2019-

2020

Introduction à la bactériologie
SBIOB209
FLORENCE MUCCINO
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Florence

Table des matières

I. Cours du 21/04 : Introduction ....................................................................................................................... 3
Comment sont apparus les eucaryotes alors ? ................................................................................................... 6
Les bactéries sont capables de grandes choses, qui ne se voient pas à l’œil nu ................................................ 7
Les bactéries peuvent être mises en culture ...................................................................................................... 8
Les bactéries ont permis à la biologie de faire de découvertes majeures .......................................................... 8
Les bactéries sont divisées en deux grandes catégories, en fonction de la coloration de Gram ..................... 10
Cours du 23/04 ...................................................................................................................................................... 11
II. Structure des cellules bactériennes ............................................................................................................. 11
Forme des cellules bactériennes ...................................................................................................................... 11
Taille des bactéries ........................................................................................................................................... 12
La membrane cytoplasmique : structure .......................................................................................................... 12
La paroi cellulaire des Gram + et des Gram – ................................................................................................... 14
Le peptidoglycan ............................................................................................................................................... 15
La nature des liens peptidiques peut changer d’un groupe de bactéries à l’autre .......................................... 16
Le glycan tetrapeptide* est l’unité de base du peptidoglycan ......................................................................... 17
Cours du 27/04 ...................................................................................................................................................... 18
Peptidoglycan des Gram + ................................................................................................................................ 18
Enveloppe des Gram – ...................................................................................................................................... 20
Les appendices bactériens ................................................................................................................................ 23
III. Métabolismes bactériens ......................................................................................................................... 27
Photosynthèses ................................................................................................................................................ 27
Rappel de bioénergétique ................................................................................................................................ 28
Cours du 28/04 ...................................................................................................................................................... 29
Deux sortes de réduction.................................................................................................................................. 31
Photosynthèses anoxygéniques et oxygéniques .............................................................................................. 31
L’autotrophie nécessite de l’énergie et de la puissance réductrice ................................................................. 32
Fixation de l’azote N2 ........................................................................................................................................ 32
La fixation de l’azote fait partie du cycle de l’azote ......................................................................................... 34
La nitrification ................................................................................................................................................... 35
La dénitrification ............................................................................................................................................... 36
L’anammox (anaerobic ammonia oxidation) .................................................................................................... 37
Cours du 30/04 ...................................................................................................................................................... 38
IV. Modes de vies bactériens ........................................................................................................................ 38
Faire des jeunes et disséminer ......................................................................................................................... 38
Résister et croître en situation de stress .......................................................................................................... 40
Les prédateurs mobiles ..................................................................................................................................... 41
Les prédateurs immobiles................................................................................................................................. 42

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Qui a inventé la boussole ? ............................................................................................................................... 43

Cours du 04/05 ...................................................................................................................................................... 44
Les bactéries peuvent vivre en groupes mono- ou poly-spécifiques ................................................................ 44
Microbiomes ..................................................................................................................................................... 45
Les microbiomes intestinaux ............................................................................................................................ 46
Les microbiomes cutanés ................................................................................................................................. 48
La composition du microbiote intestinal peut corréler avec la présence d’une pathologie ou un désordre
métabolique...................................................................................................................................................... 48
La transplantation de microbiome intestinal suggère un lien de causalité entre la composition de
microbiome et la génération d’un désordre métabolique ............................................................................... 49
Les bactériophages, ennemis n°1 des bactéries ............................................................................................... 49
Les phages exploitent une variété de récepteurs à la surface de leur hôte ..................................................... 50
Et la culture au laboratoire alors ?.................................................................................................................... 51
Isolement sur boîte de Pétri ............................................................................................................................. 52
L’étalement sur boîte de Pétri permet de dénombrer des bactéries ............................................................... 53
L’étalement de dilutions sur boîte de Pétri permet de dénombrer des bactéries ........................................... 54
Cours du 05/05 ...................................................................................................................................................... 55
V. Pathogènes bactériens ................................................................................................................................. 55
Quelques définitions ......................................................................................................................................... 55
Adhérence......................................................................................................................................................... 56
Invasion............................................................................................................................................................. 57
Colonisation ...................................................................................................................................................... 57
La mesure de la virulence peut se faire à l’aide de la lethal dose 50 (LD50) : quantité de bactéries qu’il faut
pour tuer la moitié des hôtes dans un modèle d’infection donné ................................................................... 58
Vibrio cholerae, un exemple de pathogène extracellulaire .............................................................................. 58
Salmonella enterica, un exemple de pathogène intracellulaire ....................................................................... 59
Au cours de l’évolution, les bactéries ont sélectionné des systèmes de sécrétion complexes ........................ 60
Les enzymes et les toxines produites par les pathogènes ................................................................................ 62
Les exotoxines................................................................................................................................................... 63
Les endotoxines ................................................................................................................................................ 63
Cours du 12/05 ...................................................................................................................................................... 64
Traitement des infections bactériennes ........................................................................................................... 64
La pénicilline G et certains de ses dérivés peuvent être clivés par des -lactamases ...................................... 68
Résistance, persistance et tolérance pour les antibiotiques ............................................................................ 69
La résistance aux antibiotiques doit être combattue ....................................................................................... 71

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Introduction à la bactériologie SBIOB209

I. Cours du 21/04 : Introduction

Tout commence avec la création de notre planète et cette planète provient de l’explosion
d’une étoile, qui préexistait à tout le système solaire, et dans celle-ci il y a des réactions qui
ont créé des atomes lourds, carbone, azote, oxygène, etc. Quand cette étoile explose, elle va
former une sorte de disque qui tourne et au milieu de celui-ci, va se recréer une nouvelle
étoile, notre soleil, et toutes les poussières qui ont été produites par l’explosion, vont
s’agglomérer, se concentrer, former des roches qui se percuteront et au plus les masses sont
importantes, au plus elles attirent des crasses, d’autres éléments de matière. Puisque la
gravitation attire sans cesse des particules de plus en plus grandes, et donc elles deviennent
aussi de plus en plus grandes, on va donc former des planétoïdes : des amas de matières qui
ressemblent à des planètes, mais en plus petit. A force de se percuter, elles vont grandir de
plus en plus. Notre lune a été créée par l’impact de deux planétoïdes : ses cratères actuels
viennent de ce genre d’impact, à une époque ou il y avait beaucoup de météorites. Ces
impacts ont chauffé la surface de la planète et donc la vie ne peut pas naitre sur la terre dès
qu’elle est formée. La vie même si elle avait été créée aurait été complètement effacée.

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Aux environs de 3,9 milliards d’années, il y a le « late heavy bombardment » : toute une série
de météorites arrivent sur la planète et la chauffe une dernière fois. Les bactéries qu’on trouve
aujourd’hui et qui datent de très tôt dans l’arbre phylogénétique sont toutes thermophiles ou
hyperthermophiles, elles résistent donc aux hautes températures. L’hypothèse est que la vie
cellulaire existait déjà aux environs de -3,9 ou -3,8 milliards d’années, ce qui veut dire que
dans cette période, et pendant certainement 3 milliards d’année la vie sur terre sera
uniquement microbienne : QUE des microorganismes. A cette période, les bactéries vont
inventer la vie cellulaire, la photosynthèse(s) par exemple (=anoxygenic phototrophic
bacteria) on des populations bactériennes très diversifiées qui ont rempli la planète, elles
vivent dans l’eau car la vie sur terre est impossible. Pourquoi ? car il n’y a pas de couche
d’ozone, et cette couche d’ozone est apparue grace à l’oxygène. Cet oxygène a été produit
par des (cyano)bactéries. Cette photosynthèse qui génère de l’oxygène a généré une des plus
grandes pollutions de la planète. L’oxygène de notre atmosphère provient de la prolifération
de ces bactéries, qui font la photosynthèse. L’oxygène se dissout d’abord dans l’eau et va faire
rouiller la terre (roches en Afrique sont rouges car c’est du fer oxydé, à une époque
l’atmosphère était réductrice) et progressivement, l’oxygène va s’accumuler et ne sera plus
assimilé par l’océan, il va alors se libérer dans l’atmosphère et va saturer à 21%.

La nature a donc dû trouver tout un système de réparation des dommages oxydants dû à

l’oxygène. Jusqu’à 2,7-2,8 milliards d’années il n’y avait pas d’oxygène sur terre.

A partir de -2 milliards d’années les eucaryotes apparaissent, et puis -1,5 milliards des algues,
et puis bien après vie multicellulaire.

Quand on regarde un arbre phylogénétique, on voit que les bactéries on une diversité
gigantesque. On voit aussi les Archées qui proviennent d’un branchement tardif avec les
eucaryotes, et qui ont des caractères communs avec des bactéries et avec des eucaryotes,
comme les nucléosomes par exemple. Deux bactéries ont plus de chances d’êtres différents
que nous et un vers de terre.

Les bactéries ont eu 2 milliards d’année pour inventer la biologie moléculaire et la biochimie,
chaque fois qu’une bactérie trouvait un truc super, la glycolyse par exemple, il y a des
mécanismes de transfert d’ADN qui leur permettait de s’échanger le matériel génétique et

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donc de conférer à d’autres bactéries l’avantage. Ça a donné des choses communes à tous, ou
presque, les organismes vivants actuels :

• La structure et fonction des ribosomes (ARN et protéines), les protéines sont très
conservées car les bactéries qui ont vécues seules sur terre ont sélectionné des
ribosomes de plus en plus efficaces, qui faisaient de moins en moins d’erreur.
• Mécanismes de réparation/réplication de l’ADN (celui des bactéries devait déjà être
agressé à cette période-là)
• Synthèse des protéines, qui peut se faire au travers d’une membrane. Grace au
translocon, les ribosomes peuvent injecter le peptide qu’ils sont en train de synthétiser
au travers d’une membrane. RE par exemple.
• Métabolisme carboné central (glycolyse, cycle de Krebs, voie des pentoses phosphate).
Exemple de la fumarate hydratase, il n’y a que deux sortes actuellement mais il y en
avait peut-être plusieurs., sélectionné les plus efficaces.
• Synthèse enzymatique des aa, des sucres, des bases, des coenzymes.
• Transport actif au travers des membranes, les ABC transporter= protéines dans les
membranes qui forment un canal pouvant s’ouvrir et associé à une ATPase, et
l’hydrolyse de l’ATP est couplé à l’ouverture du canal. Permet de faire les transports
contre gradient de concentration
• Les photosynthèses
• Respiration (L’ATP synthase fabrique de l’ATP en se servant d’un gradient de protons)

La nature a produit une pollution gigantesque mais a appris à utiliser ce déchet (l’oxygène)
pour faire de la respiration.

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Comment sont apparus les eucaryotes alors ?

C’est la théorie de l’endosymbiose : des cellules (archées) ont démarré une symbiose avec des
bactéries qui proviennent du groupe des protéobactéries et qui étaient capables de faire la
respiration. Il faut savoir que les eucaryotes sont apparus à un moment où l’oxygène apparait
et des théories disent que le rôle des mitochondries est au départ de bouffer l’oxygène qui
était toxique, mais ce n’est pas confirmé. Les chloroplastes des plantes viennent d’ancêtres
qui auraient ressemblé à des cyanobactéries. → On retrouve dans les mitochondries de l’ADN
qui est proche d’un ancêtre des protéobactéries et dans les chloroplastes de l’ADN proche
des cyanobactéries. → Des cellules archées auraient acquis des organites provenant de
bactéries préexistantes.

Les bactéries et les archées (procaryotes) ont des organisations cellulaires plus simples que
les eucaryotes. Il n’y a pas de compartiment cellulaire conservé chez les bactéries, elles ont un
nucléoïde qui contient l’ADN car on n’a pas de noyau. On a aussi des plasmides, ce sont des
éléments d’ADN circulaires, qui peuvent par exemple conférer le caractère pathogène d’une
bactérie. La bactérie a une paroi cellulaire qui est constituée du peptidoglycan.

Les Archées sont des cellules dont l’origine évolutive branche avec les eucaryotes, elles sont
assez différentes des bactéries : pas de peptidoglycan mais un pseudopeptidoglycan, leurs
lipides sont différents, … Elles produisent le méthane sur la planète, se retrouvent dans le
rumen des ruminants.

Exemple de l’étude de Miller : il a découvert une grosse tache de lumière dans l’océan, et ce
phénomène s’appelle la mère lactée. A cet endroit, on a évalué qu’il devait y avoir 4x10²²
bactéries luminescentes. Il existe des bactéries qui produisent de la luciférase, et cette enzyme
consomme de l’oxygène pour produire de la lumière : ce phénomène peut se faire à l’échelle
de dizaines de km. Cela peut se faire avec des bactéries libres dans l’eau mais aussi associées

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à des organismes. Par exemple, le calamar a un light organe qui héberge des bactéries
luminescentes, une phéromone est produite quand elles sont en très grand nombre, et elles
vont produire de la lumière. Cette lumière est utile aux calamars pour échapper des
pathogènes, en attirant des partenaires, … Ce n’est utile que la nuit donc tous les matins, le
calamar expulse 90% des bactéries qui pourront aller dans d’autres individus.

