RAPPORT DU TP INTERACTION PLANTES-MICROORGANISMES BENEFIQUES

ETUDE DE QUELQUES ACTIVITES

MICROBIENNES DANS LE SOLS

Préparé par :

TARIFI Asma MOUTIA Ahmed AIT EL KAID ALI Meryem

Encadré par :
Pr. Ali BOULARBAH

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Tables des matières
Introduction .............................................................................................................................. 1

Test de solubilisation des phosphates inorganiques sur milieu solide .............................. 2

Principe ..................................................................................................................................... 2

Résultats ................................................................................................................................... 2

Interprétation ........................................................................................................................... 2

Evaluation de l’activité des phosphatases dans les sols : ...................................................... 2

Principe ................................................................................................................................................ 2

Résultats ............................................................................................................................................... 3

Interprétation ...................................................................................................................................... 4

Evaluation de l’activité des déshydrogénases dans les sols ................................................ 4

Principe ................................................................................................................................................ 4

Résultats ............................................................................................................................................... 4

Interprétation ...................................................................................................................................... 5

Conclusion ................................................................................................................................ 6

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 Introduction
Dans les sols, les microorganismes les plus abondants sont aussi les moins visibles (<100 µm) :
les micro-organismes composés des bactéries, champignons, algues et protozoaires.

Dans les sols, il existe une diversité d’espèces de bactéries extrêmement forte de l’ordre de
un million d’espèces par gramme de sol. Elles peuvent être classées de plusieurs manières :
sur la base de leurs caractéristiques (morphologie, métabolisme, ressources nutritives…), sur
la base de leur génome ou par grandes catégories de fonctions. En effet les bactéries qui
sont Classifiées en groupes physiologiques présentent toutes la même aptitude à se
développer dans un environnement bien précis et à y mener à bien le même type de
réaction biochimique. Cette classification a été et est encore très largement utilisée pour la
description des paysages bactériens dans le sol. Ce travail est consacré d’étudier six groupes
les plus important qui intervenant dans le cycle de carbone et d’azote dans un sol
rhizosphérique et non rhizosphérique,

Dans cette optique notre travaille s’intéresse sur l’évaluation de la qualité microbienne de
deux type de sol ; le sol rhizosphérique et non rhizosphérique qui à l’entoure de deux
différents espèces, le gazon et la menthe, en mesurant quelques activités microbiennes tel
que solubilisation de phosphate inorganique et dosage enzymatique de déshydrogénase
et la phosphatase et aussi pouvoir faire une comparaison entre les deux types du sol aussi
bien entre les espèces.

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Test de solubilisation des phosphates inorganiques sur milieu solide :

 Principe :

Ce test permet d’évaluer la capacité des bactéries à solubiliser les phosphates sur milieu de
Pikovskaya (PVK). Ce milieu de base est préconisé pour l’isolement des microorganismes
solubilisant les formes de phosphates insolubles contenant du Ca3(PO4)2 comme seule source
de phosphate.

La capacité de solubilisation des phosphates est testée selon la méthode décrite par
Nautiyal (1999). Un volume de la dilution des solutions mères du sol 10-2 et 10-3 contenant des
bactéries est déposé à la surface de la gélose PVK par méthode d’étalement. Après
incubation à 30°C pendant 7 jours, un halo de transparence apparait autour des colonies
ayant la capacité de solubiliser les précipités de phosphates.

 Résultats :

Tableau1 : le nombre des colonies entourées par un halo transparent.

espèce Gazon Menthe

type du sol SR1 SR2 SNR SR SNR
dilution 10^-2 4 3 1 1 0
dilution 10^-3 5 6 2 3 0

SR : sol rhizosphérique. SNR : sol non rhizosphérique.

 Interprétation :

Le tableau ci-dessus montre que l’ensemencement des suspensions bactériennes, issues du

sol rhizosphérique, sur le milieu PVK a donné un nombre des colonies entourées par un halo
transparent supérieur à celui qui concerne le sol non rhizosphérique pour les 2 espèces (0
colonie pour SNR de la menthe), ce qui indique que le sol rhizosphérique présente un habitat
parfait pour la croissance des bactéries solubilisatrices du phosphate tri-calcique :

On peut voir même l’effet de l’espèce sur l’abondance de ces bactéries, tel que le sol
rhizosphérique du gazon abrite presque 2 fois plus les bactéries fixatrices du phosphate tri-
calcique que le sol rhizosphérique de la menthe.

Remarque : on s’attendait que la dilution 10-2 représente un nombre de colonies entourées

par un halo transparent supérieur à celui de la dilution 10-3 mais l’expérience montre le
contraire, cela est dû peut-être à l’ensemencement qui n’est pas bien fait pour la dilution
10-2 on aurait du vortexer les tubes pour homogénéiser la suspension bactérienne avant tout
ensemencement.

Evaluation de l’activité des phosphatases dans les sols :

 Principe :

Ce test permet de testé la classe des phosphatases acides à pH 4. Le substrat utilisé pour la
réaction est le para-NitroPhenyl Phosphate (pNPP) à 1 % qui est incolore. Ce substrat vas

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subir une déphosphorylation par les phosphatases présentent dans le sol. L’hydrolyse du
pNPP conduit à la formation du para-NitroPhényl (pNP) qui a une coloration jaune.

