ECAD Biogeography

Pour comprendre relation entre phenomene biologique et géographie : on doit se placer à

différentes échelles spatiales et de temps

Grande echelle de temps : spéciation : biogeo historique

Biogeographie sur petites espèces de temps : pheno éco plus petit : ex = déplacement de la
distribution = biogéographie écologique

Echelle intermédiaire 

Ce qu’on sait des relation entre biodiv et geographie

Reflexion sur le centre d’orgine de l’espèce etudié :

Différentes formes : on se pose la question d’une espèce nouvelle par rapport à la distribution
d’autres espèces du même genre

Etude moleculaire : on essaie de savoir si on pouvait regroupé les individu dans des groupe
génétique en regroupant les indiv d’une espèce

Individu que l’on arrive pas à casé dans une case précise : identité génétique indique qu’ils sont
hybride

Quand on regarde la distribution : aperçu dans 1 seule localité : probable aire d’apparition de
l’espèce

Données fossiles : étude de l’origine des rat-taupe

Different fossile dont on connait la provenance = etude moleculaire pour trouver quelle est le plus
ancien fossile.

Origine de l’homme : analyse moléculaire des fossiles

Trace génétique pour retracer les migrations

Plusieurw pop en Afrique échangé avec les autres

1 espèce sorti d’afrique connecté à plusieurs population en Afrique : ou est l’origine

Mélange à la sortie d’Afrique avec d’autres espèces d’homo : quelle est l’origine de l’espèce ?
Theorie : remplacement = population d’homo sapiens fait disparaitre les autres

Vision opposé : la ou homo sapiens arrivé = s’est mélangé avec les autres : résultats = hybrides entre
les 2.

Difficle de discuter de l’origine de l’espèce avec un point original

Homo sapiens s’est mélangé à d’autre espèces structuré

Brise la vision d’une homogeneité génétique d’une espèce qui se disperse

On ne sait plus quelles sont les espèces du genres Homo qui sont à l’origine de Sapiens

Relation génétique complexe avec espèce proche avec lesquelle elle a pu interagir

Point d’origine des hominidé ? Plusieurs hypothèse en fonction des decouvertes fossiles

Si on remonte : Premier placentaire : lieu de decouverte du plus ancien placentaire ?

On sait ou est present le mammifère placentaire le plus ancien connue (Umaia)

Retrouvé en Chine

A partir d’un point d’origine, comprendre comment un taxon aboutit à son aire de distribution

Dispertion à courte distance, longue distance , Reconnexion ?

Bcp de theorie de la biogeographie, provienne des ecosystm insulaire

Plus facile car limite définit

Aire de distribution s’explique par hétérogénéité environnementale

Si on se situe plus tot dans l’histoire de l’espèce : distribution ne s’explique pas que par les facteurs
eco mais aussi le facteur temporelle

Consideration dvpé en biogeographie ecologique

Sur intervalle de temps inferieur à la spéciation

Chorologie : discipline qui deter les aire de distribution de terrestre à partir des observation de
terrain (vue sur le terrain)

Ecologie : s’interresse aux facteurs biologiques et environnementaux permettant d’expliquer cette

distribution

Pourquoi il existe limites aux aires de distribution 

Region biogeo se caractérise par un certain taux d’endemisme de cette région

Aire biogeo sont plus souvent défini à l’échelle planétaire

Si on discute à partir de la biodiv vege : région biophytogeographique

Toujours defini à partir d’un certain taux d’endémisme

On se rend contre que dans chaque massif montagneux en europe présente un certain taux
d’endémisme

Pour quelle raison 1 espèce ne colonise pas l’ensemble de la planète

Capacité de dispertion : capacité à coloniser un milieu à plus ou moins grande distance

(quand s’interesse aux vgtaux : capacité de migration plus importante qu’animale : certaine region
que l’on considère distinct pour animaux fusionne)

Facteurs temporel : age des espèce et taille de l’aire de distribution

Une partie de la variance de l’âge des espèces corrélé avec la taille de l’aire de distribution

Quoi qu’il arrive : espèce humaine n’a pas toujours été cosmopolite : il a fallu du temps

Certaine pas présente partout : n’on peut être pas eu le temps de se déplacer partout

Dynamique de la distribution du lion : témoigne d’une grande capacité d’adaptation, écosystème

f*différent : espc généraliste = cette vision à changer aujourd’hui

Facteurs envir fait qu’espc peut ou pas coloniser ecosystm

Abiotique

Biotique

Comment montrer que ineraction interspe influence biogeo des espèces

Espèces ont des aires de distributions limité en raison de l’heterogeneité environnemental : lié au
fait que espc ont des préférence : niche éco

