Ecole Nationale de Médecine Hôpital Régional de Sidi Bouzid

Vétérinaire
de Sidi-Thabet

Rapport de Stage
au Service de Bactériologie-Parasitologie de L'Hôpital Régional de Sidi Bouzid

Réalisé par: Zaidi Riadh

Préface
Les Travaux de stage en 3ième année d'études vétérinaires portent sur l'approfondissement
des connaissances sur un module de poids lourd; c'est la microbiologie, faisant appel à
plusieurs branches médicales : Bactériologie, Immunologie, Parasitologie,
à l'Hôpital régional de Sidi-Bouzid - où a été effectué mon stage- il était prévu qu'on aborde
de façon pratique la bactériologie médicale et ses méthodes diagnostiques pendant 2 semaines.
Pendant cette période, l'équipe du labo va me familiariser avec plusieurs notions importantes:
Analyses bactériologiques de prélèvements divers, antibiogramme, coprologie parasitaire,
Stage en Microbiologie PV2 2
 Stage en Microbiologie PV2 3

Sommaire

I. PRÉSENTATION DE L'ÉTABLISSEMENT 3

1) L'HÔPITAL RÉGIONAL DE SIDI BOUZID 3

2) LE LABORATOIRE DES ANALYSES BACTÉRIOLOGIQUES ET DE
PARASITOLOGIE CLINIQUE 4

II. SERVICE DE BACTÉRIOLOGIE MÉDICALE 4

3) PRÉSENTATION 4
4) LES ÉTAPES DE RECHERCHE BACTÉRIOLOGIQUES 5
A) ECBU 12
B) HÉMOCULTURE 16
C) COPROCULTURE 18
D) EXAMEN BACTÉRIOLOGIQUE DES PRÉLÈVEMENTS GÉNITAUX ET
URÉTRAUX : 20
E) EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DU LIQUIDE CÉPHALORACHIDIEN : 21
F) EXAMEN BACTÉRIOLOGIQUE DE L’ASCITE 21
G) EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DU PUS 22

III. SERVICE DE PARASITOLOGIE 23

A) VITESSE DE SÉDIMENTATION 23
B) LABSTIX 23
C) COPROLOGIE PARASITAIRE 24
D) PROTÉINE 24H 27
E) TEST DE GROSSESSE 27

IV. CONCLUSION 28
 Stage en Microbiologie PV2 4

I. Présentation de
l'établissement

I. L'Hôpital régional de Sidi Bouzid

L'Hôpital régional de Sidi Bouzid est un établissement sanitaire sous la direction de la
ministère de santé publique qui est construit en 1970 et qui offre le service médical pour n
habitants

Adresse Route de Gafsa 9100 SIDI BOUZID

Téléphone: 76632500
Fax: 76634368

II. le Laboratoire des analyses Bactériologiques et de Parasitologie

clinique

Le laboratoire de microbiologie à l'hôpital régional de Sidi Bouzid est un salle

unique bien équipée ou sont réalisés plusieurs tests d'analyses et de diagnostic
médicaux dans le but d'établir un diagnostic de certitude pour des patients
 Stage en Microbiologie PV2 5

II. Service de Bactériologie

Médicale
III.
IV. Présentation il y en a plusieurs types
le service de bactériologie se Gélose ordinaire 
compose d'une seule salle ou sont réalisés Gélose au sang
plusieurs tests diagnostiques
Matériels utilisé: Gélose au chocolat 
Une étuve : Gélose Chapman 
C’est un appareil de chauffage permettant Gélose SS = gélose Salmonella- Shigella 
de maintenir une température de 37°C
V. Les étapes de
recherche
bactériologiques

III. les prélèvements

les échantillons sont prélevés avec des
instruments stériles dans un récipient
stérile.
1 hotte Chaque prélèvement est accompagné
d’une fiche de renseignements concernant
le patient.
Le matériel
a-Les tubes à visser
Il existe des pots stériles à bouchon à
visser pour l’ensemble des prélèvements y
compris les urines, les selles...
b-Les tubes sous vide
Les tubes sous vide sont essentiellement
utilisés pour les prélèvements de sang, de
liquides pleuraux
1 microscope c-les seringues
1 réfrigérateurs utilisées pour une ponction de pus d’abcès
et/ou d’une collection de liquide…
1 bouteille à gaz d- les écouvillons
1 becs bunsen Les différents prélèvements
Les différents milieux de géloses utilisés : 1- L’urine
Les géloses et les autres milieux de galerie L’urine sera recueillie dans des facons
biochimique sont préparés dans une salle stériles, Un prélèvement d’urines est à
voisine acheminer dans les plus brefs délais ou à
réfrigérer.
 Stage en Microbiologie PV2 6

2- Le sang Laisser agir 1 minute.

