République Algérienne Démocratique et Populaire Ministère de

L’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique

Université MOULOUD MAMMERI de Tizi-Ouzou

Faculté des Sciences Biologiques et des Sciences Agronomiques

Département de Biochimie-Microbiologie

Module : Biologie Moléculaire et Génie Génétique.

Enseignante : Mme.LAHCEN.

Thème de l’exposé

Régulation de l’expression des gènes Eucaryotes

Exposé réalisé par :

AIT TAYEB Meriem.

TALEB Talya.

KHELOUI Tinhinane.

KARA Amelia.

Année universitaire : 2021/2022

Sommaire
I. Introduction générale.…………………………………………………1
II. Régulation de l’expression des gènes Eucaryotes…………………….2
II.1. Régulation au niveau chromatinien………………………………………...2
II.1.a. Modifications des histones……………………………………………….2
- Acétylation des histones………………………………………………….2
- Méthylation des histones…………………………………………………3
- Phosphorylation des histones…………………………………………….4
- Ubiquitination des histones.……………………………………………...5
II.2. Régulation transcriptionnelle………………………………………………6
II.2.a. Initiation transcriptionnelle………………………………………………7
II.2.b. Elongation transcriptionnelle……………………………………………11
II.2.c. Modifications post-transcriptionnels.........................................................12
II.3. Régulation traductionnelle………………………………………………...13
II.3.a. Initiation traductionnelle………………………………………………...13
II.3.b. Modifications post-traductionnelles…………………………………….17
III. Conclusion…………………………………………………………...19
IV. Références bibliographiques…………………………………………20
 I. Introduction générale
L’information génétique portée par l’ADN est la même dans toutes les cellules. Elle
est essentielle au développement et au fonctionnement de l’organisme. Cependant, chaque
cellule a sa fonction et n’exprime donc pas les mêmes gènes. De ce fait, la régulation de
l’expression des gènes est mise en place pour que chaque cellule mène à bien ses fonctions en
adéquation avec son environnement.

Étant donné que la plupart des eucaryotes sont des organismes multicellulaires, l’expression
des gènes doit être contrôlée de telle façon que des lignées cellulaires différentes se
développent différemment et demeurent différentes. Une cellule du cerveau est très différente
d’une cellule du foie parce qu’elle contient des protéines différentes, même si l’ADN des
deux types de cellules est identique.

Au cours du développement et de la différentiation, des groupes de gènes différents sont

activés ou réprimés. Par exemple, l’hémoglobine n’est exprimée que dans les globules rouges
du sang en cours de développement, bien que les gènes de l’hémoglobine soient présents dans
tous les types de cellules. La technologie génétique a rendu possible l’isolement et la
manipulation des gènes eucaryotes, ce qui nous a apporté quelques lumières sur les processus
extraordinairement complexes qui régulent l’expression des gènes eucaryotes.

Contrairement à celle des bactéries, la cellule eucaryote possède une enveloppe nucléaire qui
isole le noyau du cytoplasme. La transcription et la traduction sont par conséquent séparés
dans l’espace et dans le temps ; cela signifie que l’expression des gènes eucaryotes peut être
régulée à plusieurs niveaux dans la cellule. Bien que chez les eucaryotes l’expression des
gènes soit contrôlée essentiellement par une régulation de la transcription dans le noyau, il y a
de nombreux cas où l’expression est régulée par modification du processus de maturation de
l’ARNm transcrit primaire ou au niveau de la traduction dans le cytoplasme. (fig.1)

Fig.1. La régulation des gènes chez les Eucaryotes opère pendant de la transcription et lors de
la maturation de l'ARN dans le noyau. Elle peut également se produire via des modifications
post-traductionnelles des protéines (image tirée du site : https//:courses.lumenlearning.com)

1
 II. Régulation de l’expression des gènes Eucaryotes
II.1. Régulation au niveau chromatinien

Il existe chez les eucaryotes un niveau supplémentaire de régulation qui implique la structure
de la chromatine. En effet, la compaction de l’ADN en fibre de chromatine a pour effet de
réprimer constitutivement la transcription en rendant l’ADN inaccessible à la machinerie
transcriptionnelle. De ce fait, la structure de la chromatine doit être modifiée localement pour
permettre la transcription des gènes. Cette structure est constituée d’une association d’ADN,
d’ARN et de protéines de deux types ; Histones, et non-Histones. L’ensemble de ces protéines
sert de support à l’ADN pour qu’il puisse passer d’états extrêmement condensés
(Hétérochromatine) à des états plus ouverts (Euchromatine). Elle protège l’ADN des
agressions oxydantes et a un rôle essentiel dans la régulation des processus nucléaires.

II.1.a. Modifications des Histones

Grâce à leur groupement C-terminal, les histones forment le cœur des nucléosomes qui
constituent l’unité de base de la chromatine. Leur queue N-terminale de 30 acides aminés
sortant de la surface des nucléosomes est la cible privilégiée de nombreuses modifications
telles que l'acétylation, la méthylation et la phosphorylation. Selon le résidu concerné, ces
modifications peuvent conduire à l'activation ou la répression de gènes. Elles constituent un
processus clé dans la régulation épigénétique car elles vont permettre de moduler l'expression
des gènes influençant l’accessibilité de la chromatine ou en créant des sites de liaison
spécifiques pour d'autres complexes enzymatiques et protéines.

