INFECTIOLOGIE
Les infections broncho-pulmonaires à
germes atypiques chez l’adulte : mythe ou
réalité ?
Atypical respiratory tract infections in adult patients in the
primary care
M. Gabrovska, M. Bruyneel et V. Ninane
Service de Pneumologie, C.H.U. Saint-Pierre
RESUME
Les infections respiratoires sont la première
cause de consultation en médecine générale. Le
Streptococcus pneumoniae suivi par les germes
atypiqu es so nt un e cause importante de
pneumonies bactériennes en médecine extra-
hospitalière . La cause d’u ne pn eumo nie
communautaire chez les patients hospitalisés est
par ordre de fréq uence décroissante, un
organisme encore inconnu ou non détecté, des
virus et enfin des bactéri es 1. Les germes
atypiques son t gén éralement la cause
d’infections peu sévères, mais peuvent malgré
tout générer occasionnellement des infections
plus sévères, parfois mortelles. Elles peuvent
parfois simplement se manifester par de la toux
chronique, un problème courant en première
ligne. Diagnostiquer une pneumonie communau-
taire peut s’avérer difficile en médecine générale.
Le but de cette mini-revue de littérature est de
revoir la prévalence, la présentation clinique et
les méthodes diagnostiques accessibles en
première ligne, ainsi que les traitements à
appliquer.
Rev Med Brux 2016 ; 37 : 338-43
338 Rev Med Brux - 2016
ABSTRACT
Respiratory tract infections remain one of the
most frequently encountered acute illnesses in
the primary care. Atypical germs along with
Streptococcus pneumoniae are an important
cause of community-acquired pneumonia. Most
infections caused by atypical germs are mild or
moderate but some of them might cause a severe
disease with important morbidity and mortality.
Diagnosis of community-acquired pneumonia
remains a challenge in the primary care. On the
other hand some of them are reported to be
associated with chronic cough which is a
common problem in the general practice.
The aim of this mini-review is to give a short
overview of some data on local prevalence,
presentation and scoring systems, with stress on
feasibility of current diagnostic methods in the
primary care practice and therapeutic considera-
tions for the general practitioners.
Rev Med Brux 2016 ; 37 : 338-43
Key words : atypical pneumonia, community-
acquired pneumonia, Chlamydia, Mycoplasma,
Legionella
DEFINITION, PREVALENCE ET ROLE DES
INFECTIONS PROVOQUEES PAR DES GERMES
ATYPIQUES
Définition des germes atypiques
Différentes souches ont été associées au groupe
des ger mes atypiques depuis la découver te de
Mycoplasma pneumoniae. Différentes classifications et
définitions ont été proposées pour le groupe de germes
atypiques. Cer taines classif ications (tableau)
comprennent non seulement Legionella pneumophila,
Mycoplasma pneumoniae et Chlamydophila (Chla-
mydia) pneumoniae, mais aussi Chlamydophila psittaci,
Coxiella burnetii et certains virus respiratoires. La
déf inition d’une pneumonie atypique reste
controversée2-5 mais correspond, dans la plupart des
études, à une pneumonie causée par M. pneumoniae,
C. pneumoniae et L. pneumophila, raison pour laquelle
nous allons nous limiter à la discussion de ces germes
dans cet article.
Prévalence globale et locale
Au sein des pneumonies communautaires, les
infections à M. pneumoniae, C. pneumoniae et L.
pneumophila ont une incidence qui varie selon le lieu
géographique, les analyses de laboratoire utilisées et
la définition appliquée 1,6,7. Selon des données en
Europe, concernant des infections respiratoires par des
germes atypiques, l’incidence des infections par ces
trois germes réunis, a été établie à environ 20 %8.
M. pneumoniae et C. pneumoniae
L’infection à M. pneumoniae et C. pneumoniae
touchent principalement les adultes de 18 à 45 ans,
représentant 39 % des pneumonies communautaires
dans cette tranche d’âge. Certaines études ont mis en
évidence une distribution bimodale avec un premier
pic chez les patients jeunes pour M. pneumoniae
et un second autour de 60-75 ans imputable à
C. pneumoniae. M. pneumoniae peut causer des
infections des voies respiratoires supérieures et
Tableau : Définition de pneumonie " atypique " .
