Historique de Microbiologie

Dès l’Antiquité, on croyait à l’existence d’agents infectieux transmissibles, invisibles à l’œil nu. Les
micro-organismes seront observés pour la première fois en 1677 par Antoine van Leeuwenhoek et
son microscope.
A partir de 1857, Louis Pasteur met en évidence le rôle des micro-organismes dans les fermentations
lactique et alcoolique.

En 1884, Hans Christian Gram développe une technique de coloration (nommée « coloration de
Gram ») qui permet la classification des bactéries.

Il faudra attendre 1928 pour qu’Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de la
pénicilline ; puis 1997 pour que le premier génome bactérien (celui d’Escherichia coli) soit séquencé.

A. Antoine van Leeuwenhoek (1632-1723)

Antoine van Leeuwenhoek a amélioré le
microscope en 1677, en polissant des lentilles
à la main. Cet outil qui grossissait 300 fois a
ainsi permis la découverte des bactéries. C’est
le premier à avoir étudié les micro-organismes
et la biologie cellulaire.

B. Louis Pasteur (1822-1895)

A partir de 1854, Pasteur étudie les processus
de fermentation. Ses recherches s’étaleront
sur 15 ans. Il constate, grâce au microscope,
que toutes les fermentations sont l’œuvre de
micro-organismes : les ferments.

En 1862, grâce à l’expérience du ballon «à col

de cygne», il démontre qu’un liquide reste
inaltéré en prenant la précaution de le mettre
à l’abri des micro-organismes. En revanche, si
ce liquide est laissé à l’air libre, de nombreux
microbes s’y développent. (C’est la découverte
de la notion de stérilité d’un milieu).

Louis Pasteur isolera 3 germes entre 1878 et

1880 : le streptocoque, le staphylocoque et le
pneumocoque. En affirmant que chaque
maladie a son microbe et que celui-ci vient de
l’extérieur dehors, Pasteur établit les règles de
bases de l’asepsie.

1
En 1880, Pasteur travaille sur le choléra des poules. Il découvre que les animaux ne meurent pas si on
leur injecte la culture d’un microbe vieilli. De plus, ces mêmes poules inoculées quelques jours plus
tard avec une culture très virulente, demeurent en parfaite santé : elles sont vaccinées. Louis Pasteur
réussit à affaiblir le virus de la rage en suspendant une moelle contaminée dans un bocal dont l’air
est asséché. Il applique pour la première fois, avec succès, son vaccin antirabique à un jeune garçon,
Joseph Meister, le 6 juillet 1885.

Il recherchera ensuite les causes possibles des altérations du vin. Il démontre que les responsables
sont des germes bactériens parasites au processus de fermentation naturel. Il apprend alors aux
industriels à ne travailler qu’avec des germes purs et leur montre comment des instruments mal
lavés deviennent rapidement le refuge de germes parasites. Il invente une technique appelée
pasteurisation. Elle consiste à chauffer le liquide quelques minutes à une température située entre
55 et 60°C afin d’éliminer les germes indésirables du milieu.

C - Robert Koch (1843-1910)

L’observation du bacille du charbon
(Bacillus anthracis) dans le sang de
patients décédés, isolement de la bactérie
et ré-innoculation à des animaux sains -->
conduit à la maladie et à l'isolement de la
même bactérie qui est donc l'agent
infectieux.
-Isolement de Mycobacterium tuberculosis
(bacille de Koch)

Robert Koch (1843-1910)

Postulats de Koch
1er isoler l'agent suspecté d’une victime de la maladie
2ème croissance de l'agent en culture pure
3ème infecter un hôte sain et montrer que cet organisme présente alors les mêmes
symptômes cliniques
4ème ré-isoler le "même" agent de la nouvelle victime

2
D- QUELQUES DATES MARQUANT L’HISTORIQUE DE LA MICROBIOLOGIE
 Dès l'Antiquité, on postulait l'existence d'agents infectieux transmissibles invisibles à l'œil nu.
 1546 : Jérôme Fracastor impute la transmission des maladies à des germes vivants, qu'il
appelait « seminaria ».