Espc ont des préférence éco qui limite la repartition de l’espèce

Niche éco : la plus moderne

Hutchinson : niche eco d’une espèce est un hypervolume à n dimensions

Espc en ineraction avec parametre envir : cette interaction explique qu’une espc est plus ou moins
abondante que dans un ecosystm

Hypervolume : espace réalisable mathématiquement avec plus de 3 dimensions

1 dimension : 1 parametre de l’envir : sur un gradient de variation environmentale : epsc va être

présente ou absente

Espc ne tolere pas certaine valeur de ce gradient, ne se maintient pas

Existe limite dans gradient envir dans lesquel les espèces ne se maintiennent pas

On peut regarder dimension par dimension

On peut combiner les paramètre (ou on a identifier les valeurs d’abondance max) et on les croise :
croisement de 2 courbe gossienne : on forme un cercle = optimum eco

Zone de présence en faible abondance

Puis l’au-dela = espace dans lequel on ne connait pas l’espèce

3 facteur : forme une sphère

Pour plus de dimension : pas représentable graphiquement mais possible mathématiquement

Souvent équation affine

Construction d’equation mettant en relation la proba qu’une espèce soit présente et les valeurs des
paramètres environnementaux

Présence de l’espèce en fonction des paramètre envir

Si l’on connais les paramètre envir = on peut projeter aire de distribution potentiel

Connaissant niche eco et paramètre environnementaux on peut savoir ou espèce devrait être
présente

On ne connais bien la repart d’une espèce si l’on a bien compris tous les paramètres qui explique les
limites d’aire de distribution.

Il faut avoir regardé les bons : peut-être problématique

Facteur sont biotique : (espc ex predat : empeche installation )

Mais majoritairement abiotique

Parmi facteur abiotique : var envir climatique explique le mieux la repart

Le fait qu’il y ai des aires biogeo avec espèce ayant les mêmes limit d’aire

Seul explication valable : même limite car supporte les mêmes climats

On arrive à monter que limite nord des aire de repart des espèces correspondent à des isothermes :
signifierait que espc est sensible à se paramètre

Distribution des palmiers : tropicales : le tour de la planète : correspondent aux région du monde ou
il n’y a pas de gel

Palmier : mode croissance verticale, 1 bourgeon = si gèle = pas de résistance

Constat actuel : limite d’aire de repart s’explique majoritairement par fact abiotique dont le plus
important climat

Pb du changement clim ?

Que deviennent les aires de répartition pendant l’holocène

Facteurs biotiques : explique moins souvent les choses

Mais ça arrive quand même

Ex : Distribution spatiale de 2 espc d’ajonc

Si on regarde région ou les 2 espèces sont présente : mais si on zoom : c’est plus l’une ou l’autre
espèce qu’on voit

Mais quelques points où on voit les 2

Si on zoom encore : on ne voit jamais les espèces ensemble

Aire de distribution de l’une explique aire de distrib de l’autre (compétition : niche proche)

Pourquoi aire de distribution limité :

Capacité de dispersion, temps, niche écologique (facteur important : climat)

Balanes :

Cas montrant exclusion competitive de 2 espèces entre elles

Ex distributions de 2 espc

L’une présente en hauteur, l’autre plus baisse

Sembleraient qu’elle n’ait pas la même écologie MAIS pas aussi simple

Elimination d’une des 2 espèces : possibilité d’un rôle de l’interaction entre ces 2 espèces

Quand suppression des balane : Chtamalus s’installe à plus grande profondeur

Chtamalus se maintient quand balane pas là

Pourquoi les Chtalamus était éliminé ? Se faisait recouvrir ou bousculé par les balanes

Chtalamus ne se maintient pas à grande profondeur non pas à cause des condition abiotique mais à
cause de l’interaction avec balanes

Niche fondamentale (ne considère que les paramètres abiotiques) différent de la niche réalisé qui
prend en compte les interactions biotiques

Autre exemple végétal :

Sites marécageux à différent niveau du marais

Haut-marais

Auteur supprime 1 des espèces d’une espèce : remplacement partiel par une autre

Relation réciproque si on enlève l’une, cela benef à l’autre

Bas marais

Relation de compétition moins nette, effet pas réciproque

Interaction plante-animale

(Transplantation : herbivorie par les limaces)

Pq arnica ne descend pas en altitude ?

