MaBiologie - Theorie - v2

BIOLOGIE GÉNÉRALE
préparatoire aux sciences médicales, dentaires et biomédicales
Fascicule de théorie
2ème édi on
“Nothing in biology makes sense except in the light of evolution”
Theodosius Dobzhansky
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droit d’auteur.
TABLE DES MATIERES
Chapitre 1 La biologie ou la convergence des sciences naturelles .................. 1
A la recherche d’une définition de la vie ............................................................................... 1
L’organisation hiérarchique de la vie..................................................................................... 2
La nature de la biologie ......................................................................................................... 3
La nature de la matière ......................................................................................................... 3
Aspect biomédical concernant les isotopes .......................................................................... 5
Le comportement chimique .................................................................................................. 5
Les liaisons faibles ................................................................................................................. 7
Le comportement acide-base ................................................................................................ 8
La nature chimique du vivant ................................................................................................ 8
Les isomères .......................................................................................................................... 9
Aspect biomédical concernant l’isomérie ........................................................................... 10
L’exemple du thalidomide (Softénon) ............................................................................. 10
Les réactions chimiques....................................................................................................... 11
Les lois de la thermodynamique .......................................................................................... 12
Le premier principe ......................................................................................................... 12
Le second principe ........................................................................................................... 12
Le corollaire au second principe ...................................................................................... 12
Questions............................................................................................................................. 12
Chapitre 2 Les théories de l’évolution ........................................................... 14
Les marques de l’évolution biologique ................................................................................ 14
Les preuves moléculaires................................................................................................. 14
Les preuves anatomiques ................................................................................................ 14
Les preuves paléontologiques ......................................................................................... 15
Les preuves embryologiques ........................................................................................... 17
Le Lamarckisme ................................................................................................................... 18
Le Darwinisme ..................................................................................................................... 19
La sélection naturelle .......................................................................................................... 20
La théorie synthétique de l’évolution.................................................................................. 20
Mise en évidence expérimentale de la sélection naturelle ................................................. 21
Questions............................................................................................................................. 22
Chapitre 3 L’ère abiotique à l’origine des biomonomères............................. 23
L’eau .................................................................................................................................... 23
L’eau est un solvant « universel ».................................................................................... 24
Table des matières | i

Les molécules d’eau sont cohésives et adhésives ........................................................... 25
L’eau a une capacité thermique massique élevée ........................................................... 25
L’eau a une enthalpie de vaporisation élevée ................................................................. 25
L’eau a une température d’ébullition élevée .................................................................. 26
L’origine des molécules organiques .................................................................................... 26
Les glucides simples ............................................................................................................. 28
Les dérivés de monosaccharides ..................................................................................... 31
Les acides aminés ................................................................................................................ 31
Les bases azotées ................................................................................................................ 33
Les nucléosides et nucléotides ............................................................................................ 34
Les acides gras ..................................................................................................................... 34
Questions............................................................................................................................. 35
Chapitre 4 L’ère prébiotique à l’origine du vivant ......................................... 36
Le « RNA world » ................................................................................................................. 36
Les acides ribonucléiques .................................................................................................... 36
Le « RNP world » ................................................................................................................. 37
Les protéines ....................................................................................................................... 37
La structure des protéines ............................................................................................... 38
L’acide désoxyribonucléique ............................................................................................... 39
Les glucides complexes ........................................................................................................ 40
Les disaccharides ............................................................................................................. 40
Les polysaccharides ......................................................................................................... 42
Les lipides ............................................................................................................................ 43
Les acylglycérols .............................................................................................................. 43
Les phosphoacylglycérols ................................................................................................ 44
Les stérols ........................................................................................................................ 45
Questions............................................................................................................................. 45
Chapitre 5 Les protocellules ou les prémices de la vie .................................. 47
Un modèle de protocellule .................................................................................................. 48
La membrane plasmique ..................................................................................................... 49
La perméabilité membranaire ............................................................................................. 50
La diffusion ...................................................................................................................... 51
L’osmose .......................................................................................................................... 52
L’osmolarité extracellulaire et le volume cellulaire ......................................................... 53
Le rôle des protéines membranaires dans le contrôle de la perméabilité ...................... 54
Table des matières | ii

Questions............................................................................................................................. 56
Chapitre 6 Les premières cellules .................................................................. 57
De l’ARN à l’ADN .................................................................................................................. 57
La première cellule .............................................................................................................. 58
Les eubactéries .................................................................................................................... 59
La paroi ............................................................................................................................ 59
Le cytoplasme .................................................................................................................. 61
La division cellulaire......................................................................................................... 62
Leurs interactions avec l’Humain .................................................................................... 62
Les archées .......................................................................................................................... 63
L’écologie des bactéries....................................................................................................... 63
Questions............................................................................................................................. 64
Chapitre 7 Que sont devenus les concurrents de LUCA ? .............................. 65
L’origine des virus ................................................................................................................ 65
Qu’est-ce qu’un virus ? ........................................................................................................ 65
Le cycle viral ........................................................................................................................ 66
L’adsorption ..................................................................................................................... 67
La pénétration et la décapsidation .................................................................................. 67
La réplication du génome viral ........................................................................................ 67
La synthèse des composants viraux et l’assemblage ....................................................... 68
La libération de nouvelles particules virales .................................................................... 68
Réplication du virus de la varicelle et du zona .................................................................... 68
Réplication des rétrovirus.................................................................................................... 68
Réplication du virus de la grippe ......................................................................................... 68
Questions............................................................................................................................. 69
Chapitre 8 L’origine des eucaryotes............................................................... 70
L’apparition du noyau et du réticulum endoplasmique ...................................................... 70
Le cytosquelette d’actine .................................................................................................... 71
La structure du noyau .......................................................................................................... 72
Le cytosquelette de filaments intermédiaires ..................................................................... 72
La structure du réticulum endoplasmique .......................................................................... 73
La structure de l’appareil de Golgi....................................................................................... 75
L’origine des organites multimembranés ............................................................................ 75
La structure de la mitochondrie .......................................................................................... 76
La structure du chloroplaste ................................................................................................ 77
Table des matières | iii

Quels sont les arguments en faveur de la théorie endosymbiotique .................................. 78
Questions............................................................................................................................. 79
Chapitre 9 Les fonctions du système endomembranaire .............................. 80
Le réticulum endoplasmique lisse ....................................................................................... 80
Le réticulum endoplasmique rugueux ................................................................................. 80
L’appareil de Golgi ............................................................................................................... 81
Les lysosomes ...................................................................................................................... 81
L’endocytose........................................................................................................................ 83
La pinocytose ................................................................................................................... 83
La phagocytose ................................................................................................................ 83
L’endocytose médiée par récepteur................................................................................ 84
L’exocytose .......................................................................................................................... 84
Questions............................................................................................................................. 85
Chapitre 10 Les fonctions de la mitochondrie ................................................. 86
L’énergie chimique dans la cellule ....................................................................................... 86
La respiration cellulaire ....................................................................................................... 86
La glycolyse ...................................................................................................................... 87
Aspect biomédical de la glycolyse ....................................................................................... 88
La décarboxylation oxydative .......................................................................................... 89
Le cycle de Krebs ............................................................................................................. 90
La chaîne respiratoire ...................................................................................................... 91
La phosphorylation oxydative ......................................................................................... 92
La fermentation lactique ..................................................................................................... 93
Le stockage temporaire du calcium ..................................................................................... 95
La production d’espèces réactives de l’oxygène ................................................................. 95
Questions............................................................................................................................. 96
Chapitre 11 Le fonctionnement des chloroplastes .......................................... 97
La phase claire de la photosynthèse.................................................................................... 97
Le photosystème II .......................................................................................................... 98
Le photosystème I ........................................................................................................... 98
La photolyse de l’eau ....................................................................................................... 99
La photophosphorylation cyclique ................................................................................ 100
La chimiosmose chloroplastique ................................................................................... 100
La phase sombre de la photosynthèse .............................................................................. 100
Questions........................................................................................................................... 101
Table des matières | iv

Chapitre 12 L’évolution du métabolisme énergétique .................................. 102
L’apparition de la glycolyse ............................................................................................... 102
L’apparition du cycle de Krebs ........................................................................................... 102
L’apparition de la chaîne de transport des électrons ........................................................ 103
Questions........................................................................................................................... 104
Chapitre 13 L’évolution du patrimoine génétique de la cellule eucaryote .... 105
Comment sait-on que l’ADN porte l’information génétique ? .......................................... 105
Quelle est la structure tridimensionnelle de l’ADN ? ........................................................ 108
L’acquisition des caractéristiques eucaryotiques .............................................................. 109
L’organisation du génome ................................................................................................. 110
La chromatine ................................................................................................................ 110
La structure des gènes ................................................................................................... 112
Questions........................................................................................................................... 113
Chapitre 14 L’expression du génome I – la transcription .............................. 114
Le dogme central de la biologie moléculaire ..................................................................... 114
Le nucléole......................................................................................................................... 115
Les éléments de la transcription........................................................................................ 115
La machinerie transcriptionnelle des eubactéries ......................................................... 115
La machinerie transcriptionnelle des archées et des eucaryotes .................................. 116
Le promoteur ................................................................................................................. 116
Le mécanisme transcriptionnel eubactérien ..................................................................... 118
Le mécanisme transcriptionnel archéen et eucaryote ...................................................... 118
Le contrôle épigénétique de la transcription .................................................................... 122
Les modifications chimiques des histones..................................................................... 122
Les modifications chimiques de l’ADN........................................................................... 123
La maturation de l’ARN ..................................................................................................... 123
La maturation des ARN ribosomiques ........................................................................... 123
La maturation des ARN de transfert .............................................................................. 123
La maturation des ARN messagers ................................................................................ 124
L’épissage alternatif........................................................................................................... 125
Questions........................................................................................................................... 125
Chapitre 15 L’expression du génome II – la traduction ................................. 126
Le système de chiffrement du code génétique ................................................................. 126
Le code génétique ............................................................................................................. 127
Aspect biomédical de l’universalité du code génétique .................................................... 129
Table des matières | v

L’insuline humaine ......................................................................................................... 129
La production d’insuline humaine recombinante.......................................................... 129
Les rôles des ARN non codants .......................................................................................... 130
La biogenèse des ribosomes .......................................................................................... 130
Le chargement des ARNt ............................................................................................... 131
L’aspect moléculaire de la traduction ............................................................................... 131
Le ballottement ............................................................................................................. 134
L’aspect cellulaire de la traduction .................................................................................... 134
Les polysomes................................................................................................................ 134
Le repliement des protéines .......................................................................................... 135
L’adressage des protéines ............................................................................................. 136
L’adressage au noyau .................................................................................................... 136
L’adressage à la mitochondrie ....................................................................................... 137
L’exportation co-traductionnelle ................................................................................... 138
La dégradation des protéines obsolètes............................................................................ 139
Aspect biomédical concernant le protéasome .................................................................. 139
Questions........................................................................................................................... 140
Chapitre 16 La perpétuation du génome ....................................................... 141
Le modèle réplicatif ........................................................................................................... 142
La machinerie de la réplication.......................................................................................... 143
Le mécanisme de la réplication eubactérienne ................................................................. 145
La fourche de réplication ............................................................................................... 145
L’amorçage .................................................................................................................... 145
Le brin continu ............................................................................................................... 146
Le brin discontinu .......................................................................................................... 146
Les fragments d’Okazaki ................................................................................................ 147
La ligation ...................................................................................................................... 147
Le réplisome .................................................................................................................. 148
Le mécanisme de la réplication eucaryote ........................................................................ 148
Le raccourcissement des télomères .............................................................................. 148
L’allongement des télomères ........................................................................................ 149
La correction sur épreuve .................................................................................................. 149
Aspect biomédical de l’ADN polymérase........................................................................... 150
Le choix des amorces ..................................................................................................... 150
Les étapes de la réaction ............................................................................................... 150
Table des matières | vi

Le choix de l’ADN polymérase ....................................................................................... 151
Applications de la PCR ................................................................................................... 151
Les mutations ponctuelles ................................................................................................. 151
Questions........................................................................................................................... 152
Chapitre 17 La division cellulaire ................................................................... 153
Les microtubules................................................................................................................ 153
Les protéines motrices ...................................................................................................... 154
La mitose ........................................................................................................................... 156
La prophase ................................................................................................................... 156
La prométaphase ........................................................................................................... 158
La métaphase ................................................................................................................ 158
L’anaphase ..................................................................................................................... 159
La télophase................................................................................................................... 160
La cytodiérèse ................................................................................................................ 161
Aspect biomédical de la mitose ......................................................................................... 161
Questions........................................................................................................................... 161
Chapitre 18 Le cycle cellulaire et son contrôle .............................................. 163
Le cycle cellulaire ............................................................................................................... 163
La progression du cycle cellulaire – la transition G2/M..................................................... 164
La progression du cycle cellulaire – un modèle général .................................................... 167
Le contrôle qualité du cycle cellulaire ............................................................................... 169
Le point de restriction ................................................................................................... 169
Le point de contrôle en G2 ............................................................................................ 170
Le point de contrôle en M ............................................................................................. 170
Les proto-oncogènes et les gènes suppresseurs de tumeurs ............................................ 171
La mort de la cellule .......................................................................................................... 172
La nécrose ...................................................................................................................... 172
L’apoptose ..................................................................................................................... 172
Questions........................................................................................................................... 174
Chapitre 19 La transmission du patrimoine génétique I – l’origine des gamètes
.................................................................................................... 175
La méiose ........................................................................................................................... 175
La ploïdie ....................................................................................................................... 175
La variation de la quantité d’ADN .................................................................................. 176
Les divisions méiotiques .................................................................................................... 176
Table des matières | vii

La division réductionnelle .............................................................................................. 177
La recombinaison intrachromosomique ........................................................................ 178
La première recombinaison interchromosomique ........................................................ 179
La division équationnelle ............................................................................................... 180
La seconde recombinaison interchromosomique ......................................................... 180
La non-disjonction chromosomique .............................................................................. 181
La méiose non germinale............................................................................................... 182
Questions........................................................................................................................... 182
Chapitre 20 Les éléments d’embryologie générale ....................................... 183
Les cellules souches ........................................................................................................... 183
La différenciation et la détermination ............................................................................... 184
L’embryologie descriptive ................................................................................................. 185
La spermatogenèse........................................................................................................ 185
L’ovogenèse ................................................................................................................... 186
La fécondation ............................................................................................................... 186
La segmentation ............................................................................................................ 188
La blastulation ............................................................................................................... 189
L’implantation................................................................................................................ 190
La gastrulation ............................................................................................................... 191
Les mécanismes de l’embryologie ..................................................................................... 192
L’induction ..................................................................................................................... 192
La signalisation cellulaire ............................................................................................... 193
Le clonage .......................................................................................................................... 194
Aspect biomédical du clonage et des cellules souches ..................................................... 196
Les cellules souches pluripotentes induites .................................................................. 196
L’application des iPSC .................................................................................................... 197
Questions........................................................................................................................... 198
Chapitre 21 L’émergence des multicellulaires et la diversité du vivant ........ 199
La multicellularité .............................................................................................................. 200
La cladistique et la classification du vivant ........................................................................ 200
La biodiversité du vivant .................................................................................................... 202
Le groupe des Excavata ................................................................................................. 203
Le groupe des Alveolata ................................................................................................ 204
Les groupes des Stramenopila et des Rhizaria .............................................................. 205
Le groupe des Archaeplastida........................................................................................ 205
Table des matières | viii

Le groupe des Amoebozoa ............................................................................................ 205
Le groupe des Opisthokonta.......................................................................................... 206
Chapitre 22 Les Archaeplastides .................................................................... 207
Une brève classification des végétaux ............................................................................... 207
Les bryophytes ............................................................................................................... 207
Les ptéridophytes .......................................................................................................... 208
Les gymnospermes et les angiospermes ....................................................................... 208
Les tissus des végétaux ...................................................................................................... 208
Le tissu fondamental ..................................................................................................... 208
Le tissu vasculaire .......................................................................................................... 208
Le cycle de vie des végétaux .............................................................................................. 210
Le cycle de vie des bryophytes ...................................................................................... 211
Le cycle de vie des ptéridophytes .................................................................................. 212
Le cycle de vie des spermatophytes .............................................................................. 213
Aspect biomédical des végétaux et du molecular pharming ............................................. 215
Chapitre 23 Le fonctionnement des métazoaires supérieurs ........................ 216
Les tissus des métazoaires ................................................................................................. 216
L’adhésion ......................................................................................................................... 216
Le tube digestif .................................................................................................................. 217
La cavité buccale ............................................................................................................ 218
L’estomac....................................................................................................................... 219
Les glandes annexes de l’intestin .................................................................................. 220
L’intestin grêle ............................................................................................................... 221
Le côlon ......................................................................................................................... 224
Chapitre 24 La transmission du patrimoine génétique II – la génétique ....... 225
L’hérédité .......................................................................................................................... 225
Le monohybridisme ........................................................................................................... 225
Le croisement de contrôle ............................................................................................. 227
Les conclusions modernisées de Mendel .......................................................................... 228
Le génotype et le phénotype ............................................................................................. 228
Les outils de la génétique .................................................................................................. 229
Le carré de Punnett ....................................................................................................... 229
L’arbre généalogique ..................................................................................................... 229
Le dihybridisme ................................................................................................................. 229
La génétique non formelle ................................................................................................ 231
Table des matières | ix

La dominance incomplète ............................................................................................. 231
La codominance ............................................................................................................. 232
L’hérédité polygénique .................................................................................................. 233
L’épistasie ...................................................................................................................... 234
La liaison du genre et de l’hérédité ................................................................................... 235
Le chromosome sexuel chez l’Humain .............................................................................. 236
La compensation de dose .............................................................................................. 237
La cartographie génétique ................................................................................................. 238
Chapitre 25 La transmission du patrimoine génétique III – la génétique des
populations ................................................................................ 241
Les variations génétiques en lien avec l’évolution ............................................................ 241
Les fréquences alléliques ................................................................................................... 242
L’effet fondateur ........................................................................................................... 243
L’effet « bottle neck » .................................................................................................... 244
La sélection ........................................................................................................................ 244
La spéciation ...................................................................................................................... 246
Chapitre 26 Les interactions entre les êtres vivants et avec leur
environnement ........................................................................... 248
La dynamique des populations .......................................................................................... 248
La croissance de la population humaine ....................................................................... 250
La capacité limite de la Terre ......................................................................................... 251
La dynamique des écosystèmes ........................................................................................ 251
Le cycle du carbone ....................................................................................................... 252
Le cycle de l’azote .......................................................................................................... 253
L’impact de la perturbation du cycle de l’azote sur la santé humaine .......................... 254
Table des matières | x

Chapitre 1 La biologie ou la convergence des sciences naturelles
Depuis la naissance du 21ème siècle, la biologie vit une révolution technologique qui lui permet
de répondre à des questions dont le seul énoncé n’était pas envisageable il y a seulement
quelques décennies.
La séquence complète du génome humain a été établie et les génomes d’autres organismes
sont séquencés à des rythmes effrénés. Les mécanismes moléculaires sont décrits avec de
plus en plus de finesse et des liens entre des chapitres de la biologie autrefois complètement
indépendants sont maintenant établis. Nous sommes en passe de décrire les mystères de
l’organisation complexe des organismes multicellulaires et de comprendre comment une
cellule unique donne naissance à l’incroyable variabilité morphologique et fonctionnelle des
cellules qui nous composent. La révolution technologique, permettant d’accomplir ce qui était
un exploit ou de la science-fiction jusqu’il y a peu, concerne la biologie moléculaire, la
bioinformatique, l’acquisition et l’analyse d’images, les techniques analytiques et est au
croisement de la biologie, de la chimie, de la physique et des mathématiques. La biologie est
donc clairement la science vers laquelle converge les informations et les technologies issues
de l’ensemble des sciences naturelles. Qu’on le veuille ou non, la biologie n’est qu’une
application particulière de la chimie et de la physique. Chaque activité biochimique qui se
déroule dans une cellule, aussi complexe soit elle, obéit aux lois de la chimie. Chaque
processus biologique est gouverné par les principes de la thermodynamique. La matière
biologique n’est en rien différente à celle rencontrée à d’autres endroits de l’univers, hormis
que son niveau de complexité est probablement le plus élevé permettant ainsi l’acquisition
par émergence de propriétés particulières. Pour la comprendre au mieux, notre appréhension
de la biologie se doit donc d’être aussi multidisciplinaire que possible. Cette vision n’enlève
rien à l’intérêt qu’elle suscite mais ouvre les yeux sur la manière dont elle doit être abordée,
au travers, lorsque cela est possible du prisme des sciences naturelles.
Précisons – L’émergence est un concept philosophique né au 19ème siècle qui stipule

qu’une propriété est qualifiée d’émergente si elle découle de propriétés plus
fondamentales tout en restant nouvelle. A partir d’un certain niveau de complexité et
d’organisation, de nouvelles propriétés apparaissent sans pouvoir trouver leur origine
dans les seules propriétés plus fondamentales. Les propriétés émergentes résultent des
modalités d’interactions de chacune des composantes et ne peuvent être déduites de la
simple observation de ces dernières.
A la recherche d’une définition de la vie

Dans sa signification la plus large, la biologie est l’étude des êtres vivants. Cependant, la vie
souffre de l’absence d’une définition simple. Pourtant, le dictionnaire (Larousse en ligne) nous
en fournit une : « caractère propre aux êtres possédant des structures complexes, capables de
résister à diverses causes de changement, aptes à renouveler, par assimilation, certains de
leurs éléments constitutifs, à croître et à se reproduire ». Admettons-le, cette définition est
insuffisante pour décrire complètement et de façon univoque la vie. En effet, en s’y référant
exclusivement, une usine pourrait être considérée comme vivante alors qu’une mule (issue
du croisement d’un âne et d’une jument) ne pourrait pas l’être puisque incapable de se
reproduire en raison de sa nature hybride. Quel(s) critère(s) peut-on dès lors utiliser pour dire
qu’une chose est vivante ? Sept critères sont généralement utilisés à cette fin :
Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 1

• L’organisation cellulaire – tous les organismes vivants sont constitués d’une ou de
plusieurs cellules. La cellule est l’unité fondamentale du vivant.
• La complexité ordonnée – même si la complexité et l’ordre sont des notions relatives,
chaque organisme vivant respecte ce critère.
• La réponse à l’environnement – quelle que soit la nature de cette réponse, la
dilatation de la pupille en présence de lumière, l’orientation du tournesol vers le soleil,
tous les êtres vivant répondent à des stimulus.
• La croissance, le développement et la reproduction – chaque être vivant naît dans un
état différent de celui dans lequel il se trouve à sa mort. L’évolution de cet état initial
vers l’état final est assurée par la croissance (le changement de dimension) et le
développement (le changement de forme). Chaque espèce vivante naturelle est
susceptible de se reproduire et de transmettre des caractères à sa descendance.
• La transformation de l’énergie – tous les organismes vivants utilisent certaines formes
d’énergie (lumineuse, chimique, …) pour accomplir des travaux qui sont en réalité des
modifications de la nature de l’énergie utilisée.
• Le maintien d’une homéostasie – les êtres vivants se doivent de maintenir leurs
caractéristiques internes (pH, concentrations ioniques, température, …) entre des
limites compatibles avec leur mode de vie et différentes des caractéristiques du milieu
dans lequel ils vivent.
• L’adaptation évolutive – chaque organisme interagit avec son environnement et avec
d’autres êtres vivants, qui le poussent à s’adapter dynamiquement pour assurer sa
survie.
Ces 7 critères nous permettent donc de circonscrire le vivant. Cependant, même si les 6
derniers critères peuvent effectivement être appliqués au vivant, cette application ne peut
pas être exclusive. Seul le premier critère, l’organisation cellulaire, peut être spécifiquement
attribué au vivant. Ce critère est d’ailleurs à la base de la théorie cellulaire proposée par les
travaux pionniers de Robert Hooke (première description d’une cellule), Matthias Jakobs
Schleiden et Theodor Schwann (énoncent que tous les êtres vivants sont faits de cellules),
Rudolf Virchow (énonce que chaque cellule provient d’une cellule préexistante) et Louis
Pasteur (démontre que la génération spontanée est erronée).
Précisons – La théorie cellulaire est le fondement le plus admis de la biologie. Elle

respecte quelques principes élémentaires : (1) tout organisme vivant est composé d’au
moins une cellule, (2) la cellule est l’unité de base du vivant, elle dispose d’une certaine
vie autonome, (3) toute cellule provient d’une autre cellule par division cellulaire, (4) la
cellule possède une individualité grâce à sa membrane plasmique qui règle ses échanges,
et (5) la cellule renferme l’information (ADN) nécessaire à son fonctionnement. La cellule
est donc l’unité structurale, fonctionnelle et reproductrice de la vie.
L’organisation hiérarchique de la vie

Le monde vivant est organisé hiérarchiquement (Figure 1), chaque niveau se construit sur la
base du niveau précédent en faisant l’acquisition de nouvelles propriétés. Bien entendu, le
premier niveau du vivant, la cellule, se construit lui aussi sur la base de niveaux plus
fondamentaux et donc non vivants. En ce sens, la vie est donc aussi une propriété émergente.
Les atomes, les éléments fondamentaux de la matière telle que nous la connaissons,
s’unissent dans un agencement spécifique en molécules simples. Des biomolécules complexes,
les macromolécules, naissent par leurs combinaison, puis s’assemblent en structures

microscopiques dénommées organites. Ces dernières sont intégrées dans l’unité
fondamentale du vivant, les cellules. Dans les organismes multicellulaires, des cellules
semblables s’unissent pour créer des unités fonctionnelles de base, les tissus. Plusieurs tissus
différents se regroupent en organes qui constituent les unités structurelles et fonctionnelles.
Les organes sont regroupés dans les systèmes qui composent les organismes. Plusieurs
individus d’une même espèce et regroupés géographiquement constituent une population.
L’ensemble des populations d’un type particulier d’organisme constitue l’espèce, dont tous
les membres sont interféconds. L’ensemble des populations partageant un même lieu de vie
constitue une communauté. L’écosystème, quant à lui, est constitué d’une communauté et
de son habitat. La biosphère est l’ensemble des écosystèmes terrestres.
Figure 1 : Organisation hiérarchique du vivant de l’atome jusqu’à la biosphère. Adapté de MacMillan Higher Education.
La nature de la biologie
Les sciences tendent à améliorer nos connaissances ou notre savoir-faire par le raisonnement,
l’expérimentation et l’observation dont la succession constitue la démarche scientifique. La
démarche scientifique repose sur le postulat que la nature fondamentale de l’univers ne
change pas avec le temps, qu’elle est actuellement identique à celle qui a concourut à sa
naissance et qu’elle restera inchangée dans le futur. En d’autres termes, cela revient à dire
que les lois qui gouvernent l’univers sont immuables.
La démarche scientifique repose sur une observation initiale qui mène à émettre une
hypothèse. Celle-ci permet d’établir des prédictions pouvant être testées expérimentalement.
L’observation attentive et impartiale des résultats expérimentaux permet de valider ou
invalider l’hypothèse posée et d’éventuellement la modifier. L’itération de ces étapes permet
d’acquérir une vision de plus en plus exacte de la nature. On le voit clairement, l’observation,
et donc la description, sont au centre de la démarche scientifique et sont rencontrées dès les
balbutiements de la biologie lorsque les naturalistes de l’époque tentaient de classer le vivant.
Précisons – Une hypothèse est une explication plausible proposée à un phénomène

préalablement observé. Cette explication est susceptible d’être vraie et est retenue tant
qu’elle n’a pas été contredite. L’hypothèse est mise à l’épreuve par l’expérience dans
laquelle sont inclus des témoins ou contrôles permettant de valider cette dernière.
Lorsqu’on s’intéresse à des systèmes complexes, les expériences mettent en œuvre des
modèles réductionnistes permettant de diviser les systèmes en leurs composantes
individuelles.
La nature de la matière
« Poussières d’étoiles », c’est le titre d’un ouvrage écrit par Hubert Reeves en 1984. Ce titre,
à lui seul résume que notre composition chimique trouve son origine dans la gigantesque
explosion qui a marqué la naissance de l’univers il y a 13 milliards d’années, le big bang. La
matière élémentaire est composée de structures appelées atomes qui représente la limite
inférieure de la divisibilité de la matière. Le premier modèle proposé pour décrire l’atome

date de 1913 (Niels Bohr, prix Nobel de physique en 1922) et constitue encore un bon point
de départ pour comprendre la théorie atomique. Ce modèle (Figure 2) représente l’atome
comme un nuage de particules subatomiques chargées négativement, les électrons, évoluant
autour d’un noyau. Ce modèle s’inspire de la description du système solaire avec les planètes
gravitant autour du soleil. Dans le modèle de Bohr, le noyau dense est constitué de particules
subatomiques, les neutrons non chargés et les protons chargés positivement, regroupées
sous le terme de nucléons. Les nucléons constituent la majorité de la masse de l’atome. La
nature de la matière élémentaire est définie par le nombre de protons contenus dans l’atome
correspondant. Il est représenté par le numéro atomique (Z). Le nombre de nucléons
(neutrons et protons) est défini par le nombre de masse (A) qui correspond à la somme du
nombre de neutrons (N) et du nombre de protons (Z). Le nombre d’électrons est égale au
nombre de protons et, en conséquence, un atome est électriquement neutre. Le
comportement chimique de la matière élémentaire est, quant à lui, le résultat du nombre des
électrons et de leur configuration.
Figure 2 : Représentation schématique du modèle atomique de Bohr. L’élément est identifié par le nombre de protons présent
dans le noyau (numéro atomique).
Précisons – Le nombre de protons d’un atome (Z) définit l’élément auquel il appartient.
Le nombre de masse (A) représente le nombre de nucléons (protons et neutrons). Une
relation unit donc Z, A et N.
A=Z+N
Dans un atome, les charges positives du noyau sont contrebalancées par les charges négatives
des électrons qui gravitent autour du noyau dans des régions appelées orbitales. Les électrons
sont maintenus dans ces orbitales grâce à des forces d’attractions exercées par les protons.
Des forces extérieures peuvent supplanter les forces d’attraction ce qui entraîne la perte d’un
ou de plusieurs électrons. Dans d’autres circonstances, un atome peut également gagner un
ou plusieurs électrons (Figure 3). Cette modification du nombre des électrons entraîne un
déséquilibre du nombre des charges entre le noyau et les orbitales, et l’apparition d’une
charge électrique nette. L’atome devient alors un ion négatif (anion) ou positif (cation).
Un élément est constitué de plusieurs espèces atomiques partageant le même nombre de
protons mais pouvant varier par le nombre de leurs neutrons (Figure 3). On parle alors
d’isotopes de cet élément. Dans la nature, la majorité des éléments existe sous la forme d’un
mélange d’isotopes. Prenons l’exemple du carbone (C) dont tous les atomes contiennent 6
protons, et dont la majorité contient 6 neutrons, il s’agit du carbone-12 noté 12C en raison de
la présence de 6 protons et de 6 neutrons. A côté de cet isotope très abondant, existe
naturellement du carbone-13 (13C) et du carbone-14 (14C) contenant respectivement 7 et 8

neutrons. L’accroissement de la taille du noyau rend celui-ci instable, ce qui le pousse à se
scinder en éléments de nombre atomique inférieur. Cette fission libère de l’énergie qui
s’exprime sous la forme d’un rayonnement ionisant. On parle alors d’isotope radioactif.
Figure 3 : Modification du nombre de protons ou d’électrons de l’atome de sodium (Na) pour former respectivement un isotope
(24Na) et un ion (Na+).
Aspect biomédical concernant les isotopes

Le principe du PET (Positon Emission Tomography) consiste à injecter au patient une molécule
marquée radioactivement et appelée radiotraceur. La nature chimique de cette molécule est
choisie en fonction de son comportement biologique puisqu’elle est supposée s’accumuler le
plus spécifiquement possible dans les régions de l’organisme que l’on souhaite observer. Le
traceur porte un ou plusieurs atomes radioactifs tels que le fluor (18F ou 15O) qui ont la
propriété d’émettre un positon. Un positon est un anti-électron, l’anti-particule de l’électron.
Dès qu’il rencontre un électron dans le tissu environnant, le positon est annihilé et produit
deux photons qui sont détectés par l’équipement d’imagerie. Cette détection permet de
définir le lieu d’émission et la concentration en radiotraceur au site d’émission (Figure 4).
Figure 4 : Exemples d’images du système nerveux. (A) 18F-FDG PET. Les régions les plus claires représentent les zones
hypermétaboliques. (B) Image différentielle avec un individu contrôle du même âge. Images issues de
https://doi.org/10.1016/S1474-4422(16)30140-5
Le comportement chimique
Si la nature de la matière est dictée par la composition du noyau atomique, son comportement
chimique est la conséquence de ses électrons. Ce sont leur nombre et leur disposition sur leurs
orbitales qui déterminent la réactivité de l’atome. Si on ramène la taille du noyau atomique à
celle d’une balle de golf, l’électron le plus proche du noyau serait situé à plus de 1 km. On
comprend donc que la majorité du volume atomique est occupée par du vide et que dans une
liaison chimique, les noyaux ne sont jamais assez proches pour interagir. Ce sont donc les

électrons qui assurent cette interaction. Les électrons possèdent une énergie potentielle en
raison de l’attraction qu’ils subissent de la part du noyau. En conséquence, plus l’électron est
éloigné du noyau et plus son énergie potentielle augmente, à l’instar d’un objet dont on
augmente l’altitude. Les orbitales les plus éloignées du noyau contiennent donc des électrons
plus énergétiques. Les électrons de la couche électronique périphérique sont désignés par le
terme électrons de valence. Ils sont à la base de la réactivité des atomes. En ce qui concerne
les atomes impliqués dans les biomolécules, la couche électronique externe peut contenir au
maximum 8 électrons (à l’exception de l’hydrogène). Le comportement chimique d’un
élément est le reflet du nombre d’électrons sur cette dernière couche. Les éléments qui
disposent de 8 électrons de valence sont inertes. Il s’agit des gaz rares. Les éléments
caractérisés par 7 électrons de valence (les halogènes) sont extrêmement réactifs et tendent
de faire l’acquisition d’un électron supplémentaire pour saturer leur couche électronique
externe. A l’inverse, les éléments ne possédant qu’un seul électron de valence, bien
qu’également très réactifs, cherchent quant à eux à perdre leur unique électron de valence.
On peut en déduire une généralisation : les atomes tendent à obtenir une couche électronique
périphérique saturée. C ’est la règle de l’octet. La réactivité des atomes peut mener à la
formation d’une liaison chimique à l’origine de molécules. La liaison chimique peut être le
résultat de la mise en commun d’une ou plusieurs paires d’électrons. On parle alors de liaison
covalente. Les électrons partagés sont attirés simultanément par les 2 noyaux des atomes
impliqués dans la liaison.
L’électronégativité est une grandeur physique qui décrit la capacité d’un atome à attirer les
électrons lors de la formation d’une liaison chimique. Conventionnellement, une
électronégativité égale à 4.0 est attribuée au Fluor, l’élément le plus électronégatif. La
différence d’électronégativité entre deux atomes unis par une liaison chimique permet
d’identifier trois types de liaisons : les liaisons covalentes apolaires, les liaisons covalentes
polaires et les liaisons ioniques. Dans une liaison de 2 atomes identiques, l’affinité des atomes
pour les électrons est bien entendu identique. Les électrons sont alors attirés avec la même
force vers chaque noyau. Par extension, lorsque la différence d’électronégativité entre les
atomes liés est inférieure ou égale à 0.4, le nuage électronique sera relativement symétrique
et on parlera de liaison covalente apolaire. Lorsque les atomes impliqués dans la liaison
chimique ont une électronégativité nettement différente et comprise entre 0.4 et 1.7, les
électrons sont délocalisés vers l’atome le plus électronégatif. Dans ce cas, bien que la molécule
soit électriquement neutre, la distribution des charges n’est pas uniforme et des régions
partiellement chargées négativement apparaissent à proximité de l’atome le plus
électronégatif. A l’inverse, des charges partielles positives sont observées à proximité de
l’atome le moins électronégatif. Une telle liaison est appelée covalente polaire. Les charges
partielles y sont représentées par la lettre d portant la charge + ou – en exposant. La molécule
portant ce type de liaison peut être elle-même caractérisée de polaire si elle possède un
moment dipolaire non nul (Figure 5).

Figure 5 : Le moment dipolaire (p) est le vecteur représentant la répartition des charges partielles. La molécule d’eau est une
molécule polaire en raison de son moment dipolaire non nul alors que le CO2 est une molécule apolaire malgré l’existence de
charges partielles.
Précisons – Un moment dipolaire est une représentation vectorielle de la répartition des

charges partielles. Le moment dipolaire existe à la condition que le centre de gravité des
charges partielles positives (représenté par le point bleu de la figure ci-dessus) soit
distinct du centre de gravité des charges partielles négatives (représenté par le point
rouge de la figure ci-dessus).
La liaison ionique est formée par une paire d’atomes, typiquement un métal et un non-métal,
possédant une différence d’électronégativité supérieure à 1.7. Le métal donne un ou plusieurs
électrons au non-métal. Il en résulte la formation d’un ion positif et d’un ion négatif. La liaison
ionique résulte de l’attraction électrostatique entre l’anion et le cation et est typiquement
rencontrée dans les sels.
Les liaisons faibles

A côté des liaisons fortes (covalentes ou ioniques), il existe des liaisons d’intensité faibles
comme les liaisons hydrogènes ou les liaisons de van der Waals.
Une liaison hydrogène est une interaction intra- ou intermoléculaire impliquant un atome
d’hydrogène portant une charge partielle positive puisque lié à un atome très électronégatif
(O, N ou F). Cette interaction est majoritairement électrostatique et s’établit entre la charge
partielle positive de l’hydrogène et une charge partielle opposée située sur une autre
molécule ou sur un autre groupement chimique polaire (Figure 6). Bien que considérée
comme une liaison faible, la force de cette interaction est relativement élevée.
La liaison de van der Waals est une interaction électrostatique de faible intensité qui s’établit
entre des molécules ou régions apolaires. Il peut s’agir d’interactions dipôle-dipôle entre les
charges partielles opposées sans intervention d’atome d’hydrogène, ou encore de forces de
dispersion appelée forces de London. Dans ce cas, le mouvement aléatoire des électrons sur
leur orbitale donne une forme probabiliste au nuage de distribution des électrons. A tout
moment, la densité électronique peut ne pas être répartie de façon équitable sur l’ensemble
de la molécule. Il en résulte une très légère polarisation de la molécule pour un bref moment
(Figure 6). L’instant d’après, la densité électronique est redistribuée et fait apparaître d’autres
charges à d’autres endroits de la molécule. La liaison hydrophobe est l’interaction brève et à
très courte distance entre les charges opposées transitoires. C’est donc le nombre de ces
interactions qui constitue leur force.

Figure 6 : Les liaisons faibles se répartissent en liaisons hydrogène et en liaisons de van der Waals. La liaison hydrogène est
une liaison électrostatique impliquant un atome d’hydrogène (bleu) uni à un atome très électronégatif (O, N ou F - rouge). Les
liaisons de van der Waals incluent les interactions dipôle-dipôle et les forces de London. Les forces de dispersion de London
sont le résultat d’interactions électrostatiques faibles en raison de la densité aléatoire des électrons (jaune) faisant apparaître
des charges partielles opposées faibles et transitoires.
Le comportement acide-base
L’eau est formée par la liaison covalente d’atomes d’hydrogène à un atome d’oxygène.
Certaines de ces liaisons peuvent se rompre spontanément. Dans ce cas, un noyau
d’hydrogène (un proton, H+) quitte la molécule sans être accompagné par l’électron qui était
partagé avec l’oxygène. Habituellement, l’ion H+ s’associe à une autre molécule d’eau et forme
l’ion hydronium H3O+. Le reste de la molécule d’eau a conservé l’électron partagé et est donc
chargé négativement ; il constitue un ion hydroxyde OH-. Ce processus porte le nom
d’ionisation. A 298 K la concentration molaire de l’eau pure en H+ est égale à 10-7 M. L’échelle
des pH exprime cette concentration en H+ en solution sous la forme d’un logarithme négatif :
pH = -log[H+]
Le pH de l’eau pure est donc égale à – log (10-7), soit 7.0. Ce pH est conventionnellement le
signe d’un pH neutre. Un soluté qui augmente la concentration en H+ parce qu’il en libère est
un acide. A l’inverse, un soluté qui réduit la concentration en H+ parce qu’il se combine à ceux-
ci est une base.
La nature chimique du vivant

La matière est constituée de 117 éléments naturels dont 41 sont retrouvés dans la matière
vivante. Les éléments les plus fréquents y sont O, C, H, N, Ca et P. Ces différents éléments

peuvent s’unir l’un à l’autre dans un ordre précis pour former des groupes fonctionnels portés
par les molécules biologiques. Ces groupes fonctionnels vont donner les propriétés chimiques
des molécules qui les portent.
• Le groupe fonctionnel hydroxyle (-OH) unit un atome d’hydrogène à un atome

d’oxygène lui-même lié à un squelette hydrogénocarboné. Ce groupe fonctionnel,
trouvé, entre autres, dans les alcools et dans les sucres, est polaire en raison de la
différence d’électronégativité qui existe entre le O et le H. Des charges partielles
s’établissent donc sur ces atomes et leur donnent la possibilité d’établir des liaisons
hydrogènes qui expliquent la solubilité des alcools et des sucres dans l’eau.
• Le groupe fonctionnel carbonyle (>C=O) se compose d’un atome de carbone associé à
un atome d’oxygène par une liaison covalente double. Le carbone peut soit se lier à
deux carbones par ses 2 derniers électrons de valence, on parlera alors de cétone, soit
se lier à un carbone et un hydrogène et on parlera alors d’aldéhyde. Ces groupes
fonctionnels sont observés dans les sucres. En raison de la différence
d’électronégativité entre l’O et le C, ces atomes portent des charges partielles et le
groupe fonctionnel peut agir comme accepteur de liaison hydrogène.
• Le groupe fonctionnel carboxyle (-COOH) est un ensemble formé par un atome de
carbone portant simultanément un atome d’oxygène uni par une liaison covalente
double et un groupement -OH. Il s’agit d’un groupement acide et donc susceptible de
perdre le proton du groupe -OH pour s’ioniser en -COO-. Ce groupe est rencontré dans
un grand nombre de biomolécules : acides gras, acides aminés, …
• Le groupe fonctionnel amine (-NH2) est formé d’un atome d’azote lié à deux atomes
d’hydrogène et à une chaîne hydrogénocarbonée. Ce groupement se comporte
comme une base puisque le N peut accepter un proton pour donner naissance à la
forme ionisée -NH3+ du groupement. Les amines sont trouvées sur les acides aminés
et dans les bases azotées des nucléotides.
• Le groupe fonctionnel sulfhydryle (-SH) ou thiol est constitué d’un atome de soufre uni
à un atome d’hydrogène. Ce groupe est retrouvé dans des molécules comme la
cystéine (un acide aminé), le glutathion ou le coenzyme A. Deux groupements
sulfhydryle peuvent réagir ensemble dans des conditions oxydantes pour former un
lien covalent entre les atomes de soufre, il s’agit du pont disulfure. Dans les conditions
biologiques, le groupe sulfhydryle n’est pas ionisable.
• Le groupe fonctionnel phosphate (-OPO32-) est composé d’un atome de phosphore uni
à 4 atomes d’oxygène. Un de ceux-ci lie le phosphore à la molécule qui porte le groupe.
Un second atome d’oxygène est lié au phosphore par une liaison covalente double. Les
deux atomes résiduels d’oxygène portent des charges négatives. La structure de ce
groupe est celle de l’acide phosphorique. Il peut être porté par des acides aminés et
des sucres modifiés.
• Le groupe fonctionnel méthyle (-CH3) est formé d’un atome de carbone substitué par
3 atomes d’hydrogène. L’atome de valence résiduel du carbone peut se lier à des
résidus de nature variable. Ce groupe n’est bien entendu pas polaire.
Les isomères
Plusieurs molécules peuvent partager la même formule moléculaire sans pour autant avoir les
mêmes propriétés biologiques en raison de leur configuration. De telles molécules de
composition identique mais de configurations différentes sont des isomères l’une de l’autre

(Figure 7). On distingue les isomères de constitution et les isomères de disposition spatiale (ou
stéréoisomères). La première catégorie regroupe les molécules qui possèdent la même
composition atomique mais dont l’enchaînement des atomes est différent. Les molécules qui
appartiennent à la seconde catégorie diffèrent par leur configuration spatiale. On y distingue
les énantiomères et les diastéréoisomères. Les énantiomères sont des molécules dont l’une
est l’image spéculaire, et donc non superposable, de l’autre. L’exemple le plus commun
d’énantiomèrie est celui des acides aminés. Les diastéréoisomères sont des stéréoisomères
qui ne sont pas l’image l’un de l’autre dans un miroir. Les sucres peuvent être des
diastéréoisomères entre eux, tout comme les acides gras cis et trans.
Figure 7 : Catégorisation des différentes formes d’isomérie. Adapté de wikipedia.fr, image de TouzaxA, licence Creative
Commons.
Aspect biomédical concernant l’isomérie

Lors de la synthèse d’un composé chimique destiné à la santé humaine, une importance
particulière doit être portée à la pureté des produits. On pense directement à la présence de
molécules résiduelles du procédé de synthèse ou de produits secondaires de la synthèse.
Cependant, une autre catégorie de molécules peut être considérée comme une impureté. Il
s’agit des isomères et particulièrement les stéréoisomères. Un mélange d’énantiomères en
proportions égales est appelé mélange racémique.
Les deux formes énantiomériques peuvent avoir des effets biologiques différents ou même
antagoniques. En effet, les molécules biologiques avec lesquelles doivent interagir les
médicaments sont énantiopures et interagissent donc différemment avec les différents
énantiomères d’un composé actif.
L’exemple du thalidomide (Softénon)
Un exemple tragique d'effets différents de deux énantiomères est celui du thalidomide. Cette
substance utilisée dans différents médicaments possède en effet deux énantiomères (Figure
8). La configuration R de la molécule a des effets sédatifs et anti-tumoraux, tandis que la

configuration S a des effets tératogènes. Le mode d’action de cet isomère sera abordé plus
tard (voir page 139).
Avant sa mise sur le marché, le thalidomide a subi des tests de toxicité, ainsi que des essais
cliniques chez l’Humain, qui n’ont démontré aucune toxicité pour cette molécule. Des
premiers cas de malformations congénitales apparaissent cependant 5 ans après sa mise sur
le marché.
Le thalidomide a pour formule C13H10N2O4. Cette molécule possède un atome de carbone
asymétrique, le carbone 10 qui porte le groupe isoindole.
Figure 8 : Structure chimique des énantiomère S et R du thalidomide. Les structures des énantiomères du thalidomide sont
issues du site de la société chimique de France (https://www.societechimiquedefrance.fr).
La molécule est donc dite chirale car elle existe sous la forme de deux énantiomères R et S.
Comme les deux formes sont interconvertibles in vivo, l’effet tératogène n’aurait pas été évité
en n’administrant qu’une seule des deux formes.
Les réactions chimiques

Une réaction chimique est une transformation de la matière au cours de laquelle les espèces
chimiques qui constituent la matière voient leur nature modifiée. Les espèces chimiques qui
subissent la réaction sont appelées les réactifs et celles qui sont créées par la réaction sont les
produits. Une réaction chimique peut libérer de l’énergie, elle est alors qualifiée
d’exergonique et est spontanée. Par contre, une réaction qui consomme de l’énergie est dite
endergonique.
Classiquement, une réaction chimique implique la rupture et la formation de liaisons
chimiques. Certaines réactions associent à ces modifications des liaisons chimiques la perte
ou le gain d’électrons, on parle alors d’oxydation ou de réduction. Dans un système biologique
l’une ne va pas sans l’autre, les électrons sont échangés entre les espèces moléculaires en
fonction de leur potentiel redox. Dans une réaction, la molécule la plus oxydante (potentiel
redox E° le plus grand) capturera un ou des électrons à la molécule la plus réductrice (potentiel
redox E° le plus petit). La molécule la plus oxydante subira donc une réduction (elle gagnera
des électrons) tandis que la molécule la plus réductrice subira une oxydation (elle perdra des
électrons).
Précisons – Les molécules susceptibles de subir une oxydo-réduction existent sous la

forme d’un couple redox (par exemple O2/H2O). Chaque couple comporte un oxydant et
un réducteur.
Ox + ne- à Red l’oxydant (Ox) subit une réduction
Red à Ox + ne- le réducteur (Red) subit une oxydation

D’autres permettent la liaison de molécules entre elles concomitamment avec la production
d’une molécule d’eau. Dans ce cas, il s’agit d’une réaction de condensation, alors que la
réaction inverse est une hydrolyse.
Les lois de la thermodynamique

La thermodynamique est une branche de la physique qui vise à expliquer les transformations
des formes d’énergie. L’énergie peut exister sous différentes formes dont les principales sont
l’énergie mécanique, l’énergie thermique, l’énergie lumineuse ou l’énergie chimique. Tous les
jours, nous vivons la conversion d’une forme d’énergie en une autre. Il suffit de penser au
déplacement d’un véhicule à moteur qui convertit l’énergie chimique du carburant en une
énergie mécanique. Au niveau biologique, ces transformations existent également. En
permanence vous convertissez l’énergie chimique des aliments ingérés en énergie mécanique
et en énergie thermique. Ces transformations d’énergie obéissent à 2 principes.
Le premier principe
Le premier principe de la thermodynamique est aussi appelé principe de conservation de
l’énergie. A l’instar de la loi de Lavoisier qui prédit que la quantité de matière reste constante
au cours d’une réaction chimique, le premier principe de la thermodynamique stipule que
l’énergie interne d’un système se conserve lorsque le système est isolé. Dans un tel système,
les formes d’énergie peuvent être converties l’une en l’autre mais la quantité totale d’énergie
reste constante.
Le second principe
Le second principe établit l’irréversibilité des phénomènes physiques. Dans ce principe, tout
en respectant le premier principe, les transformations d’une forme d’énergie en une autre
s’accompagnent de l’apparition d’une fraction inutilisable de cette énergie pour effectuer un
travail. De nouveau, pensons à notre vie quotidienne pour illustrer ce principe. Lorsque vous
bricolez et tentez de percer un trou dans un mur à l’aide d’une perceuse électrique, vous
convertissez de l’énergie électrique en une énergie mécanique qui entraîne la rotation de la
mèche. Pendant ce temps, une fraction de l’énergie électrique est convertie en une énergie
mécanique inutilisée pour percer le mur, c’est le bruit émis par l’outil. Il en va de même de la
chaleur qui se dégage du moteur électrique. Il s’agit d’une énergie thermique qui n’intervient
pas dans le travail effectué. En biologie, la forme d’énergie dissipée en réponse au second
principe de la thermodynamique est très souvent de l’énergie thermique. C’est cette énergie
perdue qui rend les phénomènes physiques irréversibles.
Le corollaire au second principe
Le corollaire au second principe de la thermodynamique est l’accroissement de l’entropie lors
d’un changement de forme d’énergie. L’entropie peut être résumée comme étant une
désorganisation, une imprévisibilité, un désordre. C’est donc une mesure du degré de
désordre à l’échelle microscopique. En guise d’exemple, on peut aisément comprendre que
l’énergie thermique produite par une transformation d’énergie en respectant le second
principe engendre un accroissement de l’agitation thermique. Il s’agit donc bien d’un
accroissement du désordre.
Questions
1. Donnez un exemple concret d’émergence en biologie.
2. D’après les connaissances acquises dans ce chapitre, un globule rouge et un
spermatozoïde peuvent-ils être considérés comme des organismes vivants ?

3. En utilisant un tableau périodique, déterminez le nombre d’électrons de valence pour
les atomes suivants : O, N, C, H.
4. Les isotopes 14N ou 15N ont-ils le même nombre d’électrons de valence ?
5. Un isotope radioactif peut-il être un ion ?

Chapitre 2 Les théories de l’évolution
A partir du 18ème siècle, pendant une centaine d’années, une révolution bouleversa l’idée que
nous nous faisions de l’univers, du monde vivant et de nous-mêmes. Les scientifiques de
l’époque ont pris conscience que le monde subissait de lentes variations au cours du temps.
Notre conception actuelle du monde est fondée sur cette lente évolution qui n’a obéi à aucun
programme préétabli et qui s’est déroulée progressivement selon une série de phénomènes
naturels commandés par les lois des sciences naturelles.
Au 17ème siècle, on estimait dans la chronologie de Ussher que l’univers était apparu 4 004 ans
(!) avant notre ère. En 1743, le naturaliste français Buffon estima l’âge de l’univers d’abord à
96 000 ans, puis à 500 000 ans. Emmanuel Kant fut plus audacieux et proposa en 1755 que
l’âge de l’univers avait des centaines de millions d’années. Dans leurs écrits, Buffon et Kant
suggéraient déjà une évolution de l’univers physique.
Le terme « évolution » désigne une variation continue au cours du temps et le plus souvent
dans un sens déterminé. L’évolution « biologique » est donc la variation au cours du temps de
la diversité et de l’adaptation des populations.
Les marques de l’évolution biologique

L’observation des êtres vivants révèle de nombreux points communs dans leur organisation,
dans leur fonctionnement, dans leur biochimie et dans leur anatomie. L’évolution permet
d’expliquer ces ressemblances, tout comme ces dernières permettent de corroborer la théorie
de l’évolution.
Les preuves moléculaires
Tous les êtres vivants fonctionnent sur les mêmes bases moléculaires (ADN, ARN, protéines…)
et utilisent le même code génétique comme nous le verrons dans le Chapitre 15. Le
séquençage de génomes animaux et végétaux, et leur comparaison par des outils de
bioinformatique, font apparaître des régions très similaires (Figure 9) suggérant un lien de
parenté.
Figure 9 : Alignement multiple d’un segment des séquences primaires des histones H1 humaine (Homo sapiens), du chimpanzé
(Pan troglodyte), de la souris (Mus musculus), du rat (Rattus norvegicus) et de la vache (Bos taurus).
Les preuves anatomiques

La comparaison des anatomies d’espèces vivantes ou de fossiles permet de mettre en
évidence des ressemblances dont l’explication la plus simple est l’évolution à partir d’un
ancêtre commun possédant une ébauche du point commun. Les différentes espèces d'un
embranchement (chordés, arthropodes, mollusques, …), malgré des aspects extérieurs parfois
très différents, partagent un plan d'organisation invariable. L'homologie des organes entre
Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 14

tous les membres d'un groupe biologique se retrouve à n'importe quel niveau de la
classification (Figure 10). Par exemple, chez tous les tétrapodes, les membres sont organisés
de la même façon : ceux d'une baleine, d’une chauve-souris, d’un chien ou de l’humain
comportent les mêmes os, même si leur forme est très variable et qu'ils sont employés à des
fonctions complètement différentes.
Figure 10 : Illustration des métacarpes de plusieurs tétrapodes (de gauche à droite : orang-outan, chien, chèvre, porc, tapir,
cheval). Adapté de wikipedia.fr, image de Toony, licence Creative Commons.
Les preuves paléontologiques

Les fossiles témoignent de la disparition de certaines espèces d'êtres vivants depuis
l'apparition de la vie sur Terre. Certaines espèces sont appelées des formes « intermédiaires
» entre différents groupes et permettent de mettre en évidence le phénomène d'évolution.
Par exemple, l'archéoptéryx serait une forme de transition entre certains dinosaures et les
oiseaux. En effet, ce dinosaure était munis d’ailes aux proportions similaires à celles des
oiseaux modernes et équipées de plumes asymétriques aptes au vol. Il possédait aussi des
clavicules soudées (la fourchette) où venaient s’insérer les muscles du vol. Par contre, le reste
de son squelette ressemble de façon étonnante à celui de petits dinosaures bipèdes
(théropodes). Il est aujourd’hui admis que les oiseaux appartiennent au même clade que
certains dinosaures (Figure 11). Il s’agirait d’un groupe frère de l’ordre des crocodiliens.
Figure 11 : Cladogramme montrant les liens évolutifs entre les différents groupes des reptiles.

Précisons – Un clade est un groupe monophylétique d’organismes vivants ou disparus
comprenant un organisme donné et la totalité de ses descendants évolutifs.
Un autre exemple, souvent utilisé en biologie, pour illustrer le poids des preuves
paléontologiques de l’évolution concerne celle du cheval. De nombreux indices
paléontologiques ont été découverts pour décrire cette évolution. Les espèces du genre Equus
actuel (cheval, âne, zèbre, …) sont toutes caractérisées par des segments de membres allongés
et adaptés à la course, par des mains et des pieds munis d’un seul doigt et par des molaires à
croissance continue, à couronne haute et couvertes de crêtes émaillées, typiques d’un
brouteur d’herbe. Le premier ancêtre répertorié de ce genre est Hyracothérium qui vivait il y
a 53 millions d’années dans l’actuelle Amérique du Nord. Il s’agissait d’un animal de la taille
d’un renard et possédant des dents basses couvertes de tubercules, typiques d’une
alimentation faite de feuilles. Ses pattes avant étaient équipées de 4 doigts et les pattes
arrières de 3 doigts. Durant les 30 millions d’années suivantes (éocène et oligocène), les
genres se sont succédés : Orohippus, Epihippus, Mesohippus, et Miohippus. Les fossiles de
Mesohippus indiquent qu’il s’agit d’un cheval tant par la forme de son cerveau, que par ses
proportions générales. Cependant sa taille est encore très petite, ses dents sont
caractéristiques d’une alimentation faite de feuilles et il est munis de 3 doigts sur ses membres
antérieurs et postérieurs. Au miocène (-23 à -5 millions d’années), plusieurs genres existent
simultanément dont certains migrent vers l’Europe actuelle par le Détroit de Béring.
Figure 12 : Arguments paléontologiques supportant l’évolution du cheval. Image adaptée de Encyclopédie Britanica.
Le genre Merychippus, resté sur le continent américain, possède des dents modifiées, à la
surface plate et couverte de crêtes émaillées (Figure 12). Cette modification suggère un

régime alimentaire différent de ses ancêtres et probablement constitué de brins d’herbes. Au
même moment, l’environnement s’est enrichi de graminées. A la fin du miocène, les genres
dont l’alimentation était basée sur le feuillage et donc équipés de dents à tubercules ont
disparu alors que 20 genres brouteurs d’herbe coexistent. Chez ces derniers, le doigt médian
s’allonge, et les doigts latéraux peuvent même disparaitre.
Le développement des plaines herbeuses favorise donc les espèces pourvues d’une dentition
adaptée mais réduit considérablement le nombre de cachettes où il est possible d’échapper
aux prédateurs. Les ancêtres du cheval trouvent donc leur salut dans la fuite et la sélection
naturelle agit alors sur l’aspect de leurs membres. Les individus munis de pattes plus longues
sont plus rapides et échappent donc plus fréquemment aux prédateurs.
Les preuves embryologiques
On entend souvent que chaque espèce revit l’évolution au cours de son développement
embryonnaire. C’est faux ! Cette affirmation repose sur les travaux de l’embryologiste Ernst
Haeckel qui ont néanmoins contribué à asseoir la théorie de Darwin. Cette théorie dénommée
théorie de la récapitulation veut que le développement d’un organisme passe par des stades
représentant les espèces ancestrales (Figure 13).
Figure 13 : Copie des dessins originaux de Ernst Haeckel. Image issue de Romanes, G. J. (1892). Darwin and After Darwin. Open
Court, Chicago.
En 1997, une étude a prouvé que Haeckel aurait exagéré des similarités entre les embryons et
qu’il aurait exclu des embryons différents. Cependant, certains caractères disparus des

organismes adultes restent observables lors du développement et indiquent la filiation entre
les espèces. C’est le cas des fentes et des arcs branchiaux absents chez les oiseaux et les
mammifères adultes mais qui sont observables chez les embryons de tous les vertébrés. Cette
observation suggère donc que les oiseaux et les mammifères partagent un ancêtre commun
avec les poissons. En effet, ces structures constituent le système respiratoire des poissons.
Figure 14 : Structure d’une section d’un arc branchial de poisson portant les lames branchiales. Profil et coupe d’un embryon
de mammifère âgé de 32 jours. Quatre arcs branchiaux sont visibles : (1) 1er arc pharyngien ou arc mandibulaire, (2) 2ème arc
pharyngien ou arc hyoïdien, (3) 3ème arc pharyngien, (4) 4ème arc pharyngien. (5) et (6) représentent respectivement les poches
et sillons pharyngiens.
Chez l’Humain, les arcs branchiaux forment les os de l’oreille interne (marteau, enclume,
étrier) et diverses pièces pharyngiennes.
Le Lamarckisme
Le Chevalier Jean-Baptiste de Lamarck fut le premier à proposer, en 1809, une théorie
cohérente de l’évolution. Il s’est attaché à étudier le mécanisme de l’évolution qui lui est
apparu comme une progression des plus petits organismes jusqu’aux animaux et végétaux les
plus grands et les plus complexes, presque parfaits, pour aboutir à l’Humain. Lamarck
expliquait ce déroulement en s’appuyant sur 4 principes :
1. L’existence chez les êtres vivants d’une tendance intrinsèque au perfectionnement et
à l’accroissement du volume des corps.
2. Une fréquence élevée de générations spontanées.
3. L’aptitude des organismes à s’adapter aux circonstances rencontrées, à
l’environnement. Ainsi, la production d'un nouvel organe résulte d'un nouveau besoin.
4. L’hérédité des caractères acquis.
L’invention de la théorie de l’hérédité des caractères acquis n’est pas l’œuvre de Lamarck.
Cette théorie lui est bien antérieure et était universellement répandue à son époque. Il faudra
attendre le biologiste August Weismann pour démontrer l’inexactitude de l’hérédité des
caractères acquis (Figure 15).

Figure 15 : Expérience de Weismann démontrant la non-hérédité des caractères acquis. Des souris à queue coupée engendrent
des souris ayant une queue normale.
Deux autres principes de Lamarck ont été démontrés comme inexacts : la tendance au
perfectionnement et la génération spontanée. Lamarck ne s’était cependant pas trompé au
sujet du caractère adaptatif de l’évolution. Lamarck avait également compris qu’on ne pouvait
expliquer la diversité biologique du monde actuel qu’en admettant l’ancienneté de la Terre et
l’aspect graduel de l’évolution. Lamarck a focalisé son attention sur le déroulement temporel
de l’évolution, sur l’évolution verticale.
De nos jours, la théorie de Lamarck ou Lamarckisme est réduite à la théorie transformiste de
l’hérédité des caractères acquis.
Le Darwinisme
Charles Darwin a construit sa théorie de la sélection naturelle sur ses observations effectuées
lors d’un tour du monde à bord de l’HMS Beagle en tant que naturaliste de bord. Durant son
voyage de 1831 à 1836, Darwin fait un grand nombre d'observations géologiques, récolte des
organismes vivants ou fossiles, et conserve avec méthode une riche collection de spécimens,
dont bon nombre étaient inconnus à l’époque. Darwin a pu observer, par exemple, que
chaque île des Galapagos abritait une forme particulière de tortue, de pinson et de merle
moqueur. Il interpréta ses observations en considérant chaque population comme une espèce
naissante. Il se forge une opinion, non pas sur l’existence ou non de l’évolution, ni même sur
son déroulement chronologique, mais sur son origine. Plus précisément, il a cherché à
comprendre comment les espèces différentes prennent naissance sur des territoires
différents. On peut parler d’évolution horizontale. En 1838, il conclut que c’est la sélection
naturelle qui est le mécanisme responsable de l’évolution, mais il ne communique
officiellement sa théorie à la communauté scientifique que 20 ans plus tard, en 1858. Au
même moment, Alfred Russel Wallace arrive indépendamment aux mêmes conclusions que
Darwin.

La sélection naturelle
« L’origine des espèces » est le titre de l’ouvrage publié par Darwin en 1859 et qui expose en
détail sa théorie de la sélection naturelle. L’ensemble de la théorie de Darwin repose sur 4
hypothèses principales. La première consiste à admettre que le monde n’est pas immuable et
qu’il évolue. Les espèces se modifient sans cesse, certaines naissent et d’autres disparaissent.
Pour s’en convaincre, il suffit d’observer les fossiles et de constater que les fossiles les plus
anciens représentent des organismes très différents de ceux qui existent de nos jours. La
seconde hypothèse est que le processus de l’évolution est graduel, il n’y a pas de sauts
évolutifs. Ces deux hypothèses sont en accord avec les propositions de Lamarck. Les deux
autres hypothèses sont par contre originales. L’une d’elles est le postulat de l’ascendance
commune. Pour Lamarck, le vivant est constitué de très nombreuses lignées évolutives
indépendantes l’une de l’autre, chacune étant née par génération spontanée et s’étant
ensuite progressivement perfectionnée. Pour Darwin, à l’inverse, les organismes qui se
ressemblent sont évolutivement apparentés, ils ont un ancêtre commun. Tous les
mammifères descendent d’une seule espèce ancestrale ; il en est de même des insectes, des
arbres, ou de tout ensemble d’organismes appartenant au même groupe. Cette hypothèse
implique que, de proche en proche, tous les organismes vivants actuels ou passés ont une
ascendance commune et que la vie sur Terre a une origine unique. Lorsque Darwin a émis son
hypothèse, il incluait, à juste titre, l’Humain dans cette description, ce qui représentait une
insulte impardonnable au genre Humain. Malgré cela, le pouvoir explicatif de cette hypothèse
était tel qu’elle fut vite acceptée par les biologistes. La dernière hypothèse de Darwin
concerne la sélection naturelle qui est la clé de voûte du mécanisme de l’évolution. Aux yeux
de Darwin, l’évolution est le résultat de la sélection. Il considère que la sélection s’opère en
deux étapes : l’apparition d’une immense variabilité à chaque génération, puis la sélection
proprement dite. Dans une descendance, seuls ceux qui possèdent la combinaison de
caractères leur permettant d’être le plus adapté à leur environnement, à y survivre et à se
reproduire pourront transmettre leurs caractères à leurs descendants qui seront eux-mêmes
soumis à une nouvelle sélection. Cependant, Darwin n’a proposé aucune explication
satisfaisante de l’origine de la variabilité génétique. Ce n’est pas étonnant puisque la
génétique est née en 1865 lorsque Mendel découvrit la transmission des caractères
héréditaires.
Ce n’est donc pas l’individu qui est capable d’évolution ; ce qui évolue c’est la population ou
l’espèce. Dans une population constituée de milliers ou de millions d’individus tous différents,
certains génotypes sont particulièrement avantageux dans le contexte écologique du moment.
Statistiquement, ces individus ont plus de chance de survivre et de transmettre leurs traits à
la descendance.
Les opposants à la théorie de Darwin, mettaient en doute la possibilité de voir une évolution
prendre place en se reposant uniquement sur le hasard. Cependant, la théorie proposée par
Darwin dépasse cette notion de hasard. Certes, les causes premières de la variabilité sont
aléatoires, mais cette dernière est passée au crible de la sélection qui n’a rien d’aléatoire.
La théorie synthétique de l’évolution

La théorie synthétique de l’évolution ou synthèse néodarwinienne vise à réunir la théorie
originale énoncée par Darwin et les idées de Gregor Mendel sur l’hérédité. Ces dernières
semblent contredire le gradualisme de la théorie de Darwin puisque lors des croisements de
Mendel les descendances pouvaient subitement changer d’apparence par rapport aux parents.
Le premier élément qui permit de réunir ces deux aspects fut une étude mathématique

démontrant comment une variation continue et progressive d’une apparence pouvait résulter
de modifications d’un nombre discret de loci génétiques (voir page 233). Ce travail du
mathématicien R. Fisher a démontré que la génétique de Mendel était cohérente avec l’idée
de l’évolution dirigée par la sélection naturelle.
Quelques années plus tard, le généticien Theodosius Dobzhansky émet l’idée que, en plus des
réarrangements chromosomiques liés à la formation des gamètes, des mutations soient la
source principale des changements évolutifs. Il propose également que la dérive génétique, la
migration des populations et l’isolement géographique puisse modifier la fréquence des
caractères génétiques.
Mise en évidence expérimentale de la sélection naturelle

Darwin pensait que l’évolution était très lente, quasi imperceptible. Cette vitesse de
l’évolution a été soumise à l’expérimentation. Il apparaît que dans de nombreuses situations,
les changements liés à l’évolution peuvent être très rapides. L’utilisation de Poecilia reticulata
comme modèle expérimental, un poisson abondamment utilisé en aquariophilie, nous éclaire
sur cette vitesse.
Dans la nature, P. reticulata vit dans de petits cours d’eau interrompus par de petites chutes
d’eau que peut remonter cette espèce. Dans les bassins en aval des chutes vit Crenicichla alta,
un prédateur friand de P. reticulata mais incapable de remonter ces dernières. P. reticulata
vit donc dans deux environnements très différents : d’une part des bassins en amont des
chutes et dépourvus de prédateurs, et d’autre part, de bassin en aval peuplés du prédateur C.
alta. Selon l’habitat, les populations de P. reticulata sont très nettement différentes. Dans les
bassins situés sous les chutes, où P. reticulata est exposé au risque de prédation, ils sont de
couleur terne, se reproduisent à un jeune âge et leur taille adulte est relativement petite. Au
contraire, dans les bassins en amont les P. reticulata sont de couleur voyante, avec une
maturité sexuelle plus tardive et une taille corporelle plus grande. Ces différences font
effectivement penser à l’action de la sélection naturelle. Lorsque les risques de prédation sont
faibles, les P. reticulata mâles peuvent arborer des couleurs vives, leur permettant d’attirer
les femelles. Leur grande taille leur permet de mieux défendre leur territoire et de s’accoupler
avec des femelles plus grandes susceptibles de pondre plus d’œufs. Dans ces conditions, sans
prédateurs, le poisson le plus grand et le plus coloré sera le plus performant pour se
reproduire. Inversement, dans les bassins en aval, les poissons les plus discrets et les plus
précoces seront les plus efficaces. Cependant, même si cette explication est plausible, d’autres
possibilités doivent être envisagées comme l’incapacité des poissons les plus petits à
remonter les chutes d’eau et à coloniser les bassins supérieurs. Seule l’expérimentation
permet d’établir précisément le moteur de la différence observée.
A cette fin, 2000 P. reticulata ont été répartis dans 10 bassins artificiels. Six mois plus tard, des
prédateurs C. alta ont été introduits dans 4 bassins et une autre espèce de poisson (Rivulus
hartii), particulièrement apte à coloniser un milieu mais sans être prédateur de P. reticulata,
a été introduite dans 4 autres bassins. Les 2 derniers bassins servaient de contrôles.
Après 10 générations, soit un peu plus d’un an après le début de l’expérience, les poissons P.
reticulata des bassins contrôles ou colonisés par R. hartii étaient indiscernables. Ils étaient
grands et colorés. A l’inverse, les P. reticulata exposés au prédateur C. alta étaient plus petits
et plus ternes. Ce résultat démontre que la prédation peut mener à une modification évolutive
rapide.

Questions
1. Deux structures semblables peuvent être le signe d’une homologie, c’est-à-dire d’une
ascendance commune. Quel autre mécanisme pourrait expliquer cette ressemblance ?
2. A votre avis, Cupidon ou les chevaux ailés existent-t-ils ?
3. Pouvez-vous donner un exemple biomédical moderne et lié à la sélection naturelle ?

