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Microbiologie de lenvironnement

Microbiologie de lenvironnement

I- Microbiologie du sol

II- Microbiologie de leau

III- Microbiologie de lair


Microbiologie du sol
I- Introduction
- Dfinition de la microbiologie du sol
- Dfinition du sol
- Constituants et organisation du sol
- Profil dun sol
II- La faune et la flore du sol
III- Les grands groupes de microorganismes du sol
1- Les virus
2- Les bactries
3- Les champignons
4- Les algues
5- Les protozoaires
6- Les groupes nutritionnels microbiens
7- Les groupes fonctionnels microbiens
IV- Mthodes dtude des microorganismes du sol
1- Cultures denrichissement et isolement des souches
2- Numrations
3- Estimation de la biomasse microbienne
4- Mesures dactivit
5- Mthodes molculaires
V- Interactions entre microorganismes dans le sol
VI- Relations entre les microorganismes et le sol
1- Effets des proprits du sol sur la distribution des microorganismes
2- Effets des microorganismes sur les proprits du sol
COSYSTMES
Un cosystme est un systme ouvert travers par des flux dnergie
et des cycles de matire, abritant une communaut biotique forme
dorganismes vivant en interaction dans un milieu donn, le biotope.

La communaut biotique renferme trois catgories dorganismes :

Les producteurs, qui transforment lnergie lumineuse en nergie


chimique et qui laborent des composs organiques;

Les consommateurs, qui se nourrissent de ces matires


organiques;

Les dcomposeurs, qui recyclent la matire organique morte afin de


restituer aux producteurs les matires minrales ncessaires la
poursuite de leurs activits.
MICROORGANISMES

Les microorganismes sont une composante essentielle


de tout cosystme. ils occupent des micro-habitats
spcifiques convenant leurs besoins.

Dans ces micro-habitats, les microorganismes tablissent


entre eux et avec les autres organismes des relations de
diffrente nature: neutralisme, coopration et
antagonisme.

De par ces relations, ils affectent ou non, positivement ou


ngativement, le dveloppement des autres
membres de la communaut biotique.
Dans lenvironnement, les microorganismes
interviennent en tant que producteurs
ou dcomposeurs.
Microbiologie du sol
La microbiologie des sols a pour objectif principal ltude des
interactions entre les communauts microbiennes et les
autres composantes de lcosystme sol-vgtation :

- Interactions entre les communauts microbiennes et le sol,


considr comme milieu organique et minral ;

- Interactions entre les communauts microbiennes et la


vgtation ;

- Interactions entre les communauts microbiennes et la faune


du sol ;

- Interactions entre les communauts microbiennes.


Relations entre la Microbiologie du sol et les autres disciplines
LE SOL
Cest la formation naturelle de surface , Le produit de laltration, du remaniement
structure meuble et dpaisseur variable, et de lorganisation des couches
rsultant de la transformation de la roche- suprieures de la crote terrestre sous
mre sous-jacente sous linfluence de divers laction de la vie, de latmosphre et des
processus, physiques, chimiques et changes dnergie qui sy manifestent
biologiques DEMELON AUBERTt et BOULAINE, 1967

CONSTITUANTS ET ORGANISATION DU SOL

Solution du sol Fraction liquide


Mmes gaz que
lair
+
Fraction solide Fraction gazeuse Gaz de la
dcomposition
de la matire
organique

Minraux organiques
Complexit externe et interne du sol.
ETAPES DE LA FORMATION DUN SOL

1- Dsagrgation et altration de la
2- Lenrichissement en matire 3- Migration et accumulation des
roche-mre
organique substances
SOL Vgtaux, animaux. Formation des horizons

Facteurs physiques :
carts de T, rosion, Minralisation
Mouvements de leau
gel, racines