Le sang devrait être prélevé dans des
tubes à EDTA (éventuellement au citrate) Rejeter l’excédent et rincer à l’eau
et envoyé rapidement au laboratoire. Recouvrir d’alcool pendant quelques
Cependant, la meilleure technique consiste
à acheter des flacons spéciaux pour secondes puis rincer à l’eau du robinet
hémocultures. immédiatement
3- Les pus Recouvrir de Fuschine diluée au
1/20ème pendant une minute
Tout prélévement de pus sera fait dans un Rincer à l’eau du robinet et sécher entre
pot stérile ou à la seringue. deux feuilles de papier absorbant.
Alternativement, un écouvillon de pus
pourra être envoyé au laboratoire. Observer à l’objectif 100 à immersion , à
Cependant, dans ce dernier cas, il faut pleine lumière.
veiller à ce qu’une quantité suffisante de
matériel soit prélevée.
4- Les crachats
les crachats seront également prélevés
dans des pots stériles.
Pour les jetages, un moyen facile et usuel
est l’écouvillon.
5- Les matières fécales
En ce qui concerne les matières fécales,
on les prélève dans un pot hermétiques La coloration de Giemsa
6- Les poils, les prélèvements D'abords Réaliser un frottis et le fixer
cutanés
Les prélèvements cutanés secs et les poils Recouvrir de solution de Giemsa
seront effectués par grattage avec un (diluée) et laisser colorer 30 minutes. On
instrument stérile et recueillis dans des peut également utiliser une cuve à
pots stériles ou une boîte de Pétri stérile. coloration.
Les prélèvements cutanés humides sont Eliminer le colorant et rincer à l’eau
faits à l’écouvillon. tamponnée. Rincer ensuite à l’eau du
robinet.
7- Le liquide céphalo-rachidien, les Sécher entre deux feuilles de papier
liquides pleuraux ou péritonéaux. absorbant et observer à l’objectif 100 à
Le LCR et les liquides internes, prélevés à immersion.
la seringue seront ensuite transvasés
stérilement dans des tubes étanches.
IV. observation au
microscope
la technique se fait en suivant ces étapes:
Réaliser un frottis et le fixer.
Recouvrir la lame de violet de gentiane La coloration de Ziehl
phéniqué durant une minute. Toutes
les bactéries prennent ce colorant et sont Technique
donc colorées en violet.
Jeter l’excédent, rincer à l’eau du robinet Réaliser un frottis et le fixer. Ce frottis ne
et recouvrir la lame de réactif de Lugol doit être ni trop fin, ni trop épais.
 Stage en Microbiologie PV2 7

Recouvrir complètement la lame de C’est le type de base des

fuschine de Ziehl concentrée et ensemencements. En effet, il permet
chauffer la lame. Ce chauffage se fait à d’obtenir des colonies isolées, donc
l’aide d’un bec Bunsen en faisant un d’obtenir des cultures pures d’une espèce
mouvement de va et vient jusqu'à bactérienne.
émission de vapeurs blanches.
Le principe de ce type d’ensemencement
Eliminer le surplus de colorant, laisser est d’épuiser un dépôt initial en faisant des
refroidir un peu la lame et rincer à l’eau étalements successifs dans différentes
du robinet. directions "épuisement": 4 ou 5
étalements successifs
Recouvrir la préparation d’une solution
d’acide sulfurique au 1/4 (ou d’acide après incubation, la boîte doit présenter
nitrique au 1/3) pendant 40 secondes à des colonies isolées en son centre :
1 minute.
Rincer à l’eau du robinet
Recouvrir de bleu de méthylène pendant
1 minute.
Rincer à l’eau du robinet et sécher entre
feuilles de papier absorbant.
Observer à l’objectif 100 à l’immersion.
Les bactéries acido-resistantes
apparaissent roses, les autres apparaissent
bleus.
V. ensemensement afin de
pouvoir
identifier une espèce bactérienne de façon
convenable, , on multiplie la souche en
réalisant des ensemencements sur une
gélose ou dans un milieu liquide adapté.
La technique d’ensemencement d’un
bouillon:
- Stériliser l’instrument servant à
prendre la souche bactérienne
d’origine (pipette dans le cas de
bouillon, anse dans le cas d’une
colonie)
- Prélever la souche à ensemencer Ensemencements pour numération
- Stériliser l’ouverture du flacon de bactérienne
bouillon stérile - S'il est nécessaire de connaître la
- Ensemencer le bouillon à l’aide du charge bactérienne d’un
prélèvement effectué prélèvement. On réalise pour cela
précédemment des numérations. Cette technique
très utilisée pour l’analyse des
- Re-stériliser l’ouverture du flacon urines est l’utilisation d’une anse
de bouillon calibrée (5 ou 10 µl en plastique
et à usage unique).
- Stériliser l’instrument
Il ne reste plus qu’à incuber dans les
conditions optimales dans une étuve à
37°C pendant 24h
Isolement bactérien
 Stage en Microbiologie PV2 8

Après chargement de l’anse, on effectue

un trait d’ensemencement selon un
diamètre (environ 2/3 de celui-ci) afin
de décharger l’anse. Ensuite, on effectue
des stries perpendiculaires afin de l’étaler.