Les bactéries sont capables de grandes choses, qui ne se voient pas à l’œil nu

Comment une bactérie est capable d’assembler un flagelle ? Protéine qui polymérise en
formant un anneau (MS ring) et d’autres protéines s’assemblent du coté intérieur de la
bactérie (C ring) et il y a une sorte de tonneau qui s’installe à l’intérieur de ce complexe et qui
permet de sécréter d’autres protéines, notamment des protéines qui vont traverser les
différentes couches de l’enveloppe bactérienne et qui vont former à l’extérieur une structure
qui est coudée (crochet) et au bout de celui-ci, il y a des collerettes. Au bout de celles-ci
s’accroche un complexe pentamérique qui va accueillir une protéine qu’on appelle la
flagelline. Elle va former des polymères gigantesques qui vont former un flagelle, et plusieurs
flagelles se forment en parallèle et vont s’embobiner l’un autour de l’autre.

Autre chose impressionnante chez les bactéries : leur nombre. Il y en a entre 1029 et 1030 sur
terre. Elles contribuent à 20% du recyclage du carbone, 80% de l’azote, 80% du phosphore.
Beaucoup de bactéries vivent en compétition, et d’autres en coopération. Souvent la
coopération de groupes de bactéries permet d’être plus compétitives par rapport à un autre
groupe.

Techniques qui permettent de dissoudre les membranes des bactéries et de venir avec des
sondes nucléiques qui sont colorées et qui s’hybrident à de l’ADN bactérien typique d’un
genre. On peut alors remarquer des micro-colonies qui sont à proximité les unes des autres.
Ces bactéries de genres très différents vont s’échanger des métabolites et ces bactéries vont
être capable de proliférer grâce au fait qu’elles coopèrent avec des bactéries différentes. Il
existe aussi des tas de morphologies différentes. Toutes ces espèces différentes qui coopèrent
forment des microbiomes.

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Les bactéries peuvent être mises en culture

On a découvert les bactéries car elles pouvaient être mises en culture, sur des boites de pétri :
milieu gélosé stérile ou il y a un milieu nutritif, et on y met un échantillon. On peut alors
remarquer que des colonies ont poussées, ensuite on peut extraire leur chromosome et
séquencer leur ADN. Au cours de l’histoire des sciences, on a commencé à isoler des bactéries :
les protéobactéries (E.coli), les cyanobactéries, les actinobactéries, les bactéries pathogènes,
… Depuis, on a appris à séquencer de l’ADN transcrit en ARN ribosomique d’un échantillon,
sans avoir fait de culture : on a alors remarqué qu’il y avait une grande partie de bactéries qui
sont non cultivables, on ne les avait donc jamais remarquées. Celles-ci vivent en contact avec
d’autres et leur survie/prolifération dépend des autres, une fois séparées elles ne se
développent donc plus car elles ont perdu leurs interactions. Il y a environ 99% des bactéries
qui sont non cultivables.

Les bactéries ont permis à la biologie de faire de découvertes majeures

• Découverte de l’ADN, expérience de Griffith a démontré que l’ADN est le support de

l’information génétique. On a travaillé avec la bactérie streptococcus qui existe sous
deux formes : R et S. Les colonies R sont petites, les S sont plus grosses et produisent
énormément de polysaccharide autour de la cellule. Si on a des R dans la souris, elle
se porte bien. Si S, la souris va mourir. Griffith a observé que si on prend des bactéries
S, qu’on les tue et qu’on les mélange à des R puis qu’on infecte une souris, elle meure.
C’est le phénomène de transformation, et le principe transformant est de l’ADN : on a
purifié de l’ADN de S et on a mélangé avec R, il a montré que ça permettait de
regénérer des S qui pouvaient tuer des souris. Une preuve supplémentaire : il a utilisé
de la DNase qui dégrade uniquement de l’ADN et en incubant cette enzyme avec de

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l’ADN et en montrant qu’on perdait la capacité de transformer les souches R en S,

l’hypothèse a été acceptée.
• Découverte de la notion d’agent pathogène : postulats de Koch. Il y avait un pathogène
et ils se demandaient d’où venait cette maladie. Dans le sang d’un individu mort de la
maladie, ils ont ensuite trouvé un microorganisme (bactérie) qui a proliféré :
responsable de la maladie. 1er postulat, l’agent pathogène est présent dans le sang de
l’individu malade et absent dans les individus sains. Ils ont mis en culture le sang de
ces individus, ont obtenu des colonies de ces bactéries, qu’on ne voit pas dans le sang
des individus sains car il est stérile. Quand on réinjecte le pathogène à un hôte on peut
provoquer une maladie similaire. La notion même de pathogène provient de ces
postulats, qui sont toujours à la base même de la virologie.

La seconde moitié du 19ème siècle est l’époque de Koch et Walter : ils vont mettre en culture
des bactéries sur des rondelles de patate, et ils ont montré que des colonies poussaient, et
que ces organismes pouvaient former des colonies qui venaient d’un seul individu donc l’idée
de clone était déjà là. Ensuite Richard Pétri crée les boites rondes dans lesquelles il met un
milieu gélosé d’agar, pour solidifier le milieu riche et donc permettre la prolifération d’un
individu (s’il est capable de proliférer seul sur ce milieu). Koch a découvert l’agent de l’anthrax,
de la tuberculose et du choléra.

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Louis Pasteur a détruit la théorie de la génération spontanée : les gens pensaient que la boue
pouvait générer des vers de façon spontanée ; il décrit aussi les fermentations lactique et
alcoolique, il va montrer comment des échantillons peuvent se faire contaminer ; et contribue
à la théorie des germes pour une série de pathologie.

Les bactéries sont divisées en deux grandes catégories, en fonction de la coloration de

Gram
Gram va développer une coloration qui va permettre de visualiser que les bactéries sont
divisées en + et -. Au départ, on incube les bactéries avec du cristal violet qui va les colorer en
violet. Ensuite, on décolore l’échantillon avec de l’alcool, et c’est ici que se fait la différence
entre les deux groupes de bactéries : chez les Gram + la coloration va rester et les Gram – le
cristal violet va s’échapper. On ajoute ensuite de la safranine qui permet de colorer des
bactéries en rouges. On pourra donc voir quelles bactéries avaient été décolorées par l’alcool.

Coloration de Gram : la grosse différence entre les + et les – est en fait l’épaisseur de la paroi,
qui est constituée de peptidoglycan. Les Gram – ont un peptidoglycan très lâche, et les Gram
+ en ont un très épais. Quand on colore les bactéries en violet, on fixe la coloration violette
dans les bactéries mais si on met de l’alcool, ça va dissoudre les deux membranes. Le fait qu’il
y ait beaucoup de peptidoglycan épais, va emprisonner le violet dans les Gram + alors que
dans les Gram – le violet pourra sortir, elles seront alors décolorées. La safranine va donc venir
les colorer en rouge.

Les structures cellulaires des bactéries à Gram + et – sont aussi différentes.

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Cours du 23/04

II. Structure des cellules bactériennes

Forme des cellules bactériennes
• Coques : bactéries rondes. Forme assez répandue, comme pour les staphylocoques.
• Bâtonnets : typiquement la forme de E. Coli, le bâtonnet va grandir et se diviser en
deux par le milieu, c’est une fission binaire car les deux cellules filles qui ont une taille
identique à la bactérie mère. La taille des bactéries est quelque chose de très bien
régulé, d’ailleurs quand la bactérie va mal, elles vont filamenter, c’est-à-dire qu’elles
vont continuer à pousser mais sans se diviser.
• Courbées : agent du choléra par exemple. Ce sont des formes qui permettent de
s’ancrer plus facilement à des supports

• Pédoncules et Hyphes : au bout du pédoncule il y a structure d’adhérence. Hyphes chez

les archées bactéries, mais on ne connait pas la fonction chez elles : prolongements du
corps cellulaire qui ne contienne pas de ribosome mais
• Filaments : s’agrègent avec les autres

Après la division, les bactéries en génèrent qui ont la même forme qu’elles. C’est conservé
pour une bonne raison, ça permet une adaptation à l’environnement.

Exemples : maladie de Lyme, la bactérie est un spirochète : grâce à leur forme de tirebouchon
elles peuvent nager dans le tissu de la peau. Caulobacter : va fabriquer une substance
adhésive à un pôle et une fois que cette colle est fabriquée, elle va se coller à un support, à la
roche par exemple, puis va se faire pousser un pédoncule entre la région collante et le pôle
où la région collante a été fabriquée, qui va s’allonger au fur et à mesure de la vie de la
bactérie. On peut donc mesurer la vieillesse d’une bactérie en mesurant la taille de son
pédoncule. Ces bactéries forment des biofilms sur les roches au fond de l’eau, c’est ce qui rend
gluant les roches. Le fait que la bactérie allonge son pédoncule au fur et à mesure que le
biofilm grandit permet à la bactérie de rester au-dessus du biofilm pour pouvoir se nourrir et
continuer à se diviser.

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Taille des bactéries

Small is beautiful et useful! La surface de membrane est la surface dans laquelle on inclut des
molécules de transport (des transporteurs), et ce qui peut être limitant dans la capacité

d’import des nutriments et d’export des déchets, c’est la surface de membrane disponible par
rapport au volume de cytoplasme. Une façon d’accroitre ce rapport entre la surface et le
volume et bien c’est d’être petit.

Au plus on est petit, plus on a rapport S/V grand, plus on a de chances de pouvoir inclure des
transporteurs très efficaces pour importer/exporter. Les bactéries classiques font de 1 à 3 m
de grandeur, E. coli est de 1 m de long et 2 m de large.

Evidemment il y a toujours des exceptions, comme Pelagibacter ubique qui est une
protéobactérie vivant dans les océans forme de petits batônnets de 0,2 m de large et 0,5
m de long. Thiomargarita namibiensis forment des coques gigantesques, qui peuvent aller
jusqu’à 0,75 MILIMETRES.

La membrane cytoplasmique : structure

On peut constater qu’il y a beaucoup de protéines dans la membrane interne. Normal car c’est
une membrane qui doit avoir tous les transporteurs d’électrons pour faire la respiration, tous
les transporteurs pour importer des nutriments (très spécifiques donc nombreux), toutes les
protéines qui permettent de transporter d’autres protéines à l’extérieur, des translocons qui
permettent aux ribosomes (qui sont à la face interne de la membrane externe) de fabriquer

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des protéines qui seront transloquées vers l’extérieur. Cette membrane est le cœur de la
bactérie. C’est là aussi que sont dirigées toutes les synthèses de la paroi cellulaire.

Il y aussi des lipides, deux types : des phospholipides avec des liaisons ester. Chez les Archées
les liaisons sont de type éther. Des hopanoïdes qui ressemblent à des stérols qui ont des
groupements hydrophiles et un gros groupement hydrophobe. Ils sont enchâssés dans la
membrane et ont leurs groupements hydrophiles qui sont présentés vers l’extérieur.

FONCTIONS DE LA MEMBRANE CYTOPLASMIQUE :

• Limite de perméabilité : la cellule fabrique des métabolites qu’elle va utiliser pour

fabriquer de l’énergie, et ces métabolites ne peuvent pas s’échapper de la cellule. Par
exemple, si la bactérie mange un glucose, elle va le phosphoryler pour qu’il ne puisse
pas sortir (chargé).
• Permettre de transporter des molécules de l’extérieur de l’extérieur vers l’intérieur et
inversement. Il existe des transporteurs qui permettent d’accélérer la vitesse de

transport des solutés. Il y a des transporteurs à faible affinité mais qui sont saturés à
des hautes concentrations, et il y a des transporteurs à haute affinité qui peuvent
transporter avec des concentrations plus faibles. Attention ça ne veut pas dire qu’ils

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vont plus vite ! Il y a des transporteurs qui vont simplement accélérer la diffusion
(canal), il y a aussi beaucoup de transporteurs actifs comme des ABC transporteurs :
protéines qui ont un dimère de perméases dans la membrane et cette perméase peut
s’ouvrir dans un sens ou dans l’autre. Du côté cytoplasmique, on a une paire de
protéines qui sont des ATPases qui vont s’attacher à la perméase et vont l’énergiser
pour permettre de transporter des solutés contre le gradient de concentration. La
proton motrice force est utilisée pour extruder des protons de la cellule. Quand ils
rentrent, ils peuvent recharger de l’ATP.
• La conservation d’énergie : c’est l’endroit où on excrète des protons et puis profiter du
gradient de proton pour transporter des molécules, recharger de l’ATP
• Ancrer des protéines qui participeront aux transports, à la chémotaxie : les bactéries
sont capables qd il y a une source de nourriture et qu’elles peuvent nager, de remonter
un gradient de concentration pour aller où il y a le plus de nourriture. Elles font ça
grâce à des récepteurs ancrés dans la membrane cytoplasmique

La paroi cellulaire des Gram + et des Gram –

La coloration de Gram colore en violet les Gram+ et en rose les Gram-, la différence entre les
deux étant l’épaisseur du peptidoglycan. S’il y a bcp de peptidoglycan, le violet reste coincé à
l’intérieur. Les Gram+ n’ont qu’une seule membrane et ont une épaisse couche de
peptidoglycan et la surface de ces bactéries est relativement lisse/homogène.

