Master I : Biodiversité & Environnement

Biodiversité des Santé des Ecosystèmes

V – Mesurer la diversité biologique :
Les opinions divergent sur la manière de mesurer la biodiversité. Il n’y a aucune mesure
universelle et celles qui sont utilisées dépendent en réalité des objectifs poursuivis. Sur un plan
théorique on devrait évaluer tous les aspects de la biodiversité dans un système donné. Mais
c’est une tâche pratiquement irréalisable et il faut se contenter d’une estimation approchée en
se référant à des indicateurs qui peuvent concerner la génétique, les espèces ou les peuplements,
la structure de l’habitat, ou toute combinaison qui fournit une évaluation relative mais pertinente
de la diversité biologique.
La richesse en espèces (le nombre d’espèces) qui peut être déterminée pour l’ensemble des
taxons présents dans un milieu, ou pour des sous-ensembles de taxons, est l’unité de mesure la
plus courante, à tel point qu’on a parfois tendance à assimiler abusivement biodiversité et
richesse en espèces. Certes, plus le nombre d’espèces est élevé, plus on a de chances d’inclure
une plus grande diversité génétique, phylogénétique, morphologique, biologique et écologique.
Pour certains groupes bien connus sur le plan taxinomique, la liste d’espèces est relativement
facile à établir (In Léveque & Mounolou, 2008).
La diversité est classiquement estimée à plusieurs niveaux emboîtés, nommés, α, β et γ par
Whittaker (1960), qui a nommé la diversité locale qu’il mesurait avec l’indice alpha de Fisher
et a utilisé les lettres suivantes selon ses besoins (In Marcon, 2011).

La diversité alpha est la richesse en espèces au sein d’un écosystème local.

La diversité bêta consiste à comparer la diversité des espèces entre écosystèmes ou le long de
gradients environnementaux. Elle reflète la modification de la diversité alpha lorsque l’on
passe d’un écosystème à un autre dans un site.
La diversité gamma correspond à la richesse en espèces au niveau régional ou géographique.

On a cherché à compléter ces indices par des indices de nature génétique et écologique. Il y a
en génétique des analogues de ces indices de diversité spécifique : on parle également de
richesse (nombre d’allèles pour un même locus) ou de régularité (fréquence relative des allèles).
L’autre voie est d’identifier la diversité des habitats dans un écosystème, ou des écosystèmes
dans un paysage. On peut utiliser une démarche voisine de la taxonomie : reconnaître des
entités, les nommer et les classer pour pouvoir comparer différentes situations et tenter de
généraliser les observations. Cette démarche typologique a donné lieu à plusieurs catégories de
classification fondées sur les caractéristiques floristiques et faunistiques, les assemblages
d’espèces (phytosociologie), ou sur des caractéristiques du paysage (écorégions, structures
phénologiques, etc.) (In Léveque & Mounolou, 2008).

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16 – Types de Biodiversité α, β, γ (Echelle géographique) :
Tableau (08) : Représentation des différents types de Biodiversité.
Du niveau local au niveau régional Diversité γ Mesure la biodiversité à une échelle géographique
Région géographique régionale
Diversité β Mesure le changement entre deux sites le long d’un
Entre habitat gradient dans la même région géographique. Un
indice plus grand indique moins de similarité dans la
composition des espèces entre les différents habitats.
Diversité α Nombre d’espèces qui coexistent dans un habitat
Un seul habitat uniforme de taille fixe. Mesure de biodiversité α,
comprend les indices de Shannon, et de Simpson.
I – Diversité α :
La diversité α est la diversité locale, mesurée à l’intérieur d’un système délimité. Plus
précisément, il s’agit de la diversité dans un habitat uniforme de taille fixe. C’est le nombre
d’espèces qui coexistent dans un habitat uniforme de taille fixe.
De façon générale, la richesse spécifique diminue avec la latitude (la diversité est plus grande
dans les zones tropicales, et au sein de celles-ci, quand on se rapproche de l’équateur).
Une forte Biodiversité α, résulte de l’accumulation des espèces par habitat et d’une grande
spécialisation des espèces « Packing » (Chaque espèce utilise peu d’habitat).

1 – Indice de Shannon et Weaver :

La diversité d’un peuplement exprime son degré de complexité. Elle est calculée à partir de
l’indice de Shannon et Weaver (1949).
1 – Il est basée sur la théorie de l’information.
2 – Il mesure la difficulté à prédire l’identité du prochain individu.
3 – Il combine richesse taxonomique et Équitabilité.
𝑛

𝐻 ′ = − ∑ 𝑃𝑖 log 2 𝑃𝑖
𝑖=1

Pi = La fréquence relative de l’espèce « i » dans un peuplement.

