MEMOIRE

de fin d’études du

Certificat D’études Complémentaires : Urgences

infectieuses et hygiène hospitalière

INFECTIONS NOSOCOMIALES A L'ERE DE LA COVID-19 :

ÉPIDEMIOLOGIE, FACTEURS DE RISQUE
ET IMPACT PRONOSTIQUE

Jury :
Président : Pr Sami ABDELLATIF Directeur du Mémoire :
Membres : Pr Samia AYED Pr Ag Ahlem TRIFI
Pr Amel MOKLINE
Pr Ag Hatem GHADHOUN
 Introduction
• La Corona Virus Disease, apparue en décembre 2019 (COVID-19), est une maladie
infectieuse respiratoire causée par le nouveau coronavirus, le SARS-CoV-2, responsable
d’une pandémie mondiale.

• Depuis son émergence, les systèmes de santé du monde entier ont été mis à rude
épreuve.

• L'expansion rapide des lits de soins intensifs et la redistribution des ressources pendant la
pandémie de COVID-19 ont rendu difficile le respect des mesures de prévention des
infections associées aux soins (IAS).

• En Tunisie, peu de données étaient disponibles sur les caractéristiques des IAS à l'ère de
la COVID-19.
 Objectifs
• Etudier l'épidémiologie des IAS chez les patients gravement
atteints de COVID-19, identifier leurs facteurs de risque et leurs
impacts pronostiques.

• Comparer l’épidémiologie des IAS de l’ère COVID-19 à celle de

l’ère pré COVID-19.
 Méthodologie
• Etude rétrospective, à partir d’un registre collecté prospectivement,
observationnelle et monocentrique.
• Service de Réanimation médicale du CHU de la Rabta.
• Période de neuf mois (de Janvier à Septembre 2021).

• Critères d’inclusion: les patients âgés de plus de 18 ans, atteints de COVID-19 et

nécessitant l’admission en réanimation (ayant développé ou non d’IAS).
• Critères de non inclusion: âge inférieur à 18 ans
• Critères d’exclusion: les patients sortis ou décédés dans les 48 heures de
l’admission et ceux présentant une infection non associée aux soins.
 Les résultats bactériologiques
Les caractéristiques de base et fongiques

Les Paramètres
Les données biologiques recueillis Procédures thérapeutiques

L’évolution au cours du séjour

Les scores de gravité
en réanimation
 Résultats
étude descriptive
Diagramme de flux
 Caractéristiques cliniques
Patients étudiés (n=161)
Provenance , n(%):  
 Service des urgences 95 (59)
 Service de médecine 52 (32)
 Autre hôpital 14 (9)

• Durée de séjour avant USI (j), médiane [IQR] 3 [2-5]

• Age médian ans [IQR] 58 [48-69]

• Genre ratio 1,25

Comorbidités , n (%) :  
 Hypertension artérielle 61 (38)
 Diabète 55 (34)
 Insuffisance cardiaque 12 (7,5)
 Dyslipidémie 33 (20,5)
 Insuffisance respiratoire chronique 7 (4,5)
 Insuffisance rénale chronique 15 (9,5)
 Immunodépression 8 (5)
 Patients étudiés (n=161)

Scores de gravité : médiane [IQR]  

 IGS II 30 [22-48]
 APACHE II 16 [10-24]
 SOFA 4 [3-4]

Hospitalisation dans une structure de soins l’année précédente, n (%) 11 (7)

Antibiothérapie dans les 3 mois précédents n (%) 117 (73)

 Caractéristiques paracliniques
Patients étudiés (n=161)

Biologie :  

 Hyperglycémie à l’admission, n (%) 84 (52)

 D-dimères, med [IQR] 1190 [612-2507]
 CRP, med [IQR] 134 [75-238]
 Globules blancs, med [IQR] 8957 [6540-12453]
 Lymphocytes, med [IQR] 666 [480-944]
 Ratio P/F, med [IQR] 86 [65-114]

Imagerie : Atteinte TDM>50%, n (%) 105 (65)

 Thérapeutiques reçues
Patients étudiés (n=161)

Modalité d’oxygénothérapie n(%) :  

 
 MHC 63 (39)
 OHD 131 (81)
 CPAP 7 (4,5)
 VNI 128 (79,5)
 VMI 84 (52)
 

Cathéter veineux, n (%)  88 (55)

Cathéter artériel, n (%)  46 (28,5)

Sondage vésical, n (%) 91 (57)

Durée ATB (j), médiane [IQR] 4 [2-8]

Durée corticoïdes, médiane [IQR] 11 [8-15]
ECMO, n (%) 2
Les différentes localisations d’IAS avec leurs
délais de survenue médians

Délai de survenue Les bactéries isolées

(j), médiane [IQR]
11

12 6 [3-9]
38 PAVM Bactériémie
7 [4-12]
45
IU ILC 6 [3,5-8]
24
32 IF 6 [3,5-9]
8 [6-14] 31