Après incubation, une comparaison du

résultat obtenu avec des abaques de
lecture donne une bonne estimation de la
densité bactérienne :
L’ensemencement pour
antibiogramme
Avec ce dernier type d’ensemencement,
En effet, il permet de réaliser une analyse
fort importante pour le praticien :
l’antibiogramme
A l’aide de cette technique, on obtient
après incubation un tapis bactérien,
- On réalise dans un premier temps
une dilution appropriée de la
souche à tester
- On inonde ensuite la boîte de
gélose avec cette dilution. On laisse
reposer quelques minutes.
- On aspire ensuite tout le liquide
présent à l’aide d’une pipette
Pasteur.
- On laisse sécher 15 minutes à
l’étuve ou près du bec de gaz,
boîte légèrement ouverte.
- Ensuite, on dépose les disques
d’antibiotique (antibiogramme)
 Stage en Microbiologie PV2 9

 Le contour: bords réguliers (=

VI. description colonies
 La forme: Bombée et plate, en
oeuf sur le plat
nets) et celles à bords irréguliers
 La taille: Colonies
ponctiformes : Tapis
Colonies à peine
visibles, dont la bactérien
taille est
inférieure au millimètre 
Petites colonies : Colonies dont le
diamètre est compris entre 1 et 2
mm
Colonies moyennes : Colonies dont le
diamètre est compris entre 3 et 5
mm 
Grosses colonies : Colonies dont le
diamètre est supérieur à 5 mm 
Les colonies de type « envahissantes »
(Proteus, Pseudomonas…) ne peuvent pas
être mesurées véritablement

 La couleur
La pigmentation d’une colonie est due à la production d’un ou plusieurs pigments
par la bactérie

Couleur des colonies Gram Micro organisme correspondant

Jaune Bacille gram – oxydase + Xanthomonas, Flavobacterium
meningosepticum
Jaune Bacille gram – oxydase - Enterobacter agglomerans
Jaune citron Coque gram + Micrococcus le plus souvent
Jaune Coque gram - Neisseria flava, N.flavescens
Jaune doré Coque gram + Staphylococcus aureus
Jaune orangé Bacille gram – oxydase + Flavobacterium
Noir Coque gram + anaérobies Peptococcus niger
Rose saumon Bacille gram – oxydase + Alteromonas
 Stage en Microbiologie PV2 10

Rouge Bacille gram – oxydase -, levure Serratia, Rhodotorula rubra

Rouge pâle Coque gram + Micrococcus le plus souvent

Micrococcus luteus Serratia marcescens Micrococcus roseus Peptococcus niger

inclinant la boîte dans toutes les directions.

On laisse reposer 2 minutes puis on
VI. Antibiogramme aspire l’excès soigneusement. On sèche
ensuite la boîte à l’étuve à 37°C pendant
le but de l'antibiogramme est de choisir la 10 à 15 minutes, couvercle légèrement
molécule la mieux efficace. Ce n’est que ouvert. On dispose ensuite les disques
dans les infections graves, récidivantes ou d’antibiotiques et on place à l’incubateur.
les échecs thérapeutiques que l’on fait Au bout de 24 h, on lit les différents
appel au laboratoire qui réalisera une diamètres d’inhibition et on peut conclure
culture et un antibiogramme. en comparant ceux-ci aux abaques de
lecture.
Un antibiogramme permet de tester sur
milieu de culture, l’action de molécules
antibiotiques sur une souche bactérienne.
Il donnera donc des indications sur
l’efficacite IN VITRO de ces antibiotiques.
Pour réaliser l’antibiogramme par le
méthode des disques, la culture
bactérienne est ensemencée à la surface
d’une gélose de Mueller-Hinton. Des
disques pré-imprégnés d’antibiotique sont
déposés à la surface de la gélose. La
détermination du diamètre de la zone
d’inhibition permet une estimation de la
concentration minimale inhibitrice. Les
caractères de sensibilité ou de résistance
de la souche bactérienne en seront
déduits. Pour des commodités de lecture, seuls
En pratique, on réalise à partir de sont indiqués les diamètres correspondants
l’isolement de la souche pure une aux deux concentrations critiques, ce qui
suspension bactérienne d’opacité 2 sur délimite les zones SENSIBLE,
l’échelle de Mac Farland puis on dilue INTERMEDIAIRE et RESISTANTE. Un
celle-ci en tenant compte du type report du diamètre mesuré sur la boîte
bacterien : permet de conclure rapidement.
On inonde ensuite la boîte entière avec 3
à 5 mL de la dilution bactérienne en
 Stage en Microbiologie PV2 11