Chapitre 3 L’ère abiotique à l’origine des biomonomères1
La Terre s’est formée il y a environ 4.6 milliards d’années par l’accrétion de matières issues de
l’effondrement de la nébuleuse primitive. La chaleur accumulée par l’accrétion est si grande
que la couche superficielle (jusqu’à 1000 km de profondeur) de la Terre fond en un océan de
magma. Il n’existe donc plus de roches accessibles datant des 600 premiers millions d’années
de l’existence de la Terre. Cette époque est l’éon Hadéen qui correspond à la formation et à
la stabilisation de la Terre primitive. Le dégazage de ce magma et des roches situées plus
profondément forme l’atmosphère primitive contenant vraisemblablement de grandes
quantités de CO2 et de vapeur d’eau. Les scientifiques pensent que c’est à cette époque que
la Lune s’est formée à partir de débris arrachés à la Terre par un impact avec un planétoïde
dénommé Théia. Lentement, l’atmosphère de la Terre se refroidit et la vapeur d’eau se
condense. Cela ne signifie pas que la température terrestre était compatible avec la vie. En
effet, la pression atmosphérique était tellement élevée, de l’ordre de 20 MPa, que la
température critique de l’eau était de l’ordre de 350°C. L’Hadéen a également vu la Terre
bombardée par un grand nombre de météorites et de comètes, et qui seraient responsables
de l’accroissement de la présence de l’eau sur Terre et donc, indirectement, de l’apparition
de la vie telle que nous la connaissons.
L’eau
Notre connaissance actuelle indique que le volume d’eau sur terre représente environ
1 350 millions de km3. Cette eau, qui a donné le nom de planète bleue à notre Terre,
représente environ 60% de notre masse corporelle, et tous les scientifiques s’accordent sur
son rôle essentiel dans l’apparition de la vie telle que nous la connaissons. Outre ce rôle dans
l’apparition de la vie, l’eau a également été, et est toujours, un facteur essentiel dans la
persistance de la vie sur Terre.
La structure de la molécule d’eau est simple et connue de tous. Elle est formée par l’union
d’un atome d’oxygène à deux atomes d’hydrogène et est représentée par sa formule H2O.
Cependant, malgré son apparente simplicité, la molécule d’eau possède des propriétés
singulières indispensables à l’apparition et au maintien des formes de vie que nous
connaissons. Ces propriétés trouvent leur origine dans la différence d’électronégativité qui
existe entre l’atome d’oxygène et celui d’hydrogène. En effet, cette différence
d’électronégativité est égale à 1.4, ce qui implique que les liaisons qui unissent les atomes
d’hydrogène à l’oxygène sont des liaisons covalentes polarisées. Les atomes d’hydrogène
portent chacun une charge partielle positive et l’atome d’oxygène porte une double charge
partielle négative. La disposition spatiale la plus stable de la molécule d’eau est sous la forme
d’une pyramide à base triangulaire dans laquelle deux sommets sont occupés par les atomes
d’hydrogène et leur charge partielle positive, et les deux autres sommets sont occupés par les
charges partielles négatives de l’atome d’oxygène (Figure 16). Dans cette configuration les
charges sont approximativement à équidistance l’une de l’autre et l’oxygène occupe le centre
du tétraèdre.
1
Les formules chimiques représentées dans les pages qui suivent ne doivent pas être mémorisées. Votre
attention doit être portée sur la compréhension et la réflexion, éventuellement basées sur une représentation
moléculaire. Des exemples seront donnés à l’occasion du cours.
Chapitre 3 – L’ère abiotique à l’origine des biomonomères | 23

Figure 16 : La molécule d’eau possède une configuration spatiale qui correspond à un tétraèdre. Ce modèle permet à la
molécule d’eau de donner deux liaisons hydrogène et d’en accepter 2 autres.
La molécule d’eau, en raison de sa forme, possède un moment dipolaire non nul (voir page 6)
qui en fait une molécule polaire. Cette molécule possède toutes les caractéristiques lui
permettant de donner et de recevoir des liaisons hydrogènes.
L’eau est un solvant « universel »
La nature polaire de la molécule d’eau lui permet d’interagir étroitement avec d’autres
molécules porteuses de charges électriques partielles ou complètes. Cette capacité à établir
des interactions explique le comportement de l’eau vis-à-vis des molécules chargées ou
polaires et sa capacité à en être un bon solvant. Ces molécules sont dites hydrophiles. Ainsi
l’eau est une excellent solvant des alcools et des sucres, en raison de la présence d’un
groupement hydroxyle permettant d’établir des liaisons hydrogène avec l’eau. En ce qui
concerne les ions, l’eau est capable de les solvater en créant une cage d’eau autour de ceux-
ci. Cette cage est organisée de façon à présenter face à l’ion la charge partielle opposée de la
molécule d’eau (Figure 17).
Figure 17 : L’universalité relative de l’eau comme solvant relève de sa capacité à interagir avec les molécules polaires ou
chargées. Image de Raven Biology.
L’universalité de l’eau comme solvant n’est cependant qu’apparente. En effet, de nombreuses

molécules, même biologiques, ne sont pas solubles dans l’eau. Pour s’en convaincre, il suffit
de verser quelques gouttes d’huile dans de l’eau. Les deux liquides ne se mélangent pas et
forment des phases distinctes, ils ne sont pas miscibles. Ces molécules insolubles dans l’eau
sont les molécules apolaires et sont dites hydrophobes. Dans l’eau, les molécules apolaires

vont avoir tendance à se regrouper afin de minimiser les contacts avec les molécules d’eau.
Ce regroupement donne naissance à une agrégation des molécules hydrophobes qui peuvent
adopter des conformations particulières qui sont à l’origine de la formation des membranes
biologiques.
Les molécules d’eau sont cohésives et adhésives
De par leur nature polaire, les molécules d’eau s’attirent mutuellement et interagissent par
des liaisons hydrogène. Bien que faibles et éphémères, ces liaisons hydrogène participent à
un effet cumulé qui peut être significatif. L’interaction cohésive des molécules d’eau entre
elles explique son état liquide aux températures ambiantes. C’est également cette propriété
qui rend compte de la tension superficielle de l’eau.
Toujours en raison de leur polarité, les molécules peuvent également être attirées par d’autres
espèces moléculaires polaires avec lesquelles elles peuvent aussi établir des liaisons
hydrogène. Cette interaction de l’eau avec d’autres espèces moléculaires explique sa
propriété d’adhérence.
L’action combinée de la cohésion et de l’adhésion permet à l’eau de s’élever dans un tube
étroit grâce à la capillarité. Ce mécanisme participe à l’élévation de la sève dans les plantes
vasculaires.
L’eau a une capacité thermique massique élevée
La capacité thermique massique (ou chaleur spécifique – J.Kg-1.K-1) d’un composé correspond
à la quantité d’énergie thermique qui doit être transmise à un kilogramme du composé pour
élever sa température de 1 Kelvin (K). Sachant que la température est une mesure de la vitesse
de déplacement des molécules, la capacité thermique massique reflète donc la résistance du
composé à une agitation de ses molécules.
Si l’on compare la capacité thermique de l’eau (H2O) à celle d’un autre composé binaire de
l’hydrogène contenant du soufre (H2S) faisant partie de la même famille chimique que
l’oxygène, on constate que la capacité thermique massique de l’eau est 4 fois plus élevée
(Tableau 1). Il en est de même pour l’ammoniaque (NH3) et pour le fluorure d’hydrogène (HF).
Ces 3 composés possèdent en commun un élément très électronégatif (F, O et N) leur
permettant, lorsqu’ils sont unis à des atomes d’hydrogène, d’établir des liaisons hydrogène
avec les molécules voisines. En conséquence, une énergie supplémentaire, nécessaire pour
rompre ces liaisons hydrogène, doit être appliquée afin d’accroître l’agitation moléculaire et
donc la température du composé.
Cristallogènes Pnictogènes Chalcogènes Halogènes

Période 2 CH4 - 2234 NH3 - 4850 H2O - 4185 HF - 2585
Période 3 SiH4 - 1337 PH3 - 1088 H2S - 1003 HCl - 798
Tableau 1 : Capacité thermique massique (J.Kg-1.K-1) de différents composés binaires de l’hydrogène.
En raison de cette particularité, l’eau chauffe moins vite que la plupart des composés et garde
plus longtemps la chaleur emmagasinée. Cette propriété contribue d’une part au maintien de
la température corporelle chez les êtres vivants, principalement constitués d’eau, et d’autre
part, grâce aux océans, au maintien de la température terrestre dans des limites acceptables
pour la vie.
L’eau a une enthalpie de vaporisation élevée
L’enthalpie de vaporisation massique (ou chaleur de vaporisation – J.Kg-1) d’un composé
correspond à la quantité d’énergie qu’il faut apporter à un kilogramme de ce composé liquide
pour le convertir en gaz. Dans le cas de l’eau, cette énergie est égale à environ 2400 KJoules

pour 1 litre. Cette quantité considérable d’énergie résulte de la nécessité de rompre les
liaisons hydrogène pour permettre la transition de phase. C’est sur cette base qu’un grand
nombre d’organismes se libère de l’excédent de chaleur corporelle par évaporation de la
transpiration.
L’eau a une température d’ébullition élevée
La résultante des 2 propriétés précédentes est la température d’ébullition élevée de l’eau. En
effet, en suivant la dépendance de la température d’ébullition des composés binaires de
l’hydrogène à la période des éléments qui y sont liés, on s’aperçoit que l’eau (et les composés
hydrogénés de l’azote et du fluor) est caractérisée par une température d’ébullition
« anormalement » élevée (Figure 18). Cette propriété assure l’existence d’une eau liquide aux
températures observées sur Terre.
Figure 18 : Évolution de la température d’ébullition (°C) de composés binaires de l’hydrogène en fonction de la période de
l’élément qui y est lié.
L’origine des molécules organiques

Les molécules organiques (glucides, acides aminés, nucléotides, …) sont la base de tous les
êtres vivants que nous connaissons. L’origine de ces précurseurs de polymères biologiques
n’est pas connue mais plusieurs hypothèses ont été proposées.
La première suggère que ces molécules organiques trouvent leur origine dans les nombreuses
météorites et comètes (des centaines de milliers) qui se sont écrasées sur Terre durant l’éon
Hadéen. En effet, l’analyse chimique de météorites carbonées retrouvées sur Terre
(météorites d’Alès, d’Orgueil, de Murchison, du lac Tagish) indique une abondance
significative de matières organiques (14 000 espèces moléculaires), y compris 70 acides
aminés, des chaînes carbonées, des bases azotées et des glucides dont le ribose. Récemment,
la mission Rosetta de l’Agence Spatiale Européenne vers la comète 67P/C-G a permis à des
chimistes de démontrer que la synthèse abiotique de nucléosides (combinaison d’un sucre et
d’une base azotée) était possible, avec un rendement étonnamment élevé (60%), à la surface
de comètes. A la fin des années ‘90, une expérience réalisée dans le vide spatiale démontrait
que des nucléotides di- et tri-phosphates pouvaient être spontanément formés dans les
conditions de l’espace à partir de nucléosides. D’autres chercheurs ont également découvert
que d’autres molécules organiques, comme des acides gras, pouvaient être formés lors de
l’impact des bolides avec la Terre.

Précisons – Comment peut-on être sûr que les molécules détectées sur les météorites
sont bien d’origine extraterrestre et non le résultat d’une contamination par
l’atmosphère, le sol ou même par les êtres vivants qui peuplent la Terre ? Dans le cas de
la météorite de Murchison, plusieurs caractéristiques soutiennent l’origine extraterrestre
des molécules. Tout d’abord, l’enrichissement isotopique des molécules n’est pas typique
de ce qui est retrouvé sur Terre. Un autre point significatif est que les acides aminés des
météorites sont retrouvés sous la forme d’un mélange racémique et non sous la forme
isomérique L typique du milieu Terrien. Enfin, l’absence systématique des acides aminés
sérine et thréonine, considérés comme des marqueurs exclusivement terrestres,
confirme l’absence de contamination par des acides aminés d’origine terrienne.
Une seconde hypothèse, formulée dans les années 1920 par Alexander Oparin et John
Haldane, propose que les molécules organiques aient été formées sur Terre durant l’éon
Hadéen. Ils émettent l’hypothèse d’une chimie abiotique à l’origine de biomonomères. Une
expérience célèbre, conduite par Stanley Miller et Harold Urey en 1953, a mis à l’épreuve cette
théorie. Les deux scientifiques ont enfermé une atmosphère réductrice (CH4, NH3, H2),
supposée être similaire à l’atmosphère primitive de la Terre, dans un récipient contenant de
l’eau à haute température (<100°C). Des décharges électriques étaient produites dans
« l’atmosphère » de manière à simuler la foudre (Figure 19). Après une semaine, l’analyse
sommaire de l’eau présente dans le dispositif a révélé la présence de 5 acides aminés dont 3
protéinogènes (glycine, alanine et acide aspartique). Des analyses récentes d’échantillons
laissés par Miller après sa mort ont démontré qu’ils contenaient jusqu’à 25 acides aminés
différents. Miller et Urey ont également mené à bien des expériences similaires dans
lesquelles les décharges électriques étaient remplacées par des jets de gaz et des étincelles
de manière à simuler les orages volcaniques. Des échantillons issus de ces expériences ont été
récemment analysés à l’aide de techniques modernes et vingt-deux acides aminés (dont 7
protéinogènes) et d’autres composés organiques y ont été identifiés. Les géophysiciens
modernes doutent que l’atmosphère primitive de la Terre ait été aussi réductrice que celle
modélisée par Miller et Urey. Par contre, les indices d’une intense activité volcanique il y a 4
milliard d’années sont abondants. Ces éruptions libéraient du CO2, du N2, de l’H2S et du SO2
dans l’atmosphère. Des expériences comparables à celles de Miller et Urey mais utilisant les
gaz volcaniques ou des atmosphères moins réductrices ont produit une grande diversité de
molécules organiques y compris des acides aminés, des bases azotées et des glucides,
confirmant la possibilité de former des biomonomères dans les conditions primitives de la
Terre.

Figure 19 : Dispositif expérimental mis au point par Miller et Urey (source : Wikipedia sous GNU Free Documentation License).
Origine Acides Acides Glucides Bases Nucléosides Nucléotides

aminés gras azotées
Comètes, … oui oui oui oui oui oui
à l’impact
Chimie oui oui oui
abiotique
Tableau 2 : Molécules organiques démontrées comme pouvant avoir été apportées sur terre par les comètes, ou synthétisées
par une chimie abiotique terrestre.
Les glucides simples

Les glucides (ou sucres ou oses) constituent un groupe de molécules organiques formées de
carbone, d’oxygène et d’hydrogène, et contenant un groupe carbonyle. Les glucides dont une
synthèse abiotique a été démontrée sont les monosaccharides.
Les monosaccharides sont les glucides les plus simples, ils possèdent une formule moléculaire
correspondant à Cn(H2O)n où n est supérieur ou égal à 3. Un atome de carbone porte un
groupement carbonyle (aldéhyde ou cétone) alors que les carbones résiduels portent des
groupements hydroxyles.
Ces sucres peuvent être nommés sur base des 2 critères que nous venons de décrire, d’une
part le nombre de carbones, et d’autre part, la nature du groupement carbonyle (Figure 20).
Ainsi, un sucre à 3 carbones sera identifié comme un triose, un sucre à 4 carbones comme un
tétrose, un sucre à 5 carbones comme un pentose, un sucre à 6 carbones comme un hexose,
et ainsi de suite. En ce qui concerne les sucres porteurs d’un groupement aldéhyde, ils seront
identifiés comme des aldoses alors que les sucres porteurs d’un groupement cétone seront
identifiés comme des cétoses. Les deux modes d’identification peuvent aussi être combinés

Figure 19 : Dispositif expérimental mis au point par Miller et Urey (source : Wikipedia sous GNU Free Documentation License).
Origine Acides Acides Glucides Bases Nucléosides Nucléotides

aminés gras azotées
Comètes, … oui oui oui oui oui oui
à l’impact
Chimie oui oui oui
abiotique
Tableau 2 : Molécules organiques démontrées comme pouvant avoir été apportées sur terre par les comètes, ou synthétisées
par une chimie abiotique terrestre.
Les glucides simples

carbone, d’oxygène et d’hydrogène, et contenant un groupe carbonyle. Les glucides dont une
synthèse abiotique a été démontrée sont les monosaccharides.
Les monosaccharides sont les glucides les plus simples, ils possèdent une formule moléculaire
correspondant à Cn(H2O)n où n est supérieur ou égal à 3. Un atome de carbone porte un
groupement carbonyle (aldéhyde ou cétone) alors que les carbones résiduels portent des
groupements hydroxyles.
Ces sucres peuvent être nommés sur base des 2 critères que nous venons de décrire, d’une
part le nombre de carbones, et d’autre part, la nature du groupement carbonyle (Figure 20).
Ainsi, un sucre à 3 carbones sera identifié comme un triose, un sucre à 4 carbones comme un
tétrose, un sucre à 5 carbones comme un pentose, un sucre à 6 carbones comme un hexose,
et ainsi de suite. En ce qui concerne les sucres porteurs d’un groupement aldéhyde, ils seront
identifiés comme des aldoses alors que les sucres porteurs d’un groupement cétone seront
identifiés comme des cétoses. Les deux modes d’identification peuvent aussi être combinés

pour donner par exemple, des aldotrioses (comme le glycéraldéhyde), des aldohexoses
(comme le glucose), des cétohexoses (comme le fructose), …
Figure 20 : Projection de Fisher (a) d’un sucre à 3 carbones (triose) portant un groupement aldéhyde (aldose) sur le carbone
n°1, (b) d’un sucre à 6 carbones (hexose) portant un groupement aldéhyde (aldose) sur le carbone n°1, (c) d’un sucre à 6
carbones (hexose) portant un groupement cétone (cétose) sur le carbone n°2.
Précisons – Conventionnellement, le carbone situé à l’extrémité la plus proche du

groupement carbonyle porte le numéro 1.
Les monosaccharides existent sous la forme de différents isomères (voir page 9). En effet, un
sucre composé d’un nombre donné de carbones (par exemple C6H12O6) n’est pas représenté
que par un seul monosaccharide (par exemple le glucose) puisqu’un tel monosaccharide
possède plusieurs diastéréoisomères. Ainsi pour un nombre de carbones donné, les aldoses
sont des diastéréoisomères entre eux. Il en va de même des cétoses. Par contre, les aldoses
et les cétoses ne sont pas des stéréoisomères l’un de l’autre, mais des isomères de
constitution (Figure 21). Ces différents isomères ont des propriétés parfois très différentes,
comme par exemple leur pouvoir sucrant ou encore leur spécificité vis-à-vis de certaines
enzymes du métabolisme.
Figure 21 : Projection de Fisher de 8 diastéréoisomères d’aldohexoses et de 4 diastéréoisomères de cétohéxoses. Tous les

hexoses sont des isomères de constitution entre eux.

En milieux aqueux, les sucres formés de 5 ou 6 carbones peuvent adopter une forme cyclique
grâce à une réaction du groupe carbonyle avec le dernier ou l’avant dernier groupes
hydroxyles de la molécule pour former un hémiacétal (dans le cas des aldoses) ou hémicétal
(dans le cas des cétoses) cyclique à 5 ou 6 pièces.
Figure 22 : Cyclisation du glucose par la réaction du groupement aldéhyde (porté par le carbone 1) et du groupement hydroxyl
porté par le carbone 5. La cyclisation produit les anomères a ou b. Image issue de « Principles of Biochemistry » de Pearson.
La cyclisation des monosaccharides rend le carbone porteur du groupe carbonyle asymétrique.

Les monosaccharides qui diffèrent uniquement par l’isomérie de ce carbone sont appelés des
anomères et sont désignés comme a ou b (Figure 22). L’anomère a est l’isomère dans lequel
le groupement hydroxyle porté par le carbone anomérique est dirigé dans la direction
opposée à l’atome d’oxygène présent dans le cycle. L’anomère b est l’isomère dans lequel le
groupement hydroxyle porté par le carbone anomérique est dirigé dans la direction de
l’atome d’oxygène présent dans le cycle.
Il faut prendre garde à l’idée préconçue que les hexoses formeront des cycles à 6 pièces et
que les pentoses formeront des cycles à 5 pièces. En effet, les hexoses peuvent se cycliser, à
la fois en cycle à 5 pièces et en cycle à 6 pièces (Figure 23). De plus, dans chaque cas des
anoméries a ou b sont observées.
Figure 23 : Représentation de la projection de Fisher du fructose et de ses 4 formes cycliques suivant la projection de Haworth.
Image issue de https://www.w-hoelzel.de.

Les dérivés de monosaccharides
Une variété de réactions produit des dérivés biologiques de monosaccharides. Parmi ceux-ci,
le dérivé déoxy du ribose (un aldopentose), où un groupement hydroxyle est remplacé par un
hydrogène, est particulièrement important puisqu’il est un des constituants des nucléotides
de l’ADN. Les sucres alcools, où le groupement carbonyle est remplacé par une groupe
hydroxyle, tels que le sorbitol, le glycérol ou le myoinositol, jouent également un rôle
important en biologie. Le premier se dépose sur le cristallin et le rend plus opaque dans les
cas de cataracte, alors que les derniers sont des composants normaux de lipides. Certains
monosaccharides peuvent également être phosphorylés et devenir des molécules
métaboliquement importantes tels que le glucose-phosphate ou encore l’ATP. Certains
monosaccharides voient également un de leur groupement hydroxyle remplacé par un
groupement aminé pour former les sucres aminés comme la glucosamine. Celle-ci est
rencontrée dans les cartilages ou est utilisée comme intermédiaire dans la glycosylation des
protéines. Elle peut également être acétylée en acétylglucosamine qui entre dans la
composition de l’exosquelette de certains animaux, constitué de chitine.
Les acides aminés

Un acide aminé est une molécule organique constituée par un atome de carbone central
auquel sont liés un hydrogène, un groupe amine, un groupe carboxylique et un dernier groupe
variable (R) qui donne son identité à l’acide aminé (Figure 24). Ce groupe variable est la chaîne
latérale.
Figure 24 : Structure générale d’un acide aminé. Le substituant R est la chaîne latérale qui donne son identité à l’acide aminé.
Précisons - En raison de la priorité donnée au groupement carboxylique dans la

nomenclature de la chimie organique, le carbone qui porte un tel groupement est dit
« a ». En conséquence, les acides aminés sont plus précisément des acides a-aminés
puisque le carbone a porte également le groupe amine. Nous continuerons à simplifier
leur description en les nommant acides aminés.
Il existe un nombre incalculable d’acides aminés puisque chaque variation de la chaîne latérale
fait naître une nouvelle espèce d’acide aminé. C’est donc la chaîne latérale qui détermine le
comportement chimique de chaque acide aminé. En plus de cette diversité d’espèces, chaque
acide aminé, à l’exception de celui dont la chaîne latérale n’est constituée que d’un seul -H, la
glycine, peut exister sous la forme de deux énantiomères (voir page 9) appelés formes D et L.
Comme nous le verrons plus loin dans cet ouvrage, seuls 20 acides aminés sont protéinogènes
et aucun d’entre eux n’est sous la forme énantiomérique D au sein des protéines synthétisées
par les ribosomes. Il est commun d’organiser ces 20 acides aminés en 5 classes en fonction
des propriétés chimiques de leur chaîne latérale (Figure 25) :
• Les acides aminés apolaires (10) dont la chaîne latérale est constituée uniquement
d’atomes ayant une électronégativité similaire. Il s’agit de la glycine, de l’alanine, de la
valine, de la leucine, de l’isoleucine, de la phénylalanine, du tryptophane, de la proline,
de la méthionine et de la cystéine.

• Les acides aminés polaires non chargés (5) dont la chaîne latérale contient des atomes
dont l’électronégativité est suffisamment différente pour établir des charges partielles.
Il s’agit de la sérine, la thréonine, l’asparagine, la glutamine et la tyrosine.
• Les acides aminés polaires chargés (5) dont la chaîne latérale porte un groupe
ionisable. Il s’agit de l’acide aspartique, l’acide glutamique, la lysine, l’arginine et
l’histidine.
• Les acides aminés aromatiques (4) dont la chaîne latérale inclut un cycle
hydrogénocarboné de type aromatique. Il s’agit de la phénylalanine, du tryptophane,
de la tyrosine et de l’histidine. Deux de ces acides aminés sont aussi apolaires, le
troisième est aussi polaire non chargé, tandis que le dernier est aussi polaire chargé.
• Les acides aminés spéciaux (3), dont la chaîne latérale possède un atome de soufre ou
une forme particulière. Il s’agit respectivement de la cystéine, de la méthionine et de
la proline. Ces acides aminés sont également apolaires.
Précisons – Deux acides aminés sont parfois ajoutés aux 20 acides aminés protéinogènes,
ce qui porte alors leur nombre à 22. Ces acides aminés sont la sélénocystéine et la
pyrrolysine. Ces acides aminés sont rares et ne seront donc pas considérés dans ce cours.
Figure 25 : Classification des acides aminés protéinogènes en fonction de la nature chimique de leur chaîne latérale. Ala =
alanine, Arg = arginine, Asp = acide aspartique, Asn = asparagine, Cys = cystéine, Gln = glutamine, Glu = acide glutamique, Gly
= glycine, His = histidine, Iso = isoleucine, Leu = leucine, Lys = lysine, Met = méthionine, Phe = phénylalanine, Pro = proline, Ser
= sérine, Thr = thréonine, Trp = tryptophane, Tyr = tyrosine, Val = valine.
Chaque acide aminé arbore donc au moins une fonction basique (-NH2) et une fonction acide
(-COOH) ionisables (-NH3+ ou -COO-). Il en résulte, qu’en fonction du pH auquel se trouve
l’acide aminé, celui-ci peut être chargé positivement, être globalement neutre ou être chargé
négativement (Figure 26). Ainsi, lorsque le pH de la solution sera inférieur au pKa (voir cours
de chimie) de la fonction ionisable, celle-ci captera les protons donnés par la solution et sera
dite protonée (-NH3+ ou -COOH). A l’inverse, lorsque le pH de la solution sera supérieur au pKa
de la fonction ionisable, celle-ci donnera un proton à la solution et sera dite déprotonée (-NH2
ou -COO-). Lorsque la molécule portera simultanément les 2 charges opposées, on parlera de
forme zwitterionique.

Figure 26 : Evolution de la charge d’un acide aminé dont la chaîne latérale n’est pas ionisable en fonction du pH de la solution.
Bien entendu, si la chaîne latérale de l’acide aminé est elle aussi ionisable, celle-ci entre
également en ligne de compte pour déterminer la charge globale de l’acide aminé en fonction
du pH.
Les bases azotées

Une base azotée est un petite molécule organique constituée de carbone, d’hydrogène et
d’azote. Elles dérivent soit d’un hétérocycle contenant 2 atomes d’azotes (pyrimidines), soit
d’une pyrimidine fusionnée à un imidazole et constituent alors les purines (Figure 27).
Figure 27 : Structure des bases azotées pyrimidiques (cytosine, uracile, thymine) et puriques (guanine et adénine).
Les principales bases azotées qui constituent le vivant sont les pyrimidines : cytosine, uracile,
thymine, et les purines : adénine, guanine. Ces molécules sont, entre autres, des constituants
des acides nucléiques (ADN et ARN) lorsqu’elles forment des nucléotides.
Précisons – De nombreuses autres bases azotées existent, telles que l’hypoxanthine, la

xanthine ou l’acide urique. D’autres cours s’intéresseront à ces dernières.

Les nucléosides et nucléotides
Les nucléosides résultent de la condensation (voir page 12) d’un pentose et d’une base azotée
(Figure 28). La liaison b glycosidique qui en résulte unit le carbone anomérique du sucre (C1’)
à un atome d’azote d’une base azotée. Le nom de ces molécules est formé en ajoutant le
suffixe « -idine » à la racine du nom de la pyrimidine correspondante ou en ajoutant le suffixe
« -osine » à la racine du nom de la purine correspondante.
Figure 28 : Représentation schématique de la structure d’un nucléoside et d’un nucléotide.
Les nucléotides sont des nucléosides unis à des groupements phosphates par un lien
phosphoester (Figure 28). Jusqu’à 3 phosphates peuvent être unis en série à un nucléoside au
niveau du carbone 5 (C5’) du pentose. Les nucléotides sont nommés par le nom du nucléoside
correspondant suivi par une indication du nombre de phosphates portés (p.ex. cytidine
monophosphate ou adénosine triphosphate). Les nucléotides sont aussi identifiés par
l’abréviation de leur nom tel que CMP ou ATP.
Les acides gras

Les acides gras sont des molécules composées d’un chaîne aliphatique linéaire à laquelle est
greffée un groupement carboxylique terminal (Figure 29). Typiquement, la chaîne aliphatique
des acides gras biologiques comprend un nombre pair de carbones compris entre 4 et 36.
Précisons - En raison de la priorité donnée au groupement carboxylique dans la

nomenclature de la chimie organique, le carbone qui porte un tel groupement est dit
« a ». En conséquence, ce carbone désignera l’extrémité par laquelle le comptage des
carbone débute dans la nomenclature chimique.
Lorsque tous les carbones aliphatiques portent le nombre maximum d’atomes d’hydrogène,
l’acide gras est dit saturé et tous les carbones sont unis entre eux par des liaisons covalentes
simples. Dans le cas où certains carbones aliphatiques ne portent pas le nombre maximal
possible d’atomes d’hydrogène, l’acide gras est dit insaturé. Dans ce cas, une (mono-insaturé)
ou des (poly-insaturé) doubles liaisons unissent certains carbones. La biochimie identifie
symboliquement les acides gras par un code composé du nombre de carbones (NC) et du
nombre de doubles liaisons (NDL) sous la forme NC:NDL.

Figure 29 : Structure de 3 acides gras représentatifs : (a) acide gras saturé à chaîne courte (4:0), (b) acide gras saturé à chaîne
longue (18:0), (c) acide gras mono-insaturé à chaîne longue (18:1).
La présence des doubles liaisons permet d’envisager pour ces molécules, une isomérie de type
cis-trans (voir page 9 & Figure 30). En effet, chaque carbone impliqué dans la double liaison
porte un substituant constitué d’un atome d’hydrogène et un autre composé d’une chaîne
aliphatique. Si les substituants les plus encombrants se situent de part et d’autre de l’axe de
la double liaison, celle-ci est dite « trans ». A l’inverse, si les substituants les plus encombrants
se situent du même côté de l’axe de la double liaison, celle-ci est dite « cis ».
Figure 30 : Représentation de l’isomérie cis-trans d’un acide gras mono-insaturé (18:1).
Questions
1. Expliquez pourquoi la molécule de formule C6H12O6 n’est peut-être pas du glucose.
2. Expliquez pourquoi les acides aminés existent sous deux formes énantiomériques. Y a-
t-il des exceptions ?
3. Prédisez le pouvoir de solubilité dans l’eau de chaque acide aminé protéinogène.
4. Réalisez un schéma similaire à la Figure 26 dans le cas d’un acide aminé dont la chaîne
latérale porte un groupement acide.
5. Réalisez un schéma similaire à la Figure 26 dans le cas d’un acide aminé dont la chaîne
latérale porte un groupement basique.
6. Les bases azotées sont-elles capables de former des liaisons H ?
7. Pourquoi dit-on que la liaison glycosidique qui unit le pentose et la base azotée dans
les nucléosides est de type b ?
8. Les acides gras sont-ils ionisables ?
9. Parmi les biomonomères que vous connaissez, lesquels sont solubles dans l’eau ?

Chapitre 4 L’ère prébiotique à l’origine du vivant2
Nous avons vu au chapitre précédent qu’il était possible de synthétiser des biomonomères
dans des conditions abiotiques. Le problème majeur de la théorie de la chimie abiotique est
la difficulté à assembler ces biomonomères en polymères ou même oligomères (peptides,
oligosaccharides, oligonucléotides). L’hypothèse la plus crédible actuellement pour expliquer
cet assemblage est celle du « RNA world ».
Le « RNA world »
Le monde ARN (ou « RNA world ») est une hypothèse qui propose que les premiers
oligomères organiques apparus sur terre soient des molécules d’ARN formées par
l’assemblage de nucléotides. Plusieurs expériences démontrent que des systèmes utilisant la
montmorillonite (une argile issue de cendres volcaniques) comme interface permettent de
synthétiser des oligoribonucléotides longs de 30 à 50 résidus. Certes la synthèse de polymères
de nucléotides ne leur confère pas obligatoirement une activité catalytique. Cependant, des
observations permettent de penser que la synthèse prébiotique de l’ARN est bien à l’origine
d’une activité catalytique. En effet, il a été expérimentalement démontré, d’une part, que des
synthèses aléatoires engendraient des ARN pourvus d’une activité catalytique, et d’autre part,
que de courtes molécules d’ARN pouvaient spontanément se lier l’une à l’autre tout en
conservant leur activité catalytique éventuelle.
Précisons - Des découvertes similaires ont été faites au sujet de la synthèse de peptides.
Cependant, les peptides formés à la surface des argiles n’ont démontré aucune activité
catalytique.
L’hypothèse du monde ARN est également soutenue par notre connaissance actuelle de la
fonction de l’ARN comme support de l’information génétique (virus à ARN) et par la
découverte d’ARN catalytiques modernes. Bien entendu, toutes les hypothèses ont des limites.
La limite majeure de l’hypothèse du monde ARN est l’instabilité de la molécule d’ARN. Cette
limite a amené certains à proposer que les premières molécules « d’ARN » possédaient un
squelette moléculaire plus stable que celui de l’ARN moderne. Quoiqu’il en soit, ces polymères
existent bien et sont essentiels à la vie.
Les acides ribonucléiques

Les molécules d’acide ribonucléique, ou ARN, sont des polymères de ribonucléotides liés par
une réaction de condensation (Figure 31). Cette réaction s’effectue entre le groupement
hydroxyle porté par le C3’ du pentose d’un nucléotide (N) et un groupement –OH du phosphate
du nucléotide suivant (N+1). Elle engendre la libération d’une molécule d’eau et la formation
d’un lien phosphoester. Ce lien phosphoester néoformé est la liaison covalente qui unit le
phosphate au nucléotide précédent (N) par un lien ester (PO-O-). Ce phosphate est lui-même
unis avec le nucléoside N+1 par un autre lien phosphoester. En conséquence, les nucléosides
successifs sont unis par des liens phosphodiesters. Le mode d’union des nucléotides adjacents
génère deux extrémités différentes pour chaque molécule d’ARN. L’extrémité qui porte un
groupement phosphate qui n’est pas engagé dans une liaison phosphoester avec un autre
2
Les formules chimiques représentées dans les pages qui suivent ne doivent pas être mémorisées. Votre
attention doit être portée sur la compréhension et la réflexion, éventuellement basées sur une représentation
moléculaire. Des exemples seront donnés à l’occasion du cours.
Chapitre 4 – L’ère prébiotique à l’origine du vivant | 36

nucléotide est appelée extrémité 5’. Elle fait référence au numéro du carbone du ribose qui
porte ce phosphate. L’autre extrémité est appelée extrémité 3’. Elle fait référence au numéro
du carbone du ribose qui n’est pas engagé dans une liaison phosphoester avec un nucléotide.
Figure 31 : Réaction de condensation de deux nucléotides de l’ARN. Les carbones des extrémités 5’ et 3’ sont représentés en
vert.
Les nucléotides qui forment l’ARN sont des ribonucléotides puisque le pentose qui les
constitue est le ribose. Il donne aussi son nom à l’acide ribonucléique. Les ribonucléotides
peuvent porter 4 bases azotées différentes : la guanine, l’adénine, la cytosine et l’uracile. Il
s’agit donc de guanosine, d’adénosine, la cytidine et l’uridine.
Les molécules d’ARN sont relativement souples, ce qui permet leur repliement local en
structures parfois très complexes qui vont assurer leurs fonctions biologiques. Ces fonctions
sont nombreuses et incluent le support de l’information génétique dans certains virus, la
transmission de l’information génétique vers les ribosomes (ARN messagers), la régulation de
l’expression de gènes (petits ARN régulateurs), le transport d’acides aminés (ARN de transfert),
la structure d’entités supramoléculaires (ARN ribosomique) ou encore une activité catalytique
(ribozymes).
Le « RNP world »
Dans les années 1990 des avancées considérables ont été réalisées dans l’étude de l’ARN. Il a
par exemple été démontré que les ribozymes étaient capables de s’auto-répliquer, de lier des
nucléotides à des acides aminés, ou des acides aminés entre eux. Gardons à l’esprit qu’un
ribosome est avant tout un ribozyme puisque l’élément qui y est responsable de l’union des
acides aminés est l’ARN ribosomique. De nombreux scientifiques émettent donc l’hypothèse
que le monde ARN ait été suivi par le monde RNP (ou « RNP world »). Une RNP, pour
ribonucléoprotéine, est un complexe fait d’ARN et de protéines. Ces complexes existent
encore de nos jours, il s’agit par exemple des télomérases, de composants du spliceosome et
des ribosomes. L’émergence de cette activité catalytique a permis la diversification des
molécules biologiques et la transition progressive du monde ARN vers le monde ADN que nous
connaissons aujourd’hui.
Les protéines
Les protéines qui participent à ce monde RNP constituent le groupe de macromolécules
biologiques le plus diversifié tant du point de vue structurel que fonctionnel. Elles constituent
un groupe de molécules organiques formées principalement de carbone, d’oxygène, d’azote
et d’hydrogène. Elles sont formées par l’assemblage linéaire d’acides aminés grâce à un lien

peptidique formé par condensation (Figure 32). Cette réaction s’effectue entre le groupement
carboxylique porté par le carbone a d’un acide aminé (N) et le groupement aminé porté par
le carbone a de l’acide aminé suivant (N+1). Ce mode de liaison fait naître dans chaque
protéine deux extrémités différentes : une extrémité amino-terminale là où le groupe aminé
du premier acide aminé n’est pas engagé dans une liaison peptidique, et une extrémité
carboxy-terminale là où le groupe carboxylique du dernier acide aminé n’est pas engagé dans
une liaison peptidique.
Figure 32 : Réaction de condensation entre deux acides aminés. Les extrémités amino- et carboxy-terminales sont encadrées
par les pointillés verts.
L’extrême variabilité de forme des protéines résulte de sa composition en 20 acides aminés

pouvant avoir des propriétés physico-chimiques très différentes. La structure des protéines
est décrite en suivant 4 niveaux d’organisation successifs (Figure 33).
La structure des protéines
La structure primaire d’une protéine est définie comme l’ordre dans lequel s’enchaînent les
acides aminés qui la constituent de l’extrémité amino-terminale jusqu’à l’extrémité carboxy-
terminale.
La structure secondaire décrit les repliements locaux que peuvent subir certains segments
des protéines. Ces arrangements locaux sont stabilisés par des liaisons hydrogènes qui
s’établissent entre les groupes amides (-CO-NH-) qui constituent les liaisons peptidiques. Il
existe deux types de structures secondaires : les hélices a et les feuillets plissés b. Une
protéine donnée peut comporter à la fois les deux structures.
La structure tertiaire est le repliement global de la protéine. Ce niveau de structure fait
apparaitre les domaines protéiques qui sont des unités fonctionnelles au sein d’une structure
plus grande. La structure tertiaire décrit l’agencement des structures secondaires les unes par
rapport aux autres. C’est par l’exclusion hydrophobe de l’eau que la protéine acquière sa
structure tertiaire. Cette dernière est stabilisée par des liaisons hydrogènes entre les chaînes
latérales polaires disposant de groupements donneurs et accepteurs de liaisons hydrogènes,
par des liaisons électrostatiques entre les chaînes latérales de charges opposées, par des
interactions hydrophobes de Van der Waals (voir page 7) entre des chaînes latérales apolaires,
et par des liaisons covalentes établies entre les chaînes latérales des acides aminés cystéines.
Ces dernières interactions portent le nom de ponts disulfures et se mettent en place entre les
groupements sulfhydryles (voir page 8) de deux cystéines mises à proximité l’une de l’autre

par le repliement de la protéine. La mise en place des ponts disulfures est le résultat d’une
réaction d’oxydation.
La structure quaternaire est facultative. Elle est le résultat de l’agencement de plusieurs
chaînes peptidiques pour constituer une entité fonctionnelle.
Figure 33 : Organisation structurelle des protéines.
L’acide désoxyribonucléique
En 1962, deux scientifiques découvrent une enzyme qui va révolutionner la biologie : la
transcriptase inverse. Il s’agira d’une révolution conceptuelle. En effet, cette enzyme,
essentiellement virale, possède la capacité de copier une molécule d’ARN en une molécule
d’acide désoxyribonucléique, l’ADN. Comme nous le découvrirons plus tard, cette découverte
allait à l’encontre de tout ce qui était connu à l’époque et mettait à mal la théorie d’un flux
unidirectionnel de l’information génétique de l’ADN vers l’ARN basée sur les résultats de
Watson et Crick. La découverte de cette enzyme permet d’envisager l’apparition des
molécules d’ADN à partir du monde ARN.
Tout comme l’ARN, les molécules d’ADN, sont des polymères de nucléotides liés par une
réaction de condensation. La nature des nucléotides qui composent l’ADN est cependant
légèrement différente puisqu’il s’agit de désoxyribonucléotides qui tirent leur nom de la
nature du pentose qui les composent. Il ne s’agit pas de ribose comme dans l’ARN mais de 2-
désoxyribose, c’est-à-dire un ribose ayant perdu le groupement alcool du carbone 2. La perte
de ce groupement chimique accroît la stabilité chimique de la molécule, ce qui peut expliquer
la sélection progressive de l’ADN comme support de l’information génétique. Une autre
différence entre ADN et ARN se situe dans la nature des bases azotées qui peuvent être unies
au pentose. Trois d’entre elles sont communes entre l’ADN et l’ARN, il s’agit de la guanine,
l’adénine et la cytosine. L’uracile par contre est spécifique de l’ARN, alors que la thymine est
spécifique de l’ADN.

Dans les cellules, l’ADN existe sous la forme d’un complexe de deux molécules unies par des
liaisons hydrogènes. On parle alors d’ADN bicaténaire, ou de double hélice, par opposition à
l’ARN qui est majoritairement monocaténaire.
Précisons – La croyance populaire veut que l’ADN soit toujours représenté sous la forme
d’une double hélice. Cette forme d’ADN est bien entendu majoritaire en biologie.
Cependant, certains agents biologiques, certains virus, possèdent un génome constitué
de molécules d’ADN monocaténaires.
Les deux molécules d’ADN qui forment l’ADN bicaténaire sont complémentaires l’une de
l’autre et sont orientées de façon antiparallèle. Cette complémentarité résulte d’un
appariement spécifique des bases azotées. En effet, la succession pentose-phosphate de
chaque molécule d’ADN constitue le squelette de la molécule à la manière des montants d’une
échelle. De ce squelette, les bases azotées pointent vers le centre de l’échelle et sont unies
deux-à-deux par des liaisons hydrogènes. De cette façon, les adénines d’un brin d’ADN
s’unissent par deux liaisons hydrogènes aux thymines de l’autre brin, et les guanines d’un brin
s’unissent par trois liaisons hydrogènes aux cytosines de l’autre brin (Figure 34). Dans cette
organisation l’orientation des deux brins est inversée, et sont dits antiparallèles, puisque
l’extrémité 5’ d’un brin correspond à l’extrémité 3’ de l’autre brin.
Figure 34 : Structure d’une double hélice d’ADN. Le squelette de la molécule constituée de la succession pentose-phosphate
forme les deux montants de l’hélice entre lesquels se placent les bases azotées unies par paires spécifiques grâce à des liaisons
hydrogènes.
Les glucides complexes

carbone, d’oxygène et d’hydrogène, et contenant un groupe carbonyle. Les glucides les plus
simples dont une synthèse abiotique a été démontrée sont les monosaccharides. Ils peuvent
subir des modifications chimiques et/ou s’assembler entre eux pour donner naissance à des
molécules de plus en plus complexes, les oligosaccharides puis les polysaccharides.
Les disaccharides
Deux monosaccharides peuvent être unis par une liaison covalente dite osidique pour former
un disaccharide (nom usuel) ou diholoside (nom conventionnel). La liaison osidique unissant
les deux monosaccharides est le résultat d’une réaction de condensation (voir page 12). Cette
réaction se déroule entre le groupement hydroxyle porté par le premier carbone d’un

monosaccharide (dans sa forme cyclique) et un groupement hydroxyle porté par un second
monosaccharide. La réaction aboutit à l’élimination d’une molécule d’eau (Figure 35).
Figure 35 : Réaction de condensation du a-glucose et du b-fructose pour créer la liaison a(1à2)b du saccharose. Image issue
de http://www.scientecal.com
Quelques disaccharides sont rencontrés en nutrition humaine, il s’agit principalement du

saccharose (le sucre du cuisine), du lactose (le sucre du lait), du maltose et de l’isomaltose
(obtenus lors de la digestion de l’amidon ou du glycogène).
Le saccharose est produit par les plantes supérieures et est constitué d’a-glucose et de b-
fructose unis par une liaison a(1à2)b (Figure 36). Le lactose est synthétisé dans la glande
mammaire des mammifères par l’union de b-galactose et de glucose par une liaison b(1à4).
Le maltose et l’isomaltose, issus de la digestion de l’amidon ou du glycogène, sont constitués
par deux glucoses unis respectivement par un lien osidique a(1à4) et a(1à6).
Figure 36 : Structure des principaux disaccharides rencontrés en nutrition humaine. La forme de la liaison osidique est indiquée
à l’aide des numéros des carbones impliqués dans la liaison et par l’anomère du monosaccharide dont le carbone anomérique
est engagé dans la liaison.

Précisons - Dans la notation des disaccharides, la lettre grecque identifie l’anomère du
monosaccharide qui engage son carbone anomérique dans la liaison osidique, et les
chiffres entre parenthèses identifient les numéros des carbones impliqués dans la liaison.
Les polysaccharides
Tout comme les disaccharides, les polysaccharides sont constitués par l’union de
monosaccharides entre eux. Cependant, cette union concerne jusqu’à plusieurs milliers (voire
millions) de monosaccharides unis les uns aux autres par des liaisons osidiques. Les polymères
ainsi constitués ont des rôles divers au sein du vivant dont des rôles de structure et de réserve
énergétique.
Précisons – Un polymère est généralement une macromolécule constituée par la

répétition de sous-unités appelées monomères (ou résidus) et unis entre eux par des liens
covalents formés par une réaction de condensation.
Les polysaccharides de réserve (Figure 37) sont l’amylose, l’amylopectine, dont le mélange
forme l’amidon, et le glycogène. Ce dernier est trouvé chez les champignons et les animaux
où il est principalement stocké dans les muscles et le foie, alors que l’amidon est présent
uniquement chez les végétaux, principalement dans les graines, les fruits et les racines.
Le glycogène est un polymère constitué exclusivement de a-glucoses unis en une chaîne
principale par des liaisons osidiques a(1à4). Tous les 8 à 12 glucoses, une chaîne secondaire
vient se greffer sur la chaîne principale par une liaison a(1à6). La chaîne secondaire à la
même constitution que la chaîne principale. Structurellement, l’amylopectine est très proche
du glycogène. La seule différence entre les deux molécules est le degré de ramification qui est
moindre (tous les 24 à 30 glucoses) dans le cas de l’amylopectine. L’amylose est également
un polymère d’a-glucoses mais ceux-ci sont unis en une chaîne unique par des liaisons
osidiques a(1à4) et organisée en hélice. Il convient également de citer le dextrane, formé
exclusivement de a-glucoses unis en une chaîne principale par des liaisons osidiques a(1à6).
Cette chaîne est ramifiée par des liaisons a(1à2), a(1à3) ou a(1à4). Ce polysaccharide de
réserve est utilisé par les bactéries et les levures, et compose également la plaque dentaire.
Figure 37 : Structure des principaux polysaccharides de réserve. Dans le cas du glycogène n est compris entre 8 et 12, dans le
cas de l’amylopectine n est compris entre 24 et 30. Le dextrane illustré ici contient une ramification de type a(1à2).
Les polysaccharides de structure (Figure 38) existent tant dans le monde animal que végétal.
Chez les plantes, la cellulose est un constituant de la paroi cellulaire. Elle participe tant à la

résistance du bois qu’à la délicatesse du coton. Elle est, en outre, le constituant majeur du
support de ces notes. La cellulose est un polymère linéaire de b-glucoses unis par des liaisons
osidiques b(1à4). Cette seule différence par rapport à l’amylose explique les différences de
propriétés des deux molécules. En effet, alors que la liaison a(1à4) est naturellement
courbée, la liaison b(1à4) est strictement linéaire. La juxtaposition de ces chaînes linéaires,
liées par des liaisons hydrogènes entre les groupements hydroxyles, est à la base des
propriétés mécaniques de ce matériaux. La chitine est le polysaccharide de structure
rencontré chez certains animaux (arthropodes) et champignons. Il s’agit d’un polymère
d’acétylglucosamines unies par des liens b(1à4). Industriellement, la chitine est déacétylée
pour créer le chitosane entrant dans la composition de fils de suture résorbables, de lentilles
de contact ou de pansements. Les glycosaminoglycanes sont des polysaccharides impliqués
dans les matrices extracellulaires et constitués par la répétition de disaccharides dans lesquels
un monosaccharide est aminé et un (ou les deux) monosaccharides porte un groupement
sulfate (-SO4-) ou carboxylate (-COO-). Les glycosaminoglycanes les plus connus sont l’héparine,
le hyaluronate et la chondroïtine. D’autres polysaccharides de structure peuvent être cités
sans pour autant entrer dans leur description détaillée. Il s’agit de l’alginate des algues brunes,
de l’agar des algues rouges,…
Figure 38 : Structure des principaux polysaccharides de structure : la cellulose et la chitine.
Les lipides
Les lipides constituent une classe hétérogène de molécules hydrophobes en raison d’une
proportion élevée en liaisons apolaires « C-H ». Les lipides incluent bien entendu les acides
gras (voir page 34) qui sont à l’origine des triglycérides et des phospholipides.
Précisons - La classification des lipides est un sujet complexe qui se heurte à la difficulté
de définir des critères objectifs permettant de distinguer les lipides des autres classes de
molécules organiques. L'organisme de standardisation de la nomenclature chimique
(IUPAC) propose une classification des lipides excluant les stérols, bien que ces derniers
soient indiscutablement de nature lipidique. Par souci de simplification, nous les
classerons dans les lipides.
Les acylglycérols
Les acylglycérols sont formés par la condensation d’une molécule de glycérol avec une à trois
molécules d’acides gras (identiques ou non) pour former respectivement les
monoacylglycérols, les diacylglycérols et les triacylglycérols (Figure 39). Les graisses animales
ou végétales sont généralement des triacylglycérols ou triglycérides.
Les triglycérides représentent une forme de stockage d’énergie pour les cellules. En effet, les
liaisons « C-H », très abondantes dans ces molécules, possèdent une enthalpie de dissociation
élevée par rapport à celle des liaisons « C-OH » rencontrées dans les glucides. La
consommation d’un gramme de lipides fournit environ 37 kJ alors que la consommation de la
même masse de glucides ne fournit que 17 kJ.

Figure 39 : Réaction de condensation d’un glycérol avec 3 acides gras pour former un triglycéride.
Placés dans une solution aqueuse, les triglycérides s’associent spontanément et forment des
globules permettant d’exclure l’eau de leur régions apolaires.
Les phosphoacylglycérols
Les phosphoacylglycérols ou phospholipides sont formés sur la base d’un diacylglycérol sur
lequel un groupement phosphate vient se lier par un lien phosphoester au niveau du
groupement alcool libre du glycérol. En outre, le groupement phosphate est généralement
unit à une molécule chargée ou polaire par un second lien phosphoester. Les molécules les
plus communément impliquées sont la choline, la sérine, l’éthanolamine et l’inositol (Figure
40).
Figure 40 : Structures moléculaires des principaux phospholipides.
Les phospholipides sont des molécules amphiphiles, c’est-à-dire qu’elles sont constituées
d’une partie polaire hydrophile et d’une partie apolaire hydrophobe. La fraction polaire
correspond à l’extrémité constituée du glycérol, du phosphate et de la molécule chargée ou
polaire variable. Cette extrémité permet, grâce à l’existence de charges totales ou partielles,

l’interaction avec les molécules d’eau. La fraction apolaire correspond au segment aliphatique
de la molécule. En milieu aqueux, de telles molécules amphiphiles s'organisent de manière à
ce que seule leur tête hydrophile soit en contact avec les molécules d'eau, ce qui aboutit
typiquement à des structures en micelles, en liposomes ou en bicouches lipidiques (Figure
41).
Figure 41 : Structure schématique d’un phospholipide et son mode d’organisation en micelle, liposome ou bicouche.
Les stérols
D’après l’IUPAC, les stéroïdes sont des molécules constituées d’un noyau stérane parmi
lesquels se trouvent les stérols (Figure 42). Ces derniers sont définis comme des stéroïdes
portant une fonction alcool et assurent des rôles très variés dans la cellule et sur lesquels nous
auront l’occasion de revenir. Parmi les stérols, nous pointerons les rôles particuliers du
cholestérol.
Figure 42 : Structure moléculaire du stérane, des stérols et du cholestérol.
Questions
1. Quelles sont les différences chimiques qui existent entre l’ARN et l’ADN ?
2. Schématisez la réaction de condensation qui unit des désoxyribonucléotides.
3. Représentez schématiquement la hiérarchie des sucres.
4. Représenter sur un schéma de polysaccharide l’origine du maltose et de l’isomaltose.
5. Repérez le groupement acétyle sur la formule de la chitine.

6. Comment la structure de l’amidon, du glycogène et de la cellulose affecte-t-elle leur
fonction ?

Chapitre 5 Les protocellules ou les prémices de la vie
Parmi les défis auxquels la science moderne est confrontée, déterminer l’origine de la vie sur
Terre est certainement l’un des plus grands. La question est de savoir comment, en obéissant
aux lois de la physiques et de la chimie (voir Chapitre 1) et à partir de molécules de base (voir
Chapitres 3 et 4), les premières cellules sont apparues. Cette question n’est pas neuve et a été
l’objet d’expérimentations dès le début du 20ème siècle.
En effet, Alexander Oparin a observé, dès 1922, la création de petites structures colloïdales
sphériques de 1 à 500 µm de diamètre, appelées coacervats (Figure 43), à partir entre autres
d’une émulsion de gomme arabique et de protéines de structure. Lorsque des enzymes sont
ajoutées au mélange de gomme arabique et de protéines, non seulement la stabilité des
coacervats est accrue mais un métabolisme artificiel se met en place. Les substances dont la
solubilité est différente suivant la nature de la phase se concentrent préférentiellement dans
une des deux phases. Dans l’expérience menée par Oparin, l’enzyme se concentrait à
l’intérieur du coacervat. L’ajout du substrat de cette enzyme au milieu, entraîne la diffusion
de celui-ci dans le coacervat et sa transformation en produit et déchet qui sera éliminé. Le
volume de la gouttelette augmente par l’accumulation du produit et lorsque un seuil est
dépassé le coacervat se scinde spontanément en gouttelettes filles.
Figure 43 : Expérience d’Oparin sur la formation des coacervats et leur acquisition d’un métabolisme artificiel. A – Observation
microscopique de coacervats de gomme arabique et de protéines. B – Schématisation du métabolisme artificiel mis en place
dans des coacervats.
Oparin a poussé ses expériences sur les coacervats jusqu’à y simuler des systèmes de
transferts d’électrons et la photosynthèse, démontrant ainsi la possibilité d’engendrer
spontanément des systèmes complexes imitant la structure de ce que nous imaginons être les
protocellules. Les coacervats ne doivent cependant pas être considérés comme les ancêtres
des cellules puisque les matériaux sélectionnés par Oparin dans ses expériences ne sont pas
des matériaux primitifs. Il s’agit d’un modèle expérimental. L’observation d’Oparin est
cependant à la base de la théorie du monde lipidique (ou « lipid world ») proposée par les
généticiens Doron Lancet et Daniel Segré en 2001. Cette hypothèse suggère que des
Chapitre 5 – Les protocellules ou les prémices de la vie | 47

molécules amphiphiles s'auto-assemblent en micelles pouvant grossir par intégration de
nouvelles molécules, et se diviser quand elles atteignent une taille trop importante. Toutefois,
ces structures, lorsqu’elles sont formées d’acides gras ou de phospholipides, ne sont stables
que dans des gammes étroites de conditions physico-chimiques. Des composés chimiques
différents ont donc vraisemblablement été nécessaires pour conférer une bonne stabilité aux
membranes primitives. Les courts oligomères d’isoprène représentent une piste intéressante,
d’autant qu’ils sont à la base des membranes de certains procaryotes.
La voie exacte qui a mené aux origines de la vie, qui remonteraient à environ 3,8 milliards
d'années, demeure incertaine. Mais, d'une manière ou d'une autre, la vie a finalement pris la
forme d'une cellule capable de maintenir son intégrité, d’entretenir un métabolisme cohérent,
et de se diviser en produisant d'autres cellules identiques et capables des mêmes propriétés.
Un modèle de protocellule
C’est un peu le Saint Graal des scientifiques, créer en laboratoire une structure vivante
minimale, une protocellule (ou protobionte). Bien entendu, emballer une information
génétique avec des lipides n’est pas suffisant pour créer une cellule. Il est nécessaire que des
relations mutuellement bénéfiques se mettent en place entre ces constituants. Ces relations
peuvent, par exemple, être l’évolution de l’information génétique qui mène à des enzymes de
plus en plus efficaces dans la synthèse de lipides qui protège à leur tour cette même
information génétique. Était-ce un heureux hasard que les bicouches lipidiques et les génomes
se mettent à « collaborer » ou des mécanismes physico-chimiques simples, et donc universels,
promeuvent-ils cette relation ? Pour répondre à cette question, l’équipe du Prof. Szostak
(lauréat du prix Nobel de physiologie en 2009) a élaboré un modèle de protocellules en
sélectionnant de l’ARN catalytique comme support de l’information génétique. Le choix de
cette molécule se base sur la théorie du monde ARN (voir page 36) et sur des résultats
expérimentaux démontrant la capacité de l’ARN à catalyser sa propre réplication. Quant à elle,
la bicouche lipidique a été modélisée à partir d’acides gras pouvant avoir été synthétisés dans
des conditions abiotiques ou qui ont été mis en évidence sur des météorites. Ce modèle a
permis de démontrer que des vésicules auto-assemblées et constituées de matériaux
biologiques pouvaient donner naissance à des comportements de type biologique incluant
des formes primitives d’évolution Darwinienne et le stockage d’énergie.
Figure 44 : Compétition Darwinienne entre des protocellules (grises) contenant de l’ARN catalytiquement actif et des
protocellules (oranges) contenant de l’ARN catalytiquement inactif.

En effet, lorsque des « protocellules » vides et des protocellules contenant de l’ARN
fonctionnel sont mises en présence l’une de l’autre, une compétition se met en place. Les
protocellules contenant l’ARN subissent un stress membranaire qui résulte en un transfert de
lipides des « protocellules » vides vers les protocellules fonctionnelles. Les chercheurs
suggèrent qu’un phénomène comparable a pu prendre place lors de l’évolution précoce des
protocellules, entre celles qui contenaient des ARN plus fonctionnels et celles qui contenaient
les ARN moins fonctionnels (Figure 44).
Les scientifiques sont allés plus loin encore. Ils ont découvert que l’accroissement spontané
de la surface de la bicouche lipidique des protocellules, par la cooptation de lipides
environnants, générait une accumulation de protons à l’intérieur de la protocellule et
permettait l’établissement d’un gradient de concentration en protons entre l’intérieur et
l’extérieur de la protocellule. Nous découvrirons plus tard qu’un tel gradient est une forme
d’énergie potentielle encore utilisée par les cellules modernes.
Ces découvertes nous éclairent sur l’universalité des phénomènes qui ont probablement
mené à la naissance des premières cellules et ont le mérite d’éclairer le rôle fondamental de
la bicouche lipidique dans l’acquisition d’un comportement cellulaire.
La membrane plasmique
La structure qui sépare les cellules du milieu extérieur est appelée membrane plasmique. A
l’origine, cette structure existait probablement sous la forme d’une monocouche d’acides gras.
Cependant, dans l’immense majorité des cellules modernes, la membrane plasmique est
constituée d’une bicouche de phospholipides (voir page 45) épaisse de 5 à 10 nm et dans
laquelle sont intégrées des protéines et d’autres lipides tels que le cholestérol dans les cellules
animales.
Précisons – La membrane de certains procaryotes vivants dans des conditions extrêmes

de température est composée d’une monocouche lipidique du type de diacylglycérol
tétraéther. Puisque ce cours traite de biologie générale, nous admettrons que la bicouche
phospholipidique est le modèle universel.
La composition lipidique de la membrane plasmique n’est pas homogène et, en outre, varie
d’un type cellulaire à l’autre. Les membranes plasmiques présentent des domaines lipidiques
particuliers et associés avec l’activité cellulaire qui se déroule à proximité. La composition
lipidique des 2 feuillets qui forment la bicouche est aussi différente puisque certains
phospholipides sont quasiment exclus d’un des deux feuillets. C’est par exemple le cas de la
phosphatidylsérine présente uniquement dans le feuillet interne de la membrane. Les lipides
membranaires n’interagissent entre eux que par l’intermédiaire des forces faibles de London.
De ce fait, ils sont relativement libres de se déplacer les uns par rapport aux autres et la
membrane plasmique est donc qualifiée de mosaïque fluide (Figure 45).
Les protéines qui interagissent avec la membrane plasmique (ou tout autre membrane) sont
dites membranaires. Leur mode d’interaction avec la membrane est variable. Elles peuvent
être transmembranaires (ou polytopiques), ce qui signifie qu’elles traversent de part en part
la bicouche de phospholipides. Le ou les segments de la protéine qui traversent la bicouche
sont appelés domaines transmembranaires. Ils sont constitués d’acides aminés hydrophobes
et le plus souvent organisés en hélices a. Les protéines membranaires peuvent également
être monotopiques ou périphériques, c’est-à-dire qu’elles interagissent avec la bicouche de
phospholipides sans la traverser complètement. Ces protéines peuvent soit avoir un ou des
segments hydrophobes qui pénètrent au sein de la bicouche, soit être liées covalentiellement

à un lipide tel qu’un acide gras ou un glycolipide de l’inositol (le glycosylphosphatidylinositol
ou GPI), soit interagir électrostatiquement avec des lipides qui constituent la bicouche.
Figure 45 : Modèle de la mosaïque fluide. Les phospholipides forment une matrice lipidique organisée en une bicouche
hétérogène de lipides (SM = sphingomyéline, PC = phosphatidylcholine, PS = phosphatidylsérine, PE =
phosphatidyléthanolamine, PI = phosphatidylinositol, Ch = cholestérol) dans laquelle se répartissent les protéines
membranaires polytopiques ou monotopiques. Parmi ces dernières, l’interaction avec la membrane se fait soit grâce à un ou
des segments hydrophobes (A, B), soit à une liaison covalente avec un lipide (C), soit par des interactions électrostatiques avec
des lipides (D).
La perméabilité membranaire
Pour assurer correctement son rôle de frontière extérieure, et différencier le contenu
cellulaire du milieu environnant ou exoplasme, la membrane doit être caractérisée par une
perméabilité sélective, c’est-à-dire qu’elle sera perméable à certaines molécules et pas à
d’autres. Cette propriété explique d’ailleurs l’importance de la membrane dans l’évolution
Darwinienne et dans le stockage d’énergie des protocellules que nous avons mentionnés plus
haut.
Précisons - Les propriétés de perméabilité des membranes sont définies par ses 2
constituants : la bicouche de phospholipides et les protéines qui y sont associées. En
conséquence, nous emploierons le terme « bicouche » lorsque nous nous intéresserons
aux phospholipides seuls, et le terme « membrane » lorsque nous considérerons la
combinaison de la bicouche et des protéines qui y sont associées.
De par sa nature lipidique, il est aisé de comprendre que les molécules polaires franchissent
moins aisément la bicouche de phospholipides que les molécules apolaires (Figure 46). La
raison de cette différence est la capacité qu’ont les molécules apolaires de se solubiliser dans
la phase lipidique de la bicouche. La capacité des molécules à franchir la bicouche de
phospholipides est reflétée par leur constante de perméabilité kp (voir cours de physique).

L’O2, le CO2, les acides gras, les stéroïdes sont des exemples de molécules apolaires qui
franchissent rapidement les bicouches lipidiques. Par contre, les ions, les molécules ionisées
ou polaires ont une très faible solubilité dans les bicouches lipidiques et sont donc peu aptes
à les franchir. Outre leur polarité, la taille des molécules va également participer à leur
capacité à traverser les bicouches. En effet, l’encombrement des molécules apolaires réduit
leur constante de perméabilité.
Figure 46: Perméabilité relative d’une bicouche de phospholipides à différentes molécules biologiques. Image adaptée de
www.biology-forums.com.
La diffusion
Le flux des molécules au travers de la bicouche lipidique obéit au deuxième principe de la
thermodynamique (voir page 12) qui établit que toute transformation d’un système
thermodynamique s’effectue avec une augmentation de l’entropie. En clair, un système
évolue spontanément vers le désordre. Pour comprendre comment ce désordre va influencer
le flux des molécules au travers d’une bicouche, imaginons d’abord un récipient contenant de
l’eau. L’agitation thermique ou mouvement Brownien fait que les molécules d’eau du
récipient ne cessent de se déplacer les unes par rapport aux autres, de s’entrechoquer et de
changer de direction. Leurs mouvements sont donc aléatoires. Si on introduit dans ce récipient
une goutte d’un colorant, au moment précis où la goutte rencontre l’eau, le système est dans
un état ordonné puisque toutes les molécules de colorant forment un ensemble bien séparé
des molécules d’eau qui forment un autre ensemble. Au cours du temps, le mouvement
aléatoire des différentes molécules va provoquer la diffusion progressive du colorant au sein
des molécules d’eau, jusqu’à atteindre une homogénéité complète. A ce moment, le système
sera désordonné puisqu’il ne sera plus possible de distinguer les molécules de colorant des
molécules d’eau. La diffusion des molécules de colorant est donc le résultat de leur
propension à occuper tout l’espace disponible pour répondre à la seconde loi de la

thermodynamique. Si le récipient avait été divisé en 2 compartiments par une bicouche
lipidique perméable au colorant, le même phénomène aurait pris place mais dans un intervalle
de temps plus important. Ce qui a été décrit pour un colorant s’applique à toutes les
substances en solution, les solutés.
Par contre, dans le cas où la bicouche lipidique est imperméable à des solutés, ceux-ci auraient
diffusés jusqu’à occuper tout l’espace disponible, c’est-à-dire un seul des deux compartiments
et une différence de concentration en soluté aurait été établie de part et d’autre de la
bicouche. On parle dans ce cas de gradient de concentration ou gradient chimique. L’existence
d’un tel gradient représente une forme d’énergie potentielle, un peu à la manière d’une
étendue d’eau (dans notre cas ce sont les solutés) retenue par un barrage, dans notre cas une
bicouche lipidique. On retrouve ici la notion de stockage d’énergie rencontrée plus haut lors
de la description du gradient de concentration en protons établis par les protocellules (voir
page 48). Dans le cas particulier des gradients de concentration de substances chargées,
comme des ions, la différence de concentration de part et d’autre de la bicouche
s’accompagne par un déséquilibre de la distribution des charges électriques. On parle alors
d’un gradient électrochimique.
L’osmose
L’existence d’espèces chimiques non-perméantes dans un compartiment fait naître dans
celui-ci une pression qui est le résultat des chocs des molécules de solutés mus par le
mouvement Brownien sur les parois du compartiment. Cette pression, qui s’applique donc sur
la bicouche, séparant deux compartiments, est quantifiée par la loi de van’t Hoff, et appelée
pression osmotique (P) dont l’unité est le Pascal (Pa). Si la bicouche qui sépare les
compartiment est perméable à l’eau, la pression osmotique qu’elle subit engendre un flux
d’eau à la manière d’une pression du doigt sur un sac en plastique troué et rempli d’eau. La
résultante des pressions osmotiques de chaque compartiment est égale à la différence entre
les pressions osmotiques exercées par les deux compartiments et engendre un flux d’eau net
vers le compartiment qui a la plus grande pression osmotique (Figure 47).
Figure 47 : Explication des flux d’eau engendrés par les pressions osmotiques (P). R est la constante universelle des gaz parfaits,
T est la température en Kelvin et les c représentent les concentrations en solutés non perméants.

C’est la pression osmotique et le flux d’eau qui étaient la cause du stress membranaire
mentionné plus haut lors de la description du transfert de lipides entre protocellules (voir page
48).
La pression osmotique est indépendante des propriétés intrinsèques des substances en jeu et
ne dépend que des concentrations en solutés non-perméants. Il est donc utile, pour quantifier
cette pression, de se référer à la concentration totale en solutés. La concentration totale en
solutés est connue sous le nom d’osmolarité et a comme unité l’osmolaire (osM ou osmol/L).
Dans le cas des molécules qui ne se dissocient pas en solution (par exemple le glucose) la
concentration molaire de la substance est égale à la concentration osmolaire en solutés (une
solution 1 M en glucose correspond à une solution 1 osM en glucose). Par contre, lorsque la
substance dissoute se dissocie (par exemple le NaCl), l’osmolarité de la solution est égale à sa
molarité multipliée par le coefficient de dissociation de la molécule (une solution 1 M en NaCl
a donc une osmolarité égale à 2 osM).
L’osmolarité extracellulaire et le volume cellulaire
Puisque c’est la concentration de l’ensemble des solutés non-perméants qui va déterminer la
pression osmotique d’un compartiment, il peut être utile d’évaluer ces concentrations au sein
d’une cellule (Tableau 3).
Solutés Concentration intracellulaire
Na+ 0.015 osM
K+ 0.150 osM
Ca2+ 0.002 osM
Mg2+ 0.012 osM
Cl- 0.010 osM
HCO3- 0.010 osM
Pi 0.040 osM
Acides aminés 0.008 osM
Glucose 0.001 osM
ATP 0.004 osM
Protéines 0.004 osM
Autres 0.054 osM
TOTAL 0.310 osM
Tableau 3 : Concentrations osmolaires typiques du fluide intracellulaire. Pi = phosphate inorganique.
En conséquence, une cellule placée dans une solution de solutés non-perméants dont la
concentration est égale à 0.310 osM ne subira pas de flux net de liquide. On dira que le fluide
intracellulaire et cette solution sont isotoniques, c’est-à-dire que leurs concentrations en
solutés non-perméants sont les mêmes, indépendamment de la nature de ces solutés. Par
contre, les solutions contenant moins de 0.310 osM de solutés non-perméants seront dites
hypotoniques par rapport au fluide intracellulaire. Ces solutions provoqueront alors un flux
d’eau entrant dans la cellule. A l’inverse, les solutions contenant plus de 0.310 osM de solutés
non-perméants seront dites hypertoniques par rapport au fluide intracellulaire et
provoqueront un flux d’eau sortant de la cellule.
Les flux d’eau osmotique que nous venons de décrire vont participer aux modifications du
volume cellulaire. Les flux osmotiques sortant vont réduire le volume de la cellule, on parlera
de plasmolyse, alors que les flux entrant vont accroître le volume de la cellule, jusqu’à parfois
provoquer la rupture de sa membrane, ce sera dans ce cas la lyse osmotique.
Les termes iso-, hyper- ou hypo-osmotique sont parfois rencontrés. Ils comparent simplement
les concentrations osmolaires de deux compartiments sans attribuer d’importance au
caractère perméant des solutés.

Le rôle des protéines membranaires dans le contrôle de la perméabilité
Le passage de molécules au travers des membranes biologiques ne se limite pas à traverser la
bicouche lipidique. Ce passage peut aussi être organisé par des protéines transmembranaires.
En effet, certains ions ou molécules, peu ou pas perméants, franchissent les membranes à des
vitesses significativement plus élevées que ce qui peut être prédit par leur solubilité dans les
lipides. De plus, des cellules différentes présentent des perméabilités très différentes aux ions,
alors que leurs perméabilités aux molécules apolaires sont comparables. Ces différences sont
expliquées par une composition protéique différente des membranes. En effet, des protéines
transmembranaires participent, suivant plusieurs modalités, à la perméabilité de la
membrane.
Une première catégorie de protéines transmembranaires facilite le passage
transmembranaire de solutés, normalement non-perméants à la bicouche lipidique, en
suivant leur gradient de concentration. En effet, en respectant le deuxième principe de la
thermodynamique, les gradients chimiques ont une tendance spontanée à se dissiper en
équilibrant, lorsque c’est possible, les concentrations de solutés de part et d’autres des
membranes. Cette dissipation au travers de protéines transmembranaires est la diffusion
facilitée. Les protéines qui assurent la diffusion facilitée sont soit des canaux, soit des
transporteurs (Figure 48).
Précisons – Le terme diffusion facilitée est mal adapté puisqu’il décrit des processus qui
ne sont pas de la diffusion. Le choix de ce terme a été fait pour souligner que le processus
s’effectuait en suivant le gradient de concentration des solutés tout comme dans la
diffusion.
Figure 48 : Schéma des modalités de passage passif au travers d’une membrane.
Les canaux sont des protéines qui par leur structure tertiaire ou souvent quaternaire
organisent un pore dont la surface interne est constituée d’acides aminés hydrophiles. Cette
structure autorise le passage de l’eau et des ions. Ces canaux ont une spécificité relativement
faible, se limitant généralement à la charge ou à la taille pour différencier les solutés

transportés. Certains canaux ont la capacité de s’ouvrir ou de se fermer en réponse à un
stimulus chimique ou électrique.
Les transporteurs sont des protéines qui facilitent non seulement le passage
transmembranaire des ions, mais aussi celui de petites molécules organiques polaires comme
les sucres ou les acides aminés. Le transporteur doit se lier spécifiquement au(x) soluté(s) qu’il
transporte, ce qui rend ce système saturable. A l’inverse des canaux, les transporteurs doivent
modifier leur forme pour permettre le passage du soluté au travers de la membrane, ce qui
réduit leur vitesse de fonctionnement par rapport à celle des canaux. Il existe de nombreuses
classes de transporteurs dont nous découvrirons quelques exemples au cours des chapitres
qui suivent.
Les deux systèmes que nous venons de décrire sont qualifiés de passifs puisqu’ils ne
nécessitent pas une source d’énergie chimique pour fonctionner. Des systèmes similaires de
transporteurs ont besoin d’une source d’énergie chimique. Ils constituent la seconde
catégorie de protéines transmembranaires qui assure le passage de solutés au travers d’une
membrane mais dans ce cas dans le sens inverse de leur gradient de concentration. Il s’agit
des transporteurs actifs (Figure 49). Parmi ceux-ci, les pompes sont des complexes de
protéines transmembranaires qui utilisent une source d’énergie chimique, la plupart du temps,
comme l’ATP et sont donc appelées ATPases. D’autres pompes utilisent l’énergie d’électrons
ou de la lumière pour transporter des ions. Les pompes qui ne transportent qu’une seule
substance sont regroupées sous le nom d’uniport alors que celles qui transportent
simultanément plusieurs substances sont des cotransporteurs. Dans ce cas, les substances
peuvent être transportées dans le même sens par des symports ou dans des sens opposés par
des antiports.
Contrairement au transport actif primaire qui vient d’être décrit, le transport actif secondaire
(ou indirect) n’utilise pas directement l’énergie de l’ATP mais une différence de potentiel
électrochimique d’une molécule ou d’un ion cotransporté. Il peut s’agir, ici aussi, de symports
ou d’antiports.
Figure 49 : Schéma des modalités de transport actif au travers d’une membrane.

Questions
1. Articuler schématiquement la chimie abiotique, la chimie prébiotique et les modalités
qui sous-tendent l’apparition des protocellules.
2. Comment un gradient électrochimique peut-il influencer le passage transmembranaire
d’ions ?
3. Quel sera le comportement d’une cellule placée dans une solution 0.1 M en CaCl2 ?
Cette solution est-elle hyper-, iso- ou hypo-tonique par rapport au liquide
intracellulaire ?
4. Quel sera le comportement d’une cellule placée dans une solution 0.31 M en urée ?
Cette solution est-elle hyper-, iso- ou hypo-osmotique par rapport au liquide
intracellulaire ?
5. Expliquez pourquoi seuls les solutés non-perméants sont osmotiquement actifs.
6. Calculez la pression osmotique d’un compartiment intracellulaire typique à 37°C (R =
8.31 J/mol.K).

