CHAPITRE 2 :

LA BIO
FERMENTATION
 1. Définitions de la Fermentation
industrielle

• La fermentation est un phénomène naturel, se produisant lors de la

décomposition de la matière organique. D'après la norme AFNOR NFX 42-
000 de décembre 1986 : la fermentation se définit par la « dégradation des
substrats glucidiques sans utilisation d'oxygène ».
• Le terme de fermentation est apparu au XVIe siècle ; il vient du
latin fervere : qui signifie bouillir : au cours de certaines fermentations
apparaissait en effet un dégagement de gaz (souvent du CO 2 ) avec
formation de mousse comme c’est le cas d’un liquide en ébullition ou dans
un moût de vinification).
• Plus récemment, et suite aux découvertes du XXIème siècle, on caractérise
la fermentation comme «l’oxydation de composés organiques sans
utilisation d'oxygène, grâce à des systèmes enzymatiques caractéristiques,
avec divers composés organiques comme accepteurs d'électrons, souvent
sans éjection d'électrons à l'extérieur de la cellule ».
Généralement, le mot fermentation présente 2 significations
différentes pour les biochimistes et les microbiologistes
industriels :
• En biochimie, les fermentations sont des voies
cataboliques anaérobies au cours desquelles des
composés organiques servent à la fois de donneurs et
d’accepteurs d’électrons, la synthèse d’ATP étant réalisée
par phosphorylation au niveau du substrat.
• En microbiologie industrielle, le terme de fermentation
désigne l’opération unitaire qui permet de produire de la
biomasse ou des produits de bioconversion par la culture
de micro-organismes.
• Ainsi, contrairement au sens biochimique, le terme de
fermentation industrielle ne se réfère pas au métabolisme
du micro-organisme. Ce terme s’applique en industrie pour
des métabolismes aérobies et anaérobies.
On définit aujourd'hui la fermentation comme un système de transfert
d'électrons (à visée énergétique) ne mettant pas en jeu des complexes
membranaires mais uniquement des partenaires solubles (en général des
acides organiques ou leurs dérivés). La fermentation se distingue de
la respiration cellulaire par son faible rendement énergétique.
L’étude de la fermentation porte sur trois approches :
•L’Approche Microbiologique : consiste en la sélection des nutriments, la
sélection des micro-organismes, afin d’améliorer la production.
•L’Approche Technologique : concerne le choix des bioréacteurs et de
leurs modes de fonctionnement.
•L’Approche Mathématique : les objectifs sont la modélisation, la
surveillance et la commande du procédé de fermentation.
 2. Description du fermenteur
(bioréacteur) ou (propagateur)

•L'enceinte de culture, encore appelée

cuve ou réacteur est en verre ou en
acier inoxydable au delà. Leur fond est
généralement rond.
•Les cuves doivent résister aux:
 aux sollicitations thermiques lors de
la stérilisation,
 vibrations résultant de l'agitation,
 surpressions de gaz lors de la
stérilisation et de vidange
 à la corrosion.
Les fermenteurs doivent permettent
une stérilisation facile et le maintien de
l’asepsie pendant toute la durée de la
culture
Les cuves doivent être étanches aux contaminations extérieures,
et supporter
du volume de la cuve, ( les additions d'acides, de bases, d'anti-mousses. Le
volume du milieu)est généralement
pour tenir compte de l'augmentation de volume due à l'injection
d'air et à la formation de mousse.

•Pour agiter et aérer le milieu de culture, la cuve est dotée d'un

système d'agitation (moteur externe, arbre et turbines intérieurs à
la cuve).
Un fermenteur est donc équipé d'un certain nombre de capteurs
physico-chimiques pour mesurer par exemple:
•la température (du milieu de culture)
•la vitesse d'agitation
•Le pH, taux d'oxygène dissous
•Le potentiel Redox
•la nature et les débits de gaz à l'entrée et/ou en sortie de réacteur,
etc....
 Remarque 1 : Dans le domaine de la biotechnologie, le terme de
fermenteur est parfois utilisé sans aucune distinction par rapport à celui
de bioréacteur. Il renseigne plus sur la finalité de la cuve que sur son
design ; pour des cultures de bactérie, de levure sans apport d’oxygène
on aura tendance à utiliser le terme fermenteur alors qu’une enceinte
aérée sera qualifiée de bioréacteur