Humus
-Blocs, graviers, cailloux, grains de
sables, limons
- dune pte le complexe
daltration : pte dargile Ca H. Lessivs H. daccumulation
colore par des oxydes de fer, Al,
sels de ca2+, Mg2+, K+, Na+, Mn, Ti, NH4 PO4
N, S, P plus ou moins solubles
Complexe-
argilo-humique
Complexe collodal
K Mg
Pourcentage approximatif du volume total occup
par les diffrents composants dun sol fertile

1%
Activit Biologique
Matire organique 5%

Air 24% 45%Matire minrale

Eau 25%

Les proportions de ces diffrentes phases varient selon le type de sol et


les modifications climatiques au cours du temps (DUCHAUFOUR, 1997).
PROFIL DUN SOL
Litire (feuilles mortes,
dbris vgtaux)
Horizon A - Matire organique en
dcomposition
Horizon riche en - Matire minrale
matire organique Rgion principale pour
lactivit microbienne

Horizon B

Horizon lessiv appauvri en Sub-minral


collodes (Argiles, oxydes de
fer) Quelques micro-
Horizon daccumulation organismes
enrichi en argiles et
oxydes de fer

+ + + Horizon C Fragmentation de la
++ ++ ++ roche-mre
Roche-mre Aucune activit
microbienne
++ ++ ++
Description des horizons

Humus
Riche en matire organique,
horizon appauvri

Pauvre en matire organique,


horizon daccumulation

Horizon daltration de la roche


Importance des facteurs Formation des horizons
biologiques
Rles de la matire organique du sol
Grandes fonctions du sol dans les
cosystmes terrestres

Support physique pour les plantes

Rserve de nutriments minraux


(P, N )

Rserve deau

Recyclage des nutriments


II- La faune et la flore du sol

Vie bactrienne du sol, comment la connatre et la prserver ?


LES PRINCIPAUX REPRESENTANT DE LA FAUNE ET LA FLORE DU SOL

MICROFAUNE
Thcamoebien
en dessous de 0,2 mm Cili
Amibe Flagell

Nmatode
MESOFAUNE
de 0,2 2 mm Acarien
Rotifre Tardigrade Collembole

Diplopode
Larve de Coloptre Chilopode
MACROFAUNE
au dessus de 2 mm Larve de Diptre Enchytraeide
Isopode

Lombricide
Actinomyctes

MICROFLORE
en dessous de 0,1 mm

Filaments de myclium Bactries


Les grands groupes de microorganismes du sol
Nombre et biomasse des animaux dans le sol; distribution

Etude ralise dans une prairie europenne


(Stockli, 1946 et MacFadyen, 1957) Nombre et biomasse de la microflore du sol

Densits sont exprimes en Nombre dindividus / m2

Les Algues . 100 000 / g de sol


Nmatodes 1 800 000 120 000000
Ils sont abondant dans les deux premiers cm du sol
Acariens .. 20 000 120 000
Cllemboles 10 000 40 000 Les champignons............. 1000 1500kg/ ha

Enchytrides .. 200 20 000 Les Actinomyctes 100 000 30 millions / g de sol


Larves de Diptres ..... 1000 environ Les Bactries.. 106 109 - 1011
Coloptres et leurs larves . 500 1000
Myriapodes de grande taille 900 1700
Mollusques (limaces et escargots) .. 100 8500
Vers de terre . 30 2000
Fourmis . 200 500
Araignes 180 800
Isopodes 100 400
Poids de Bactries lhectare en fonction de leur nombre

Poids de bactries
Nombre de Poids de Poids de lhectare
bactries par bactries par bactries
gramme de sol gramme de sol en du sol Pour 1000 T de Pour 3000 T de
(en mg) terre (couche de terre (couche de
8 cm) 25 cm)

10 millions 0,016 0,016 16 kg 48 kg

100 millions 0,16 0,16 160 kg 480 kg

1 milliard 1,6 1,6 1600 kg 4800 kg


Exemple de distribution des micro-organismes dans un sol minral
Selon la profondeur
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL

La population du sol est

Nombreuse
- Elle est variable dun sol
et dune saison lautre
- Elle reprsente en
moyenne 2,5 tonnes
lhectare

Varie
- Une grande diversit
despces, de tailles, de
mode de nutrition, de
source dnergie

En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL

La population du sol est

Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare

Varie
- Une grande diversit
despces, de tailles, de
mode de nutrition, de
source dnergie

En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL

La population du sol est

Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare

Varie
- Une grande diversit Processus dAssimilation
despces, de tailles, de (Absorption = Synthse)
mode de nutrition, de
source dnergie

En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL

La population du sol est

Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare

Varie
- Une grande diversit Processus dAssimilation
despces, de tailles, de (Absorption = Synthse)
mode de nutrition, de
source dnergie

La formation du sol et sa fertilit La nutrition des plantes


En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
tantt en association
- Sensibles aux conditions
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
ROLES DE LA FAUNE ET DE LA FLORE DU SOL

La population du sol est

Processus de Minralisation
(dcomposition)
Nombreuse
- Elle variable dun sol et
dune saison lautre Elments simples
Les matires organiques M.O.
- Elle reprsente en (N, P, K, C, H20) ;;
(animaux, vgtaux) SAPROPHYTES
moyenne 2,5 tonnes
lhectare

Varie
- Une grande diversit Processus dAssimilation
despces, de tailles, de (Absorption = Synthse)
mode de nutrition, de
source dnergie

La formation du sol et sa fertilit La nutrition des plantes


En quilibre
- Vivant en communaut,
ces tres vivants sont
tantt en concurrence
Les microorganismes du sol sont les
tantt en association
intermdiaires quasi obligatoire entre les matires
- Sensibles aux conditions organiques et minrales du sol et la plante
du milieu (T, humidit,
aration, pH, aliments
organiques et minraux)
Place des organismes producteurs, consommateurs et
dcomposeurs dans lcosystme sol-vgtation (Leme, 1967)

Energie solaire
CO2
HERBIVORES CARNIVORES
Photosynthse (Consommateurs I aires) ) (Consommateurs I aires) )
VEGETAUX VERTS
(Producteurs)

N, P, K,
Fe, Mn, B, Zn, Mo, Cu
Ca, Mg, S

Dbris
organiques
Substances
solubles

CARNIVORES

Micro-organismes (Consommateurs I I I aires))


dcomposeurs
Composition et dgradation de la litire
Schma de la contribution des microorganismes au cycle
de la matire organique dans les sols
Rles de La Faune du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage )

- Action chimique

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )


Rles de La Faune du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens

1 Action mcanique : amlioration de la stabilit structurale


Les tres vivants du sol granulent le sol en le divisant ou en le cimentant. (ex:
les vers de terre crent des galeries verticales et horizontales, ce qui augmente
la porosit structurale et donc acclre le drainage et laration. Leur tube
digestif est le malaxeur de largile et de lhumus en un complexe argilo-humique
qui soude les agrgats : la formation dagrgats stables amliore ainsi la stabilit
structurale.

2 Une action chimique : enrichissement en minraux assimilables


Les vers de terre ramnent la surface des lments minraux : ils
vitent ainsi le lessivage dions tels que le calcium. De plus leurs djections
sont plus riches en lments K, P et Mg directement assimilables par la plante.

3 Une action biologique : stimulation de la flore microbienne


En consommant la flore microbienne, la macro-faune opre une slection
qui rajeunit et stimule lactivit microbienne.
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )


Dcomposition de la matire organique fraiche et formation de l'humus dans le sol
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )

NOTION DACTIVITE MICROBIENNE

Grce leurs diffrents enzymes (cellulases, pectinases),


les MO pntrent dans les tissus morts et digrent leurs
contenus protiques, lipidiques, polysaccharidiques
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )

NOTION DACTIVITE MICROBIENNE


- Libration de gaz (CO2,
Grce leurs diffrentes enzymes (cellulases, ammoniac, sulfure dH2)
pectinases), ces MO pntrent dans les tissus morts et
digrent leurs contenus protiques, lipidiques, - Libration des substances
polysaccharidiques hydrosolubles base dN,
de P ou de S.
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )

NOTION DACTIVITE MICROBIENNE


Grce leurs diffrents enzymes ( cellulases, pectinases), ces MO
pntrent dans les tissus morts et digrent leurs contenus - Libration de gaz (CO2,
protiques, lipidiques, polysaccharidiques ammoniac, sulfure dH2)

- Libration des substances


hydrosolubles base dN,
de P ou de S.

Lactivit mtabolique de ces MO est fonction de leur


importance numrique et de leur rapidit de multiplication
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )

NOTION DACTIVITE MICROBIENNE


- Libration de gaz (CO2,
ammoniac, sulfure dH2)
Grce leurs diffrents enzymes ( cellulases, pectinases), ces MO
pntrent dans les tissus morts et digrent leurs contenus
protiques, lipidiques, polysaccharidiques - Libration des substances
hydrosolubles base dN,
de P ou de S.

Lactivit mtabolique de ces MO est fonction de leur


importance numrique et de leur rapidit de multiplication

MO large capacit mtabolique


(Pseudomonas fluorescens )
,,,
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )

NOTION DACTIVITE MICROBIENNE


- Libration de gaz (CO2,
ammoniac, sulfure dH2)
Grce leurs diffrents enzymes ( cellulases, pectinases), ces MO
pntrent dans les tissus morts et digrent leurs contenus
protiques, lipidiques, polysaccharidiques - Libration des substances
hydrosolubles base dN,
de P ou de S.

Lactivit mtabolique de ces MO est fonction de leur


importance numrique et de leur rapidit de multiplication

MO large capacit mtabolique MO spcialiss dans la dcomposition


(Pseudomonas fluorescens ) dune seule catgorie de substrat
,,, (cellulolytiques, lignolytiques, etc
Rles de La Faune du sol Rles de La Microflore du sol
Vers de terre, myriapodes, collemboles, acariens Bactries, Actinomyctes, champignons, algues)

- Action mcanique : ( fragmentation, broyage ) - Dcomposition : ( Destruction )

- Action chimique - Absorption : (ou assimilation)

- Action biologique : ( stimulation de la microflore )

NOTION DACTIVITE MICROBIENNE


- Libration de gaz (CO2,
ammoniac, sulfure dH2)
Grce leurs diffrentes enzymes ( cellulases, pectinases), ces MO
pntrent dans les tissus morts et digrent leurs contenus
protiques, lipidiques, polysaccharidiques - Libration des substances
hydrosolubles base dN,
de P ou de S.

Lactivit mtabolique de ces MO est fonction de leur


importance numrique et de leur rapidit de multiplication

MO large capacit mtabolique MO spcialiss dans la dcomposition MO hautement spcialiss , ils


(Pseudomonas fluorescens ) dune seule catgorie de substrat oxydent quun seul compos
,,, (cellulolytiques, lignolytiques, etc (Nitosomonas, Nitrobacter)
Lactivit microbienne a une influence sur le dveloppement et la nutrition
des racines et rciproquement.

Dans le sol il existe deux types de microflores ayant deux fonctions :


- une microflore de destruction/dcomposition
- une microflore dabsorption et dassimilation.