Fig.2. Différents types de modification des histones. Les modifications sont représentées par
des cercles de couleurs différentes : le rouge pour la phosphorylation, le violet pour
l’acétylation, le vert pour l’ubiquitination et le bleu pour la méthylation. (Doyen, 2012)

- Acétylation des histones

Toutes les histones sont susceptibles d’être acétylées sur des lysines spécifiques dans leur
domaine amino-terminal. C’est un processus dynamique gouverné par deux familles
d’enzymes (fig.3) : Les histones Acétyltransférases (HAT) et les histones Déacétylases
(HDAC). Les HAT et les HDAC font généralement partie de complexes multiprotéiques dont
les sous-unités accomplissent des fonctions essentielles, comme l’interaction avec des facteurs
transcriptionnels liés à l’ADN ou pour coupler le complexe à des promoteurs spécifiques.

2
 Les HAT catalysent le transfert d'un groupement acétyle provenant de l’acétyl-Coenzyme A
vers le groupement ε-amine de la chaîne latérale de résidus lysines spécifiques, ce qui induit
une neutralisation de la charge positive des résidus lysines, affaiblissant ainsi l'interaction
entre l'ADN et les histones cibles. Ceci provoque alors un relâchement de la structure de la
chromatine, qui devient plus flexible, et où l’ADN est plus accessible.
Parmi les divers sites spécifiques, l'acétylation de l'histone H4 sur la lysine 16 apparaît
comme un évènement particulièrement important dans la régulation de l'état de compaction de
la chromatine et dans l'établissement et la stabilisation de l’euchromatine (fig.3).

Fig.3. Mécanisme de l’Acétylation des histones. (Kazantsev & Thompson, 2008)

L’acétylation des histones favorise également la transcription en créant des sites de liaisons
pour des protéines impliquées dans l’activation des gènes, plus particulièrement les protéines
à bromodomaine qui s'associent aux HAT pour former des complexes de remodelage de la
chromatine au niveau des lysines acétylées.

A l’opposé des HAT, l’action principale des HDAC est l’élimination du groupement acétyle
sur la queue N-terminale de la lysine en restaurant sa charge positive. Ce qui facilite le
resserrement de la chromatine (formation d'hétérochromatine), entraînant une répression
transcriptionnelle.

- Méthylation des histones

Au cours des dernières décennies, les scientifiques ont fait diverses découvertes sur la
méthylation de l'ADN et sur son rôle essentiel dans un certain nombre de processus cellulaires
tels que le développement embryonnaire, la répression des gènes et la stabilité des
chromosomes.
C’est un processus dynamique qui se produit sur tous les résidus de base, notamment les
arginines et les lysines. La méthylation requiert deux types d’enzymes : les histones

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Méthyltransférases (HMT) qui, grâce à leur domaine SET, sont capable de méthyler les
lysines en transférant un groupement méthyle du cofacteur SAM (adénosylméthionine) vers le
groupement ε-aminé de la chaîne latérale du résidu lysine ou vers le groupement guanidine de
résidus arginines (fig.4).

Fig.4. (A) Structure moléculaire de l'arginine, de la mono- et di-méthylarginine. Les protéines

méthyltransférases de l'arginine de type I et II catalysent respectivement la diméthylation asy-
métrique et symétrique. (B) Structure moléculaire de la lysine et de la mono-, di- et tri-mé-
thyl-lysine. (Zhang & Reinberg, 2001)

Les lysines peuvent être mono-, di- ou tri-méthylées (fig.4), offrant une diversité fonctionnelle
supplémentaire à chaque site de méthylation. Par exemple, la mono- et la tri-méthylation sur
K4 de l'histone H3 sont des marqueurs d'activation, mais avec des nuances uniques :
H3K4me1 marque généralement des activateurs transcriptionnels, tandis que H3K4me3
marque des promoteurs de gènes. Pendant ce temps, la tri-méthylation de K36 est un
marqueur d'activation associé aux régions transcrites.
En parallèle survient également des processus de déméthylation faisant intervenir de
nouveaux acteurs tels que les protéines TET (ten-eleven translocation). Là aussi, de nombreux
partenaires de natures diverses vont interagir ensemble et influencer sur la déméthylation de
l’ADN.

- Phosphorylation des histones

La phosphorylation des histones est une étape intermédiaire dans la condensation des
chromosomes pendant la division cellulaire, la régulation de la transcription et la réparation
de l'ADN. De manière identique à l’acétylation, la phosphorylation influence directement sur
la structure de la chromatine en modifiant la charge des histones.

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 Fig.5. Dualité de la phosphorylation Fig.6. Phosphorylation de H2AX à
* de l’histone H3 lors de l’Interphase S139. (Stope & al., 2021)
et de la Métaphase. (Cheung & Allis, 2000)……………………

La phosphorylation se produit sur toutes les histones centrales, avec des effets différentiels
sur chacune. La phosphorylation de l'histone H3 au niveau des sérines 10 et 28 et de l'histone
H2A sur T120, est impliquée dans le compactage, la régulation de la structure et de la
fonction de la chromatine pendant la mitose (fig.5). Ce sont des marqueurs importants du
cycle et de la croissance cellulaire qui sont conservés chez les eucaryotes. La phosphorylation
de H2AX à S139 (fig.6) sert de point de recrutement pour les protéines de réparation de
l'ADN.
La phosphorylation de H2B n'est pas aussi bien étudiée mais facilite la condensation de la
chromatine liée à l'apoptose, la fragmentation de l'ADN et la mort cellulaire.