Remarque 2 : L’équation à l’intérieur de Bioréacteur :

Substrat + Biomasse = (Biomasse)n+ Métabolites + résidus de substrat.
A l’intérieur d’un bioréacteur on a deux types de transferts :
 Transformation de masse
 Transformation de l’énergie thermique
3. Différents types de fermenteurs

Fermentation aérobie

Fermentation anaérobie
1.Selon l’agitation, il en existe deux types avec
des propriétés différentes. Il est à noter que
l’agitation est un accessoire de fonction
complémentaire qui est assuré par un
mouvement de rotation autour d’un axe relié à
une source d’énergie mécanique et qui à pour
fonction de réaliser les différents transferts entre
les différentes phases de la fermentation
(Liquide, solide, gazeuse)
1.1. Agitateurs rotatifs à débit radial et axial
 1.2. Bioréacteurs rotatifs à débit radial (fermenteur à agitation d’air)
a.1. fermenteur à jet d’air ou air lift : Cette agitation nécessite des
pompes centrifuges spéciales qui injectent un mélange air-milieu à haute
vitesse dans le réservoir principal, ce qui assure une agitation et une
aération. Des essais pilotes avec des moisissures et des
actinomycètes ont montré une capacité d’oxygénation de 150 mMoles
d’O2 par litre et par heure, contre 30 à 50 pour les fermenteurs à agitation
mécanique.

a.2. Les fermenteurs à effet siphon: l’effet siphon est

obtenu par la diminution de densité provoquée par la
présence de bulles d’air. Dans le fermenteur, on provoque
un effet de cheminé qui favorise la dispersion des bulles à
l’aide de chicane.
a.3. Les fermenteurs à boucles: le principe est de faire
circuler le milieu dans un circuit fermé soit par adjonction
d’un tube latéral (pompage par le bas et réinjection par le
haut), soit par une réalisation entièrement tubulaire.
 2. Selon l’état de culture

 milieu liquide (submergé)

 milieu solide (en surface).
La plupart des fermenteurs utilisés en industrie
sont du type submergé car ils économisent de
l’espace et facilitent leur contrôle technique et
conception.
 3. Selon le volume de la culture

Taille des fermenteurs Produit

(litres)
1 – 20 000 Enzymes de diagnostic, substances pour la biologie
moléculaire
40 – 80 000 Certaines enzymes, Antibiotiques
100 – 150 000 Pénicilline, Antibiotiques, aminoglycosylés, protéases,
amylases, stéroïdes transformés, acides aminés, vin,
bière
200 000 – 500 000 Acides aminés (glutamate), vin, bière
 4. Selon le système de fermentation

Il existe plusieurs types de bioréacteurs selon que

l’on travaille en milieu liquide, en milieu solide ou
avec des systèmes immobilisés. Les cellules
peuvent être alors cultivées en suspension ou
immobilisées.