VII. ECBU
Cette analyse comporte un examen direct procède le dénombrement : si par colonne
de l'urine au microscope et une mise en on multiplie par 10 si le nombre est élevé
culture afin de rechercher et d'identifier la on compte par carreau et on multiplie par
présence de germes. L'ECBU permet de suite par 100, la leucocyturie détermine
rechercher une infection urinaire (cystite, l’importance de l’inflammation, elle doit
pyélonéphrite) et d'identifier le(s) être inférieur à 10000 leucocytes.
germe(s) en cause. Si un germe est
trouvé, un antibiogramme peut alors être Il faut chercher les cellules épithéliales :
réalisé pour guider le médecin dans sa rares, nombreuse, assez nombreuses...
aussi bien la présence des levures ou des
prescription d'antibiotique. Dons cet streptocoques, des cristaux et des cylindres
examen permet de mettre en évidence (oxalate de calcium, phosphate
une infection urinaire par le amoniaco-magnésium).
dénombrement des leucocytes et des
colonies trouvées que s’il répond aux
conditions suivantes :
Le recueil des urines doit être aseptique et
les analyser dès leur arrivée au laboratoire
pour éviter toute contamination.
Les personnels doivent savoir la technique
de l’ECBU, les différentes espèces
bactériennes retrouvées dans les infections
urinaires et réaliser correctement les
antibiogrammes spécifiques à chaque
bactérie.
L’interprétation des résultats est conçue
par le médecin.
Interprétation des résultats :
Les différentes étapes de l’ECBU sont :
Uroculture : En cas d’infection urinaire, Ilya plus que
Après le prélèvement et le stockage de 50000 leucocytes/ml et plus que
l’échantillon on précède l’ensemencement 10000 hématies/ml.
des urines sur gélose ordinaire et gélose L’identification des bactéries pour
Mac Conkey. Si en cas de femme l’uroculture après l’incubation est comme
enceinte et pédiatrie on fait la culture suit :
aussi sur gélose au sang.
Gélose ordinaire : entérobactéries G- et
l’incubation 18-24 heures à 37°c. G+ et les levures.
Examen direct :
Gélose Mac Conckey : entérobactéries G-
Il faut noter l’aspect macroscopique des
urines : S’Ilya des colonies qui poussent sur gélose
Mac Conckey on fait l’api 10E: galerie
_ Clair biochimique pour l’identification de
_ Trouble l’espèce de la bactérie. Ensuite on réalise
l’antibiogramme.
_ Hématique …
api 10 E:
Examen microscopique : sur la cellule de
Mallassez et au microscope optique à faire un repiquage à partir d’une colonie.
l’objectif 40, on détermine le nombre des
leucocytes et des hématies par mm3 et Faire une suspension dans 5cc d’eau
leur aspect. La cellule de Malassez est distillée.
devisée en colonnes et carreaux on
 Stage en Microbiologie PV2 12

Remplir les puits d’api à partir de cette

suspension certains nécessitent l’huile de
paraffine (pour l’anaérobie).

L’antibiogramme :
Lors d’une infection bactérienne pour
traiter un patient, le médecin dispose du
spectre d’activité des antibiotiques pour
choisir un traitement efficace. Dans
certaines cas des infections peuvent être
provoquées par des souches bactériennes
sauvages ayant un caractère résistant à un
ou plusieurs antibiotiques.
Lire le virage de chaque puits positif ou technique :
négatif (l’acide aminé correspondant)
après incubation 24 heures. Faire un repiquage à partir d’une colonie.
Identifier la bactérie correspondante. Faire une solution dans 5cc d’eau distillée.
Exemple  : api 10 E d’Escherichia coli : Faire une dilution :
10 gouttes dans 10cc de sérum
physiologique pour les bacilles Gram-.
Uréase – 20 gouttes dans 10cc de sérum
ONPG + physiologique pour les coques Gram+.
H2S – Faire un repiquage les antibiogrammes à
partir de cette solution (inoculum
Indole + bactérien) avec un écouvillon : des stries
serrées dans 3 sens différents.
Citrate-
Appliquer les disques de papier Wattman,
imprégnés de solutions d’antibiotiques de
titre connu, sur gélose Mueller Hinton
pour la plupart des bactéries, pour les
streptocoques sur gélose au sang et en cas
d’ Haemophilus on applique sur gélose
HTM.
 Stage en Microbiologie PV2 13

Mettre une solution de lugol pendant une

minute.
Incubation pendant 24 heures à 37°c.
Laver avec l’eau.
Interprétation de l’antibiogramme dont
l’antibiotique diffuse dans le milieu gélosé Décoloration par l’alcool 95°.
en réalisant des gradients de concentration
décroissante à partir du disque donc Laver avec l’eau rapidement.
l’apparition d’une zone d’inhibition. Mettre une solution de Fushine pendant
Exemple : E. coli 30 secondes.
Laver avec l’eau.
Sécher la lame en la mettant dans un
papier buvard.

