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Sa structure est elle aussi inspirée du GIEC. Si le fonctionnement de l'IPBES est assuré
par un secrétariat, il est piloté par un bureau de dix membres (deux représentants
par région suivant le découpage de l'ONU). L'organe décisionnel est la plénière,
composée des États membres et d'observateurs (ONG, représentants d'accords
multilatéraux comme la Convention sur la diversité biologique, représentants de
communautés autochtones...). Enfin, les aspects scientifiques reviennent au groupe
d'experts multidisciplinaire, composé de 25 membres avec le même équilibre
régional.