4.1. Systèmes en phase solide

Dans ces systèmes, les substrats sont
simplement humidifiés et non solubilisés
ou en suspension. Les substrats les plus
utilisés sont les grains céréales, les
copeaux de bois, la paille, etc. Les
microorganismes doivent avoir la
particularité de présenter une tolérance à
une activité d’eau faible (aw): c’est le cas
des levures et des champignons
filamenteux.
Plusieurs types de systèmes sont utilisés :
colonnes à lits fixe, plateaux, fermenteur
rotatif.
Le pain et le fromage sont des produits
alimentaires issus d’une fermentation en
milieu solide.
•Les avantages de la fermentation solide
•C’est une technique simple à réaliser et ne nécessitant pas d’équipement
sophistiqué;
•L’absence d’eau libre permet de réduire considérablement le volume des
installations de fermentation et les contaminations bactériennes;
•Elle assure une forte productivité en métabolites;
•Il n’y a pas de production de mousses lors des fermentations solides,
contrairement aux fermentations liquides;
•Cette fermentation ne nécessitant pas obligatoirement une stérilisation du
substrat. Ce qui réduit le coût énergétique nécessaire;
•En cas de production d’aliments pour animaux, tout le produit est utilisé,
sans rejet d’eau usée. Les frais de séchage éventuels sont réduits.
•Inconvénients des fermentations solides
•Les microorganismes utilisés sont limités, seuls les microorganismes se
développant en faible activité de l'eau (aw) peuvent être utilisés;
•Les problèmes de transfert d’oxygène et de chaleur rendent difficile
l’augmentation d’échelle des procédés;
•La nature solide et hétérogène des substrats utilisés complique le suivi direct
des paramètres de fermentation;
•Le contrôle on line des paramètres de culture tels que le pH, l’humidité et la
concentration des nutriments, est assez aléatoire;
•Les microorganismes étant inséparables du substrat, l’estimation de la
biomasse est délicate.
 4.2. Systèmes immobilisés

Dans ce type de procédé, les microorganismes producteurs

n’évoluent pas librement dans le milieu, mais sont immobilisés
sur un support ou une matrice. À l’entrée il y a introduction du
milieu frais qui alimente la biomasse et à la sortie un milieu
fermenté qui contient le produit désiré. La chlorotétracycline, la
céphalosporine et la bacitracine ont été produites grâce aux
cellules immobilisées. La mise au point de ces systèmes
présente, au niveau théorique plusieurs avantages :
•Conservation du matériel biologique en fin de culture qui est
réutilisable pour d’autres cycles;
•Opération de récupération des produits facilités, la souche
n’étant pas dispersées dans le milieu réactionnel;
•Accroissement de la densité cellulaire et des vitesses de
réaction.
En principe tous les types de cellules peuvent être immobilisés par
des processus divers, qui peuvent être utilisés.
•L’adsorption, qui est un processus ancien utilisé lors de la
fabrication du vinaigre, dans lequel les Acétobacter sont adsorbés
sur des copeaux d’hêtre. Maintenant, on utilise des billes de PVC,
de DEAE cellulose
•L’inclusion, avec incorporation des microorganismes dans une
matrice d’un polymère rigide tel que l’alginate de sodium
(Saccharomyces cerevisiae : production d’alcool, Bacillus subtilis :
production d’alpha- amylase,).
•La liaison covalente, qui est moins utilisée pour les
microorganismes. Outre l’irréversibilité, ce système présente
l’inconvénient d’utiliser comme ligand des réactifs souvent toxiques
pour les microorganismes;
•La floculation, système par lequel on provoque l’agrégation des
cellules, par exemple par l’addition de polyélectrolytes (chitosane).
Elle met en jeu des liaisons hydrogènes et de Van der Waals.
Divers processus sont utilisés dans les systèmes immobilisés :
•Réacteurs à lit fixe : entassement des billes dans une colonne,
l’aération et les divers contrôles étant effectués par un système
externe.
•Réacteurs à lit fluidisé : où l’on évite un colmatage des billes en
ajustant leur densité et la vitesse d’écoulement, ceci permettant
de meilleurs transferts de matière.
•Réacteurs à fibres creuses : on fait circuler le milieu de culture
au travers de fibres creuses où les cellules se développent .
•Réacteurs à plaques semi perméables : voisin du précédent, les
fibres étant remplacées par des membranes semi-perméables.
Systèmes immobilisés, (a) lit fixe,
(b) fibres creuses

lit fluidisé en mode Batch

 4.3. Systèmes en phase liquide

Lorsqu’on désire produire une substance d’intérêt, en

bioréacteur, à l’aide d’une souche microbienne dont on
connait les exigences et la cinétique de croissance et de
production, on doit choisir le mode le plus appropriés pour
conduire la fermentation à l’échelle industrielle. Il existe trois
types de procédés de fermentation:
•le procédé batch ou fermentation discontinue ;
•le procédé fed-batch ou fermentation discontinue alimentée
;
•le procédé de culture continue (renouvelée)
 4.3.1. Culture en discontinu (batch)/ par
cuvée/ par lot/ système fermé

