MICROBIOLOGIE

Introduction à la microbiologie
médicale
Définition : Etude des
microbes (virus, bactéries,
mycètes, protozoaires, vers).
Microbe + Hôte = Maladie
(infectieuse)  C’est souvent
faux !
Microbe + Hôte = Relation
(complexe dont le résultat
dépend des caractères des 2
intervenants
et des circonstances de leur
rencontre.bactérie, les
réservoirs (homme,
environnement, animaux,…)
varient, ainsi que les sites
d’entrées (peau, conjonctives,
muqueuses,…). Le contact
se fait directement ou par
 Van Leeuwenhoek
(1673) : Visualise les
microorganismes.
 Pasteur (1861) : « La
génération spontanée n’existe
pas » (Gén. Spontanée =
si on laisse de la viande dehors, des
asticots se développent dedans). Il
faut un contact
avec l’air (ex: ballon)
Contamination par
l’environnement.
 Postulat de Koch (dia 18).
 Coloration de Gram
Maladies infectieuses
bactérie, les réservoirs
(homme, environnement,
animaux,…) varient, ainsi que
les sites
d’entrées (peau, conjonctives,
muqueuses,…). Le contact
se fait directement ou par
l’intermédiaire d’insectes, animaux, eau, aliments,
…
Comment se préparer à l’ECBU et lire ses
résultats ?
 17 octobre 2022
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L’ECBU, ou examen cytobactériologique des
urines, recherche la présence de germes
dans les urines. Son interprétation est facile
puisque l’urine est normalement stérile mais il
est important de respecter certaines
conditions de prélèvement pour éviter des
résultats peu fiables.

POURQUOI RÉALISER UNE ANALYSE

D'URINES OU ECBU (EXAMEN
CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES URINES) ?

Quels motifs pour un ECBU ?

Suspicion d'infection urinaire
En présence de symptômes urinaires
évoquant une infection urinaire (brûlures en
urinant, envie fréquente d'uriner), le
médecin traitant réalise le test de la
bandelette urinaire qui recherche la présence
de leucocytes (globules blancs) et
de nitrites produits lors d'une infection
urinaire.
Si le test est positif et dans certains cas, il
prescrit un examen cytobactériologique des
urines (ECBU), à réaliser dans un laboratoire.
Les résultats lui permettront d’adapter le
traitement en cas d'infection urinaire : cystite
aiguë, pyélonéphrite aiguë.
Présence de sang dans les urines
Avoir du sang dans les urines nécessite de
rechercher une cause à cette hématurie. Le
médecin demande en premier lieu un ECBU
qui confirme l'hématurie et recherche une
infection urinaire, première cause d'hématurie.

Qu'est-ce que l'ECBU permet d'analyser ?

L'ECBU permet de réaliser sur un échantillon
d’urine :
 une cytologie, c’est à dire l'étude des
différents types de cellules retrouvées dans
l'urine (hématies ou globules rouges,
leucocytes ou globules blancs et
éventuellement, cellules épithéliales
recouvrant la surface de la vessie) ;
 une bactériologie, c’est à dire la recherche,
l’identification et le compte
des bactéries pouvant être présentes dans
l’urine, après sa mise en culture. Si un germe
est identifié, une étude de sa sensibilité à
différents antibiotiques (antibiogramme) est
réalisée. Elle guide votre médecin dans sa
prescription d’antibiotiques.

COMMENT BIEN PRÉLEVER SES URINES

POUR UN EXAMEN
CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES URINES ?
Le recueil de l’urine est une étape primordiale
qui conditionne la qualité des résultats de
l'ECBU. Il doit donc être fait dans des
conditions d’asepsie rigoureuse (qui empêche
d'introduire des germes dans les urines).
Bien que ce prélèvement puisse avoir lieu au
laboratoire (c’est le cas pour le nourrisson),
vous devez souvent le réaliser vous-même, à
votre domicile.
Munissez-vous d’un flacon d’analyse
stérile qui permet de stocker vos urines (20 à
30 ml environ). Ce flacon est disponible chez
votre pharmacien ou dans votre laboratoire.
Il est préférable de recueillir l’urine le matin,
au réveil car le prélèvement doit être effectué
au moins 4 heures après
la miction précédente ; ainsi l’urine a
suffisamment séjourné dans la vessie pour
que, en cas d’infection urinaire, les bactéries
soient assez nombreuses pour une mise en
culture.
Il est également nécessaire de faire l'ECBU
avant de débuter un traitement antibiotique
(ou après au moins 48 heures d’arrêt d’un tel
traitement) afin de ne pas empêcher le
développement des bactéries lors de la mise
en culture au laboratoire.

