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Examen Cytobactériologique des Urines

(ECBU)

OBJECTIFS
-Définir l’examen cytobactériologique des urines (ECBU)
-Expliquer les techniques de prélèvement des urines ainsi que les conditions de
transport et de conservation des prélèvements au laboratoire.
-Décrire les différentes étapes de l’ECBU
-Citer les principaux agents d’infections du tractus urinaire (ITU).
-Interpréter les résultats d’un ECBU.
1-GENERALITES
Les prélèvements d'urines figurent parmi les produits les plus fréquemment analysés au
laboratoire de bactériologie. Leur examen cytobactériologique confronte le biologiste à
des problèmes importants dont la qualité du prélèvement, son transport et sa
conservation au laboratoire, la mise en culture et surtout l'interprétation des résultats.
1.1-Définition
L'ECBU n'est pas une seule observation directe du culot urinaire au microscope
ordinaire; il comprend aussi la mise en culture de l'urine (uroculture),
l’identification et la détermination de la sensibilité aux antibiotiques de la/des
souches bactériennes responsables de l'infection du tractus urinaire (ITU).
1.2-Physiopathologie de l'infection du tractus urinaire (ITU)
L'arbre urinaire ou le tractus urinaire (TU) comprend de bas en haut, (i)-l’urètre qui
s’ouvre sur l’extérieur par le méat urinaire, la vessie avec la prostate à sa base chez
l’homme, (iii)-les 2 uretères qui lient la vessie aux (iv)-2 reins.
Les reins sont normalement stériles; leur infection se traduit par la présence de germes
dans les urines. Mais toute présence de bactéries dans les urines ne traduit pas une
infection de tractus urinaire (ITU), car lors de leur émission les urines peuvent être
contaminées par les bactéries du méat urétral ou du périnée. Cette contamination des
urines est surtout fréquente chez la femme dont l'urètre est court et s'ouvre au niveau
de la vulve, au voisinage du vagin et de l'anus.
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Figure 1 : Schéma de l’appareil urinaire masculin

Les ITU peuvent se produire par plusieurs voies:
-généralement par voie ascendante, à partir de la flore fécale et/ou périnéale.
-rarement par voie descendante hématogène (cas des fièvres typhoïdes) ou
lymphatique (pas prouvée).
-par voie iatrogène, des bactéries commensales de la flore endogène ou des bactéries
exogènes sont alors introduites dans le TU par cathétérisme instrumental et
manœuvres endoscopiques, ou lors de la mise en place de sonde à demeure
Les sites d'ITU les plus fréquents sont l'urètre (urétrite) et la vessie (cystite). L'ITU peut
guérir spontanément, si non, à partir de la vessie (cystite), elle peut remonter le long
des uretères (urétérite), s'étendre aux reins (pyélonéphrite) et puis la circulation
sanguine (septicémie).
1.3-Indications de l'ECBU
Plusieurs circonstances peuvent amener le clinicien à prescrire un ECBU : elles
peuvent être liées à la présence de signes cliniques ou non.
1.3.1-Indications liées à la présence de signes cliniques et/ou biologiques
urinaires.
-Signes patents : brûlures mictionnelles, dysurie, pollakiurie (augmentation exagérée
du nombre d'émission des urines), pesanteur vésicale, hématurie macroscopique ou
autres aspects anormaux des urines (troubles, malodorantes)
-Signes évocateurs : incontinence urinaire, douleurs lombaires, hyperthermie associée
à un autre signe d’ITU (critère de gravité parfois).
Les signes biologiques évocateurs sont essentiellement la bactériurie, la leucocyturie
ou des signes indirects d'infection (Ac homologue de la souche infectante) ou des
signes de lésions rénales (cylindrurie caractérisant une lésion tubulaire, hématurie,…)
1.3.2-Indications liées à l’absence de signes cliniques urinaires
-Signes trompeurs: protéinurie, hyperthermie isolée, personne âgée et/ou alitée,
diabétique.
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-Indications d’ECBU systématiques: femme enceinte (grossesse), contexte pré–

opératoire urologique ou gynécologique, contrôle post-thérapeutique, immunodéprimés,
anomalies anatomiques ou fonctionnelles du tractus urinaire.

