Cours de Bactériologie Médicale & Virologie TL S4

Filière : Techniques de Santé
Option : Laboratoire
Semestre 4
Module : Bactériologie médicale & Virologie
Cours
Bactériologie médicale & Virologie
Pr. K. GUERROUJ
Année Universitaire : 2019-2020

Cours de Bactériologie médicale & Virologie – Option Laboratoire – Semestre 4
Bactériologie médicale
Pr. K. GUERROUJ – Institut Supérieur des Professions Infirmières et Techniques de Santé Oujda 1
Généralités sur les bactéries
L
es microorganismes (microbes ou germes) constituent un groupe extrêmement diversifié
d’organismes unicellulaires microscopiques ; ou êtres vivants qui non vus à l’œil nu, et
représentent plus de 60 % de toute la matière organique sur terre. Ils sont répartis en virus,
bactéries, prions, champignons, protozoaires. Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille
et leur mode de vie.
Les bactéries sont les premières formes de vie sur terre ; elles ont une capacité d’adaptation énorme et
l’on en trouve plusieurs millions d’espèces sur terre, vivants dans les milieux aquatiques et terrestres, et
dont seuls quelques milliers d’entre elles sont pathogènes pour l’homme.
I- Relation bactéries-hôtes :
1- Bactéries saprophytes :
Bactéries qui vivent dans le milieu extérieur (air, eau, sol) qui se développent dans la nature au dépend
des déchets organiques et dont la vie et la multiplication sont totalement indépendantes des organismes
animaux et humains. Ces bactéries interviennent dans les grands cycles de dégradation de la matière.
Normalement, elles n'ont aucune pathogénicité mais peuvent être présentes transitoirement chez l'homme.
2- Bactéries commensales :
Bactéries qui vivent sur la peau et sur les muqueuses de l'homme sans nuire à l'être humaine qui les
héberge. Elles ne peuvent vivre qu'au contact des cellules humaines auxquelles elles sont accolées et se
nourrissent des déchets rejetés par ces cellules. Les bactéries commensales constituent la flore résidente
de l'homme. Souvent l'homme n'en tire aucun bénéfice. Parfois, elle en tire un certain avantage : la
symbiose (ex : Synthèse vitaminique, barrière vis à vis des bactéries pathogènes).
3- Bactérie pathogène :
Bactéries responsables des maladies infectieuses. On distingue :
• Bactérie pathogène spécifique : bactérie qui quand elles sont présentes chez l'homme, entrainent
toujours une maladie.
• Bactéries pathogènes opportunistes : bactéries le plus souvent commensales parfois saprophytes qui
à l'occasion d'une diminution des défenses immunitaires de l'homme deviennent pathogènes.
II- Formes bactériennes :
Les bactéries peuvent être observées soit à l’état frais, entre lame et lamelle, à partir d’un étalement de
liquide biologique (pus, crachats, …) ou d’une culture, soit après coloration sur une lame.
En se basant sur la forme des bactéries, on peut distinguer la forme cocci (rondes), la forme bacille (formes
longues) et autres.
1- Forme cocci :
• Unitaire,
• En deux (diplocoque, gonocoques, méningocoques),
• En chaînette (Streptocoque, Leuconostoc),
• En tétrade (2 plans perpendiculaires),
• En sarcines (3 plans perpendiculaires),
• En forme de grappe (Staphylocoque).
Diplocoque Chaînette Tétrade Sarcine Staphylocoque
2- Forme bacille :
• Unitaire,
• En deux (diplobacille),
• En chaînette (Streptobacille).
Bacille Diplobacille Streptobacille
3- Formes variées :
• Coccobacilles
• Forme courbe : Incurvée (vibrion), spiralée (Triponema),
• Ramifiées : Actinomycètes.
Coccobacille Incurvée Spiralée Ramifiées
Remarque :
Les groupements ne sont caractéristiques qu’au sortir de l’habitat naturel de la bactérie, lorsque ces
bactéries sont cultivées sur milieux synthétiques les groupements caractéristiques sont généralement
perdus.
III- Structure bactérienne :
La structure des bactéries est plus rudimentaire que celle des cellules animales ou végétales. Elle peut être
plus ou moins riche en divers organites.
Figure 1 ; Structure de la bactérie.
1- Eléments constants :
a- Paroi :
C’est une structure rigide qui détermine la forme bactérienne, participe à la division cellulaire, au transport
de diverses substances à l’intérieur de la cellule et au milieu extérieur. Elle confère à la bactérie sa
résistance dans les milieux extérieurs hyper ou hypotoniques. Elle est le support des antigènes et elle
contient les sites de fixation des virus sur les bactéries.
Toutes les parois des bactéries ont un constituant commun : le peptidoglycane : c’est une molécule
constituée de polyoside (dérivé du sucre) et de polypeptides (substances protéiques).
N-acétyl-glycosamine (NAG) Acide N-acétyl-muramique (NAM) Oligopeptides
Figure 2 ; Structure du peptidoglycane.
Sur la base de la composition de la paroi on peut regrouper les bactéries en Gram + et Gram - :
• Chez les bactéries Gram + : on trouve une paroi avec une couche épaisse et homogène de
peptidoglycane. Ces protéines de surface jouent un rôle important dans le pouvoir pathogène de
certains germes et dans la fixation de certains antibiotiques à la surface de la membrane
cytoplasmique ; exemple : les pénicillines, les céphalosporines.
• Chez les bactéries Gram - : la paroi contient moins de peptidoglycannes (5-10 %). Le principal
élément est la membrane externe de la paroi composée de trois couches dont le composant essentiel
est la double couche de phospholipides contenant des protéines et des lipopolysaccharides, ces
derniers déterminent la spécificité antigénique bactérienne ; le sérogroupe (le sérovar).
Tableau 1 ; Composition de la paroi chez les bactéries Gram + et Gram -.
Paroi des bactéries Gram (+) Paroi des bactéries Gram (-)
Osamines : N-acétyl glucosamine (NAG) et Acide N-acétyl muramique (NAM)
Acides teïchoiques et lipoteïchoiques (polymères de Pas d’acides teïchoiques ni lipoteïchoiques
polyribitol phosphate ou polyglycérol phosphate)
Acides aminés dont 4 majeurs : Ala (D et L) D-Glu, Mêmes acides aminés
L-Lys, acide diaminopomélique (DAP) (moins de L-Lys et de DAP)
Peu de lipides (1 à 2 %) Lipides en grande quantité (10 à 20 %)
b- Membrane plasmique :
D’après sa composition, elle est proche de la membrane cellulaire analogue humaine (la double couche
de phospholipides, les protéines superficielles, intégrales et transmembranaires). Elle règle la pression
osmotique, participe au transport des substances et au fonctionnement de la chaîne de transport des
électrons à l’aide de ses enzymes respiratoires. Toutefois, concernant la synthèse de l’ATP, la membrane
plasmique bactérienne est analogue de la membrane mitochondriale humaine et animale.
c- Cytoplasme :
Sa nature physique est intermédiaire entre l’état solide et l’état liquide, ce qui lui confère une certaine
résistance et élasticité. Cette nature fluide et visqueuse permet à la bactérie les échanges avec le milieu
extérieur nécessaires à son existence.
Le cytoplasme bactérien est constitué de longues chaînes protéiques qui enserrent des glucides et des
lipides ; le tout dans un milieu aqueux à pH situé entre 7 et 7,2.
Le cytoplasme bactérien est le siège de plusieurs composantes :

• Ribosomes 70S : Interviennent dans la synthèse des protéines. On note que l’activité d’une bactérie
s’accentue avec l’augmentation de sa contenance en ribosomes.
• Substances de réserve (inclusions cytoplasmiques) : Chaque groupe de bactéries synthétise une seule
catégorie de substances de réserve qui forment des vacuoles (agrégats), parfois de grande taille. Ils
peuvent être de nature glucidique (amidon et surtout glycogène), lipidique (poly-hydroxy-butyrate) et

parfois minérale (fer, soufre).
• Organites spécialisés : différents de ceux trouvés dans les cellules eucaryotiques. On trouve des
chromatophores (organites spécialisés dans la photosynthèse), des vacuoles à gaz (permettant aux
bactéries aquatiques de flotter à la surface de l’eau).
• Pigments : On distingue des bactériochlorophylles, des caroténoïdes…
d- Appareil nucléaire :
• Chromosome bactérien :
Le chromosome bactérien est une unique molécule d’ADN circulaire fermée et très longue (environ 1000
fois plus longue que la bactérie : 1360 µm chez E. coli). Cette molécule est libre et pelotonnée sur elle-
même au centre du cytoplasme. L’absence de membrane nucléaire conduit à désigner le chromosome
bactérien d’appareil nucléaire ou de nucléoide plutôt que de noyau. Des protéines de la famille des
topoisomérases sont associées à l’ADN et qui interviennent dans son repliement, par contre on ne trouve
pas d’histones comme chez les eucaryotes.
Figure 3 ; Chromosome bactérien.
• Plasmides :
Ce sont des molécules d'ADN bicaténaires qu’on trouve chez toutes les bactéries. Le plus souvent ces
molécules sont circulaires et surenroulées. Ils sont d’une taille inférieure au 1/20 ème d'un chromosome
bactérien. Ils sont médiateurs de propriétés permettant une meilleure adaptation, bien que non
indispensables au métabolisme normal des bactéries. De nombreux plasmides possèdent des gènes variés
qui confèrent de nouvelles propriétés à la cellule hôte : résistance aux antibiotiques, synthèse de toxines…
Figure 4 ; Plasmides bactériens.
2-2 Eléments facultatifs :
a- Capsule :
De nombreuses bactéries sont capables de synthétiser des polyosides (dérivés des sucres à longues
chaînes) qui forment la capsule et les couches muqueuses. La capsule est constituée de substances
visqueuses accumulées sur la paroi des bactéries.
La formation de la capsule exige la présence dans le génome bactérien de gènes codant pour son
élaboration et qu’il y est disposition dans le milieu de culture des éléments nécessaires à sa fabrication
notamment les glucides.
La capsule est trouvée chez une large gamme de bactéries ; Gram + (Pneumocoques, Bacillus subtilis,
Clostridium perfringens) et Gram - (Klebsiella, Acinetobacter et chez quelques E. coli).
La capsule n’a pas un rôle vital pour la bactérie (sans elle, elle peut vivre et se multiplier), mais elle
présente toutefois diverses utilités :
• Protection : contre les UV, la dessiccation, les agents physiques et chimiques,
• Pathogénie :
▪ S’oppose à la phagocytose en diminuant l’adhésion macrophages aux bactéries,
▪ Exerce un chimiotactisme négatif sur les leucocytes,
▪ Empêche la pénétration des antibiotiques dans la bactérie.
▪ Pour certains germes la perte de la capsule correspond à une perte de la virulence.
•Antigénique : les Ag capsulaires sont responsables de la spécificité sérologique (Ag K).
b- Flagelles :
Ils mesurent en moyenne 16 à 20 μm de longueur (plus longues que la bactérie) et 300 Å d’épaisseur.
Leur synthèse se fait par un assemblage séquentiel de différents composants et fait intervenir 20 à 30
gènes.
Monotriche. ex : Vibrio colerea
Multitriche. ex : Pseudomonas fluorescens Insertions polaires
Amphitriche. ex : Helicobacter sp.
Péritriche. ex : E. coli Insertion péritriche
Figure 5 ; Différentes insertions des flagelles bactériens.
Les flagelles présentent plusieurs rôles :

• Mouvement : par rotation, comme une hélice similaire à un « rotor » et fonctionnent grâce à l’énergie
fournie par un gradient de proton.
• Antigénique : les antigènes flagellaires (AgH) déterminent différents sérotypes chez les espèces
bactériennes (exemple : sérotypage de Salmonella). En présence de l’anticorps correspondant à leurs
AgH, les bactéries agglutinent et s’immobilisent. La spécificité antigénique repose sur le nombre et la
séquence des acides aminés de la flagelline.
• Fixation des bactériophages : lieu de fixation de certains bactériophages.
• Chimiotactisme : Certaines substances attirent les bactéries mobiles, d’autres non.
c- Pili :
Ce sont des structures filiformes de nature protéique, différentes des flagelles, et qui sont quasi
systématiques chez les Gram (-) et rares chez les Gram (+).
• Pili communs ou de type I ou cils : ils sont nombreux autour de la bactérie, courts (1 µm) et rigides.
Ils sont impliqués dans les propriétés d’adhésion des bactéries aux tissus, en constituant ainsi un facteur
de virulence pour les bactéries pathogènes.
• Pili sexuels ou de type II : ils sont plus longs (10 µm) et se terminent par un renflement. Leur nombre
varie entre 1 et 4. Ils ont un rôle dans la conjugaison bactérienne (un des 3 modes du transfert horizontal
de matériel génétique chez les bactéries).
d- Spores :
Trouvées chez trois genres bactériens tous des Gram + : Bacillus, Clostridium et Sporosarcina. Ce sont
des structures de résistance formées par certaines bactéries lorsque les conditions deviennent défavorables
(carence en éléments nutritifs, température élevées …). Elles peuvent être intégrées dans les cellules
bactériennes ou libres dans le milieu. Les spores peuvent être de forme ovale ou sphérique, et peuvent
déformer ou non le corps bactérien, alors que leur position dans la cellule peut être centrale, terminale ou
subterminale.
Figure 6 ; Différentes formes, positionnements et déformations des endospores dans la bactérie.
Le cycle sporal représente le passage de la forme végétative de la bactérie à sa forme sporulée et

inversement :
Sporulation
Forme végétative Forme sporulée
Germination
Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables sur les plans ; eau, éléments
nutritifs, pH, force ionique, température et agents antimicrobiens. Inversement, les conditions
défavorables de croissance entraînent la sporulation ou l’absence de germination de la spore.
Une fois la sporulation de la bactérie est achevée, elle acquit de nouvelles propriétés par rapport à sa forme
végétative :
• Thermo-résistance : la spore résiste en général à des températures de 70-80 °C pendant 10 minutes,
parfois plus. Cette propriété est due à la présence de l’acide dipicholinique et à la déshydratation de la
spore, une situation où les protéines et les acides nucléiques sont très résistants à la dénaturation
thermique. Cette propriété acquise engendre des problèmes importants dans les hôpitaux, les salles de
chirurgie et les industries alimentaires (Clostridium tetani >> tétanos ; Clostridium botulinum >>
botulisme).
• Résistance aux agents physiques et chimiques : la spore résiste aux rayons UV, X, ultrasons, agents
antiseptiques, désinfectants et antibiotiques (un antibiotique bactéricide pour une bactérie peut s’avérer
simplement sporostatique pour les spores de la même bactérie). Cela est problématique dans les
hôpitaux.
• Résistance à la dessiccation et au vieillissement : ces phénomènes semblent dus à la faible teneur en
eau et au métabolisme ralenti : on parle d’état de dormance bactérienne.
• Synthèse d’antibiotiques : certaines bactéries synthétisent des antibiotiques au début de la phase de
sporulation. Exemple : Bacillus licheniformis synthétise ainsi la Bacitracine ; Bacillus polymyxa
synthétise la polymyxine. Mais aussi des toxines (entérotoxine de Clostridium perfringens) ou des
substances à activité biopesticide (toxines létales pour des insectes).
IV- Pouvoir pathogène :
La principale propriété des agents infectieux est leur pathogénicité, qui est un caractère génétique
englobant la capacité de pénétrer dans l’organisme (infectivité), de se multiplier, de se diffuser (invasion)
et de provoquer l’apparition des symptômes de la maladie. La pathogénicité est reflétée quantitativement
par la virulence, une propriété que caractérise chaque souche microbienne et qui varie quantitativement
selon les conditions de l’interaction d’une souche microbienne avec l’organisme hôte. La virulence est
quantifiée par la dose létale minimale de l’agent infectieux (DLM) et la dose en germes susceptible de
provoquer la mort de 50 % des animaux expérimentaux (DL50).
La pathogénicité d’un agent infectieux dépend de plusieurs caractères, on parle de :
1- Caractère d’adhésion :
Un agent infectieux est doté d’un bagage d’outils qui lui permet de se fixer à la surface des cellules de la
porte d’entrée de l’organisme (poumons, tube digestif, peau) comme l’adhésines microbiennes (flagelles
et cils des bactéries), les fibres de l’adenovirus, les épines des virus d’enveloppe.
2- Caractère de pénétration :
L’agent infectieux possède la capacité de pénétrer dans les cellules hôtes par endocytose ordinaire
(phagocytose) ou suivant une autre voie. Une fois à l’intérieur, le microbe s’y multiplie et se répand, pour
aboutir à l’invasion.
3- Caractère de colonisation :
Un agent infectieux est doté d’un pouvoir invasif, lui permettant de se multiplier à la surface et dans les
cellules hôtes, en utilisant les éléments nutritifs disponibles dans les cellules ou en détournant le
métabolisme cellulaire à son profit.
4- Caractère d’agression :
Consiste à :
a- Pouvoir pathogène lié à la diffusion d'une toxine à distance de la porte d'entrée :
La bactérie adhère, colonise et se multiplie au niveau de la muqueuse de la porte d'entrée et peut

