Chapitre 1 : Aspect microbiologique et cinétique de la croissance

Souches microbiennes et milieux de culture

Ce chapitre a pour but d'étudier

-Les souches microbiennes et leurs milieux de cultures ;

-Les conditions de déroulement de croissance de la biomasse et la biosynthèse des constituants cellulaire pendant le
temps;

-La méthodologie de construction des modèles cinétiques

Rappel (R.B)

Les microorganismes (domaine de la fermentation)

• Bactéries

• Levures

• Moisissures

• En effet, lorsqu'un microorganisme est introduit

dans un milieu de culture, il développe une activité en
relation avec ses potentialités et les conditions
environnantes

• Cette activité peut présenter deux aspects liés l'un à l'autre

Le microbe se reproduit ; il en résulte une augmentation de la concentration en biomasse microbienne, la biosynthèse

des constituants cellulaire se faisant à partir des composés du milieu de culture.

- Parallèlement, il arrive, et c'est ce qui intéresse le biotechnologue, que le microbe excrète, au travers de ses
enveloppes cellulaires, tel ou tel composé intéressant, qui sera concentré, purifier et récupéré en fin de culture

Les fermentations à intérêt commercial

• Les fermentations qui produisent de la biomasse

(cellules)

• Les fermentations qui produisent des enzymes

• Les fermentations qui produisent des antibiotiques

• Les fermentations qui produisent les produits

recombinés

• Celles qui modifient un composé ajouté à la

fermentation (la biotransformation ou bioconversion).
Milieux de culture pour fermentation

• Les micro-organismes exigent pour leur croissance des aliments. Ces aliments sont fournis au laboratoire par des
milieux nutritifs ou milieux de culture.

• D'une manière générale, on peut distinguer trois types des milieux de culture : milieu synthétique, milieu
complexe et milieu sélectif.

Milieu synthétique :

ce milieu est reconstitué avec des produits chimiques définis et en quantité précise (milieu de culture idéal). Les milieux
synthétiques sont très coûteux ; pour cette raison, ils sont souvent réservés en laboratoire, à la détermination, des
besoins nutritionnels exacts du microorganisme que l’on désir cultiver.

Milieu complexe

• milieu dont la composition chimique est partiellement connu. Ce milieu de culture peut contenir des extraits de
levure, des extraits de malt, des peptones…etc.

• L’emploi d’un milieu complexe est peu coûteux, mais il peut engendrer des problèmes tels qu’une
fluctuation de la productivité (due à la variabilité des lots de matières premières)

Milieu sélectif

Un milieu de culture est rendu sélectif pour une espèce microbienne lorsque sont seules satisfaites les exigences
nutritives et les conditions de développement particulières à cette espèce.

Les milieux sont soit liquides, soit solides.

• Les milieux solides présentent un grand intérêt en Microbiologie. En effet, ils permettent, le développement des
germes en colonies apparentes, isolées les unes des autres (culture pure).

Le choix d’un milieu de culture

□ Approche qualitative et quantitative du milieu de culture :

Type et nature des divers éléments nutritifs essentiels pour la cellule:

- Source de carbone (glucides, alcools, les hydrocarbures, les acides gras, les huiles et les protéines).

- Source d’azote (-inorganique: NH +, les nitrites NO -,les nitrates NO3 et le N2 -organique les acides aminés, les
protéines partiellement hydrolysées et l’urée).

- Les minéraux (-macroéléments: Le phosphore, le soufre, Le potassium, le sodium…)-microéléments: Co+2, Cu+2

,Mn+2, Zn+2, Ni+2 Mo+2.

- Les facteurs de croissance:

Il y a trois classes principales de facteurs de croissance :

• Les acides aminés (protéines)

• Les bases puriques et pyrimidiques (ADN et ARN).

• Les vitamines (précurseurs de la synthèse de coenzymes (vitamines du complexe B, biotine… etc.)

• Les précurseurs , Les inhibiteurs et Les inducteurs

La forme sous laquelle chacun des éléments nutritifs sera apporté

• En générale, l’élément doit être apporté sous une forme disponible et assimilable par les cellules du
microorganisme considéré. La disponibilité peut être immédiate ou à la suite de l’action d’une activité enzymatique
extracellulaire (hydrolyse).

□Approche technologique

Cette approche consiste à préciser le ou les objectifs de la culture du microorganisme et à définir la composition du
milieu de culture.

• Les objectifs des milieux de culture utilisés en laboratoire sont différents des milieux utilisés en production de
microorganismes (fermentation industrielles).

Milieux pour étude au laboratoire

• Ces milieux sont mis au point dans le but de favoriser le développement d’un ou un ensemble de
microorganisme appartenant à une même catégorie et par conséquent inhibent ou limitent la croissance des autres
micro-organismes. Plusieurs milieux de culture sont utilisés au laboratoire pour favoriser la production de certains
métabolites par différents microorganismes (tableau ).

Composition du Métabolites Microorganismes

Milieu de culture (g/L)

Glucose (20) Lipases Yarrowia lipolytica
Extrait de levure (10)
Bactopeptone (10)

Huile d’olive 5ml/L

Acide glutamique (0.3) Cellulases Aspergillus Niger
NH4NO2 (1.4) ,K2HPO4 (2.0 )
CaCl2 (2.0), MgSO4 (0.3 )
Peptone (7.5 ), FeSO4 (5.0
MnSO4 (1.6 ), ZnSO4 (1.4 )

tween 80 (20 %) , Déchets de coco

(30)
Corn steep liquor (1.5) Pénicilline Pénicillum chrysogenum
Lactose (2.5)
CaCO3 (0.2 )
Na2SO4 (0.05)
Milieu de culture industriel :

• Dans le domaine des bioprocédés industriels de fermentation, si l’on veut développer un procédé rentable, on
doit prendre en considération les critères de base suivants :

• Les matières premières doivent être disponibles sur une base annuelle et idéalement sur le marché local ;

• Les matières premières doivent pouvoir garantir la qualité du produit fini.

• La qualité des matières premières doit être constante, c’est-à-dire les fermentations réalisées à partir de lots
différents doivent donner des résultats similaires en termes de rendement et de productivité.

• Le substrat doit démontrer une bonne stabilité physico-chimique au moment de son traitement;

• Le milieu doit être facile à stériliser par des techniques usuelles;

• Les matières premières utilisées en industrie de fermentation sont essentiellement des résidus provenant des
industries agroalimentaires et représentent des sources appréciables de carbone et d’azote

□Approche économique

• En industrie de fermentation, le coût du milieu de culture constitue un aspect important à considérer lors du
calcul du prix de revient d’une production.

La stérilisation du milieu de culture peut s'effectuer

selon les procédés suivants

• Stérilisation in situ : La stérilisation peut avoir lieu dans le bioréacteur avant le début de la fermentation. C'est
l'échangeur de chaleur prévu pour réguler la température en cours de fermentation qui est utilisé pour le chauffage.
L'agitation permet d'améliorer l'allure du transfert de chaleur. Le milieu est chauffé et maintenu à la température de
stérilisation, puis refroidi.

• On peut également pour les petits bioréacteurs les stériliser avec le milieu dans un autoclave.

• -Autoclave est un des appareils les plus utilisés dans le domaine de la chaleur humide. il réuni simultanément
deux actions ; la chaleur et la pression. La vapeur saturée détruit toutes les cellules, forme végétative, spores,
endospores, au bout de 15 min.

Sélection d’une souche microbienne

-puisse croitre rapidement sur des substrats organiques bon marché

-permettre de procéder d’une manière simple et rapide aux transformations recherchées avec un rendement élevé et
un minimum de dépense énergétique.

-soit génétiquement stable (faible taux de mutation) afin de conserver sa capacité de production dans le temps.

-soit spécialisée dans l’élaboration de produits faciles à extraire et à séparer

-ne soit pas pathogène.

La pré-culture

• En industrie de fermentation, Une pré-culture de la souche microbienne productrice est réalisée en plusieurs
exemplaires à partir du milieu où elle est conservée. Généralement, le milieu de pré-culture est identique au milieu de
culture en fermenteur. Parfois l’utilisation des milieux différents pour la préparation de l’inoculum (milieu de pré-
culture) et la fermentation proprement dite (milieu de production) est indispensable.
 • Le volume de milieu de pré-culture est compris entre 1/20 et 1/10 du volume de milieu présent dans le
fermenteur (par exemple : 500 mL à 1 L de pré-culture pour un fermenteur de 10 L). Un contrôle de la pureté est
effectué sur cette pré-culture afin d’éviter la contamination de la production. Ce contrôle nécessite un examen
microscopique après coloration, et une purification sur gélose adaptée à la souche.

Cinétique microbienne de croissance

• La croissance est définie comme une augmentation des constituants cellulaires et peut se traduire par une
augmentation de la taille des microorganismes, du nombre d’organisme ou des deux. En microbiologie, le terme «
croissance » traduit en général l’augmentation du nombre de cellules dans une population, c’est la croissance de la
population.

Techniques d’évaluation des populations microbiennes

• Les techniques d’évaluation des populations microbiennes peuvent être regroupées en deux grandes catégories
: celles qui mesurent le nombre de cellules microbiennes et celles qui mesurent la masse totale de cellules
microbiennes.

Comptage en gélose :

• Cette méthode permet d’obtenir une mesure de la concentration en microorganisme viables, soit un nombre de
cellules par millilitre de culture. Elle consiste à réaliser une série de dilutions, généralement décimales, d’une suspension
de microorganismes dans une solution saline isotonique, puis à inoculer les dilutions sur des géloses nutritives (figure 1).

• On sélectionne les boites de Pétri contenant un nombre statistiquement valable de colonies, (entre 30 et 300),
on effectue le décompte et on calcule la concentration cellulaire.
• Concentration en cellules/ml = Nombre de colonies x facteur de
dilution/volume inoculé

Chambre de comptage :

• On peut compter le nombre de cellules par unité de volume en utilisant

un hématimètre ou une lame à numérotation. Chaque hématimètre ou lame à
numérotation comporte une lame porte-objet dont le fond central est muni
d’une grille (figure 2).

Compteur de particules :

Le compteur de particules (figure 3) permet d’évaluer automatiquement le nombre de cellules par millilitre
d’échantillon. Les cellules dilués sont placées dans un réservoir contenant un électrolyte (généralement à base de KCl ou
NaCl) et exposés à deux électrodes, dont l’une est insérée dans un tube capillaire. On applique ensuite un potentiel
électrique aux deux électrodes, ce qui force les cellules à passer à travers l’orifice du tube. Chaque fois qu’une cellule
passe l’orifice, la résistance électrique augmente, et il se produit un signal permettant de dénombrer la population
cellulaire dans l’échantillon.