2-PRÉLÈVEMENTS
Les urines sont très faciles à recueillir, mais la qualité du prélèvement conditionne la
qualité de l'analyse. Lorsque le prélèvement est fait par le patient lui-même, il est très
important de lui fournir des renseignements précis.
2.1-Précautions générales à prendre
1-Asepsie rigoureuse : éviter les contaminations de l'urine par les bactéries de
l'environnement (périnée, sécrétions génitales, mains de l'opérateur, matériel de
prélèvement,…).
2-Recueillir une urine qui a séjourné au moins 4 heures dans la vessie; en pratique
on recueille les premières urines du matin. L'avantage de cette précaution est que les
bactéries se multiplient dans les urines de la vessie et deviennent alors nettement plus
abondantes, notamment plus que les bactéries de souillure éventuelle de l'échantillon.
3-Éviter de laisser proliférer les bactéries de souillures en examinant rapidement le
prélèvement ou en le conservant moins de 2 heures à +4°C.
4-Arrêter toute antibiothérapie au moins 48 heures avant l'ECBU.
5-Utiliser un récipient propre, stérile pour le recueil des urines (Flacons stériles vendus
en pharmacie).
2.2-Prélèvements chez l'homme : méthode du "mi-jet" ou "à la volée" ou
"prélèvement en milieu de miction"
En ambulatoire, le patient coopératif doit:
(i)-se laver les mains au savon et les sécher avec une serviette propre,
(ii)-se désinfecter le méat urinaire avec une solution d'antiseptique doux (Dakin, savon
doux),
(iii)-se rincer le méat à l'eau stérile
(iv)-éliminer les premiers millilitres d'urine et recueillir les 10 mL suivants dans un flacon
stérile. Refermer rapidement le flacon,
(v)-Apporter rapidement le flacon fermé au laboratoire.
(vi)-Si le malade n'est pas circoncis, il doit dégager le gland et éliminer le 1 er jet avant
de recueillir environ 10 mL d'urines dans le flacon stérile et le refermer rapidement.

Figure 2 : Flacon de collecte d’urines

2.3- Prélèvements chez la femme
2.3.1-Recueil à la volée par la patiente, en ambulatoire
La femme doit:
(i)-s'accroupir ou s'asseoir sur le bord d'une chaise de toilette,
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(ii)-se placer un tampon vaginal pour éviter les souillures des urines par les sécrétions
vaginales,
(iii)-écarter les grandes lèvres et nettoyer soigneusement la vulve et les lèvres d'avant
en arrière, avec des compresses de gaze stérile imbibées de solution antiseptique
doux (Dakin, savon doux),

(iv)-maintenir les lèvres écartées sans

toucher des doigts la zone nettoyée,
rincer le méat d'avant en arrière avec
un tampon d'eau stérile, puis sécher
avec de la gaze stérile
(v)-éliminer le 1er jet d'urine et recueillir
les 10 mL suivants dans un flacon
stérile à large diamètre
(vi)-refermer rapidement le flacon et
l'apporter au laboratoire.

2.3.2-Recueil par sondage vésical

Permet d'obtenir des urines de meilleure qualité, mais expose le patient à des
contaminations vésicales par des bactéries périnéales introduites par la sonde. Le
manipulateur doit porter des gants stériles.
-placer une sonde urétrale (sonde béquillée à usage unique de 2 mm de diamètre);
mais ne pas faire plus d'une tentative de sondage avec la même sonde.
-recueillir 10 mL d'urine vésicale dans le flacon stérile, le refermer rapidement et
l'apporter au laboratoire.