Les Gram- ont une petite couche de peptidoglycan, et sur le feuillet extérieur de la membrane
externe se trouve le lipopolysaccharide. La surface de ces bactéries est plus hétérogène.

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Le peptidoglycan
Son rôle est de permettre la résistance à la pression de turgescence. [Attention, les Gram- ne
supportent pas moins la pression car la membrane externe joue aussi un rôle pour la
résistance]. La concentration en métabolites est telle qu’on a une pression de 2atm dans la
bactérie, il faut donc une structure rigide qui permet de résister à cette pression. Le
peptidoglycan est la cible privilégiée des antibiotiques et est caractéristique des bactéries.
Seules certaines espèces n’en ont pas, comme les mycoplasmes (pathogène intracellulaire
obligatoire ayant perdu la possibilité de faire du peptidoglycan car la pression de turgescence
dans la bactérie est la même que celle dans le cytoplasme). De plus, le peptidoglycan est
reconnu par le système immunitaire comme le fait qu’il y a une bactérie qui est à un endroit
où elle ne devrait pas être (le sang par exemple). Le peptidoglycan trahit la présence de la
bactérie, donc il y a des pathogènes qui se sont débrouillés pour produire plus du tout de
peptidoglycan, ou juste au moment où elles en ont besoin, quand elles se divisent.

Il n’y a pas de peptidoglycan chez les Archées, c’est un pseudopeptidoglycan. Par contre ça
n’existe pas du tout chez les eucaryotes.

GOM : unités monosaccharidiques qui sont connectées les unes aux autres : forment les
chaines de glycan →polymère. Alternance de deux sucres, et ces sucres sont NAM et NAG. Sur
chaque NAM on a une petite chaine de peptide (en bleu) qui peut faire des liens entre les
NAM. Dans cette structure on a donc des chaines de glycan et des courts peptides qui peuvent
être liés entre eux (→d’où le nom de peptidoglycan).

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La nature des liens peptidiques peut changer d’un groupe de bactéries à l’autre

TUYAU

* * *

Sur M on a une petite branche de peptides qui se lie à une autre branche de peptide qui
est sur un autre M. Ces peptides sont particuliers car ils ont des acides aminés anormaux :
Chez E. Coli par exemple, on a une L-alanine normale, puis le glutamate qui est un D-
glutamate (dans les protéines on a un L-glutamate). Il existe une enzyme, la D-glutamate
racémase, qui va transformer le L-glutamate de la cellule en D-glutamate puis il va être
incorporé dans la synthèse du peptidoglycan. Cette synthèse commence à l’intérieur de la
cellule et se termine à l’extérieur.

L’acide aminé suivant est du méso-diaminopimélate (DAP) : c’est comme une lysine sauf
qu’il a un carboxylate en plus sur le dernier carbone de la chaine latérale. Ce DAP est d’une

part liée à une D-alanine dans le même peptide (*), et il PEUT être lié à la D-alanine d’un

autre peptide (*). Le lien peptidique se fait donc entre le 3ème acide aminé d’un peptide

et le 4ème acide aminé de l’autre. Ceci, c’est la structure générale des Gram-, mais il y a des
différences : chez Staphylococcus aureus (Gram+) qui vit sur notre peau, le peptide est un
peu différent : il y a une L-lysine au lieu du DAP et elle va former un lien covalent avec un

Interbridge de pentaglycines, qui sont attachées à la D-alanine (*). [Il existe aussi des

liaisons DAP-DAP].

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Le glycan tetrapeptide* est l’unité de base du peptidoglycan

La structure atomique est pour information. 2 sucres (NAM et NAG) + sur NAM le Tetrapeptide
(L-ala, D-glu, DAP, D-ala). Les liens entre les différents sucres sont des liaisons (1,4) et celles-
ci sont la cible du lysozyme, qui est une enzyme qui peut découper et dégrader le
peptidoglycan de bactéries qui essaieraient de proliférer.

Exemple de question d’exam : « décrivez-moi la structure de base du peptidoglycan » On doit

savoir dire qu’il y a 2 sucres NAM et NAG sur lesquels il y a des peptides (savoir dire les acides
aminés).

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Cours du 27/04
Peptidoglycan des Gram +

Grosse épaisseur de peptidoglycan, et les glycans sont orientés sous forme de câbles assez
large (50 nm) et ils font le tour de la cellule. Chez les bactéries, la nature des peptides peut
être assez différente (schéma page précédente) : chez lactobacilles par exemple, on peut avoir
un D-lactate à la place de la D-alanine, ça peut permettre de résister à certains antibiotiques.
Pour ponter les peptides, on a aussi de temps en temps un pont de 5 glycines = interbridge
(staphylocoque).

Dans leurs parois, elles ont aussi des acides téichoïques (2 sortes existent), ils sont soit associés
à la membrane plasmique (alors appelés lipotéichoïques) grâce à une ancre lipidique
(glycolipide dans la membrane) qui est enchâssée dans la membrane, puis une structure
filamenteuse qui peut sortir à l’extérieur du peptidoglycan. La deuxième sorte d’acide
téichoïque est plus simple : ils sont directement accrochés aux NAM (peptidoglycans).

La structure filamenteuse des acides téichoïques est en fait un glycérol (ou un ribitol) suivi par
un phosphate, et ainsi de suite. Il y a des groupements alcools qui sont substitués par du D-
glucose ou de la D-alanine (l’un ou l’autre ou les deux). D’une espèce à l’autre il y a beaucoup
de différences ! Dans ces acides, les phosphates amènent beaucoup de charges négatives, cela
veut dire qu’on peut potentiellement emprisonner des ions divalents, du Magnésium par
exemple.

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Chez deux Gram+, la structure de ces acides peut être différentes : chez S. aureus lipide ancré
dans la membrane plasmique, puis deux sucres, un phosphate, un glycérol et puis les
successions de phosphate glycérol, phosphate glycérol, … et sur le glycérol il y a un R qui
signifie qu’on peut mettre un D-alanine ou un D-glucose. Chez S. pneumoniae on a aussi la
partie ancrée dans la membrane, puis on a trois sucres attachés à un groupement glycérol,
puis une autre structure très différente qui est répétée. A RETENIR : un glycérol avec ses
chaines acyl qui trempent dans la membrane plasmique, quelques sucres et puis des régions
répétées (glycérols ou ribitols substitués avec des D-alanine ou D-glucose).

Acide téichoïque : NAG et NAM et sur le NAM, le peptide est ancré et sur un autre atome du
NAM, il y a l’accrochage d’un phosphate, puis deux sucres et puis des glucosamines, et ensuite
des répétitions de phosphate glycérol non substitués (1 à 3), puis une quarantaine de
répétitions phosphate glycérol qui sont soit substitués par un OH, soit D-alanine soit D-
glucose.

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Enveloppe des Gram –

On ne parle pas de paroi. Entre la membrane externe et interne, on a le peptidoglycan qui

baigne dans un espace qui s’appelle le périplasme. Il y a une membrane externe qui est
supplémentaire par rapport aux Gram+, et celle-ci sert de barrière de perméabilité pour éviter
que des composés agressifs viennent percuter la bactérie. Il faut en revanche permettre de
faire rentrer les nutriments, il y a donc des porines (protéines trimériques →3 monomères
avec chacun un pore et chaque structure forme un tonneau  antiparallèle). La plupart des
porines laisse passer un peu n’importe quoi, tant que la taille et la charge sont bonnes, mais il
existe des porines spécifiques.

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Détail de la structure de l’enveloppe : la membrane externe est donc une barrière donc pour
se nourrir et excréter, il y a des porines qui permettent une diffusion facilitée. Dans la
structure, on peut voir des lipopolysaccharides (LPS) qui ont trois parties : Lipid A, core, et O-
specific polysaccharide.

Le LPS est une structure qui représente une très grande majorité des lipides de la face externe
de la membrane externe. La grande majorité des lipides de la face interne de la membrane
externe sont des phospholipides classiques → La membrane externe est profondément
ASYMETRIQUE. Membrane interne, Membrane externe,

Le LPS est typiquement bactérien et typiquement Gram-, d’ailleurs le système immunitaire à

des récepteurs à LPS, et si le corps détecte du LPS au mauvais endroit il peut provoquer de la
fièvre.

Les lipides A sont des Nglucosamines avec des chaines acyl qui constituent le feuillet externe
de la membrane externe. Ces glucosamines ont des groupements phosphate de chaque côté
qui vont être ponté les uns aux autres avec du Magnésium (50% du Mg de la cellule se trouve
la). Dans le core : KDO sont des sucres à 8 carbones, puis des heptoses, puis des hexoses.
Chaine O est une répétition d’un ou plusieurs sucres linéaire ou branché.

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Il y a des souches bactériennes qui diffèrent par leur chaine O, et il existe des bactéries qui
vivent avec du LPS où il n’y a pas de chaine O (Haemophilus influenze) : leur core change en
fait tout le temps : quand le système immunitaire les reconnait, il les élimine mais il loupe les
mutants, et ainsi de suite. → LPS fait de trois parties, et est variable d’une souche à l’autre.

Entre les deux membranes, il y a une petite couche de peptidoglycan, et des protéines de
15kDa peuvent diffuser au travers car tous les ponts peptidiques ne sont pas fermés : c’est un
maillage assez lâche. Et la membrane externe est attachée au peptidoglycan (chez E. coli)
grâce à une protéine appelée lipoprotéine de Braun. Du côté N-terminal, elle a une cystéine
qui est accrochée à des groupements lipidiques qui permettent de s’insérer dans la face
interne de la membrane externe. Le dernier acide aminé de cette protéine (côté C-terminal)
est une lysine (chaine latérale=groupement amine) et l’amine va être attaché de manière
covalente au peptidoglycan, ce qui va assurer une structure stable entre la membrane externe
et le peptidoglycan.

Pour les bactéries qui ont une chaine O, elles peuvent former des colonies d’aspect très lisse
et cet aspect vient de leur chaine O à leur surface. Il y a des mutants qui ont perdu cette chaine
O, ils ont alors un aspect différent et sont appelés Rough. Les E. coli de labo sont Rough par
exemple.

La nature de la chaine O peut être typique de certaines souches pathogènes, et peut

permettre de faire du typage de souche, on peut produire alors des anticorps qui
reconnaissent typiquement certaines chaines O. Sérotype = typage de souches qui sont
reconnues car un sérum (anticorps) se lie sur celles-ci (ces bactéries).

Exemple de pathogène ou on a pu reconnaitre les souches : l’agent du choléra.

Bactérie qui, quand elle arrive dans l’intestin va proliférer et ensuite elle décide sortir : elle
pousse nous cellules épithéliales à excréter de l’eau et du Chlore.

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Les appendices bactériens

• La capsule : exclut les petites particules, fortement attachée à la surface de la bactérie
donc facile à détecter en microscopie. Formé de polysaccharides qui recouvrent
l’entièreté de la bactérie.

Slime layer
Capsule

• Slime layer : n’exclut pas les petites particules, et attachée faiblement à la surface donc
on ne la voit pas souvent, on peut le détacher facilement.
• Surface layer : structure protéique extracellulaire présentant un arrangement 3D
régulier. Protéines qui forment une structure multimérique qui est répétée, et ces
structures répétées peuvent se reconnaitre de manière spécifique.
• Fimbriae : polymères de protéines qui forment des filaments et sont souvent
impliquées dans les phénomènes d’adhésion. Par exemple, dans le cas
d’uropathogènes qui vont s’attacher à la surface des cellules de l’hôte car au bout de
ces poils, il y a une adhésine FimH (protéine) qui peut adhérer à des surfaces cellulaires.
Il y a aussi des bactéries qui utilisent des fimbriae pour s’associer entre elles, et formes
des pellicules sur les liquides.

• Les pili (2 sortes) sont en général plus longs et moins nombreux. Ce sont des endroits
où les phages peuvent s’associer. La deuxième montre deux bactéries, une avec des

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fimbriae et l’autre sans. Entre les deux il y a un pilus de conjugaison. Ce pilus permet à
une bactérie d’en attraper une autre et de la rapprocher. La conjugaison est un
phénomène qui permet à de l’ADN de passer d’une bactérie donneuse à une bactérie
accepteuse, et on ne sait pas si ce passage se fait au travers du pilus ou seulement
quand les bactéries sont rapprochées. Ce n’est pas encore sur. Sur la photo on a pu
mettre ce poil de conjugaison grâce à des phages qui s’y sont accrochés.
o Pilus conjugatif : son rôle est d’adhérer à un partenaire lors de la conjugaison,
de rapprocher le partenaire et peut être participer au transfert d’ADN. En
général la cellule receveuse n’est pas consentante.
o Les pili de type IV : appliqués dans au moins 3 types de phénomènes :
l’adhésion (coller des bactéries entre elles pour flotter sur un liquide), la
transformation bactérienne (incorporation d’ADN nu qui se trouve à l’extérieur
de la cellule), et la twitching motility (motilité par secousse). La twitching ça
fonctionne un peu comme quand on fait de l’escalade : on allonge un bras puis
on le rétracte pour s’avancer sur la prise : la bactérie projette un pilus devant

elle, l’attache au support puis tire sur ce pilus pour se rapprocher du point de
contact. Pour que ça fonctionne, les pili doivent être tous du même côté. Cela
veut dire que les deux pôles des bactéries ne sont pas identiques, et qu’elles
savent quel pôle est utilisable pour quelle fonction.
Gliding motility : bactéries qui se déplacent en tournant : elles accrochent des
points de contact sur la surface puis tourner leur corps cellulaire pour se
déplacer sur ces points de contact.