ECBU : les gestes d’hygiène indispensables

 Les bactéries présentes sur la peau ou les
muqueuses (notamment les muqueuses
anales ou vaginales) peuvent contaminer
l’urine.
Avant le prélèvement d'urines, lavez-vous les
mains soigneusement avec du savon et de
l’eau, rincez-les bien puis essuyez-les avec un
linge propre ou un essuie-main à usage
unique. Vous pouvez également vous
frictionner les mains avec un produit hydro-
alcoolique.
Procédez ensuite à une toilette intime
minutieuse avec de l’eau et du savon.
Chez la femme
Pour une toilette soigneuse de la zone
du périnée, et de la vulve :
 écartez les grandes et petites lèvres avec une
main ;
 lavez la vulve avec de l’eau et du savon doux
par un seul mouvement, d’avant en arrière,
afin de ne pas apporter des germes présents
naturellement au niveau du tube digestif et de
l'anus au niveau de l'urètre ;
 rincez bien à l’eau et appliquez un
antiseptique (toujours d’un seul geste, d’avant
en arrière) à l’aide d’une compresse stérile.
En cas de pertes vaginales, mettez une
protection vaginale (tampon ou compresse)
afin que les sécrétions ne contaminent pas
l’urine lors du recueil.
Chez l'homme
La toilette du périnée s’effectue avec soin
avec de l’eau et du savon. Lavez-bien le pénis
et le gland, en découvrant entièrement ce
dernier (c'est à dire en le décalottant) si vous
n'êtes pas circoncis. Rincez bien puis
appliquez un antiseptique (du haut vers le
bas) sur l’extrémité du pénis à l’aide d’une
compresse stérile.

Recueil des urines pour examen

cytobactériologique des urines
La méthode de recueil la plus fréquemment
utilisée est celle du milieu de jet ; elle permet
d’éliminer le premier jet d'urine (20 ml d'urine
environ) pour recueillir les 20-30 ml suivants
dans le flacon stérile :
1. Placez-vous au-dessus des toilettes sans
vous asseoir sur la cuvette.
2. Ouvrez le flacon stérile. Posez le
couvercle en orientant la face interne vers le
haut, sans en toucher l’intérieur. Ne touchez
pas l’intérieur du pot.
3. Éliminez le premier jet d’urine dans les
toilettes.
4. Urinez directement dans le pot que vous
tenez sans toucher le bord supérieur.
Remplissez-le à moitié. Si vous êtes un
homme, urinez en relevant votre prépuce.
5. Terminez d’uriner dans les toilettes.
6. Refermez le pot avec le couvercle.
7. Lavez-vous les mains.
8. Inscrivez vos nom et prénom ainsi que la
date et l’heure du recueil sur le pot.
9. Apportez votre prélèvement le plus vite
possible au laboratoire, muni de votre carte
vitale et de votre prescription médicale.
Les urines recueillies doivent être analysées
dans un délai très court après le prélèvement.
Elles ne doivent pas être conservées plus de
2 heures à température ambiante. Si vous ne
pouvez pas vous rendre immédiatement au
laboratoire d'analyses médicales, conservez
 le flacon au réfrigérateur, à 4°C pour une
durée maximale de 24 heures.
Le laboratoire vous demande plusieurs détails
sur la façon dont vous avez effectué le recueil
de vos urines. Notez les informations
importantes pour l’interprétation des résultats :
 heure et modalité du prélèvement (milieu de
jet) ;
 contexte de la prescription (suspicion
d’une infection urinaire, contrôle, bilan
préopératoire...) ;
 grossesse en cours ;
 maladies (immunodépression, diabète...) ;
 traitement récent ou en cours, par
antibiotiques.

Prélèvement d'urine chez le nourrisson

Il est fait en laboratoire par le personnel du
laboratoire d'analyses médicales. Après une
toilette locale et une désinfection soigneuse,
une poche stérile à usage unique adaptée à
l’anatomie du nourrisson est placée autour de
ses organes génitaux. Elle ne peut être
laissée en place qu’une demi-heure pour
éviter un risque de contamination par les
selles.
Passé ce délai, si l’enfant n’a pas uriné, il faut
recommencer avec une poche neuve après
une nouvelle toilette locale.
Les urines sont recueillies dès l’émission,
transvasées dans un flacon stérile et
analysées rapidement par le laboratoire.

LIRE ET INTERPRÉTER LES RÉSULTATS

DE L’ECBU
Le laboratoire vous donne les premiers
résultats de l'ECBU en quelques heures mais
les cultures des germes peuvent nécessiter
48 heures. À chaque étape, les résultats sont
validées par le biologiste du laboratoire.
Normalement, l’urine est un liquide jaune pâle,
ambré, limpide à l’émission, d’odeur safranée
et légèrement acide.

Cellules présentes dans les urines

(cytologie)
 Les urines normales sont stériles et
comprennent :
 des leucocytes (ou globules blancs) en
quantité inférieure à 10 000/ml (ou 10/mm3) ;
 des hématies (ou globules rouges) en
quantité inférieure à 1 000/ml (ou 1/mm3) ;
 des cellules épithéliales en petit nombre. La
paroi interne de la vessie est tapissée de
cellules protectrices appelées cellules
épithéliales, évacuées par la miction ;
 éventuellement quelques cylindres hyalins et
cristaux.
En cas d’infection urinaire, les taux
d’hématies et de leucocytes augmentent.

