BIODIVERSITÉ ET RESSOURCES

PHYTOGÉNÉTIQUES

AKAFFOU Doffou Sélastique

Université Jean Lorougnon

Guédé

1
1- Définitions
La diversité biologique, diversité de toutes les formes
du vivant ou diversité du monde vivant est appelée
diversité biologique (Lovejoy (1980)) ou biodiversité
(Rosen (1985)). Cette diversité s'apprécie en
considérant la diversité des espèces, celle des gènes au
sein de chaque espèce, ainsi que l'organisation et la
répartition des écosystèmes.

2
La diversité biologique est subdivisée en trois niveaux :
a)La diversité écosystémique, qui correspond à la
diversité des écosystèmes présents sur Terre, des
interactions des populations naturelles et de leurs
environnements physiques ;
b)La diversité spécifique, correspondant à la diversité des
espèces (diversité interspécifique). Ici chaque groupe défini
peut être caractérisé par le nombre des espèces qui le
composent (taxinomie).

3
c) La diversité génétique, définie par la variabilité des

gènes au sein d’une même espèce ou d’une population.

Elle est donc caractérisée par exemple par la différence
de deux individus d’une même espèce ou sous-espèce
(diversité intra spécifique).

La biodiversité concerne donc tout le vivant et la dynamique des

interactions au sein du vivant. Ce vivant peut être naturel

(biodiversité sauvage) ou géré par l'homme (biodiversité

domestique).
4
A ces deux catégories s'ajoute la biodiversité commensale de
l'homme, c'est à dire les espèces qui, tout en n'étant pas gérées par
l'homme s'adaptent aux milieux qu'il crée (le rat et le cafard en
ville par exemple).

La ressource génétique désigne les composantes de la biodiversité

utilisées par l'homme à des fins agricoles ou industrielles. Ces
composantes possèdent donc une valeur économique.
S'il s'agit plus précisément de plantes, on parle alors de
ressources phytogénétiques. Mais s’il s’agit d’animaux, on parle
de ressources zoogénétiques.
5
Au sens plus restreint, l’on peut définir les ressources
phytogénétiques d’une espèce cultivée donnée. Ces
ressources correspondent à l’ensemble des cultivars ou
variétés et d’autres espèces susceptibles de fournir des
gènes pour l’amélioration de l’espèce cultivée.

6
 Annona Sp. Annona cherimola

Annona muritica
Annona glabra

Annona spraguei
Annona senegalensis

Annona squamosa

Annona hypoglauca
Annona campestris

Annona Sp.
2- Quelques dates importantes

1920 : Vavilov : premier travail de prospection et mise en place

de collections.
1967 : Frankel : définition des ressources génétiques d'une plante
que l'on veut améliorer, de l'ensemble des espèces, des races,
variétés, génotypes que l'on peut utiliser pour intégrer certains
caractères génétiques.
1972 : Conférence de Stockholm : prise de conscience de
l'importance de la conservation de la diversité.
8
 1974 : Création de IBPGR (International Board for Plant
Genetic Resources) par la FAO : centres internationaux de
conservation des ressources génétiques.
 1983 : Engagement international sur les ressources
phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture : patrimoine
de l'humanité, protection des obtentions végétales (UPOV).
 1983 : Création du BRG (Bureau des Ressources Génétiques) en
France : structure nationale chargée d'organiser l'évaluation des
ressources, leur conservation et de diffuser l'information.

9
 1992 : Conférence de Rio sur l'environnement et la biodiversité :
intérêt de la gestion des ressources génétiques végétales et animales,
éléments de la biodiversité ; principe de la souveraineté de chaque Etat
sur ce patrimoine.

Au cours de cette conférence, qui s'est tenue le 5 juin 1992 à Rio (Brésil),
la diversité biologique a été définie comme « La variabilité des organismes
vivants de toute origine y compris, entre autres, les écosystèmes terrestres,
marins et autres écosystèmes aquatiques et les complexes écologiques dont
ils font partie ; cela comprend la diversité au sein des espèces et entre
espèces ainsi que celle des écosystèmes» (Article 2 de la convention).
10
 1993 : Renforcement du BRG en France : mise en place d'une
charte nationale pour les ressources génétiques en France.
 1996 : Conférence technique internationale de la FAO à
Leipzig : mise en oeuvre d'un Plan d'Action Mondial pour la
conservation et l'utilisation durable des ressources phytogénétiques
pour l'alimentation et l'agriculture.
 2001 : Conférence de Rome : traité sous l'égide de la FAO pour
faciliter l'accès aux ressources génétiques de 64 espèces
importantes pour la sécurité alimentaire mondiale.

