EXAMEN

CYTOBACTERIOLOGIQUE DES
URINES (ECBU)

SERIGNE MANSOUR GUEYE

DES 4 2018 2019
 OBJECTIFS

 Connaitre les indications de l’ECBU;

 Connaitre les différentes étapes pré analytiques : conditions
de réalisation, recueil du prélèvement, conservation,
transport;
 Maitriser les différentes étapes de réalisation de l’ECBU;
 Pouvoir interpréter les résultats quelque soit le contexte;
 Connaitre les principales espèces responsables d’ITU.
 PLAN
I. Généralités
II. Etapes pré analytiques
III. Examen cytobactériologique
IV. Interprétation des résultats
V. Principales espèces responsable d’ITU
VI. Conclusion
I. GENERALITES
 I. GENERALITES

1. Introduction
L'examen cytobactériologique des urines ou ECBU
 est l’Examen le plus courant au laboratoire de
microbiologie  fréquences des infections du tractus
urinaire (ITU),
 permet de diagnostiquer une infection urinaire et
d’identifier le germe responsable afin de recourir au
traitement le plus efficace
 I. GENERALITES
2.RAPPEL
 Rappel anatomique
ORGANES
Reins: filtrent les urines
Vessie: sert de réservoir d’urines
Prostate: chez l’homme , fait partie de l’arbre
urinaire
Voies d’écoulement : uretères et urètres
 I. GENERALITES
 FLORE COMMENSALE
 Flore Voies urinaires
 Reins , vessie, uretères sont stériles
 1/3 externes de l’urètre renferme une flore commensale

 Flore des urines

 Urines normalement stériles
 Peuvent être contaminées par la flore du méat et ou du périnée
a l'émission

 Eléments figures des urines

Lymphocytes , cellules renales, cellules vesicales…
Cristaux , cylindres
 I. GENERALITES
Infection des voies urinaires
 ORIGINE INFECTION DES VOIES URINAIRES
 INFECTION ASCENDANTE : les bactéries partent du
périnée
 Infection descendante: les bactéries proviennent du sang
 Infections iatrogènes: secondaires au sondage vésicale,
grossesse , autres exploration fonctionnelles
 Terrain favorisant: sexe féminin , grossesse ,diabète
sonde a demeure…
 Types d'infections : néphrite , urétrites, prostatite cystite
 I. GENERALITES
 Infection peut être responsable de pyélonéphrite et se compliquer
d’une
insuffisance rénale si mal ou tardivement diagnostiquer,
 Objectifs de l’ECBU :
 Mettre en évidence des signes d’inflammation de l’arbre urinaire
(leucocyturie),
 Identifier et quantifier le ou les micro-organisme(s) pathogène(s),
 Déterminer leur phénotype de résistance aux antibiotiques.
 . GENERALITES
• Indications
II. ETAPES PRE
ANALYTIQUES
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 RECUEIL DES URINES :
 Examen de réalisation et d’interprétation parfois délicate  qualité
du

prélèvement point le plus important de l’analyse bactériologique;

 Objectif majeur  recueillir urine vésicale , normalement stérile

en évitant sa contamination lors de la miction par la flore commensale

colonisant urètre terminal et région périnéale.