- Ubiquitination des histones

L'ubiquitine est une protéine de 76 acides aminés hautement conservée qui peut être liée de
manière covalente aux résidus lysines sur les protéines cibles histones et non histones.

L'ubiquitination des histones est une modification réversible dont l'état d'équilibre est déter-
miné par deux activités enzymatiques impliquées dans l'addition et l'élimination de la fraction
ubiquitine des histones. Elle se produit principalement sur l'histone H2A à la lysine 119 et
l'histone H2B à la lysine 120 (fig.7), elle est catalysée par la formation d'une liaison isopep-
tide entre la glycine carboxy-terminale de l'ubiquitine et le groupement ε-aminé d'un résidu
lysine sur la queue carboxy-terminale des histones. Cette liaison est le résultat des actions ca-
talytiques séquentielles des enzymes d'activation E1, de conjugaison E2 et de ligase E3 qui
sont responsables de la reconnaissance spécifique et de la ligature de l'ubiquitine à ses sub-
strats.
Les substrats peuvent être à la fois poly- et monoubiquitinés. La polyubiquitination crée un
signal irréversible pour la dégradation à médiation protéosomale, tandis que la monoubiquiti-
nation génère un signal régulateur, qui peut être inversé par l'action de protéases spécifiques à
l'ubiquitine appelées enzymes de désubiquitination (DUB).

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Fig.7. Représentation schématique des sites de monoubiquitination au niveau des lysines (K)
sur les queues d'histones saillant de la structure octamère centrale des nucléosomes.
(Marsh, 2007)

II.2. Régulation transcriptionnelle

La transcription chez les eucaryotes est prise en charge par des ARN polymérases très appa-
rentées à celles présentes chez les procaryotes. Il y a cependant des différences dans la machi-
nerie utilisée dans chaque cas. Les eucaryotes possèdent trois polymérases différentes (Pol I,
II et III), tandis que les bactéries n’en ont qu’une. De plus, alors que les bactéries ont besoin
d’un seul facteur d’initiation additionnel (σ), plusieurs facteurs d’initiation sont nécessaires
pour une initiation efficace sur les promoteurs eucaryotes. Ces facteurs sont appelés facteurs
généraux de transcription (FGT).
In vivo, l’ADN matrice des cellules eucaryotes est incorporé dans les nucléosomes. Dans
ces conditions, les facteurs généraux de transcription ne sont pas suffisants à eux seuls pour se
lier aux promoteurs et déclencher une expression significative. Des facteurs supplémentaires
sont requis, dont des protéines régulatrices liant l’ADN, le complexe appelé « Médiateur » et
des enzymes de modifications de la chromatine.

Promoteur Minimum typique

Un promoteur minimum typique a une longueur de 40 à 60 nucléotides, situé en amont ou en

aval du site d’initiation de la transcription. Il est constitué d’une combinaison de plusieurs
éléments de séquence différents qui sont : BRE (élément reconnu par TFIIB); TATA (ou boite
TATA reconnu par TBP); Inr (élément initiateur); DPE (downstream promoter element) ; et
DCE (downstream core element). Les éléments: Inr, DCE, DPE sont reconnus par TFIID. Un
dernier élément, le MTE (motif ten element), est localisé en amont du DPE.

Un promoteur typique inclut une partie de ces éléments. Ainsi, les promoteurs possèdent
soit une boite TATA soit un élément DPE. Souvent, un promoteur contenant une boite TATA
possède aussi un élément DCE. L’Inr est l’élément le plus courant, présent en combinaison
avec aussi bien TATA qu’avec DPE. En amont du promoteur minimum, il y a d’autres
éléments de séquence nécessaires pour une transcription efficace. Ces éléments incluent les

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éléments proximaux du promoteur, les séquences activatrices amont (UAS), les « enhancers »
ou amplificateurs, et une série d’autres éléments appelés « silencers », éléments frontière et
isolateurs. Certaines de ces séquences régulatrices peuvent être localisées à plusieurs dizaines,
voire centaines de kilobases, du promoteur minimum sur lequel elles agissent.

II.2.a. Initiation transcriptionnelle

- Formation du complexe de Préinitiation avec les facteurs généraux de

transcription
Les facteurs généraux de transcription permettent la fixation de la polymérase sur le
promoteur et la séparation des brins de l’ADN. Ils aident aussi la polymérase à se détacher du
promoteur et à s’engager dans la phase d’élongation. L’ensemble comprenant tous les
facteurs généraux de transcription et la polymérase, tous liés sur le promoteur et prêts pour
l’initiation, est appelé complexe de préinitiation.

Plusieurs promoteurs Pol II contiennent une boite TATA (en amont du site d’initiation). C’est
à ce niveau que débute la mise en place du complexe de préinitiation (fig.8). La boite TATA
est reconnue par le facteur général de transcription TFIID (TFII fait référence à un facteur de
transcription pour Pol II). Comme beaucoup des facteurs généraux de transcription, TFIID est
en fait un complexe de plusieurs sous-unités. Le composant de TFIID liant la boite TATA est
appelé TBP (TATA-binding protein). Les unités restantes sont appelées TAF (TBP-associated
factors). Certains TAF reconnaissent d’autres éléments du promoteur minimum, tels Inr,
DPE, et DCE, bien que la liaison la plus forte soit celle entre TBP et TATA. Ainsi TFIID est
considéré comme un facteur critique pour la reconnaissance du promoteur et la mise en place
du complexe de préinitiation. La liaison ADN-TBP provoque la déformation profonde de la
séquence TATA et le complexe TBP-TATA obtenu fournit une plateforme pour attirer sur le
promoteur d’autres facteurs généraux de transcription et la polymérase elle-même. La
formation du complexe de préinitiation avec tous ces éléments est suivie de la fusion de
l’ADN du promoteur qui nécessite l’hydrolyse de l’ATP avec l’aide de TFIIH.

