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DFGSP3 – 2017/2018

Les entérobactéries
ou
famille des Enterobacteriaceae

Pr Hélène MARCHANDIN

Habitat, mode de vie

  Commensales / mutualistes de l’homme +/- des animaux
Tube digestif +++  nom
Rôle utile : effet de barrière

  Bactéries
isolées dans l’environnement
plantes, sol, eau
  Pathogènes :

•  opportunistes  mutualistes
•  spécifiques (jamais mutualistes) : 2
ex : agents de la peste, de la typhoïde, …

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Pouvoir pathogène
  Infections intestinales

  Infections urinaires

  Infections nosocomiales

  Infections respiratoires, de plaies, ...

  Infections chroniques

  Bioterrorisme

Résistance aux antibiotiques   multirésistance 3

Caractères définissant les

entérobactéries
  Bacilles à Gram négatif, non sporulés

  Mobiles (flagelles péritriches), + rarement immobiles

  Aérobies-anaérobies facultatifs

  Culture sur milieu ordinaire

4

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  Dépourvus d’oxydase (-)

  Possèdent une catalase (+)

  Nitrate réductase + : nitrates nitrites

  Fermentent le glucose
(avec ou sans production de gaz)

Les principaux représentants

Genres Espèces principales
Escherichia E. coli
Salmonella S. enterica
Shigella S. dysenteriae
Yersinia Y. pestis, Y. enterocolitica
K Klebsiella K. pneumoniae
E Enterobacter E. aerogenes, E. cloacae
S Serratia S. marcescens
Proteus P. mirabilis
> 80% des infections humaines
Autres genres: Citrobacter, Morganella, Providencia, …
6
(au total > 40 genres et 200 espèces)

3
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Caractères différenciant les espèces

•  Fermentation des sucres
Acidification du milieu et virage de l’indicateur coloré de pH
•  Production de métabolites particuliers
Indole (IND), H2S, acétoïne (VP), ...
•  Contenu enzymatique
β-galactosidase (ONPG), décarboxylases (LDC,ODC),
gélatinase (GEL), …

Identification par détermination du profil métabolique

Ex : API 20E

ou détermination du profil protéique

Identification des bactéries par analyse de leurs protéines totales
Spectrométrie de masse
Technique MALDI-TOF Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-time of flight

IDENTIFICATION D’ESPECE 8

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Définition de sérotypes au sein

d’une espèce
Basée sur structure antigénique
des entérobactéries
•  Ag les + utilisés :
  O : Ag de paroi toujours présents (LPS)

  H : Ag flagellaires

Ag O

LPS 9

  K : Ag de capsule

•  Nombreux variants sur chaque Ag

•  Chaque variant Ag est reconnu par un antisérum
spécifique

IDENTIFICATION DE
SÉROTYPE ou SÉROVAR
Ex : E. coli sérotype 0157:H7
10

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Le chef de file
des entérobactéries

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I- Généralités
  Habitat TD (Homme et Animaux)
106 à 108/g de selles

  Pathogène potentiel
–  Acquisition de facteurs de virulence
(localisation : plasmides, ilôts de pathogénicité, …)
–  Agent d’infections opportunistes sur terrain affaibli

  Témoin de la contamination fécale de

l’environnement

  « Rat de laboratoire » en microbiologie, génétique

et biologie moléculaire
(Génie génétique, Biotechnologie) 12

6
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II- Pouvoir pathogène et

facteurs de virulence

Infections intestinales Infections extra-

intestinales

Syndromes • Tractus urinaire

diarrhéiques • Méningites néonatales
• Bactériémies
• Autres
13

A- Les infections intestinales

Mutualiste

Facteurs de virulence codés par plasmides

Pathogène

Selon les facteurs de virulence présents, on définit plusieurs

PATHOVARS (variétés pathogènes)

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1- Le pathovar ECEP

= E. coli entéro-pathogène : 12 sérotypes O

2 principaux facteurs de virulence :

• Facteur d’adhésion = pili BFP

formation de piédestaux

• Facteur d’attachement-effacement

(microvillosités bordure en brosse)

Diarrhées aqueuses sans invasion de la muqueuse

Enfants, PVD +++ 15

2- Le pathovar ECET

= E. coli entéro-toxinogène : nombreux sérotypes

• Facteur d’adhésion = CFA (Colonization Factor Ag)

Après adhésion

• Production de toxine(s) cytotonique(s)

= entérotoxine ST et/ou LT

Diarrhées aqueuses sans invasion de la muqueuse

Enfants, PVD, « Turista »

16

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3- Le pathovar ECEH

= E. coli entéro-hémorragique (O157:H7, autres sérotypes)

• Facteur d’attachement-effacement

Après adhésion

Shiga-toxines
• Production de vérotoxines = Shiga-like toxines
(SLT ou Stx 1 et/ou 2)