Chapitre 6 Les premières cellules
Au cours des chapitres précédents, nous avons établi comment les premiers biomonomères
ont pu apparaître sur terre, comment ils ont pu s’assembler pour constituer des biopolymères
primitifs, éventuellement pourvus d’une activité catalytique. Nous avons également discuté
de la spontanéité de la formation de structures dotées d’un comportement de type cellulaire.
Nous avons décrit ces structures comme étant une bicouche de lipides enfermant de l’ARN
catalytique. Force est de constater que les cellules modernes, sans exception, utilisent l’ADN
comme support de l’information génétique et non de l’ARN. Comment la première molécule
d’ADN est-elle apparue ? Et pourquoi a-t-elle supplanté l’ARN dans les cellules ?
De l’ARN à l’ADN
La transition d’un monde ARN vers un monde ADN a été très brièvement évoquée
précédemment dans ce cours (voir page 39). Compte tenu du rôle prépondérant de l’ADN en
biologie, cette étape dans l’apparition de la vie va être développée ici.
L'ADN peut être considéré comme une forme modifiée de l'ARN. Plusieurs arguments
permettent de faire cette proposition. D’une part, le désoxyribose dans l'ADN est une forme
réduite du ribose rencontré dans l'ARN. D’autre part, la thymine de l’ADN est une forme
méthylée de l'uracile de l’ARN (voir page 33 - Figure 27). En outre, la biochimie des cellules
modernes semble garder une trace de cette évolution puisque trois désoxyribonucléotides
(dGDP, dCDP, dADP) y sont produits par réduction à partir des ribonucléotides correspondant.
La synthèse des monomères de l'ADN à partir des monomères de l'ARN est un argument
majeur en faveur de l'ARN précédant l'ADN dans l’apparition de la vie. L'origine abiotique
directe de l’ADN, par des voies chimiques simples et compatibles avec les conditions
environnementales de la Terre primitive, a été suggérée en 2019.
La première étape de l’émergence de l’ADN est probablement passée par la formation d’un
ADN primitif, possédant encore certaines des caractéristiques de l’ARN. Plusieurs raisons
indiquent que l’U-ADN, pour ADN contenant de l’uracile, pourrait être cet ADN primitif. Tout
d’abord, la biosynthèse moderne des désoxyribonucléotides de la thymine (dTMP, dTDP et
dTTP) est réalisée à partir de ribonucléotides de l’uracile (UDP) en passant par une synthèse
intermédiaire de désoxyribonucléotides de l’uracile (dUDP, dUMP) et non par un
ribonucléotide de la thymine (TTP) qui n’existe pas dans la cellule (Figure 50). La seconde
raison est l’existence actuelle de virus dont le génome est constitué d’U-ADN, démontrant la
faisabilité de ce concept.
Figure 50 : Voie de biosynthèse des désoxyribonucléotides de la thymine à partir d’un ribonucléotide de l’uracile.
Chapitre 6 – Les premières cellules | 57

L’apparition de l’ADN implique également l’existence d’enzymes capables de copier une
molécule d’ARN en assemblant des désoxyribonucléotides en lieu et place de ribonucléotides.
Ce type d’enzyme porte le nom de transcriptase inverse. Cette famille d’enzymes est surtout
connue pour son existence dans les rétrovirus comme HIV, mais elle existe aussi dans
certaines bactéries. Ces enzymes semblent très évoluées pour avoir participé aux premiers
balbutiement de l’apparition de la vie sur Terre. Cependant, en 2017, une équipe Américaine
a découvert une molécule d’ARN catalytique capable de fonctionner comme une transcriptase
inverse. Cette découverte n’est pas sans rappeler des enzymes eucaryotes fonctionnellement
liées à une transcriptase inverse et utilisant des ARN catalytiques : les télomérases.
Une question majeure subsiste, pourquoi l'ADN a-t-il été sélectionné pour remplacer l'ARN ?
L'explication traditionnelle est que l'ADN a remplacé l'ARN en raison de sa stabilité chimique
accrue. En effet, la substitution de la fonction hydroxyle portée par le carbone 2' du ribose de
l'ADN par un hydrogène a significativement stabilisé la molécule. Le remplacement de l'ARN
par l'ADN en tant que matériel génétique a ainsi ouvert la voie à la formation de grands
génomes, condition préalable à l'évolution des cellules modernes.
La première cellule
Nous avons maintenant tous les éléments pour assembler une cellule : une membrane, un
support génétique stable, des catalyseurs biologiques, une source d’énergie primitive et un
comportement évolutif influencé par la compétition pour une ressource. Les premières
véritables cellules à apparaître sur Terre étaient plus que vraisemblablement très simples mais
néanmoins plus complexes que les protocellules décrites plus tôt.
La théorie largement admise aujourd'hui pour expliquer l’apparition des formes vivantes
actuelles remonte à la fin des années 1970. Il y aurait 3,8 à 3,5 milliards d'années, plusieurs
entités cellulaires vivantes se disputaient les ressources de la "soupe primordiale" contenant
des molécules en perpétuelle interaction. La lignée qui s'est le plus multipliée a fini par
monopoliser les ressources de cette soupe, engendrant par la suite tout le vivant. Ce gagnant
se nomme « LUCA » (pour "Last Universal Common Ancestor" ou "Dernier Ancêtre Commun
Universel") (Figure 51A), et sa descendance couvre, à travers un gigantesque arbre évolutif ou
phylogénique, les trois royaumes du vivant : les archées, les eubactéries, et les eucaryotes.
Face à sa force multiplicatrice, toutes les autres lignées de protocellules auraient disparus (voir
Chapitre 7 page 65).
Les registres fossiles les plus anciens montrent les traces laissées par des organismes marins
de type eubactérien. Il s’agit de stromatolithes constitués de cyanobactéries qui vivaient il y a
3,5 milliards d’années dans l’Ouest de l’Australie. Les stromatolithes sont des structures
formées par l’accumulation de milliers de couches de carbonate de calcium précipité par la
photosynthèse effectuée par un film de cyanobactéries. Des fossiles de ces structures, mais
plus récentes (335 millions d’années), peuvent être observés dans les murs de la Halle aux
Viandes, quai de la Goffe à Liège. La formation de stromatolithes a encore lieu à notre époque
(Figure 51B-C) par exemple dans la « Shark bay » en Australie ou dans le lac solaire en Egypte.
Cependant, les cyanobactéries photosynthétiques à l’origine des fossiles retrouvés en
Australie ne sont probablement pas les premières cellules apparues sur Terre. En effet, 11
espèces y ont été découvertes ce qui indique que la vie était probablement déjà diversifiée à
cette époque. D’autres structures plus anciennes (3,8 milliards d’années) et découvertes au
Canada suggèrent l’existence d’une vie eubactérienne au sein de sources hydrothermales
sous-marines.

Figure 51 : (A) Arbre phylogénique représentant la position de LUCA. GA = Milliard d’années. Photographies (B) d’un fossile de
stromatolites et (C) de stromatolites modernes. Photographies issues de la collection de l’Université du Wisconsin.
Les eubactéries
Les premiers êtres vivants étaient donc vraisemblablement des eubactéries, des cellules
généralement petites (0,5 à 5 µm) constituées d’un cytoplasme entouré d’une membrane
plasmique. Ce sont des êtres vivants unicellulaires pouvant adhérer les uns aux autres pour
former des colonies, des filaments ou des biofilms.
Précisons – Le terme bactérie est ambigu. En microbiologie il est synonyme de procaryote

alors qu’en biologie évolutive il ne concerne que les eubactéries (ou bactéries vraies), un
des 3 domaines de la vie avec les archées et les eucaryotes. Dans ce cours, nous avons
décidé d’appliquer la nomenclature de microbiologie. Le terme bactérie concernera
l’ensemble des procaryotes ; le terme eubactérie sera utilisé lorsque nous nous
intéresserons particulièrement à ce domaine.
La forme des eubactéries varie d’une sphère (les coques) à un bâtonnet (les bacilles) en
passant par des formes plus exotiques comme les spirilles ou les spirochètes. La forme de ces
cellules est dictée par une structure externe à la membrane plasmique qui est appelée paroi.
La paroi
Les mycoplasmes mis à part, toutes les eubactéries possèdent une paroi. Cette structure rigide
leur permet de résister à la forte pression osmotique interne, elle est composée d’une
substance dénommée peptidoglycane. La structure du peptidoglycane a été l’objet de
nombreuses études dans les années 1960, avec une contribution majeure du Prof. J.M.
Ghuysen (1925-2004), un biochimiste Liégeois.
Le peptidoglycane est constitué d’une matrice de polymères de sucres modifiés. Les
polymères sont liés entre eux par de courtes chaînes polypeptidiques (Figure 52) contenant
des acides aminés de la série énantiomérique D (voir page 9).

Figure 52 : Schéma de la structure du peptidoglycane, des parois des eubactéries gram positif et gram négatif.
L’organisation de la paroi permet de distinguer 2 types d’eubactéries. D’une part, celles dont
la paroi est uniquement composée d’une couche épaisse (15 à 80 nm) de peptidoglycane. Il
s’agit des eubactéries dites Gram positif. D’autre part, celles dont la paroi est constituée d’une
fine couche de peptidoglycane (6 à 15 nm) surmontée par une membrane externe qui contient
des molécules de lipopolysaccharides (LPS). Il s’agit des eubactéries dites Gram négatif (figure
3).
Précisons – La classification des eubactéries en Gram positif et Gram négatif repose sur
une coloration mise au point par un microbiologiste Danois au 19ème siècle, Hans
Christian Gram. L’intérêt et le principe de cette coloration seront décrits en détails dans
le cours de microbiologie.
Au-delà de la paroi, une couche externe de protéines peut exister. Il s’agit de la couche S qui
intervient souvent dans l’adhésion aux surfaces. Dans certaines eubactéries, une couche
gélatineuse supplémentaire, la capsule, entoure la paroi. La capsule permet à la cellule
d’adhérer à des surfaces ou à d’autres cellules, mais aussi d’échapper au système immunitaire.
Certaines espèces eubactériennes possèdent un appendice moteur appelé flagelle (Figure 53).
Celui-ci est ancré à la fois dans la paroi et dans la membrane sans être recouvert par ces
dernières. Le flagelle est une structure exclusivement protéique, dont le filament est constitué
de flagelline. Le filament du flagelle est attaché sur un axe qui traverse la paroi jusqu’à des
anneaux protéiques ancrés dans la membrane plasmique. Un de ces anneaux est un canal
ionique aux H+. C’est donc le mouvement entrant des H+, en suivant leur gradient de
concentration, qui provoque la rotation des anneaux et le mouvement du filament de
flagelline. Nous découvrirons plus tard que les cellules eucaryotes utilisent un système
comparable pour générer une forme chimique d’énergie (voir page 93).

Figure 53 :Structure schématique du flagelle des eubactéries. L’exemple décrit est celui d’une eubactérie Gram négatif.
Le cytoplasme
Les eubactéries ne possèdent pas de sous-compartiments internes. En conséquence, tous les
constituants de la cellule et toutes les réactions se situent ou se déroulent dans un seul
compartiment : le cytoplasme. Celui-ci contient des ribosomes responsables de la synthèse
des protéines codées par un génome fait d’une molécule, généralement unique, d’ADN
bicaténaire de forme circulaire et appelé génophore. Ce matériel génétique est condensé dans
une région du cytoplasme appelée nucléoïde.
Précisons – Le terme chromosome ne devrait pas être utilisé en dehors des eucaryotes.
En effet, un chromosome est une forme particulière de chromatine, un assemblage
d’ADN et de protéines spécifiques, les histones. Or, cet assemblage n’est jamais
rencontré chez les eubactéries. Le terme « chromosome bactérien » est cependant
souvent rencontré dans les ouvrages de biologie. Nous essaierons de l’éviter mais le
tolèrerons.
En dehors de ce matériel génétique obligatoire, beaucoup d’eubactéries hébergent du
matériel génétique facultatif sous la forme de petites molécules circulaires d’ADN bicaténaire,
les plasmides. Ces molécules portent quelques gènes dont l’expression peut conférer un
avantage sélectif comme par exemple la résistance à des antibiotiques. Des plasmides sont
intensivement utilisés en génie génétique afin d’apporter de nouveaux gènes à des cellules
eucaryotes ou forcer des eubactéries à produire des protéines étrangères.
Naturellement, certains plasmides peuvent être transférés d’une eubactérie à l’autre. On
parle de transfert horizontal et le mode de transfert repose sur un processus appelé
conjugaison (Figure 54). Le plasmide F (pour fertilité) de l’eubactérie Escherichia coli (E. coli)
est un des plasmides transmissibles les mieux connus. Les cellules qui possèdent ce plasmide
sont désignées comme cellules F+. Celles qui ne disposent pas du plasmide sont appelées F-.
Le plasmide contient les gènes nécessaires à la mise en place d’un pilus creux à la surface de
la cellule F+ et qui constituera un pont de conjugaison en unissant la cellule donneuse F+ à la

cellule receveuse F-. Le plasmide est un élément génétique qui peut être copié
indépendamment du génophore par un procédé appelé amplification circulaire (en anglais
rolling circle amplification). Ce système copie un brin du plasmide tout en le transférant au
travers du pont de conjugaison vers la cellule receveuse où un brin complémentaire sera
synthétisé. La cellule receveuse devient à son tour une cellule F+ et possède tous les avantages
conférés par le plasmide reçu.
Figure 54 : Conjugaison entre deux cellules E. coli et transfert du plasmide F.
La division cellulaire
Les eubactéries ne se reproduisent pas mais se divisent par un processus nommé scissiparité
ou division binaire. Le temps de doublement moyen d’E. coli est d’environ 20 minutes, ce qui
signifie que toutes les 20 minutes, une population bactérienne pourrait doubler. Chaque
cellule provenant de la division, les cellules filles, est une copie identique de la cellule d’origine,
la cellule mère.
Malgré sa simplicité relative, le génome des eubactéries est extrêmement long (4300 gènes
et 4,6 millions de paires de bases pour E. coli) et doit être compacté pour être stocké dans le
nucléoïde. Cette compaction est rendue possible grâce à des protéines de structure. Pendant
la scissiparité, le génophore se réplique et les produits de cette réplication sont répartis aux
extrémités de la cellule avant sa division. Dans ce cas, la réplication et la division sont
coordonnées.
Leurs interactions avec l’Humain
Beaucoup d’eubactéries vivent en complète indépendance des Humains, d’autres vivent en
symbiose avec eux. Cette symbiose peut être bénéfique pour les deux espèces, on parle alors
de mutualisme. C’est notamment le cas de bactéries qui peuplent notre système digestif ou
nos muqueuses. Dans certains cas, certaines bactéries utilisent l’Humain comme simple
support de croissance, sans lui nuire et sans lui apporter de bénéfice, il s’agit alors de
commensalisme. Dans d’autres cas, des eubactéries nuisent à leur hôte Humain, il s’agit de
parasitisme. Le nombre de pathologies humaines provoquées par des eubactéries est très
grand. On peut citer la tuberculose, le tétanos, le botulisme, les caries dentaires, le choléra, …

Les archées
A l’instar des eubactéries, les archées sont des êtres vivants unicellulaires dépourvus de noyau
et d’organites membranés. Les domaines des archées et des eubactéries forment ensemble
l’empire des procaryotes.
Précisons – Dans les notes qui suivent, le terme « bactérie » sera utilisé comme synonyme
de procaryote, c’est-à-dire l’ensemble des eubactéries et des archées.
Les traces fossiles des archées sont indiscernables de celles des eubactéries. Il est donc
impossible de se baser sur ces derniers pour tenter de dater l’apparition des archées sur Terre.
Par contre, des traces chimiques typiques des archées ont été retrouvées dans des schistes
vieux de 2,7 milliards d’années.
Les archées et les eubactéries partagent de nombreux points communs : absence de noyau,
ADN bicaténaire et circulaire, division binaire, transfert génétique horizontal. Les principales
différences entre ces 2 domaines résident dans la structure de leur membrane, la composition
de leur paroi et la diversité de leur métabolisme. Alors que la membrane plasmique des
eubactéries est constituée de phospholipides où les acides gras sont unis au glycérol par une
liaison ester, les lipides de la membrane des archées est le résultat de l’union d’hydrocarbures
à du glycérol par une liaison éther. La paroi des archées n’est pas composée de peptidoglycane
mais de pseudopeptidoglycane dépourvu d’acides aminés de la série énantiomérique D et
dans lequel un des sucres (l’acide N-acétylmuramique) est remplacé par une version basée sur
un acide différent. En terme de métabolisme, celui des archées est très varié, mais seul ce
domaine a développé une voie métabolique capable de produire du méthane.
Les archées ont longtemps été considérées comme des organismes essentiellement
extrêmophiles présents notamment dans les sources hydrothermales océaniques, les sources
chaudes volcaniques ou encore les lacs salés, mais on en a découvert depuis dans toute une
variété de biotopes qui ne sont pas nécessairement extrêmes, tels que le sol, l'eau de mer,
des marécages, la peau humaine, la flore intestinale et orale. Les archées interviennent de
façon non négligeable dans le cycle du carbone et le cycle de l'azote.
On ne connaît pas vraiment d'exemple d'archées pathogènes, elles sont le plus souvent
mutualistes ou commensales. Les archées méthanogènes de l'intestin humain et des
ruminants participent ainsi favorablement à la digestion.
L’écologie des bactéries

Les bactéries sont des organismes opportunistes. Elles ont appris à tirer parti d’une grande
diversité d’environnements tels que les sols, les eaux douces, saumâtres ou marines, … et
d’une grande variété de substrats chimiques et énergétiques. En effet, elles peuvent être
photoautotrophes (photosynthétiques), chimioautotrophe (nitrification), photohétérotrophe
ou chimiohétérotrophe (les décomposeurs).
Lorsque l’environnement devient défavorable à leur survie, certaines bactéries, généralement
Gram positif, sont capables de former des endospores en synthétisant une paroi épaisse
autour de leur génome et d’une fraction de leur cytoplasme. L’endospore permet à une
bactérie de survivre à ces conditions défavorables dans un état de dormance. Ces structures
sont extrêmement résistantes à la chaleur, à la dessiccation, aux radiations et aux
antibiotiques et peuvent donner naissance à des colonies mêmes des décennies, voire
millénaires, après leur sporulation.

Questions
1. Donnez des exemples d’ARN catalytiques. Vous en découvrirez tout au long de ce cours.
2. LUCA est-il la première cellule ? Si non, qui est-il ?
3. Dans une représentation chimique du peptidoglycane, identifiez la fraction glucidique
et la fraction peptidique.
4. Définissez les termes phototrophe, chimiotrophe, autotrophe et hétérotrophe.
5. Recherchez des exemples de mutualisme entre des bactéries et des mammifères.

Chapitre 7 Que sont devenus les concurrents de LUCA ?
Le Dernier Ancêtre Commun Universel ou LUCA n’est donc pas la première cellule apparue sur
Terre mais le plus récent ancêtre commun à toutes les cellules qui existent de nos jours. Dans
le chapitre précédent, nous avons indiqué que toutes les autres lignées de cellules primitives
auraient disparus. Une théorie moderne, et étayée par des résultats solides, suggère que ce
n’est pas totalement vrai.
L’origine des virus

Le paradigme actuel décrivant l’origine de la vie sur Terre suggère qu’il y a 3,5 à 3,8 milliards
d’années plusieurs entités cellulaires se disputaient les ressources de la "soupe primordiale".
Une de ces lignées, probablement plus adaptée, s'est multipliée plus efficacement et a fini par
monopoliser les ressources disponibles. Il s’agit de LUCA. Toutes les autres lignées de cellules
primitives auraient disparus. Avant cette disparition et durant des millions d'années, les
protocellules concurrentes de LUCA auraient inondé la soupe primordiale de constituants de
leur anatomie - ADN, ARN ou membranes. Du matériel biologiquement inerte, mais
chimiquement actif. Le hasard aurait voulu qu'un nombre infime de ces fragments se trouve
doté de propriétés physico-chimiques leur permettant de parasiter LUCA et de se répliquer au
sein même des cellules, et donc de perdurer sous la forme de virus. La théorie acceptée
jusqu’à aujourd’hui voit donc dans les virus de simples rejets accidentels des cellules
concurrentes de LUCA.
Une autre hypothèse, émise récemment, propose que la disparition des concurrents de LUCA
n’ait pas été totale et que les survivants aient été à l’origine des virus. En effet, selon cette
hypothèse, les virus modernes sont les descendants directs, non de LUCA, mais de cellules
concurrentes. Dans un premier temps, ces ancêtres des virus seraient devenus des cellules
parasites de LUCA, détournant la machinerie cellulaire tout en abandonnant certaines de leurs
fonctions internes, ainsi que les gènes qui les pilotent - un phénomène classique de «
réduction évolutive ». Ils auraient ensuite continué à se simplifier jusqu'à se reposer
totalement sur la machine moléculaire de leur hôte, perdant les attributs aujourd'hui
considérés comme essentiels aux êtres vivants et ne conservant que le strict nécessaire pour
mettre les cellules à leur service et se disséminer.
Précisons – Des bactéries susceptibles de parasiter le cytoplasme d’autres cellules, à

l’instar de ce qui est décrit ci-dessus, existent encore à l’heure actuelle. Il s’agit par
exemple des mycoplasmes. Ces bactéries dépourvues de paroi sont, entre autres,
responsables de maladies respiratoires.
Qu’est-ce qu’un virus ?

Les virus existent sous deux formes distinctes : une forme particulaire libre et donc
extracellulaire appelée virion, et une forme intracellulaire. Les virions, d’une taille oscillant
entre 20 et 250 nm, possèdent tous la même structure de base (Figure 55) : une ou des
molécules d’acide nucléique entourées d’une capside constituée de protéines ou
glycoprotéines. L’acide nucléique est d’un seul type, soit de l’ARN, soit de l’ADN. La nature de
cet acide nucléique est à la base de la classification des virus, la classification de Baltimore. La
capside qui protège les acides nucléiques viraux peut être constituée d’une ou de plusieurs
(glyco-)protéines différentes. Chaque (glyco-)protéine porte le nom de capsomère. Chez
certains virus, la capside contient, en plus du matériel génétique, une ou quelques enzymes
Chapitre 7 – Que sont devenus les concurrents de LUCA ? | 65

spécialisées. Un grand nombre de virus pouvant infecter les cellules animales sont également
entourés d’une membrane biologique et sont alors dits enveloppés.
Figure 55 : Illustration de la variété de structure de particules virales ou virions.
A priori, toutes les organismes peuvent être l’hôte de virus. Il existe en effet, des virus
infectant des animaux, des végétaux, des champignons, des protistes et même des
procaryotes. Dans ce dernier cas, on parle de bactériophages. Il faut noter que chaque espèce
de virus possède une gamme plus ou moins étroite d’hôtes potentiels, généralement proches.
En outre, lorsque le virus est au sein de l’hôte infecté, il se caractérise par un tropisme
particulier puisqu’il ne vise qu’un ou quelques types cellulaires.
Les virus sont des agents biologiques non-vivants obligés de parasiter une cellule pour assurer
leur multiplication. Lorsque les cellules cibles sont infectées, celles-ci peuvent subir des
dommages importants pouvant même aboutir à leur destruction. Cependant, certains virus
peuvent ne pas être pathogènes immédiatement et rester dormant durant plusieurs années
à l’intérieur des cellules. On parle dans ce cas de latence. De nombreux virus, tels que les
adénovirus, sont même non pathogènes.
De façon surprenante, l’analyse de la séquence du génome humain révèle qu’environ 10 % de
sa longueur est d’origine virale. Ces séquences virales sont des vestiges d’infections, datant
de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates. La plupart
de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de
coder pour la moindre protéine. Par contre, d’autres restent actives et peuvent même
participer au fonctionnement normal de la cellule. Cette inclusion de segments de génome de
virus dans le patrimoine génétique de l’hôte est le résultat du mode particulier de réplication
des rétrovirus.
Le cycle viral
Le cycle viral est le terme donné à l’ensemble des processus qui se déroulent dans une cellule
infectée par un virus et qui visent à produire de nouveaux virions. Il s’agit d’un mode de
multiplication exclusivement parasitaire puisqu’il exploite la machinerie moléculaire de la
cellule hôte, ainsi que l’énergie et les biomonomères qui y sont disponibles. Plusieurs types
de cycle viral existent selon qu’il s’agit de virus à ADN ou à ARN, de virus nu ou enveloppé. Le
cycle viral comprend généralement 7 étapes principales : l’adsorption (ou attachement), la
pénétration, la décapsidation, la réplication du génome viral, la synthèse des composants
viraux, l’assemblage, et la libération.

L’adsorption
La première étape du cycle viral est la fixation du virion à la cellule hôte. Cette adsorption est
le résultat d’une interaction spécifique entre une protéine portée par la membrane plasmique
de la cellule hôte et une protéine de la surface du virion. Ce besoin de protéines de la
membrane plasmique pour l’attachement des virus explique leur tropisme restreint.
La pénétration et la décapsidation
Le mécanisme de pénétration à l’intérieur de la cellule dépend de l’espèce virale considérée
et donc de la structure du virion. Les bactériophages ne pénètrent pas totalement dans la
cellule hôte mais injectent uniquement leur génome dans le cytoplasme de la bactérie au
travers de leur queue hélicoïdale à l’image d’une seringue moléculaire. Lors de la pénétration
des cellules animales, les virus peuvent entrer dans la cellule soit par un processus
d’endocytose, soit par une fusion de l’enveloppe virale avec la membrane plasmique (Figure
56).
Figure 56 : Mode de pénétration et de décapsidation par (A) fusion membranaire d’un virus enveloppé et (B) endocytose d’un
virus enveloppé. Image adaptée de slideplayer - https://slideplayer.com/slide/4652613/.
Lors de la décapsidation, la capside du virus est démantelée par des enzymes le plus souvent
cellulaires et éventuellement le pH acide des vésicules d’endocytose.
La réplication du génome viral
La réplication du génome viral consiste en la multiplication du génome d’un virus dans le but
de générer de nouveaux virions. Selon le type de virus et plus exactement selon la nature
chimique de son patrimoine génétique, la réplication peut prendre des formes très différentes.
Trois exemples particuliers seront décrits dans la suite de ce chapitre dans le but d’illustrer le
mode réplicatif d’un virus à ADN (virus de la varicelle et du zona), d’un virus à ARN de type

rétrovirus (virus du SIDA), et d’un virus à ARN à polarité négative (virus de la grippe). Il va de
soi qu’il s’agit uniquement d’exemples.
La synthèse des composants viraux et l’assemblage
Des composants viraux (génome viral, protéines virales) sont néosynthétisés par le biais des
organites et de la machinerie moléculaire de la cellule. Les protéines virales (capsomères,
enzymes, protéines de surface) sont synthétisées par les ribosomes sur la base d’ARN
messagers.
Les différents constituants de la particule virale sont assemblés à l’intérieur de la cellule. La
capside est constituée et le génome viral y est encapsidé en compagnie d’éventuelles enzymes.
La libération de nouvelles particules virales
Les virions nouvellement assemblés sont libérés à l’extérieur de la cellule. Cette libération
peut être le résultat d’une rupture de la membrane plasmique de la cellule hôte ou, dans le
cas des virus enveloppés, d’un bourgeonnement au travers de la membrane plasmique. Dans
ce cas, l’enveloppe de la particule virale est formée d’une fraction de la bicouche de
phospholipides originaire de la cellule hôte et peut également contenir des protéines
membranaires codées par le génome viral.
Réplication du virus de la varicelle et du zona

Le virus de la varicelle et du zona est un virus enveloppé à ADN bicaténaire de la famille des
herpès. Il pénètre la cellule hôte par fusion membranaire. À la suite du démantèlement du
virion à l’intérieur de la cellule hôte, l'ADN viral va migrer vers le noyau de la cellule. À
l'intérieur du noyau, l'ADN viral n’est pas intégré au génome mais subit une réplication et une
transcription limitée aux gènes viraux de latence. De cette manière, le virus peut persister
dans la cellule indéfiniment. À la suite de l'activation, le virus entame la transcription des
gènes lytiques qui conduisent à une réplication accélérée et à la production de nouveaux virus.
Réplication des rétrovirus

Les rétrovirus regroupent les virus enveloppés à ARN monocaténaire de polarité positive et
qui se distinguent par la présence dans le virion d’une enzyme virale particulière, la
transcriptase inverse. Après la pénétration du virus par fusion membranaire et sa
décapsidation, la transcriptase inverse catalyse dans le cytoplasme la synthèse d’une molécule
d’ADN bicaténaire dont un brin est complémentaire de l’ARN viral. Cet ADN bicaténaire entre
ensuite dans le noyau en même temps qu’une enzyme virale capable d’intégrer l’ADN viral
aléatoirement dans le génome de la cellule hôte, il s’agit d’une intégrase. La forme intégrée
du génome viral est appelée provirus.
Le moment venu, les gènes viraux sont exprimés par la machinerie moléculaire de la cellule
hôte et les ARN messagers correspondants sont synthétisés puis traduits en protéines. Une
fraction de ces ARN messagers servira de génome aux particules virales en assemblage.
Réplication du virus de la grippe

Le virus de la grippe est un virus enveloppé à ARN monocaténaire de polarité négative. Son
génome est segmenté en 8 molécules d’ARN. Il pénètre la cellule par endocytose et libère les
ARN viraux et les enzymes de réplication. L’ARN viral et ces enzymes sont transportés dans le
noyau où l’ARN viral est transcrit en un ARN complémentaire de polarité positive. Une fraction
de ce dernier est réexportée vers le cytoplasme pour servir de matrice à la synthèse des
protéines virales. L’autre fraction est répliquée pour former de nouveaux segments
génomiques viraux.

Questions
1. Citez des exemples de virus, associez y éventuellement une pathologie et tentez de
déterminer leur tropisme.
2. Tous les virus sont-ils pathogènes ?
3. Les virus à ARN intègrent-ils toujours leur patrimoine génétique dans le génome de
l’hôte ?
4. Quelle est la différence entre un ARN à polarité positive et un ARN à polarité négative ?

Chapitre 8 L’origine des eucaryotes
Le terme eucaryote provient du grec et signifie littéralement « ceux qui possèdent un véritable
noyau ». Il s'oppose donc au concept de procaryote qui signifie « avant le noyau ». Les
premières traces fossiles fiables d’eucaryotes remontent à 1,6 milliard d’années. Cependant,
la découverte de stéranes (voir page 45), des molécules caractéristiques des eucaryotes, dans
des roches vieilles de 2,7 milliards d’années suggère une origine encore plus ancienne de ces
cellules.
L’apparition du noyau et du réticulum endoplasmique

La question de l’origine de la cellule eucaryote est liée à celle du noyau. En effet, la présence
d’un noyau dans une cellule, à un moment de son existence, est suffisante et nécessaire pour
affirmer qu’il s’agit d’un eucaryote. Actuellement, plusieurs théories s’affrontent pour
expliquer l’apparition du noyau. La première théorie repose sur la formation d’invaginations
de la membrane plasmique d’un procaryote ancestral dépourvu de paroi. Ces replis de la
membrane plasmique vers l’intérieur de la cellule procaryote peuvent encore être observés à
l’heure actuelle chez des espèces d’eubactéries nitrifiantes appartenant aux genres
Nitrobacter et Nitrosomonas. Ces plis se seraient ensuite individualisés de la membrane
plasmique pour former le système endomembranaire à l’origine de l’enveloppe nucléaire, du
réticulum endoplasmique et de l’appareil de Golgi (Figure 57A). Récemment, une hypothèse
endosymbiotique a été proposée pour expliquer la naissance du noyau, elle est parfois
appelée théorie endocaryotique. Selon cette hypothèse, une eubactérie ancestrale aurait
internalisé par endocytose une archée qui serait devenue le noyau, impliquant un transfert
du patrimoine génétique de la cellule hôte vers l’endosymbionte (Figure 57B). Bien entendu,
d’autres hypothèses (caryogenèse, endospore, …), parfois farfelues, ont été proposées pour
expliquer l’apparition du noyau mais ces dernières dépassent le cadre de ce cours.
Figure 57 : Schéma des deux principales hypothèses émises pour expliquer l’origine du noyau. (A) Hypothèse de l’invagination
de la membrane plasmique. (B) Hypothèse endocaryotique de l’internalisation d’une archée.
Chapitre 8 – L’origine des eucaryotes | 70

Si la première théorie semble plus simple à imaginer, la seconde est soutenue d’une part par
notre connaissance d’exemples modernes d’endosymbiose, et d’autre part, par des
arguments moléculaires. En effet, dans le monde des procaryotes, le groupe le plus proche
des eucaryotes est un super-embranchement d'archées, les archées d'Asgård. Leur génome
code une série de protéines similaires à des protéines qu'on pensait spécifiques des
eucaryotes, et notamment l'actine qui forme le cytosquelette de filaments fins. Cette
proximité génétique entre les deux domaines soutient l’hypothèse endocaryotique qui unis
les domaines des eubactéries et des archées dans celui des eucaryotes (Figure 58).
Figure 58 : Union des deux domaines procaryotiques au travers d’endosymbioses à l’origine de l’apparition des eucaryotes.
Le cytosquelette d’actine
Les cellules eucaryotes présentent une immense variété de forme et leur observation
microscopique révèle souvent des structures tridimensionnelles comme des plis, des
évaginations ou des invaginations. En outre, ces structures sont dynamiques, elles peuvent
apparaître, disparaître ou encore changer de forme. Une grande partie de ces structures et de
leur mouvements est le résultat d’un réseau dynamique de filaments de protéines, l’actine,
constituant les microfilaments du cytosquelette.
Les filaments d’actine, ou actine F, sont des polymères hélicoïdaux constitués de deux brins.
Ce sont des structures flexibles avec un diamètre de 5 à 9 nm. Les monomères de ces
microfilaments sont l’actine G. Les filaments d’actine sont des structures polarisées avec une
extrémité dites « moins » relativement inerte et à croissance lente et une extrémité dite
« plus » à croissance rapide, principal site de sa polymérisation. La polymérisation de l’actine
requiert de l’ATP du K+ et du Mg2+. C’est un processus dynamique qui est contrôlé par
l’hydrolyse de l’ATP.
Les filaments d’actine sont rarement isolés dans la cellule, mais sont plutôt sous la forme
d’agrégats pontés et de faisceaux. C’est le cas des filaments d’actine qui se situent juste sous
la membrane plasmique et qui forment un vaste réseau appelé le cortex cellulaire. Le cortex
cellulaire contrôle la forme et les mouvements de la plupart des cellules animales. Toutes les
cellules eucaryotes contiennent de l’actine et les microfilaments peuvent y former des
structures stables ou des structures labiles. Les microfilaments stables renforcent les
microvillosités et sont les composants fondamentaux de l’appareil contractile des cellules
musculaires. Les microfilaments labiles sont responsables d’un grand nombre de mouvements
cellulaires.

La structure du noyau
Le noyau est sans conteste le plus grand organite de la cellule eucaryote. Sa forme est
généralement sphérique même si des exceptions existent comme le noyau des cellules
sanguines polymorphonucléaires. Le noyau est le lieu où est entreposé la majorité du
patrimoine génétique des cellules eucaryotes.
Le noyau est délimité par une structure appelée enveloppe nucléaire (Figure 59). Il s’agit d’un
assemblage de deux membranes, chacune constituée d’une bicouche de phospholipides et de
protéines. Cette organisation particulière fait apparaître une lumière entre les deux
membranes et appelée espace internucléaire. L’enveloppe nucléaire est percée d’orifices qui
permettent la communication entre le nucléoplasme et le cytoplasme. Ces orifices sont les
pores nucléaires et se situent aux endroits où les deux membranes de l’enveloppe se joignent.
Bien entendu, un pore n’est pas qu’un simple trou dans l’enveloppe. Il est organisé par de
nombreuses protéines (~100) formant des complexes et qui permettent de contrôler le
passage de molécules. Les pores sont librement perméables aux ions et aux petites molécules.
Des protéines, des ARN et des complexes ARN-protéines (les sous-unités ribosomiques)
peuvent également franchir les pores nucléaires mais de façon contrôlée grâce à des protéines
d’importation. Ce passage entre les compartiments cytoplasmique et nucléaire porte le nom
de translocation.
La surface interne du noyau est tapissée par un réseau de protéines, les lamines, qui
appartiennent au cytosquelette intermédiaire et constitue un support de structure, la lame
nucléaire, pour l’enveloppe nucléaire. C’est cette structure qui impose sa forme au noyau.
Fibrilles
Panier
Figure 59 : Schéma de la structure de l’enveloppe et d’un pore nucléaire.
Le cytosquelette de filaments intermédiaires

La relative constance de la forme d’une cellule eucaryote est dû à une autre catégorie de
filaments du cytosquelette, les filaments intermédiaires. Une des fonctions les plus
importantes des filaments intermédiaires est donc de procurer aux cellules animales une
stabilité mécanique.

Les filaments intermédiaires sont nommés ainsi car leur diamètre externe d’environ 10 nm est
intermédiaire entre celui des microfilaments d’actine et des microtubules que nous
découvrirons plus tard (voir page 153). Ils forment des fibres cordées constituées par
l’assemblage de monomères appartenant à une famille hétérogène de protéines fibreuses.
Chacun de ces monomères donne naissance à des filaments intermédiaires spécifiques de
certains types de cellules ou de certaines localisations cellulaires.
Les filaments intermédiaires sont résistants, durables et insolubles. Ils sont présents dans la
plupart des cellules animales. Ils sont particulièrement abondants dans les cellules soumises
à des stress mécaniques importants, par exemple au niveau des cellules épithéliales, le long
des axones des cellules nerveuses et dans les cellules musculaires. Len effet, la structure des
filaments intermédiaires leur confère en fait une grande résistance aux forces d’étirement.
Les différents monomères protéiques qui forment les filaments intermédiaires sont tous des
molécules fibreuses allongées avec une tête amino-terminale, une queue carboxy-terminale
et un domaine central allongé sous la forme d’une hélice alpha. La présence de répétitions de
séquences d’acides aminés spécifiques, favorise la dimérisation de ces protéines en une
structure super-enroulée formée de deux hélices parallèles. Ces dimères s’associent alors
pour former des sous-unités tétramériques solubles. Les filaments intermédiaires matures
sont formés par l’assemblage de ces sous-unités tétramériques.
Dans les cellules de Vertébrés, les filaments intermédiaires cytoplasmiques sont regroupés en
trois classes : les filaments de kératine, les filaments de vimentine et apparentés à la vimentine
et les neurofilaments. Chacun de ces filaments intermédiaires naît de la polymérisation de
leurs sous-unités protéiques correspondantes.
Les kératines ou cytokératines constituent la famille la plus importante de sous-unités de
filaments intermédiaires. Elles sont à l’origine des filaments de kératine que l’on trouve
principalement dans les cellules épithéliales, les cheveux, les poils et les ongles. La vimentine
et les protéines apparentées à la vimentine sont les monomères utilisés pour former les
filaments intermédiaires cytoplasmiques des cellules d’origine mésodermique (voir page 191),
à savoir les fibroblastes, les cellules endothéliales et les globules blancs. La desmine est
présente principalement dans le cytoplasme des cellules musculaires lisses. Les
neurofilaments sont une classe de filaments intermédiaires exprimés dans différentes régions
du système nerveux.
Le noyau des cellules eucaryotes contient des filaments intermédiaires qui doublent la face
interne de l’enveloppe nucléaire. Ce treillis de filaments forme une couche appelé lame
nucléaire. Les sous-unités des filaments intermédiaires entrant dans la composition de la lame
nucléaire sont les lamines.
La structure du réticulum endoplasmique

Les cellules eucaryotes possèdent un système complexe d’endomembranes qui divisent le
cytoplasme en compartiments. Le plus développé de ces compartiments est le réticulum
endoplasmique. Il est séparé du cytosol par une bicouche de phospholipides dans laquelle
sont insérées des protéines. Le réticulum endoplasmique, situé à proximité du noyau, est
fonctionnellement divisé en réticulum endoplasmique rugueux et en réticulum
endoplasmique lisse qui communiquent entre eux (Figure 60).

Figure 60 : Schéma du réticulum endoplasmique et de la communication entre le réticulum endoplasmique rugueux et le
réticulum endoplasmique lisse. Image issue de https://www.online-sciences.com.
Le réticulum endoplasmique rugueux est constitué par un empilement de saccules aplatis et

dont les lumières communiquent entre elles. Les saccules ont la capacité de se lier, du côté
cytosolique, avec des ribosomes (Figure 60). Cette interaction donne à la surface de ce
compartiment un aspect granuleux auquel il doit son nom. Il est notable que la membrane du
réticulum endoplasmique rugueux soit en continuité avec la membrane externe qui constitue
l’enveloppe nucléaire (Figure 61). Cette dernière a d’ailleurs également la capacité de se lier
à des ribosomes.

Figure 61 : Photomicrographies électroniques du réticulum endoplasmique. (A) Interface entre le réticulum endoplasmique
lisse (REL) et le réticulum endoplasmique rugueux (RER). (B) Site de communication entre la membrane du RER et la membrane
externe de l’enveloppe nucléaire. (C) Interactions entre des ribosomes et la membrane externe de l’enveloppe nucléaire. NPC
= complexe de pore nucléaire (nuclear pore complex). Images issues de Campbell Biology, https://veteriankey.com et
https://www.leica-microsystems.com.
La région du réticulum incapable de se lier à des ribosomes et constituée d’un réseau tubulaire
porte le nom de réticulum endoplasmique lisse (Figure 60 & Figure 61).
La structure de l’appareil de Golgi

L’appareil de Golgi est constitué d’un ou plusieurs empilements de citernes aplaties appelés
dictyosomes (Figure 62). Le nombre de citernes dans un dictyosome dépend du type cellulaire
considéré. Un dictyosome possède une face orientée vers le réticulum endoplasmique et
appelée cis alors que l’autre face, orientée vers la membrane plasmique est dénommée trans.
Les citernes de l’extrémité cis de l’appareil de Golgi communiquent avec le réticulum
endoplasmique par des flux antérogrades et rétrogrades de vésicules de transport. Des
citernes de la face trans bourgeonnent des vésicules de sécrétion et des vésicules digestives
appelées lysosomes.
Figure 62 : Schéma du réticulum endoplasmique et d’un appareil de Golgi constitué d’un seul dictyosome et
microphotographie de deux dictyosomes.
L’origine des organites multimembranés

Nous avons vu plus haut ce qu’était une endosymbiose. Leur observation fréquente dans la
nature a amené Lynn Margulis à défendre la théorie endosymbiotique pour expliquer
l’apparition des plastes (Figure 63). Selon cette théorie, les premiers eucaryotes,
vraisemblablement anaérobies, auraient hébergés des bactéries aérobies (a-
proteobactéries), à l’origine des mitochondries actuelles. La raison probable qui a favorisé la
survie, et donc le rayonnement ultérieur, de cette endosymbiose est l’apparition progressive
de l’oxygène atmosphérique produit par la photosynthèse des cyanobactéries. L’origine des
chloroplastes des cellules végétales ou d’algues est probablement similaire. Effectivement, il
semble que tous les chloroplastes dérivent d’une souche unique de cyanobactéries. Par contre,

les hôtes qui les ont hébergés ne semblent pas être monophylétiques, ce qui démontre que
les épisodes d’endosymbioses ont été multiples dans l’apparition des eucaryotes
photosynthétiques.
Figure 63 : Origine endosymbiotique des mitochondries et des chloroplastes.
La structure de la mitochondrie
La mitochondrie est traditionnellement décrite comme un organite en forme de haricot. Cet
aspect est le résultat de l’observation à l’aide d’un microscope électronique qui ne laisse
observer qu’un fragment infime de l’organite. En effet, la morphologie des mitochondries
oscille d’une structure individuelle et arrondie à un réseau complexe et étendu.
La mitochondrie est délimitée par deux membranes décrites comme étant le résultat d’une
endocytose préalable à l’endosymbiose dont nous avons parlé ci-dessus. Ces deux membranes,
qualifiées d’interne et d’externe, délimitent deux compartiments différents : la matrice
mitochondriale, qui est le compartiment le plus central, et l’espace inter-membranaire
localisé entre les deux membranes (Figure 64). La matrice est le siège de nombreuses
réactions enzymatiques et contient des molécules circulaires d’ADN bicaténaire non associé à
des histones. Cet ADN est fonctionnellement indépendant de l’ADN nucléaire et encode chez
l’Humain 13 protéines, des ARN de transfert et des ARN ribosomiaux. Ces derniers participent
à la constitution des ribosomes mitochondriaux.

Figure 64 : Schéma d’une mitochondrie et microphotographie électronique de deux mitochondries (photographie du Prof.
Marc Thiry, ULiège)
La membrane externe est composée d’une bicouche de phospholipides, de cholestérol et de

protéines dont de nombreuses porines qui créent des canaux permettant la diffusion d’ions
et de petites molécules.
La membrane interne est composée d’une bicouche de phospholipides et de très nombreuses
protéines. A l’inverse de la membrane externe, elle ne contient pas de cholestérol mais de la
cardiolipine. La membrane interne est très imperméable aux ions et aux molécules polaires.
Cette membrane forme des replis vers la matrice pour former les crêtes mitochondriales.
La division des mitochondries ne coïncide pas nécessairement avec la division de la cellule. En
effet, la division des mitochondries est indépendante de celle de la cellule. En outre, le mode
de division des mitochondries est très différent de celui de la cellule eucaryote, mais similaire
à celui des eubactéries.
Précisons – Malgré leur origine endosymbiotique probable, les mitochondries ne peuvent

pas « survivre » ou même se diviser en dehors d’une cellule. Il ne s’agit pas d’un
organisme à part entière.
La structure du chloroplaste
Les cellules eucaryotes capables d’effectuer la photosynthèse contiennent des chloroplastes.
Tout comme les mitochondries, les chloroplastes sont délimités par au moins deux
membranes probablement issues d’endosymbioses successives.
Précisons – l’origine monophylétique des chloroplastes a amené les scientifiques à

suggérer l’existence de multiples évènements endosymbiotiques successifs appelés
endosymbioses primaires, secondaires et tertiaires. Cette succession permet d’expliquer
l’origine des chloroplastes possédant plus de deux membranes. Dans le cadre de ce cours,
nous nous limiterons aux chloroplastes possédant une double membrane.

Ces deux membranes font naître deux compartiments différents au sein du chloroplaste. Un
compartiment interne, le stroma, et un espace inter-membranaire très réduit en raison de la
proximité des deux membranes (Figure 65). Un système membranaire complémentaire existe
dans le stroma, il forme des lames qui s’organisent en disques aplatis portant le nom de
thylakoïdes. Plusieurs thylakoïdes peuvent former des empilements dénommés grana. Même
si ce système semble indépendant de la membrane interne du chloroplaste, leurs
compositions lipidiques sont très semblables, suggérant une origine commune.
Figure 65 : Schéma d’un chloroplaste et microphotographie d’empilements de thylakoïdes (granum).
Le stroma contient, tout comme la mitochondrie, des molécules circulaires d’ADN bicaténaire
non associé à des histones. Cet ADN est, lui aussi, fonctionnellement indépendant de l’ADN
nucléaire, et porte des gènes codant pour des protéines, des ARN de transfert et des ARN
ribosomiaux. Le stroma contient également des ribosomes fonctionnels.
Quels sont les arguments en faveur de la théorie endosymbiotique

Un élément en faveur des théories endosymbiotiques est bien entendu notre connaissance
d’innombrables exemples modernes de relations symbiotiques intracellulaires. Par exemple,
l’endosymbiose d’algues est largement présente chez des eucaryotes, y compris de nombreux
protistes et organismes multicellulaires.
Des arguments plus probants, basés sur l’indépendance fonctionnelle des plastes et sur leurs
ressemblances avec des microorganismes consolident cette théorie :
• Les plastes possèdent un génome indépendant du génome nucléaire.
• Les gènes plastiques sont transcrits dans le plaste et traduits en protéines par des
ribosomes plastiques.
• Des études phylogéniques suggèrent que le génome des chloroplastes est très proche
de celui des cyanobactéries.
• Les analyses de séquences d'ADN et la phylogénie suggèrent que certains gènes de
l'ADN nucléaire des plantes pourraient provenir des cyanobactéries.
• Les plastes se divisent au sein de la cellule eucaryote indépendamment de la division
de celle-ci. Le mode de division des plastes est celui des procaryotes, la scissiparité.

• La structure du génome plastique est similaire à celle des génomes procaryotes : un
ADN bicaténaire et circulaire dépourvu d’histones.
• La structure et la taille des ribosomes plastiques sont différentes de celles des
ribosomes cytoplasmiques des cellules eucaryotes mais comparables à celles des
ribosomes procaryotiques.
• Les plastes sont délimitées par au moins 2 membranes.
• Les membranes mitochondriales sont de compositions très différentes. La composition
en cholestérol de la membrane externe est similaire à celle de la membrane plasmique
eucaryote alors que la membrane interne est dépourvue de cholestérol mais contient
de la cardiolipine comme la membrane plasmique des cellules procaryotes.
• La structure interne des chloroplastes (thylakoïdes) et la structure chimique des
chlorophylles chloroplastiques sont similaires à celle des cyanobactéries.
Questions
1) A votre avis, pourquoi la théorie endosymbiotique suppose-t-elle que la cellule hôte
ait été dépourvue d’une paroi ?
2) Enoncez clairement quelle est la différence entre l’appareil de Golgi et un dictyosome.
3) Que signifient les termes anaérobie et aérobie ?

Chapitre 9 Les fonctions du système endomembranaire
Nous avons découvert dans les chapitres précédents que le système endomembranaire était
composé de l’enveloppe nucléaire, du réticulum endoplasmique, de l’appareil de Golgi, des
lysosomes et de différentes vacuoles ou vésicules. Il s’agit plus précisément de l’ensemble des
membranes internes impliquées dans une continuité fonctionnelle. Cette continuité est le
résultat soit d’une connexion directe, soit d’un échange de matière par des transports
vésiculaires.
Précisons – Même si les mitochondries et les chloroplastes possèdent des membranes,

ils ne font pas partie du système endomembranaire. Il en va de même des peroxysomes.
Le but de ce chapitre est de se pencher sur les rôles du réticulum endoplasmique, de l’appareil
de Golgi et du système vacuolaire et vésiculaire.
Le réticulum endoplasmique lisse

Le réticulum endoplasmique lisse (ou REL) est un organite des cellules eucaryotes dont la
membrane ne porte pas de ribosomes à l’inverse du réticulum endoplasmique rugueux (ou
RER). Son étendue dépend de la fonction cellulaire. En effet, puisque les rôles principaux de
cet organite sont la synthèse de lipides et le stockage du calcium, il n’est pas étonnant de le
voir développé et abondant dans les cellules productrices de certains lipides ou nécessitant
un stockage du calcium.
Le réticulum endoplasmique lisse joue un rôle important dans la synthèse des phospholipides
membranaires, participant ainsi au renouvellement des bicouches phospholipidiques de la
cellule. Il participe également à la synthèse de lipides de signalisation comme les hormones
stéroïdiennes telles que les hormones sexuelles.
Cet organite participe également à la régulation de la concentration cytosolique en calcium
ionique (Ca2+) puisqu’il intervient dans le stockage et le relargage de cet ion. Cette action est
particulièrement importante dans les cellules musculaires, ce qui vaut au REL d’y porter un
nom spécifique : le réticulum sarcoplasmique. Par l’intermédiaire de sa régulation du flux de
calcium, le réticulum endoplasmique lisse intervient dans des fonctions majeures de la cellule
telles que la contraction musculaire et l’exocytose régulée. La régulation des flux calciques se
fait par l’intermédiaire de transporteurs ou de pompes du calcium.
Le réticulum endoplasmique lisse joue aussi un rôle dans la transformation d’un certain
nombre de molécules xénobiotiques comme des médicaments ou l’éthanol. Il s’agit d’une
détoxification et d’un solubilisation de molécules potentiellement toxiques par des enzymes
appartenant à la famille des cytochromes P450.
Au niveau du foie, c’est également au niveau du réticulum endoplasmique lisse que le
glycogène est dégradé en glucose.
Le réticulum endoplasmique rugueux

Le réticulum endoplasmique rugueux (ou RER) est un organite des cellules eucaryotes dont la
membrane est susceptible de porter des ribosomes. L’abondance du RER dans les cellules est
proportionnelle à l’intensité de la synthèse des protéines qui y transitent. Généralement, le
réticulum endoplasmique rugueux est situé en périphérie du noyau.
La fonction du réticulum endoplasmique rugueux concerne des modifications et le
« trafficking » de protéines. En effet, les protéines destinées à être hébergées au niveau des
Chapitre 9 – Les fonctions du système endomembranaire | 80

réticulum, de l’appareil de Golgi, des lysosomes, de la membrane plasmique ou à être
sécrétées à l’extérieur de la cellule sont synthétisées par des ribosomes localisés à la face
cytosolique du réticulum endoplasmique rugueux. Durant leur synthèse, ces protéines sont
importées dans la lumière du réticulum endoplasmique rugueux grâce à un processus appelé
« exportation cotraductionelle ». Durant ce processus, les protéines en élongation peuvent
être catalytiquement liées sur des acides aminés asparagine, grâce à des glycosyltransférases,
à des chaînes courtes et ramifiées de glucides. Ce processus porte le nom de N-glycosylation.
L’appareil de Golgi
L’appareil de Golgi est l’organite où s’effectue la maturation, le tri et la livraison de protéines
exportées vers le réticulum endoplasmique. Il régule le transport vésiculaire vers la membrane
plasmique et se charge de modifier les protéines qui empruntent le chemin de l’exportation
cotraductionnelle. Ces modifications regroupent, entre autres, des glycosylations, des
sulfatations, des phosphorylations et des lipidations. Collectivement, ces modifications sont
regroupées sous le vocable de modifications post-traductionnelles.
A la face cis de l’appareil de Golgi, les protéines qui ont transité par le réticulum
endoplasmique rugueux sont apportées par des vésicules de transport. Ces vésicules
fusionnent ensemble du côté cis de l’appareil de Golgi pour y former les citernes. C’est à cet
endroit que les protéines en transit sont modifiées par glycosylation. A cette étape, les
protéines reçoivent des chaînes de glucides sur des résidus sérine et thréonine. Ce processus
porte le nom de O-glycosylation.
Certaines vésicules produites à la face trans de l’appareil de Golgi sont à l’origine des
lysosomes et d’autres contiennent les protéines destinées à la membrane plasmique ou au
milieu extracellulaire grâce à une exocytose.
Les lysosomes
Les lysosomes sont de petits organites découverts par le chercheur Belge Christian de Duve
(1917-2013). En 1974, il a reçu le prix Nobel de physiologie pour sa découverte.
Ces structures sont des vésicules digestives limitées par une membrane et proviennent de
l’appareil de Golgi. Elles contiennent de nombreuses enzymes de dégradation, des hydrolases,
actives à pH acide. Ces enzymes participent à la dégradation de protéines (protéases), d’acides
nucléiques (nucléases), de lipides (lipases) ou de glucides (osidases). Ces enzymes
fonctionnent de façon optimale à un pH acide correspondant à celui de la lumière de cet
organite. En effet, la membrane des lysosomes porte des pompes à protons (Figure 66). La
pompe à protons lysosomiale appartient à la famille des ATPases vésiculaires ou V-ATPases.

Figure 66 : Schéma de la pompe à protons lysosomiale.
Les lysosomes jouent un rôle majeur dans le recyclage de structures cellulaires devenues
obsolètes ou altérées. Ce processus de recyclage porte le nom d’autophagie (Figure 67). La
découverte des voies de contrôle de l’autophagie ont permis au Professeur Yoshinori Ohsumi
d’être lauréat du prix Nobel de Médecine en 2016. Les organites destinés à être recyclés sont
tout d’abord entourés de membranes grâce à un phagophore pour former un autophagosome.
L’origine du phagophore est encore inconnue mais le réticulum est suspecté.
L’autophagosome fusionne ensuite avec un lysosome primaire pour former un autolysosome.
Les polymères de l’organite obsolète ou altéré sont alors hydrolysés en leurs monomères
constitutifs qui sont réutilisés par la cellule.
Figure 67 : Schéma de l’autophagie d’une mitochondrie altérée.

Le lysosome intervient également dans l’hydrolyse de matières prélevées dans l’espace
extracellulaire par endocytose. Dans ce cas, le lysosome primaire ne fusionne pas avec un
autophagosome mais avec un endosome ou un phagosome (voir ci-dessous).
Précisons – De nombreuses maladies humaines sont le résultat d’une perte de fonction

des lysosomes ou de certains de leurs constituants enzymatiques.
L’endocytose
L’endocytose est une entrée « en vrac » de matériel provenant de l’extérieur de la cellule
(Figure 68). Dans ce processus, la membrane plasmique enveloppe le matériel à importer
selon trois modes différents : la pinocytose, la phagocytose et l’endocytose médiée par
récepteur.
La pinocytose
La pinocytose signifie littéralement « boisson cellulaire ». Il s’agit pour la cellule eucaryote de
prélever dans le milieu extracellulaire du liquide et les molécules qui y sont dissoutes, les
solutés. Pour y parvenir, la cellule provoque de petites invaginations de sa membrane
plasmique, qui se remplissent aspécifiquement du liquide qui baigne la cellule. L’origine de
ces invaginations est une mobilisation de filaments du cytosquelette d’actine. Le plis
membranaire créé s’individualise ensuite de la membrane plasmique pour former une
vésicule. Cette dernière sera dirigée vers un endosome pour fusionner avec lui, puis
subséquemment avec un lysosome.
La phagocytose
La phagocytose est le processus par lequel une cellule importe aspécifiquement ou
spécifiquement une structure particulaire d’une taille de l’ordre du micromètre. La
phagocytose est réalisée après un contact physique entre la cellule et la particule. La cellule
projette, grâce à un remaniement du cytosquelette d’actine, des prolongements cellulaires,
des pseudopodes, vers la particule. Par la fusion de la membrane des pseudopodes, une
vacuole intracellulaire contenant la particule est formée. Il s’agit du phagosome. Le plus
souvent, celui-ci fusionne avec un lysosome pour former un phagolysosome.
Figure 68 : Schéma des 3 voies d’endocytose chez les eucaryotes.

L’endocytose médiée par récepteur
L’endocytose médiée par récepteur est une forme sélective d’endocytose. Dans ce cadre, des
récepteurs membranaires permettent une reconnaissance spécifique de la molécule à
importer. Ces récepteurs possèdent une région transmembranaire qui les insère dans la
membrane plasmique dans des régions formant de légères dépressions. A la face cytosolique
de ces dépressions, la membrane plasmique est tapissée de protéines particulières appelées
clathrine. Cette organisation particulière donne aux dépressions membranaires le nom de
puits tapissés. Ceux-ci se referment sur eux-mêmes pour former une vésicule intracellulaire
lorsque le récepteur est chargé de la molécule adéquate, le ligand.
L’exocytose
Le processus d’exocytose représente l’inverse de l’endocytose. Il s’agit d’une exportation « en
vrac » de matériel, vers l’extérieur de la cellule, grâce à des vésicules qui fusionnent avec la
membrane plasmique. L’exocytose participe à l’élimination de déchets cellulaires, à l’émission
de molécules de communication intercellulaire, ou à la sécrétion de molécules qui auront un
rôle à l’extérieur de la cellule, par exemple des enzymes. C’est également par cette voie que
la cellule renouvelle sa membrane plasmique ou y apporte des protéines transmembranaires.
L’exocytose peut être constitutive, c’est-à-dire qu’elle se déroule sans réel contrôle. A
l’inverse, il existe une exocytose régulée qui nécessite des variations de la concentration
cytosolique en calcium pour être déclenchée.
Précisons – Récemment une exocytose a été mise en évidence dans des cellules
procaryotes à Gram négatif. Nous n’en tiendrons pas compte dans ce cours.
Les vésicules de sécrétion destinées à fusionner avec la membrane plasmique proviennent de
l’appareil de Golgi (Figure 69).
Figure 69 : Représentation schématique d’une exocytose du contenu de vésicules de sécrétion.

Questions
1) A votre avis, quelle est l’origine du calcium qui régule l’exocytose ?
2) Citez des molécules qui sont transportées par une endocytose médiée par des
récepteurs.
3) Sachant que la glycosylation de protéines se déroule dans les lumières du réticulum
endoplasmique et de l’appareil de Golgi, où dans la cellule vous attendez-vous à
retrouver les segments glycosylés des protéines ?

Chapitre 10 Les fonctions de la mitochondrie
La mitochondrie que nous avons décrite dans le Chapitre 8 est un organite essentiel dans la
bioénergétique de la cellule. Elle contribue, entre autres, à la respiration cellulaire et, en
conséquence, à la synthèse de la forme chimique principale de l’énergie dans la cellule, l’ATP.
L’énergie chimique dans la cellule

La molécule d’adénosine triphosphate ou ATP est un nucléotide de l’ARN (voir page 36). Elle
participe donc, au même titre que le GTP, l’UTP et le CTP à la structure des molécules d’ARN.
Les 3 phosphates portés par les nucléosides sont unis entre eux par des liaisons
phosphoanhydres « P-O-P » (Figure 70). Il s’agit de liaisons à haut potentiel de transfert. Cela
signifie que, en fonction de l’environnement, l’hydrolyse de ces liens libère une grande
quantité d’énergie. Cette réaction est donc exergonique (voir page 10).
Figure 70 : Structure de l’adénosine triphosphate ou ATP et mise en évidence des liaisons phosphoanhydres.
La respiration cellulaire
La respiration cellulaire est une réaction chimique d’oxydo-réduction nécessaire à la majorité
des cellules pour assurer une synthèse d’ATP utile à leur métabolisme, à leurs mouvements et
à la majorité des activités cellulaires. La respiration cellulaire est l’oxydation complète du
glucose. Elle débute au niveau du cytoplasme et se termine au sein des mitochondries chez
les eucaryotes (animaux ou végétaux), mais se déroule uniquement dans le cytoplasme chez
les procaryotes. La respiration cellulaire implique un approvisionnement en O2 et un rejet de
CO2 et d’H2O. La réaction globale de la respiration cellulaire est :
Chapitre 10 – Les fonctions de la mitochondrie | 86

La glycolyse
Précisons – La glycolyse est bien entendu étrangère à la mitochondrie. Cependant, en

raison de son rôle bioénergétique important et en tant que prémices à la respiration
mitochondriale nous avons préféré l’exposer ici plutôt que dans un chapitre individuel.
La respiration cellulaire débute avec la glycolyse cytoplasmique qui est une succession
d’étapes catalysées enzymatiquement pour transformer une molécule de glucose en 2
molécules de pyruvate (Figure 71). La glycolyse peut être artificiellement divisée en 3 phases
successives :
1. l’activation du glucose ;
2. la scission d’un hexose ;
3. l’oxydation de trioses avec formation d’ATP.
Figure 71 : Résumé de la glycolyse mettant en évidence les 3 phases qui la constituent ainsi que les étapes d’oxydo-réduction
et celles faisant intervenir l’ATP.
La première phase est essentielle dans le processus, elle représente une sorte
d’investissement pour la cellule. Cette dernière sacrifie une partie de son ATP, 2 môles d’ATP
pour chaque môle de glucose entrant, pour maintenir le glucose dans la cellule et le rendre
plus « réactionnel ». Le transfert d’un phosphate (phosphorylation) de l’ATP vers le glucose
correspond à la formation d’un lien phosphoester. Cette formation est
thermodynamiquement défavorable et utilise donc l’énergie de l’ATP pour avoir lieu.
L’addition de phosphates sur le glucose est importante pour plusieurs raisons :
1. La phosphorylation maintient le glucose dans la cellule. Le glucose est une molécule
neutre qui diffuse plus aisément hors de la cellule que le glucose-phosphate chargé
négativement.

2. La phosphorylation rapide du glucose maintient la concentration intracellulaire en
glucose basse, ce qui favorise la diffusion du glucose extracellulaire dans la cellule.
3. La réaction de phosphorylation n’est pas à l’équilibre et représente donc un point
de contrôle du métabolisme.
La seconde phase est le clivage de l’hexose-diphosphate en 2 trioses-monophosphates. Pour
une molécule de glucose entrant dans la glycolyse, la cellule produit donc 2 molécules de
triose-monophosphate pouvant continuer la voie glycolytique.
La troisième phase est l’oxydation des trioses-monophosphates couplée à la réduction du
NAD+ en NADH,H+. L’énergie libre de cette réaction exergonique est utilisée pour
phosphoryler le produit à partir de phosphate inorganique (HPO42-). La molécule qui en résulte
est dès lors un composé doublement phosphorylé à haute énergie. Celui-ci voit un de ses
groupements phosphates transféré à l’ADP pour former de l’ATP. Ce transfert est catalysé par
une kinase. Puisque chaque molécule de glucose envoie 2 trioses-monophosphates dans cette
phase de la glycolyse, 2 molécules d’ATP sont générées et la dette en ATP de la première phase
est remboursée. La molécule mono-phosphorylée résiduelle voit son unique groupement
phosphate transféré par une kinase à de l’ADP pour former de l’ATP. Ici aussi, chaque molécule
de glucose produit 2 de ces molécules mono-phosphorylées, 2 molécules complémentaires
d’ATP sont donc générées. C’est le rendement net de la glycolyse. La molécule non
phosphorylée résultant de la glycolyse est le pyruvate, un acide carboxylique à 3 carbones. Le
bilan réactionnel de la glycolyse peut donc être établit comme suit :
Glucose + 2 ATP + 2 NAD+ + 2 Pi + 4 ADP à 2 pyruvate + 2 ADP + 2 NADH,H+ + 4 ATP + 2 H2O
et simplifié en :
Glucose + 2 NAD+ + 2 Pi + 2 ADP à 2 pyruvate + 2 NADH,H+ + 2 ATP + 2 H2O
Aspect biomédical de la glycolyse

Nous avons préalablement vu l’intérêt de radiotraceurs en imagerie médicale (voir page 3).
Un des radiotraceurs très utilisés est le 18fluoro-désoxyglucose ou 18F-FDG. Cette molécule se
comporte comme du glucose vis-à-vis des cellules. Par l’intermédiaire de l’uniporteur
membranaire GLUT, il est absorbé par les cellules abondamment glycolytiques, comme les
cellules cancéreuses, les cellules musculaires ou les neurones. Dans les cellules, le 18F-FDG est
phosphorylé par la première réaction de la glycolyse, ce qui séquestre la molécule dans le
cytoplasme (Figure 72). La molécule s’accumule donc dans le cytoplasme puisqu’elle est
incapable de subir les étapes suivantes de la glycolyse. La désintégration de l’isotope radioactif
produit des positons. Leur annihilation produit deux photons qui sont détectés par
l’équipement d’imagerie.

Figure 72 : Accumulation du 18F-FDG dans une cellule glycolytique.
La décarboxylation oxydative
Le pyruvate, produit dans le cytoplasme par la glycolyse, est une molécule chargée qui ne peut
donc diffuser librement au travers de la membrane interne dans la mitochondrie pour
atteindre la matrice où se poursuit sa destinée. Son passage à travers la membrane interne
est assuré par un symport (voir page 54) avec un proton (Figure 73). Les molécules de
NADH,H+ générées par la glycolyse doivent également pénétrer dans la mitochondrie pour
assurer une production subséquente d’ATP. Or la membrane interne de la mitochondrie est
imperméable à cette molécule. Ce passage du NADH,H+ du cytosol vers la mitochondrie est
donc réalisé par des systèmes de navettes. Le premier système transporte les électrons du
NADH,H+ cytoplasmique vers du FAD de la matrice mitochondriale. Le second système, plus
complexe, transporte les électrons du NADH,H+ cytoplasmique vers du NAD+ de la matrice
mitochondriale.
Figure 73 : Résumé de l’entrée du pyruvate dans la mitochondrie et de la décarboxylation oxydative.

Le pyruvate transporté dans la matrice mitochondriale subit une oxydation accompagnée par
une perte de CO2 (décarboxylation oxydative). Lors de cette réaction, il y a formation d’acétyl-
CoA et réduction du NAD+ en NADH,H+. En raison de la perte d’un CO2 par le pyruvate, l’acétyl-
CoA est une molécule à 2 carbones (acétyl, CH3-CO-).
Pyruvate + NAD+ + CoA à acétyl-CoA + CO2 + NADH,H+
L’acétyl-CoA est un carrefour métabolique important de la cellule. En effet, de nombreux

substrats permettent la formation de cette molécule, c’est d’ailleurs à ce niveau que vient se
greffer l’oxydation d’autres composés organiques (par exemple les acides gras). L’acétyl-CoA
est aussi à l’origine de la synthèse de plusieurs molécules complexes.
Le cycle de Krebs
Dans la suite de la respiration, l’acétyl-CoA est le point d’entrée du cycle de Krebs ou cycle de
l’acide citrique (Figure 74). Ce cycle est composé d’une succession de 8 étapes catalysées
enzymatiquement. Il permet d’oxyder le groupement acétyl initialement contenu dans le
pyruvate. Cette oxydation se fait en 4 étapes et permet la libération, par phosphorylation au
niveau du substrat, d’une molécule d’ATP.
Précisons – Chez les mammifères, deux isoformes de la succinyl-CoA synthase coexistent

mais sont exprimées dans des tissus spécifiques. Une isoforme catalyse la
phosphorylation au niveau du substrat de GDP tandis que l’autre utilise l’ADP. Dans le
cadre de ce cours nous accepterons que cette étape se limite à de la synthèse d’ATP.
Figure 74 : Résumé du cycle de Krebs.
Le cycle de Krebs fournit, pour chaque groupement acétyl y entrant, 3 molécules de NADH,H+
et 1 molécule de FADH2. Le bilan simplifié du cycle de Krebs est donc assez simple à
déterminer :

acétyl-CoA + 3 NAD+ + FAD + ADP + Pi + 2 H2O à CoA + 2 CO2 + 3 NADH,H+ + FADH2 + ATP
Le bilan simplifié général de la respiration à ce stade est donc :

Glucose + 10 NAD+ + 4 ADP + 4 Pi + 2 FAD à 10 NADH,H+ + 4 ATP + 6 CO2 + 2 FADH2
La chaîne respiratoire
Les équivalents de réduction (NADH,H+ et FADH2) produits par la glycolyse, la décarboxylation
oxydative, le cycle de Krebs et amenés jusqu’à la matrice mitochondriale transfèrent leurs
électrons aux complexes de la chaîne respiratoire située dans la membrane interne de la
mitochondrie (Figure 75). Les électrons transportés, par le NADH,H+ et par le FADH2, sont
transférés à la chaîne respiratoire, respectivement au niveau du complexe I et du complexe II.
Les électrons transitent successivement du complexe I au complexe III ou du complexe II au
complexe III, puis du complexe III au complexe IV. Ces complexes présentant un potentiel
rédox de plus en plus élevé (Figure 76).
Figure 75 : Schéma de la chaîne de transport des électrons dans la membrane interne de la mitochondrie.
Le complexe I est une déshydrogénase du NADH. Elle transfert les 2 électrons du NADH,H+
vers une série de protéines à groupes Fe-S. L’étape finale de la réaction implique le transfert
de 2 électrons vers l’ubiquinone (coenzyme Q10) qui est un transporteur mobile d’électrons.
Il véhicule les électrons vers le complexe III. Une partie de l’énergie des électrons permet au
complexe I de pomper, vers l’espace intermembranaire de la mitochondrie, 4 H+ par 2
électrons transportés.

Figure 76 : Variation de l’énergie des électrons durant leur transport dans les différents composants de la chaîne respiratoire.
Le complexe II est la déshydrogénase du succinate. Elle catalyse le transfert des 2 électrons

du FADH2 vers les centres Fe-S du complexe. Les électrons sont ensuite cédés à l’ubiquinone
comme dans le cas du complexe I. Le flux électronique entre le complexe II et le complexe III
n’est pas suffisamment énergétique que pour générer un transport de protons.
Le complexe III est une réductase du cytochrome c. Elle transfert les 2 électrons du
cytochrome Q vers une série de cytochromes et un groupe Fe-S qui composent le complexe.
Le passage des électrons au travers du complexe III est accompagné par le transport de
protons vers l’espace intermembranaire, faisant encore décroître l’énergie du flux
électronique. La stœchiométrie de la réaction est de 4 H+ par 2 électrons transférés.
Le cytochrome c reçoit les électrons du complexe III et joue, comme le coenzyme Q10, un rôle
de transporteur mobile en interaction avec la membrane interne de la mitochondrie du côté
intermembranaire.
Le complexe IV est une oxydase du cytochrome c car elle accepte les électrons du cytochrome
c et les redirige vers l’accepteur final qui est l’O2. A l’inverse des autres complexes, le
complexe IV ne possède pas de groupe Fe-S mais des ions Cu3+. La réduction d’une molécule
d’O2 en 2 H2O nécessite le transfert de 4 électrons. L’énergie libérée par le flux électronique
permet au complexe IV de transporter vers l’espace intermembranaire de la mitochondrie 2
H+ par 2 électrons pris en charge. Les électrons acceptés par l’O2 ont donc perdu une quantité
significative de leur énergie durant la chaîne de transport mitochondriale. C’est en raison de
la forte électronégativité des atomes d’oxygène, que l’O2 possède un potentiel rédox très
élevé et peut donc être réduite par les électrons venant du complexe IV.
Le bilan de la chaine de transport des électrons est donc différent en fonction de la nature du
donneur primaire d’électrons.
NADH,H+ + ½ O2 à NAD+ + H2O + transfert de 10 H+

FADH2 + ½ O2 à FAD + H2O + transfert de 6 H+
La phosphorylation oxydative
Le transport actif des H+ vers l’espace intermembranaire génère une énergie potentielle sous
la forme d’un gradient de protons. L’énergie de ce gradient est utilisée par un complexe

protéique de la membrane interne de la mitochondrie, appelée F1Fo-ATP synthase ou plus
simplement ATP synthase, pour synthétiser de l’ATP à partir d’ADP + Pi (Figure 77).
Figure 77 : Schéma de la F1Fo-ATP synthase mitochondriale convertissant le gradient de concentration de protons en énergie
chimique sous la forme d’ATP.
L’oxydation d’une molécule de NADH,H+ permet donc de synthétiser environ 3 molécules

d’ATP alors que l’oxydation d’une molécule de FADH2 permet de synthétiser environ 2
molécules d’ATP. Le couplage de l’oxydation des équivalents de réduction (NADH,H+ et FADH2)
avec la synthèse de l’ATP porte le nom de phosphorylation oxydative. Le mécanisme sous-
jacent, consistant à convertir un gradient de concentration en une forme chimique d’énergie,
porte le nom de chimiosmose.
Le bilan énergétique de l’oxydation complète d’une molécule de glucose, dans les conditions
idéales, c’est-à-dire utilisant le système de navette le plus performant, est donc de 38 ATP.
Dans le cas où la navette la moins performante est utilisée, les 2 NADH,H+ glycolytiques sont
échangés en FADH2. Et le bilan énergétique descend à 36 ATP. Il convient cependant de
soustraire à ces 36 ou 38 ATP, 2 molécules indirectement consommées lors du transport des
2 pyruvates à travers la membrane interne de la mitochondrie. Le bilan est donc de 34 ou 36
ATP. Bien entendu, la réalité est tout autre car aucun système n’est performant à 100%, le
bilan énergétique réel est donc plus proche de 30 ATP. Chez les procaryotes, la situation est
différente puisque ces organismes ne nécessitent pas le transport de NADH,H+ glycolytiques
ou de pyruvates à travers la membrane interne de la mitochondrie. Le bilan énergétique y est
de 32 ATP par molécule de glucose.
La fermentation lactique
Lorsque l’environnement cellulaire ne contient pas suffisamment d’O2, le flux électronique de
la chaîne respiratoire ne peut se dérouler complètement et l’ensemble des molécules
impliquées dans ce flux se retrouve rapidement sous une forme réduite. Le résultat immédiat
est l’arrêt progressif de la synthèse d’ATP par la chimiosmose mitochondriale. De proche en
proche, l’arrêt de la chaîne respiratoire provoque l’accumulation des équivalents de réduction
(NADH,H+ et FADH2) produits par la glycolyse, la décarboxylation oxydative ou le cycle de Krebs
puisqu’ils ne peuvent plus transférer leurs électrons aux complexes mitochondriaux déjà sous
leur forme réduite. Outre l’arrêt de la synthèse d’ATP par la chimiosmose, la conséquence
directe de cette accumulation de NADH,H+ et FADH2 est une carence en leur forme oxydée

NAD + et FAD. Compte tenu du rôle important de ces molécules tant dans la glycolyse que dans
la décarboxylation oxydative ou le cycle de Krebs, ces voies métaboliques s’éteignent et la
cellule se trouve dans la situation où la synthèse d’ATP n’est plus possible.
Pour survivre à cette situation, au moins temporairement, une voie de secours existe : la
fermentation. Il s’agit d’un processus métabolique qui transforme des molécules organiques
en acides, en gaz ou en alcools. De nos jours, elle a lieu chez des levures et des procaryotes,
ainsi que dans certaines cellules d’eucaryotes supérieurs dans des conditions où la
concentration locale en oxygène est basse, c'est-à-dire en conditions anaérobies. Son étude
au 19ème siècle contribua à la découverte des enzymes. La fermentation qui nous occupe dans
le cadre de ce cours est la fermentation lactique, c’est-à-dire qui aboutit à la production de
lactate.
La fermentation lactique repose sur la réduction du pyruvate en lactate. Cette réduction,
catalysée par la lactate déshydrogénase, est rendue possible grâce à l’oxydation du NADH,H+
en NAD+. Cette oxydation permet, temporairement, de réduire l’amplitude de la carence en
NAD+ et la glycolyse peut redémarrer. Ainsi, la cellule est capable de maintenir une production
d’ATP minimale par le biais de la glycolyse.
Pour de nombreuses cellules, le lactate est donc un déchet métabolique. Son accumulation
dans le cytosol doit donc être évité. A cette fin, la cellule dispose d’un uniporteur passif
permettant d’éliminer le lactate.
Figure 78 : Représentation schématique de la fermentation lactique et de l’élimination du lactate.