Société Germes " atypiques "
ATS/IDSA (2007) M. pneumoniae
C. pneumoniae
Legionella species
Virus respiratoires
BTS (2009) M. pneumoniae
C. pneumoniae
C. psittaci
Coxiella burnetii
ERS (2011) M. pneumoniae
C. pneumoniae
Legionella species
*ATS : American Thoracic Society ; IDSA : Infectious Disease
Society of America ; BTS : British Thoracic Society ; ERS :
European Respiratory Society.
inférieures et provoquer des épidémies tant chez les
adultes que chez les enfants. La prévalence est plus
importante chez les enfants que chez les adultes, qui
sont un réservoir à M. pneumoniae. Certains adultes
peuvent probablement êt re por teurs chroniques
également9. La dissémination se fait par transmission
interpersonnelle de droplets. Certains patients peuvent
rester longtemps contagieux et souffrir de toux
persistante comme unique symptôme. Il n’y a pas
d’immunité au long cours contre ces germes, et des
récidives ont été décrites après un traitement bien
conduit. Une propagation simultanée de différents sous-
types a été décrite lors d’épidémies. Les phénomènes
naturels peuvent être responsables des variations
saisonnières et du pattern cyclique d’infections,
évoluant sur 3-5 ans au travers des continents.
Les épidémies sont généralement décrites au
sein de communautés, d’écoles, de homes et
d’hôpitaux10. La période d’incubation est de 3 semaines
et la contamination intrafamiliale est élevée11.
La plupart des patients atteints de pneumonie
communautaire à M. pneumoniae ou à C. pneumoniae
ont des symptômes peu importants et peuvent être
traités en ambulatoire. La prévalence de M. pneumoniae
dépend largement des méthodes de détection. La
prévalence en cas de pneumonie chez les patients
hospitalisés varie de 5,4 % aux USA à 29,6 % en Israël
et des études allemandes basées sur la sérologie
et la PCR décr ivent une prévalence de 6, 8 %.
M. pneumoniae est potentiellement responsable de
32,5 % des pneumonies chez les patients hospitalisés,
et arrive en seconde ligne de causalité bactérienne
après S. pneumoniae seulement chez les patients
âgés9. A contrario, un rapport récent du Centers of
Disease Control and Prevention en 2015 estimait que
seules 2 % des pneumonies hospitalières étaient
causées par M. pneumoniae. La mortalité intra-
hospitalière des formes sévères est faible (environ 5 %).
L. pneumophila
Legionella est responsable d’épidémies estivales,
de cas sporadiques et d’infections nosocomiales. Il
existe différentes espèces de Legionella avec la
L. pneumophila du sérogroupe 1 décrite comme la plus
fréquente. La source majeure d’infection est constituée
par des aérosols contaminés produits par des conduites
d’eau. 20 % des cas sont liés à l’exposition à de l’eau
contaminée dans les hôtels lors de voyages 12 .
L. pneumophila peut survivre longtemps dans des
rés ervoirs d’eau au sein de biofilms r iches en
nutriments.
Grâce à la généralisation du test urinaire
(recherche de l’antigène), la prévalence de la
légionellose pulmonaire extra- et intra-hospitalière a
augmenté. En Belgique, entre 2000 et 2010, on a
recensé 221 cas de pneumonies à L. pneumophila
(dont 122 cultures positives), avec une concentration
de sérotype 1 surtout à Bruxelles 13.
Rev Med Brux - 2016 339
 L. pneumophila peut provoquer tant des maladies
légères que sévères. Les formes légères de la maladie
touchent généralement des patients plus jeunes, sans
comorbidités, et qui ne nécessitent pas d’hospitali-
sation. La forme sévère est associée à une morbi-
mortalité élevée14.
PRESENTATION HABITUELLE DES INFECTIONS
PAR DES GERMES " ATYPIQUES " : FACTEURS DE
RISQUE, GROUPES CIBLES. QUAND REFERER AUX
URGENCES ? UTILITE DES SCORES DE SEVERITE
EN MEDECINE GENERALE
Le terme " pneumonie atypique " a été introduit
bien avant l’identification des germes responsables
pour désigner une pneumonie d’origine indéterminée
dif férente de la pneumonie à pneu mocoque.