 Résultats :

Figure1 : La courbe de la gamme étalon DO à 405 nm en fonction de la concentration de pNP

Tableau Densité optique et activité des phosphatases pour chaque sol en µg pNP/g sol sec/h.

Espèces gazon menthe

Type des sols SR SNR SR SNR
DO 0,372 0,221 0,064 0,48
[pNP] µg/g du sol/H 42,74 23,24 7,48 57,44

Exemple de calcule : (cas du sol rhizosphérique du gazon)

D’après la courbe de la gamme étalon : DO = a [pNP] avec a : la pente égale à 0,0497

D’où : [pNP] = DO/0,0497

= 0,372/0,0497

= 7,48 µg/ml

Donc : 7,48 µg → 1 ml

X → 0,5 ml (volume réactionel)

Alors : X = (7,48 x 0,5)/1 = 3,74 µg d’où 3,74 µg → 0,5 ml

Dans la manipulation on a mis 0,1 g de sol frais dans 0,5 ml :

Donc on a : 3,74 µg → 0,1 g sol frais

Et on a pris au préalable 2g de sol frais qu’on a séché dans l’étuve pour avoir son poids sec
qui est de 1,78g

Donc pour avoir la concentration par gramme de sol sec

On a : 3,74 µg → 0,1 g sol frais

X → 2 g sol frais

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D’où : X = (3,74 x 2)/0,1 = 74,8 µg/2 g sol frais

C’est-à-dire qu’on a : 74,8 µg → 1,75 g sol sec

Donc : X → 1 g sol sec

Alors : X = (74,8 x 1)/1,78 = 42,74 µg/g sol sec/h

[pNP] = 42,74 µg/g/h

 Interprétation :

Pour le gazon on observe une concentration de produit élevée par rapport au sol non
rhizospherique ce qui montre que les exsudats racinaires acidifient le milieu et créent un
environnement favorable qui augmente l’activité des phosphatases acides.

Pour la menthe on s’attend à avoir une concentration de produit élevée par rapport au sol
non rhizospherique mais on a trouvé le contraire et cela est dû probablement a une fausse
lecture de DO ou bien les exsudats de la menthe ne créent pas un environnement favorable
pour les phosphatases.

Evaluation de l’activité des déshydrogénases dans les sols :

 Principe :

Ce test est basée sur l’utilisation des sels de tétrazolium comme le triphényle térzolium
chlorure (TTC). TTC est réduit par les déshydrogénase en triphényle formazane (TPF) qui a une
coloration rouge.

 Résultats :

Figure2 : La courbe de la gamme étalon DO à 546 nm en fonction de la concentration de TPF

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 Tableau Densité optique et activité des déshydrogénases pour chaque type de sol en mg TPF/g sol sec/h.

Espèces Gazon Menthe

Type des sols SR SNR SR SNR
DO 0,7415 1,41 1,3 2,19
[TPF] en mg/g/h 1,45 2,62 2,7 4,62

Exemple de calcule : (cas du sol rhizosphérique du gazon)

D’après la courbe de la gamme étalon : DO = a [TPF] avec a : la pente égale à 0,0233

D’où : [TPF] = DO/0,0233

= 0,7415/0,0233

= 31,82 µg/ml

Alors 31,82 µg → 1 ml

Dans la manipulation on a mis 1 g de sol frais dans 1 ml :

Donc on a : 1g → 1 ml

Et on a pris au préalable 2g de sol frais qu’on a sécher dans l’étuve pour avoir son poids
sec qui est de 1,78g

Donc pour avoir la concentration par gramme de sol sec

On a : 31,82 µg → 1 g sol frais

X → 2 g sol frais

D’où : X = (31,82 x 2)/1 = 63,64 µg/2 g sol frais

C’est-à-dire qu’on a : 63,64 µg → 1,78 g sol sec

Donc pour un gramme du sol sec on aura X → 1 g sol sec

Alors : X = (63,64 x 1)/1,78 = 35,75 µg/g sol sec/24 h

= 0,035 mg/g/24 h

= 1,45 x 10-3 mg/g/h

[TPF] = 1,45 x 10-3 mg/g/h

 Interprétation :

Pour cette manipulation on s’attendait que l’activité deshydrogénase soit plus importante
dans les sols rhizosphériques que dans les sols non rhizosphériques pour les deux espèces,
mais les résultats de l’expérience montrent le contraire. Cela peut-être expliqué soit par des
erreurs de manipulation, ou bien peut-être les deux sols qu’on a récoltés appartiennent au
même type du sol, en supposant que les deux sols s’agissent soit d’un sol rhizosphérique ou
bien les deux sols sont non rhizosphérique.

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 Conclusion
Ce travail s’intéresse sur l’évaluation de l’activité microbienne du sol qui est un indice de la
qualité du sol. Les résultats obtenues montrent que les bactéries qui possèdent la capacité
de solubiliser le phosphate inorganique présents dans le sol rhizosphérique des deux espèces,
ce qui est expliqué par la disponibilité de leurs nutrition dans cette zone mais ces bactéries
ont aussi un effet positif sur la plante puisque ils rendent la matière minérale bio-disponible.
Donc les rhizobactéries peuvent être considérée comme des biofertilisant de la plantes.

Dans le cas des déshydrogénases Les résultats obtenus montrent l’inverse de ce qui est
attendu et cela peut être expliqué par un effet de l’espèce ou par une erreur de la
manipulation.

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