Tableau : Caractristiques des principaux groupes de la microflore


Schma gnral de lvolution des matires organiques dans le sol

1 TEMPS: TRANSFORMATION RAPIDE DES MAT. ORG. JEUNES


Vgtaux , Animaux VIVANTS CO2
sur le sol et dans le sol O2
A DECOMPOSITION
Par le complexe argilo-
MORT et DIVISION
1- PHASE DE PROLIFERATION 2- PHASE DE DECROISSANCE humique, de la majorit
par la microfaune du sol
MICROBIENNE partir des MICROBIENNE et de libration des ions nutritifs librs
substances de dcomposition facile de substances nutritives par la minralisation
MATIERES ORGANIQUES minrales et organiques
FRAICHES CO2 + H2O
+ Energie
M
( vgtales et animales )
(chaleur) CaP
FACILES A DECOMPSER PRODUITS
sucres cellulose NH4
MATIERES
amidon protines PROLIFERATION CORPS MINERALES Fixation
Complex
DECROISSANCE argilo-hum
MICRO- Azote : NH4+, NO3-
DIFFICILES A DECOMPSER
BIENS Phosphore : PO4 - Echange
lignine huiles Soufre : SO3-
TRANSITOIRES Acides : H+ K
rsines graisses B - HUMIFICATION
bases: OH-
cations :
Utilisation de lazote minrale du Ca2+ , Mg2+, K+, Na+

Lessivage
sol par les microbes lorsque les Mat. Azote minral
Org. sont trop pauvres en azote du sol Lignine et Matires azotes
2 TEMPS:
cellulose oxyde
Synthse physico-chimique, active par les microbes, MINERALISATION
dACIDES HUMIQUES collodaux partir des LENTE DE
produits transitoires + ou - solubles LHUMUS STABLE
- rsidus de lignine HUMUS STABLE: Lessivage dions nutritifs
- matires azotes divers stades 15 30% de la seulement si le pouvoir
matire sche enfouie 1,5 2% par an absorbant du sol est trop
Humus de composition variable faible et la pluviomtrie
- la matire organique humifiable leve ( sols sableux,
- les conditions de milieu (aration, pauvres en humus,
humidit, acidit, T ) fortement irrigus.
MATIERES ORGANIQUES TOTALES DU SOL MATIERES MINERALES
La dcomposition des Glucides simples : Sucres et Amidon

MILIEU AR Alcools Acides


CO2 + H2O
Bactries arobies organiques

SUCRES
SOLUBLES
AMIDON
MILIEU ASPHYXIANT Alcools Acides
CH4 + H2
Bactries Anarobies organiques

Mthane
gaz des marais

En milieu AR, les sucres solubles et Amidon sont les premiers


attaqus : ils provoquent la prolifration des bactries qui les oxydent
compltement, restituant ainsi au sol et latmosphre le CO2 et leau
qui ont servi les construire par la photosynthse.
La dcomposition de la cellulose ou cellulolyse
MATIRES AZOTES

Fixation
CO2 + H20
MILIEU AR et NEUTRE Gele Humine
Bactries arobies cytophagienne microbienne

Fixation
CO2 + H20
Acides humiques
Composs
MILIEU AR et NEUTRE et Humine
phnoliques dinsolubilisation
Champignons
solubles

CELLULOSE
CO2 + H20
MILIEU AR mais Cellulose non
TRES ACIDE dcompose
Champignons saccumule

CO2 + H20
MILIEU ASPHYXIANT
Acides Mthane et
trs HUMIDE
organiques hydrogne
Bactries Anarobies

En milieu AR et NEUTRE, la cellulose sert la synthse de lhumus.


En milieu AR mais TRS ACIDE, la cellulose, non dcompose, saccumule.
En milieu ASPHYXIANT, la cellulose disparat compltement, ne laissant que des gaz.
La dcomposition de la lignine ou lignolyse
LIGNINE (Molcule aromatique trs polymrise)
MILIEU AR MILIEU ASPHYXIANT

POURRITURES BLANCHES POURRITURES BLANCHES ou MOLLES BACTRIES ANAROBIES


( champignons acidiphiles) ( champignons calcicoles)

Milieu PEU ACIDE et Milieu TRS ACIDE et Milieu riche en


vgtation AMELIORANTE vgtation ACIFIANTE CALCAIRE ACTIF
riche en azote pauvre en azote pH ELEVE