Le stockage temporaire du calcium
Dans certaines conditions, la concentration cytosolique en calcium peut subir une élévation
importante susceptible d’induire la mort de la cellule. Pour réduire ces élévations, la
mitochondrie peut jouer le rôle de dissipateur du calcium cytosolique en stockant
temporairement ce cation.
La production d’espèces réactives de l’oxygène

Les espèces réactives de l’oxygène, ou ROS, sont des espèces chimiques oxygénées comme
des radicaux libres, des ions oxygénés ou des peroxydes, rendus très réactifs par la présence
d’électrons de valence non appariés.
Précisons – Un radical est une espèce chimique possédant un ou plusieurs électrons non
appariés sur sa couche externe. Cet électron se note généralement par un « • ». Puisque
ces molécules ne respectent pas la règle de l’octet, elles sont dotées d’une très grande
réactivité.
Parmi ces espèces, on rencontre l’anion superoxyde (O2•-), l’oxygène singulet (O2•), le
peroxyde d’hydrogène (H2O2) ou encore le radical hydroxyle (HO•).
La formation des radicaux libres dans la mitochondrie est constante et indissociable d’un
métabolisme aérobie. Lors du fonctionnement normal de la mitochondrie, des électrons
transitant par ses complexes respiratoires, peuvent s’échapper prématurément de la chaîne
de transport des électrons au niveau des complexes I ou III (Figure 79). Ces électrons
caractérisés par une énergie libre élevée sont captés par l’O2 en raison de son potentiel rédox
élevé. La réduction monoélectronique de l’O2 donne naissance à l’anion superoxyde O2•-. Très
instable, celui-ci subit une dismutation en présence d’H+.
2 O2•- + 2 H+ à H2O2 + O2
Figure 79 : Fuite prématurée d’électrons d’un complexe mitochondrial vers l’O2.
Cependant, en conditions cellulaires, la vitesse de cette réaction n’est pas suffisante pour
empêcher les effets nocifs de ce radical. En effet, l’anion superoxyde peut également réduire

des cations métalliques comme le Fe3+, ce qui entretient la réaction de Fenton à l’origine du
radical hydroxyle HO• particulièrement nocif.
O2•- + Fe3+ à O2 + Fe2+ réduction du Fe3+

Fe2+ + H2O2 à OH- + HO• + Fe3+ réaction de Fenton
De par leur nature instable et très oxydante, les espèces réactives de l’oxygène peuvent
oxyder des constituants cellulaires comme les lipides, les protéines ou même les acides
nucléiques, aboutissant éventuellement à des mutations délétères, voire à la mort de la cellule.
Heureusement, des systèmes de détoxification des radicaux libres existent dans la cellule. Les
superoxydes dismutases sont des enzymes qui catalysent la dismutation de l’anion
superoxyde en H2O2 et O2. A son tour, le peroxyde d’hydrogène est détoxifié par la glutathion
peroxydase qui utilise le glutathion réduit comme accepteur d’électrons grâce à son
groupement sulfhydryle (voir page 8). La catalase participe également à la neutralisation de
l’H2O2 en O2 et H2O.
Questions
1) A votre avis, quel nucléoside triphosphate de l’ARN porte le plus haut potentiel de
transfert dans ses liaisons phosphoanhydres ?
2) Pour quelle raison le symport pyruvate-H+ de la membrane interne de la mitochondrie
réduit-il le rendement énergétique de la respiration cellulaire ?

Chapitre 11 Le fonctionnement des chloroplastes
La photosynthèse est un processus biochimique qui permet aux cellules capables de le mettre
en œuvre de stocker l’énergie lumineuse dans des molécules organiques. Ce processus ne
peut s'effectuer qu'à la lumière et nécessite, le plus souvent, une absorption de CO2 et un
rejet d'O2, considéré comme un déchet métabolique. La réaction globale de la photosynthèse
est :
6 CO2 + 6 H2O + hn à C6H12O6 + 6 O2
Ce processus se déroule dans les membranes de certains procaryotes et dans les membranes
des thylakoïdes dans les chloroplastes. La photosynthèse est artificiellement divisée en 2
étapes. Une étape dépendant de la lumière : la phase claire ; et une étape indépendante de
la lumière : la phase sombre ou cycle de Calvin.
La phase claire de la photosynthèse

La phase claire de la photosynthèse consiste en l’excitation de 2 photosystèmes différents, le
photosystème II et le photosystème I, par la lumière solaire. Les photosystèmes (Figure 80)
sont constitués de pigments photosynthétiques dont des molécules de carotène et de
chlorophylle , maintenus dans une matrice de protéines. Des molécules de chlorophylle sont
excitées par des photons et transfèrent l’énergie de ceux-ci à leurs voisines jusqu’au centre
réactionnel. Une unité photosynthétique peut être visualisée comme une antenne constituée
de centaines de molécules de carotène et de chlorophylle a récoltant la lumière et d’une paire
de molécules de chlorophylle jouant le rôle de centre réactionnel.
Figure 80 : Schéma d’un photosystème des cellules photosynthétiques eucaryotes. Les flèches jaunes représentent les
transferts d’énergie. La flèche rouge représente le transfert d’un électron.
Chapitre 11 – Les fonctions des chloroplastes | 97

Le centre réactionnel est un complexe transmembranaire fait de protéines et de 2
chlorophylles. Lorsque l’énergie photonique est transmise au pigment du centre réactionnel,
ce dernier transmet un électron excité à un accepteur primaire situé à proximité. Le centre
réactionnel est donc oxydé.
Le photosystème II
Suite à l’illumination par 2 photons, les chlorophylles du centre réactionnel du photosystème
II, appelées P680, transfèrent chacune un électron vers l’accepteur primaire qui est la
phéophitine a, c’est-à-dire une molécule de chlorophylle a dépourvue d’ion Mg2+. Celle-ci
transfère les électrons jusqu’à la plastoquinone localisée dans la membrane du thylakoïde
(Figure 81). Cette dernière est mobile dans la membrane et joue le rôle de navette à électrons
entre le photosystème II et un complexe protéique à cytochromes b6 et f. Ce complexe
protéique est une plastoquinol:plastocyanine oxydoréductase. Comme son nom l’indique,
cette enzyme oxyde le plastoquinol (forme réduite de la plastoquinone) au profit de la
réduction de la plastocyanine.
Figure 81 : Transfert des électrons issus du photosystème II lors de son illumination. Les molécules représentées en jaune sont
dans leur état oxydé alors que celles en rouge sont dans l’état réduit. Ce schéma ne représente pas les localisations relatives
des molécules mais leur potentiel oxydoréducteur.
A l’instar de ce qui se passe dans la membrane interne de la mitochondrie par le complexe III,
cette réaction implique également le transport de protons vers la lumière du thylakoïde. La
plastocyanine réduite est mobile dans la membrane et conduit les électrons vers le
photosystème I.
Le photosystème I
Lors de l’illumination, par un mécanisme identique à celui qui a été rapporté dans le
photosystème II, le centre réactionnel (P700) du photosystème I transfert deux électrons à
l’accepteur primaire qui dans le cas du photosystème I est la chlorophylle a0 (Figure 82). Elle
transfert les électrons vers la phylloquinone qui, à son tour, donne les électrons à une série
de ferrédoxines liées à la membrane jusqu’à une ferrédoxine libre qui sert de donneur à la

ferredoxin:NADP+ réductase qui, comme son nom l’indique va catalyser la réduction du NADP+
en NADPH,H+.
Figure 82 : Transfert des électrons issus du photosystème I lors de son illumination. Les molécules représentées en jaune sont
Le transfert d’électrons du photosystème I vers la phylloquinone crée une carence en

électrons comblée par les électrons venant du photosystème II et apportés par la
plastocyanine réduite.
La photolyse de l’eau
Ce transfert, de proche en proche d’électrons crée une carence électronique dans le centre
réactionnel P680 du photosystème II. Cette carence est comblée par des électrons provenant
de la photolyse de l’eau catalysée par une sous-unité du photosystème II (Figure 83).
H2O à 2H+ + ½ O2 + 2 é
Les mécanismes moléculaires à l’origine de la photolyse de l’eau ne sont pas encore

complètement connus.

Figure 83 : Transfert des électrons entre les photosystèmes et photolyse de l’eau. Les molécules représentées en jaune sont
La photophosphorylation cyclique
Dans certains cas, lorsque le NADP+ est en concentration limitante, la cellule peut procéder à
une photophosphorylation cyclique. Dans ce cas, un gradient de protons est également mis
en place mais le NADP+ n’est plus réduit en NADPH,H+. Les électrons portés par une
ferrédoxine du photosystème I sont transférés à la plastoquinone qui est alors réduite en
plastoquinol. A partir de ce point, les électrons suivent le trajet décrit pour le photosystème
II.
La chimiosmose chloroplastique
Le gradient de protons établi lors de la photophosphorylation cyclique ou non-cyclique permet,
par un mécanisme identique à celui décrit pour la mitochondrie, de synthétiser de l’ATP à
partir d’ADP et de Pi. Cette synthèse est catalysée par une CF1CF0-ATP synthase localisée dans
la membrane du thylakoïde.
La phase sombre de la photosynthèse

Plus haut, nous indiquons que la photosynthèse est un processus permettant de stocker
l’énergie lumineuse dans des molécules organiques. Or, jusqu’à présent, aucune molécule
organique n’a été synthétisée. Cette synthèse se déroule dans la phase sombre de la
photosynthèse aussi appelé cycle de Calvin-Benson (Figure 84). Ce cycle se déroule dans le
stroma des chloroplastes.
Ce cycle est artificiellement divisé en 3 parties : (1) la fixation du carbone, sous forme de CO2,
à du ribulose, (2) une réduction du produit grâce au NADPH,H+ et (3) une régénération du
ribulose grâce à la sortie de sucre du cycle et à l’utilisation d’ATP.
Un seul tour de cycle ne permet pas de synthétiser des sucres. En effet, chaque tour fixe une
seule molécule de CO2. En conséquence, il faut accomplir 3 tours pour synthétiser un sucre à
3 carbones, le glycéraldéhyde phosphate.
Lors d’un tour du cycle, c’est le ribulose biphosphorylé, un cétopentose, qui fixe une molécule
de CO2 pour engendrer 2 molécules de sucre en C3 chacune phosphorylée. Elles subissent une

phosphorylation à partir d’ATP pour produire des sucres en C3 biphosphorylés. Chacune de
ces molécules est réduite grâce au NADPH,H+ et perd un groupement phosphate. Le produit
de cette réduction est le glycéraldéhyde phosphate, un intermédiaire en C3 commun à la
glycolyse. Une fraction de ces molécules en C3 subit une série de réactions pour régénérer du
ribulose (C5). Celle-ci est phosphorylée par de l’ATP pour produire le ribulose biphosphorylé
nécessaire au début du cycle.
Figure 84 : Cycle de Calvin-Benson. La RuBisCo est l’enzyme catalysant le fixation du CO2.
Tous les 3 tours de cycle, une des molécules de glycéraldéhyde phosphate échappe à la fin du
processus et entre dans la synthèse de sucres en C6. Il faut donc 6 tours de cycle pour que 2
molécules de glycéraldéhyde phosphate puissent générer de novo une molécule de glucose.
Questions
1) Peut-on dire que la respiration cellulaire et la photosynthèse sont l’inverse l’une de
l’autre ?
2) Quels sont les points communs entre respiration cellulaire et photosynthèse ?
3) Articulez schématiquement respiration cellulaire et photosynthèse.

Chapitre 12 L’évolution du métabolisme énergétique
Une grande partie de la structure, de la fonction et de l'évolution des cellules et des
organismes peut être liée à leur besoin d’énergie. La glycolyse est une méthode simple et
efficace pour synthétiser l'ATP. Plus que vraisemblablement, elle est apparue au tout début
de l’histoire de la vie et a depuis été largement conservée avec seulement des variations
minimes. La photosynthèse a probablement été la seconde voie bioénergétique mise en place
au cours de l’évolution il y a 3 milliards d’années. Au départ la photosynthèse n’était pas
oxygénique puisque le donneur d’électrons y était le H2S et non l’eau. La dernière voie à
apparaître a été la phosphorylation oxydative que nous avons découverte dans le chapitre
précédent et qui utilise l’oxygène atmosphérique dont la concentration se stabilise à 5% il y a
2 à 1 milliards d’années (Figure 85).
Figure 85 : Illustration de deux théories de l’ordre d’apparition des voies bioénergétiques principales : glycolyse, cycle de Krebs,
photosynthèse et phosphorylation oxydative (OXPHOS). La première théorie suggère une apparition tardive de la
phosphorylation oxydative, après l’apparition de la photosynthèse oxygénique, lorsque la concentration atmosphérique en O2
devient suffisante (5%). La seconde théorie suggère une apparition précoce de la phosphorylation oxydative, avant l’apparition
de la photosynthèse. C’est l’accroissement lent de la concentration en O2 qui aurait sélectionné le métabolisme aérobie.
L’apparition de la glycolyse
Le fait que la glycolyse existe, quasi à l’identique, chez la majorité des êtres vivants suggère
une apparition précoce de cette voie métabolique au cours de l’histoire de la vie. La
comparaison des séquences primaires des enzymes de la glycolyse suggère que les dernières
enzymes de cette voie sont plus conservées que les premières, et sont donc apparues plus tôt.
Il a donc été suggéré une évolution « bottom-up » de cette voie métabolique. Supporté par
cette idée, il a été proposé que les premières cellules produisaient leur ATP grâce à la
fermentation de molécules organiques disponibles dans l’environnement, principalement des
glucides, mais aussi des acides aminés.
L’apparition du cycle de Krebs

D’un point de vue évolutif, le cycle de Krebs n’a pas toujours été un cycle, mais a débuté sous
la forme de 2 voies métaboliques linéaires et distinctes qui se sont à un moment combinées.
Il y a 2 milliards d’années, la concentration atmosphérique en O2 était très inférieure à celle
que nous connaissons aujourd’hui (5% contre 20% aujourd’hui). L’oxygène, libéré par la
Chapitre 12 – L’évolution du métabolisme énergétique | 102

photosynthèse, s’est lentement concentré dans l’atmosphère jusqu’à atteindre une
proportion de 20% il y a seulement 600 millions d’années. La raison de la lenteur de cet
évènement est l’existence sur Terre d’une énorme masse de fer (Fe2+) qui a réduit l’oxygène
produit. En conséquence, il est fort probable que, durant cette époque, les réactions que nous
connaissons comme le cycle de Krebs aient été réductrices et non oxydantes.
De nos jours, des bactéries telles que E. coli sont capables d’effectuer le cycle de Krebs en
présence d’oxygène. Cependant, lorsqu’elles sont placées dans des conditions anaérobies,
leur métabolisme est profondément affecté et le « cycle » de Krebs se déroule comme deux
voies linéaires : une voie oxydante et une voie réductrice. La voie oxydante est similaire aux
premières étapes du cycle de Krebs, et la voie réductrice inclus les dernières réactions du cycle
de Krebs mais fonctionnant en sens inverse. Encore aujourd’hui, beaucoup de bactéries ont
un cycle de Krebs incomplet.
L’apparition de la chaîne de transport des électrons

La fermentation produit des acides organiques, comme l’acide lactique. Ces déchets ont
contribué à une chute du pH intracellulaire favorisant les cellules portant des pompes à
protons capables de rejeter les H+ à l’extérieur de la cellule et donc de la protéger de l’acidité.
Ces pompes pourraient être les ancêtres de l’ATP synthase moderne. Il est d’ailleurs
interpellant de constater les similitudes de structure entre l’ATP synthase mitochondriale, les
pompes à protons bactériennes et la pompe à protons lysosomiale.
La chute progressive de l’abondance des substrats fermentables et l’intérêt de conserver l’ATP
pour les nombreuses fonctions cellulaires a probablement constitué une pression de sélection
favorisant l’apparition des pompes à protons dépendant de l’énergie d’électrons au lieu de
celles utilisant l’énergie de l’ATP. De nos jours, des bactéries vivant dans un milieu riche en
acide formique utilisent ce substrat pour transporter des protons au travers de leur
membrane plasmique en transférant des électrons de l’acide formique vers le fumarate
(Figure 86). Il est intéressant de constater que la molécule qui permet de transférer les
électrons entre les deux enzymes impliquées est l’ubiquinone comme entre les complexes I/II
et III de la mitochondrie.
Figure 86 : Transport de protons couplé à un flux d’électrons chez des bactéries anaérobies.
Le gradient de protons généré de cette façon est une forme d’énergie potentielle, puisqu’il
permet le retour des protons dans la cellule au travers des pompes à protons dépendantes de
l’ATP. Ce passage des protons à contre-sens entraîne le fonctionnement de l’enzyme en sens
inverse c’est-à-dire dans le sens d’une ATP synthase. Expérimentalement, cette réversion de
l’activité d’une pompe à protons, en ATP synthase, lorsque le sens du flux de protons est
modifié, a été vérifié.

Figure 87 : Résumé de l’évolution du mécanisme de la phosphorylation oxydative. A : Transport actif, médié par l’ATP, des
protons. B : Transport actif, médié par l’énergie électronique, des protons. C : Récupération de l’énergie potentielle du gradient
pour synthétiser de l’ATP.
Questions
1) A votre avis, qui est le meilleur donneur d’électrons H2O ou H2S ?

Chapitre 13 L’évolution du patrimoine génétique de la cellule
eucaryote
A l’issue des chapitres précédents, nous avons déjà parcouru une distance significative sur le
chemin de l’évolution. Nous avons décrit les origines possibles des molécules qui constituent
ces cellules, proposés des modèles expliquant l’assemblage de ces molécules en structures
plus ou moins complexes qui ont aboutis aux protocellules puis aux premières cellules. Des
hypothèses permettant de comprendre l’avènement des eucaryotes ont été avancées et
discutées, et nous avons expliqué comment le métabolisme énergétique moderne était
vraisemblablement apparu. Il convient maintenant de se pencher plus en profondeur sur le
patrimoine génétique des cellules eucaryotes pour comprendre de quoi et comment il est
constitué puis, dans les chapitres suivants, de mettre en avant les mécanismes moléculaires
qui permettent son expression et sa perpétuation.
Comment sait-on que l’ADN porte l’information génétique ?

Les généticiens ont envisagé que des molécules spécifiques étaient porteuses de l’information
génétique bien avant que des biochimistes ne s’intéressent à cette question. Au début du
20ème siècle les protéines étaient considérées comme potentiel support de l’information
génétique.
Une expérience clé, réalisée par Frederick Griffith en 1928 a permis de démontrer que des
souches bactériennes de pneumonies (Streptococcus pneumoniae - souche S) pouvaient
transférer leur virulence à des souches non pathogènes (Streptococcus pneumoniae - souche
R) par le seul mélange des souches.
Précisons – Les souches S (smooth) et R (rough) se différencient par la présence d’une

capsule autour de la paroi des cellules de la souche S. Cette capsule donne un aspect lisse
(smooth) aux colonies formées par ces cellules à l’inverse des colonies rugueuses (rough)
formées par les cellules R.
En effet, l’injection de pneumocoques S à des animaux de laboratoire provoque la mort de ces
derniers alors que l’injection de la souche R n’est pas létale. La présence de la capsule est donc
nécessaire à la virulence. L’expérience mise au point par Griffith consistait à mélanger des
bactéries non-pathogènes R à des bactéries pathogènes S mais préalablement tuées par
chauffage et devenues ainsi inoffensives pour les animaux. Griffith a injecté ce mélange à des
animaux de laboratoire et observé avec surprise que les animaux mourraient et que leurs
poumons contenaient des S. pneumoniae de souche S vivantes (Figure 88).
Cette expérience simple révèle que l’information permettant aux bactéries de produire la
capsule était passée des souches S mortes aux souches R vivantes, transformant ces dernières
de façon permanente en souches S virulentes. Les résultats de cette expérience constituent la
première preuve de la possibilité de transférer des caractères spécifiques d’un organisme à
un autre, sans pour autant identifier la nature chimique de l’agent de transformation.
Chapitre 13 – L’évolution du patrimoine génétique de la cellule eucaryote | 105

Figure 88 : Expérience de Griffith démontrant la possibilité de transférer des caractères héréditaires entre S. pneumoniae.
Il faudra attendre 1944 pour identifier l’agent transformant impliqué dans l’expérience de
Griffith. Cette identification a été possible grâce aux expériences de Avery, MacLeod et
McCarty. Ces scientifiques isolèrent une fraction hydrosoluble de S. pneumoniae pathogènes
S préalablement tuées par chauffage et démontrèrent que cette fraction seule était capable
de transformer des souches R en souches S. Pour identifier l’agent actif de la fraction
hydrosoluble, ils incubèrent cette fraction avec des enzymes capables de détruire les
protéines (protéases), l’ARN (ribonucléases – RNase) ou l’ADN (désoxyribonucléases – DNase).
Seule la fraction incubée avec la DNase perdait sa capacité de transformation, démontrant
ainsi la nature chimique de l’agent actif (Figure 89).
Malgré cette démonstration du rôle de l’ADN dans la transformation des souches de S.
pneumoniae, il y avait une considérable réticence à accepter la conclusion selon laquelle l'ADN
était le matériel génétique de la cellule. En effet, selon l’hypothèse tétranucléotidique de
Phoebus Levene, le découvreur de la composition chimique de l’ADN, cette molécule n’était
qu’une succession d’unités répétées de tétranucléotides dès lors incapable de porter une
quelconque information génétique. L’ADN était considéré comme l’élément structurel des
chromosomes alors que l’information génétique était portée par les protéines composant les
chromosomes.
En 1952, une preuve supplémentaire a été apportée par Alfred Hershey et Martha Chase en
faveur du rôle génétique de l’ADN grâce à l’usage de bactériophages. Ces virus ne sont
constitués que d’ADN et de protéines et sont donc le système le plus simple pour distinguer
les rôles respectifs des protéines et de l’ADN. Le but des expériences de Hershey et Chase était
d’identifier la nature chimique du matériel viral injecté dans les cellules par les bactériophages.
A cette fin, ils ont tiré parti des compositions élémentaires très différentes de l’ADN et des
protéines. L’ADN contient du phosphore, ce qui n’est pas le cas des protéines, alors que ces
dernières contiennent du soufre à l’inverse de l’ADN.

Figure 89 : Expérience de Avery, MacLeod et McCarthy montrant que l’ADN de S. pneumoniae est l’élément transformant
découvert par l’expérience de Griffith.
Les scientifiques sont parvenus à produire des bactériophages dans lesquels, soit l’ADN
contenait des nucléotides constitués d’un isotope radioactif du phosphore (32P), soit les
protéines étaient formées à partir de certains acides aminés portant un isotope radioactif du
soufre (35S) (voir page 3).
Figure 90 : Expérience de Hershey et Chase démontrant le rôle génétique de l’ADN dans la biologie du bactériophage.

Ils ont ensuite infecté des bactéries E. coli à l’aide des bactériophages ainsi formés. Dans le
premier cas, utilisant les bactériophages contenant de l’ADN radioactif, ils ont observé que la
radioactivité était transférée dans le cytoplasme de bactéries. Dans le second cas, utilisant les
bactériophages contenant des protéines radioactives, ils ont déterminé que la radioactivité
restait localisée à l’extérieur des bactéries et localisée dans les capsides des bactériophages
(Figure 90). Ces résultats démontraient que le matériel génétique du bactériophage était bel
et bien son ADN.
Quelle est la structure tridimensionnelle de l’ADN ?

La découverte de l’ADN remonte à 1869 par Friederich Miescher. Très rapidement, sa
composition en bases azotées a été découverte et a permis à Albrecht Kossel d’obtenir le prix
Nobel de Médecine et Physiologie en 1910. Il faudra cependant attendre 1951 pour établir ce
que nous appelons aujourd’hui la loi de Chargaff. Une analyse quantitative de la composition
de l’ADN d’oursin menée par Edwin Chargaff, révèle que la quantité d’adénine présente dans
l’ADN est toujours égale à la quantité de thymine, et que la quantité de guanine est toujours
égale à celle de la cytosine (Tableau 4).
Tableau 4 : Tableau de la publication originale d’Edwin Chargaff (J. Biol. Chem. 1952, 195 :155-160).
Lors d’une visite du laboratoire de Maurice Wilkins au King’s College de Londres, James
Watson et Francis Crick ont eu l’opportunité de voir, sans l’autorisation de son auteure, un
résultat obtenu par Rosalind Franklin. Ce résultat, connu sous le nom « cliché 51 », avait été
obtenu par une expérience de diffraction de rayons X sur un échantillon d’ADN (Figure 91AB).
Sur la base de cette image et des résultats d’Edwin Chargaff, James Watson et Francis Crick
établissent leur célèbre modèle bi-hélicoïdale de l’ADN qui leur vaudra, ainsi qu’à Maurice
Wilkins, un prix Nobel en 1961.
Dans ce modèle, deux molécules d’ADN monocaténaire s’enroulent antiparallèlement l’une
autour de l’autre de façon asymétrique. La stabilité de la structure repose sur la proportion
de G-C dans la séquence puisque ces bases sont unies par 3 liaisons hydrogènes et non pas
par 2 liaisons hydrogènes comme dans le cas de la complémentarité entre A et T. Cette

structure asymétrique fait naître deux sillons de tailles différentes, dont le plus grand
intervient dans la liaison de protéines possédant un domaine de liaison à l’ADN. L’hélice d’un
diamètre de 2 nm possède un sens de rotation spécifique vers la droite avec environ 10 paires
de bases par tour d’hélice (Figure 91C).
Précisons – Le modèle que nous venons de décrire est celui de l’ADN B, la forme la plus
courante de cette molécule. Les formes A et Z diffèrent de ce qui est décrit ici.
Figure 91 : Découverte de la structure en double hélice de l’ADN. (A) Méthode de la diffraction des rayons X. (B) Cliché 51
obtenu par Rosalind Franklin suite à une expérience de diffraction des rayons X sur un cristal d’ADN. (C) Modèle établi par
Watson et Crick.
Dans ce modèle, le squelette de la double hélice est formé par la succession des liens
phosphodiesters unissant les nucléosides de chaque brin d’ADN. Le centre de l’hélice est
occupé par les plans des bases azotées unies par les liaisons hydrogènes.
L’acquisition des caractéristiques eucaryotiques

Dans les chapitres précédent nous avons décrit le génophore comme une molécule unique
d’ADN bicaténaire circulaire. A l’inverse, chez les eucaryotes, l’ADN est arrangé en de
multiples molécules linéaires d’ADN bicaténaire. Bien entendu, des exceptions existent et
certains procaryotes possèdent un génome constitué de molécules linéaires d’ADN. C’est par
exemple le cas de l’eubactérie Borrelia burgdorferi responsable de la maladie de Lyme.
Précisons – Dans le cadre de ce cours, la règle de l’ADN circulaire pour les procaryotes
reste d’application.
Les facteurs qui ont mené à l’évolution vers les molécules linéaires d’ADN ne sont pas
totalement compris, mais gardons à l’esprit la sélection naturelle. Dans la théorie que nous
avons présentée précédemment et qui propose la symbiose d’une eubactérie et d’une archée
pour donner naissance aux eucaryotes primitifs, un transfert horizontal de gènes aurait pris
place vers le futur génome eucaryote. Récemment, une analyse d’un grand nombre de
génomes a confirmé cette hypothèse. Pendant la transition du génophore ancestral vers le(s)
molécule(s) d’ADN eucaryote(s), la structure du génome protoeucaryote a subi des

changements radicaux dont sa linéarisation et sa fragmentation. Une pression de sélection
potentielle en faveur des molécules linéaires d’ADN est justement l’accroissement de la taille
des génomes qui engendre des contraintes de torsion lors de la transcription et la réplication
des génomes circulaires.
L’organisation du génome
L’ADN bicaténaire est le support génétique informatif de toutes les cellules. Cependant, sa
structure diffère d’un royaume phylogénique à l’autre. Nous avons déjà décrit qu’il existait
sous la forme d’une molécule circulaire dans les procaryotes, que ce soit dans la cadre du
génophore ou des plasmides. Dans les cellules eucaryotes, l’ADN existe également sous la
forme d’une structure bicaténaire mais linéaire et fragmentée. Outre ces différences
fondamentales, d’autres différences impactant profondément le mode de fonctionnement de
la cellule existent.
La chromatine
Dans les cellules procaryotes, l’ADN est associé à des protéines de structure permettant la
compaction de la molécule dans le nucléoïde. La rapport ADN:protéine dans ces cellules est
de l’ordre de 4:1. Dans les cellules eucaryotes, ce rapport est de l’ordre de 1:1. Il y a donc une
proportion plus grande de protéines chez les eucaryotes.
Dans l’eubactérie E. coli, largement utilisée comme modèle de procaryote, le génophore est
largement plus grand que la cellule elle-même. Pour stocker leur patrimoine génétique, ces
cellules font appel à de l’ADN super-enroulé, à l’image d’un élastique qu’on enroule sur lui-
même jusqu’à ce qu’il se replie en un amas condensé. De multiples protéines agissent de
concert pour obtenir et stabiliser cette structure (Figure 92). Il est intéressant de constater
que chez les archées, les protéines qui participent à la structure du génome sont similaires
aux histones retrouvées chez les eucaryotes.
Figure 92 : Structure de l’ADN procaryote super-enroulé et de la chromatine eucaryotes.

Chez ces derniers, l’ADN est intimement associé à des protéines pour former une substance
appelée chromatine. Parmi ces protéines, on identifie les histones (H2A, H2B, H3 et H4)
organisées en octamères autour desquels s’enroule un segment d’ADN (147 paires de bases)
pour constituer un nucléosome. Les nucléosomes s’enchaînent à la manière d’un collier de
perles (les nucléosomes) séparées par l’ADN de liaison ou internucléosomique (20 à 80 paires
de bases) pour former une fibre de 10 nm de diamètre constituant l’euchromatine.
L’interaction entre l’ADN et les histones est de type électrostatique grâce aux charges
positives portées par ces protéines riches en acides aminés basiques, les lysines. Les
nucléosomes se regroupent sous la forme d’un solénoïde grâce à l’histone H1 qui se lie d’une
part aux nucléosomes pour les verrouiller et, d’autre part, à l’ADN de liaison pour compacter
la fibre chromatinienne qui constitue l’hétérochromatine (Figure 92).
L’euchromatine représente l’environnement chromatinien des gènes potentiellement actifs
puisque c’est dans cette euchromatine que se trouve les gènes transcrits à un moment donné.
Cependant, seuls 10% de l’euchromatine humaine est effectivement activement transcrite. Le
reste (90%) de l’euchromatine est transcriptionellement inactive en raison d’un niveau de
condensation intermédiaire sans pour autant être de l’hétérochromatine. L’hétérochromatine,
quant à elle, représente 10% de la chromatine humaine et est également inactive. En fonction
des nécessités, la structure de la chromatine est modifiée. Des zones spécifiques de la
chromatine évoluent soit vers l’euchromatine active lorsque l’expression des gènes qui s’y
trouvent est nécessaire, soit vers l’euchromatine inactive, voire vers l’hétérochromatine,
lorsque l’expression des gènes qui s’y trouvent est inutile.
Lors de divisions cellulaires eucaryotes, le niveau de condensation de la chromatine est encore
accru pour atteindre son niveau maximal. La chromatine prend alors la forme de
chromosomes (Figure 92).
Figure 93 : Observation de la chromatine. L’euchromatine (zone bleue) est sous la forme d’une fibre nucléosomique de 10 nm
de diamètre. L’hétérochromatine (zone verte) est sous la forme d’une fibre chromatinienne de 30 nm de diamètre. Celle-ci est
ancrée à la lame nucléaire (zone rouge).
La différence entre l’euchromatine et l’hétérochromatine est aisément discernable en

microscopie électronique à transmission ( Figure 93). L’euchromatine apparaît sous la forme

de zones peu denses aux électrons. Par contre, l’hétérochromatine apparaît comme des zones
très denses aux électrons, principalement localisées dans la zone marginale du noyau où elle
est liée au cytosquelette intermédiaire du noyau, la lame nucléaire.
La structure des gènes
L’élément porteur de l’information génétique dans une cellule est donc l’ADN et l’information
elle-même est structurée dans les gènes. Mais qu’est-ce qu’un gène ? Un gène est la partie
informative d’un génome. Dans une cellule, il s’agira toujours d’un segment d’ADN. Par contre,
il pourra s’agir d’un segment d’ARN si le monde des virus est considéré. Ce segment d’acide
nucléique doit pouvoir être copié en un ARN fonctionnel ou transcrit grâce à la transcription.
Un gène commence par une région initiatrice et régulatrice, le promoteur ; et se termine par
une région terminatrice, le terminateur (Figure 94).
Figure 94 : Structure des gènes procaryotes et eucaryotes.
Chez les procaryotes, les gènes sont continus et souvent contigus. En effet, chaque gène est
fait d’un seul segment d’ADN codant et plusieurs gènes peuvent être localisés directement à
la suite l’un de l’autre sous le contrôle de mêmes éléments régulateurs. On parle dans ce cas
d’opéron polycistronique. Un opéron est un gène qui code donc plusieurs protéines qui sont
souvent impliquées dans un même processus biologique. Un seul ARN est produit et servira
de matrice à la production des différentes protéines. La transcription d’un opéron est sous le
contrôle du produit d’un gène régulateur. Ce produit se lie à l’opérateur pour permettre ou
inhiber la transcription de l’opéron.
Chez les eucaryotes, les gènes sont contrôlés par de nombreux éléments régulateurs dont les
enhancers et les silencers parfois situés à de très grandes distances du gène, en amont ou en
aval de ce dernier. Généralement les gènes eucaryotes ne sont pas continus, ce qui implique
que les transcrits sont subdivisés en exons et introns. Les exons sont les segments portant
l’information génétique, alors que les introns sont des segments non informatifs. En outre, les
gènes ne sont pas contigus mais séparés par de longues régions intergéniques parfois

appelées ADN satellite. Chez l’Humain, la longueur cumulée de ces régions représente 75% du
génome et celle des introns et séquences régulatrices représente 24%. En conclusion, seul 1%
de la longueur du génome est réellement codant.
Questions
1) Quels sont les points communs et les différences entre les gènes procaryotes et
eucaryotes ?
2) Quel est l’intérêt évolutif apporté par un génome discontinu ?
3) Est-il possible de déterminer la proportion de chaque nucléotide dans l’ADN
eucaryotes par la seule connaissance de la proportion de nucléotides de l’adénine ?

Chapitre 14 L’expression du génome I – la transcription
Nous venons d’expliquer de quoi était constitué notre patrimoine génétique et comment il
était segmenté en unités fonctionnelles, les gènes. Ces gènes sont des séquences d’acides
nucléiques susceptibles de subir une transcription pour donner naissance à une molécule
d’ARN fonctionnel. Cette étape fait partie intégrante du dogme central de la biologie
moléculaire.
Le dogme central de la biologie moléculaire

Le dogme central de la biologie moléculaire, aussi appelé théorie fondamentale de la biologie
moléculaire, est le modèle de la dynamique, de la conservation et de l’utilisation de
l’information génétique. Cette théorie a été formulée en 1958 par Francis Crick et indique que
le flux de l’information génétique est unidirectionnel. L’ADN est le support informatif de sa
propre réplication en ADN identique et de sa transcription en ARN. Certaines de ces dernières
molécules peuvent être traduites en protéines. Le processus ne peut se dérouler en sens
inverse.
Figure 95 : Schéma actuel de la théorie fondamentale de la biologie moléculaire.
L’expérience démontre que l’idée initiale de cette théorie est fausse. En effet, la découverte
de la transcriptase inverse d’origine viral en 1962 a invalidé la première partie de celle-ci
puisque cette enzyme catalyse la synthèse d’ADN sur la base d’une matrice d’ARN dans une
réaction appelée transcription inverse ou rétro-transcription (Figure 95). Cette découverte ne
se limite pas à certains virus puisque certaines bactéries disposent d’une transcriptase inverse,
tout comme nos cellules si l’on considère la télomérase. En outre, les virus à ARN
monocaténaire à polarité négative, comme le virus de la grippe (voir page 68), sont capables
de répliquer, d’une part, leur ARN génomique en ARN à polarité positive (ARNm), et d’autre
part, l’ARN à polarité positive sert de matrice à la synthèse de nouveaux ARN génomiques. Il
s’agit donc bien de phénomènes de réplication de l’ARN, ce qui invalide également le dogme.
En ce qui concerne la dernière partie de ce dernier, il est fort probable, pour des raisons que
nous découvrirons lors du Chapitre 15, qu’il ne soit jamais invalidé.
La transcription est donc l’étape du flux de l’information génétique durant laquelle l’ADN est
utilisé comme matrice pour synthétiser une molécule d’ARN. Dans une cellule, cette étape
peut se dérouler dans différents compartiments. Il peut s’agir du cytoplasme dans les cas des
Chapitre 14 – L’expression du génome I – la transcription | 114

procaryotes, du noyau, de la matrice mitochondriale, du stroma chloroplastique dans le cas
des cellules eucaryotes. Dans le noyau lui-même, la transcription n’est pas équitablement
répartie. Elle est abondamment observée dans le nucléole et modérément dans le reste du
nucléoplasme, au niveau de l’euchromatine.
Le nucléole
Le noyau des cellules eucaryotes contient généralement une ou deux régions nommées
nucléoles. Le nucléole se forme autour de régions particulières de la chromatine. C’est en
particulier dans ces régions que se déroule la transcription de la majorité des ARN
ribosomiques (ARNr). L’isolement expérimental du nucléole et sa décompaction ont permis à
Oscar Lee Miller d’observer à l’aide d’un microscope électronique les éléments fibrillaires qui
y étaient contenus. En raison de leur structure, Miller a baptisé ces éléments fibrillaires
« christmas tree ». Le tronc de ces arbres de Noël est constitué d’une molécule d’ADN et ses
branches sont des molécules d’ARNr à différents niveaux de synthèse. L’observation
minutieuse permet également de localiser des ARN polymérases aux jonctions entre les
branches et le tronc. Cette observation a été publiée en couverture de la revue Science en mai
1969 (Figure 96).
Figure 96 : Couverture de Science en mai 1969. Elle illustre les « arbres de Noël » mis en évidence par Miller.
Les éléments de la transcription

Pour opérer, l’ARN polymérase se fixe à la molécule d’ADN et synthétise par complémentarité
un transcrit primaire à partir d’un des deux brins d’ADN qui porte le nom de brin matrice. Le
second est appelé brin codant puisqu’il est constitué de la même séquence que l’ARN en
synthèse. La synthèse du transcrit primaire s’effectue dans le sens 5’à3’, c’est-à-dire que les
nouveaux ribonucléotides sont unis à la fonction 3’-OH du ribose du dernier ribonucléotide de
l’ARN néosynthétisé.
Le transcrit primaire peut être le précurseur de l’ARN ribosomique (ARNr), de l’ARN messager
(ARNm), de l’ARN de transfert (ARNt) ou de petits ARN comme les ARN régulateurs ou les
ribozymes. Dans le cas des ARN génomiques viraux, ceux-ci peuvent être synthétisés par des
enzymes spécifiques comme les réplicases.
La machinerie transcriptionnelle des eubactéries
Chez les eubactéries, une seule ARN polymérase a été identifiée. Elle est formée de deux sous-
unités, b et b', qui contiennent le site catalytique du complexe, de deux sous-unités a qui
maintiennent le brin codant à l’écart du site catalytique, ainsi que d’une sous-unité w qui

participe à la liaison du complexe au brin matrice d'ADN. La sous-unité w assure le
recrutement et le maintien de la sous-unité β’ dans la conformation adéquate. Ainsi constitué,
le cœur de l’ARN polymérase (a2bb'w) est fonctionnel mais incapable seul de débuter la
transcription. En effet, il est incapable de reconnaître le point de départ de la transcription sur
l’ADN. Pour y parvenir, une protéine complémentaire doit intervenir, il s’agit du facteur s. En
raison de sa fonction particulière, le facteur s est le facteur de transcription général
eubactérien. Ce dernier se détachera du complexe fonctionnel une fois la transcription
débutée.
La machinerie transcriptionnelle des archées et des eucaryotes
Chez les archées, tout comme chez les eubactéries, une seule ARN polymérase existe.
Cependant, elle montre une grande similarité de structure avec une des ARN polymérases des
eucaryotes, l’ARN polymérase II (Figure 97).
Figure 97 : Structure de l’ARN polymérase eubactérienne, de l’ARN polymérase des archées et de l’ARN polymérase II des
eucaryotes. Les régions colorées représentent les sous-unités qui constituent le complexe de l’ARN polymérase.
En effet, les eucaryotes disposent d’au moins 3 ARN polymérases différentes : les ARN
polymérases I, II et III. Chacun de ces 3 complexes conserve le cœur fonctionnel de l’ARN
polymérase eubactérienne.
Précisons – Dans les cellules végétales, une ARN polymérase IV existe, spécialisée dans
la synthèse d’ARN régulateurs. En outre, les cellules eucaryotes possèdent également
une ARN polymérase spécifique des mitochondries (mtRNAP) et évolutivement liée à une
RNA polymérase virale (bactériophage T7). Dans les cellules photosynthétiques, des ARN
polymérases spécifiques existent également. Certaines sont codées par le génome
nucléaire (RPOTp, et RPOTmp) et d’autres par le génome plastidique (PEP).
Le complexe de l’ARN polymérase I, constitué de 14 sous-unités, est responsable de la
synthèse de tous les ARNr à l’exception de l’ARNr 5S. C’est la transcription catalysée par l’ARN
polymérase I qui forme les « christmas trees » mentionnés plus haut. L’ARN polymérase II,
formée de 12 sous-unités, est impliquée dans la synthèse du transcrit primaire de l’ARNm ou
ARN pré-messager, mais aussi de nombreux petits ARN comme les microARN (miARN). L’ARN
polymérase III est un complexe d’au moins 14 sous-unités qui synthétise les ARNt et l’ARNr 5S.
Le promoteur
L’initiation de la transcription nécessite la reconnaissance par les ARN polymérases de régions
régulatrices situées au début des gènes, en amont du site de démarrage de la transcription.
Ces régions portent le nom de promoteur. Puisqu’il s’agit d’un élément de contrôle de la

même nature chimique que le gène lui-même, il est appelé cis-acting element. C’est sur le
promoteur que se fixent d’abord les ARN polymérases avant d’entamer la transcription.
Chez les eubactéries, le promoteur est généralement composé de 2 régions dont la séquence
est relativement bien conservée d’une espèce à l’autre. Il s’agit de la boîte -35 et de la boîte
Pribnow ou boîte -10 (Figure 98). Plus la séquence de ces boîtes est similaire à leur séquence
consensus respective, soit 5’-TTGACA-3’ et 5’-TATAAT-3’, plus la transcription du gène en aval
sera efficace. La variation de la séquence du promoteur est donc un moyen de moduler
l’intensité de la transcription.
Figure 98 : Structure schématisée de la région promotrice d’un gène procaryote. Les boîtes -35 et -10 sont respectivement
éloignées d’environ 35 et 10 nucléotides du site d’initiation de la transcription noté +1.
Chez les eucaryotes, et dans une moindre mesure chez les archées, la région promotrice est
plus complexe que chez les eubactéries. On y distingue le promoteur basal contenant le site
d’initiation de la transcription (inr, +1), une boîte TATA (5’-TATAAA-3’) équivalente à la boîte
Pribnow, et deux régions de contrôle disposées respectivement en amont (TFIIB recognition
element - BRE) et en aval (downstream promoter element - DPE) du site d’initiation (Figure 99).
Figure 99 : Structure schématisée d’un gène eucaryote et de son promoteur basal.

Le mécanisme transcriptionnel eubactérien
Chez les eubactéries, on s’aperçoit que le promoteur, grâce aux positions des boîtes -35 et -
10, est une séquence asymétrique qui oriente correctement le sens de la transcription. L’ARN
polymérase se lie à la boîte Pribnow tandis que le facteur s se lie à la boîte -35 et participe de
cette manière à l’orientation correcte de l’ARN polymérase sur le promoteur. Ces liaisons
forment le complexe fermé d’initiation. Une fois en place, l’ARN polymérase sépare les deux
brins d’ADN à proximité de la boîte -10 sur une longueur de 10 à 15 nucléotides. La proportion
importante de A et de T dans cette région facilite la séparation des brins. L’ouverture de la
chaîne d’ADN forme une bulle de transcription qui inclut le site d’initiation (+1). L’ouverture
de l’ADN signe l’apparition du complexe ouvert d’initiation. L’ARN polymérase débute alors la
synthèse mais est soumis à une rétention de la part du promoteur auquel il est lié. Cette
rétention, tant qu’elle n’est pas rompue, engendre des transcrits courts (environ 10
nucléotides) qui sont libérés du complexe. Il s’agit d’une « initiation avortée » (abortive
initiation). Ces initiations avortées se reproduisent tant que le complexe transcriptionnel ne
s’échappe pas du promoteur. Ce dégagement du promoteur (aussi appelé « promoter
clearance ») est le réel début de la transcription productive au site +1. Lorsque quelques
ribonucléotides ont été assemblés, le facteur sigma se détache de l’ARN polymérase qui
continue l’élongation de la transcription à une vitesse de l’ordre de 40 à 50 nucléotides par
seconde. Après le passage de la bulle de transcription, les deux brins d’ADN se réunissent.
Deux stratégies sont utilisées pour mettre fin à la transcription. La première, appelée
terminaison intrinsèque, dépend de l’existence de séquences riches en GC et
complémentaires à la fin du gène. Ces séquences s’auto-apparient pour former sur l’ARN une
structure secondaire en « épingle à cheveux » suivie par un tronçon de U. La contrainte
mécanique engendrée par la formation de l’épingle à cheveux sépare le duplex ARN-ADN unis
par les liaisons faibles UA. La seconde stratégie utilise la protéine rho (r) pour déstabiliser
l’interaction entre l’ARN en synthèse et le brin matrice d’ADN. La protéine rho est une hélicase
ATP-dépendante, elle se lie à l’ARN puis s’y déplace jusqu’à rencontrer le duplex ARN-ADN
qu’elle dissocie (Figure 100).
Figure 100 : Modes de terminaison chez les eubactéries, la terminaison intrinsèque ou indépendante de rho et la terminaison
dépendante de rho.
Le mécanisme transcriptionnel archéen et eucaryote

Chez les archées et les eucaryotes, les 5 sous-unités de base de l’ARN polymérase sont
conservées. Par contre, la fonction du facteur s y est accomplie par de multiples protéines,
les facteurs de transcription généraux. Les facteurs de transcription sont des éléments de
contrôle dont la nature chimique est différente de celle du gène qu’ils contrôlent, pour cette

raison ils sont appelés trans-acting elements. Ces facteurs fonctionnent ensemble pour
associer l’ARN polymérase à un promoteur et interagissent avec elle pour constituer le
complexe d’initiation de la transcription. Alors que les archées possèdent 3 facteurs de
transcription généraux, les eucaryotes en possèdent 6. Pour les découvrir, nous allons prendre
l’ARN polymérase II comme modèle général de la transcription chez les eucaryotes, les
différences entre les différentes ARN polymérases seront mentionnées par la suite.
Lors de l’initiation, le premier élément à se lier à l’ADN, au niveau du promoteur basal, est
TFIID (pour transcription factor II D, le II se référant à l’ARN polymérase II). Il s’agit d’un
complexe composé de plusieurs sous-unités dont la protéine de liaison à la boîte TATA (TATA-
binding protein ou TBP).
Figure 101 : Schéma de la composition du complexe d’initiation des eucaryotes.
La sous-unité TBP de TFIID recrute alors les facteurs de transcription généraux TFIIB et TFIIA
au niveau du promoteur. La liaison de TFIIB s’effectue au niveau de l’élément BRE du
promoteur basal, tandis que TFIID reconnaît l’élément DPE. C’est seulement à ce moment que
l’ARN polymérase II rejoint les facteurs de transcription au niveau du promoteur.
L’assemblage du complexe d’initiation de la transcription est complété par la recrutement
des facteurs de transcription TFIIF, TFIIE puis TFIIH (Figure 101). Ce dernier possède une
activité protéine kinase qui lui permet de phosphoryler le domaine carboxy-terminale de la
plus grosse sous-unité de l’ARN polymérase. En outre, TFIIH possède également une activité
hélicase qui déroule localement la molécule bicaténaire d’ADN pour créer la bulle de
transcription.
En amont du promoteur basal se situe les éléments proximaux de contrôle. Il s’agit de
séquences d’ADN appelées « éléments de réponse » et capables de se lier à des facteurs de
transcription spécifiques. Ces facteurs peuvent être spécifiques d’un type cellulaire, d’une
situation particulière ou de la présence d’une molécule spécifique. La liaison de ces facteurs à
l’élément de réponse correspondant module le niveau de la transcription commandé par le
promoteur basal. Ces facteurs de transcription possèdent généralement deux domaines

distincts et fonctionnellement indépendants. Un premier domaine est destiné à se lier à l’ADN
spécifiquement au niveau d’un élément de réponse donné. Le second domaine est destiné à
interagir avec le complexe d’initiation et à réguler son activité. Des expériences mettant en
œuvre des facteurs de transcription chimériques, c’est-à-dire combinant des domaines de
liaison à l’ADN et d’interaction avec le complexe d’initiation provenant de facteurs de
transcription différents, ont montré que c’était le domaine d’interaction qui imposait l’activité
du complexe d’initiation indépendamment de l’élément de réponse auquel le facteur de
transcription est lié (Figure 102).
Figure 102 : Schéma d’une expérience utilisant des facteurs de transcription chimériques pour démontrer le rôle de chaque
domaine protéique.
A distance, parfois à des centaines de milliers de paires de bases en amont ou en aval du

promoteur et du gène qu’ils contrôlent, se situent les éléments distaux de contrôle.
Similairement aux éléments proximaux de contrôle, il s’agit d’éléments de réponse pouvant
s’unir à des facteurs de transcription spécifiques. Ces éléments de réponse peuvent être des
amplificateurs (enhancers) ou des répresseurs (silencers) de la transcription. On peut
légitimement se poser la question, comment des structures régulatrices localisées à des
milliers de paires de bases de leur cible peuvent-elles agir ? La réponse à cette question est
simple lorsqu’on prend en compte la flexibilité de la molécule d’ADN. Le repliement de la
molécule d’ADN permet l’interaction des facteurs de transcription distaux et proximaux avec
le complexe d’initiation (Figure 103). Le complexe d’initiation fait la synthèse des
« informations » qui lui sont fournies par l’ensemble des facteurs de transcription et adapte
l’intensité de la transcription en conséquence.
Le point central de l’élongation est la phosphorylation du domaine carboxy-terminal de l’ARN
polymérase II. Cette phosphorylation va écarter le complexe transcriptionnel du promoteur
et le diriger vers l’origine de la transcription où la synthèse de l’ARN débute. Comme dans le
cas des eubactéries, si le complexe transcriptionnel ne peut s’évader du promoteur, des
initiations avortées ont lieu. A l’inverse de ce qui se déroule chez les eubactéries, le transcrit
produit par l’ARN polymérase II subit une modification cotranscriptionnelle de son extrémité
5’ après une élongation d’environ 20 nucléotides. Il s’agit de l’ajout d’une coiffe (cap)

constituée d’un GTP méthylé (Figure 104). L’extrémité 5’ du transcrit subit tout d’abord une
déphosphorylation qui élimine le groupement phosphate terminal. Le groupement hydroxyle
résultant est alors uni par condensation avec le dernier phosphate d’une molécule de GTP. La
liaison phosphoester générée est unique puisqu’elle implique les extrémités 5’-5’ de deux
nucléotides. A l’issue de cet ajout, la guanine terminale est modifiée chimiquement par l’ajout
d’un groupement méthyl. Cette coiffe participe à l’augmentation de la stabilité de l’ARN vis-
à-vis de la dégradation, à sa maturation ultérieure et intervient dans la traduction.
Figure 103 : Schéma du repliement d’une molécule d’ADN permettant l’interaction des facteurs de transcription distaux et
proximaux avec le complexe d’initiation.
Figure 104: Structure chimique de la coiffe 7-meG d’un transcrit de l’ARN polymérase II.
La terminaison chez les eucaryotes est moins bien comprise que chez les eubactéries. Dans le
cas de la terminaison de la transcription catalysée par l’ARN polymérase II, 2 complexes de
protéines reconnaissent un signal de poly-adénylation sur l’ARN en synthèse et s’y attachent.
Après avoir recruté d’autres protéines, ces complexes clivent l’ARN en aval du site de poly-
adénylation et ajoutent successivement jusqu’à 200 adénines à l’extrémité 3’ du transcrit clivé.
Cet ajout de la queue poly-A, réalisé sans matrice grâce à une poly-A polymérase, influence
positivement la stabilité de la molécule d’ARN et sa résistance vis-à-vis de la dégradation.

Précisons – Il est généralement admis que la poly-adénylation est inexistante chez les
eubactéries. Cependant, l’ajout d’une queue poly-A a également été observé chez
plusieurs espèces eubactériennes. C’est d’ailleurs chez E. coli que la première poly-A
polymérase a été purifiée.
Bien entendu, des différences existent entre les 3 ARN polymérases des eucaryotes. Même si
elle requièrent toutes une TBP pour initier la transcription, l’ARN polymérase I ne nécessite
pas la présence d’une boîte TATA au promoteur pour opérer mais nécessite des éléments de
contrôle en amont. Par contre, l’ARN polymérase III se base principalement sur des séquences
de contrôle internes au gène transcrit. En ce qui concerne l’étape de terminaison, l’ARN
polymérase I requiert des facteurs de terminaison spécifiques, à l’image de la terminaison
dépendante de rho connue chez les eubactéries. La terminaison de la transcription réalisée
par l’ARN polymérase III repose sur la formation d’une structure secondaire en épingle à
cheveux au sein du transcrit.
Le contrôle épigénétique de la transcription

La stratégie du contrôle de la transcription est différente chez les procaryotes et chez les
eucaryotes. Chez les premiers, il s’agit principalement de freiner la transcription alors que chez
les derniers il s’agit majoritairement de la contrôler positivement via les facteurs de
transcription.
Dans une cellule diploïde humaine 6.109 pdb, soit 2 m d’ADN, doivent être empaquetés dans
30.106 nucléosomes. Cela complique le processus de la transcription, la solution pour la cellule,
est donc de moduler sélectivement et dynamiquement la structure de la chromatine pour
qu’elle passe d’euchromatine à hétérochromatine ou vice-versa en fonction des nécessités
transcriptionnelles. Cette forme de modulation porte le nom de modulation épigénétique. La
modulation épigénétique repose principalement sur deux mécanismes : la modification
chimique des histones et la modification chimique de l’ADN.
Les modifications chimiques des histones
Les modifications des histones constituent un sujet complexe. En effet, les modifications
potentielles sont nombreuses. Il peut s’agir d’acétylation, de méthylation, de citrulination,
d’ubiquitinylation ou de phosphorylation, mais aussi des processus inverses. Le nombre de
modifications possibles s’élève à une centaine sur chaque nucléosome et il y a 30 millions de
nucléosomes dans chacun des noyaux humains. De plus, chaque modification peut influencer
les autres ou entrer en compétition avec certaines d’entre elles. Imaginez la variabilité des
combinaisons possibles, elle constitue un code à part entière, appelé le code histone. Cette
complexité ne sera pas abordée dans ce cours et nous nous limiterons à une seule
modification des histones, leur acétylation.
Ce sont des enzymes, les histones acétyltransférases (HAT) et les histones déacétylases
(HDAC) qui ajoutent et retirent les groupements acétyles au niveau des chaînes latérales des
lysines situées sur les segments amino-terminaux des histones. Le groupement acétyle est
donné par l’acétyl-CoA. L’acétylation des lysines s’effectue sur le groupement aminé de la
chaîne latérale des lysines. Il en résulte, qu’après acétylation, la chaîne latérale des lysines ne
porte plus la charge positive avec laquelle elle interagissait avec les charges négatives de l’ADN
(voir page 110). En conséquence, l’interaction histone-ADN des nucléosomes est affaiblie et
l’euchromatine adopte une structure plus relâchée, plus accessible à la machinerie
transcriptionnelle. L’acétylation des histones et la réaction inverse, la déacétylation, jouent
donc un rôle de commutateur dans l’activité transcriptionnelle de la cellule.

Les modifications chimiques de l’ADN
L’expression des gènes peut aussi être influencée par une modification chimique de l’ADN,
sans pour autant modifier sa séquence. Il s’agit de la méthylation de la cytosine et sa
transformation en 5-méthylcytosine. Cette méthylation s’effectue grâce à l’action de
méthyltransférases (DNMT) qui catalysent l’ajout d’un groupement méthyl provenant de la
S-adénosylméthionine (SAM). Cette réaction se déroule principalement au niveau des îlots
CpG, c’est-à-dire au niveau de cytosines suivies par une guanine. Dans de nombreux gènes,
les promoteurs contiennent des îlots CpG et leur méthylation correspond à une marque
répressive de la transcription. D’une part, la méthylation empêche l’interaction entre les
régions de contrôle et les facteurs de transcription. D’autre part, des protéines particulières,
portant des domaines de liaison aux îlots CpG méthylés (methyl-CpG-binding domains – MBD),
jouent le rôle de protéines adaptatrices pour des HDAC sur l’ADN méthylé. La présence de ces
HDAC condense la chromatine méthylée et la rend moins accessible à la transcription. La
cellule dispose également de déméthylases pour procéder au mécanisme inverse et donc à la
libération de la transcription.
La maturation de l’ARN
La transcription est donc une synthèse d’ARN, un transcrit, sur la base d’une molécule d’ADN.
Cependant, le transcrit peut ne pas être actif dans sa forme primaire, il nécessite alors une
maturation post-transcriptionnelle. C’est la cas des ARNr, des ARNt et des ARNm.
La maturation des ARN ribosomiques
L’ADN ribosomique (ADNr) correspond à l’ensemble des séquences dont la transcription
donne naissance aux ARNr. Chez les eucaryotes, l’ADNr est un opéron (voir page 112)
constitué des gènes qui codent pour les ARNr 18S, 5,8S et 28S mais est transcrit sous la forme
d’un unique pré-ARNr 45S. L’ADNr comporte également le gène codant l’ARNr 5S, mais situé
en-dehors de l’opéron. Dans le noyau, l’ADNr apparaît sous la forme du nucléole où se déroule
sa transcription. Chez l’Humain, l’ADNr existe en de multiples copies réparties sur 5 paires de
chromosomes.
Précisons – Le Svedberg (S) est l’unité du coefficient de sédimentation. Ce dernier est

influencé par la forme et la densité de l’objet. Il s’agit de la distance (µm) parcourue par
un objet (particule, molécule…) soumis à une accélération de 106 g.
L’opéron est transcrit par l’ARN polymérase I alors que le gène codant l’ARNr 5S est transcrit
par l’ARN polymérase III. Nous y reviendrons dans le chapitre suivant qui sera consacré à
l’assemblage des ribosomes et à la traduction.
Le pré-ARNr 45S ne possède ni coiffe, ni queue poly-A pour le protéger de la dégradation.
Cette protection est assurée par une liaison rapide à des protéines ribosomales et par le
repliement complexe de la molécule qui limite l’accès aux ribonucléases aspécifiques. Le
transcrit primaire est clivé en ses 3 ARNr constitutifs : l’ARNr 18S qui entrera dans la
constitution de la petite sous-unité du ribosome et les ARNr 5,8S et 28S qui participeront à la
formation de la grande sous-unité.
La maturation des ARN de transfert
La transcription des gènes qui codent pour les ARNt se fait par l’ARN polymérase III. Le pré-
ARNt produit porte des régions additionnelles en 3’ et en 5’, ainsi que un ou des introns (voir
chapitre 12). La première étape de la maturation du pré-ARNt consiste en l’excision des
régions terminales additionnelles grâce à l’action de deux ribonucléases différentes
spécifiques de chaque extrémité. Un endonucléase spécifique réalise ensuite l’excision du ou

des introns et la ligation des fragments obtenus. La combinaison de ces deux étapes s’appelle
l’épissage. De façon intéressante, l’épissage des pré-ARNt codés par le génome mitochondrial
est réalisé sans l’aide d’enzymes. C’est le pré-ARNt qui catalyse son propre clivage, il s’agit
d’un ribozyme. Le pré-ARNt épissé reçoit ensuite du côté 3’ de sa séquence un triplet de
nucléotide de séquence invariable « CCA » par l’action d’une nucléotidyltransférase. De cette
manière, tous les ARNt portent en 3’ la même séquence 5’-CCA-3’. L’ARNt se replie pour
adopter une structure tertiaire où apparaissent des régions pseudo-bicaténaires.
La maturation des ARN messagers
L’ARN polymérase II procède à la synthèse des pré-ARNm. Cependant, chez les eucaryotes,
ceux-ci sont codés par des gènes qui ne sont pas continus (voir chapitre 12). En effet, le gènes
sont constitués par une succession d’exons et d’introns. En conséquence, le pré-ARNm porte
les mêmes structures. L’épissage est le processus qui va éliminer du pré-ARN les régions
correspondant aux introns. Il s’agit d’un évènement co-transcriptionnel assuré par une
structure complexe : l’épissosome ou plus communément appelé spliceosome. Cette
structure nucléaire est formée de petits ARN nucléaires (small nuclear RNA - snRNA) et de très
nombreuses protéines. Cet assemblage constitue donc de petites ribonucléoprotéines
nucléaires (snRNP).
Figure 105: Schéma de fonctionnement du spliceosome dans l’épissage d’un pré-ARNm.
Le spliceosome s’assemble sur le pré-ARNm en synthèse au niveau des jonctions « exon-

intron » et « intron-exon ». Un premier complexe, le complexe d’engagement (E), s’associe à
la séquence GU située à l’extrémité 5’ de l’intron (Figure 105). Nous appellerons cette jonction
« exon-intron » : le site donneur. Un second complexe (A) se positionne sur le point de
branchement situé à proximité des nucléotides AG de l’extrémité 3’ de l’intron. Nous
appellerons cette jonction « intron-exon » : le site accepteur. Les complexes E et A s’unissent

l’un à l’autre pour courber le pré-ARNm et compléter le spliceosome par le recrutement de
composants additionnels. La jonction « exon-intron » du site donneur est clivée puis unie au
point de ramification le l’intron par l’intermédiaire du groupement 2’-OH de l’adénosine qui y
est située. La jonction « intron-exon » du site accepteur est ensuite clivée à son tour pour
libérer l’intron sous la forme d’un lasso et les extrémités des exons sont unies par la formation
d’une nouvelle liaison phosphoester dans l’ARN épissé.
A l’issue de la transcription, le résultat de l’épissage est un ARNm pouvant être exporté vers
le cytoplasme. Outre les séquences codantes (exons), cet ARNm mature comporte des régions
non codantes, c’est-à-dire qui ne participent pas à la séquence primaire de la future protéine.
Bien entendu, parmi celles-ci se trouvent la coiffe et la queue poly-A, mais aussi les régions
non-traduites (untranslated regions, UTR) situées aux extrémités 5’ et 3’. Le 5’-UTR
correspond à la région, généralement courte (100-200 nucléotides), transcrite et située en
amont du site d’initiation de la traduction. C’est dans ce 5’-UTR que se situe la séquence de
fixation du ribosome (voir page 131). Le 3’-UTR est la partie de l’ARNm qui suit le signal de
terminaison de la traduction. Cette région peut-être extrêmement longue (>1000 nucléotides),
particulièrement chez l’Humain.
L’épissage alternatif
Chez les eucaryotes, l’épissage d’un pré-ARNm donné peut produire plusieurs ARNm matures
différents et donc aboutir à des protéines différentes. On parle dans ce cas d’épissage
alternatif. Il s’agit en fait d’un processus normal et omniprésent puisque on évalue que 95%
des pré-ARNm peuvent faire l’objet d’un épissage alternatif. En moyenne, 4 ARNm différents
peuvent être produits à partir d’un même pré-ARN, mais ce nombre peut atteindre 25 ARNm
dans le cas de certains gènes. L’épissage alternatif explique pourquoi le nombre de gènes
codant des protéines dans notre génome est 4 à 5 fois inférieur au nombre de protéines
différentes identifiées dans notre organisme. Durant ce phénomène, les lassos d’ARN produits
par le spliceosome peuvent emporter un ou des exons. Il ne s’agit donc pas de permuter les
exons mais d’éliminer certains exons de la séquence de l’ARNm.
L’épissage alternatif est un système d’économie d’échelle. Il permet d’accroître le nombre de
protéines codées par le génome sans augmenter la taille de ce dernier. Certaines publications
indiquent que 50% des maladies génétiques humaines seraient le résultat d’un défaut
d’épissage.
Questions
1) Quelle est la différence entre « CG » et « CpG » ?
2) Les HAT modifient-elles le point isoélectrique des histones ?
3) Les HDAC existent-elles chez les procaryotes ?

Chapitre 15 L’expression du génome II – la traduction
Ce chapitre fait directement suite au précédent et explore la seconde partie du dogme central
de la biologie moléculaire (Figure 106). Il plonge plus profondément dans la découverte de
l’expression du génome en décrivant l’étape qui consiste à traduire les ARNm en protéines.
Cette étape qui porte le nom de traduction implique l’utilisation d’un code, le code génétique.
Le système de chiffrement du code génétique

Comment l’ordre des nucléotides dans une molécule d’ADN ou d’ARN détermine-t-il la
séquence primaire d’une protéine ? Cette question a été résolue par une expérience réalisée
par Francis Crick et Sydney Brenner (sans oublier Leslie Barnett) en 1961. Les scientifiques
sont partis de l’hypothèse que le code génétique était vraisemblablement constitué de blocs
de 3 nucléotides pour coder chacun des 20 AA. La raison de cette intuition est simplement
mathématique. Puisque les acides nucléiques sont formés par l’assemblage de 4 nucléotides,
la seule combinaison de nucléotides qui permet d’encoder au moins 20 acides aminés est un
triplet de nucléotides (43 = 64 triplets). Ces triplets portent aussi le nom de codons. Une
question subsistait cependant, les séquences codantes sont-elles ponctuées ou non ? En
d’autres termes, y a-t-il un signal entre les codons pour prévenir la cellule qu’un nouveau
triplet est en train d’être lu ? Quand vous lisez un texte, un espace marque la séparation des
mots, c’est un signal. Y a-t-il quelque chose d’équivalent dans l’ADN ? Ou bien les mots de 3
lettres sont-ils accolés les uns aux autres, et c’est la lecture du premier mot qui dicte le rythme
de la lecture.
Pour déterminer quel était le modèle valide, Crick, Brenner et Barnett ont utilisé une
substance chimique, la proflavine, pour générer des insertions ou des délétions de nucléotides
dans l’ADN de bactériophages. Ils démontrèrent ainsi que l’insertion d’une base dans le gène
RIIb du bactériophage T4 rendait ce gène inefficace (
Figure 107). Par contre, l’insertion combinée à une délétion à proximité rétablissait la fonction
du gène. Il en allait de même lors de la délétion de 3 bases mais pas lors de la délétion de 2
bases. Crick et Brenner conclurent que le code génétique était bien lu par 3 nucléotides,
comme ils en avaient eu l’intuition, et que la lecture avait lieu en continu, sans ponctuation
entre les triplets. Le système fonctionne sur la base de cadres de lecture (ou reading frame),
c’est-à-dire que c’est le premier codon qui impose la manière de lire les triplets suivants.
Chapitre 15 – L’expression du génome II – la traduction | 126

Chaque insertion ou délétion décale le cadre de lecture d’autant de bases. On parle dans ce
cas de décalage de phase ou de frame-shift.
Séquences Indel Fonction
(+ ou -) de RIIb
Sauvage ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC Oui
1 insertion ABC XAB CAB CAB CAB CAB CAB CAB CAB CAB CAB CAB CAB C + Non
1 insertion ABC XAB ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC +- Oui
1 délétion ÄC
2 insertions ABC XAB CXA BCA BCA BCA BCA BCA BCA BCA BCA BCA BCA BC ++ Non
3 insertions ABC XAB CXA BCA XBC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC ABC +++ Oui
Figure 107 : Résultats d’insertion (+) et de délétion (-) sur la fonctionnalité du gène RIIb du bactériophage.
Le code génétique
Le déchiffrement du code génétique, c’est-à-dire l’attribution des 64 codons aux acides
aminés, a nécessité l’utilisation d’un système non cellulaire de traduction et la disponibilité de
technologies de synthèse d’ARN. Les premiers codons qui ont été déchiffrés étaient des
codons constitués de 3 ribonucléotides identiques. Ainsi, un ARN poly-U donnait naissance à
un polypeptide constitué uniquement de phénylalanine, ce qui signifiait que le codon UUU
codait pour l’acide aminé phénylalanine (Phe - F). L’évolution des techniques de synthèse
d’ARN permet progressivement de déchiffrer l’ensemble du code génétique (Figure 108).
Figure 108 : Code génétique sous la forme d’une roue. Le ribonucléotide central représente le nucléotide 5’ du codon. Chaque
acide aminé est indiqué selon son code à 3 lettres et son code à 1 lettre.

Lorsqu’on observe attentivement une représentation du code génétique, on constate
immédiatement certaines caractéristiques. En premier lieu, 3 codons ne correspondent pas à
des acides aminés. Il s’agit des codons UAA, UAG et UGA qui sont des codons de terminaison
(ou codons « stop ») dont nous découvrirons plus bas la fonction. Ensuite, certains acides
aminés sont codés par plusieurs codons. Cela pouvait sembler évident puisqu’il y a 20 acides
aminés à coder par 64 codons. Cependant, il aurait été envisageable de n’utiliser que 20
codons. Ce n’est pas le cas, le code génétique est redondant ou dégénéré et la majorité des
acides aminés sont codés par 2 à 6 codons différents. Dans le code génétique, la base
dégénérée est très souvent la dernière base du codon. Par exemple, la leucine est codée,
d’une part, par les codons CUU, CUC, CUA, CUG, et d’autre part, par les codons UUA et UUG.
Seuls le tryptophane (UGG) et la méthionine (AUG) sont codés par un codon unique. Ce
dernier a d’ailleurs une fonction particulière dans le processus de traduction puisqu’il s’agit
du codon initiateur (ou codon « start »).
Le code génétique est considéré comme étant universel, il est identique chez tous les êtres
vivants. Cette universalité est probablement une des meilleures preuves de notre héritage
évolutif commun provenant de LUCA.
Figure 109 : Exemple illustrant l’universalité du code génétique. Les gènes codant l’enzyme luciférase de la luciole Photinus
pyralis et la protéine fluorescente verte (GFP) de la méduse Aequorea victoria ont respectivement été insérés dans le génome
des cellules du tabac Nicotiana tabacum et du cochon Sus scrofa.
Précisons – Dans les années 1980, des chercheurs ont révélé que le code génétique
mitochondrial ne correspondait pas exactement au code génétique « universel ». Dans
le génome mitochondrial, le codon UAG, supposé être un codon « stop », code pour
l’acide aminé tryptophane et le codon AUA code pour une méthionine au lieu d’une
isoleucine. Les codons AGA et AGG universellement reconnus comme des codons de
l’arginine y sont des codons « stop ». Depuis, d’autres différences ont été trouvées dans
le génome des chloroplastes et de quelques ciliés. Malgré ces différences, le code
génétique est encore considéré comme universel.

L’universalité du code génétique est à l’origine des innombrables progrès du génie génétique.
Les chercheurs sont maintenant capables de transférer des gènes d’espèces étrangères dans
le patrimoine génétique d’êtres vivants. C’est par ces procédures que le gène codant l’enzyme
luciférase de la luciole, responsable de son émission bioluminescente, ou la protéine
fluorescente verte (green fluorescent protein, GFP) de la méduse a été transféré à d’autres
organismes (Figure 109). L’intérêt des transferts illustrés ici est très limité, mais des systèmes
similaires permettent de mettre en œuvre des outils très utiles en recherche biomédicales ou
même lors de la production de principes actifs protéiques par des microorganismes.
Aspect biomédical de l’universalité du code génétique

Il arrive, de plus en plus souvent, que le principe actif d’un traitement médicamenteux soit
une protéine ou un peptide. Dans ce cas, les méthodes classiques de synthèse chimique sont
peu adaptées à la production du principe actif et il faut faire appel à des technologies
biologiques basées sur le génie génétique. Ces techniques reposent sur l’universalité du code
génétique.
L’insuline humaine
Chez l’humain, l’insuline est fabriquée par les cellules b des îlots de Langerhans du pancréas
sous la forme d’un propeptide comportant 2 chaînes successives, dénommées a et b, séparées
par 35 acides aminés portant le nom de chaîne c (Figure 110). Une endopeptidase, la
proprotéine convertase, sépare la chaîne c des deux autres chaînes qui restent unies par des
ponts disulfures. Ces deux chaînes a et b unies constituent l’insuline active qui est donc une
protéine à structure quaternaire.
Figure 110 : Schéma de la structure de le proinsuline humaine.
La production d’insuline humaine recombinante

Le génie génétique et la technologie de l’ADN recombinant ont été utilisés dés 1980 pour
produire de l’insuline humaine dans le but de traiter les patients atteints de diabète de type
1. Il s’agit même de la première application industrielle du génie génétique pour produire un
principe actif. Auparavant, les patients diabétiques bénéficiaient d’une insuline de
substitution purifiée du cochon.
Les séquences nucléotidiques codant les chaînes a et b de l’insuline humaine ont chacune été
introduites dans un plasmide portant le gène codant la b-galactosidase placé derrière son
promoteur (Figure 111). Chaque chaîne de l’insuline a été placée immédiatement après la
séquence de la b-galactosidase de manière à ce que les deux séquences soient transcrites,
puis traduites d’un seul tenant, sous la forme d’une seule protéine fusion, soit b-
galactosidase-chaîne a, soit b-galactosidase-chaîne b. Dans les deux cas, les chaînes
peptidiques sont scindées chimiquement de façon à libérer les chaînes a et b de l’insuline. Ces
dernières sont ensuite combinées dans des conditions oxydantes de manière à former
l’insuline humaine active.