11
 2008 : Création de la FRB (Fondation pour la recherche sur
la biodiversité) qui est un point de convergence entre les
différents acteurs scientifiques et les acteurs de la société de
la biodiversité. Susciter l’innovation, promouvoir des projets
scientifiques en lien avec la société et développer études,
synthèses et expertises sont autant d'actions au cœur de son
dispositif.

12
13
14
Et chez les Caféiers ? 15
3- Intérêt de la biodiversité
La biodiversité est la source première des services rendus par les
écosystèmes. Elle est aussi le moteur de la résilience écologique car
c'est une ressource naturelle qui, normalement s’auto-entretient.
Elle fournit l'oxygène et la nourriture (cultures vivrières, bétail,
poissons, etc.) à tous les organismes vivants.
La biodiversité contribue également à l'épuration et au cycle de
l'eau, ainsi qu'aux grands cycles biogéochimiques et à la régulation
climatique.

17
 Elle fournit des fibres pour l'habillement, du bois-énergie pour le
chauffage, la construction d'habitations, la papeterie. Elle
produit ou inspire des médicaments.
 La biodiversité a contribué à de nombreuses façons au
développement des cultures humaines.
 Les écosystèmes fournissent également les supports de
production agricole en assurant notamment la fertilité du sol à
travers la décomposition et le recyclage des déchets organiques
et de la nécromasse, etc.

18
 La biodiversité assure la stabilisation et la modération du climat, la
diminution des conséquences des sécheresses, inondations et autres
désastres environnementaux.
 L'industrie pharmaceutique est l'une des premières bénéficiaires de
la biodiversité. De nombreux principes actifs de médicaments ont
été mis au point à partir de molécules naturelles.

19
Finalement, la biodiversité est considérée comme un réservoir de
ressources utilisables pour fabriquer des produits agro-alimentaires,
pharmaceutiques, cosmétiques, etc.

Cette notion de mise en valeur des ressources est à l'origine des

craintes de disparition des ressources liées à l'érosion de la
biodiversité, mais aussi des nouveaux conflits portant sur les règles
de partage et d'appropriation de cette richesse.

20
Ainsi, au Sommet de la Terre de Rio (1992), sous l'égide de l'ONU, tous
les pays ont décidé par une convention mondiale sur la biodiversité, de
s’engager prioritairement dans la protection et la restauration de la
diversité du vivant, considérée comme une des ressources vitales du
développement durable.

4. Evaluation de la diversité biologique

4.1. Enjeu de l’évaluation
Compte tenu de la diversité des niveaux d’étude de la biodiversité, il ne peut
y avoir de mesure unique objective, mais uniquement des mesures relatives à
des tendances ou objectifs précis d'utilisation ou d'application
21
Par conséquent, on parle plutôt d’indices de biodiversité que de véritables
indicateurs. Les conversationnistes cherchent à évaluer quantitativement et
qualitativement une valeur, reconnue par ceux pour qui ils font cette
estimation.

Cette valeur constitue l’élément d'aide à la décision pour les espèces ou

habitats ayant besoin de protection. D'autres cherchent une mesure fiable
économiquement, permettant de garantir le maintien de l'utilisation de la
biodiversité et de ses possibilités d'évolution, en assurant la protection de
l'environnement. Globalement, les biologistes accordent une importance
croissante à la diversité génétique et à la circulation des gènes.

22
Cette valeur constitue l’élément d'aide à la décision pour les
espèces ou habitats ayant besoin de protection. D'autres cherchent
une mesure fiable économiquement, permettant de garantir le
maintien de l'utilisation de la biodiversité et de ses possibilités
d'évolution, en assurant la protection de l'environnement.
Globalement, les biologistes accordent une importance croissante à
la diversité génétique et à la circulation des gènes.

23
En effet, l'avenir étant inconnu, nul ne peut savoir quels gènes
seront les plus importants pour l'évolution. Il y a donc consensus
sur le fait que le meilleur choix de conservation de la biodiversité
est d'assurer la sauvegarde du plus large pool génétique possible sur
des habitats suffisamment représentatifs et interconnectés pour que
les échanges de gènes restent possibles.