 1677 : Découverte des bactéries par le microscopiste hollandais Antoine van Leeuwenhoek.

 1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la première fois le terme bactérie.

 1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une « théorie des germes » pour les
maladies.

 1857-1876 : Louis Pasteur met en évidence les rôles des micro-organismes dans la
fermentation lactique et alcoolique. Il développe les techniques de pasteurisation et de
stérilisation lui permettant la mise en place de cultures pures de micro-organismes. La
possibilité de culture a permis de démontrer que la génération spontanée était une
aberration.

 1877-1895 : Louis Pasteur démontre que des maladies sont la conséquence de la présence
de ces micro-organismes. Premières recherches systématiques sur l'origine de certaines
maladies, ainsi que la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour la variole - maladie
virale).

 1873-1882 : Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la tuberculose

(Mycobacterium tuberculosis). Koch a établi les règles (toujours utilisées) qui permettent de
démontrer rigoureusement qu'une bactérie donnée est à l'origine d'une infection.

 1884 : Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui est la plus utilisée
dans l'étude et la classification des bactéries en deux grands groupes : les bactéries à Gram
positif et celles à Gram négatif.

 1912 : Paul Ehrlich découvre le premier traitement efficace (dérivé d'arsenic) contre la
syphilis. C'est la première fois qu'on traite avec un agent chimiothérapeutique une maladie
bactérienne.

 1917 : Découverte des bactériophages par Frederick Twort et Felix d'Herelle.

 1928 : Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et établit les fondements de

la génétique moléculaire.

 1929 : Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de la pénicilline produite

par Penicillum. L'humanité entre dans l'ère des antibiotiques.

 1944 : Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un autre antibiotique: la streptomycine

qui sera bientôt utilisée contre la tuberculose.

 1960 : François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod proposent le concept
d'opéron pour le contrôle de l'expression des gènes bactériens.

 1977 : Carl Woese étudie l'ARN ribosomal pour découvrir une troisième forme de vie, les
Archae, distincte génétiquement des bactéries et des eucaryotes.

3
  1986 : En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus aquaticus, Kary Mullis invente la
technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La technique de PCR est devenue l'outil de
base de la biologie moléculaire.

 1995 : Séquençage complet du premier génome bactérien (Haemophilus influenzae) par

Craig Venter et ses collègues du TIGR. La microbiologie entre dans l'ère de la génomique.

II. Classification et caractéristiques

L'analyse de la structure interne a permis de déterminer deux groupes de micro-organismes :
les procaryotes (ou bactéries, munis d'un proto-noyau) et les eucaryotes (munis d'un vrai
noyau)

 Procaryotes (groupe polyphylétique comprenant en fait des taxons de rangs distincts)

o Archaea, archéobactéries

o Eubactéries

 Eucaryotes (groupe monophylétique ou taxons simples)

o Algues

o Champignons

o Protozoaires

Les deux groupes se sont différenciés très tôt du point de vue phylogénétique.

A. Les Procaryotes

1-Les Archéobactéries
Les archéobactéries sont des bactéries primitives qui se distinguent des Eubactéries (bactéries
« vraies ») par certains caractères biochimiques comme la constitution de la membrane cellulaire ou
le mécanisme de réplication de leur ADN (Acide DésoxyriboNucléique).

Le groupe des Archéobactéries ou Archaea ne comprend essentiellement que des espèces

anaérobies, c’est-à-dire n’ayant pas besoin d’oxygène. Elles sont très diversifiées. Certaines sont
connues pour leur capacité à vivre dans des milieux extrêmes et occupent des niches écologiques
qu’elles sont souvent seules à occuper comme les milieux très acides, très salés ou très chauds. Par
exemple, Acidophilus thermophilus s’est adaptée aux conditions (acides et brûlantes) de vie dans les
geysers. D’autres vivent dans des milieux plus courants comme le sol, la mer ou l’intestin des
animaux.