éventuellement provoquer une inflammation à ce niveau. Mais l'essentiel du pouvoir pathogène est dû à
la production d'une toxine dont les effets peuvent s'exercer à distance de la porte d’entrée :
• Vibrio cholerae (choléra) : il y a colonisation de l'intestin et production de la toxine cholérique qui
va être responsable de la perte hydro-électrolytique.
• Bordetella pertussis (coqueluche) : la muqueuse colonisée est l'arbre trachéo-bronchique. La
production de la toxine va être responsable de la toux et des signes généraux et éventuellement
cardio-vasculaires.
• Staphylococcus aureus producteur de TSST (syndrome de choc toxique) : la bactérie colonise
une muqueuse (vaginale par exemple) et produit des toxines responsables du choc staphylococcique.
On distingue trois grands types de toxines :
• Toxines A-B : la sous-unité B varie d'une toxine à l'autre et est responsable des spécificités tissulaires,
elle est responsable de l'interaction avec les cellules de l'hôte. La sous-unité A, elle est conservée
spécialement dans les régions responsables de l'activité enzymatique.
• Toxines formant des pores : responsable de la formation de pores conduisant à la lyse cellulaire. Ex.
Hémolysine d'Escherichia coli, Listériolysine de Listeria monocytogenes.
• Enzymes hydrolytiques : les bactéries pathogènes peuvent produire des protéases, DNAses,
collagénases qui vont participer à la formation des lésions au siège de la multiplication bactérienne.
b- Pouvoir pathogène lié à la multiplication bactérienne :
On distingue deux types de pathogènes selon que la multiplication bactérienne ait lieu à l'intérieur ou à
l'extérieur d'un compartiment cellulaire.
• Bactéries à multiplication interne :
Le plus souvent la multiplication des bactéries se fait dans les macrophages. Ex. Mycobacterium
tuberculosis (tuberculose), Salmonella typhi (typhoïde)… Les bactéries empêchent leur dégradation par
les macrophages en inhibant la fusion phagolysosomale et continuant la multiplication dans les vacuoles
des macrophages, ou en sortant des vacuoles et continuant la multiplication dans le cytosol.
• Bactéries à multiplication externe :
Les bactéries se multiplient dans le secteur extra-cellulaire et sont équipées pour résister à l'activité
bactéricide du système complément et à la phagocytose des polynucléaires, en employant plusieurs
stratégies (capside…). Ex. Septicémies (Escherichia coli, Staphylococcus aureus…), Pneumonies
(Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae...).
Systématique bactérienne
A- Bactéries Cocci à Gram positif et à Gram négatif :
Chez les bactéries présentant une forme Cocci, on distingue plusieurs espèces étroitement liées à diverses
infections plus ou moins graves chez les humains. Ce groupe de bactéries a depuis longtemps procurer
l’intention des bactériologistes, afin de les caractériser et de faciliter leurs diagnostiques.
Les tableaux ci-dessous représentent les bactéries Cocci liées infections chez l’homme.
Famille Genre Espèce

• S. aureus
Staphylococcaceae Staphylococcus
• S. epidermidis
• S. pyogenes
Bactéries Cocci Gram positif
Streptococcaceae Stresptococcus • S. agalactiae
• S. pneumoniae
• E. faecalis
Enterococcaceae Enterococcus
• E. faecium
Famille Genre Espèce

Bactéries Cocci Gram négatif • N. meningitidis
Neisseriaceae Neisseria
• N. gonorrhoeae
I- Staphylococcus :
Les bactéries du genre Staphylococcus sont des coques (Cocci) à Gram positif, groupés en amas ayant la
forme de grappes de raisin, immobiles, non sporulés, catalase positive et oxydase négative.
Parmi les 27 espèces du genre actuellement répertoriées, les principales sont Staphyloccus aureus, S.
epidermidis et S. saprophyticus.
Staphylococcus aureus (staphylocoque doré), tient une place très importante dans les infections
communautaires et nosocomiales. Elle possède une coagulase (enzyme provoquant la coagulation du
plasma), ce qui la distingue de la plupart des autres espèces de staphylocoques et peut produire de
nombreuses toxines.
1- Habitat :
Staphylococcus aureus est très répandue chez l'homme et dans de nombreuses espèces animales. C’est
une bactérie commensale de la peau et des muqueuses de l’homme et des animaux (rhino-pharynx,
intestin). On le trouve sur la muqueuse nasale d’un tiers environ des sujets normaux. Cette bactérie est
éliminée dans le milieu extérieur, et elle peut survivre longtemps dans l’environnement.
2- Pouvoir pathogène :
2-1 Infection :
La fréquence et la gravité des infections à staphylocoques sont liées à trois principaux facteurs :
• Caractère ubiquitaire du germe,
• Abaissement des défenses locales et générales des malades soumis à des soins intensifs, des interventions
chirurgicales graves, etc.,
• Fréquente résistance aux antibiotiques du staphylocoque, notamment du staphylocoque hospitalier.
On distingue plusieurs formes d’infections liées au Staphylococcus aureus :

• Formes cutanées : atteinte plus ou moins sévère des follicules pilo-sébacés (folliculite, furoncle,
anthrax), atteinte péri-onguéale (onyxis, perionyxis, atteinte du tissu sous-cutané (panaris, phlegmons).
Certaines formes superficielles (impetigo) peuvent se compliquer de lésions bulleuses graves lorsque la
souche de staphylocoque est productrice d'exfoliatine.
• Formes muqueuses : otites, sinusites, mastoïdites, conjonctivites.
• Formes généralisées :
▪ Septicémie : elle succède à un foyer initial cutanéo-muqueux. La diffusion se fait suite à une atteinte
des veines. On l'observe principalement chez les sujets ayant des défenses immunitaires affaiblies,
traumatisés, sujets soumis à une intervention chirurgicale grave, sujets en unité de soins intensifs,
diabétiques, sujets âgés et nourrissons. Les septicémies à staphylocoques, qui sont de pronostic
redoutable (20 à 30 % de mortalité), se compliquent souvent de localisations viscérales, même
lorsqu'elles sont peu symptomatiques : pleuropulmonaires (abcès bulleux), ostéoarticulaires
(ostéomyélites), uro-génitales (phlegmon périnéphrétique), abcès du cerveau, endocardite aiguë).
▪ Formes intestinales : il s’agit soit d’une intoxication alimentaire par absorption de toxine préformée
dans des aliments contaminés par un staphylocoque producteur d'entérotoxines, soit d’une
entérocolite aiguë pseudo-membraneuse à staphylocoque, consécutive à une antibiothérapie
polyvalente massive et prolongée ayant sélectionné une souche entérotoxique.
▪ Syndrome de choc toxique : il associe une hypotension artérielle importante avec état de choc, de la
fièvre (> 39 °C), une érythrodermie diffuse, une desquamation des paumes et des plantes une à deux
semaines après le début de la maladie et une atteinte pluriviscérale (digestive, musculaire, muqueuse,
rénale, hépatique, neurologique, hématologique).
2-2 Facteurs de pathogénicité :
• Facteurs d'invasion et d'adhésion : Staphylococcus aureus colonise la peau et les muqueuses en

adhérant aux cellules et aux composants de la matrice extracellulaire. Elle se fixe aux cellules par
l'intermédiaire de protéines de surface, les adhésines, qui sont ancrées dans le peptidoglycane. On
distingue cinq protéines :
▪ Protéine A : élaborée uniquement par les souches d'origine humaine. Elle se fixe aux
immunoglobulines G par leur région Fc, ce qui pourrait interférer avec leur action opsonisante.
▪ Protéine de liaison au collagène : permet l'adhésion de S. aureus au cartilage.
▪ Protéine de liaison à la fibronectine : permet l'adhésion de S. aureus aux caillots plasmatiques mais
aussi aux biomatériaux (cathéters, prothèses).
▪ Protéine de liaison au fibrinogène (clumping factor) : provoque l'agrégation des bactéries en
présence de plasma permettant de transformer directement le fibrinogène en fibrine.
▪ Protéine de liaison à l'élastine.
• Facteurs moléculaires : Staphylococcus aureus élabore des protéines diffusibles douées soit d'activité
toxique, soit d'activité seulement enzymatique.
▪ Toxines :
- Hémolysines : ont une action cytotoxique sur de nombreuses cellules eucaryotes, notamment les
globules rouges et les plaquettes. La perméabilisation membranaire entraîne une fuite osmotique
du contenu cellulaire aboutissant à la mort des cellules.
- Leucocidine : agit sur les polynucléaires et les macrophages chez lesquels elle provoque la perte
de mobilité, la dégranulation, la destruction nucléaire et la lyse cellulaire. Cette protéine a rôle
important dans la formation du pus.
- Exfoliatine : une protéine thermostable responsable des lésions d'érythrodermie bulleuse que l'on
observe parfois au cours des septicémies à staphylocoques et au cours de l'impetigo.
- Entérotoxines : il existe 7 sérotypes différents (A, B, C1, C2, C3, D, E) sont des protéines
thermostables et insensibles aux enzymes protéolytiques du suc digestif, responsables
d'intoxications alimentaires (diarrhée, vomissements, douleurs abdominales, rarement un
collapsus cardiaque, qui apparaissent 1 à 6 heures après l'ingestion).
- Toxine responsable du choc toxique staphylococcique (TSST-1) : comme les entérotoxines, a
un effet pyrogène et est un superantigène qui entraîne l'activation simultanée de plusieurs sous-
populations lymphocytaires, ce qui entraîne la libération de plusieurs médiateurs (interleukine,
interféron gamma) responsables de la symptomatologie du choc staphylococcique.
▪ Enzymes non toxiques :

- Coagulase-libre : est une exo-enzyme coagulant le plasma d'homme ou de lapin, et à l'origine
des thrombophlébites suppurées.
- Fibrinolysine : caractéristique des souches pathogènes humaines. Elle provoque la dislocation
des caillots endoveineux qui libère des micro-embols septiques, facteurs de septicémie et de
localisations septiques secondaires.
- Désoxyribonucléases (ou DNAses) : facteurs de destruction des noyaux cellulaires.
- Hyaluronidase : une enzyme thermolabile hydrolysant l'acide hyaluronique, substance

fondamentale du tissu conjonctif : elle favorise ainsi la diffusion des staphylocoques dans le tissu
conjonctif.
- Lipase : favorise la survie des staphylocoques.
3- Diagnostic bactériologique :
Le diagnostic bactériologique de l'infection staphylococcique est uniquement direct (mise en évidence de

la bactérie). Il n'y a pas de diagnostic indirect par recherche des anticorps circulants. Le diagnostic repose
sur les principales étapes suivantes :
• Prélèvement : aseptique (pour être certain que le staphylocoque que l'on va isoler n'est pas un simple
commensal de la peau ou des muqueuses) et avant le début du traitement antibiotique.
• Examen microscopique d'orientation : recherche de Cocci réguliers, à Gram positif, groupés en amas.
• Mise en culture : sur gélose ordinaire dans la majorité des cas ou sur milieu de culture sélectif, type
milieu de CHAPMAN si le prélèvement est fortement contaminé par d'autres bactéries.
L'identification de la bactérie repose sur la mise en évidence des caractères suivants :

• Catalase : différence avec le streptocoque,
• Fermentation du glucose en anaérobiose : différence avec le microcoque,
• Coagulase : différence avec S. epidermidis et S. saprophyticus,
• DNase : Spécifique à S. aureus.
Le diagnostic sera toujours complété par la vérification de la sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme)
étant donné la fréquence de la résistance de S. aureus aux bêta-lactamines (pénicilline), aux aminosides
(gentamicine) et à certains macrolides (érythromycine), notamment chez les souches hospitalières).
II- Streptococcus :
Appartenant au genre Streptococcus sont des Cocci à Gram positif se disposant en chainettes plus ou
moins longues. Elles ont un métabolisme anaérobie mais peuvent être cultivées en présence d'oxygène.
Le premier élément d'orientation dans le classement des streptocoques est le caractère d'hémolyse
entourant les colonies sur une gélose au sang. Ainsi, on distingue les streptocoques B-hémolytiques
produisant une hémolyse complète, les streptocoques alpha-hémolytiques produisant une hémolyse
incomplète et des streptocoques non hémolytiques.
Le deuxième élément d’orientation est la caractérisation d'un antigène polysaccharidique de la paroi, qui
permet de situer les streptocoques parmi les groupes sérologiques de Lance Field (A, B, C, etc).
1- Streptococcus pyogenes (ou streptocoque du groupe A) :
Il s’agit d’un streptocoque bêta hémolytique appartenant au groupe B de lance Field.
1-1 Habitat :
Son habitat habituel est le pharynx mais on peut la trouver également sur la peau.
1-2 Pouvoir pathogène :
a- Infection :
• Angine : responsables d'angines érythémateuses ou érythémato-pultacées (chez l'enfant d’âge scolaire).

• Infections cutanées superficielles : impétigos de l'enfant, l'érysipèle, dermo-épidermite d'extension
rapide chez les sujets âgés et la surinfection des plaies ou des brulures.
• Endométrites (dans les suites de couches),
• Pneumonies.
• Infections invasives : cellulite et fasciite nécrosante.
• Syndrome de choc toxique streptococcique : il ressemble au choc toxique staphylococcique et
s'accompagne d'une défaillance poly-viscérale. Son pronostic est sévère.
• Septicémie.
• Complications post-streptococciques : se traduisent par un rhumatisme inflammatoire et dans certains
cas par une atteinte cardiaque pouvant laisser des séquelles valvulaires.
b- Facteurs de pathogénicité :
• Protéine M de la paroi : elle a une action antiphagocytaire et une fonction d'adhésine.

• Toxine : les streptolysines O et S cytolytiques, liés au syndrome de choc toxique streptococcique.
• Enzymes : hyaluronidases, DNAses, protéases, streptokinase qui favorisent la diffusion bactérienne.
2- Streptococcus agalactiae (ou streptocoque du groupe B) :
Il s’agit d’un streptocoque bêta hémolytique appartenant au groupe B de lance Field.
2-1 Habitat :
Beaucoup de sujets sont porteurs de la bactérie au niveau de leurs muqueuses (intestinales et vaginale
surtout). La colonisation vaginale est présente chez 10 à 20% des femmes et entraîne souvent une
colonisation du nouveau-né.
a- Infection :
• Chez le nouveau-né : la contamination avant ou pendant l'accouchement :

▪ Infection précoce : dans les premiers jours, entraîne une septicémie accompagnée de pneumopathie.
▪ Infection tardive : dans les premières semaines, on observe surtout des méningites et parfois
d'autres localisations (ostéoarticulaires en particulier).
• Chez les adultes : sont plus rare et se rencontrent surtout sur des terrains particuliers grossesse et post-
partum, ou bien terrain fragilisé (diabète). Elle peut concerner :
▪ Infection des tissus cutanés et sous-cutanés,
▪ Infection de l’appareil ostéoarticulaire,
▪ Infection des voies urinaires,
▪ Septicémies,
▪ Méningites,
▪ Endocardites.
Elle possède une capsule polysaccharidique qui présente un effet antiphagocytaire.
2-3 Diagnostic bactériologique :
Le diagnostic de Streptococcus pyogenes et de Streptococcus agalactiae peut se faire par la méthode

directe (mise en évidence du germe) et par la méthode indirecte (dosage des anticorps).
a- Diagnostic direct :
Après prélèvement aseptique fait avant le début du traitement antibiotique, l'examen microscopique
recherche la présence de cocci à Gram positif, de taille irrégulière, groupés en chaînettes.
La culture est faite sur des milieux enrichis type gélose au sang. L'origine du prélèvement et la nature de
l'hémolyse sur gélose au sang orientent le diagnostic :
• Si le prélèvement provient d'une cavité close (pus d'abcès, liquides d'épanchement, LCR, urines) ou
s'il s'agit d'une hémoculture, tous les streptocoques isolés peuvent être pathogènes même s'ils ne sont
pas bêta-hémolytiques.
• S'il s'agit au contraire d'un prélèvement de gorge (angine), seuls les streptocoques bêta-hémolytiques
doivent être pris en considération. En plus il faut vérifier qu'ils appartiennent bien au groupes A, C
ou G car certains streptocoques commensaux (B ou D) peuvent être bêta-hémolytiques.
L'antibiogramme pour l’étude de la sensibilité à la pénicilline et à l'érythromycine, complète le diagnostic.
b- Diagnostic indirect :
Il repose sur le dosage dans le sérum (sérodiagnostic) des anticorps contre les enzymes du streptocoque.
L'anticorps le plus souvent recherché est l'antistreptolysine O (ASLO) dont le taux normal est inférieur
ou égal à 200 unités/ml.
3- Streptococcus pneumoniae ou pneumocoque :
Se distingue des autres streptocoques par son aspect diplocoque en courtes chainettes, en plus qu’il s’agit
de streptocoques alpha-hémolytiques.
3-1 Habitat :
Il s’agit d’une bactérie commensale de l'arbre respiratoire supérieur (rhino-pharynx) de l'homme. On la

trouve surtout chez les sujets jeunes (40 % de portage chez les enfants fréquentant les crèches).
a- Infection :
• Infections des voies respiratoires : responsable de la pneumonie franche lobaire aiguë fréquente chez
l'enfant et chez le sujet âgé. Également impliquée dans les infections ORL bactériennes, chez l’enfant.
• Méningites : ce germe est l'un des principaux agents responsables de méningites bactériennes.
• Bactériémies : qui peut entraîner : arthrite, péritonite, péricardite, pleurésie et endocardite.
• Capsule : elle possède une capsule polysaccharidique qui exerce une action antiphagocytaire.
• Adhésines : permettent la colonisation.
• Hémolysine (pneumolysine) : joue aussi un rôle dans le pouvoir pathogène.
Il n'y a pas de diagnostic sérologique des infections à pneumocoque. Le diagnostic bactériologique repose
donc sur la mise en évidence du pneumocoque dans les lésions.
Le diagnostic bactériologique est relativement faisable lorsque l'infection pneumococcique est une
méningite, une pleurésie ou une pneumonie accompagnée d'une bactériémie. En raison de la présence
normale de S. pneumoniae dans la flore normale du rhino-pharynx. Cependant, l'analyse bactériologique
des crachats n'est pas un moyen fiable de faire le diagnostic d'une pneumonie à pneumocoques.
Le diagnostic des pneumocoques repose sur :