 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
• Moment de recueil
• Avant tout antibiothérapie
• Moment idéal: matin au réveil , recueillir les
urines de la 1er miction
• Sinon a tout heure après 3h d'abstention d'uriner
• Aucun délai chez les porteur de sonde vésicale
• matériels,:
• Flacon(pot) stérile, poche adhésive stérile,
seringue stérile montée d’une aiguille stérile
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Techniques de recueil
 Recueil « à la volée » ou « du milieu de jet » :
adultes et enfants avec miction volontaire
- Lavage hygiénique des mains et toilette soigneuse au
savon ou antiseptique de la de la région vulvaire chez la
femme et du méat chez l’homme suivi d’un rinçage à
l’eau,
- Eliminer le 1er jet (20 ml) pour ne recueillir dans un pot
stérile que 20-30 ml suivants en veillant à ne pas
toucher le bord supérieur du récipient,
- la femme doit s’accroupir , écarter les grandes lèvres de
la vulve et prélever
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Chez le nourrisson
 Dispositif à usage unique, adapté à l’anatomie placé après
désinfection
soigneuse du périnée et ne peut être laissé en place plus de 30 min pour
éviter la contamination.
 Passé ce délai si l’enfant n’a pas uriné le dispositif est retiré et
remplacé par un collecteur neuf.
 Dès la miction terminée, le collecteur est retiré et les urines sont
transvasées dans un flacon stérile.
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Chez les porteurs de sonde à demeure
Ne pas déconnecter la sonde du collecteur d'urines , ni prélever les
urines contenues dans le collecteur
 A laide d’une pince , clamper la tubulure entre le sexe et le bocal
d’urines
 Nettoyer soigneusement la tubulure avec un antiseptique
 Avec une seringue stérile ,piquer dans la tubulure entre le pince et le
sexe
 Recueillir 20ml d’urines
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Ponction sus-pubienne ou par cathétérisme urétral
 La ponction sus-pubienne expose à peu de risques graves mais
nécessite une indication rigoureuse et une équipe entrainée : après
désinfection des téguments les urines sont directement ponctionnées
dans la vessie à l’aide d’une seringue,
 Le cathétérisme de réalisation facile chez la fille, s’avère délicat
chez le garçon et expose à un risque traumatique de l’urètre et à une
IU iatrogène,
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
Lors de ce prélèvement, les premières gouttes d’urines, potentiellement
contaminées, doivent être éliminées,
- Chez la femme, cathétérisme conseillé si miction impossible.
 Recueil des urines du 1er jet (Après massage prostatique éventuel)
Intéressant en cas de suspicion d’infection urétrale ou prostatique
pour la recherche de Mycoplasmes urogénitaux ou de
Chlamydia trachomatis.
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES

 Recherche de Mycobactéries

Examen exécuté sur prescription spécifique,

Effectuée sur la totalité de la 1ère miction du

matin après restriction hydrique 3 jours de
suite.
II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Transport et conservation :
 Renseignements devant accompagnés les prélèvements
:
- Identité du malade , âge et sexe du patient,
- Mode et heure du prélèvement,
- Motifs de la demande,
- Diagnostic clinique,
- Antécédents d’ITU, notion de maladie concomitante,
- Traitement éventuellement déjà institué,
- Date heure du recueil
- Hospitalisation ou non du malade,
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Urines recueillies dans récipient stérile et acheminées
rapidement au laboratoire . Jamais conservées + de 2h à
température ambiante afin d’éviter la pullulation
microbienne et d’ éventuelles bactéries contaminantes,
 Conservées à + 4°C pour durée max. de 6 à 12h : au
delà de 12h à 4°C, bactériurie non modifiée mais les
leucocytes peuvent s’altérer et se grouper en amas,
 II ETAPES PRE ANALYTIQUES
 Utiliser un tube contenant de l’acide borique pour
une conservation
de l’urine pendant 48 h à température ambiante sans
modification
notable bactériurie et leucocyturie .
 Le transport se fera dans un récipient contenant de la
glace (4°C) pour une durée maximale de 6 à 12h.
EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE
 Examen macroscopique :
 Renseigne sur les caractères organoleptiques des urines
- Urines normales sont limpides et jaune paille
- Suspicion d’ITU en cas de trouble
 Examen microscopique :
 Examen cytologique (cytologie quantitative et qualitative)
 Examen bactériologique (présence éventuelle de germes).
 III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Examen cytologique
Cytologie quantitative
Numération des éléments figurés sur les urines totales, concentration
exprimée /ml
 Utilisation de cellules «calibrées» de Malassez, kova..
 Entre lame et lamelle : numération en comptant le nombre de
leucocytes /chp

 Leucocyturie si > 104 / ml (sans valeur chez patient sous sonde).