Détermination de CMI : correspond au

zone d’inhibition mesurée en mm et
déterminée par le technicien pour évaluer
la catégorie d’une souche bactérienne.
La catégorie d’une souche
bactérienne :
Souche sensible (S)= CCI> CMI :
succès du traitement certain.
Souche limite (L)=CCI=CMI : résultat du
traitement incertain. Voir en microscope optique à l’objectif
Souche résistante (R)= CMI>CCS : 100 : par exemple si on trouve des
échec du traitement. chainettes→ streptocoques, si en grappe
→staphylocoques… en cas des
S’il n’ya pas des colonies qui poussent sur staphylocoques on procède coagulase→
la gélose Mac Conkey on procède ainsi la + : S. aureus
coloration de Gram.
→ - : autres.
Etapes :
Après mettre une colonie sur la lame, on
met une solution de violet de gentiane
pendant une minute.
Laver avec l’eau.

VIII. Hémoculture
La réalisation d’une
hémoculture est faite pour affirmer une
infection sanguine généralisée puisque le
sang est normalement stérile. La présence
d’une seule hémoculture positive affirme
la bactériémie ou septicémie. La
septicémie se caractérise par le passage
de microbes dans le sang par conséquence
provoque la fièvre prolongée comme état
clinique remarquable.
Protocole :
Incubation des hémocultures dans l’étuve
pendant 10 jours avec observation
quotidiennement de l’aspect
macroscopique en vue de rechercher des
signes témoignant d'une croissance
visible :
Trouble: Bacilles à Gram négatif
aérobies, Staphylocoque…
Hémolyse : Streptocoque,
Staphylocoque…
Production de gaz : Bacilles à Gram
négatif aérobies et anaérobies.
Coagulum/ caillot : Staphylococcus
aureus.
Si les hémocultures sont positives avant
ces 10 jours on réalise l’ensemencement
directement sur gélose au sang (pour les
streptocoques) et gélose chocolat (les
autres germes essentiellement pour
Neisseria et Haemophilus) en anaérobie
dans l’étuve (37°c) sinon on attend à la
fin des 10 jours et on ensemence par des
stries serrées dans 3 sens différents.
Incubation des géloses pendant 24 heures
à 37°c.
L’observation microscopique en effectuant
la coloration de Gram.
Stage en Microbiologie PV2 14
Isoler les germes trouvés dans les géloses
pour une identification précise et effectuer
l’api et l’antibiogramme.
Interprétation des résultats et rédaction du
compte-rendu.
NB: Si toutes les hémocultures sont
négatives, le diagnostic de la septicémie
est écarté mais si les conditions de
prélèvement et les hémocultures sont
correctement effectuées loin de toute
contamination. Par suite, Ilya des cas où
l’hémoculture peut être faussement
négative :
Les prélèvements sont effectués trop
tardivement au cours de la maladie.
Les prélèvements sont pris lors d’une
antibiothérapie.
Mauvaises conditions d’hygiène…
Autre méthode pour l’hémoculture :
Cette méthode est plus efficace et plus
fidèle à cause de la présence de la gélose
verticalement et en contact direct avec le
sang et moins cas de contamination. Si le
résultat est positif Ilya des colonies qui
poussent sur la gélose.
Protocole :
L’incubation dure aussi 10 jours dans
l’étuve à 37°c avec une observation
quotidienne, s’Ilya des colonies on
ensemence sur gélose au sang et gélose

chocolat et poursuivre les mêmes étapes
IX. Coproculture
La coproculture est la mise en culture des
selles pour chercher un agent infectieux
responsable des troubles digestifs
présentés. Les germes pathologiques sont
normalement absents : Salmonella,
Shigella, Campylobacter, certains
Escherichia coli, Vibrio cholerae…Ces
derniers peuvent être responsables
d'infections digestives et le plus souvent
une diarrhée qui n’est pas toujours
bactérienne peut être due soit à la
présence des parasites, virus, levures soit
due au régime alimentaire, antibiothérapie
ou psychologique.
Technique :
Examen macroscopique : noter l’aspect
des selles pâteux, hémorragique, liquide…
Examen microscopique :
Etat frais : on met entre lame et lamelle
un échantillon+ une goutte de sérum
physiologique à l’aide d’une anse en
plastique, on observe au microscopique
optique objectif 40 et on note la présence
des leucocytes, des hématies et des
bactéries.
Coloration de Gram : observation au
microscope optique objectif 100.
On note ainsi la présence des parasites,
leucocytes, hématies, la flore est équilibrée
ou non…
NB : si les selles sont solides on fait une
dilution dans 5cc d’eau peptone.
Stage en Microbiologie PV2 15
que la méthode précédente.
Si les selles sont liquides on ajoute une
coloration avec le bleu de Méthylène.
Culture :
Dans un tube on met 4-5cc de solution
de sélénite de Na et on ajoute un
échantillon de selles.
Ensemencement sur gélose SS (sélectif
Salmonella- Shigella)= SS1.
Incubation dans l’étuve à 37°c pendant
24 heures.
Ensemencement le jour après sur gélose
SS aussi= SS2 + milieu urée-indole+
milieu de Kligler-Hajna.
Si indole+ (anneau rose) → Salmonella.
Si indole- → disque ONPG et on voit
chaque 30min :
Si ONPG-: le milieu est transparent→
Salmonella.
Si ONPG+ : le milieu est jaune→
api10E.
NB : Si l’api 10E ne donne pas de
résultat on utilise l’api 20E (plus
spécifique) et pour les bactéries non
fermentaires et Pseudomonas on réalise
l’api 10NE.
Coproculture orientée :
En cas de diarrhée très aqueuse, sans
fièvre et avec la notion de voyage en pays
 Stage en Microbiologie PV2 16