Figure 111 : Stratégie de production de l’insuline humaine par génie génétique.
Les rôles des ARN non codants

L’ARN joue un rôle central dans la traduction. Bien entendu, l’ARNm est l’objet de la traduction
puisqu’il en est le support informatif. Mais cette dernière dépend également d’ARNt qui sont
les véhicules des acides aminés et des ribosomes dont l’unité catalytique est constituée
d’ARNr. Examinons la biogenèse des ribosomes ou plutôt la biogenèse des sous-unités
ribosomiques.
La biogenèse des ribosomes
Les sous-unités ribosomiques sont assemblées séparément dans le noyau. Chacune contient
des protéines dites ribosomales et de l’ARNr. Il s’agit donc de complexes ribonucléoprotéiques.
Nous avons vu lors du chapitre précédent (page 115) comment étaient produits et maturés,
dans le nucléole, les ARNr 18S, 5.8S et 28S. En ce qui concerne l’ARNr 5S, il est synthétisé par
l’ARN polymérase III en dehors du nucléole. Les protéines ribosomales sont le résultat de la
traduction dans le cytoplasme, par des ribosomes préexistants, d’ARNm synthétisés dans le
nucléoplasme par l’ARN polymérase II. Les protéines ribosomales sont importées dans le
noyau au travers des portes nucléaires où elles participent à l’assemblage des sous-unités 40S
et 60S individuelles. Les sous-unités des ribosomes sont ensuite exportées séparément dans

le cytoplasme. L’assemblage des sous-unités en un ribosome fonctionnel se fait autour d’un
ARNm lors de l’initiation de sa traduction.
Le chargement des ARNt
Les ARNt sont le résultat d’une transcription par l’ARN polymérase III. A l’issue de leur
maturation (voir page 123), ces molécules prennent une structure secondaire en trèfle, très
conservée dans tous les organismes vivants, grâce à un appariement de bases
complémentaires. La molécule se replie dans l’espace en une molécule en forme de L qui fait
apparaître 2 extrémités fonctionnelles. Il s’agit de la boucle de l’anticodon et d’un site
accepteur de l’acide aminé. Nous avons vu lors du chapitre précédent que ce site était terminé
par la séquence 5’-CCA-3’ à laquelle se fixe l’acide aminé.
Pour que la traduction se déroule, chaque acide aminé devant être intégré dans une protéine
en élongation doit être fixé à un ARNt. Cette liaison covalente est effectuée par des enzymes
d’activation, les aminoacyle-ARNt synthétase. Il en existe 20 différentes, une pour chaque
acide aminé à lier à un ARNt. Chaque enzyme est donc spécifique d’un acide aminé et non
d’un ARNt. La réaction endergonique catalysée par ces enzymes nécessite une source
d’énergie qui est en l’occurrence une molécule d’ATP. Lors de la première étape de la réaction,
l’acide aminé est activé, il réagit avec de l’ATP et produit un intermédiaire dont l’extrémité
carboxylique est attachée à l’AMP, les deux phosphates de l’ATP sont libérés sous la forme
d’un pyrophosphate (PPi).
Le complexe acide aminé-AMP reste uni à l’enzyme qui peut alors accueillir l’ARNt
correspondant à cet acide aminé. La dernière étape de cette réaction est la formation du lien
covalent entre l’acide aminé et l’ARNt. L’acide aminé est transféré sur l’ARNt, au niveau de
l’extrémité 3’ du site accepteur 5’-CCA-3’, grâce à la formation d’un lien ester. Cette liaison
unit le groupement carboxylique de l’acide aminé et le groupement hydroxyle 3’ (et parfois
2’) de l’ARNt. Cette orientation de l’acide aminé est importante car c’est elle qui conditionne
le sens de synthèse des protéines.
Le produit de la réaction est un acide aminé lié à un ARNt, un aminoacyle-ARNt ou encore
ARNt chargé. Il s’agit d’un intermédiaire activé qui sera capable de participer à la formation
de la liaison peptidique lors de la traduction et cela sans nécessité une source d’énergie
complémentaire. L’énergie requise pour la formation endergonique de la liaison peptidique
est stockée dans la liaison ester nouvellement formée.
Il y a donc 20 acides aminés, 20 aminoacyle-ARNt synthétases, et 20 familles d’ARNt iso-
accepteurs. Les aminoacyle-ARNt synthétases spécifiques des acides aminés codés par
plusieurs codons peuvent donc charger tous les ARNt spécifiques du même acide aminé.
Compte tenu du code génétique, on peut s’attendre à trouver dans les cellules 61 ARNt
différents. Cependant, la majorité des espèces possède bien moins de 61 ARNt différents.
Francis Crick estimait qu’un minimum de 32 ARNt était nécessaire pour couvrir de façon non
ambiguë les 61 codons du code génétique. Chez l’Humain, il existerait 45 ARNt différents.
La fixation correcte de l’acide aminé à l’ARNt est terriblement importante car le ribosome ne
vérifie pas lors de la traduction que l’acide aminé correct soit uni à l’ARNt. Il ne s’assure que
de la complémentarité entre l’anticodon et le codon. La réaction de chargement est donc la
véritable étape de traduction, de décodage codon-acide aminé.
L’aspect moléculaire de la traduction

La traduction débute par l'étape d'initiation. Il s'agit de l’assemblage du ribosome autour de
l'ARNm. Cette étape est initiée par la liaison de l'ARNt initiateur, portant donc une méthionine,
à la petite sous unité (40S) du ribosome. L'ensemble porte le nom de complexe de pré-

initiation et s'unit ensuite à l'ARNm. Grâce à des protéines, appelées facteurs d'initiation, et à
du GTP agissant comme source d'énergie, la grande sous-unité (60S) ribosomique vient
terminer l’assemblage du complexe d'initiation. L’assemblage du ribosome y fait apparaître
3 sites particuliers appelés « A », « P » et « E » signifiant respectivement « aminoacyle » (acide
aminé), « peptidyle » (peptide) et « exit ». Dans le ribosome assemblé, la petite sous-unité
intervient dans le décodage de l’information portée par l’ARNm tandis que la grande sous-
unité contient un ARNr responsable de l’activité peptidyle-transférase et donc de la synthèse
protéique.
Figure 112 : Mise en place du complexe d’initiation de la traduction.
Dans le complexe d’initiation, l'ARNt initiateur est situé au site « P » du ribosome. Son
anticodon est lié de façon antiparallèle et complémentaire par des liaisons hydrogènes au
codon 5’-AUG-3’ de l'ARNm (Figure 112). L'apparente simplicité de l'initiation est trompeuse.
Elle requiert de nombreux facteurs accessoires, les facteurs d'initiation notés par eIF pour

facteurs d'initiation eucaryotiques. La première étape est la liaison de l'ARNt initiateur au
premier facteur d'initiation, lui-même lié à du GTP. Il s'agit de la source d'énergie mentionnée
plus haut. Grâce à de nombreux autres facteurs, la petite sous-unité ribosomique rejoint
l'ARNt dans le complexe de pré-initiation. De nouveaux facteurs d'initiation vont interagir avec
la coiffe de l'ARNm d'une part, et le complexe de pré-initiation d'autre part. Ce complexe va
donc être uni à l'ARNm en usant de l'ATP. A ce moment, l'anticodon de l'ARNt ne sera pas face
au codon AUG complémentaire. Une étape de scanning sera nécessaire pour y parvenir. Ce
n'est qu'au moment de la reconnaissance du codon AUG par l'anticodon que la grande sous-
unité du ribosome viendra recouvrir l'ensemble et que les facteurs d'initiation seront libérés.
L'élongation est la succession des étapes qui permettent d'ajouter progressivement des acides
aminés à la protéine en synthèse (Figure 113). Chaque nouvel aminoacyle-ARNt arrive uni à
un facteur d’élongation, noté EF, et à un GTP. Le nouvel arrivant se place au niveau du site
« A » du ribosome et s'unit par complémentarité au codon correspondant. Lors de cette
fixation, le GTP est hydrolysé et le facteur d'élongation est libéré, accompagné du GDP.
L'activité peptidyle-transférase, portée par la grande sous-unité et assurée par l’ARNr de la
grande sous-unité, catalyse la formation d’une liaison peptidique entre le groupe aminé de
l’acide aminé au site « A » et le groupement carboxylique du dernier acide aminé de la
protéine en élongation portée par l’ARNt du site « P ». Au même moment, la liaison covalente
qui unissait cette protéine naissante a l’ARNt est rompue. L’ARNt du site « P » est donc
déchargé et la protéine en synthèse est transférée sur le nouvel acide aminé.
Figure 113 : Cycle d’élongation d’un peptide.
La translocation du ribosome est son déplacement par rapport à l’ARNm et aux ARNt. Cette
translocation se fait dans le sens 5’à3’ de l’ARNm. L’ARNt déchargé glisse vers le site « E »
alors que l’ARNt portant le peptide glisse vers le site « P » destiné à porter le peptide en

synthèse. La translocation du ribosome nécessite un facteur d’élongation et une source
d’énergie, le GTP. L’ARNt vide quitte la structure, pouvant ainsi être rechargé par une
aminoacyle-ARNt synthétase adéquate.
Les étapes d’élongation se succèdent jusqu’à l’apparition d’un codon de terminaison. Les
codons « stop » ne s’unissent pas à un ARNt. En effet, il n’existe aucun ARNt porteur d’un
anticodon spécifique d’un codon de terminaison. C’est une protéine, le facteur de libération,
qui identifie ces codons et provoque la séparation du ribosome, libérant ainsi la protéine
synthétisée.
Le ballottement
Nous avons vu plus haut qu’il y avait moins d’ARNt que de codons codant un acide aminé.
Cette situation est gérable par la cellule car la liaison de la troisième base du codon à
l’anticodon est moins stricte que la liaison des 2 autres positions. Cette plus grande latitude
est en accord avec la dégénérescence du code génétique dans laquelle la dernière base est
souvent identique entre les codons synonymes. Cette flexibilité de l’appariement s’appelle le
ballotement et la base de l’anticodon impliquée dans ce ballotement est identifiée comme la
base wobble signifiant bancale.
L’appariement bancal est chimiquement possible en raison d’une modification chimique
survenant dans l’ARNt au niveau du nucléotide 5’ de l’anticodon. Ce ribonucléotide peut être
modifié en inosine (symbolisée par I). La base azotée de ce dernier, l’hypoxanthine, peut
s’apparier avec l’uracile, l’adénine et la cytosine.
L’aspect cellulaire de la traduction

Moléculairement, la traduction est quasi identique quel que soit le compartiment où elle se
déroule : cytoplasme, matrice mitochondriale ou stroma chloroplastique. Les différences
principales reposent sur la structure et la taille des ribosomes eux-mêmes.
Les polysomes
Imaginer la traduction comme étant le résultat de l’association d’un ribosome et d’un ARNm
est simpliste. Un ARNm donné peut être traduit simultanément par plusieurs ribosomes. Il se
forme alors un polysome (ou polyribosome). Chez les procaryotes, puisqu’il n’y a qu’un seul
compartiment, la traduction d’un ARNm, par un ribosome ou par un polysome, peut se
dérouler simultanément à la transcription. Il est donc possible d’observer des structures
constituées simultanément d’ADN, d’ARN polymérase, d’ARN, de ribosome et de protéines en
élongation (Figure 114A).

Figure 114 : Observation de polysomes chez (A) un procaryote et (B) un eucaryote.
Si les polysomes procaryotes sont linéaires, ce n’est pas le cas de ceux observés chez les
eucaryotes qui s’enroulent en forme de spirales en raison de contraintes imposées par le
cytosquelette (Figure 114B).
Le repliement des protéines
Une protéine linéaire n’a généralement pas de fonction, elle doit adopter des structures
secondaires puis une structure tertiaire pour voir apparaître des domaines fonctionnels qui
vont lui donner sa fonction dans la cellule. On parle du repliement de la protéine. Le
mécanisme inverse, la perte du repliement de la protéine qui lui donne sa fonction, est appelé
dénaturation.
Mais comment une protéine peut-elle adopter la bonne configuration ? Qui lui dicte cette
configuration ? L’information de sa conformation fonctionnelle est cachée dans la nature
chimique des acides aminés eux-mêmes et donc dans la séquence primaire de la protéine. De
sorte que la protéine va se replier de façon à occuper le moins d’espace et à minimiser son
énergie libre, elle va adopter la forme la plus stable par exemple en excluant les molécules
d’eau de la proximité des acides aminés hydrophobes et en maximisant le nombre de liaisons
intramoléculaires. Ce repliement spontané est possible pour les petites protéines mais est
quasi impossible pour les plus grosses structures, d’autant que celles-ci adoptent souvent des
repliements très complexes.

Les protéines plus grosses ont donc besoin d’une aide pour adopter leur forme native,
fonctionnelle. Elles y sont aidées par des protéines chaperones. Ces protéines, telles que la
famille des protéines de stress thermique (hsp), participent au repliement partiel des
protéines au fur et à mesure de leur synthèse. Dans certains cas, une étape complémentaire
est nécessaire. Elle fait appel à une autre famille de protéines chaperones, les chaperonines
qui assistent le repliement final des protéines grâce à de l’ATP.
L’adressage des protéines
Les modalités de traduction que nous avons découvertes plus tôt dans ce chapitre sont
globalement valables pour tous les organismes procaryotes et eucaryotes, et dans ces derniers,
valables dans les mitochondries et les chloroplastes.
En ce qui concerne la traduction des ARNm transcrits dans le noyau des eucaryotes, une étape
complémentaire est nécessaire : conduire la bonne protéine au bon endroit, dans le bon
compartiment. On parle d’exportation des protéines, de trafic protéique ou encore
d’adressage des protéines.
La synthèse de toutes les protéines codées par le génome nucléaire débute dans le cytosol
par un ribosome libre ou un polysome libre, c’est-à-dire non attaché à une membrane. Dans
le cas où la protéine est destinée à résider dans le cytosol, sa synthèse se termine sous la
même forme c’est-à-dire grâce à un (poly)ribosome libre. Il n’y a donc pas d’exportation dans
ce cas.
Si la protéine est destinée au noyau, à la mitochondrie ou au chloroplaste, on parlera
d’exportation post-traductionnelle car elle apparaît après la synthèse complète de la protéine
par un (poly)ribosome libre. Si la protéine est destinée à toutes les autres destinations, c’est-
à-dire le système endomembranaire, la membrane plasmique et même l’extérieur de la cellule,
on parlera d’exportation co-traductionnelle. Cela signifie que la synthèse de la protéine,
débutée par un (poly)ribosome libre, se terminera par le même (poly)ribosome mais attaché
à la membrane du réticulum endoplasmique rugueux.
Mais comment la cellule sait-elle où doit aller une protéine ? Le système est simple, à l’image
d’une valise portant l’étiquette de l’hôtel de destination, les protéines portent un ou des
signaux d’adressage. Il s’agit de courtes étendues d’acides aminés, souvent localisés à
l’extrémité amino-terminale de la protéine. Par exemple, le signal d’adressage à la
mitochondrie pour une protéine codée par le génome nucléaire est situé à l’extrémité amino-
terminale de la protéine et contient de nombreux acides aminés basiques. Pour un adressage
vers le noyau, le signal de localisation nucléaire, ou NLS pour nuclear localization sequence,
est situé dans une région interne de la séquence primaire de la protéine. Il porte lui aussi de
nombreux acides aminés basiques.
L’adressage au noyau
Explorons d’abord l’adressage au noyau grâce au NLS. Le NLS s’unit à une protéine
d’importation appelée importin (Figure 115). Seul ce complexe peut interagir avec la couronne
fibreuse du pore nucléaire et pénétrer dans le nucléoplasme. Dans ce compartiment,
l’importin est détachée de la protéine cargo, qui peut aller dans le nucléoplasme accomplir sa
fonction. L’importin subit à son tour une translocation en sens inverse grâce à une protéine
dédiée. Elle est de nouveau disponible dans le cytosol pour participer à la translocation d’une
nouvelle protéine. Certaines protéines doivent aussi sortir du noyau. Elles portent un signal
d’adressage spécifique appelé NES pour nuclear export sequence et utilise le même mode de
translocation. Elles s’unissent grâce à leur NES à une protéine d’exportation, l’exportin, avant
d’être amenée vers le cytoplasme au travers des pores nucléaires. L’exportin est, elle aussi,
ramenée dans le noyau grâce à une protéine dédiée.

Figure 115 : Mécanisme de l’importation et de l’exportation nucléaire.
L’adressage à la mitochondrie
L’exportation vers la mitochondrie est plus complexe car plusieurs compartiments peuvent
être visés. La protéine destinée à la mitochondrie est reconnue, grâce à sa séquence
d’adressage. Elle est emmenée, contre l’hydrolyse d’ATP, au travers d’une protéine spécialisée
et localisée dans la membrane externe de la mitochondrie. Cette protéine se nomme TOM
pour transporter outer membrane (Figure 116).
Figure 116 : Schéma du mode d’adressage à la mitochondrie.

Si la protéine doit résider dans l’espace intermembranaire et ne nécessite pas un repliement
particulier, sa translocation s’arrête là. Par contre, si sa destination est la matrice
mitochondriale ou si elle doit subir un repliement avec l’aide d’une chaperone, elle franchit la
protéine TIM, pour transporter inner membrane. Dans la matrice, sa séquence d’adressage est
clivée avant d’être repliée correctement par une chaperonine. Elle peut ensuite résider dans
la matrice ou franchir la membrane interne si elle doit résider dans l’espace intermembranaire.
L’exportation co-traductionnelle
Le processus de l’exportation co-traductionnelle est très différent de ce que nous venons de
découvrir. La traduction de l’ARNm débute dans le cytosol grâce à un (poly)ribosome libre.
Très rapidement une séquence d’adressage spécifique du réticulum endoplasmique, située à
l’extrémité amino-terminale, sort du complexe de traduction. Il s’agit du peptide signal. Cette
séquence d’adressage est reconnue par une ribonucléoprotéine appelée la particule de
reconnaissance du signal ou SRP et s’y lie. Le SRP, grâce à son composant ARN, se lie
également au ribosome et arrête transitoirement la traduction (Figure 117).
Figure 117: Mécanisme de l’exportation co-traductionnelle.
L’ensemble, constitué du ribosome, de l’ARNm et du SRP, est amené à proximité de la face

cytosolique du réticulum où le SRP se lie à un récepteur qui lui est spécifique et est situé au
côté d’une protéine transmembranaire, le translocon. Celui-ci s’ouvre à la réception du SRP.
Cette ouverture libère l’extrémité amino-terminale de la protéine en élongation qui est
engagée dans le translocon. La traduction de l’ARNm reprend à la surface cytosolique de la
membrane du réticulum endoplasmique rugueux et le SRP est libéré.
Lorsque l’extrémité amino-terminale de la protéine en élongation atteint la lumière du
réticulum, une peptidase, la signal peptidase, clive le peptide signal. Au fur et à mesure de sa
synthèse, la protéine est poussée dans la lumière du réticulum où elle peut être aidée pour
son repliement par des protéines chaperones. A partir de cette localisation, la protéine peut
être modifiée par glycosylation et conduite aux différents constituants du système
endomembranaire, à la membrane plasmique ou à l’extérieur de la cellule.

La dégradation des protéines obsolètes
Les protéines n’ont pas une durée de vie infinie, leur fonction les altère ou elles peuvent
devenir obsolètes si la cellule ne nécessite plus leur fonction. Elles sont alors envoyées vers
une voie de dégradation.
La première voie de dégradation possible est l’autophagie que nous avons déjà abordée (voir
page 82). Il s’agit de l’envoi de la protéine à dégrader vers le lysosome. D’autres voies
d’autophagie existent mais elles dépassent le cadre de ce cours et ne seront pas abordées.
La seconde voie de dégradation implique une structure que nous n’avons pas encore abordée,
le protéasome.
Le protéasome est un assemblage protéique qui reconnaît des protéines étiquetées par
l’accumulation de petites protéines qui lui sont liées, l’ubiquitine. Le protéasome réduit la
protéine ainsi marquée en ses acides aminés constitutifs qui peuvent être réutilisés par la
cellule. L’ubiquitine est ajoutée aux protéines à dégrader grâce à de l’ATP et à une succession
d’étapes de transfert comprenant de nombreuses protéines intermédiaires.
Aspect biomédical concernant le protéasome

Nous avons vu plus haut l’importance de l’isomérie en prenant pour exemple le thalidomide
(voir page 9). Au niveau moléculaire, le thalidomide S se fixe sur une protéine possédant une
activité catalytique de type ubiquitine ligase (Figure 118).
Figure 118 : Mécanisme probable de l’effet tératogène du thalidomide S. La représentation moléculaire de l’interaction du
thalidomide provient de https://doi.org/10.1038/s41598-018-19202-7
Cette activé identifie certaines protéines destinées à la dégradation par le protéasome par
l’ajout d’ubiquitine. Dans le cas particulier présenté ici, la protéine visée par cette
identification est un facteur de transcription intervenant dans le contrôle de l’expression de
gènes spécifiques du développement dont le contrôle de la croissance des membres. La liaison

du thalidomide S s’effectue au niveau du site catalytique de l’ubiquitine ligase et est stabilisée
par l’établissement d’une liaison hydrogène entre la molécule et l’enzyme. Cette liaison
hydrogène n’est pas présente lors de l’interaction avec le thalidomide R. Une fois liée à
l’enzyme, le thalidomide inhibe par compétition l’interaction entre la ligase et le facteur de
transcription. Il en résulte que ce dernier n’est pas envoyé au protéasome pour dégradation.
Questions
1) Quel est l’avantage évolutif de la dégénérescence du code génétique ?
2) Pourquoi l’insuline recombinante doit-elle être assemblée en conditions oxydantes ?

Chapitre 16 La perpétuation du génome
Nous allons de nouveau nous tourner vers notre génome et découvrir comment il est
maintenu identique de génération cellulaire en génération cellulaire. Pour comprendre de
quoi il s’agit, retournons, une fois encore, vers le dogme de la biologie moléculaire. Ce dogme
prédit que le flux de l’information génétique des cellules s’écoule de l’ADN vers l’ARN, puis de
l’ARN vers les protéines. Il prédit également que le patrimoine génétique d’une cellule, l’ADN
dans notre cas, peut être perpétué par la réplication qui vise donc à copier le support de
l’information génétique à l’identique (Figure 119). C’est cette dernière partie du dogme que
nous allons couvrir dans ce chapitre.
Généralement, une cellule se divise pour donner naissance à deux cellules filles. Cette étape
porte le nom de division cellulaire, ou mitose chez les eucaryotes, et sera envisagée dans le
chapitre suivant. En termes de patrimoine génétique, les cellules filles sont parfaitement
identiques l’une à l’autre et identiques à la cellule d’origine, la cellule mère. C’est pour cette
raison que toutes les cellules nucléées d’un individu, à l’exception des gamètes, possèdent
exactement le même patrimoine génétique. Cela est possible car toutes vos cellules
proviennent de divisions successives d’une seule cellule de départ, le zygote, mais aussi des
divisions des cellules filles résultantes.
En tant que mammifère, nos cellules sont diploïdes. Ce n’est pas vrai pour tous les êtres
vivants, nous le découvrirons rapidement, mais pour nous mammifères, c’est bien le cas. Cela
signifie que chacune de nos cellules, à l’exception des gamètes encore une fois, porte deux
copies complètes de l’information génétique qui nous constitue. Une copie nous a été donnée
par notre père et la seconde par notre mère. Or ces deux copies, présentes dans la cellule
mère, doivent subsister dans les cellules filles issues de la division. Cela est possible à la
condition que chaque molécule d’ADN qui nous a été donnée par nos parents soit copiée à
l’identique préalablement à la division. Cette dernière rétablira la quantité originelle d’ADN
en la divisant par 2. Cette étape où l’ADN est copié à l’identique est justement la réplication
de l’ADN et le sujet de ce chapitre.
Chapitre 16 : La perpétuation du génome | 141

Le modèle réplicatif
Le modèle structurel de l’ADN proposé par Watson et Crick suggère que la complémentarité
des bases est à l’origine du système de reproduction de l’ADN. En effet, la séquence des bases
d’un brin d’une molécule d’ADN, quel que soit sa provenance, détermine complètement et
exactement la séquence du brin complémentaire. Il a donc été suggéré, que la séquence des
brins parentaux soit dupliquée dans les brins fils. L’hélice parentale bicaténaire donne donc
deux molécules bicaténaires. Trois modèles ont été initialement proposés pour expliquer ce
mode de réplication : le modèle semi-conservatif, le modèle conservatif et le modèle dispersif
(Figure 120).
Dans le modèle semi-conservatif, les brins d’ADN parentaux se séparent. Chaque brin parental
reste intact et sert de motif pour la synthèse d’un nouveau brin complémentaire. La nouvelle
molécule d’ADN comprend donc un brin parental et un brin nouvellement synthétisé.
Dans le modèle conservatif, les deux brins parentaux restent intacts dans la même molécule
et la molécule nouvellement synthétisée d’ADN est entièrement neuve.
Dans le modèle dispersif, les molécules d’ADN néosynthétisées sont des mélanges de
fragments de brins parentaux et de brin fils. Après la réplication, l’ADN parental serait donc
dispersé dans les molécules filles.
Figure 120 : Schéma représentant les 3 modèles de la réplication de l’ADN. Illustration issue de Campbell Biology.
C’est l’expérience de Matthew Meselson et Franklin Stahl réalisée en 1958 qui a permis
d’élucider le mécanisme de la réplication. Dans cette expérience, ils ont cultivé des bactéries
E. coli dans un milieu nutritif contenant une source d’azote sous la forme isotopique 15N,
appelé aussi azote lourd puisqu’il contient 1 neutron de plus que la forme majoritaire de
l’azote, l’azote 14N, dit léger. En conséquence, chaque molécule contenant de l’azote et
synthétisée par la bactérie contenait de l’azote 15N. C’est le cas de l’ADN qui contient des bases
azotées. La densité de la molécule d’ADN de ces bactéries peut être estimée par une technique
de centrifugation. Cette technique montre que toutes les molécules d’ADN de ces bactéries
ont une densité identique et élevée. Les scientifiques ont ensuite transféré les bactéries de la
génération 0, contenant de l’ADN dense, dans un milieu nutritif dépourvu d’azote lourd mais
contenant uniquement l’isotope 14N. Ils prélevèrent à chaque cycle de division un échantillon
des bactéries et analysèrent la densité de leur ADN (Figure 121).

Dans les cellules de la génération 1, tout l’ADN avait une densité plus basse que celle de l’ADN
isolé de la génération 0. Dans les cellules de la génération 2, deux populations d’ADN sont
apparues, une population avec une densité identique à celle observée dans la génération 1 et
une population encore moins dense. Dans les cellules de la génération 3, les deux populations
subsistaient mais leur abondance relative était modifiée. Il y avait beaucoup d’ADN très léger
et peu d’ADN intermédiaire (Figure 121). Les résultats de Meselson et Stahl ont permis de
conclure à un mode semi-conservatif de la réplication de l’ADN.
Figure 121 : Schéma de l’expérience de Meselson et Stahl et représentation de leurs résultats. Illustration adaptée de Campbell
Biology.
Reprenons leurs résultats et mettons-les en parallèle du modèle semi-conservatif de la

réplication. Chacun des brins de l’ADN isolé de la génération 0 était uniquement constitué
d’azote lourd 15N/15N et avait donc une densité élevée. Chaque molécule d’ADN isolée de la
génération 1 était constituée de deux brins, un brin parental fait de 15N et un brin
néosynthétisé et constitué uniquement d’azote léger 14N. Ces molécules d’ADN 15N/14N ont
donc une densité plus faible que la densité des molécules d’ADN 15N/15N de la génération 0.
Ce résultat est compatible avec les modèles semi-conservatif et dispersif de la réplication.
Les brins lourds 15N des molécules d’ADN 15N/14N de génération 1 sont utilisés comme modèle
dans la synthèse de molécules de densité intermédiaire 15N/14N de la génération 2. Tandis que
les brins légers 14N sont utilisés comme modèle dans la synthèse de molécules d’ADN
exclusivement constituée d’azote 14. Ce résultat ne peut être obtenu que dans le cas d’un
modèle semi-conservatif de la réplication.
La réplication est dite semi-conservative puisque chaque molécule d’ADN nouvellement
synthétisée renferme un brin intact qui constituait la molécule mère d’ADN.
La machinerie de la réplication
La réplication de l’ADN est réalisée par une machinerie enzymatique complexe dont le cœur
est l’ADN polymérase. Cette enzyme synthétise une molécule d’ADN mais nécessite pour y
parvenir un modèle, une matrice. On sait maintenant que cette matrice est un des brins de
l’ADN parental. L’ADN polymérase nécessite également des désoxyribonucléotides qui lui sont
fournis sous la forme de nucléotides triphosphates.
Une particularité de l’ADN polymérase est qu’elle est incapable de synthétiser de l’ADN ab
initio, c’est-à-dire dès le début. Elle a besoin d’une amorce qu’elle va allonger. Elle va allonger
cette amorce dans un sens unique, de 5’ vers 3’, à une vitesse faramineuse puisque que cette
vitesse est de l’ordre de 1000 nucléotides par seconde.

La synthèse de l’ADN repose, comme nous l’avons vu sur la complémentarité des bases. La
synthèse de l’ADN est clairement un processus endergonique, une réaction énergétiquement
défavorable. Cette énergie est apportée à l’enzyme par les nucléotides triphosphates utilisés
pour allonger la molécule d’ADN. En effet, chaque nucléotide triphosphate, quel que soit la
base dont il est constitué, possède une liaison phosphoanhydre avec un haut potentiel de
transfert. En conséquence, lors de la formation du lien phosphoester, un pyrophosphate est
libéré par clivage d’une liaison phosphoanhydre transférant ainsi l’énergie de ce lien vers
l’élongation de la molécule d’ADN. Les nucléotides triphosphates sont donc non seulement
les éléments structurels et informatifs de l’ADN mais également la source d’énergie nécessaire
à son élongation (Figure 122).
Figure 122 : Les nucléotides triphosphates sont les éléments structurels, informatifs et énergétiques de la synthèse d’ADN.
Illustration issue de Campbell Biology.
Les cellules possèdent plusieurs ADN polymérases. Les eubactéries en contiennent au moins
3, chacune avec une fonction très spécifique. Les 3 enzymes sont identifiées par un numéro
en chiffres Romains. L’ADN polymérase I est celle qui catalyse une étape particulière de la
réplication, le remplacement de l’amorce. L’ADN polymérase II est impliquée dans la
réparation de l’ADN endommagé. L’ADN polymérase III est celle qui catalyse l’allongement de
l’ADN dans la réplication. Chez les eucaryotes et les archées, le paysage enzymatique est plus
complexe. Il existe de nombreuses ADN polymérases. Elles sont identifiées par des lettres
grecques minuscules. L’ADN polymérase a est celle qui effectue le remplacement de l’amorce.
L’ADN polymérase b est impliquée dans la réparation de l’ADN. Les ADN polymérase g et d
sont celles qui allongent l’ADN, l’ADN polymérase g dans la réplication de l’ADN mitochondrial
et l’ADN polymérase d dans la réplication de l’ADN nucléaire.
Précisons - Dans la suite de ce chapitre, seules les enzymes eubactériennes seront

envisagées mais les processus décrits sont comparables dans tout le vivant.

Le mécanisme de la réplication eubactérienne
La réplication de l’ADN demande une origine de réplication. C’est-à-dire un point où va
débuter le processus. Chez les procaryotes, cette origine de réplication est unique. Il s’agit
d’une séquence particulière de l’ADN. La réplication va donc débuter à ce point et se propager
progressivement à tout le génophore jusqu’à un point situé à l’opposé de l’origine de
réplication et qui sera le site de terminaison. A la fin du processus, deux génophores complets
coexisteront.
La fourche de réplication
A l’origine de réplication, notée ori, va apparaître une structure appelée l’œil de réplication.
Cet œil est une séparation localisée des deux brins d’ADN réalisée par des enzymes
spécialisées, et appelées hélicases. Il s’agit de protéines motrices dont la fonction dépend de
l’ATP. Ces protéines motrices se déplacent le long d’un des brins d’ADN, dans une direction
privilégiée et, durant ce déplacement, elles rompent les liaisons H qui unissent les deux brins
d’ADN. Deux hélicases viennent se placer à l’origine de réplication. Ces enzymes se déplacent
dans des directions opposées et ouvrent l’œil de réplication. Un œil de réplication contient
deux régions particulières situées à l’endroit où se séparent les brins d’ADN. Il s’agit des
fourches de réplication (Figure 123). Un œil de réplication contient donc deux fourches de
réplication. Les brins complémentaires d’ADN de l’œil de réplication sont donc séparés et
maintenant disponibles pour servir de matrice à une synthèse complémentaire.
Figure 123 : Schéma d’un œil de réplication et de ses 2 fourches de réplication.
L’amorçage
Cependant, comme nous l’avons vu plus haut, l’ADN polymérase est incapable de réaliser une
synthèse d’ADN dès son début. Elle nécessite une amorce (Figure 124), un court fragment
d’acide nucléique, qu’elle pourra allonger. Cette amorce est synthétisée par une ARN
polymérase ADN dépendante, c’est-à-dire une enzyme qui synthétise un fragment d’ARN sur
la base d’une matrice d’ADN. L’enzyme porte le nom d’ADN primase, « to prime » en anglais
signifie amorcer. Elle amorce l’ADN. Cette enzyme utilise des ribonucléotides triphosphates
d’une part comme matière première de la synthèse de l’amorce mais aussi, à l’instar de l’ADN
polymérase, comme source d’énergie pour la synthèse. Vous l’aurez compris, cette amorce
n’est pas de l’ADN mais de l’ARN. Cette amorce d’ARN d’environ 10 nucléotides de long est
synthétisée sur chacun des brins d’ADN séparés, comme toutes les synthèses d’acides
nucléiques, dans le sens 5’à3’ et est complémentaire et antiparallèle des brins d’ADN
amorcés.

Figure 124 : Schéma de l’étape d’amorçage de l’ADN lors de la réplication.
Le brin continu
C’est sur la base de ces amorces que des ADN polymérase III vont synthétiser les nouveaux
brins d’ADN. Ces enzymes vont allonger les amorces d’ARN grâce à des désoxyribonucléotides
(Figure 125). Cet allongement va se dérouler par complémentarité dans le sens 5’à 3’.
Pendant ce temps, les hélicases poursuivent leur chemin et continuent à séparer les brins
d’ADN. De ce fait, les hélicases ouvrent le chemin aux ADN polymérases III qui suivent les
hélicases. Ce processus se déroule simultanément dans les deux fourches de réplication mais
sur les brins opposés. Puisque sur ces brins d’ADN, les ADN polymérase III suivent les hélicases
et peuvent donc synthétiser continuellement le nouveau brin d’ADN, ces brins portent le nom
de brin continu. On rencontre parfois d’autres termes comme brin direct, brin directeur ou
brin précoce. Il existe donc un brin continu dans chaque fourche et 2 brins continus dans l’œil
de réplication.
Ce procédé engendre un problème puisqu’au fur et à mesure de la progression des hélicases,
des étendues d’ADN situées en amont de l’amorce ne sont pas répliquées.
Figure 125 : Schéma de l’étape d’élongation des brins continus lors de la réplication de l’ADN.
Le brin discontinu
L’accroissement de l’étendue de l’œil de réplication, par la progression des hélicases, fait
apparaître des régions d’ADN monocaténaire en amont des amorces. Ces régions, lorsqu’elles

seront suffisamment grandes seront à leur tour amorcées par l’ADN primase en amont des
amorces initiales. De cette façon, ces amorces vont pouvoir également être allongées par
l’ADN polymérase III dans le sens 5’ à 3’, c’est-à-dire dans la direction opposée à la direction
de progression de l’hélicase de la même fourche (Figure 126). Pendant cette synthèse, les
hélicases vont poursuivre leur chemin et dégager de nouvelle étendue d’ADN bicaténaire en
amont du nouveau jeu d’amorce. Le processus pourra se reproduire, et ces nouvelles
étendues seront amorcées en amont… et ainsi de suite. Puisque la synthèse de ces brins ne
peut se faire en une seule fois, mais qu’elle requiert une succession d’amorçage, on parle de
brin discontinu. Les termes « brin indirect », ou « brin retardé » sont aussi utilisés.
Figure 126 : Schéma de l’élongation des brins discontinus lors de la réplication de l’ADN.
Les fragments d’Okazaki

La conséquence de ce mode de synthèse est évidente : le brin discontinu est discontinu et
chimérique. En effet, il est synthétisé sous la forme de fragments d’ADN non unis les uns aux
autres et ces fragments contiennent une amorce d’ARN initiale. Ces fragments portent le nom
de fragments d’Okazaki, du nom de la scientifique qui les a mis en évidence en 1968 dans
l’eubactérie E. coli. Ces fragments ont une longueur d’environ 1200 nucléotides chez les
procaryotes et de 200 nucléotides chez les eucaryotes. Bien entendu, le but de la réplication
n’est pas d’avoir un génome chimérique et discontinu.
La ligation
Pour remédier à ce problème, une première étape complémentaire doit intervenir. Elle est
catalysée par l’ADN polymérase I que nous avons décrite comme l’ADN polymérase impliquée
dans le remplacement de l’amorce. Cette enzyme vient s’asseoir à l’extrémité 3’ d’un
fragment d’Okazaki et allonge cette extrémité d’ADN à l’aide de désoxyribonucléotides. Cette
enzyme, outre son activité ADN polymérase 5’à3’, possède aussi une activité exonucléase
qui opère dans le sens 5’à3’ sur l’amorce du fragment d’Okazaki précédent. L’ADN
polymérase I allonge donc un fragment d’Okazaki tout en dégradant l’amorce d’ARN du
fragment d’Okazaki précédent. Elle laisse cependant les deux fragments non unis. L’enzyme
peut ensuite reproduire la même étape sur le fragment d’Okazaki suivant. Les fragments
d’ADN discontinus sont progressivement unis les uns aux autres par une enzyme spécialisée,
l’ADN ligase. Cette enzyme crée un lien phosphoester entre le désoxynucléotide 3’ d’un
fragment avec le désoxynucléotide 5’ du fragment précédent. Il résulte de ces 2 étapes un brin
d’ADN continu complémentaire du brin parental.

Le réplisome
Dans la réalité cellulaire, ces évènements ne sont pas complètement dissociés. Certaines des
enzymes que nous venons de découvrir sont regroupées dans un énorme complexe de
protéines appelé le réplisome. Ce complexe contient deux molécules d’ADN polymérase III
qui se déplacent donc dans la même direction, celle de l’hélicase. Une ADN polymérase III se
charge de répliquer le brin continu comme nous l’avons décrit. La seconde réplique le brin
discontinu tout en se déplaçant dans la même direction que l’hélicase grâce à une boucle dans
le brin discontinu.
Le mécanisme de la réplication eucaryote

Chez les eucaryotes, le procédé de la réplication est très semblable à celui que nous venons
de décrire chez les eubactéries. Une différence réside dans la forme particulière des molécules
d’ADN eucaryotes. En effet, celles-ci ne sont pas circulaires mais linéaires et beaucoup plus
longues. Pour cette dernière raison, chaque molécule d’ADN eucaryote porte plusieurs
origines de réplication, au départ de plusieurs yeux de réplication qui fusionnent lorsqu’ils se
rejoignent. La seconde particularité de l’ADN eucaryote, à savoir le fait qu’il soit linéaire, est
une problématique dans le procédé de la réplication. En effet, ces molécules ont des
extrémités ! Si ces extrémités ne posent pas de problème pour le brin continu, qui peut être
parcouru par l’ADN polymérase jusqu’à son terme. Une fois arrivée à l’extrémité, l’enzyme
quittera simplement la molécule.
Les choses ne sont pas si simples pour le brin discontinu. En effet, le remplacement de la
dernière amorce demande un fragment d’Okazaki en amont …. et il n’y en a pas. En
conséquence chaque réplication entraîne la perte d’un fragment d’ADN à chaque extrémité
de la molécule d’ADN parental.
Le raccourcissement des télomères
Les extrémités de chaque molécule d’ADN portent le nom de télomère, par extension, ce nom
est également donné aux extrémités des chromosomes. Pour éviter la perte d’informations
importantes pour la cellule lors des réplications, les télomères ont des structures particulières.
Il s’agit de séquences répétées non informatives. Chaque séquence répétée porte le nom
d’unité télomérique, et plusieurs d’entre elles sont perdues à chaque réplication. En
conséquence, plus une cellule se divise, et subit donc de réplication, plus les cellules filles
auront des chromosomes avec des télomères courts.
Ce raccourcissement des télomères est un signal de sénescence pour la majorité de nos
cellules. Lorsqu’une limite minimale est atteinte par la taille des télomères d’une cellule, celle-
ci entre en sénescence. Il s’agit d’un ralentissement de l’activité vitale de la cellule et d’un
arrêt de la division en raison du vieillissement. Certaines cellules sont capables de passer au-
delà de ce point de contrôle de la senescence. C’est par exemple le cas de certaines cellules
cancéreuses qui font l’acquisition de mutations inactivant le point de contrôle. Heureusement,
un point de contrôle ultérieur existe et induit la mort de nombreuses cellules qui ont passé le
premier point de contrôle. Cependant, certaines cellules cancéreuses font l’acquisition d’un
processus qui leur permet d’allonger la longueur de leur télomère. De cette façon, elles
échappent à la sénescence et à la mort qui y est associée.
Les cellules cancéreuses ne sont cependant pas capables d’inventer un tel processus ex nihilo,
à partir de rien. En effet, elles ne font que réactiver un processus d’allongement des télomères
qui se produit normalement dans quelques-unes de nos cellules devant être capables de
s’auto-renouveler indéfiniment, les cellules souches (voir page 183).

L’allongement des télomères
Dans les cellules souches, tout comme dans les cellules cancéreuses, l’allongement des
télomères peut être réalisé par plusieurs modalités différentes, mais la plus fréquente est
l’usage d’une enzyme ou plutôt d’une RNP particulière, la télomérase (Figure 127). La
télomérase, accompagnée de protéines accessoires, ne diffère pas des autres ADN
polymérases. Elle allonge une molécule préexistante dans le sens 5’ à 3’ en utilisant un brin
complémentaire comme matrice. Mais la télomérase à quelque chose de particulier, elle est
équipée de son propre brin matrice qui est en fait une molécule d’ARN, le TERC. L’unité
enzymatique de la télomérase est le TERT. Il s’agit d’une transcriptase inverse. Cette enzyme
allonge un brin d’ADN, en y ajoutant des unités télomériques complémentaires au TERC. Il
s’agit donc bien d’une transcriptase inverse puisqu’elle catalyse une synthèse d’ADN à partir
d’une matrice ARN. La télomérase procède ainsi successivement de 5’ vers 3’. Lorsque le
télomère est suffisamment allongé, le brin complémentaire est comblé par le processus de la
réplication, grâce à une ADN primase et à une ADN polymérase.
Figure 127 : Schéma de la télomérase et de ses sous-unités TERC et TERT.
La correction sur épreuve

Nous avons vu précédemment que l’ADN polymérase III travaillait excessivement vite. A une
vitesse de l’ordre de 1000 nucléotides par seconde. Malheureusement, pendant ce travail
considérable, il lui arrive de faire des erreurs et d’apparier un nucléotide qui n’est pas
complémentaire à celui présent sur le brin matrice. Elle effectue environ 100 erreurs tous les
millions de bases. Mais à l’échelle de notre génome, ce taux de fidélité représente quand
même 600 000 erreurs, soit 600 000 mutations, dans chaque cellule, à chaque réplication.
Heureusement, l’ADN polymérase dispose d’une activité dont nous n’avons pas encore parlé,
le proofreading, la correction sur épreuve. Elle vérifie que la base présente sur le brin matrice
est bien complémentaire à celle présente sur l’épreuve, le brin néosynthétisé. Si ce n’est pas
le cas, elle s’arrête et fait marche arrière. Pendant ce retour en arrière, elle utilise une activité
exonucléase 3’à5’ pour éliminer le nucléotide ajouté par erreur. Puis reprend sa course 5’à3’
en corrigeant son erreur. Grâce à ce système, sa fidélité passe de 100 erreurs par million à 1
erreur par milliard de base. Soit 6 erreurs sur l’ensemble de notre génome diploïde. Sachant
que seul 1% de celui-ci est codant, on se rend vite compte que le risque que ces erreurs soient
sur des séquences codantes est très faible.

Aspect biomédical de l’ADN polymérase
Kary Mullis a été lauréat du prix Nobel de chimie de 1993 pour sa contribution à l’invention
de la réaction de polymérisation en chaîne ou PCR (polymerase chain reaction).
Cette réaction permet d’amplifier à très large échelle et spécifiquement des fragments d’ADN
grâce à l’activité de l’ADN polymérase au cours d’une répétition de cycles de transition de
température. Il s’agit de cibler une région particulière d’une molécule d’ADN grâce à de
courtes séquences oligonucléotidiques qui encadrent la région à amplifier et qui serviront
d’amorces à l’ADN polymérase.
Pour réaliser une réaction de polymérisation en chaîne, le scientifique doit disposer d’un
échantillon d’ADN, d’une paire d’amorces spécifiques de la région de l’ADN qu’il souhaite
amplifier, de désoxyribonucléotides triphosphates et d’une ADN polymérase. Les différents
composants sont réunis dans un tube à essai.
Le choix des amorces
Les séquences nucléotidiques des amorces doivent être spécifiques et complémentaires de la
région à amplifier. Deux amorces sont nécessaires : la première est appelée amorce « sens »
et la seconde amorce « antisens ». L’amorce « sens » est complémentaire d’une région située
en amont de la zone à amplifier alors que l’amorce « antisens » est complémentaire d’une
région en aval (Figure 128). Typiquement, les amorces ont une longueur de 20 nucléotides.
Figure 128 : Description succinctes des évènements se déroulant lors des 3 étapes d’une PCR.
Les étapes de la réaction

La réaction de polymérisation en chaîne est constituée par la répétition, typiquement 30 à 40,
de cycles de changement de température. Ces températures ne sont pas choisies au hasard
et répondent à un canevas bien précis.
La première étape de la PCR s’effectue à 95°C et dure typiquement 30 à 60 secondes. Il s’agit
de séparer les deux brins d’ADN unis par des liaisons hydrogènes. Cette étape porte le nom
de « dénaturation ».

La seconde étape de la réaction de polymérisation en chaîne est l’hybridation des amorces
avec les brins d’ADN dénaturés. Pour y parvenir, la température doit être amenée à une
température seuil qui dépend de la séquence nucléotidique des amorces et de leur longueur.
Cette température (Tm), dite de fusion, généralement située entre 55°C et 65°C, doit être
thermodynamiquement favorable à l’hybridation des amorces et maintenue jusqu’à 60
secondes. Plus ces amorces contiennent de guanosine (G) et de cytidine (C), ou plus les
amorces sont longues, plus la température peut être élevée. Cette température peut être
calculée grâce à une formule relativement simple qui tient compte de la proportion de GC.
!" = 2 × (' + !) + 4 × (+ + ,)
La troisième étape de la PCR est l’élongation des amorces, soit la réaction de polymérisation
a proprement parlé. La température à laquelle la polymérisation se déroule est égale à 72°C
et cette étape dure généralement 30 à 60 secondes.
Un cycle, constitué de ces 3 étapes, est répété de 30 à 40 fois au cours d’une PCR.
Le choix de l’ADN polymérase
Le choix de l’enzyme qui procèdera à la synthèse de l’ADN n’est pas anodin. Puisque la
réaction de polymérisation en chaîne est constituée d’une répétition de cycles de variation de
la température et que ces températures sont supérieures à 50°C, avec un maximum de l’ordre
de 95°C, l’enzyme choisie doit résister à ces températures extrêmes. En effet, les
températures élevées perturbent les liaisons faibles qui stabilisent la structure tertiaire des
protéines et conduisent à leur dénaturation. Pour cette raison, l’enzyme utilisée provient d’un
organisme vivant naturellement dans un environnement chaud. Il s’agit d’eubactéries
thermophiles telles que Thermus aquaticus ou d’archées comme Pyrococcus furiosus.
Applications de la PCR
La PCR est utilisée à des fins de recherche, pour amplifier des séquences rares d’ADN, pour
produire des fragments d’ADN destinés à être insérés dans des plasmides, ou encore pour
déterminer si un gène est transcrit. La PCR est également utilisée dans des buts de diagnostic.
Nous l’avons vu ces dernières années, c’est une PCR qui permet de détecter la présence d’un
virus chez un patient. C’est aussi la PCR qui permet de déterminer si des organismes
génétiquement modifiés (OGM) sont présents dans un échantillon.
Les mutations ponctuelles

Nous venons de parler de mutations, mais qu’est-ce qu’une mutation ? Toutes les mutations
ont elles le même impact ? Répondent-elles toutes au même principe ?
Certaines mutations sont dites silencieuses. C’est le cas lorsque la base modifiée n’entraîne
pas de modification de signification pour le codon impacté. Par exemple, la base T du codon
GGT peut être remplacée par un A et le codon devient alors GGA. Heureusement, la
dégénérescence du code génétique fait que cette modification n’aura pas d’impact pour la
cellule puisque les codons GGT et GGA sont synonymes et codent tous les deux pour le même
acide aminé, en l’occurrence une glycine. Un autre type de mutation est la mutation faux sens.
Dans ce cas, la mutation fait apparaître un codon qui code pour un acide aminé différent de
celui qui était à l’origine dans la séquence. Par exemple, la base G du codon GGT est remplacée
par un C. Le codon devient alors CGT. Alors que GGT code pour une glycine, le codon CGT code
pour une arginine. La protéine issue du gène muté portera donc un acide aminé différent de
sa version normale. Cette différence peut être anodine, ne pas avoir d’effet sur la fonction de
la protéine, ou améliorer sa fonction ou réduire ou inhiber sa fonction. C’est bien entendu le

moteur de l’évolution et aussi l’origine de nombreuses maladies. Une mutation faux sens est
donc une mutation qui modifie l’acide aminé codé par le codon muté. Un troisième type de
mutation est la mutation non-sens. Dans ce cas, le codon muté est transformé en un codon
de terminaison. Par exemple, le C du codon TCA qui code pour une sérine est remplacé par un
A. Le codon devient donc TAA. Ce codon est un codon de terminaison. La serine n’est donc
pas insérée et la protéine se termine prématurément. Les mutations non-sens, comme les
mutation faux sens, peuvent ne pas avoir d’effet sur l’activité de la protéine si elles
interviennent à l’extrémité carboxy-terminale. Cependant, très souvent, elles perturbent,
voire inhibent l’activité de la protéine. Enfin le dernier type de mutation a été abordé dans le
chapitre précédent, il s’agit du glissement du cadre de lecture ou frameshift. Nous l’avons vu
dans l’expérience de Crick et Brenner. Il s’agit ici, non pas de remplacer une base par une autre
mais d’ajouter une base, on parlera alors d’insertion, ou d’omettre une base, on parlera alors
de délétion. Ces deux modifications sont regroupées sous le vocable indel pour insertion-
délétion. Les indels modifient complètement la façon dont l’ARN va être traduit, l’ordre et la
nature des acides aminés en aval de l’indel ne correspondent pas forcément à la séquence
primaire attendue de la protéine.
Questions
1) Quelles sont les différentes raisons qui expliquent pourquoi une mutation du
patrimoine génétique peut ne pas avoir d’incidences sur la physiologie d’une cellule ?
2) Expliquez pourquoi, lors d’une PCR, la température de fusion peut être plus élevée
lorsque la proportion de G/C est plus élevée.
3) Dans une cellule eucaryote, dans quels compartiments peut-on détecter des
fragments d’Okazaki ?

Chapitre 17 La division cellulaire
Dans le chapitre précédent, nous avons abordé la façon dont le patrimoine génétique des
cellules était perpétué. Nous y avons indiqué que cette perpétuation passait par une
réplication de l’ADN suivie par le rétablissement de la quantité originelle d’ADN dans la cellule
lors de la division de la cellule. C’est cet aspect qui va nous occuper dans ce chapitre.
Penchons-nous d’abord sur la signification de ce terme, division cellulaire. Y a-t-il plusieurs
formes de divisions ? Il faut d’abord différencier la division et la reproduction. La division qui
nous occupe est bien entendu la division cellulaire. Il s’agit d’un mode de multiplication de
toutes les cellules. Les cellules se divisent en cellules filles qui acquièrent une vie propre. Cette
notion de division s’intéresse donc aux cellules. Il ne faut pas confondre la division avec la
reproduction. La reproduction est un processus biologique qui permet la production de
nouveaux organismes. La plupart du temps, cette reproduction est sexuée et implique la
fusion de gamètes. Bien entendu, les exceptions existent toujours, c’est le cas de la
reproduction asexuée ou plus exactement la multiplication asexuée.
Il existe plusieurs modalités de division cellulaire, celle utilisée par les procaryotes, et celles
utilisées par les eucaryotes. Et même dans ce dernier cas, plusieurs possibilités existent. Le
mode de division des procaryotes, la division binaire a été abordée dans le chapitre 3 de ce
cours. Nous ne reviendrons pas dessus, mais nous imaginons aisément que les différences
principales existant entre la fission binaire et la division des eucaryotes résident dans les
différences fondamentales entre ces types cellulaires : l’existence d’un noyau, un génome
fragmenté et linéaire. Une autre différence se situe dans l’utilisation du cytosquelette dans la
division des cellules eucaryotes. Débutons donc ce chapitre par la description du
cytosquelette impliqué dans la division des eucaryotes, les microtubules.
Les microtubules
Nous savons qu’il existe 3 formes du cytosquelette, classées en fonction du diamètre des
fibres qui les composent : les filaments fins d’actine (voir page 71), les filaments intermédiaires
comme la lamine nucléaire (voir page 72), les cytokératines ou la vimentine, et enfin les
filaments épais constitués des microtubules qui ont un diamètre de 25 nm.
Chaque microtubule est un tube creux formé de 13 protofilaments organisés en anneau. Un
protofilament est constitué par la polymérisation de dimères de deux protéines globulaires,
les tubulines a et b. Cet assemblage leur donne une polarité, l’extrémité où les tubulines a
sont apparentes est appelée « - », et l’extrémité où les tubulines b sont apparentes est
appelée « + ».
Les microtubules sont moins flexibles que les microfilaments d’actine mais sont, eux aussi,
très dynamiques. Chaque extrémité peut s’allonger, se polymériser sous la dépendance du
GTP, et se dépolymériser. Cependant, l’extrémité + s’allonge plus rapidement que l’extrémité
- et l’extrémité - se raccourcit plus rapidement que l’extrémité +.
Il apparaît dans la cellule que l’extrémité - des microtubules est stabilisée par leur ancrage au
site de leur initiation. Les microtubules prennent naissance au niveau d’une région particulière
de la cellule, le centre de nucléation ou centrosome situé à proximité du noyau de la cellule.
Chez les animaux, le centrosome se compose d’une paire de centrioles entourée par un nuage
protéique appelé matériel péricentriolaire (Figure 129). Les centrioles sont chacun constitués
de neuf triplets de courts microtubules et sont orientés perpendiculairement l’un à l’autre. Le
matériel péricentriolaire comporte des anneaux d’une tubuline particulière, la tubuline g, à
Chapitre 17 – La division cellulaire | 153

partir de laquelle s’effectue la nucléation de tous les microtubules. Les microtubules se
polymérisent à partir du centrosome et irradient vers la périphérie de la cellule.
Figure 129 : Schéma d’une paire de centrioles formant un centrosome.
Dans les cellules végétales, le système est différent. Il n’y a pas de paires de centrioles, ni de
centrosomes à proprement parlé, mais la présence d’anneaux de tubuline g qui jouent un rôle
identique de centre de nucléation.
Précisons - Généralement, les cellules animales ne comportent qu’un seul centrosome, à

l’exception des cellules en division. Cependant, certaines cellules cancéreuses peuvent
contenir des centrosomes surnuméraires. Anecdotiquement, les levures et les neurones
ne possèdent pas de centrosomes.
Les protéines motrices

Les microtubules sont utilisés comme support par des protéines particulières appelées
« MAP » pour microtubule-associated proteins. Ce sont ces protéines qui déterminent la
fonction des microtubules. Parmi celles-ci, on retrouve des protéines motrices. Les protéines
motrices sont des protéines qui génèrent des forces grâce à l’hydrolyse de l’ATP. Il s’agit donc
d’ATPase. Parmi les protéines motrices, nous connaissons déjà l’hélicase, mais il y a également
la prestine, les kinésines, les dynéines, et les myosines. Ce sont ces trois dernières qui nous
intéressent ici. Ces protéines motrices ont une structure quaternaire formant un domaine
moteur, celui qui va générer le mouvement, la force, et un domaine de liaison à un cargo,
c’est-à-dire une charge à transporter.

En effet, ces protéines sont spécialisées dans le déplacement de structures au sein des cellules
en suivant les routes formées par les microtubules. Les structures déplacées peuvent, entre
autres, être des organites, des vésicules ou des chromosomes.
Les kinésines et dynéines génèrent un mouvement par une déformation de leur domaine
moteur lors de l’hydrolyse de l’ATP. Le fait qu’une protéine se déforme n’est pas surprenant.
Toutes les activités catalytiques des enzymes reposent sur une déformation partielle de la
protéine. Les kinésines et dynéines vont donc utiliser les rails des microtubules pour déplacer
des charges dans la cellule. Ces protéines vont littéralement marcher sur ces rails (Figure 130).
Figure 130 : Schéma de la structure quaternaire de protéines motrices et de leur sens de déplacement sur un microtubule.
La kinésine aura un déplacement antérograde, c’est-à-dire vers l’extrémité + du microtubule.

Alors que la dynéine aura un déplacement rétrograde, c’est-à-dire vers l’extrémité – du
microtubule. Sachant que l’extrémité – est dirigée vers le centrosome et que l’extrémité +
rayonne vers la périphérie de la cellule, on comprend aisément que la dynéine se dirige vers
le centre de la cellule, vers le centrosome. Alors que la kinésine se dirige vers la périphérie de
la cellule, vers la membrane plasmique.
La myosine est la première protéine motrice à avoir été découverte. Il s’agit d’une protéine
motrice interagissant spécifiquement avec les filaments d’actine, et les cellules eucaryotes en
contiennent plusieurs types. La myosine de type II est abondante dans les cellules musculaires
striées où elle participe à la contraction musculaire. Les cellules non musculaires contiennent
une autre forme de myosine, la myosine de type I. Les molécules de myosine peuvent déplacer
soit des vésicules le long d’un filament d’actine, un filament d’actine le long de la membrane
plasmique, ou même faire glisser deux filaments d’actine l’un par rapport à l’autre. Toutes les
molécules de myosine hydrolysent l’ATP pour se déplacer de l’extrémité - vers l’extrémité +
des filaments d’actine.

La mitose
Chez les eucaryotes, une des formes de division cellulaire porte le nom de mitose. Le but de
la mitose est d’accroître le nombre de cellules, mais les cellules filles produites par la mitose
doivent, d’une part, être génétiquement parfaitement identiques entre elles et identiques à
la cellule mère. D’autre part, elles doivent être viables et donc disposer de tous les éléments
cellulaires nécessaires à leur fonctionnement. Parmi ces éléments se trouve justement le
centre organisationnel des microtubules, le centrosome. Et donc, tout comme il a été
nécessaire de dupliquer le patrimoine génétique avant de débuter la mitose, la duplication du
centrosome est aussi un prérequis et se déroule au même moment que la réplication de l’ADN.
La mitose désigne les évènements nucléaires et chromosomiques qui se déroulent lors de la
division cellulaire. Elle est, en principe, suivie par la division a proprement parlé de la cellule
qui porte le nom de cytodiérèse (Figure 131).
Figure 131 : Les différentes phases de la mitose (prophase à télophase), suivies par la cytodiérèse et l’interphase.
La mitose est elle-même divisée en 5 étapes : la prophase, la prométaphase, la métaphase,

l’anaphase et la télophase. La durée moyenne de la mitose est de 90 minutes.
Précisons - Il arrive que la cytodiérèse chevauche partiellement la dernière étape de la

mitose, la télophase. C’est pour cette raison que ces deux évènements sont souvent
confondus.
La prophase
La prophase, soit la première phase de la mitose, débute par l’amorçage de la condensation
de la chromatine. La chromatine quitte progressivement son état d’euchromatine et
d’hétérochromatine pour atteindre son état de condensation maximal, les chromosomes.
Bien entendu, la transcription s’arrête progressivement durant la prophase, à mesure que la
chromatine se condense. L’état de condensation maximal est atteint grâce à la mise en place
d’un échafaudage de protéines de structure qui supporte la chromatine. C’est cet
échafaudage qui impose la forme de X aux chromosomes mitotiques.

La morphologie d’un chromosome peut être décrite par plusieurs termes. Nous avons déjà vu
les télomères qui sont les extrémités des molécules linéaires d’ADN et par extension, les
extrémités des chromosomes. Le centromère est le point de liaison des molécules d’ADN
dupliquées. Ces molécules d’ADN dupliquées et donc identiques constituent les chromatides
sœurs du chromosome. Les bras courts du chromosome sont nommés bras « p ». Alors que
les bras longs du chromosome sont appelés bras « q ». La position du centromère sur le
chromosome permet de distinguer plusieurs formes de chromosomes (Figure 132).
Figure 132 : Structure d’un chromosome mitotique.
Ainsi un chromosome dont le centromère est situé à équidistance des télomères est dit
métacentrique. Plus le centromère est proche d’un télomère, plus le chromosome s’écarte
d’une conformation métacentrique pour devenir submétacentrique, acrocentrique ou
télocentrique.
La prophase voit aussi la mise en place du fuseau mitotique. Le fuseau est l’appareil qui
séparera, au moment venu, les chromatides sœurs du chromosome. Le fuseau mitotique est
un assemblage de microtubules qui remplace l’assemblage normal de la cellule en dehors de
la mitose. Les deux paires de centrioles se déplacent dans la cellule et commencent à
s’éloigner l’une de l’autre, formant entre elles un faisceau de microtubules. Lorsque les paires
de centrioles atteignent les pôles opposés de la cellule, un faisceau de microtubule est orienté
vers le centre la cellule et un second est orienté vers la membrane plasmique, il s’agit du
faisceau radial.
Au moment de la formation du fuseau mitotique, l’enveloppe nucléaire est progressivement
démantelée. Les composants de l’enveloppe nucléaire ne disparaissent pas mais sont
incorporés au réticulum endoplasmique. Cette incorporation n’est pas surprenante lorsqu’on
connait l’origine évolutive de l’enveloppe nucléaire. Le démantèlement de l’enveloppe
nucléaire est le résultat d’un désassemblage du cytosquelette qui supporte les membranes de
l’enveloppe. En effet, lors de la prophase, les protéines de la lame nucléaire, les lamines
nucléaires organisées en tétramères, sont phosphorylées par une enzyme que nous nous
contenterons d’appeler MPF pour le moment. Il s’agit bien entendu d’une kinase. Une fois
phosphorylés, les tétramères de lamines nucléaires se séparent et l’enveloppe nucléaire perd
son support. Cette perte entraîne la désorganisation de l’enveloppe.

La prométaphase
La prométaphase fait suite à la disruption de l’enveloppe nucléaire. Pendant cette phase, la
chromatine est complètement condensée en chromosomes et ceux-ci s’unissent au fuseau
mitotique (Figure 133). Cette fixation se fait par l’intermédiaire d’une pièce multiprotéique
appelée le kinétochore. Chaque chromosome possède deux kinétochores, un sur chaque
chromatide sœur et situé au niveau du centromère. Chaque kinétochore est susceptible
d’interagir avec une vingtaine de microtubules. Un kinétochore contient 2 régions, la plaque
interne et la plaque externe. La première est étroitement associée avec le centromère d’une
chromatide alors que la plaque externe interagit avec les microtubules.
Figure 133 : Schéma d’un chromosome prométaphjasique unis au fuseau mitotique.
La plaque externe porte une structure encore mal identifiée et appelée couronne fibreuse. Il
s’agit vraisemblablement du support de protéines motrices, dans ce cas des dynéines, qui vont
constituer le pont entre ces structures et le microtubule. L’extrémité + des microtubules est
ancrée à la plaque externe du kinétochore par l’intermédiaire de protéines d’arrimage. Les
microtubules unis aux kinétochores sont appelés microtubules kinétochoriens.
Normalement, chaque chromosome voit une de ses chromatides s’unir à des microtubules
kinétochoriens provenant spécifiquement d’un seul et unique centrosome, c’est un
attachement amphitélique. Des défauts d’attachement peuvent apparaître et mener à des
divisions anormales ou inefficaces.
La métaphase
Grâce au bon arrimage des chromosomes aux microtubules, ceux-ci subissent des forces de
traction identiques vers chaque pôle des cellules, ce qui les conduit inexorablement vers
l’équateur de la cellule. Le moment précis où les chromosomes sont alignés sur l’équateur de
la cellule est la métaphase, l’aboutissement de la prométaphase. Cette zone, où les
chromosomes sont situés, est nommée la plaque équatoriale. Elle ne représente aucune
structure particulière mais sera l’axe de la future division cellulaire. Dans ce plan, les
chromosomes sont placés à peu près en cercle. Ce cercle peut être observé lors d’une vue
polaire de la cellule (Figure 134).

Figure 134 : Observation en microscopie à champ clair de cellules en métaphase.
L’anaphase
L’anaphase est la phase la plus courte de la mitose et consiste en la séparation des
chromatides sœurs de chaque chromosome. Cette phase débute par la dégradation des
protéines qui maintiennent ensemble les chromatides sœurs. Cette protéine est la cohésine,
concentrée au niveau des centromères et elle est dégradée simultanément dans tous les
chromosomes par une protéase spécialisée nommée séparase. Une fois qu’elles sont libérées
l’une de l’autre, les chromatides sœurs sont entraînées vers les pôles cellulaires grâce, entre
autres, au raccourcissement des microtubules kinétochoriens.
Parallèlement à la séparation des chromatides sœurs, les pôles cellulaires, les centrosomes,
s’écartent l’un de l’autre. Ces mouvements, ceux des chromatides et des centrosomes, sont
le résultat de deux types d’évènements : la modification de la longueur des microtubules et
l’action de protéines motrices. Ces évènements concourent aux mêmes évènements. En ce
qui concerne les microtubules, ils sont répartis en 3 catégories. Les microtubules
kinétochoriens, les microtubules polaires et les microtubules astraux (Figure 135).
Les premiers, les microtubules kinétochoriens unissent les kinétochores aux centrosomes.
Durant la prométaphase et l’anaphase, ces microtubules se raccourcissent par
dépolymérisation de leurs deux extrémités, entrainant les chromatides sœurs vers les pôles
cellulaires opposés. Les seconds sont les microtubules polaires ou chevauchant. Ils sont émis
par chaque centrosome et se chevauchent au niveau de leur extrémité + à l’équateur de la
cellule. Ces microtubules s’allongent lors de l’anaphase. Les derniers sont les microtubules
astraux. Ils unissent les centrosomes à la membrane plasmique des pôles cellulaires. Ces
microtubules se raccourcissent durant l’anaphase.

Figure 135 : Schéma de l’organisation du fuseau mitotique et des 3 catégories de microtubules.
Pour accomplir l’anaphase, la modification de la longueur des microtubules est secondée par
l’action de protéines motrices. Tout d’abord au niveau des microtubules kinétochoriens, le
point d’attache de ces derniers au kinétochore fait intervenir la dynéine. Cette protéine
motrice remorque donc une chromatide le long du microtubule vers son extrémité -, c’est-à-
dire vers le centrosome. La conjonction du raccourcissement du microtubule et du
déplacement de la protéine motrice et de son cargo entraîne donc la séparation des
chromatides et leur rapprochement des centrosomes. Ensuite, les microtubules polaires
provenant des centrosomes opposés, sont unis les uns aux autres au niveau de leur région de
chevauchement. Cette union est assurée par des protéines motrices qui font glisser les
microtubules l’un sur l’autre pendant leur allongement. Chaque microtubule polaire est donc
poussé vers son centrosome respectif grâce à l’action de ces protéines motrices. Cette
poussée a pour effet l’écartement des pôles cellulaires. Enfin, les microtubules astraux sont
unis à la membrane plasmique au niveau des pôles par des protéines motrices. Ces dernières
tirent sur les microtubules pendant leur dépolymérisation. Cette traction tire le centrosome
vers la membrane plasmique du pôle cellulaire. La conjonction des effets de la modification
de la longueur des microtubules et de l’action des protéines motrices a pour résultat
l’allongement de la cellule, l’écartement des centrosomes et la séparation des chromatides
sœurs.
La télophase
L’anaphase se poursuit par la dernière phase de la mitose, la télophase. Durant celle-ci, le
fuseau mitotique se désorganise par dépolymérisation et, au même moment, l’enveloppe
nucléaire se reforme. La reformation du noyau repose sur la déphosphorylation des lamines
qui avait été l’élément déclencheur de son démantèlement. Cette déphosphorylation
provoque la formation, à partir d’éléments du réticulum endoplasmique, d’une l’enveloppe
nucléaire autour de chaque chromatide qui commence immédiatement à se décondenser. Ces
fragments de chromatines, entourés par un fragment d’enveloppe nucléaire, fusionnent les
uns avec les autres jusqu’à reproduire un noyau contenant toutes les molécules de
chromatines localisées dans la future cellule fille.

La cytodiérèse
La séparation des cellules filles se nomme la cytodiérèse ou parfois cytocinèse qui est
cependant un anglicisme venant de cytokinesis. La modalité de cette division est différente
dans les cellules animales et végétales en raison de l’existence d’une paroi rigide dans ces
dernières. Dans les cellules animales, c’est un élément du cytosquelette qui provoque la
division, des microfilaments d’actine interagissant avec des protéines motrices, la myosine de
type I. Grâce à cette association, l’anneau se contracte et étrangle progressivement la cellule
jusqu’à la séparation des cellules filles. Très souvent, la cytodiérèse se superpose
partiellement à la télophase.
Aspect biomédical de la mitose

Vous ne l’ignorez pas, la mitose est une cible thérapeutique largement utilisée dans certaines
pathologies, dont particulièrement les pathologies oncologiques, les cancers.
En effet, il est possible de calculer, sur la base d’une observation microscopique d’un
échantillon de tissu, un index mitotique. Cet index est la proportion de cellules en mitose dans
l’échantillon observé et exprimé en %. Il s’agit d’un indicateur puissant de la survie d’un
patient.
Une des modalités choisies pour viser la mitose se dirige vers une altération de la dynamique
des microtubules. Le taxol aussi appelé paclitaxel est une molécule qui altère cette dynamique
et est utilisée dans différentes formes de cancer. Cette molécule est produite par certains
champignons et par certaines plantes toxiques comme l’if (Taxus baccata) que l’on rencontre
parfois dans nos haies de jardin.
Le paclitaxel, mais aussi d’autres molécules, inhibe la dépolymérisation des microtubules à
l’extrémité + et donc leur raccourcissement. Il s’agit donc des microtubules kinétochoriens et
astraux qui sont visés par cette substance dans le cas de l’inhibition de la mitose. Il va de soi
que l’inhibition de la polymérisation et donc de l’allongement des microtubules polaires aura
le même effet sur la mitose.
Le blocage de la mitose dans certaines de ses phases, particulièrement la métaphase, c’est-à-
dire lorsque la chromatine est dans son état de condensation maximale, lorsque les
chromosomes sont clairement visibles, permet de diagnostiquer certaines pathologies
causées par des anomalies chromosomiques. Le blocage de la mitose en métaphase permet
de visualiser le nombre et la forme de chaque chromosome. Cette représentation des
chromosomes porte le nom de caryotype. Sur cette seule base, un œil expert est capable
d’identifier, l’espèce et le genre de l’individu dont provient le caryotype. Chez l’Humain, le
caryotype d’une cellule diploïde normale comporte 23 paires de chromosomes.
Plusieurs types d’anomalies peuvent être rencontrées, à titre d’exemple, nous citerons le
syndrome de Klinefelter caractérisé par une trisomie des chromosomes sexuels, l’individu
atteint de cette anomalie porte donc 3 chromosomes sexuels, 2 X et 1 Y. En conséquence,
l’individu porte 47 chromosomes en lieu et place des 46 chromosomes dans la situation
normale. Une autre anomalie fréquente est le syndrome de Down ou trisomie 21. Dans ce cas,
l’individu porte 3 copies du chromosome 21 et donc, lui aussi 47 chromosomes.
Questions
1) Associez la fonction de protéines motrices à des processus cellulaires différents de la
mitose.
2) La vincristine inhibe la polymérisation des microtubules. Peut-elle avoir une fonction
anti-mitotique ?

3) Le chimpanzé possède 24 paires de chromosomes et pourtant nous partageons 98%
de notre patrimoine génétique avec lui. Comment expliquer ce désaccord ?

Chapitre 18 Le cycle cellulaire et son contrôle
La vie d’une cellule eucaryote est toutefois assez simple, elle oscille entre des moments de
duplication, de division et de préparation. Cette oscillation porte le nom de cycle cellulaire et
est l’objet d’un contrôle très rigoureux. Penchons-nous d’abord sur le cycle lui-même avant
d’aborder son contrôle.
Le cycle cellulaire
La cellule reçoit quasi en permanence des stimulus de son environnement, de ses voisines.
Ces stimulus influencent profondément la vie de la cellule. Ainsi, on peut percevoir des
stimulus de survie qui indiquent à la cellule qu’elle doit maintenir une activité de base
compatible avec sa survie. Ces stimulus de survie peuvent être combinés à d’autres signaux,
dont un signal de division, qui prend le plus souvent la forme d’une protéine, un facteur de
croissance.
Le cycle cellulaire comme nous l’envisageons n’existe que chez les eucaryotes. Il est constitué
par la succession de 4 phases appelée G1, S, G2 et M. L’ensemble des phases G1, S et G2 porte
le nom d’interphase. La phase M, en dehors de cette interphase, contient deux évènements,
la mitose elle-même et la cytodiérèse. La succession des étapes s’effectue toujours dans le
même ordre, G1, S, G2 et M, puis le cycle recommence (Figure 136).
Figure 136 : Représentation schématique du cycle cellulaire et des phases qui le constituent.
La durée d’un cycle cellulaire varie très fortement en fonction du type de cellule considéré. Il
est généralement plus court dans des cellules embryonnaires. Par exemple, la durée du cycle
cellulaire d’une cellule embryonnaire de Drosophile est de l’ordre de 10 minutes, alors que la
durée de celui d’une cellule différenciée adulte est de l’ordre de 24h. Des extrêmes existent,
c’est le cas des hépatocytes, dont la durée du cycle dépasse les 8700 heures … soit un an.
D’autres cellules quittent ce cycle en G1 pour entrer dans une phase de quiescence appelée
G0. Elles peuvent y rester, des jours, des semaines, des mois, des années, voire ne jamais en
sortir. C’est le cas des neurones et des cellules musculaires. L’étape G1 est la principale phase
de croissance des cellules. La phase S est l’étape durant laquelle s’effectue la réplication de
l’ADN.
Chapitre 18 – Le cycle cellulaire et son contrôle | 163

La progression du cycle cellulaire – la transition G2/M
Après avoir décrit le cycle, voyons maintenant comment il progresse, comment sont
contrôlées les transitions d’une phase à l’autre. Comme souvent, faisons appel à un résultat
expérimental pour comprendre les premiers éléments qui controlent le cycle cellulaire. Au
début des années 1970, deux équipes indépendantes ont réalisés des expériences qui ont
apporté les premiers éléments de notre compréhension. Les deux équipes ont découvert que
l’entrée en phase M d’une cellule de grenouille en phase G2 pouvait être induite par la
microinjection du cytoplasme provenant d’une cellule elle-même en phase M (Figure 137).
Par contre, la même opération reproduite à partir du cytoplasme d’une cellule en interphase
ne permettait pas de provoquer la phase M de la cellule receveuse. Cette découverte indiquait
que le cytoplasme des cellules en phase M contenait un régulateur positif capable de
provoquer la transition G2-M. Ce régulateur positif a reçu le nom de MPF pour M-phase
promoting factor ou facteur promoteur de la phase M.
Figure 137 : Représentation des résultats obtenus par Masui, Markert & Smith, Ecker.
La découverte d’un régulateur positif de la phase M confirmait également ce qui avait été
suggéré par l’expérience de Rusch sur le blob – Physarum polycephalum. Le blob est une
espèce de protozoaire monocellulaire géant contenant des milliers de répliques de son noyau,
complètement synchronisés au niveau de leur mitose. Bien entendu, dans ce cas, il n’y a pas
de cytodiérèse. L’idée originelle qui expliquait cette synchronisation des mitoses était
l’existence d’une horloge biologique interne aux noyaux. Pour tester cette hypothèse, Rusch
et ses collaborateurs ont pratiqué des fusions entre deux blobs à des moments différents de
leur cycle cellulaire. Les deux blobs sont décalés de 2 heures dans le déclenchement de leur
mitose et ce décalage se maintient au fur et à mesure des cycles cellulaires. Les chercheurs
ont fusionné des proportions variables de ces blobs, puis ils ont observé le décalage qu’il y
avait entre les déclenchements de la mitose dans ces blobs fusionnés et dans les blobs
d’origine. L’importance dans le décalage dépend de la proportion des blobs fusionnés,
suggérant un effet de dilution. Les scientifiques ont émis l’hypothèse que l’horloge biologique
imaginée au départ était dans le cytosol et non dans le noyau, et qu’il s’agissait
vraisemblablement d’une substance dont la concentration augmentait progressivement

durant l’interphase jusqu’à atteindre un maximum juste avant la mitose. Leur intuition était
la bonne, et cette substance est le MPF.
Aujourd’hui, nous avons une vision claire de ce qu’est le MPF. Il s’agit d’un complexe fait de
deux protéines : la cycline B et la cdk1. Lorsqu’on analyse l’activité biologique du MPF dans
une cellule au cours de son cycle cellulaire, on constate que cette activité oscille entre 2
extrêmes. Le pic le plus élevé pour cette activité se situe systématiquement durant la phase
M. Les autres moments du cycle sont dépourvus de cette activité. L’activité est faible au début
de G2, croissante durant cette phase, et maximale en phase M. L’activité disparaît ensuite
rapidement pour être indétectable en G1 (Figure 138).
Figure 138 : Evolution au cours du cycle cellulaire de l’activité du MPF et de l’abondance relative de la cycline B.
La variation de l’activité biologique du MPF s’accompagne par la variation de l’abondance d’un

de ses constituants, la cycline B. L’abondance de la cycline B est faible au début de G1 et
augmente progressivement durant toute la progression du cycle pour atteindre un maximum
en phase M, au moment où l’activité du MPF est, elle aussi, maximale. Puis, tout comme pour
l’activité du MPF, l’abondance chute jusqu’à devenir minimale en G1. Parallèlement à ces
résultats, il a été découvert que l’abondance de la cdk1, quant à elle, ne variait pas au cours
du cycle cellulaire. Que montre ce résultat ? Et bien il suggère que l’activité du MPF dépend
de l’interaction de ses deux constituants dont un, la cycline, voit sa concentration varier au
cours du cycle. La cycline est la protéine régulatrice de l’activité enzymatique de la cdk1.
Mais quelle est cette activité du MPF, ou plutôt de la cdk1 lorsqu’elle fait partie du MPF ? Et
bien la cdk1 est un enzyme de la famille des kinases. Cela signifie donc qu’elle phosphoryle un
substrat, dans ce cas des protéines, en transférant un groupement phosphate de l’ATP vers la
protéine cible. Mais cette activité nécessite la liaison de cdk1 à la cycline. Sans cette dernière,
pas d’activité. C’est cette caractéristique qui a donné son nom à cdk1 qui signifie « cyclin-
dependent kinase » ou en français « kinase dépendante de la cycline ». Les cibles de cdk1 sont
nombreuses, mais on peut en citer certaines qui ont été d’ores et déjà abordées dans les
chapitres précédents. Il s’agit de la condensine et des histones, impliquées dans la
condensation de la chromatine, des protéines associées aux microtubules (MAP) et
impliquées dans la formation du fuseau mitotique, et enfin les lamines nucléaires qui
constituent le support de l’enveloppe nucléaire. On constate que toutes ces protéines sont
impliquées, directement ou non, dans la mitose. Un petit retour en arrière montre d’ailleurs
que le MPF avait déjà été mentionné dans la description de la prophase (voir page 157). Le
MPF avait été pointé comme étant l’enzyme responsable de la phosphorylation des lamines
qui aboutissait au démantèlement de l’enveloppe nucléaire.

