Les prélèvements en Microbiologie

A S MERAD
Plan

Introduction.
I. Différents types de prélèvements.
I-1- les prélèvements mono microbiens.
a- produit biologique normalement stérile
b- produit biologique issu d’une cavité néoformée ou préformée
I-2- les prélèvements poly microbiens.
a- produit biologique possédant, déjà, une flore normale
b- produit biologique néoformé dû à l’action associée de différents types de
germes (infections mixtes)
II. Conditions de prélèvements
II-1- stérilité
II-2-moment et lieu du prélèvement
II-3- étiquetage et fiche de renseignement
III. Conservation des prélèvements
IV. Précautions à prendre pour l’envoi d’un prélèvement
V. Conduite à tenir devant un prélèvement.

Objectifs pédagogiques :
➢ Identifier les différents types de prélèvements en microbiologie.
➢ Démontrer l’intérêt de la réalisation d’un prélèvement.
➢ Distinguer le moment et le lieu de réalisation d’un prélèvement.
➢ Définir les conditions de réalisation, de transport et de conservation d’un prélèvement.
➢ Déterminer les précautions à prendre pour l’envoi d’un prélèvement au laboratoire.

Introduction

La réalisation d’un prélèvement fait partie de l’étape pré analytique de l’analyse

microbiologique.
Les étapes les plus importantes du diagnostic d’une infection bactérienne sont les
conditions de prélèvement et l’acheminement du produit biologique vers le laboratoire.
Leur réalisation avec le plus grand soin, et le respect de certaines règles élémentaires
constituent le moyen sûr et unique sans lequel le résultat final du diagnostic bactériologique
n’a aucune valeur.

I- Les différents types de prélèvements

Les prélèvements sont différents selon le type d’infection suspectée. Ils peuvent être destinés
pour l’étude bactériologique et /ou virologique
Il est courant en bactériologie de distinguer les prélèvements en mono et poly microbiens.

1- Les prélèvements dits « mono microbiens »

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 Il peut s’agir soit :

a)- D’un produit biologique normalement stérile

- Sang (bactériémie), plusieurs prélèvements sont nécessaires
- Liquide céphalorachidien (LCR) (méningite)
- Urines (infections urinaires)

b)- D’un produit biologique issu d’une cavité néoformée ou préformée

- Pus d’abcès fermé
- Empyème (amas de pus dans une cavité naturelle)
- Liquide de séreuse
Dans ces cas, le germe isolé est, en général, responsable de l’infection.

2- Les prélèvements dits « poly microbiens »

Il peut s’agir soit :

a) D’un produit biologique possédant, déjà, une flore normale

- Selles (coproculture)
- Prélèvement pharyngé
- Prélèvement gynécologique
- Prélèvement urétral
- Expectorations
Dans ce cas, seuls certains types de germes seront responsables de l’infection.

b) D’un produit biologique néoformé dû à l’action associée de différents types de

germes (infections mixtes)
- Pus d’abcès ouvert primitivement (traumatisme)
- Pus d’abcès ouvert secondairement (par digestion des tissus jusqu’à la peau
par ex)

Dans ce cas, tous les germes isolés doivent être pris en considération et identifiés (à
condition que le prélèvement ait été correctement effectué).

II- Les conditions de prélèvement

➢ Certains prélèvements peuvent être réalisés par le patient lui même

Exemple: urines, selles, expectorations.

➢ D’autres prélèvements sont obligatoirement réalisés par le personnel médical ou paramédical

Exemple: LCR, Aspiration naso-pharyngé, sang, pus, suppurations profondes…
Dans ce dernier cas, des précautions doivent être prises pour protéger le prélèvement et le préleveur
(gants, masques, blouses, lunettes…)

II- 1-La stérilité

- L’asepsie doit être rigoureuse.
Toute contamination d’un prélèvement par des germes cutanés ou ambiants peut
compromettre la culture de la bactérie recherchée ou gêner l’interprétation du résultat.
Un manque d’asepsie peut être à l’origine de surinfection du patient et également de
contamination du préleveur.

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 - L’antisepsie cutanée doit être parfaite.
L’antiseptique de choix est la teinture d’iode, mais l’alcool iodé, la bétadine ou, à défaut,
l’alcool à 70% v/v peuvent être utilisés
La peau de la zone de prélèvement, ainsi que les doigts du préleveur doivent
recevoir deux applications d’antiseptique, séparées de deux à trois minutes.

- Les récipients et instruments servant au prélèvement doivent être stériles

• Récipients stériles: pots ou flacons, en verre ou en matière plastique à usage unique
• Tubes en verre stériles fermant hermétiquement pour éviter toute
contamination ultérieure.
• Matériel stérile à usage unique : Seringues, Ecouvillons, Sondes …

II- 2- Moment et lieu du prélèvement

Le prélèvement à visée bactériologique doit être réalisé avant toute antibiothérapie.
Dans le cas contraire, il est souhaitable de pratiquer une fenêtre thérapeutique de 48 à 72 heures.
➢ Dans le cas d’une infection urinaire :
- Le prélèvement urinaire doit être réalisé en milieu de jet d’une urine ayant séjourné au moins 04
heures dans la vessie.
➢ Dans le cas d’une bactériémie,
- les prélèvements de sang, pour des hémocultures, doivent être répétés. Plusieurs flacons
d’hémoculture (aérobies et anaérobies) répartis sur 48 heures.
- Les prélèvements de sang doivent être effectués au moment des pics thermiques ou des
frissons, lorsque la fièvre est discontinue, et à n’importe quel moment lorsque la fièvre est
continue.

➢ Dans le cas de méningite,

- Prélever le liquide céphalorachidien (LCR). Il est préférable de prélever aussi du sang pour
des hémocultures.