Le procédé est réalisé dans un système fermé dans lequel un

même volume de milieu non renouvelé (volume constant) est
utilisé pour la croissance des micro-organismes; la quantité de
nutriments est donc limitée. Ceci dit, un même volume de
milieu sert à réaliser les phases de croissance, de production et
d’accumulation du produit. Tout le bouillon obtenu est ensuite
retiré du fermenteur. La concentration en biomasse (X)
augmente inversement par rapport à celle du substrat (S) qui
lui est consommé. Le produit recherché (P) apparait et sa
concentration augmente.
•Après avoir rempli le fermenteur de milieu et l'avoir stérilisé,
(stérilisé le fermenteur vide et l'avoir rempli de milieu de culture
stérilisé à part), on introduit l'inoculum et on laisse se dérouler
la fermentation. On n’utilise que de faible volume de milieu de
culture.
•Durant le temps de la culture on n'introduit pas de milieu de
culture ni même ajout d’éléments nutritifs sauf pour les réactifs
de neutralisation, ou pour l’antimousse
•Le fermenteur ne possède ni entrée ni sortie (système clos).
On intervient sur la vitesse de rotation, sur l’aération ou encore
l’ajustement du pH.
•En fin de fermentation, le fermenteur est nettoyé pour une
prochaine culture et on extrait le produit désiré.
• L’oxygène injecté est assuré par une agitation continue du
milieu de culture sous forme d’air-comprimé pour
l’homogénéité de la culture et sa dissolution.
•Ce mode de fermentation est le seul utilisé pour la production
de métabolites secondaires surtout las antibiotiques.
 Avantages & inconvénients