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• Flagelle : structure qu’on peut trouver à la surface des bactéries, qui peut être unique
et donc polaire (=bactérie monotriche). Les bactéries péritriches ont plusieurs flagelles
qui sont dans tous les sens, et ils peuvent souvent s’emmêler pour stimuler un
déplacement plus efficace. Les bactéries lophotriches ont plusieurs flagelles mais tous
du même côté, rassemblés à un pôle.

La structure du flagelle s’étend depuis le cytoplasme de la bactérie jusqu’à l’extérieur.

C’est une structure complexe, sur le schéma ci-dessous on est dans un cas de Gram –
Dans la membrane interne il y a un anneau appelé MS ring puis il y a une base (C ring)
et sur le MS ring est branché une tige avec des anneaux (P ring et L ring), puis on a un
crochet et le filament du flagelle enfin (composé de flagelline). SAVOIR : structures en
forme d’anneau qui s’empilent les unes sur les autres, qui traversent toute
l’enveloppe, qu’il y a un crochet et puis un filament de flagelle, et il y a un moteur :
stator et motor, et des protéines qui sont dans la membrane interne, associées au
peptidoglycan et qui profitent du gradient de proton qu’il y a au travers de la
membrane interne. En laissant passer des protons à l’interface entre le rotor et le
stator, et bien le flagelle est entrainé dans une direction ou dans l’autre.

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Chémotaxie : les bactéries ont développé des systèmes de sensing qui leur permettent de
réaliser si oui ou non elles remontent un gradient de concentration.

Deux cas :

• CW = clock wise : si les bactéries font tourner leurs flagelles dans le sens des aiguilles
d’une montre, elles font du tumble (mouvement hératiques, elles tournent sur elles-
mêmes)
• CCW = counter clock wise : si les flagelles tournent dans le sens contraire des aiguilles
d’une montre, les bactéries peuvent à intervalles irréguliers du run et du tumble. Cela
permet, en passant de l’un à l’autre, de moduler le temps passé à faire du run. Au plus
les bactéries sont proches de sources de nutriments, plus elles font du tumble, et plus
elles en sont loin, plus elles font du run. Elles font du CCW tant qu’elles remontent des
gradients de concentrations, et une fois qu’elles sont dans une zone ou le gradient
n’augmente plus, elles ne font plus que du CW et ne se déplacent plus

Elles ont à un endroit de la cellule des chémorécepteurs qui sont groupés, ce qui permet
que dès qu’un seul est touché par une molécule, tous deviennent réceptifs. Il y aussi un
module de signalisation qui permet de moduler la rotation du flagelle (un sens ou l’autre)
et donc moduler à quelle fréquence la bactérie fait du run ou du tumble. E.coli a 5
chémorécepteurs par exemple.

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III. Métabolismes bactériens

Le catabolisme est une série de réactions qui permettent de conserver de l’énergie (ATP ou
AcoA), et donc générer de l’énergie utilisable. Sources d’énergie : composés chimiques et
lumière.

Phototrophes puisent l’énergie dans la lumière, et les chémotrophes utilisent des composés
chimiques. Il existe deux types de chémotrophes : les chémoorganotrophes (organismes qui
vont tirer leur énergie de composés organiques), et les chémolitotrophes (utilisent des
composés inorganiques).

Photosynthèses
L’oxygénique produit de l’oxygène, il existe d’autres types de photosynthèses : anoxygéniques
par exemple (ne produisent pas d’oxygène).

Grande diversité chez les bactéries.

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Le stockage d’énergie à court terme se fait sous forme d’ATP ou d’AcoA (surtout pour les
bactéries anaérobies) et le stockage à long terme peut se faire sous forme de glycogène, ou
de poly--hydroxybutyrate (PHB) : composés à 4 carbones répétés, avec des groupements
méthyls et esters. Le groupement méthyl peut être remplacé et alors ça forme des poly--
hydroxyalkanoate (PHA) (forment des granules dans les bactéries).

Rappel de bioénergétique
Énergie libre : quand on a une réaction, on va avoir un G qui peut s’exprimer dans des
conditions standards, même si ces conditions n’arrivent jamais.

Comme on est jamais dans les conditions standards, il faut bien différencier G’ (réel) et
G’0 (standard) !

Important pour savoir ce que les bactéries peuvent faire ou ne pas faire : le potentiel de
réduction, et celui-ci est donné en conditions standards.

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oxydée
réduite

A droite, la tour rédox : permet de classer les demi-rédox en fonction du potentiel rédox. Ce
qu’il faut comprendre, c’est que les bons donneurs sont en haut dans la tour et les bons
accepteurs sont en bas. Équation de nernst : pas savoir, juste savoir qu’on peut lier les
potentiels rédox aux différences d’énergie libre.

Cours du 28/04
Le coenzyme NADH est un bon donneur d’électrons (-0,32) et les coenzymes rédox peuvent
transporter les électrons d’un endroit à un autre dans la cellule et donc ils permettent donc
de pairer des réactions rédox : comme la fermentation lactique

La 1ère étape est catalysée par la GAPDH et

cette étape est en fait une rédox qui
permet de recharger un NADH. Ici le NADH
couple les deux réactions du schéma.

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Fermentations = catabolismes anaérobiques où des composés organiques échangent des

électrons sans accepteur externe d’électrons : pas de poubelle à électron

Respirations = aérobique = O2 comme accepteur final des électrons. Anaérobie = accepteur

final n’est pas l’O2.

Du point de vue de la respiration, on a des chémoorganotrophes et des chémolitotrophes qui

vont faire des respirations aérobiques.

Les composés organiques utilisés par les

chémoorganotrophes sont ici des donneurs
d’électrons et ils peuvent être utilisés dans la
fermentation. Ces respirations génèrent un
gradient de proton (proton motrice force). Les
bactéries ont aussi inventé toute une catégorie
de respirations anaérobiques.

Les chémolitotrophes utilisent comme donneur

d’électrons des composés inorganiques et ils
vont utiliser comme accepteur d’électrons du
soufre, du nitrate, …

Chez certaines bactéries, il existe aussi des

gradients de Na.

RETENIR : les chémoorganotrophes et les

chémolitotrophes peuvent faire de la respiration aérobique, et toute une variété de
respirations anaérobiques.

L’oxygène est le meilleur accepteur d’électrons : si cela marche si bien, pourquoi est-ce qu’il y
a d’autres respirations qui existent ? Deux raisons :

• L’oxygène est peu soluble dans l’eau, et il faut se souvenir que la vie sur notre planète
s’est formée d’abord uniquement dans l’eau. Avant, il n’y avait pas de couche d’ozone,
et l’ozone est apparue grâce à l’oxygène. Sans ozone, les UV cramaient la vie sur terre
et donc la vie ne pouvait se développer que dans l’eau. Puisque l’oxygène est peu
soluble dans l’eau, les bactéries ont dû apprendre à utiliser autre chose.

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• L’oxygène est rapidement consommé par la respiration aérobie

Au niveau microscopique, il existe beaucoup d’environnements anoxiques. Savoir que les

bactéries, pour autant qu’elles respectent quelques règles de bioénergétique, ont la capacité
de faire un tas de respiration anaérobie.

Deux sortes de réduction

• Réductions dissimilatives : bactérie vont consommer du nitrate, … et ces composés
vont être utilisés comme accepteurs d’électrons. L’idée est d’utiliser des molécules
pour y coller les électrons générés pendant la respiration. Il y a donc une molécule
poubelle, et le but des microorganismes qui font ça, est de conserver de l’énergie et
en consommer donc beaucoup. CONSERVER
• Réductions assimilatives (chémolitotrophes) : bactéries assimilent des molécules pour
faire des groupements aminés, sulfhydriles et des composés carbonés. On fixe en fait
ces molécules là en dépensant de l’énergie et en apportant de la puissance réductrice.
Elles consomment juste ce qu’il faut, pas plus ! CONSOMMER

Photosynthèses anoxygéniques et oxygéniques

Les bactéries font la photosynthèse oxygénique avec des chloroplastes parce qu’elles ont fait
une symbiose avec des ancêtres des cyanobactéries. La photosynthèse anoxygénique peut par
exemple consommer de l’H2S, en fabriquant du soufre puis du sulfate. Ces photosynthèses
sont ancestrales et au lieu de se servir de la chlorophylle habituelle, les bactéries ont
sélectionné des molécules plus diversifiées : les bactériochlorophylles (pigment pour capter
énergie lumineuse). Il y a une grande variété de bactéries qui ont pleins de vésicules/organites
intracellulaires pour faire la photosynthèse.

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L’autotrophie nécessite de l’énergie et de la puissance réductrice

Cycle de Calvin permet aux plantes de fixer du CO2, il y pleins de mécanismes qui permettent
de fixer ce CO2, on en voit deux aussi : le cycle de Krebs à l’envers, et le cycle de
l’hydroxypropionate qui ont tous les deux la propriété de consommer de l’ATP et de la
puissance réductrice.

Protéines qui peuvent servir au transport des électrons : ferrédoxine a un centre fer-soufre et
ce soufre peut permettre de fixer du fer, qui pourra être oxydé/réduit.

RETENIR : il y a une diversité gigantesque par rapport aux plantes, chaque mécanisme utilise
de la puissance réductrice sous diverses formes, et consomme de l’ATP.

Fixation de l’azote N2
Les eucaryotes ne peuvent pas le faire, mais des bactéries libres aérobies, libres anaérobies
ou symbiotiques peuvent. Il existe deux formes de l’azote : une forme libre (azote
atmosphérique) et les formes fixées (tout de suite assimilables). Fixer de l’azote consiste à
transformer de l’azote moléculaire N2 en ammoniac. Peu de bactéries savent le faire, mais on
en trouve un peu partout dans l’arbre phylogénétique. Ce sont des bactéries capables de

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pousser dans des milieux en absence de carbone et d’azote, qui sont fixés à partir du CO2 et
du N2 de l’air dissous.

Deux enzymes permettent de fixer l’azote atmosphérique :

• La dinitrogénase : prend de l’azote

atmosphérique et brise une à une ses 3
liaisons, ça va consommer 8 électrons et va
générer de l’hydrogène moléculaire. On
produit 2NH3 à partir d’un N2. Cela se fait
grâce à un cofacteur, qui contient 7 atomes
de Fer et 1 atome de molybdène. L’enzyme
passe d’une forme réduite à une forme
oxydée (logique car elle donne des
électrons). Elle est rechargée grâce à la
dinitrogénase réductase et ces transferts
d’électrons consomment 16 ATP pour 8 électrons.
• La dinitrogénase est elle-même réduite par une autre protéine, la
flavodoxine/ferrédoxine, avec des électrons venant du pyruvate.

Consommation d’ATP et de puissance réductrice, comme pour fixer du carbone.

La dinitrogénase réductase est en fait inactivée par l’oxygène moléculaire, et toutes les
bactéries qui fixent de l’azote ont inventé quelque chose qui leur permet de protéger cette
enzyme :

Hétérocyste = cellule spécialisée dans la fixation de l’azote

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La fixation de l’azote fait partie du cycle de l’azote

80% du recyclage de l’azote sur notre planète est fait par les bactéries.

La fixation d’azote se fait dans des conditions aérobies (peut aussi anaérobie), et ensuite les
réactions du bas (cycle) se font dans des conditions anaérobies.

Processus de nitrification : comment à partir d’ammoniac on peut faire des nitrates. On verra
ensuite le processus de dénitrification.

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La nitrification

Deux étapes : on fait du nitrite, puis du nitrate. En fait ce sont deux rédox successives : on
prend de l’ammoniaque, et on fabrique du nitrite (présence d’oxygène car très bas dans la
tour rédox).

1ère étape :

A partir d’ammoniac et d’oxygène, on fait du H2O et NH2OH qui va traverser la membrane

pour faire du nitrite avec de l’eau. Les électrons prélevés seront réutilisés pour recharger du
NADH (créer puissance réductrice). On va aussi générer une force proton motrice qui va
permettre de recharger de l’ATP.

2ème étape :

Le nitrite va servir à faire du nitrate, de nouveau on extrait des électrons qui vont générer de
la puissance réductrice, qui vont permettre de générer un gradient de proton, et ensuite
régénération d’ATP.

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Les bactéries consomment beaucoup d’ammoniac et de nitrite pour que le processus soit
rentable, comme les potentiels rédox sont pas top (peu efficace niveau énergétique).