Tanins Tanins trs Rsidus de


hydrolysables, condenss, lignine peu Destruction de
faciles difficiles transforme, ,,, la cellulose
dcomposer dcomposer associe la
Protines lignine
abondantes
Composs Protines pu Protines
Composs Altration de la
phnoliques abondantes
phnoliques Protolyse lignine par
solubles solubles oxydation
MELANISANTS TANNANTS Protolyse Multiplication des Peu de fixation
Protolyse
NH3 bloque par groupements - dazote,
les tannins COOH pas dhumification
FIXATION Complexes
phnoliques NH3
Polymrisation protines solubles FIXATION
et lessivs ,,, FIXATION

ACIDES HUMIQUES
et HUMINE HUMINE RESIDUELLE HUMINE RESIDUELLE LIGNINE
dINSOLUBILSATION des ou HRITE ou HRITE peu dcompose
MULLS acide ou eutrophe du MOR et MODER du MULLS Ne saccumule pas
Ne saccumule pas: saccumule cause de CARBONATsaccumule cause de labsence de
Rotation rapide lexcs de lacidit cause de lexcs de Ca loxygne ,
La dcomposition des Matires Azotes, ou Protolyse en milieu ar et peu acide
PROTEOLYSE AMMONISATION NITRIFICATION

NITRIFICATION NITRIFICATION

CHAMPIGNONS, ACTINOMYCETES, BACTERIES nitreuses BACTERIES nitriques


Et BACTERIES ammonifiantes (Nitrosomonas) (Nitrobacter)

ACIDES AMMONIAC ACIDE ACIDE


AMINES (NH3) NITREUX (NO2H) NITRIQUE
PROTEINES puis et SELS et NITRITES (NO3H)
;; AMMONIACAUX
UREE et NITRATES
;;;;;;;;;

O2 O2
(Oxydation) Ions H+ (Oxydation) Ions H+
Acidification Acidification

QUATRE CONDITIONS SONT INDISPENSABLES A CES TRANSFORMATIONS

CHALEUR HUMIDITE OXYGENE CALCIUM


pour permettre la suffisante et sans excs pour oxyder lammoniac pour transformer les acides nitreux
multiplication des microbes pour permettre la vie des ou acides nitreux et et nitrique en nitrites et nitrates,
microbes nitrique et viter lacidification du sol
CLASSIFICATION DES MICRO-ORGANISMES TELLURIQUES
La Microflore du sol est reprsente par : Bactries, Actinomyctes, champignons, algues
Les Bactries sont classes en groupes prsentant des caractres ou des proprits identiques
CLASSIFICATION DES MICRO-ORGANISMES TELLURIQUES
La Microflore du sol est reprsente par : Bactries, Actinomyctes, champignons, algues
Les Bactries sont classes en groupes prsentant des caractres ou des proprits identiques

GROUPE MORPHOLOGIQUE
Base sur la forme et la dimension

Cocci
Staphylococcus, Streptococcus,
Diplocoques encapsuls (Neisseria),
Cocobacilles (Bacterium)

Bacilles
Bacillus, Fusobacterium, Corynebacterium,
Bacilles encapsuls, Bacilles flagells (Salmonella)

Bactries Spirales
Bacilles incurvs (Vibrio)
Treponema, Spirochaeta,
Azospirillum, Herbaspirillum
CLASSIFICATION DES MICRO-ORGANISMES TELLURIQUES
La Microflore du sol est reprsente par : Bactries, Actinomyctes, champignons, algues
Les Bactries sont classes en groupes prsentant des caractres ou des proprits identiques

GROUPE MORPHOLOGIQUE GROUPE NUTRITIONNEL


Base sur la forme et la dimension Base sur la source dnergie

Cocci Bactries htrotrophes


- Elles tirent leur nergie des matriaux organiques. -
Staphylococcus, Streptococcus,
Elles dgradent lamidon, la cellulose, les protines, lure
Diplocoques encapsuls (Neisseria),
- Elles participent ainsi la minralisation et lhumification
Cocobacilles (Bacterium)