2.4-Chez le nourrisson et le petit enfant

-Donner à boire à l'enfant,

-Nettoyer soigneusement la région périnéale
avec une solution d'antiseptique doux,
-Placer une poche adhésive stérile ou une
poche stérile au moyen d'un adhésif
(exemple: Urinocol*) et la maintenir en place
pendant moins de 60mn,
-retirer la poche dès que l'enfant aura uriné;
Une miction réflexe peut être déclenchée
chez le nourrisson par massage des
muscles para vertébraux (réflexe de Perez)
-refermer rapidement la poche et l'apporter
au laboratoire.
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Figure 5 : Urinocols
2.5-Prélèvements chez les malades alités non porteurs de sonde à demeure
Il s'agit des malades comateux, des oliguriques, des sujets en rétention urinaire aiguë,
…
Les méthodes de prélèvement sont
-le sondage vésical,
-la ponction sus-pubienne: technique idéale, pratiquée quand le "recueil à la volée" est
impossible. Acte chirurgical ne devant être pratiqué qu'en milieu hospitalier.
Dans tous les 2 cas, l'asepsie doit être rigoureuse.

2.6-Chez le malade porteur de sonde à demeure

Sur sonde neuve, nouvellement posée;
-Clamper le tuyau d'évacuation pendant 10mn pour permettre l'accumulation des urines
dans la tubulure,
-Désinfecter avec de l'alcool iodé, la partie de la tubulure qui contient l'urine,
-Ponctionner 2 à 5 mL d'urine à l'aide d'une aiguille montée sur une seringue stérile,
-Transférer l'urine dans un flacon stérile et le refermer rapidement. Ne jamais prélever
les urines dans la poche de collecte de la sonde à demeure. Ne pas déconnecter
le dispositif de drainage qui doit rester fermé.
L'urine du malade externe est recueillie de préférence au laboratoire de bactériologie.
Pour le malade hospitalisé, l'urine est recueillie dans son service; dans le cas où il est
capable de faire lui-même le prélèvement, l'infirmier(e) doit lui expliquer clairement les
conditions et éventuellement l'aider à recueillir l'urine.
3-TRANSPORT ET CONSERVATION DES URINES
Transporter rapidement l'urine au laboratoire et l'analyser dans les 30 mn à 1 heure qui
suit leur récolte. Si ce délai ne peut être respecté, conserver l'urine à +4°C, mais
pendant moins de 2 heures. La conservation de l'urine à +4°C a l'avantage de ralentir la
multiplication bactérienne et l'inconvénient de mal conserver les cellules.
L'ensemencement sur place de lame immergée est souvent recommandé et le tout est
ensuite adressé au laboratoire.
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Le flacon d'urine adressé au laboratoire doit porter les noms, prénoms, service
d'hospitalisation éventuel du malade, ainsi que la date et l'heure du prélèvement. Il doit
être accompagné d'un bulletin d'examen indiquant les noms, prénoms, âge et sexe
du malade, le mode du prélèvement, le motif de la demande de l'ECBU, la notion
de maladie concomitante et les antécédents d'antibiothérapie.
4-EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE PROPREMENT DIT
Au laboratoire l'urine doit être examinée sans tarder.
4.1-Examen macroscopique
Consiste à noter l'aspect de l'urine qui peut être: limpide, clair, jaune paille, sanglant,
acajou, trouble avec ou sans dépôt, contenir des filaments, …

Figure 7 : Flacons (vide) et contenant des urines (claires et troubles)

4.2-Examen microscopique à l'état frais (EF)
4.2.1-Numération des leucocytes et des hématies
4.2.1.1-Dans une cellule de numération
-Homogénéiser l'urine totale et faire la numération des leucocytes et des hématies dans
une cellule de type Malassez, Nageotte ou Lemaur.
-Exprimer les résultats du dénombrement en Leucocytes/mm 3 et/ou en Hématies/mm3
en respectant le mode de calcul propre au type de cellule de numération utilisée. Pour
la conversion des résultats, " n × 103 leucocytes ou hématies/mm3 = n leucocytes/ mL.
4.2.1.2-Entre lame et lamelle
Centrifuger un volume précis de l'urine totale si elle n'est pas trouble ou purulente, et
faire un état frais du culot urinaire entre lame et lamelle. La numération consiste à
déterminer le nombre moyen de leucocyte ou d'hématies intactes par champ
microscopique. Cette méthode est très courante, mais elle manque de précision.
n = nombre total de leucocytes dans 10 champs
10