Précisons - On peut légitimement se poser la question de pourquoi une phosphorylation
est-elle capable de produire autant d’effets ? Rappelez-vous, la fonction d’une protéine
est liée à sa structure tertiaire, à la formation des domaines protéiques. Ces structures
tertiaires sont influencées par les interactions qui existent entre les différentes parties de
la chaîne peptidique et parmi les types d’interactions rencontrées, il y a les interactions
électrostatiques. L’ajout d’un ou de plusieurs groupes phosphate sur la chaîne peptidique
va influencer ces interactions puisque le groupe phosphate est lui-même chargé
négativement. Imaginons une protéine dans laquelle le site actif ne soit pas replié de
façon à assurer son activité. La protéine est donc sous une forme inactive. L’ajout de
groupements phosphates, sur des acides aminés spécifiques, bien entendu cela ne se fait
pas au hasard, va modifier le repliement de la région phosphorylée par l’établissement
de nouvelles interactions électrostatiques avec d’autres régions de la protéine, voire
même engendrer des répulsions entre des fragments de la chaîne peptidique portant des
charges de même signe. La subtile modification de forme de la protéine entraîne donc
son activation. Dans le cas de certaines protéines, il s’agit du mécanisme inverse, la
protéine est désactivée par la phosphorylation. Les phosphorylations des protéines sont
utilisées par la cellule comme un commutateur réversible de l’activité des protéines. Les
kinases phosphorylent tandis que les phosphatases déphosphorylent leurs substrats.
Découvrons maintenant comment cette oscillation de l’activité du complexe cycline B-cdk1
est contrôlée (Figure 139).
Figure 139 : Mécanisme du contrôle de l’activité du complexe cycline B-cdk1.
Que savons-nous déjà ? Nous savons que l’abondance de la cycline fluctue et que celle de cdk1
est constante. Nous savons également que c’est le complexe cycline B-cdk1 qui pousse la
cellule vers la phase M. Voyons maintenant comment est régulée la fluctuation de
l’abondance de la cycline. L’apparition de la cycline B dans la cellule est le résultat de

l’enclenchement de l’expression du gène qui la code et de la traduction de l’ARNm
correspondant. Il s’agit donc d’une synthèse de la protéine. La disparition de la cycline, quant
à elle, est le résultat de sa dégradation par le protéasome, c’est-à-dire après son marquage
pour la dégradation par de l’ubiquitine. Lorsqu’on analyse ce mécanisme (Figure 139), on
constate que la formation d’un complexe cycline B-cdk1 n’est pas suffisante pour pousser la
cellule vers la mitose. Cette formation du complexe est nécessaire mais non suffisante. En
effet, la cdk du complexe cycline-cdk doit d’abord subir des phosphorylations inactivatrices
avant d’être l’objet d’une déphosphorylation partielle activatrice.
Pourquoi une telle complexité me demanderez-vous ? Pourquoi ajouter 3 phosphates dans ce
cas, pour ensuite en retirer 2, et maintenir celui qui est sur le site activateur ? Pourquoi ne pas
directement ajouter le phosphate sur le site activateur ? Cette complexité est probablement
un système de sécurité pour la cellule qui lui permet d’éviter les activations accidentelles de
son MPF.
La progression du cycle cellulaire – un modèle général

Nous avons maintenant décrit le mode de transition G2/M du cycle cellulaire. Mais qu’en est-
il des autres transitions ? Le mécanisme que nous avons décrit peut-il être généralisé a celles-
ci ?
La réponse à cette question provient en partie des résultats obtenus par Rao et Johnson. Ils
ont pratiqué des expériences basées sur la fusion de cellules issues d’un cancer humain et
engagées dans des phases différentes du cycle cellulaire (Figure 140). Ils ont ainsi obtenu des
cellules binucléées et ont observés la quantité d’ADN présente dans ces noyaux. Ils ont donc
pu établir si les noyaux étaient en G1, en S ou en G2.
Figure 140 : Résultats obtenus par Rao et Johnson dans leurs expériences de fusion cellulaire.
Dans la première expérience, ils ont effectué une fusion entre une cellule en phase S et une
cellule en G1. Le résultat de l’expérience faisait apparaître que dès la fusion, le noyau
initialement en phase G1 entreprenait une phase S. Ce résultat rappel bien entendu ceux
obtenus lors des expériences de micro-injection de cytoplasme et suggère qu’il existe dans la
cellule en phase S un élément régulateur positif de l’entrée dans cette phase et que celui-ci
pousse la cellule en G1 dans la phase S. Dans la seconde expérience, la fusion entre une cellule
en phase S et une cellule en phase G2 a été réalisée. Dans ce cas, l’élément régulateur se
montre incapable de pousser le noyau en G2 vers la phase S. Ce qui semble indiquer que le

noyau en G2 est incompétent pour effectuer cette phase du cycle cellulaire. En outre, le fait
que le noyau en G2 n’entre pas en mitose suggère que l’élément régulateur de la phase S ne
soit pas identique à l’élément régulateur de la phase M. Bref, ce n’est pas le MPF. La dernière
expérience consistait à fusionner une cellule en G1 avec une cellule en G2. Dans ce cas, les
deux noyaux sont restés dans leur phase initiale. Cela signifie que la cellule en G2 ne possède
pas l’élément de contrôle de la phase S.
L’histoire semble se répéter puisque la transition G1/S est elle aussi contrôlée par un couple
cycline-cdk, la cycline E et la cdk2 (Figure 141). Comme plus tôt avec le MPF, l’abondance de
la cdk2 est invariable au cours du cycle cellulaire et c’est l’abondance de la cycline E qui varie
cycliquement avec une abondance maximale lors de la transition G1-S. Il en découle que c’est
à cet instant que l’activité maximale du complexe est mesurée.
Figure 141: Évolution au cours du cycle cellulaire de l’activité du complexe cycline E-cdk2 et de l’abondance relative de la
cycline et de la cdk correspondantes.
Ce mode de contrôle de la transition d’une phase à l’autre du cycle cellulaire peut-être

généralisé à toutes les transitions, l’identité des cyclines et des cdk impliquées dans les
couples changeant à chaque transition.
Nous avons vu tout à l’heure que les cibles du complexe cycline B – cdk1, le MPF, étaient des
protéines liées à la mitose. Qu’en est-il des cibles du complexe cycline E – cdk2 ?
La cible majeure de ce complexe est une protéine nommée Rb et abréviée par pRB, le p
signifiant protéine. RB est une indication du contexte dans laquelle on la trouve souvent
impliquée, un cancer ophtalmique pédiatrique, le rétinoblastome.
Dans sa forme active, pRB se lie à un facteur de transcription nommé E2F (Figure 142). Cette
séquestration empêche E2F de se lier à l’ADN pour y exercer son rôle de facteur de
transcription positif des gènes de la phase S, tel que ceux qui codent pour l’ADN polymérase,
pour des enzymes impliqués dans la synthèse de nucléotides ou la régulation de la réplication
de l’ADN. En conclusion, pRB, empêche la phase S de se dérouler et bloque le cycle cellulaire
en phase G1.
Lorsque le complexe cycline E-cdk2 est activé, celui-ci phosphoryle pRB. Dans sa forme
phosphorylée, pRb ne peut plus interagir avec E2F qui est donc libéré et peut, dès lors, jouer
son rôle de facteur de transcription de la phase S. La protéine pRB active est donc un frein à
l’avancée du cycle cellulaire.

Figure 142 : Mécanisme de contrôle de la progression du cycle cellulaire au noiveau de la transition G1/S.
Le contrôle qualité du cycle cellulaire

La progression du cycle cellulaire, d’une phase à l’autre est donc contrôlée par un mécanisme
général qui fait appel à des complexes cycline-cdk. Mais que se passe-t-il au niveau du cycle
cellulaire si un évènement anormal s’y produit ?
Heureusement, 3 points de contrôle, les checkpoints, existent dans le cycle cellulaire pour
vérifier la qualité de ses étapes et si son déroulement est sans danger pour l’organisme. Ces
points de contrôle sont respectivement situés à la fin de G1, à la fin de G2 et pendant la mitose.
Ils indiquent à la cellule si le cycle cellulaire entrepris peut être poursuivi ou doit être arrêté.
En effet, le risque pour un organisme serait de procéder à la division, et donc à la multiplication,
de cellules anormales ou de le faire dans des conditions environnementales insuffisantes. Les
checkpoints sont là pour réduire ce risque.
Le point de restriction
Le premier point de contrôle, le G1 checkpoint aussi appelé point de restriction, est le premier
point où la cellule, sur base de l’intégrité de son patrimoine génétique et sur base de
l’abondance de ses ressources, décide de poursuivre le cycle cellulaire ou non.
La première chose que la cellule va évaluer est l’adéquation de son environnement avec une
division. En bref, a-t-elle reçu un ordre de division de l’extérieur ? Si elle a reçu un tel signal,
le complexe cycline D – cdk4/6 est activé et ce dernier peut phosphoryler pRb pour conduire
la cellule vers la phase S (Figure 143). Sans ce signal, la cellule devrait être maintenue en G1.
La seconde chose qui est vérifiée, est l’intégrité du génome de la cellule. L’existence de
dommages à l’ADN, comme des cassures de la chaîne d’ADN, ne permettra pas une phase S
correcte. La cellule est équipée pour percevoir ces cassures et, le cas échéant, active une
cascade de kinase. La kinase finale de cette cascade phosphoryle une protéine extrêmement
importante dans la cellule : p53. Cette activation est, encore une fois une phosphorylation de
la protéine. Sous sa forme activée, p53 est capable de se lier à l’ADN au niveau du promoteur
du gène codant la protéine p21. La protéine p53 est en fait un facteur de transcription
spécifique du gène p21. La protéine p21, est, quant à elle, un inhibiteur de cdk2. En
conséquence, dans le cas où des cassures de l’ADN sont repérées, l’apparition de p21
empêche la phosphorylation de pRB en inhibant cdk2 et bloque la cellule en G1 (Figure 143).

Figure 143 : Mécanisme du point de restriction.
Mais pourquoi arrêter le cycle dans ce cas ? Le cycle est arrêté pour permettre à la cellule de
mettre en œuvre des mécanismes de réparation. Ces mécanismes, quoique très intéressants,
ne seront pas abordés dans ce cours. Si la cellule parvient à réparer son ADN, il n’y a plus
d’activation de la protéine p53, la transcription de p21 s’arrête et le cycle peut redémarrer.
Par contre, si la réparation de l’ADN n’est possible, l’abondance de p21 s’accroît d’avantage
ce qui envoie la cellule vers un programme de mort programmée appelé apoptose.
Le point de contrôle en G2
Le point de contrôle en G2 vise également à vérifier l’intégrité du génome. Le mécanisme est
cependant plus simple, au moins en apparence, que lors du point de contrôle en G1. Tout
comme dans ce dernier, les dommages à l’ADN sont évalués par la cellule et mène à
l’activation d’une cascade de kinases. La kinase terminale phosphoryle une protéine nommée
cdc25 pour « cell division cycle ». Il s’agit d’une phosphatase, soit une enzyme qui catalyse
l’enlèvement de groupement phosphates. Celle-ci est destinée à éliminer les phosphates
inhibiteurs qui avaient été ajoutés au complexe MPF en préambule de son activation (figure
4). La phosphorylation de cdc25 entraîne sa translocation du noyau vers le cytoplasme, c’est-
à-dire à distance de sa cible moléculaire le MPF, où elle ne peut plus l’activer. Il en résulte,
une fois encore un blocage du cycle, mais ici en phase G2. Le but de cet arrêt est identique à
celui de l’arrêt en G1, permettre à la cellule de réparer son ADN ou à défaut l’envoyer vers la
mort.
Le point de contrôle en M
Le dernier point de contrôle se trouve en métaphase de la mitose. Ce point de contrôle vérifie
l’attachement correct des kinétochores aux microtubules. Nous avons vu lors du chapitre
précédent que l’attachement devait être amphitélique pour assurer une séparation correcte
des chromatides sœurs et ainsi éviter des anomalies chromosomiques.
Prenons l’exemple d’une configuration monotélique de l’attachement d’un chromosome. Cet
attachement laisse un kinétochore libre, non occupé par les microtubules. Le kinétochore libre

peut alors se lier aux protéines mad et bub qui s’organisent en un complexe au niveau du
kinétochore, lui-même capable de s’unir à la protéine cdc20. Lorsqu’elle est libre, c’est-à-dire
non liée au complexe mad-bub, cdc20 est l’activateur du complexe APC pour « anaphase
promoting complex ». C’est le complexe de promotion de l’anaphase qui déclenche la
séparation des chromatides sœurs lors de la mitose.
Figure 144 : Mécanisme du point de contrôle en M.
Le complexe APC activé est une ubiquitine ligase, c’est-à-dire une enzyme qui lie des
ubiquitines à son substrat. Le complexe APC fonctionne à deux niveaux pour avancer dans la
mitose (Figure 144).
Lors de l’oscillation de l’activité du complexe cycline B-cdk1, le MPF, c’est le complexe APC qui
marque la cycline B pour la dégradation en lui transférant des molécules d’ubiquitine. De cette
manière, APC éteint le signal d’entrée en mitose.
Nous avons découvert dans le chapitre précédent, que l’anaphase nécessitait la dégradation
d’une protéine d’union des chromatides sœurs, la cohésine. C’est une enzyme qui catalyse
cette dégradation, elle porte le nom de séparase. Pour éviter que la cohésine ne soit dégradée
au mauvais moment, c’est-à-dire entre la phase S et l’anaphase, la séparase est inhibée par
une protéine qui interagit avec elle, la sécurine. Pour promouvoir l’anaphase, l’APC transfert
de l’ubiquitine sur la sécurine qui est alors détruite par le protéasome. La séparase est alors
libérée et active pour séparer les chromatides sœurs, l’anaphase peut avoir lieu.
Les proto-oncogènes et les gènes suppresseurs de tumeurs

Nous venons de découvrir que la cellule contrôle très étroitement son cycle cellulaire. Pour y
parvenir, elle dispose de deux outils les proto-oncogènes et les gènes suppresseurs de
tumeurs. Même si leurs noms font penser à des maladies, ces outils sont présents et ont une
fonction dans la cellule normale. Ces deux outils sont des gènes qui codent pour des protéines
qui gèrent de concert la vitesse de division des cellules. Les produits des proto-oncogènes
induisent la division tandis que ceux des suppresseurs de tumeurs inhibent la division.

Certaines cyclines sont des proto-oncogènes tandis que p53 est le produit d’un gène
suppresseur de tumeurs.
A l’image d’une voiture de course, la sécurité de la course de la cellule est conditionnée par
un usage optimal de l’accélérateur, le proto-oncogène, et du frein, le suppresseur de tumeurs.
L’accident peut survenir si des mutations altèrent la fonction tant du frein que de
l’accélérateur. Une mutation peut bloquer l’accélérateur à fond, le proto-oncogène devient
alors un oncogène. D’autres mutations peuvent inactiver les freins. Dans les deux cas, la
voiture va trop vite, la cellule se divise trop rapidement et de façon non contrôlée. Ces deux
types de mutation sont souvent observées dans les pathologies oncologiques.
La mort de la cellule
Plutôt dans ce chapitre, nous avons évoqué le blocage du cycle cellulaire qui pouvait amener
la cellule à déclencher un programme de mort cellulaire si l’ADN ne pouvait être réparé.
Bien entendu, il n’existe pas qu’une seule forme de mort cellulaire. Les chercheurs en
décrivent jusqu’à une dizaine, avec des différences parfois très subtiles. Les plus évidentes
sont la mort purement accidentelles, la nécrose, et une mort pleinement organisée,
l’apoptose (Figure 145).
Figure 145: Images obtenues par microscopie électronique d’une cellule normale (A), d’une cellule en apoptose (B) et d’une
cellule en nécrose (C). Image issue de https://doi.org/10.1007/s10495-008-0187-8
La nécrose
La nécrose résulte d’une altération de la cellule. La cellule subit une étape de gonflement
réversible jusqu’à un certain point. Lorsque ce point est franchi, la membrane plasmique se
rompt. C’est la lyse de la cellule, et les composants intracellulaires sont déversés dans l’espace
intercellulaire. Cette apparition de matériel normalement restreint à l’intérieur de la cellule,
provoque une activation du système immunitaire et une inflammation.
L’apoptose
A l’inverse de ce qui se déroule dans la nécrose, la cellule en apoptose ne subit pas de
gonflement, mais plutôt une condensation de tous les compartiments, et une vacuolisation
subséquente. En outre, la cellule maintient l’intégrité de sa membrane plasmique, empêchant
ainsi l’activation du système immunitaire. C’est cette forme de mort qui est induite lorsque le
cycle cellulaire ne peut être redémarré.
Nous l’avons vu la cellule reçoit quasi en permanence des stimulus de son environnement et
de ses voisines. Certains de ceux-ci sont des signaux de survie qui peuvent être combinés à
d’autres signaux modifiant le devenir de la cellule, comme induire sa division ou sa
différenciation. Mais il existe aussi des signaux de morts qui peuvent se substituer au signal
de survie. Ces signaux peuvent être exogènes ou endogènes. L’absence de stimulus de survie
est aussi un élément qui conduit la cellule vers la mort.

Cette mort par apoptose n’est pas qu’une protection pour l’organisme, une méthode
d’éliminer des cellules anormales ou endommagées. C’est aussi une fin en soi pour une grande
variété de cellules. Un devenir inexorable et physiologique. Citons l’exemple du fœtus. Le
fœtus Humain, comme celui de tous les mammifères, possède à un moment des structures
interdigitales. Ces structures disparaissent avant la naissance et cette disparition est le
résultat d’une apoptose des cellules qui les composent. C’est aussi le cas de la sélection des
lymphocytes T, c’est-à-dire l’élimination des lymphocytes T qui sont incapables de reconnaître
un antigène et de ceux qui reconnaissent anormalement les antigènes du soi.
L’apoptose est caractérisée par un certain nombre de particularités dont nous ne citerons que
quelques-unes. La première, est la rupture de l’asymétrie de répartition de certains
phospholipides dans la membrane plasmique. En effet, dans une cellule en survie, les
phosphatidylsérines, qui est donc un phospholipide, sont exclusivement localisés dans le
feuillet cytosolique de la membrane plasmique. Très rapidement après l’induction de
l’apoptose, ces phospholipides basculent également vers le feuillet externe de la membrane
plasmique. Cette caractéristique est d’ailleurs utilisée en recherche pour identifier les cellules
en apoptose. La seconde caractéristique est une condensation de la cellule. Cette
condensation, qui n’est pas accompagnée par une réduction de la surface de la membrane
plasmique provoque l’apparition de boursoufflure à la surface de la cellule. Elles portent le
nom de « blebbings ». Ces boursoufflures finissent par se séparer les unes des autres pour
constituer les corps apoptotiques qui sont des petits fragments de cellules toujours entourés
d’une membrane plasmique. Ils peuvent contenir des organites, du matériel génétique ou tout
autre constituant cellulaire. Ces corps apoptotiques vont être reconnus par des cellules
spécialisées dans la phagocytose et qui vont se charger de les éliminer. Très rapidement, la
trace de la cellule en apoptose aura disparu.
Deux voies distinctes peuvent mener une cellule vers l’apoptose, une voie dont l’origine
moléculaire vient de l’extérieur de la cellule. Elle est dite extrinsèque. Et une voie dont
l’origine moléculaire est à l’intérieur de la cellule. Elle est dite intrinsèque (Figure 146).
Commençons par celle-ci. Un évènement provoque des dommages irréparables à la cellule. Il
peut par exemple s’agir d’un rayonnement ionisant ou ultraviolet qui altère le patrimoine
génétique ou encore d’une toxicité vis-à-vis de la mitochondrie. Cet évènement provoque par
un mécanisme connu mais que nous ne verrons pas, la sortie du cytochrome C de la
mitochondrie vers le cytosol. Souvenez-vous, le cytochrome C est le transporteur des
électrons entre les complexes 3 et 4 de la chaîne respiratoire. Cette sortie du cytochrome C a
donc deux effets, le premier est la réduction de l’activité de la chaîne respiratoire, et le second
est sa liaison à un supercomplexe de protéines nommé apoptosome. Cet apoptosome
consiste en un assemblage de cytochrome C, d’ATP, et de nombreuses protéines dont une
forme inactive de la caspase 9. Cette protéine est activée par clivage protéolytique, c’est-à-
dire qu’elle doit être séparée d’un domaine qui l’inactive. Ce type de protéine, qui doit être
séparée d’un domaine inactivateur pour être activée, porte le nom de pro-enzyme ou
zymogène. Il s’agit donc ici de l’activation de la procaspase 9 en caspase 9. Comme toutes les
caspases, il s’agit d’une protéase.
Les caspases sont des pro-enzymes, qui une fois activées, vont cliver et donc activer d’autres
pro-caspases. Les caspases sont donc classées en caspases initiatrices, situées en début de
cascade et en caspases effectrices, en fin de cascade. La caspase 9 est donc initiatrice et la
caspase 3, en fin de chaîne est effectrice.

Figure 146 : Description succincte des voies intrinsèque et extrinsèque qui mènent à la mort de la cellule par apoptose.
La seconde voie passe par un signal moléculaire extérieur, un ligand qui se lie à un récepteur
membranaire. Cette liaison provoque, elle aussi, l’activation d’une caspase initiatrice, la
procaspase 8 qui entame une cascade culminant à l’activation de la caspase effectrice, la
caspase 3.
Ces caspases effectrices, sont les tueurs à gage de la cellule. Par leur activité protéolytique,
elles vont dégrader des protéines importantes de la cellule ce qui va aboutir à la mort de celle-
ci.
Questions
1) Citez quelques protéines, vues dans d’autres chapitres, dont l’activité est modifiée par
une (dé)phosphorylation.
2) Expliquez la différence entre une kinase et une ATPase.
3) La protéine pRb est-elle le produit d’un proto-oncogène ou d’un gène suppresseur de
tumeurs ?

Chapitre 19 La transmission du patrimoine génétique I – l’origine des
gamètes
Notre progression dans nos connaissances de la biologie nous permet de sortir
progressivement du monde des unicellulaires pour atteindre celui des multicellulaires. Nous
n’y sommes pas encore de pleins pieds mais cela ne saurait tarder. Pour nous approcher
encore un peu plus du monde multicellulaire, nous allons découvrir une forme particulière de
division cellulaire et qui est à l’origine des gamètes chez les animaux, la méiose. La méiose est
un prérequis indispensable à la reproduction sexuée, c’est-à-dire celle que vit l’immense
majorité des animaux. Ce mode de reproduction implique la participation de deux cellules :
les gamètes. Cela ne signifie pas que le seul but de la méiose soit de faire des gamètes mais
nous aborderons ce point plus tard.
La méiose
La méiose a été décrite pour la première fois en 1883 par un scientifique Liégeois, Edouard
Van Beneden. De nos jours, le processus de la fécondation est très bien établi. A la fin du 19ème
siècle ce n’était pas le cas même s’il était clair que la formation des gamètes nécessitait la
réduction de moitié du nombre de chromosomes, sans cette réduction chaque fécondation
verrait une multiplication par deux du nombre de chromosomes et en 10 générations, le
nombre de chromosomes des cellules humaines serait passé de 46 à 46 x 210, soit plus de
47.000 chromosomes. Cette explosion du nombre de chromosomes ne s’observe pas car la
méiose réduit le nombre de chromosomes lors du passage de la cellule mère vers les cellules
fille.
La ploïdie
Pour bien comprendre l’intérêt de la méiose, il est important d’avoir une vue très claire de ce
qu’est la ploïdie d’une cellule et de comment varie la quantité d’ADN des cellules au cours des
cycles cellulaires. La ploïdie est le nombre de jeux complets de chromosomes, un jeu complet
est désigné par un « n ». Dans le cas de l’humain, notre « n » est égal à 23. Notre espère est
caractérisée par 23 chromosomes différents, 23 chromosomes qui portent les gènes qui font
de nous des êtres humains. Cependant, nous sommes tous nés d’une fécondation. La
rencontre d’un spermatozoïde émis par notre père et d’un ovule émis par notre mère. Ces
deux cellules humaines contenaient chacune 23 chromosomes. La fusion des deux cellules a
produit notre première cellule, le zygote. Le zygote, résultat de cette fusion, porte donc 46
chromosomes. Chacun des 23 chromosomes qui font de nous des humains est présent en
double dans cette première cellule qui va se diviser jusqu’à former un être vivant complet.
Chacune de nos cellules portera ces 46 chromosomes, ces 23 paires de chromosomes, puisque
chacune de nos cellules sera issue de mitoses successives dont le but est de produire des
cellules filles génétiquement identiques entre elles et identiques à la cellule mère. A l’âge
adulte, chacun de nous produira des gamètes capables de perpétuer notre espèce et donc son
patrimoine génétique.
Dans le cycle des générations, on perçoit clairement que le nombre de chromosomes est
maintenu constant sous la forme de paires de chromosomes grâce à la réduction de ce
nombre dans des cellules spécialisées, les gamètes. Nos cellules disposent donc toutes de ces
deux jeux de chromosomes. Elles sont diploïdes, on dit qu’elles sont « 2n ». Bien entendu nos
gamètes ne possèdent qu’un seul jeu complet de chromosomes. Elles sont donc « n » ou
haploïdes. C’est la méiose qui permet cette réduction de diploïde vers haploïde. La
Chapitre 19 – La transmission du patrimoine génétique I – l’origine des gamètes | 175

fécondation quant à elle, restituera le caractère diploïde à l’organisme par la fusion des deux
cellules haploïdes.
La variation de la quantité d’ADN
Le fait d’être une espèce diploïde ne signifie pas que la quantité d’ADN dans nos cellules reste
constante. En effet, le cycle cellulaire que nous avons découvert montre clairement que cette
quantité d’ADN évolue (Figure 147). Durant la phase S, la quantité d’ADN est doublée, puis
elle est divisée par deux lors de la cytodiérèse mais par contre la ploïdie ne change pas. En
effet, les cellules en G1 sont diploïdes mais chaque chromosome est sous une forme non
répliquée. Lors de la phase S, chaque molécule d’ADN est copiée à l’identique pour constituer
la seconde chromatide des chromosomes qui deviennent alors des chromosomes répliqués
ou encore mitotiques. Lors de la mitose, les chromatides sœurs seront séparées et distribuées
dans chaque cellule fille. Le résultat est donc bien des cellules diploïdes tout au long du cycle
cellulaire malgré les modifications de la quantité d’ADN. Mais alors, comment noter ce
changement de la quantité d’ADN puisque le « n » ne change pas. Ce changement est noté
par la modification du nombre de compléments d’ADN.
Figure 147 : Evolution de la quantité d’ADN dans une cellule au cours des phases du cycle cellulaire.
Un complément d’ADN représente une molécule d’ADN. Donc, en G1 dans les cellules
diploïdes, puisque les chromosomes existent sous la forme de paires et que chaque
chromosome est une molécule d’ADN, le nombre de complément est égal à 2. On dit que la
cellule est 2C. Alors qu’en G2, puisque la réplication de l’ADN a eu lieu, le nombre de
complément est égal à 4. La cellule est dite 4C. Dans le cycle cellulaire, les cellules humaines
restent diploïdes mais leur quantité d’ADN évolue de 2C à 4C.
Les divisions méiotiques

La méiose consiste à passer d’une cellule qui est obligatoirement 2n,4C à 4 cellules qui sont
1n et 1C. La cellule doit donc préalablement avoir procédé à la phase S pour démarrer une
méiose. Pour parvenir à ce passage de 2n,4C à 1n,1C, la cellule mère va entreprendre deux
divisions consécutives qui portent collectivement le nom de méiose (Figure 148). Chez les
animaux, seules les cellules germinales, c’est-à-dire à l’origine des gamètes, sont capables de
réaliser la méiose.

Figure 148 : Evolution de la quantité d’ADN au cours des différentes phases du cycle cellulaire et d’une méiose.
La méiose est donc constituée de deux divisions. La première division de la méiose, aussi
appelée méiose I ou division réductionnelle, est tout comme la mitose divisée en phases qui
portent d’ailleurs les mêmes noms que les phases de la mitose. On leur additionne simplement
le chiffre I pour mentionner qu’il s’agit de phases méiotiques liées à la méiose réductionnelle.
Il s’agira donc de la prophase I, de la prométaphase I, de la métaphase I, de l’anaphase I et la
télophase I. Comme dans la mitose, la télophase I sera suivie par une cytodiérèse. Si les noms
des phases sont identiques à ceux rencontrés dans la mitose, les évènements qui s’y déroulent
sont parfois très différents.
La division réductionnelle
La prophase I est le siège de la condensation progressive de la chromatine. Cette condensation
progressive de la chromatine se fait autour d’une structure protéique. Cette condensation va
faire apparaître de longs filaments dans le nucléoplasme. Ces filaments s’attachent à la face
interne de l’enveloppe nucléaire grâce à des plaques d’attachement. Ce moment de la
prophase I s’appelle la phase leptotène, ce qui signifie littéralement la phase des filaments
fins.
Les filaments fins du leptotène, s’associent par paires. Les filaments qui appartiennent à la
même paire et donc, qui portent les mêmes gènes, sont dit homologues. Durant la prophase
I, ces filaments homologues vont s’associer l’un à l’autre de façon extrêmement précise dans
un processus qui porte le nom de synapsis. Ce processus aboutit à la formation d’un complexe
qui unit les filaments et qui porte le nom de complexe synaptonémique. Ce complexe permet
d’aligner avec exactitude les gènes homologues portés par chaque filament homologue.
Le complexe synaptonémique qui réunit les filaments homologues est constitué de protéines
qui forment un élément central. Cet élément central est relié à deux éléments latéraux.
Chacun d’entre eux interagit avec la chromatine des chromatides homologues. Le complexe
synaptonémique comprend de la cohésine, une protéine qui unit, d’une part, les chromatides
sœurs entre elles et, d’autre part, les filaments homologues entre eux. Cette association des
filaments homologues et donc de 4 chromatides, portent le nom de tétrade ou encore de
bivalent. Tétrade puisqu’il y a quatre chromatides sœurs et bivalent puisqu’il y a deux
filaments homologues. Le complexe synaptonémique est complètement mis en place à la fin

d’une étape qui fait partie de la prophase I et qui porte le nom de zygotène, signifiant
littéralement filaments fusionnés.
La condensation de la chromatine débutée à la phase leptotène progresse jusqu’à l’apparition
des chromosomes. Cela se déroulera à l’étape pachytène signifiant littéralement « filaments
épais ». C’est aussi à cette étape qu’apparaissent les nodules de recombinaison. Ces éléments,
ces nodules de recombinaison, se mettent en place sur l’élément central du complexe
synaptonémique. Les nodules de recombinaison sont des assemblages enzymatiques
responsables d’un évènement majeur dans la méiose, son premier niveau de recombinaison,
la recombinaison intrachromosomique.
Figure 149 :Représentation d’une recombinaison intrachromosomique entre les allèles « libre » et « collé » portés par les
chromatides homologues non-sœurs.
La recombinaison intrachromosomique
La recombinaison intrachromosomique, souvent rencontrée sous le terme « crossing-over »
est un échange de portions de chromosome entre les chromatides non sœurs des
chromosomes homologues (Figure 149). Quel est l’intérêt d’un tel échange puisque les
chromosomes homologues portent les mêmes gènes ? Et en effet, ils portent les mêmes gènes
mais pas forcément les mêmes allèles. Un gène est un élément informatif du patrimoine
génétique. Il va définir un trait génétique. Par exemple, le gène qui caractérise la forme du
lobe de l’oreille. Ce qui va déterminer que le lobe soit libre ou collé, c’est la forme particulière
que prend ce gène. Il s’agit de l’allèle. L’allèle « libre », l’allèle « collé ». Avant la
recombinaison, chaque chromosome porte le même allèle sur les deux chromatides sœurs,
puisque ces chromatides sœurs sont des copies identiques l’une de l’autre aux erreurs de
réplication près. Après la recombinaison intrachromosomique, un fragment de chromosome
a été échangé entre les deux chromatides non sœurs des chromosomes homologues. Il en
résulte que si sur la région échangée, les allèles n’étaient pas identiques, les deux chromatides
sœurs portent maintenant des allèles différents. Statistiquement, chaque méiose entraine
une recombinaison intrachromosomique par paire de chromosomes.
L’étape pachytène est suivie par la désintégration du complexe synaptonémique et donc une
séparation des chromosomes homologues qui restent cependant unis par les régions où ont
eu lieu les recombinaisons intrachromosomiques. C’est ce qu’on appelle les chiasmas. Cette
étape porte le nom de diplotène, c’est-à-dire deux filaments. Elle voit également une
décondensation des chromosomes pour permettre une transcription très active.
La diacinèse clôture la prophase I. Les chromosomes se condensent à nouveau et se détachent
de l’enveloppe nucléaire. Tout comme dans la mitose, l’enveloppe nucléaire est démantelée

pour aboutir à la prométaphase I. C’est aussi durant cette prométaphase que les
chromosomes sont unis aux fuseaux de microtubules par l’intermédiaire des kinétochores.
Cependant, à l’inverse de ce qui est attendu pour la mitose, le mode d’attachement du fuseau
est synthélique et non pas amphitélique.
La première recombinaison interchromosomique
Ce mode d’attachement entraîne la formation d’une plaque équatoriale différente de celle
observée en mitose. Souvenez-vous, pendant la métaphase mitotique, les chromosomes
étaient placés individuellement sur la plaque équatoriale avec un double attachement au
fuseau mitotique permettant ainsi la séparation des chromatides sœurs. En méiose,
l’attachement syntélique va entrainer une répartition des chromosomes sur la plaque
équatoriale, non pas en tant que chromosome individuel mais en tant que bivalent, c’est-à-
dire un ensemble de chromosomes homologues. Cette organisation particulière engendre un
second niveau de recombinaisons, la première recombinaison interchromosomique.
De quoi s’agit-il ? Chaque cellule qui entre en méiose dispose donc de deux jeux complets de
chromosomes. Pour la cellule, rien ne différencie un jeu de l’autre. Et donc, l’orientation des
chromosomes homologues, l’orientation des tétrades le long de la plaque équatoriale est une
affaire de hasard. Le hasard pourrait placer les tétrades d’une manière telle que tous les
chromosomes d’origine paternelle soient dirigés vers le pôle nord et que tous les
chromosomes d’origine maternelle soient dirigés vers le pôle sud de la cellule. C’est une
possibilité. Une autre possibilité est un panachage de cette répartition (Figure 150). Il y a
exactement 8.388.608 possibilités de panachage. Plus de 8.000.000 de possibilités de
panacher les allèles d’origine maternelle et les allèles d’origine paternelle chez l’humain sans
tenir compte de la recombinaison intrachromosomique. La dynamique des microtubules,
comme nous l’avons décrite dans la mitose, et l’action de protéines motrices séparent les
chromosomes homologues mais pas les chromatides sœurs. La première division méiotique
se clôture par une télophase I comparable à celle décrite lors de la mitose.
Figure 150 : Représentation de la première recombinaison interchromosomique.
La première division méiotique réduit donc la quantité d’ADN dans les cellules filles par
rapport à ce qui est observé dans la cellule mère. Cette réduction est le résultat de la
séparation des tétrades. Pour cette raison, on parle de division réductionnelle. Puisque le
nombre de chromosomes est réduit de moitié pendant cette division, les cellules filles sont
haploïdes (1n) avec 2C d’ADN. Cette première division méiotique est suivie par une période

appelée intercinèse pendant laquelle la quantité d’ADN n’est pas modifiée, aucune phase S
ne s’y déroule.
La division équationnelle
La seconde division méiotique ou division équationnelle se déroule comme une mitose mais
sans phase S préalable. Chaque cellule produite par la méiose I peut entrer dans cette
deuxième division méiotique. Puisqu’elle ressemble à une mitose, cette seconde division
méiotique est divisée en prophase II, prométaphase II, métaphase II, anaphase II et télophase
II et se termine elle aussi par une cytodiérèse.
L’attachement des chromosomes au fuseau mitotique se fait comme dans la mitose sous une
modalité amphitélique. Cet attachement amène les chromosomes sous une forme mitotique
au niveau de la plaque équatoriale et cette disposition entraîne le troisième et le dernier
niveau de recombinaison : la deuxième recombinaison interchromosomique.
La seconde recombinaison interchromosomique
Le principe de la seconde recombinaison interchromosomique est identique à celui de la
première recombinaison interchromosomique. La cellule qui entre dans la seconde division
méiotique ne dispose plus que d’un seul jeu de chromosome mais chaque chromosome y est
présent sous la forme d’un chromosome mitotique disposant donc de deux chromatides
sœurs. Nous avons vu que statistiquement chaque chromosome avait subi durant la prophase
I une recombinaison intrachromosomique et disposait donc d’un fragment sur une de ses
chromatides sœurs qui provient de son chromosome homologue. La disposition de ces
chromatides recombinés de part et d’autre de la plaque équatoriale est donc encore une fois
une question de hasard. Toutes les chromatides recombinées pourraient se placer du même
côté de la plaque équatoriale. Par exemple, du côté sud ou au contraire se répartir
complètement aléatoirement (Figure 151). Encore une fois, chez l’humain, il existe 8.388.608
possibilités, plus de 8.000.000 de possibilités de répartir les allèles d’origine maternelle et les
allèles d’origine paternelle entre les cellules filles.
Figure 151 : Représentation de la seconde recombinaison interchromosomique.
La dynamique des microtubules combinée encore une fois à l’action des protéines motrices
va provoquer la séparation des chromatides sœurs vers les pôles cellulaires. La télophase II et
une cytodiérèse vont clôturer la méiose.
La méiose II réduit donc encore une fois la quantité d’ADN dans les cellules filles par rapport
à ce qui était observé dans la cellule mère. Cependant cette fois, il ne s’agit pas de la réduction
de la ploïdie puisque la cellule mère était déjà haploïde. Il s’agit d’une réduction du nombre

de compléments. Puisque le nombre de chromosomes reste identique lors de cette division,
elle est qualifiée d’équationnelle. Durant la méiose II, la cellule passe de l’état 1n, 2C à 1n, 1C.
Au final, la méiose au terme de la division réductionnelle et de la division équationnelle
produit, à partir d’une cellule qui est obligatoirement 2n, 4C, c’est-à-dire diploïde et en G2, 4
cellules filles, chacune haploïde et 1C. Cette obligation de débuter par une cellule diploïde
n’est pas rencontrée dans la mitose qui nécessite simplement une cellule dont l’ADN a été
répliqué, soit une cellule en G2 que celle-ci soit haploïde ou diploïde. Bien entendu chez
l’Humain, il s’agit de cellules diploïdes mais le monde du vivant n’est pas limité à l’humain. Au-
delà de cet aspect, les cellules filles de la méiose sont génétiquement différentes entre elles
puisque trois niveaux de recombinaisons ont permis de brasser les allèles initialement
présents dans la cellule mère. Cet aspect de recombinaison est complètement absent de la
mitose.
La non-disjonction chromosomique
Il est essentiel que le mécanisme méiotique soit très précis car toute erreur de méiose
aboutira à des cellules anormales, à des cellules avec un nombre anormal de chromosomes.
Ainsi lorsque les chromosomes où les chromatides ne se dirigent pas vers le pôle adéquat de
la cellule lors des divisions méiotiques, on parle de non-disjonction et les cellules qui en
résultent sont dites aneuploïdes, c’est-à-dire qu’elles présentent un nombre anormal de
chromosomes. Si la non disjonction se déroule durant la division réductionnelle, deux cellules
filles disposeront d’un chromosome surnuméraire et deux cellules filles auront un
chromosome en moins (Figure 152). Par contre, si la non disjonction se déroule pendant la
2ème division méiotique, pendant la division équationnelle, une cellule fille disposera d’un
chromosome surnuméraire et une seule cellule fille, présentera un chromosome de moins.
Les gamètes disposants d’un chromosome surnuméraire produiront après fécondation avec
un gamète normal, un zygote trisomique, c’est-à-dire qui répond à la formule chromosomique
2n+1. Par contre, les gamètes disposant d’un chromosome en moins, donneront après
fécondation avec un gamète normal, un zygote monosomique, qui répond à la formule
chromosomique : 2n-1. Cette fécondation n’aboutit généralement pas à un individu vivant. Il
ne s’agit pas ici de mutation, il s’agit ici d’aberrations chromosomiques.
Figure 152 : Représentation des possibilités de non-disjonctions chromosomiques.

La méiose non germinale
Nous connaissons tous le rôle important de la méiose dans la formation des gamètes chez les
animaux mais dans le monde du vivant, ce n’est pas une règle absolue. Certains organismes
font la méiose à d’autres fins, par exemple, les végétaux. Vous savez tous ce qu’est une fleur
ou du moins vous pensez savoir ce qu’est une fleur. Une fleur porte des structures appelées
étamines et qui sont spécialisées dans la production des grains de pollen. Les étamines portent
des cellules diploïdes qui réalisent la méiose pour produire des grains de pollen. Ces grains de
pollen ne sont pas des gamètes puisqu’ils ne participent pas à une fécondation. En effet, ils
peuvent subir des mitoses et ce sont ces dernières qui vont produire les gamètes.
Un autre exemple est celui du cycle de vie de l’agent responsable de la malaria ou paludisme,
cet agent est un protozoaire, c’est-à-dire un eucaryote unicellulaire, appelé Plasmodium. Le
cycle de vie de cet organisme est constitué par une alternance entre une génération diploïde
et une génération haploïde, grâce à l’usage de la méiose. D’autres exemples existent encore
comme celui des champignons qui produisent non pas des gamètes mais des spores par
méiose.
Questions
1) Comment expliquez-vous que la seconde recombinaison interchromosomique
dépende de la recombinaison intrachromosomique ?
2) Dans une cellule diploïde d’une espèce où n=1, peut-il y avoir des recombinaisons ?
3) A l’aide d’un tableau, comparez la mitose et la méiose.

Chapitre 20 Les éléments d’embryologie générale
Dans ce nouveau chapitre, nous allons sortir de la vie cellulaire pour entrer dans une biologie
des multicellulaires en nous intéressant à la base de l’embryologie. Mais avant d’entrer dans
le processus du développement, il est nécessaire de comprendre ce que sont les cellules
souches, des cellules essentielles à l’apparition de nouveaux tissus, de nouveaux organismes.
Les cellules souches

Nous avons utilisé le terme différenciation à plusieurs reprises dans ce cours, sans pour autant
l’avoir défini. Notre corps est composé de milliard de cellules, toutes génétiquement
identiques entre elles, et génétiquement identiques au zygote qui a résulté de la fusion initiale
du spermatozoïde et de l’ovule de nos parents. Et pourtant, même si nous ne sommes pas
entrés en profondeur dans le domaine de l’histologie, nous savons que les cellules d’un muscle
ne sont pas identiques aux cellules du cerveau ou aux globules rouges. Ces cellules sont
différentes, différentes par leur forme, par leur fonction et par leurs caractéristiques
biologiques, par les protéines qu’elles synthétisent, les réactions chimiques qu’elles
effectuent. On dit qu’elles sont différenciées. Cette caractéristique les oppose à une catégorie
particulière de cellules, les cellules souches (Figure 153). Ces dernières ne sont pas
différenciées et sont capables d’autorenouvèlement. Les cellules souches se divisent par
mitose, soit pour produire deux cellules souches, on parle alors de mitose symétrique, ou pour
produire une seule cellule souche et une cellule progénitrice qui va subir une différenciation.
On parle alors de mitose asymétrique. C’est l’utilisation de la division asymétrique qui permet
de maintenir plus ou moins constant le nombre de cellules de la population souche lors de la
production de progéniteurs qui sont donc déjà légèrement différenciés.
Figure 153 : Mitoses symétrique et asymétriques d’une cellule souche.
Toutes les cellules souches n’ont pas le même potentiel. Les cellules issues des premières
divisions du zygote sont des cellules souches. Elles ont la capacité de donner naissance à des
progéniteurs capables de se différencier en toutes les cellules de l’organisme, y compris les
annexes embryonnaires lorsque l’espèce en dispose. En outre, elles ont également la capacité
de réorganiser un être vivant complet et viable. De cette manière, si une telle cellule souche
Chapitre 20 – Les éléments d’embryologie générale | 183

était prélevée d’un embryon, elle permettrait d’aboutir à un individu complet et viable. C’est
d’ailleurs ce qui se passe lors de la formation de jumeaux homozygotes. Ces cellules souches
sont dites totipotentes, ce sont elles qui ont la plus grande capacité de différenciation.
Quelques jours après la fécondation, l’embryon atteint le stade blastocyste. A ce stade, les
cellules souches ont perdu leur totipotence. Leur capacité de différenciation n’est plus totale,
elle est réduite. Ces cellules souches sont les cellules souches embryonnaires et sont dites
pluripotentes. Elles sont capables de produire des progéniteurs pouvant se différencier en
toutes les cellules de l’organisme, les cellules digestives, osseuses, sanguines, nerveuses, à
l’exception des annexes embryonnaires. Ces cellules souches ne sont donc pas capables de
régénérer un être vivant intact et pleinement organisé.
Pendant l’avancée du développement embryonnaire, dans certaines zones de l’embryon, des
cellules souches voient leur capacité de différenciation encore réduite, elles deviennent
multipotentes. Il s’agit des cellules souches adultes. Ces cellules souches ne peuvent donner
naissance qu’aux cellules appartenant à un seul feuillet embryonnaire : l’endoderme, le
mésoderme et l’ectoderme. Nous verrons plus tard le devenir et l’origine de ces feuillets.
Retenez pour le moment que les cellules de l’endoderme donnent naissance à des cellules
digestives et pulmonaires, que les cellules de l’ectoderme donnent naissance aux cellules
nerveuses et à la peau, et que les cellules du mésoderme donnent naissance aux autres types
cellulaires.
A la naissance, notre organisme contient encore des niches de cellules souches adultes et donc
multipotentes. Elles sont à l’origine du renouvellement de beaucoup de nos cellules. Au cours
du développement, certaines cellules souches perdent encore une fraction de leur capacité
de différenciation, elles deviennent des cellules souches unipotentes. Ces dernières ne
peuvent donner qu’un type cellulaire par exemple les hépatocytes du foie ou les kératinocytes
de la peau.
La perte du potentiel de différenciation des cellules souches se nomme la détermination et
ne doit pas être confondu avec la différenciation.
La différenciation et la détermination
La différenciation d’une cellule est sa spécialisation. C’est l’acquisition d’une fonction
spécifique, comme le transport d’O2 pour le globule rouge, ou la contraction pour la cellule
musculaire, grâce à l’apparition de caractéristiques cellulaires qui peuvent être sa forme, la
synthèse de certaines protéines ou encore l’utilisation de certaines voies métaboliques. Cette
différenciation prend place dans une cellule en raison de l’expression d’un nombre limité de
gènes spécifiques de la fonction à accomplir par la cellule. Reprenons l’exemple du globule
rouge. Sa cellule progénitrice se différencie et le gène codant l’hémoglobine y est transcrit. La
cellule progénitrice de la cellule musculaire se différencie et les gènes codants les protéines
contractiles y sont transcrits. A l’inverse, une cellule de l’œil ne produit pas d’hémoglobine ou
de protéines contractiles. On comprend donc que la différenciation est une modulation de
l’expression des différents gènes de notre patrimoine génétique. Cette modulation est
typique de chaque type cellulaire, et entraîne l’expression de certains gènes et l’arrêt de
l’expression d’autres.
La modulation typique de l’expression est contrôlée au moins par deux éléments que nous
connaissons déjà : l’épigénétique et les facteurs de transcription spécifiques (voir page 119).
En effet, il existe les facteurs de transcription qui sont spécifiques à un type cellulaire donné.
La détermination d’une cellule souche est la perte de ses capacités de différenciation. Ainsi,
une cellule souche totipotente pourra donner naissance à toutes les cellules de l’organisme.

Sa détermination va lui interdire un certain nombre de possibilité de différenciation pour la
conduire progressivement de la totipotence vers l’unipotence.
Durant ce processus, la cellule reste bien une cellule souche, c’est-à-dire que même si sa voie
de différenciation apparaît de plus en plus clairement, elle ne l’a pas encore l’emprunté, elle
reste non différenciée.
Le mécanisme moléculaire à l’origine de la détermination est épigénétique. Il s’agit d’une
méthylation et donc une inactivation des gènes qui contrôlent la différenciation inhibée. Dans
les conditions cellulaires, cette méthylation est considérée comme irréversible à l’exception
du moment qui correspond aux premières étapes du développement.
L’embryologie descriptive
Le développement des multicellulaires repose sur un programme de modifications
systématiques, dirigé par des gènes particuliers, et au cours duquel un organisme passe par
des stades successifs. Le développement est décrit comme une succession d’étapes bien
définie et délimitée, mais il s’agit simplement d’un subterfuge pédagogique. Le
développement est un continuum. L’ensemble du processus fait intervenir des divisions
cellulaires, la différenciation, la détermination, la formation de plans et la morphogenèse,
mais tout commence avec une formation de gamètes et une fécondation.
La spermatogenèse
Chez les mammifères, les gamètes mâles et femelles se forment par des processus
comparables basés sur la méiose et qui porte le nom de gamétogenèse. La spermatogenèse,
qui est la gamétogenèse chez le mâle, débute à la puberté et se déroule dans les testicules au
niveau de tubes appelés tubules séminifères (Figure 154). Dans la paroi du tube, du côté
périphérique, le plus éloigné de la lumière, se trouve les cellules germinales appelées
spermatogonies. Il s’agit, comme toutes nos cellules, de cellules diploïdes. Les
spermatogonies sont des cellules souches unipotentes. Elles se divisent par mitose, de façon
à entretenir le pool de cellules souches. Lors de mitoses asymétriques, elles donnent
naissance à une cellule progénitrice, le spermatocyte I. Tout en se rapprochant de la lumière
du tubule, ce dernier va entamer une méiose. A l’issue de la division réductionnelle, le
spermatocyte devenu haploïde s’appellera spermatocyte II. A l’issue de la division
équationnelle, il deviendra le spermatide.
Figure 154 : Schéma de la spermatogenèse dans la paroi du tubule séminifère.
Un spermatocyte I donne donc naissance à 4 spermatides. Il ne s’agit pas encore d’un gamète.
Le spermatide doit encore subir une étape de maturation, lui permettant d’acquérir le flagelle

et sa structure finale de spermatozoïde. Ces derniers seront libérés dans la lumière du tubule
séminifère. La formation d’un spermatozoïde dure environ 64 jours chez l’Humain.
L’ovogenèse
La gamétogenèse femelle n’est pas biologiquement plus complexe que celle du mâle, elle
diffère simplement par sa durée, bien plus longue que 64 jours.
Durant le développement fœtal, les cellules souches germinales primordiales colonisent les
gonades en formation et y évoluent en ovogonies (Figure 155). A l’instar des spermatogonies,
il s’agit de cellules souches unipotentes. Les ovogonies vont tout d’abord se multiplier par
mitose successives. Vers la 12ème semaine de vie fœtale, des ovocytes I issus des mitoses
asymétriques des ovogonies vont entrer en méiose mais resterons bloqués au stade diplotène.
On parle de diapause qui subsistera jusqu’à l’ovulation à partir de la puberté. A la naissance,
les ovaires contiendront environ 1 million d’ovocytes primaires, chacun contenu dans un
follicule. A la puberté, à chaque cycle, un de ces follicules est stimulé par l’action d’hormones
et atteint sa pleine maturité. Dans ce follicule mature, l’ovocyte I termine la division
réductionnelle de la méiose qu’il avait entrepris des années auparavant. Cependant, cette
méiose I est particulière puisque les deux cellules filles n’ont pas la même taille. Elle produit
une grande cellule fille, l’ovocyte II et une cellule fille plus petite appelée globule polaire.
C’est donc l’ovocyte II qui acquiert la quasi-totalité du cytoplasme de l’ovocyte I grâce à une
cytodiérèse inégale. Le but de cette division inégale est d’augmenter les chances de cet
ovocyte de soutenir la croissance embryonnaire s’il venait à être fécondé. L’ovocyte II débute
la division équationnelle, mais sa progression est encore une fois stoppée en métaphase II.
C’est sous cette forme que l’ovule est libéré de l’ovaire dans la cavité générale au moment de
l’ovulation. La méiose II ne sera terminée que dans l’éventualité d’une fécondation. Là encore,
il s’agira d’une cytodiérèse inégale, produisant encore un globule polaire.
Figure 155 : Schéma de l’ovogenèse en parallèle avec les étapes du développement.
La fécondation
La première étape dans le développement est l’union des gamètes mâles et femelles, la
fécondation. Chez les animaux terrestres, comme les Humains, la fécondation est interne afin
de protéger l’embryon de la dessiccation.
Cette fécondation est initiée par la fusion de la membrane plasmique du spermatozoïde avec
celle de l’ovule, c’est-à-dire un ovocyte II. Cette étape n’est pas simple car l’ovule est entouré

une couche protectrice (Figure 156). Cette zone protectrice porte des noms différents dans le
règne animal mais est appelé zone pellucide chez les mammifères. Cette zone pellucide est
doublée par une couche de cellules granuleuses, la granulosa, originaire du follicule qui a émis
l’ovule.
Le premier défi du spermatozoïde est d’arriver au niveau de l’ovule, le second défi est de
pénétrer ces lignes de défense.
Figure 156 : Structure de l’ovocyte II entouré de la granulosa.
Pour y parvenir, le spermatozoïde possède un organite en forme de sac et appelé acrosome.

L’acrosome est situé dans la tête du spermatozoïde, entre la membrane plasmique et le noyau.
L’acrosome se forme à partir de vésicules Golgiennes lors de la maturation du spermatide en
spermatozoïde. Durant cette étape, le spermatozoïde s'est constitué d'une pièce
intermédiaire contenant une grande mitochondrie spiralée. A la jonction de la tête et de la
pièce intermédiaire se trouve une structure de jonction qui contient le centrosome de la
cellule. C'est lui qui organise les microtubules qui forment le flagelle.
Le spermatozoïde doit d'abord franchir la région granuleuse autour de l'ovocyte. Il y parvient
par des mouvements engendrés par son flagelle.
L’acrosome contient des enzymes libérées par exocytose lorsque le spermatozoïde atteint la
zone pellucide. Les enzymes dégradent les glycoprotéines qui constituent cette zone pellucide,
creusant ainsi un passage jusqu’à l’espace périvitellin qui borde la membrane plasmique de
l’ovule.
Arrivé à la membrane plasmique, le spermatozoïde s’arrime à l’ovocyte par un système
comparable à celui de l’adsorption virale. Il s’agit d’une reconnaissance entre des protéines
du spermatozoïde et des récepteurs membranaires de l’ovocyte. Cette reconnaissance
entraîne la fusion des membranes et l’entrée du noyau du spermatozoïde mais aussi de sa
mitochondrie, du centrosome et des microtubules du flagelle dans l’ovocyte. Le passage des
constituants cytosoliques du spermatozoïde vers l’ovocyte est l’étape d’imprégnation.
La fusion membranaire active l’ovule. Cette activation semble être induite par une
augmentation importante et transitoire de la concentration cytosolique en Ca2+ (Figure 157).
Celle-ci varie à partir du point de fusion et se propage à la façon d’une onde à toute la cellule.
Dans ce phénomène, le calcium joue le rôle de second messager. C’est-à-dire qu’il va relayer
et amplifier une information primaire à l’ensemble de la cellule. Cette information primaire
est ici la fusion des membranes. Cette onde de dépolarisation engendre des modifications de
la surface cellulaire.

Figure 157 : Évolution de la concentration intracellulaire en calcium d’un ovule après la pénétration du spermatozoïde (temps
0). Image adaptée de http://www.mun.ca
Dans le but d’empêcher la fécondation multiple qui aboutirait à un zygote avec plus de deux
assortiments chromosomiques et donc polyploïde, une réaction rapide se met en place lors
de la fusion des membranes. A cette fin, l’onde de dépolarisation, que nous venons de décrire,
entraîne la libération dans l’espace périvitellin du contenu de petites vésicules cytosoliques et
localisées à proximité de la membrane plasmique. Les enzymes libérées éliminent les
récepteurs membranaires d’arrimage et durcissent la zone pellucide la rendant ainsi
imperméable aux spermatozoïdes et augmentant la protection du futur embryon.
Le noyau spermatique se décondense et devient le pronucléus mâle, c’est-à-dire un noyau
gamétique, ne contenant qu’un génome haploïde.
L’ovocyte II et le premier globule polaire immobilisés en métaphase II reprennent le cours de
leur méiose et les seconds globules polaires sont formés. A ce stade, trois globules polaires
ont été générés et une ovocyte mature haploïde et 1C. Par la suite, les structures de l’appareil
microtubulaire de division sont détruites. Le futur appareil microtubulaire se formera à partir
des centrioles paternels. Le patrimoine génétique femelle s’enferme dans un pronucléus. Les
deux pronuclei subissent séparément une phase S.
Grâce à l’action du centrosome paternel et des microtubules qu’il génère, les pronuclei se
rapprochent. Il n’y a pas de réelle fusion des pronuclei mais les enveloppes de chaque
pronuclei se démantèlent pendant que la chromatine se condense en chromosomes. Les
chromosomes s’arrangent sur la plaque équatoriale par l’action des microtubules et de
protéines motrices. Cette mise en commun des chromosomes sur l’appareil microtubulaire
signe l’apparition du zygote, la première cellule diploïde d’un nouvel organisme.
La segmentation
Très rapidement, les microtubules répartissent les chromosomes dans les deux premières
cellules de l’embryon. C’est le stade bicellulaire.
De mitose en mitose, le nombre de cellules dans l’embryon va s’accroître. Ces cellules qui
constituent l’embryon sont appelées des blastomères. Au bout de 96 heures, une trentaine
de cellules forment l’embryon qui est alors au stade morula. Chacun de ces blastomères est
une cellule souche totipotente. Durant ces divisions, la taille de l’embryon n’augmente pas,
chaque cellule fille sera donc deux fois plus petite que la cellule dont elle est issue.
On peut bien entendu se poser la question suivante : comment une cellule différenciée, le
gamète, et a priori déterminée puisqu’elle provient d’une cellule souche unipotente, peut-elle
devenir après fécondation une cellule souche totipotente et donc non déterminée ? La
réponse à cette question se cache dans la faculté du zygote à subir une déméthylation

profonde de son génome (Figure 158). Cette déméthylation subsiste jusqu’au stade
blastocyste.
Figure 158 : Evolution de la méthylation du génome lors de la gamétogenèse.
La blastulation
Tout en étant toujours incluse dans la zone pellucide, la morula subit la blastulation. Les
cellules les plus internes de la morula se resserrent les unes contre les autres, c’est l’étape de
compaction. Le nouvel organisme se développera uniquement à partir de ces cellules qui
constituent l’embryoblaste ou bouton embryonnaire. Pendant ce temps les cellules
extérieures s’aplatissent et se lient les unes aux autres par des jonctions cellulaires. Ces
cellules forment une paroi cellulaire épithéliale appelée trophoblaste et qui donnera
naissance aux annexes embryonnaires. Par ce procédé, une cavité se forme à l’intérieur de
l’embryon qui devient le blastocyste (Figure 159). Cette cavité, appelée blastocœle, se remplit
de liquide. Les cellules du bouton embryonnaire s’accumulent à un pôle du blastocyste, il s’agit
du pôle embryonnaire. Les cellules du pôle embryonnaire sont des cellules souches
embryonnaires pluripotentes.
Figure 159 : Image d’un blastocyste obtenue par microscopie par contraste de phase de Nomarski. Image adaptée de
http://www.embryology.ch

Précisons - Nous avons mentionné le rôle des jonctions cellulaires dans la mise en place
du trophoblaste. Les jonctions cellulaires peuvent appartenir à différentes catégories
mais elles partagent des points communs qui sont l’union de deux cellules adjacentes par
l’interaction de protéines spécifiques. Dans le cas des jonctions d’ancrage comme les
jonctions adhérentes et les desmosomes, les protéines impliquées sont des cadhérines.
Les tight junctions ou jonctions étanches obéissent au même principe mais l’accolement
des membranes adjacentes est extrêmement étroit, ce qui interdit le passage, même de
petites molécules, de part et d’autre de cette jonction (voir page 217).
Après 5 jours, le blastocyste se libère de la zone pellucide qui l’enveloppe, il s’agit de l’éclosion.
Cette éclosion est le résultat de la rupture de la zone pellucide par des mouvements de
contraction de l’embryon et par l’action d’enzymes. Cette éclosion permet la croissance de
l’embryon qui n’est plus limité par la zone pellucide.
Pendant le développement de la morula, puis du blastocyste, l’embryon migre le long d’une
trompe de Fallope vers la cavité utérine. Cette migration est due aux battements des cils des
cellules qui recouvrent les trompes.
L’implantation
L’embryon ne peut pas croître et se développer sous la forme libre qu’il avait jusque-là. Il doit
s’implanter. Et pour que cette implantation se fasse avec succès, le blastocyste et la
muqueuse de l’utérus doivent interagir. Depuis l’éclosion, le blastocyste peut interagir avec la
muqueuse utérine en orientant face à la paroi utérine son pôle embryonnaire.
Le trophoblaste va se différencier en deux masses cellulaires distinctes, le cytotrophoblaste
et le syncytiotrophoblaste (Figure 160).
Figure 160 : Implantation de l’embryon dans la paroi utérine. Image adaptée de https://quizlet.com
Le cytotrophoblaste est une couche interne de cellules avec une activité mitotique intense. Ce
sont les cellules précurseurs du syncytiotrophoblaste. Le syncytiotrophoblaste est une couche
de cellules multi-nucléées obtenues par fusion de cellules du cytotrophoblaste. Le résultat
multi-nucléé d’une fusion de cellules est un syncytium.
Le syncytiotrophoblaste sécrète des enzymes et des substances provoquant l’apoptose des
cellules de la muqueuse utérine. Il peut ainsi envahir la muqueuse en direction des vaisseaux
sanguins qui s’y trouvent. Au paroxysme de son développement, le syncytiotrophoblaste
entoure complètement le blastocyste qui est maintenant complètement enfoui dans l’utérus.

Au début de l’implantation, le bouton embryonnaire est didermique c’est-à-dire constitué de
deux feuillets. Le feuillet externe est l’épiblaste et le feuillet interne est l’hypoblaste. Les
cellules de l’épiblaste vont proliférer et migrer vers la périphérie pour constituer la cavité
amniotique. Les cellules épiblastiques bordées par le cytotrophoblaste donneront naissance
à la membrane amniotique.
Les cellules de l’hypoblaste vont, elles aussi, migrer vers le centre pour constituer le sac vitellin.
Le disque embryonnaire est constitué par l’apposition des deux feuillets de l’épiblaste et de
l’hypoblaste. Mais seul l’épiblaste sera à l’origine du fœtus tandis que l’hypoblaste sera à
l’origine des annexes embryonnaires.
La gastrulation
Le passage du disque embryonnaire didermique au disque tridermique nécessite
l’invagination d’un troisième feuillet entre les deux premiers. Ce phénomène porte le nom de
gastrulation. Il s’agit de modifications profondes résultant de mouvements cellulaires
complexes.
L’épiblaste constitue une surface ovale baignée par le liquide amniotique. La région la plus
large constitue la région céphalique ou rostrale alors que la région la plus étroite est la région
caudale. On peut donc établir le premier plan de construction de l’organisme, son axe
longitudinal antéro-postérieur ou céphalo-caudal. Cet axe sépare l’embryon en deux moitiés
gauche et droite qui caractérisent sa symétrie bilatérale.
Figure 161 : Schéma du processus de gastrulation et du mouvement cellulaire qui y est associé. Image adaptée de
Le disque embryonnaire s’épaissit au niveau de la ligne médiane, le long de l’axe céphalo-

caudal. Cette structure est la ligne primitive. Elle prend naissance au pôle caudal et s’allonge
vers le pôle céphalique jusqu’à la moitié de la longueur de l’embryon. Elle résulte de la
prolifération et de la migration des cellules de l’épiblaste vers la région médiane du disque.
Par la suite, la ligne médiane s’allonge vers l’extrémité caudale et sa face dorsale se creuse
d’un sillon appelé sillon primitif (Figure 161).
Ce sillon est le siège d’importantes migrations cellulaires. Les cellules épiblastiques vont
glisser dans la dépression de la ligne primitive pour s’enfouir sous l’épiblaste. Deux
mouvements sont notables, un mouvement au travers du sillon et latéral ; et un mouvement
au travers du sillon et vers la région céphalique.

La première poussée cellulaire au travers de la ligne primitive se déplace jusqu’à l’hypoblaste.
Les cellules de l’hypoblaste sont alors repoussées par l’arrivée de cette cohorte de cellules
épiblastiques. Il s’agit de la mise en place d’un feuillet entoblastique qui sera à l’origine de
l’intestin et de ses dérivés. Certaines cellules, d’origine épiblastique, migrent et s’insinuent
entre les deux premiers feuillets, l’épiblaste et l’entoblaste. Elles forment le troisième feuillet
embryonnaire, le mésoblaste embryonnaire. A partir de ce moment, l’épiblaste change de
nom et devient l’ectoblaste (Figure 162).
Figure 162 : Migration des cellules épiblastiques vers l’hypoblaste et entre les feuillets originaux. Image adaptée de
L’épiblaste a donc donné naissance à 3 feuillets embryonnaires appelés ectoderme,

mésoderme et endoderme. L’ectoderme sera à l’origine du système nerveux et de la peau.
L’endoderme donnera naissance à l’épithélium digestif, aux glandes qui y sont associées et à
l’épithélium respiratoire. Tandis que le mésoderme sera l’origine de toutes les autres cellules.
Deux régions de l’embryon triblastique restent cependant composées de deux feuillets
uniquement. Dans les zones céphalique et caudale, l’épiblaste reste intimement accolé à
l’entoblaste. Il n’y a pas d’invasion des cellules mésoblastique à ces endroits. Ces accolements
correspondent à la membrane pharyngée et à la membrane cloacale qui seront
ultérieurement percées pour former respectivement la bouche et l’anus.
Les mécanismes de l’embryologie

On vient de le constater, même les premières étapes du développement d’un embryon sont
complexes et font intervenir une coordination des différents évènements, qu’il s’agisse de
migration ou de division cellulaire. Essayons de comprendre les mécanismes aux commandes
de ces évènements.
L’induction
Le sillon primitif contient un groupe de cellules localisées à son extrémité céphalique. Il s’agit
du nœud primitif ou nœud de Hensen. Son excision et sa greffe sur un embryon dont l’axe
antéro-postérieur est déjà organisé provoquent la formation d’un deuxième axe antéro-
postérieur là où a été greffé le nœud de Hensen (Figure 163). Les cellules qui constituent ce
nœud agissent comme un centre d’organisation de l’axe antéro-postérieur. La destinée des
cellules de l’embryon n’est donc pas complètement déterminée de façon intrinsèque.

Figure 163 : Mise en évidence de l’induction par la greffe d’un nœud de Hensen sur un embryon dont l’axe antéro-postérieur
est déjà mis en place. Image issue de http://www.mun.ca
Certaines régions de l’embryon influencent le devenir des régions voisines. Il s’agit du

phénomène d’induction qui est le résultat de l’émission par ces cellules organisatrices de
protéines solubles qui vont moduler la différenciation des cellules cibles.
La signalisation cellulaire
Ces protéines solubles agissent comme des molécules informatives et sont spécifiques de
récepteurs membranaires portés par la cellule cible. Bien entendu, plusieurs types de
récepteurs existent mais il n’est pas question ici de faire un catalogue de ces derniers mais
plutôt d’appréhender le mécanisme général qui sous-tend leur fonction.
Un premier système utilise une cascade de phosphorylation. Dans ce cas, le récepteur
membranaire qui s’est lié avec son ligand spécifique, active, généralement par
phosphorylation une première kinase. Nous avons déjà rencontré ce type d’activation dans le
Chapitre 18 consacré au contrôle du cycle cellulaire. A partir de ce point une cascade
d’activation se met en marche, chaque kinase activée phosphoryle à son tour et active la
kinase suivante jusqu’à l’activation de la protéine effectrice qui va provoquer la réaction
attendue de la cellule.
L’autre système est comparable au premier mais fait intervenir au démarrage de la cascade
une molécule particulière appelée second messager. La concentration de ce second messager
dans la cellule augmente en réponse à l’activation du récepteur. C’est ce second messager qui
lance la cascade de phosphorylation. Dans la cellule, les seconds messagers peuvent être des
dérivés de l’ATP, des dérivés lipidiques de la membrane plasmique, ou encore l’ion calcium
qui est mobilisé à partir du réticulum endoplasmique lisse.
Dans nos exemples, nous sommes partis de l’idée que ces cascades procédaient toujours à
une activation des protéines impliquées. Bien entendu, la réalité est plus complexe, puisque
certaines phosphorylations peuvent aussi inhiber l’activité d’enzymes. Quoiqu’il en soit, le
résultat est le même, ces cascades aboutissent à la modification de l’activité de protéines
cibles. Ces voies de signalisation sont divisées en trois étapes : la réception du message, la
transduction du signal et la réponse cellulaire.
Ce mécanisme de transmission de l’information donne plusieurs avantages à la cellule. D’une
part, la multiplication des étapes accroît le nombre de point de contrôle possible et permet

donc de moduler finement la réponse de la cellule. D’autre part, il s’agit aussi d’amplifier le
message initial. Dans certains cas, la liaison d’une molécule informative, un messager,
entraîne, grâce aux cascades d’activation, une amplification d’un facteur 106 de la réponse
cellulaire.
Les réponses cellulaires aux messages de signalisation peuvent être de plusieurs natures. Il
peut s’agir, entre autres, d’une division cellulaire, d’un déplacement de la cellule, de
l’activation de certaines voies métaboliques. Certaines réponses peuvent être immédiates, si
elles ne demandent pas de procéder à la transcription de gènes, c’est notamment le cas des
modulations de l’activité métabolique de la cellule. D’autres réponses ne peuvent être
immédiates et nécessitent l’expression de certains gènes. Ceux-ci sont contrôlés par des
facteurs de transcriptions spécifiques qui sont les protéines effectrices dont nous avons parlé
plus haut.
Le clonage
Il est difficile d’aborder un chapitre consacré aux cellules souches et au développement sans
mentionner le clonage. Il faut toutefois discerner le clonage reproductif, destiné à former un
être vivant entier et viable, du clonage thérapeutique qui vise à former des tissus ou des
cellules d’un individu dans l’optique d’une thérapie.
Un clonage reproductif peut être obtenu de différentes façons. La première est d’ailleurs très
naturelle puisqu’il s’agit de la scission d’un embryon à un stade précoce. Cette scission peut
apparaître très tôt, au stade morula. Dans ce cas, chaque cellule de la morula étant une cellule
souche totipotente, il y a formation subséquente de deux individus génétiquement identiques
et possédant chacun ses propres annexes embryonnaires. On parle de jumeaux homozygotes
diplacentaires et diamniotiques. Si la séparation se fait plus tard, au stade d’un blastocyste
non implanté, les jumeaux formés sont homozygotes monoplacentaires mais diamniotiques.
C’est-à-dire, qu’ils disposent chacun de leur propre cavité amniotique. Lorsque la scission
s’opère au stade blastocyste mais après l’implantation, les jumeaux produits seront
homozygotes mais avec un placenta et une cavité amniotique communs. Toutes les scissions
ultérieures, dès la formation du disque embryonnaire, seront soit non viables, soit produiront
des jumeaux conjoints c’est-à-dire partageant certaines parties de leur anatomie.
Bien entendu, lorsqu’on parle de clonage reproductif, ce n’est pas de cela dont on parle. On
pense à Dolly ! On l’ignore très souvent mais le clonage reproductif n’est pas une chose neuve.
La première trace d’un clonage animale vertébré remonte à 1952 avec le clonage d’une
grenouille. La dernière tentative couronnée de succès remonte à 2010. Un bovin a été cloné
après sa mort à partir d’une cellule unique et conservée congelée.
Revenons à la célèbre Dolly pour expliquer la procédure d’un clonage reproductif. Le but est
donc de produire un animal vivant qui est une copie exacte d’un animal déjà existant. Pour y
parvenir, trois choses sont nécessaires. Un œuf, un patrimoine génétique et une mère
porteuse. Dans l’expérience de Dolly, trois variétés de moutons ont été utilisées pour bien
démontrer qu’il s’agissait du clonage d’un individu particulier (Figure 164).
Le premier mouton a donné un œuf, un ovocyte II. Le patrimoine génétique de cette cellule a
été prélevé et éliminé. Il s’agit d’un œuf énucléé. Le second mouton, celui qui doit être cloné,
a donné des cellules somatiques diploïdes, c’est-à-dire non germinales. Dans le cas du clonage
de Dolly, il s’agissait de cellules de la glande mammaire. Mais d’autres cellules auraient tout
aussi bien convenu. Ce mouton donneur était une femelle, mais il aurait très bien pu s’agir
d’un mâle. Les cellules prélevées sont les cellules donneuses du noyau et donc du patrimoine
génétique. Une de ces cellules a été fusionnée avec l’œuf énucléé. Cette fusion produit donc

une cellule hybride qui porte le patrimoine génétique diploïde d’une cellule somatique
différenciée et contient les signaux et les composants cytosoliques d’une cellule germinale.
Figure 164 : Principe du clonage reproductif utilisé pour cloner Dolly.
Cette cellule s’est divisée à quelques reprises in vitro avant d’être implantée dans l’utérus d’un
troisième mouton, la mère porteuse, qui a donné naissance à un agneau, Dolly, le clone du
mouton donneur nucléaire.
Malheureusement, Dolly est morte après 7 ans en raison d’un vieillissement prématuré qui a
été expliqué par des télomères arrivés précocement à la limite minimale de leur taille (voir
page 148).
Mais un clone est-il vraiment une copie parfaite de l’individu donneur du noyau ? Une
première réponse simple peut-être donnée en pensant au génome mitochondrial qui est issu
de l’œuf énucléé et non de la cellule donneuse de noyau. En cela, on peut répondre que les
deux individus ne sont pas des copies parfaites. Mais les différences s’arrêtent elles là ? Pour
le savoir, intéressons-nous de plus près à Copy-cat, un chat cloné en 2001. Copy-cat est le
clone de Rainbow, une femelle écaille de tortue (Figure 165). L’image parle d’elle-même,
Copy-cat ne ressemble pas à Rainbow et pourtant ils portent le même patrimoine génétique
nucléaire. La différence entre eux réside dans le corpuscule de Barr (voir page 237). De façon
inattendue, le processus de clonage a maintenu le chromosome X condensé en corpuscule de
Barr de la cellule somatique prélevée à Rainbow.