Bacilles Bactries autotrophes


- Elles tirent leur nergie et leurs matriaux de construction
Bacillus, Fusobacterium, Corynebacterium, uniquement dans les substances minrales:
Bacilles encapsuls, Bacilles flagells (Salmonella) - Ex 1. Bactries nitreuses, transforment lammoniaque en
acide nitreux et en nitrites (Nitrosomonas)
-Ex 2. Bactries nitriques, oxydent lacide nitreux et nitrites en
acide nitrique (Nitrobacter)
Bactries Spirales
Bacilles incurvs (Vibrio)
Treponema, Spirochaeta, Bactries semi-autotrophes,
Azospirillum, Herbaspirillum - Elles ont une source dazote de lair et une source de
Carbone organique: bactries diazotrophes ou fixatrices
dazote (Rhizobium, Azospirillum..)
n
GROUPE PHYSIOLOGIQUE
ou ECOLOGIQUE

Base sur laptitude dun groupe de bactries


effectuer un type donn de raction de
biodgradation ou de biosynthse partir
dun substrat dfini

- Groupes de fixateurs dazote


Bactries capables de pousser sur des milieux de
culture dpourvus dazote combin.

- Groupes des ammonificateurs


Bactries capables de dgrader jusquau stade
ammoniacal un milieu base dazote organique.

- Groupe des cellulolytiques


Bactries capables de dgrader un milieu contenant
la cellulose comme seule source de carbone.
GROUPE PHYSIOLOGIQUE
ou ECOLOGIQUE GROUPE BAS SUR LE
MILIEU DE VIE
Base sur laptitude dun groupe de bactries Bactries Arobies
effectuer un type donn de raction de - Elles ont besoin doxygne pour vivre
biodgradation ou de biosynthse partir
dun substrat dfini Bactries Anarobies
Elles se dveloppent en milieu priv doxygne
- Groupes de fixateurs dazote
Bactries capables de pousser sur des milieux de
culture dpourvus dazote combin.

Bactries acidophiles
- Groupes des ammonificateurs Bactries basophiles
Bactries capables de dgrader jusquau stade
ammoniacal un milieu base dazote organique. Bactries neutrophiles

- Groupe des cellulolytiques


Bactries capables de dgrader un milieu contenant
la cellulose comme seule source de carbone.
Activits bnfiques des micro-organismes dans
le sol et dans la rhizosphre
Dcomposition des rsidus de plantes, d'animaux, de micro-organismes et de

dchets organiques

dgradation de sources carbons (lignolyse, cellulolyse, minralisation)

synthse d'humus (MO stable et lie)

minralisation et immobilisation de N, S et P

amlioration de la structure du sol (stabilit de l'agrgation)

Augmentation de la disponibilit de nutriments pour la plante (P, Mn, Fe, Zn, Cu)

associations mycorhiziennes symbiotiques

production d'agents organiques chlatant

ractions d'oxydorduction
Fixation biologique d'azote
bactries libres ou associatives avec des non-lgumineuses
bactries symbiotiques fixatrices d'azotes (Rhizobium, Frankia)

Amlioration de la croissance des plantes (effet sur germination,


dveloppement floral, biomasse racinaire et arienne)
production d'hormones de croissance de la plante
protection contre des pathognes ou organismes nuisibles

Amlioration de la sant des plantes


lutte contre des nmatodes et des insectes
lutte contre les mauvaises herbes
protection contre des pathognes ou organismes nuisibles
Epuration des sols et de l'eau

biodgradation de pesticides

biodgradation de contaminants exognes (hydrocarbures, mtaux)

(bioremdiation)

rduction des nitrates

recyclage des nutriments

Epuration de l'air

utilisation /libration de gaz effet de serre (C02, N20, CH4)