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 Fig.8. Mise en place du complexe d'initiation.(Hantelys, 2017)

- Phosphorylation de la queue de la Polymérase et libération du promoteur

Chez les eucaryotes, la libération du promoteur implique deux étapes ; l’une consiste en
l’hydrolyse d’ATP (en plus de l‘hydrolyse d’ATP qu’on a vu précédemment nécessaire à la
fusion d’ADN), et l’autre est la phosphorylation de la polymérase que nous allons décrire ci-
dessous.

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 La polymérase II est formée de deux sous-unités. La grande sous-unité possède un domaine
carboxy-terminal (CTD) appelé « queue ». Ce dernier est constitué d’une série répétitive de
l’heptapeptide « Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser ». Le nombre de répétitions semble corrélé à la
complexité du génome. Chaque motif répété contient des sites de phosphorylation par des ki-
nases spécifiques, notamment une qui est une sous-unité de TFIIH. Lors de sa fixation avec le
promoteur, la polymérase possède une queue non phosphorylée, mais durant l’élongation on
constate que la queue comporte plusieurs groupes phosphate. L’ajout de ces phosphates aide
la polymérase à se défaire de la plupart des facteurs généraux de transcription utilisés durant
l’initiation et que l’enzyme laisse derrière elle lorsqu’elle quitte le promoteur. Il est à
connaître que la régulation du niveau de phosphorylation du CTD de Pol II contrôle aussi les
étapes ultérieures : élongation et maturation de l’ARN.

- La TBP lie et déforme l’ADN grâce à un feuillet β inséré dans le petit sillon

La TBP utilise une large région constituée d’un feuillet β pour la reconnaissance du petit
sillon au niveau de la boite TATA. Le petit sillon de l’ADN est moins riche que le grand
sillon en information chimique ce qui permet la distinction entre les paires de bases. En fait,
pour sélectionner la boite TATA, la TBP se fie à la capacité de cette séquence de subir une
déformation structurelle: Lorsqu’elle lie l’ADN, la TBP engendre un élargissement du petit
sillon allant jusqu’à une configuration pratiquement plane; elle plie aussi l’ADN d’un angle d’
environ 80° . L’interaction entre la TBP et l’ADN implique un nombre limité de liaisons hy-
drogène entre la protéine et la marge des paires de bases dans le petit sillon. La spécificité dé-
pend plutôt des chaînes latérales de deux résidus phénylalanine qui s’intercalent entre les
paires de bases à chaque extrémité de la séquence reconnue et conduisant à la forte courbure
de l’ADN.

Les paires de bases A-T sont alors préférées car elles sont plus aisément déformables, de ce
fait, elles permettent l’élargissement initial du petit sillon. On a également des interactions
étendues entre le squelette phosphate et des résidus basiques dans le feuillet β, augmentant
l’énergie de liaison totale.

- L’intervention des autres facteurs généraux de transcription dans l’Initiation

Les fonctions des autres facteurs généraux de transcription, ne sont pas encore connues en
détail. Mais on sait que certains de ces facteurs sont constitués de deux sous-unités voir plus.
Nous discutons ci-dessous quelques-unes de leurs caractéristiques structurales et fonction-
nelles.

TAF

Le TBP est associé à environ 10 TAF. Seulement deux de ces TAF se lient à des éléments
d’ADN du promoteur. Des similitudes structurales ont été observées entre les TAF et les his-
tones. Ces TAF de type histones se retrouvent non seulement dans le complexe TFIID mais
aussi en association avec des enzymes de modification des histones. Un autre TAF semble ré-
guler la liaison TBP-ADN.

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TFIIB

Constituée d’une seule chaine polypeptidique rejoint le complexe de préinitition après la

TBP. La structure cristalline du complexe ternaire TFIIB-TBP-ADN montre des contacts spé-
cifiques TFIIB-TBP et TFIIB-ADN. Cela implique la formation d’interactions base-spéci-
fiques avec le grand sillon en amont (au niveau du BRE) et avec le petit sillon en aval de la
boite TATA. La liaison asymétrique de TFIIB au complexe TBP-TATA induit une asymétrie
dans le reste du complexe préinitiateur et un caractère unidirectionnel de la transcription.
Elle établit également un contact avec l’ARN polymérase dans le complexe préinitiateur.
Ainsi cette protéine établie une liaison entre la TBP (liée à la boite TATA) avec la polymé-
rase.

TFIIF

Composé de deux sous-unités (chez l’homme), et recruté sur le promoteur associé avec Pol
II. La liaison Pol II-TFIIF stabilise le complexe ADN-TBP-TFIIB. Cette liaison est nécessaire
avant l’arrivée de TFIIE et TFIIH dans le complexe préinitiateur.