Leucocytes/ Interprétation Hématies/ Interprétation

Champ champ

0 0 0 0
(absence de leucocytes) (absence d'hématie)

1-10 + (rares, quelques) 1-10 + (rares)

11-20 ++ (assez nombreux) 11-30 ++ (assez
nombreuses)
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21-30 +++ (nombreux) >30 +++ (nombreuses)

>30 ++++ (très nombreux)

Dans les urines normales: 0 à + (1-10)

Il existe une relation entre la cytologie quantitative réalisée entre lame et lamelle et la
méthode utilisant la cellule de numération

n/champ n/mm3 n/Ml

1/100 champs 10 (101) 10.000 (104)
1/10 champs 100 (102) 100.000 (105)
1/ champ 1000 (103) 1.000.000 (106)
10/ champ 10.000 (104) 107
100/ champ 105 108
1000/ champ 106 109

4.2.1.3-Cas particulier du compte d'Addis ou Hématies Leucocytes-minute, HLM)

Cytologie quantitative réservée à la surveillance des néphropathies.
Le malade au repos vide sa vessie puis boit un grand verre d'eau. Puis on recueille
toutes ses urines des 3 heures suivantes et on fait une numération des hématies et des
leucocytes dans une cellule de numération.
Si n = nombre d'élément par mL et v = volume total des urines en 3 heures (180 mn),

Le Compte d'Addis = n × v éléments/mn

180
Valeurs normales:
500 à 1000 leucocytes/mn
et <500 hématies/mn
4.2.2-Bactéries
Morphologie, mobilité et abondance.
4.2.3-Recherche des autres éléments figurés des urines
Centrifuger les urines et examiner le culot entre lame et lamelle.
-Les leucocytes déjà observés lors de la numération peuvent être altérés, normaux, en
amas, etc. Les hématies peuvent être normales, crénelées, falciformes, etc.
En plus de ces cellules (leucocytes et hématies) et bactéries, rechercher des:
-cellules épithéliales rénales (rondes), vésicales (en raquette) pavimenteuses ou
endothéliales (en placard),
-parasites: Trichomonas, œuf de bilharzie (larve mobile rarement),
-levures,
-cylindres hyalins, graisseux, granuleux, hématiques, leucocytaires ou épithéliaux,
-cristaux de phosphate, d'oxalate ou d'urate d'origines médicamenteuses, etc.
-spermatozoïdes
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Œuf de bilharzie Trichomonas

De nos jours, il existe des automates qui permettent de faire la numération des
hématies, leucocytes, bactéries et levures dans l'urine: l'appareil RAMUS (Rapid
Automatic Microbiological Urine Screening).

De nos jours, il existe des automates qui permettent de faire la numération des
hématies, leucocytes, bactéries et levures dans l'urine: l'appareil RAMUS (Rapid
Automatic Microbiological Urine Screening).

Cylindres
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Cristaux

4.3-Examen direct après coloration

Le frottis du culot de centrifugation de l'urine totale est coloré par le Gram. Cet examen
permet d'apprécier la forme, l'affinité tinctoriale, l'abondance, le mode de groupement
des bactéries ainsi que le monomorphisme ou le polymorphisme de la flore bactérienne.
Parfois, cet examen permet de mieux choisir les milieux d'isolement des
bactéries. Cette coloration peut aussi permettre de distinguer les polynucléaires des
lymphocytes.
4.4-Déterminations chimiques et physiques
L'utilisation de bandelettes réactives peut fournir des indications sur la présence de
leucocytes par la détection d'estérase (LE), le pH, la glucosurie, la protéinurie, les corps
cétoniques, l'hémoglobine, le sang, etc. Mais elle ne peut remplacer ni l'examen
microscopique, ni la culture.
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Figure 10: Bandelettes urinaires