La dénitrification

On part du nitrate et on fait de l’azote moléculaire, ce qui peut se faire en conditions

anaérobiques. On a une succession d’enzymes.

Processus important dans l’agriculture car dans les engrais il y a beaucoup de nitrate. Quand
il pleut, on va avoir des conditions anoxiques (voir schéma) ce qui va activer la dénitrification.
Le N2O volatile peut réagir avec l’ozone, ce qui va produire du HNO2 : pluies acides.

La dénitrification ce n’est pas toujours mauvais ; dans les stations d’épuration de l’eau il y a
des bassins avec des boues et des processus où les composés se font dégrader par étape. La
dénitrification permet d’enlever les nitrates de l’eau.

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L’anammox (anaerobic ammonia oxidation)

C’est un groupe particulier de bactéries qui arrive à utiliser du nitrite et de l’ammoniac pour
refabriquer du N2 en conditions anaérobie.

NO : dangereux et l’hydrazine aussi, gros poison !

L’épuration de l’eau est un processus dans lequel les bactéries ont un rôle fondamental.

Les méthanogènes
sont très souvent des
archées : elles vont
générer du méthane.
Station d’épuration
sert à transformer des
composés complexes
en composés très
simples volatils.

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Cours du 30/04

IV. Modes de vies bactériens

Faire des jeunes et disséminer

Caulobacter crescentus : bactérie nageuse légèrement courbée avec deux pôles, et a un

flagelle polaire au pôle du bas : bactérie monoflagellaire. Au même pole, elle a des pili de type
IV qui peuvent adhérer à une surface, se rétracter etc.

Point de vue du cycle cellulaire, elle est bloquée en G1: elle peut nager et à un moment, elle
va trouver un environnement où il y a de la nourriture (compétente pour la chémotaxie) et va
essayer d’adhérer à une surface (si elle trouve l’environnement bon) grâce au flagelle qui peut
toucher une surface : 1ère forme d’attachement très lâche. Ensuite, les pili vont entrer en
contact avec la surface et peuvent se rétracter, ce qui rapprochera la bactérie de la surface. À
ce pôle (avec flagelle), elle va produire une structure appelée holdfast (boule orange), un
polysaccharide, qui permet de coller de façon très forte à une surface. Elle va ensuite faire
grandir un pédoncule (stalk) entre le holdfast et son corps cellulaire. Elle va grandir, puis se
diviser. Au pôle opposé au pédoncule, il y a un flagelle qui est fabriqué qui va rester immobile
pour ne pas arracher le pédoncule, tant que la division n’est pas finie, le flagelle ne peut pas
tourner et les pili sont synthétisés à la fin. On a eu une division asymétrique : on a une mère
pédonculée qui pourra rentrer directement en phase S, elle va synthétiser son ADN et la
ségrégation des chromosomes (pas mitose !!!) se fait pendant la synthèse. Au moment de la
division il y a donc un chromo dans une bactérie et l’autre chromosome dans l’autre bactérie.

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Donc à la fin de la division on a une cellule pédonculée qui pourra reprendre directement le
cylcle et l’autre cellule produite est nageuse et va aller vers la nourriture grâce au gradient de
nutriment qu’elle va remonter. Il y a alors deux modes de vies : un mode de vie nomade
(nageuses) et un mode de vie sédentaire (pédonculées). Stratégie cool pour croitre tant qu’il
y a de la nourriture et coloniser de nouveaux environnements qui seraient libres. Une fois
qu’on est pédonculée on ne peut pas redevenir nageuse !

Pourquoi cette forme courbée ?

Ces bactéries produisent

un filament intermédiaire
(crescentine) qui permet
de la courber. Intérêts
d’une forme courbée :

• Dissémination à courte distance (point de vue écologie) : s’il y a un flux dans une
rivière, la bactérie va être courbée dans le sens du flux et donc la cellule fille qui va
être générée au pôle opposé au pédoncule, elle va avoir un flagelle et des pili qui vont
pousser au pôle opposé au pédoncule, et ses pili vont se retrouver très proches de la
surface : phénomène d’adhésion immédiat. Quand la division se termine, la cellule fille
va se différencier en bactérie pédonculée (si nourriture présente), va fabriquer un
holdfast, et va aussi s’orienter dans le courant. Ça permet en fait à la bactérie de rester
dans un environnement ou il y a de la nourriture.
• Bactéries sensibles à des phages : CbK ne s’attaque qu’aux nageuses car il se lie aux
flagelles et aux pili, et comme les pédonculées n’en ont pas, on peut tuer toutes les
bactéries nageuses d’une population (wtf). On peut aussi visualiser la capacité d’une
bactérie à nager : bactérie sauvage a été déposée sur une boite de pétri avec un peu
moins d’agar que la normale : milieu semi-solide, elles peuvent donc nager et on peut
les voir. Ces tests de sensibilité aux phages et de motilité permettent de faire des
cribles génétiques : on peut par exemple chercher des mutations sur des individus déjà
mutants.

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Résister et croître en situation de stress

Methylobacterium extorquens : bactérie pigmentée qui fait partie de la phyllosphère, elle vit
sur les feuilles des plantes. Seule bactérie à pousser sur des milieux minimums avec quelques
composés minéraux et une source de carbone très simple comme du méthanol. Dans les
feuilles des plantes on a des enzymes appelées pectine methylestérases qui produisent parfois
du méthanol, et cette bactérie l’utilise comme seule source de carbone. De plus, la première
étape de transformation de méthanol pour l’incorporation, c’est la formation de
formaldéhyde → très toxique. La bactérie en accumule dans son périplasme et elle y résiste,
comme à la dessication.

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Les prédateurs mobiles

Myxococcus xanthus : plus généralement, les Myxobactéries : prédateurs mobiles qui peuvent
faire de la gliding motility et de la twitching motility, elles projettent un pilus puis tire dessus
pour se déplacer. Elles peuvent aussi faire marche arrière et voyager en groupe. Quand les
conditions sont mauvaises, elles peuvent former des tas de cellules, et certaines espèces
peuvent faire des fruiting bodies. Elles génèrent alors des myxospores (très stables) qui
germeront pour redonner des cellules typiques (bactéries en forme de bâtonnet).

Bdellovibrio bacteriovorans : ne travaille pas

en groupe. Bactérie Gram – avec une forme
courbée et un seul flagelle polaire très épais
car il est recouvert par la membrane externe.
Cette bactérie est très rapide et elle va
reconnaitre la membrane externe d’une
proie, s’y attacher et la percer. Elle va alors
rentrer dans le périplasme de sa proie. Une
fois à l’intérieur, elle dévore la bactérie de
l’intérieur, et la proie ne réalise même pas ce
qui est en train de lui arriver. À l’intérieur, Bdellovibrio va former un filament qui va se diviser
à différents endroits pour générer des filles flagellées qui sortiront dans le milieu extérieur en
brisant la membrane.

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Les prédateurs immobiles

Streptomyces coelicolor : [voir photo dias] être multicellulaire avec des hyphes qui s’enfoncent
dans le milieu (un peu comme des racines) et qui vont pomper de la nourriture. Le mycélium
aérien produit des spores pouvant s’envoler. La région rouge dans laquelle la bactérie produit
des antibiotiques (wtf car les antibiotiques tuent les bactéries). Il y a une région moins dense
où il y a de la mort cellulaire programmée.

Dans le mycélium il y a de la mort cellulaire programmée, de la production d’antibiotiques et

en fait ce qui va se passer, c’est que les bactéries de l’environnement (mobiles) vont être
attirées par les nutriments disponibles. Une fois arrivées au milieu de la colonie de
Streptomyces elles vont rencontrer les antibiotiques et donc elles vont se faire tuer.

L’expression d’antibiotiques tue les bactéries qui ont été attirées, contribue à la génération
des nutriments qui sont utilisés pour générer la croissance d’hyphes aériennes, qui vont se
découper en spores et être libérées.

La prodigiosine prend une

couleur rouge, et peut pousser
sur le pain.

Spore de Streptomyces : spore va réaliser que les

conditions du milieu sont bonnes, et va se faire
pousser des hyphes qui vont pouvoir se brancher, et
il y a une croissance polaire : la bactérie fabrique de
la paroi bactérienne au bout des pôles. Cette
croissance commence dans la direction où il y a de la
nourriture, puis à l’interface entre le milieu solide et
l’air il va y avoir production d’hyphes aériennes qui
vont se segmenter pour former ls spores qui pourront se disséminer dans la nature et
redonner naissance à des colonies. FtsZ catalyse la division cellulaire (monomère tubuline).

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Qui a inventé la boussole ?

Magnetospirillum magnetotacticum : a un flagelle polaire. En microscopie on peut voir des
petits grains = cristaux de magnétite qui permettent à la bactérie d’être attirable dans un
champ électromagnétique. Les cristaux sont dans des compartiments avec une membrane
autour qu’on appelle des magnétosomes qui sont alignés sur un cytosquelette qui est un

polymère de la protéine MamK (homologue de l’actine). Les bactéries ont inventé les
filaments intermédiaires, elles ont inventé l’actine et la tubuline. À quoi ça sert qu’une
bactérie puisse s’orienter dans le champ magnétique terrestre ? Le champ magnétique étant
essentiellement vertical, avoir des cristaux de magnétite permettrait à la bactérie de s’orienter
dans les sédiments de manière à s’y enfoncer pour éviter de se retrouver dans des
environnements où il n’y a pas d’oxygène (ce sont des bactéries anaérobies).

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Cours du 04/05
Les bactéries peuvent vivre en groupes mono- ou poly-spécifiques
Une seule espèce ou plusieurs espèces différentes. Les biofilms comportent une matrice qui
entoure les bactéries. Étapes de la formation d’un biofilm :

• Attachement : peut se faire avec un flagelle, des pili, un polysaccharide qui va

permettre à la bactérie de coller sur un support. Dans certains cas, les bactéries sont
capables de continuer à produire des polysaccharides en grande quantité. Elles vont
former un biofilm assez fin et puis épais, et dans la structure du biofilm il y a des
espèces de tuyaux qui permettent d’acheminer de l’eau et d’éliminer des métabolites
toxiques. Il existe des bactéries qu’on colore avec le DAPI : devient fluorescent quand
il se lie à l’ADN.
• Croissance
• Développement : Il y a aussi de l’ADN dans la matrice du biofilm donc celle-ci se colore.
Le mécanisme par lequel l’ADN arrive là, c’est probablement de la lyse : certaines
bactéries vont mourir, vont ensuite lyser et leur ADN va s’étendre dans le biofilm et va
contribuer à sa structure.
• Dispersion : le biofilm va générer des bactéries nomades qui vont pouvoir disséminer
dans l’environnement

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Pourquoi est-ce que les bactéries ont un intérêt à s’entourer de polysaccharide ? Car ils
peuvent retenir l’eau, elles peuvent donc éviter la dessication, et car si on a des composés
agressifs la matrice peut les protéger.

Quand ces biofilms sont formés par des bactéries pathogènes et bien cela limite l’action des
antibiotiques car ceux-ci auront du mal à diffuser jusqu’au cellules et ensuite, les cellules se
trouvant dans un biofilm ne sont pas toutes en activité métabolique, il y en a beaucoup qui ne
poussent plus et deviennent alors plus tolérantes aux antibiotiques.

Comment une cellule décide tout à coup de devenir nomade ou sédentaire ? On a découvert
qu’il y a un messager intracellulaire diGMP cyclique qui va réguler la décision de la bactérie
pour être nomade ou former un biofilm.

Microbiomes
Communautés bactériennes qui sont associés à des organismes vivants plus grands. Ce n’est
pas propre à l’homme, il en existe aussi chez les animaux et chez les plantes (autour des
racines il y a des milliers d’espèces).

Chez l’homme il y a de 1013 à 1014 bactéries par personne, alors qu’on a 1013 cellules ! 1/3 du
poids des fèces sont des bactéries ! Dans l’intestin on peut dire qu’il y a au moins 1000
phylotypes : c’est dur de parler d’espèce pour les bactéries car la définition d’espèce pour les
animaux n’est pas applicable aux bactéries, donc on va déterminer la séquence de l’ARN 16S
(petite S-U ribosomes) et rien qu’en déterminant sa séquence en nucléotides on peut
déterminer à quelle « espèce » on a à faire. On va donc définir les bactéries par e fait qu’elles
ont des séquences en 16S assez proches. S’il y a moins de 98% de ressemblance alors on
considère que ce sont des phylotypes différents. Microbiomes sur la peau, dans les voies
respiratoires (pas dans les poumons car les macrophages alvéolaires mangent les bactéries),
dans la cavité buccale, sur les dents (plaque dentaire), dans l’intestin et le vagin.

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Les microbiomes intestinaux

Selon l’endroit où on se retrouve dans le système digestif, on n’aura pas les mêmes bactéries.
Dans l’estomac on retrouvera des bactéries qui doivent vivre à un pH 2. Certaines souches
d’Helicobacter pylori sont à la base d’ulcères de l’estomac et de cancer de l’estomac. Il y a une
spécificité de biotope associé à une spécificité d’espèce qui peuvent y vivre et qui interagissent
avec la structure humaine. Du duodénum à l’iléum la concentration en bactéries par gramme
va augmenter. Bacteroidetes jouent un rôle très important dans notre système digestif ! On a
aussi des Archées qui produisent du méthane, qui est un gaz inflammable (pet flambé). On
arrive au colon, l’endroit où il y a les plus de bactéries dans notre corps.