TFIIE et TFIIH

Les deux sont constitués de deux sous-unités. Le TFIIE joue un rôle dans le recrutement et la
régulation de TFIIH. Ce dernier contrôle la transition du complexe de préinitiation au com-
plexe ouvert dépendant de l’ATP. Composé de dix sous-unités, c’est le plus gros et le plus
complexe des FGT avec un poids moléculaire semblable à celui de la polymérase elle-même.
Deux sous-unités de TFIIH ont une activité ATPase et une activité protéine kinase, avec des
rôles dans la fusion du promoteur et le détachement de celui-ci. Ces sous-unités ATPases sont
également impliquées, avec d’autres facteurs, dans la séparation de l’ADN par excision de nu-
cléotide.

Le Complexe Médiateur

L’ADN matrice, est empaqueté sous forme de chromatine ce qui complique la liaison au pro-
moteur de la polymérase et de ses facteurs associés. Des protéines régulatrices de la transcrip-
tion appelées « activateurs » assurent le recrutement de la polymérase au promoteur et stabi-
lisent sa liaison (fig.9).Ce recrutement est assuré par des interactions entre des activateurs liés
à l’ADN, des facteurs de modification de la chromatine et des parties de la machinerie trans-
criptionnelle. Une de ces interactions implique le complexe Médiateur (d’où son nom). Ce
dernier comprend plusieurs faces, l’une est associée à la queue CTD de la grosse sous-unité
de la polymérase, les autres faces interagissent avec les activateurs liés à l’ADN. Différents
activateurs interagissent avec différentes sous-unités du Médiateur pour attirer la polmérase
sur différents gènes. En plus, le Médiateur facilite l’initiation en régulant l’activité CTD ki-
nase de TFIIH.

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 Fig.9. La régulation spécifique de la transcription impliquant les séquences régulatrices et le
Médiateur. (Camus, 2016)

II.2.b. Elongation transcriptionnelle

Après libération de la polymérase du promoteur et initiation de la transcription, vient une se-

conde phase appelée : élongation. Durant cette phase, l’ARN polymérase se débarrasse de la
plupart de ses facteurs d’initiation tels que: les FGT et le Médiateur. De nouveaux facteurs
rentrent en jeu. Certains de ces facteurs (TFIIS et hSPT5) sont des facteurs d’élongation (fac-
teurs stimulant l’élongation). D’autres sont nécessaires pour la maturation de l’ARN. Les en-
zymes participant à la maturation de l’ARN sont recrutées au niveau de la queue carboxy-ter-
minale (CTD) de la grosse sous-unité de Pol II. Ces facteurs préfèrent la forme phosphorylée
de CTD. Ainsi, la phosphorylation de CTD conduit à un échange des facteurs d’initiation
contre ces facteurs requis pour l’élongation et la maturation de l’ARN. La structure tridimen-
sionnelle de Pol II indique que le CTD se situe à côté du canal de sortie de l’ARN. Le CTD
est aussi très long (sept fois la longueur du reste de l’enzyme). Ces caractéristiques permettent
à la queue de lier plusieurs composants de la machinerie d’élongation et de maturation, et de
les mettre en contact avec l’ARN émergeant de l’enzyme. Les protéines stimulantes d’élonga-
tion par Pol II sont: la Kinase P-TEFb, hSPT5, TAT-SF1, TFIIS et la famille dite ELL.

La kinase P-TEFb est liée à Pol II. Cette liaison lui permet de phosphoryler le résidu sérine
en position 2 des répétitions du CTD. Cette phosphorylation est corrélée à l’élongation. Cette
kinase assure ainsi la phosphorylation et l’activation de la protéine hSPT5 ainsi que le recrute-
ment d’un facteur d’élongation TAT-SF1.
Une autre classe de facteurs d’élongation, la famille dite ELL. Elle se lie également à la Pol II
en phase d’élongation. Accompagnée d’un autre facteur d’élongation (TFIIF), ils assurent en-
sembles la suppression des arrêts temporaires de l’enzyme. TFIIS assure d’autres fonctions : il
contribue à la vérification de la séquence par la polymérase et stimule l’activité RNase de la
polymérase (indépendante du site actif) qui élimine les bases incorrectes par une hydrolyse li-
mitée de l’ARN.

Durant l’élongation , l’ARN polymérase doit faire face aux histones sur sa route

L’ADN matrice des cellules eucaryotes est intégré dans des nucléosomes, donc l’élongation
s’effectue en présence d’histones. Cela signifie que l’ARN polymérase doit franchir ces der-
nières avant de passer à la terminaison. Un facteur appelé « FACT » (facilitatates chromatin
transcription) a été identifié dans des extraits de cellules humaines. Comme son nom l’in-
dique, ce facteur facilite la transcription et la rend plus efficace. C’est un hétérodimère de
deux protéines: Spt16 et SSRPI.

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Les nucléosomes sont des octamères constitués d’histones H2A, H2B, H3, H4 et de l’ADN.
Ces histones sont distribuées en deux modules: les dimères H2A/H2B et le tétramère H3/H4.
Spt16 se lie au premier et SSRP1 au dernier. FACT a la capacité de démanteler ces nucléo-
somes et les réassembler (En enlevant un dimère H2A/H2B et en le réinsérant) tout en préser-
vant l’intégrité de la chromatine (fig.10).

Fig.10.

II.2.c. Modifications post-transcriptionnels

- Modification de l’ARN

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 Une fois transcrit, l’ARN eucaryote doit subir différentes modifications avant de quitter le
noyau et rejoindre le cytoplasme. Ces modifications incluent la formation de la coiffe à l’ex-
trémité 5’, l’épissage ainsi que la polyadénylation à l’extrémité 3’.