4
2- Les Eubactéries
On retrouve les bactéries dans notre quotidien, sol, nourriture…

B. Les Eucaryotes
Les Eucaryotes ont un système membranaire interne enfermant des organites comme le noyau, les
mitochondries ou les vacuoles. Le noyau contient le matériel génétique de la cellule. Les
mitochondries libèrent l’énergie fournie par les aliments : ce sont les centrales énergétiques de la
cellule. Les vacuoles sont de petites cavités membranaires chargées d’une multitude de fonction
dont la décomposition de substances absorbées par la cellule (digestion).
Ils présentent un cytosquelette interne constitué de tubules et de filaments qui peuvent se
contracter. Ils sont essentiels pour les mouvements internes et la division (mitose) de la cellule.

Les protistes regroupent les êtres vivants mobiles et unicellulaires. Le règne des protistes se divise
principalement en trois groupes : les protozoaires à affinités animales, les protophytes à affinités
végétales et les myxomycètes à affinité fongique.

1. Les protozoaires
Ils se trouvent dans le sol, l’eau douce, l’eau de mer, mais aussi comme parasites des animaux et des
Hommes. Les protozoaires ne possèdent pas de paroi cellulaire. Ils se nourrissent par endocytose : le
protozoaire émet dans la direction de sa proie des protubérances cytoplasmiques (pseudopodes) qui
l'enveloppent, puis les pseudopodes se rejoignent, et la proie est alors enfermée dans une vésicule
dans le cytoplasme-même. Elle sera digérée grâce à l'intervention d'enzymes digestives.

Remarque : selon la taille du matériel absorbé, on distingue la pinocytose (ingestion de fluides ou de

macromolécules) et la phagocytose (absorption de grosses particules voire de cellules).

Parmi les protozoaires, on peut citer les amibes avec leurs pseudopodes, les ciliés qui possèdent deux
noyaux (macro et micronucléus) et les sporozoaires qui sont des parasites.

2. Les algues
Contrairement aux champignons et aux protozoaires, les algues ont des pigments chlorophylliens. Ce
sont des êtres vivants capables de photosynthèse dont le cycle de vie se déroule généralement en
milieu aquatique.Les algues sont présentes dans le sol, les plantes, l’eau douce et l’eau de mer.

Elles sont autotrophes, c’est-à-dire qu’elles ont la capacité de produire de la matière organique en
procédant à la réduction du carbone minéral (dioxyde de carbone). Cela s'accompagne d'un
prélèvement de sels minéraux dans le milieu.

La majorité des protophytes constitue le phytoplancton.

3. Les champignons
Les champignons sont présents dans le sol, les plantes, les débris végétaux, le lichen. Ils peuvent être
parasites de l’Homme, des animaux et des plantes.

Les champignons sont absorbotrophes (ils se nourrissent par absorption). Ils secrètent des enzymes
qui digèrent des polymères dans le milieu extérieur : ce mécanisme chimique transforme par
exemple les glucides en petites molécules qui sont ainsi absorbées.
5
Parmi les champignons on peut citer les levures. Ce sont des champignons unicellulaires qui
provoquent la fermentation de matières organiques animales ou végétales. Elles sont employées
pour fabriquer le pain, la bière, le vin (dans ce dernier cas, Saccharomyces cerevisiae intervient – cf
Annexe 1).

4. Les lichens (association champignon-algue)

Un lichen est une association entre un champignon hétérotrophe (ascomycète) et une algue verte
(cyanobactérie). Cette symbiose est durable et reproductible: elle donne naissance à de nouveaux
individus. Le champignon fournit le support, les sels minéraux et la réserve d'humidité, tandis que
l'algue apporte les nutriments issus de la synthèse chlorophyllienne.

III.Taille des micro-organismes

Un microscope optique peut distinguer les objets de moins d’un micromètre tandis qu’un microscope
électronique peut détailler ceux inférieurs à 0,1 nanomètre (milliardième de mètre).