24
 4.2. Diversité spécifique
4.2.1. Indice de Shannon et Weaver (I)

La diversité spécifique est une mesure de la composition en espèces

d'un peuplement qui tient compte du nombre d'espèces et de leur
abondance relative. Le plus souvent, cette diversité est estimée par
l'indice de Shannon et Weaver selon la formule suivante :
N
I    Pi log 2 Pi
i i
N = l'effectif des S espèces considérées ; Pi = l'abondance relative de l'espèce i (Pi =ni / N) ;
ni = l’effectif des individus d’une espèce i.

Cet indice (I) varie de zéro (une seule espèce présente) à log2S
(toutes les espèces présentes ont une même abondance).
25
 4.2.2. Equitabilité (E)

Pour un peuplement, l’équitabilité (E) renseigne sur la répartition

des effectifs entre les différentes espèces. Ainsi, l'indice de diversité
spécifique doit toujours s'accompagner de celui de l'équitabilité car
deux peuplements différents peuvent avoir la même diversité.
L'équitabilité E s'obtient en rapportant la diversité observée à la
diversité théorique maximale.
I
E
log s 2
I = indice de Shannon et Weaver ; S = le nombre d'espèces considérées.
26
L'équitabilité varie de 0 à 1. Elle tend vers 0 quand la quasi totalité
des effectifs est concentré sur une espèce, et vers 1 lorsque toutes les
espèces ont la même abondance.

4.3. Diversité génétique

Il existe plusieurs paramètres standards de la génétique des
populations décrivant la variation génétique à un ou plusieurs locus.
Ces paramètres peuvent être estimés à deux niveaux:
Intra-populations;
Inter-populations.
27
4.3.1. Indices de variabilité génétique (intra-populations)

4.3.1.1. Indices de polymorphisme

a) Pourcentage de locus polymorphes (P)

Il mesure la proportion de locus considérés polymorphes sur
l’ensemble des locus analysés dans une population donnée.
Une population est dite polymorphe à un locus si la fréquence de
l’allèle le plus commun à ce locus est inférieure à un seuil
arbitrairement choisi, généralement 0.99 ou 0.95.

28
b) Diversité allélique (A)

La diversité allélique ou richesse allélique (A) d’un locus est le

nombre d’allèles présents à ce locus. L’estimation multi locus de la
diversité allélique est la moyenne de la diversité allélique sur tous les
locus analysés, qu’ils soient polymorphes ou monomorphes.

29
4.3.1.2. Hétérozygotie moyenne observée

Ce paramètre traduit l’hétérozygotie moyenne observée pour

l’ensemble des gènes des individus d’un ensemble de populations.
C’est aussi la probabilité d’hétérozygotie en un locus pris au hasard.
Il est exprimé par l’équation suivante :
1 s r
H   f (A A )
rs
0 i j
k 1 i 1

r est le nombre de locus analysées et s, le nombre de populations échantillonnées.

30
NB : L’hétérozygotie moyenne est d’abord calculée pour
l’ensemble des locus analysés dans chaque population, y
compris les locus monomorphes, puis une pondération est
ensuite faite pour l’ensemble des populations étudiées.

31
4.3.1.3. Hétérozygotie attendue ou diversité génétique
de Nei

Si nous désignons par he, l’hétérozygotie attendue (ou théorique)

d’une population et pi la fréquence estimée du ième allèle d’un

locus de cette population, alors :

k
he  1   p i2
i 1

k représente le nombre d’allèles au locus.

Pour un ensemble de r populations, l’hétérozygotie moyenne
attendue (He) se calcule par la formule suivante :
1 k 2
H e  1   pi
r i 1 32
4.3.2. Indices de structuration génétique (inter-
populations)

L’étude de la structure génétique d’un ensemble de populations

locales (à distribution spatiale continue ou discontinue) peut
être faite par l’analyse des indices de diversité de Néi ou des
coefficients de fixation ou F-statistiques de Wright.

33
4.3.2.1. Indices de diversité génétique de Nei

En considérant toujours un
ensemble de populations locales, la
diversité génique totale (HT) peut
être décomposée en diversité
génique intra-population (HS) et en
diversité génique inter-population
(DST).
34
Si nous supposons que l’analyse se fait sur une population
subdivisée en s populations locales et à partir de r locus présentant
k allèles par locus, et les conditions de l’EHW sont réunies, alors :

2n
HS  (1   pi2 ) si n  50  H S  1   pi2
2n  1

n est le nombre total d’individus analysés dans l’ensemble des populations.

