Biochimie générale

I. Introduc on : la molécule d’eau

L'eau (H2O) est un solvant de tout ce qui est vivant (solvant organique) qui va avoir un impact énorme sur la
conforma on des molécules (Polaire ou non). C’est l'eau qui impose :
- à une protéine d'avoir telle structure
- à des lipides des membranes d'avoir telle organisa on
- à une molécule qu'elle soit soluble ou non.

Comme elle a un impact sur la conforma on, ce e conforma on, on sait que c’est elle qui est la forme ac ve. Tout ce
qui est organisa on des protéines, des lipides, interac on molécule-molécule ne se fait que parce que l'on a une
structure dans l'espace par culière et ce e structure est imposée parce que l'on est dans l'eau. On n'imagine pas
d'autres solvants biologiques que l'eau.

1. Généralité

Structure

L'eau, H2O possède 2 doublets non liants au niveau de l'O du fait de la couche de valence et on a 2 électrons qui
peuvent donner 2 liaisons σ entre l'O et l'H.
Les 2 doublets non liants (appelé « m ») font que la molécule n'est pas linéaire car ils occupent un espace dans la
structure tridimensionnelle.
Si on regarde de façon plus tridimensionnelle, si on considère que les 2 doublets non liants sont dans le plan, on
a une liaison vers l'avant et une vers l'arrière.
L'O, au même tre que le C a une structure sp3 et tétragonale avec 4 sites de liaison : 2 qui sont des liaisons
simples O-H et 2 qui sont des liaisons non liantes qui sont des doublets avec une organisa on tétraédrique.

Electronéga vité

Cela va avoir un impact énorme parce que d'un point de vue de l'électronéga vité : celle de l'O est très
supérieure à celle de l'H. Globalement, les 2 électrons qui sont dans la liaison σ ne sont pas a rés de façon équivalente
par les 2 atomes ce qui fait que ces 2 électrons vont avoir tendance à se diriger vers l'O. On n'a donc pas une répar on
équivalente des électrons sur l'H et sur l'O. La conséquence est que l'on créer des charges par elles. Cela veut dire que si
l'on regarde la charge exacte, notamment la densité des électrons qui sont sur l'H par rapport à l'O, on a un excès de
densité sur l'O par rapport à l'Homme.
Globalement la molécule est neutre. Le système va osciller entre des formes qui sont ioniques avec des charges
en ères posi ves ou néga ves et une molécule globalement qui est neutre mais avec des charges par elles qui sont loin
d'être négligeables.
Il y a un autre élément qui est important, c’est que la molécule est coudée à cause des 2 orbitales non liantes.
Les 2 liaisons n'étant pas inversées, on a une résultante qui n'est pas nulle que l'on appelle le moment dipolaire et qui
est la résultante des 2 vecteurs des 2 liaisons. Le moment dipolaire existe car la molécule n'est pas plane, possède une
polarisa on des liaisons et elle est coudée. Globalement, la force de l'eau c’est le fait d'avoir ce e no on de molécule
dipolaire. C’est une molécule qui est donc polaire et qu'elle a un pôle posi f, un néga f avec des charges par elles.

2. Eau : solvant polaire

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 La 1ère conséquence qui est une des plus importantes, est que découle de ce comportement la no on de liaison H
(forme un réseau). C’est une liaison de type dipôle, c’est une interac on entre un pôle posi f et un pôle néga f par els
(si c'était des charges en ères, on parlerait de liaisons ioniques). Ce e liaison H se fait toujours avec un H qui porte la
charge par elle posi ve δ+.

En biologie, globalement, la liaison H ne s'applique qu'à un cas limité de molécules. Tel que dès que l'on a un O ds
une molécule biologique, l'O ou l'N sont toujours associé soit à un H soit à un C. Tel qu'à chaque fois, le N et le O seront
toujours enrichis en électrons par rapport au voisin.

Dans le cas de l'eau, c’est typiquement ce qui se passe parce que l'eau est à la fois l'accepteur et le donneur de
liaison H puisque dans l'eau l'H est associé à l'O et cet H là pour rentrer en contact avec l'O d'une autre molécule d'eau.
La par cularité de l'eau, c’est qu'une molécule d'eau peut être à l'origine de 4 liaisons H. C’est une par cularité de l'eau
qui fait un solvant très par culier et qui va donc avoir un impact important sur tout ce qui est biologique  Dans une
molécule d'eau, on a 2 H qui sont capables de former 2 liaisons H avec 2 autres O et on a un O qui p faire 2 liaisons H ac
2 autres H de 2 molécules d'eau.

Sphère de solvata on : ensemble de molécules d’eau capable de solvater une molécule dipolaire emprisonné

Un autre élément, c’est que les énergies ne sont pas du tout les mêmes. Si on parle en termes d'e-, une liaison H
est ce que l'on appelle une liaison faible alors qu'une liaison covalente est une liaison forte. Du point de vue valeur, si on
compare la liaison H et la liaison covalente, la liaison covalente est + de 20 fois stable que la liaison H. Cela veut dire que
l'on va déjà rompre les liaisons faibles avant les liaisons fortes ie que si on chau e de l'eau, on ne va pas casser les
molécules mais les séparer.

Composé polaire : un composé est polaire, s’il est capable de faire des liaisons simples ou complexes avec l’eau grâce à
l’aide des charges par elles.

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 Sphère de solvata on : fonc on polarisée vont former des liaisons avec l’H2O

3. Composé apolaire

L’électronéga vité du carbone est équivalente à celle de l’hydrogène, donc la liaison entre C et H donne des charges
par elles pra quement nul donc il n’y a pas de polarisa on.

Même si on considérait qu'il y a une pe te di érence, la géométrie de la molécule fait que la résultante globalement
serait nulle donc la molécule n'a pas de moment dipolaire donc elle est apolaire ou non polaire. Elle n'est pas chargée : il
n'y a pas de par e qui est posi ve et une autre néga ve. Il n'y a donc pas de charges par elles.

Si on prend le point d'ébulli on de l'eau, il est de 100°C. Celui du méthane est de -162°C. La chaleur est
l'agita on thermique, plus on augmente la chaleur, plus on va avoir une agita on des molécules qui va être forte.
A 0°K, les molécules ne bougent plus. On peut considérer qu'il y a 260° de di érence entre l'ébulli on du méthane par /
ça et en termes d'E c énorme.
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 L'ébulli on implique de passer de l'état liquide à l'état gaz donc de rompre toutes les liaisons qui re ennent les
molécules ensemble c’est-à-dire que c’est l'énergie qui va perme re la rupture des liaisons faibles. C’est-à-dire que ce e
quan té d'énergie énorme de 260° est la quan té qu'il faut pour rompre les 4 liaisons H qui entourent l'O d'une
molécule d'eau alors que dans le cas du méthane il n'y a quasiment pas besoin d'énergie car les molécules interagissent
très peu.

C’est la façon la plus simple de visualiser le fait qu'une molécule d'eau est une molécule qui est polaire et la
polarité permet aux molécules d'eau d'être associées entre elles. Alors que les molécules apolaires n'ont aucune raison
de rester en contact et vont se dissocier bcp plus facilement.

Si le composé X est apolaire, normalement il ne pourra pas y avoir de contact, de forma on de liaisons H entre la
molécule et l'eau et il y aura un refus d'associa on

Solubilisa on :
Une cellule vivante n'est pas que de l'eau. Une cellule, on va avoir de l'eau et des composés qui vont soit
accepter d'être au contact de l'eau soit refuser.
Si le composé X est polaire, il a des charges par elles ou en ères. Automa quement, on va avoir forma on
d'une sphère de solvata on ; on va pouvoir former un réseau de liaisons H entre l'eau et le composé. L'eau va
entourer le composé X et les 2 composés vont être séparés et la molécule devient soluble ds l'eau c’est-à-dire
qu’elle est insérée à l'intérieur du réseau tridimensionnel formé par les molécules d'eau.

4. Composés amphiphiles

On a vu 2 cas extrêmes quand la molécule est soit totalement polaire ou apolaire. Il existe aussi le cas des molécules
amphiphiles. Ce st des molécules qui ont le dble caractère c’est-à-dire une par e polaire et une par e apolaire. Ça
devient très important en biologie. Si on met ce e molécule ds l'eau, les par es apolaires vont avoir tendance à se
regrouper pour minimiser le contact avec l'eau et les par es polaires vont rechercher le contact avec l'eau, la forma on
de liaisons H pour avoir ce e stabilisa on. On va donc avoir immédiatement un système d'orienta on, la molécule va
s'orienter dans l'eau pour présenter ces fonc ons polaires à l'eau et empêcher que la fonc on apolaire soit en contact
avec l'eau.

La membrane est cons tuée par des phospholipides qui sont des acides gras avec les O des 2 fonc ons acides qui
forment une liaison ester avec le glycérol. Le glycérol est un trialcool où chaque fonc on alcool est associée par une
liaison ester à une fonc on acide : les 2 fonc ons du haut à 2 fonc ons acides carboxyliques de 2 acides gras et celle du
bas à une fonc on acide qui est un acide phosphorique avec un phosphate qui est associé à une par e X.

Si on met ce e molécule ds l'eau, immédiatement ça ne forme pas des micelles mais des membranes. On va avoir 2
feuillets c’est-à-dire que les 2 chaines alkyles vont se me re en contact et les têtes polaires vont se me re à l'extérieur.
L'eau a des contacts ac les têtes polaires. A l'intérieur on a le domaine membranaire qui est la zone hydrophobe ou
apolaire.

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 On considère en biologie que polaire est hydrophile et apolaire est hydrophobe.

5. Ionisa on de l'eau :

L'eau a la capacité de se scinder en un proton et un groupement hydroxyle. C’est important en biologie puisque
comme on est dans l'eau, on a la no on de pH. Globalement, dans les condi ons d'équilibre, les condi ons standards le
pdt qui est = à 10-14. Si on est ds des condi ons d'éq, globalement le pH est = 7 qui est la neutralité.
Si on a un composé biologique qui est acide. Il y a 2 grandes familles : les acides soient de type carboxylique soit de
type phosphorique.

Ce e fonc on carboxylique va être en équa on avec une forme déprotonnée + un proton. Si on libère un proton, on
va rompre l'éq et on va avoir une concentra on en protons qui va être de 10-6, 10-5, 10-4… et donc le pH va descendre en
dessous de 7 c’est-à-dire en dessus de la zone de neutralité. Il y a aussi d'autres fonc ons : fonc ons acides
phosphoriques où le pH devient aussi inférieur à 7.

Si un composé est basique, en biologie, le cas le plus important c le fait où le composé va xer des protons et cela va
déséquilibrer ds l'autre sens et aug le pH. Ex : tout ce qui est fonc on amine. Le pH va aug et ê supérieur à 7.

Les acides aminés ont à la fois le caractère basique et acide dc ce st à la fois des acides et des bases.

Pr résumer c important parce que l'on génère des COO-, des NH3+ dc on génère des charges posi ves et des charges
néga ves qui vt ê à l'origine de forma on de liaisons H qui vt par ciper à l'interac on protéine-protéine, qui vt
par ciper à la structura on des protéines.

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 Protéine
1. Généralités

Elles sont cons tuées de n x aa avec des liaisons pep diques. C’est un polymère d'acides aminés qui possèdent des
fonc ons :
- Enzymes qui fabriquent, modi ent principalement tous les composés nécessaires à la vie de la cellule.
- Transport (hémoglobine qui transporte l’O2)
- Défense (elles von protéger le syst vis-à-vis d'agressions externes. Chez les humains, on a les an corps. Chez les
plantes, on va avoir des protéines de défense contre les parasites. Il y a des pep des de défense dans les
bactéries. Tous les systèmes vivants ont des systèmes de protec on contre des agresseurs et pour beaucoup ce
sont des systèmes de défense protéique, elles vont soit inac ver soit inhiber soit tuer l'agresseur.
- Régula on (des hormones, contrôler)
- Informa on (récepteur qui permet de percevoir des récep ons externes. Il y a la conduc on de signal qui va
perme re à une cellule de recevoir l'info et de la traduire sous forme de réponse adaptée)
- Stucture (structurer les cellules, les collagènes de la peau)
- Mouvement (Pour perme re la contrac on musculaire par ex. Elles vont perme re au système de se mouvoir
dans son environnement)

Système par template : Elles sont codées par une séquence d'acides nucléiques : ADN.
L'ADN donne de l'ARN qui donne des protéines. Une protéine est dc le re et d'une séq codante. Une protéine
n'est pas uniquement la traduc on de l'ADN. Ce qui sort de la traduc on est une protéine qui est "nue". Au-delà du syst
de codage, on a derrière tout ce qui est modif post-traduc onnelles.

Pep des (≤100 aa.) Vs proteines, les pep des sont des séquences courtes, non structuré, alors que les proteines
ont un nombre d’aa plus importante et qui va se structurer c’est-à-dire elle va adopter dans l’espace une conforma on
par culière (1D, 2D, 3D, 4D). Une proteine va subir des modi ca ons post-traduc onnelles

Les modi ca ons post-traduc onnelles. Ce sont toutes les modi ca ons qui vont apparaitre sur la protéine
après qu'elle ait été traduite.
Donc une protéine n'est pas simplement le re et de la séquence codante : une protéine est le re et d'une
séquence codante plus un on a un certain nombre de modi ca ons pour donner la protéine nale.
C’est-à-dire qu’à par r de la protéine "nue" qui provient de la simple traduc on du code géné que, on va avoir
des modi ca ons plus ou moins sophis quées qui vont conduire à la protéine mature puisqu'elle a subi des matura ons
mais on plus elle est fonc onnelle.
Sauf quelques cas par culiers, la plupart des protéines passent par ce phénomène de traduc on puis ensuite de
matura on.

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 2. LES ACIDES AMINÉS

Rappels

Ds la molécule de base, il y a 3 éléments importants :

- On a une fonc on acide qui a la capacité de libérer des protons à par r de la fonc on polaire : COOH.
- On a une base qui est capable de xer un proton.
- Il y a un carbone asymétrique. C un C sp3. Entre 2 acides aminés, la seule par e qui est variable est le R. Le reste
est cst. Ie que globalement les 4 subs tuants portés par le C st ≠ et on a immédiatement 2 composés qui st ≠. C
ce que l'on appelle l'isomérie op que.

