifiques) va permettre la mise en place et le maintien de flux de matire,
d'nergie, d'information... traversant la cellule.


Conclusion

Les tres vivants sont constitus dlments chimiques disponibles sur le globe terrestre. Leurs
proportions sont diffrentes dans le monde inerte et dans le monde vivant. Ces lments
chimiques se rpartissent dans les diverses molcules constitutives des tres vivants.
Les tres vivants se caractrisent par leur matire carbone et leur richesse en eau. Lunit
chimique des tres vivants est un indice de leur parent.
De nombreuses transformations chimiques se droulent lintrieur de la cellule : elles
constituent le mtabolisme. Il est contrl par les conditions du milieu et par le patrimoine
gntique.
La cellule est un espace limit par une membrane qui change de la matire et de lnergie avec
son environnement. Cette unit structurale et fonctionnelle commune tous les tres vivants
est un indice de leur parent.
La transgnse montre que linformation gntique est contenue dans la molcule dADN et
quelle y est inscrite dans un langage universel. La variation gntique repose sur la variabilit
de la molcule dADN (mutation).
Luniversalit du rle de lADN est un indice de la parent des tres vivants.