4.5-Autres examens
-Détection des antigènes bactériens solubles dans les urines (Ex : Ag capsulaire
du pneumocoque, Protéine antigénique de Mycobactérium tuberculosis, etc.
-Détection des acides nucléiques bactériens : exemples des Chlamydia trachomatis
et de Neisseria gonorrhoeae, etc.
5-UROCULTURE
Elle a 2 buts: le dénombrement et l'isolement/identification de la ou des bactéries
responsables de l'ITU.
5.1-Numération des germes urinaires
Il existe plusieurs méthodes de dénombrement des bactéries. Certaines utilisent l'urine
totale d'autres l'urine diluée.
4.5.1.1-Méthode des lames de géloses immergées
Ce sont des lames qui portent des milieux gélosés nutritifs, généralement la gélose Mac
Conkey sur une face de la lame et la gélose CLED sur l'autre. Exemples: Uriline (bio-
Mérieux), DGU (Sanofi Diagnostics Pasteur/Bio-Rad),…
La lame de géloses est immergée dans l'urine fraîchement émise non diluée ou dans
l'urine diluée. La lecture est faite en comparant l'abondance de la culture sur la lame à
une référence fournie par le fabricant. Ajuster éventuellement le nombre de bactéries
par unité de volume en tenant compte de la dilution faite au préalable.
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Figures 11 : Lames gélosées et Lecture

4.5.1.2-Méthodes automatiques
Systèmes analytiques de courbes de croissance des bactéries (Autobac ou MS2):
détectent en 3 heures des bactériuries > 105 bactéries/mL.
4.5.1.3-Autres méthodes
Elles sont manuelles et consistent à ensemencer les milieux gélosés en boîte de Pétri
avec de l'urine diluée dans de l'eau distillée stérile. Exemples,
-méthode de Kass: des dilutions de 10 en 10 (1/10, 1/100, 1/1000,…) sont
ensemencées chacune sur milieu gélosé.
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-méthode simplifiée de Véron (ensemencer 0,1 mL d'une dilution d'urine au 1/100; 1

colonie correspond à 1000 bactéries/mL),
-méthode des anses calibrées: diluer 1 anse de 10µL dans 1 mL d'eau stérile. Étaler
1 anse (0,0001 mL) de la dilution; 1 colonie = 104 bactéries/mL.
4.5.2-Isolement et identification des germes urinaires
4.5.2.1-Milieux de culture et isolement des bactéries.
Milieux gélosés le plus souvent lactosés, non sélectif et contenant un indicateur coloré
de l'utilisation du lactose. Les plus courants sont la gélose ordinaire (Columbia,…), la
gélose BCP (bromocrésol pourpre), la gélose Mac Conkey (Gram négatif), la
gélose CLED, la gélose EMB (Éosine Bleu de Méthylène).
Si l'on suspecte des streptocoques à l'examen direct ou des bactéries exigeantes,
ensemencer des milieux enrichis comme la gélose au sang frais (GSF) de mouton
avec ou sans ANC.
Il existe des milieux électifs commerciaux qui facilitent le repérage des bactéries mises
en culture grâce à des productions de colonies colorées (exemple de ChromAgar, etc.).
Les milieux d'isolement ensemencés par étalement ou surtout en stries ainsi que les
lames immergées sont incubés à 37°C pendant 18 à 24 heures, dans une atmosphère
qui tient compte des exigences des bactéries à isoler.
À partir de cette étape, la suite à donner à l'ECBU dépend essentiellement de la
bactériurie et de la leucocyturie.
Si les résultats sont discordants, refaire l'examen.