Recherche de germes (bactéries) dans les

urines (bactériologie)
Des bactéries sont présentes en cas
d'infection urinaire (normalement les urines
sont stériles). Leur quantité est exprimée
en unités formant colonies (UFC) par
millilitre (ml).
La culture des germes présents, identifiés ou
non lors de l’examen immédiat des urines, est
nécessaire pour préciser l'espèce bactérienne
et quantifier la bactériurie. Lors
d’une infection urinaire, un seul type de
bactérie est généralement en cause. Cette
culture est couplée à un antibiogramme.
La bactériologie qui nécessite 48 heures,
permet à votre médecin de vous prescrire,
une fois les résultats obtenus,
une antibiothérapie adaptée en cas d'infection
urinaire et d’obtenir ainsi une meilleure
efficacité de votre traitement, en limitant
d’éventuelles résistances aux antibiotiques.
La lecture des résultats de l'ECBU
Les résultats peuvent varier selon la méthode
de comptage, automatisée ou non, utilisée
dans le laboratoire. Le seuil anormal des
composants présents dans l’urine peut
légèrement varier. Il est donc important de se
fier aux normes indiquées sur votre compte
rendu d’examen.

COMPRENDRE LES RÉSULTATS D'ECBU

(ANALYSE CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DES
URINES)
 Résultats de l'ECBU en l'absence
d'infection urinaire
Vous n’avez a priori pas d’infection
urinaire si le nombre de germes est inférieur
à 1 000 UFC/ml. Ces résultats sont valables si
vous n’avez de traitement antibiotique en
cours.

Résultats de l'ECBU en cas d'infection

urinaire
Vous présentez a priori une infection
urinaire si vos résultats montrent la présence
de :
 plus de 10 000/ml d’hématies (ou 10/mm3).
Ceci signe l’existence
d’une hématurie présente en cas d’infection ;
 leucocytes dans les urines si la quantité est
supérieure ou égale à 10 000/ml (soit >
10/mm3). Ceci est considéré comme anormal.
La leucocyturie traduit la réponse
inflammatoire à la présence d’une infection de
l’appareil urinaire. Les urines prennent alors
souvent un aspect trouble ;
 colonies d’un germe :
 o le plus souvent Escherichia coli (E coli)
supérieur à 1 000 UFC/ml ;
o beaucoup plus rarement Proteus mirabilis
ou Klebsiella ou Enterobacter. Dans ces
cas, on ne parle d'infection urinaire que si
le taux de germes est plus élevé : taux d'au
moins 10 000 UFC/ml chez la femme et de
1 000 UFC/ml chez l'homme.

COMPRENDRE LA PARTICULARITÉ DE
CERTAINS RÉSULTATS D'ECBU
Les résultats de l'ECBU peuvent être
incohérents. Cela est souvent dû à un
manque de vigilance lors du recueil des urines
ou à la prise d'antibiotiques avant le
prélèvement des urines.

ECBU avec un taux de leucocytes bas et

présence significative de germes
(bactériurie de 1 000 à 10 000 UFR/ml)
Cela est possible dans les situations
suivantes :
 l’ECBU a été réalisé très précocement au
début d'une infection urinaire, la leucocyturie
 peut n’apparaître que quelques heures après
le prélèvement des urines ;
 les urines ont été contaminées par un germe
local provenant du rectum ou du vagin lors
d’un prélèvement dans de mauvaises
conditions. Il est alors nécessaire de refaire
l’ECBU ;
 ces résultats peuvent apparaître chez les
patients immunodéprimés présentant un taux
de globules blancs sanguin bas.

ECBU avec un taux de leucocytes élevé (>

ou = à 10 000) et absence de germes dans
les urines
Cela est observé dans les situations
suivantes :
 la personne a reçu des antibiotiques pour
suspicion d’infection urinaire avant d’avoir fait
l’ECBU. On parle alors d’infection urinaire
décapitée ;
 les urines peuvent avoir été contaminées par
des leucocytes du vagin, en cas
de vulvovaginite, lors d’un recueil défectueux.
Il est alors nécessaire de refaire l’ECBU ;
 ces résultats peuvent apparaître chez
l’homme, présentant
 une prostatite (inflammation de la prostate),
une urétrite (inflammation de l’urètre) ou une
posthite (inflammation du prépuce) ;
 plus rarement, ces résultats montrent la
présence d’une maladie inflammatoire,
d’une tuberculose...

ECBU mettant en évidence plusieurs types

de bactéries dans les urines
Une contamination par de multiples bactéries
d’origine vaginale aboutit généralement à ce
type de résultats. En effet, en cas d'infection
urinaire, un seul type de bactérie est présent. 
Il est alors nécessaire de refaire l’ECBU.