L’anamnèse et l’examen physique ont une faible
sensibilité et spécificité pour confirmer/infirmer le
diagnostic de pneumonie14. Nos guidelines nationales
exigent la présence d’un nouvel infiltrat pulmonaire sur
une radiographie de thorax pour établir le diagnostic
de pneumonie15,16.
Présentation clinique
Les infections causées par M. pneumoniae ou
C. pneumoniae sont généralement peu sévères, et
peuvent être à l’origine, pour M. pneumoniae, de toux
chronique, d’exacerbations d’asthme, de BPCO et de
mucoviscidose10. Des atteintes extra-pulmonaires sont
possibles14. L. pneumophila peut se manifester par
un simple sy ndrome grippal, auto-limité, ou au
contraire par une pneumonie sévère, lobaire ou
bilatérale, accompagnée de fièvre > 40 ° C et d’une
CRP > 30 mg/dl. L’âge, le sexe féminin, l’infection
nosocomiale, le séjour aux soins intensifs, l’insuffisance
rénale, la corticothérapie et une CRP élevée sont autant
de facteurs de risque associés à une mortalité élevée
de pneumonie à L. pneumophila.
La plus grande difficulté, en ambulatoire, est de
distinguer une pneumonie à pneumocoque d’une
pneumonie atypique, et d’identifier parmi elles la
Légionellose. Différents systèmes de scores ont dès
lors été proposés pour identifier les pneumonies
atypiques. Le " Japanese respiratory society scoring
system (JRS) " a une sensibilité de 77 % et une
spécificité de 93 % pour la détection de ce type de
pneumonie et constitue à ce jour le système le plus
utile pour diagnostiquer des infections à
M. pneumoniae, C. pneumoniae et L. pneumophila17. Le
score intègre 6 paramètres :
1. un âge inférieur à 60 ans ;
2. l’absence ou une seule comorbidité mineure ;
3. une toux paroxystique ;
4. une auscultation pulmonaire peu contributive ;
5. l’absence de germe identifié dans l’expectoration ou
par des techniques rapides et ;
6. des globules blancs circulant dans le sang
< 10 x 109/l.
Un score de 4 points ou plus indique une haute
340 Rev Med Brux - 2016
probabilité de pneumonie atypique et un score de
3 points ou moins indique plutôt une haute probabilité
de pneumonie bactérienne typique.
Facteurs de risque
Le tabagisme et des taux bas d’IgG pour
M. pneumoniae sont des facteurs de risque individuels.
Un taux de lymphocytes bas préexistant est associé à
une évolution péjorative 9. L. pneumophila est plus
fréquent chez des patients intubés, fumeurs et
immunodéprimés. C. pneumoniae est plus fréquent
chez des personnes âgées vivant en home18.
Chez les patients BPCO
Un nombre important d’exacerbations de BPCO
(70 %) est causé par des infections respiratoires,
d’origine bactérienne (40-60 %), virale (30 %) ou sur
germes atypiques (5-10 %)19. Les bactéries atypiques
peuvent causer une infection bronchique chronique
chez ces patients et influencent négativement le cours
de la maladie. Une infection respiratoire basse à
C. pneumoniae peut déclenc her un proces sus
inflammatoire et augmenter la susceptibilité des voies
aériennes à la colonisation par d’autres bactéries, de
fréquentes exacerbations et un déclin fonction-
nel acc éléré 20 . L’incidence de la détect ion de
C. pneumoniae est corrélée à la sévérité de
l’obstruction bronchique.
Chez l’asthmatique
M. pneumoniae est impliqué dans les
exacerbations d’asthme et pourrait avoir une prévalente
plus importante chez ces patients8. De récentes études
ont suggéré l’implication de M. pneumoniae et C.
pneumophila dans l’asthme persistant plutôt que dans
le déclenchement d’exacerbations10.
Chez les patients immunodéprimés
Une pneumonie à L. pneumophila se retrouve
plus fréquemment chez les patients atteints de
néoplasies hématologiques, chez les transplantés
d’organe/de moell e, lors d’un traitement par
cor ticothérapie ou chimiothérapie et en cas de
lymphopénie.
Les patients traités par TNF alfa sont également
plus à r isque de contracter une pneumonie à
L. pneumophila, puisque le TNF alfa est un facteur clé
de l’élimination des macrophages infectés14.
Quand référer votre patient à l’hôpital ?