Classi ca on :
R = Chaine C, H : Alipha que
R= OH : Hydroxylés
…

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 Dans le cas des aa, il y a exclusivement des aa de la série L étant déterminés selon la représenta on dite de
Fischer. Sauf la glycine qui n'a pas de C asymétrique.
La variabilité est liée à la nature de la chaine latérale, il y a 22 aa que l’on classe en fonc on de la chaine latérale

Remarque : il y a un système de codes. La nomenclature est une façon d'écrire une molécule qui soit reconnue au
niveau interna onal. Nomenclature du code à 3 le res : Abc. Ex de l'alanine : Ala. Il y a aussi le code à une le re : A. Ex
de la glycine : Gly : G
Le code a une le re ne sert que pour du codage informa que
Nouveau, Un 23 aa. Protéinogène : le Séléno cystéine

Propriétés physicochimiques

Il existe la no on d'hydropathie : c’est la no on hydrophilie / hydrophobie d’un aa

Comme il n'y a que la chaîne latérale qui varie d'un aa à un autre, l'hydropathie sera forcément liée à la chaîne
latérale. Si la chaîne latérale est polaire (N, O), il aura un caractère hydrophile.

Si la chaîne latérale est apolaire (alkyle ie C, H), on aura un aa qui aura un caractère hydrophobe. A par r de là,
on va avoir une échelle d'intensité de la polarité ou de la polarité. C’est l'échelle de Kyte et Dooli le qui va de -4,5
(hydrophile : arginine) à 4,5 (hydrophobe : leucine). Ça va perme re de mieux comprendre la protéine en termes de
polarité ou apolarité.

Absorp on en UV et visible

C’est une technique très visuelle, très simple à me re en œuvre, non destructrice c’est-à-dire que l'on peut faire
l'analyse sans avoir à détruire le produit ce qui est u le quand on n’en a pas bcp.

On va voir ce que sont les processus d'absorbance et notamment c tout ce qui est le pb de la spectroscopie
d'absorbance. Le principe général est lié à un principe universel qui est issu de la physique quan que qui est de dire que
si on a des photons. Les photons sont des par cules de lumière. Chaque photon a une par cularité qui est d'être dé ni
c
par une longueur d'onde et une E par culière. E=h

Il y a une corréla on directe entre l'E d'un photon et sa lgr d'onde et ce e corréla on est liée à 2 cste : c qui est
la vitesse de la lumière et h qui est la constante de Planck. Cad qu'à chaque λ correspond une E. Plus λ est important,
plus l'E est faible et inversement, pour des très faibles lgr d'onde, on a des E qui vt ê considérables.

Une énergie interne a une échelle d'énergie du système, on a 2 états :

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 • un état ini al (fondamental)

• un état excité qui st 2 états de la ma ère.

Et entre les 2 on a une di érence d'E : ΔE et on va pouvoir consommer ce e énergie en absorbant le λ auquel
correspond exactement la quan té d'E nécessaire pour faire le transfert d'E.

Dans le domaine des UV qui est une gamme par culière, les longueurs d'onde qui sont à peu près entre 200 et 400 nm.

D'un point de vue énergé que, on a ce genre de diagramme c’est que les électrons dans leur état le plus stable
sont dans des orbitales σ, ensuite on a des orbitales π qui sont à un niveau énergé que plus important et ensuite, on a
leurs complémentaires qui sont les an liantes π* et les σ*.

Ce sont 2 possibilités de posi ons électroniques des électrons mais ce que l'on va observer ce son les électrons
qui vont pouvoir passer de l'état σ à σ* et de π à π* : ce st des transferts électroniques.

La phosphorescence ou la uorescence : émission d’un photon quans un éléctron repasse à son état ini al après avoir
été excité.

En UV et visible, on observe principalement ce qui est lié à des transferts π → π*. Et principalement s'il il y a des
conjugaisons : ce sont les e ets mésomères. Dans l'UV et le visible, on va détecter des transferts π → π* c’est-à-dire que
l'on va détecter facilement la molécule que si on a des syst π. En biologie, la détec on de composés se fait que si les
composés possèdent des systèmes π et de préférence des systèmes π conjugués. Donc une molécule qui absorbe dans
ces domaines là et une molécule qui a des insatura ons.

Acido-basicité
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 (Est ce que le composé est chargé ? Donc possibilité de liaison ionique ? à l’état physiologique, pH physio)

Dans les acides aminés, on a une fonc on acide c’est-à-dire que l'on a la fonc on acide associée au Cα. Elle est capable
de se dissocier pour donner un proton.

On a aussi une autre fonc on : NH2 qui a un caractère par culier. Comme c’est une base, elle est capable de xer
un proton sur le doublet non liant. Donc on a un équa on avec la fonc on NH2 ac son doublet libre ou la fonc on NH2
qui a xé un proton dc qui n'a plus de doublet libre mais qui a une charge posi ve (NH3+)

Donc on a toujours quelque soit les acides aminés, 2 fonc ons acido-basiques

Rappels :

On est ds le cas où ce sont des acides ou des bases faibles cad qu'il n'y a pas de dissocia on à 100%, il y a un éq
entre les 2. On a donc une constante d’équilibre :

Ds le cas des acides ou des bases faibles, on a dc tjr ce e équa on ac la forme acide et la forme basique. On a un éq qui
est géré par une cste d'éq Ka qui est égale aux [] des pdt sur [] des substrats :

Le pka est une constante qui est spéci que de la fonc on. Elle régit les équa ons. On a le pH du milieu (pH dépend de
l’environnement). Pka est spéci que de AH. Ça veut dire que globalement, pour tout système, pka étant xe, si on fait
varier le pH du milieu d'un acide faible ou d'une base faible, on va faire varier les propor ons entre les formes protonées
et déprotonées. Si :

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Si on balaye le pH d'une solu on qui con ent une fonc on acido-basique, on a un poit "central" qui est le pka et qui lui
est un élément spéci que sur lequel on ne p rien faire.

Si on est à des pH + acides que le pka, c’est la forme acide qui va être prioritaire et quand on est à des pH +
basiques que le pka, c’est la forme basique qui est prioritaire. On a une équa on qui est un rapport de force entre le pH
et le pka.

Ce qui se passe ici, si on a ½ équivalent de OH- (c’est-à-dire ½ de la quan té que l'on a mise), on a consommé la moi é
de l'acide dc il va rester en solu on (AH) = (A-). Si les 2 sont équivalents, le terme devient nul donc le pH qui est mesuré à
ce moment est = au pKa de la fonc on acide. C la neutralisa on. Expérimentalement, on p dc déter la valeur du pka
lorsque l'on est à la demi-équivalence du syst. Expérimentalement, on va avoir :

Demi équivalence

Ex de l’acide acé que :

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 Qd on est à ½ équivalent, on arrive au niveau du plateau et dONc à une mesure du pH qui est 2GAL au pka (4,8).
On a une zone tampon càd que qd on ajoute de l'acide ou de la base, le pH varie très peu.

C’est-à-dire qu’autour du pka, on a une zone tampon où le système amor l'addi on de soude et de base et
même si on a des varia ons, ça ne va pas changer le pH. D'où l'u lisa on de tampons en biologie c’est-à-dire que quand
on met une molécule dans ce tampon-là, même s’il y a des échanges de protons ou de OH-, le milieu va absorber les
modi er et on va tamponner le système.

Quand on est à pH ≃ 7, globalement on va avoir la forme basique qui va être ≃ = à 100 fois la forme acide donc
la forme qui est la forme prioritaire en solu on est la forme carboxylate. Si on se met autour de pH = 3, on va avoir la
forme acide qui va ê prioritaire. Dc on va passer d'une concentra on importante de la forme acide à un milieu neutre
intermédiaire et ensuite une concentra on majoritaire de la forme basique.

Retour aux aa :

Quelques soient les acides aminé, si on prend le cas général : le pka de la forme acide est autour de 2 et celui de
la forme basique est autour de 9-10. C’est-à-dire que l'on va avoir un système de dissocia on de la fonc on acide et un
système de dissocia on de la fonc on basique qui vt se succéder.

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 Réac vité chimique

Tout ce qui fait apparaitre des problèmes de réac vité c’est-à-dire comment la molécule va réagir lors de
réac ons. Quand on regarde un aa, il y a une par e qui est constante et la seule réac vité facile à me re en œuvre est
liée à l'atome d'N qui est nucléophile (il peut faire des a aques nucléophiles  Nucléophile, ça veut dire que l'on a un
site qui est riche en électrons et il va pvr a aquer un site pauvre en électrons.)

Le principe (si on simpli e à l'extrême) est que si on a un acide aminé on va le faire réagir avec une espèce, un
réac f, l'atome d'N va aller a aquer, éliminer la par e X et xer l'espèce de boule ce qui va perme re d'obtenir une
fonc on NH associée à la boule.

La boule est une fonc on qui va perme re ensuite de suivre, de détecter (quelque chose qui absorbe
généralement soit ds l'UV soit ds le visible). C’est-à-dire des syst π ou aroma ques.
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 C’est-à-dire qu’une fois que c’est couplé sur l'acide aminé, on u lise ce e par e qui va servir de marqueur pour
pouvoir dire l'aa est ici.

Ex : les dinitro uorobenzènes.

C’est un composé qui réagit très facilement sur les fonc ons NH2. Il su t de mélanger les 2, l'aa se je e sur la
fonc on uor, élimine le uor et ça permet de coupler la fonc on NH2 à ce dérivé. L'intérêt est que c’est un dérivé jaune
que l'on peut suivre par chromatographie, spectroscopie. Quelque soit l'aa, il va être dérivé de façon équivalente donc
ce n'est pas sélec f.

Ex : les dérivés avec la Phényl Iso Thio Cyanate (PITC).

Ce sont des réac fs qui réagissent très bien sur les acides aminés. Dès que l'on a un acide aminé, l'a aque
nucléophile se fait très facilement par l'a aque du NH2 sur le C central. On a ensuite un réarrangement. On va u liser le
fait que l'on a un groupement aroma que qui a une longueur d'onde λmax = 254 nm qui permet de faire de la détec on.

Propriétés chimiques des chaines latérales

Il y a un cas qui est très important, c’est celui de la cystéine qui a une chimie du soufre qui fait que globalement
si on prend 2 résidus de cystéine, sur les 2 cystéines qui sont en contact, elles sont capables de réagir entre elles pour
former ce que l'on appelle un pont disulfure qui est une liaison S-S.

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 Ce e liaison se fait très facilement. C’est une liaison covalente c’est-à-dire que l'on a une liaison forte. C’est une
liaison qui se fait selon un équilibre et ce n'est pas un équilibre qui est seulement un échange de protons mais aussi
d'électrons.

Ce n'est pas une réac on acide-base mais c’est un équilibre rédox : c’est une réac on d'oxydoréduc on. D'un côté
on a la forme qui est réduite et de l'autre la forme qui est oxydée. Quand on va parler d'ouverture ou de fermeture de
ponts disulfure.

On va parler de réac ons de réduc on ou d'oxyda on et pas d'échanges de protons car il y a des électrons.

II. Propriétés des pep des et protéines

1. Rappel : liaison pep dique

C’est ce qui va perme re à par r des unités minimales (aa) de cons tuer des squele es, des enchainements.

C’est que si on un aa n°1 avec sa chaine latérale R1, on va avoir la fonc on NH2 qui va aller réagir sur un acide
aminé qui lui possède sa propre chaine R2. C’est un mécanisme simple.

La réac on, quelle soit chimique ou biologique  dans un site cataly que

Ce n'est rien d'autre qu'une a aque nucléophile de la fonc on NH2 sur le carboxyle  départ une fois qu'il y a
eu l'a aque de la fonc on hydroxyle  va perme re avec le proton qui reste ici de former le dipep de.

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 Quand on va faire la réac on inverse, on va faire une réac on d'hydrolyse c’est-à-dire que l'on va insérer une
molécule d'eau sur la liaison. La liaison que l'on créer est la liaison pep dique.

Le produit va dépendre de quelle est la fonc on NH2 qui a aque la fonc on COOH. Conséquences de ceci, il y a
la nécessité d'avoir une nomenclature qui est une façon d'écrire qui soit reconnue au niveau interna onal.

Elle est de dire, de faire une lecture du N → C terminal.

Ex : qu'est-ce que ASG ?

Remarques : tous les tripep des ont le même squele e, et ne di èrent que par leur chaine latérale.

Ce qui est en rouge est variable. C’est la nature des chaines latérales et leur emplacement dans la séquence qui va faire
que 2 protéines n'auront pas la même structure et le même comportement. Et ce qui est vert est le squele e
iden que.

Pro l d’hydropathie d’une protéine

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 Evolu on hydrophile / hydrophobe le long de la séquence

C’est exclusivement lié aux chaines latérales avec un élément

supplémentaire ici, c’est que quand on va parler de pro l d'hydropathie, ce
n'est pas de savoir si tel acide aminé est ± hydrophile ou ± hydrophobe mais
c’est de dire quelle est l'évolu on sur la séquence. C’est-à-dire comment
évolue l'hydropathie au fur et à mesure que je lis la séquence.

➔ On va voir ce qu'est un pro l d'hydropathie : on va simplement tracer l'indice d'hydropathie en fonc on de

la séquence.

Ex le + classique : quand on a une protéine membranaire.

Comment savoir si on a une protéine membranaire ? C’est une

protéine dont un segment doit obligatoirement traverser la membrane
donc elle doit avoir minimum un domaine que l'on appelle un domaine
transmembranaire qui doit être très hydrophobe puisque ce e par e
apolaire va être en contact avec les par es apolaires de lipides. Il doit y
avoir aussi un nombre qui est à peu près de 12 à 18 acides aminés
consécu fs hydrophobes pour que ça ressemble à un domaine
transmembranaire. On va avoir un pro l comme ceci :

La protéine aura une hélice α pour traverser la membrane qui est hydrophobe. Par prédic on, d'après le pro l,
ça veut dire que probablement, là, il y a un domaine transmembranaire et c’est à ce niveau-là que la protéine va se
me re en hélice α pour traverser une membrane. Chez certaines protéines, on peut avoir plusieurs domaines
transmembranaires cela veut dire qu'elle va traverser plusieurs fois une membrane.

Le pro l d'hydropathie sert donc à comprendre non pas sur un acide aminé, mais sur l'ensemble d'une
séquence comment se répar ssent les zones hydrophiles et les zones hydrophobes.

Acidobasicité :

Une liaison pep dique est la chose suivante :

➔ Ceci vient du pdt de réac vité du COOH qui était acide sur NH2 qui était basique. La ques on qui se pose
est : est-ce que ce e molécule-là est acide ou basique ?

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 Ce qui se passe ici, c’est qu'il y a des e ets électroniques que l'on appelle des e ets mésomères qui sont des
possibilités de transferts d'électrons : soit d'électrons π soit des doublets non liants mais dans certaines
con gura ons. On est typiquement ici dans une con gura on où il peut y avoir un e et mésomère (que les
électrons du doublet st capables de se délocaliser.)