Structuration du sol

production de substances adhsives

agrgation de particules par champignons filamenteux


Rgulation des populations microbiennes

prdation des bactries par protozoaires

antibiose

comptition/ commensalisme 5

Adaptation de plantes des environnements sous contraintes

amlioration des plantes au dficit hydrique

amlioration de la croissance de plantes en milieu contamin


(phytostabilisation/ phytoremediation)

Rservoir de biodiversit

organismes d'intrt biotechnologique (enzymes en agro-


alimentaire et agro-industrie.) et pharmaceutiques (antibiotiques,
anti-cancreux)
Mthodes dtude des microorganismes du sol

1- Cultures denrichissement et isolement des souches


Variabilit des besoins nutritionnels = Pas de milieu permettant la
croissance de tous les microorganismes du sol
1-1- Milieux slectifs: il existe deux catgories de milieux slectifs

- le milieu minimum: ne contenant que le substrat permettant la


slection dun groupe fonctionnel donn.
Ex: milieu pour slection de fixateurs dazote : il ne doit pas contenir de
lazote combin mais lincubation doit se faire en prsence dazote
atmosphrique.

- le milieu avec inhibiteur: milieux contenant un inhibiteur dun groupe


donn favorisant ainsi la croissance dun autre groupe.
Ex: addition du cristal violet qui inhibe les Gram+
1-2- Enrichissement di sol par des microorganismes spcifiques
Cas o lon cherche isoler des microorganismes spcifiques prsents une
trs faible densit, il est donc ncessaire de favoriser leur multiplication avant
de chercher les isoler. La meilleure technique est la percolation avec un
milieu non renouvel.
2- Les numrations :
A- Comptages directs : partir de suspension dilution de sol en utilisant
la cellule hmacytomtrique
B- Comptages indirects par ensemencement de milieux liquides ou solides :
Ralisation des suspension dilution de sol
Comptage indirect par ensemencement de milieu solide
Comptage indirect par ensemencement de milieu liquide
3- Estimation de la biomasse microbienne :
La biomasse microbienne recouvre lensemble des microorganismes du sol :
bactries, champignons, etc.

Mthodes directes : Dtermination du poids frais et du poids sec

Mthodes indirectes :
Elle consiste mesurer le carbone (ou lazote) que contient la biomasse
microbienne. La technique la plus utilise est la fumigation-
extraction, qui fait appel aux vapeurs de chloroforme et au dosage du
carbone solubilis par ce traitement : La diffrence du carbone
organique soluble entre les chantillons fumigs et non fumigs
donne la quantit de carbone extractible dorigine microbienne.
Le rsultat peut tre exprim en valeur absolue (mg de C par kg de sol).
4- Dosage de composs spcifiques de la matire vivante :
Le dosage dans des extraits de sol de composs biochimiques
caractristiques des cellules vivantes peut permettre une approche
quantitative de la biomasse microbienne du sol. Il faut pour cela que le
compos doser soit spcifique des micro-organismes et que son
extraction soit quantitative.

1. DOSAGE DE CONSTITUANTS DES PAROIS ET MEMBRANES


Il s'agit essentiellement de l'acide muramique et des lipopolysaccharides
pour les bactries, des hexosamines pour les champignons

2. DOSAGE DES COMPOSES NUCLEIQUES

3. DOSAGE DE L'ATP
La teneur en A.T.P. d'un sol serait ainsi fonction de la masse des
organismes vivants qui s'y trouvent.
5- Mesures d'activits

1. ACTIVITES ENZYMATIQUES
la plupart portent sur des hydrolases (amylase, sacoharase, protase,
urase)
ou sur
des oxydorductases (catalase, peroxydase, dshydrognase,
glucose-oxydase).

2. TESTS DE CONSOMMATION DE SUBSTRAT EN TEMPS COURT


3. RESPIRATION DU SOL (Respiromtrie)

Mesure de la production de CO2 par le sol