Nombre de sc ores pronostiques ont été
développés pour aider le clinicien à gérer un patient
att eint de pneumonie communautaire. Les plus
populaires et les mieux validés sont le CURB 65
(confusion, urée, rythme respiratoire, tension artérielle,
âge > 65 ans), le CRB 65, le CURB, et le PSI
(pneumonia severity index). En médecine générale, le
CRB 65 est celui qui a le meilleur indice pronostique
dans la pneumonie communautaire. Le score PSI est
trop complexe pour être appliqué en médecine
générale18.
METHODES DIAGNOSTIQUES : FAISABILITE EN
MEDECINE GENERALE
Comme décrit plus haut, les infections causées
par des germes atypiques peuvent se manifester sous
des formes cliniques très variables.
Les tests diagnostiques ne sont utilisés en routine
que chez les patients hospitalisés et dans les cas
sévères. En pratique, très peu de laboratoires peuvent
isoler les germes atypiques et cela ne fait pas partie
de recommandations belges ou internationales. Il s’agit
d’analyses des expectorations (examen direct et
cultures ), d’ analyses s érologiques et de tests
moléculaires, de la recherche d’antigène urinaire
(Legionella), d’hémocultures, et de cultures sur du
liquide pleural 2,3. Les analyses sérologiques sont
actuellement largement utilisées en cas de suspicion
d’infection atypique.
Culture des expectorations
L’isolement du germe causal reste le gold
standard dans les pneumonies communautaires
sévères mais n’est pas conseillé pour les pneumonies
légères traitées en ambulatoire. Il faut généralement
24-72 heures pour identifier le pathogène et tester sa
sensibilité aux antibiotiques. Le germe peut se révéler
difficile à mettre en évidence si le traitement antibiotique
a déjà été entamé. Historiquement, M. pneumoniae a
été identifié erronément comme un virus étant donné
sa petite taille et le fait qu’il ne poussait pas sur un
milieu de culture standard10.
Legionella : recherche de l’antigène urinaire
Les manifestations cliniques sont peu indicatives
de la maladie du légionnaire, avec un spectre large de
sévérité clinique. La recherche de l’antigène urinaire
offre un diagnostic rapide, en quelques minutes à
quelques heures, rendant cet outil incontournable chez
tout patient atteint de pneumonie sévère, de forme
atypique ou en cas d’échec d’une antibiothérapie par
bêta-lactames. La généralisation de ce test a contribué
à la diminution de la mortalité liée à la pneumonie à
L. pneumophila. La spécificité de l’antigène urinaire
pour le sérotype 1 est de 0,99 (IC 95 % 0,984 - 0,997),
avec une sensibilité de 0,74 (IC 95 % 0,68 - 0,82)13. Au
contraire, l’antigène urinaire peut rester positif pendant
plusieurs semaines après une infection aiguë. Un
rés ultat négatif n’exclut pas complèt ement une
Légionellose active. La sensibilité du test est corrélée
à la gravité de la maladie, 88-100 % dans les cas de
maladie grave21.
Sérologies
Le diagnostic définitif d’infection à M. pneumoniae
se base sur la mise en évidence du germe ou sur
l’augmentation du taux d’IgG (ou IgG et IgM) de 4 fois
lors de 2 tests effectués à environ 4 semaines
d’intervalle, le premier étant effectué lors de l’infection
aiguë ou l’apparition d’IgM durant l’évolution de la
maladie. Ce test est dès lors peu utile pour le choix
d’une antibiothérapie initiale5.
base sur un taux d’IgM t 1 : 16 ou une augmentation
Le diagnostic d’infection à C. pneumoniae se
du taux d’IgG de 4 fois lors de 2 tests effectués par
microimmunofluorescense test (MIF). Le taux d’IgM
augmente en 2-3 semaines et le taux d’IgG augmente
en 6-8 semaines.
Il faut souligner que ces tests sérologiques, tout
spécialement pour C. pneumoniae, sont peu spécifiques
et qu’il y a de nombreux faux positifs.
Méthodes de diagnostic moléculaires
Les tests moléculaires sont fiables pour la
détection de M. pneumoniae et de C. pneumophila,
meilleurs sur les expectorations (sensibilité 62,5 %) que
sur les frott is nasopharyngés ou de gorge
(sensibilité 41 %). Pour L. pneumophila, ces tests sont
capables d’identifier plusieurs sérotypes. Des tests PCR
rapides pour le diagnostic d’infections respiratoires
basses permettent la recherche, en temps réel, de virus
et de bactéries (sensibilité globale 81 % et spécifi-
cité 96 %) mais ne sont disponibles que pour les
infections sévères, chez les patients hospitalisés, au
vu de leurs coûts élevés22.