• Examen microscopique : diplocoques à Gram positif encapsulés et de nombreux polynucléaires altérés,
s'il s'agit d'un liquide de séreuse infectée, d'un abcès, etc...
• Culture sur gélose au sang : de colonies en goutte de rosée (alpha-hémolytiques), sensibles à l'optochine.
• Lyse par la bile ou les sels biliaires d'une culture en bouillon.
L'isolement et l'identification du pneumocoque est complétée par un antibiogramme.
III- Enterococcus :
Sont des Cocci à Gram positif groupés par paire ou en courtes chaînettes. Il se distingue du genre
Streptococcus par des caractères génotypiques et par sa capacité à se développer à des concentrations
élevées en NaCl et dans la bile. Les espèces les plus fréquemment isolées chez l’homme sont E. faecalise
et E. faecium. Il s’agit d’une bactérie non hémolytique (gélose au sang) du groupe D de la classification
sérologique de Lance Field.
1- Habitat :
Les entérocoques sont des bactéries commensales du tube digestif, chez l'homme et l’animal.
Les entérocoques peuvent être impliqués dans les infections urinaires et les endocardites.
Il repose sur l'isolement de la bactérie au site de l’infection ou par hémoculture.
IV- Neisseria :
Les Neisseria sont des Cocci à Gram négatif, en diplocoques, aérobies stricts, oxydase positive. Certains
sont des commensaux des cavités naturelles, tandis que deux espèces Neisseria meningitidis et Neisseria
gonorrhoeae sont les espèces pathogènes de ce genre.
1- Neisseria meningitidis :
Nommée également méningocoque, est l'agent de la méningite cérébro-spinale. C’est une bactérie fragile
ne cultivant que sur des milieux riches, sous une atmosphère enrichie en CO2. Elle possède une capsule
polysaccharidique dont il existe plusieurs variétés permettant la classification en sérogroupes. Les groupes
les plus fréquent sont les groupes A, B, C, Y et W135. Le groupe A est largement prédominant en Afrique,
le groupe B en Europe.
Le méningocoque est un aérobie strict, oxydase positive, capable d'utiliser le glucose et le maltose (à la
différence du gonocoque). Le méningocoque possède une alpha-glutamyl-transférase, à la différence de
Neisseria gonorrhoeae qui n'en possède pas.
1-1 Habitat :
Le méningocoque est un parasite strict de l’espèce humaine. Le rhino-pharynx est la porte d’entrée du
germe dans l’organisme. De nombreux sujets sont porteurs sains et jouent un rôle capital dans
l’épidémiologie de la maladie.
a- Infection :
• Rhino-pharyngite contagieuse : épidémique ou sporadique. Elle survient surtout en période hivernale

et printanière.
• Méningite à méningocoque : ou méningite cérébro-spinale, survient surtout chez l'enfant et l'adulte

jeune. Elle s'accompagné parfois d'un purpura pétéchial (lésions hémorragiques de la peau ou des
muqueuses, de couleur rouge à pourpre). La maladie peut provoquer des épidémies dans certaines
collectivités (ex. milieu scolaire) mais des cas sporadiques peuvent exister. De grandes épidémies
peuvent survenir dans les pays en voie de développement, en particulier en Afrique sub-saharienne.
• Septicémie : ou méningococcémie, qui se traduit par un syndrome infectieux plus ou moins sévère et
souvent avec présence de pétéchies ou purpura fulminants (petites taches cutanées de couleur rouge à
violacée), qui est rapidement extensif et s'accompagne d'un état de choc et d’un pronostic très sévère.
De même une septicémie intravasculaire disséminée présente un pronostic très sévère.
• Adhésines : elles permettent l'adhésion de la bactérie aux muqueuses et sont donc impliquées dans le
processus de colonisation.
• Capsule : permet de résister à l’action des compléments et à la phagocytose. Toutefois, les anticorps
dirigés contre la capsule permettent au complément d'exercer une action bactériolytique. Ils peuvent
apparaître en réponse à un portage au niveau du rhinopharynx ou à une vaccination.
• Lipopolysaccharides : ils sont impliqués dans les phénomènes de choc qui peut survenir au cours des
infections à méningocoques et dans leur forme majeure, le purpura fulminants.
• Autres facteurs : le méningocoque possède une IgA protéase.
Le diagnostic de l’infection méningococcique est un diagnostic direct.
• Prélèvement : la recherche du méningocoque se fait dans le liquide céphalo-rachidien (ponction

lombaire), dans le sang (hémoculture), dans les lésions purpuriques (ponction-aspiration) et dans les
prélèvements de gorge (chez les sujets contacts). Suite à la fragilité du germe, les prélèvements doivent
être ensemencés le plus rapidement possible.
• Examen microscopique : notamment celui du LCR, permet de noter l'importance de la réaction

cellulaire (habituellement intense) et de mettre en évidence des diplocoques à Gram négatif, en général
peu nombreux à l'intérieur et à l'extérieur des polynucléaires.
• Culture : elle se fait sur des milieux enrichis spécifiques (gélose chocolat) ou non spécifiques (bouillon
pour hémoculture). La culture à partir des prélèvements de gorge doit se faire sur des milieux enrichis
et sélectifs pour inhiber la croissance des bactéries commensales de la bouche et ne permettre que la
culture des Neisseria. Il faut ensuite procéder à l'identification biochimique et antigénique des colonies
de Neisseria isolées.
• Antibiogramme : vient toujours compléter l'isolement de Neisseria meningitidis. Il doit comporter le

bilan de la sensibilité à la pénicilline.
2- Neisseria gonorrhoeae :
Nommée également gonocoque est une bactérie aérobie strict, oxydase positif, glucose positif mais
maltose négatif (différence avec le méningocoque). Les souches responsables des gonococcies
asymptomatiques et disséminées sont auxotrophes à l'égard de l'arginine, l'hypoxanthine et l'uracile. Cette
bactérie est très fragile, ne cultivant que sur un Milieu riche et sous atmosphère enrichie en CO2.
2-1 Habitat :
Neisseria gonorrhoeae est strictement humaine, elle est présente dans les voies génitales.
a- Infection :
Le gonocoque est l'agent d'une des maladies vénériennes ou maladies sexuellement transmissibles (MST)
les plus répandues, la blennorragie ou gonococcie.
• Chez l'homme : le risque de contamination après un rapport sexuel avec une partenaire infectée est de
35 % en moyenne. La maladie apparaît brutalement 2 à 5 jours plus tard et se traduit le plus souvent par
une affection aiguë : urétrite avec écoulement purulent et brûlures vives à la miction. En se prolongeant,
l'infection urétrale entraîne localement une réaction scléreuse qui peut conduire au rétrécissement
urétral. L'infection peut s'étendre aux glandes urétrales, à la prostate, aux vésicules séminales et à
l'épididyme. Des bactériémies peuvent se produire, et entraîner la dissémination du gonocoque.
• Chez la femme : le risque de contamination après un rapport sexuel avec un partenaire infecté est de 75
à 90 %. L'infection est le plus souvent peu ou pas symptomatique. Elle se traduit par une urétrite, une
cervicite (inflammation du col de l'utérus), une bartholinite (inflammation des glandes responsables de
la lubrification du vagin lors des rapports sexuels), et peut donner lieu à un écoulement purulent.
L'infection peut s'étendre et provoquer une salpingite (inflammation des deux trompes de Fallope), avec
risque d'oblitération secondaire et de stérilité, une pelvipéritonite. Les localisations extra génitales, les
bactériémies, et les localisations à distance sont similaires à celles qui s'observent chez l'homme.
• Chez le nouveau-né : l'ophtalmie purulente est acquise au moment de la traversée de la filière génitale
lorsque la mère est infectée et non traitée.
• Pili : ils jouent un rôle important dans l’adhésion du gonocoque aux muqueuses génitales et ils sont
indispensables à l’expression du pouvoir pathogène.
• Protéines de la membrane externe : certaines de ces protéines interviennent dans l'adhésion et

l'invasion des cellules épithéliales.
• Autres facteurs : IgA protéase, lipopolysaccharide qui joue un rôle dans les lésions cellulaires
provoquées par la bactérie.
• Prélèvement : doit être faits au laboratoire, le matin avant émission d'urine ou toilette génito-urinaire.
On prélèvera le pus et les sécrétions à partir de l'urèthre, col, prostate, muqueuse rectale, pharynx et
éventuellement, le liquide synovial et le sang.
• Examen microscopique : par une coloration de Gram, montrant de nombreux diplocoques à Gram
négatif à l'intérieur des polynucléaires altérés. Dans certaines localisations (pharynx, anus, col),
l'examen microscopique est moins évocateur.
• Culture : réalisée immédiatement après le prélèvement, sur un milieu riche et sélectif : gélose chocolat
+ supplément vitaminique + un mélange d’antibiotiques VCN (vancomycine, colistine et nystatine) +
5-10 % CO2 + humidité. L’incubation se fait à 36 ºC.
• Antibiogramme : pour la recherche de production de β-lactamase (résistante à la β-lactamine).
Il existe des anticorps anti-pili et contre les protéines de surface, qui peuvent être mis en évidence par
diverses épreuves sérologiques. Toutefois, ces techniques (hémagglutination, immunofluorescence
indirecte et ELISA) ne sont pas sensibles, ni spécifiques en cas d'infections localisées. Elles sont positives
uniquement en cas de gonococcie compliquée (disséminée, inflammation pelvienne, etc.…).
B- Bacilles à Gram positif non sporules :
I- Listeria monocytogenes :
Les bactéries du genre Listeria sont des petits bacilles à Gram positif, à extrémités arrondies, asporulés,
non encapsulés, non acido-alcoolo-résistant, mobiles à 20-25 ºC. Il existe 7 espèces, mais seule l'espèce
L. monocytogenes est pathogène pour l’homme.
1- Habitat :
Les Listeria sont des germes ubiquitaires que l'on trouve dans le sol, sur les plantes et dans les eaux
(saprophytes). Elles sont très résistantes au milieu extérieur (plusieurs années à + 4 ºC). Elles sont aussi
des hôtes des êtres vivants (portage intestinal asymptomatique de Listeria chez les animaux et l'homme).
Ce sont des bactéries des aliments, qui sont fréquentes dans les produits laitiers (la pasteurisation
correctement réalisée détruit les Listeria). On la trouve aussi dans les produits carnés, dans les produits
de la mer, dans les légumes. En effet, suite au statut psychrophile de ces bactéries leur permettant de se
développer à des températures > 4 ºC, elles posent des problèmes pour la conservation des aliments.
La survenue d'une infection à L. monocytogenes dépend de plusieurs facteurs : virulence particulière de

certaines souches, contamination par un inoculum massif, et état immunitaire.
Vu le mode de contamination alimentaire de l'homme, le site principal d'entrée de la bactérie est l'intestin
(entérocytes et plaques de Peyer).
2-1 Infection :
• Listériose de l'adulte et de l'enfant : méningites, méningo-encéphalites, encéphalites, septicémie. La

grande majorité de ces infections se produisent chez des malades atteints de maladies chroniques
(cirrhose, cancers, diabète, etc…), les personnes âgées et les personnes immunodéprimées.
• Listériose de la femme enceinte : infection bénigne pour la femme, se traduisant souvent par une simple
fièvre, toutefois, elle est grave pour le fœtus, pouvant provoquer un avortement, la mort in utero ou
l'accouchement prématuré.
• Listériose néonatale : septicémie, méningites secondaires à la contamination dans les jours qui
précèdent l'accouchement ou au moment de l'accouchement.
• Internaline : une protéine de surface qui déclenche l'adhésion et la pénétration de L. monocytogenes

dans la cellule par phagocytose.
• Listérolysine O : active à pH acide, dans le phagolysosome. La membrane du phagolysosome est lysée,

ce qui permet la libération dans le cytoplasme cellulaire où Listeria se multiplie.
• Phospholipase : protéine de surface qui induit la polymérisation de l'actine des cellules de l’organisme,
ce qui permet le mouvement intracellulaire de ces bactéries et leur passage entres les cellules.
Il repose sur l'isolement et l'identification de la bactérie. L'intérêt du diagnostic sérologique par séro-
agglutination (taux critique 1/320) est discuté.
• Prélèvement : sang, LCR, placenta, lésions diverses.
• Examen microscopique : par la coloration Gram, montrant des bacilles à Gram positif, à extrémités
arrondies et mobiles à 25 °C.
• Culture : sur un milieu usuel générant des colonies petites, arrondies et translucides. L’identification
par le pouvoir de dégrader rapidement l’esculine.
II- Corynebactérium diphteriae :
Les corynébactéries sont des bacilles à Gram positif, immobiles, sans capsule et asporulés, souvent
granuleux et à extrémités élargies. Leur groupement en palissades ou en lettres de l'alphabet est souvent
caractéristique.
De nombreuses espèces font partie de la flore normale de l'arbre respiratoire, des autres muqueuses et de
la peau. Corynebacterium diphteriae sécrète une toxine qui est responsable de la diphtérie.
1- Habitat :
C. diphtheriae est rencontré uniquement chez l’homme, et généralement localisé au rhino et oropharynx.
2-1 Infection :
La transmission de la bactérie se fait par voie aérienne (gouttelettes de salive).
Les bactéries se multiplient sur les muqueuses respiratoires (habituellement du rhinopharynx, parfois du
larynx) et commencent à secréter de la toxine. Celle-ci est absorbée par les muqueuses, détruit l'épithélium
et provoque une réaction inflammatoire. L'épithélium nécrosé se recouvre d'un exsudat fibrineux riche en
hématies et en globules blancs, la « fausse membrane ». Celle-ci siège classiquement sur les amygdales,
le pharynx ou le larynx (croup et asphyxie).
Dans la fausse membrane, C. diphteriae continue à produire sa toxine qui diffuse dans tout l'organisme
où elle bloque les synthèses cellulaires. Elle provoque ainsi une dégénérescence parenchymateuse, une
infiltration graisseuse, des lésions nécrotiques, cardiaques, hépatiques, rénales, surrénaliennes. Son action
s’exerce également sur le système nerveux (paralysies).
Plusieurs formes cliniques peuvent être identifiées :
• Angine diphtérique pseudomembraneuse : la forme la plus fréquente, angine avec fausses membranes
recouvrant les amygdales.
• Angine maligne : angine avec signes de choc toxinique.
• Angine grave : signes locaux plus importants que les signes généraux.
En dehors des angines, les complications cardiaques (myocardite) et nerveuses (dysphagie et paralysie)
peuvent être élucidées.
Chez le sujet vacciné, la diphtérie se manifeste par une angine banale ou à fausses membranes mais sans
signes généraux.
• Toxine diphtérique :
Une exotoxine de nature protéique, constituée de 2 fragments : fragment B non toxique permet la fixation,
et fragment A responsable de l’activité toxique.
C’est une toxine très puissante, elle agit comme une enzyme inhibant les synthèses protéiques provoquant
ainsi la mort de la cellule. On note que la toxine n’est produite qu’en absence de Fer ou en présence de
faibles concentrations en Fer.
Le diagnostic de la diphtérie est avant tout clinique et doit entrainer en urgence un traitement spécifique.
Les résultats du laboratoire amènent seulement la confirmation du diagnostic.
Le diagnostic bactériologique repose sur :
• Isolement de Corynebacterium diphtheriae :
▪ Prélèvement : de la gorge et de la fausse membrane.
▪ Examen microscopique : bacille à Gram positif, immobile, sans spore ni capsule. Il est légèrement
incurvé, avec des extrémités arrondies, en massue, en haltères, et donne des groupements
caractéristiques en paquets d'épingles, en palissades, en lettres chinoises.
▪ Culture : Corynebacterium diphteriae pousse sur la majorité des milieux de culture usuels. Mais la
culture est favorisée par la présence de sang ou de sérum. Sur le milieu de LOEFFLER, au sérum
coagulé, il pousse plus rapidement que les autres bactéries en donnant de petites colonies grisâtres
granuleuses, à bord irrégulier.
• Mise en évidence de la toxine diphtérique :
▪ Par le test d’Elek : recherchée par immuno-précipitation en milieu gélosé avec un sérum antitoxinique.
▪ Par la détection du gène tox qui code pour la toxine par PCR.
III- Bacillus :
Ce sont des bacilles à bouts carrés, à Gram positive, sporulés, mobiles par ciliature péri triche. La plupart
des espèces de ce genre sont des bactéries saprophytes. Les infections humaines à Bacillus sont rares,
dont deux espèces ont un pouvoir pathogène bien caractérisé : Bacillus anthracis et Bacillus cereus.
1- Habitat :
Ce sont des germes de l’environnement que l’on trouve partout (sol, air, poussière, surfaces).
2-1 Infection :
La contamination humaine est presque toujours professionnelle à la suite de manipulation de laines, peaux
ou cuirs. Elle peut aussi se faire par ingestion de viande contaminée ou par inhalation de spores.
a- Bacillus anthracis :
• Anthrax / Charbon cutané : est la forme habituelle. La lésion initiale est une pustule siégeant sur les
parties découvertes, elle se transforme en quelques jours en escarre noirâtre caractéristique. La mort peut
survenir par diffusion bactériémique.
• Anthrax / Charbon pulmonaire : lié à certaines professions (lainiers) et également évoqué lors de
bioterrorisme ; il se manifeste par des symptômes d’infection respiratoire haute évoluant rapidement
vers une médiastinite hémorragique et dyspnée, toux et mort en 3 jours.
b- Bacillus cereus :
Responsable de la toxi-infections alimentaires collectives, qui est caractérisées par des diarrhées et des
vomissements. Le maintien des aliments à une température favorable à la germination des spores permet
la multiplication des germes et la production d’une entérotoxine.
• Toxine protéique : douée d’une activité létale œdémateuse.
• Antibiotiques : bacitracine, polymixine.
• Cas de charbon / Anthrax à Bacillus anthracis : les prélèvements sont fonction de la forme clinique
de la maladie (pus, sérosités, hémoculture), le diagnostic repose sur l’isolement de la bactérie à partir de
ces prélèvements et son identification biochimique.
• Cas d’une infection digestive à Bacillus cereus : le diagnostic bactériologique repose sur la mise en
évidence de la bactérie en quantité suffisante ≥ 105 bactéries / gram de selle puis la détection de la toxine
à partir des colonies.
Culture : les Bacillus sont des bactéries aéro-anaérobies mais préfèrent l’aérobiose. Elles se développent
sur gélose ordinaire à 30 à 37 °C. Elles donnent des colonies blanchâtres de 3 à 4 mm de diamètre à
contours irréguliers.
C- Enterobactériaceae :
Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de leur pathogénie et de leur écologie.
Les espèces qui composent cette famille sont en effet soit parasites (Salmonella, Shigella, Yersinia pestis),
soit commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp.), soit encore saprophytes (Serratia
sp., Enterobacter sp.).
Les caractères biochimiques et physiologiques communs chez les entérobactéries sont :

• Bacilles à Gram négatif,
• Mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles,
• Croissance sur milieux de culture ordinaires,
• Aérobies et anaérobies facultatifs,
• Fermentation du glucose avec ou sans production de gaz,
• Réduction des nitrates en nitrites,
• Oxydase négative.
I- Caractérisation des genres :
1- Caractérisation biochimique :
La distinction entre les genres se fait par l'étude des caractères biochimiques dont les plus importants sont:
• Fermentation du lactose : Milieu Kligler,
• Production d’H2S : Milieu Kligler,
• Production d'indole,
• Production d'uréase,
• Production d'acetoïne/Production des acides mixtes : réaction Voges-Proskauer (VP+/VP-),
• Désamination du tryptophane (TDA).
2- Caractérisation sérologique :
Les entérobactéries possèdent toutes les antigènes suivants :
a- Antigène O :
Il s’agit d’une endotoxine composée de lipopolysaccharides (LPS) complexes, très toxiques, capables de
provoquer une fièvre, une leucopénie, une bradycardie, une hypotension et choc, une coagulation
intravasculaire disséminée et la mort.
L'antigène O est constitué d'une mosaïque d'antigènes dont certains sont des constituants communs à
toutes les entérobactéries et germes apparentés, et d'autres, des constituants spécifiques de chaque espèce.
Ainsi, on peut identifier ces antigènes par plusieurs techniques :
• Agglutination sur lame avec des sérums spécifiques : la présence d'une agglutination indique qu'il
y a correspondance entre le sérum utilisé (anticorps) et un antigène de la souche étudiée.
• Sérodiagnostic de WIDAL et FELIX : dans le cas des fièvres typhoïde et paratyphoïdes, au cours
de laquelle, il y a lyse bactérienne et libération d'antigène O et ainsi la formation d'anticorps
spécifiques anti-O qui peuvent être dosés.
b- Antigène H :
Un antigène non toxique de nature protéique, il est constitué d'une mosaïque d'antigènes avec des
constituants communs à toutes les entérobactéries mobiles et des constituants spécifiques à chaque espèce.
On peut les mettre en évidence par :

• Agglutination sur lame avec des sérums spécifiques : la présence d'une agglutination indique qu'il
y a correspondance entre le sérum utilisé (anticorps) et un antigène de la souche étudiée.
• Sérodiagnostic de WIDAL et FELIX : au cours de l’infection, il y a formation d'anticorps
spécifiques anti-H qui peuvent être dosés.
II- Escherichia coli :
Escherichia coli est une entérobactérie, dont les caractères essentiels sont :
• Mobile et parfois immobile,
• Lactose positive,
• Gaz positive,
• Désaminase négative,
• Indole positif,
• VP négatif (utilise la voie des acides mixtes),
• Nitrate réductase positive,
• Uréase négative,
• H2S négatif.
Le sérotypage cible les antigènes somatiques O (lipopolysaccharides) et les antigènes flagellaires H.