Les méthodes de mesure de la biomasse poids sec :

Poids sec

- L’analyse du poids sec consiste à séparer les

cellules d’un volume connu de milieu de culture
par filtration ou centrifugation, puis à les peser
après les avoir complètement déshydratation
(figure).

- Cette méthode représente l’approche la

plus directe et elle constitue une référence dans
l’industrie de la fermentation.

L’analyse spectrophotométrique
• Cette méthode très rapide, repose sur le principe que l’absorbance, ou densité optique d’une suspension
microbienne est directement proportionnelle à sa concentration en biomasse.
• Lorsque des cellules microbiennes individuelles (bactéries et levures) se multiplient dans un milieu liquide, celui-
ci se trouble de plus en plus, il perd de la transparence ou gagne de la turbidité,
• Un paramètre qu’on peut mesurer avec précision à l’aide d’un spectrophotomètre.
• La proportionnalité entre l’absorbance mesurée(A) et la concentration en biomasse (X) répond au même
principe physique que la relation qui unit l’absorbance et la concentration d’un soluté absorbant une lumière de
longueur d’onde précise, relation décrite par la loi de Beer

• A=ᵋ.C.L, où,

• A : absorbance de l’échantillon ;

• ᵋ : coefficient d’extinction molaire (L/mole/cm) ;

• C : concentration en soluté mole/L ;

• L : largeur de la cuvette (cm).

• Comme ᵋ et L sont des constantes, la concentration en soluté (C) est une fonction directe de l’absorbance (A).
Pour une culture de microorganismes, on peut substituer la concentration en Biomasse (X) à la concentration en soluté
(C), et ainsi démontrer une proportionnalité directe de cette concentration (X) avec l’absorbance de la culture.

• En établissant une courbe d’étalonnage de l’absorbance d’échantillons de concentrations en biomasse connues

en fonction de leur concentration (figure 5), il est possible de calculer une droite de régression qui permettra de
déterminer la biomasse (g/L) d’un échantillon de concentration indéterminée à partir de son absorbance mesurée par
spectrophotométrie.

• Y=mx soit A=m.C où, m=pente de la droite

Courbe de croissance

• L’étude consiste à suivre l’évolution de la concentration cellulaire ou concentration en biomasse microbienne

(X), en fonction du temps (t) selon le type de microorganisme et le type de la méthode choisie pour suivre le
phénomène.

• La culture discontinu de microorganisme représente un système fermé où les cellules profilèrent dans un milieu
favorable à la croissance et dans des conditions environnementales contrôlées (température, pH, agitation…),

• il n’ya pas d’ajout d’éléments nutritifs et la culture se développe jusqu'à ce qu’il y ait carence d’un ou des
nutriments essentiels ou qu’un stress réduise la croissance (accumulation de produits toxique). Ce type de croissance
répond à un modèle cinétique universel chez les microorganismes que l’on peut décomposer en plusieurs phases
(figure):
Courbe de croissance

(I :Phase de latence, II : Phase d’accélération, III : phase exponentielle,

IV :Phase de ralentissement,

V :Phase stationnaire, VI: Phase de déclin).

1-Phase de latence

• : le taux de croissance est nul (μ = 0). La durée de cette phase dépend de l’âge des bactéries et de la composition
du milieu. C’est le temps nécessaire à la bactérie pour synthétiser les enzymes adaptées au nouveau substrat. Quand
des cellules en pleine croissance sont inoculées dans un milieu identique à celui dans lequel elles se trouvent, la phase
de latence peut être très brève, voire inexistante.

2-Phase d’accélération

• Appelée aussi la phase de démarrage, elle enregistre une augmentation de plus en plus rapide du nombre de
cellules dans la culture.

3-Phase exponentielle

• Le taux de croissance atteint un maximum (μ=max). Cette phase dure tant que la vitesse de croissance est
constante. Le temps de doublement des bactéries est le plus court. La masse cellulaire est représentée par des cellules
viables (mortalité nulle).

4-Phase de ralentissement

• La vitesse de croissance régresse. Il y a un épuisement du milieu de culture et une accumulation des déchets. Il
existe un début d’autolyse des bactéries.

5-Phase stationnaire :

• le taux de croissance devient nul (μ = 0). Les bactéries qui se multiplient compensent celles qui meurent. Il se
produit une modification de l’expression des gènes. Les bactéries en état de dépravation synthétisent des protéines de
manque qui rendent la cellule plus résistante aux dommages : augmentation du pontage du peptidoglycane, fixation des
protéines à l’ADN des cellules de manque.

6- Phase de déclin

• le taux de croissance est négatif (μ < 0). Toutes les ressources nutritives sont épuisées. Il y a accumulation de
métabolites toxiques. Il se produit une diminution d’organismes viables et une lyse cellulaire sous l’action des enzymes
protéolytiques endogènes. Cependant, il persiste une croissance par libération de substances libérées lors de la lyse. La
mort cellulaire est caractérisée par l’absence de réplication irréversible.
Le taux de croissance spécifique

Le taux de croissance spécifique (µ), exprimé en h-1, est une variable fondamentale de la cinétique de croissance d’une
culture microbienne. En effet, comme il est proportionnel à la vitesse de croissance (selon dX/dt=µX), plus il est élevé,
plus la croissance est rapide.

Remarques

▪ On obtient ce taux en traçant une courbe de croissance sous la forme d’un graphique du logarithme de la
biomasse (ln X) en fonction du temps de fermentation (t) (figure 7-B); il

correspond à la pente en chaque point de la courbe obtenue. Comme on peut l’observer, le taux de croissance
spécifique varie selon les phases de croissance.

▪ Pour toute culture microbienne, la droite obtenue sur la courbe de croissance pendant la phase de croissance
exponentielle permet de calculer facilement et précisément, par une simple mesure de sa pente, le taux de croissance
spécifique maximal (µmax).

Le temps de dédoublement ou de génération

• Le temps de dédoublement d’une culture est le temps que prend une biomasse microbienne pour doubler.

• temps que prend une génération pour en former une autre (G).

•Evidemment, on ne le détermine qu’en phase de croissance exponentielle (le taux de croissance est maximal (µmax)

selon l’équation de la cinétique de croissance,appliquée en phase exponentielle:

• Ln Xt= lnX0+ µmax.t D’où :

lnXt- lnX0= µmax.t ou ln Xt/X0= µmax.t

• Puisque dans un intervalle de temps G, la biomasse double, alors Xt =2X0, et l’équation devient :

• ln (2X0/X0) = µmax. G soit : G= ln 2/µmax ou G=0,693/µmax

• Cette valeur signifie que la population microbienne se divise et double à toutes les 0,693 heures ou 41,6
minutes durant la phase de croissance exponentielle.

• la bactérie E. coli se divise environ aux 20 minutes à 37°C (calculer le µmax ), alors que la levure S. cerevisiae se
divise environ aux100 minutes à 30°C (calculer le µmax).

Consommation du substrat

• La concentration du substrat est considérée comme étant un paramètre très important pour simuler et
identifier les paramètres du modèle. En effet, la courbe de consommation du substrat traduit l’évolution des
concentrations, pendant une fermentation, en différents substrats carbonés ou azotés.

• Comme ces substrats constituent des nutriments pour les microorganismes en croissance, leur consommation
est inversement proportionnelle à la croissance de la biomasse (X) et la diminution est très rapide durant la phase log

(figure 8)

La formation du produit :
on peut diviser la fermentation en deux phases : la trophophase et l’idiophase.
La plupart des métabolites primaires sont produits durant la trophophase, qui s’étend du début de la fermentation à la
fin de la phase de croissance exponentielle alors que les métabolites secondaires sont plutôt synthétisés durant
l’idiophase, qui correspond à la phase stationnaire, en s’ étendant, parfois sur une partie de la phase de déclin (figure 9).

-Produits dépendants de la croissance

Les produits partiellement dépendants de la croissance

les produits indépendants de la croissance

Effet de différents paramètres du milieu de culture sur la croissance microbienne

1-Température

Effet du Ph
Chapitre 2 : Aspects technologiques

• Toute fermentation industrielle a pour objectif de produire une substance d’intérêt en quantité la plus grande,
dans le temps le plus court et au moindre coût possible. Pour ce faire, on doit cultiver un microorganisme dans des
conditions physico-chimiques contrôlées au sein d’une enceinte de grand volume spécialement conçu à cet effet : le
bioréacteur

• le bioréacteur ou fermenteur. De ce fait, ce chapitre vise à étudier les différentes technologies de fermentation
et les modèles (lois) cinétiques pour évaluer la performance de chaque bioprocédé.

Modes de conduite des Bioréacteurs

Il existe trois types de procédés de fermentation:

• le procédé batch ou fermentation discontinue ;

• le procédé fed-batch ou fermentation discontinue alimentée ;
• le procédé de culture continue.

Fermentation discontinu (batch)

Durant tout le temps de la culture on n'introduit pas de milieu de culture (système clos). La concentration en biomasse
augmente selon la courbe de croissance microbienne. Dans le même temps le substrat est consommé par le
microorganisme et le produit recherché apparaît, sa concentration

(P) augmente. En fin de culture on vide le fermenteur et on extrait le produit désiré.

Fermentation discontinue alimentée (fed-batch) :

la fermentation commence dans un petit volume de milieu de culture (pied de cuve), ensemencé par l'inoculum. Le
débit d'alimentation est réglé de façon à ce que la concentration en substrat soit constante dans la cuve et corresponde
à une étape de la phase logarithmique de croissance cellulaire.

• Lorsque la cuve est remplie, on coupe l’alimentation, la culture évolue alors conformément à la courbe de croissance
discontinue.
 La fermentation continue :

• Dans ce procédé, un état d'équilibre dans la cuve est maintenu par l'alimentation de milieu et le soutirage de façon
continue. Le microorganisme est resté dans un état physiologique constant ou il produit de façon maximale.
• Le mode continu sans recyclage de la biomasse
• Le mode continu avec recyclage de la biomass
Rendement de la culture batch :

-Le rendement est une variable exprimant la transformation du substrat en biomasse (X) ou en produit (P) Yx/s et Y p/s

. En mode discontinu, le rendement est calculé du début de la fermentation jusqu’à un moment choisi qui correspond
généralement à l’arrêt de la fermentation.

Le rendement en biomasse :

Le rendement en biomasse (Y x/s) est défini comme la masse sèche de cellule produite par unité de masse de substrat
consommé (g/g) dans un volume donné de culture.