Les cellules eucaryotes ont un diamètre allant de 5 à 30 micromètres. Une bactérie mesure environ le
dixième de la taille d’une cellule animale ou végétale.

 procaryotes (bactéries) : de l'ordre de 0,5 à 3 µm (pour la largeur), pas de limite en longueur ;

le pouvoir séparateur de l'œil humain est de 100 µm (10 -6m soit 0.1 mm), ces micro-
organismes sont donc tous invisibles à l'œil nu.
 eucaryotes : très variable de 2 à 200 µm (pour la largeur), pas de limite en longueur ; certains
eucaryotes sont visibles à l'œil nu (notamment les algues), d'autres ne sont visibles que sous
forme d'agrégats (cas des champignons, dont les parois plasmiques émettent des filaments
sur une grande longueur relativement à leur taille). Tous les eucaryotes ne s'agrègent pas
ainsi (notamment les protozoaires, invisibles à l'œil nu).

6
7
 DIFFERENCE ENTRE CELLULE EUCARYOTE ET CELLULE PROCARYOTE

Procaryote Eucaryote
Taille 0,2µm (mycoplasmes)-10 µm – 1 µm (Nanochlorum eukaryotum) - 5 µm (levure) – 100 µm
voire plus chez certaines bactéries (voire de l’ordre du mètre si on pense aux neurones)
géantes (Epulopiscium fishelsoni : 10 à
500 µm selon la phase de croissance ;
Thiom argarita nam ibie ns is de 0,1 à 1
mm)
Organisation Le plus souvent unicellulaire – Uni ou multicellulaire – différenciation sophistiquée
différenciation rudimentaire en tissus et organes chez les eucaryotes supérieurs
Noyau avec membrane Absent Présent
(sauf très rare exception
Matériel génétique 1 nucléoïde (parfois plusieurs) et Plusieurs chromosomes
parfois des plasmides
Matériel génétique dans cytosol
Matériel génétique dans noyau et certains organites
Cytosquelette Pas à proprement parlé Présent (microtubules, filaments d’actine)
(néanmoins protéine FstZ)
Division Fission binaire Mitose (réplication de la cellule) et souvent méïose
(formation de gamètes)
Processus d’endocytose Absent Présent
Ribosomes 70S : 50S (ARN 23S et 5S) + 30S 80S (sauf mitochondrie et chloroplaste) : 60S (ARN
(ARN16S) 25S et 5,8 S et 5S) + 40S (ARN 18S)
Membranes internes Très rare Présentes
(cf. certaines bactéries
photosynthétiques, les méthanotrophes,
les bactéries nitrifiantes…)
Compartiments Absents Présents : compartimentation de la production
internes (= organites) d’énergie (mithochondrie, chloroplaste), des
réactions enzymatiques (péroxysome, lysosome,
cytosol), de la synthèse protéique et sécrétion
(réticulum endoplasmique, appareil de Golgi) –
Quelques eucaryotes « primitifs » tels que Giardia lambdia n’ont
pas de mitochondries ou de réticulum endoplasmique.

8
Appareil Présent chez les phototrophes Présent chez les algues et les
photosynthétique plantes au sein d’organites
spécialisés : les chloroplastes
Vacuole à gaz Parfois présente Absente
Endospore Parfois présente Absente
Flagelles, cils Présent (selon espèces) – Présent (selon espèces) – Flagelles
Flagelles constitués de et cils faits de tubuline, entourés
flagelline et non entouré d’une d’une membrane
membrane (le plus souvent)
Paroi Peptidoglycane présent chez la Paroi de cellulose chez les plantes,
plupart des bactéries – Paroi de chitine chez les champignons
absente chez quelques
procaryotes (mycoplasmes,
thermoplasmales) - Paroi
différente présent chez
certaines archées–
Stérols dans les Très rare (exception : Fréquente
membranes mycoplasme,
méthanotrophe…)
Lipides liés par des Présent chez les bactéries Présent
liaisons ester (mais pas les archées)
Lipides liés par des Présent chez les archées (mais Absent
liaisons éthers pas les bactéries)

