SUJET D’EXAMEN

Sujet #1

L'endocrinologie moléculaire de la Vitamine D est basée sur le fait que son métabolite appelé la
1α,25dihydroxyvitamin D3 (1,25D) présente une haute affinité pour son récepteur nucléaire VDR.
Une fois complexé à VDR, la 1,25D lie des éléments de réponses spécifiques induisant alors
l'activation transcriptionnelle de gènes tels que CYTH4 et ELFN2. Les interactions chromatiniennes
jouent un rôle prépondérant dans la régulation de l'expression génique. Les auteurs de l'article ici
présent ont mis en jeu une stratégie expérimentale dans le but de mieux comprendre le mécanisme
moléculaire responsable de l'activation des gènes CYTH4 et ELFN2 en réponse à la présence de la
vitamine D et ceci en lien avec les remaniements tridimensionnels du génome.

Figure 1: Vitamin D response of the CYTH4/ELFN2 locus in human monocytes. THP-1 cells were
treated for 24 h with 1,25D or vehicle (EtOH) and ChIP-seq, FAIRE-seq and RNA-seq were performed
in three biological repeats. The Integrative Genomics Viewer (IGV) browser (Robinson et al., 2011)
was used to visualize the TAD around the vitamin D target genes CYTH4 and ELFN2. The peak tracks
display data from ChIP-seq for VDR (red), PU.1 (purple), CTCF (light green) and FAIRE-seq (light blue).
Gene structures are shown in blue. The change in expression of the six genes within the TAD was
measured by RNA-seq. The genes CYTH4 and ELFN2 (red) are primary 1,25(OH)2D3 targets, since
they were already significantly (p < 0.05) up-regulated after 2.5 h ligand stimulation (Seuter et al.,
2016).
Notes: THP-1: Human monocytes
PU.1: Transcriptional pioneer factor

Q1 (CM) : Présenter CTCF et donner son rôle dans la modulation de la topologique du génome (2.5
points) et LISTER les facteurs qui modulent sa fixation à l'ADN (2.5 points).
Q2 (TD) : Interpréter les résultats de la figure 1 (5 points). Donner une hypothèse quant au rôle de
CTCF dans la régulation de l'expression des gènes CYTH4/ELFN2 induite par la vitamine D. Une
représentation graphique est souhaitable (5 points).
Q3 (CM) : Proposer une approche expérimentale permettant de mettre en évidence l'implication de
CTCF dans la formation de boucle au niveau du locus CYTH4/ELFN2 (5 points).
 Sujet #2

Les interactions chromatiniennes entre les régions enhancers et promotrices jouent un rôle
prépondérant dans la régulation de l'expression génique. Les auteurs de l'article ici présent ont mis
en jeu une stratégie expérimentale dans le but de mieux comprendre le mécanisme moléculaire
responsable de ces interactions spatiales.
Note: MLL3/4 : histone méthyl-transférase responsable de la déposition des H3K4me1.

Figure 1: ChIP-seq and 4C-Seq analysis of Sox2 locus in wild type (WT), MLL3/4 double-knockout
mESCs (DKO). Top, genome browser snapshot of ChIP-seq data showing H3K4me1 enrichment at
Sox2 locus. WT, wild type mouse ES cell line. DKO, MLL3/4 double-knockout mouse ES cell line. y-axis
shows input normalized ChIP-seq. Sox2 SE (Enhancer) is indicated in red shade. Sox2 gene locus is
indicated by arrow. Bottom, 2D-heat map of 4C-seq analysis. The same genomic position is aligned
with genome browser snapshot for ChIP-seq analysis. Panel SE, 4C-seq with viewpoint at Sox2 SE
locus, highlighted by yellow bar. Panel TSS, 4C-seq viewpoint at Sox2 TSS (Transcription Starting Site)
locus, highlighted by yellow bar. Black arrows emphasize the main interacting partner with the
viewpoint. The black trend line indicates the median genomic coverage using a slide window of 5 kb.

Q1 (CM) : Expliciter la méthode de 4C-Seq.

Q2 (CM) : Citer les critères auxquels doivent répondre les régions enhancers.
Q3 (TD) : Interpréter les résultats de la figure 1.
Q4 (TD) : Les chercheurs ont ensuite émis l'hypothèse suivante : le long ARN non-codant XAP facilite
la fixation génomique de MLL3/MLL4 et module ainsi les interactions chromatiniennes à l'échelle du
génome complet. Proposer une stratégie expérimentale permettant de tester cette hypothèse. Les
méthodes et les résultats attendus seront explicités brièvement.
Q5 (CM) : Expliciter l'importance de la protéine CTCF dans la régulation génique et LISTER les acteurs
qui modulent sa fixation à l'ADN. Montrer par un schéma en quoi la délétion d'un site de fixation
génomique de CTCF conduit à la dérégulation tissus-spécifique de l'expression d'un gène.