Figure 165 : Photo de famille, Rainbow à gauche et son clone Copy-cat à droite. Images issues de https://www.epigenome.eu
Le clonage thérapeutique procède sur base identique au clonage reproductif. Il s’agit de

prendre un ovocyte énuclée et d’y introduire, tout comme dans le clonage de Dolly, le noyau
d’une cellule somatique du patient pour lequel on souhaite produire des cellules ou un tissu
de remplacement. A la différence du clonage reproductif, la cellule issue de la fusion n’est pas
implantée dans un utérus, mais cultivée in vitro en présence de signaux extracellulaires qui
vont influencer la différenciation des cellules vers le tissu que l’on souhaite produire, comme
du tissu nerveux, sanguin ou encore musculaire. Il peut aussi s’agir de la différenciation guidée
de cellules souches. Dans ce cas des cellules souches pluripotentes doivent être utilisées. Il y
a 10 ans, il a été démontré qu’il était possible de dédifférencier en laboratoire des cellules
pour obtenir des cellules souches pluripotentes dites induites (Shinya Yamanaka et John
Gurdon, Prix Nobel de Médecine 2012), ouvrant ainsi les portes du clonage thérapeutique
sans l’usage d’embryons.
Aspect biomédical du clonage et des cellules souches

Le rêve de la réparation des éléments défectueux de l’organisme par des pièces détachées
n’est pas neuf. Les premières greffes d’organes datent d’une septantaine d’années et ont
commencé de réaliser ce rêve. Aujourd’hui, c’est la disponibilité des greffons qui constitue
l’étape limitante. Cette situation explique l’intérêt pour la thérapie cellulaire, qui a des
indications propres et qui peut parfois constituer une alternative à la greffe d’organes.
La thérapie cellulaire reposent sur le transfert de cellules allogéniques, c’est-à-dire qui
proviennent d’un donneur génétiquement différent du receveur. Il s’agit le plus souvent de
cellules d’origine fœtale de manière à bénéficier de leur caractère souche pluripotente. La
disponibilité des cellules fœtales exige un couplage avec une interruption volontaire de
grossesse, ce qui n’est évidemment jamais très confortable sur le plan éthique et ne semble,
de toute façon, pas pouvoir faire face à ce que pourraient être les indications de la thérapie
cellulaire dans le futur.
Les cellules souches pluripotentes induites
Au début des années 2000, Shinya Yamanaka décide de se lancer dans un projet fou. Après
tout, n’importe quelle cellule différenciée contient une copie complète du génome. Il doit bien
y avoir un moyen de faire remonter le temps à ces cellules différenciées et de les faire revenir
à un stade antérieur, le stade cellule souche pluripotente.

Comme toutes les cellules, les cellules souches expriment des gènes particuliers et spécifiques
à leur fonction dans l’organisme. L’idée de Yamanaka est de déterminer quels sont les gènes
dont l’expression fait d’une cellule une cellule souche pluripotente. Si ces gènes sont identifiés
et exprimés artificiellement dans une cellule adulte, l’espoir est qu’ils “reprogramment” la
cellule et lui ordonnent de redevenir une cellule souche pluripotente.
Yamanaka sélectionne 24 gènes connus pour être exprimés dans les cellules souches chez la
souris. Il pense que parmi ces 24 gènes se trouvent les gènes qui contrôlent les cellules
souches, ceux qui contrôlent le destin cellulaire. Il prend alors des copies de ses 24 gènes, les
intègre dans le génome de cellules de souris adultes avec un rétrovirus. Après quelques jours,
plusieurs cellules reviennent alors à l’état de cellules souches pluripotentes.
Commence alors un travail de fourmi pour identifier la combinaison minimale de gènes. Il
retire un à un les gènes de la combinaison, et finit avec seulement 4 gènes, appelés Oct3/4,
Sox2, Klf4 et c-Myc, qui codent pour des facteurs de transcription. Les cellules adultes dans
lesquelles ces gènes sont intégrés retournent à l’état de cellule souche pluripotente.
Yamanaka démontre qu’elles sont également capables de se redifférencier en n’importe quel
type cellulaire; elles sont donc bien pluripotentes. Yamanaka les baptise cellules souches
pluripotentes induites (“induced-pluripotent stem cells” - iPSC).
L’application des iPSC
L’expression de Oct3/4, Sox2, Klf4 et c-Myc permet de fabriquer des cellules souches « à la
carte » pour la médecine régénératrice (Figure 166). L’une des premières preuves a été établie
avec la maladie de Parkinson. Des chercheurs ont réussi à transplanter des iPSC dans le
cerveau d’un modèle animal de la maladie de Parkinson et ont montré que ces cellules se sont
différenciées en neurones dopaminergiques, avec une amélioration des symptômes de la
maladie chez l'animal. De même, une étude menée sur des modèles murins de lésion de la
moelle épinière, montre que la transplantation de iPSC humaines stimule la régénération
neuronale et améliore la locomotion. La transplantation de iPSC humaines dans le myocarde
de souris ayant subi un infarctus aigu conduit à une amélioration substantielle des fonctions
cardiaques chez ces dernières grâce à la différenciation des iPSC en cellules cardiaques.
Figure 166 : Schéma de la préparation et de l’utilisation des iPSC.

Questions
1) Une branche d’arbre fraîchement coupée et plantée dans un substrat peut générer des
racines et se développer en un arbre complet et viable. C’est le bouturage. Que
pouvez-vous conclure au sujet des cellules de la branche ?
2) Quelle est l’origine du Ca2+ apparaissant dans le cytosol de l’ovocyte après la fusion
avec le spermatozoïde ?

Chapitre 21 L’émergence des multicellulaires et la diversité du vivant
Les traces les plus anciennes d’un vie multicellulaire ont été découvertes en 2008 au Gabon.
Un bassin sédimentaire y contenait les traces de 400 fossiles d’organismes multicellulaires
vieux de 2,1 milliards d’années, dont certains mesuraient plusieurs centimètres. A cette
époque, les organismes évoluaient dans un environnement marin peu profond et riche en
oxygène.
Les organismes multicellulaires sont les êtres vivants formés de plusieurs cellules interagissant
entre elles. Ils sont présents dans l'ensemble du monde vivant. Au cours du temps, seules trois
lignées majeures ont développé une multicellularité complexe : les végétaux, les
opisthocontes et les amoebozoaires.
Figure 167 : Distribution de la multicellularité parmi les eucaryotes. Images issue de

10.1146/annurev.ecolsys.36.102403.114735
Cependant, il semble que la multicellularité soit apparue au moins à 25 reprises au cours de

l'évolution, probablement en raison des avantages sélectifs qu'elle confère, comme la
possibilité d'une augmentation de la taille de l'organisme ou d'une spécialisation des
différentes cellules. La multicellularité serait apparue à une seule reprise pour les métazoaires
mais à de nombreuses reprises, avec des disparitions subséquentes, pour les plantes et les
champignons.
Chapitre 21 – L’émergence des multicellulaires et la diversité du vivant | 199

La multicellularité
Plusieurs théories expliquent, ou tentent d’expliquer, l’apparition des multicellulaires : la
théorie symbiotique, la théorie syncytiale, la théorie coloniale, … La théorie coloniale me
semble la plus simple et donc la plus probable. De plus, des évènements comparables sont
encore observés de nos jours.
D’après cette théorie, la multicellularité a été initiée par le rapprochement d’unicellulaires
isolés appartenant à la même espèce. Ces derniers ont commencé par s’associer en colonies
dans lesquelles chaque cellule conservait toutes les fonctions typiques et essentielles à sa
propre survie. Il s’agit bien de l’association de multiples cellules mais sans réelles interactions,
on parle alors de pluricellularité. Progressivement les cellules des colonies se sont spécialisées
en assumant des rôles spécifiques comme la locomotion, la digestion, la reproduction. La
colonie a alors acquis le statut d’organisme. On parle alors d’organisme multicellulaire. De
nos jours, lors d’un manque de ressources, certaines amibes comme Dictyostellum discoideum
ont tendance à se regrouper en colonies mobiles où certains individus se différencient
légèrement des autres (Figure 168). De façon très intéressante, les structures pluricellulaires
de D. discoideum sécrètent une matrice extracellulaire tout comme les organismes
multicellulaires. La multicellularité favorise donc la spécialisation des cellules qui peuvent
consacrer toute leur énergie à une tâche précise et spécifique au profit de l’organisme entier.
Cette spécialisation fait donc apparaître les tissus.
Figure 168 : Cycle de vie (A) schématique et (B) observé en microscopie électronique de Dictyostellum discoideum. CC Creative
Commons Attribution - Share Alike 3.0, David Brown & Joan E. Strassmann. SEM courtesy of MJ Grimson & RL Blanton,
Biological Sciences Electron Microscopy, Texas Tech University.
La cladistique et la classification du vivant

Les multicellulaires sont donc des eucaryotes répartis dans près de 1 400 clades totalisant près
de 1,2 millions d’espèces (Figure 169) . L’Homo sapiens n’est qu’un point perdu dans cette
immensité. On découvre dans cette diversité plus de 300 000 plantes, et plus de 800 000

animaux. Il semble que cette biodiversité ne s’arrête pas là puisque, chaque année plus de
6 000 nouvelles espèces sont décrites, y compris des procaryotes.
Figure 169 : Arbre phylogénique (A) et biodiversité relative (B) de 1397 clades de multicellulaires eucaryotes. Image issue de
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001381.
Cette foison d’êtres vivants est organisée par une discipline de la biologie, la taxonomie. Une
des méthodes de classification repose sur la relation de parenté entre les taxons. Il s’agit de
la phylogénie ou encore cladistique. Ce dernier nom provient du fait que cette classification
ne reconnaît que les groupes monophylétiques ou clades, c’est-à-dire à des groupes de taxons
qui contiennent tous les descendants de leur dernier ancêtre commun. La cladistique organise
le vivant en considérant toutes ses caractéristiques comme ayant des valeurs égales, que ce
soit des caractéristiques macroscopiques, microscopiques, moléculaires,…
Figure 170 : Comparaison entre la classification phylogénique et la classification traditionnelle.

Suivant la classification traditionnelle, deux espèces qui se ressemblent seront classées dans
le même groupe. Ainsi, le cœlacanthe et le bar ont des nageoires et des écailles et sont donc
classés parmi les poissons (Figure 170). Or phylogénétiquement, le groupe des poissons n’a
pas d’existence puisqu’il n’est pas monophylétique. Par contre, les mammifères et le
cœlacanthe partagent des membres charnus, ce sont des sarcoptérygiens, ce qui n’est pas le
cas du bar. Le cœlacanthe est-il plus proche des mammifères ou du bar ? Faut-il utiliser pour
établir la parenté la plus étroite, le membre charnu ou la présence d’écailles et de nageoires ?
L’évolution procède par la transformation de caractères. C'est le cas de la nageoire des
poissons qui s'est transformée en membre chez les tétrapodes (animaux munis des 4
membres), comme les mammifères. La classification traditionnelle, en utilisant la nageoire
comme caractère, exclut les mammifères du groupe qui présente des nageoires, alors que ce
caractère est présent mais sous une forme évoluée. En utilisant uniquement les caractères les
plus visibles, la classification traditionnelle ne permet pas d'estimer correctement les degrés
de parenté entre les espèces.
Dans ce système de classement des êtres vivants, ceux-ci sont identifiés par un nom binomial
(parfois trinomial) latinisé, le nom d’un genre et un épithète spécifique de l’espèce. Sous le
rang de genre se trouvent respectivement la famille, l’ordre, la classe, le phylum (ou
embranchement en biologie végétale), le règne et le domaine. Prenons un exemple, celui de
l’humain. Nous sommes des Homo sapiens, de la famille des hominidés, de l’ordre des
primates, de la classe des mammifères, du phylum des chordés, du règne animal et du
domaine des eucaryotes. De son côté, la souris est Mus musculus de la famille des muridés,
de l’ordre de rongeurs, de la classe des mammifères, du phylum des chordés, du règne animal
et du domaine des eucaryotes. Bien entendu, des sous-catégories existent pour préciser
chacun d’entre eux.
La biodiversité du vivant
Il est entendu que nous ne pouvons, ni voulons décrire dans ces pages toute la biodiversité
même réduite à celle des eucaryotes (Figure 171).
Figure 171 : Cladogramme simplifié du vivant. Le terme procaryotes est représenté en italique car il ne correspond pas à un
clade. Basé sur les informations de https://doi.org/10.1016/j.tree.2019.08.008

Nous allons nous contenter de focaliser notre attention sur quelques exemples pertinents
dans le monde de la santé humaine.
Le groupe des Excavata3
Le groupe des Excavata est lui-même divisé en 3 sous-groupes : formicata ou diplomonadida,
parabasalia, et euglenozoa. Plusieurs agents pathogènes visant l’humain sont inclus dans ces
organismes.
Les Giardia, appartenant aux diplomonadida, est un unicellulaire flagellé anaérobie
responsable de troubles digestifs fréquents, la giardiose. Dans sa forme végétative, ou
trophozoïte, les Giardia possèdent un noyau bilobé et 8 flagelles. Dans sa forme kystique le
parasite est de forme ovale et possède 4 noyaux.
Figure 172 : Microphotographies électroniques de trophozoïtes de Giardia (a) fixés à la muqueuse intestinale de l’hôte ou (b)
libre. Images provenant du Centre de Prévention et Contrôle des Maladies (CDC - Center for Disease Control and Prevention).
Tous les 6 à 12 jours, le trophozoïte s’immobilise dans le système digestif de son hôte et se
fixe aux microvillosités des entérocytes où ils prennent une forme kystique avant d’être
rejetés avec les selles. Ce rejet contamine éventuellement les eaux. L’ingestion d’eau
contaminée entraîne la libération de 2 trophozoïtes dans le système digestif du nouvel hôte.
Leur multiplication se fait par fission binaire.
Le Trichomonas est un membre des parabasalia. Ce sont des unicellulaires anaérobies pouvant
parasiter la cavité orale, le côlon ou le vagin des Humains où ils engendrent ou participent à
des gingivites et à des trichomonoses intestinales ou urogénitales. Il n’existe que sous une
forme végétative équipée de 4 flagelles (Figure 173).
L’agent responsable de la « maladie du sommeil » (la trypanosomiase Africaine) est un
euglenozoa, le Trypanosome. Il s’agit encore d’un unicellulaire uniflagellé transmis par la
morsure de la mouche tsé-tsé (plusieurs espèces de Glossines). La mouche est donc le vecteur
de la maladie. Lorsque la mouche hématophage pique un Humain infecté, la parasite passe
dans le système digestif de l’insecte et s’y multiplie par fission binaire. Le parasite migre vers
les glandes salivaires de la mouche et continue à s’y multiplier de façon asexuée. Ce sont ces
parasites qui seront transmis à l’homme lors d’une piqure par la mouche. Après quelques jours
dans le sang (Figure 173) et la lymphe de l’hôte, le Trypanosome atteint les méninges et le
3
La nomenclature reprise dans ces pages est partielle et ne doit pas être connue. Sa seule valeur est l’exemple
et l’intérêt biologique que ces derniers peuvent susciter.

liquide céphalo-rachidiens de l’hôte Humain provoquant des céphalées, des troubles moteurs,
psychologiques, puis la mort.
Figure 173 : Microphotographie d’un Trichomonas vaginalis et de Trypanosomes dans le sang d’un Humain infecté.
Les euglenozoa ne sont pas tous des parasites, ils englobent également des algues
unicellulaires flagellées comme les euglènes que vous avez peut-être eu la chance d’observer
lors du TP de biologie consacré à l’utilisation du microscope.
Le groupe des Alveolata
Les Alveolata représentent un groupe d’unicellulaires assez divers contenant entre autres les
ciliés, les dinoflagellés, et les apicomplexés.
Les ciliés sont des protozoaires, comme la paramécie ou le stentor, dont la surface est
recouverte de cils vibratiles responsables de leur locomotion. Chaque cil possède une
mitochondrie qui lui est dédiée. Les ciliés possèdent deux noyaux, le micronoyau diploïde
reproducteur et le macronoyau polyploïde végétatif. Le macronoyau contrôle les fonctions
trophiques de la cellule, exprimant les gènes nécessaires à la vie courante. Par contre, le
micronoyau est utilisé lors de la reproduction sexuée par conjugaison. La nutrition des ciliés
est assurée par le battement des cils qui créent un mouvement d’eau drainant les proies
bactériennes vers un cône, le péristome, où elles sont phagocytées, puis digérées par des
lysosomes. Certains ciliés sont pathogènes mais rarement pour l’homme.
Les dinoflagellés constituent un groupe d’unicellulaires biflagellés dont certains sont
hétérotrophes et d’autres autotrophes. Ils font partie du plancton des eaux douces et marines.
Ils sont responsables des efflorescences algales et des marées rouges. C’est un dinoflagellé,
Alexandrium catenella, qui est responsable de certains empoisonnements d’humains par le
biais de la consommation de coquillages. Cet organisme produit une neurotoxine, la saxitoxine,
pouvant causer des paralysies respiratoires entrainant la mort.
Les apicomplexés sont des unicellulaires parasites d’animaux, dont l’homme. Leur cycle de vie
est constitué par une alternance entre une génération haploïde et une génération diploïde
(Figure 174). Nous avons déjà rencontré un apicomplexé lorsque nous avons décrit l’usage de
la méiose chez l’agent du paludisme, Plasmodium falciparum. Cet agent vit au détriment de
deux hôtes : le moustique et l’humain. Le moustique est le vecteur de la maladie et non sa
cause. La salive du moustique contient des cellules haploïdes du parasite. Ces cellules
haploïdes sont appelées des sporozoïtes. 30 minutes après la piqure, ces sporozoïtes arrivent
au foie de l’humain et pénètrent dans les hépatocytes. Pendant 10 jours, les sporozoïtes se

multiplient par mitose au sein des hépatocytes. A leur sortie de l’hépatocyte, les cellules du
parasite portent le nom de mérozoïte et peuvent réinfecter à nouveau des hépatocytes ou
gagner le flux sanguin. Dans le flot sanguin, les mérozoïtes peuvent infecter les globules
rouges où ils vont à nouveau se diviser par mitose. Parmi les cellules issues de ces mitoses,
certaines vont se différencier en gamétocytes mâles ou femelles. L’éclatement des globules
rouges libèrent des mérozoïtes capables d’infecter de nouveaux globules rouges mais aussi
les gamétocytes. Ceux-ci vont attendre dans le flot sanguin jusqu’à être prélevés par un
nouveau moustique lors de son repas sanguin. Dans le tube digestif du moustique, les
gamétocytes deviennent des gamètes et une fécondation a lieu avec donc la production de la
cellule diploïde, l’oocyste. Cet oocyste pourra à son tour produire par méiose de nouveaux
sporozoïdes qui sont des cellules haploïdes. On voit donc que dans ce cycle, la forme
majoritaire de l’organisme est une forme haploïde et que les gamètes sont produits non pas
par méiose, mais par mitose.
Figure 174 : Cycle de vie de Plasmodium falciparum.
Il existe bien entendu d’autres exemples d’apicomplexés, comme l’agent de la toxoplasmose,

Toxoplasma.
Les groupes des Stramenopila et des Rhizaria
Les Stramenopila représentent un groupe très hétérogène, comportant à la fois des
organismes photosynthétiques unicellulaires (diatomées) et multicellulaires (algues brunes).
Les Rhizaria sont généralement unicellulaires. On y trouve les foraminifères et les radiolaires.
Le groupe des Archaeplastida
Le groupe des Archaeplastida est aussi appelé la lignée verte. Il regroupe des organismes
capables de photosynthèses telles que les algues rouges, les algues vertes et les plantes. La
majorité de ces organismes est multicellulaire. Ce groupe sera décrit avec plus de détails dans
le chapitre suivant.
Le groupe des Amoebozoa
Les Amoebozoa sont le plus souvent unicellulaires hétérotrophes simples se déplaçant par des
déformations cellulaires appelées pseudopodes et structurées par le cytosquelette d’actine.
Ces organismes « ingèrent » de la matière organique de l’environnement par phagocytose.
L’amibe, Amoeba proteus appartient à ce groupe. Sous certaines conditions, plusieurs
membres de ce groupe peuvent se regrouper en colonies multicellulaires (voir page 200).

Plusieurs membres des Amoebozoa sont pathogènes pour l’Homme et peuvent provoquer des
dysentries ou amibiases dans les régions tropicales.
Le groupe des Opisthokonta
Les eucaryotes unicontes regroupent des organismes d’apparences très variées, pouvant être
unicellulaires ou multicellulaires. Chaque organisme possède au moins un stade de vie muni
d’un seul flagelle propulseur. Il s’agit principalement des champignons (les fungi) et des
animaux (les métazoaires). Le fonctionnement des métazoaires sera envisagé dans un chapitre
distinct ultérieur.

Chapitre 22 Les Archaeplastides
Les plantes sont essentielles à la survie de la majorité des autres êtres vivants par la
photosynthèse qu’elles effectuent et l’apport subséquent en O2. Il s’agit également de notre
principale source de nourriture. Les végétaux constituent une source quasi inépuisable de
molécules originales dont de nombreuses sont déjà utilisées en médecine humaine. Citons par
exemple l’aspirine, le taxol, la quinine, l’éphédrine, … Il est donc important de décrire
brièvement ce que sont les végétaux et quelles sont leurs caractéristiques biologiques.
Une brève classification des végétaux

La cladistique organise les plantes en 6 taxons principaux (Figure 175) : les rhodophytes ou
algues rouges, les chlorophytes ou algues vertes, les bryophytes ou mousses, les
ptéridophytes ou fougères, les gymnospermes ou conifères et les angiospermes ou plantes à
fleurs. Nous ne nous intéresserons qu’aux quatre dernières dans le cadre de ce cours.
Figure 175 : Classification phylogénique succincte des Archaeplasta.
Les bryophytes
Les bryophytes rassemblent les mousses que nous avons tous vues au pied des arbres, sur le
sol ou sur les toits des maisons. La caractéristique principale des bryophytes est l’absence de
racines et d’un système conducteur. Pour cette raison, elles sont dites avasculaires. L’absence
d’un tissu vasculaire limite la taille de ces organismes à quelques centimètres. Elles possèdent
Chapitre 22 – Les Archaeplastides | 207

à la surface de leurs feuilles de petites ouvertures assurant les échanges de gaz, les stomates.
Cette présence est commune chez tous les stomatophytes.
Les ptéridophytes
Les fougères constituent les ptéridophytes ou plantes à feuilles en forme de plumes. Il s’agit
de trachéophytes ou plantes vasculaires, c’est-à-dire possédant un tissu spécialisé dans le
transport de la sève. Leur taille varie de quelques centimètres à plusieurs mètres dans le cas
des fougères arborescentes.
Les gymnospermes et les angiospermes
L’apparition de la graine dans l’évolution des végétaux fait apparaître les spermatophytes
incluant les gymnospermes, les conifères ou plantes à graine nue, et les angiospermes, les
plantes à fleurs ou plantes à graines emballées.
Les tissus des végétaux

Comme tous les organismes multicellulaires, un végétal provient d’une cellule unique qui s’est
multipliée par des mitoses successives. Ces divisions, pour la majorité, sont l’objet des cellules
méristématiques. Il s’agit de cellules non spécialisées, des cellules souches, capables de se
diviser indéfiniment. Les zones occupées par ces cellules sont les méristèmes. A l’inverse de
ce qui est admis chez les animaux, le processus de différenciation est naturellement réversible,
une cellule différenciée pouvant retourner à l’état méristématique.
Il existe 3 types principaux de cellules différenciées constituant le tissu fondamental : les
cellules du parenchyme, du collenchyme et du sclérenchyme. A ces cellules s’ajoutent les
cellules conductrices constituant le tissu vasculaire.
Le tissu fondamental
La majorité des cellules des végétaux sont des cellules parenchymateuses considérées comme
des cellules de remplissage. Elles sont peu différenciées et équipées d’une paroi de cellulose
fine. Cette caractéristique leur permet d’adopter différentes formes et d’occuper aisément
les espaces libres. La plupart des cellules photosynthétiques sont des cellules d’un
parenchyme particulier, le chlorenchyme. Les cellules parenchymateuses peuvent aussi
participer au stockage de l’eau et des substances nutritives dans les tiges, racines, fruits, …
La fonction principale du collenchyme est d’assurer un soutien flexible à la plante. A cette fin,
les cellules du collenchyme sont allongées et disposent d’une paroi de cellulose plus épaisse
que les cellules parenchymateuses.
A l’inverse des cellules du collenchyme et du parenchyme, les cellules du sclérenchyme
possèdent une paroi cellulosique épaisse renforcée par de la lignine. Elles apportent un
soutien rigide à l’organisme. Ces cellules ont une caractéristique particulière puisqu’elles sont
mortes pour accomplir leur fonction.
Le tissu vasculaire
Chez les végétaux vasculaires, les trachéophytes, des cellules spécialisées assurent le
transport des fluides. Pour un botaniste, le tissu vasculaire est un tissu complexe, à l’inverse
du tissu fondamental. En effet, alors qu’un tissu fondamental ne contient qu’un seul type
cellulaire, le tissu vasculaire est composé de plusieurs catégories de cellules.
Le xylème est le tissu vasculaire qui transporte l’eau et les sels minéraux absorbés par les
racines vers l’ensemble de la plante. Ce tissu est composé de trachéides qui sont des cellules
allongées directement issues des cellules méristématiques. A l’instar des cellules de
sclérenchyme, les trachéides sont des cellules mortes. Elles possèdent une paroi très épaisse
et lignifiée. Ces cellules sont alignées les unes au-dessus des autres pour constituer un
système conducteur continu. Pour y parvenir, leurs parois comportent des régions

dépourvues d’épaississement, les ponctuations, qui se font face, permettant le passage de
l’eau et des sels d’une cellule à l’autre. En plus des trachéides, le xylème des angiospermes
possède une autre catégorie de cellules impliquées dans le transport de la sève brute : les
éléments de vaisseaux. Ces structures assurent une conduction plus rapide que les trachéides.
Il s’agit là aussi de cellules mortes mais dont les parois longitudinales lignifiées par des
anneaux forment des tubes creux. Ces vaisseaux sont plus courts mais plus larges que les
trachéides. Les éléments de vaisseaux sont disposés les uns au-dessus des autres et forme un
véritable tube. Les parois transversales de chaque élément ont disparu et laissé la place à des
plaques perforées.
Figure 176 : Schéma des trachéides et des éléments de vaisseaux du xylème et microphotographies de sections longitudinales
dans du xylème.
Le phloème transporte la sève élaborée, c’est-à-dire une solution de sucres formés par la
photosynthèse. Chez les angiospermes, le phloème est composé d’éléments criblés. Il s’agit
de cellules dont les parois transversales sont percées de pores. Contrairement aux éléments
de vaisseaux et aux trachéides, ces cellules sont vivantes et empilées les unes sur les autres
pour former les tubes criblés. La sève élaborée passe donc de cellule en cellule, mais sans
franchir la membrane plasmique. Ces cellules vivantes sont anucléées et la quasi-totalité de
leurs organites ont disparus. Pour survivre dans ces conditions, les éléments criblés sont
associés à des cellules compagnes, nucléées et contenant d’abondants ribosomes. Ces deux
cellules proviennent de la même cellule méristématique mère et communiquent par de
nombreux plasmodesmes (Figure 177).
Les plasmodesmes sont des jonctions communicantes entre cellules végétales voisines. Il
s’agit de ponts cytoplasmiques franchissant des interruptions des parois adjacentes. Ces
jonctions représentent des voies de passage pour l’eau, les solutés, les hormones et même les
virus.

Figure 177 : Schéma des éléments criblés (se) et des cellules compagnes (cc) dans le phloème. Images adaptée de
https://quizlet.com/.
Le cycle de vie des végétaux

Les végétaux peuvent produire de nouvelles générations de plantes par une reproduction
sexuée ou asexuée. La multiplication asexuée, ou végétative, s’effectue exclusivement par
mitose et aboutit à une nouvelle génération génétiquement identique à la précédente. Il peut
s’agir de la multiplication par des stolons, comme dans le cas de fraisiers, par des rejets issus
des racines, ou simplement du bouturage effectué par les horticulteurs ou encore par des
techniques de culture in vitro. La reproduction sexuée aboutit à une descendance
génétiquement différente des parents. Elle implique une recombinaison et donc une méiose,
ainsi que la formation de gamètes.
Le cycle de vie des végétaux consiste en l’alternance de générations multicellulaires diploïdes
et haploïdes. On parle de cycle haplo-diplophasique. L’organisme multicellulaire diploïde est
le sporophyte et l’organisme multicellulaire haploïde est le gamétophyte (Figure 178). Les
formes adultes de chacun de ces organismes se mettent en place mutuellement. Certaines
cellules du sporophyte subissent une méiose pour former des spores haploïdes. Ces dernières
se divisent par mitose pour donner naissance à la génération suivante, celle du gamétophyte.
Une ou des cellules de celui-ci subissent une multiplication mitotique qui forme les gamètes.
La fusion de deux gamètes donne naissance à la génération suivante diploïde, celle du
sporophyte. Les gamètes ne sont donc pas produits par méiose mais par mitose. La proportion
relative de chaque phase, la taille des organismes de chaque stade et leur capacité à vivre
indépendamment varient en fonction des espèces.

Figure 178 : Cycle haplo-diplophasique général des végétaux.
Le cycle de vie des bryophytes

Chez les mousses, le gamétophyte est la forme la plus visible. Il s’agit des structures
généralement vertes et courtes, présentes sur le substrat (Figure 179).
Figure 179 : Cycle de vie des bryophytes. Images adaptée de http://www.colvir.net/prof/chantal.proulx/

Les feuilles du gamétophyte portent des structures microscopiques les gamétanges. Ces
structures sont de deux types : les anthéridies et les archégones. Les cellules des anthéridies
forment des gamètes mobiles, appelés anthérozoïdes, tandis que les cellules des archégones
forment les gamètes immobiles, appelés oosphères. Ces derniers restent enfermés dans les
archégones. Grâce à l’eau de l’environnement, les anthérozoïdes flagellés peuvent atteindre
les oosphères et les féconder. Le zygote qui en résulte est donc la première cellule du futur
sporophyte. Celui-ci se forme par mitose successive du zygote, toujours supporté par le
gamétophyte. Le sporophyte est le pédoncule visible au sommet des mousses à certains
moments de la saison. Ce pédoncule se termine à son extrémité supérieure par une capsule.
Il s’agit de l’organe spécialisé dans la production des spores, le sporange. Certaines cellules du
sporange entreprennent une méiose pour produire des spores haploïdes. Ceux-ci seront
disséminés à l’ouverture de la capsule. Les spores vont subir des mitoses successives qui
feront apparaître un nouveau gamétophyte.
Le cycle de vie des ptéridophytes
Chez les fougères, c’est le sporophyte qui est la forme la plus visible, il s’agit de la feuille de
fougères. Au printemps, la face inférieure de la feuille de fougère se couvre de petites
structures généralement brunes ou orangées. Il s’agit des sores, des groupes de sporanges.
De façon identique à ce que nous avons décrit pour les bryophytes, des cellules des sporanges
produisent des spores haploïdes par méioses. Ces spores, après dissémination, entament des
mitoses successives pour former le gamétophyte. Celui-ci est peu visible, il s’agit d’une petite
structure en forme de cœur et appelée prothalle (Figure 180).
Figure 180 : Cycle de vie des pétridophytes.

Le prothalle porte les gamétanges, les anthéridies et les archégones. En profitant de l’humidité
ambiante, les anthérozoïdes vont féconder les oosphères dans les archégones. Cette
fécondation donne naissance au sporophyte qui se développe par mitoses.
Le cycle de vie des spermatophytes
Chez les plantes à graines, les gymnospermes et les angiospermes, le cycle de vie, quoique
reposant sur un principe identique à ce que nous venons de décrire, est plus complexe à
décrire en raison de l’apparition de nouvelles structures, les cônes et les fleurs. Notre
description se limitera toutefois au cycle des angiospermes.
La forme dominante des angiospermes est le stade sporophyte. Chez ces derniers, certaines
feuilles se spécialisent dans la production des spores, elles portent alors le nom de
sporophylles et adoptent pour ce faire des formes spécifiques. Ces feuilles modifiées
contiennent les sporanges où sont générés les spores par méiose. A l’inverse de ce qui a été
décrit pour les bryophytes et les ptéridophytes, les angiospermes produisent 2 sortes de
spores, des spores « femelles », les mégaspores, et des spores « mâles », les microspores.
Elles sont respectivement produites par les méga- et micro-sporanges contenus dans les
méga- et micro-sporophylles. Anatomiquement, il s’agit de pièces florales : le carpelle et les
anthères.
Évolutivement, un carpelle est une feuille portant des sporanges qui s’est repliée sur elle-
même pour protéger les sporanges dans une cavité. Ce phénomène s’appelle la placentation
(Figure 181). Chez de nombreuses espèces, plusieurs carpelles se sont regroupés dans une
structure unique.
Figure 181 : Placentation de sporophylles.
Les carpelles, qu’ils soient soudés ou non, peuvent être anatomiquement divisés en 3 régions :
une extrémité aplatie et collante destinée à recevoir le pollen et appelée stigmate, une région
plus ou moins allongée qui supporte le stigmate et dénommée style, et la région inférieure
qui contient les mégasporanges et appelée ovaire. Les mégasporanges sont anatomiquement
appelés ovules.
Les anthères sont la partie supérieure des étamines. Tout comme le carpelle, il s’agit d’une
feuille spécialisée qui s’est enroulée pour protéger les microsporanges aussi appelés sacs
polliniques.
Précisons – Le texte ci-dessus décrit le système floral des angiospermes en utilisant des
termes anatomiques (carpelle, ovule – anthère, sac pollinique) et des termes fonctionnels

(mégasporophylle, mégasporange – microsporophylle, microsporange) désignant les
mêmes structures.
Au sein des ovules, certaines cellules (les mégasporocytes) vont subir une méiose qui va
générer 4 mégaspores haploïdes (Figure 182). Généralement une seule mégaspore survit et
se développe par mitose au sein de l’ovule. Ces mitoses vont produire 8 noyaux équitablement
répartis aux pôles de la cellule. Un noyau de chaque pôle va migrer vers le centre de la cellule.
Ils y sont appelés : noyaux polaires. Des cellules vont s’individualiser autour des trois noyaux
restant à chaque pôle tandis qu’une grande cellule centrale contient les noyaux polaires. Les
trois cellules de la partie supérieure sont les cellules antipodales. L’extrémité inférieure
contient l’oosphère encadré par deux cellules plus petites, les synergides. Cette structure
formée de 7 cellules et 8 noyaux constitue le mégagamétophyte appelé sac embryonnaire.
Figure 182 : Cycle de vie d’un spermatophyte angiosperme.
Au sein des sacs polliniques, les cellules mères (microsprocytes) vont également subir la
méiose pour former chacune 4 cellules filles, les microspores haploïdes. Chaque microspore
se divise par mitose pour former un grain de pollen, le microgamétophyte, constitué de 2
cellules : une cellule végétative et une cellule générative. Lorsque le grain de pollen se
déposera sur le stigmate d’un carpelle, la cellule végétative formera par mitose un tube
pollinique qui s’insinuera au sein du carpelle jusqu’à atteindre la mégagamétophyte. La cellule

générative du grain de pollen effectue une mitose pour produire deux gamètes. Ceux-ci vont
être véhiculés, au travers du tube pollinique, jusqu’à l’oosphère.
Un gamète fécondera l’oosphère pour créer le zygote diploïde. Celui-ci subit des divisions
rapides et fréquentes pour produire l’embryon de la nouvelle génération. Le second gamète
fécondera les deux noyaux polaires pour engendrer un tissu triploïde (3n), l’albumen. Pour
cette raison, on parle de double fécondation. L’albumen est un tissu de réserve qui se
développe autour de l’embryon et dont il va se nourrir lors de son développement. Ce
développement se déroule dans la graine, une modification de l’ovule fécondé.
Aspect biomédical des végétaux et du molecular pharming

Les plantes peuvent être l’objet d’une culture in vitro et d’une production d’individus
transgéniques. Il s’agit de produire une plante entière à partir d’une cellule ayant incorporé
un gène étranger. Cette procédure est largement facilitée chez les plantes en raison du
maintien de la totipotence de la majorité de leurs cellules.
Dans un milieu nutritif adapté, les cellules d’une plante, qu’elles proviennent de la tige, de
feuilles ou de racines, peuvent se dédifférencier en une masse de cellules appelée cal. Sous
l’influence d’hormones, les cellules du cal se différencient et forment un embryon.
La culture d’anthères est une méthode qui consiste à placer des anthères dans un milieu
permettant aux grains de pollen de régénérer une plante sans étape de fécondation. Le but
est d’obtenir des plantes haploïdes dans lesquelles tous les allèles sont exprimés, qu’ils soient
dominants ou récessifs (voir Chapitre 24). Les plantes haploïdes se développent normalement
mais restent cependant stériles. Leur traitement à la colchicine permet de générer des plantes
diploïdes homozygotes fertiles puisque cette molécule inhibe la polymérisation des
microtubules et donc la séparation des chromatides sœurs lors de la mitose.
Ces technologies peuvent être mises à profit en pharmacognosie, c’est-à-dire lors de la
production de principes actifs par les plantes. A l’heure actuelle, une vingtaine de molécules
potentiellement utiles en santé humaine ont été produites par des plantes transgéniques. La
sérum albumine est l’une d’entre elles, produite par des plants de tabac. Cette protéine est le
composant majeur du plasma sanguin et joue un rôle capital dans le maintien de la pression
sanguine ou dans le transport de substance via le torrent circulatoire. La sérum albumine est
indispensable en chirurgie ou encore dans le cadre des maladies hépatiques. Sa demande
dépasse les 500 tonnes par an. On peut encore citer la lipase gastrique (voir Chapitre 23)
produite par du maïs et prescrite dans le traitement de la pancréatite ou de la mucoviscidose,
l’antigène de l’hépatite B produit par la pomme de terre et utilisé dans la préparation de
vaccins, ou encore la cyanoverine, utilisée dans le traitement du HIV et également produite
par des plants de tabac.

Chapitre 23 Le fonctionnement des métazoaires supérieurs
Nous arrivons au terme de cette découverte du vivant. Avant de découvrir le mode de
transmission du patrimoine génétique et les liens qui existent entre les êtres vivants et avec
leur environnement, nous allons tenter d’intégrer de nombreuses notions vues dans le cadre
d’un système physiologique animal. Nous allons découvrir le système digestif des mammifères.
Qui dit système, dit organe et dit tissu. Ce qui implique nécessairement l’apparition de la
multicellularité. Des organismes constitués de plusieurs cellules différentes, les cellules
différenciées.
Les tissus des métazoaires

Les cellules qui partagent la même structure et les mêmes fonctions forment donc les tissus.
Au début du développement, les cellules se déterminent en 3 feuillets embryonnaires. Nous
les avons mentionnés dans le chapitre consacré à l’embryologie. Il s’agit de l’endoderme, du
mésoderme et de l’ectoderme. A leur tour, chaque feuillet poursuit sa différenciation pour
former 4 types cellulaires à la base des 4 tissus fondamentaux qui sont le conjonctif,
l’épithélium, le musculaire et le nerveux. Chaque organe de notre organisme comporte ces 4
tissus.
Le tissu conjonctif est un tissu de remplissage, il trouve son origine dans le mésoderme. Il peut
être constitué de plusieurs types cellulaires dont les fibroblastes et les adipocytes. Les tissus
épithéliaux sont constitués de cellules étroitement liées les unes aux autres, juxtaposées, sans
la présence de substance fondamentale ou de fibres entre les cellules et reposant sur une
structure mince appelée lame basale. Les cellules sont associées les unes aux autres par
l’intermédiaire de jonctions cellulaires. Il s’agit d’un tissu de recouvrement. Il marque
l’interface avec l’air ambiant ou une cavité intérieure.
L’adhésion des cellules des épithélia est primordiale. L’adhésion cellulaire décrit le processus
par lequel les cellules voisines interagissent entre elles par l’intermédiaire de protéines
spécialisées localisées à leur surface et formant des jonctions cellulaires. Il peut également
s’agir de l’interaction des cellules avec l’environnement non cellulaire de la cellule qui porte
le nom de matrice extracellulaire.
La matrice extracellulaire est un réseau tridimensionnel de macromolécules produites et
sécrétées par exocytose par les cellules résidentes. Il peut s’agir de protéines comme les fibres
de collagène, de glycoprotéines comme la fibronectine qui unit les fibres de collagène de la
matrice à des protéines transmembranaires appelées intégrines, ou encore de
polysaccharides.
L’adhésion
L’adhésion des cellules entre elles ou des cellules à la matrice se fait par l’intermédiaire de
protéines spécialisées appelées « CAM » pour « cell adhesion molecules ». Ces CAM
appartiennent à 4 grandes familles : les intégrines que nous avons mentionnées plus haut, la
superfamilles des immunoglobulines, les cadhérines et les sélectines. Chacune d’entre elles a
une fonctions spécifique et s’unit à un ligand tout aussi spécifique. Ainsi, les cadhérines et les
immunoglobulines établissent des liaisons homotypiques, c’est-à-dire qu’elles s’unissent à des
CAM de la même famille. Par contre, les intégrines et les sélectines créent des liaisons
hétérotypiques, avec des CAM d’un type différent.
Chapitre 23 – Le fonctionnement des métazoaires supérieurs | 216

En fonction de leur rôle dans le tissu, les systèmes d’adhésion cellulaire peuvent être classés
en : jonctions d’ancrage, jonctions étanches ou en jonctions communicantes (Figure 183).
Les jonctions d’ancrage maintiennent les cellules ensembles et en contact avec la matrice. Il
s’agit des jonctions adhérentes, des desmosomes et des hémidesmosomes dans le cas de
l‘ancrage à la matrice. Les jonctions étanches ou jonctions serrées forment un joint étanche
entre les cellules. Les jonctions communicantes sont des systèmes de protéines qui
permettent la communication entre les cytoplasmes des cellules adjacentes. De petites
molécules peuvent par cet intermédiaire passer d’une cellule à l’autre.
Figure 183 : Les différents types d’adhésion cellulaire dans un épithlium. Les jonctions d’ancrage sont représentées en bleu.
Les jonctions étanches sont indiquées en vert et les jonctions communicantes en orange. Image adaptée de
https://www.open.edu
Dans le cas du système digestif, les jonctions serrées jouent un rôle capital comme nous le
décrirons plus tard. Ce type de jonction est normalement présent dans les épithélia, un des 4
tissus fondamentaux. Ces jonctions assurent l’étanchéité des épithélia, les tissus de
recouvrement qui recouvrent la surface du corps ou tapissent les organes creux. Ces jonctions
forment une ceinture qui entoure la cellule et l’unisse à ses voisines. Cette spécificité leur
permet de réguler les passages paracellulaires de solutés, c’est-à-dire le passage entre les
cellules. Outre ce rôle de régulation de la perméabilité paracellulaire, les jonctions serrées
ségrégent également les constituants membranaires dans deux régions distinctes, le pôle
apical et le pôle basolatéral. Ces cellules sont dites polarisées.
Le tube digestif
Chez la majorité des animaux, le système digestif prend la forme d’un tube constitué de
plusieurs couches appelées tuniques. La tunique la plus interne du tube est la muqueuse. Elle
est suivie par la sous-muqueuse adossée à la musculeuse (Figure 184). La couche la plus
externe du tube digestif se nomme séreuse. La muqueuse est elle-même constituée de 3
couches, l’épithélium, c’est-à-dire la couche de cellules qui borde la lumière du tube digestif.
Elle repose sur la lame basale. Sous cette dernière se situe la lamina propria qui est un tissu
conjonctif. Enfin, une couche de cellules musculaires termine cette muqueuse. Cet aspect est
conservé tout au long du tube digestif, de l’œsophage jusqu’à l’anus. Seule la proportion de
chaque couche et la forme de l’épithélium changent au long du tube.

Figure 184 : Succession des tuniques le long du tube digestif. Image issue de https://le-ghost-de-nicolas.fr/le-systeme-digestif/
La cavité buccale
La cavité buccale est le premier compartiment du système digestif. C’est dans ce dernier que
se déroule aussi la première étape de la digestion. Il s’agit d’une digestion mécanique grâce à
la mastication et une digestion chimique grâce aux constituants émis dans la salive produite
par 3 paires de glandes salivaires : les glandes parotides localisées sous et en avant des oreilles,
les glandes sous-mandibulaires situées sous la mâchoire et les glandes sublinguales situées
sous la langue.
Figure 185 : Mécanisme simplifié de la sécrétion de salive par les cellules exocrines des glandes salivaires.
Ces glandes sont dites exocrine puisqu’elles libèrent une substance à l’extérieur de
l’organisme, dans la cavité buccale. La composition de la salive est complexe, elle contient
entre autres des ions et des enzymes (Figure 185). Parmi les ions, l’HCO3- y joue un rôle
tampon important. Du côté apical des cellules exocrines, la sécrétion de l’ion HCO3- vers la
salive repose sur un transport actif secondaire couplé à une pompe de l’ion Cl-. Du côté basal,
l’entrée du HCO3- repose également sur un transport actif secondaire dépendant du sodium
grâce à l’action de la Na+, K+-ATPase.
Toujours du côté basal, un récepteur à l’acétylcholine provoque la sortie du calcium du
réticulum endoplasmique lisse. L’augmentation de la concentration cytosolique en calcium
entraîne l’exocytose contrôlée des granules de sécrétion contenant différentes protéines dont

des enzymes. Parmi ces enzymes, on retrouve l’amylase salivaire et le lysozyme. Il s’agit
d’hydrolases qui catalysent des hydrolyses, c’est-à-dire la réaction inverse à la condensation,
une réaction qui détruit un lien chimique en utilisant de l’eau.
L’amylase est une enzyme hydrolytique, active à pH7 et qui hydrolyse les liens a(1-4)
glycosidiques situés à l’intérieur des chaînes d’amylose, d’amylopectine et de glycogène pour
produire du maltose et des dextrines limites, c’est-à-dire les résidus d’amylopectine et de
glycogène qui ne peuvent plus être clivés par l’amylase.
Le lysozyme est une glycoside hydrolase, elle détruit le peptidoglycane de la paroi bactérienne
des Gram positif en clivant la liaison glycosidique entre l’acide acétylmuramique et
l’acétylglucosamine. Son rôle dans le système digestif n’est donc pas de participer à la
digestion des aliments mais de participer à la lutte antibactérienne.
La lipase linguale est une enzyme produite dans la cavité buccale par les glandes gustatives
de la région latéro-postérieure de la langue. Elle ne fait donc pas partie à proprement parlé
des enzymes salivaires. La lipase linguale débute le processus d’hydrolyse des triglycérides et
fonctionne à un pH optimal situé entre 4.5 et 5.4. Elle hydrolyse le lien ester qui unit un acide
gras court à moyen au carbone sn3 du glycérol.
L’estomac
Après la déglutition, le bol alimentaire progresse par péristaltisme dans l’œsophage puis
accède à l’estomac via le sphincter oesophagial ou cardia. L’estomac est une poche où sont
transitoirement stockés les aliments.
Figure 186 : Schéma de la structure et de l’organisation de la paroi de l’estomac. Image issue de https://quizlet.com
La paroi de l’estomac (Figure 186) répond à la description générale que nous avons faites du
tube digestif. Elle est constituée d’une muqueuse, d’une sous-muqueuse, d’une musculeuse
et d’une séreuse. La muqueuse est elle-même divisée en un épithélium, une lamina propria,
et une couche musculaire. Une caractéristique de la muqueuse gastrique est l’existence de
structures arrondies appelées glandes gastriques. Il s’agit du prolongement des cryptes
gastriques et coupées en biais. L’épithélium gastrique contient plusieurs types cellulaires dont
les cellules pariétales responsables de la sécrétion de l’acide, de l’HCl, et des cellules
principales ou « chief cells » et responsables de la sécrétion d’enzymes.

Durant leur stockage, les aliments subissent une étape de digestion mécanique grâce aux
mouvements de contraction de l’estomac et une digestion chimique grâce à l’action de
différentes substances présentes dans le suc gastrique. En effet, les cellules pariétales libèrent
de l’HCl dans la lumière de l’estomac. De cette façon le pH de la lumière en début de digestion
est de l’ordre de 5, ce qui permet à la lipase linguale de maintenir son activité. L’amylase
salivaire est par contre inactivée par ce pH. Le pH de la lumière de l’estomac s’acidifie de plus
en plus au cours de cette étape de la digestion jusqu’à atteindre un pH égal à 2. Cette acidité
participe à la protection du système digestif vis-à-vis des bactéries potentiellement
pathogènes. L’acidité gastrique est également un agent dénaturant des protéines alimentaires.
Les liaisons électrostatiques qui participent au maintien de leur structure tertiaire sont
perturbées. Ces protéines perdent donc leur structure tridimensionnelle ce qui les rend plus
sensibles à la digestion par une endopeptidase, la pepsine.
Pour éviter son action protéolytique à l’intérieur de la cellule qui la produit, la pepsine n’est
pas synthétisée sous une forme active. En effet, les cellules principales de l’épithélium
gastrique produisent un zymogène de la pepsine, c’est-à-dire un précurseur inactif, le
pepsinogène. Sous l’action du pH très acide qui règne dans la lumière de l’estomac, le
pepsinogène subit un clivage spontané qui sépare pepsine active du peptide d’activation. Un
nom étrange puisque son rôle est bien d’inactiver l’enzyme. Dans la lumière de l’estomac, la
pepsine va alors hydrolyser les protéines du bol alimentaire.
L’acidité ambiante accroît l’affinité du facteur intrinsèque pour la vitamine B12, ou
cobalamine. Cette vitamine est requise pour la production des globules rouges et sera
absorbée dans la partie terminale de l’intestin.
A l’issue de la digestion dans l’estomac, son contenu prend le nom de chyme.
Les glandes annexes de l’intestin
L’intestin grêle est un tube d’environ 5 mètres qui suit l’estomac. Il est divisé en 3 segments.
Les 25 premiers centimètres constituent le duodénum. Le reste est divisé en jéjunum et en
iléon. Le duodénum est le segment qui reçoit le chyme de l’estomac ainsi que les sécrétions
des 2 glandes annexes : le foie et la pancréas.
Le foie est l’organe le plus volumineux de notre organisme, il pèse environ 1,5 Kg. Il s’agit
d’une glande amphicrine ou mixte. C’est-à-dire qu’elle produit des substances dont certaines
sont déversées dans le torrent circulatoire, c’est la fonction endocrine, et d’autres déversées
à l’extérieur, dans la lumière du tube digestif, c’est la fonction exocrine. Cette double fonction
est le résultat d’une architecture typique du foie. Les cellules qui remplissent sa fonction sont
les hépatocytes. Ces cellules sont d’une part entourées de canalicules où circule la bile
jusqu’aux canaux principaux, les canaux biliaires. Et d’autre part, elles sont longées par des
sinusoïdes sanguins permettant les échanges entre les hépatocytes et le sang.
Le produit exocrine du foie est la bile. Il s’agit d’un liquide où se mélange les pigments biliaires
et les sels biliaires. Les pigments biliaires sont des déchets du catabolisme des globules rouges
et ne participent pas à la digestion. Les sels biliaires ou acides biliaires sont des dérivés réduits
du cholestérol conjugués à des molécules polaires. En raison de cette structure amphiphile,
portant à la fois une région polaire et une région apolaire, ils participent à l’émulsification des
graisses dans la lumière de l’intestin grêle. Les globules graisseux provenant de l’alimentation
sont donc fragmentés en petites gouttelettes recouvertes de sels biliaires (Figure 187). La bile
contient également de grande quantité de HCO3-.

Figure 187 : Schéma du rôle des sels biliaires dans l’émulsification des graisses alimentaires. Image issue de Pearson Education.
Le pancréas est également une glande mixte puisque 5% de sa masse participent à sa fonction
endocrine par l’intermédiaire des ilots de Langerhans qui produisent deux hormones
extrêmement importantes, l’insuline et le glucagon. Elles contrôlent toutes deux la glycémie,
c'est-à-dire la concentration de glucose dans le sang qui doit être maintenue dans des limites
étroites. La fraction exocrine est donc majoritaire. Il s’agit de cellules acinaires, qui forment
des acini, de petites structures organisées en sacs autour de petits canaux qui se rejoignent
en canaux de plus en plus larges. Les cellules acinaires sont aisément reconnaissables par
l’accumulation de granules de sécrétion à proximité de leur pôle apicale. Ces granules
contiennent les enzymes qui constituent le suc pancréatique.
Le suc gastrique est un fluide riche en HCO3- et en enzymes sécrétées par exocytose par les
cellules acinaires. Ces enzymes protéolytiques peuvent hydrolyser des peptides, des
polysaccharides, des lipides ou des acides nucléiques, soit toutes les classes de molécules
biologiques.
L’amylase pancréatique, quoique différente de l’amylase salivaire au niveau de sa structure
primaire, catalyse une réaction identique. Les nucléases catalysent l’hydrolyse des acides
nucléiques. La lipase pancréatique humaine clive les triglycérides en monoacylglycérol et en
acides gras. Pour fonctionner de façon optimale, elle requiert la présence d’une protéine co-
enzyme, la colipase, qui est sécrétée sous la forme d’un zymogène inactif. Les protéases du
suc pancréatique sont, elles aussi, sécrétées sous la forme d’un zymogène comme nous
l’avons vu dans le cas du pepsinogène. Il s’agit principalement du trypsinogène, du
chymotrypsinogène, de la procarboxypeptidase et de la proélastase.
L’intestin grêle
Le duodénum reçoit donc le chyme acide de l’estomac, la bile du foie par l’intermédiaire de la
vésicule biliaire où elle a été stockée et concentrée, et le suc pancréatique. Ces deux liquides

sont déversés dans le duodénum au même endroit, par le sphincter de Oddi, et les ions HCO3-
qu’ils contiennent neutralisent l’acidité du chyme.
L’épithélium du duodénum produit une enzyme particulière, l’entérokinase aussi appelée
entéropeptidase. Il ne s’agit pas d’une kinase malgré son nom mais bien d’une peptidase. Le
principal rôle de l’entérokinase est de cliver le fragment inhibiteur, appelé TAP pour « trypsin
activation peptide » et situé à l’extrémité C-terminale du trypsinogène. A son tour, la trypsine,
c’est-à-dire l’enzyme active, va exciser les peptides inhibiteurs du chymotrypsinogène, de la
procarboxypeptidase, de la proélastase et de la procolipase. Ce type de cascade d’activation
de protéines par clivage protéolytique n’est pas exceptionnel et a déjà été rencontré dans ce
cours lorsque nous avons découvert l’apoptose. Il en sera encore le cas lorsque vous
découvrirez la cascade du complément et la coagulation sanguine.
Dans le duodénum, et dans la lumière intestinale en général, les lipides contenus dans les
petites gouttelettes résultant de l’émulsification des graisses alimentaires par les sels biliaires
peuvent être hydrolysés par la lipase pancréatique en présence de la colipase (Figure 188). La
colipase n’a pas d’activité enzymatique mais permet à la lipase de se lier aux gouttelettes
lipidiques sans être inhibée par les sels biliaires. La lipase pancréatique hydrolyse le lien ester
qui unit les acides gras aux carbones sn1 et sn3 du glycérol. Il en résulte donc des acides gras
libres et un monoacylglycérol. Ces molécules hydrophobes forment des micelles dans la
lumière du tube digestif ou sont absorbées par l’épithélium intestinal.
Figure 188 : Schéma illustrant l’action de la lipase pancréatique et de la colipase sur des gouttelettes lipidiques. Image issue
de Pearson Education.
Tout au long de la lumière de l’intestin grêle, les protéines qui s’y trouvent vont poursuivre
leur hydrolyse initiée par la pepsine dans l’estomac. L’action progressive des endopeptidases,
comme la trypsine, la chymotrypsine ou l’élastase, qui clivent la chaîne peptidique par son
milieu, et celle des exopeptidases qui hydrolysent progressivement les peptides par leurs
extrémités, vont produire des acides aminés libres et de courts peptides qui vont être

absorbés par l’épithélium intestinal. Parmi les exopeptidases, on trouve la carboxypeptidase
produite par le pancréas et qui ronge la protéine par son extrémité C-terminale. Mais il existe
également l’aminopeptidase, produite par l’intestin grêle, et qui réduit la longueur de la
protéine par son extrémité N-terminale.
Tout comme celle des protéines, la digestion des polysaccharides est progressive. Elle débute
dans la bouche et se poursuit dans la lumière intestinale par l’action de l’amylase pancréatique.
L’action conjointe de ces deux enzymes produit du maltose, un disaccharide de glucose. Mais
les polysaccharides hydrolysés ne sont pas les seules sources de sucres dans nos aliments. En
effet, une partie non négligeable des sucres que nous ingérons sont sous la forme de
disaccharides. Il s’agit du saccharose et du lactose. Ces deux disaccharides arrivent intacts
dans la lumière intestinale ou débute leur digestion, concomitamment à celle du maltose.
Les disaccharides sont hydrolysés par une classe d’hydrolases spécifiques appelées
disaccharidases (Figure 189). Il s’agit de la maltase, de la saccharase et de la lactase. Toutes
trois sont des enzymes ancrées dans la membrane plasmique du pôle apical de la cellule de
l’épithélium intestinal. Elles catalysent l’hydrolyse de leur disaccharide spécifique en
monosaccharides qui seront absorbés par le pôle apical grâce à un symport actif secondaire
utilisant le Na+ comme force motrice. Cette force motrice est maintenue grâce à la Na+,K+-
ATPase localisée au pôle basolatéral. Les monosaccharides ne sont pas accumulés dans la
cellule qui les absorbe, mais redistribués à tout l’organisme par la voie sanguine. A cette fin,
les monosaccharides sortent de la cellule absorbante par un système de diffusion facilitée.
Figure 189 : Schéma de la digestion du maltose et de l’absorption subséquente du glucose. Image issue de Pearson Education.
La structure microscopique de l’intestin grêle est clairement en lien avec sa fonction principale
qui est l’absorption des nutriments. A cette fin, la surface d’absorption est maximisée par
l’accumulation de plis microscopiques, appelés villosités, recouverts par les cellules
absorbantes, les entérocytes. A cela s’ajoute un niveau complémentaire de microplis, les
microvillosités, qui sont observables au sommet apical de chaque entérocyte pour constituer

une structure appelée bordure en brosse. Chaque microvillosité est soutenue par les
microfilaments du cytosquelette.
A l’instar de ce que nous avons observé dans le cas de l’estomac, les villosités de l’intestin
grêle se prolongent vers la muqueuse par des cryptes. Dans l’intestin grêle, c’est dans ces
cryptes que se situent les cellules souches responsables du renouvellement constant des
cellules épithéliales : les entérocytes, les cellules à mucus, les cellules de Paneth.
Le côlon
L’intestin grêle se poursuit par le côlon dont la structure microscopique est proche de celle de
l’intestin grêle. La différence la plus notable est la réduction de la hauteur, voire la disparition
de villosités. Le côlon est essentiel à la réabsorption de l’eau. Il contribue ainsi, chaque jour à
réabsorber 9 litres de liquide provenant de l’alimentation mais aussi des différentes sécrétions
de notre tube digestif.
Rappelons également, que le côlon héberge une flore microbienne riche composée
d’eubactéries, d’archées mais aussi de levures. Cette ensemble de microorganismes avec
lequel nous vivons en symbiose mutualiste pour certaines espèces et en commensalisme pour
d’autres porte le nom de microbiome. Ces microorganismes participent au développement de
notre système immunitaire, à la production de vitamines ou encore au métabolisme de
xénobiotiques. On estime qu’un humain adulte héberge 1 kg de microorganismes dans son
intestin, soit cent milliards de cellules et donc 10 fois le nombre de cellules humaines dans
tout votre corps.

Chapitre 24 La transmission du patrimoine génétique II – la génétique
Nous l’avons perçu tout au long des chapitres précédents, tous les êtres vivants sont le fruit
d’une lente évolution qui repose sur 2 principes, la modification progressive du patrimoine
génétique et sa transmission de génération en génération. C’est cet aspect qui va nous
occuper dans ce chapitre et plus exactement la manière dont le patrimoine génétique hérité
de nos parents influence notre apparence.
L’hérédité
La ressemblance entre les membres d’une famille est le résultat de l’hérédité, c’est-à-dire la
transmission de traits contrôlés par des facteurs génétiques. Depuis très longtemps on sait
que chacun d’entre nous ressemble un peu à son père, un peu à sa mère, sans pour autant
être une copie identique de l’un d’eux. Bien entendu, certains traits ne sont pas génétiques et
sont acquis, c’est par exemple votre capacité à lire ou de vous coiffer d’une certaine façon.
Ces traits acquis ne sont pas transmis à la descendance.
Les premières expériences sur l’hybridation datent du 18ème siècle et concernent des
croisements réalisés sur des plans de tabac par le botaniste allemand Josef Koelreuter. Il a
ainsi ouvert la voie à la génétique moderne. Koelreuter et d’autres ont observé que des traits
se transmettaient de génération en génération et que d’autres disparaissaient pour
réapparaître dans des générations ultérieures. Il faudra cependant attendre Gregor Mendel
pour que ces observations soient quantifiées.
Gregor Mendel était un moine Autrichien qui a fait des études scientifiques à l’Université de
Vienne. De retour dans son monastère, après ses études, il se consacre à la vie monastique et
à l’étude de l’hybridation de la plante de pois, Pisum sativum. En terme de génétique, ce choix
était opportun, puisqu’il existe de nombreuses variétés de pois, Mendel en a d’ailleurs étudié
34 dont il en a sélectionné 7 différentes par des caractères simples à observer : la forme de la
graine, la couleur de la graine, la couleur de la fleur, la couleur de la gousse, la forme de la
gousse, la position des fleurs sur la tige et la taille de la plante. En outre, le cycle de vie de
cette plante est court, ce qui permet d’observer plusieurs générations sur une année. Le
dernier avantage de la plante de pois est que chaque fleur y est hermaphrodite. Elles
possèdent donc les organes mâles et femelles, et l’autofécondation y est possible.
Pour réaliser ses études, Mendel laissait d’abord les plants de pois, d’une variété donnée,
s’autoféconder pendant de nombreuses générations pour s’assurer que le trait étudié était
transmis sans modification de génération en génération. On dit aujourd’hui qu’il s’agit d’une
lignée pure.
Mendel croisait ensuite les plants qui avaient des formes alternatives pour les caractères
étudiés. Pour y parvenir, et éviter l’autofécondation, il éliminait les étamines, les organes
mâles, de certaines fleurs et prélevait le pollen d’une autre fleur qu’il utilisait pour faire son
hybride. Nous avons vu dans un chapitre précédent que le grain de pollen n’était pas un
gamète. Cependant, c’est lui qui produit le gamète mâle par mitose. La procédure de Mendel
correspond donc bien à un croisement par fusion de gamètes.
Le monohybridisme
Mendel a d’abord suivi la transmission d’un seul caractère à la fois. On parle dans ce cas de
monohybridisme. Nous allons analyser les résultats de Mendel en nous concentrant sur un
Chapitre 24 – La transmission du patrimoine génétique II – la génétique | 225

seul caractère, la couleur de la fleur, sachant que les résultats sont transposables à l’identique
pour tous les caractères étudiés par Mendel.
Lorsque Mendel croisait des plants de lignée pure à fleurs blanches avec des plants de lignée
pure à fleurs pourpres, les graines produites germaient en plantes hybrides qui avaient toutes
des fleurs pourpres. De nos jours, on nomme ces générations par les symboles P ou F0, pour
les parents, et F1 pour première génération fille. Mendel désigna la forme du caractère qui
s’exprimait dans la génération F1 comme dominante et la forme qui disparaissait comme
récessive (Figure 190).
Figure 190 : Représentation d’une expérience de monohybridisme. Le couleur rose est dominante, la couleur blanche est
récessive.
Mendel a ensuite permis aux fleurs des plantes de génération F1 de s’autoféconder et les
graines issues de cette autofécondation ont été plantées pour donner naissance à la seconde
génération fille notée F2. Dans cette génération, la majorité des plants portait des fleurs
pourpres, mais certains portaient des fleurs blanches, la forme récessive du caractère.
Mendel a précisément noté les proportions de chaque forme dans ses croisements. Il obtint
929 individus en F2 dont 705 portaient des fleurs pourpres et 224 des fleurs blanches. Soit
une proportion de ¾ avec la forme dominante et ¼ avec la forme récessive. Cette proportion
restait constante quel que soit le caractère étudié. Autrement dit, le rapport entre dominants
et récessifs parmi les plantes de génération F2 était toujours de 3 pour 1 (Figure 190).
Mendel étudia ensuite comment les plantes de génération F2 transmettaient le caractère aux
générations suivantes par autofécondation. Toutes les plantes dont le caractère était de forme
récessive ne généraient que des graines germant en plantes à fleurs blanches. Il s’agissait donc
d’une lignée pure. Par contre seul 1/3 des plantes dont le caractère était dominant se
comportait de la même façon en ne produisant que des plantes avec la forme dominante. Il
s’agissait donc là aussi d’une lignée pure. Les 2/3 des plantes dont le caractère était dominant
généraient des descendants qui se répartissaient dans le rapport 3:1 en forme dominante et
forme récessive. Ces résultats font penser que le rapport 3:1 observé en F2 par Mendel était

en réalité un rapport 1:2:1 : ¼ d’individus dominants de lignée pure, 2/4 d’individus dominants
de lignée non pure, et ¼ d’individus récessifs de lignée pure (Figure 191).
Figure 191 : Résultats sur 3 générations de l’hybridation de deux plantes de lignées pures et de caractères opposés.
Le croisement de contrôle
A la vue de ces résultats, la question est donc : comment discerner parmi les individus
dominants ceux qui sont de lignées pures et ceux qui ne le sont pas. Mendel imagina un
système simple, le « test-cross » ou croisement de contrôle (Figure 192). Il s’agit de croiser
l’individu dominant dont on ignore s’il est de lignée pure avec un individu récessif pour le
même caractère, et donc de lignée pure. Dans ce cas, les individus dominants de lignée pure
donneront une descendance formée uniquement d’individus avec la forme dominante du
caractère. Par contre, les individus dominants de lignée non pure donneront une descendance
constituée de 50% d’individus dominants et 50% d’individus récessifs.

Figure 192 : Croisement de contrôle permettant de déterminer le génotype d’individus de phénotype dominant.
Les conclusions modernisées de Mendel

Il est possible d’exprimer les découvertes de Mendel en utilisant des termes et une
représentation scientifiques modernes. N’oublions pas qu’à son époque les chromosomes
étaient inconnus, les gènes étaient inconnus, la méiose était inconnue, la ploïdie était
inconnue.
Mendel découvre que chaque caractère d’un organisme est codé par un gène, ou locus, qui
existe sous 2 allèles différents. L’allèle rose et l’allèle blanc dans le cas de notre exemple. Nous
savons aujourd’hui que ces gènes sont portés par les chromosomes.
Il découvre aussi que chaque individu hérite de deux allèles pour chaque gène, un de chacun
des parents, ces individus sont diploïdes. Ils peuvent être homozygotes, c’est-à-dire de lignée
pure, lorsque les deux allèles portés sont identiques ou hétérozygotes lorsque les 2 allèles
portés sont différents.
Il découvre qu’un allèle masque l’autre. Il propose les termes dominant et récessif et les note
avec des lettres majuscule et minuscule. L’allèle récessif ne s’exprime que dans les individus
homozygotes, alors que les individus hétérozygotes expriment uniquement l’allèle dominant.
Et il découvre que les deux allèles se séparent pendant la méiose. Cette découverte a donné
lieu à une loi, la première loi de Mendel ou encore appelée loi de la ségrégation des allèles.
Cette loi est simplement le reflet de la répartition aléatoire des chromosomes homologues
dans les cellules filles lors de la méiose (voir page 179).
Le génotype et le phénotype
Le verbe « exprimer » vient d’être utilisé à plusieurs reprises. Quel est le processus biologique
qui se cache derrière ce verbe ? Il s’agit bien entendu de l’expression du gène, soit sa
transcription et éventuellement sa traduction. Puisque nous sommes diploïdes, pour chaque
gène faisant partie du patrimoine génétique de notre espèce, deux copies existent. Ces copies
peuvent être constituées de deux allèles identiques ou de deux allèles différents. L’ensemble
des copies constitue notre génotype, notre patrimoine génétique. Or les 2 allèles ne seront
pas exprimés, seul l’allèle dominant sera exprimé, sera visible dans notre apparence, sauf si

nous possédons deux copies d’un allèle récessif. Dans ce cas, c’est lui qui transparaitra dans
notre apparence. L’allèle qui est exprimé, celui qui est visible constitue le phénotype.
Les outils de la génétique

Pour résoudre des problèmes de génétique, les scientifiques font appels à des outils. Les deux
principaux sont le carré de Punnett et l’arbre généalogique. L’utilisation de ces outils sera
décrite dans le cadre des séances de répétition.
Le carré de Punnett
Au tout début du 20ème siècle le généticien anglais Réginald Punnett propose d’utiliser un
tableau pour prédire et quantifier les croisements. Cet outil symbolique sera plus tard baptisé
le carré de Punnett. Il s’agit de remplir un tableau à 2 entrées où chaque entrée correspond
au génotype d’un des parents d’un croisement. Les en-têtes de colonnes et de lignes
correspondent aux allèles disponibles pour la formation des gamètes. Les cellules du tableau
représentent toutes les combinaisons possibles du croisement en question, ce qui permet de
quantifier les probabilités d’apparition de chaque descendant. Le carré de Punnett est donc
un outil disponible, son usage n’est pas toujours nécessaire pour résoudre un problème de
génétique.
L’arbre généalogique
Un autre outil souvent utilisé en génétique est l’arbre des pédigrées ou arbre généalogique.
Un arbre généalogique retrace la transmission d’un ou de plusieurs caractères génétiques de
génération en génération. Ces arbres permettent aux généticiens de déduire le modèle de
l’hérédité du caractère suivi. Il s’agit bien ici d’une déduction et non d’une quantification.
Précisons - En génétique médicale, ces pédigrées répondent à des règles

conventionnelles telles que la forme des symboles pour représenter le genre des individus,
le type de remplissage des symboles pour indiquer la présence ou l’absence d’un allèle.
Ces règles, bien que très utiles dans un contexte médical ne seront pas utilisées dans le
cadre du cours de biologie. Il convient également d’indiquer que ces arbres représentent
des liens biologiques et non des liens administratifs. Il s’agit donc de descendance,
d’ascendance et de reproduction et non de mariage, d’adoption, ou infidélité.
Le dihybridisme
Après avoir suivi la transmission d’un seul caractère à la fois, Mendel se demanda si des
caractères différents se transmettaient ensemble dans la descendance. Il a donc réalisé des
expériences d’hybridation à partir de lignées pures mais en suivant 2 caractères
simultanément, c’est ce qu’on appelle aujourd’hui le dihybridisme. Lorsqu’il a entrepris ce
travail, Mendel pouvait se baser sur ces résultats de monohybridisme et savait qu’elles étaient
les traits dominants et les traits récessifs.
Pour expliquer le dihybridisme, nous allons choisir deux traits, la couleur de la graine, qui peut
être jaune ou verte, sachant que la forme jaune est dominante, et la forme de la graine, qui
peut être lisse ou ridée, la forme lisse étant dominante.
Mendel a donc hybridé des plants issus de graines parentales jaunes et lisses avec des plants
issus de graines parentales vertes et ridées. Les graines issues de cette hybridation étaient
toutes jaunes et lisses. Elles n’exprimaient que les traits dominants. La forme récessive des
traits disparaissait en F1.
Mendel a semé les graines et permis aux plantes de s’autoféconder pour analyser la
génération F2. On peut tenter d’anticiper les résultats obtenus par Mendel. Dans un premier

cas, les caractères seront envisagés comme indépendants, dans un second ils seront envisagés
comme dépendants.
Des caractères dépendants signifient qu’ils sont liés, qu’ils sont portés par le même
chromosome. Dans ce cas, la génération F1 a reçu un chromosome portant à la fois l’allèle
jaune et l’allèle lisse, et un chromosome portant simultanément l’allèle vert et l’allèle ridé. La
génération F1 est hétérozygote. Lors de l’autofécondation de F1, des individus peuvent
recevoir soit 2 chromosomes portant à la fois les allèles jaunes et lisses, soit un chromosome
portant un allèle jaune et un allèle lisse et un chromosome portant les allèles verts et ridés,
soit 2 chromosomes portant à la fois les allèles verts et ridés. Seuls les phénotypes parentaux
font partie de F2 et la proportion 3:1 entre les phénotypes dominants et récessifs est identique
à celle observée lors du monohybridisme (Figure 193).
Figure 193 : Résultats d’une expérience de dihybridisme concernant 2 traits dépendants. Le locus Y décrit la couleur de la
graine (Y = jaune, y = vert) tandis que le locus L décrit la forme de la graine (L = lisse, l = ridée).
Mais que se passerait-il si les caractères étaient indépendants, c’est-à-dire portés par des
chromosomes différents ? Une paire de chromosomes porte le caractère couleur, une autre
paire de chromosomes porte le caractère forme de la graine. Bien entendu, en génération F1,
rien de change, toute la descendance est hétérozygote. Pour chaque paire de chromosomes,
un homologue porte l’allèle dominant et l’autre homologue porte l’allèle récessif. Par contre,
lors de l’autofécondation, plusieurs types de gamètes peuvent être envisagés puisque la
première recombinaison interchromosomique de la méiose distribue les chromosomes
homologues aléatoirement dans les cellules filles. Le carré de Punnett décrit les 4 possibilités
différentes de gamètes et donc les 16 possibilités d’individus de la génération F2. On y observe
9 individus à graines jaunes et lisses, et un individu à graines vertes et ridées. Ce sont les
phénotypes parentaux. Mais on y observe également des phénotypes mêlés, 3 individus à
graines jaunes et ridées et 3 individus à graines vertes et lisses (Figure 194).