35
NB : La somme des carrées des fréquences alléliques se calcule
d’abord pour chaque locus puis la valeur moyenne est calculée pour
l’ensemble des sous populations étudiées. HS représente

l’hétérozygotie moyenne attendue dans chacune des sous populations

étudiées.
HS
HT  1   p 
i
2
Si n  50, H T  1   pi2
2ns
pi2 représente la moyenne sur l’ensemble des sous populations
étudiées, des fréquences de chaque allèle du locus analysé ; s
représentant le nombre de sous populations échantillonnées.

36
NB : Les HT sont d’abord calculées par locus sur l’ensemble des

populations, puis la valeur moyenne est calculée sur l’ensemble

des locus analysés, y compris les locus monomorphes. HT

représente l’hétérozygotie attendue si toutes les populations

étaient regroupées en une seule unité panmictique.

37
 DST  H T  H S
NB : DST représente la variation moyenne de l’hétérozygotie

lorsqu’on passe d’une sous population à une autre.

GST, le coefficient de différenciation génique parmi les sous
DST
populations est estimé par l’équation suivante : GST 
HT

38
Outre les indices, la différenciation génétique entre populations
peut être mesurée par la distance génétique qui les sépare.
Plusieurs méthodes existent, mais la plus utilisée est le calcul de
la distance génétique standard (D) de Nei (1972). A cet effet, l’on
calcul d’abord la mesure de l’identité génétique de Nei (I) des
populations :
m

p p
i 1
ix iy -Pix est la fréquence de l’allèle i dans la population x
I - Piy est la fréquence de l’allèle i dans la population y
 m 2 m 2  0,5
(  p )( p
ix
)
iy 
-m est le nombre d’allèles au locus
 i 1 i 1 

39
 Par la suite l’on calcul D comme suit :

D   ln I
NB : Les valeurs de D sont comprises entre 0 et l’infini (0→∞).
Si deux populations ont des fréquences d’allèles similaires, c-à-d, si
pix≈ piy, I est proche de 1 et D sera proche de 0. A l’opposé, si deux

populations n’ont aucun allèle en commun, I sera égale à 0 et D

sera égale à l’infini.

40
4.3.2.2. F-statistiques de Wright

Wright a proposé les F-statistiques

qui mesurent la déviation d’un
système de reproduction par
rapport au croisement panmictique
(EHW) à trois niveaux
hiérarchiques.

41
Ces F-statistiques traduisent la diminution de l’hétérozygotie due à
un écart à la panmixie et sont donc interprétés en termes de
mécanisme de recombinaison génétique c’est-à-dire le mode de
reproduction. Dans cette analyse, les populations sont supposées
être générées par suite de la dérive génétique à partir d’une
population ancestrale initiale.

42
 L’indice de fixation de la sous-population par rapport à la
population totale, FST, mesure le taux de différenciation génétique

à travers les populations. Cette différenciation est souvent attribuée

à la dérive génétique et à un flux génique limité.

HS
FST  1  0  FST  1
HT

43
La réduction de l’hétérozygotie indiquée par FST est liée aux différences de
fréquences alléliques moyennes entre les populations (résultant de la dérive
génétique et du flux génique limité). Si toutes les populations ont les
mêmes fréquences alléliques et sont à l’équilibre, FST est nul. Il est égal à
l’unité si aucun allèle n’est simultanément présent dans les sous
populations.

Wright (1978) propose de caractériser le degré de diversification génétique

entre populations par les valeurs suivantes de FST :
 0 à 0,05 diversification faible ;
 0,05 à 0,15 diversification modérée ;
 0,15 à 0,25 diversification importante ;
 > 0,25 diversification très importante
44
 Le coefficient de consanguinité de l’individu dans la sous-
population, FIS, mesure l’effet des croisements non panmictiques à

l’intérieur des populations locales. Dans une population de plantes

fortement autogames, un coefficient de consanguinité élevé sera
observé, du fait d’une grande proportion d’individus homozygotes.

H0
FIS  1  1  FIS  1
HS
 Le coefficient de consanguinité de l’individu dans la
population totale, FIT, mesure l’effet des croisements non

panmictiques à l’intérieur de l’ensemble des populations.