Pour l’ensemble d’une fermentation en mode discontinu, le rendement en biomasse est donc donné par l’équation
suivante :

Yx/s =

Le rendement en produit :

Yp/s=

• Pour certains produits dont les voies métaboliques de synthèse sont relativement simples (les métabolites primaires
notamment), il est possible de prédire combien de produit sera formé à partir d’une quantité donnée de substrat, par

stœchiométrie: c’est le rendement théorique maximal (Y p/smax).

Dans la pratique, ce rendement stœchiométrique est rarement atteint. Pourquoi???

Par exemple, dans la production d’éthanol sur sucre de maïs (glucose) par S. cerevisiae, le rendement théorique maximal
de production peut être réduit de l’équation globale de la fermentation alcoolique :

• C6H12O6 2C2H5OH + 2CO2

L’équation montre que si la totalité du glucose

consommé était converti en éthanol, alors la fermentation produirait 2 moles d’éthanol (2moles.46g/mole =92g) pour
chaque mole de glucose investi (1mole x 180g/mole=180g), pour un rendement théorique maximal de :

Y p/smax=

Le rendement en produit par rapport à la biomasse et le taux de production spécifique

• (Y P/X): est le rendement en produit par rapport à la biomasse.

• Il est défini comme la masse de produit formé par unité de masse sèche de cellules produites (g/g) et peut être
facilement évalué à partir des données utilisées pour calculer le Y P/X et YX/S selon l’équation suivante :

 En combinant cette équation à celle de la croissance (dX/dt= µX) et à celle du rendement en produit par rapport
à la biomasse, on peut démontrer mathématiquement une relation constante unissant le taux de
croissance et le taux de production et s’exprimant par l’équation suivante :

Ainsi, pour un produit dépendant de la croissance, le taux de production spécifique (QP) est à tout moment
proportionnel au taux de croissance spécifique (µ).

Il a donc une valeur maximale en phase de croissance maximale (en phase exponentielle, une valeur qu’on peut
aisément calculer à partir de l’équation si on connaît µ max et Y P/X.

Pour les produits partiellement dépendant ou indépendant de la croissance, le rapport entre la croissance et la
production n’étant pas constant durant la fermentation.

La productivité

• La productivité est une variable exprimant la croissance ou la production d’une culture dans le temps. On la détermine
en établissant la biomasse sèche ou la quantité de produit formé dans un volume donné de culture pendant une
certaine période de temps (g/L/h).

En mode discontinu, la productivité fournit ainsi Une mesure de la croissance ou de la production moyenne d’un litre de
culture pendant une heure de fermentation, ce qui, en industrie, en fait un critère essentiel pour évaluer la capacité de
production réelle d’un réacteur et, donc, l’éventuelle rentabilité d’un procédé de fermentation.
Productivité en biomasse

La productivité en biomasse correspond au poids en grammes de biomasse produite par litre de culture par heure (g/l/h).
On la calcule de la façon suivante :

Px=

Px : Productivité en biomasse au temps t (g/l/h)

De façon générale, la productivité en biomasse est calculée pour l’ensemble de la fermentation, et les temps t0 et t
correspondent respectivement aux moments du départ et de l’arrêt de la fermentation.

• On calcul aussi une productivité totale (P X tot).Mais, dans certaines fermentations, la production se poursuit en
idiophase, après la fin de la croissance, ce qui a pour effet de réduire la productivité totale en biomasse. Dans ces cas, il
peut être certinent de calculer la productivité maximale (PXmax) en biomasse pour évaluer la performance de la
croissance.

La productivité maximale en biomasse

La productivité maximale (Px/max) correspond à la quantité maximale de cellules qui peuvent être produite par litre de
culture par heure de fermentation. La productivité maximale est calculée de la façon suivante :

Px/max=

Pxmax :productivité maximale en biomasse (g/l/h)

Xm : concentration en biomasse au temps

tm (g/l/h);

X0 :concentration initiale en biomasse (g/l);

tm : temps où la productivité en biomasse est maximale (h);

La productivité totale en biomasse

La productivité totale en biomasse, quant à elle, représente tout simplement la quantité totale de cellules ont été
produites à l’arrêt de la fermentation par litre de culture par heure. On la calcule de la façon suivante :

Pxtot =

PX tot : productivité totale en biomasse (g /L /h) ;

La productivité en produit

Cette variable est l’une des plus importantes dans l’industrie des fermentations, car elle permet de connaître la capacité
de production dans le temps d’un réacteur de volume donné en exploitation. On la calcule comme la productivité en
biomasse
• P: productivité en produit au temps t(g /L /h) ;
Pp = • Pt : concentration en produit au temps t (g /L) ;
En mode discontinu, la productivité est calculée pour l’ensemble de la fermentation, et les temps t0 et t correspondent
donc respectivement aux moments du départ et de l’arrêt de la fermentation.

Pour le produit, la productivité totale ainsi calculée sera toujours équivalente à la productivité maximale puisqu’on
choisira précieusement le dernier moment, au cours d’une fermentation, où la productivité est maximale pour arrêter le
réacteur et récupérer le produit. En effet, il serait aberrant, sur le plan économique, de poursuivre une fermentation
dont la productivité totale est en train de chuter puisque chaque heure de fermentation rapporterait alors moins de
produit en moyenne.

Evolution des variables X, V et P au cours des deux périodes d’une fermentation en « fed-batch »

2- Technologie des bioréacteurs

Cette partie a pour but d’étudier les différents dispositifs d’un bioréacteur et les capteurs utilisés pour assurer la
régulation des paramètres.

□ Dispositifs d’agitation

Ceux-ci ont pour but d’assurer les transferts de masse entre les trois phases en contact dans le fermenteur :

-liquide constituée par le milieu de culture,

-solide par les cellules,

-gazeux par l’air injecté dans l’appareil ; de plus, la turbine d’agitation a pour rôle de fractionner les bulles d’air afin
d’augmenter l’efficacité de l’aération. L’agitation est assurée par des pales montées sur un axe vertical relié à un moteur
situé généralement au-dessus de l’appareil.

Le mouvement de la turbine fait tourner le milieu qui se creuse alors en entonnoir (vortex) ; pour éviter ce phénomène,
des contre-pales fixes sont montées le long des parois de la cuve.

□Injection de l’air

• La plupart des fermentations industrielles sont aérobies et la production de biomasse est fonction de la
quantité d’oxygène disponible pour chaque cellule. Du fait de la faible solubilité de l’oxygène dans l’eau
(7ppm à 37° C), et de son faible absorption rapide par les micro-organismes, il faut le remplacer
continuellement, et cela d’autant plus efficacement que le nombre de cellules est plus important

• Cette aération importante est obligatoire, car lorsque la concentration en oxygène dissous d’un milieu
descend en dessous d’une valeur critique, variable selon les micro-organismes, ceux-ci présentent des
troubles métaboliques, qui perturbent la production et peuvent même entrainer l’arrêt définitif de la
fermentation aérobie.
 Le facteur limitant de la croissance est essentiellement la concentration en oxygène dissous dans le milieu.
L’aération est assurée par injection de l’air comprimé à la base du fermenteur, à travers des orifices disposés
diversement, mais toujours proches des pales d’agitations ou à travers un matériau poreux.

□Biocapteur

• Le capteur est le dispositif (figure) qui, soumis à l'action d'un mesurande (grandeur physique objet de la
mesure) non électrique présente une caractéristique de nature électrique (charge, tension, courant ou
impédance)

La qualité d’un capteur dépend quelques paramètres en l’occurrence :

• Précision

• Temps de réponse

• Stabilité

Régulation des paramètres :

Régulation de la température

• Cette opération a pour but de maintenir la température optimale de croissance ou de biosynthèse par
apport de calories au début de la fermentation, par refroidissement ensuite. On y parvient par circulation
d’eau dans une double paroi ou dans un serpentin entourant la cuve. Ces dispositifs peuvent être utilisés
pour la stérilisation des milieux in situ, par circulation de vapeur sous pression.

Contrôle des mousses

• Sous l’effet combiné de l’agitation et de l’injection d’air, les milieux peuvent mousser considérablement,
en particulier s’ils possèdent une forte concentration en protéines. Les mousses occupent un volume
important et, si elles ne sont pas contrôlées, sortent du fermenteur par les différents orifices, provoquant
la contamination du milieu.

• Pour éviter cet inconvénient, on peut augmenter le rapport hauteur/ diamètre des cuves et ne les remplir
que partiellement (2/3 à 3/4). Pour supprimer l’excès de mousses, on a recours à deux procédés. Le
premier est mécanique et consiste à casser les mousses en faisant tourner à grande vitesse une turbine
montée à la partie supérieure de l’axe d’agitation ; son efficacité est souvent faible.

• Le second, le plus fréquent, découle de l’addition, en cours de fermentation, de substances antimousses ;

des huiles, des alcools supérieurs ou des silicones. Cet apport peut inhiber la croissance de certains micro-
organismes et diminuer la concentration en oxygène dissous.

Contrôle de pH

Celui-ci varie durant la fermentation ; il tend à baisser lors de l’utilisation des oses et à monter quand la croissance se fait
à partir de protéines. Il est essentiel de pouvoir mesurer les variations de pH dans les cuves pour suivre l’évolution de la
fermentation

Cette évaluation est faite grâce à des électrodes montés à demeure sur les fermenteurs et reliées à un pH mètre qui
introduisent des solutions basiques ou acides dans le fermenteur. Lorsque on vent modifier rapidement le pH, ce qui est
nécessaire à certaines synthèse, on introduit manuellement dans la cuve des acides ou des bases, soit en solution soit
sous forme gazeuse (ammoniac)
Chapitre 3 : Application des microorganismes dans l’industrie

Cinq secteurs sont

actuellement concernés par le
développement industriel des
procédés biologiques mettant
en œuvre des micro-
organismes: la santé, 1'agro-
alimentaire, l'agriculture, la
chimie et l'énergie (Figure)

 La pharmacie
C'est actuellement le secteur
d'application favorisé des
biotechnologies qui représente 40,6% de l'ensemble de ce marché. Les produits commercialisés ont une haute valeur
ajoutée :
- Les antibiotiques sont des composés de structure variable produits par diverses espèces de micro-organismes ou par
synthèse. Ils possèdent la propriété d'inhiber la croissance d'autres micro-organismes et constituent les plus importants
produits anti-infectieux disponibles à ce Jour.
- Les hormones (peptidiques, anti-inflammatoires..), les vaccins, -Les vitamines (vitamine B12 et les précurseurs des
vitamines A et B2), insuline, l'hormone de croissance sont produits par des procédés biotechnologiques car elles ont une
forte valeur ajoutée.
 Industrie alimentaire
-L’utilisation des microorganismes est résumée pour la fabrication du pain, des fromages, de la bière et du vin par
fermentation.
-Les protéines d'organismes unicellulaires (POU) constituent un type de produits occupant une place importante sur le
marché des produits alimentaires issus des biotechnologies. Elles sont obtenues par culture de micro-organismes sur des
substrats carbonés.
-Les sirops à haute teneur en fructose qui constituent l'essentiel des produits de ce marché (environ 92 %). Ils sont
produits à partir de l'amidon du maïs.
-Les acides aminés (lysine et acide glutamatique surtout) et les acides organiques (citrique, lactique et itaconique) sont
utilisés principalement comme additifs dans l'alimentation.
 La chimie
Il est possible de produire par voie biologique deux molécules de base de la chimie organique: le méthane et 1'ethylene.
Le méthane est obtenue directement par fermentation et la seconde à partir de l'alcool éthylique produit
biologiquement. D'autres fermentations peuvent également être utilisées et conduire à la fabrication de produits de
grande consommation : l'acétone, le butanol, le glycerol, le butanédiol, les acides organiques, les biodétergents, les huiles
et les graisses...