endémique, on cherche Vibrio cholerae et En cas de suspicion d’intoxication

E. coli entérotoxinogène (ECET).
En cas de dysenterie ou entérite purulente
et sanglante avec fièvre, on s’oriente à
Yersinia et à E. coli entéro-invasif
(ECEI).
alimentaire on cherche donc Salmonella,
Clostridium perfringens, Yersinia,
Staphylococcus aureus et Bacillus cereus
entérotoxinogène.

X. Examen bactériologique des prélèvements

génitaux et urétraux :
Cette analyse bactériologique permet Culture: on ensemence successivement
la recherche des bactéries pouvant être sur gélose au sang, gélose au chocolat,
responsables d’infections génitales ou des VCN (Vancomycine, Colistine, Nystatine)
maladies sexuellement transmissibles et on et Sabouraud.
met en considération que les sécrétions
génitales contiennent de façon normale Identification : api 10E puis
des cellules épithéliales et des bactéries l’antibiogramme s’Ilya des colonies qui
appartenant à la flore normale. On poussent dans les géloses.
procède par suite les examens suivants: Résultats pathologiques:
EXAMEN CYTOLOGIQUE: Vaginose bactérienne avec déséquilibre de
Rares, peu ou assez nombreuses cellules la flore normale.
épithéliales
Rares, peu ou assez leucocytes vulvo-vaginites, urétrites, cervicites:
Absence ou présence d'hématies causées principalement par Chlamydiae,
mycoplasmes, gonocoque, Trichomonas,
EXAMEN PARASITOLOGIQUE: Candida (levure).
Absence ou présence de trichomonas En effet, l’interprétation des examens des
vaginalis prélèvements génitaux est toujours difficile,
EXAMEN MYCOLOGIQUE: en particulier chez la femme, du fait de
Examen direct : absence de spores et l’abondance et de la variété de la flore
filaments mycéliens bactérienne du bas appareil génital.
Culture sur milieux de Sabouraud : NB: Le prélèvement est effectué de
absence de candida préférence au laboratoire ou doit y être
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE: acheminé rapidement. Un traitement par
Examen direct : flore pauvre, polymorphe, antibiotique gêne l'interprétation de cet
sans caractère pathogène. examen et doit impérativement être
Protocole : signalé.
Examen microscopique : Pour l’examen bactériologique du
Etat frais : on met l’écouvillon dans prélèvement de l’oreille on met tout
0,5cc de sérum physiologique, on étale d’abord ’écouvillon dans un milieu
une goutte entre lame et lamelle et on d’enrichissement puis on procède les
observe au microscope. mêmes étapes des prélèvements génitaux
et urétraux.
Cytologie : réalisation des colorations de
Gram et de Bleu de Méthylène.
XI. Examen cytobactériologique du liquide
céphalorachidien :
LCR est recueilli par la ponction au niveau acheminé rapidement au laboratoire car
des vertèbres lombaires, il doit être son examen est une urgence. Cet examen

est réalisé en cas de méningite due à
l’existence des bactéries telles que :
Streptococcus pneumoniae, E. coli,
Pseudomonas, Staphylococcus aureus…
Protocole :
Examen macroscopique :
Limpide ou clair « eau de roche »
Hémorragique
Trouble ou aspect eau de riz
Purulent
Culture :
On ensemence en goutte (3gouttes :
milieu) sur gélose au sang, gélose au
chocolat et puis incubation à 37°c dans
l’étuve pendant 24-48 heures (pour
XII. Examen bactériologique de l’ascite
On effectue cet examen en cas de
douleurs et inconfort abdominales et une
dyspnée dont l'échographie et surtout la
ponction abdominale le confirment. On
peut faire l’analyse aussi de l’œdème
articulaire et l’épanchement pleural car ils Méthylène.
sont souvent associés à l’ascite.
Protocole:
Culture : ensemencement sur gélose au
sang, gélose au chocolat et bouillon
(aérobie et anaérobie). Ensuite incubation
à 37°c dans l’étuve pendant 24 heures.
XIII. Examen cytobactériologique du pus
Le pus est un mélange des leucocytes, il
est produit lors d’une infection de micro-  Jaunâtre séreux : gonocoques.
organismes pyogènes (des bactéries ou
parfois des parasites).
Examen macroscopique : effectuer
selon l’aspect et la couleur :
 Jaune, crémeux et épais :
Staphylocoques.
 Blanc, séreux et clair :
Streptocoques.
 Blanc-verdâtre : bacille
tuberculeux.
Stage en Microbiologie PV2 17
gélose au chocolat on la met dans une
jarre et on ferme : en anaérobiose).
Examen microscopique :
Cytologie sur Malassez pour compter les
hématies et surtout les leucocytes en cas
où le nbr des leucocytes> 10GB/mm3.
Précédemment les techniciens utilisaient la
centrifugation sur culot puis observation
au microscope après la coloration de
Gram et la coloration de Bleu de
Méthylène.
On effectue ensuite, selon les résultats
trouvées, l’api ( pour identifier la bactérie
en cause) et l’antibiogramme puis
l’interprétation des résultats et remplir le
compte-rendu.
Cytologie : la numérotation et la formule
des éléments.
Examen direct : réaliser la coloration du
Gram et la coloration de Bleu de
Personnellement, je n’ai pas assister à cet
examen mais les techniciennes m’a
expliqué ces étapes car c’est rare de
recevoir les prélèvements de l’ascite au
laboratoire de bactériologie puisque le plus
important est de chercher le taux des
protides (dans le laboratoire de biochimie)
surtout en cas de cirrhos
 Verdâtre d’odeur aromatique :
bacille pyocyanique.
 Gris et fétide : germes anaérobies.
 Brun chocolat : amibes.
 Clair et séreux : candida.
 Pus avec des grains blancs :
Actinomyces.
 Stage en Microbiologie PV2 18