Très proches de la toxine de Shigella dysenteriae

Diarrhées sanglantes sans invasion de la muqueuse

Complication : syndrome hémolytique et urémique (SHU)
Pays industrialisés, cas épidémiques ou sporadiques,
viande de bœuf, ... 17

4- Le pathovar ECEI

= E. coli entéro-invasif

• Facteurs d’invasion de la muqueuse

Diarrhées sanglantes avec invasion de la muqueuse

Syndrome dysentérique

PVD, proche de la Shigellose 18

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5- Le pathovar ECEAg

= E. coli entéro-agrégatif

• Facteur d’adhésion : AAF EAST-1

(Aggregative adherence fimbriae)
 fagots de fimbriae / surface des entérocytes

• Production entérotoxine thermostable EAST-1

Diarrhée aqueuse
aiguë ou persistante
(sans invasion muqueuse)
PVD
PD (ID)
19

Allongement des
microvillosités

6- Le pathovar ECAD

= E. coli à adhésion diffuse

 propriété d’adhésion aux cellules

épithéliales

Individualisé en 1991

• Facteurs d’adhésion diffuse :

Plusieurs adhésines

Diarrhée chez les enfants

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10
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7- Le pathovar ECEAH

Combinaison unique de caractéristiques des ECEAg et ECEH

Emergence d’un nouveau pathotype / entéropathovar

Entero-Aggregative-Haemorrhagic Escherichia coli

(EAHEC ou ECEAH)

≈ 4000 cas
2011 ≈  900 SHU Une des plus grandes épidémies
≈ 50 décès (sérotype O104:H4) 21

Entero-Aggregative-Haemorrhagic Escherichia coli (EAHEC)

Une bactérie « chimère » ...

=ECEH
=ECEAg

Brzuszkiewicz E. et al., Arch Microbiol. 2011.193:883-91 22

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II- Pouvoir pathogène et

facteurs de virulence (suite)

Infections intestinales Infections extra-

intestinales

Syndromes • Tractus urinaires

diarrhéiques • Méningites néonatales
• Bactériémies
• Autres
23

B- Les infections du tractus urinaire (ITU)

E. coli = principale cause d’ITU

90% des ITU en ville, 50% des ITU nosocomiales

Les souches en cause sont dites

uropathogènes

24

12
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Acquisition de facteurs d’adhésion

Glycolipides du tissu rénal

• Fimbriae ou pili de type P ou Pap

(pyelonephritis associated pili)

90% des infections urinaires graves

Codés par opéron pap

• Adhésines S, M, ...

• Pili de type 1
25

Production de substances cytotoxiques

ex : hémolysine

Production de substances captant le fer

(ou sidérophores)

ex : aérobactine

26

13
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C- Les méningites du nouveau-né

E. coli sérotype K1 (80%)

• Facteur de virulence : capsule polysaccharidique de type K1

Activité antiphagocytaire

Facilite le passage de la barrière hémato-méningée

(phase bactériémique)

• Autres facteurs de pathogénicité :

Protéases, hémolysines, toxines, sidérophores de type

aérobactine
27

D- Les infections nosocomiales à E. coli

Souches sans facteur de virulence particulier

Terrain affaibli

Souches résistantes aux ATB (β-lactamases +++)

Toutes les localisations possibles mais surtout :

- ITU
- Surinfection de plaies chirurgicales
- Infections intra-abdominales
- Pneumopathies
- Bactériémies
28

14
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E- Les bactériémies

Présence de bactéries viables dans le sang circulant

Passage et multiplication dans le sang

A partir d’un site infectieux primaire

Surtout infections nosocomiales

Mais aussi après ITU (pyélonéphrite)

Choc septique ou endotoxinique

( Endotoxine : lipide A du LPS) 29

III- Identification d’E. coli

Colonies Lactose + Gram -

(jaunes sur milieu
sélectif de Drigalski,
roses sur MacConkey)

Oxydase - ou spectrométrie de masse

β-galactosidase

+ + - + + - + - +
URE TDA VP

Indole 30

15
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  Orientation :

Culture sur milieu spécifique

MacConkey Sorbitol
E. coli O157:H7 : fermentation du sorbitol -

  Recherche de sérotypes associés à des pathovars par

technique immunologique :

ECEP (12 sérotypes)

Particules
ECEH O157:H7
de latex
E. coli K1
sensibilisées

31

  Recherche par amplification (PCR) des gènes codant les

facteurs de virulence

- 7 entéropathovars :

Ex : ECEP : gènes bfp, eae

ECEH : eae, stx1, stx2

- E. coli uropathogènes : opéron pap

  Recherche effet des toxines ou phénotype d’adhésion

sur cultures cellulaires (laboratoires spécialisés)