 L'agriculture
Deux types de production présentent un intérêt industriel : les bioinsecticides et les biopesticides.
 L’énergie et environnement
-Dans le domaine d’énergie, la production d'éthanol des micro-organismes à partir des plantes sucrières (canne à sucre,
sorgho, betterave, topinambours) en utilisant des microorganismes.
-Les polluants sont majoritairement des composés organiques (hydrocarbures, métaux, provoquent une contamination
importante. La biodépollution de sols ou d’eaux par les micro-organismes repose sur l’exploitation de leurs capacités à
réaliser l’ensemble de ces réactions.
Production industrielle des métabolites par les microorganismes
1-Les enzymes
Une enzyme est une protéine possédant de propriétés catalytiques. Pratiquement toutes les biomolécules capables de
catalyser des réactions chimiques dans les cellules sont des enzymes. De façon générale, les micro-organismes sont
sélectionnés selon les principaux critères suivants:
-Fournir une bonne production d'enzymes.
-En un minimum de temps
-Les enzymes extracellulaires (généralement des hydrolases) sont préférables aux
endocellulaires (dont l'extraction est difficile à réaliser).
-La souche doit pouvoir se développer sur des substrats moins couteux.
Les milieux de la production des enzymes sont des milieux synthétiques ou complexes. Les matières premières apportant
les éléments nutritifs (énergie, carbone, azote, phosphore, soufre, vitamines…) (Tab).

Tableau Sources naturelles d’éléments nutritifs aux microorganismes

Les fermenteurs utilisés pour produire des enzymes atteignent des volumes de 100 à 200 m3 . La fermentation dure de 30
à 150 heures et ce selon les enzymes et lesprocédés, . Elle se fait dans un milieu riche, où les paramètres physico
chimiques sont régulés en continu: oxygène, pH, température, moussage. De plus, la mesure de l'activité enzymatique est
effectuée à intervalles réguliers. Les inducteurs de production d’enzymes doivent être présents dans les milieux de
production (exemple: l'amidon pour l'amylase, l'urée pour l'uréase, la xylose pour la xylose isomérase). Certaines
molécules agissent comme inducteurs à faible concentration et comme répresseur à fortes doses (exemple: cellobiose
pour les cellulases). Les coenzymes peuvent aussi avoir un effet inducteur (exemple: la thiamine augmente la production
du pyruvate carboxylase).

-Microorganismes producteurs des enzymes

Chaque microorganisme produit un grand nombre d’enzymes impliquées dans des mécanismes cellulaires (Tableau).
Toutefois, quelques enzymes sont produites en beaucoup plus grande quantité par certains micro-organismes pour, par
exemple, dégrader des différentes molécules complexes comme la cellulose, l’amidon ou les protéines.

-Préparation de l’inoculum

L’échantillon contenant des germes vivants, destiné à être introduit au sein d'un milieu favorable à sa multiplication, afin
de l’identifier, de l’étudier ou d’en produire une quantité élevée (Figure). La préparation d'inoculum consiste à obtenir
les organismes dans un état optimal qui est compatible avec l'inoculation dans les fermentateurs. L'objectif principal est
généralement d'obtenir un niveau élevé de biomasse viable dans un état physiologique approprié pour l'utilisation
comme inoculum. Une culture adéquate et un milieu de production sont essentiels pour fournir le bon environnement
pour l'inoculum.
Tableau Quelques enzymes produites par les microorganismes

Méthodes d'extraction et de purification des enzymes

L'enzyme souhaitée produite peut être excrétée dans le

milieu de culture (enzymes extracellulaires) ou peut
être présente dans les cellules (enzymes
intracellulaires). Selon l'exigence, l'enzyme
commerciale peut être brute ou très purifiée. En outre,
il peut être sous forme solide ou liquide. Les étapes
impliquées dans le traitement en aval, c'est-à-dire que les étapes de récupération et de purification utilisées dépendront
de la nature de l'enzyme et du degré de pureté souhaité.

Extraction

L’extraction désigne l’action de séparer une enzyme du composé dont elle fait partie. Cette méthode consiste à libérer
l’enzyme de la cellule par éclatement de la paroi ou de la membrane cellulaire par des procédés physique ou chimique.
En général, le rétablissement d'une enzyme extracellulaire présente dans le bouillon est relativement plus simple par
rapport à une enzyme intracellulaire. Pour la libération d'enzymes intracellulaires, des techniques spéciales sont
nécessaires pour la perturbation cellulaire. Les cellules microbiennes peuvent être décomposées par des moyens
physiques (sonication, haute pression, perles de verre) ou chimiques (solvants organiques). Les parois cellulaires des
bactéries peuvent être lysées par l'enzyme lysozyme. Pour les levures, on utilise l'enzyme β-glucanase. Cependant, les
méthodes enzymatiques coûtent cher.

Purification

La purification est un ensemble d’opérations visant à enlever toutes les impuretés d’un extrait brut contenant l’enzyme
d’intérêt. En principe, n'importe quelle méthode destinée au fractionnement de protéines peut être employée pour la
purification d'enzymes.

Etapes de la purification (séparation)

Les étapes de récupération et de purification :

-Enlèvement des débris cellulaires: La filtration ou la centrifugation peuvent être utilisées

pour éliminer les débris cellulaires.

-Enlèvement des acides nucléiques: Les acides nucléiques interfèrent avec la récupération et la purification des enzymes.
Ils peuvent être précipités et éliminés en ajoutant des substances spécifiques comme les polyamines et la
polyéthylèneimine.
-Précipitation enzymatique: Les enzymes peuvent être précipitées en utilisant des sels (sulfate d'ammonium) ou solvants
organiques (isopropanol, éthanol et acétone). La précipitation est avantageuse puisque l'enzyme précipitée peut être
dissoute dans un volume minimal pour concentrer l'enzyme.

Séparation par chromatographie: Il existe plusieurs techniques chromatographiques pour la séparation et la purification
des enzymes. Ceux-ci comprennent l'échange d'ions, l'exclusion de taille, l'affinité et l'interaction hydrophobe. Parmi
ceux-ci, la chromatographie d'échange d'ions est la plus couramment utilisée pour la purification enzymatique.

Conservation

La forme concentrée de l'enzyme peut être obtenue par séchage. Cela peut se faire par des évaporateurs ou des
lyophilisateurs. L'enzyme séchée peut être emballée et commercialisée. Pour certaines enzymes, la stabilité peut être
obtenue en les gardant dans des suspensions de sulfate d'ammonium.

Toutes les enzymes utilisées dans les aliments ou les traitements médicaux doivent être de pureté élevée. Ces enzymes
doivent être totalement exemptes de substances toxiques, de microorganismes nuisibles et ne doivent pas provoquer de
réactions allergiques.

Exemple :

L'invertase [β-fructofuranosidases (EC.3.2.1.26)] est une enzyme largement utilisé dans l'industrie des aliments et des
boissons pour produire des bonbons, des chocolats, de l'acide lactique et du glycérol, etc. L'invertase est produite par
différentes souches de microorganismes, Saccharomyces cerevisiae est la souche primaire utilisée pour la production
d'Invertase commercialement.

2-Synthèse des vitamines

Les vitamines sont des substances organiques nécessaires au bon fonctionnement de l'organisme. Le corps humain ne
peut généralement pas les produire seul, et leur apport alimentaire est donc indispensable. Il s'agit d'un groupe de
molécules chimiquement très hétérogènes. Ce sont des substances de faible poids moléculaire.

On distingue 13 vitamines différentes, que l’on classe en deux groupes selon leur solubilité :

les vitamines liposolubles et vitamines hydrosolubles.

 Les vitamines hydrosolubles

Ce sont la vitamine C et les vitamines du groupe B (B1, B2, B3 ou PP, B5, B6, B8, B9 et B12). Elles sont solubles dans l’eau,
et par conséquent se dispersent dans les liquides de l’organisme, sans être stockées : ce facteur les rend très peu
toxiques, puisque même en cas de surconsommation, elles sont évacuées dans les urines. De manière générale, les
vitamines hydrosolubles sont apportées en majorité par les fruits et légumes.

 Les vitamines liposolubles

Ce sont les vitamines A, D, E et K. elles sont dissoutes et stockées dans les tissus adipeux, ce qui peut les rendre
toxiques à haute dose. Cette propriété fait également que l’on peut les apporter de manière moins régulière que les
vitamines hydrosolubles. De manière générale, les vitamines liposolubles sont apportées par les lipides alimentaires
(huiles, poissons gras, jaunes d’œufs, abats, foie, etc.), à l’exception de la vitamine D dont la seule source vraiment
intéressante reste le soleil.

Biosynthèse des vitamines par les micro-organismes

Les microorganismes prototrophes sont capables de synthétiser tous les facteurs de croissance, et en particulier toutes
les vitamines dont ils ont besoin; certains en libèrent dans le milieu des quantités intéressantes.

Certaines vitamines comme la vitamine B2 ou riboflavine et surtout la vitamine B12 et la cyanocobalamine

Les vitamines hydrosolubles

Ce sont la vitamine C et les vitamines du groupe B (B1, B2, B3 ou PP, B5, B6, B8, B9 et B12). Elles sont solubles dans l’eau,
et par conséquent se dispersent dans les liquides de l’organisme, sans être stockées : ce facteur les rend très peu
toxiques, puisque même en cas de surconsommation, elles sont évacuées dans les urines. Cela fait aussi que si
l’alimentation n’apporte pas régulièrement plus de 50% des apports recommandés, de petites carences peuvent se
développer en l’espace d’un mois. Leur effet maximal dans l’organisme survient 8 à 14h après ingestion. De manière
générale, les vitamines hydrosolubles sont apportées en majorité par les fruits et légumes.