4.5.2.2-Identification et Antibiogramme
Si l'identification s'impose, elle est orientée par les examens précédents; mais ne pas
hésiter à vérifier la morphologie des bactéries isolées pour le choix de la galerie, des
milieux et/ou des tests d'identification.
Les antibiotiques à tester sont ceux qui ont une bonne élimination urinaire sous forme
active et auxquels les germes identifiés sont habituellement sensibles:
(fluoro)quinolones, nitrofuranes, sulfamides, aminosides, bêta-lactamines, colistine,…
5-INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS
5.1-Principales bactéries des ITU
-Entérobactéries: Escherichia coli, Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Citrobacter,
Serratia, etc.
-Cocci à Gram positif: Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis,
Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus spp., Streptococcus spp.
-Autres bacilles à Gram négatif: Pseudomonas spp, Acinetobacter spp, …
Leurs fréquences d'isolement varient selon l'origine du malade (hospitalisé ou externe).
Les Pseudomonas, Acinetobacter et Serratia sont le plus souvent isolés dans les ITU
iatrogènes (hospitalières, nosocomiales).
5.2-Autres agents
-Trichomonas vaginalis
-Schistosome
-Levures,…
5.3-Interprétation de la bactériurie quantitative

Bactériurie Interprétation
< 104/mL Absence d'infection
104 -105/mL Infection incertaine
> 105/mL Infection certaine
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Classiquement et selon les critères de Kass EH (1957), il n'y a certitude d'ITU que
lorsque la bactériurie est supérieure à 105/mL. Mais en pratique courante, ces critères
feraient ignorer près de 15% d'ITU véritables. Par ailleurs, de nombreux facteurs
peuvent affecter la numération des bactéries urinaires.
Il est donc recommandé au biologiste de tenir compte également d'autres paramètres
comme la leucocyturie, le contexte clinique et les antécédents d'antibiothérapie pour la
suite à donner à un ECBU.
6-EXAMENS IMMUNOLOGIQUES ET ITU
Consistent à rechercher des Ac sériques et/ou urinaires produits par l'hôte contre le/les
bactéries de l'ITU et les Ac fixés sur les bactéries dans l'urine (AFBU: Ac fixés sur les
Bactéries Urinaires). Mais ces déterminations ne sont faites en routine dans nos
laboratoires.
7-RECHERCHES PARTICULIÈRES
7.1-Recherche des mycobactéries dans les urines
-Recueillir 50 mL d'urines du matin; l'asepsie n'est pas obligatoire
-Décontaminer le culot de centrifugation et l'utiliser pour l'examen microscopique direct
(coloration de Ziehl-Neelsen) et la culture (sur Lowenstein-Jensen et Coletsos).
-Détection des antigènes spécifiques de mycobactéries dans les urines (ELISA, TDR)
-Caractérisation des Acides nucléiques par PCR
7.2-Recherche de gonocoques
-En l'absence d'écoulement urétral
-Recueillir le premier jet d'urine (gonococcie = urétrite antérieure aiguë)
-Culture sur milieux appropriés (GC+polyViteX+VCN et GC+polyViteX)
-Caractérisation des AN par PCR.
7.3-Autres recherches particulières
-Chlamydia surtout par PCR.
-Recherche de levures: examen direct et isolement sur gélose Sabouraud avec ou sans
inhibiteur
-Recherche de leptospires
-Recherche des bactéries anaérobies: très rares et pratiquée dans les fistulisations uro-
anales
-ECBU dans les prostatites : examen spécialisé.
8-CONCLUSION
L'ECBU est simple dans la pratique, mais l'interprétation des résultats est délicate:
celle-ci nécessite une collaboration entière du prescripteur (renseignements fournis sur
le bulletin) et du patient (qualité du prélèvement). La bonne qualité du prélèvement
est essentielle pour la réussite de l'examen.
Le laboratoire intervient pour caractériser l'agent étiologique de l'ITU et dans le suivi
biologique de l'infection.
L'ECBU ne signifie pas simple examen microscopique du culot urinaire: il comprend la
culture aussi.