Toutefois, suite au nombre élevé des sérotypes chez E. coli, le test d’agglutination a été abandonné au
profit sérotypage moléculaire.
En effet, le gène rfb codant l’antigène O et le gène fliC codant l’antigène H sont amplifiés par la PCR,
puis digérés par des enzymes de restriction (RFLP). Les différentes profiles obtenus via l’électrophorèse
permettent de distinguer entre les différents sérotypes d’E. coli.
1- Habitat :
Cette bactérie fait partie de la flore commensale du tube digestif de l'homme et de nombreux animaux. E.
coli représente à elle seule la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l'intestin (espèce aérobie
dominante) à raison de 108 par gramme de selles (flore totale : 1011 à 1012 bactéries par gramme).
a- Infection :
Il existe des souches d'E. coli qui sont dangereuses pour l'organisme et responsables de plusieurs maladies.
Ces souches pathogènes sont issues d'une bactérie inoffensive, qui mute de façon spontanée. La plupart
du temps, la mutation engendrée ne permet pas à la bactérie de survivre, mais il arrive très rarement que
cette mutation lui donnant un pouvoir pathogène qui lui permet d’avoir un avantage sur les autres bactéries
commensales (pouvoir d'adhésion supérieur, production de toxines, détournement du fonctionnement
cellulaires…), en provoquant ainsi une perturbation de la flore normale du corps.
On distingue 5 Pathovars d’E. Coli (pathogènes) incriminée dans les infections intestinales :
• E. Coli entérotoxigéniques (ECET) : cause majeure de diarrhée aqueuse aiguë, qui est accompagnée
souvent de déshydratation chez les enfants de moins de 3 ans. Ces souches sécrètent des toxines qui
induisent une diffusion osmotique d'eau vers la lumière intestinale (comme dans le cas du choléra).
• E. Coli entéroinvasives (ECEI) : conduisent à des syndromes dysentériques qui se traduisent par une
forte fièvre, des crampes abdominales et des nausées, accompagnés d’une diarrhée aqueuse évoluant
rapidement en une dysenterie (selles contenant du sang et du mucus). Les ECEI ne sécrètent pas de
toxines, elles provoquent la mort cellulaire et déclenchent une intense réaction inflammatoire.
• E. Coli entéropathogènes (ECEP) : responsables de gastro-entérites infantiles et ne sont normalement

pathogènes qu'en dessous de l'âge de deux ans. Les bactéries effacent la bordure en brosse des
entérocytes, en secrétant une toxine létale pour les cellules intestinales.
• E. Coli entérohémorragiques (ECEH) : responsables de colites hémorragiques. Elles sont les plus
redoutées, car les symptômes induits sont particulièrement sévères. La période d’incubation va de 3 à 8
jours. La plupart des patients guérissent en 10 jours, mais pour les enfants et les personnes âgées,
l’infection peut évoluer vers une forme potentiellement mortelle ; le syndrome hémolytique et urémique
(SHU), caractérise par une insuffisance rénale aiguë, une anémie hémolytique et une thrombopénie.
• E. Coli entéroaggrégatives (ECEAgg) : elles s'accrochent à la paroi intestinale en formant des amas
de briques. Elles sont responsables de retards de croissance ainsi que de diarrhées persistantes.
Escherichia coli provoque également des infections extra-intestinales, notamment les infections urinaires,
les méningites néonatales, les pneumonies nosocomiales, des infections hépatobiliaires, des abcès
abdominaux et pelviens, des septicémies. Globalement E. coli est incriminée dans 40 à 50 % de toutes les
infections nosocomiales.
• Pili ou fimbriae (adhésines),

• Flagelles,
• Entérotoxines,
• Hémagglutinines,
• Cytotoxines (vérotoxines),
• Pouvoir invasive,
• Plasmide de virulence.
• Pour les infections urinaires : consiste en la mise en évidence à l'examen microscopique d'une réaction
immunitaire contre l'infection par la présence de polynucléaires et puis en culture d'un nombre élevé
d'E. coli. Une concentration de 103-104/ml est suffisante pour établir le diagnostic d'infection urinaire.
• Pour les infections (péritonites...) : le diagnostic est fait selon les procédés habituels (prélèvements
aseptiques, examen microscopique à la recherche d'une réaction inflammatoire et de bacilles à Gram
négatif, culture, identification et antibiogramme).
• Pour les diarrhées aiguës : il est difficile d'individualiser les E. coli « entéropathogènes » au sein des
E. coli commensaux.
La culture d’Escherichia coli peut être réalisée sur plusieurs milieux de culture : gélose de MacConkey,
DCL, BCP, EMB…La température d’incubation est 37 °C.
III- Salmonella
Salmonella est une entérobactérie, dont les caractères essentiels sont :

• Mobile,
• Lactose négatif,
• Nitrates réductase positive,
• Indole positif,
• Oxydase négative,
• VP négatif,
• H2S positif.
Récemment, la taxonomie, en employant l’hybridation de l'ADN, a avancé que le genre Salmonella ne

comportait qu'une seule espèce, Salmonella enterica. Cette espèce comprend 7 sous-espèces différenciées
par leurs biotypes. Les sous-espèces sont subdivisées en près de 2000 sérovars sur la base de leurs
antigènes O, H et de capsule. On note que ces sérovars étaient considérés comme des espèces distinctes.
1- Habitat :
Salmonella est un parasite de l'homme, des mammifères (rongeurs), des oiseaux (volailles) et des animaux
à sang froid (reptiles).
Le principal mode de contamination chez l'homme est l'ingestion à partir de l'eau, des aliments (ex.
produits laitiers, œufs, viande).
a- Fièvre typhoïde et paratyphoïde :
Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes sont provoquées par quatre sérovars de Salmonella dites majeurs,
strictement humains, S. Typhi, S. Paratyphi A, S. Paratyphi B et S. Paratyphi C.
La contamination par ce groupe de Salmonella se réalise par le biais une boisson ou un aliment contaminé
(coquillages), et dont la dose infectante est de 105 bactéries.
Les bactéries traversent sans la léser la paroi intestinale et gagnent les ganglions mésentériques satellites
où elles vont se multiplier. Une partie des Salmonella se lysent et libèrent leur endotoxine. Cette toxine
provoque l’apparition de signes cliniques (fièvre, tuphos, bradycardie) et biologiques (leucopénie) et une
irritation des plaques de PEYER qui peut entraîner des hémorragies intestinales et des perforations.
A partir des ganglions mésentériques, par le canal thoracique, des Salmonella gagnent le courant sanguin
(hémoculture positive), et disséminent dans tous les organes (reins, foie, vésicule biliaire) et sont excrétées
en faible nombre et de manière intermittente dans les selles (coproculture positive). Finalement,
l'organisme infecté produit des anticorps contre les antigènes bactériens O et H (sérodiagnostic positif),
qui contribuent à la guérison spontanée. Toutefois, sans traitement, la mortalité est d'environ 20 %.
b- Gastro-entérites à Salmonella ou Salmonellose :
Les Salmonella dites mineures (Salmonella typhi murium, enteritidis, dublin etc…), sont ubiquitaires.
Elles sont ingérées avec une boisson ou un aliment contaminé (cas sporadiques) ou après contamination
fécale-orale, souvent par les mains sales (épidémies de collectivités d'enfants).
Elles provoquent des infections purement digestives, les gastro-entérites, qui se traduisent par de la
diarrhée, des vomissements et de la fièvre. Leur évolution est en général bénigne. Toutefois, certains
sujets restent porteurs sains de Salmonella dans leur tube digestif et peuvent dans certaines circonstances
(profession de l'alimentation) disséminer leur souche.
Chez le nouveau-né, l’enfant, le sujet âgé, l'immuno-déprimé (ex. SIDA), les Salmonella mineures sont
susceptibles de franchir la barrière intestinale et de provoquer un syndrome septicémique de type
typhoïdique avec hémocultures positives. Le traitement des gastro-entérites à Salmonella repose
essentiellement sur la réhydratation sauf en cas sévères.
c- Toxi-infections alimentaires collectives à Salmonella :
La consommation simultanée par plusieurs personnes d'un aliment massivement contaminé par des
Salmonella mineures entraîne un tableau de gastro-entérite, qui, simulant un véritable empoisonnement,
appelé toxi-infection alimentaire collective (TIAC). La période d'incubation est de 10 à 18 heures. Les
troubles durent en général 2 à 5 jours. Les complications sont rares sauf chez les sujets à faibles moyens
de défense. La prévention repose sur l'hygiène des cuisines collectives (détection des porteurs sains,
techniques de préparation et de conservation).
a- Cas de fièvre typhoïde :
• Diagnostic direct :
▪ Hémoculture : est le moyen essentiel de faire le diagnostic d'une fièvre typhoïde. Comme il y a peu de
Salmonella dans le courant sanguin, les hémocultures doivent être répétées. En l'absence de traitement
antibiotique elles sont positives. La bactérie isolée sera identifiée comme Salmonella par ses caractères
biochimiques, puis par ses caractères antigéniques et finalement par un antibiogramme
(chloramphénicol, ampicilline, etc…).
▪ Coproculture : se fait sur milieu sélectif, avant et après préculture sur milieux d'enrichissement. Etant
donné le faible nombre de Salmonella excrétées dans les selles, cet examen doit être répété mais
cependant reste souvent négatif. Ainsi, la coproculture n'est donc pas un le meilleur moyen de faire le
diagnostic biologique de la fièvre typhoïde. En revanche, à la fin du traitement, elle est efficace de
s'assurer que le malade n'est pas porteur chronique de Salmonella et donc qu'il ne constitue pas une
source de contamination pour son entourage.
• Diagnostic indirect :
Le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX permet de détecter la présence dans le sang d'anticorps dirigés
contre les constituants des Salmonella :
▪ Anticorps anti-O : apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur maximum vers le 14e jour, restent
ensuite en plateau jusqu'à la 4e semaine puis disparaissent rapidement.
▪ Anticorps anti-H : apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement pour atteindre un maximum vers
le 14e jour, restent en plateau jusqu'à la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais à l'inverse des anticorps
anti O, ils ne disparaissent pas complètement.
Cependant, suite à la délicatesse de l’interprétation des résultats du sérodiagnostic de WIDAL et FELIX,

il n'est pas le premier choix dans le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde.
b- Cas de gastro-entérite et toxi-infection alimentaire :
Le diagnostic biologique repose sur l'isolement de Salmonella par coproculture. Les hémocultures et le
sérodiagnostic sont négatifs, la Salmonella restant purement digestive.
On note qu’il est essentiel de réaliser également une recherche de Salmonella dans l'aliment incriminé
dans la toxi-infection alimentaire.
IV- Shigella :
Shigella est une entérobactérie, dont les caractères essentiels sont :

• Immobile,
• VP négatif,
• Citrate négatif,
• H2S négatif.
Les Shigella sont classées en 4 espèces, divisées en sérotypes sur la base de l’antigène O :
• Groupe A : S. dysenteriae : il en existe 10 sérotypes différents, dont le type 1 s'appelle le bacille de
Shiga. Celui-ci produit aussi une exotoxine protéique qui provoque des troubles paralytiques chez
les sujets atteints.
• Groupe B : S. flexneri : comporte 6 sérotypes.
• Groupe C : S. boydii : composé de 15 sérotypes qui sont très répandus en Afrique,
• Groupe D : S. sonnei : il existe un seul type.
1- Habitat :
Shigella n’appartient pas à la flore commensale chez l’homme, toutes les espèces sont pathogènes et
spécifiques du tube digestif. Elles sont éliminées dans les selles et dispersées dans les sols et les eaux où
elles ne survivent que peu de temps.
a- Infection :
Shigella est responsable de la dysenterie bacillaire ou la shigellose. Après pénétration par voie orale (la
dose infectante serait de l'ordre de 102 bactéries). Les Shigella envahissent la muqueuse de la partie
terminale de l'iléon et du gros intestin. Elles y forment des micro-abcès qui donnent naissance à des
ulcérations superficielles qui saignent et se recouvrent d'une pseudo-membrane faite de mucus, de débris
cellulaires, de leucocytes et de Shigella.
Les sujets atteints de shigellose se plaignent de douleurs intestinales paroxystiques (coliques), de diarrhée
et de fièvre. Les selles sont liquides, glaireuse (contiennent du mucus), avec présence du pus et du sang.
La virulence est liée à la présence de plasmides codant pour des protéines nécessaires à la phagocytose
par les cellules M des plaques de Peyer et à la multiplication intracellulaire, et au passage de cellule à
cellule. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine à activité entérotoxique et neurotoxique,
responsable du syndrome hémolytique urémique (SHU).
• Hémoculture : inutile vu qu’il est très rare qu'il y ait passage de Shigella dans le sang, ainsi le test est
le plus souvent négatif.
• Coproculture : il s’agit d’un examen macroscopique à la recherche des éléments de présomption :

présence de mucus, de sang et de pus, et d’un examen microscopique qui vise l’isolement de Shigella sur
des milieux sélectifs (milieu SS, milieu Hektoen, gélose de Mac Conkey) à 37 °C.
L'identification de Shigella cible les caractères biochimiques et l’antibiogramme en raison de la fréquence

de la résistance acquise aux antibiotiques (les plasmides de résistance aux antibiotiques ont été découverts
chez Shigella).
V- Yersinia
Yersinia est une entérobactérie, dont les caractères essentiels sont :

• Immobile,
• Aero-anaérobie facultative,
• Gaz négatif,
• ONPG positif,
• VP positif,
• Mannitol positif,
• Uréase positive,
• Citrate négatif,
• H2S négatif.
Ce genre comporte plusieurs espèces parmi lesquelles : Yersinia pestis, Yersinia pseudotuberculosis et
Yersinia enterocolitica.
1- Habitat :
Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme. Le réservoir est essentiellement des rongeurs
sauvages ou des rats domestiques. L'agent vecteur est la puce du rat qui contamine animaux et hommes
par piqûre. Il peut exister une transmission interhumaine par la puce de l'homme, ou par voie aérienne en
cas de forme pulmonaire.
Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis, trouvées chez l'animal (rongeurs) et dans

l'environnement (sol, eaux), surtout les agents d'infections animales et rarement d'infections humaines.
a- Pour Yersinia pestis :
La bactérie se multiplie au point d'inoculation (vésico-pustule), puis se propage par voie lymphatique et
se multiplie dans le ganglion lymphatique satellite au niveau des macrophages en donnant naissance à des
adénopathies suppurées ou bubons.
En absence de traitement, l'évolution vers la septicémie est très probable. La forme septicémique peut être
à l'origine d'une localisation pulmonaire secondaire. La transmission aérienne, peut être à l'origine de cas
de peste pulmonaire primitive chez d’autres sujets.
La peste bubonique se présente comme l'association d'un syndrome infectieux sévère, d'un syndrome
toxique (endotoxine) et du bubon douloureux. La peste pulmonaire se présente comme l'association d'un
syndrome infectieux sévère et de signes respiratoires intenses (dyspnée, cyanose) rapidement mortelle.
b- Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis :
La bactérie pénètre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions mésentériques au niveau des
macrophages. La septicémie est envisageable chez le sujet fragilisé.
Y. pseudotuberculosis est responsable d’une adénite mésentérique chez le sujet jeune à symptomatologie
pseudo-appendiculaire. Une infection à Y. enterocolitica montre un début brutal, associé à une diarrhée
intense, des vomissements, des douleurs abdominales et la fièvre.
• Pour Y. pestis : en cas d'épidémie, le diagnostic est clinique. En période d'endémie, le diagnostic repose
sur la mise en évidence des bactéries par culture du produit de ponction du bubon et par hémoculture.
• Pour Y. enterocolitica et Y. pseudotuberculosis : consiste en la mise en évidence du bacille dans les

ganglions mésentériques ou les selles en cas de diarrhée. Il existe un sérodiagnostic par agglutination.
La culture peut se faire su milieu usuel ou sur milieu sélectif (Gélose Mac ConKey, Gélose Hektoen et
Gélose Yersinia CIN). Yersinia est une bactérie psychrophile, il est préférable d’incuber à une température
de 28 °C, vu que les autres entérobactéries se développent à une température de 37 °C.
VI- Autres entérobactéries commensales
1- Proteus mirabilis
Une espèce qui appartient aux entérobactéries, et dont les caractéristiques biochimiques sont :
• Très mobiles (envahissement des milieux de culture),
• Tryptophane désaminase positive,
• Résistance naturelle à la colistine.
a- Habitat :
Un commensal du tube digestif, il est présent dans l'eau et les sols.
b- Pouvoir pathogène :
Proteus mirabilis appartient à la flore commensale, qui lorsqu’il quitte l’intestin provoque des infections
urinaires. Il peut être transmise par des cathéters contaminés (notamment par des sondes urinaires) ou par
inoculation parentérale accidentelle.
Proteus mirabilis occupe la seconde place après E. coli, dans l'étiologie des infections urinaires (10 % des
cas). Il est connu pour provoquer des lithiases rénales, des cystites et des pyélonéphrites. En effet, suite à
sa possession d’une uréase capable de transformer l'urée en ammoniaque, alcalinisant l'urine. Le pH
alcalin va favoriser la précipitation du calcium retrouvé dans l'urine, formant alors des cristaux qui
peuvent entraver le bon fonctionnement de l'arbre urinaire.
c- Diagnostic bactériologique :
La culture de P. vulgaris peut se faire sur milieux empiriques à 37 °C. Il se développent sur gélose nutritive
et gélose au sang et envahisse la gélose en formant des vagues concentriques (swarming).
L’identification par l’antibiogramme montre généralement qu’il est sensible aux antibiotiques.
2- Klebsiella
Un genre appartenant aux entérobactéries, et dont la principale espèce est Klebsiella pneumoniae. Ces
caractères biochimiques sont :
• Immobile,
• Aérobie-anaérobie facultatif,
• Lactose positif,
• Gaz positif,
• VP positif,
• Indole négatif,
• Citrate positif,
• Uréase positive.
a- Habitat :
K. pneumoniae est retrouvée au niveau des voies aériennes supérieures et du tube digestif de l’homme
(chez 30 % des individus) et des animaux à sang chaud ; sa présence dans l’eau peut signer une
contamination fécale. Elle peut être rencontrée dans l’environnement (sol, végétaux).
Au cours des infections nosocomiales, le tube digestif des patients hospitalisés et les mains du personnel
sont les deux sources principales de contamination.
K. pneumoniae provoque des infections de type communautaires et nosocomiales :