Un fœtus n’a pas encore de microbiomes intestinaux, cela se fait dans les premiers jours après
la naissance.

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D’une personne à l’autre il y a une très grande variabilité de bactéries. Le microbiome

correspond à une culture continue car on ajoute tout le temps du milieu, et on laisse sortir
une partie. La culture bactérienne va compenser tout ce qui est perdu dans les fèces. Malgré
tout l’intestin n’a pas envie de voir les bactéries pénétrer l’épithélium intestinal, elles ont juste
le droit de rester dans la lumière de l’intestin, rôle de la mucine est de limiter cette diffusion.
Les peptides antimicrobiens peuvent tuer les bactéries ou le rendre plus sensibles.

Par exemple, les végétariens ne sauraient pas survivre sans leur microbiote intestinal car on
ne trouve pas de vitamine B12 dans les plantes.

Salmonella utilise le système immunitaire, elle va envahir volontairement l’épithélium pour

générer une réponse immunitaire contre laquelle elle est résistante mais contre laquelle le
microbiote intestinal est sensible → salmonella va donc gagner contre le microbiote intestinal.

Pendant la prise d’antibiotique, on a une chute de la diversité bactérienne puis un retour à la

normale quand on stoppe la prise d’antibiotiques.

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Les microbiomes cutanés

On a à peu près 1 million de bactéries par cm2 de peau. La composition en bactéries va
dépendre de l’humidité de notre peau, de notre âge, la localisation et ¾ de ces bactéries sont
à Gram+.

La composition du microbiote intestinal peut corréler avec la présence d’une pathologie

ou un désordre métabolique.

Les personnes obèses ont certaines proportions de bactéries élevées que n’ont pas les

individus minces (attention ce sont souvent juste des associations). La souris mince a
beaucoup de bacteroidetes et de firmicutes et peu de méthanogènes. Chez la souris obèse, on
a une plus petite proportion de bacteroidetes et une plus grande proportion de
méthanogènes. Chez les souris obèses il y a production de grande quantité de AGV (acides
gras volatils : acétate, propionate et butyrate) et ces composés sont produits par la
fermentation des bactéries dans notre intestin et constituent 10% de l’apport énergétique
journalier. Ces phénomènes de fermentation sont inhibés par l’hydrogène moléculaire, et
quand on accumule beaucoup de méthanogènes et bien l’hydrogène va servir à produire du
méthane. En faisant du méthane on aura donc diminué la quantité d’hydrogène moléculaire
et donc on ne va plus inhiber la fermentation, on aura donc plus d’AGV donc aussi plus
d’apport énergétique (→gros).

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La transplantation de microbiome intestinal suggère un lien de causalité entre la

composition de microbiome et la génération d’un désordre métabolique
On a pris des jumeaux avec des différences de poids, on a extrait le microbiome et réinjecté à
des souris normales. On s’est rendu compte que même avec un régime contenant peu de
graisses les souris qui ont reçu un microbiome d’individu mince restent minces alors que si
elles reçoivent d’un individu obèse développent de l’obésité. Des gens proposent des
transplantations fécales chez l’homme mais ça peut être risqué, on peut toujours recevoir des
pathogènes.

Les bactériophages, ennemis n°1 des bactéries

Responsables de la mort de 20 à 40% des bactéries, chaque jour. Il y a 10 fois plus de phages
que de bactéries sur Terre (1030 phages pour 1029 bactéries). Il existe trois types de phages :

• Non-lytiques : ils ne provoquent pas la mort bactérienne mais peuvent prendre leur
contrôle pour leur faire produire des phages.
• Lytiques : ils rentrent, font des copies d’eux-mêmes, tuent la bactérie puis sortent.
• Lysogéniques : vont générer la lyse, mais pas tout de suite. Intérêt : s’il tue
directement la bactérie, il va générer 100 copies de lui-même, alors que s’il s’installe
sans la tuer pendant des générations, la bactérie va continuer de proliférer. Il peut
alors tuer 1 milliard de bactéries et donc faire 100 milliards de phages.

Comment peut-on dénombrer les phages ? On prend des bactéries sensibles à ce phage, et ici
on prend des phages lytiques. On mélange dans un tube à essai une culture de bactérie, avec
de l’agar et les phages. On va chauffer le milieu mais pas trop, pour que les phages puissent
encore se mouvoir, et alors aller infecter les bactéries. On dépose l’ensemble sur une boite de
Pétri. Les phages vont commencer à rentrer dans les bactéries et il va générer 100 copies de
lui-même par bactérie qu’il infecte. Il y a tellement de bactéries mortes, qu’aux endroits où
elles meurent, il y a des trous : on peut alors compter les trous (plage de lyse) et donc en
déduire le nombre de phages.

Il y a une énorme diversité dans la structure des phages, et plein de types de génomes !

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Les phages exploitent une variété de récepteurs à la surface de leur hôte

Pour reconnaitre les bactéries, CbK reconnait les flagelles et pili par exemple, M13 reconnait
les piles de conjugaison, MS2 se fixe sur le poil conjugatif, T1 reconnait des protéines de la
membrane externe qui peuvent servir à faire rentrer des sidérophores (transport spécialisé),
T4 reconnait le LPS. Quand T4 reconnait la surface d’une bactérie, il va atterrir sur la surface,
sa base plate va entrer en contact avec la membrane du pilus. La queue d’un phage c’est en
fait deux tuyaux l’un dans l’autre : l’externe peut se comprimer alors que le tuyau à l’intérieur
garde une taille constante et va transpercer l’enveloppe bactérienne, et permettre à l’ADN du
phage de rejoindre le cytoplasme de la bactérie.

Ces bactériophages ont des gènes qui s’expriment dans un ordre donné : il y a des ARN
messagers précoces moyens et tardifs qui vont encoder des protéines précoces, moyennes ou
tardives. Tout à la fin il y a la production du lysozyme qui peut couper le peptidoglycan et qui
permet de libérer les phages au moment de la lyse de la bactérie. Si on purifie toutes les
protéines d’un phage et qu’on les mélange, un phage va se réassembler tout seul.

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Et la culture au laboratoire alors ?

Il y a deux types de culture, en batch et en fermenteur :

• Batch : on prend un milieu nutritif stérile et on rajoute des bactéries qui vont avoir
besoin d’un temps d’adaptation. Courbe verte = densité optique, on peut à différents
temps prélever un échantillon de la culture et mesurer la turbidité. Plus il y a des
bactéries, plus le milieu est trouble, plus la lumière est arrêtée. Cette densité optique
est d’abord stagnante (lag = nécessaire pour resynthétiser des composants nécessaires
à la croissance), et puis augmente de manière exponentielle (log = les bactéries se
divisent à une vitesse maximum) puis enfin s’arrête pour former la phase stationnaire
(deux choses qui peuvent limiter la croissance : des éléments commencent à manquer
dans le milieu et la bactérie ne peut pas les fabriquer, elle va ralentir sa croissance. Ou
alors de l’acétate peut s’accumuler dans le milieu et limite la croissance), et ensuite la
mort. En parallèle à ça, la ligne rouge correspond à la concentration en organismes
vivants par millilitres et cette courbe suit bien la courbe verte. Bien retenir les 4
phases !
• Culture continue en fermenteur/chémostat : c’est une espèce de casserole vitrée avec
un moteur qui fait tourner le milieu, et le but est d’oxygéner le milieu. On peut amener

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du milieu frais, et récupérer du milieu (avec ou sans bactéries) à la sortie du système.

Dans ce fermenteur on a mis des sondes qui mesurent la concentration en oxygène,
en glucose, le pH, … On peut contrôler la température, l’agitation, l’arrivée de milieu
frais, … Il y a des programmes informatiques capables de réagir en fonction de ce qu’il
se passe dans le fermenteur.

Isolement sur boîte de Pétri

On prend une hanse de platine et on la flambe. On la refroidit puis dans un milieu de culture,
à proximité d’une flamme pour avoir un milieu stérile, on y étale du milieu qui était dans un
tube. À la fin on peut obtenir des colonies isolées.

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L’étalement sur boîte de Pétri permet de dénombrer des bactéries

Il y a deux façons de cultiver des bactéries sur une boîte de Pétri :

• Avoir une boite de Pétri avec un milieu gélosé et on y dépose par exemple 100L de
suspension bactérienne, et on veut compter le nombre de bactéries vivantes. On utilise
alors un râteau en verre qui permettra d’étaler la suspension bactérienne sur le milieu
jusqu’à ce que tout le liquide soit absorbé par la gélose. On met alors à l’incubateur et
le lendemain on vient compter les colonies. S’il y avait 100 bactéries vivantes dans
notre suspension, on aura 100 colonies. C’est une méthode très sensible ! S’il y a trois
bactéries on aura 3 colonies visibles !
• Cultiver les bactéries dans et sur le milieu : utile pour des bactéries qui ne supportent
pas l’oxygène. On met les bactéries puis on ajoute seulement le milieu à une
température juste au-dessus du point de fusion de l’agar. Après l’incubateur, des
bactéries vont se retrouver à l’intérieur de l’agar, et d’autres sur la surface.

Suivant les types de substrats sur lesquelles les bactéries peuvent pousser, on peut
identifier quel type de bactéries on a.

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L’étalement de dilutions sur boîte de Pétri permet de dénombrer des bactéries

On prend une culture où n sait qu’on a beaucoup de bactéries. On en prend 1 millilitres et on

le dissout dans un volume 9x plus grand (dilution 10x). De là, on reprend 1 millilitres qu’on
met dans 9 millilitres de milieu, et ainsi de suite. On étale ensuite sur boite de Pétri, on met à
l’incubateur et ensuite on peut compter. On va repérer les colonies où on a entre 30 et 300
bactéries et c’est celles là qu’on va compter.

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Cours du 05/05

V. Pathogènes bactériens
Visualisation d’une plaque dentaire : les caries sont associées à Streptococcus mutans qui est
Gram+ qui ont l’habitude de fermenter quand on mange du sucre, et l’acide lactique produit
consomme l’émail de la dent. MAIS on a découvert grâce à des systèmes de colorations qu’il
y a beaucoup plus de pathogènes que ça ! Il peut donc y avoir des situations où il n’y a pas
qu’un pathogène impliqué dans une maladie par exemple.

Quelques définitions

Infection : ne veut pas toujours dire pathogénicité ! Pathogénicité est de type oui ou non : on
est pathogène ou pas mais attention une souche pathogène n’est pas toujours pathogène,
d’un individu à l’autre on peut ne pas présenter de symptômes. Dissémination : si on a un
pathogène qui infecte un individu mais qui est incapable de sortir pour aller contaminer
d’autres individus, ce n’est plus un pathogène !

Un pathogène, c’est comme une bactérie normale sauf qu’elle va coloniser un milieu un peu
plus hétérogène. Les bactéries pathogènes répondent à la sélection Darwinienne : chaque
bactérie qui arrive à améliorer ses étapes d’adhérence, de colonisation, d’invasion et de

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dissémination va être sélectionnée positivement. Si on essaye de bloquer une bactérie avec

une attaque (antibiotiques par exemple), elle trouvera un moyen d’y échapper sauf si elle
disparaît complètement.

Adhérence
Les épithéliums sont en général ce que les pathogène rencontrent en premier. Il y a donc
possibilité d’adhérer aux cellules épithéliales et aux molécules qui sont exposées (mucine par
exemple), ensuite il y a des bactéries qui profitent d’une blessure pour envahir notre corps.
Les insectes qui piquent peuvent aussi transmettre des pathogènes (maladie de Lyme par
exemple Borrelia profite de la tique pour coloniser, sans cet insecte elles n’y arriveraient pas).

L’entrée est sélective pour les pathogènes, exemple : Streptococcus pneumoniae n’a aucune
chance d’infecter l’estomac alors que c’est un pathogène très infectieux au niveau des
poumons. Ils ont donc des caractéristiques d’adhérence qui leur permettent de rentrer par
certains organes mais pas par d’autres → spécificité, barrière d’espèce !

L’adhérence peut être la clé de la sélectivité d’hôte d’un pathogène bactérien : étude à
l’institut Pasteur : Listeria monocytogenes (Gram +) peut se retrouver dans du fromage, et
pour rentrer elle se sert de la protéine internaline A et cette protéine interagit avec une E-
cadhérine (se trouve à l’extérieur des cellules). Ce pathogène est spécifiquement humain, il
ne s’attaque pas à la souris. Ils ont comparés les séquences d’E-cadhérine de l’humain et de la
souris (séquence proche) et ils se sont rendu compte que chez l’humain, où il y a une proline
et bien c’est un glutamate chez la souris. Quand on a une proline, l’internaline A peut interagir
alors qu’elle ne peut pas avec le glutamate.