Les vitamines liposolubles

Ce sont les vitamines A, D, E et K. elles sont dissoutes et stockées dans les tissus adipeux, ce qui peut les rendre
toxiques à haute dose. Cette propriété fait également que l’on peut les apporter de manière moins régulière que les
vitamines hydrosolubles. De manière générale, les vitamines liposolubles sont apportées par les lipides alimentaires
(huiles, poissons gras, jaunes d’œufs, abats, foie, etc.), à l’exception de la vitamine D dont la seule source vraiment
intéressante reste le soleil.

Biosynthèse des vitamines par les micro-organismes

Les microorganismes prototrophes sont capables de synthétiser tous les facteurs de croissance, et en particulier toutes
les vitamines dont ils ont besoin; certains en libèrent dans le milieu des quantités intéressantes. Il est possible, par
perturbation du métabolisme, de faire préparer par des microorganismes (tableau ) la plupart des vitamines ou
provitamines (panthoténate, pyridoxine, biotine, thiamine, acide folique, acide lipoїque, nicotinamide, riboflavine,
cyanocobalamine, précurseurs des vitamines A, C, D, vitamine K, coenzyme Q, inositol…). Certaines de ces productions
ont un grand intérêt industriel, comme la vitamine B2 ou riboflavine et surtout la vitamine B12 ou cyanocobalamine dont
la seule source est microbienne. En outre, le β-carotène, précurseur de la vitamine A, est souvent aussi préparé par voie
microbiologique.Le tableau ci dessous montre quelques micro-organismes producteurs des vitamines

Exemple Synthèse de la vitamine B12

La vitamine B12

Vitamine B12 (Figure) est une vitamine essentielle au

fonctionnement normal du cerveau.

Elle participe à la synthèse de neuromédiateurs du système

nerveux et à la formation du sang.
Elle est normalement impliquée comme cofacteur dans le métabolisme cellulaire, plus particulièrement dans la synthèse
de l'ADN et sa régulation ainsi que dans la synthèse des

acides gras et dans la production d'énergie.

Milieu de culture pour production de Vit B12

Le milieu de culture utilisé pour la production industrielle de cette vitamine est composé essentiellement:

1-D'une source de carbone (Glucose ou mélasses de betterave (est une mixture résultant du raffinage du sucre extrait de
la betterave suciére).

2-D'une source d'azote (farines de poisson, corn steep (fraction protéique soluble et concentrée du grain de maïs) ,
hydrolysat de caséine (riche en acides aminés et sels minéraux).

3-D'un tampon (CaCO3).

4-D'une source de cobalt (CoCl2).

5-D'un précurseur:5',6-diméthylbenzimidazol à partir de riboflavine.

La fermentation se déroule généralement à 27°C, pendant quelques jours.

Production de vitamine B12 par Propionibacterium sp. Propionibacterium freudenreichii, sont couramment utilisées pour
la production de vitamine B12. Le processus s'effectue en ajoutant du cobalt en deux phases.

Phase anaérobie

Il s'agit d'une phase préliminaire qui peut durer de 2 à 4 jours. Dans la phase anaérobie, le 5'-désoxyadenosylcobinamide
est principalement produit.

Phase aérobie

Dans cette phase, le 5, 6-diméthylbenzimidazole est produit à partir de riboflavine qui s'incorpore pour former finalement
la coenzyme de la vitamine B12, à savoir 5'-désoxyadenosylcobalamine.

3-Production des acides aminés

Les acides aminés synthétisés dans la cellule sont utilisés, pour la plus grande partie d’entre eux, pour la formation de
protéines car de nombreux systèmes de régulation sont présents dans la cellule. De nombreux mutants ont été isolés
pour augmenter la production d’acides aminés. Les acides aminés les plus intéressants du point de vue industriel sont les
acides aminés « indispensables ». Il existe plusieurs modes de production des acides aminés:

➢ Ils peuvent être obtenus par synthèse chimique

➢ Par catalyse enzymatique.
➢ Par extraction à partir d’une matière primaire riche en acide aminé recherché.
➢ Par culture microbienne (c’est l’intérêt du notre cours).
Les acides aminés produits par les microorganismes entrent dans les produits alimentaires. Ex: la glycine et l'alanine sont
ajoutés à certains produits alimentaires pour améliorer leur saveur. L'acide glutamique sert, sous forme de sel (glutamate
monosodique ou GMS), de renforçateur de goût "goût de bouillon".

• Agents édulcorant (pouvoir "de goût sucré") en nutrition humaine. Ex: l'aspartam =d'aspartate + phénylalanine.

• Augmentation de la valeur nutritive des produits végétaux par l’addition des acides aminés essentiels comme la lysine
et la méthionine.

Les microorganismes producteurs des acides aminés

La culture microbienne est une méthode de production économique lorsqu’il existe une souche microbienne
hyperproductrice de l’acide aminé désiré. Les bactéries appartenant au genre Corynebacterium (Corynebacterium
glutamicum, Brevibacterium flavum) ainsi que des souches génétiquement modifiées de l’espèce bactérienne
Escherichia coli sont les micro-organismes les plus souvent utilisés. Le tableau ci dessous donne quelques
microorganismes producteurs des différents acides aminés.

Les voies métaboliques de la synthèse des acides aminés

Pour la synthèse d’un acide aminé par un microorganisme, il nécessite la présence des intermédiaires pour former la
chaine carbonée et d’autres pour la fonction amine (NH2). La synthèse de la chaine carbonée des acides aminés
s’effectue à partir de produits intermédiaires du métabolisme des glucides (glycolyse, voies des pentoses phosphate et
cycle de Krebs). Ces intermédiaires sont phosphoénolpyruvate, phosphoglycérate, pyruvate, acétyl-CoA, oxaloacétate et
α-cétoglutarate. Le groupement amine provient d’un autre acide aminé par une réaction de transamination (Figure) ou il
provient d’une molécule inorganique (NH4+, N2..) par le processus d’amination.

Le L-glutamate peut être formé par amination de l’α-cétoglutarate (produit du cycle de Krebs) comme suit :
2. la production des alcools
2.1. Définition
Un alcool est un composé organique dont l'un des carbones est lié à un groupe hydroxyle (-OH).
2.2. Classification
Selon la nature du radical lié le carbone portant le groupement OH, on distingue:
 Les alcools primaires, dont le carbone comportant le groupement hydroxyle est lié à
deux atomes d’hydrogéne et un radical organique R

 Les alcools secondaires, dont le carbone comportant le groupement

hydroxyle est lié àun atome d’hydrogéne et deux radicaux organiques R et R'.

 Les alcools tertiaires, dont le carbone comportant le groupement

hydroxyle est lié àtrois radicaux organiques R, R′ et R

 les phénols, sont considérés comme des alcools particuliers dont

le groupementhydroxyle est lié à un carbone d’un cycle benzénique.

2.3. Domaines d’utilisation des acools

Les alcools sont utilisés dans l'industrie chimique comme :
Solvant: l'éthanol, peu toxique, est utilisé dans les parfums et médicaments.
Réactifs: les esters peuvent être synthétisés à partir des alcools.
Antigels: la basse température de solidification de certains alcools comme le méthanol et
l’éthylène glycol en font de bons antigels.
2.4. Les voies métaboliques de la synthèse des alcools
La fermentation alcoolique est un processus biochimique par lequel des sucres (glucides,
principalement le glucose) sont transformés en alcool (éthanol) et CO2, en absence d’oxygène. Alors
que, chez les eucaryotes, la totalité du glucose est métabolisé par la voie de glycolyse, les micro-
organismes possèdent une variété d’autres voies qui fonctionnent souventen parallèle(Fig. 4).
 Figure 4.Principales voies de dégradation de glucose chez les bactéries.
2.4.1. Voie d’Embden-Meyerhof (EM) ou glycolyse
Elle a été la première voie connue. C’est celle qui est suivie aussi bien chez les animaux(muscles) que
chez les levures et chez un grand nombre de bactéries aérobies, anaérobies strictes ou facultatives. Tous
ces organismes cependant ne forment pas les mêmes produits finaux. Il ya un tronc commun jusqu’au
pyruvate(Fig. 5) dans lequel se trouvent les réactions caractéristiques de cette voie:
-L’activation du glucose (a).
-Le clivage de l’hexose par l’aldolase (b).
-La formation de deux trioses (c).
-La phosphorylation oxydative du triose phosphate (d) (avec comme conenzyme le NAD+).
La formation d’ATP (e).
-La production de pyruvate. Le bilan s’établit comme suit:
Glucose + 2 NAD++2ADP+2Pi 2 Pyruvate+ 2NADH+2H+ +2ATP.

Figure 5. Voie glycolytiqued’Embden-Meyerhof (EM)

 2.4.2. Destinée du pyruvate
Selon l’équipement enzymatique des espècesmicrobiennes, on obtiendra différents produits de
fermentation à partir du pyruvate; il peut aussi êtrecomplètement oxydé. De nombreuses fermentations
ont un intérêt industriel ou diagnostique.
La fermentation alcoolique (production d’alcool)
Cette fermentation, qui est à la base de la fabrication du vin, de la biére et du pain, est réalisée par des
levures dont S. cerevisiae est la plus courante (levure de boulangerie). La transformation du pyruvate
en ethanol se fait selon la réaction suivante:

Le bilan global de la réaction peut s’établir comme suit:

Glucose + 2ADP + 2Pi 2 CO2 + 2 Ethanol + 2 ATP
2.5. Microorganismes producteurs des alcools
Fermentation par les levures
Saccharomyces cerevisiae, une souche utilisée industriellement pour la fermentation
alcoolique, elle utilise le glucose comme une source de carbone, d’autres espèces de levures
peuvent convertir la xylose en éthanol (Pichiastipitis, Candida..).
Fermentation par les bactéries
La xylose est convertible en éthanol par plusieurs espèces de bactéries thermophiles comme
Thermoanaerobacterethanolicus, Clostridriumthermohydrosulfuricumou par des souchesmodifiées de Bacillus
stearothermophilus. Des bactéries mésophiles comme Escherichia coli et Klebsiellaoxytocaou K.planticolasont
également capables de fermenter les pentoses.