• Infections urinaires (5 % des infections),
• Broncho-pneumopathies,
• Bactériémies,
• Infections intra-abdominales,
• Infections de sites opératoires,
• Mal perforant plantaire,
• Infections néonatales.
K. pneumoniae pousse sur tous les milieux empiriques et ceux destinés aux entérobactéries. L’incubation
se faite à 37 °C pour 18 heures. Les colonies apparaissent rondes bombées, d’aspect muqueux.
Klebsiella pneumoniae est résistante à l'ampicilline par production de pénicillinase chromosomique.
VII- Entérobactéries saprophytes :
Ce groupe est composé de bactéries occasionnelles et transitoires du tube digestif, mais surtout de
bactéries saprophytes (environnement). Dénuées de pouvoir pathogène propre, elles jouent surtout le rôle
de bactéries opportunistes lors d'infections nosocomiales (urologie, réanimation).
1- Enterobacter :
L’espèce principale est Enterobacter cloacae, dont les caractères biochimiques sont :
• Aero-anaérobie facultatif,
• Oxydase négative,
• Catalase positive,
• Lactose positif,
• H2S négatif,
• ONPG positif,
• VP positif.
a- Habitat :
Enterobacter cloacae est présent dans l’environnement et il peut être commensal du tube digestif de
l’homme et des animaux.
Il est impliqué dans les infections nosocomiales. Un germe pathogène opportuniste responsable de :
• Infections urinaires,
• Infections respiratoires,
• Suppurations diverses,
• Infections tissulaires après une plaie souillée par de la terre,
• Septicémies dues à la contamination de préparations pour nutrition parentérale conservées au
réfrigérateur ont été décrites.
Les prélèvements sont effectués chez l’homme (urine, sécrétions bronchiques, plaie ou pus, hémoculture).
Les prélèvements peuvent également être réalisés dans des aliments, du lait maternisé et l’eau de boisson.
La culture se fait sur des milieux empiriques à 37 °C. Les colonies ont l’aspect classique des colonies
d’entérobactéries, sauf qu’elles ne sont pas pigmentées.
Elle est naturellement résistante à l'ampicilline et aux céphalosporines.
2- Serratia :
Les caractères biochimiques de ce genre sont :

• Mobile,
• Aero-anaérobie facultatif,
• ONPG positif,
• H2S négatif,
• VP positif.
a- Habitat :
Ce genre est présent dans le sol, l’eau et à la surface des plantes. Il peut être commensal du tube digestif
de l’homme et des animaux.
La transmission des germes est essentiellement par ingestion d’aliments contaminés ou par contact direct.
Une transmission nosocomiale peut survenir par contact manuporté entre le personnel hospitalier et
d’autres patients.
Les bactéries de ce genre sont essentiellement impliquées dans des infections nosocomiales :
• Bactériémie,
• Pneumonie,
• Infections liées aux cathéters intraveineux,
• Ostéomyélite,
• Endocardite,
• Infections néonatales.
Les bactéries appartenant au genre Serratia peuvent être mise en culture sur des milieux usuels dépourvus
de Phosphate et incubés à 30 °C plutôt qu’à 37 °C, où elles produisent un pigment rouge à rose.
Elles sont naturellement résistantes à l'ampicilline et aux céphalosporines.
d- Citrobacter freundii :
Les caractères biochimiques de cette espèce sont :

• Mobile,
• Mannitol positif,
• ONPG positif,
• H2S positif,
• VP négatif.
a- Habitat :
Cette espèce fait partie de la flore intestinale normale, et peut se trouver dans l’environnement.
La transmission est par contact direct avec les membres du personnel hospitalier, par transmission
verticale de la mère à l’enfant ou par ingestion de matériel contaminé (voie fécale-orale), mais la
transmission directe entre humains demeure est le plus fréquent.
Un germe pathogènes nosocomial opportunistes rares qui entraîne des infections des voies urinaires, des
bactériémies et des abcès cérébraux, mais surtout des pneumonies et d’autres infections
néonatales comme la méningite, le sepsis néonatal, l’infection articulaire.
Les prélèvements peuvent être réalisés à partir des Selles humaines, abcès cérébraux, liquides cérébraux,
yeux, urine, intestins, mains et sources environnementales (sol, eau).
La culture peut être réalisée sur milieu SS à 37 °C.
d- Morganella morganii :

• Indole positive,
• ONPG négatif,
• H2S négatif,
• VP négatif,
• Gélatinase négative.
a- Habitat :
Une bactérie commensale du tube digestif des animaux et de l’homme.
Incriminée essentiellement dans les infections nosocomiales et chez les sujets immunodéprimés, et dont
la transmission est essentiellement par voie cutanéo-muqueuse :
• Infections des plaies,
• Infections materno-foetales,
• Infections alimentaires,
• Infections osseuses.
Une bactérie qui se développent sur des milieux usuels à 37 °C, en donnant de grosses colonies.
e- Providencia :

• ONPG négatif,
• H2S négatif,
• Uréase variable
• VP négatif,
• Gélatinase négative.
a- Habitat :
Trouvée dans l’environnement, et également parmi les germes commensaux transitoires chez l’homme.
Responsable de plusieurs infections :

• Gastro-entérites,
• Bactériémie.
Une bactérie qui se développent sur des milieux usuels à 37 °C.
D- Autres bacilles à gram négatif aérobies non exigeants
I- Pseudomonas :
Ce sont des bacilles fins à Gram négatif, non capsulés et mobiles. L’espèce principale est Pseudomonas
aeruginosa (ou bacille pyocyanique).
1- Habitat :
Ubiquitaires et saprophytes, ayant des exigences nutritives peu importantes et sont capables de survivre
dans l’environnement (eaux, surface, air, aliments) et particulièrement en milieu humide. Dans le milieu
hospitalier, elles peuvent contaminer des solutés pour perfusion, des solutions antiseptiques, des
préparations médicamenteuses liquides. Ces bactéries peuvent faire partie de la flore transitoire : flore
digestive, cutanée, pharyngée ; il est montré que le portage augmente avec la durée d’hospitalisation.
Des bactéries pathogènes opportunistes. Les infections pourront avoir une origine endogène ou exogène.
Dans les infections communautaires, elles sont responsables principalement de broncho-pneumopathies

évoluant sur un mode chronique dans la mucoviscidose et les affections respiratoires dues à la dilatation
des bronches ; d’otites externes, d’endophtalmies après traumatisme, suppurations à « pus bleu » des
blessures et des brûlures.
Dans les infections nosocomiales, elle est impliquée dans les pneumopathies chez les malades sous
respirateur, les infections urinaires chez les malades sondés, les infections cutanées secondaires à des
brûlures, les infections ostéoarticulaires sur matériel.
Pseudomonas aeruginosa ne présente pas une exigence particulière, elle se développe sur des milieux
empiriques.
L’isolement à partir de prélèvements plurimicrobiens peut être facilité par l’utilisation de milieux sélectifs
ou par l’incubation des milieux à 41 °C.
Les colonies apparaissent en 24 heures et sont plates, à bord irrégulier et prenant un aspect irisé métallique
avec le temps.
La confirmation pourra être apportée de façon minimum par :

• Bacille et gram- et mobile,
• Aérobie strict,
• Oxydase positive violente,
• Croissance à 41 °C,
• Résistance à la kanamycine.
Pour les souches atypiques quant à leurs caractères culturaux, la réalisation d’une identification
biochimique est lancée à l’aide de galeries : les caractères principaux sont la production d’une arginine
dihydrolase, gélatinase, nitrate réductase et l’assimilation de certains hydrates de carbone (glucose).
II- Acinetobacter :
Les Acinetobacter sont des bacilles immobiles, souvent groupés en diplobacilles courts, aérobies stricts,
non sporulés, parfois encapsulés, oxydase négative, habituellement saprophytes. L’espèce Acinetobacter
baumanii et la plus fréquemment rencontrée dans les infections humaines.
1- Habitat :
Les bactéries du genre Acinetobacter sont des bactéries ubiquistes (eau, sol, végétaux). Chez l’homme,
les Acinetobacter font partie de la flore cutanée de la peau saine, et sont souvent retrouvés dans les
localisations humides (creux axillaires, aines, espaces interdigitaux).
Les Acinetobacter sont principalement responsables d’infections nosocomiales (environ 10 % des

infections nosocomiales), septicémies, méningites, suppurations diverses, infections urinaires…
La culture se fait facilement sur des milieux usuels, et dont Acinetobacter baumanii est la seule espèce
capable de se développer à 44 °C.
III- Vibrio cholerae :
Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif, incurvés, aérobies-anaérobies facultatifs, très mobiles par
un seul cil polaire.
1- Habitat :
Vibrio cholerae se trouve dans les selles des malades et de certains sujets (porteurs sains). Il survit dans
les eaux polluées ainsi que sur les objets contaminés.
a- Infection :
Après ingestion (dose infectante importante de l'ordre de 108 bactéries), Vibrio cholerae se multiplie dans
l'intestin grêle sans traverser la paroi intestinale. Il libère une exotoxine thermolabile protéique
(entérotoxine) dont l'action déjà décrite chez E. coli (ETEC) entraîne une hypersécrétion d'eau et de
chlorures dans la lumière intestinale et inhibe la réabsorption du sodium.
Après une incubation de 1 à 4 jours, le début est brutal et marqué par des nausées, des vomissements, une
diarrhée profuse et des crampes abdominales. Les selles ressemblent à de l'eau de riz et contiennent du
mucus, des cellules épithéliales et beaucoup de vibrions. Les pertes en eau (plusieurs litres d'eau par jour)
et en électrolytes entraînent déshydratation, collapsus circulatoire et anurie. En l'absence de traitement, la
mort survient en 2 à 5 jours dans 50 % des cas environ.
Le choléra évolue souvent sous une forme mineure (simple entérite) et il y a de nombreux porteurs sains
de vibrions cholériques en zone endémique.
b- Facteur de pathogénicité :
• Entérotoxine majeure choléragène (CT) : active à des doses très faibles < 1 μg, elle agit comme la
toxine LT de E. coli.
• Mucinases : digestion du revêtement de mucus intestinal et assurer le contact de la bactérie avec les
cellules de la muqueuse.
La coproculture sur milieux sélectifs TCBS alcalins (pH 8,5 à 9,2) et à 30 % de NaCl. Les colonies sont
rondes, bleutées, transparentes. L’identification vise l'aspect microscopique des bacilles, l'oxydase
positive et l'agglutination sur lame avec les sérums spécifiques.
E- Bacilles anaérobies sporulés :
Les bacilles anaérobies sporulés appartiennent tous au genre Clostriduim. La plupart d’entre eux
décomposent les protéines ou produisent des toxines, et certaines font les deux. Leur habitat naturel est le
sol ou le tube digestif des animaux et de l’homme. La plupart des espèces sont des saprophytes. Parmi les
pathogènes, les principaux sont les Clostridia botulisme, du tétanos et de la gangrène gazeuse.
I- Clostridium botulinum :
1- Habitat :
Clostridium botulinum est une bactérie tellurique que l'on peut trouver occasionnellement dans l'intestin
des animaux. Ses spores peuvent contaminer les légumes, les fruits et d'autres produits.
Actuellement, le principal danger réside dans les conserves familiales, notamment de haricots verts, petits
pois, les poissons fumés, les poissons frais gardés sous vide et le jambon cru. On considère qu'il y a en
moyenne 20 à 50 cas déclarés par an.
a- Infection :
C. botulinum ne provoque pas habituellement d'infection chez l'homme bien qu'il ait été
exceptionnellement impliqué dans le botulisme.
Généralement, le botulisme est une intoxication qui résulte de l'ingestion d'aliments contaminés par des
spores de C. botulinum qui ont germé et ont produit de la toxine.
L'incubation de la maladie est courte, 18 à 96 heures, et elle est plus courte que la quantité de toxine
absorbée est plus importante.
Les signes cliniques sont essentiellement neurologiques, qui se manifestent par des paralysies flasques
bilatérales et symétriques : accommodation (constantes) et des muscles extrinsèques de l'œil, et des
muscles bucco-pharyngés, entraînant une dysphagie, une paralysie de la déglutition et des difficultés
d'élocution. Les troubles digestifs sont également envisageables (nausées, vomissements, constipation).
En cas d’ingestion d’une quantité élevée de toxine, les signes de paralysie bulbaire sont progressifs, le
malade restant parfaitement conscient, et la mort survient par paralysie respiratoire et arrêt cardiaque.
Dans les formes non mortelles, l'évolution dure en général 4 semaines, la régression des signes
paralytiques se faisant dans l'ordre inverse de leur apparition et ne laissant pas de séquelles. Les malades
qui guérissent n'ont pas d'anticorps sériques anti-toxine botulinique (maladie non immunisante).
Les toxines botuliniques sont parmi les substances les plus toxiques connues (1 mg contient plus de 20
millions de doses minima mortelles (DMM) pour la souris). Ce sont des neurotoxines qui agissent en
inhibant la synthèse ou la libération d'acétyl-choline au niveau des synapses et des plaques neuro-
musculaires, d'où la paralysie flasque.
Les toxines botuliniques sont de nature protéique. On distingue 6 variétés antigéniques (A, B, C, D, E, F),
dont A, B, E sont toxiques chez l'homme. Elles sont antigéniques, et peuvent être transformées en
anatoxines et être neutralisées par des immunsérums (anti-toxines). Elles sont détruites par un chauffage
de 10 minutes à 100 ºC.
La toxine botulinique est synthétisée par la bactérie au cours de sa croissance sous forme inactive. Lors
de la mort bactérienne, elle subit une protéolyse qui la met sous forme active.
Il est essentiellement clinique avec un signe d'atteinte du système nerveux. Il est également essentiel de
rechercher d'autres cas dans l'entourage immédiat ou non (> 70 %).
Ainsi, en supposant l'existence d'un aliment contaminé et la possibilité d'observer plusieurs cas, il convient
de rechercher la toxine dans le sang, les selles, vomissements des malades et dans l'aliment incriminé par
l’épreuve de séro-neutralisation chez la souris. Cette technique consiste à injecter les échantillons prélevés
puis dilués à des souris de laboratoire au niveau intrapéritonéal. Si l’échantillon contient la toxine, les
souris vont développer les symptômes du botulisme tels qu’une faiblesse des muscles et une détresse
respiratoire. Les symptômes apparaissent généralement une journée après l’injection mais cela peut
prendre parfois plus de temps. Ensuite, le type de toxine est déterminé par une méthode de neutralisation
de la toxine. Pour cela, des antitoxines spécifiques à un type de toxine ont été administrées aux souris. Si
l’antitoxine correspond à la toxine de l’échantillon, les souris ne développent pas de botulisme. Les
résultats sont obtenus sous 1 à 4 jours. Cette méthode possède une très bonne spécificité et sensibilité.
II- Clostridium tetani :
1- Habitat :
Clostridium tetani, se retrouve partout dans le sol où il survit sous sa forme sporulée. C’est une espèce
commensale du tube digestif de plusieurs espèces animales (cheval, bovins, ovins), elle est éliminée par
les selles et sporule sur le sol. C. tetani est particulièrement abondant dans les zones de pacage des
animaux et à l'emplacement des anciennes écuries.
a- Infection :
Clostridium tetani n'est pas un germe invasif. L'infection reste strictement limitée dans les tissus (blessure,
brûlure, cordon ombilical ligaturé, suture chirurgicale) où les spores ont été introduites.
La germination de la spore et la multiplication des formes végétatives qui vont produire la toxine tétanique
nécessitent :
• Tissus nécrosés (anaérobiose),
• Présence d'un corps étranger,
• Présence de bactéries pyogènes qui maintiennent un potentiel d'oxydoréduction bas.
L'incubation dure de 4-5 jours à plusieurs semaines. La toxine formée pénètre dans l'axone et gagne le
système nerveux central. Elle se fixe sur les gangliosides de la moelle épinière et du cerveau, où elle
empêche la libération d'un inhibiteur des synapses des neurones moteurs. Il en résulte des réactions
exagérées et des spasmes violents des muscles en réponse à toute stimulation.
La maladie clinique commence par des spasmes musculaires de la zone blessée et par des contractures
douloureuses des masseters (trismus) de sorte que le sujet ne peut plus ouvrir la bouche. Progressivement,
les autres muscles de la musculature volontaire sont atteints. Des contractures douloureuses plus ou moins
généralisées peuvent se produire. Le malade reste conscient, sa température est élevée. La mort survient
souvent par asphyxie aiguë au cours d'un spasme laryngé.
b- Facteur de pathogénicité :
La toxine élaborée par C. tetani est produite durant sa croissance et aussi libérée par l'autolyse bactérienne.
La toxine est une protéine, antigénique, qui contient deux facteurs :