Piste : voir si la pression de l’herbivorie des limace est responsable de ça

Exp : encageage des habitats avec ou sans limace : on regarde niveau de consommation de l’arnica

Quand pas en cage

Cage sans limace : herbiv faible

Avec limace : herbivorie forte

Hauteur de vegetation meilleur quand espc transplantez vers le bas : pas un pb de condition
abiotique
Pression de l’herbivorie plus forte à faible altitude

 Densité de limace chute quand on monte en altitude

Arnica se fait manger par les limaces quand se dvp plus bas : ne permet pas le maintien des pop

Interaction interspé limite répartition dans l’espace

Espèce apparait est atteint sa niche réalisé = aire de distribution maximale = le tps a passé, espc
à été capable de coloniser ce quelle pouvait

Au sein de l’aire de distribution se met en place une diversité biologique intraspé

Ex : Panthera leo : apparition de plusieurs sous-espèces surtout sur grande aires

Comment la biodiv se structure à l’intérieur d’une espèce

On peut construire phylogenie qui montre la différence génétique entre les sous espèce de lion

Au sein des aires des espèces : structuration de la diversité génétique

Correspond à régions géographiques

Au sein de l’espèce lion actuelle : diversité génétique structuré : groupe de lion (population) qui
n’ont pas la même diversité génétique

Ex : loup : débat sur l’existence de plusieurs espèces ou sous espèces

Quasi cosmopolite : distribution sur presque tous les continent

Div morpho structuré spatialement et génétiquement

Hypothese sur le nb de groupe existant : à combien de population appartiennent les indiv

étudiés = à quels groupes peuvent-ils être assimilés ?

Cohérence avec la géographie : analyse génétique confirme la structuration spatiale de la

diversité génétique

Vrai aussi pour l’espèce humaine : diversité génétique structuré spatialement

Phylogeographie : histoire de la mise en place de cette structuration

« Histoire et la formation des espèces »

Echelle de temps et spatiale au-delà de la génétique des pop

Comment structuration se met en place au sein des pop

Reconstruction met en évidence groupe d’indiv n’ayant pas la même histoire : à terme conduit à
la spéciation

Phylogénie d’allèles, de variants génétiques

Analyse de la distribution geographique des variants génétiques dont on connait les relations
phylogénétiques / genealogiques

En phylogenie : cladogramme phylogénétique : 2 propriété = division dichotomiques (sauf quand

on arrive pas on fait rateau) et taxons ancestraux sont supposé disparaître

Ne marche pas en analyse de div intraspé : un même variant allélique peut en donner plusieurs
par mutation = un même variant peut muter plusieurs fois : ce n’est plus dichotomique

Variant ancestrale se maintient

On fera donc une généalogie = plus cohérent avec ce qu’on observe à l’intérieur des espèces

Quantification du nombre de difference entre les allèles : utilisation de séquences

1 même locus séquencé chez plusieurs indiv

Comparaison à séquence de référence

Single Nucleotide Polymorphism

Chacune des séquence différente peut être qualifié d’allèle

Allèle : combinaison d’état allélique aux différent SNP que l’on a identifié le long du gène

Haplotype suppose que l’on connait les différence entre les allèle (combien de sites
nucléotidique où allèle n’est pas la même)

Distribution géographique de ces variants dont on connait les relations

phylogénétiques/généalogiques
 Ursus allèle A et B plus proche que l’allele C

Moins longtemps qu’il diverge, moins de mutation accumulé

(Discussion sur le temps pas faite en genetique des pop)

On regarde la distrib géographique et généalogie puis on confronte les 2

Hypothèse 1 seul allèle puis phénomènes de vicariance : mise en place d’une barrière secondaire
au sein de la pop : divergence allèle A diverge en allèle a1 et b

Autre barrière arrive au sein de la pop allèle b

Correspondance entre distance molec entre variant et distance géographique

Plus proche génétiquement, plus proche géographiquement

Phénomène à l’origine de vicariance = augmentation du niveau marin isolant continent

Changement clim fragmentant la forêt

Dispersion : mise en place de migration à partir de population distante 

Parfois isolement / remélange :

Fst = 1 – barreHs/Ht = (Hs-Ht)/Ht

Le chêne en Europe : 10 000 indiv génotypé

Auteurs ont regroupé les variants

Distribution structuré (B ouest, E à l’est)

Structure de la div génétique témoigne de barrière que l’on ne voit plus aujourd’hui

Climat actuel = peut de temps qu’il est dans cet état : il y a 10 000 ans : on sortait de cette periode
glaciaire

20 000 ans maximum glaciaire

Sachant que espèces sensibles au climat : sûr que leur distribution il y a 10 000 ans n’était pas la
même qu’aujourd’hui.
Refuge : divergence

Clade genealogique différent

Europe recolonisé à partir des refuges

Ont retrouve ces groupe dans les regions d’Europe

Zone de contacte : territoire colonisé par pop de refuge glaciaire différents

20 000 ans que cerf recolonise l’Europe

Ecrire scénario alternatif pour colonisation par espèces : calcul des statistiques : comparaison avec la
répartition actuelle de l’espèce

Europe : recolonisation latitudinale

Faune et flore europeenne recolonisation depuis refuge glaciaire au sud, TOUS ?

