FACULTY OF NATURE AND LIFE SCIENCES.

ORAN 1

TP n 1:Microbiologie de
l'environnement

Isolement des microorganismes du sol

Année académique: 2021 / 2022

Section : 01 / Groupe : 07 / Sg: 06

SPECIALTY : MICROBIOLOGY LICENSE

Présenté par:
 Mahieddine fatima zohra
 Mahi ahmed mouad
 Louni malika
Plan de travail
 Isolement des microorganismes qui se trouvent dans le sol 02 sable
(moisissures, actinomycètes, bactéries, levures…) par la méthode des
dilutions successives.

 Ensemencement dans des boîtes de Petri contenant 3 milieu different :

1. GN (Gélose nutritive)
2. CZ ( Milieu de Czapek)
3. WE (Milieu water yeast extract agar )

 Observation des résultats après incubation

 Dénombrement des colonies et calculer

Introduction
Les Micro-organismes se trouve en très grand nombre dans le sol que sa soie en
surface ou bien en profondeur et cela en fonction de leur type respiratoire et un
rôle trèsimportant dans la dégradation du sol .
Le sol n'est pas simplement le support dans lequel les plantes s'enracinen et puisent
les éléments nutritifs indispensables a leur devloppement .
La microbiologie des sols est la science dont l’objet est l’étude de l'édaphon
microscopique, c'est-à-dire des microorganismes unicellulaires doués de fonction
vitale, de types eucaryotes et de type procaryote .

But
Isoler et dénombrer des microorganismes qui se trouvent dans un échantillon de
sable ( sol 2 ) par la méthode des dilutions tout en maintenant le plan de travail
aseptique.

Matériel
 Bec Bunsen Boite de petri Tube a essai

Pipette Pasteur Point de micropipette Spatule

Pipette magnétique Balance Vortex

Sol 02 sable ( 01 g ) Milieu de Czapek Gélose nutritive

Milieu water yeast extract agar

Passoire tamis Eau distillée Incubateur

Méthode

L’isolement des microorganismes du sol consiste à réaliser, à partir d’un échantillon, des
suspensions dilution du sol. Ces dernières sont ensemencées sur milieu de culture solide. Au
terme de l’incubation, les germes contenus dans le sol se développent. Chaque germe est à
l’origine d’une colonie. Le comptage des colonies permet, par des méthodes de calcul simple,
d’estimer la quantité de germes contenue dans le sol étudié.

L’isolement des microorganismes du sol se fait en prenant les précautions

suivantes :

1 _ sable( sol 2 ) séché ( 5 min , 110 C° pour enlève la humidité ) et tamisé , on

flambé le col du tube puis on introduit 1 gramme de sable( sol 2 ) dans un tube
contenant 9 mL d’eau distillée stérile .

2_ L'échantillon est homogénéisé par agitation au vortex pendant 30 s .

3_ Prélever 1 ml de solution mère à l’aide d’une pipette magnétique

et déposer dans un tube à essai contenant 9 ml d’eau distillée stérile ou eau
physiologique (10-1 ) .

4_ Agiter pendant au moins une minute .

 5_ Répéter les étapes 3 et 4 pour les quatre autres dilutions (10-2, 10-3, 10-4 ,10 -5 )
Sans oublier de changer l'embout de micropipette a chaque utilisation et le
jeter dans le bécher qui contient l’eau de javel et l’eau de robinet .

6_ En prend la dilution 10-4 pipeter 0,1 ml à l’aide d’une pipette pasteur

et deposer 3 gouttes dans chacune des 3 boites de Petri contenant les milieux
suivants :

o GN (Gélose nutritive): gélose ordinaire est un milieu d'isolement non

sélectif qui permet de tapoce un nombre de microorganism qui ne sont
pas exigeant .

o CZ ( Milieu de Czapek): milieu semi synthétique et le milieu de référence

pour la mise en culture des moisissures .
o WE (Milieu water yeast extract agar ) : utilisé pour isolement des actinomycète .

7_ étale le prélèvement (0,1ml) par râteau (étaloir à l’aide d’une pipette Pasteur).

8_ Incuber les boites de Petri solen leur milieux :

o GN (Gélose nutritive): 24h _ 72h / 30C°
o CZ ( Milieu de Czapek): 1 semaine / 20C° _ 25C°
o WE (Milieu water yeast extract agar ) : 3 semaine / 20C° _ 25C°

9_ Observer les resultates .

Résultats

Après incubation , pour une même dilution, on refait plusieurs essais, pour avoir un
nombre moyen et augmenter la précision du dénombrement.

Parmi les boites comptables on ne considèrera que la boite qui a donné un nombre
de colonies compris entre 30 et 300 colonies.

Si le nombre est inférieur à 30, il n’est pas statistiquement significatif.

Si le nombre est supérieur à 300, on risque de sous-estimer le nombre de bactéries

du fait qu’il peut y avoir une compétition entre ce grand nombre de bactéries vis à
vis des éléments nutritifs disponibles et vis à vis de l’espace et par la suite une
inhibition d’une bonne proportion de cellules au niveau de la boite

Une colonie représente un nombre de ufc .