Traitement
M. pneumoniae, L. pneumophila et C. pneu-
moniae sont des bactéries intracellulaires ayant une
résistance naturelle aux bêta-lactames. Les macrolides,
tétracyclines (doxycycline) et les quinolones sont actifs
contre ces germes et utilisés de manière empirique en
cas de suspicion de pneumonie atypique.
Il y a peu de résistances à ces agents : le premier
cas de M. pneumoniae résistant aux macrolides a été
rapporté en 2001. Les souches résistantes sont plus
fréquentes au Japon et en Chine, où cela peut toucher
> 50 % des souches. L’incidence de M. Pneumoniae
résistant aux macrolides est mois important en Europe
et a été estimée par exemple à 9 % en France entre
2005 et 200723.
Les infections peu sévères à germes atypiques
peuvent être auto-limitées et ne requièrent pas
systématiquement de traitement antibiotique. Par
contre, pour les cas sévères, un traitement antibiotique
approprié doit être débuté sans délai.
Le choix du traitement antibiotique est parfois
complexe. Les guidelines de la BTS pour la pneumonie
communautaire recommandent de guider le choix
antibiotique par le score CURB 65 et de ne couvrir les
germes atypiques que pour les cas sévères. Il faut
Rev Med Brux - 2016 341
malgré tout savoir que ces scores de sévérité peuvent
sous- ou surestimer la sévérité de la maladie18.
Les guidelines ERS et ATS/ IDSA pour la
pneumonie communautaire recommandent de baser le
traitement empirique sur la destination du patient
(ambulatoire, hospitalisé, en salle ou aux soins
intensifs). C’est néanmoins un mauvais prédicteur de
l’agent causal et cela peut donc mener a un traitement
inadéquat, surtout pour la Légionellose.
Macrolide ou quinolone ?
Tant les macrolides que les quinolones ont une
indéniable efficacité pour le traitement des germes
atypiques. Couvrir systématiquement ces germes n’est
néanmoins pas recommandé à cause du risque lié à
l’induction de résistances. Néanmoins, il a été démontré
qu’un traitement par macrolide était associé à un
meilleur pronostic en cas de pneumonie bactérienne24.
Les S. pneumoniae résistants aux macrolides peuvent
être une cause d’échec de traitement dans la
pneumonie. L’association de plusieurs antibiotiques peut
aussi se révéler problématique, comme par exemple
chez la personne âgée où le risque de développer une
infection à Clostridium difficile est non négligeable18.
Les Fluoroquinolones et l’Azithromycine ont une
eff icacité comparable pour le traitement de la
pneumonie à L. pneumophila et sont plus efficaces que
l’érythromycine. La réponse clinique est meilleure avec
la lévofloxacine qu’avec les macrolides de première
génération.
La durée optimale de traitement est de 7 à
10 jours et de 21 jours chez les patients
immunodéprimés. La thérapie combinée n’est réservée
qu’aux cas sévères d’évolution péjorative14.
CONCLUSION ET PERSPECTIVES FUTURES
Les infections respiratoires à germes atypiques
sont fréquentes en médecine générale. Leur importance
est probablement sous-estimée en raison d’une
proportion importante d’infections peu sévères pour
lesquelles des tests diagnostiques ne sont pas réalisés.
La recherche de l’antigène ur inaire pour
L. pneumophila est recommandée pour tous les cas de
pneumonie communautaire sévère. La validation de
scores simples et le développement de tests
diagnostiques rapides et peu coûteux pourraient être
utiles pour mieux cibler d’emblée le traitement
antibiotique, les facteurs de risques liés au patient et la
sévérité de l’infection.
Conflits d’intérêt : néant.
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Correspondance et tirés à part :

M. GABROVSKA
C.H.U. Saint-Pierre
Service de Pneumologie
Rue Haute 322
1000 Bruxelles
E-mail : maria.gabrovska@stpierre-bru.be

Travail reçu le 28 juin 2016 ; accepté dans sa version définitive le

10 août 2016.

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