Figure 194 : Résultats d’une expérience de dihybridisme concernant 2 traits indépendants. Le locus Y décrit la couleur de la
graine (Y = jaune, y = vert) tandis que le locus L décrit la forme de la graine (L = lisse, l = ridée).
Les résultats de Mendel, obtenus sur 556 graines, correspondent à cette possibilité, avec une
proportion de 9:3:3:1, 9/16 d’individus dominants pour les 2 caractères, 3/16 d’individus
dominants pour un des caractères, 3/16 d’individus dominants pour l’autre caractère et 1/16
qui n’est dominant pour aucun des caractères. Les caractères se comportent
indépendamment les uns des autres et Mendel désigne ce phénomène comme une
ségrégation indépendante des caractères. Cette ségrégation des caractères ne contredit pas
la ségrégation des allèles puisque, si on ne considère qu’un seul caractère, la proportion 3:1
prédite par Mendel dans le cadre du monohybridisme reste d’application.
La génétique non formelle

Le modèle de Mendel est très enthousiasmant et sa vision très perspicace. Cependant, elle ne
recouvre pas l’entièreté de la génétique. En effet, certains traits génétiques ne sont pas
complètement dominants, d’autres sont polyalléliques, d’autres sont polygéniques, et que
dire des possibilités de la recombinaison intrachromosomique abordée dans le chapitre
précédent ou encore des chromosomes sexuels ? Essayons d’aborder tout cela
progressivement.
La dominance incomplète
Le concept de Mendel où un gène peut exister sous deux formes différentes, une dominant
l’autre n’est pas toujours vraie. Pour certains caractères, le phénotype des hétérozygotes peut
être intermédiaire entre les deux homozygotes. C’est le cas de la couleur de la fleur de la Belle
de nuit. Lors du croisement de lignées pures rouges avec des lignées pures blanches, la
génération F1 n’est ni rouge, ni blanche, elle est de couleur intermédiaire, elle est de couleur
rose. Ni la couleur rouge, ni la couleur blanche n’est dominante sur l’autre. L’autofécondation
des individus F1 produit le rapport génotypique 1:2:1 typique des résultats de Mendel, mais
ce n’est pas le cas du rapport phénotypique 3:1. Dans ce cas, les proportions phénotypiques
sont égales aux proportions génotypiques (Figure 195).

Figure 195 : Résultats d’une hybridation répondant à un cas de dominance incomplète
En conclusion, les allèles rouges et blancs sont incomplètement dominants, aucun d’entre eux
ne s’impose complètement sur l’autre. On parle dans ce cas de dominance incomplète.
Très souvent, pour illustrer la dominance incomplète, on fait appel au modèle de la belle de
nuit. Mais ce mode de transmission existe-t-il chez l’humain ? Et bien oui, un exemple est
l’hypercholestérolémie familiale. Qui peut prendre sa source dans un allèle déficient du
récepteur au lipoprotéine de faible densité ou LDL, contenant le cholestérol. Dans ce cas,
l’allèle fonctionnel est considéré comme l’allèle dominant et l’allèle non fonctionnel comme
étant récessif. L’individu homozygote dominant exprime des récepteurs fonctionnels,
capables de provoquer l’endocytose médiée par récepteur des LDL. Il en résulte un
concentration plasmatique basse en cholestérol lié au LDL. Les cellules de l’individu
homozygote récessif sont, elles, incapables de procéder à l’endocytose du LDL puisque leur
récepteur est inopérant. La concentration plasmatique en LDL-C est donc très élevée et il en
résulte des accumulations de lipides sous forme de tumeurs bénignes, d’accumulation
lipidique sous-cutanée ou dans la cornée. Les individus hétérozygotes, ont un phénotype
intermédiaire, avec des signes cliniques moins sévères.
La codominance
La codominance est un autre cas qui dépasse le concept de la génétique de Mendel et qui est
souvent confondu avec la dominance incomplète. Très souvent les gènes ne possèdent pas
uniquement 2 allèles, mais plusieurs allèles, dont plusieurs peuvent être simultanément
dominants et s’exprimer pleinement dans le phénotype. Chez les hétérozygotes, les deux
aspects des homozygotes sont retrouvés entièrement. On dit qu’ils sont codominants.
L’exemple le plus clair de codominance chez l’Humain est le groupe sanguin ABO.
Le groupe sanguin ABO est déterminé par un gène noté par la lettre « i » et codant une enzyme
impliquée dans la glycosylation des protéines à la surface du globule rouge. L’enzyme codée
par l’allèle IA ajoute une glycosylation, le déterminant antigénique, terminée par une N-
acétylgalactosamine. L’enzyme codée par l’allèle IB ajoute une glycosylation terminée par un
galactose. L’enzyme codée par l’allèle petit i n’ajoute pas de glycosylation terminale.
Puisqu’il y a 3 allèles disponibles pour ce gène, 6 génotypes sont possibles (Figure 196).

Les individus hétérozygotes IA-IB produisent les deux formes de l’enzyme et porte donc et de
l’acétylgalactosamine et du galactose sur chacun de leurs globules rouges, ils ne sont donc pas
un peu A et un peu B, ils sont complètement A et complètement B, ils sont du groupe AB. Les
allèles IA et IB sont codominants. L’allèle petit i est lui récessif, il n’apparaît dans le phénotype
que lorsqu’il est homozygote.
Figure 196 : Système de codominance du groupe sanguin ABO.
Il existe donc 4 groupes sanguins, les individus A qui sont IAIA ou IAi, les individus B qui sont IBIB
ou IBi, les individus AB qui sont IAIB, et les individus O qui sont ii.
Ces glycosylations sont reconnues par le système immunitaire. En conséquence, les individus
porteurs de l’allèle IA ne peuvent donner leurs globules rouges qu’au individus des groupes A
et AB. Les individus porteurs de l’allèle IB ne peuvent donner leurs globules rouges qu’aux
individus des groupes B et AB. Les individus porteurs simultanément des allèles IA et IB ne
peuvent donner leurs globules rouges qu’aux individus AB. Les individus porteurs uniquement
de l’allèle i peuvent donner leurs globules rouges à tous les receveurs.
L’hérédité polygénique
La majeure partie du temps, la relation entre génotype et phénotype est plus complexe que
la simple équation un caractère égale un allèle. Certains caractères ne sont pas simplement
binaires mais sont sujets à une variation continue. Il s’agit la plupart du temps de caractères
polygéniques, contrôlés par plusieurs gènes. Pour chaque caractère polygénique, plus le
nombre de gènes impliqué est élevé, et plus la variation continue est progressive.
Prenons un exemple, la couleur de la peau. Les individus de l’espèce Humaine ne sont pas
blancs ou noirs. La carnation de l’espèce humaine est un paramètre dont la variation est
continue. Outre l’influence de l’environnement, comme le bronzage, ou l’influence de
l’alimentation, la couleur de la peau est contrôlée génétiquement par 3 gènes, chacun
pouvant porter 2 allèles : un allèle clair et un allèle foncé. De plus, ce trait répond à une
transmission par dominance incomplète. Il existe donc pour les hétérozygotes, des
phénotypes intermédiaires.

Figure 197 : Evolution de la carnation humaine en fonction du génotype.
Huit gamètes différents peuvent être produits, portant soit zéro, soit un, soit deux, soit trois
allèles foncés. Il y a donc 8 x 8 soit 64 combinaisons possibles pour la fusion de ces gamètes,
donnant naissance à 7 phénotypes différents concernant la carnation. Dans le cas du
croisement de deux individus hétérozygotes pour chacun de 3 gènes, les probabilités
d’apparition de chaque phénotype ne sont pas identiques mais se distribuent sur une courbe
de Gausse (Figure 197).
L’épistasie
Certains caractères répondent exactement à la génétique formelle de Mendel, mais leur
expression phénotypique peut être altérée par un autre gène. Il s’agit alors d’épistasie. C’est
le cas de la couleur du pelage du labrador. Le gène B qui code la couleur du pelage peut exister
sous 2 formes, une forme dominante, la couleur noire, et une forme récessive, la couleur
brune. Mais alors d’où vient la couleur beige ?
Figure 198 : Exemple d’épistasie avec la couleur de la robe du Labrador.

Chez le labrador, la couleur de la robe est aussi influencée par un second gène indépendant,
appelé gène d’extension et représenté par la lettre E. Il n’influence pas la couleur du pigment
fabriqué mais sa capacité à être exprimé dans la peau et la fourrure, c’est l’allèle dominant,
ou uniquement dans la peau, c’est l’allèle récessif (Figure 198). Le même système s’applique
chez l’humain pour contrôler la couleur des cheveux.
Le croisement de deux labradors noirs hétérozygotes pour les deux gènes incriminés permet
d’envisager les 3 phénotypes possibles. Les chiens porteurs de l’allèle B produiront le pigment
noir, les chiens porteurs de deux allèles b produiront le pigment brun. Mais seuls les chiens
porteurs de l’allèle E exprimeront le pigment dans leur phénotype. Les chiens homozygotes
ee seront d’apparence beige, qu’ils produisent le pigment noir ou brun.
La liaison du genre et de l’hérédité

En 1910, Thomas Morgan, un généticien Britannique qui travaillait sur la mouche Drosophila
melanogaster dans le but de vérifier que les résultats de Mendel pouvaient être appliqués à
l’animal, vit apparaître dans sa population de drosophile, une mouche bizarre qui a permis de
mettre en relation l’hérédité d’un caractère avec les chromosomes sexuels.
Les chromosomes sexuels étaient connus depuis peu, depuis 5 ans, grâce aux travaux d’une
scientifique restée inconnue, Nettie Stevens de l’Université de Stanford. Cependant, les
chromosomes sexuels étaient à cette époque considérés comme accessoires.
Thomas Morgan observait des drosophiles, elles avaient toutes les yeux rouges, qu’elles soient
des mâles ou des femelles. Mais un jour, un mutant mâle aux yeux blancs est apparu. Morgan
a voulu déterminer si ce caractère répondait aux lois de Mendel.
Morgan commença par croiser ce mâle aux yeux blancs avec une femelle aux yeux rouges afin
de déterminer lequel des deux allèles était dominant. Toute la descendance, mâle ou femelle,
avait les yeux rouges et Morgan en conclut qu’il s’agissait de l’allèle dominant. En appliquant
le schéma mis au point par Mendel, Morgan croisa les mouches de la génération F1 et observa
4252 descendants. Parmi ceux-ci 18% avaient les yeux blancs et 82% les yeux rouges. C’est
très différent du rapport 3:1 prévu par Mendel. Mais quelque chose intrigua Morgan plus fort
encore, seuls les mâles avaient les yeux blancs. Morgan pensa que les femelles aux yeux blancs
n’étaient pas viables.
Morgan entreprit alors de faire un croisement test entre les femelles F1, et donc aux yeux
rouges, et les mâles aux yeux blancs, homozygotes récessifs. A sa grande surprise, des femelles
aux yeux blancs apparaissaient, et le rapport des phénotypes était égale à 50% d’yeux rouges
et 50% d’yeux blancs, exactement comme dans la théorie de Mendel lors du croisement test
d’un individu hétérozygote. Les femelles aux yeux blancs étaient donc viables. Morgan
proposa alors que le gène responsable de la couleur de l’œil était porté par le chromosome
sexuel. Le fameux chromosome accessoire lié au sexe.
Chez la drosophile, le caryotype est constitué de 4 paires de chromosomes. Le genre des
individus est déterminé par le nombre d’exemplaire d’un chromosome particulier, le
chromosome X. Les mouches femelles possèdent deux chromosomes X, les mouches mâles
n’en possèdent qu’un seul. Lors de la méiose chez le mâle, ce chromosome X unique s’apparie
avec un chromosome différent, le chromosome Y. Les chromosomes X et Y sont appelés les
chromosomes sexuels à cause de leur association avec le genre des individus qui les portent.
La femelle ne produit donc que des gamètes contenant un chromosome X, tandis que les
mâles produisent des gamètes contenant soit un chromosome X, soit un chromosome Y.

Le caractère observé par Morgan, la couleur de l’œil, est codé par un gène porté uniquement
sur le chromosome X. Ce gène a été baptisé « white » comme le veut la tradition de la
génétique de la Drosophile, où les gènes sont baptisés du nom de l’allèle récessif.
A la lumière de cette nouvelle connaissance, on peut maintenant interpréter les résultats de
Thomas Morgan (Figure 199).
Figure 199 : Transmission du caractère w- lié au chromosome sexuel chez la mouche Drosophile.
La génération parentale était constituée de lignées pures. Le mâle aux yeux blancs était w-, et
la femelle aux yeux rouges était w+w+. Leur croisement a donné une descendance constituée
de 50% de mâles et 50% de femelles, en accord avec la ségrégation des chromosomes sexuels.
Les individus mâles de la génération F1 héritaient du chromosome Y de leur parent mâle et
aléatoirement d’un chromosome X de leur parent femelle, ce chromosome portait
invariablement l’allèle w+ rouge. Les mâles de F1 ont donc tous les yeux rouges.
Les individus femelles de F1 héritaient du seul chromosome X pouvant être donné par leur
parent mâle et donc portant l’allèle w- blanc. Ils héritaient également d’un chromosome X de
leur parent femelle, et ce chromosome portait invariablement l’allèle w+ rouge. Les femelles
de F1 ont donc toutes les yeux rouges et sont hétérozygotes.
Lors du croisement des individus F1, les individus de F2 mâles recevaient le chromosome Y de
leur parent mâle et aléatoirement un chromosome X de leur parent femelle. Puisque ce parent
était hétérozygote, le chromosome reçu pouvait soit porter l’allèle w+ rouge, soit l’allèle w-
blanc, ce dernier donnant des mâles aux yeux blancs.
Les individus femelles de F2, recevaient le seul chromosome X porté par leur parent mâle et
donc contenant l’allèle w+ rouge, et recevaient aléatoirement un des X du parent femelle, soit
w+ rouge, soit w- blanc. En raison de l’héritage inévitable du chromosome X porteur de l’allèle
w+ rouge du parent mâle, toutes les femelles de F2 ont les yeux rouges.
Le chromosome sexuel chez l’Humain

La découverte de Morgan est très importante en génétique, car outre le fait de démontrer le
rôle des chromosomes sexuels, c’est aussi la première démonstration que les gènes
responsables de traits génétiques sont effectivement portés par les chromosomes.

L’Humain aussi porte des chromosomes sexuels. Le caryotype d’un humain mâle montre un
seul chromosome X et un chromosome Y, alors que le caryotype d’un humain femelle montre
une paire de chromosomes X.
Le système XY, décrit chez la Drosophile et l’Humain, n’est cependant pas universel. En effet,
l’oiseau utilise un système ZW où le mâle dispose de deux chromosomes Z et la femelle d’un
chromosome Z et d’un chromosome W. D’autres espèces, comme les sauterelles n’ont pas de
chromosomes Y. La femelle est donc bien XX, mais le mâle n’est que X, il s’agit du système X0.
Plus étrange encore, l’abeille repose sur un système haploïde/diploïde. Les femelles sont
diploïdes tandis que les mâles sont haploïdes et donc issus d’une reproduction non sexuée, la
parthénogenèse.
Chez l’Humain, le chromosome X a une longueur d’environ 156 millions de paires de bases et
porte, selon les estimations, 1000 à 2000 gènes dont 800 codent des protéines. Le
chromosome Y est beaucoup plus court, puisqu’il mesure environ 57 millions de paires de
bases et ne porte que 200 gènes dont 50 à 70 gènes codant des protéines. Il s’agit bien d’un
désert génique !
Certains gènes du chromosome X ont un homologue sur le chromosome Y, mais néanmoins,
les chromosomes X et Y ne peuvent pas se recombiner lors de la méiose.
On sait depuis l’antiquité que certaines maladies sont plus fréquentes chez les individus d’un
sexe par rapport à l’autre. Cette différence peut s’expliquer par l’hérédité des chromosomes
sexuels. En raison de sa longueur plus grande et de son nombre de gènes plus conséquent, le
chromosome X est plus fréquemment impliqué dans des maladies génétiques liées au sexe
que le chromosome Y. C’est le cas du daltonisme, de la myodystrophie de Duchêne ou encore
de l’hémophilie.
La compensation de dose
Même si les cellules des femmes possèdent deux chromosomes X, les femmes ne produisent
pas deux fois plus de protéines codées par le chromosome X que les hommes. En effet, un des
deux chromosomes X de la femme s’inactive au cours du développement de l’embryon. Cette
inactivation est le résultat d’une très forte condensation de la chromatine de ce chromosome
en raison de son hyperméthylation. Il s’agit d’un phénomène de compensation de dose
garantissant le même niveau d’expression des gènes portés par le X tant chez la femme, que
chez l’homme.
La condensation d’un des chromosomes X chez les mammifères femelles s’effectue
aléatoirement dans chaque cellule de l’embryon. Certaines cellules condensent un
chromosome X tandis que les autres cellules condensent le second chromosome X. Ce
chromosome X condensé est visible au microscope et a été baptisé corpuscule de Barr. Si vous
êtes curieux, vous pouvez tenter de l’observer dans les préparations de frotti sanguin que vous
avez utilisées lors du TP consacré au microscope.
Cette inactivation du chromosome X entraîne des individus qui sont des mosaïques génétiques.
Le chat écaille de tortue ou encore calicot est un chat dont le pelage présente des zones noires
et des zones orange. C’est le signe de la condensation aléatoire d’un chromosome X en
corpuscule de Barr puisque, chez le chat c’est le chromosome X qui porte le gène contrôlant
la couleur du pelage.
En effet, lors d’un croisement entre un chat noir et un chat orange, si la femelle est
homozygote pour l’allèle orange, les petits chatons mâles recevront le chromosome Y de leur
père et le chromosome X de leur mère, celui-ci portant l’allèle orange. Les petits mâles seront
à la robe orange. Les chatons femelles, quant à elles, recevront le chromosome X de leur père,

portant l’allèle noire, et un chromosome X de leur mère portant l’allèle orange. Elles seront
donc hétérozygotes (Figure 200).
Figure 200 : Croisement de chats noir ou orange produisant un chaton femelle écaille de tortue.
Mais durant le développement embryonnaire de ce chaton, les cellules vont inactiver

aléatoirement, par condensation, un des chromosome X. Certaines cellules auront donc
condensé le chromosome X qui porte l’allèle orange, elles exprimeront donc l’allèle noire, le
seul actif. Ces cellules participeront à la formation des poils noires.
D’autres cellules auront inactivé par condensation le chromosome portant l’allèle noire, et
exprimeront donc l’allèle orange. Elles donneront donc les zones orange du pelage.
On comprend donc aisément que ces chats écailles de tortue ne peuvent être que des femelles.
Certaines chattes écailles de tortue présentent aussi des régions de pelage blanc, il s’agit là
d’un phénomène d’épistasie.
La cartographie génétique
Les lois de Mendel et les règles de l’hérédité liée au sexe expliquent la majorité de notre
hérédité. C’est sans compter la possibilité de recombiner nos allèles pendant la méiose.
Jusqu’à présent nous avons évoqué la première recombinaison interchromosomique lors du
dihybridisme. Qu’en est-il de la recombinaison intrachromosomique ?
Nous avons vu précédemment, lors de l’étude du dihybridisme, que les caractères, des gènes,
pouvaient être dépendants ou indépendants, lié ou non liés. Lié signifiant portés par le même
chromosome et non lié indiquant que les gènes sont portés par des chromosomes différents.
Lors de la méiose, lors de la prophase I, des allèles d’un même caractère peuvent être
échangés entre chromosomes homologues. Cette recombinaison intrachromosomique doit
bien avoir un impact sur l’hérédité. Si les deux allèles sont transmis ensemble, la descendance
aura le phénotype des parents. Par contre, si une recombinaison a lieu entre les locus, la
descendance pourra mêler les phénotypes parentaux. Le premier chercheur à le prouver fut
Thomas Morgan.
Thomas Morgan étudiait le dihydridisme sur des drosophiles. Il suivait deux caractères dont il
connaissait les caractéristiques. Le caractère couleur du corps, qui pouvait prendre deux
formes : brun et noir. La forme noire étant récessive. Le trait est donc noté b pour black. Le

deuxième caractère est la forme de l’aile, qui pouvait être normale ou vestigiale, c’est-à-dire
de taille réduite. Cette forme était récessive et le trait a été noté vg pour vestigial.
Morgan réalise donc un croisement entre deux mouches aux caractères opposés et de lignées
pures, une mouche brune b+b+ aux ailes normale vg+vg+ et une mouche noire b-b- aux ailes
vestigiales vg-vg-. Il analyse la descendance F1 et observe un résultat attendu par les
observations de Mendel, une génération F1 uniquement constituée d’individus bruns aux ailes
normales, c’est-à-dire un phénotype dominant.
Morgan réalise ensuite un croisement test avec une mouche de phénotype récessif, noire aux
ailes vestigiales.
Si les gènes b et vg sont portés par le même chromosome, la descendance F2 doit se répartir
entre deux populations, des mouches brunes aux ailes normales et des mouches noires aux
ailes vestigiales, c’est-à-dire les phénotypes des parents d’origine et dans une proportion de
50% chacune.
Par contre, si les gène b et vg sont sur des chromosomes différents, deux phénotypes
complémentaires doivent être produits, ils résultent de la première recombinaison
interchromosomique. Ces phénotypes mêlent les formes des parents d’origine. Dans ce cas,
chaque forme d’individu doit être représentée par 25% de la descendance.
Sur 1000 individus analysés dans la génération F2, Morgan observe les 4 phénotypes mais
dans des proportions très différentes du rapport 1:1:1:1 prévu par Mendel. Il en conclut
qu’une recombinaison intrachromosomique est survenue entre les locus des gènes b et vg
chez l’individu hétérozygote de F1, produisant des gamètes recombinés portant à la fois, d’une
part, l’allèle b+ et l’allèle vg-, et d’autre part, l’allèle b- et l’allèle vg+ (Figure 201).
Morgan suggère que la fréquence d’apparition des recombinaisons est liée avec la localisation
des gènes sur les chromosomes. Un de ses chercheurs va tester son hypothèse, et mettre en
évidence que plus la distance physique qui sépare deux gènes liés est grande et plus la
probabilité de recombinaison entre ces locus augmente. La conclusion est simple, la fréquence
des gamètes recombinés est un reflet de la distance qui sépare deux locus sur le même
chromosome.
Pour évaluer cette distance, il suffit d’exprimer la fréquence des individus recombinés en %.
Dans le cas de notre exemple, Morgan a obtenu 92 et 88 individus recombinés, soit un total
de 180 individus recombinés sur 1000 descendants. La fréquence est donc égale à 0,18 soit
18%.

Figure 201 : Utilisation de la fréquence des phénotypes recombinés pour calculer une carte génétique.
En l’honneur des travaux de Morgan, qui a aussi été lauréat du prix Nobel en 1933, il a été
décidé d’associer son nom à cette découverte. L’unité utilisée pour exprimer ce pourcentage
est donc le centimorgan cM. Prenez cependant garde, cette distance exprimée en cM n’est
pas une mesure directe de la distance physique entre les locus, elle ne représente rien en nm.

Chapitre 25 La transmission du patrimoine génétique III – la génétique
des populations
Aucun autre être humain n’est exactement comme chacun d’entre nous et nos
caractéristiques génétiques influencent notre survie en tant qu’individu. Ces caractéristiques
influencent notre capacité à nous développer, à lutter contre des maladies, à nous reproduire
et à transmettre ces capacités à notre descendance. L’évolution d’une espèce est déterminée
par l’apparition et la disparition de certains allèles dans les populations.
Les variations génétiques en lien avec l’évolution

La diversité génétique, les différences dans les allèles des gènes présents dans la patrimoine
des individus d’une espèce donnée est la base de la sélection naturelle. L’évolution qui est
conduite par cette sélection naturelle désigne les changements qui surviennent au cours du
temps dans une entité biologique. Avec le temps, une espèce accumule des variations. Les
descendants diffèrent donc de leurs ancêtres. C’est de cette manière que des espèces
nouvelles apparaissent à partir d’espèces préexistantes.
Une façon de contrôler la manière dont les espèces changent au cours du temps est
d’examiner les changements dans les fréquences des allèles d’un gène d’une génération à
l’autre. La sélection naturelle, en favorisant les individus les mieux adaptés, c’est-à-dire ceux
qui portent certains allèles, peut provoquer des changements dans les fréquences alléliques.
Prenons l’exemple très utilisé de la longueur du cou des girafes. Si dans une population deux
allèles existent, l’allèle cou court et l’allèle cou long. L’accès aux branches des arbres sera plus
aisé pour les individus de l’espèce portant l’allèle long. Les individus avec un allèle court
survivront moins facilement et donc transmettront moins leur allèle que les individus avec
l’allèle long. Au cours du temps, progressivement, l’allèle court disparaîtra de la population
(Figure 202).
Figure 202 : Mécanisme d’évolution d’une espèce grâce à la sélection naturelle. Image issue de https://www.bu.edu
Mais la sélection naturelle n’est pas le seul élément pouvant modifier les fréquences alléliques.
C’est aussi le cas des migrations qui peuvent apporter des nouveaux allèles ou modifier la
Chapitre 25 – La transmission du patrimoine génétique III – la génétique des populations | 241

proportion des allèles existant dans une population hôte. L’apparition de mutations permet
aussi de modifier la fréquence des allèles.
L’évolution peut résulter de tout ce qui provoque un changement dans la composition
génétique d’une population. On ne peut donc pas parler de l’évolution sans envisager la
génétique des populations.
Notre premier niveau de compréhension de la diversité génétique porte sur les variations
morphologiques des êtres vivants, comme on peut les observer dans une monoculture d’un
champ de fleur où la couleur des fleurs passe du blanc au bleu en passant par des nuances de
rose et du jaune. On peut aussi l’appréhender par l’intermédiaire du groupe sanguin ABO.
Mais cette diversité dépasse largement le cadre du visible.
En effet, des analyses rigoureuses des séquences du génome humain ont fait apparaître des
différences interindividuelles s’intéressant à une seule base dans un gène donné. Ces
différences, existent dans plus de 1% de la population et se nomme « single-nucleotide
polymorphisms » ou le polymorphisme d’un seul nucléotide abrévié par SNP. Le génome
humain contient plusieurs millions de SNP. Ces modifications subtiles de la séquence des
gènes dans une population modifient tout aussi subtilement le phénotype des individus qui
constituent cette population.
Les fréquences alléliques

Très longtemps, les scientifiques se sont demandés comment, après de nombreuses
générations, la population ne finissait-elle pas par être composée uniquement d’individus
dotés du phénotype dominant ? Pourquoi la variabilité génétique subsiste-t-elle ?
Deux scientifiques, Godfrey Hardy et Wilhem Weinberg ont répondu à cette question. Ils ont
découvert que les proportions originales des génotypes dans une population restent
constantes de génération en génération à condition qu’aucune sélection ne soit exercée,
qu’aucune mutation ne survienne, qu’aucun allèle ne soit apporté dans la population à partir
d’une autre source, c’est-à-dire qu’aucune immigration ne se déroule, que la population soit
grande et que les fécondations s’y déroulent de façon aléatoire. Dans ce cas, les génotypes
sont dits en équilibre de Hardy-Weinberg.
En terme algébrique, l’équilibre de Hardy-Weinberg s’écrit sous la forme d’une équation.
Prenons un échantillon de 100 chats d’une population. Quatre-vingt-quatre sont noirs et 16
sont blancs où l’allèle blanc est récessif. On peut donc aisément calculer la fréquence des
phénotypes qui est de 84% et de 16%. Sur base de ces fréquences de phénotype, comment
peut-on déduire la fréquence des génotypes ?
Si l’allèle blanc est récessif, cela signifie que les chats blancs sont homozygotes récessifs et
que les chats noirs sont soit homozygotes dominants, soit hétérozygotes. Sur cette base, il est
possible de calculer la fréquence des allèles dans la population. Désignons par p la fréquence
de l’allèle dominant et par q la fréquence de l’allèle récessif. Puisqu’il n’y a que deux allèles,
la somme de ces deux fréquences représente la fréquence de tous les allèles, soit 100% ou 1
(Figure 203).
En outre, avec le même raisonnement, on sait que la somme des 3 fréquences des génotypes
doit aussi être égale à 1 puisque cette somme représente 100% des génotypes possibles.
Si la fréquence de l’allèle dominant est p, alors la probabilité qu’un individu porte deux fois
l’allèle dominant est de p.p soit p2. Le même raisonnement peut être appliqué pour les
individus homozygotes récessifs. La probabilité de ce génotype est le produit des fréquences
des allèles récessifs, soit q.q = q2.

Figure 203 : Détermination des fréquences alléliques et phénotypiques d’une population à l’équilibre de Hardy-Weinberg.
Qu’en est-il de la probabilité qu’un individu soit hétérozygote ? Cela peut se produire de deux
façons, soit il reçoit un allèle dominant de son père et un allèle récessif de sa mère, soit
l’inverse. La probabilité du premier évènement est calculée par p.q et celle du second
évènement par q.p. puisque dans les deux cas, le résultat est identique, la probabilité d’être
hétérozygote correspond à la somme des probabilités individuelles, soit 2.p.q.
Si une population est à l’équilibre de Hardy-Weinberg, il est possible d’écrire le
développement binomial suivant :
(" + $)! = "! + 2"$ + $!
Grâce à cet équilibre, il est aussi possible de prédire les fréquences dans les générations
suivantes puisque les fréquences des allèles sont également les fréquences des gamètes dans
la population. Si on respecte les conditions de l’équilibre de Hardy-Weinberg, les
accouplements dans une population se font au hasard. Chaque parent potentiel a donc 60%
de chance de donner l’allèle dominant et 40% de chance de donner l’allèle récessif. Dans ce
cas, on constate que les fréquences des phénotypes, celle des génotypes et donc celle des
allèles se maintiennent constante de génération en génération.
Cet équilibre de Hardy-Weinberg est donc un outil qui permet de prouver le processus évolutif
puisque si une des 5 conditions énumérées plus tôt ne se vérifie pas, l’équilibre sera rompu et
les fréquences changeront au fil des générations. Le déséquilibre pourrait provenir, par
exemple, d’un afflux extérieur d’individus homozygotes dominants ou de la fuite des individus
hétérozygotes. Mais aussi d’une sélection naturelle qui favoriserait les homozygotes, ou
encore des accouplements sélectifs produisant une descendance identique aux parents. Mais
cela reste à l’état d’hypothèses. D’autres raisons peuvent aussi expliquer les modifications de
l’équilibre de Hardy-Weinberg.
L’effet fondateur
La première est l’effet fondateur, il s’agit d’une forme particulière de migration. Dans ce cas,
une population ne modifie pas une autre mais en crée une nouvelle en colonisant un nouveau
territoire. Il est probable que les colons ne possèdent pas l’ensemble des allèles présents dans
la population dont ils proviennent. Ainsi certains allèles peuvent être perdus et la fréquence
des autres profondément modifiée. Des allèles rares dans la population d’origine peuvent
même devenir une fraction significative des allèles de la nouvelle population. Ce phénomène

n’est pas rare dans la nature. Le transport d’une graine d’une plante, d’une île à une autre où
la plante n’était pas présente, par un oiseau par exemple, peut constituer une nouvelle
population génétiquement différente de celle d’origine. Cet effet fondateur est également
valable pour les populations humaines. Citons l’exemple de la porphyrie variegata, une
maladie génétique autosomale dominante et liée à la biosynthèse de l’hème, qui s’exprime
principalement par des lésions cutanées en raison d’une surcharge en fer. Son apparition en
Afrique du Sud résulte d’un effet fondateur lié aux colons Hollandais du 17ème siècle.
L’effet « bottle neck »
Une seconde raison permettant d’expliquer le non-respect de l’équilibre de Hardy-Weinberg
est l’effet « bottle neck » ou goulot d’étranglement. Cet effet est le résultat d’une réduction
subite et importante du nombre d’individus dans une population. Il peut s’agir du résultat
d’une catastrophe naturelle ou du départ massif d’une large proportion de la population.
L’échantillon survivant de la population d’origine peut ne pas être le reflet de la variété
génétique originelle. C’est pourtant à partir de ce dernier que la nouvelle population se
reconstitue avec des fréquences alléliques très différentes. Ce sont des effets de ce type qui
ont jalonné l’évolution humaine. Chacun de ces étranglements a réduit transitoirement la
diversité génétique des espèces.
La sélection
Certains individus laissent derrière eux une descendance plus abondante que d’autres
individus. Ce rendement est le résultat d’une sélection. Elle peut être artificielle lorsque
l’humain choisi les individus à hybrider en raison de caractéristiques précises pour obtenir
certaines races de chiens, de chats, de variétés de fruits. Mais elle peut aussi être naturelle
lorsque ce sont les conditions de l’environnement qui déterminent qui sont les individus les
plus aptes à survivre et à se reproduire.
L’évolution par sélection naturelle survient lorsque qu’il y a une diversité, une certaine
variation entre les individus d’une population. Elle opère en favorisant les individus qui
possèdent certains critères mieux adaptés à l’environnement. Si cette variation n’existait pas,
la sélection naturelle ne pourrait pas s’exercer. Cette variation interindividuelle dans une
population mène à des descendances dont l’abondance est différente. A cause de leurs
caractéristiques, de leur comportement, certains individus ont plus de succès que d’autres
dans la reproduction. Si ces caractéristiques sont d’ordre génétique, elles sont transmises à la
descendance.
La sélection naturelle est donc le processus par lequel l’évolution a lieu. La sélection naturelle
peut participer à l’évolution par plusieurs biais dont nous allons en décrire certains. Le premier
est l’évitement de la prédation. On le constate avec le phalène du bouleau dont deux variants
existent, un papillon aux ailes blanches et un aux ailes noires. Ce papillon vit sur le tronc de
bouleau, des arbres au tronc blanc. En raison de leur visibilité accrue, les phalènes noirs sont
plus fréquemment mangés par les prédateurs, des oiseaux, que les phalènes blancs. Puisque
les phalènes noirs sont plus souvent mangés, ils sont moins abondants et moins efficaces pour
se reproduire. De ce fait, l’allèle noir est moins transmis aux générations suivantes. On peut
d’ailleurs observer sur une carte la fréquence des formes de phalène distribuée sur le
territoire du Royaume-Uni en 1830 (Figure 204). La majorité, si pas la totalité des papillons est
de forme blanche. Durant le 19ème siècle et la première moitié du 20ème siècle certaines régions
du Royaume-Uni se sont fortement industrialisées avec l’usage du charbon comme source
d’énergie. Ces industries ont donc libéré dans l’atmosphère de nombreuses particules de suie
qui ont coloré le tronc des bouleau. Il en résulte une inversion complète de la sélection par

prédation. Les variants noirs du papillon présentent maintenant un phénotype avantageux car
ce sont eux qui sont invisibles aux prédateurs.
Figure 204 : Distribution des variants de Phalène sur le territoire du Royaume-Uni en 1830 et en 1950.
Le résultat de ce nouvel avantage phénotypique est une inversion des rapports alléliques dans
les régions industrialisées. L’allèle carbonaria, c’est-à-dire l’allèle noir quasiment absent avant
1850 prend l’ascendant jusqu’à être l’allèle majoritaire dans la première moitié du 20ème siècle.
Un autre exemple particulièrement éloquent de sélection est celui fourni par la résistance
d’organismes à des agents toxiques comme les pesticides ou les antibiotiques. Dans l’exemple
de la résistance aux antibiotiques, on peut imaginer que la population naïve de bactéries
ciblées, c’est-à-dire qui n’a pas encore été exposée à l’agent toxique, était constituée de
variants sensibles et d’autres insensibles à l’antibiotiques. Il s’agit de variants génétiques
apparus à l’occasion de mutations aléatoires. Ces variants résistants, puisque produits au
hasard, sont moins fréquents que les variants sensibles. Bien entendu, les souches résistantes
aux antibiotiques ne sont pas complètement résistantes. Il s’agit d’une fonction de dose. Dans
ce contexte, à une concentration donnée en antibiotique, certaines cellules meurent et
d’autres survivent. Mais si la concentration en antibiotique est suffisante, toutes les bactéries
meurent. Cependant, chez le patient, la dose d’antibiotique administrée ne peut pas dépasser
certaines limites pour des raisons de toxicité. Si la concentration en antibiotique appliquée est
insuffisante pour détruire les bactéries résistantes, celles-ci vont perdurer dans l’organisme
et, grâce à l’effet « bottle neck », régénérer une population neuve avec des propriétés de
résistance accrue par rapport à la population d’origine.
Nous avons vu dans le chapitre consacré à la génétique que la couleur de la peau humaine
était un caractère continu en raison de la dominance incomplète des 3 gènes qui la code et de
l’existence pour chacun d’entre eux de 2 allèles différents. Cependant, nous savons tous que
la distribution des phénotypes de couleur de peau dépend de la latitude à laquelle on fait
l’observation. Il s’agit d’une sélection par l’environnement. Les peaux sombres sont plus

fréquemment retrouvées dans les régions intertropicales et les peaux claires plus fréquentes
lorsqu’on se rapproche des pôles. Cette distribution est corrélée avec le niveau
d’ensoleillement de la planète. La peau noire est un avantage sélectif dans les régions très
ensoleillées puisqu’elle protège les folates de la dégradation par les UV-A. Cette photolyse
induit une carence en vitamine B9 cruciale pour le développement embryonnaire. Par contre,
la peau claire est un avantage sélectif dans les régions peu ensoleillées. Elle permet d’accroître
la synthèse cutanée de vitamine D grâce au rayonnement UV. La carence en vitamine D peut
entrainer le rachitisme, une maladie de la croissance et de l’ossification.
La spéciation
Nous venons d’expliquer comment la variété génétique pouvait être maintenue et modifiée
dans de nouvelles populations. Cependant, cela n’explique pas l’apparition de nouvelles
espèces. Une question ancienne est : Comment une espèce ancestrale peut-elle donner
naissance à une espèce dérivée ? La notion d’espèce peut être définie par la notion
d’isolement de reproduction, nous l’avons suggéré lors du tout premier chapitre. Deux
individus de sexe opposés appartiennent à la même espèce s’ils sont interféconds et si leur
descendance est fertile.
L’apparition d’une nouvelle espèce est la spéciation. Si elles disposent de suffisamment de
temps, deux populations isolées divergeront en raison d’une dérive génétique, de l’apparition
de mutations aléatoires. Cette divergence aléatoire peut être responsable de l’isolement
reproducteur et la spéciation se développera. A l’inverse de ce que l’on pense généralement,
la spéciation ne donne pas naissance à une nouvelle espèce mais à deux nouvelles espèces
puisque les deux populations isolées divergent l’une de l’autre mais aussi de la population
originelle où elles n’étaient pas isolées. Par exemple, les ours actuels, qu’ils soient bruns,
blancs ou noirs, sont des espèces différentes. L’ours brun et l’ours blanc descendent d’un
ancêtre commun qui n’était ni un ours brun ni un ours blanc. Cet ancêtre commun aux ours
bruns et blancs avait un ancêtre commun avec les ours noirs actuels. Cet ancêtre n’était pas
non plus un ours noir.
L’isolement reproductif n’est pas nécessairement lié à une modification profonde du
patrimoine génétique, il peut parfois s’agir simplement d’une adaptation à l’environnement
qui modifie le comportement ou la morphologie. Par exemple, l’Anolis est un lézard qui utilise
une expansion cutanée colorée, le fanon, pour sa parade nuptiale. Ce lézard peut se retrouver
dans deux environnements différents. Les environnements clairs et ouverts ou les
environnements plus sombres. Les Anolis du premier environnement disposent d’un fanon de
couleur rouge alors que les Anolis du second environnement disposent d’un fanon de couleur
claire. Ces deux adaptations les rendent plus visibles dans leur environnement respectif pour
leur partenaire.
Il est probable que ces deux types de lézard appartenaient à la même espèce mais que deux
populations ont été isolées dans des habitats différents. Les fréquences génétiques ont été
modifiées jusqu’à faire disparaître certains allèles codant pour un fanon de couleur inefficace
dans la reproduction. L’isolement reproductif s’est bel et bien installé puisque à l’heure
actuelle les femelles d’une espèce donnée ne réagissent pas à la couleur du fanon qui ne
correspond pas à leur espèce.
La séparation géographique peut aussi être un moteur de spéciation. C’est d’ailleurs son
moteur le plus efficace. Une population qui est subitement séparée géographiquement par
un évènement, constitue deux populations qui peuvent évoluer en divergeant pour donner
des espèces différentes. Ces deux nouvelles espèces sont dites allopatriques. Cette division

géographique peut aussi être le résultat d’une immigration comme lors de l’effet fondateur.
On dit alors que ces populations sont péripatriques. A l’inverse, une spéciation sans séparation
géographique est dite sympatrique.

Chapitre 26 Les interactions entre les êtres vivants et avec leur
environnement
La question des effets de l’environnement sur la santé est une préoccupation majeure reprise
dans l’initiative one health et qui pourrait être résumée par cette phrase inspirée du célèbre
mens sana in corpore sano : un homme sain dans un environnement sain. Les crises sanitaires
récentes mettent en évidence les relations étroites et bidirectionnelles qui existent entre
l’homme et son environnement.
L’écologie est la science qui étudie les interactions des êtres vivants entre eux et avec leur
environnement. Ces interactions portent le nom d’écosystème. Tous les organismes qui vivent
ensemble dans un endroit donné font partie d’une communauté (voir page 2). Les
communautés, au fils des âges, ont été le siège d’adaptations qui leur ont donné des
caractères stables en adéquation avec leur environnement. Ces caractères peuvent être
physiologiques, morphologiques ou comportementaux et sont maintenus autour de valeurs
compatibles avec la survie des organismes, c’est le maintien de l’homéostasie.
Puisque chaque population est adaptée à un environnement particulier, aucune population
n’occupe tous les habitats de la planète. Certaines espèces disposent d’une aire de répartition
restreinte (Cyprinodon diabolis vit dans une seule source chaude des U.S.A., le Devils hole du
Nevada) alors que d’autres peuvent occuper de vastes territoires (Delphinus delphis occupe
tous les océans du globe). Les aires occupées par les populations fluctuent avec le temps. Ces
modifications peuvent être le résultat d’un changement du milieu ou du contournement d’un
habitat inadéquat pour coloniser un nouveau territoire. Bien entendu, l’activité humaine
influence les aires de répartition de nombreuses espèces soit en modifiant profondément
l’environnement, soit en agissant comme agent de dispersion. Que ce soit pour des raisons
naturelles ou anthropiques, la taille des populations évolue avec le temps.
La dynamique des populations

La dynamique d’une population est la manière dont la taille de celle-ci se modifie au cours du
temps. Elle est influencée par divers facteurs dont la répartition des individus d’une
population en fonction du genre ou de l’âge, la durée des générations, les apports extérieurs
à la population, ... En effet, le taux de croissance d’une population peut être influencé par la
proportion de chaque genre ou indice de masculinité (sex ratio). Le nombre de naissances
dans une population est directement lié au nombre de femelles, ainsi qu’au nombre de mâles
dans les espèces monogames. Un autre paramètre influençant la dynamique d’une population
est la durée des générations, c’est-à-dire l’intervalle moyen de temps entre la naissance des
individus et la naissance de la descendance. La variabilité interspécifique de ce paramètre est
en grande partie expliquée par la taille des organismes. Les espèces de petite taille présentent
souvent une durée de génération plus courte. Généralement, la taille des populations à courte
durée de générations peut s’accroître plus vite que celles qui ont une longue durée de
générations. Inversement, la durée de génération est étroitement liée à l’espérance de vie.
Dans une population, le taux de croissance r par individu peut être calculé comme étant la
différence entre le taux de naissance (b) et le taux de décès (d) dans la population. Cependant,
cette différence doit être corrigée par les entrées et sorties d’individus de cette population
par migration (immigration i ou émigration e). Le taux de croissance par individu est donc
calculé par :
( = () − +) + (, − -)
Chapitre 26 – Interactions entre les êtres vivants et avec leur environnement | 248
Il est aussi possible de définir ce taux de croissance r comme étant la variation du nombre
d’individus dans une population pour un intervalle de temps donné. Bien entendu, elle peut
être positive, si la population s’accroît, ou négative, si la population régresse.
Précisons – Dans les modèles de croissance de population, le temps peut être remplacé
par le nombre de générations puisque la durée des générations est considérée comme
constante dans une population donnée.
Sur base de ce taux de croissance par individu, deux modèles au moins peuvent être proposés
pour décrire l’évolution d’une population. Le premier est un modèle de croissance à taux
maximum et sans limite, il considère que l’immigration et l’émigration sont égales (Figure 205).
Ce modèle d’une croissance exponentielle d’une population s’écrit :
. = ." ∙ - #∙%
+.
=(∙.
+0
où N représente la taille de la population au moment t et N0 est la taille initiale de la population.

Dans ce cas, r représente le potentiel biotique de la population, sa capacité innée à croître.
La dérivée de cette équation dN/dt représente la vitesse de variation de cette population.
En suivant ce modèle, une seule bactérie de type E. coli (2 µm de long et 0,5 µm de diamètre)
dont le taux de croissance est égale à 0.01 min-1 mettrait un peu plus de quatre jours pour
coloniser l’ensemble des terres émergées de la planète et seulement 1 jour de plus pour
former une couche de 1 mètre d’épaisseur.
Figure 205 : Modèles de croissance d'une population. La courbe rouge représente le modèle de croissance exponentielle d'une
population avec un r = 1,0 par génération. La courbe bleue correspond au modèle logistique de croissance d’une population
avec un r = 1,0 par génération et une capacité maximale K=1000 individus.
On se rend compte qu’un tel modèle de croissance exponentielle n’a pas de réalité biologique,
du moins sur toute la durée de vie de la population. En effet, au début de la colonisation du
milieu par la population, si les conditions environnementales sont suffisamment favorables
(richesse en ressources, absence de prédateurs, …) celle-ci se développe de façon
exponentielle. Cependant, la vitesse de croissance de la population finit par atteindre une
limite imposée par la raréfaction des ressources ou la limitation de l’espace. La population se
stabilise alors à un certain niveau correspondant à la capacité limite de l’habitat représentée
par K, le nombre maximum d’individus que le milieu peut supporter. Lorsqu’une population
s’approche de la capacité limite de l’habitat, sa croissance ralentit (Figure 205). Ce modèle de
croissance logistique ou sigmoïde s’écrit :
."
.=1∙
(1 − ." ) ∙ exp(−( ∙ 0) + .&
+. 1−.
=(∙.∙< =
+0 1
On note que la vitesse de variation dN/dt de la population suivant le modèle logistique est
égale à celle du modèle exponentielle corrigée par une fraction représentant la fraction de K
encore inutilisée. Plus N augmente, plus cette fraction devient petite et ralentit la croissance
de la population. A l’extrême, si N dépasse K, la fraction devient négative, ce qui entraîne la
réduction de la population.
Précisons – Les modèles décrits ci-dessous sont des modèles descriptifs et non
mécanistiques. Ils décrivent empiriquement des observations mais n’apportent aucune
informations sur les mécanismes de contrôle. En conséquence, ils sont peu adaptés aux
prédictions.
Dans certains cas, la correspondance entre les modèles de croissance et la croissance effective
d’une population n’est pas parfaite. Différents facteurs participent à cette différence. Il peut
s’agir de la densité de la population lorsque le taux de reproduction, le taux de décès ou les
deux sont affectés par la taille de la population. Les perturbations de l’environnement ou les
catastrophes sont, quant à elles, des effets indépendants de la densité de la population.
Certaines populations sont en dehors d’un équilibre et évoluent cycliquement. C’est par
exemple le cas lorsque la taille d’une population dépend d’une ressource alimentaire non
constante ou est soumise à la prédation. Enfin, la disponibilité des ressources peut influencer
les adaptations du cycle vital. Lorsque les ressources sont limitées, le coût de la reproduction
peut être très élevé. Par conséquent, la sélection favorisera plus drastiquement les individus
les plus compétitifs dans l’utilisation des ressources disponibles. Il en résulte une réduction
du taux de reproduction. Ces populations sont désignées comme « sélectionnées pour K »
puisqu’elles sont aptes à prospérer à proximité de la capacité limite de l’habitat. A l’inverse,
lorsque les ressources sont très abondantes, le prix de la reproduction sera faible et la
sélection se fera vis-à-vis des individus capables de se reproduire avec une descendance
nombreuse. Ces populations sont appelées « sélectionnées pour r ». La majorité des
populations naturelles peuvent adapter leur cycle vital pour osciller entre ces deux extrêmes.
La croissance de la population humaine
L’espèce Humaine est vraisemblablement de type « sélectionnée pour K » puisque ses portées
sont de petites tailles, la reproduction est tardive dans la vie des individus, et les petits font
l’objet de soins très longtemps. Pendant la majorité de l’histoire de notre espèce, la taille de
nos populations a été contrôlée par la disponibilité des ressources et sa croissance a été très
lente. Il y a 12000 ans, au début du néolithique, la population humaine de la Terre devait être
de l’ordre de 2 millions d’individus. Cette population s’est accrue progressivement jusqu’il y a
2000 ans. Elle était alors de l’ordre de 130 millions d’individus (Figure 206). En 1492, à la fin
du moyen-âge, la population s’élevait à 460 millions d’individus. Cette croissance lente
ressemble à celle d’espèces « sélectionnées pour K ».
Figure 206 : Evolution démographique de la population humaine au cours des âges.
Dès le début du 18ème siècle, les évolutions technologiques ont permis à l’Humain de mieux
contrôler la disponibilité des ressources alimentaires et de mieux soigner bon nombre de
maladies. Ces évolutions ont permis d’accroître la capacité limite de leur habitat. La croissance
logistique initiale de la population est donc à nouveau entrée dans la phase de croissance
exponentielle d’une nouvelle courbe logistique. Sans contrainte environnementale, la
croissance de la population humaine a donc explosé durant les 300 dernières années. A ce
rythme de croissance, la population humaine devrait atteindre 11 milliards d’individus en
2100 4 et doubler en moins d’un siècle avec éventuellement des conséquences graves sur
notre avenir. En effet, l’écosystème mondial est d’ores et déjà soumis à des tensions
considérables, nous ne pouvons donc pas espérer encore élargir sa capacité limite.
La capacité limite de la Terre
Les spéculations sur la capacité limite de Terre remontent au 17ème siècle. A ce jour, une
centaine d’études ont tenté d’estimer cette capacité limite et les résultats varient de 5.105 à
1021 individus (!). Ces estimations reposent sur des méthodes très différentes, tenant compte
ou non de la surface habitable, des ressources alimentaires ou en eau. Les méthodes les plus
sophistiquées tiennent compte de l’interdépendance des ressources et de la dynamique des
écosystèmes. La majorité des études sérieuses place la limite entre 8 et 16 milliards d’Humains.
En 1971, le chimiste Tyler Miller Jr écrivait : “Three hundred trout are needed to support one
man for a year. The trout, in turn, must consume 90 000 frogs, that must consume 27 million
grasshoppers that live off of 1 000 tons of grass” … à méditer.
La dynamique des écosystèmes

Un écosystème comprend à la fois l’ensemble des organismes vivant à un endroit particulier
et l’environnement abiotique de cet endroit. Cette interaction entre le vivant et le non vivant
est dynamique et implique des transformations de matière et d’énergie. En effet, les atomes
qui composent la matière gardent leur intégrité au cours des temps mais se retrouvent dans
de nouveaux composés grâce aux cycles biogéochimiques. L’énergie, quant à elle, obéit aux
principes de la thermodynamique (voir page 12) même à l’échelle écosystémique.
4
Estimation de l’Organisation des Nations Unies.
Le cycle du carbone
Le carbone est l’élément principal constituant les organismes vivants et le CO2 en est la forme
la plus dynamique au travers des écosystèmes. Il est présent sous cette forme dans
l’atmosphère ou sous la forme d’ions carbonates (HCO3-) dans les milieux aquatiques (Figure
207).
Figure 207 : Représentation schématique du cycle biogéochimique du carbone. Les flèches jaunes symbolisent les transferts
de matières au travers de la chaîne alimentaire.
Dans le cycle du carbone, le carbone atmosphérique est fixé par les organismes
photosynthétiques (voir page 100). Ils utilisent le CO2 comme molécule donneuse de carbone
pour la synthèse de molécules organiques carbonées. Les hétérotrophes édifient leurs propres
molécules carbonées, directement ou indirectement, sur la base des molécules carbonées des
autotrophes. Tous les organismes vivants génèrent leur énergie chimique par l’intermédiaire
de la respiration (voir page 86) qui oxyde des molécules carbonées en CO2 remis à la
disposition des autotrophes photosynthétiques. L’activité humaine est également productrice
de CO2 via la combustion de molécules carbonées telles que les carburants fossiles ou les
matières organiques. Le cycle du carbone est une démonstration du couplage de la respiration
et de la photosynthèse au travers d’un écosystème. Au-delà de ce couplage, les archées
peuvent dégrader des composés organiques et produire du méthane (voir page 63). Cette
forme moléculaire de carbone peut être oxydée en CO2 par l’activité humaine ou par une voie
abiotique.
Le cycle de l’azote
L’azote élémentaire est un constituant de toutes les protéines et de tous les acides nucléiques.
Paradoxalement, l’azote est l’élément le moins disponible dans les écosystèmes alors qu’il
représente plus de 75% du volume atmosphérique.
Figure 208 : Représentation schématique du cycle biogéochimique de l'azote. Les flèches jaunes symbolisent les transferts de
matières au travers de la chaîne alimentaire.
Ce paradoxe est dû à la forme moléculaire de l’azote atmosphérique, du diazote gazeux N2,

que l’immense majorité des organismes est incapable d’utiliser. Pour les animaux, la source
efficace d’azote se trouve dans les composés organiques azotés de l’alimentation et donc
fabriqués par d’autres êtres vivants. Pour les autotrophes, les sources fréquentes d’azotes
sont l’ammoniac (NH3) et les ions nitrates (NO3-). Seuls certains microorganismes dits
nitrifiants (voir page 70), ont la capacité de transformer l’azote atmosphérique en ammoniac
puis en ions nitrates, le rendant ainsi disponible pour les autotrophes, et au travers eux pour
les hétérotrophes. La réduction enzymatique du N2 en NH3 est la fixation de l’azote et est
catalysée par une enzyme appelée nitrogénase. Cette réaction est très endergonique :
N2 + 16 ATP + 8 H+ + 8 é à 2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi
La production de nitrate à partir d’ammoniac est la nitrification. Le NH3 est tout d’abord oxydé
en ions nitrites (NO2-) qui sont à leur tour oxydés en ions nitrates.
NH3 + O2 àNO2- + 3 H+ + 2 é
NO2- + H2O à NO3- + 2 H+ + 2 é
Ces deux réactions sont réalisées par des espèces différentes vivant dans un symbiose
particulière appelée syntrophie. A l’inverse, d’autres microorganismes transforment le NH3 et
le NO3- en N2 le rendant ainsi indisponible, c’est la dénitrification.
Lorsqu’ils décomposent des molécules azotées, telles que des protéines ou des acides
nucléiques, les animaux excrètent l’azote sous la forme d’ammoniac qui alimente le cycle de
l’azote. Les mammifères, quant à eux, excrètent l’azote sous la forme d’urée qui peut être
convertie en ammoniac par de nombreux microorganismes.
Une fois encore, l’activité humaine perturbe le cycle de l’azote par la conversion industrielle
de l’azote atmosphérique en sels d’ammonium (NH4+) destinés à l’agriculture.
L’impact de la perturbation du cycle de l’azote sur la santé humaine
Au-delà des effets écologiques, comme l’eutrophisation, produits par la perturbation
anthropique du cycle de l’azote, celle-ci peut également entraîner des conséquences sur la
santé humaine. En effet, les nitrites ingérés peuvent subir une nitrosation sous l’effet de
l’acidité gastrique et de la présence de composés aminés. Cette réaction produit des
composés nitroso- c’est-à-dire portant la fonction chimique R-NO, les nitrosamines. La
formation de ces molécules dans le système digestif accroît le risque de cancer du côlon, de
l’œsophage ou de l’estomac.
Index alphabétique
A B
Acétyl-CoA · 90 Ballotement · 134
Acétyltransférase · 122 Base azotée · 33
Acide aminé · 31 Bicaténaire · 40
Acide désoxyribonucléique · Voir ADN Bicouche phospholipidique · 45
Acide nucléique Bile · 221
ADN · 39 Biosphère · 3
ADN super-enroulé · 110 Blastocyste · 184
ARN · 36 Blastomère · 189
ARN catalytique · 36, 48 Blastula · 189
extrémité 3' · 37 Boîte
extrémité 5' · 37 -35 · 117
structure hélicoïdale · 108 pribnow · 117
U-ADN · 57 TATA · 117
Acide ribonucléique · Voir ARN Bottle neck · Voir Goulot d'étranglement
Acrosome · 187 Brin
Actine · 71 codant · 115
Adhésion cellulaire · 217 continu · 146
ADN ligase · 147 discontinu · 147
ADN polymérase · 143 matrice · 115
I · 147
II · 144
III · 144, 146 C
ADN primase · 145
Aérobie · 75 Cadre de lecture · 126
Aire de répartition · 249 Cal · 216
Albumen · 216 Canal protéique · 55
Allèle · 229 Capacité limite de l'habitat · 251
Allopatrique · 248 Capacité thermique · 25
Aminoacyle-ARNt · 131 Capside · 65
Aminoacyle-ARNt synthétase · 131 Caractère
Amorce · 145 polygénique · 234
Amphiphile · 45 Caractères
Amylase dépendants · 231
pancréatique · 222 indépendants · 231
salivaire · 220 Cardiolipine · 77
Anaérobie · 75 Carré de Punnett · 230
Anaphase promoting complex · 171 Cartographie génétique · 239
Ancêtre commun · 20 Caryotype · 161
Anomère · 30 Caspase · 173
Anticodon · 131 Cdc25 · 170
Antiparallèle · 40 Cellule · 3
Apoptose · 172 différenciée · 183
Apoptosome · 173 progénitrice · 183
Appareil de Golgi · 70 souche · 183
Arbre de Noël · 115 Cellule compagne · 210
Arbre généalogique · Voir Pédigrée Centriole · 153
ARN polymérase Centromère · 157
I · 116 Centrosome · 153
II · 116 Chaîne respiratoire · 91
III · 116 Chaleur spécifique · Voir Capacité thermique
Ascendance commune · 20 Chaperone · 136
Atome · 2, 4 Checkpoint · 169
ATP · 86 Chimiosmose · 93, 100
ATPase · 55 Chirale · 11
Autophagie · 82 Chlorophylle · 97
autophagosome · 82 Chloroplaste · 75
grana · 78
Index | 255
stroma · 78 Détermination · 184
thylakoïde · 78 Dictyosome · 75
Christmas tree · Voir Arbre de Noël Différenciation · 184
Chromatide Diffraction de rayons X · 108
soeur · 157 Diffusion · 52
Chromatine · 111 facilitée · 54
euchromatine · 111 Dihybridisme · 230
hétérochromatine · 111 Diploïde · 175
Chromosome · 111, 156 Division
homologue · 177 binaire · 62
kinétochore · 158 équationnelle · 180
sexuel · 236 méiose · 175
Clade · 15 mitose · 156
Cladistique · 202 anaphase · 159
Clathrine · 84 cytodiérèse · 161
Clonage · 195 métaphase · 159
Coacervat · 47 prométaphase · 158
Code prophase · 156
génétique · 127 télophase · 160
dégénéré · 128 réductionnelle · 177
universel · 128 Dogme central · 114
histone · 122 Dolly · 195
Codon · 126 Domaine
de terminaison · 128 transmembranaire · 50
initiateur · 128 Dominance · 227
Coelacanthe · 203 codominance · 233
Coiffe ARN · 121 incomplète · 233
Collenchyme · 209
Coloration de Gram
négatif · 60 E
positif · 60
Comète · Voir météorite Eau · 23
Commensalisme · 62 Ecosystème · 3, 249
Communauté · 3 Ectoblaste · 192
Compensation de dose · 238 Ectoderme · 184
Complément d'ADN · 176 Effet fondateur · 244
Complémentaire · 40 Electron · 4
Complexe d'initiation de valence · 6
de la traduction · 132 Electronégativité · 6
de la transcription · 119 Elément de réponse · 119
Complexe synaptonémique · 177 amplificateur · 120
Conjugaison · 61 répresseur · 120
Corpuscule de Barr · 196, 238 Eléments criblés · 210
Correction sur épreuve · 149 Eléments de vaisseaux · 210
Croisement de contrôle · 228 Embryoblaste · 190
Croissance Embryon
exponentielle · 250 didermique · 191
logistique · 251 tridermique · 191
Crossing-over · 178 Emergence · 1
Cycle biogéochimique · 253 Endocytose · 70, 83
Cycle de Calvin · 97 médiée par récepteur · 84
Cycle de Krebs · 90 phagocytose · 83
Cyclin-dependent kinase · 165 pinocytose · 83
Cycline · 165 Endoderme · 184
Cytochrome Endosome · 83
P450 · 80 Endospore · 63
Cytosol · 73 Enthalpie
de vaporisation · 25
Enveloppe nucléaire · 70
D Eon
Hadéen · 23
Darwin · 19 Epiblaste · 191
Décarboxylation oxydative · 90 Epissage · 124
Index | 256
alternatif · 125 aminé · 31
Epistasie · 235 cyclisation · 30
Equilibre de Hardy-Weinberg · 243 déoxy · 31, 39
Espace périvitellin · 188 phosphorylé · 31
Espèce · 3 ribose · 37
Espèce réactive de l'oxygène · 95 polysaccharide · 42
Eucaryote · 70 amylopectine · 42
Evolution · 14 amylose · 42
Exocytose · 84 cellulose · 43
Exon · 113 chitine · 43
Exonucléase · 147 dextrane · 43
Expérience glycogène · 42
d'Oparin · 47 glycosaminoglycane · 43
de Avery, MacLeod et McCarty · 106 Glycolyse · 87
de Crick, Brenner et Barnett · 126 Glycosylation · 81
de Griffith · 105 Goulot d'étranglement · 245
de Hershey, Chase · 106 Gradient · 52
de Koelreuter · 226 de concentration · 49
de Masui et Markert · 164 Granulosa · 187
de Meselson et Stahl · 142 Groupe fonctionnel
de Miller et Urey · 27 aldéhyde · 9
de Morgan · 236 amine · 9
de Rao et Johnson · 167 carbonyle · 9
de Rusch · 164 carboxyle · 9
de Smith et Ecker · 164 cétone · 9
de Szostak · 48 hydroxyle · 9
de Weismann · 18 méthyle · 10
phosphate · 9
sulfhydryle · 9
F thiol · Voir sulfhydryle
Groupe sanguin ABO · 233
Facteur de transcription · 116
facteur sigma · 116
général · 118 H
Fermentation · 94
Ferrédoxine · 98 Haploïde · 175
Feuillet embryonnaire · 193 Hélicase · 145
Filaments intermédiaires · 72 Hétérozygote · 229
Flagelle · 60 Histone · 111
Fourche de réplication · 145 Histone déacétylase · 122
Fragment d'Okazaki · 147 Homéostasie · 249
Frame shift · 127 Homologie · 14
Homozygote · 229
Hydrophile · 24
G Hydrophobe · 24
Hypoblaste · 191
Gamétophyte · 211 Hypothèse · 3
Gastrula · 191 endosymbiotique · 70
Gène · 112
Génophore · 61
Génotype · 229 I
Glande
exocrine · 219 Ilot CpG · 123
Globule polaire · 186 Implantation · 190
Glucide · 40 Imprégnation · 188
aldose · 28 Index mitotique · 161
cétose · 28 Indice de masculinité · 249
disaccharide · 41 Induction · 194
isomaltose · 41 Inosine · 134
lactose · 41 Intron · 113
maltose · 41 Ion · 5
saccharose · 41 Ionisation · 8
monosaccharide · 28 Isomère · 10
Index | 257
cis-trans · 35 Membrane
de constitution · 10 plasmique · 49
stéréoisomère · 10 Méristème · 209
Isotope · 5 Mérozoïte · 206
Mésoblaste · 192
Mésoderme · 184
J Métazoaires · 207
Météorite · 23
Jonctions cellulaires · 218 du lac Tagish · 26
Méthyltransférase · 123
Microfilaments · 71
Microtubule · 153
K astral · 159
fuseau mitotique · 157
Kératine · 73 kinétochorien · 158
Kinase · 88 polaire · 159
Mitochondrie · 75
crête · 77
L espace intermembranaire · 76
matrice · 76
Lamarck · 18 Molécule · 2
Lame nucléaire · 72 macromolécule · 3
Lamine · 73 Moment dipolaire · 7
Latence · 66 Monde ARN · 36
Leptotène · 177 Monde lipidique · 48
Liaison Monde RNP · 37
chimique · 6 Monocaténaire · 40
covalente · 6 Monohybridisme · 226
apolaire · 6 Morula · 189
polaire · 6 Mosaïque fluide · 50
de Van der Waals · 7 M-phase promoting factor · 157, 164
hydrogène · 7 Multicellulaire · 201
ionique · 6 Multipotence · 184
osidique · 41 Mutation · 151
peptidique · 38 délétion · 152
phosphodiester · 36 faux sens · 152
phosphoester · 34 frameshift · 152
Ligne primitive · 192 insertion · 152
Lignée pure · 226 non-sens · 152
Lignine · 209 silencieuse · 151
Lipase Mutualisme · 62
linguale · 220
Lipide
acide gras · 34, 44 N
insaturé · 34
saturé · 34 Na+,K+ ATPase · 219
acylglycérol · 44 Nécrose · 172
cholestérol · 46 Neutron · 4
phospholipide · 45 Nitrosation · 255
stérol · 46 Noeud de Hensen · 193
triacylglycérol · 44 Non-disjonction chromosomique · 181
Lipopolysaccharide · 60 Noyau · 70, 72
Locus · 229 Nucléoïde · 61
Loi de Chargaff · 108 Nucléole · 115
LUCA · 58, 65 Nucléon · 4
Lyse osmotique · 54 nombre de masse · 4
Lysosome · 75, 81 Nucléoplasme · 72
Lysozyme · 220 Nucléosome · 111
Nucléotides · 34
M
Mélange racémique · 11
Index | 258
Pore nucléaire · 72
O Potentiel biotique · 250
Pression osmotique · 52
Octet Prix Nobel
règle de · 6 Albrecht Kossel · 108
Open reading frame · Voir Cadre de lecture Christian de Duve · 81
Opéron · 113 Jack Szostak · 48
Orbitale · 4 John Gurdon, Shinya Yamanaka · 197
Organe · 3 Kary Mullis · 150
Organisme · 3 Niels Bohr · 4
Organites · 3 Thomas Morgan · 241
Origine de réplication · 145 Watson, Crick et Wilkins · 108
Osmolarité · 53 Yoshinori Ohsumi · 82
Osmose · 54 Procaryote
Ovocyte · 186 archée · 63
Ovogonie · 186 eubactérie · 59
Promoteur · 112, 116
basal · 117
P Pronucléus · 188
Proofreading · Voir Correction sur épreuve
Paludisme · 182 Protéasome · 139
Parasitisme · 62 Protéine · 38
Parenchyme · 209 adressage · 136
Paroi dénaturation · 135
peptidoglycane · 59 extrémité amino terminale · 38
Parthénogenèse · 238 extrémité carboxy terminale · 38
Pédigrée · 230 forme native · 136
Pepsine · 221 motrice · 154
Peptide signal · 138 p53 · 169
particule de reconnaissance · 138 pRb · 168
Peptidyle-transférase · 132 repliement · 135
Péripatrique · 248 structure
Perméabilité sélective · 51 primaire · 38
Phagosome · 84 quaternaire · 39
Phénotype · 230 secondaire · 38
Phéophitine · 98 tertiaire · 38
Phloème · 210 Protocellule · 47, 48
Phosphorylation · 87 Proton · 4
au niveau du substrat · 90 numéro atomique · 4
oxydative · 92 Proto-oncogène · 171
Photolyse de l'eau · 99 Pyrophosphate · 131
Photosynthèse · 97 Pyruvate · 88
Photosystème · 97
Phylloquinone · 98
Phylogénie · 202 Q
Pilus · 62
Plasmide · 61 Queue polyA · Voir Polyadénylation
Plasmodesmes · 210
Plasmodium · 182, 205
Plasmolyse · 54
Plastocyanine · 98
R
Plastoquinone · 98
Ploïdie · 175 Réaction
Pluripotence · 184 de condensation · 12, 41
Point de restriction · 169 de Fenton · 96
Pôle endergonique · 11
apical · 218 exergonique · 11
basolatéral · 218 Récessif · 227
Polyadénylation · 122 Recombinaison
Polymère · 42 interchromosomique 1 · 179
Polymorphisme · 243 interchromosomique 2 · 180
Pompe à protons · 81 intrachromosomique · 178
Population · 3 Réplication · 62
semi-conservative · 143
Index | 259
Réplisome · 148 Translocation · 72
Respiration cellulaire · 86 du ribosome · 134
Réticulum endoplasmique · 70 Translocon · 138
lisse · 73, 80 Transporteur · 55
rugueux · 73, 80 actif · 55
Ribosome antiport · 56
polysome · 134 cotransporteur · 55
Ribozyme · Voir ARN catalytique passif · 55
ROS · Voir Espèce réactive de l'oxygène pompe · 55
symport · 56
uniport · 55
S Trisomie · 181
Trompe de Fallope · 190
Salive · 219 Trophoblaste · 190
Sarcoptérygiens · 203 Trophozoïte · 204
Sclérenchyme · 209 Tropisme · 66
Second messager · 194 Tunique digestive · 218
Sélection naturelle · 242
Séquence de localisation nucléaire · 136
Sex ratio · Voir incide de masculinité U
Signal peptidase · 138
Sillons de l'ADN · 109 Ubiquitine · 139
SNP · Voir polymorphisme Unipotence · 184
Soluté · 52 Unité télomérique · 148
Spéciation · 247
Spermatocyte · 185
Spermatogenèse · 185 V
Spermatogonie · 185
Spliceosome · 124 Vimentine · 73
Sporophyte · 211 Virion · 65
Sporozoïte · 205 Virus · 65
Suppresseur de tumeur · 171 adsorption · 67
Symbiose · 62 bactériophage · 66, 106
Sympatrique · 248 cycle · 66
Synapsis · 177 décapsidation · 67
Système · 3 enveloppé · 66
pénétration · 67
provirus · 68
T réplication · 67
rétrovirus · 66, 68
Taxons · 202 varicelle et zona · 68
Télomérase · 37, 58, 149
Télomère · 148
Température W
d'ébullition · 26
Test-cross · Voir Croisement de contrôle Wobble · Voir Ballotement
Tétrade · 177
Tétrapodes · 203
Théorie
cellulaire · 2
X
de la récapitulation · 17
endosymbiotique · 75, 77, 78 Xénobiotique · 80
sélection naturelle · 19 Xylème · 209
transformisme · 19
Tissu · 3
conjonctif · 217 Z
épithélial · 217
Totipotence · 184 Zone pellucide · 187
Trachéides · 209 Zwitterion · 33
Transcriptase inverse · 39, 58, 68 Zygote · 175, 189
Transcription · 112 Zygotène · 178
Transformation bactérienne · 105 Zymogène · 173, 221
Index | 260
Index | 261

MaBiologie - Theorie - v2

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BIOLOGIE GÉNÉRALE

préparatoire aux sciences médicales, dentaires et biomédicales

Table des matières | i

Table des matières | ii

Table des matières | iii

Table des matières | iv

Table des matières | v

Table des matières | vi

Table des matières | vii

Table des matières | viii

Table des matières | ix

Table des matières | x

Précisons – L’émergence est un concept philosophique né au 19ème siècle qui stipule

A la recherche d’une définition de la vie

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 1

Précisons – La théorie cellulaire est le fondement le plus admis de la biologie. Elle

L’organisation hiérarchique de la vie

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 2

Précisons – Une hypothèse est une explication plausible proposée à un phénomène

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 3

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 4

Aspect biomédical concernant les isotopes

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 5

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 6

Précisons – Un moment dipolaire est une représentation vectorielle de la répartition des

Les liaisons faibles

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 7

La nature chimique du vivant

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 8

• Le groupe fonctionnel hydroxyle (-OH) unit un atome d’hydrogène à un atome

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 9

Aspect biomédical concernant l’isomérie

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 10

Les réactions chimiques

Précisons – Les molécules susceptibles de subir une oxydo-réduction existent sous la

Ox + ne- à Red l’oxydant (Ox) subit une réduction

Red à Ox + ne- le réducteur (Red) subit une oxydation

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 11

Les lois de la thermodynamique

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 12

Chapitre 1 – La biologie ou la convergence des sciences naturelles | 13

Les marques de l’évolution biologique

Les preuves anatomiques

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 14

Les preuves paléontologiques

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 15

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 16

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 17

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 18

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 19

La théorie synthétique de l’évolution

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 20

Mise en évidence expérimentale de la sélection naturelle

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 21

Chapitre 2 – Les théories de l’évolution | 22

Chapitre 3 – L’ère abiotique à l’origine des biomonomères | 23

L’universalité de l’eau comme solvant n’est cependant qu’apparente. En effet, de nombreuses

Chapitre 3 – L’ère abiotique à l’origine des biomonomères | 24

Cristallogènes Pnictogènes Chalcogènes Halogènes

Chapitre 3 – L’ère abiotique à l’origine des biomonomères | 25

L’origine des molécules organiques

Chapitre 3 – L’ère abiotique à l’origine des biomonomères | 26

Chapitre 3 – L’ère abiotique à l’origine des biomonomères | 27