32

16
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Sensibilité naturelle à tous les antibiotiques / bacilles à Gram négatif

MAIS nombreux mécanismes de R acquise (β-lactamases +++)

Antibiogramme OBLIGATOIRE
Approche du mécanisme de R aux différentes familles d’ATB
Ex : antibiogramme / méthodes des disques (diffusion)

Traitement adapté / localisation et ATBgramme

33

En cas d’infections nosocomiales et/ou épidémies

Méthodes génotypiques : Ex : Electrophorèse en champ pulsé

Ex :
E. coli
O104:H4
ECEAH

34

17
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Des entérobactéries
pathogènes opportunistes
agents d’infections nosocomiales

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  Font partie du microbiote normal du TD

  Souvent impliquées dans des infections nosocomiales

- Patients hospitalisés = terrain affaibli

- R acquise aux ATB 

  Parfois impliquées dans des infections communautaires

36

18
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I- Le genre Proteus P. mirabilis

P. vulgaris…

Très mobiles Milieu de

Drigalski
Lactose -
ONPG- Tryptophane désaminase
TDA+
- -

Uréase+ Gélatinase + ou spectrométrie de masse 37

2/3 des infections à P. mirabilis sont nosocomiales

ITU +++ (sondes)

5% des ITU communautaires

2ème agent causal après E. coli

Forte uréase

Alcalinisation des urines

Formation de cristaux et de calculs

LITHIASE
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Autres infections nosocomiales à Proteus

Bactériémies

Surinfections de plaies chirurgicales

  Sensibilité naturelle aux ATB

  R aquise en  : souches R β-lactamines et multiR

39

II- Le groupe KES Klebsiella / Enterobacter /Serratia

Klebsiella pneumoniae
Serratia
marcescens

(réaction de Voges-Proskauer)
= production d’acétoïne

ou spectrométrie de masse 40

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Infections nosocomiales +++

ITU
Pneumopathies
Bactériémies

Infections communautaires
Pneumopathies à K. pneumoniae

R importante aux ATB

naturelle et acquise

41

Des entérobactéries
pathogènes spécifiques

42

21
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I- Le genre Salmonella

2 espèces décrites. 1 habituelle = Salmonella enterica

6 sous-espèces

Sous-espèce enterica (Homme et animaux à sang chaud)

>1500 sérotypes (ser.)
Nomenclature:

Officielle = S. enterica subsp.enterica ser. Typhi

S. enterica subsp.enterica ser. Enteritidis ...
Diminutifs d’usage = Salmonella ser. Typhi
Salmonella ser. Enteritidis …

43

A- Habitat

Certains sérotypes présents dans le TD de nombreux

animaux

Pas dans le microbiote normal humain

 Présence chez l’homme = Pathologique

44

22
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B- Pouvoir pathogène
Salmonella enterica subsp. enterica

Sérotypes strictement humains

Sérotypes strictement
Salmonella ser. Typhi animaux
Salmonella ser. Paratyphi A, B, C
Sérotypes ubiquistes

Salmonella ser. Typhimurium

Fièvre typhoïde Salmonella ser. Enteritidis
Fièvres
paratyphoïdes
Gastroentérites
Porte d’entrée : tube digestif 45

1- Les gastroentérites

Animaux (réservoir)

Alimentation
Dose infectante
Œuf, poisson, lait, poulet
≈ 105 bactéries
Charcuterie…(PI & PVD)

Homme : Gastroentérites
(ou portage)

Péril fécal
PVD+++
46

23
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Facteurs de pathogénicité

• Adhésion : fimbriae

• Invasion de la muqueuse ++ : Gènes nécessaires

sur ilôt de pathogénicité

Système de sécrétion de type III

(« seringue moléculaire »)

 Transfert de protéines de
virulence  cellule eucaryote
Invasion bactérienne favorisée

• Entérotoxine
47

« Ruffles » (pseudopodes, actine polymérisée)

Cellules épithéliales

Persistance et x dans
le phagosome

Arrêt au niveau macrophages de la sous-muqueuse

48
Bactériémie transitoire éventuelle

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Ruffles

49

2- La fièvre typhoïde et les fièvres paratyphoïdes

(= fièvres bactériémiques)

Sérotypes de Salmonella strictement humains

Homme
(malade, porteur sain) Homme

100-250 cas/an
en France
(importés +++)
MDO

PVD
Péril fécal Eau, aliments,
PVD+++ > 20 millions cas/an
coquillages, …
> 200 000 décès
50

25
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51

Invasion et traversée de la muqueuse via les cellules M

Circulation sanguine :
bactériémie
Libération d’endotoxine

Salmonella ser.Typhi,
Paratyphi A, B et C
+ SRE : foie, rate, ...
(Yersinia enterocolitica)
Phagocytose par les macrophages
Survie et x dans les macrophages
52