→examen orienté.  Pus cutané : même géloses pour

Examen microscopique : réaliser la la culture mais si morsure on met
coloration de Bleu de Méthylène pour la la gélose au sang en anaérobiose.
cytologie et la coloration de Gram pour  Prélèvement conjonctival :
identifier les germes à G+ ou G-. culture sur gélose au sang, gélose
Culture :
au chocolat, thioglycolate et VCN
 Pus d’oreille : la culture sur si nouveau né et pédiatrie <3mois.
gélose au sang, gélose au chocolat,
thioglycolate et Sabouraud. Personnellement, je n’ai pas assister à cet
examen et j’ai pris ces informations des
documents qui m’a donné les
techniciennes
VII. Service de
Parasitologie
Les tests réalisés:
a)Vitesse de sédimentation
On réalise ce test sur sang total anti- La valeur normal chez un âgé (plus que
coagulé avant une opération chirurgicale, 50ans)= 40mm/h.
demandé aussi dans le service de
cardiologie ou bien en cas d’inspecter le
rhumatisme (VS est élevée)… On met une
pipette P-2 graduée dans un tube de
verre en position verticale pour séparer le
plasma et les éléments sanguins et on
mesure la vitesse de sédimentation
nécessaire pour que les globules rouges
tombent en bas du tube, cette vitesse est
mesurée par capillarité après une heure
en mm/h.
Le temps augmente physiologiquement
pendant la grossesse et avec l'âge. Il est
donc un peu plus important chez les
personnes âgées. Mais une nette
augmentation oriente vers une infection
bactérienne ou vers un syndrome
inflammatoire. La vitesse peut aussi
diminuer en cas de traitement par un →C’est un test facile à réaliser et peu
anti-inflammatoire. couteux.
La valeur normal chez un adulte de moins
de 50ans= 20mm/h.

II. Labstix
C’est un test simple, rapide et de lecture pH… indiquant par le changement du
immédiate qui consiste à mettre des couleur de ces bandelettes après 60sec.
bandelettes dans les prélèvements des
urines afin d’effectuer certains examens
demandés par le médecin comme la
recherche du glucose, taux des protéines,
 Stage en Microbiologie PV2 19

L'augmentation du taux de protéines dans

les urines (protéinurie) peut être le
résultat d'un effort ou d'une atteinte des
glomérules mais c’est le médecin qui
décide en fonction des résultats et des
symptômes la maladie et le traitement
convenable.

Outil de dépistage : infection urinaire,

diabète, fièvre inexpliquée…
Les protéines en excès dans les urines par
exemple peuvent avoir plusieurs
origines. Il est normal d'en trouver mais
c'est l'excès qui peut être un problème. 

III. Coprologie parasitaire

Les espèces parasitaires couramment Schistosoma intercalatum
rencontrées:
Isospora belli (sporocystes + sporozoites)
Enterobius vermicularis
Entamoeba histolytica
Trichurus tricuira
Entamoeba coli
Ascaris lumbricoides
Entamoeba hartmanni
Ankylostoma sp
Pseudolimax butschlii
Trichstrongylus sp
Endolimax nanus
Strongyloides stercoralis
Sacocystis hominis
Taenia saginata
Cryptosporidium sp
Hymenolepis nanus
Hymenolepis diminuta
Giardia lamblia
Chilomastix mesnii (kyste)
Trichomonas vaginalis Cet examen a pour but la recherche et
l’identification des parasites trouvés dans
Dientamoeba fragilis les selles.
Fasciola hepatica Les selles doivent être recueillies dans un
récipient propre et sec en plastique ou en
Dicrocoelium dendritum verre.
Schistosoma mansoni L’examen doit se pratiquer sur des selles
Schistosoma haematobium fraichement émises ayant séjourné moins
d’une heure dans le milieu extérieur.