Ce sont des formes mésomères limites. C’est ce que l'on appelle un phénomène de conjugaison. C’est-à-dire
que l'atome d'N de la liaison pep dique n'est plus basique car le doublet n'est plus disponible car il est impliqué dans un
phénomène de résonnance et en plus comme la liaison pep dique est un peu entre les 2, l'atome d'N a une charge
par elle posi ve qui l'empêche de xer un proton. La conséquence de ceci est que si on fait le bilan :

Quand on a une fonc on NH2, c’est une base parce que le doublet est disponible. Cependant, dès que l'on créer
un pep de ou une protéine, le doublet n'est pas dispo. La conséquence est qu'il n'est pas donneur de protons, il n'est
pas accepteur de protons : la liaison pep dique est neutre.

La conséquence de ceci, dès que l'on créer un pep de ou une protéine, quelque soit la longueur, on a le N terminal et le
C terminal.

On a le squele e qui est unique et on a les chaines latérales. Tout le squele e central est neutre car il est
cons tué de liaisons pep ques qui sont neutres donc la ques on de l'acidobasicité est uniquement liée aux pKa du C et
du N terminal et voire aux pKa des chaines latérales qui sont ionisables.

Si on s'intéresse à un pep de autour de 6-7, globalement, il va avoir aux extrémités un NH2 qui va être protoné
et COOH qui va être déprotoné et on aura sur les chaines latérales, que des formes COO- qui apparaissent que si on a de
l'Asp et du Glu.

Et on aura des charges posi ves qui vont apparaitre autant que l'on aura de Lys ou d'Arg. le seul cas
intermédiaire est l'his dine qui est un peu entre 2 eaux.

Donc pour connaitre l'état de charge d'une protéine, ça revient à dire combien on a de Glu et d'Asp d'un côté et
combien on a de Lys et d'Arg de l'autre. Que se soit un pep de ou une protéine, ce qui va dé nir son poids isoélectrique
(pI) ça va ê globalement un rapport de force entre (Arg + Lys) vs (Glu + Asp).

1. pep de versus protéines

Pep des :
- Pe te séquence courte non structurée
- Flexible
Protéines :

- Grande taille
- Structura on
- Modi ca ons post-traduc onnelles

2.Propriétés physicochimiques
On a vu l'hydropathie, l'absorbance en UV et l'acidobasicité.

Quelques soient une protéine il y a un squele e central commum, la seule variable sont les chaines latérales

❖ Absorbance en UV :
Une protéine c n fois ce mo f-ci :

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 Il y a une absorbance universelle au niveau du CO : λmax ≃ 210-220 nm. On l'u lise peu car il y a tout qui absorbe, ce
n'est pas assez sélec f. En revanche, on aura toujours un 2ème λmax autour de 260-280 nm si et seulement si on a des
mo fs qui absorbent à ces longueurs d'onde-là  si on a des groupements aroma ques  si on a la Phe, la Tyr ou le
Trp.

3. Prop chimiques
❖ L'hydrolyse :

C’est extrêmement di cile chimiquement. Enzyma quement, il y a des enzymes qui font ça très bien.
Globalement, l'hydrolyse, ça revient à cliver par de l'eau. Hydrolyse, ça veut dire réinsérer une molécule d'eau sur la
liaison. Les enzymes sont des hydrolases  cela se fait par catalyse acide.

Ça permet de couper tous les acides aminés. Les condi ons d'hydrolyse, c’est généralement HCl 6M, 120°. La
liaison pep dique est très stable en milieu chimique. Les enzymes font ça à température ambiante c’est-à-dire qu’elles
vont contourner un peu le problème de l'hydrolyse et c’est toute la sub lité des systèmes enzyma ques.

❖ Solubilité :
Globalement quand on travaille avec des protéines, le problème de la solubilité est assez délicat. Il y a 2 cas de
gure :

• Soit on veut puri er des protéines et on va le faire par des systèmes de précipita on.
• Soit on veut faire une expérience avec une protéine.

→ D'une manière générale, on va pouvoir augmenter la solubilité d'une protéine en rajoutant un peu de sel avec
des faibles concentra ons en sels : on u lise toujours un tampon. Les sels en complexant la protéine vont aider à
perme re la solubilité donc de faciliter la forma on de la sphère d'hydrata on autour de la protéine.

→ La solubilité généralement est minimale au pI (point isoélectrique)  c’est-à-dire que les charges néga ves
équilibrent les charges posi ves. Les charges néga ves, posi ves sont des composés qui sont extrêmement hydrophiles
et qui vont faciliter la solubilité. Si on connait le pI, il faut se me re dans un tampon dont le pH n'est pas exactement le
celui du pI.

→ Cependant si on a une forte concentra on en sels, on a le processus de relargage c’est-à-dire que la protéine
précipite. C’est-à-dire que quand on a une concentra on très importante en sels, le sel va se coller sur la protéine, va
détruire la sphère de solvata on et à ce moment-là, la protéine saturée en sels va se me re à précipiter.

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 → On a aussi les solvants organiques qui sont solubles ds l'eau. Ce sont les alcools, de l'acétone qui sont
miscibles à l'eau donc on peut faire des mélanges eau-alcool, eau-acétone et quand on augmente les solvants, ça
permet aussi de provoquer la forma on d'un précipité de la protéine. Là aussi, le solvant, pe t à pe t remplace l'eau et
la protéine étant soluble dans l'eau, comme on rajoute des solvants hydrophobes, on va avoir un précipité.

Ces 2 derniers cas sont très u les quand on fait de la biochimie des protéines pour faire de la puri ca on (=
extraire la protéine du milieu). Généralement, quand on travaille sur des protéines, au début, il y a toujours des étapes
ini ales où on va enrichir et on va simplement u liser le fait que l'on peut précipiter très facilement des protéines. En
plus, c’est très facile à faire et ça peut être extrêmement u le. Le principe est le suivant :

❖ On prend l'exemple de ce que l'on appelle des précipita ons au sulfate d'ammonium. On a un extrait de
protéines c’est-à-dire que l'on a une solu on avec les protéines qui sont en solu on dans le tampon
d'extrac on. Dedans, si on fait un extrait, on va avoir de tout : des glucides, des protéines, des lipides,
des acides nucléiques… c’est-à-dire tout ce qui est dans la cellule. Généralement, avant de faire des
sépara ons, on va essayer d'enrichir les protéines.

Et ce que l'on fait, c’est que l'on rajoute par exemple 10% de sulfate d'ammonium. Il y a déjà certaines protéines, très
sensibles aux sels qui vont précipiter. Ensuite, le précipité, on le remet dans une solu on d'eau, on dilue et à certain
moment, les protéines vont repasser en solu on dés que la concentra on de sulfate sera bien inférieure à la
concentra on nécessaire pour qu'elles soient relarguées dans le milieu. Et ensuite, on va passer à 20% où on va avoir un
précipité, 30% : un précipité à 30% et ainsi de suite.

❖ Dériva on :
Pour dériver un pep de, on va faire comme quand on dérive un aa. On va u liser là aussi le fait que c’est la
fonc on NH2 que l'on va cibler pour toutes les dériva ons.

C’est-à-dire que le pep de s'il est cons tué de son N et de son C terminal, s'il a dedans des NH2 notamment des
lysines ou des arginines et bien les réac fs vont cibler ceux-ci. Les liaisons pep diques sont peu réac ves car l'N n'est
plus nucléophile.

❖ Complexa on :
C’est très simple à faire et ça va perme e de faire des
dosages. Le dosage est basé simplement sur la forma on de
complexes entre du cuivre (cuivrique) : complexe Cu2+ et
pep des. Il y a les dosages de Folin, Biurée, Lowry. Tous ces
dosages sont basés sur la même chose  on forme des
complexes.

❖ Modi ca ons Post Traduc onnelles

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 a) Coupure protéoly que :
On prend les proteines liées au tra c cellulaire, c’est tout ce qui va etre la circula on des proteines entre sont lieu de
synthèse et sa cellule cible. Ex : les pep des d’dressage aux mitochondries ou aux chloroplastes

Synthèse  cyto  mitochondrie ou chloroplaste  clivage du pep de

Le pep de est clivé pendant le transport et a une cible porpre

On avait commencé à voir les aspects de matura on. C’est-à-dire que globalement, une protéine va subir un certain
nombre de modi ca ons, soit par forma on de liaisons de coordina on. Aujourd’hui on va voir la forma on irréversible
de liaisons covalentes qui sont les éléments les plus importants.

Les liaisons covalentes c’est ce que l'on appelle d'une manière plus générale, les modi ca ons post-
traduc onnelles. Ce sont des modi ca ons qui se passe sur la protéine après la traduc on du code géné que. On va

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 avoir tout un ensemble de modi ca ons. Systéma quement, ces modi ca ons vont apporter un plus à la molécule qui
la porte. On peut avoir :

• Une des modi ca ons les plus classiques ce n'est pas la forma on d'une liaison supplémentaire, c’est un clivage
de la protéine. On a énormément de cas où une fois que la protéine va être synthé sée, elle va être clivée.
Ex le plus classique : c’est ce que l'on appelle les pep des signaux.

➔ Un pep de signal est le fait que dans la séquence protéique, on va avoir pour une certaine catégorie de
protéines, une séquence dont la fonc on est de faire de l'adressage au RE. C’est-à-dire que les
protéines qui ont ce signal-là vont être adressées vers le système de sécré on et celles qui ne l'ont pas
vont rester dans le cytosol.
Donc l'adressage ici, ça va perme re de rentrer dans le système de sécré on. Ce pep de-là, ensuite, il
est clivé après l'entrée. C’est-à-dire qu'il sert seulement à l'entrée de la protéine dans le RE et une fois
qu'il a fait son boulot, il est clivé par des protéases. Donc en gros, la protéine mature est quand le
pep de est clivé.

b) Foma on de liasion covalente

• La glycosyla on est une réac on enzyma que consistant à lier de
façon covalente et irreversible un glucide à une chaîne
pep dique.
o N-glycosyla on : liaison amide entre une asparagine et
un ose.
o O-glycosyla on :
▪ Liaison osidique entre une sérine ou une
thréonine et un ose.
▪ Enzyme : oligosaccharyl transferase

o Rôle de la glycosyla on :
▪ Reconnaissance et adhésion cellulaire
▪ Contrôle du repliement des protéines
▪ Modula on métabolique d’enzymes
▪ Transport et adressage de protéines
▪ Rôle structural

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 •Il y a les processus d'ancrage lipidique. C’est le cas où sur la protéine va
venir s'ancrer, se xer par une liaison sur un acide gras soit un terpène soit
des glycosylinositol (PI : phospha dylinositol).

Ce lipide va servir d'ancrage : il va former une ancre qui va perme re à la

protéine de d'insérer au niveau des membranes. Une par e lipidique va
rentrer dans les membranes qui sont des zones hydrophobes et qui va
perme re à la protéine de o er un peu au-dessus de la membrane.

• Les phosphoryla ons :

• Elles vont être impliquées dans tout ce qui est phénomènes de régula on d'ac vités (comme tout ce
qui est régula on des processus enzyma ques, tout ce qui est régula on des processus d'interac ons
protéine-protéine, etc…). C’est un phénomène réversible, fait par une kinase et défait par une
phosphatase.
Tous ces processus passent par 3 ou 4 phénomènes de régula on dont un est le processus de
phosphoryla ons.

L'autre par cularité par rapport aux autres modi ca ons post-traduc onnelles, c’est qu'elle est
réversible : on peut avoir phosphoryla on ou déphosphoryla on.
On a un processus qui est réversible et qui permet justement de réguler entre un état ac f et un état
inac f ou 2 états ac fs di érents. La phosphoryla on va se faire sur des résidus thréonine, tyrosine et
sérine parce que globalement, la phosphoryla on va se faire sur une fonc on alcool. D'une manière
générale, on va avoir l'aa qui peut être une Thr, Ser ou Tyr qui ont une fonc on alcool sur leur chaine
latérale. Ils vont exister sous 2 états : un état déphosphorylé et un état phosphorylé.

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 Ça permet de réguler de façon très ne les processus cellulaires. Ces processus qui sont très rapide
perme ent de moduler l'ac vité au sein des cellules. On ne peut pas dire telle forme est la forme ac ve
et telle forme est la forme inac ve : parfois c’est la forme phosphorylée qui est ac ve et la
déphosphorylée qui est inac ve. Parfois c’est l'inverse et parfois les 2 formes sont ac ves mais ne font
pas le même travail.

• On a décrit que les familles principales  les plus classiques et donc celles que l'on retrouve le plus souvent
mais il en existe d'autres. Ce sont des cas plus rares.

• Le phenomène d’amida on peut aussi avoir lieu un transfert d’un groupement ammoniac sur la fonc on
terminal, on neutralise la charge néga ve du coté COOH.

• Sur la fonc on N terminale, on a d'autres modi ca on qui sont des

acétyla ons. Un acétyl, c’est un groupement de type acide acé que
qui vient se xer sur le NH2. Ce sont des modi ca ons qui sont aussi
rela vement classiques mais beaucoup moins que celles que l'on a
vu avant.

• Il y a des choses + bizarres comme le cas de cet aa qui est l'acide glutamique. On a des processus que l'on
appelle des γ-carboxyla ons c’est-à-dire que l'on va carboxyler sur la Cγ.

Carboxyla on veut dire que l'on rajoute un groupement COOH là où il y a un H. On ob ent dans un γ-
carboxylglutamate qui est un aa qui provient d'une
modi ca on de l'acide glutamique.

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 Les 2 charges – vont servir un peu de pinces pour perme re de xer du Ca2+ donc les 2 carboxylates vont agir
un peu comme des sels de complexa on de Ca et on retrouve ça notamment dans les processus de coagula on
sanguine.

➔ On a certains facteurs de coagula on qui sont issus de carboxyla ons pour perme re au Ca de
procéder à ces processus de coagula on.

c) Liaison de coordina on
C’est une iaison covalente qui implique un doublet (oxygène ou azote) avec un ion métal.

i. Métalloprotéine

Ce sont des interac ons entre des acides aminés et des métaux.

ii. Hémoprotéine

Protéine + ion métallique sont xé ensemble grâce à l’hème (porphyrines).

Ex : Hème a un plan à 4 azotes avec des doublets qui viennent xer l’ion métallique en son
centre.

Ex : on prend le cas de l'insuline :

C’est une hormone chez les mammifères qui va contrôler le glucose sanguin en diminuant la quan té de
glucose, en agissant sur le stockage ou sur la dégrada on du glucose pour éviter qu'il s'accumule au niveau sanguin.