26
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Clinique

• Incubation : 1-2 semaines

• Fièvre continue élevée (40°C) avec :

céphalées, insomnie, anorexie, asthénie,
tuphos, douleurs abdominales avec
diarrhée ou constipation
+/- hépatosplénomégalie
+/- taches rosées lenticulaires (flanc, thorax)

• +/- Complications digestives (hémorragies, perforations),

myocardiques ou neurologiques  mortalité 10% sans traitement

• Possibilité de portage chronique (1 an ou +) (1-5%)

Vésicule biliaire réinfection continue de l’intestin
53

C- Diagnostic bactériologique

Hémocultures (fièvres bactériémiques ++)

+ Coproculture (tous les cas)

salmonelles/shigelles bactéries à Gram négatif - Ex : Hektoen

Lactose -, H2S +
54

27
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- + + + - - - -

β-galactosidase -, Uréase -, Indole-, TDA-, acétoïne -

H2S + (ser. Typhi : traces)

LDC + (sauf ser. Paratyphi A)
Citrate de Simmons + (sauf ser. Typhi et Paratyphi A)

ou spectrométrie de masse (identification d’espèce)

55

• Ag K : Ag Vi
(+ pour ser. Typhi, Dublin et Paratyphi C)

• Ag O de paroi : 1 ou plusieurs

• Ag H flagellaire : 1 ou 2 Sérotypage

Combinaison des résultats  identification

Salmonella ser. Enteritidis Salmonella ser. Typhi

Ag Vi - Vi
Ag O 1, 9, 12 9, 12
Ag H g, m d

Ag polyosidique capsulaire Vi  Vaccination contre la fièvre typhoïde

56

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Vaccins contre fièvre typhoïde : Typherix®, Typhim Vi® (> 2 ans)

Vaccin combiné (fièvre typhoïde et hépatite A) : Tyavax® (>16 ans)

Calendrier vaccinal 2017

57

Recommandations sanitaires
pour les voyageurs, 2017

+ militaires

+++
(+ lutte contre
le péril fécal)

58

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Sérodiagnostic de Widal et Félix

 Recherche des Anticorps dirigés contre :

les AgO
les AgH

 Positif à partir de la 2ème semaine :

Apparition AC anti-AgO  disparition en 2-3 mois

puis AC anti-AgH  persistance pendant des années
Perturbé par traitement ATB
Réactions croisées
 Peu contributif (utilité porteurs) 59

II- Le genre Shigella

4 espèces: S. dysenteriae
S. flexneri
S. sonnei 80% souches France
S. boydii

32 sérotypes

Strictement humaines

Pas dans le microbiote normal humain

Présence chez l’homme = Pathologique

60

30
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Transmission inter-humaine
Homme
(malade, porteur) Homme

Péril fécal Eau, aliments contaminés,

PVD+++ coquillages, ...

+ Mains sales

Dose infectante très faible : 10-100 bactéries

61

Facteurs de pathogénicité

• Facteurs d’invasion de la muqueuse :

- gènes d’invasion situés sur ilôt de pathogénicité

porté par un plasmide de virulence : Inv.
(proche ECEI)

- système de sécrétion de type III (« seringue moléculaire »)

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31
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Invasion latérale
Adhésion (polymérisation
Fimbriae de l’actine )

Cellule
épithéliale Cellule
M

Invasion par
le pôle basal
(Ruffles)
Traversée Macrophage
de la muqueuse
x et apoptose
Phagocytose
63

Invasion par polymérisation de l’actine cellulaire

« Comète » d’actine polymérisée

Propulsion des bactéries

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• Toxine dysentérique : Shiga-toxine

S. dysenteriae sérotype 1 : Taux élevé

 dysentérie bacillaire (MDO)

Autres shigelles  Syndromes dysentériformes

Diarrhées muco-sanglantes
avec invasion et destruction de la muqueuse
65

Diagnostic Identification Selles

  Milieu d’isolement sélectif SS ou

BGN
Pas de milieu d’enrichissement

Caractères des entérobactéries sauf :

Immobiles (pas d’Ag H)
Pas de gaz  glucose

Colonies Lactose -, H2S -

(Drigalski)
Galerie API 20E
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β-galactosidase (ONPG) -, Uréase -, TDA-, indole -, acétoïne –

H2S-, LDC-, CIT -

ou spectrométrie de masse : mauvaise discrimination

Shigella / E. coli

+ Identification des sérotypes

Ag O uniquement

67

  Autres (peu utilisés en bactériologie médicale) :

- Recherche par PCR des gènes codant les facteurs

de virulence portés par le plasmide Inv.

- Recherche de la toxine dysentérique par :

amplification génique (PCR)
ELISA

  Sérodiagnostic : peu de valeur

  + Réalisation d’un antibiogramme

68

34