9
CELLULE EUCARYOTE ET CELLULE PROCARYOTE : SHEMAS

LE MONDE MICROBIEN : CLASSIFICATION

Espace Etudiant
Cours de Bactériologie Générale

Objectifs : Connaître les principes de classification des organismes vivants et la place des
procaryotes

DEFINITIONS, CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES BACTERIES

PLACE DES BACTERIES DANS LE MONDE VIVANT

En 1673, Antoni Van Leeuwenhoek (1632-1723) fut le premier à observer les bactéries qu’il appela
animalcules. En plus de la première description des globules rouges et des spermatozoides, ce drapier
hollandais observa pour la première fois les bactéries et décrivit leur différentes formes.

Ce n’est que deux siècles plus tard que le rôle des bactéries dans les processus de fermentation et dans la
transmission des bactéries a été découvert et que leur étude a commencé. Les scientifiques les plus illustres
de cette époque furent Louis Pasteur et Robert Koch.
10
 Louis Pasteur Robert Koch

L’universalité du code génétique a montré que tous les organismes vivants, eucaryotes et procaryotes,
descendent d’un seul et même ancêtre. L’étude de gènes existants chez tous les êtres vivants, du fait
de fonctions métaboliques particulièrement importantes, comme ceux codant pour les ARN
ribosomiques, a montré que leurs séquences ont peu varié au cours des âges et que la comparaison de
ces séquences permet de trouver les relations existant entre organismes.
 
Les procaryotes, présents à l’origine de la vie, ont donné naissance aux Archaebactéries et aux
Eubactéries donnant le classement suivant :
 la branche des Eucarya (ou eucaryotes avec 4 règnes : animal, végétal, champignons, et
protistes),
 la branche des Archaea (archaebactéries vivant dans les milieux hostiles : méthanogènes,
halophiles, Sulfolobus),
 la branche des Eubacteria (bactéries proprement dites).

Grâce aux études comparatives, il est proposé un autre classement, plus ou moins arbitraire, des
formes de vie en 5 règnes, tous issus directement d’un ancêtre commun :

 les Monères (ensemble des procaryotes, cellules sans noyau),

 les Protistes (ensemble des procaryotes unicellulaires avec noyau),
 les Mycètes (ou champignons, qui regroupent les organismes eucaryotes hétérotrophes et
possédant une paroi),
 les Végétaux (organismes autotrophes avec paroi),
 les Animaux (organismes eucaryotes hétérotrophes sans paroi).

La séparation entre les Monères et les autres règnes est facile. Les limites entre les quatre autres règnes sont
plus floues.
 
Dans aucune classification, les virus ne forment un règne en tant que tel. Ils ne sont pas considérés comme
des êtres vivants. Les virus sont classés en ordre, famille, genre, et espèce.
 
De nombreuses théories existent sur la phylogénie des êtres vivants : l’arbre phylogénique représenté ici
exprime l’une des théories.

Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes

11
 Structure cellulaire eucaryote procaryote
Taille 2 - 20 mm 0,3 - 2,5 µm
Noyau présence absence
plusieurs chromosomes un seul chromosome
Nucléole présence absence
Membrane nucléaire présence absence
Mitochondrie présence absence
Lysosome présence absence
Appareil de Golgi présence absence
Réticulum endoplasmique présence absence
Ribosome présence présence
association au RE rugueux

TAXONOMIE ET CLASSIFICATION DES BACTERIES

  La taxonomie est l’ensemble des principes et théories qui permettent de classer et de valider le
classement des organismes.
 
Les microorganismes sont classés en taxons, ou groupes, sur la base de leurs relations phénétiques
et/ou phylogénétiques. La classification des bactéries est maintenant établie de manière
phylogénétique. Les méthodes moléculaires utilisées permettent de connaître les relations entre les
bactéries.