La séquence d'ADN code pour ce que l'on appelle une proinsuline comme une proprotéine (le terme pro-
voulant dire que c’est un statut non mature la structure de base qui vont subir des modi ca ons pour donner : c’est la
protéine nue.) Ce e protéine nue a di érents domaines : un qui est le pep de signal, le pep de β, le pep de C et le
pep de α.

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 Globalement, quand on regarde la protéine nale, il y a toute une par e
qui va disparaitre. Le fait qu'il y ait un pep de signal va perme re de rentrer
dans le RE et quand la proinsuline rentre dans le ré culum, il va se passer 2
choses qui sont ce que l'on appelle les processus de mise en conforma on.

Une fonc on du ré culum va être de me re la protéine sous sa

structure tridimensionnelle fonc onnelle.

➔ Donc ce e mise en conforma on va perme re de

replier, de faire des ponts disulfures qui font par e des
principaux éléments du repliement d'une protéine sur
elle-même et ensuite, on va avoir clivage du pep de C.

Tout ça va se faire ensuite dans le système de sécré on

jusqu'à l'associa on avec du zinc (Zn2+) et ensuite
sécré on. Quand on regarde déjà ce qui se passe au
niveau du ré culum, avant l'associa on du zinc, on est
très loin de la protéine telle qu'elle est codée par la
séquence d'ADN. Le pep de C a permis le repli de la
protéine sur elle-même. Si on regarde l'insuline telle
qu'elle est sécrétée, on est très loin du simple re et de la
séquence codante

Entre la proinsuline et l'insuline qui est sécrétée, il y a quand même une di érence qui est considérable.

4. Séquence primaire : source d'informa on

C’est la façon de travailler sur les protéines. Même si la protéine quand elle est codée par la séquence géné que est
loin de la réalité, dans la séquence primaire, on a tout un ensemble d'informa on qui sont très u les. Si on a la séquence,
car il y a des processus de séquençage des organismes. La séquence, automa quement, elle nous donne la masse
moléculaire car il su t d'ajouter la masse de chaque aa pour avoir la masse moléculaire.

On peut aussi avoir automa quement le pI car la charge d'une protéine est le rapport (Asp, Glu : charges néga ves)
vs (Lys, Arg : charges posi ves) et il su t simplement de les compter.

Autre point : si on veut s'intéresser à l'absorp on en UV, la détecter et la doser, on va s'intéresser qu'à 2 aa : on va
se me re à λmax = 280 nm et à ce e longueur d'onde-là, on va pister et cibler exclusivement 2 aa qui absorbent de façon
importante qui sont la Tyr et le Trp.

Au niveau de la séquence, on a des données rela vement sures sur ce que

l'on appelle des "mo fs". Un mo f est une séquence par culière dont on sait
qu'elle va induire tel comportement dans la cellule. On va voir la séquence et
l'ordinateur, dès qu'il va avoir une protéine il va nous dire ce qu'il voit
dedans.

Qu'est-ce qu'on a dans la séquence ? Par ex on a un pep de signal et

il le sait parce qu'il regarde du côté Nterminal car la par cularité d'un
pep de signal, c’est que le côté Nter est très hydrophobe. Si on a un
pep de signal, ça veut dire que la protéine va rentrer ds le systèmpe de
sécré on.

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 Tout ne se passe pas n'importe où, n'importe comment, il y a des mo fs de reconnaissance.

1) PEPTIDES ET PROTÉINES : GÉNÉRALITÉS

1. Pep des

Ce qui di érencie la no on de protéines et de pep des c’est que quand on a un pep de, c’est une pe te
séquence mais c’est quelque chose qui est rela vement exible et non ou peu structuré. Un pep de a plutôt tendance
à être extrêmement mobile, exible parce que globalement, il n'y a pas su samment de liaisons H qui vont perme re à
ce pep de de s'organiser de façon stable dans l'espace.

Une protéine est quelque chose de beaucoup plus grand et du fait que la taille augmente, on va augmenter les
interac ons entre les aa et la protéine va se me re à avoir une structure : quand on parle de structure secondaire,
ter aire ou quaternaire, on est dans le cas d'une protéine.

Une fois que le pep de est synthé sé à par r de l'ADN et ainsi de suite c’est-à-dire que c’est la traduc on d'une
séquence codante, on va avoir un système enzyma que qui va perme re de cycliser  qui va provoquer la réac on du
NH2 terminal ac le COOH terminal. Donc la conséquence de ceci, on a un pep de qui va se refermer sur lui-même. Le
problème c’est que l'on ne sait plus où est l'extrémité terminale donc pour retrouver la séquence au niveau du génome,
ça devient plus compliqué parce que l'on ne sait plus où est le pep de de départ.

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 Dès que l'on parle de protéine, on doit avoir le re exe que la protéine, qui va servir de base à la protéine telle
qu'elle est dans son milieu, provient des processus de traduc on avec le système de codons. Donc à par r de là, la
simple connaissance de la séquence codante permet de déterminer la séquence protéique mais ce n'est qu'une étape.

Dès que l'on parle de protéine, derrière il va y avoir tout un ensemble de matura ons et on va obtenir la
protéine mature.

Quand on parle de protéine mature, ça veut dire que c’est elle dans son état nal qui va être la protéine
fonc onnelle.

C’est-à-dire que dans une cellule, on peut avoir une protéine qui est exprimée, traduite mais qui n'est pas fonc onnelle
parce qu'il y a eu des défauts au niveau de sa matura on.

Histoire des découvertes

➔ 1951 : liaison hydrogène + hélice alpha des protéines  PAULING

➔ 1953 : Double hélice ADN  WATSON CRICK

➔ 1958 : Structure 3D de la myoglobine + structure complexe

LES DIFFERENTES STRUCTURES

➔ SECONDAIRE : Quand on regarde l'ensemble de la protéine, on regarde

les mo fs interne. On a des séquences courtes avec des organisa ons
par culières universelles.
On a des forma ons de liaisons pep diques avec forma on de double
liaison dans un système plan.

Domaines secondaires :

Séquences répé ves avec la même organisa on.

2 organisa ons possibles :

• Hélice alpha : séquence unique enroulé grâce à des

liaisons hydrogènes. 3.6 aa par tour d’hélice
• Feuillet beta : 2 séquences di érentes en parallèle ou
an parallèle. Coude beta : retournement sur
di érentes séquences courtes.
Zones structurées de façon non répé ve

➔ TERTIAIRE : l'ensemble des repliements, l'ensemble des liaisons, y compris les interac ons avecc ce qui peut y
avoir danss la protéine, notamment s'il y a des associa ons par liaisons de coordina on ou par des liaisons
covalentes.

➔ QUATERNAIRE : c’est un cas par culier ce n'est pas le cas général de toutes les protéines. On va avoir plusieurs
sous-unités avec des axes de symétrie, des organisa ons très par culières car, à ce e organisa on est associée
la no on de modula on de l'ac vité :  e et allostérique qui va perme re à la protéine avec ses sous-unités
d'avoir une ac vité qui va être fonc on de l'environnement.

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 Le cas le plus classique en biologie est celui de l'Hb. La myoglobine et les unités d'Hb fonc onnent de façon totalement
similaire : elles sont capables de xer l'O mais dans la myoglobine on a simplement une xa on de l'O, dans l'Hb, la
xa on de l'O est fonc on d'éléments externes, notamment de la pression en CO2. L'Hb va capter ou libérer de l'O en
fonc on des concentra ons locales en CO2 c’est-à-dire que ce n'est plus juste du stockage, c’est une protéine qui va
transporter de l'O d'un endroit qui va être pauvre en CO2 vers un endroit qui va être riche en CO2.

➔ Ensuite, il y a une dernière catégorie, plus classique que les

organisa ons quaternaires qui sont ce que l'on appelle des
COMPLEXES PROTEIQUES. Dans le cas de l'immunoglobuline, on a
plusieurs sous-unités associées mais ce ne sont pas des structures
symétriques : il n'y a pas d'axe de symétrie et à ce e protéine-là ne
sont pas associées aussi des no ons de modi ca ons de l'ac vité par
phénomènes allostériques. Souvent, on oublie de dire que la plupart
des protéines marchent en complexe.

I) NOTIONS DE CONFORMATIONS NATIVES

Ce que l'on appelle la conforma on na ve d'une protéine, lorsque la
protéine va se structurer dans l'espace c’est-à-dire qu’elle va globalement former des domaines secondaires, des
domaines ter aires voire des domaines quaternaires (structure 2D, 3D voire 4D) ou des complexes protéiques.

Une fois que toutes ces structures sont formées + les modi ca ons post-traduc onnelles et tout ce qui est mise en
conforma on de la protéine, ce e protéine, c’est ce qu'on appelle la protéine na ve. A ce e no on de protéine na ve
est associée la no on de protéine qui est maintenant fonc onnelle.

Une fois qu'elle est organisée dans l'espace elle va dé nir des zones. Le fait de replier la protéine dans l'espace fait
que l'on va me re dans une zone par culière tridimensionnelle, des aa qui vont être en contact et qui vont déf des sites.

➔ Ce e no on de site  quand on regarde tridimensionnellement la protéine, on va avoir tout un ensemble d'aa

qui sont autour d'une zone par culière. On aura ceci que si la protéine est repliée c’esta dire que pour les aa
d'un site, ils ne sont absolument pas consécu fs sur une séquence primaire. C’est une zone de la protéine à
laquelle va être associée une fonc on. Ça peut être :

• Un site cataly que = l'endroit où les aa qui sont posi onnés dans l'espace vont être capables de
prendre en charge un substrat et de le transformer en un pdt. C’est une réac on cataly que,
enzyma que.

• Ça peut être un site de reconnaissance cela voulant dire que ce site-là va interagir avec un autre
partenaire pour perme re de reconnaitre 2 cellules entre elles ou 2 protéines entre elles. Ça ne veut
pas dire pour autant que derrière il y aura modi ca on chimique mais ça veut dire simplement que
les 2 protéines vont interagir.

• Ça peut être un site de xa on = on va avoir des sites de xa on de sucres, des sites de xa on de

l'atp, des sites de xa on de molécules que l'on veut transporter, des sites de xa on de l'O, etc…
Systéma quement, la no on de site est associée à la fonc on de la protéine et que ce e fonc on
n'a de sens que si la protéine est ds un état conforma onnel qui perme e aux aa du site d'être
dans une géométrie tridimensionnelle par culière.

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 1. Dénatura on
C’est-à-dire que l'on va détruire la structure na ve. Si on détruit la structure na ve cela signi e que globalement,
on va perdre l'organisa on tridimensionnelle par culière et la conséquence, immédiatement, on perd l'ac vité.

Si on décompose, on ouvre la protéine, les aa qui sont responsables d'une fonc on ne sont plus dans une
géométrie par culière et globalement, on perd la fonc on qui peut être cataly que, de xa on, de reconnaissance,
etc…

Donc pour dénaturer, détruire la fonc on na ve, la façon la plus simple et d'aller détruire les facteurs de
structura ons donc la cible de toutes les techniques de dénatura on ça va être ce que l'on appelle les facteurs de
structura on. Les facteurs de structura ons sont les liaisons H, les liaisons simples, les liaisons ioniques, d'interac ons
hydrophobes, les ponts disulfures, etc…

On a la température de dénatura on. Globalement, on va quasiment avoir un élément pour dénaturer qui
correspond à chaque fois a une cible spéci que. Température veut dire agita on. Si on induit assez
d’agita onon va perdre l’ac vité.
La conséquence est que si on perd les liaisons H, il n'y a plus d'hélices α, de feuillets β et immédiatement, la
protéine se déstructure. La témperature est variable selon les protéines. La protéine doit être stable toujours
dans ses condi ons physiologiques.

On a des agents que l'on appelle chaotropiques (détruit la structure spa ale). Ce sont des agents dont le plus
connu est l'urée. Un agent chaotropique, ça veut dire que l'urée va être capable lui aussi de cibler les liaisons H.
Parce que quand on regarde l'urée c’est en fait une liaison pep dique double. L'élément principal de
structura on notamment au niveau des mo fs secondaires st les liaisons H entre les carbonyles et les fonc ons
NH.

➔ L'élément important est donc la liaison H et que c’est ce e liaison qui est à l'origine de
feuillets β et d'hélices α. Si on touche à ces liaisons, on va perdre les feuillets β et les
hélices α et globalement la protéine va s'ouvrir, elle va perdre complètement sa
structure.

Si on rajoute de l'urée, la protéine va lâcher : il va s'insérer là-dedans ie que l'urée va

être capable de jouer le même rôle que les liaisons pep diques. Si on arrive au bout
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 d'un moment en forçant un peu sur les concentra ons à insérer une molécule d'urée, la
conséquence est que ça va ouvrir les hélices et les feuillets.

On a les agents hydrophobes. Leur cible ça va être d'aller perturber tout ce qui regroupements hydrophobes.
C’est-à-dire que l'agent hydrophobe va se coller dans ces zones hydrophobes et va aller les déstructurer.
L'exemple le plus classique ce sont des détergents c’est-à-direque ce sont des molécules avec des longues
chaînes alkyles avec une charge néga ve ou posi ve à l'extrémité.

Pour casser les ponts disulfures, on u lise ce que l'on appelle des thiols qui sont des fonc ons de type R-SH. Si
on a 2 cystéines comme ceci, les 2 cystéines vont imposer à la protéine de se refermer sur elle-même. Si on
rajoute un thiol dans des condi ons réductrices, on va changer le pont disulfure entre 2 cystéines et entre les
cystéines et le thiol que l'on rajoute.
La conséquence est que l'on fait simplement un échange chimique entre cystéine et un thiol qui fait que l'on va
avoir une ouverture de la protéine car on n'a plus le lien entre les 2 aa : on n'a plus rien qui re ent les 2
fragments.

2. Dénatura on / renatura on
Ce sont des aspects qui sont d'un point de vue conceptuel, très importants Quand on parle de renatura on, est-
ce automa quement, va-t-elle se me re sous une conforma on fonc onnelle ? C’est vrai si la protéine est très simple : il
y a des cas où ça marche C’est ce que l'on appelle l'expérience de An nsen qui date de 1965.

➔ Il a pris une protéine qui est ce que l'on appelle une ribonucléase. C’est-à-dire que c’est une enzyme qui
est capable de mesurer une ac vité enzyma que. Si on dénature et que la protéine, on la laisse se re-
conformer toute seule : si on retrouve une ac vité  elle a retrouvé sa structure na ve.