• Tétanolysine : responsable de l'hémolyse, de la nécrose et qui est cardiotoxique,
• Tétanospasmine : composée du fragment A (toxique) et du fragment B (antigénique), qui est le

facteur essentiel de la toxicité neurologique.
La toxine tétanique peut être transformée en anatoxine par l'action du formol et de la chaleur.
Le diagnostic clinique repose sur la constatation des contractures et la notion de blessure antérieure. La
recherche de Clostridium tetani dans les tissus contaminés n'a aucun intérêt diagnostique ou
thérapeutique.
III- Clostridium perfringens :
1- Habitat :
C. perfringens est présent dans le sol, dans le tube digestif de l'homme et des animaux. On le trouve dans
les voies génitales féminines dans 5 % des cas.
a- Infection :
A partir d'une plaie contaminée, l'infection s'étend en 1 à 3 jours. Clostridium perfringens est responsable
de la gangrène gazeuse qui se manifeste comme un phlegmon gazeux avec crépitation et nécrose
progressive, fièvre, hémolyse, syndrome toxique, choc, puis la mort survient rapidement. Avant
l'apparition des antibiotiques, l'amputation était le seul traitement possible.
Certaines souches de C. perfringens provoquent des intoxications alimentaires avec diarrhée profuse qui
durent de 1 à 3 jours, par un mécanisme similaire à celui de l'entérotoxine de E. coli.
• Phospholipase (lécithinase) : désorganise les membranes cellulaires, en particulier musculaires. Elle a

également un effet hémolytique.
• Désoxyribonucléase (DNase) : une hyaluronidase et une collagénase dont l'action favorise l'extension
de l'infection.
• Entérotoxine : une toxine thermolabile et de structure voisine de l’entérotoxine d’E. coli. Elle est
responsable d’intoxication alimentaire.
C. perfringens se caractérise des autres Clostridia par son immobilité et l'existence d'une capsule. En
culture, il est fortement hémolytique et produit une quantité importante de gaz par fermentation (gangrène
gazeuse).
• Prélèvements : de tissu, de pus et de sérosités au niveau de la plaie. Hémocultures au cours des

syndromes septicémiques.
• Examen microscopique : la présence de grands bacilles à Gram positif, éventuellement sporulés, est
très évocatrice.
• Culture : sur gélose au sang placée en atmosphère anaérobie et sur bouillon anaérobie (jarre
anaérobiose). L'hémolyse, la production importante de gaz et l'inhibition de l'effet de la lécithinase
(observés lors de culture sur gélose au jaune d'œuf) par le sérum spécifique rendent le diagnostic
bactériologique aisé.
IV- Clostridium difficile :
1- Habitat :
Une bactérie retrouvée dans l’environnement (sol, eau) ainsi que dans l’intestin de l’homme et de celui
de nombreuses espèces animales.
a- Infection :
La transmission de C. difficile se fait par voie féco-orale, par l’intermédiaire de l’environnement et des
mains du personnel soignant qui peuvent être souillées après un contact avec un patient atteint d’infection
à C. difficile (ICD). L’environnement joue un rôle majeur dans la transmission. En effet, les spores sont
résistantes aux détergents et désinfectants habituellement utilisés dans les hôpitaux (i.e. ammoniums
quaternaires) et peuvent persister pendant des semaines voire des mois sur les surfaces inertes. La
promiscuité des patients, la pression antibiotique, la pression de colonisation et tout retard à la mise en
place des précautions contact sont également des facteurs qui favorisent la transmission de C. difficile.
Après l'administration prolongée de certains antibiotiques (beta-lactamines, lincosamines), certains sujets

font des colites pseudomembraneuses. Celles-ci sont consécutives à la sélection par les antibiotiques de
Clostridium difficile qui est naturellement résistant aux antibiotiques et qui, en proliférant dans le colon,
produit une toxine nécrosante. L'évolution peut être mortelle si on n'arrête pas immédiatement
l'antibiothérapie et si on n'administre pas, par voie orale, un antibiotique actif sur C. difficile.
• Adhésines.
• Enzymes hydrolytiques et protéolytiques.
• Toxine A et toxine B : responsables d’une réaction inflammatoire intense aboutissant à la nécrose des
entérocytes.
• Toxine binaire ou ADP-ribosyl transférase spécifique de l’actine : favorise l’action des toxines A et B.
L’infection à C. difficile est définie par un tableau clinique compatible avec l’infection, associé à la preuve
microbiologique de la présence dans les selles d’une souche de C. difficile productrice de toxines, sans
autre cause évidente de diarrhée.
Il existe de nombreuses méthodes de diagnostic :

• Détection des toxines libres dans les selles : test de cytotoxicité des selles et tests immuno-enzymatiques
pour la détection des toxines A et B. Technique spécifique mais peu sensible,
• Détection des gènes codant ces toxines (méthodes moléculaires),

• Détection de la capacité de la bactérie à produire in vitro des toxines (culture toxigénique),
• Détection d’une enzyme spécifique de C. difficile, la glutamate deshydrogénase (GDH) par des
méthodes immuno-enzymatiques ou immuno-chromatographiques.
F-Mycobactéries :
Le genre Mycobacterium regroupe les espèces aérobies, à paroi riche en lipides, acido-alcoolo résistantes
(elles ne se colorent pas facilement mais qui, une fois colorées, elles résistent à la décoloration par l'acide
et l'alcool) et à croissance lente.
Le genre comprend de nombreuses espèces saprophytes ou commensales et des espèces pathogènes dont
les deux principales. Globalement on distingue trois groupes au sein des mycobactéries :
• Mycobactéries responsables de la tuberculose : l’espèces principale est Mycobacterium tuberculosis.
On y trouve également Mycobacterium bovis et Mycobacterium africanum.
• Mycobactéries responsables de la mycobactériose : on y trouve les mycobactéries atypiques.
• Mycobactéries responsables de la lèpre : ce groupe comporte Mycobacterium leprae.
I- Mycobacterium tuberculosis :
1- Habitat :
M. tuberculosis ou bacille de Koch est un parasite strict de l'espèce humaine. La transmission

interhumaine est habituellement directe et se fait par voie aérienne. On peut l’isoler de façon transitoire
dans l’environnement, car il peut survivre au froid et à la dessiccation.
M. tuberculosis est très sensible à la chaleur, à la lumière solaire, aux rayons X, aux UV, à l’eau de javel
et à l’alcool. Toutefois, il résiste au froid (vit plusieurs années à -70 °C) et résiste à la dessiccation.
La contamination est le plus souvent d’un contact avec un tuberculeux pulmonaire, où M. tuberculosis
contenu dans les gouttelettes est inhalé et atteint l'alvéole pulmonaire. La transmission alimentaire
concerne la tuberculose à Mycobacterium bovis par le cheptel non contrôlé et le lait non pasteurisé.
La maladie résulte de la multiplication du bacille et de ses interactions avec l'hôte infecté (activation des
lymphocytes T et des macrophages). M. tuberculosis ne produit pas de toxines.
L’infection par les bacilles de Koch peut se résumer en deux étapes majeures :
• Primo-infection tuberculeuse :
▪ S'observe essentiellement chez l'enfant non vacciné par le BCG.
▪ Longue incubation entre 1 et 3 mois.
▪ Dans moins de 10 % des cas, le patient peut présenter des signes cliniques.
▪ Evolution généralement vers la guérison lorsqu'elle est reconnue et traitée correctement.
• Tuberculose miliaire :
▪ Correspond à la dissémination de l'infection par voie sanguine au niveau de différents organes.
▪ Prend départ à partir du foyer de la primo-infection,
▪ Commence 3 à 6 mois après l’infection.
▪ Survient à l'occasion d'un élément déclenchant (infection grave, intervention chirurgicale).
▪ Le début est le plus souvent progressif par une fièvre modérée, suivie des signes généraux telle la
perte d'appétit, amaigrissement, fatigue, agitation nocturne et somnolence le jour.
▪ Signes cliniques observés varient en fonction de l'organe atteint :
 Atteinte pulmonaire : tachypnée, toux, atteinte de la plèvre qui entoure les poumons, complication
en hémoptysies (crachats de sang) et insuffisance respiratoire.
 Atteinte neurologiques et méningées : maux de tête, troubles psychiques.
 Atteintes abdominales : douleurs abdominales, diarrhée, épanchement liquidien dans l'abdomen.
 Atteintes cardiaques.
 Atteintes urinaires : complication en rétrécissement des voies urinaires.
 Atteintes osseuses : mal de Pott infection tuberculeuse des disques intervertébraux et vertèbres.
• Prélèvements :
▪ Forme pulmonaire : expectoration matinale ou crachats, tubage gastrique chez l’enfant ou la

femme. Il faut répéter les prélèvements pendant 3 jours
▪ Forme génito-urinaire : un prélèvement d’urine pendant 3 jours consécutifs
▪ Autres formes : le prélèvement dépend de la localisation : ponction, biopsie….
• Observation microscopique : M. tuberculosis est un bacille immobile sans capsule et sans spore. Après
coloration de Ziehl-Neelsen (fuchsine phéniquée à chaud, décoloration par acide-alcool, recoloration par
le bleu de méthylène), il apparaît comme un bacille rouge légèrement incurvé, à extrémités arrondies.
• Culture : M. tuberculosis ne pousse pas sur les milieux usuels. Il nécessite des milieux très enrichis. Le
plus employé est un milieu à l'œuf, le milieu de LOEWENSTEIN-JENSEN. Sur ce milieu il donne des
colonies de teinte crème-beige, sèches, à surface rugueuse. Les colonies n'apparaissent qu'en 21 jours en
moyenne (temps de division de M. tuberculosis = 20 heures).
• Identification biochimique : M. tuberculosis est aérobie strict. Il est catalase positive, nitrate positif.
Au cours de sa croissance il synthétise une quantité importante d'acide nicotinique ou niacine qui peut
être mise en évidence par une épreuve biochimique, le test de KONNO ou niacine-test. La positivité de
cette épreuve est spécifique de M. tuberculosis.
• Méthodes moléculaires : une sonde à ADN correspondant à une séquence ribonucléotidique spécifique
(ARN ribosomal) du complexe tuberculosis est aujourd'hui disponible. Elle permet d'identifier en
quelques heures les bacilles de la tuberculose isolés en culture.
L’intradermoréaction à la tuberculine (IDR) ou test de Mantoux : utilisé pour dépister la tuberculose et

éventuellement pour tester l'efficacité du vaccin BCG (Bilié de Calmette et Guérin). 10 unités de
tuberculine (0,1 ml) injectées par voie intradermique au niveau de l’avant-bras. La lecture se fait au bout
de 72 heures. Elle permet uniquement de savoir si le sujet a ou non déjà été infecté soit d'une manière
spontanée (primo-infection par M. tuberculosis), soit d'une manière artificielle (vaccination par le BCG).
Ainsi, à 72 heures après l'injection de tuberculine, la peau est inspectée. La réaction est dite positive si
une zone rouge enflée apparaît. En fonction de la taille de l'induration, on peut déterminer si le patient est
infecté :
• Si la zone d'induration est inférieure à 5 mm : l'IDR est considérée comme négatif, le patient n'a pas
été en contact avec le bacille ou la vaccination n'est pas efficace dans son cas.
• Si la zone d'induration est comprise entre 5 et 10 mm : l'IDR est considérée comme positif et reflète
une bonne réponse à la vaccination.
• Si la zone d'induration est supérieure à 10 mm : l'IDR est positive et se révèle en faveur d'une
infection récente.
II- Mycobactéries atypiques :
Les mycobactéries atypiques sont des parasites des animaux (M. avium, M. marinum...), alors que d'autres
sont saprophytes (M. gordonae, M. chelonae, M. flavescens...). Elles sont habituellement isolées en tant
que contaminant des cultures.
Les mycobactéries atypiques peuvent se multiplier chez l'homme et provoquer des maladies simulant la
tuberculose que l'on appelle mycobactérioses. Celles-ci apparaissent essentiellement chez les sujets
présentant un déficit immunitaire local (lésions cavitaires pulmonaires résiduelles) ou général de nature
thérapeutique (greffés) ou pathologique (cancer, SIDA).
Leur diagnostic est purement bactériologique. M. avium est la mycobactérie atypique la plus souvent
isolée chez les malades atteints de SIDA, chez lesquels elle est à l'origine d'infections généralisées
septicémiques. L'hémoculture est alors le meilleur moyen de faire le diagnostic.
Le traitement des mycobactérioses est très difficile en raison de l'habituelle résistance naturelle des
mycobactéries atypiques aux antibiotiques antituberculeux. La clarithromycine, un nouveau macrolide
proche de l'érythromycine, est cependant actif sur M. avium.
III- Mycobacterium leprae :
Les Bacilles de Hansen sont des bâtonnet rouge (coloration de Ziehl-Neelsen), intracellulaire (pénétration,
multiplication), non cultivable in vitro, mais inoculable à la souris.
1- Habitat :
Le réservoir de M. leprae est l’homme malade, en étant éliminé par la muqueuse nasale et la peau en cas
de plaie ou d’ulcération. Ainsi, M. leprae est considéré comme un bacille spécifiquement humain. Mais
il existe des preuves de réservoir animal.
La transmission de M. leprae est essentiellement directe. Le portage nasal (mouchage, crachats, aérosol)
est à l'origine de la dissémination. La voie de pénétration peut être cutanée, mais c'est la voie respiratoire
qui joue un rôle prépondérant.
La lèpre se caractérise par une atteinte cutanée et nerveuse, dont l’expression dépend de sa forme et de
son évolution :
• Lèpre tuberculoïde : présente des taches cutanées et des troubles névritiques avec épaississement des
trajets des nerfs périphériques. Cette forme est peu contagieuse et moins évolutive et peu bacillaire.
• Lèpre lépromateuse : très contagieuse, montre des atteintes cutanéo-muqueuses avec des papules
apigmentées ou érythémateuses avec une infiltration des tissus caractérisée au visage par le faciès léonin.
Les troubles trophiques entraînent progressivement une atrophie musculaire et une lyse osseuse des
extrémités conduisant à des mutilations spontanées.
Le diagnostic de la lèpre est clinique et le rôle du laboratoire est de mettre en évidence le bacille après
l'examen microscopique des prélèvements cutanés de la cultiver et de mesurer sa sensibilité aux
antibiotiques chez la souris, vu l’impossibilité de sa culture in vitro.
G- Spirochètes :
Les spirochètes sont des micro-organismes spiralés (hélicoïdaux), flexibles, à parois très minces. Ils se
déplacent par ondulations du filament axial qui est constitué par deux ou trois touffes de flagelles polaires
(les fibrilles) situées entre la membrane cytoplasmique et la paroi cellulaire.
Les spirochètes sont des bactéries très répandues. Certains sont des commensaux des muqueuses
humaines, notamment des muqueuses buccales, digestives et génitales. D'autres, qui sont pathogènes, sont
rangés dans les genres Treponema, Borrelia et Leptospira.
I- Treponema :
On distingue quatre espèces au sein du genre Treponema qui sont pathogènes pour l'homme :
• Treponema pallidum : agent de la syphilis,
• Treponema pertenue : agent du pian (lésions cutanéo-osseuses chez les enfants),
• Treponema carateum : agent de la pinta (maladie cutanée qui frappe les enfants et adolescents),
• Treponema pallidum endemicum : agent du Béjel (maladie cutanéo-muqueuse qui touche les enfants et
adultes des régions désertiques).
Treponema pallidum possède des spires qui sont régulièrement espacées les unes des autres de 1µm. Sa
mobilité est caractéristique : rotation et flexion sinusoïdales. Elle ne se colore pas bien par les colorants
habituels. On l'observe habituellement à l'état frais au microscope à fond noir, ou après coloration spéciale
(immunofluorescence, imprégnation argentique).
1- Habitat :
Les espèces du genre Treponema sont strictement humain.
Treponema pallidum est responsable de la syphilis, qui est une maladie strictement humaine. L'infection
humaine est habituellement transmise par contact sexuel et, dans la plupart des cas, la lésion infectante
siège sur la peau ou la muqueuse des organes génitaux. Toutefois, dans 10 % des cas, la lésion primaire
est extra-génitale (buccale, rectale).
L’incubation dure 3 semaines en moyenne (2 à 10 semaines). Les tréponèmes se multiplient au point