11

5 5 5
3 2 3
1 1 1 1

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 La distribution des bactéries par IAS
  PAVM Bactériémies ILC IU Total
Acinetobacter B 26 9 6 4 45

Klebsiella Pn 13 5 1 12 31
Pseudomonas A 1 3 1 5
E. Coli 1 4 6 11
Providencia 1 1
Enterobacter 2 2 1 5
Enterocoque Faecium 1 1 1 3
Proteus M 1 1
Staph coag neg 2 3 5
Enterococcus Faecalis 1 1 2
Staph aureus 3 3
Streptocoque 1 1
Stenotrophomonas 1 1
Total 44 32 12 26 114
 Le profil des bactéries les plus isolées

GERMES Effectif (n) PROFIL DE RESISTANCE, n (%)

 Acinetobacter Baumanii 45 Imipénème R:41 (92%)     

Uniquement Colistine S:40 (89%)

 Klebsiella Pneumonia 31 Profil BLSE : 20 (64,5%)  

Profil KPC : 8 (26%)
Colistine R : 2 (6,4%)

 Escherichia Coli 11 BLSE:5 (45%)  

 Pseudomonas aeruginosa 5 Pipéracilline/Tazobactam R: 3

(60%)
Imipénème R: 2 (40%)
Staphylocoques (coag neg+SA) 8 Méticilline R: 4 (50%)  
 Résultats
étude analytique
La densité d’incidence et délais de survenue des IAS avant et dans l’ère de la
COVID
84

2017 (anté COVID)

69.2
66.4 2021 (ère COVID)

52.5

23.5
19.6
14.4
12.5 15

4.04 2
1.2

IN (/1000 JH) PAVM (/1000 JV) Bactériémie ILC (/1000 JKT) IU (/1000 JSV) Fongémie (/1000 JH)
(/1000 JH)

2017 10 [4-16] 12 [6-23] 16 [5-27] 13 [8-22] 32 [14-45]

2021 6 [3-9] 7 [4-12] 6 [3,5-8] 6 [3,5-9] 8 [6-14]

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Avant COVID (2017)

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ère COVID (2021)

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La distribution des microorganismes entre les deux périodes (avant et
 La comparaison des caractéristiques cliniques
Groupe COVID-19, Groupe COVID-19, p
IAS+ (n= 64) IAS- (n= 97)
Age, med [IQR] 60 [52-71] 55 [44-63] 0,02
Sex-ratio (H/F) 36/28 59/38 0,62
Provenance des urgences, n (%) 38 (59,5) 57 (59) 1
Séjour avant réa(j)med [IQR] 3 [1-5] 3 [2-6] 0,06
Co-morbidités, n (%) :      
 HTA 34 (53) 27 (28) 0,002
 Diabète 27 (42) 28 (29) 0,09
 Insuffisance cardiaque 6 6 0,54
 Dyslipidémie 11 22 0,43
 IrespChronique 5 2 0,15
 Insuffisance rénale chronique 8 7 0,27
 Immunodépression 6 2 0,05

SOFA, med [IQR] 4 [3-4] 4 [3-4] 0,18

Hospitalisation dans l’année, n (%) 5 (8) 6 (6) 0,6
ATB dans les 3 mois précédents, n (%) 43 (67) 74 (76) 0,21
 Comparaison des caractéristiques para cliniques
Groupe COVID-19, Groupe COVID-19, p
IAS+ (n= 64) IAS- (n= 97)

Biologie :      
 Hyperglycémie à l’admission, n (%) 48 (75) 36 (37) <10-3
 D-dimères, med [IQR]  1305 [677-2640]  1086 [651-1777]  0,19
 CRP,med [IQR] 134 [75-238] 104 [48-170] 0,02
 Globules Blancs, med [IQR] 9205 [6600-13850] 8400 [6400-11790] 0,12
 Lymphocytes, med [IQR] 590 [442-860] 750 [540-1090] 0,012
 Ratio P/F, med [IQR] 75,5[63-91] 92 [67-131] 0,015

Imagerie : Atteinte TDM>50%,n (%) 51 (80) 54 (56) 0,006

 Comparaison des caractéristiques thérapeutiques
Groupe COVID-19, Groupe COVID-19, p
IAS+ (n= 64) IAS- (n= 97)
Modalité d’oxygénothérapie, n (%)      
 MHC 19 (29) 44 (45,5) 0,05
 OHD 55 (86) 76 (78,5) 0,67
 CPAP 3 4 1
 VNI 56 (87,5) 72 (74) 0,04
 VMI 56 (87,5) 28 (29) <10-3