Les selles ne doivent pas être mélangées
avec les urines.
Examen macroscopique :
Consistance
Couleur (noir, verdâtre…)
Diarrhéique (généralement causé par
Giardia).
La présence de mucus ou de pus.
Hémorragique…
Examen microscopique: renseigne sur :
l’aspect microscopique de la digestion :
sucre, graisse et protéine.
La présence et l’abondance de la mucus,
leucocytes, hématies, cellules épithéliales
intestinales …
La présence des parasites, des œufs, des
kystes, des larves ou des formes
végétatives…
Examen direct : on met dans un tube un
échantillon de matière fécale et on ajoute
1cc de sérum physiologique 0,9% de
NaCl étant proche de la concentration
interne de la cellule des parasites puisque
l’eau distillée augmente la concentration
interne de la cellule d’où l’éclatement et
par suite on ne peut pas voir les formes
de parasite. Ensuite on étale une goutte
sur lame, la recouvrir par une lamelle et
on observe au microscope.
Technique d’enrichissement par le
réactif de MIF :
Principe: c’est une technique de
conservation, de coloration et de
concentration des parasites pour la mise
en évidence des amibes et autres
protozoaires. C’est une méthode basée sur
la différence de densité entre les débris
gênants et les parasites : les selles sont
délayées dans une solution de densité bien
déterminée, telle que les parasites les plus
denses se déposent spontanément -
sédimentation- ou d’une façon accélérée
-centrifugation- tandis que les particules
alimentaires non digérées et les bactéries
surnagent ou restent en suspension.
Stage en Microbiologie PV2 20
Indication: dans tous les cas et
quelque soit la consistance des selles
au départ. Elle permet de fixer une
grande quantité de selles et de
conserver pendant plusieurs années
un matériel de référence.
Résultat: les kystes, les formes
végétatives, les œufs et les parasites se
colorent en vert jaunâtre ou en brun plus
ou moins foncé. Au de quelques heures, la
coloration initiale due au lugol est
remplacée par la coloration due au
l’éosine. La membrane nucléaire devient
rouge foncé à noire, la chromatine n’est
pas colorée et apparait par sa seule
réfringence, le cytoplasme est rouge.
Exemple : kyste de Entamoeba coli.
Personnellement, je n’ai pas vu cette
technique car il n’ya plus de réactif de MIF
pendant la période de mon stage.
On peut différencier les kystes par la taille
et le nombre de noyau.
Exemple : Entamoeba histolytica : 2-4
noyaux.
Entamoeba coli : plus
grande taille, 4-8 noyaux.
Endolimax nana : taille
plus petite, 1-2 noyau.
Ces amibes et aussi le genre Giardia sont
les plus répondus dans la région de Gafsa
qui sont dus à la mauvaise hygiène des
légumes, les fruits, les toilettes…
 Stage en Microbiologie PV2 21

Kyste de Giardia
kyste de Entamoeba histolytica

NB : l’examen de parasitologie comporte

aussi le prélèvement instantané des
cheveux pour mettre en évidence certains
parasites par exemple la teigne.
IV. Protéine 24h
Etude qualitative : pour la recherche du
taux de l’albumine dans les urines est
normal ou non en mettant la bandelette
dans l’échantillon des urines et voir le Urines 20µl - -
changement de couleur.
Etalon - 20µl -
Réactif 1 1 1

Etude quantitative : en mesurant la

diurèse pendant 24 heures par un bécher
gradué. La valeur normale doit être entre
1,5l et 2,5l.
A l’aide d’une machine : spectro BTS on On calcul enfin []= 1,2× diurèse. Ensuite
met 2µl d’urines et 1cc de réactif : interprétation des résultat
protide étant le blanc et l’étalon sont
mémorisés dans la machine.

V. Test de grossesse
Ce test est rapide, simple et économique. Les résultats sont clairs et bien lisibles :
On immerge des bandelettes de
‘programme test’ HCG dans des flacons Test positif  (femme enceinte): 2 bandes.
des urines, on les laisse 10 secondes et Test négatif : 1 bande.
on les retire. La lecture se fait après 5
min.
 Stage en Microbiologie PV2 22

Test incorrect : pas de bande.

VIII. Conclusi
on

Ce stage était d'une importance majeure, en fait c'était une bonne

occasion de concrétisation des connaissances théoriques en
microbiologie et en parasitologie, il m'a bien servi en matière des
gestes techniques et d'interprétation des résultats des examens de
laboratoires,
Mes critiques concernent surtout le matériel vieilli, le manque de
certains réactifs, ainsi que la salle est ouverte (fenêtres et porte
Remarques ouvertes,) ce qui risque de contaminer les échantillons
Bref, La microbiologie est un domaine vaste qui évolue
continuellement, il faut qu'on sera au courant des techniques de
diagnostic et de recherches médicales modernes et leurs
application dans le monde vétérinaire