3. Production des acides organiques

3.1. Définition
Un acide organique est un composé capable de libérer un cation (ion chargé positivement) H+
en milieux aqueux. Les acides organiques les plus courants sont les acides carboxyliques:
Acide lactique, acide acétique, Acides propionique, acide butyrique, acide citrique…etc.
3.2. Domaine d’utilisation des acides organiques
Les acides organiques sont des additifs très utilisés dans l'industrie alimentaire.
Ils peuvent servir d'agents de conservation, d'acidifiants, d'antioxydants et d'émulsifiants.
NB :
On peut extraire des grandes quantités d’acides organiques au cours du métabolisme normaldes
certains microorganismes.
3.3. Micro-organismes producteurs des acides organiques
Les espèces microbiennes impliquées dans la production des acides organiques se différent
selon le type de l’acide d’intérêt industriel (Tab. 3)

Tableau 3.

Les acides
organiques
produits par les
micro-
organismes et
leurs utilisations
dans l’industrie
alimentaire

3.4. Voies métaboliques de production des acides organiques

La production des acides organiques se commence par la dégradation du glucose (glycolyse)
et la formation du pyruvate. La transformation du pyruvate en acide organique s’appelle un
processus de fermentation.
a) Fermentation homolactique
L’acide lactique est le produit essentiel de ce type de fermentation (>90% des produits
formés), contrairement à la fermentation hétérolactique (entre 25 et 90% d’acide lactique).
Cette formation se fait selon la réaction suivante:

La fermentation homolactique est effectuée par tous les espèces des genres bactériens
Streptococcus, Pediococcuset Microbacterium, par beaucoup de Lactobacillus, par certains
Bacillus et certaines moisissures (Phycomycètes: Oomycètes).
 b) Fermentation hétérolactique
La fermentation hétérolactique qui donne du lactate, de l'éthanol et du CO2.
C6H12O6 CH3-CHOH-COOH + CO2 + CH3-CH2OH.
Cette voie fait suite à celle de Warburg-Christian. On l’appelle aussi voie des pentoses
phosphates ou voie de Dickens et Horecker (qui l’ont decouverte en 1955). Ce type de
fermentation est rencontré chez les Leuconostoc, les bactéries
Lactobacillushétérofermentaires, diverses entérobactéries et la moisissure
Rhizopusoryzae(Fig. 6).

Figure 6. Fermentation hétérolactique.

a) La fermentation butyrique
Essentiellement réalisée par des Clostridiumsaccharolytiques (C. tyrobutyricum, C. butyricum, C. pasteurianum...). Elle
entraîne des gonflements très importants des fromages à pâte dure, à cause du dégagement d’hydrogène (Fig 7).

Figure 7.La production de

l’acide butyrique.1, Enzymes du
glycolyse; 2, pyruvate-
déshydrogenase ;3, hydrogénase;
4, acetyl-CoA-acetyltransferase
(thiolase); 5, ß-hydroxybutyryl-

CoAdeshydrogenase; 6, crotonase;
7, butyryl-CoAdehydrogenase; 8,
phosphotransbutyrylase; 9,butyrate
kinas
 c) Fermentation propionique
Diverses bactéries anaérobies strictes ou facultatives (Propionibacterium, certains
Clostridium, Corynebacterium, Neisseria, Veillonella…) produisent par fermentation l’acide
propionique. L’acide propionique est formé par réduction du pyruvate, ou par

décarboxylationde l’acide succinique (Fig. 8).

Figure 8. La production d’acide propionique.

d) Fermentation acide mixte

La fermentation acide mixte se caractérise par une divercité des produits de fermentation.Elle
est réalisée par des Entérobactéries appartenant aux genres Escherichia, Salmonella, Proteus,
Shigella et Yersinia. Elle est aussi rencontrée chez les Vibrio, certains Aeromonas… Elle est
ractérisée par la production d’éthanol et de plusieurs acides organiques: acides lactique,
acétique, succinique et
formique(Fig. 9).

Figure 9. La fermentation mixte.

4. La production des polysaccharides
4.1. Définition
Les polysaccharides (parfois appelés glycanes, polyosides, polyholosides ou glucides
complexes) sont des polymères constitués de plusieurs oses liés entre eux par des liaisons
osidiques.
4.2. Classification des polysaccharides microbiens
La plupart des microorganismes synthétisent plusieurs types de polysaccharides qui peuvent
être classés selon leur localisation dans la cellule. Certains se trouvent à l’intérieur de la
cellule, dans le cytoplasme, où ils sont utilisés par le microbe comme source d’énergie.
D'autres sont des composants de la paroi tels que les peptidoglycanes et les acides
téichoïques. Enfin, un troisième groupe de polysaccharides est excrété à l'extérieur de la
cellule (exemple : dextranes, levanes, xanthanes...etc). Selon leur composition chimique, les
polysacharides peuvent être subdivisés en deux groupes: les homopolysaccharides et les
hétéropolysaccharides. Tandis que les homopolysaccharides sont constitués d'un seul type de
monomère saccharidique, les hétéropolysaccharides peuvent contenir plusieurs types de
sucres. Parmi les homopolysaccharides, on retrouve les dextranes et les levanes. Le groupe
d’exopolysaccharidesle plus large et le plus diversifié est le groupe des hétéropolysaccharides
qui se composent de plusieurs types d'oses constitutifs comme les xanthanes.
4.3. Utilisations et applications industrielles
-La gomme Xanthane a été utilisée dans un grand nombre d'applications, en tant qu'agent de
suspension, un stabilisateur d'émulsion, un amplificateur de mousse ou un améliorant du
volume de la pâte, mais il est également utilisé comme adhésif et pour l'inhibition de la
formation de cristaux de glace, tant dans les industries alimentaires que non alimentaires.
-Il a trouvé que les dextranes sont utilisés pour la premières fois dans le support
chromatographique et dans le plasma sanguin pour moduler l’écoulement du sang.
-Dans les produits laitiers, les dextranes sont utilisés comme additifs alimentaires et agissent
comme texturants en augmentant la viscosité et comme stabilisateurs.
-Les polysaccharides bactériens sont antigéniques et quelques-uns sont utilisés comme
vaccins.

4.4. Les dextranes

Le dextrane est un exopolysaccharide formé par la condensation
des unités α (1-6) glucose et ramifiés par des résidus de glucose
par des liaisons α(1- 3) et moins fréquemment par α(1-2) et α(1-
4)(Fig. 13). Figure 13. La structure du dextrane
5.4.1. Microorganismes producteurs du dextrane.
Ledextrane produit par Leuconostocmesenteroidesest synthétisédans une solution de
saccharose, mais il peut aussi être produit à partir d'un extrait enzymatique extracellulaire, la
dextrane-sucrase. Le dextrane est aussi synthétisé par Streptococcussanguis qui produit un
dextrane constitué de 82% de liaisons α (1-6) alors que Streptococcusmutans produit
essentiellement un dextrane de 95% de liaisons α (l-3).
4.5. Leslevanes
Les levanes sont des homopolysaccharides linéaires composés de résidus de fructose B (2-6)
(Fig.14). Ils sont produitspar Streptococcussalivarus, Bacillussubtilis et Zymomonasmobilis.

Figure14. La structure du levane.

Pour la production du levane microbienne avec Paenibacilluspolymyxa, le sirop de canne de

sucre clarifié et la mélasse de betterave à sucre a entraîné des rendements très faibles. Par
conséquent, la peptone a été ajoutée au sirop de canne et la mélasse de betterave a été soumise
à divers prétraites coûteuses, comme le faire passer par filtration sur gel et colonnes d'échange
d'anions afin d'augmenter les rendements dulevane à des niveaux comparables au saccharose.
Pour produire du lévane à partir de Zymomonasmobilis, la mélasse de canne à sucre et le sirop
de canne à sucre ont été clarifiés par centrifugation suivie d'une filtration et ensuite utilisés à
250 g / L de concentration de glucides.
4.6. Lesxanthanes
La chaîne principale de ce polysaccharide est constituée par un
enchaînement de glucopyranoses reliés entre eux par des liaisons
β (1,4)glucosidiques (cellulose), pour tous les 2 résidus de
glucose une chaîne latérale constituée par 2 résidus de
mannopyranoses encadrant 1 résidu d'acide glucuronique(Fig.
15). Le taux d'estérification est variable selon les souches et les
conditions de fermentation. figure15. La structure du xanthane.
 5.6.1. Microorganisme producteur et le milieu de la culture
Le xanthane est un polysaccharide extracellulaire visqueux (gomme), synthétisé
essentiellement par la souchede Xanthomonascampestris. La production du xanthane est
obtenue par fermentation aérobie de cette bactérie et elle suit le métabolisme des glucides en
milieu où le pH =7 et à une température de 28°C. La production duxanthane s'arrête quand le
pH est de l'ordre de 5,0. La production est optimale quand la concentration en glucose est de
l'ordre de 1 à 5%. En dehors de ces conditions, la production est nulle ou fortement ralentie.
5. Production des hormones
5.1. Introduction
Les hormones végétales sont une classe de substances organiques qui sont synthétisées pendant le
métabolisme des plantes. Ils ont un effet physiologique évident sur la croissance des plantes à très faibles
concentrations. Généralement, les hormones végétales sont principalement divisées en 5 catégories: les
auxines, les cytokinines, l'éthylène, les gibbérellines (AG) et l'acide abscisique (ABA). La production de
l'hormone végétale est principalement obtenue grâce à l'extraction des plantes, à la synthèse chimique ainsi
qu'à la fermentation microbienne. Cependant, le rendement extrêmement faible dans les plantes et la structure
chimique relativement complexe limitent le développement des 2 premières approches. Par conséquent, on a
accordé plus d'attention à la production fermentative microbienne. Par ce dernier, les développements et les
réalisations technologiques des 2 hormones végétales importantes (AG et ABA) ont été discutés.

5.2. Définition
Les hormones sont des molécules organiques pouvant influencer la physiologie et le développement des
plantes et des animaux, et ce, même en faible concentration.
5.3. Rôle des hormones
Les hormones végétales, aussi appelées phytohormones, les plus connues sont l'auxine, la gibbérelline, la
cytokinine, l'éthylène et l'abscissine (acide abscissique).Elles jouentnotamment un rôle important dans la
régulation de la croissance et la floraison de la plante.
5.4. Gibbérellines
Les Gibberellines sont des hormones végétales qui stimulent la croissance des plantes. Ils favorisent la
croissance par l'élargissement des cellules et la division cellulaire. Les effets observables des gibbérellines
comprennent le stimulus de la germination des graines, la floraison et l'allongement des tiges. Les
gibbérellines sont des diterpènesde 20carbones (Fig. 16). Ce sont des structures hydrophobes. On connaît
125 gibbérellines différentes dont 10 chez les champignons, 100 chez les végétaux. Elles sont notées de
GA1 à GA125.