7) ANALYSE DES PROTÉINES

1. Masse moléculaire
Comment connaitre une masse moléculaire ? Il y a 2 techniques que l'on appelle les techniques de perméa on et
d'électrophorèse. Elles st con nuellement u lisées dans les labos.

• Technique de perméa on que l'on appelle aussi des techniques de tamis moléculaire.

Le principe est que l'on va séparer les protéines en fonc on de leur taille en jouant sur leur capacité ±
importante de di user dans un milieu. Tamis moléculaire = on va avoir un gel dans une colonne.

Dans le gel, on va me re des protéines qui sont en solu on. On compte les gou es en bas. Ce gel est cons tué
de billes qui sont des billes cons tuées de polymère complètement ar ciel. Ce sont des polymères que l'on appelle
des polymères ré culés qui signi e que c’est un polymère qui est poreux = des ré cula ons dans tous les sens. On peut
contrôler la porosité en jouant sur le taux de ré cula ons.

Si on prend 2 molécules, une pe te et une grosse, il y en

a une qui peut rentrer et une qui ne peut pas. La pe te va
pouvoir circuler et la grosse ne peut pas rentrer dans le
système de ré cula ons : la seule possibilité, c’est qu'elle
circule entre les billes. Il y a donc un tamisage, une sélec on
selon la masse de la molécule. C’est la plus grosse qui va
arriver avant en bas parce que globalement, elles sont
soumises simplement à la gravité et si les vitesses sont
constantes, celle qui a le chemin le plus court va me re un
temps d'émission qui va être beaucoup moins important.

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• Les techniques d'électrophorèse : la technique classique

Les gels SDS-PAGE. SDS le détergent = ceui qui va dénaturer la protéine, l'ouvrir.

PAGE : Poly Acrylamide Gel Electrophoresis ce qui veut dire gel d'électrophorèse sur polyacrylamide.

Le polyacrylamide est le polymère qui va cons tuer le gel. Electrophorèse = on va u liser ici comme force un
champ électrique. C’est-à-dire que contrairement à la colonne de tout à l'heure, ce n'est plus la gravité qui sert de force
mais c’est le champ électrique.

Si on prend une protéine + SDS, le SDS va se xer sur la protéine, ça dénature, la protéine s'ouvre et ça va xer
en + une molécule de SDS pour 2 aa. Donc on va recouvrir la protéine de SDS. (On u lise aussi un thiol si on a des ponts
disulfures). Globalement, on va donc avoir une charge néga ve pour 2 aa.

La conséquence de ceci, c’est que l'on un rapport de la masse sur la charge qui est une constante. Donc quand
on sature de SDS, quelque soit la taille, on a une charge pour 2 aa donc on gros si on a 20 aa dans la protéine, on a 10
charges. Le rapport est constant ce qui est important car la force électrique que l'on va appliquer, elle est fonc on du
rapport de la masse sur la charge donc ce e charge électrique qui est appliquée aux protéines, elle est iden que pour
toute protéine.

Donc globalement, on annule complètement la contribu on de la charge par elle de la molécule, de la masse.
Le 2ème élément est que toutes les protéines sont néga ves puisqu'elles sont toutes saturées de SDS, quelque soit leur
pH, quelque soit leur point isoélectrique. L'intérêt est que
dans un champ électrique, tout le monde va aller dans le
même sens et le seul facteur de sélec on va être la vitesse
de migra on. Elle va aller ± vite en fonc on de sa capacité
à di user dans le gel. La vitesse de migra on va donc être
fonc on de la di usion. Plus la molécule est pe te, plus
elle va di user facilement, plus elle est grosse, plus elle va
di user di cilement.

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 2. Mesure du point isoélectrique (pI):
Le point isoélectrique revient à dire quelle est la charge en fonc on du pH. C’est-à-dire qu'une protéine va
passer par plusieurs états de charges. Comme pour les aa, quand on balaye la gamme de pH, on va passer par toutes les
combinaisons : posi ve, globalement neutre et néga ve. Le point où il y a la neutralité électrique est ce que l'on
appelle le point isoélectrique qui est le point où on a autant de charges posi ves que néga ves.

Comment on détermine le point isoélectrique qui est un autre élément caractéris que de la protéine. On a
encore 2 techniques, une technique qui est de type colonne ouverte et une technique qui est de type
électrophoré que :

❖ En colonne, on a ce que l'on appelle des colonnes d'échanges d'ions.

C’est-à-dire que globalement, on a un gel et ce gel porte soit des charges posi ves soit des charges néga ves. Si
c’est une charge posi ve, il va xer une protéine chargée néga vement et s’il a une charge néga ve, il va xer une
protéine chargée posi vement.

Si on prend un système qui est un échange d'anions, les par cules de gel qui sont dans la colonne (il n'y aura pas
de di usion), la par e fonc onnelle est que l'on aura un mo f a une charge qui est tjr posi ve.

Conséquence : si on met une protéine 1 néga ve et une protéine 2 qui est sous sa forme posi ve, par simple
interac on électrosta que, on va xer la protéine néga ve sur le gel et l'autre va passer tout droit, va être éluée.

La conséquence est que une fois que l'on a balancé le mélange de protéines sur le ph, on est dans un état où le
gel porte une charge posi ve sur laquelle est associée par liaison ionique une protéine qui est sous son état néga f.

Qu'est-ce que l'on fait ensuite pour relarguer ? Quel facteur peut-on changer pour relâcher la protéine et en
déduire son pI ? On va jouer sur le pH car i l y a un moment donné où la protéine va passer de son état néga f à son état
isoélectrique et quand elle est sous cet état, il va être éluée. Quand on est au pH isoélectrique, la protéine passe à un
état qui est globalement neutre et il y aura élu on.

❖ Electrophorèse : gel de focalisa on Isoélectrique.

C’est une technique d'électrophorèse c’est-à-dire que l'on va appliquer un champ électrique mais dans des
condi ons où on va perme re non pas de déterminer la masse mais la charge, le pI.

Le principe est le suivant : si on met un gel. Le gel ici va servir simplement de gel neutre dans lequel va pouvoir
se mouvoir la protéine. Si on applique à ce gel un champ électrique comme tout à l'heure. Si on dépose une protéine,
ce qui se passe, on n'a pas saturé de SDS donc globalement on ne va pas forcer sa charge ar ciellement donc elle va
migrer en fonc on de la charge qu'elle porte.

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 Si on a une protéine n°1 chargée posi vement par exemple, elle va aller vers le pole -. Si on a une protéine n°2
qui est chargée néga vement, elle va aller de l'autre côté. Et si on a une protéine n°3 où on est au pI, elle ne bouge
pas, elle reste au point de dépôt.

Dans le gel de focalisa on isoélectrique, on a un gel qui va servir de matrice où les protéines vont se déplacer
donc lequel on aura un champ électrique + on aura ce que l'on appelle des ampholytes qui sont des molécules
par culières qui perme ent de cons tuer un gradient de pH quand on leur applique un champ électrique. C’est-à-dire
que les protéines vont se déplacer mais au fur et à mesure qu'elles se déplacent le pH local va changer.

Donc dans le système, on dépose les protéines à un endroit,

on a un gradient de pH qui se forme grâce aux ampholytes qui sont en
mélange avec le gel. Les protéines vont migrer et s'arrêter au niveau
de leur pI.

➔ Donc après migra on  lorsque l'on a a endu que

le système s'équilibre, on fait une révéla on et on va
retrouver les protéines qui se st toutes arrêtées à
leur pI où elles ne sont plus soumis au champ
électrique (c’est pour cela qu'elles s'arrêtent).

Remarque : on a aussi les gels 2D. Ce sont des gels où globalement on aura sur 1D une focalisa on isoélectrique
et ensuite une 2ème dimension où on faire migrer sous la forme SDS-PAGE.

Comme toute technique de 2D, on ob ent ce que l'on appelle des cartes 2D. Après révéla on, on va avoir des
choses comme ceci, les protéines se répar ssent sur le gel. Sur un axe, on a séparé en fonc on du pH donc on a séparé
les protéines on fonc on du pI et selon l'autre dimension, en fonc on de la masse moléculaire. C’est-à-dire que pour
une expérience, on peu associer pour chaque protéine, 2 caractéris ques : la masse moléculaire et le pI.

3. Détermina on de la séquence
= détermina on la séquence primaire. Ayant accès à la séquence primaire, ça va perme re de dire est-ce qu'à par r
de la séquence primaire on va avoir quelques indica ons (grâce au fait que l'on connaisse bcp de séq ds les banques de
données, que l'on connaisse bcp d'info sur les types de modif) sur à quoi sert ce e protéine. Il y a di érents niveaux. Il y
a d'abord ce qui est :

- La composi on : le but est d'avoir la propor on de chaque aa. L'objéc f ici est principalement en agro-
alimentaire (au sens très large, notamment tout ce qui est alimenta on du bétail) où on va dans certains cas,
s'intéresser à la concentra on de certains aa, l'objec f est de savoir quelle est la concentra on d'aa essen els
par exemple.
Ces aa essen els ne sont pas synthé sés chez les mammifères et pour le métabolisme, ce sont des aa qui sont
issus uniquement de l'alimenta on. Globalement, si on veut avoir un équilibre nutri onnel idéal, il faut que l'on
ait au niveau alimenta on, des protéines qui possèdent ces aa essen els.

Comment on procède à des hydrolyses ? L'hydrolyse est simplement le fait d’avoir la réac on inverse de la
forma on de la liaison pep dique c’est-à-dire que l'on va cliver les liaisons pep diques en présence d'eau et en
présence d'une source de protons : c’est une hydrolyse de type acide. Les condi ons sont extrêmement fortes :
acide chlorhydrique très concentré, ce sont des condi ons qui sont extrêmement violentes.

Si on clive au niveau des èches, ça veut dire que l'on va re-libérer l'ensemble des aa avec des propor ons en aa
qui sont des propor ons des aa dans la protéine ini ale. Ensuite, l'analyse par chromatographie, va perme re de
déter la propor on d'alanine, la propor on de glycine, etc…
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 Remarque : on peut avoir un pe t souci au niveau de l'hydrolyse sur la chaine latérale, notamment si la chaine latérale
possède elle aussi des liaisons qui sont de type amide.

4. Approche indirecte (=analyse par protéomique) :

Principe : on part du principe que la séquence génomique est connue. C’est-à-dire qu’on travaille sur un
organisme dont le génome a été séquencé. On veut iden er une protéine.

L’ensemble des protéines poten elles sont connues. Avec l’approche on dit si on a une séquence par elle. On
regarde la banque de données, et globalement on saura qu’elle est la protéine qui con ent ce e séquence.

Il faut que la séquence par elle soit au minimum de 10 AA. Ensuite on peut dé nir la fonc on, la localisa on …

Il faut une séquence pep dique (8 à 10aa) obtenu par séquence Edman ou spectrométrie de masse. Ensuite on
interroge la banque de donnée pour trouver la séquence de la protéine.
La séquence complète nous permet de connaître la masse, les mo fs de glycolysa on (modi ca ons), d’adressage
(lieu) ... et le PI de la protéine.
Ce e séquence permet le phénomène de phylogénie.

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 III) Enzymologie
I. Les enzymes :

C’est une protéine qui catalyse une réac on biologique. Si on a un produit A  B, on a un enzyme qui fait le job.

Rmq : il n’y a pas que les protéines qui ont des capacités enzyma ques, mais aussi des ARN cataly ques appelés
ribozymes.

a. Rappels :
• Catalyseur :
Un catalyseur permet d’accélérer la vitesse de réac on en baissant la barrière énergé que entre le substrat et le
produit (thermodynamique, l’enthalpie libre doit rester néga ve). Les lois de la thermodynamique s’appliquent aux
systèmes chimiques et biologiques.

C’est une réac on qui est possible car son deltaG > O.

Mais ce e réac on passe généralement par un intermédiaire réac onnel. La conversion de S en P implique de
passer la barrière énergé que. Le catalyseur va provoquer une baisse de la quan té d’énergie de l’intermédiaire, donc
ça demande moins d’énergie pour passer du substrat au produit.

En conséquence, le catalyseur intervient n fois. Il est en quan té in me. Le catalyseur n’est jamais modi é.

Le catalyseur diminue la barrière énergique de la réac on, elle est donc plus rapide. Le catalyseur est :
- Toujours régénéré en n de réac on (non modi é), il est non stœchiométrique
- Il agit donc en quan té très faible
- Il ne modi e pas les paramètres thermodynamiques de la réac on

b. Propriétés des enzymes :

Une enzyme est un catalyseur : elle augmente la vitesse, sont en

quan té faible et elles sont non modi ées.

Principe : il y a plusieurs situa ons :

- Présenta on des substrats en les rapprochant

- E et de desolvata on : la molécule est entourée d’eau, les
deux sphères de solvata on va rendre di cile le contact
des deux molécules qui interagissent donc on enlève l’eau.

Les enzymes rendent les réac ons très rapides. C’est une nécessité.

Ex : H2O2  H20 + ½ O2. Seul : barrière = 75kJ/mol ; avec du pla ne = 46kJ/mol ; avec une catalase = 2kJ/mol
(conversion instantanée).

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 Les enzymes agissent au pH et à la température de leur milieu physiologique (naturel) :

- Pepsine = protéase de l’estomac, pH op mal = 2

- Bactéries thermophiles, T° op mal = 90°C
Les enzymes sont spéci ques et e caces :

- E cace = par principe un rendement

doit être égale à 100%.
Ex : Dans le cycle de Krebs il y a 9
réac ons avec chacune un rendement de
90% donc un rendement global pour 1
cycle de 8% don plus de 90% de carbone
perdu. Donc 8,10% de carbone va faire le
cycle.

- Spéci que : un substrat = un produit (c’est-à-dire un seul isomère).

Ex : pyruvate réduc on de 2H+ + 2e- donne du lactate
(fermenta on lac que).
Le mécanisme est le même : les protons électrons arrivent sur le
carbone, et après on a le transfert des électrons.
D’un point de vue chimique on aura un mélange racémique de L
et de D-lactate ; en biologie on aura seulement 100% de L-lactate
(lactate naturel) fabriqué par le lactate deshydrogénase car elle
reconnait les eux faces du pyruvate.

Les enzymes sont régulées : nécessaire pour s’adapter aux condi ons et aux besoins physiologiques, l’enzyme n’a pas
besoin d’agir n’importe où et n’importe quand. Système de régula on :

- Génique/contrôle transcrip onnel : l’expression du gène est liée au besoin. On joue + ou – sur la synthèse de
l’enzyme (facteurs de transcrip ons, promoteurs, …).