La première modification que subit l’ARN est la formation de la coiffe par l’ajout d’une base
guanine méthylée à l’extrémité de l’ARN par une liaison 5’-5’ impliquant trois phosphates
(fig.10). Après ajout de la coiffe, la Ser5 de la queue de la polymérase subit une déphosphory-
lation qui provoquera la dissociation de la machinerie d’assemblage de la coiffe, et la Ser2 se
phosphoryle pour assembler la machinerie nécessaire à l’épissage. Ce dernier est un processus
par lequel les introns non codants sont excisés de l’ARN pour donner un ARNm mature.
(fig.11)
Après épissage, vient la polyadénylation (fig.10). Elle est prise en charge par une enzyme ap-
pelée poly-A polymérase qui ajoute environ 200 adénines à l’extrémité 3’ de l’ARN résultant
du clivage. Celui-ci est effectué grâce à deux complexes protéiques: CPSF et CstF transportés
par la polymérase.

L’ARNm est alors libéré de la polymérase et exporté du noyau. En effet, l’arrêt de l’enzyme
n’est pas immédiat après clivage et polyadénylation de l’ARN. La polymérase continue la
transcription sur des milliers de nucléotides avant de s’arrêter et se dissocier de la matrice.

Fig.10. ARNm eucaryote mature prêt à être traduit. Coiffe ajoutée, queue polyA ajoutée et in-
trons éliminés. (Aouf, 2016)

Fig.11. Mécanisme d'épissage des introns. (Passarge, 2007)

13
 - Dégradation de l’ARN par une RNase:

L’RNase est une enzyme de dégradation qui se charge de dégrader le second ARN provenant
de la polymérase. Ce dernier porte une extrémité libre dépourvue d’une coiffe, il est alors dis-
tingué du transcrit véritable et reconnu par l’RNase. Cette enzyme est processive, elle dégrade
rapidement cet ARN de 5’ en 3’ pour rattraper la polymérase en cours de transcription.

II.3. La régulation traductionnelle

La traduction est un processus naturel qui permet la synthèse d’une protéine à partir d’un
ARN mature ; elle est caractérisée par trois phases différentes : l’initiation, l’élongation et la
terminaison.

En plus des régulations intervenant lors de la transcription (c’est-à-dire au niveau des gènes),
des facteurs de régulation opèrent au niveau de la traduction, mais interviennent surtout lors
de la phase d’initiation et ce, grâce à des facteurs d’initiation eIF (eukaryotic Initiation
Factor).

II.3.a. Initiation traductionnelle

14
 Fig.12. Mécanisme de l’initiation à la traduction chez les Eucaryotes. (Hantelys, 2017)

L’ARNm contient à son extrémité 5’ une coiffe et à l’extrémité 3’ une queue polyA. Il est
ensuite exporté dans le cytoplasme pour être traduit par les différents acteurs de la traduction.
Dans un premier temps, les deux sous-unités du ribosome sont dissociées dans le cytoplasme
grâce aux facteurs eIF1A, eIF3 et eIF6 (protéines qui interviennent dans le démarrage de la
traduction).

Les facteurs eIF1A et eIF3 sont liés à la sous-unité ribosomique 40S pour empêcher sa liaison
avec la sous-unité 60S ; en revanche eIF6 se lie au ribosome 60S pour empêcher sa liaison
avec le 40S. L’initiation commence par la formation du complexe ternaire (association de
l’ARNti Met et le facteur eIF2-GTP) associée à la sous-unité 40S liée aux facteurs eIF3 et
eIF1A pour former le complexe 43S. Elle est suivie du recrutement du complexe eIF4F et de
la PABP (polyA-binding protein ) sur la coiffe formant le «modèle en boucle». Le complexe
43S est ensuite recruté, formant le complexe 48S pour commencer le balayage de la région

15
5’UTR (untranslated region) jusqu’à atteindre le codon AUG. Arrivés à l’AUG. Les facteurs
d’initiation sont relâchés et la grande sous-unité ribosomique 60S est recrutée par la petite
sous-unité 40S pour former le ribosome 80S.L’élongation de la traduction est alors engagée.
(fig.12)

Les PABP

Les protéines de liaison Poly(A) (PABP) sont une famille de protéines impliquées dans de
multiples niveaux de régulation de l'ARNm, y compris l'initiation de la traduction, la stabilité
et la dégradation spécifique de l'ARNm.

Les PABP sont à la fois nucléaires et cytoplasmiques et sont des composants majeurs des
complexes ARNm-protéines. Étant donné leur propriété d’autorégulation et leur capacité à se
lier aux queues de poly(A) omniprésentes, les PABP remplissent diverses fonctions globales
dans la régulation traductionnelle. Le rôle le mieux caractérisé est d'améliorer l'initiation de la
traduction par l'interaction avec eIF4G du complexe d'initiation de la traduction et le
recrutement accru des sous-unités ribosomales (fig.13). Cette double liaison à la queue
poly(A) et l'interaction avec la coiffe 5′ stabilise la conformation en boucle fermée d'un
ARNm, améliorant ainsi la traduction. En ce qui concerne le renouvellement de l'ARNm, les
PABP protègent la queue poly(A) et inhibent la désintégration des ARNm par l’ARNase,
favorisant la stabilité de l'ARNm.