Le calcul de la concentration des microorganismes du sol se fait selon la formule

suivante :
 N = n x Fd / v

N : le nombre de UFC .
n : le nombre des colonies compté sur la boite . N = n x Fd / v
Fd : facteur de dilution 10-4.
v : volume ensemencé 0,1ml .

 Résultats d'échantillon (sol 2) dilution

10-4 dans CZ ( Milieu de Czapek) .

0,1 ml --------- 122 colonies

104 ml --------- N

N = n x Fd / v
N = 122 x 104 / 0,1
N = 122000000 UFC / ml

Donc il y a 122000000 germes dans 1 g de sol

 Résultats d'échantillon (sol 2) dilution

10-4 dans WE (Milieu water yeast extract agar ) .

0,1 ml --------- 90 colonies

104 ml --------- N

N = n x Fd / v
N = 90 x 104 / 0,1
N = 9000000 UFC / ml

Donc il y a 9000000 germes dans 1 g de sol

 Résultats d'échantillon (sol 2) dilution

 10-4 dans GN (Gélose nutritive).

0,1 ml --------- 150 colonies

104 ml --------- N

N = n x Fd / v
N = 150 x 104 / 0,1
N = 15000000 UFC / ml

Donc il y a 15000000 germes dans 1 g de sol

Les résultats des échantillons ( sol 2 ) de dilution 10-4

Nombr N le
Milieu e de nombre de Interpretation
colonie UFC

CZ 122 122000000 La présence des

( Milieu colonie UFC / ml moisissures
de s
Czapek)

WE (Milieu 90 9000000 La présence

water yeast extract agar ) colonie UFC / ml d'actinomyces
s

250 15000000 La présence

GN (Gélose nutritive) colonie UFC / ml des colonies
s

Les résultats des échantillons ( sol 1-2 ) de tout les dilution

échantillons
Sol 1 Sol 2

Milieu 10-3 10-4 10 -5 10-3 10-4 10 -5

Milieu de Czapek 114 120 colonies 130 colonies 29 colonies 122 colonies 350 colonies
colonies

N le nombre de UFC 1140000 12000000 13000000 <30 éliminé 122000000 > 300 éliminé
UFC / ml UFC / ml UFC / ml UFC / ml

Milieu 15 colonies 10 colonies 2colonies 32 colonies 90 colonies 150 colonies

water yeast extract agar

N le nombre de UFC <30 éliminé <30 éliminé <30 éliminé <30 éliminé 9000000 15000000
UFC / ml UFC / ml

Gélose nutritive 22 colonies 49 colonies 28 colonies 150 colonies 150 colonies 310 colonies

N le nombre de UFC <30 éliminé 4900000 <30 éliminé 15000000 15000000 > 300 éliminé
UFC / ml UFC / ml UFC / ml

La description macromorphologique des microorganisms

 La description macromorphologique des microorganismes se fait conformément au
tableau suivant :

La morphologie
Couleur Forme Aspect Taille Elévation

Milieu

des taches poudreuses et

Milieu de Czapek noires Circulaire duveteuses 0,65 cm plate

Milieu poudreuses et
water yeast extract agar Blanc cassé Circulaire légèrement 0,24 cm Plate
enfoncées

Gélose nutritive Jaune clair Circulaire Lisse 0,9 cm Plate

Discuusion

Les résultants obtenus ont été regroupées dans dans les tableaux , alors il exsiste
une diversité des microorganisms dans le sol : Les mycétes , Les bactéries … qui on
une morphologie qui different des une aux autres .
Pamis les morphologies de ces colonie il y qui sont : bombées , circulaires ,
petites , grands , irrégulière , en dents de scies , généralement de couleur
blanche…
D'après Lionel Ranjard , Directeur de recherche en agroécologie à l’INRA de
Dijon est spécialiste en écologie microbienne du sol , a dit : Il y a une milliard de
bactéries dans un gramme de sol et un million d'espèces différentes .
Tous les types de micro-organismes existent dans les sols. Ce sont soit des
eucaryotes (champignons, algues et protozoaires), soit des procaryotes (bactéries
et cyanobactéries).
Les micro-organismes du sol y jouent deux rôles essentiels : d'une part, ils sont
responsables de maintes transformations chimiques et même physiques qui se
déroulent dans les sols ; d'autre part, ils agissent directement ou indirectement sur
la nutrition des plantes .

Conclusion
Cette étude nous a permet d'isoler plusieurs colonies et de voir leurs morphologies
et de mettre rn évidance que nos deux échantillons ( sol 1-2 ) contient des
microorganism déffirents.
L’analyse bactériologique du sol est l’un des examen le plus pratiqué en
Microbiologie de l’environnement, car c’est poly microbien c’est à dire qu’on peut
trouver plusieurs type de germes bactérie dans un seul échantillon a analysée ce
qui prouve que le sol contiens des grande variété de micro-organisme qui font
partie d’une microflore .