Structures pour l’adhérence :

• Adhésines : protéines présentées à la surface de la membrane externe (Gram -) de la

bactérie qui lui permettent d’interagir avec une structure de l’hôte (EstA chez
Pseudomonas qui a une structure qui ressemble aux tonneaux  et qui a une hélice 
qui le traverse). Chez les Gram + il y a des protéines qui sont attachées au
peptidoglycan et qui peuvent servir à interagir avec des structures de l’hôte.
• Capsule : Bacillus anthracis a une capsule qui n’est pas un polysaccharide mais du poly-
D-glutamate. E. coli fait des capsules de polysaccharide qui permettent l’attachement

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de la bactérie à la bordure en brosse des microvilli intestinaux et elle permet aussi la

résistance à la phagocytose.
• Porines : Neisseria gonorrhoae (naturellement Rough) a des protéines OPA qui
ressemblent fort à des porines et elles permettent la reconnaissance de récepteurs →
spécificité d’adhésion.
• Fimbriae : assez nombreuses et peuvent se terminer avec une adhésine (FimH) qui
peut interagir avec les glycoprotéines de l’hôte qui se trouvent à la surface des cellules
de la vessie pour les uropathogènes.
• Pili : moins nombreux, et surtout point de contact de départ.

Invasion
Terme générique qui peut recouvrir des situations très différentes (grande spécificité aussi).
Le pathogène va rejoindre une niche de réplication, s’y multiplier et disséminer. Il arrive qu’en
voulant rejoindre une niche, le pathogène en rejoigne par accident une autre niche dans une
localisation qui ne va pas lui apporter un avantage pour la dissémination. Haemophilus : chez
certains jeunes enfants des variants d’Haemophilus colonisent le sang, qui peut passer la blood
brain barrier, et ces bactéries vont coloniser les méninges, ce qui ne leur sert à rien et on peut
avoir une méningite.

L’invasion permet en général une réplication et une dissémination. Un pathogène doit

respecter son hôte pour pouvoir se disséminer, s’il tue son hôte ça n’a plus d’intérêt.

Invasion modeste du sang = bactériémie (même si parfois pas à l’aise dans le sang).

Multiplication bactérienne dans le sang = septicémie/choc septique. L’endotoxine dans le sang

(lipide A) va être reconnue par le système immunitaire → fièvre.

Colonisation
Terme générique qui peut recouvrir des situations très différentes. D’un pathogène à l’autre
la colonisation peut prendre des formes très différentes.

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La mesure de la virulence peut se faire à l’aide de la lethal dose 50 (LD50) : quantité de

bactéries qu’il faut pour tuer la moitié des hôtes dans un modèle d’infection donné
Comparer la virulence de deux bactéries pathogènes dans le même modèle animal. On va alors
compter combien de bactéries il faut donner
pour tuer quelle proportion de souris (par
exemple). Le graphique de gauche : 10 à 100
bactéries suffisent à tuer 100% des souris. Si on
compte le nombre de bactérie qu’il faut pour
tuer l’hôte, la LD50 est à peu près aux environs
de 20-50 bactéries pour le graph de gauche.

On peut aussi générer des mutants et voir dans quelles mesures il est encore capable
d’infecter et de tuer son hôte. Il y a donc bien un côté quantitatif au niveau de la virulence :
on va mesurer quelque chose !

Vibrio cholerae, un exemple de pathogène extracellulaire

Vit dans la lumière de l’intestin (mais pas seulement) et quand elle y est, elle va produire la
choléra toxine qui est un hétéromultimère A2B5 (sécrétée par un système de sécrétion de type
2). Cette toxine va, grâce à sa sous-unité B, va reconnaître une
glycoprotéine GM1 qui se trouve à la surface des cellules
épithéliales de l’intestin. Suite à la S-U B et la reconnaissance de
la surface des cellules, la S-U A va pouvoir rentrer dans la cellule
et moduler la production d’AMP cyclique (protéines G peuvent
signaler à l’adénylate cyclase qu’il faut produire de l’AMPc) et la
toxine génère une activation de l’adénylate cyclase pour produire
de l’AMP cyclique et cet AMPc va stimuler l’export d’ions Cl-, ce
qui va entrainer une sortie d’eau → diarrhée.

Bactérie peut proliférer dans la lumière de l’intestin et va ensuite vouloir sortir de

l’organisme : ce qui cause les symptômes du choléra c’est en fait la bactérie qui cherche à
disséminer.

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On trouve Vibrio cholerae dans l’environnement où elle peut soit vivre libre sous forme
nageuse, qu’on appelle forme planctonique, qui peut avoir deux types d’appendice : un
flagelle unique et polaire, et des MSHA (pili de type 4) qui sont sensibles au mannose :
permettent l’accrochage des bactéries entre elles, et à des matrices mannosylées. Ces
bactéries ont des formes planctoniques mais elles peuvent aussi former des biofilms sur des
surfaces abiotiques, des détritus, ou aussi sur le zooplancton et le phytoplancton (adhèrent à
la chitine). On va donc ingérer du matériel contaminé, ces biofilms vont se désagréger dans
notre organisme et des formes planctoniques vont envahir nos tissus. De nouveaux types de
pili (TCP) qui permettent l’adhérence vont être produits en même temps que la toxine et vont
coloniser la surface des cellules intestinales (ne rentrent pas dedans), puis on relargue
(diarrhée) des formes planctoniques, des morceaux de biofilms et des bactéries qui adhèrent
les unes aux autres (cluster de bactéries) qui reformeront des biofilms à l’extérieur = voie oro-
fécale (caca-environnement-bouche) : il y a donc un cycle qui implique des formes libres,
l’adhérence, la génération d’une forme de dissémination, la génération de biofilms.

Salmonella enterica, un exemple de pathogène intracellulaire

La bactérie doit entrer en compétition avec le microbiote intestinal ! Système de sécrétion de

type 3 (seringue moléculaire qui injecte des protéines dans la cellule hôte), une fois que la
bactérie adhère à la surface des entérocytes, elle va injecter des protéines qui permettent de
former des morceaux de membrane → entrée de la bactérie. Ensuite quand elle est dans une
vacuole à l’intérieur de la cellule, deuxième système de sécrétion qui permet de limiter

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l’acidification de la vacuole, d’acquérir des nutriments, … Les îlots de pathogénicité sont des
segments de génome qui viennent d’ailleurs (transfert horizontal de gène).

Au cours de l’évolution, les bactéries ont sélectionné des systèmes de sécrétion

complexes
Comment les bactéries sont-elles devenues pathogènes ? Elles ont acquis, entre autres, des
systèmes de sécrétion, parfois très compliqués.

Ils permettent de transporter des protéines soit depuis le cytoplasme, soit depuis le
périplasme, afin de les excréter.

• Système de sécrétion de type 1 (T1SS) : ressemble aux pompes pour les métabolites
toxiques. Elles ont une protéine dans la membrane externe (TolC) qui est une espèce
d’adaptateur sur lequel plusieurs types de pompes peuvent venir se brancher.
L’origine évolutive du T1SS ce sont des pompes d’extrusion.
• Système de sécrétion de type 2 (T2SS) : déjà plus compliqué, il y a tout un complexe
dans la membrane interne, un polymère dans la membrane externe, et dans le
périplasme on a des protéines adaptatrices qui stabilisent tout le système. Excréter
depuis le cytoplasme vers l’extérieur. On se rend compte que cette structure est
homologue aux pili de type 4 : peuvent toucher un endroit puis se rétracter

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• Système de sécrétion de type 3 : flagelle en est à l’origine. On a un complexe dans le

cytoplasme et en membrane interne et externe + formation d’une aiguille qui prend
son origine entre les deux membranes et qui se prolonge jusqu’à toucher une autre
membrane (hôte) et il y a formation d’un pore au bout de l’aiguille. Il y a tout un
système de sélection pour sélectionner quelles protéines pourront être sécrétées vers
l’extérieur.
• Système de sécrétion de type 4 : complexe membrane interne et externe, des
composants qui connectent ces deux complexes, des ATPases qui permettent
l’assemblage de tout le système. Origine évolutive = pilus de conjugaison.
• (Système de sécrétion de type 5 : variante des adhésine)
• Système de sécrétion de type 6 : traversent la membrane interne et le périplasme, et
l’origine de ces structures = queues des phages. On a un homologue de queue de phage
avec une pointe d’injection qui peut traverser tout le système.

Qu’est-ce qui est sécrété par les systèmes de sécrétion ? Quels sont les substrats ? Ce sont des
protéines qui peuvent remplir des rôles très diversifiés à l’avantage de la bactérie et pas
seulement chez les pathogènes. En général les systèmes fonctionnent en une seule étape (les
substrats vont directement à l’extérieur).

C’est un peu plus compliqué pour le T2SS car les protéines doivent d’abord être transloquées
dans le périplasme (2 manières : Sec et Tat) Sec : permet de transporter soit de façon co-
traductionnelle ou post-traductionnelle des protéines depuis le cytoplasme jusqu’au
périplasme. (Partie de la sécrétion qui se fait par ancrage du ribosome au système sec et
production de la protéine qui se replie dans le périplasme. Tat : protéines peuvent traverser
la membrane déjà repliée. Elles se replient dans le cytoplasme et utilisent le système Tat pour
traverser la membrane toute repliées. T2SS transporte les protéines quand elles sont dans le
périplasme.

Pour le T3SS, on a des petites protéines (chaperonnes) qui s’associent avec les effecteurs et
aident à leur sécrétion. Effecteur = protéine sécrétée par la bactérie et qui a un effet sur la
biologie de la cellule infectée.

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T4SS : Agrobacterium tumefaciens est un pathogène des plantes. Protéine attachée de

façon covalente à de l’ADN simple brin va être injectée dans le T4SS et elle va permettre
l’injection de ce complexe dans une cellule de plante.

T6SS est un système où on a une épée dans un fourreau et la taille du fourreau peut
diminuer, l’épée va alors dépasser avec des toxines à son bout, et elle peut traverser la
membrane externe ainsi que la membrane d’une cellule voisine → injecter des toxines
dans une cellule hôte. Ce système est contact-dépendant, l’épée transperce seulement s’il
y a un contact qui se forme.

Les enzymes et les toxines produites par les pathogènes

Les pathogènes sont capable de produire des enzymes qui peuvent les aider à dégrader du
tissu autour d’elles ou catalyser la formation de tissus autour d’elle.

Destruction de la matrice extracellulaire : Streptococcus pyogenes peut générer des infections

au niveau des blessures (pus), angine, pharyngite, … envahit les tissus en dégradant de la MEC
(qui contient de l’acide hyaluronique). Ces bactéries produisent de l’hyaluronidase qui
dégrade l’acide hyaluronique pour envahir le tissu. Clostridium peut produire une collagénase
qui dégrade le collagène et le but de cette bactérie est de pénétrer dans le tissu en profondeur
car elle est anaérobie (rejoint des environnements anaérobies pour pouvoir proliférer).

Gestion de la coagulation sanguine : la formation de caillot permet de limiter la perte de sang

et permet de limiter la progression des pathogènes. Streptococcus pyogenes peut dissoudre
les caillots grâce à la streptokinase qui va induire la production de plasmine, ce qui va conduire
à la dissolution des caillots et la bactérie pourra se répandre. Streptokinase est utilisée pour
dégrader des caillots sanguins en cas de thrombose, … Staphylococcus aureus catalyse la
formation de caillot en produisant une coagulase qui transforme le fibrinogène en fibrine, la
bactérie utilise en fait la coagulase pour former de la fibrine autour d’un cluster de bactéries
et elle va donc échapper à l’immunité car elle est cachée.

Destruction d’anticorps : protéases les dégradent. On produit des immunoglobulines et dans

les muqueuses il y en a un type particulier (Immunoglobuline A). Neisseria meningitidis
dégrade les anticorps chargés de la reconnaître.

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Les exotoxines
Ce sont des toxines qui peuvent causer des dommages à distance, celles qui agissent au niveau
de l’intestin sont appelées entérotoxines. Il y a aussi des neurotoxines qui agissent sur le
système nerveux.

Les toxines de type AB : la choléra toxine est de type AB (A2B5) la S-U sont chargées de la
reconnaissance des structures cellulaires et la A qui est internalisée possède l’activité toxique.
La toxine botulique est une neurotoxine de type A2B5.

Les cytotoxines : entrainent la mort des cellules dans lesquelles elles se fixent. Elles se fixent
souvent dans les membranes et forment des pores et ça permet la sortie et l’entrée de petites
molécules qui entraînent la mort de la cellule. On les appelle hémolysines car il y a un test très
simple qui consiste à faire pousser des bactéries sur un milieu gélosé qui contient du sang et
si les protéines qui forment des pores sont produites, elles vont s’insérer dans la membrane
des GR et provoquer leur lyse. Il y aura un halo autour des colonies qui prouve qu’elles sont
présentes. Il y aussi la lécithinase de Clostridium perfringens qui va dégrader les membranes.