Avantages
• Méthode la plus utilisée en industrie, •
historiquement importante
• Mise en place et gestion aisée
• Coûts d’installation relativement
faibles • Coûts du personnel important (prise
• Peu de chance de mutation car la
fermentation est de faible durée •
• Risque de contamination peu élevée
car peu de manipulations
• Evite la perte de l’ensemble de la
production en cas de problème (car
généralement plusieurs réacteurs
sont utilisés)
Inconvénients
Te m p s d ' a r r ê t t r è s i m p o r t a n t
impliquant une productivité moindre.
Il est nécessaire de nettoyer et de
stériliser entre deux fermentations.
échantillon et analytique)
Risques de répressions de la
croissance ou de la production par
le substrat (Effet Crabtree, Effet
Pasteur)
• Faible densité maximale (pas le
temps de pousser!)
• Accumulation de produits toxiques
 4.3.2. Culture semi-continue ou
discontinue alimentée (Fed-batch)
Culture dite continue-discontinue alimentée, le Fed-Batch est
caractérisé par un volume variable. La fermentation se fait dans un
premier temps sous forme d’un batch normal dans un volume
réduit (pied de cuve). Du milieu frais est ensuite ajouté pour
maintenir les cellules dans l’état souhaité (phase exponentielle,
phase stationnaire) : la biomasse va augmenter rapidement et la
fermentation démarre vite. Cette phase correspond à la
fermentation discontinue. Lorsque les microorganismes sont en
phase exponentielle, on introduit dans le fermenteur le milieu de
culture stérile. La culture en fed-batch est très utilisée dans
l’industrie lorsque l’on veut optimiser l’apport d’un nutriment
susceptible d’avoir un effet retardateur sur la croissance. En effet il
est possible d’adapter le feed pour ne jamais dépasser les valeurs
limites. Pour déterminer la meilleure stratégie il faut connaître la
cinétique de la souche utilisée.
Remarque1 : Le feed peut être démarré à plusieurs moments,
en fonction du type de production envisagée (biomasse ou
produit du métabolisme secondaire). Si le but est de maintenir
les cellules dans leur phase exponentielle, on attend
généralement que le substrat devienne limitant avant d’en
introduire du frais.
Remarque2 : Pour la production d’un métabolite secondaire
(ex : protéine), il faut garder la culture en phase stationnaire.
Pour se faire il est intéressant d’ajouter continuellement du
substrat tout en restant à un niveau presque limitant. Cela
force la cellule à utiliser son métabolisme secondaire qui est
très souvent inhibé par une trop grosse concentration de
substrat.
 Avantages & inconvénients
Avantages
• Coûts opérationnels inférieurs à ceux •
du batch
•Il est possible de combiner 2 ou •
plusieurs réacteurs pour obtenir une
culture plus ou moins continue
• Taux de croissance et de production •
plus élevée qu’en batch
•Moins de risque d’inhibition due au
substrat, de toxicité d’un produit
accumulé ou de stress osmotique.
•Moins de risque de limitations due à •
l’oxygène
Inconvénients
Coûts d’installation supérieurs à
ceux d’un batch
Grande quantité de milieu
nécessaire ce qui implique sa
stérilisation en continu
La souche utilisée doit être
totalement caractérisée (cinétique,
physiologie) pour pouvoir
développer une stratégie de
feeding.
Des capteurs sophistiqués et un
ordinateur sont nécessaires pour
contrôler le feed et maximiser la
productivité.
 4.3.3. Culture continue
Depuis les travaux de Monod en 1949 et l’établissement
expérimental de son équation, on sait pratiquer la culture des
microorganismes en continu, en alimentant de façon
ininterrompue un fermenteur avec un milieu nutritif stérile (un
volume constant), tout en soutirant en continu un volume égal
du mélange biomasse - milieu liquide, de façon à maintenir
le volume du réacteur constant (le flux entrant (alimentation) est
égal au flux sortant(soutirage)). C’est ainsi que l’excès (cellules,
produit, déchets, etc..) quitte le système à la même vitesse que
le milieu frais y est introduit.
Ce système consiste à maintenir le fermenteur et son contenu
dans un même état le plus long possible, par prélèvement du
milieu fermenté et apport de milieu frais en continu. Un tel
dispositif permet, contrairement à la fermentation discontinue,
de maintenir constants et à une valeur voulue :
• Le mode continu sans recyclage de la biomasse
La fermentation en mode continu débute en système fermé,
comme une fermentation en mode discontinu, afin de permettre à
la biomasse de croitre jusqu’au point où elle produit de façon
maximale, soit à la fin de la phase de croissance exponentielle
alors que la biomasse est très élevée et que les taux de croissance
et de production spécifiques sont maximaux. Lorsque ce point de
la croissance est atteint, on démarre l’alimentation en milieu frais
et l’on procède au soutirage du milieu usé à un débit permettant de
maintenir les concentrations constantes dans le fermenteur. Une
phase transitoire est observable, puis les concentrations en
biomasse, en substrats et on produits se stabilisent dans la
culture, dont le volume reste constant. Ainsi, les cellules
microbiennes demeurent perpétuellement en phase de croissance
exponentielle et l’on conserve une productivité maximale. La
croissance et le produit qui se forment dans la culture ne s’y
accumulent pas, car ils sont évacués vers la cuve de soutirage
d’où ils pourront être récupérés.
•Le mode continu avec recyclage de la biomasse
Nous savons que la croissance en milieu non renouvelé
(ou croissance en discontinue) est un système clos où le
cycle de développement est le résultat d'une croissance
dans un milieu limité en nutriments.
La phase exponentielle de croissance ne peut donc
durer que quelques heures. Or, pour de nombreuses
expériences de la fermentation industrielle, il est
nécessaire de la prolonger. Si le milieu où se multiplient
les bactéries est constamment renouvelé tandis que, en
même temps, les produits du métabolisme sont
éliminés, il doit être possible de maintenir les micro
organismes indéfiniment en phase exponentielle de
croissance.
Dans ce système où le volume est constant (V), recevant un débit
(en vol/unité de temps) de milieu neuf, la concentration cellulaire
varie en fonction de la vitesse spécifique de croissance en phase
exponentielle (Qx max.) de l'espèce: dX/dt = (Qx max. - D). X
où : X est la biomasse et D le taux de dilution
On peut distinguer trois cas possibles :
• Qx max < D: l'effet de dilution est supérieur à l'incidence de la
croissance. Dans ces conditions, la biomasse tend vers 0, car
dX/dt <0.
• Qx max = D: le taux de dilution est calculé pour que la biomasse
reste constante et maximale dans les conditions choisies (Qx
max) dX/dt = 0. Certains dispositifs ont été conçus pour
correspondre à cette situation : ce sont les TURBIDOSTATS.
• Qx max > D: l'effet de dilution est moins important que celui de
la croissance. dX/dt > 0. Il va exister donc un facteur limitant et Qx
< Qx max, La biomasse tend à augmenter, elle peut être
autorégulée pour la maintenir constante. Ceci a permis de mettre
au point le CHEMOSTAT.
 A. Le turbidostat ou Biostat

