Bio 6245 Méthodes d’analyse phylogénétique

Logiciels pour l’analyse phylogénétique PAUP* (vers. 4.0, pour MAC, PC, UNIX; D. L. Swofford; 85-150 $ US). Disponible de Sinauer Associates : http://www.sinauer.com/detail.php?id=8060 HENNIG86 (vers. 1.5, pour PC; J. S. Farris; 55 $US). Disponible de Arnold Kluge (University of Michigan) ou Diana Lipscomb (George Washington University). Plus d’information: http://www.cladistics.org/education/hennig86.html NONA et PEEWEE (pour PC; P. A. Goloboff; 40 $ US). Disponible de J. M. Carpenter (American Museum of Natural History). Voir: http://www.cladistics.com/about_nona.htm PHYLIP (vers. 3.69; pour PC et MAC; J. Felsenstein; gratuit). Voir: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html MrBayes (pour PC, MAC et UNIX, J. Huelsenbeck et F. Ronquist, gratuit). Voir : http://mrbayes.csit.fsu.edu/ TNT (pour PC, P. Goloboff, S. Farris et K. Nixon; gratuit). Voir : http://www.cladistics.org/downloads/webtnt.html et http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT/ BEAST (vers. 1.5.3, pour PC, MAC et UNIX, Drummond et Rambaut, gratuit). Voir : http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page

Logiciels pour exploration des données : MacCLADE 4 (pour MAC; David et Wayne Maddison; 125 $ US). Sinauer Associates (http://www.sinauer.com/detail.php?id=4707 ) WINCLADA (pour PC; K. C. Nixon; $50). Disponible de Kevin Nixon (Cornell University). Voir : http://www.cladistics.com/about_winc.htm MESQUITE (pour PC, MAC, Unix; W. P. Maddison et D. R. Maddison, gratuit). Voir : http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html TREE VIEW X (pour PC, MAC, Unix; Rod Page; gratuit). Voir : http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/

Logiciels d’alignement de séquences: MALIGN (W. C. Wheeler et D. C. Gladstein; pour PC et MAC, gratuit). Voir: ftp://ftp.amnh.org/pub/people/wheeler/malign/ Manuel d’utilisation: ftp://ftp.amnh.org/pub/people/wheeler/malign/malign.pdf CLUSTAL X (Higgins, D.G., A.J. Bleasby & R. Fuchs; pour PC, MAC, et UNIX; gratuit). Disponible de http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ (aussi disponible sur d’autres sites).

Méthodes d’analyse phylogénétique Bio 6245

POY (W. Wheeler, American Museum of Natural History, gratuit). Voir: ftp://ftp.amnh.org/pub/people/wheeler/poy/ SEQAPP (D. Gilbert 1993, pour PC et MAC, logiciels de vérification de séquences). Disponible de Molecular Biology Software Archive, Indiana University (http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/seqapp/) et pour de l’information (http://www.sfu.ca/~carmean/seqapp.html) BioEdit (T. Hall, 1997-2007, pour PC, logiciel de vérification de séquences; gratuit). Voir : http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html MUSCLE (pour PC, MAC et UNIX, Edgar R.C, gratuit). Voir : http://www.drive5.com/muscle/index.htm. Implémenté sous JALVIEW (http://www.jalview.org/). T-Coffee (pour MAC et UNIX, Notredame C., gratuit). Voir : http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html

Sites Internet d’intérêts pour les méthodes d’analyse phylogénétique: Site de Joe Felsenstein, plusieurs liens intéressants : http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html Site du « Tree of life » – liens avec études phylogénétiques, liste de plusieurs logiciels, etc. : http://tolweb.org/tree/phylogeny.html Site du Willi Hennig Society – liens pour obtenir plusieurs logiciels : http://www.cladistics.org/ Site de la Society of Systematic Biologists – liens avec matrices d’articles publiés : http://systbiol.org/ Diana Lipscomb, George Washington University – Manuel d’introduction aux logiciels d’analyse phylogénétique (NONA, WinClada, Hennig86 : http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/ Site de Genbank - banque de données moléculaires, séquences d’ADN et d’acides aminés, recherches taxonomique ou par gènes : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Morphobank – banque de données morphologiques avec images : http://morphobank.geongrid.org/ Morphbank – banques d’images anatomiques et morphologiques pour analyses phylogénétiques : http://www.morphbank.net/

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