- Inter-conversion : on fait varier l’état (ac vée, désac vée) de phosphoryla on (enzyme sous état phosphoryler
ou dephosphoryler), en fonc on de son état on change l’ac vité de l’enzyme.

- Processus allostérique : l’ac vité est fonc on d’e ecteurs externes = les signaux métaboliques, ils vont soient
baisser l’ac vité, soient augmenter l’ac vité. Système sophis quer où l’ac vité est fonc on d’e ecteur externe
(molécule qui va aller se lier à un autre site que le site cataly que) :
• E ecteur posi f : augmente la vitesse de réac on.
• E ecteur néga f : diminue la vitesse de réac on.
Ils vont rendre compte de l’état de la cellule. S’il y n’y a pas de régula on, on ne sait pas comment un mécanisme peut
fonc onner.

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 Régula on = modula on des ac vités qui vont perme re d’ac ver + ou – les enzymes pour perme re à notre organisme
de s’adapter aux besoins physiologiques.

c. Site cataly que.

Former par repliement 3D des protéines. Il va perme re la xa on du substrat par des

liaisons faibles avec une orienta on donner.
C’est là où se situe la réac on. C’est là où se xe le ou les substrat(s).

Ce e xa on fait intervenir les chaînes latérales d’acides aminés, elles sont à

l’origine de la xa on.
Elle va se faire soit par des liaisons faibles, des liaisons hydrogènes, liaisons
ionique, Van Der Walls, ….
Il faut un repliement dans l’espace de l’enzyme.

Principe de la clé-serrure: le site cataly que a une conforma on par culière qui ne
fera entrer qu’un seul substrat: 1 substrat → 1 produit.

Exemple:la lactate déshydrogénase: Il y trois types de liaisons.

Exemple: la chymotrypsine: Une zone qui permet de xer l’AA aroma que.

d. Nomenclature.

Il y a six classes d’enzymes qui sont numérotées de 1 à :

- Classe 1 = oxydoréductases: il y a échange d’électrons, on change l’état d’oxyda on de la molécule
- Classe 2 = transférases: il y a un transfert de groupe (lipides, glucides, phosphate, ct) sur un substrat.
- Classe 3 = hydrolases: on introduit une molécule d’eau. Exemple: les protéases, glycosidases, ARNase, lipase.
- Classe 4: lyases: rupture ou forma on de liaisons C-C, C-O, C-N, C-S, de façon non hydroly que, non
oxydoréduc on.
- Classe 5: isomérases: on passe d’un isomère 1 à un isomère 2.
- Classe 6: lygases : forma on de liaisons C-C, C-N, C-O, C-S, assistée par ATP (réac ons ATP-dépendante), on a
besoin d’énergie. Ex: pyruvate carboxylase.

II. Les Co-enzymes.

a. Le co-enzyme: partenaire de l’enzyme.

Composé non protéique qui transporte les éléments complémentaires de la réac on. Il est présent en propor on en
rapport stœchiométrique.

En oxydoréduc on, il va amener des électrons complémentaires pour que la réac on se fasse, il est en propor on
stœchiométrique avec le substrat.

On peut contrôler la réac on en jouant sur les ux de quan té de coenzyme

ENZ
Si on a A ------→ B par un système enzyma que, s’il y a ajout ou élimina on d’électrons et d’un groupe, l’enzyme étant
cataly que (elle ne peut pas être incluse dans cet ajout ou ce e élimina on), cela implique l’interven on d’un
partenaire: le co-enzyme.

Ex:
- NADH = transport d’électron
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 - Carboxylase = ajoute CO2

Conséquences:
- le rapport doit être stœchiométrique.
- on aura des co-enzymes qui existent sous deux statuts.

Remarque:
-Le co-enzyme est non protéique.

b. Caractéris ques des co-enzymes.

Ils sont non protéiques. Ils interviennent dans des propor ons stœchiométriques. Ils sont régénérés en permanence.

Ils dérivent des vitamines qui sont des composés essen els (ils proviennent de l’alimenta on).
Un co-enzyme = vitamine + modi ca ons
Les modi ca ons vont perme re la reconnaissance par l’enzyme et la vitamine porte l’ac vité (= capacité à
transférer électrons et groupes carbonés).

Exemple: NADH vs NADPH, ce sont deux co-enzymes qui dérivent de la même vitamine, le
nico namide. Par contre, ils sont associés à deux processus di érents. Le phosphate va être
impliqué dans la reconnaissance par les oxydoréductases.
Anabolisme: synthèse.
Catabolisme: dégrada on.

c. NADH/NADPH.
Ils sont associés à des oxydoréductases. Il y a un transfert d’un H+ et de 2 e-. La vitamine est le nico namide.
2 couples:
- NADH/NAD+
- NADPH/NADP+

d. FAD et FML.
Vitamine: acide pantothénique. Ce qui nous intéresse est le mo f ac f. Ce sont
des co-enzymes associées à des oxydoréductases.

e. Le co-enzyme A.
C’est lié à des transferts de groupe de carbone.
La réac on se fait sur la par e « SH »

f. Bio ne.
C’est un co-enzyme de transfert de groupe de carbone.
Elle est associée au transfert de CO2, elle est donc associée au carboxylase bio ne.

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 III. La ciné que enzyma que :
L’objec f de la ciné que est de dé nir la vitesse d’une réac on enzyma que.
On cherche v en fonc on de la concentra on en substrat. (v=f(substrat)).
Il faut que ce soit indépendant de la concentra on en enzyme.

1. Ciné que chimique:

Si je m’intéresse à une réac on, on a d’une manière générale: si j’ai un produit substrat (S1° plus un substrat S2
transformé en un premier produit et un deuxième produit alors: v= K x [S1] α x [S2] β
➔ General : aS1 + bS2  cP1 + dP2 alors v=K x [S1] α x [S2] β
On dé nit l’ordre de la réac on qui est égale à α + β

Ordre 1 :

Si on a un système simple, une molécule transformée, (S  P) on a v=kx(S1) 1

(S)

Remarque: on a des dégénérescences: tous les systèmes dégénèrent, diminuent de -1, si un substrat est en
concentra on constante.

Ex: hydrolyse du saccharose. On chau e et ça libère du glucose et fructose.

V = K x [saccharose] x [eau] et eau = solvant donc [H2O] >> [saccharose] car la
concentra on en eau est constante par rapport à celle du saccharose. On a donc une
dégénérescence de 2 en 1 : on passe à l’ordre 1.

Réac on d’ordre 2 car on a deux substrats d’où v = K’ x (saccharose) = ordre 1.

Ordre 0 :
On peut avoir des dégénérescences de 1 en 0 :

S  P mais la concentra on de S est constante pendant la réac on.

Donc v = K x (S) = constante.

(S)

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 2. Ciné que enzyma que:

L’objec f: si on a un substrat transformé en un produit, avec l’enzyme E, on veut savoir la vitesse en fonc on de la
concentra on en substrat.
On parle d’enzyme michaelienne.

En présence d’enzyme, la réac on se déroule en deux étapes :

- Fixa on du substrat par une enzyme : forma on du complexe E-S

- Conversion du substrat en produit : décomposi on qui mène à E+P

E + S ⬄ E – S  E + P} vrai en condi on ini ale, si non E + P  E – S

K1 K2

E+S= enzyme libre

E-S= enzyme complexée

L’enzyme est régénéré en n de réac on, elle n’est pas modi ée.

Remarque: ceci est vrai dans des condi ons ini ales, quand on met en
contact l’enzyme et le substrat il ne faut pas que la réac on inverse ait le
temps de se faire, sinon on doit prendre en compte que l’enzyme et le
produit peut se re xer sur l’enzyme et redonner le système inverse.

Expérimentalement:

Si j’ai un système enzyma que et que je rajoute un substrat, on

regarde la vitesse de forma on de P: système à un substrat.
Si je mesure la concentra on du produit (P) en fonc on du temps: On va
avoir une propor onnalité qui varie dans le temps.
La vitesse est globalement la varia on de P en fonc on du temps
soit la tangente de la droite à l’origine.
Le coe cient directeur de la tangente à la droite donne la vitesse
ini ale.

Pour S1: on dé nit une vitesse ini ale 1 (V1)

Pour S2: on a V2
Globalement pour une expérience n on a Sn=Vn

L’expérience me donne v = fonc ons(S)

On est à un ordre 0, quelle que soit la concentra on on a un plateau.

Donc on a une courbe de type y=ax/b+x
Donc globalement, la vitesse est une v= a[S]/ b+[S] avec a et b constante.

Equa on de Michaelis Menten:

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 E+S⬄E–SE+P
K1 K2

On va dé nir V en fonc on de S. La vitesse est indépendante de

la concentra on d’enzyme.
On part de l’hypothèse de l’état sta onnaire : [E – S] = constante,
c’est-à-dire que l’on a autant de complexe former que de
complexe détruit.

Donc la vitesse de forma on du complexe (K1x (S)x(E)) = vitesse

de décomposi on du complexe (K2(E-S) + K-1(E-S)).

K1[E][S] = K1[E – S] + K2 [E – S]  [E][S]/[E – S] = K1 + K2/ K1

= Km (constante de michaelis)

Et= enzyme totale.

La vitesse maximale de ce e réac on: si ES=concentra on totale

d’enzyme.
Globalement la vitesse maximale….

Bilan: si j’ai une enzyme michaélienne: elle répond à: V = Vmax [S] /

Km + [S]
Avec Vmax et Km = constantes spéci ques de l’enzyme (deux
enzymes n’ont pas la même constante).
Si on a une faible concentra on de substrat : alors v= (Vmax/k) x (S) .

Si (S) >> km ➔

Conclusion : pour une enzyme, on a un couple de deux constantes (Vmax et Km) qui sont spéci ques de l’enzyme.

Signi ca on de Vmax et Km:

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 - Vmax correspond à la vitesse maximale de décomposi on du
complexe E-S en E+P. Donc Vmax= E-S ➔ E+P.
- Km = (K-1 + K2) / K1. Avec l’hypothèse de k2 << k-1 alors on a km =
k-1 / k2 = 1/ a nité (c’est l’inverse de l’a nité).
Donc la constante de michaelis c’est l’inverse de l’a nité de
l’enzyme pour le substrat. E + S  E – S : si l’a nité est forte on
aura un Km faible et inversement.

Donc un système enzyma que fonc onne en deux étapes, xa on et

décomposi on. E + S ⬄ E – S  E + P

On a donc deux constantes (K1 et K2) qui caractérisent chacune une par e.

Détermina on :
Système de représenta on en double inverse: V = Vmax [S] / Km + [S]
Avec Vmax/2 on a Km.

Si on a une concentra on non saturée (pas a eint le plateau) notre Vmax mesuré sera inférieur au Vmax réel.
Tout simplement parce qu’on n’a pas assez de concentra on de substrat.
Donc la représenta on double inverse c’est simplement de dire: 1/V =
fonc on (1/[S]) est une droite.
 1/V = Km + [S] / Vmax x [S]  (Km/ Vmax) x (1/(S]) + (1/Vmax)

Quand 1/[S] = 0 alors 1/V = 1/Vmax donc 1/V = 0 et 1/[S] = -1/Km

Donc quand on représente 1/V en fonc on de 1/S on a :

La droite coupe en 1/Vmax.

La constante de michaélis ne peut pas être néga ve donc l’extrapola on

(après l’ordonné) est théorique.

Expérimentalement:

On a une concentra on d’un substrat S, on mesure P en fonc on du temps, alors

la tangente = V1.
[S1]  d[P1] / dt alors tangente = V1
Puis on a encore (Sn) = Vn.
Donc 1/V = fonc on (1/(s))

3. Caractéris ques des enzymes:

• Unité enzyma que:

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 C’est une ui.
Une ui = quan té d’enzyme qui va perme re de faire de la conversion de 1µmol de
substrat en une minute. (1ui = 1µm/min)
On u lise le katal : il dit que l’unité interna onal est donc des moles par seconde.
Donc si on a une unité, on a une µmol/mn soit 10-6 moles / secondes soit 1ui = 16,67.10-9
Katal.

• Concentra on enzyma que:

Solu on = 1ui /mL

• Ac vité spéci que:

C’est le nombre d’unité par milligramme de protéines.

• In uence du pH et de la température:
La température va nous donner un comportement comme ceci:
Avant la baisse on a une température par culière dans laquelle on a pleins
d’ac vités pour dénaturer la protéine= température de dénatura on qui dépend de
l’enzyme.

L’e et du pH fait varier l’état de charge des AA: on va perdre la capacité de xer le
substrat.
Quand on regarde la vitesse de réac on on a qqlc comme ceci:
On aura un pH op mum= moment où l’ac vité enzyma que est la plus forte.

• No on d’ac vateur:
C’est tout ce qui est composé nécessaire pour l’ac vité de l’enzyme. Un
système enzyma que a besoin de toutes les informa ons présentes dans son
milieu naturel.
Les principaux peuvent être soit des ions soit des co-enzymes.

Conséquence: globalement, pour dé nir un système enzyma que, on dé nit

tous les paramètres nécessaires.

Ex: réac on qui conver t le malate en oxaloacetate.

Informa ons de l’enzyme (malate deshydrogénase) :

- 3000 ui/mg ➔ pour 1mm on a 3000 µmoles en une minute.

- pH = 7,5 / 25°C ➔ oxyda on

- EC = 1.1.1.37 : oxydoréductase, substrat = fonc on alcool, enzyme a
NADP

• Inhibi on

Un inhibiteur enzyma que est une molécule qui va diminuer la vitesse de réac on.
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 Il y en a deux sortes: compé ve, non compé ve.

➔ Inhibiteur compé f:
On a un inhibiteur qui rentre en compé on avec le substrat, c’est à dire que le site cataly que qui reconnait le
substrat peut reconnaitre l’inhibiteur. Il est reconnu par le même site cataly que du substrat mais ne le modi e pas.
On va donc baisser l’a nité pour S. Le Km est modi é, l’a nité de l’enzyme pour son substrat est perturbée donc
diminue.
Globalement, le comportement du système enzyma que
va être comme ceci:
- Si j’ai un site enzyma que sans inhibiteur on va avoir notre
courbe normale. Si on a un inhibiteur, on va avoir le même
comportement michaélien par contre on a le -1/km
apparent qui est plus faible puisqu’on diminue l’a nité.
De ce fait, le 1/Vmax est inchangé car globalement on
perturbe que l’a nité.