Fig.13. Organisation en pseudo-cercle des ARNm, par interaction entre la PABP (vert), eIF4G
et eIF4E qui fixe la coiffe. (Wikipedia)

La région 5’UTR

L'initiation est régulée au niveau de la région non traduite en 5' de l'ARNm (5'UTR). D'une
part, car elle est en contact étroit avec le complexe de pré-initiation, d'autres part car elle est
impliquée dans la stabilité de l'ARNm. Des structures spécifiques et des protéines régulatrices
entrent en jeu lors de la régulation par le 5’UTR. Prenant l’exemple du répresseur l’IRP1 qui
est une protéine régulatrice du fer capable de se fixer sur une zone appelée l’IRE de la coiffe
l’ARNm de la ferritine, afin de bloquer l’initiation de sa traduction.

Dans de nombreux ARNm eucaryotes, il existe des codons AUG appelés uAUG générant de
petits cadres de lectures appelés uORF. Ce sont des éléments majeurs de régulation de
l'expression génétique. Pour qu'un uORF puisse réguler l'expression des protéines en aval, il

16
doit être reconnu par la sous-unité 40S du ribosome. Il a été démontré que la séquence
nucléotidique le plus favorable entourant un codon d’initiation est GCCA/GCCAUGG
(appelé séquence de Kozak).

Si le complexe d’initiation ne rencontre pas la séquence Kozak (A/GCCCATGG), l’initiation

à partir du uAUG est révoquée et l’initiation à partir du vrai AUG est établie. Sinon, la
production de uORF a lieu, influençant ainsi la traduction de l’ORF principal. En effet, un
uORF proche de l’ORF principal est souvent inhibiteur du fait que le complexe a peu de
temps pour se réassembler.

Dans les cellules neuronales, l’élimination des uORFs en 5’UTR de la protéine kinase
augmente la traduction du gène rapporteur et dans les cellules primaires. Par exemple, chez la
levure, en conditions de stress, la phosphorylation de eIF2α va inhiber la traduction initiée par
les uORFs ce qui aboutit à la traduction de l’ORF principal. Ainsi, ces résultats ainsi que de
nombreuses études, montrent que les uORF sont des répresseurs de la traduction.

Région 3’UTR

Le cycle de vie de l'ARNm est un système complexe régi par de nombreuses RBP (RNA
binding proteins) différentes. La liaison RBP-ARN se produit au niveau des domaines de
liaison à l'ARN qui se trouvent dans les régions 5′ non traduites (5′UTR) et les régions 3′ non
traduites (3′UTR) de l'ARN. La liaison des RBP produit divers effets sur l'épissage de l'ARN,
l'efficacité de la transcription, la stabilisation, etc.

Par exemple, les RBP peuvent interagir avec des sites de liaison cibles dans la région codante
pour faciliter l'épissage alternatif, tandis que les interactions RBP-ARN dans le domaine
3′UTR peuvent inhiber ou induire la désintégration de l'ARNm.

Inversement, le manque de liaison des RBP aux cibles 3′UTR peut déstabiliser les molécules
d'ARNm. En outre, les RBP ont des rôles régulateurs clés dans des événements importants de
la maturation de l'ARN, tels que la polyadénylation. Cependant, elles peuvent initier la
dégradation et la désintégration de l'ARN par l'intermédiaire d'enzymes spécifiques pour
retirer la queue 3′ poly-A, ainsi que des enzymes de décapsulation pour enlever la 5′cap
(coiffe), permettant la dégradation de l'ARN.

De plus, la traduction est aussi régulée par la fixation de microARN (miRNA) à la région
3’ non-traduite. Ce sont de petits ARN non codants qui contrôlent l'expression des gènes en
reconnaissant et en s'hybridant à une séquence spécifique généralement située dans la région
3’UTR des ARNm ciblés.

Les miRNA se lient à l'UTR 3' d'un gène cible par appariement de bases. La liaison entre la
séquence d'amorçage du miRNA et l'élément régulateur du miRNA au 3'UTR d'un gène cible,
détermine la spécificité de la régulation. Les miRNA agissent comme des inhibiteurs de la
traduction lorsque la liaison au 3'UTR des gènes cibles n'est que partiellement

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complémentaire (fig.14). Au contraire, lorsque la complémentarité de la liaison est parfaite,
les miRNAs induisent la dégradation de l'ARNm (fig.12).

Fig.14. Représentation schématique des deux voies de régulations lors de l’initiation à la

traduction par les miARN. En fonction du degré de complémentarité entre le miARN et sa
cible : soit une inhibition de la traduction soit une dégradation de l'ARNm. (Wikipedia)

Ils peuvent également fonctionner dans des conditions spécifiques de manière non
conventionnelle, pendant la quiescence (phase de repos de la cellule), ils activent la traduction
en se liant aux ORF dans la 5'UTR des gènes cibles.

La régulation de la traduction par l'action des microARN est un nouveau domaine d'étude
passionnant car les mécanismes précis par lesquels les microARN affectent la synthèse des
protéines n’ont pas encore été élucidés.

II.3.b. Modifications post-traductionnelles

La plupart des protéines subissent une certaine forme de modification après leur synthèse lors
de la traduction. Ces modifications post-traductionnelles, à l’image de l’ubiquitination,
peuvent marquer des protéines pour la protéolyse. L’ubiquitine est une petite protéine qui une
fois attachée par covalence aux protéines cibles signale leur destruction par un complexe de
protéines connues sous le nom de protéasome. (fig.15) Beaucoup de gènes impliqués dans la
régulation du cycle cellulaire sont rapidement détruits par ce mécanisme, permettant ainsi aux
nouvelles protéines produits d’effectuer la prochaine étape.