d'inoculation mais certains d'entre eux essaiment jusqu'aux ganglions lymphatiques, et ainsi la grande
circulation. On distingue trois phases pour la syphilis :
• Phase primaire : elle correspond au chancre syphilitique, qui consiste en une papule qui donne
rapidement naissance à une ulcération superficielle, indolore, reposant sur une base indurée. Elle
s'accompagne d'adénopathies satellites. Le chancre et les adénopathies satellites sont riches en
tréponèmes. En cas d’absence de traitement, le chancre guérit spontanément en 3 à 6 semaines, les
adénopathies un peu plus tard.
• Phase secondaire : elle apparait 2 à 10 semaines plus tard (2 mois après le comptage). Elle consiste
surtout en une éruption maculopapuleuse rosée qui peut siéger n'importe où sur le corps et l'apparition
de papules plus pâles siégeant dans la région ano-génitale, le creux axillaire et la bouche. On peut aussi
observer des signes de méningite, chorio-rétinite, hépatite, néphrite et périostite. Toutes les lésions
secondaires sont riches en tréponèmes, donc contagieuses. Elles accompagnent une importante
septicémie tréponémique. Elles guérissent spontanément mais des rechutes peuvent se produire pendant
3 à 5 ans. Les phases primaire, secondaire constituent la phase précoce ou bactériologique de la maladie.
• Phase tardive : dans certains cas, la maladie va évoluer d'une manière asymptomatique vers un stade
tertiaire caractérisé par le développement de lésions granulomateuses - les gommes - de la peau, des os
et du foie, et des lésions dégénératives du système nerveux central (paralysie générale, tabès) ou du
système cardiovasculaire (aortite, insuffisance aortique).
La syphilis congénitale correspond à la syphilis acquise intra-utero. Elle peut entraîner l'avortement, la
mort du fœtus, ou encore, si l'enfant est vivant, des lésions de syphilis congénitale qui peuvent être du
type précoce (bulles, ragades, floraison) ou d'emblée de type tardif : kératite, malformations dentaire et
nasale, périostite et des anomalies du système nerveux central.
• Prélèvement : consiste en des frottis de la sérosité dermique du chancre et des lésions secondaires
provoquées par grattage des lésions avec un vaccinostyle pour recherche microscopique du germe, et des
prélèvements de sang pour recherche des anticorps (sérodiagnostic).
La recherche du tréponème se fait soit par :
• Examen au microscope à fond noir : une goutte de sérosité dermique est placée sur une lame puis
recouverte d'une lamelle. Examinée à l'objectif à immersion, la préparation permet de mettre en évidence
des tréponèmes typiques, mobiles. Cette observation doit être faite immédiatement après le prélèvement
qui doit être effectué au laboratoire.
• Immunofluorescence : la sérosité dermique est étalée sur une lame, séchée, fixée et colorée par un
sérum antitréponémique marqué par la fluorescéine. Examinée au microscope à fluorescence, on observe
des tréponèmes colorés en vert, non déformés mais bien entendu immobiles.
Les tréponèmes disparaissent des lésions quelques heures après le début du traitement antibiotique.
II- Borrelia :
Sont des bactéries irrégulièrement spiralées responsables des fièvres récurrentes (ou borrélioses).
1- Habitat :
Les rongeurs sauvages sont les réservoirs de la bactérie.
2- Infection :
Les agents de transmission sont les pous ou les tiques. Après la morsure (indolore) de la tique infectée,
Borrelia va diffuser à travers la peau et quelquefois se retrouve dans le sang et les tissus grâce la salive
de la tique.
Les symptômes habituels sont ceux évoquant un état grippal s’accompagnant de frissons, de fièvre, de
maux de tête, ou encore d'arthralgies. Le signe le plus caractéristique de l’infection est la présence d’une
tâche cutanée ronde, érythémateuse à l’endroit de la piqûre de tique.
Borrelia est responsable de la maladie de Lyme qui se traduit par une septicémie avec tuphos, arthralgies,
signes méningés et parfois par des hépatospléniques et rénaux. La courbe thermique traduit un état fébrile
brutal, faisant se succéder des phases fébriles et des phases d'apyrexie.
Le diagnostic de la maladie se fait par la mise en évidence du germe à l'examen microscopique du sang
(centrifugation, goutte épaisse). La technique par Western-blot permet de caractériser une réponse
anticorps à divers antigènes (OspC, flagelline…).
III- Leptospira :
Les leptospires sont des spirochètes responsables de la leptospirose ictéro-hémorragique/maladie de Weil.
1- Habitat :
Les réservoirs de germes sont les rongeurs (rat, souris), mais aussi les chiens, les porcs et les
bovidés qui éliminent le germe dans leurs urines.
La contamination humaine se fait par absorption d'eau ou d'aliments contaminés, ou par voie muqueuse
ou cutanée (maladie des égoutiers). La maladie se traduit par une hépato-néphrite avec atteinte méningée.
Son diagnostic biologique est surtout sérologique (sérodiagnostic ou la microagglutination de Martin et

Petit). Il consiste à rechercher dans le sang du patient des anticorps anti-leptospirose. La sérologie devient
positive après 7 à 10 jours d’évolution de la pathologie. En effet, les IgM apparaissent entre le 7ème et le
10ème jour et persistent plusieurs semaines.
Virologie
L
es virus sont des acaryotes, qui n’ont pas le statut cellulaire. Ils ont une structure beaucoup plus
simple que les cellules eucaryotes et procaryotes. Sur le plan de l’échelle de l’évolution, leurs
structures se situent à la limite entre le « non vivant » et le « vivant ».
Les virus se multiplient uniquement à l’intérieur de la cellule-hôte humaine, animale, végétale ou

bactérienne. En effet, les virus sont incapables de mener une croissance indépendante et ne peuvent se
multiplier qu’à l’intérieur des cellules qu’ils infectent, en détournant à leur profit les systèmes cellulaires,
grâce à l’information génétique portée par leur génome. Ainsi, ils sont de stricts parasites (parasites
obligatoires).
A- Caractérisation des virus :
I- Structure :
La forme virale peut être variable : le bâtonnet pour le virus de la mosaïque du tabac, la balle pour le virus
de rage, la sphère pour le virus de grippe et les arbovirus, le spermatozoïde pour les phages.
La taille de la particule virale ou le virion est défini à l’aide de la microscopie électronique et des autres
moyens. Elle varie de 20 nm (le poliovirus ou le virus polyomyélitique) jusqu’à 350 nm (le virus de la
variole ou les poxvirus).
Le virus est formé des composants suivants :

• Nucléoïde : Soit de l’ADN soit de l’ARN, mais jamais les
deux à la fois.
• Capside : une coque protéique entourant l’acide nucléique,
• Nucléocapside : L’ensemble capside et nucléoïde,
• Supercapside : Formée avec la participation de la membrane
de la cellule-hôte, elle contient beaucoup de lipoprotéines et
de glycoprotéines.
La capside et la supercapside déterminent plusieurs propriétés chez les virus, telles que les propriétés
antigéniques et immunogènes, la défense des virions contre les facteurs de milieu, l’interaction avec la
cellule et d’autres qualités.
II- Classification :
La classification des virus est basée premièrement sur le type d’acide nucléique (ADN ou ARN).
Toutefois, il existe une classification plus détaillée, qui est liée aux particularités discriminantes du virus :
• Cellules infectées : animaux, plantes, bactéries…
• Maladies associées ou leur mode de transmission : virus des hépatites, virus transmis par les arthropodes,
• Mode de reproduction (réplication) : réplication cytoplasmique ou nucléaire, retrovirus,
• Niveau de complexité biochimique et morphologique de virion :

▪ Virus simples : possèdent une nucléocapside qui est le complexe de l’acide nucléique avec la capside
(virus de poliomyélite, adénovirus).
▪ Virus complexes : possèdent en plus de la capside, une enveloppe supplémentaire appelée la
supercapside (virus de la variole, arbovirus ou togavirus).
III- Infection virale :
On distingue trois grandes modalités de l’infection virale :
1- Cycle lytique :
La principale modalité d’infection chez les virus. Elle représente la multiplication virale dans la cellule
avec la formation de nouvelles particules virales. Contrairement aux bactéries, les virus ne se multiplient
pas par division, mais plutôt suivant la multiplication disjonctive. Ce type de multiplication consiste à
une synthèse des protéines et des acides nucléiques viraux dans les différents compartiments cellulaires,
et assemblage des virions. Le cycle lytique se résume dans les étapes suivantes :
• Etape d’adsorption : c’est l’adhésion virale aux récepteurs spécifiques de la membrane cellulaire. Elle
consiste en une interaction de type complémentaire entre les protéines adhésives de surface virales et leurs
récepteurs cellulaires. Toutefois, un virus n’atteint que des cellules et des organes précis : le virus possède
le tropisme à l’égard des organes et des tissus humains. Une cellule peut adsorber des centaines de virions.
• Etape de pénétration virale : se fait soit à l’aide d’une vacuole formée lors de l’invagination de la
membrane cellulaire (viropéxie), soit par union de l’enveloppe cellulaire et de l’enveloppe virale (fusion).
• Etape de déshabillement viral dans la cellule : c’est l’élimination partielle ou complète des protéines
virales avec libération de l’acide nucléique viral ou de la nucléocapside.
• Etape de biosynthèse des protéines et des acides nucléiques viraux : elle se déroule dans le noyau ou
dans le cytoplasme de la cellule hôte. Durant cette étape, le métabolisme de la cellule hôte est opprimé :
les enzymes et les structures cellulaires (les ribosomes) sont totalement engagées dans la synthèse des
composantes virales. Par ailleurs, on distingue différents ordres de biosynthèse chez les virus :
▪ Virus à ADN : ADN de virion ARN messager Protéines virales
▪ Virus à ARN négative : ARN de virion ARN messager Protéines virales
▪ Virus à ARN positive : ARN de virion Protéines virales
▪ Virus à ARN tumoraux (les retrovirus) :
ARN de virion ADN complémentaire ARN messager Protéine virales
Toutes les réactions de biosynthèse sont catalysées soit par les enzymes cellulaires soit par les propres
polymérases des virus.
• Etape d’assemblage des virions : elle se fait par la jonction des acides nucléiques et des protéines à
l’aide de liaisons non-covalentes. Ceci se passe sur la membrane nucléaire ou sur la membrane
cytoplasmique. Les virus complexes incluent en outre les lipides et les glucides des cellules-hôtes.
• Etape de sortie des virus : elle se produit de deux façons. Dans le premier cas (type rapide) la sortie se
fait de façon :
▪ Explosive ou rapide : tous les virions sortent et la cellule se détruit.
▪ Bourgeonnement ou lente : les virions complexes quittent la cellule l’un après l’autre.
Au cours de la sortie de ces virions, la supercapside se crée avec la participation de la membrane cellulaire.
La durée du cycle lytique complet varie de 5 à 6 heures pour le virus de grippe, alors que pour les virus
de variole et les adénovirus le cycle s’étale sur plusieurs jours.
2- Cycle abortif :
Le virus pénètre dans la cellule hôte et se multiplie très peu et sans sortie. Ce type de cycle peut virer vers
le cycle lytique pour provoquer la lyse cellulaire.
3- Cycle intégratif :
Nommé aussi la virogénie ou la transformation. Il est distingué chez les retrovirus, le virus d’hépatite B
et les adénovirus. L’acide nucléique viral s’intègre dans le chromosome cellulaire et se multiplient
ensemble sous forme de provirus, en modifiant les propriétés de la cellule-hôte et de l’organisme humain.
C’est ainsi qu’apparaissent les maladies tumorales et auto-immunes.
IV- Cas des bactériophages :
Les premiers êtres viraux découverts infectant les microorganismes étaient les virus de bactéries ou
bactériophages, plus tard on a identifié des virus infectant les champignons et d’autres microorganismes.
Ces virus infectent la bactérie de manière spécifiques, se multiplient à l’intérieur d’elle et la quittent de
façon explosive en la détruisant.
Les bactériophages existent dans l’eau, dans le sol, dans les matières fécales humaines et animales, là où
les bactéries prolifèrent. Leur taille varie de 20 à 100 nm et leur forme peut être très variable. Les plus
étudiés sont les gros bactériophages en forme de spermatozoïde (les T-pairs bactériophages). Dans leur
tête, il figure une molécule d’ADN bicaténaire compactée sous forme de spirale comprimée, le reste de la
structure est composé de différentes molécules de protéines.
Le mode d’interaction des phages avec la bactérie-hôte est similaire à celui

des virus infectants les cellules humaines et animales, avec quelques
particularités. En effet, le phage s’adsorbe sur la bactérie à l’aide de
fibrilles de queue, qui se contracte grâce à l’énergie fournie par l’ATP. Par
la suite, le pivot de la queue phagique pique la paroi bactérienne grâce à la
combinaison de la contraction de la queue et l’action du lysozyme
phagique. Ainsi, l’ADN phagique passe de la tête du phage à l’intérieur de
la bactérie tandis que les autres composants du phage restent à l’extérieur.
Les bactériophages sont largement employés en médecine :

• Diagnostic des maladies infectieuses : on peut identifier l’espèce de culture bactérienne infectant un
malade à l’aide des phages univalents.
• Utilisés autant que prophylaxie et traitement des infections bactériennes : le typhus abdominal, la
dysenterie, l’infection de staphylocoque et d’autres.
• En génie génétique on les utilise comme des vecteurs pour l’obtention des ADN recombinants.
B- Méthodes de diagnostic des infections virales :
L'examen clinique (fièvre, les pustules, les rougeurs…) dans le cas d’une infection virale est suffisant.
Toutefois, dans certaines circonstances l’identification du virus s’avère indispensable.
• Affirmer le rôle effectif du virus dans la pathologie rencontrée chez les personnes vulnérables
(personnes âgées, immunodéprimés, patients atteints de SIDA, greffés ou futurs greffés, nourrissons nés
de mères porteuses de virus), ou pour détecter le virus chez des porteurs asymptomatiques.
• Surveiller une épidémie (identification du virus et découverte éventuelle de nouveaux virus) et préparer
les vaccins utiles (cas de la grippe).
I- Prélèvement :
Le prélèvement est une étape clé dans le processus diagnostic. La nature du prélèvement est adaptée au
type de diagnostic utilisé.
• Diagnostic direct : qui vise à mettre en évidence le virus directement, les prélèvements doivent être
réalisés le plus tôt possible après le début de l’infection (apparition des symptômes physiques). Les
prélèvements doivent être réalisés avant l’initiation d’un traitement antiviral. Le site de prélèvement
dépend des symptômes et du mode de transmission des virus suspectés.
• Diagnostic indirect : vise plutôt à mettre en évidence la réponse immunitaire, les prélèvements sont
réalisés en prenant en considération le délai entre la contamination et l’apparition dans le plasma des
premiers anticorps spécifiques, en l’occurrence durant la phase post-infectieuse (voire très longtemps
après l’infection). Il faut ensuite dans un second temps réaliser un second prélèvement à distance (15
jours environ) pour éliminer les faux négatifs.
Le tableau ci-dessous détaille les modalités des principaux prélèvements :
Prélèvements Modalités
Sécrétions nasales et Ecouvillonnage ou aspiration ; milieu de transport si délai > 4 heures,
rhinopharyngées maintenu entre +2 °C et +6 °C pendant au maximum 36 heures.
Flacon stérile ou écouvillonnage rectal ; conservation possible entre
Selles
+2°C et +6 °C pendant quelques jours.
Urines / LBA (liquide de Flacon stérile ; conservation maximum 4H à T° ambiante, maximum
lavage broncho-alvéolaire) 36H entre +2 °C et +6 °C.
Volume suffisant (0,5 mL chez le nouveau-né, 2 mL chez l’adulte) dans
LCR un flacon sec stérile ; au-delà de 4H de transport, le LCR doit être
congelé à -20 °C pour la recherche de génomes viraux.
Aspiration ou écouvillonnage ; étalement sur lame (pour
Vésicules et ulcérations immunofluorescence) et/ou déchargement dans un milieu de transport.
cutanéo-muqueuses Pour la culture virale, le délai de transport est de moins de 4H à
température ambiante et de moins de 36H entre +2 °C et +6 °C.
Ecouvillonnage, milieu de transport, le délai de transport est de moins
Col de l’utérus
de 4H à température ambiante et de moins de 36H entre +2 °C et +6 °C.
Milieu de transport ; fixation dans le formol ou congélation dans l’azote
Biopsies liquide pour les techniques de biologie moléculaire ; fixation proscrite
pour d’éventuelles cultures cellulaires.
-Prélèvement sur héparine ou citrate (intégrité des leucocytes) pour les
cultures cellulaires et la recherche d’antigènes ; transport < 5H.
-Prélèvement sur EDTA ou citrate pour recherche/quantification des
Sang génomes viraux (jamais l’héparine inhibe les réactions PCR) ; transport
en moins de 4H, sinon centrifugation et congélation à -20 °C.
-Prélèvement sur tube sec pour la sérologie et recherche d’antigènes
extra-cellulaires ; conservation 24 à 48H entre +2 °C et +6 °C.
Il est important de recueillir un maximum de cellules dans le prélèvement, vu que les virus sont des
parasites intracellulaires stricts, plus la densité cellulaire du prélèvement est élevée plus la mise en
évidence le virus est évidente (dans le cadre du diagnostic direct).
Les prélèvements doivent être associés à des feuilles de demande contenant les informations suivantes :
• Nom, prénom, date de naissance du patient,
• Date et heure du prélèvement,
• Nature et site du prélèvement,
• Nom du prescripteur,
• Nom du préleveur,
• Renseignements cliniques sur le motif de la demande et la chronologie précise des évènements
(essentiel pour le choix de la technique utilisée ainsi que pour l’interprétation des résultats).
Il est important de communiquer l’ensemble de ces informations pour traiter correctement l’analyse. Le
non-respect de ces conditions entraîne la non-conformité du prélèvement, et l’examen sera annulé.
II- Méthode de diagnostic direct :
1- Visualisation du virus par le prélèvement :
Elle consiste à visualiser le virus contenu dans le prélèvement à l’aide d’un microscope électronique.
Cette approche n’est plus réalisée :