Durée ATB, med [IQR] 4 [3-7] 4 [2-6] 0,7

Durée corticoïdes, med [IQR] 12 [9-17] 10 [7-12] 0,001
ECMO, n (%) 1 1 1
Cathéter veineux, n (%) : 58 (90) 30 (31) <10-3
 Fémoral, n fois (%) : 57 (89) 31 <10-3
 Sous clavier 4 1 0,08
 Jugulaire 17 (26,5) 3 <10-3

Cathéter artériel, 36 (56) 10 (10,5) <10-3

 Fémoral 4 1 0,07
 Radial 33 8 <10-3

Sondage vésical, n (%) 61 (95,5) 30 (31) <10-3

Les facteurs de risque indépendants des IAS/COVID classées par OR

Sondage Vésical Hyper Glycémie KTA Durée CC > 10 j CRP > 115 mg/l
 Impact des IAS sur l’évolution
Paramètres évolutifs COVID, IAS+ COVID, IAS- p
(n=64) (n=97)
EDC, n (%) 45 (70%) 18 (18,5%) <10-3
 Septique 41 (64%) 13 (13,4%) <10-3
 Cardiogénique 1 (1,5%) 5 0,02
 mixte 3 (4,6%) 0 -
Embolie pulmonaire, n (%) 7 (11%) 4 (4%) 0,11
Autres complications, n(%) 4 (6,25%) 2 (2%) 0,009
 Myocardite 0 1 -
 ACFA 2 0 -
 SCA 1 1 -
 TVP 1 0 -
Durée VMI, med [IQR] 6 [3-10] 2 [1-4] <10-3
Durée de séjour, med [IQR] 12 [5-19] 8 [3-13] 0,002
Mortalité, n (%) 54 (84,3%) 33 (34%) <10-3
 Facteurs de mortalité
Facteurs étudiés Survivants (n=74) Décédés (n=87) p Analyse multi
variée
 
IAS, n (%) 10 (13,5) 54 (62) <10-3 OR= 8,49, p=0,004
 
Sex-ratio (H/F) 46/28 (1,64) 49/38 (1,28) 0,52  
Age (ans), med [IQR] 55,5 [49-67] 60,5 [53-71] 0,006 NS
HTA, n (%) 23 (31) 38 (43) 0,1 NS
Diabète, n (%) 21 (28) 34 (39) 0,18 NS
Cardiopathie, n (%) 4 (5) 8 (9) 0,54  
IRespC, n (%) 2 (2) 6 (6) 0,18 NS
IRleA, n (%) 4 (5) 11 (12) 0,17 NS
SOFA, med [IQR] 3,5 [2-4] 4 [3-4] <10-3 OR=4,7, p=0,03
 
CRP, med [IQR] 90 [46-141] 126 [77-204] 0,001 OR=6,5, p=0,011
 
Facteurs étudiés Survivants (n=74) Décédés (n=87) p Analyse multi variée
 
D-dimères, med [IQR] 971 [659-1480] 1329 [683-3066] 0,12 NS
GB, med [IQR] 8810 [6077-11737] 9585 [7425-13145] 0,15 NS

Lymphocytes, med [IQR] 790 [540-1012] 625 [420-967] 0,004 NS

P/F, med [IQR] 96 [75-135] 73 [61-90] <10-3 NS

SDRA stade 3, n (%) 33 (44) 72 (82) <10-3 OR=7,22, p=0,007

 
VMI, n (%) 5 (6) 79 (90) <10-3 OR=23,5, p < 10-3
 
EDC, n (%) 5 (6) 58 (66) <10-3 OR=9,8, p=0,002
 
EP, n (%) 5 (6) 6 (6) 1  
 Type d’IAS et mortalité

Type d’IAS Survivants (n=74) Décédés (n=87) P

PAVM (n=38) ,n(%) 2 (2,7%) 36 (41,5%) <10-3

Bactériémie (n=32) ,n(%) 3 (4%) 29 (33,5%) <10-3

IU (n=24) ,n(%) 6 (8%) 18 (20,7%) 0,04

ILC (n=12) ,n(%) 3 (4%) 9 (10,4%) 0,22

IF (n=11) ,n(%) 1 (1,4%) 10 (11,5%) 0,008

 Forces
• Résultats trouvés pouvant
enrichir un registre national sur
les infections associées aux soins
• La comparaison avec des
résultats sur la même
thématique avant la pandémie
• La collaboration attentive avec
les microbiologistes du même
hôpital
Limites
• La conception rétrospective et
mono centrique de l’étude
• Le faible effectif
• L'absence d'estimation des coûts
de soins en cas de surinfection
liée aux soins
 Conclusion
• Cette étude documente une augmentation des taux d'IAS dans
au cours de la pandémie COVID-19 et souligne la nécessité de
redéfinir les priorités et de revenir aux pratiques
conventionnelles de prévention des infections.

• L’identification des facteurs de risque, permettrait de dépister

rapidement les patients exposés et de prendre des mesures
préventives adéquates.