➢ Dans certains cas, et afin d’augmenter les chances d’isolement du germe pathogène, il faut
connaître son évolution et sa localisation dans l’organisme, à des moments précis de la
maladie et choisir, en conséquence, l’endroit et le moment adéquats pour réaliser le
prélèvement.
Exemple :
• Si une fièvre typhoïde est suspectée chez un patient,
- le diagnostic bactériologique direct est réalisé les deux premières semaines du début de la
maladie, en prélevant les selles pour une coproculture et le sang pour des hémocultures.
- Par contre, au-delà de la deuxième semaine, un diagnostic indirect sera réalisé en prélevant
du sang pour une sérologie. La réponse immunitaire n’apparaissant que 15 jours après le
début de la maladie.

II-3- Etiquetage et fiche de renseignements

• Tous les prélèvements doivent porter une étiquette où sont inscrits les renseignements
suivants :

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 - Nom et prénom du patient
- Nature et lieu du prélèvement
- Origine du prélèvement
- Date et heure du prélèvement

• Tous les prélèvements doivent être accompagnés d’une fiche de renseignements dûment
remplie comportant les renseignements suivants :
- Nom et prénom du patient
- Age
- Sexe
- Nature et lieu du prélèvement
- Date et heure du prélèvement et son origine (patient hospitalisé ou externe)
- Date de début de la maladie
- Résumé des signes cliniques
- Prescription explicite de recherche de germes particuliers.
Exemples :
Mycobacterium tuberculosis dans les urines
Neisseria gonorrhoeae dans un prélèvement pharyngé
Listeria monocytogenes dans un prélèvement exocervical…
- Contexte particulier: (femme enceinte, sujet immunodéprimé…)
- Ex : Streptococcus béta hémolytique du groupe B dans un prélèvement exocervical chez la
femme enceinte…
- Maladies sous jacentes
- Nature et durée du traitement, antibiotique reçu
- Nature et résultats des autres examens biologiques effectués

III- Conservation des prélèvements

Tout produit biologique, pour analyse bactériologique, doit être acheminé
rapidement vers le laboratoire dès la réalisation du prélèvement.
➢ Les prélèvements doivent être gardés à une température adéquate.
Selon le type de prélèvement et le germe à rechercher, ces températures seront différentes :

• Les basses températures

- Les prélèvements dits poly microbiens sont gardés à +4°C afin d’empêcher la
multiplication des germes de la flore normale aux dépens des germes pathogènes à
rechercher.
- Dans certains cas (recherche de Listeria monocytogenes), une température de +4°C
permet l’enrichissement du germe recherché aux dépens des germes saprophytes.
- Les prélèvements destinés à l’étude moléculaire doivent être gardé à -20°C.

• Conservation à 37°C
- Les prélèvements mono microbiens, à l’exception des urines, peuvent être conservés
à 37°C,
- soit parce que certains germes recherchés craignent les basses températures (Neisseria

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 meningitidis),
- soit pour permettre la multiplication du seul germe contenu dans certains prélèvements
paucibacillaires (les hémocultures sont placées à l’étuve à 37°C, au fur et à mesure de
leur réalisation, puis acheminées, toutes ensembles, vers le laboratoire).

Remarque : Pour l’analyse cytobactériologique des urines, il est impératif que le prélèvement soit
réalisé au laboratoire. Le diagnostic d’une infection urinaire repose sur la numération du germe
isolé.
• Transport des prélèvements :
- Les prélèvements doivent être acheminés rapidement au laboratoire (< 2 heures). En cas
d'impossibilité (analyse différée) ces prélèvements doivent être placés dans des milieux de
transport.
- Les milieux de transport pour la recherche des bactéries permettent la survie des germes
en empêchant leur multiplication, afin que les proportions des différentes espèces
présentes restent inchangées.
Ex: milieu d’Amies
- Les milieux de transport pour la recherche des virus et des bactéries intracellulaires
(Chlamydia trachomatis et Mycoplasmes) permettent leur survie en inhibant les autres
germes susceptibles d’être contenus dans le prélèvement
Ex: Milieu de transport viral (VTM) pour les virus.

IV- Précautions à prendre pour l’envoi d’un prélèvement

➢ Certains prélèvements sont parfois envoyés d’une ville à une autre ou même d’un pays à
l’autre, aussi, certaines précautions d’envoi du produit biologique sont à respecter afin :
- D’éviter les risques de contaminations du personnel manipulant le colis lors de son transport
et de celui qui le réceptionnera.

➢ Pour l’envoi du prélèvement il faut :

- Un moyen de transport rapide
- Des récipients fermant hermétiquement
- Un triple emballage parfait, évitant la cassure des récipients, leur contamination et celle du
produit biologique à analyser.
- Un étiquetage correct de l’emballage extérieur

Schéma du triple emballage

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L’emballage pour le transport de matières infectieuses doit être correctement étiqueté

V- Conduite à tenir devant un prélèvement au laboratoire

• Le produit biologique, reçu au laboratoire, représente le patient à suivre,

ainsi, à tout moment, le bactériologiste doit rendre compte des résultats
obtenus au clinicien traitant (surtout dans les cas graves).

• La qualité du prélèvement est très importante car conditionne la qualité

des résultats du diagnostic microbiologique

• Les résultats doivent être interprétés avant d’être envoyés au clinicien

et doivent tenir compte de toutes les données : (diagnostic clinique ;
nature et lieu du prélèvement ; patient hospitalisé ou pas ; état
particulier du patient ; manière dont le prélèvement a été réalisé,
acheminé, conservé…)

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Conduite à tenir devant un prélèvement au laboratoire (schéma)