- Richesse spécifique « S », Abondance « N », Diversité spécifique « H’ »

- La diversité maximale d’un peuplement H’ Max se calcul comme suit :
H’Max = log 2 𝑆
S : Richesse totale de ce peuplement.
H’ Max : La diversité théorique maximale.

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2 – Indice d’équitabilité de Piélou (J’) :

L’équitabilité est le rapport de la diversité observée à la diversité maximale. Elle mesure le
degré d’équilibre et de complexité d’un peuplement par l’écart de H’ par rapport à H’Max.
J’ = H’ / H’max
J : varie entre 0 et 1.

3 – L’indice de Simpson = D :
C’est la combinaison de la richesse et de l’équitabilité.
𝑛

𝐷 = 1 − ∑ 𝑃𝑖 2
𝑖=1

1 – Il est basé sur la théorie de la probabilité.

2 – D peut varier de : 0 à 1-1/S.

4 – Indice de Diversité de Margalef :

D = (S-1) / ln (N)
1 – Il mesure la richesse.
2 – S (Nombre d’espèce) ; N (Nombre d’individus).

II – La diversité β :
Elle reflète les modifications de la diversité α, lorsqu’on passe d’un écosystème à un autre dans
un site. C’est le taux de remplacement des espèces dans un site ou le long d’un gradient
topographique, climatique ou habitat dans une zone géographique donnée. Ou bien
l’hétérogénéité au sein d’un écosystème, il existe deux coefficients de mesure de la similarité.

1 – L’indice de Jaccard :
𝐶𝑗 = 𝑗/(𝑎 + 𝑏 − 𝑗)
Pour exemple, on suppose un premier échantillon contenant 13 espèces et un second avec 14
espèces. Si seulement 3 espèces sont communes entre les deux échantillons, alors on a 9+11=20
espèces dans les deux échantillons ensemble. Dans ce cas, l’indice de Jaccard serait égal à :
3/20 x 100 = 15%.

2 – L’indice de Sørensen :
𝐺𝑠 = 2𝑗/(𝑎 + 𝑏)
a : Richesse au premier site.
b : Richesse au second site.

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j : Espèces communes avec les deux sites.

Ces indices mesurent les changements le long d’un gradient dans la même région géographique.
Un indice plus grand indique moins de similarité dans la composition des espèces entre les
différents habitats.

III – Diversité γ :
Elle est souvent employée pour évaluer la présence et l’abondance totale d’espèces dans une
grande région ou au niveau d’un paysage, elle correspond à la richesse en espèces au niveau
régional ou encore l’hétérogénéité au plan géographique.

1 – Richesse :
a– Richesse Totale (S) :
Très couramment utilisée pour la caractérisation des peuplements. C’est un paramètre
statistiquement non interprétable, qui est la mesure d’une part de la complexité du milieu et
d’autre part du fonctionnement de ce milieu. Elle exprime la composition quantitative de ce
milieu, et se calcule par le nombre total d’espèces recensés dans les (N) relevés réalisés dans
un milieu.

b– Richesse Moyenne (s) :

Le nombre total des espèces récoltées sur le nombre des relevés.
s = S/N
- La richesse moyenne constitue une seconde dimension fondamentale de la richesse. Cette
dernière exprime la moyenne du nombre d’espèces contactées dans l’ensemble des relevées.
C’est-à-dire le quotient du nombre total d’individus (Ki) pour chacune des espèces sur le
nombre total des relevés (N) effectués.
s = Ki/N
c– Richesse Taxonomique :
C’est le nombre de taxons présents dans l’échantillon. Plus le nombre est élevé plus
l’échantillon est riche. Cependant, il faut faire attention car ce nombre varie selon le niveau
d’identification, il est donc important de mentionner ce niveau (ordre, famille ou bien espèce).
Une richesse taxonomique élevée est souvent synonyme de bonne santé du milieu.
On peut aussi calculer cette richesse de manière plus précise pour certains groupes bio-
indicateurs de la communauté.

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d– Diversité taxonomique :
On utilise souvent pour déterminer cette diversité, l’indice de Shannon et Weaver, H’ qui tient
en compte à la fois du nombre de taxons présents et du nombre d’individus retrouvés dans
chaque taxons. On mesure ainsi l’abondance et la régularité de la distribution de chaque taxon.
Une valeur élevée de cet indice signifie que tous les taxons sont aussi denses, ce qui correspond
à un milieu favorable.
Alors qu’une valeur faible signifie qu’il règne des conditions de vie difficiles dans le milieu ce
qui permet à peu d’espèces de s’établir et en l’absence de compétition, ces espèces auront
tendance à pulluler.

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