 III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

Cytologie qualitative :
 Etat frais à partir du culot de centrifugation (3000 trs
/mn);
 Déceler présence hématies, leucocytes, cristaux
(phosphate, oxalate, urate), de cylindres, de cellules
(rondes rénales, vésicales en raquette, endothéliales)
 Parasites : œuf de Schistosomes , Trichomonas vaginalis,
 Levures..
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE
 Examen bactériologique
- Etat frais : mobilité et type de mobilité;

- Coloration de Gram : morphologie, affinité

tinctoriale, mode de regroupement.
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Uroculture :
 Milieux de culture :
- CLED ( Cystine-lactose-Electrolytes-Deficient),
- Gélose Mc Conkey;
- Milieux chromogènes (Ex: Uriselect)
- Lowenstein Jensen (Recherche de mycobactéries)
…
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Dénombrement des Germes Urinaires (DGU) :

plusieurs méthodes
 Méthode de l’ Anse calibrée
- prélever 10 µl d’urine et diluer dans 1ml d’eau stérile et
ensemencer sur CLED incuber à 37°c pendant 24h,
- méthode la plus utilisée, simple et fiable ,
- Une colonie correspond à 104 bactéries / ml.
 III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Méthode des lames immergées

On plonge dans l’urine fraichement émise une lame portant
des milieux nutritives généralement les géloses Mc Conkey
et CLED
 Méthode simplifiée de Véron
- Urines diluées au 1/100 en eau distillée stérile,
- On étale 0,1 ml de cette dilution ,
- Une colonie correspond à 1000 bactérie/ml.
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Méthode originale de KASS

Dilutions en série de 10 en 10, un volume connu de
chaque dilution est étalée sur une boîte de pétri.
 Techniques automatisées cytométrie en flux
couplée à une détection de fluorochrome ou une
technique d’analyse d’images après capture par
système vidéo.
 III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Résultats obtenus après 24 h d’incubation à 37°C en aérobiose;

 Recherche de Mycobactéries devant toute pyurie avec uroculture
négative ou devant présomptions cliniques de tuberculose;
 Germes responsables infections uro-génitales (gonocoque,
Chlamydiae, Ureaplasma) ou anaérobies stricts pouvant être
recherchés exceptionnellement dans les urines d’où intérêt
dialogue clinico-biologique.
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Autres techniques :
Détection bactériurie et leucocyturie dans urines
 Recherche dans les urines :
- Nitrate réductase ( enzyme bactérienne),
- Estérases leucocytaires
Résultat en quelques min par immersion
bandelette réactive dans l’urine.
 III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Plusieurs difficultés d’interprétation: leucocyturies dues

aux leucorrhées, ou fausses leucocyturies lors

d’hyperalbuminémie ou en présence d’acide

ascorbique, de nitrofurantoine ou de gentamicine

 Test sans valeur chez les patients sondes (leucocyturie

systématique).
III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

• Recherche de nitrites faussement négative lors

d’infections causées par des bactéries ne
produisant pas de nitrate réductase tels que
Staphylococcus spp., Enterococcus spp.,
Pseudomonas spp., ou Acinetobacter spp.

1: nitrate réductase
2: leucocyte estérase
 III. EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE

 Identification
Démarche classique de l’étude des caractères biochimiques (Api
20 E, Api NE) et éventuellement des caractères antigéniques par
agglutination.
 Antibiogramme
 Identification de l’espèce responsable ITU toujours suivie de
l’ABG, réalisé selon les recommandations du CA-SFM ;
 Tester les antibiotiques actifs sur l’espèce en cause et dont la
diffusion dans le tractus urinaire est suffisante.
IV. INTERPRETATION DES RESULTATS
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS

 Diagnostic repose sur des signes cliniques évocateurs, l’existence

d’une bactériurie et d’une leucocyturie considérées comme
significatives,
 Leucocyturie
 A l’état physiologique : l’urine contient moins de 10³
leucocytes/mL (et moins de 10³ hématies/mL).
 En cas d’infection urinaire, la leucocyturie est considérée comme
significative si elle est ≥ 10⁴ leucocytes/mL (± associée à une
hématurie ≥ 10⁴ hématies/mL)
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS

 Bactériurie :

 Le seuil de bactériurie est fonction de la forme clinique et de

l’espèce bactérienne;

 Quatre groupes de micro-organismes sont définis selon leur

caractère pathogène, le seuil de bactériurie significatif (pour

l’espèce) et leur niveau d’implication dans l’étiologie des IU

(European Guidelines for Urinalysis ).