Figure16. La structure de la
gibbérelline.
 5.5. Production microbienne de gibberellines
Le champignon nommé Gibberellafujikuroi a été trouvé pour produire des gibbérellines. Il s'agit en fait d'un
champignon pathogène de semis de riz. La production de gibberelline peut être effectuée en utilisant un
milieu glucose-sel à pH 7,5 et une température de 25 ° C pendant 2-3 jours. Le processus de fermentation est
effectué dans un procédé fermé aéré. Après la croissance du champignon est maximale, la production de
gibbérellines commence.
5.6. L'acide abscisique (ABA)
L'acide abscisique (ABA) est un sesquiterpenoide (C15H20O4) (Fig. 17) qui a été identifié comme un
inhibiteur de croissance s'accumulant dans des fruits et des feuilles.Ilpermit de réguler de nombreux aspects
de la croissance et du développement de la plante,
y compris la maturation des embryons, la dormance
des graines, la germination, la division cellulaire et
l'allongement, l'induction florale et les réactions aux
contraintes environnementales telles que la
sécheresse, la salinité, le froid, les attaques
pathogènes et les rayons UV.

Figure17. La structure de L'acide abscisique.

5.7. Les microorganismes producteurs de l’acide abscisique

Dans des études récentes, l'endophyte bactérien Bacillus amyloliquefaciens s'est révélé produire de l'ABA et,
en tant que tel, a le potentiel d'augmenter la résistance des plantes au stress de la salinité.
La présence d'ABA a été démontrée dans plusieurs champignons, comme Cercosporarosicola, C. cruenta,
Botrytis cinerea et autres champignons phytopathogènes, comme un métabolite secondaire. Il a été
démontré que les micromycètes du sol, Aspergillus niger et Cladosporiumcladosporioides, ont produit de
l'ABA. Les bactéries favorisant la croissance des plantes telles que Azospirillum produisent les
phytohormones ABA. Les bactéries fréquemment trouvées dans le corps humain qui vivent également dans
le sol et dans l'eau (Proteus mirabilis, P. vulgaris, Bacillus megaterium, B. cereus, Klebsiellapneumoniae et
Escherichia coli) produisent également de l'ABA.
6. Production des antibiotiques
6.1. Définition : Un antibiotique est une molécule naturelle ou synthétique qui détruit (a.b bactéricide) ou bloque la
croissance des bactéries (bactériostatique). Un même antibiotique peut être bactériostatique à faible dose et
bactéricide à dose plus élevée. Un grand nombre d'antibiotiques sont des molécules naturelles, fabriquées par
des champignons ou d'autres bactéries. Cette production pour éliminer les bactéries concurrentes avec lesquelles
dans leur environnement.
6.2. Mécanismes d’action des antibiotiques
Les mécanismes d’action des antibiotiques sont très variables. Ils sont plus ou moins spécifiques de certaines
familles bactériennes. Les antibiotiques naturels utilisés en thérapeutique sont produits par des bactéries ou
des mycètes. Les antibiotiques synthétiques sont habituellement des analogues ou des dérivés d’antibiotiques
naturels. Parmi des centaines d’antibiotiques connus, la plupart sont toxiques pour les cellules eucaryotes. Les
cibles Les plus communs des antibiotiques sont illustrées à la figure (18). Les mécanismes d’actions des
antibiotiques sont les suivant:
1. Inhibition de la synthèse de la paroi cellulaire.
2. inhibition de la synthèse de la membrane cellulaire.
3. Inhibition de la structure et de la fonction des acides nucléiques.
4. Inhibition de la synthèse des protéines.
5. Blocage des voies métaboliques clés.
7.2.1. Action sur la paroi bactérienne
La plupart des cellules bactériennes sont encadrées par une couche rigide de peptidoglycane (PG) qui
protège les cellules en fonction de la pression osmotique. Pour rester en vie, les bactéries doivent
nécessairement synthétiser le peptidoglycane par des enzymes des transglycosylases et des transpeptidases.
Les antibiotiques comme les pénicillines et les céphalosporines sont capables de bloquer la réticulation des
unités de peptidoglycane en inhibant la formation de la liaison peptidique. L’antibiotique bloque aussi la
synthèse de la paroi par inhibition de la transpeptidase ce qui inhibe la synthèse de la paroi. Ceci empêche
la formation de nouvelles bactéries et peut entraîner la destruction de celles déjà existantes.
7.2.2. Déstabilisation de la membrane cellulaire
Les classes d'antibiotiques qui endommagent les membranes cellulaires des bactéries sont spécifiques dans
chaque groupe microbien en fonction des différents types de lipides dans leurs membranes cellulaires. Par
exemple Les polymyxines provoquent la désintégration de la membrane cellulaire bactérienne en se liant
efficacement à la couche lipidique.
7.2.3. Inhibition de la synthèse des acides nucléiques
L’inhibition de la synthèse des acides nucléiques est contraire à la survie des cellules bactériennes. Les
antibiotiques interfèrent avec la synthèse des acides nucléiques en bloquant la réplication ou l'arrêt de la
transcription. Le groupe des antibiotiques de quinolones, par exemple empêche le processus de
réplication de l'ADN chez les bactéries sensibles. La perturbation d’activités enzymatique de l'ARN
polymérase, empêche la synthèse de l'ARN.

7.2.4. Inhibition de la synthèse des protéines

Les protéines sont responsables de la composition structurale, des processus métaboliques et
physiologiques, et de la réponse à des conditions défavorables, entre autres rôles. Les antibiotiques inhibent
la synthèse de protéines en inhibant la phase d'allongement de latraduction. Les inhibiteurs de ribosome 30S
fonctionnent principalement en bloquant l'accès les aminoacyl-tRNA au ribosome. Des exemples
d'antibiotiques qui fonctionnent de cette manière comprennent la tétracycline, la streptomycine, la
spectinomycine, etc.
6.2.5. Blocage des voies métaboliques clés
Certains antibiotiques comme les sulfamides ont montré qu'ils limitent un substrat nécessaire au
métabolisme cellulaire des bactéries par entraînants des enzymes bactériennes à s'attacher à l'antibiotique
plutôt qu'au substrat normal. En particulier, les
sulfamides agissent par inhibition compétitive
de dihydrofolatesynthase qui est nécessaire
pour la synthèse de l'acide folique dans les
cellules bactériennes. L'acide folique est vital
dans le métabolisme de l'acide nucléique et des
acides aminés.

Figure 18. Mécanismes d’action des antibiotiques sur les bactéries.

6.3. Classification des antibiotiques
Il existe plusieurs façons de classifier les antibiotiques, mais les critères de classification les plus courants
sont basés sur leurs structures moléculaires, leur mode d'action et leur spectre d'activité. D'autres
comprennent la voie d'administration (injectable, orale). Les antibiotiques dans la même classe structurelle
montrent généralement un profil similaire d'efficacité, de toxicité et d'effets secondaires. Certaines classes
courantes d'antibiotiques basées sur des structures chimiques comprennent les bêta-lactames, les macrolides,
les tétracyclines, les quinolones, les aminoglycosides, les sulphonamides, les glycopeptides et les
oxazolidinones.

 Beta-lactames
Les membres de cette classe d'antibiotiques contiennent un anneau à 3 atomes de carbone et 1 azote (Fig.19).
Ils interfèrent avec les protéines essentielles à la synthèse de la paroi cellulaire bactérienne et, dans le
processus, tue ou inhibe leur croissance. Les représentants les plus importants de la classe des bêta-lactames
comprennent penicillines, cephalosporines, monobactames et carbapenemes.

Figure 19. Structures des b-lactames ; A, structure de base ; B, penicilline ; C,

cephalosporine.
  Tétracyclines
La tétracycline a été découverte en 1945 à partir d'une bactérie du sol du genre Streptomyces. Le premier
membre de cette classe était la chlorotétracycline (Aureomycine). Les membres decette classe ont quatre (4)
anneaux d'hydrocarbures (Fig.20) et ils sont connus par leur nom avec le suffixe "-cycline". Ils perturbent
l'addition d'acides aminés aux chaînes polypeptidiques lors de la synthèse des protéines dans le ribosome.

Figure 20. Structure de tetracycline.

 Les macrolides
Les macrolides sont des molécules ont des macrocycles de lactone souvent associés à des
sucres neutres ou aminés (Fig.21). Ils ont un plus large spectre d'activité antibiotique que les

pénicillines et sont souvent administrés à des patients allergiques à la pénicilline. Les macrolides éliminent
ou inhibent les microorganismes en inhibant efficacement la synthèse des protéines bactériennes (Ils
empêchent l'addition d'acides aminés aux chaînes polypeptidiques).

Figure 21. Structure des macrolides.

 Quinolones
Les quinolones peuvent impliquer au cours de la réplication de l'ADN et la transcription dans les bactéries.
Parmi les antibiotiques de cette classe la cinoxacine, la norfloxacine…etc. Leur structure se compose
généralement de deux anneaux (Fig22).
 Figure 22. Structure de base de quinolones: le groupe R (bleu) est assez souvent un groupe
pipérazine; si la molécule est liée à un fluor en position 6 (rouge), il s'agit d'une
fluoroquinolone
 Aminoglycosides
Le premier médicament à découvrir parmi les membres de cette classe d'antibiotiques était la
streptomycine. Elle a été largement utilisée contre Mycobacteriumtuberculosis, l'agent causal de la
tuberculose. Les aminoglycosides sont des composés généralement d’amino sucres liés par des liaisons
glycosidiques(Fig23). Ils proviennent des Actimomycètes du sol. Les aminoglycosides possèdent un large
spectre d'activités antibactériennes. Ils sont capables d'inhiber la synthèse des protéines dans les bactéries
en se liant à l'une des sous-unités ribosomales et sont efficaces contre les Gram-négatives aérobies et
certaines bactéries Gram- positives.

Figure 23. Structure d’aminoglycosides (streptomycine).

 Les sulfamides
Les sulfamides (Fig24) sont acceptés être le premier groupe d'antibiotiques utilisés en
médecine thérapeutique et ils jouent toujours un rôle très important dans la médecine et la
pratique vétérinaire. Les sulfamides inhibent les bactéries Gram-positives et Gram-négatives
telles que Nocardia, E. coli, Klebsiella, Salmonella, Shigellaet Enterobacter.