• Méthode à faible sensibilité : nécessité une concentration en particules virales > 106 /mL (un seuil
que très rarement atteint dans les prélèvements standards).
• Méthode peu fiable : présence de beaucoup de faux négatifs du fait de sa faible sensibilité.
• Méthode onéreuse : nécessite un matériel lourd et un une personne qualifiée.
2- Détection des antigènes viraux :
a- Détection des antigènes intracellulaires :
Elle consiste à rechercher du matériel viral antigénique dans le cytoplasme ou le noyau des cellules
recueillies dans le prélèvement : immunocytodiagnostic. Les applications les plus fréquentes pour cette
approche sont les recherches d’antigènes des virus respiratoires dans les cellules issues des prélèvements
nasopharyngés ou les antigènes du CMV dans les polynucléaires.
• Immunofluorescence :
Mise en évidence des antigènes viraux par l’intermédiaire d’anticorps antiviraux marqués par un
fluorochrome directement ou à un second anticorps marqué par un fluorochrome (indirect).
• Immunoperoxydase :
Similaire avec l’immunofluorescence, à la seule différence que l’anticorps n’est pas marqué par un
fluorochrome mais par une enzyme appelée peroxydase. La révélation se fait par activation enzymatique.
b- Détection des antigènes libres :
Elle cible la mise en évidence des antigènes viraux de façon indépendante de tout support cellulaire. Ces
antigènes sont produits en excès et excrétés dans le sérum ou les produits pathologiques liquides.
• Immunodiffusion (savonnette, bandelette) :
Une technique d’immuno-chromatographie. Les anticorps spécifiques d’un virus sont déposés sur une
bandelette qui est plongée dans le liquide prélevé (échantillons) qui migre par capillarité. Une bande
colorée est présente dans la bandelette qui représente le contrôle. Au bout de quelques minutes si d’autres
bandes colorées apparaissent en plus de la bande contrôle alors le test est positif. Cette technique est
principalement utilisée pour les virus Influenza (grippe) et le VRS (Virus Respiratoire Syncitial).
Figure 7 ; Etapes du test de l’immunodiffusion.
• Agglutination (test au latex) :
Sur un support de latex sont enrobés des anticorps spécifiques aux virus recherché. On ajoute quelques
gouttes de liquide biologique (échantillon). Un test positif (la présence d’antigènes viraux) est reflété par
la présence d’une réaction d’agglutination granuleuse. Ce test est uniquement considéré pour la recherche
d’antigènes des Rotavirus et Adénovirus dans un contexte clinique de diarrhée.
Figure 8 ; Test d’agglutination. (1-5) test positif, (6) témoin négatif.
• Immuno-enzymatique (test ELISA= Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay) ELISA Sandwich:
Sur une plaque est recouverte d’anticorps spécifiques de capture (monclonal soit polyclonal), on ajoute
l’échantillon prélevé contenant des antigènes qui se lient aux anticorps de capture. Ensuite un second lot
d’anticorps est ajouté, qualifiés d’anticorps de détection qui vont également se fixer aux antigènes. Les
anticorps de détection vont se lier avec un dernier lots anticorps couplés à une enzyme catalysant une
réaction de fluorescence.
Un test positif est reflété par une inflorescence, toutefois, dans ce cas une neutralisation est essentielle
pour s’assurer de la spécificité de l’antigène détecté. Elle consiste à rajouter des anticorps spécifiques aux
antigènes viraux (Ex. anti-p24 ou anti-HBs), afin de créer des liaisons antigène/ anticorps avec les derniers
antigènes libres. Ainsi, on distingue deux cas de figure possibles :
•Absence de réaction de fluorescence après neutralisation : signifie qu’après la reconnaissance des
antigènes par les anticorps de neutralisation, les anticorps de détection ne reconnaissent plus
d’antigènes, reflétée par l’absence d’inflorescence. Ainsi, l’identification antigénique est fiable.
•Existence toujours d’une réaction après neutralisation : signifie que malgré l’attachement des anticorps
de neutralisation aux antigènes, les anticorps initiaux continus de reconnaitre l’antigène compatible.
Ainsi, l’investigation doit être poussée.
Figure 9 ; Principe du test ELISA direct.
Ce test est utilisé, par exemple, pour révéler la présence de l’antigénémie HBs (Virus Hépatite B) ou de
l’antigénémie p24 (VIH).
3- Isolement du virus sur cultures cellulaires :
Il cible la réplication virale dans des cellules vivantes :

• Animal entier (cobaye, souris, souriceau…) : utilisé uniquement dans le cadre de la recherche.
• Œuf embryonné : utilisé uniquement pour la fabrication de vaccin antigrippal.
• Cultures cellulaires : utilisé en clinique et en recherche. Ils représentent le support de choix dans l’étude
de la multiplication virale.
Il existe 2 grandes limites aux cultures cellulaires :

• Temps : une technique chronophage qui pose un problème lorsque l’on a besoin d’un diagnostic rapide.
• Incompatibilité : plusieurs virus ne peuvent pas être cultivés comme le VHB, Papillomavirus …
4- Détection du génome viral :
Elle comporte deux volets ; qualitatif par le biais de technique qui détectent la présence ou l’absence du
génome viral, et quantitatif par des techniques qui mesurent la quantité d’acides nucléiques viraux.
Le matériel génétique viral considéré doit être sous forme d’ADN. Dans le cas de virus à ARN, une
réaction de transcription inverse est nécessaire pour obtenir de l’ADN après l’extraction.
Les prélèvements peuvent être du sang total (plasma, sérum, leucocytes…), urines, LCR, expectorations,
écouvillonnages, ponctions, sperme, biopsies …
a- PCR qualitative :
Elle permet de détecter la présence ou l’absence du génome viral. En employant des amorces spécifiques
au génome viral suspecté, on lance une réaction en chaine de polymérase pour amplifier le génome viral.
On peut visualiser le produit de la PCR sur le gel d’agarose. La présence du profile électrophorétique
caractéristique (en comparant avec le profil du témoin positif) reflète la présence du génome viral.
Figure 10 ; Profiles électrophorétiques de 6 échantillons positifs (1-6), (puit (7) témoin +, puit (8) témoin -).
Cette technique est considérée en virologie médicale pour la recherche de :

• Virus dans le LCR : Herpès Simplex Virus (HSV), Varicella Zoster Virus (VZV), Entérovirus…
• Virus dans les prélèvements respiratoires : Cytomégalovirus (CMV), Influenza virus, VRS…
• Virus dans les prélèvements de lésions cutanées : HSV, VZV.
• ADN proviral du VIH dans les lymphocytes : diagnostic de l’infection VIH chez les nouveau-nés.
b- PCR quantitative :
La PCR quantitative ou en temps réel (RT-PCR) repose sur le même principe que la PCR classique
(qualitative), excepté qu'elle nécessite l'utilisation d'une sonde (TaqMan) en plus des deux amorces. Une
sonde TaqMan est un oligonucléotide complémentaire de l'un des brins de l’ADN viral cible, à laquelle
elle s'hybride pendant la phase d'hybridation, de même que les amorces. Elle porte à son extrémité 5' une
molécule fluorescente (fluorochrome) dite « reporter », et à son extrémité 3' un deuxième fluorochrome
dit « quencher ». Le « reporter » est une molécule qui, après excitation par un faisceau laser, émet un
signal de fluorescence à une longueur d'onde spécifique qui est mesuré à la fin de chaque cycle de PCR.
• Absence d'amplification du génome viral : la sonde reste intacte, le fluorochrome « quencher » inhibe
en grande partie la fluorescence du « reporter », et seule une fluorescence résiduelle (faible) est émise.
• Présence d’une amplification du génome viral : la sonde TaqMan est hydrolysée lors de l'étape
d'élongation de l'ADN (activité 5'-3' exonucléase de la Taq-polymérase. Le « reporter » est alors
libéré et sa fluorescence n'est plus inhibée par celle du « quencher ».
Pour chaque échantillon, l'émission de fluorescence enregistrée à la fin de chaque cycle de PCR permet
de définir une valeur de Ct (cycle threshold ou cycle seuil) correspondant au nombre de cycles de PCR à
partir duquel la valeur de l'intensité de fluorescence est significativement différente du bruit de fond.
Ainsi, la valeur du Ct est d'autant plus faible que le nombre initial de copies de l’ADN viral présents dans
l’échantillon est grand. En d’autres termes, elle est inversement proportionnelle au logarithme du nombre
initial de copies de l’ADN viral dans l'échantillon.
Figure 11 ; (1) Etapes de la RT-PCR ; (2) Courbe de la RT-PCR.
5- Séquençage du génome viral :
Cette approche consiste à déterminer la séquence de certains gènes caractéristiques du génome viral et de
la comparer avec les séquences connues. Ainsi, il est possible de détecter des mutations responsables de
l’acquisition d’une résistance aux antiviraux utilisés (VIH, VHB, VHC, CMV, HSV).
III- Méthode de diagnostic indirect :
1- Test d’inhibition d’hémagglutination :
Certains virus possèdent des hémagglutinines sur leur enveloppe qui leurs permettent de provoquer
l'agglutination des globules rouges.
La réaction d'inhibition de l'hémagglutination permet une investigation de la présence des anticorps

antiviraux chez un patient suspecté infecté par le virus cible. Cette réaction nécessite l’antigène viral cible,
les anticorps antiviraux, dirigés contre les antigènes viraux, et les récepteurs portés par les hématies.
La 1ère étape consiste en la mise des antigènes viraux (commercialisés) en présence du sérum du patient
qui peut ou non contenir les anticorps antiviraux. Ainsi, deux cas de figures sont possibles :
• Les anticorps sont présents dans le sérum et vont s’attacher aux antigènes viraux en les neutralisant.
• Les anticorps sont absents dans le sérum, les antigènes viraux demeurent actifs.
La 2ème étape consiste en l’addition des hématies au mélanges antigènes-sérum. Deux faits sont possibles :
• Absence d’hémagglutination : les hématies ne sont pas reconnues par les antigènes viraux, puisque
ces derniers sont couplés aux anticorps. Ceci signifie que les anticorps sont présents dans le sérum
du patient et ils ont inhibé l’hémagglutination : Test positif (patient infecté).
• Présence d’hémagglutination : les hématies ont été reconnues par les antigènes viraux libres suite
à l’absence des anticorps les neutralisant. Ceci reflète l’absence des anticorps dans le sérum du patient
et la réalisation de l’hémagglutination par les antigènes viraux : Test négatif (patient non infecté).
Cette technique est employée dans le sérodiagnostic de la rubéole ou de la rougeole.
2- Immuno-enzymatique (test ELISA= Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay):
Cette approche est similaire avec celle employée dans le diagnostic direct, sauf que dans ce cas il s’agit
d’un test indirect de façon à mettre en évidence les anticorps et non pas les antigènes.
Une plaque est recouverte d’antigène viraux concernés par l’investigation. On ajoute le sérum du patient
contenant des anticorps élaborés par l’organisme contre l’infection virale qui se lient aux antigènes fixé
sur la plaque. Ensuite un second lot d’anticorps est ajouté, qualifiés d’anticorps de détection qui sont
marqué par une enzyme. Ces anticorps vont se lier aux anticorps attachés aux antigènes. Finalement, on
ajoute un substrat qui une fois dégradé par l’enzyme va émettre une réaction de fluorescence.
Figure 12 ; Etapes du test d’ELISA indirect.
Remarque : Le test ELISA 4ème génération permet un dépistage combiné du virus avec une mise en
évidence à la fois des anticorps et des antigènes. Ce test est utilisé pour le dépistage du VIH. Il s’agit
d’un test à la frontière des approches diagnostiques directes et indirectes puisqu’il permet de révéler à
la fois les anticorps et les antigènes.
3- Western Blot:
Une technique généralement utilisée dans la confirmation d’une infection à VIH, et une obligation légale
pour la confirmation du diagnostic. Elle se base sur la détection des anticorps dirigés contre les différentes
protéines du VIH en utilisant l’immunochromatographie avec des antigènes spécifiques des protéines.
Les étapes de cette approche sont les suivantes :
• Etape d’extraction : extraction des protéines virales à partir d’un stock de virus,
• Etape de séparation : séparation par électrophorèse sur gel des protéines selon leur masse du (-) au (+),
• Etape de transfert des protéines virales :

▪ Dépôt d’une épaisse couche de papier filtre imbibée de tampon de transfert sur l’anode (-),
▪ Dépôt du film de nitrocellulose sur le papier filtre,
▪ Dépôt du gel sur la membrane de nitrocellulose,
▪ Dépôt d’une deuxième couche de papier filtre imbibée de tampon de transfert sur le gel,
▪ Dépôt de la cathode (+) sur la deuxième couche de papier filtre,
▪ Mise en tension : transfert des protéines du gel vers la membrane de nitrocellulose du (-) au (+).
▪ Séparation du film contenant les protéines du reste de la membrane de nitrocellulose.
• Etape de révélation :
▪ Dépôt du film contenant les protéines dans une gouttière,
▪ Ajout du sérum du patient : les anticorps présents dans le sérum vont se fixer sur les protéines du
film. L’excès d’anticorps est éliminé par un lavage.
▪ Ajout des anticorps de révélation anti-anticorps, conjugués à des enzymes : les anticorps de
révélation vont se fixer aux anticorps du sérum. L’excès est éliminé par un lavage.
▪ Ajout du substrat de l’enzyme : le substrat une fois catalysé par l’enzyme, on observe une coloration.
Figure 13 ; Profiles protéiques (Western blot), cas du diagnostic du VIH.
C- Etude des principaux virus :
Voir la synthèse réalisée par les étudiants.
Prion
Un agent pathogène de nature protéique « particule protéique infectieuse ou pro-in » simplifié en prion,
constitué d’une protéine ayant adoptée une conformation ou un repliement anormal. C’est un agents
transmissibles non conventionnels (ATNC), qui au contraire des agents infectieux conventionnels tels que
les virus, les bactéries ou encore les parasites, est exempt d’acide nucléique (ADN et ARN) comme
support de l’information infectieuse.
La protéine normale PrPC, est une protéine présente à l’état naturel dans les cellules notamment au niveau
de la membrane plasmique. Elle est impliquée dans le développement du système nerveux chez
l'embryon, et qui est exprimée essentiellement dans le cerveau et la moelle épinière chez l'adulte. Alors
que le prion pathologique PrPSc, résulte d’une modification anormale de la structure tridimensionnelle de
la PrPC. Lors de l'infection, l'agent prion pénètre le neurone, où suivant un mécanisme encore mal compris
se multiplie, en transformant les protéines PrPC (normales) en protéines PrPSc (pathogènes), des formes
qui ne sont plus dégradées par la protéolyse normale de la cellule et qui en s’accumulant dans la cellule,
finissent par la lyser en formant des plaques de dépôts dans le cerveau.
Les prions sont responsables des encéphalopathies spongiformes subaiguës transmissibles (ESST). Ce
sont des maladies neuro-dégénératives caractérisées par une longue période d'incubation asymptomatique
(parfois de plus de 40 ans chez l'homme) suivie par une maladie neurologique d'évolution subaiguë, létale
chez 100 % des sujets en quelques semaines à quelques mois. Parmi les ESST les plus connues, on peut
citer, les différentes formes de la maladie de Creutzfeldt-Jakob, l’insomnie fatale familiale (IFF),
le syndrome de Gerstmann-Sträussler-Scheinker (SGSS), la vache folle, la tremblante du mouton et de la
chèvre. L’ensemble de ces maladies se caractérise par une dégénérescence du système nerveux central.
Jusqu’à présent aucun remède ou traitement médicale n’a été proposé pour lutter contre les prions, vu leur
structure exceptionnelle, et la difficulté de l’élaboration d’un vaccin du fait de la présence de la protéine
normale PrPC dans l'organisme. Des chercheurs ont modifié les gènes des souris pour que leurs
lymphocytes B fabriquent des anticorps qui sauront différencier un PrPSc d'un PrPC normal. Néanmoins,
il n’existe à ce jour pas de vaccin, ni de sérum ayant démontré une efficacité. D’un autre côté, les prions
montrent une grande résistibilité vis-à-vis les agents dénaturants classiques (chaleur, UV, trypsine), et ce
n’est qu’au moyen des traitements très dénaturants qu’on parvient à les éliminer.
Ainsi, la prophylaxie demeure l’unique moyen fiable pour limiter la prolifération des prions :
• Détection et l’élimination des animaux porteurs,
• Détection des sujets à risque pour éviter leur infection.

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Filière : Techniques de Santé

Module : Bactériologie médicale & Virologie

Bactériologie médicale & Virologie

Année Universitaire : 2019-2020

Généralités sur les bactéries

Bactéries responsables des maladies infectieuses. On distingue :

II- Formes bactériennes :

Diplocoque Chaînette Tétrade Sarcine Staphylocoque

Bacille Diplobacille Streptobacille

Coccobacille Incurvée Spiralée Ramifiées

III- Structure bactérienne :

Figure 1 ; Structure de la bactérie.

N-acétyl-glycosamine (NAG) Acide N-acétyl-muramique (NAM) Oligopeptides

Figure 2 ; Structure du peptidoglycane.

Tableau 1 ; Composition de la paroi chez les bactéries Gram + et Gram -.

Le cytoplasme bactérien est le siège de plusieurs composantes :

peuvent être de nature glucidique (amidon et surtout glycogène), lipidique (poly-hydroxy-butyrate) et

Figure 3 ; Chromosome bactérien.

Figure 4 ; Plasmides bactériens.

2-2 Eléments facultatifs :

Monotriche. ex : Vibrio colerea

Multitriche. ex : Pseudomonas fluorescens Insertions polaires

Amphitriche. ex : Helicobacter sp.

Péritriche. ex : E. coli Insertion péritriche

Figure 5 ; Différentes insertions des flagelles bactériens.

Les flagelles présentent plusieurs rôles :

Figure 6 ; Différentes formes, positionnements et déformations des endospores dans la bactérie.

Le cycle sporal représente le passage de la forme végétative de la bactérie à sa forme sporulée et

IV- Pouvoir pathogène :

La pathogénicité d’un agent infectieux dépend de plusieurs caractères, on parle de :

a- Pouvoir pathogène lié à la diffusion d'une toxine à distance de la porte d'entrée :

La bactérie adhère, colonise et se multiplie au niveau de la muqueuse de la porte d'entrée et peut

On distingue trois grands types de toxines :

b- Pouvoir pathogène lié à la multiplication bactérienne :

• Bactéries à multiplication interne :

• Bactéries à multiplication externe :

A- Bactéries Cocci à Gram positif et à Gram négatif :

Famille Genre Espèce

Famille Genre Espèce

On distingue plusieurs formes d’infections liées au Staphylococcus aureus :

2-2 Facteurs de pathogénicité :

• Facteurs d'invasion et d'adhésion : Staphylococcus aureus colonise la peau et les muqueuses en

▪ Enzymes non toxiques :

- Hyaluronidase : une enzyme thermolabile hydrolysant l'acide hyaluronique, substance

Le diagnostic bactériologique de l'infection staphylococcique est uniquement direct (mise en évidence de

L'identification de la bactérie repose sur la mise en évidence des caractères suivants :

1- Streptococcus pyogenes (ou streptocoque du groupe A) :

Il s’agit d’un streptocoque bêta hémolytique appartenant au groupe B de lance Field.

1-2 Pouvoir pathogène :

• Angine : responsables d'angines érythémateuses ou érythémato-pultacées (chez l'enfant d’âge scolaire).

• Protéine M de la paroi : elle a une action antiphagocytaire et une fonction d'adhésine.

2- Streptococcus agalactiae (ou streptocoque du groupe B) :

Il s’agit d’un streptocoque bêta hémolytique appartenant au groupe B de lance Field.

2-2 Pouvoir pathogène :

• Chez le nouveau-né : la contamination avant ou pendant l'accouchement :

Elle possède une capsule polysaccharidique qui présente un effet antiphagocytaire.

2-3 Diagnostic bactériologique :

Le diagnostic de Streptococcus pyogenes et de Streptococcus agalactiae peut se faire par la méthode

L'antibiogramme pour l’étude de la sensibilité à la pénicilline et à l'érythromycine, complète le diagnostic.

3- Streptococcus pneumoniae ou pneumocoque :

Il s’agit d’une bactérie commensale de l'arbre respiratoire supérieur (rhino-pharynx) de l'homme. On la

3-2 Pouvoir pathogène :

3-3 Diagnostic bactériologique :

Le diagnostic des pneumocoques repose sur :

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