Refuges secondaire cryptiques : refuges à latitude plus élevés

Ces refuge n’ont pas laissé de trace génétique au sein des espèces : pas de variants issue de ces
régions (on a juste retrouvé fossiles)

Micro-climat locaux

Mais ces pop étaient de taille modeste

Quand les migrations depuis le sud ce sont produite : ont complètement effacé la marque génétique

Faible proportion de ces variants dans la pop : ont pu disparaitre par dérive

Ex : herbacée

Malgré extension des glacier : refuge au pied de la montagne

Plutôt que groupe organisé longitudinalement, groupe Nord-Sud identifié montrant la divergence

Il y a pu y avoir refuge au nord des alpes pour des espèces de montagnes

Biais pour les espèces tempérés

Histoire philogeographique depend des capacité physio : espc plus ou moins sensible au froid, plus
ou moins impacté
 Biogéographie historique

Au dela des espc

Temps plus long, observation de spéciations

(philogeo : depuis apparition de l’espèce jusqu’à repartition de l’espc)

Que devient un arbre phylo au sein duquel on a des différence entre taxons

Genre Homo : recolonisation par homo sapiens de l’eurasie après celle d’homo erectus ayant donné
sous espèces comme néandertale

Croisement sapiens-néandertale

2 paradigme (theorie ou interpretation qu’il est peu probable de voir renversé un jours =
fortement soutenue par les données) :
 Si on laisse le temps : les espèces changent et donnent naissance à espèce nouvelle 
intégré a biogeo : pas la même espèce que l’on suit sur des millions d’année

Darwin : premier arbres evolutif jamais dessiné

Consequence de l’isolement biogeo sur l’effet de divergence et d’apparition de nouvelles espèces :

Spéciation allopatrique : barrière geographique

A partir d’une pop homogène : coupé en 2 : 2 unité vont divergé : au dela d’un certains temps :
espèces différentes

On va pouvoir faire de lac phylogenie (plus genealopgie/phylogenie de gene)

Ring species : distribution autour de la planète : capacité d’hybridation existe d’un coté de la
planete et plus de l’autre 

1 espc structuré geographiquement : epsc fermant le cercle pas interféconde (1 extémité du cercle)

Divergence entre pop s’accumule le long du cercle : divergence augement au fil de la distance
geographiqe entre les pop : la divergence est-elle que les 2 pop en bout de cercle ne sont plus
interfecondes

Etre dans region geo différente entraine des divergences

Effet de la dispersion : migration : echelle de temps assez court 

Vicariance : on part d’une pop ancestral avec distribution : coupé en deux : 2 pop vont divergé
jusqu’à terme représente 2 espc différentes
Dipersion et vicariance produisent le même patron de distribution mais pas toujours vrai

 La matrice dans lequel tous ça se fait change : plus temps longs : environmt et
géographie physique a pu changer : dérive des continent

Wegenr : continent doivent dérivé

Dist d’espc fossile sur le planisphère actuel : completement discotinu : 2 hypothese

Soit migration longue distance

Soit distribution discontinue avec distance importante entre pop

Si les continent étaient soudés les uns aux autres : alors distribution n’était pas discontinue : plus
facile d’expliquer avec migration courte distance.

Récent (année 60) : on sait comment les continent bouge

Au permien : ensemble des continent d’aujourdhui était soudé en un continent unique : pangée qui
s’est disloqué par la suite

Dislocation : fragmentation à l’origine de la séparation des population cosmopolites de la pangée

Vg possible dispersion sur grande distance, animaux : plus compliquée d’expliquer de telles
discontinuité

Si on peut séquencer de manière temp la dislocation de la pangée : séquence de mise en place de

barriere de vicariance (barriere à la migration)

Pangée se sépare en Laurasie et Gondwana qui se sont eux même divisé par la suite

Associer histoire geeographique, evolutive, et distrbution des taxons

Point d’origine des fossiles, aire d’arrivée : on tente d’expliquer via phenomene de vicariance et de
migration