Km apparent = Km (1 + ([I]/KI))

Ce qui veut dire qu’il se passe ceci: E+S / E+I ➔ E-S / E-I ➔ E+P

Si on veut bloquer un système enzyma que il y a plusieurs façons: on u lise un inhibiteur qui va diminuer de
façon forte ou par elle l’a nité enzyma que. On u lise ça en médecine, pharmacologie…
Ce sont des molécules très recherché en pharmacologie. Ex: sta ne, an cancéreux, glyphosate (inhibiteur de la synthèse
de tyrosine et phénylalanine: des AA essen els).

Ex: Inhibiteur de la trypsine:

La trypsine est une enzyme qui coupe après arginine ou lysine. La
molécule possède le même mo f que l’arginine, c’est-à-dire que
quand la trypsine reconnait l’arginine elle se xe sur ce site-là, et
donc l’inhibiteur va se xer sur ce site également et bloquer la
xa on de la trypsine pour l’arginine.

➔ Inhibiteur non compé f:

C’est un cas beaucoup plus rare. Il n’entre pas en compé on.
Il se xe sur l’enzyme mais pas sur le site cataly que. Il se xe sur
l’enzyme mais ne modi e pas l’a nité du substrat, l’inhibiteur se xe
sur un autre site et diminue la vitesse de réac on. Km n’est pas
modi é mais Vmax est modi é.
E+S+I ➔ E-S-I ➔ E+P
Il va perturber la vitesse de décomposi on puisqu’il perturbe la
forma on intermédiaire.
Globalement on a toujours la représenta on conven onnelle, si on
diminue la Vmax, on augmente le -1/Vmax.

➔ Inhibi on suicide (covalente) :

Un inhibiteur compé f, su samment homologue pour pouvoir entrer et se xer dans le site cataly que de
l’enzyme, va former une liaison covalente dé ni ve, il ne va pas pouvoir se libérer de l’enzyme après son ac on: il tue le
site.
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 Mécanisme d’inhibition suicide de la chymotrypsine
L’inhibiteur va tuer l’enzyme, son site cataly que ne peut plus prendre en charge aucun His 57

substrat, elle devient inac ve. Mais les enzymes sont tout le temps régénérer. Asp 102

C
O
CH2
Ser 195

CH2

Ex : O H N
N
H
O
CH2

CH2 S F

- Aspirine O

PMSF : phényl méthane sulfonyl fluoride

- Organophosphoré = neurotoxique : gaz sarin, ct

- PMSF : inhibiteur suicide des an -protéases
His 57

Ser 195
Asp 102 CH2
O
CH2 C
CH2
O H N
N
H O

CH2 SO2 +F

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4. L’allostérie

Les enzymes dites allostériques ont plusieurs caractéris ques: elles sont non michaélienne. C’est une enzyme qui a une
structure quaternaire (avec des sous-unités). Quand on va xer le substrat on va avoir modi ca on de la structure qui va
modi er l’a nité. Phénomène où l’ac vité dépend de l’environnement

Coopéra vité: elles ont un substrat et un e ecteur. Cet e ecteur est un

autre produit qui va soit augmenter la vitesse en augmentant l’a nité de
l’enzyme pour son substrat (e ecteur posi f) soit diminuer la vitesse en
diminuant l’a nité pour le substrat (e ecteur néga f).

On va avoir un comportement très di érent:

On aura un changement d’a tude en fonc on de la concentra on
en substrat.
Globalement on peut dire que : V = (Vmax[S]n) / (Km + [S]n) avec n
coe cient de Hill

Si n = 1 : enzyme mickaélienne ; si n >1 ou <1 : coopéra vité

posi ve ou néga ve.

Un substrat donne un produit grâce à une enzyme allostérique qui va perme re un système substrat/produit avec des
enzymes mickaélienne. C’est la cellule qui va agir sur la voie métabolique en in uençant sur l’état de l’e ecteur (posi f
ou néga f). Une enzyme allostérique est toujours située en début de chaine métabolique (succession de réac on
métabolique).

Dans presque tous les cas, on aura une chaine A  B  C  D  E avec des enzyme
michaelienne entre chaque réac on pour que l’ac on puisse se faire. Un substrat
donne un produit grâce à une enzyme allostérique qui va perme re un système
substrat/produit avec des enzymes mickaélienne.

Si on veut réguler la chaine métabolique, il nous su t de réguler E1 (la première enzyme qui est allostérique). Si E1 ne
fabrique pas B, le cycle ne se fait pas. (Les autres enzymes sont michaélienne). La régula on se fait en présence

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 d’e ecteur posi f ou néga f sur le dernier produit : c’est de l’auto-régula on, en fonc on de ce que la cellule a besoin
elle ac ve ou non le cycle avec la quan té d’e ecteur qui ac ve ou désac ve le système.

➔ Senseurs métaboliques :
Ces e ecteurs sont des signaux métaboliques : ils vont rendre compte de l’état physiologique de la cellule. Il y en a trois :
- Soit on rend compte de l’état énergé que : ATP/ADP/AMP
- Soit on rend compte de l’état réducteur : on regarde si on a assez de NADH/NADPH (accepteur d’électron)
- Soit on rend compte de l’état de disponibilité en carbone

Le senseur va analyser si la cellule a ces trois composés en quan té su sante et de ce fait va envoyer une réponse par
l’e ecteur posi f ou néga f.

Rmq : très souvent, le produit nal d’une chaine est un e ecteur néga f. Le produit nal va perme re le rétro-contrôle
pour montrer que l’enzyme n’a plus besoin de fabriquer un composé que la cellule n’a plus besoin.

Ex : la synthèse des acides Gras :

L’acétyl-CoA va donner le manéline- Coa.

Pe t à pe t on va fabriquer du C16:0. Le
précurseur ici est le citrate. Le citrate est un indicateur de présence d’énergie dans la cellule. C’est la source de carbone.
Si on veut contrôler la synthèse, il su t de contrôler l’acétyl-Coa carboxylase qui est allostérique et a deux e ecteur
(citrate : posi f et palmitate : néga f)

Les lipides :
Introduc on:
Les lipides sont des composés hydrophobes avec des mo fs CxHy.
Ils ont plusieurs fonc ons:
- Energie: source énergé que majeur = combus on d’acide gras.
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 - Structure: ex de phospholipides dans les membranes, les stérols, ct
- Signalisa on: stéroïdes, acide arachidonique, ct
- Métabolisme: vitamines liposolubles

On retrouve deux grandes familles chez les lipides par rapport à la biosynthèse de l’acétyl CoA:
- En C2 (=C14, C16, C18, C20) qui donne les triglycérides, les phospholipides, des médiateurs (éicosanoïdes): ce
sont des carbones pairs.
- En C5 par l’isopenténylpyrophosphate (PIP) qui va donner les terpènes: stérols, stéroïdes, vitamines

Si je résume: on va avoir l’Acétyl-CoA, ses deux carbones vont donner des AG qui vont
avoir un nombre pair (C2). Les AG vont soit donner des triglycérides (du stock
énergé que), des phospholipides (fabriquent la membrane) ou de la signalisa on
(processus physiologique, exemple de l’acide arachidonique).

L’acétyl-CoA peut donner également des AG dit « C5 ». Ces C5 vont donner des stérols
(no on de membrane, comme le cholestérol), des stéroïdes (signalisa on).

I. Les acides gras :

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Structure :
Un AG est une chaine alkyle plus ou moins longue et paires avec ou sans
insatura ons (C14, C16, C18, C20).
Ils sont en « zig-zag »: problème de structure, de conforma on. Elle permet de
rendre la molécule beaucoup plus stable.
Les acides gras insaturés: chaine alkyle avec une ou plusieurs doubles liaisons
(polyinsaturée) avec une conforma on naturelle CIS (Z).
Si on a des doubles liaisons, elles sont toujours non-conjuguées. On ne peut donc pas déplacer des électrons.

Conséquence: acide linoléique

Je numérote Δ à par r de COOH ou oméga en partant de la n, par

rapport à la no on d’AG essen el.

Ex: acide arachidonique

- Acide gras essen elles
- C20 : 4 Δ5, 8, 11, 14

1. Les Acides Gras essen els :

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 Ce sont des acides gras apporté par l’alimenta on (animaux). Ce
sont des précurseurs d’autres acides gras (acide arachidonique).

Ce e no on est liée aux désaturases qui perme ent leur

biosynthèse. La désaturases ne fabriquent des structures que
sous la forme CIS.
Entre les animaux et les plantes, les désaturases ont des
spéci cités di érentes:
- Les animaux désaturent vers la fonc on COOH
- Les végétaux désaturent vers la n de la chaine alkyle.
En fonc on de la posi on de la double liaison ce n’est pas la même
désatura on.

Les AG essen els sont physiquement importants, ils sont vitaux chez les mammifères. Le plus important est l’acide
arachidonique.

Acide arachidonique:
C’est un AG important, c’est un précurseur de médiateur:
- Prostaglandine
- Prostacycline
- Tromboxanes
- Leucotriènes

Cet AG arachidonique c’est un C20: 4 Δ5, 8, 11, 14.

Il est à la fois un mélange entre les processus de désatura on végétal
et animal (puisque les désaturases animales ne peuvent pas désaturer
au niveau végétal). Les doubles liaisons du côté Cterminal sont d’origine
végétale.

Biosynthèse de l’acide arachidonique : on part de l’alimenta on avec un acide gras végétal (acide linoléique) : C18: 2
Δ 9, 12  on va rajouter des carbones, on a : C20 : 2 Δ11, 14 puis on aura des
désaturases animales C20 : 4 Δ5,8, 11,14

Ces composés sont des oméga 6. On retrouve les oméga 3 et 6 que dans
les végétaux!!!! (Si on en retrouve dans le poisson c’est parce qu’ils se
nourrissent de phytoplancton, pas parce qu’ils en produisent).

2. Propriétés chimiques:

L’auto-oxyda on:
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 C’est lié au problème de rancissement: ac on de l’oxygène.
On a des AG en présence d’oxygène, ce qui va provoquer des réarrangements, des molécules de types peroxyde, très
ac ves, qui conduisent à la dégrada on.
C’est donc une dégrada on radicalaire, qui implique des électrons libres, d’un acide gras pas de l’oxygène.
Il faut donc stabiliser les AG pour perme re une u lisa on quo dienne.

On va u liser des an oxydants: vont s’opposer au processus de dégrada on radicalaire. Ce sont

globalement des composés qui fonc onnent comme des pièges à électron intermédiaire.
Les an oxydants peuvent être soit naturels (cas des vitamine C et E) ou des conservateurs u lisés en
agroalimentaire qui procède sur le principe des quinones.

L’ioda on:
Ce sont des techniques u lisées en agroalimentaire.
Ça concerne la capacité de l’iode à s’addi onner sur des doubles liaisons.
Globalement quand on a une double liaison sur un AG, on peut y addi onner de l’iode pour
donner un composé bi-iodé.
C’est u lisé pour déterminer le pourcentage de double liaison, d’insatura on dans les graisses.
À par r de là on dé nit l’indice d’iode qui est le gramme d’iode par 100g de graisse.

Hydrogéna on:
C’est le fait que l’on va ajouter non pas de l’iode mais de l’hydrogène en présence d’un catalyseur. Ça permet de rajouter
l’hydrogène sur notre double liaison. On va obtenir des graisses saturées.

On doit au nal avoir un indice d’iode = 0 pour savoir si la réac on est complète.
C’est lié à un certain nombre de composés: des graisses saturés (ma ère agroalimentaire
beaucoup plus stables, comme la margarine). Globalement on augmente la stabilité vis-à-
vis de O2.
Donc les graisses saturées sont donc beaucoup plus stables.

II. Graisses et cires:

Les graisses sont par culièrement des triglycérides: un AG + un glycérol. Il y a trois alcools. On a des liaisons de types
ester.
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Les triglycérides sont neutres. Leur fonc on c’est d’être une réserve énergé que d’acide gras.

On peut avoir l’ac on d’une lipase qui va libérer un glycérol + 3 acides gras pour obtenir de l’énergie.

Pour les cires, ce sont des esters entre les AG et alcool longue chaine.
Ce sont souvent des isolants au sens très large (cire d’abeille, cu cule des végétaux…)

III. Phospho et glycolipides

On est dans une no on centrale en biologie: la no on de membrane. On fabrique un système hydrophobe qui sépare
deux milieux hydrophiles. Ce sont la base des membranes avec des têtes polaires et des queues apolaires.

Ces composés sont basés sur deux familles di érentes qui font la même chose (évolu on de convergence) :
glycérophospholipides et sphingolipides.
On a un squele e qui est un phosphoglycérol et un deuxième squele e qui est la sphingosine.
Ces deux squele es di érents vont contenir des molécules qui ont la même fonc on. Les deux squele es vont
conduire dans les deux cas à des lipides très amphiphiles.

1. Glycérophospholipides:

Squele e: glycérol qui porte un phosphate.

Là-dessus, il va y avoir couplage de deux acides gras sur les deux fonc on alcool du haut.
Sur le phosphate on couple une par e X avec une fonc on alcool. (X-OH)

Donc on les représente comme ceci: en haut on a les AG, en bas on a la par e phosphate O-X.
X= sérine, choline, éthanolamine et inositol.

On aura:

La chaine avec le phosphate et X est

polaire, quel que soit le composé X u lisé: c’est la tête polaire.
Pour la par e avec les AG, on a deux chaines très hydrophobes.

La sérine et l’inositol sont neutres, donc le phospha dylserine et le

phospha dylinositol sont chargés -1
La choline et l’éthanolamine sont chargés +1, donc le phospha dylcholine et le phospha dyléthanolamine sont neutres.

Remarque :
Liaison ester-carboxylique: au niveau des liaisons des AG.
Si je fais une hydrolyse je redonne la fonc on ester + la fonc on alcool.
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 Pour le phosphate on a aussi des liaisons ester mais elles sont phosphoriques.
Cela vient du fait que l’acide phosphorique (H3PO4) est un triacide: si je le
combine à une fonc on alcool en perdant de l’eau, j’ob ens un mono-ester. On
peut faire d’autres liaisons ester en faisant des liaisons di-ester ou tri-ester.
Le phosphodiester permet de faire un pont phospodiester: ponter deux
fonc ons alcool à travers un phosphate.

Si j’ai un glycérophospholipide: j’ai 4 liaisons ester. Globalement, tout ce qui est

processus hydroly que en biologie, on aura accès à 4 phospholipases.
On aura la phospholipase A1, A2 (ce sont des lipases sur l’ester carboxylique),
la C et la D.