Ce dispositif assure une culture continue ou la vitesse spécifique

de croissance est maximale et une biomasse constante X, qui
sera choisie en phase exponentielle et restera constante grâce à
une régulation de D. L’appareillage est très simple, comprend une
cellule photoélectrique réglée, sur une valeur de X choisie, et reliée
à la vanne d’entrée du milieu neuf. Il s’agit d’une autorégulation de
D en fonction de la biomasse mesurée à la sortie. De ce faite :
•La concentration du milieu de culture est maintenue constante
par un contrôle turbidimétrique.
•L’appareillage est très simple, comprend une cellule
photoélectrique reliée à la vanne d’entrée du milieu neuf et qui
permet via un système électronique une autorégulation du débit en
fonction de la concentration de la biomasse mesurée en sortie.
 B. Le chémostat ou Bactogène

Le chémostat est un système ouvert de fermentation continue

qui est le plus simple et le plus répandu. Il est constitué d'une
unique cuve dite de croissance alimentée en continue par le
milieu de culture et équipée d'un s i p h o n d e t r o p - p l e i n
(électrovanne d’entrée) et d'une tubulure permettant l'apport
continu de milieu frais. On règle cet apport de manière à obtenir
le taux de croissance désiré, car plus on ralentit
l'approvisionnement en nutriments plus la multiplication cellulaire
est lente. Chaque goutte qui arrive chasse par le trop-plein une
goutte de culture, de telle manière que le volume du liquide ne
change pas. Dans ces conditions le nombre total des cellules
dans le récipient reste constant. Le chémostat permet donc de
conserver, pendant une période de temps indéfinie, une
population microbienne numériquement constante ayant un taux
de croissance contrôlé..
Autrement dit, dans cet appareil, Qx n'atteint jamais Qx max. Sa
valeur est liée à la concentration d'un facteur limitant dans la
chambre de croissance, tous les autres nutriments étant en excès.
Cette concentration dépend du débit de milieu neuf, donc de D. Il
est ainsi possible de choisir Qx la plus convenable en faisant
varier la valeur D. Il est à noter que le taux de dilution détermine la
taux de croissance spécifique de la culture : D= F/V ou D : taux de
dilution, F : débit moyen et V : volume de la culture
A l’état d’équilibre, la concentration de biomasse et la
concentration limite de substrat dans la culture restent constantes.
Les chémostats sont fréquemment utilisés dans le fabrication
industrielle de l’éthanol. Dans ce cas, plusieurs chimiostats sont
utilisés en série, chacun maintenu à des concentrations de sucre
décroissantes. Le chémostat sert également de modèle
expérimental de cultures cellulaires continues dans l'industrie
biotechnologique.
 CHEMOSTAT TURBIDOSTAT
Système dans lequel la composition Un dispositif de culture
chimique est maintenue à un niveau microbiologique continue, qui a une
contrôlé pour la culture des micro- rétroaction (feed back) entre la
organismes turbidité du milieu de culture et le taux
de dilution.
Composition chimique du milieu est La turbidité du milieu est constante
constante
U n m i l i e u d e c u l t u r e f r a i s e s t Un milieu de culture frais est
continuellement ajouté au même automatiquement ajouté pour
rythme que le retrait des produits maintenant une turbidité constante
Le taux de dilution reste constant Le taux de dilution varie
Procédé à nutriment limitant Procédé à nutriment illimité
L'auxostat est une culture continue dans C. L’auxostat
laquelle un paramètre dont dépend la
croissance est maintenu constant en
ajustant la vitesse d'alimentation, qui
n'est alors plus un facteur externe
comme dans le cas du chémostat. Le
taux de dilution s'ajuste au taux de
croissance du micro-organisme qui
dépend de la valeur et du paramètre
choisi. Ainsi, à l'état stationnaire la
vitesse de croissance est égale au taux
de dilution (D) comme dans un
chémostat. Le paramètre de croissance
choisi peut être la densité cellulaire
(turbidostat), le pH (pH-auxostat), la
concentration d'un nutriment (nutristat),
de l'oxygène ou du gaz carbonique
dissout.
Figure : Schéma d’un fermenteur en continu multi étages (en cascade)
 Soutirag Caractéristiques de Nom du mode de
Alimentation
e l'alimentation et/ou du soutirage conduite
Mode discontinu
Non Non
(batch)
L'alimentation est réalisée avec un
milieu de culture ou le volume Mode discontinu
Oui Non dans le réacteur augmente donc alimenté (non soutiré)
très sensiblement en cours de = fed-batch
procédé.
L'alimentation est réalisée avec du
milieu neuf. Le contenu du Mode continu
réacteur, milieu et cellules, est alimenté et soutiré
Oui Oui
soutiré au même débit que appelé m o d e
l'alimentation. Le volume dans le chémostat
réacteur reste constant.
L'alimentation est réalisée avec du
milieu neuf. Le contenu du
réacteur est soutiré au même débit
M o d e d i t e n
Oui Oui que l'alimentation mais avec un
perfusion
équipement ou un procédé qui
permet de ne soutirer finalement
que le milieu et pas les
 4. Critères de sélection de bioréacteurs