Les endotoxines
Ne sont pas des toxines ! C’est en fait la portion lipide A du LPS. La portion lipide A possède
des chaînes acyl associées à des glucosamines qui ont des groupements phosphate et c’est
cette structure qui va être reconnue par un complexe de protéine TLR4/MD-2. Dans le système
immunitaire il y a des TLR qui sont formé de domaines associés (arcs de cercle). Ces arcs
reconnaissent la protéine MD-2 qui elle-même reconnaît les lipides du lipide A. En fait cela
permet de reconnaître qu’il y a du lipide A à un endroit où il ne devrait pas y en avoir, le sang
par exemple. Quand une bactérie essaye de proliférer, elle libère du lipide A qui est reconnu
→ signal de danger → fièvre, libération de cytokines, …

Il y a des bactéries qui ont trouvé un moyen de limiter leur reconnaissance, par exemple en
évitant d’avoir un phosphate, en ayant des chaînes acyle plus longues, …

Appelé endotoxine car en haute concentration dans le sang, ça induit une réaction
immunitaire très forte.

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Cours du 12/05
Traitement des infections bactériennes
Les antibiotiques sont inutiles contre une infection virale car ils ciblent les bactéries. On
distingue deux types d’antibiotiques : les bactériostatiques (inhibent la croissance et ne tuent
pas) et les bactéricides (tuent). Des antibiotiques bactéricides en labo peuvent être
bactériostatiques pendant une infection car ce qu’il se passe en labo est différent de ce qu’il
se passe dans un hôte infecté.

MIC = concentration la plus petite d’antibiotiques qui est capable d’inhiber la croissance dans
une condition standard de labo → ce n’est pas une mesure parfaite car la MIC sera pas la
même si en pleine infection ou labo. On peut mesurer MIC en prenant une bactérie et on
l’ensemence dans une plaque multi puits (boite en plastique qui a une dimension qui est
toujours la même, ça peut être manipulé par robot donc position des puits toujours pareil, on
peut y faire des réactions biochimiques, des PCR, des cultures bactériennes.) On fait alors
pousser notre bactérie d’intérêt dans tous les puits et on ajoute 12 antibiotiques différents
dont on veut tester l’efficacité, et pour lesquels on veut mesurer le MIC. La concentration en
antibiotique va être élevée à gauche, puis dilué de puits en puits en allant vers la droite. Quand
le puit est jaune, ça veut dire que la bactérie a poussé, quand ce n’est pas jaune la bactérie n'a
pas poussé. Sur l’image des dias, le puit entouré en rouge = concentration la plus petite en
antibiotique qui inhibe la croissance de cette bactérie dans ces conditions.

Notion de « Souche » : Par exemple chez Vibrio cholerae il y a des souches numérotées jusqu’à
O139 et ces souches diffèrent par le fait qu’elles ont une chaine O différente. On a donc une
espèce bactérienne et les souches qu’on utilise sont des souches de référence partagées, ce
qui permet de comparer les résultats, mais les souches qu’on trouve dans un patient elles ne
sont pas les mêmes que celles qu’on trouve en laboratoire, même si c’est la même « espèce » :
il y a des variations. Quand on a une infection à une bactérie, il faut d’abord savoir à quoi est
résistante la souche qu’on a, à quoi elle est sensible, avant de traiter le patient : on fait donc
les tests pour voir à quel antibiotique elle est sensible.

On peut aussi (manière moins quantitative) déposer des bactéries sur une boite de Pétri et
avant qu’elles ne poussent, on met des disques imbibés d’antibiotiques : après croissance on
peut regarder et autour des disques la bactérie n’a pas poussé car l’antibiotique a diffusé.

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Il existe aussi des languettes avec des concentrations élevées en antibiotique en haut et faibles
en bas. On dépose cette languette sur le milieu après avoir déposé les bactéries : quand les
bactéries sont près des zones où il y a beaucoup d’antibiotique elles ne poussent pas, et quand
elles sont près des zones où il y en a peu elles poussent. On peut évaluer la MIC à vue d’œil,
et comparer des souches entre elles.

D’où viennent les antibiotiques ? Flemming les a découverts. Dans les écosystèmes on trouve
des champignons et des bactéries ensemble qui sont en coopération et en compétition.
L’entente n’est pas tjrs cordiale entre les champignons et les bactéries et Flemming a constaté
ça sur une boite de Pétri : on voit un champignon qui pousse sur une boite contaminée par
des bactéries. On remarque que tout autour du champignon, rien ne pousse. Il a donc isolé et
purifié une molécule (pénicilline G) produite par le champignon (Penicillium) qui inhibait la
croissance des colonies de bactéries.

Les bactéries produisent aussi des antibiotiques, il n’y a pas que les champignons ! Mais les
bactéries ont des mécanismes de résistance naturels contre les antibiotiques. La résistance
est arrivée au moment où on a commencé à traiter les antibiotiques.

Il existe des milliers d’antibiotiques mais il y a une majorité qui est inutilisable pour traiter les
infections bactériennes. Pourquoi ? D’abord ils peuvent ne pas être assimilés
(détruits/éliminés dès qu’on avale), ou être toxiques.

Notion de spectre d’antibiotique = gamme de bactéries infectées. Pénicilline de base pas très
efficace sur Gram- car leur membrane externe empêche l’accès de la pénicilline aux enzymes
qui fabriquent le peptidoglycan (cible), la vancomycine est un antibiotique et est utilisé quand
les Gram- sont résistantes à la pénicilline. Tétracycline a un spectre très large.

Gros problème avec les antibiotiques : utilisation dans l’agriculture ! Ils permettent un
accroissement du poids plus rapide chez les animaux domestiques. Très mauvaise idée car on
balance des quantités énormes d’antibiotiques dans la nature, on sélectionne dans le
microbiote des germes résistants aux antibiotiques : on creuse notre propre tombe car on
sélectionne des bactéries résistantes aux antibiotiques.

Les antibiotiques ciblent en général des processus qui sont essentiels : la gestion de la
compaction de chromosomes par exemple (topoisomérases ciblées par des quinolones), la
rifampin cible l’ARN polymérase, la traduction est ciblée par beaucoup d’antibiotiques

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(streptomycine, …), la paroi des Gram + ciblée par la pénicilline, et la daptomycine cible la
membrane interne.

Comment les bactéries résistent ? Il y a beaucoup de mécanismes de résistance différents, les

bactéries sont redoutables car elles évoluent à une vitesse beaucoup plus rapide que nous
surtout parce qu’elles ont plus de générations. Résistances :

• On a des enzymes capables de dégrader les antibiotiques : la -lactamase peut

dégrader de la pénicilline.
• Chez les Gram- il y a des porines dans la membrane externe qui peuvent muter et ainsi
empêcher les antibiotiques de rentrer.
• Il y a des systèmes qui permettent de pomper les antibiotiques vers l’extérieur
(résistance à la tétracycline).
• Modification de la cible : par exemple la pénicilline cible les PBP (pénicilline binding
protéine) et ces cibles peuvent être modifiées par des mutations ponctuelles
(résistance à la streptomycine : mutation dans le ribosome qui le rend insensible, et
streptomycine ne pourra plus s’y fixer).
• Formation de biofilms qui empêchent l’arrivée de l’antibiotique au niveau des
bactéries.
• Bactéries qui ne poussent simplement pas, et certains antibiotiques sont actifs contre
les bactéries uniquement si elles poussent.

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Le problème, c’est que ces résistances, une fois qu’elles sont dans un chromosome bactérien,
peuvent sauter sur des éléments mobiles (plasmides) qui peuvent passer d’une bactérie à
l’autre. Donc la résistance est transférable à sa descendance et à d’autres bactéries.

Exemple : les pénicillines.

Elles ciblent les PBP (=enzyme qui reconnait une liaison peptidique entre deux D-Ala et capable
de recréer une liaison peptidique avec un méso DAP) qui sont des transpeptidases : elles sont
capables de défaire une liaison peptidique pour en refaire une autre.

On a ici l’enveloppe d’une Gram- : on y voit le peptidoglycan qui comporte des NAG et des
NAM en alternance. Sur les NAM il y a un peptide, et au moment de la synthèse du
peptidoglycan, on va d’abord fabriquer du NAM à partir de NAG et sur ce NAM on a attaché 5
acides aminés dont deux D-Ala. Cette molécule (= lipide 1) activée avec de l’UDP va être
attachée à l’undecaprenyl phosphate qui est un lipide inséré dans la membrane externe et qui
peut faire du flipping. À ce moment on attache en plus un NAG (= lipide 2) et la flippase va
permettre le mouvement de flipping : tout l’élément va se retrouver tourné vers l’extérieur.
Attention seul le lipide 2 peut faire le flipping ! On va alors avoir deux activités :

• Transglycosylase : la partie du lipide 2 qui contient le NAG et le NAM va être

attachée à la chaine glycosidique.
• Transpeptidase : le PBP va cliver la liaison peptidique entre deux D-Ala et va
permettre la formation d’un lien peptidique entre une D-Ala et le méso DAP d’un
peptide voisin.

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Attention il y a des PBP qui sont à la fois des transpeptidases et des transglycosylases (= PBP
de haut poids moléculaire). Transglycosylase : enzyme qui fabrique la partie glycan du
peptidoglycan et transpeptidase : gère les ponts entre les peptides.

D’une pénicilline à l’autre, le R va changer. Ce qu’il se passe, c’est que les PBP vont attraper
de la pénicilline en croyant que ce sont des D-Ala-D-Ala, elles vont cliver le lien entre l’azote
et le carbone en croyant cliver une liaison peptidique. Une fois qu’elles ont fait ça, la molécule
ne s’en va pas, elle reste coincée dans le site actif et donc la transpeptidase est foutue ! Or,
dans la fabrication du peptidoglycan, les activités de dégradation et de synthèse du
peptidoglycan sont concomitantes : tout se passe en même temps. Donc si on inhibe les
enzymes qui font de la synthèse de peptidoglycan mais qu’on inhibe pas celles qui le
dégradent, on va déséquilibrer ce phénomène, la bactérie va dégrader son peptidoglycan plus
que ce qu’il ne faut → mort de la bactérie.

La pénicilline G a comme chaine latérale un groupement phényl, CH2, CO puis le noyau -

lactame. On a synthétisé des molécules qui y ressemblent mais qui ont de propriétés un peu
différentes : par exemple Ampicilline qui a un groupement amine en plus qui permet d’être
actif aussi contre les Gram-, qui permet d’être stable à l’acide (important car si on prend des
antibiotiques par voie orale, si sensible à l’acide il n’en reste plus rien après l’estomac).

La pénicilline G et certains de ses dérivés peuvent être clivés par des -lactamases
Enzymes capables de cliver le noyau -lactame et on peut générer des variants résistants à
ces -lactamases (donc antibiotique sera pas inactivé). Si le noyau est clivé par l’enzyme,
l’antibiotique est inactivé. Ces enzymes sont sécrétées dans l’espace périplasmique chez les

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Gram- car c’est là qu’elles vont cliver les -lactames de l’antibiotique qui agissent pour tuer la
bactérie.

Résistance, persistance et tolérance pour les antibiotiques

Ne surtout pas confondre ces trois mots ! Quand une bactérie produit des enzymes qui
dégradent des antibiotiques, elle est résistante et aura une MIC élevée : peut croître jusqu’à
62 g/ml de l’antibiotique. Ici on a une population homogène. Si on prend des résistants,
qu’on les cultive avec antibiotiques, qu’on les repique en absence d’antibiotique, puis qu’on
les recultive avec de l’antibiotique, ils seront 100% résistants.

Dans le cas des persistants : la MIC est la même par rapport aux susceptibles et quand on
applique un antibiotique bactéricide, il va tuer 99% premier pourcents à un rythme
« normal » : les susceptibles continuent de mourir à la même vitesse mais les persistants, une
sous-population, vont mourir beaucoup plus lentement ! Quand on applique un traitement,

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par exemple après 8 heures 0,01% des bactéries qui ont survécu. Si à ce moment là
l’antibiotique est excrété, ces populations peuvent reprendre leur croissance. Ce qui change
c’est qu’il y a une petite part de la population qui est moins sensible aux antibiotiques. On a
une population hétérogène. Si on prend une population bactérienne après un traitement et
qu’on la remet en culture sans antibiotique, puis qu’on les retraite aux antibiotiques, on
retrouvera seulement un centième de % de bactéries persistantes : ce ne sont pas toutes les
bactéries qui sont devenues persistances.

Tolérant : concerne toute la population, la mortalité est donc plus lente mais la MIC est la
même, et la population est homogène.

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La résistance aux antibiotiques doit être combattue

Sur 10 ans souvent on voit apparaître des souches résistantes car les bactéries échangent de
l’ADN sous forme de plasmides et de transposons, et la sélection darwinienne fait le reste →
usage de combinaison d’antibiotiques de classes différentes pour réduire la probabilité
d’acquisition de résistances.

Logique : on applique une pression de sélection sur l’environnement, vont émerger les plus
aptes à survivre et vont prendre le pas sur la population. Darwinisme !

La résistance doit être combattue car on voit émerger de plus en plus de problèmes de
résistance et si on ne fait rien d’ici 2050, la résistance aux anti-microbiens tuera plus que le
cancer.

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