Ex : cascade de l’acide arachidonique : est associé sur un phospholipide. Dans la membrane on a un

premier AG, la tête polaire, le tout dans une membrane.
- Cascade de l’acide arachidonique: réponses physiologiques = phospholipase A2 qui va cliver
l’acide arachidonique pour la libérer, qui sera pris en charge pour être transformer.
- Transduc on de signaux: percep on d’un message externe avec une réponse cellulaire adaptée.
Phospholipase C envoie des signaux secondaires qui vont induire la réponse cellulaire.
- Phospholipase C : induit du PIP2 puis du IP3 (messager)

Charge ?
La charge est globalement neutre au pH physiologique mais dépend aussi des charges des acides aminés qui composent
le glycérophospholipide s’il est localisé en intra ou en extracellulaire.
Le phosphate est toujours autour de PH=7 : on a une charge de -1.
La charge globale du phospholipide dépend du X, s’il ramène une charge ou non.
La sérine et l’inositol sont neutres, donc le phospha dylserine et le
phospha dylinositol sont chargés -1
La choline et l’éthanolamine sont chargés +1, donc le phospha dylcholine et le
phospha dyléthanolamine sont neutres.

2. Les sphingolipides.

Fonc on principale:

Il en existe 12.
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 La tête polaire est soit la phospha dylcholine soit un glucide (glycosphingolipides).
Les glycosphingolipides ont la par cularité de pouvoir xer les virus et les bactéries (présence de lec nes qui xent les
glucides).

Au niveau du NH2 on aura la chaine d’AG.

On retrouve un AG, cons tu f de la sphingosine, un deuxième AG
gre é et la tête polaire (au niveau du CH2OH).
Pour la tête polaire on a deux cas: soit la phosphoryl choline, soit
un glucide (séquence oligo mono saccharide). Avec un glucide
associé à une par e lipide on forcément un glycolipide, retrouvé
en membrane. Ils sont impliqués dans les processus de
reconnaissance en surface.

IV. Les terpènes

Les terpènes possèdent une base a 5 carbones = isopenténypirophosphate (IPP)

Plusieurs types :

- 2X5 : monoterpène C10

- 4x5 : diterpènes C20
- 6x5 : triterpènes C30
- 8x4 : tétraterpènes C40
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 1. Les monoterpènes C10
Petits composés peu polaires et très volatils. Ils constituent les huiles essentielles chez les plantes. Liés
aux processus d’attractant ou répulsifs.

Fonction : majoritairement utilisé comme attractant pour attirer les insectes polinisateurs.

2. Les triterpènes C30

Dérivent du squalène qui donne des stérols (composés qui sont dans la membrane) qui eux vont donner
par oxydation, au niveau du métabolisme, des stéroïdes (hormones, signaux biologiques).
Les stérols sont notion de fluidité membranaire.

Chez les mammifères : le cholestérol

Va donner par modification un certain nombre d’hormones avec oxydation des cycles.

3. Les tretraterpènes C40

Utiliser lors de la photosynthèse chez les plantes (carotènes, ct).

V. Les vitamines A, D, E, K et coenzyme Q

Les vitamines proviennent d’une modification des terpènes.

Différentes modifications et implication des vitamines :

- Vitamine A : vient de l’oxydation des carotènes. Elle est liée au processus de la vision.
- Vitamine D : vient de la photolyse du cholestérol ( ouverture des stérols provoqué par des photons) .
Impliquer dans la fixation du calcium.
- Vitamine K : vient de la β– carboxylation  oxydoréduction

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 - Coenzyme Q : impliquer dans la respiration cellulaire (transport d’électron dans la chaine
respiratoire)
- Vitamine E : impliquer dans la capture d’électron, c’est un antioxydant naturel (fontionnent de la
même façon que les antioxydants utilisés dans l’agro-alimentaire)

VI. Les membranes

Permet la compar menta on & de créer des fron ères (no on claire) : on contrôle les entrée et sor es. Elle
permet une sépara n physique.
1. Structure
On a deux éléments différents :

- Lipides amphiphiles : formation spontanée d’une

bicouche lipidique (membrane) en présence d’eau avec
un feuillet interne et un feuillet externe.
 Lipides : glycérophospholipides et
sphingolipides.
Formation d’un double feuillet. Noyau hydrophobe + tête
polaire.

- Composés supplémentaire insérés : on a insertion de

différents composés dans la bicouche lipidique.
Composés = stérols (fluidité), protéines associées : (Récepteur, ancrage, ct).

Remarque :

- Notion fondamentale : adaptation dans les organismes extrèmophiles : les membranes ne sont pas
constituées par des phospholipides mais de lipides avec deux tête polaires (résiste à la chaleur).

Les protéines membranaires

Ce sont des protéines co-purifiées avec les membranes.

On retrouve 3 familles différentes :

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 - Protéines transmembranaires
- Protéines périphériques : associer à des protéines transmembranaires
- Protéines ancrées : protéines de surface avec une ancre lipidique dans la membrane.

2. Notion de mosaïque fluide

Une membrane autorise la diffusion latérale des lipides mais la
diffusion entre deux feuillets est impossible  SAUF s’il y a une
action contrôlé par des flipases pour que cette diffusion soit possible
(système de flip-flop).

3. Composition et organisation
Composition

La composition d’une membrane est extrêmement variable, les seuls éléments indispensables sont les lipides
amphiphiles et les composés insérés.

Ex :

- Neurone : 25% protéines, 75% lipides (45% sphingolipides, 45% glycérophospholipides, 10%
cholestérol)
- Mitochondrie : 75% protéines, 25% lipides (100% glycérophospholipides)

Organisation

Les membranes sont asymétriques :

- Les deux feuillets d’une même membrane vont avoir des compositions différentes.
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 - Orientation particulière et unique des protéines et des glycolipides : lier a la voie de biosynthèse =
détermine le lieu d’action de la molécule.
L’orientation définis le lieu d’action.
Ex :

Les glucides
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 Introduc on

Les glucides sont des carbohydrates : Cn(H20) m.

On retrouve deux familles :

- Monomères = monosaccharide
- Polymères : liaisons glycosidiques entre monomères = polysaccharide et oligosaccharide.
Di érentes fonc ons :

- Structure : composi on des parois  cellulose

- Energie : glucose (produc on d’énergie par la glycolyse).
Stockage de glucose (amidon et glycogène)
- Communica on : cellule – cellule ou cellule – protéine.

I) Structure des monosaccharides

1. Généralités
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 Un monosaccharide possède une fonc on carboxyle et une fonc on
alcool, il y a nécessité de ses fonc ons pour perme re une cyclisa on en
milieu aqueux.

Principaux squele es :

Certains monosaccharides sont formés grâce à un aldose  principaux monsaccharides

. Isomères :

- n = 3 : pentose
- n = 4 : hexose

Certains sont formés grâce à une cétose. Isomère : n = 3

Filia on

On retrouve les séries D et L où deux familles portent le même nom :

- hexoses : 16 = 8L + 8D
Remarque :

- Alanine : la série D et L ont les mêmes

propriétés physico-chimiques mais ne di ère
que par la géométrie spa ale.

C’est la posi on de l’avant dernier carbone qui va donner la série de la molécule.

Pour le monosaccharide : Ex : glucose (retenir le glucose)

Le carbone 5 du glucose donne sa série, il est de la série D.

Le L-glucose sera l’image miroir du D-glucose

Nomenclature

Les monosaccharides sont écrits sous forme de code à 3 le res :

- Galactose : Gal
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 - Mannose : Man
- Glucose : Glc

Les 3 monosaccharides majeurs sont :

- Glucose série L ou D
- Galactose : épimère du glucose en C4
- Mannose : épimère du glucose en C2

Les cétoses : le fructose

Isomère du carbone 1 en carbone 2 du D-glucose. Dans la glycolyse, l’isomèrase permet de transformer le

glucose 6P en fructose 6P.

2. Les dérivés
Plusieurs sortes de dériva on de monosaccharide :
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 - Les désoxy : on enlève un oxygène
- Les sucres aminés : on subs tut la fonc on alcool par une fonc on NH2 généralement acétyler (NH – C=O –
CH3).
- Acide uronique : oxyda on de la fonc on CH2 – OH en fonc on acide COOH

Nomenclature : on dé nit la série, le squele e et la dériva on.

Exemple :

- 6 – désoxy – L – galactose

3. Monosaccarides complexes
Rôles centrales dans la biologie animale.

Ex : acides sialique

II) Cyclisa on
Forma on d’un cycle par les fonc ons alcool et carboxyle en milieu aqueux. On aura des cycles à 6 ou à 5 carbones.
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 Ex :

- D – glucose

- Pyranose : simpli ca on de la représenta on par la projec on

d’Haworth.

• Posi on des OH :

Technique de la double permuta on : exemple du D – glucose.

On pré gure la forme linéaire sur la forme cyclique.

• Le carbone 1 :

C’est le carbone qui porte la fonc on carboxyle, il porte le nom de carbone anomérique ; après la cyclisa on il
portera deux fonc ons alcools.

Lors de la cyclisa on on forme un nouveau carbone asymétrique (C1) = 2 isomères supplémentaires alpha et beta.

A ribu on des alpha et beta :

- Alpha : le OH en 1 et le OH de la série (D ou L) sont du même côté en Fisher

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 - Beta : le OH en 1 et le OH de la série sont du côté opposé en
Fisher

• Mutarota on

On a un monosaccharide en équilibre entre toutes ses formes

cycliques et ouvertes.

Principe : si on prend du D-glucose et qu’on le met en solu on, il

va se trouver dans un système en équilibre.

III) Propriétés chimiques

• Absorbance

Pas d’absorbance dans l’UV car pas de groupement aroma que.

• Mutarota on

On retrouve majoritairement les glucides sous forme cyclique mais peut être retrouvé sous forme ouverte.

• Fonc on

On aura deux fonc ons suivant l’état de structure du glucide :

- OH
- Carbonyle : C=O
-
• Fonc on carbonyle

Permet une ac on d’oxydo-réduc on du carbone.

Suivant la disponibilité du Carbone on aura soit des réac ons d’oxyda on, soit des réac ons de réduc ons.
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 • Fonc on alcool

Ester

Possibilité de former des liaisons ester avec di érents acides.

Ether

Possibilité de réac on de méthyla on : forma on d’une liaison ester H3C – O – CH3

Ce sont des liaisons extrêmement stable en milieu acide.

Applica on = perméthyla on : on va transformer toute les liaisons alcool en liaison ester.

• Forma on des glycosides

A la base des liaisons entre deux monosaccharides. On a une dériva on du carbone anomérique.

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 Bilan :

Remarque : je mets en équilibre deux espèces :

- Un monosaccharide qui est possiblement en forme ouverte (mutarota on) fait apparaitre la fonc on aldéhyde
pour des réac ons d’oxydo-réduc on.
Ce sont des composés réducteurs.
- Un glycoside avec la fonc on alcool non libre (forme cyclique), il n’y a pas de possibilité de mutarota on. Ce sont
des composés non réducteurs.

IV) Les oligosaccharides

1. La liaison glycosidique
A par r de deux monomères, on forme un dimère avec des liaisons glycosides.
La liaison former peut être alpha ou beta et les cycles furanose ou pyranose.

Ex :

- 2 D-glc : avec deux D – Glucose on peut former 64 disaccharide.

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 -

• D – Glc pyranose alpha 1  2 D – Glc

• D – Glc pyranose béta 1  2 D – Glc

2. Les oligosaccharides
Oligosaccharide non réducteur

Tous les carbones anomérique sont liés.

Ex :

- Saccharose : liaisons D – Glc alpha 1 (anomérique)  2 (anomérique) D – Fructose

Oligosaccharide réducteur

Quelques soit la taille du glucide, il y a toujours une extrémité réductrice (OH libre).

Ex :

- Lactose : D – Galactose pyranose beta 1  4 D – Glucose

On a une liaison glycoside donc il y a impossibilité de mutarota on.
Le groupement ~OH libre en bout de chaine du glucose est capable de mutarota on
donc sont réducteur.

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Cas général :

Le dernier monosaccharide (D) porte l’extrémité réductrice (OH) alors que le premier monosaccharide (A) est une
extrémité non réductrice.

Les rami ca ons : liaison possible sur les OH du cycle avec d’autres molécules.

3. Les glyco-conjugués
Molécule composée d’un glucide et d’un non glucide.

Ex : glycoprotéines

- N – glycoprotéine : glucide associé, via un atome d’azote d’une asparagine

- O – glycoprotéine : glucide associé via un atome d’oxygène d’une sérine ou d’une thréonine
Ex : Les nucléosides :

- Liaison entre un ribose et une base azotée par une liaison N – glycosidique

V) Analyse

1. Structure d’un oligo ou polysaccharide

Connaitre : Extrémité non réductrice, point de branchement, liaison alpha ou béta avec quel carbone, forme pyranose
ou furanose, extrémité réductrice (OH)

2. Approches
Techniques u lisées :

- Spectrométrie de masse : Permet de connaitre la taille et la séquence.

- RMN (résonnance magné que nucléaire)

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 - Technique de perméthyla on : permet de connaitre la séquence
Technique de perméthyla on

Principe : déterminer le lactose

- Alpha ou béta (avec des enzymes)

- Liaison 1  X ?
- Sucre réducteur, ct)

D – galactose beta 1  4 D – glucose

La perméthyla on se fait sur les fonc ons OH des carbones 2.

Etapes :

1) Hydrolyse : D – galactose + D – glucose

2) Réduc on (NaBH4 = H-) + hydrolyse : D – galactose + D – glucitol
3) Perméthyla on : traitement d’une base + iodure de méthane = toute les fonc ons alcool libre sont transformer
en fonc on O – CH3
4) Hydrolyse des liaisons glycosidique : on ob ent du tétra – O – méthyl – 2, 3, 4, 6 D – galactose et du tri – O –
méthyl – 2, 3, 6 D – glucose
La fonc on OH libre en carbone 4 du tri – O – méthyl nous donne la posi on de la liaison en 1  4.
La fonc on OH libre du carbone 5 du tétra – O – méthyl nous donne la forme pyranose.

Ex : oligosaccharide

- Hydrolyse : 3 Glucose + 1 Mannose + 1 galactose

- Réduc on + hydrolyse : 3 Glucose + 1 Mannose + 1 Galac tol

 Penta saccharide avec un galactose réducteur

- Perméthyla on :
• 2 tétra O – méthyl 2, 3, 4, 6 D – Glucose = glucose terminal et forme pyranose

• 1 tri O – méthyl 2, 3, 6 D – Glucose = liaison 4 Glucose 1 

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 • 1 di-tri O – méthyl 2, 6, D – Mannose = D – Mannose lié en 1  et 4  (point de branchement)
• 1 tri O – méthyl 2, 3, 6 D – Galactose = Galactose réducteur avec une liaison en 4
- Résultat :

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