Tout d’abords, les bioréacteurs sont localisés dans des locaux, isolés et éloignés
du laboratoire, ainsi les critères adaptables pour le choix d’un bioréacteur sont :
•Selon les types des microorganismes utilisés on distingue : bioréacteurs
aérobies ou anaérobies
•Ils doivent assurer un contact parfait entre la phase liquide (milieu) et la phase
solide (la biomasse)
•Permettent un bon transfert de matière entre la cellule et le milieu de culture
•Assurent un bon transfert d’oxygène
•Facilitent le transfert de la chaleur de milieu vers les cellules, puis des cellules
vers l’extérieur
•Facilitent la collecte de produits
•Il faut tenir compte des risques de contamination.
Les critères de conception d'un fermenteur industriel découlent de la réaction
biologique de fermentation que l'on souhaite mettre en œuvre dans le but de
produire soit de la biomasse (levures, par exemple), soit des molécules
contenues dans le micro-organisme ou encore produites par ce dernier (acides
organiques, acides aminés, polysaccharides, etc.).
En fonction du métabolisme sélectionné, les critères de
stérilité, de transfert de matière, de gaz et de transfert de
chaleur imposent des conditions de calcul qui gouvernent la
conception du fermenteur.
La performance de tout bioréacteur dépend de nombreuses
fonctions, on cite :
•les concentrations de biomasse
•l’apport de nutriments
•les conditions stériles
•le retrait du produit
•les agitations efficaces
 5. Dimensionnement et extrapolation