H0
FIT  1  1  FIT  1
HT
45
 4.3.3. Flux génique

Le flux de gène est le mouvement des allèles entre des individus

interféconds appartenant à différentes populations, par la dispersion
de graines ou de pollen ou par la migration des individus. Lorsque
les marqueurs génétiques sont dialléliques, une mesure indirecte du
flux génique (Nm) peut être obtenue par la formule suivante :

1 1  GST
GST  Nm 
1  4 Nm 4  GST

46
5. Collecte de ressources génétiques
5.1. Méthodes de conservation

5.1.1. Conservation ex situ

Cette approche consiste à maintenir la diversité génétique du matériel

concerné en dehors de sa localité originale. Des échantillons sont
prélevés et conservés aussi bien sous forme de collections vivantes
dans les jardins botaniques que sous forme d'échantillons de graines,
de tubercules, d'explants, de pollen ou de ADN maintenus dans des
conditions artificielles .
47
 Conservation en
champ
Quels avantages
et inconvénients 48?
 Conservation in
vitro

Quels avantages
et inconvénients ?

49
Collection de toutes les variétés de céréales inscrites en France

50
5.1.2. Conservation in situ

Cette approche consiste à maintenir la diversité génétique en

préservant le matériel concerné dans sa localité d’origine. Des
populations sont sélectionnées et maintenues sur place dans leurs
milieux naturels .
Exemple de :
Igname au Bénin
Pomme fruit dans le Gard (France)

Quels avantages
et inconvénients ?
51
5.2. Méthodologie d’analyse de la diversité
génétique pour l’échantillonnage

5.2.1. Diversité génétique intra-population

Tableau 1. Indices de variabilité génétique intra-population pour XX

populations analysées à XX marqueurs

52
 Comparaison de la valeur moyenne de P à la valeur
seuil de 50 % :

 Si P ≥ 50 % (0,5), Polymorphisme élevé, Bons marqueurs

génétiques ; donc estimations fiables ;

 Si P < 50 % (0,5), Polymorphisme faible, « Mauvais »

marqueurs génétiques ; estimations biaisées ; envisager dans les
conclusions, l’utilisation de marqueurs plus polymorphes .

53
 Comparaison de la valeur moyenne de A à la valeur
seuil de 2

 Si A ≥ 2, alors la richesse allélique est élevée :

• Ex situ : Prélever plusieurs graines par plante

• In situ : Conserver (préserver) des populations de grande taille
(effectif élevé)

 Si A < 2, alors la richesse allélique est faible :

• Ex situ : Prélever peu de graines par plante

• In situ : Conserver (préserver) des populations de petite taille .
54
 Comparaison de la valeur moyenne de Ho à la valeur
moyenne de He

Si He ≤ Ho, alors Populations panmictiques

Si He > Ho, alors Populations non panmictiques
• Possibilité de sélection naturelle :

Possibilité de forte autogamie

Tests de signification des F pour trancher

55
Tableau 2. Indices de fixation (F de Wright) et test de
signification pour les loci polymorphes dans XX populations de
XX

Pop Locus 1 Locus 2 Locus 3

N F KHI-2 N F KHI-2 N F KHI-2
Pop-1
Pop-2
Pop-3
Pop-4

56
  Si nombre de khi 2 significatifs > nombre de
khi 2 non significatifs
Forte autogamie
•Ex situ : Choisir des plantes régulièrement distribuées dans la
pop.
•In situ : Conserver (préserver) des populations de grande taille
pour avoir la chance d’inclure des pops locales

 Si nombre de khi 2 significatifs < nombre de khi

2 non significatifs
Sélection naturelle
•Ex situ : Choisir des plantes régulièrement distribuées dans la pop.
•In situ : Conserver (préserver) des populations de grande taille pour
avoir la chance d’inclure des pops. Locales 57
 5.2.2. Diversité génétique inter-population
Tableau 3. Indices de diversité génique pour XX populations de XX
analysées à XX marqueurs
Locus HT HS DST GST Nm
1
2
3
4
Moyenne

Comparaison de HS et DST
 Si HS >>> DST, alors il y a une importante variabilité génétique intra-
population
•Ex situ : Echantillonner dans un petit nombre de populations
•In situ : Conserver (préserver) un petit nombre de populations
58
 Si HS <<< DST, alors il y a une importante variabilité
génétique inter-population

•Ex situ : Echantillonner dans un grand nombre de populations

•In situ : Conserver (préserver) un grand nombre de populations .

59
En guise de conclusion générale, suggérer :

60
Applications

A partir des données électrophorétiques regroupées dans le tableau

ci-dessous, caractérisez et interprétez la variabilité génétique et sa
structuration chez le matériel végétal étudiée

POPs Adh Est Gpdh

FF FS SS FF FS SS FF FS SS

POP 1 146 4 0 0 0 150 0 0 150

POP 2 0 4 116 104 14 2 33 55 32

POP 3 146 5 1 0 0 130 146 0 4

61