Fig.15. Dégradation d’une protéine ubiquitinylée.

Etant une modification post-traductionnelle réversible, la phosphorylation des protéines est

importante pour la régulation cellulaire et l'activation ainsi que la désactivation des enzymes
et des récepteurs, qui peuvent être impliqués dans des processus pathologiques tels que le

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cancer. Elle est catalysée via des enzymes appelées kinases par l'ajout d'un groupe phosphate
à un groupe polaire, le plus souvent au niveau des résidus sérine, tyrosine ou thréonine.
L'ajout du groupe phosphate entraîne une modification de la protéine, qui passe du statut
d'apolaire hydrophobe à celui de polaire hydrophile lui permet d'interagir avec d'autres
molécules, et donc de "l'activer. (fig.16)

On cite également la glycosylation des protéines, qui est reconnue comme l'une des
modifications post-traductionnelles les plus "compliquées" et pourtant les plus courantes. Elle
implique l'addition covalente d'un groupement glucidique à un acide aminé, formant ainsi une
glycoprotéine. Les réactions de glycosylation sont diverses et catalysées par plusieurs
enzymes différentes. Elles sont généralement classées en deux types principaux : la
glycosylation liée à l'azote, où une molécule de sucre est attachée à l'azote amide de
l'asparagine et la glycosylation liée à l'oxygène, où une molécule de sucre est attachée à
l'atome d'oxygène de la sérine ou de la thréonine.

L'acétylation a été décrite pour la première fois sur les protéines histones, c'est pourquoi les
enzymes associées sont connues sous le nom d'histone acétyltransférases (HAT) et d'histone
désacétylases (HDAC), bien qu'elles soient moins discriminantes dans leurs cibles que leur
nom ne le suggère. Celle-ci est considérée comme une modification essentielle qui joue des
rôles critiques dans la fonction de diverses protéines par exemple la p53 et la tubuline. L'ajout
d'un groupe acétyle neutralise la charge positive des résidus lysine (fig.17) provoquant ainsi
ses impacts moléculaires en aval sur la structure des protéines.

Fig.16. Résumé des étapes clés de la Fig.17. Schéma détaillant l’acétylation de

phosphorylation des protéines(Campbell, 2020). de la chaîne latérale d’un résidu Lysine
(Campbell, 2020).

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 III. Conclusion
Au terme de notre exposé, nous concluons que pour vivre, les cellules doivent être
capables de réagir face aux changements environnementaux. La régulation des deux
principales étapes de l’expression des gènes, à savoir la transcription et la traduction, est
essentielle à cette adaptabilité.

L'expression des gènes et la manière dont elle est régulée est une question fondamentale
en biologie, sa complexité n'est donc pas surprenante. Au départ, la recherche était basée
principalement sur les facteurs de transcription en tant que principaux modulateurs de
l'expression génétique. Plus tard, on découvre que les enhancers et les protéines de liaison aux
enhancers étaient tout autant essentiels à celle-ci. Au cours de ces dernières années, les
modifications épigénétiques telles que la méthylation des histones ont rajouté de la
complexité car elles aussi jouent un rôle dans la régulation.

Un nouveau défi consistera probablement à nous éclairer sur la manière dont l'expression
des gènes est contrôlée par des changements dynamiques dans la localisation des
chromosomes et des protéines. Il serait particulièrement intéressant d'apprendre si le
recrutement temporel des protéines vers les gènes se produit réellement dans des
compartiments nucléaires distincts. Bien que cette tâche soit lourde, des études détaillées au
niveau des gènes individuels nous donneraient une vision complète et précise de la régulation
du génome dans le cadre de notre physiologie complexe.

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 IV. Références bibliographiques

Aouf A., 2016. Cours de Biologie moléculaire et génie génétique. Université Ferhat-Abbas
Setif 1, 133p.

Bessiere C. Etude des éléments régulateurs de l’expression des gènes chez l’humain. Géné-
tique humaine. Université Montpellier, 2018.

Doyen C.M. Rôle des histones variants dans la dynamique de la chromatine. Biochimie, Bio-
logie Moléculaire. Université de Grenoble, 2006.

Greiner V. Epigénétique et méthylation de l’ADN : étude des mécanismes d’interaction du

domaine SRA de UHRF1 avec l’ADN hémi-méthylé. Génomique, Transcriptomique et Pro-
téomique. Université de Strasbourg, 2012.

Hantelys F. Régulateurs traductionnels de l’expression génique de la différenciation et du

stress cellulaire. Physiologie. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2017.

Lacoste N. & Côté J. Le code épigénétique des histones. Med Sci. 2003, volume 19,
numéro 10. Paris. 955-959p.

Mategot R. Contrôle de l’expression des gènes par les micro-ARN nucléaires : étude des mé-
canismes moléculaires. Biologie moléculaire. Université Côte d’Azur, 2018.

Moussard C., 2020. Biochimie et biologie moléculaire, 2e éd. Louvain-la-Neuve : De Boeck

supérieur, 329p.

Watson J., Baker T., Bell S., Gann A., Levine M. & Losick R., 2008. Biologie moléculaire
du gène. Person Education, France.

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