L'extrapolation des bioréacteurs est souvent une étape limitante

pour le développement des bioprocédés du fait des nombreux
paramètres physiques et biologiques à prendre en compte. Dans
un premier temps, pour optimiser un phénomène il est primordial
de le comprendre et pour cela il est plus facile de reproduire les
procédés industriels à petite échelle pour des raisons de temps et
de coût. Par la suite, une approche classique de « scale up » (ou
mise à l’échelle) se basant sur des relations empiriques, est
utilisée pour extrapoler les conditions optimisées à petite échelle,
c’est à dire le transfert du procédé d’un bioréacteur de laboratoire
de petit volume à celui d’un bioréacteur industriel à grande échelle
, pilotes) avant l’industrialisation
Habituellement pour extrapoler les phénomènes rencontrés à
petites échelles sur de plus grosses unités, deux principes de
base sont utilisés, l'analyse dimensionnelle et des similitudes.
L’hypothèse avancée est que lors de la transition à plus grande
échelle certains paramètres spécifiques évoluent
proportionnellement tels que la puissance volumique (P/V), le
temps de mélange, le stress hydrodynamique, la variabilité des
temps de circulations, etc. Le scale up s’eff ectue en plusieurs
étapes : de la fiole d’Erlenmeyer au bioréacteur de paillasse, du
bioréacteur de paillasse au bioréacteur pilote de laboratoire et du
bioréacteur pilote de laboratoire au bioréacteur industriel. Il est
impossible de conserver l’ensemble des paramètres identiques ou
proportionnels au changement d’échelle. Chaque transfert à une
plus grande échelle est complexe car divers paramètres tels que
le barème de stérilisation, l’aération et l’agitation sont modifés
lorsqu’on augmente le volume, le diamètre et la hauteur du
bioréacteur. À chaque étape du scale up, divers paramètres sont
analysés puis modifés
Figure : Transfert de l’échelle laboratoire à l’échelle industrielle
Le passage progressif d’une échelle à une autre se fait par
l’intermédiaire de l’application d’une méthodologie appropriée
qui consiste à garder constants un certain nombre de critères
caractéristiques du système entre les deux échelles. Les
critères les plus couramment utilisés sont :
•Similitude géométrique : conservation du même rapport
échelle,
•Similitude dynamique : conservation de la même valeur des
forces (forces de cisaillement, etc.),
•Similitude cinématique : conservation de la même vitesse
(vitesse en bout de pales, etc.),
•Similitude réactionnelle : conservation de la même cinétique
(cinétique de croissance, cinétique de consommation de
substrat, etc.),
•Similitude thermique : conservation du même gradient de
température.
A contrario il existe une approche « scale down » qui consiste à
reproduire à l'échelle du laboratoire les conditions rencontrées
lors de l'agrandissement des cuves. Dans l'approche « scale
down », le génie biochimique tient compte de l'impact de ces
transformations sur la physiologie cellulaire. En effet, si les
cellules se retrouvent au sein d’un réacteur non homogène,
suivant leur position dans la cuve, elles vont devoir utiliser
différents métabolismes variables de plus en fonction du temps.
Ceci entraine parfois des différences entre les résultats observés
à l'échelle de laboratoire ou pilote dans des conditions et ceux
obtenus à l'échelle industrielle.
Au sein d'un bioréacteur, 4 types de paramètres
physicochimiques sont importants lors de la transition à l'échelle
industrielle:
•la concentration en oxygène ou en dioxyde de carbone dissous
•l'apport de substrat
•le pH
•la température
 Dans ce contexte, l'intérêt de la technologie « scale-down » est
de fournir des outils permettant de simuler les gradients de ces
paramètres existant à grande échelle et de prévoir le
comportement des cellules lors de leur passage d’une échelle à
une autre. L’approche « scale-down » propose une panoplie de
méthodes pour reproduire à petite échelle les phénomènes mis en
jeu à grande échelle :
•le réacteur combiné : composé d'une partie parfaitement agitée
connectée à une partie non-mélangée,. Au cours de leurs
déplacements, les microorganismes sont confrontés à des
gradients de concentration dans la partie non mélangée
•le microréacteur : Pour résoudre le problème du temps on peut
utiliser des microréacteurs de volume de l’ordre du millilitre, qui
permettent des temps de culture plus réduits .
•la simulation informatique : l’hydrodynamique du réacteur et le
mouvement des microorganismes en son sein sont modélisés par
des méthodes d’éléments finis. par les microorganismes.