Sequence de dislocation d’un continent

Apparition d’une chaine de Montag’ne

Séparation par océan

Aires geo se retrouvent déconnectez

On oppose ça à autre cladogramme repésentant la phylo d’un taxon

Opposition de ces 2 cladogrammes et correspondance entre les 2 pourra permettre de discuter de

l’histoire biogéographique

Recherche des phénomènes de congruence : quand taxons diverge et que l’on constate que
continent on disloqué au même moment

Concordance dislocation continent et divergence des espèces

Autres arguments mis en avant par biogeographe : derive des continent explique majoritairemnt la
repart biogeographiquedes espc : effets mineurs sur la distribution

Orga ne migre pas tous de la même capacité de migration : pourtant : on obtient un même patron
phylogenique chez ces espèces

Plus facile et parcimonieux de l’expliquer par la dérive des continent

Convergence : on retrouve sur une même aire geo des taxons éloigner sur la phylogénie : explication
par migration (reconnexions des aires geo)

Grand echange inter américain : reconnexion de l’Am du nord et du sud via isthme de panama (il y a
3 million d’année)

Migration entre les 2 continents séparé :

Taxon qu’on ne trouvait au sud au nord et inversement

Si congruent : vicariance explique en majorité

Si convergence il y a eu des migration en plus

Un même evenement geologique peut être à l’origine d’une reconnexion ou de la mise en place
d’unne barrière

Ex : isthme de panama : connexion des 2 continent, mais pour espèces marines : séparation des
ocean

Espc proche de poisson ds la phylogénie sont de part et d’autre du panama : témoigne de la

vicariance crée par la mise en place de l’isthme de panama
 Histoire biogéographique des mammifères

Classe des mammifères : Therien (Eutherien = placenteaire ; Metatherien : mammifère) et

prototheriens

subd monotreme, marsupiaux, placentaire

Distribution actuelle : marsupiaux et monotrèmes : Australie et un peu amerique (marsupiaux)

Placentaire : un peu partout mais moins en australie et amérique du sud

Il faut comprendre que biodiv des mammif aujdhui pas représentative de la biodiv passé

S’intéresser au registre terrestre

Groupes ont disparus : il faut les intégrer dans la réflexion.

Metatherien : marsupiaux actuelle et éteins

Eutheriens : placentaires actuels et disparus

Rend la phylogenie plus complexe

Phylogénie essayant de quantifier le taux d’évolution

Diversification des mammif s’est effectué sous le regard des dino au mesozoic

Jurassik : déjà diversité écologique des mammifères

Perte de diversité fin jurassique-crétacé : lié à la radiation des angiosperme et sa consequence sur
les insecte ayant favorisé l’apparition de régimes alimentaire notamment insectivore

Morpho dentaire témoigne d’une diversité des de régime alimentaire : 2 groupes se maintiennent :
Theriens et multituberculées

Groupe des mammif primitifs : groupe cosmopolite

Etendu de distribution de familles : fossile appartennt a une même famille sur différent continent
  Cohérent : dislocation de la pangée
 Mammifère distribuée un peu partout

Quelques 10aines de millier d’année après : continents

Pas de même famille presente partout : apparition de familles nouvelles endémiques d’un
continent : effet de la vicariance sur l’histoire ancienne des mammifères .

Dislocation pangée à entrainer pheno de divergence

Therien : groupe couronne : placentaires actuels + disparus

Si on date les fossiles les plus vieux marsupial et placentaire : permet de dater leur divergence

Dates de 125 000 000 d’année : pas cohérent avec phylogénie moléculaire datation plus ancienne

Date de div pas clair

Mais les 2 groupes sont aussi répandus :

Origines Métatheria : Débat USA / Chine

Puisque hotspot de biodiv metha en am du nord : cela doit-être en Amérique du nord

Plusieurs scenario de colonisation possible

Passage de l’amérique du sud à l’australie : il y a eu pont continental am du sud – australie

Puis disparition de l’hemisphere nord de toute les marsupiaux : australie : refuge des marsupiaux –
protection contre la compétion avec placentaire

Marsupiaux holarctique : puis migration avec surement vicariance mais pas de trace : on ne les
retrouve que dans lieu ou ils se sont différencié
Biogeographie de l’anthropocene

Ingentivité de l’homme : comparable à phenomene geologique

Rapport josel 

Carte des entrome : biome naturelle plus forcement de sens

A terme : creation de vicariance

Divergence entre populations : avantage de la fragmentation sur la speciation