L’universalité du code génétique a montré que tous les organismes vivants, eucaryotes et procaryotes,
descendent d’un seul et même ancêtre. L’étude de gènes existants chez tous les êtres vivants, du fait
de fonctions métaboliques particulièrement importantes, comme ceux codant pour les ARN
ribosomiques, a montré que leurs séquences ont peu varié au cours des âges et que la comparaison de
ces séquences permet de trouver les relations existant entre organismes.
 
Les procaryotes, présents à l’origine de la vie, ont donné naissance aux Archaebactéries et aux
Eubactéries donnant le classement suivant :
 la branche des Eucarya (ou eucaryotes avec 4 règnes : animal, végétal, champignons, et
protistes),
 la branche des Archaea (archaebactéries vivant dans les milieux hostiles : méthanogènes,
halophiles, Sulfolobus),
 la branche des Eubacteria (bactéries proprement dites).

Grâce aux études comparatives, il est proposé un autre classement, plus ou moins arbitraire, des
formes de vie en 5 règnes, tous issus directement d’un ancêtre commun :

 les Monères (ensemble des procaryotes, cellules sans noyau),

 les Protistes (ensemble des procaryotes unicellulaires avec noyau),
 les Mycètes (ou champignons, qui regroupent les organismes eucaryotes hétérotrophes et
possédant une paroi),
 les Végétaux (organismes autotrophes avec paroi),
 les Animaux (organismes eucaryotes hétérotrophes sans paroi).
12
La séparation entre les Monères et les autres règnes est facile. Les limites entre les quatre autres
ntroduction à la taxonomie bactérienne :

Introduction | Actinobacteria | Bacteroidetes | Chlamydiae | Firmicutes | Fusobacteria | Proteobacteria | Spirochaetes

La taxonomie (on dit aussi taxinomie) est la science qui en Biologie étudie la classification des
êtres vivants. Ce besoin de classification provient du fait que tous les organismes vivant
actuellement et aussi ceux dont l'espèce est éteinte, proviennent d'organismes ancestraux, par le
mécanisme complexe de l'évolution des espèces.

De par la diversité des êtres vivants rencontrés, ce classement est très difficile à effectuer et en fait,
il n'est pas "arrêté", mais en constante évolution, au fur et à mesure que de nouvelles études et de
nouvelles découvertes sont réalisées.

Les très nombreuses espèces de bactéries connues entrent dans cette classification et c'est ce que
nous allons voir brièvement ici.

Un ancêtre commun ou bien une communauté d'ancêtres ?

Voici représenté schématiquement les trois grands domaines d'êtres vivants, dérivant tous
sembletait-il, d'un ancêtre commun :

- Les archaebactéries (ou archéobactéries)

- les bactéries (ou eubactéries)
- les eucaryotes

13
 Représentation schématique de "l'arbre de la vie".

Il est à noter que la notion d'ancêtre commun est de plus en plus discutée et semble peut-être remise
en question au sein de la communauté scientifique. En effet, il serait possible qu'un grand nombre
"d'organismes ancestraux" plus ou moins proches les uns des autres et ne dérivant pas forcément
tous d'un ancêtre commun unique, aient été à l'origine de la diversification ultérieure en bactéries,
archaebactéries et eucaryotes.

NB : Il est à noter que les virus sont des "organismes" à part, parasites, sans noyaux, et qu'ils
n'entrent dans aucune des trois catégories ci-dessus. On peut les regrouper sous le vocable
d'ACARYOTES.

De nos jour, la connaissance de la séquence nucléique de certaines molécules comme les ARNs
ribosomiques par exemple, permet de dresser des schémas dit philogénétiques établissant la
distance génétique qu'il existe entre les espèces. En effet, plus la séquence nucléique sera proche,
plus les espèces étudiées seront voisines. A l'inverse, si la séquence nucléique est moins
homologue, on pourra considérer que les espèces en questions sont plus éloignées.

Voici une représentation schématique de la parenté des grands domaines de la vie, obtenu par une
méthode de comparaison de séquences nucléiques inter-espèces :

14
 Représentation schématique d'un arbre philogénétique obtenu à partir de données
moléculaires.

Comment classifier les bactéries ?