 IV.INTERPRETATION DES RESULTATS

 Groupe 1 :
 Bactéries considérées comme particulièrement
uropathogènes et souvent isolées chez des patients ne
présentant pas d’uropathie;
 Le seuil de bactériurie retenu pour ces espèces est de
10³ UFC/mL quel que soit le tableau clinique.,
 Comprend : E. coli , Staphylococcus saprophyticus
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS
 Groupe 2 :
- Bactéries uropathogènes qui peuvent être responsables d’IU
communautaires (en particulier les entérobactéries), mais plus
habituellement impliquées dans des IU nosocomiales ou lorsqu’il
existe des facteurs anatomiques ou iatrogènes favorisants,
- Comprend : Proteae, Klebsiella spp., Enterobacter spp., Serratia
spp., Citrobacter spp., Corynebacterium urealyticum,
Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus
aureus.
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS
 Pour ces espèces bactériennes :
- en culture mono microbienne (plus particulièrement
pour Enterococcus spp), le seuil significatif de
bactériurie est 10⁴ UFC/mL chez la femme et est
abaissé à 10³ UFC/mL chez l’homme mais si retrouvé
en association avec E. coli, ce qui est fréquent en
pratique clinique le seuil est alors augmenté à 10⁵ UFC/
mL.
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS

 Groupe 3 :
 Bactéries dont l’implication comme pathogène est peu
probable et exige un niveau de bactériurie ≥ 105 UFC/mL.
 Il s’agit de : Streptococcus agalactiae, staphylocoques à
coagulase négative (autre que Staphylococcus
saprophyticus), Acinetobacter spp., Stenotrophomonas
maltophilia, autres Pseudomonaceae, Aerococcus urinae,
Oligella urethralis ou les Candida spp.
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS
 Groupe 4 :
 Espèces considérées comme contaminantes, qui appartiennent
habituellement à la flore urétrale ou génitale de proximité :
lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella
vaginalis, Bifidobacterium spp., bacilles corynéformes (sauf
Corynebacterium urealyticum);
 Théoriquement, seul leur isolement à partir d’une ponction sus-
pubienne peut permettre de confirmer leur rôle pathogène.
IV. INTERPRETATION DES RESULTATS

Interprétation de la bactériurie en fonction du germe et du sexe

 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS
 Interprétation
 Absence de leucocytes, pas de germes: absence d’infection;
 Absence de leucocytes , bactériurie, aspect mono microbien:
infection possible
(sujet aplasique, infection débutante ou contamination);
 Absence de leucocytes, bactériurie, aspect poly microbien: urine
contaminée;
 Leucocyturie, pas de germes: malade traité, BK, souillure vaginale
(refaire en fonction contexte clinique).
 IV. INTERPRETATION DES RESULTATS

Leucocyturie, bactériurie, aspect mono

microbien: infection certaine. Identifier germe
et réaliser ABG
 Leucocyturie, bactériurie, aspect poly
microbien: infection mixte possible, infection
sur sonde , prélèvement contaminé.
IV. INTERPRETATION DES RESULTATS
 IV. PRINCIPALES ESPECES
RESPONSABLES D’ITU
 IU communautaires
E. coli (80 %) , Proteus, Klebsiella, Enterobacter , Enterococcus,
S.saprophyticus, Streptocoques , Candida etc.
Plus rarement isolés Corynebacterium urealyticum, Oligella
urethralis, Aerococcus urinae
 IU nosocomiales
E. coli, Pseudomonas aeruginosa, S. aureus, Enterococcus, S.
maltophilia, Acinetobacter …
 Recherche particulière N. gonorrhoeae, Chlamydia , BK..
Tecnique ECBU au Laboratoire
 V. CONCLUSION

 Très courant en routine hospitalière,

 Bonne interprétation prend on compte différents aspects du

prélèvement jusqu’ à l’identification ainsi que toutes les

données relatives au patient,

 Nécessité d’une concertation clinico-biologique poussée.

 REFERENCES

 Bactériologie médicale : Techniques usuelles, 2e éd, France :

Elsevier Masson; 2011
 Seuils de bactériurie significative dans l’infection urinaire :
Comparaison des recommandations nationales et internationales en
langue française et anglaise pédiatriques et adultes, thèse, Octobre
2014;
 Examen Cytobactériologique des Urines : http://bacterioweb.univ-
fcomte.fr/bibliotheque/remic/02-ECBU.PDF
• MERCI POUR VOTRE AIMABLE
ATTENTION