Figure 24. Structure de base des sulfamides

  Glycopeptidiques
Le glycopeptide a une action sur la formation du peptidoglycane en effectuant un encombrement bloquant
l'assemblage des précurseurs formant la paroi, c'est-à-dire l'enchaînement d'acides aminés D-Ala-D-Ala et
différents peptides. Les antibiotiques glycopeptidiques généralement abrégés en GPA ont été initialement
obtenus en tant que produits naturels.Mais les dernières années ont été améliorées par une semi-synthèse.
Naturellement, les glycopeptides sont constitués d'un oligopeptide cyclique lié des sucres, d'où le nom
de glycopeptides. L’exemplaire de cette classe la vancomycine (Fig.25).

Figure 25. Structure d’antibiotique glycolipide (vancomycine).

6.4. Les micoorganismes producteurs des antibioiques
la plupart des métabolites secondaires sont en fait
biosynthétisés par des microorganismes filamenteux comme
les actinomycètes (environ 75%) et les moisissures (comme le
genre penicilium) (17%). En outre, environ 20 types de
métabolites secondaires peuvent être produits par les espèces
Streptomyces seules. Les streptomycètes sont des producteurs
puissants de métabolites secondaires, car environ 45 à 55% des
10 000 antibiotiques archivés sont fabriqués par eux. Plusieurs
antibiotiques ont également été isolés de différentes souches de
Bacillus(B. moenomycines, B. difficidins, B. bacilllines et B.
bacilles).Mycobacterium est un autre genre de bactéries avec
une production 'intéressante d'antibiotiques (environ 80% des
Mycobacterium isolés produisaient des composés antibiotiques
et antifongiques). Certains des antibiotiques les plus importants
avec des activités biologiques produites par des
microorganismes sont enregistrés dans le tableau 5.

Tableau 5. Microorganismes producteurs des antibiotiques

6.5. Production industrielles des antibiotiques
Le milieu de production doit d’abord permettre d’assurer une importante croissance pour conduire à une
concentration élevée en cellule au moment de la production.Il doit assurer ensuite la maintenance de la
vitalité des cellules et la production optimisée de l’antibiotique. Il doit de ce fait fournir des sources d’énergie
et assurer les conditions physico-chimiques désirées (pH, T°, oxygénation).
• Pendant la phase de production des antibiotiques, les cellules utilisent des sources d’énergie et de
carbone lentement catabolisables (lactose par exemple, pour la production de la pénicilline ; dextrine ou
amidon pour la production de macrolides).
• Les acides gras et leurs dérivés sont souvent apportés par les huiles sous forme de triglycérides. Les
huiles les plus utilisées sont : les huiles de soja, d’arachide, de mais et de colza.Outre leur rôle de source
d’énergie et de précurseurs éventuels, les acides gras exercent des actions physico-chimiques
appropriées : formation d’émulsion, réduction des mousses, modification de la perméabilité
membranaire.

• L’ammonium est la meilleure source d’azote pour assurer une croissance rapide. On ajoute des sels
d’ammonium pour favoriser cette phase tout en surveillant la concentration pour éviter la baisse de
production liée à une concentration trop élevée. Si l’on choisit de poursuivre l’alimentation par des sels
d’ammonium, ils seront apportés en mode semi-continu, généralement l’azote pour la production (3ème
phase) sera apporté sous forme de sources complexes ; exemple : farines de soja ou d’arachide riches en
protéines ; l’addition de ces éléments s’accompagne du contrôle de l’oxygénation.
Remarque
Les sources complexes remplissent de multiples fonctions.Ex: si les farines de soja servent de source
d’azote, elles apportent en même temps des acides nucléiques, des vitamines, des oligo-éléments, des
lipides, du soufre et du phosphore.
8. La production des toxines
8.1. Définition
Les toxines sont des molécules synthétisées par un organisme et capables de perturber le fonctionnement de
certaines cellules. Les toxines sont également plus ou moins immunogènes: elles sont capables d'induire
une réponse immunitaire.
8.2. Classification
On peut diviser les toxines selon l’origine de leur productions : Les toxines produites par des bactéries sont
appelées bactériotoxines, celles par les champignons microscopiques sont dénommées mycotoxines (telles
que les moisissures(Aspergillus, penicillium, etc.). Pour les bactéries, Il existe les endotoxines, faisant partie
de Lipopolysaccharide et les exotoxines protéiques.
8.2.1. Les endotoxines
Elles se trouvent sur la face externe dela membrane externedes bactéries Gram (-) (Fig26), de nature
lipopolysaccharide (LPS) et thermostables. Elles sont libérées suite à la lyse desbactéries

Figure 26. Localisation des endotoxines des bactéries G-.

8.2.2 Exotoxines
L'exotoxine est de nature protéique, et n'est généralement produite que par les bactéries à G+. Elle est
pathogène et très immunogène pour des doses plus faibles (de l'ordre du µg/L). Elles sont thermosensibles:
facilement dénaturées par la chaleur et perdent ainsi leur activité toxique. Elles sont très immunogènes: leur
présence dans l'organisme provoque la synthèse d'anticorps anti-toxines, capables de bloquer leur activité
toxique. Ces deux propriétés sont exploitées en vaccination: il est possible de produire des toxines inactives (=
anatoxines) par traitement thermique (40°C, pendant 2 semaines) ou chimique (formol ou glutaraldéhyde).
Les anatoxines ne présentent plus de pouvoir toxique, mais elles restent immunogènes et sont donc capables
d'induire une réponse immunitaire protectrice (production d'antitoxines).
8.3. Microorganismes producteurs des toxines
Les principales exotoxines sont la toxine diphtérique (Corynebacteriumdiphteriae), les entérotoxines
staphylococciques (Staphylococcus aureus), la toxine tétanique (Clostridium tetani), les toxines botuliniques
(Clostridium botulinum. Elles sont utilisées comme source d’antigènes mais surtout comme source
d’anatoxine (vaccins).

Les principales endotoxines sont l’entérotoxine cholérique (Vibriocholerae) et l’endotoxine typhoїdienne

(Salmonella). Certains produits peuvent jouer un grand rôle dans la lutte biologique.
Diverses moisissures excrètent aussi des substances toxiques comme les alcaloïdes. Ces substances sont
produites par Claviceps purpurea et sont dotées de propriétés pharmacologiques et ont un intérêt médical.
Les aflatoxines sont produites par le champignon Aspergillus flavus.
 8.4. La production industrielle des toxines
Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines. Dans certains cas, la production industrielle de
ces toxines présente un grand intérêt car elles sont utilisées pour la fabrication de vaccins et antitoxines
utilisés en médecine. Par example, pour obtenir des rendements élevés de neurotoxoines purifiés produite
par la bactérie de Clostridium botulinum dans diverses conditions en utilisant un système de
fermentation. Le milieu utilisé comprenait 2,0
% d'hydrolysat de caséine et 1,5% d'extrait de levure et une concentration appropriée de glucose. La
concentration maximale de toxine a été atteinte dans les 48 h dans des conditions de fermentation
suivantes: une concentration initiale de glucose de 0,5 ou 1,0%, une température de 35C° et un taux
d'agitation de 50 tr / min. L'anatoxine tétanique a été obtenue en détoxifiant et en purifiant la toxine.

Production du biogaz
1-Le bio-méthane est un gaz riche en méthane provenant de l'épuration du biogaz issu de la méthanisation. Ce
gaz peut être utilisé dans une chaudière, comme carburant de véhicules, alimenter des moteurs ou être injecté
dans le réseau du transport de gaz naturel (après épuration/purification).
2-La méthanisation
La méthanisation est le produit du métabolisme anaérobie des matières organiques réalisé dans des digesteurs
où la masse microbienne est maintenue en suspension en l’absence de l’air et de la lumière. La population
microbienne est complexe, composée en majorité, de bactéries anaérobies. Au cours de son métabolisme, la
flore microbienne libère très peu d’énergie aboutissant à très faible biomasse et transforme la majeure partie du
carbone organique en gaz (CO , CH ).
2 4

Cette dégradation provoque

 un produit humide, riche en matière organique partiellement stabilisée, appelé digestat. Il est généralement
envisagé le retour au sol du digestat après éventuellement une phase de maturation par compostage ;
 du biogaz, mélange gazeux saturé en eau à la sortie du digesteur et composé d’environ 50 % à 70 % de
méthane (CH4), de 20 % à 50 % de gaz carbonique (CO ) et de quelques gaz traces (NH , N , H S). Cette
2 3 2 2

énergie renouvelable peut être utilisée sous forme combustive pour la production d’électricité et de chaleur,
de production d’un carburant, ou d’injection dans le réseau de gaz naturel après épuration.

3-Etapes de la méthanisation

• La phase d’hydrolyse et de fermentation (hydrolyse et acidogénèse) durant laquelle la matière organique

complexe, telles que les protéines, les polysaccharides et les lipides, est hydrolysée en monomères grâce aux
enzymes excrétées dans le milieu. Après hydrolyse, les monomères sont transformés en acides gras volatils
(AGV) comme l’acétate, le propionate, le butyrate, l’isobutyrate, le valérate et l’isovalérate, en alcools, en
sulfure d’hydrogène (H S) responsable de l’odeur caractéristique des méthaniseurs, du dioxyde de carbone
2

(CO ), et de l’hydrogène (H ).
2 2

• La phase d’acétogènes (acétogénèse), les bactéries de cette étape produisent, à partir des produits de la phase
de l’acidogénèse de l’acide acétique, de l’hydrogène et de CO , substrat dont ont besoin les bactéries de l’étape
2

suivante.
• La phase de méthanogènes (méthanogénèse): Lors de cette étape, les produits des réactions précédentes,
principalement l’acétate, le formate, le dioxyde de carbone et l’hydrogène, sont convertis en méthane par les
bactéries dites méthanogènes: - La première population comprend les méthanogènes hydrogénophiles qui
produisent du méthane à partir de l’hydrogène. - La deuxième population comprend les méthanogènes appelés
acétoclastes qui produisent le méthane à partir de l’acétate.
 Fig. 1: Réactions dans le bioréacteur anaérobie

4-Les avantages de la méthanisation

La méthanisation présente de nombreux avantages :
 une double valorisation de la matière organique et de l’énergie ; c’est l’intérêt spécifique à la méthanisation,
par rapport aux autres filières ;
 une diminution de la quantité de déchets organiques à traiter par d’autres filières ;
 une diminution des émissions de gaz à effet de serre par substitution à l’usage d’énergies fossiles ou
d’engrais chimiques ;
 un traitement possible des déchets organiques graisseux ou très humides, non compostables en l'état ;
 une limitation des émissions d’odeurs du fait de digesteur hermétique et de bâtiment clos équipé de
traitement d’air.