La classification des bactéries entre elles repose sur plusieurs types d'observations et d'études. Les
bactéries peuvent ainsi être classées et donc identifiées en fonction :

15
- de leur morphologie microscopique (bactérie de type coque, bacille, vibrion ; isolés, par deux, en
chaînettes...)
- de leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des colonies sur milieux de culture
gélosés)
- de leur mobilité (mobilité ou immobilité à une température donnée)
- de la présence de spores (à l'état frais ou après coloration)
- du résultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive ou négative)
- de la température de croissance (4° C, 20° C, 30° C, 37° C...)
- du type respiratoire (aérobie, anaérobie strict, aéro-anaérobie facultatif, microaérophile..)
- des besoins nutritionnels (nécessité de substances particulière pour le développement)
- de la capacité à utiliser certaines sources de carbone ou d’azote (on parlera de biotypes ou
biovars, de zymotypes ou zymovars)

Une donnée importante pour la classification bactérienne est le pourcentage en nucléotides G et C

(% G + C) de chaque génome. Ainsi, deux espèces bactériennes proches auront des pourcentage
en G et C voisins.

En bactériologie médicale, les bactéries sont classifiées en fonction du type de pathologie

occasionné. Ainsi parlera t'on de pathotypes ou pathovars. Dans le cadre de la bactériologie
médicale, souvent, l'étude de la sensibilité bactérienne aux antibiotiques, l'étude des caractéristiques
antigéniques et enfin l'étude de la sensibilité à certains bactériophage (virus spécifiques des
bactéries) : on parlera respectivement d'antibiotypes, de sérotypes ou sérovars, et de lysotypes
ou lysovars.

Classification :
Les organismes procaryotes (Procaryotae) regroupent les organismes unicellulaires ne présentant
pas de noyau individualisé, c'est à dire les Bactéries et les Archaebactéries. Les Eucaryotes
(Eucarya) regroupent quand à eux l'ensemble des organismes unicellulaires ou multicellulaire à
noyau individualisé.

Le rêgne (Procaryotae) est le premier niveau de classification. Vient ensuite le domaine (Bacteria),
le phylum, la classe, l'ordre, la famille, le genre, et l'espèce. Cette dernière constitue l'unité de
classification. Toutefois, il est souvent nécessaire de subdiviser une espèce en différentes sous-
espèces (subspecies).

Voici la classification du colibacille bien connu, ou Escherichia coli :

- règne : Procaryotae
   - domaine : Bacteria
     - phylum : Proteobacteria
       - classe : Gammaproteobacteria
         - ordre : Enterobacteriales
           - famille : Enterobacteriaceae
             - genre : Escherichia
               - espèce : Escherichia coli

L'on notera que les noms latins s'écrivent en italique et qu'au niveau de la dénomination d'une
espèce, le nom du genre prend une majuscule : Escherichia, ce qui n'est pas le cas du nom de
l'espèce : coli. On emploi souvent la notation suivante E. coli, ou le nom du genre est représenté par
l'initiale.

16
Le phylum des Protéobactéries (divisé en plusieurs classes : Alpha- Beta-, Gamma-, Delta- et
Epsilon-proteobacteria) auquel appartient Escherichia coli est l'un des nombreux phyla bactérien
connus.

IV. La classification du monde vivant:

Pour commencer : il faut bien faire la différence entre :

- un rangement qui consiste à placer les êtres vivants dans un certain ordre croissant ou décroissant.
Exemple : du plus petit au plus grand
- un tri qui consiste à discriminer des objets en fonction de la présence ou de l’absence d’un
caractère. Ces caractéristiques dichotomiques servent de clés de détermination pour reconnaître une
espèce. Exemple : ont ou n’ont pas de vertèbres.
- une classification qui regroupe des êtres vivants pour créer des ensembles emboîtés qui reflètent
uns cause sous-jacente.

1. 1. la classification:
Quelques définitions :
- systématique : étude de la classification, de la nomenclature et de la description des êtres vivants.
- taxonomie : étude de la classification des êtres vivants
La classification se base donc sur l’existence de caractères homologues entre différents individus et
qui révèle une origine commune entre les espèces.
- caractères homologues : 2 structures qui chez des organismes différents sont :
Soit héritées d’un ancêtre commun (homologie stricte), soit qui ont les mêmes connexions avec
l’organisme quelle que soit leur forme et leur fonction (homoplasie).
- caractères analogues : 2 structures qui chez des organismes différents ont la même fonction mais
avec des plans d’organisation différents.

La notion d’espèce :
Afin de pouvoir faire un classement des êtres vivants, il faut déterminer si les individus font partie
d’espèces différentes ou non. Une espèce est un ensemble d’individus se reconnaissant comme
partenaires sexuels et capables de donner une descendance féconde.

Les catégories systématiques :

En fonction du degré de ressemblance, les espèces peuvent être regroupées en genre, famille, ordre,
classe, embranchement et finalement en règne.

La nomenclature binomiale des espèces :

Le nom des espèces est formé du nom latin du genre avec une majuscule, suivi du nom latin de
l’espèce en italique et en minuscule.
Exemple : le chat domestique : Felis, cattus

17
Les arbres phylogénétiques :
Le regroupement des espèces selon leurs homologies permet de créer des groupes emboîtés en
fonction des caractères communs!
A partir d’un tel classement il est possible de reconstruire un arbre phylogénétique qui se base sur
les parentés évolutives (phylogenèse).

Les premières classifications étatient essentiellement basées sur la ressemblance des espèces: plus
des espèces étaient proches dans leur apparence, plus elles étaient considérées proches
évolutivement. Aujourd’hui, la systématique se base sur des caractéristiques moléculaires. L’ADN,
support de l’information des individus, permet de déterminer le rapprochement de 2 espèces. Deux
séquences d’ADN ou de protéine seront d’autant plus similaires que les 2 espèces sont proches
évolutivement.

2. 2. Les 3 domaines du vivant:

La classification a beaucoup évoluée avec le développement des méthodes d'analyse génétique.

Nous ne nous basons plus exclusivement sur l'aspect des espèces. Il est accepté actuellement que le
monde vivant se sépare en 3 domaines:
- Les bactéries ou monères: organismes unicellulaires, procaryotes (sans noyau).
- Les archeabactéries: ce sont des bactéries ancestrales, vivant dans des milieux extrêmes, dont le

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fonctionnement est très différent de celui des bactéries que nous côtoyons.
- Les eucaryotes: les organismes dont les cellules sont pourvues d'un noyau contenant l'ADN. Le
domaine des eucaryotes est subdivisé en 4 règnes:

 LES MYCETES : organismes uni ou pluricellulaires, hétérotrophes se nourrissant par

absorption.
 LES VEGETAUX : organismes pluricellulaires autotrophes photosynthétiques.

 LES ANIMAUX : organismes pluricellulaires, hétérotrophes se nourrissant par digestion.

 LES PROTISTES : organismes uni ou pluricellulaires, auto ou hétérotrophes, regroupant tous

les organismes que l’on ne peut pas classer ailleurs.

Il est intéressant de remarquer que selon cette classification, les hommes sont plus proches d'un
champignon que 2 types de bactéries entre elles!!!!!

Remarquons aussi que les critères de classification sont arbitraires, ils changent, évoluent au fur et à
mesure des découvertes et analyses scientifiques. C'est l'homme qui essaie de faire des catégories
pour classer la diversité du vivant, mais la nature ne suit pas cette logique. De nombreuses espèces
sont difficiles à classer:
Les lichens sont une association symbiotique entre un champignon et une algue. Doit-on le
considérer comme un champignon? comme un végétal? comme un organisme d'une autre
catégorie?
Et les virus dans tout ça? et bien les virus ne font pas partie de cette classification, car on ne les
considère pas comme vivant (ils sont dépendants d'autres cellules pour leur reproduction)

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Tableau avec d’autres classifications

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Caractéristiques des principaux groupes de microorganismes

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