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COURS DE BIOCHIMIE II
Par :
Prof. Dr Victor NDIBUALONJI B.B.
Médecin Vétérinaire
Spécialiste en Biochimie Normale et Pathologique
Docteur en Sciences Vétérinaires
1
CHAPITRE I. VITAMINES
I.1. Définitions.
Littéralement, les vitamines signifient : « substances azotées indispensables à
la vie ». En effet, il est impossible de garder en vie des animaux recevant une diète de
composition chimique définie ne contenant que des protéines, des graisses et des
sucres purifiés ainsi que des sels minéraux essentiels. Des facteurs additionnels,
présents dans les aliments naturels, sont requis bien que souvent en quantités
infimes. Ces « facteurs alimentaires accessoires » sont appelés vitamines. On peut
donc définir les vitamines comme étant des substances organiques que l’organisme
animal est, en général, incapable d’élaborer ou qu’il ne synthétise qu’en quantité
insuffisante et qui, à des doses infimes, sont indispensables à l’organisme.
Toutes les cellules du corps ont besoin de recevoir un apport constant de ces
composés ; une carence en une vitamine déterminée provoque des troubles vitaux
(maladies par carence vitaminique).
Une carence complète en une vitamine donnée entraîne des manifestations
d’avitaminose. Cela n’arrive en général que lorsque la ration est particulièrement
défectueuse et limitée à une seule variété d’aliments. Les avitaminoses sont rares
car les éléments présents dans les aliments ou synthétisés par la microflore du tube
digestif suffisent, même en quantités infimes, à couvrir les besoins. En revanche, on
rencontre souvent un apport insuffisant en vitamines (Hypovitaminose).
I.1.2. Classification des vitamines
Avant qu’on ne connaisse les structures chimiques des vitamines, on avait
l’habitude d’identifier ces substances par des lettres de l’alphabet. Graduellement, ce
système a été remplacé par une nomenclature basée sur la nature chimique du
composé, ou sur une description de son origine alimentaire, ou sur sa fonction.
On divise généralement les vitamines en deux groupes principaux : les
vitamines liposolubles et les vitamines hydrosolubles.
Les vitamines liposolubles, qu’on trouve habituellement associées avec les lipides
d’aliments naturels, incluent les vitamines A, D, E et K et ont été déjà étudiées dans la
Biochimie I.
Les vitamines du complexe B et la vitamine C constituent le groupe des vitamines
hydrosolubles.
I.1.2.1. Vitamine B1 (Thiamine ou aneurine)
a) Sources : on trouve la thiamine dans à peu près dans tous les tissus
végétaux et animaux ordinairement utilisés comme aliments, mais la teneur
est habituellement faible. Parmi les sources les plus abondantes, il y a les
graines des céréales, les levures, le lait, la viande, le foie, le c ur, le rein. On
peut détruire la thiamine de ces aliments par une cuisson inappropriée.
Comme la thiamine est hydrosoluble et assez thermolabile, particulièrement
en solutions alcalines, elle peut être perdue dans l’eau de cuisson. La
microflore du gros intestin produit également la vitamine B1. Il en est de
même de la panse des ruminants. La thiamine est absente du riz poli, des
sucres et de l’alcool. Ce dernier diminue son absorption.
b) Structure chimique : elle est formée essentiellement de deux hétérocycles,
l’un pyrimidique, hexagonal, biazoté et l’autre thiazolique, pentagonal, azoté
et soufré. Dans la cellule la thiamine est pyrophosphorylée : l’alcool est
estérifié par l’acide pyrophosphorique en donnant le thiamine-
pyrophosphate (TPP) ou cocarboxylase. Dans cette structure les deux
hétérocycles sont reliés par un pont méthylène.
N S
NH2 CH2 – CH2OH OH OH
H3C
N S
NH2
H3C CH2 – CH2O – P – O – P –
H3C OH
N+
CH3 O O
CH2 N N+
CH3
Vitamine B1 (Thiamine) CH2
c) Symptômes de carence
- Troubles fonctionnels du système nerveux central et périphérique
(ataxie, parésie, etc.).
- Troubles fonctionnels du myocarde et de l’appareil circulatoire
(palpitations, bradycardie, etc.)
- Troubles gastro-intestinaux (diarrhée, perte de poids, etc.)
L’avitaminose B1 ou béribéri est essentiellement observée dans les
populations humaines se nourrissant surtout de riz (le riz poli est très pauvre en
vitamine B1).
d) Rôle biologique
La forme active de la vitamine B1 est le TPP. Ce dernier est le coenzyme
des décarboxylases d’acides -cétoniques. Il intervient en se combinant à l’acide -
cétonique, en même temps que celui-ci se décarboxyle : il se forme ainsi un aldéhyde
actif. Avec l’acide pyruvique par exemple, on a les réactions suivantes, la partie
réactive de la molécule étant localisée dans le noyau thiazole :
CH3 CH3
CH3
CH3 N+ C CH3 N+ C
CH3
Biochimie N+
spéciale C Par le Prof.Dr NDIBUALONJI
CO2 + BB Victor
Mbujimayi, C 2015 C
janvier C– C C C–
CO + OH
HC C– S S
COOH H OH
COOH S
3
Acétaldéhyde TPP
(Acétaldéhyde actif)
C N N
CO CH3
C=O
NH
NH
N CO CH3 C N
Iso-alloxazine H Lactoflavin
e
Le cycle médian porte une chaîne latérale pentacarbonée dérivée du ribose.
c) Rôle biologique
La vitamine B2, sous forme d’ester phosphorique (flavine mononucléotide
ou FMN et flavine adénine dinucléotide ou FAD) forme des coenzymes qui, liées à
des protéines spécifiques, sont les flavoprotéines (ferments jaunes ou enzymes
flviniques). Ces deux coenzymes, agissant en présence des déshydrogénases
OH
OH
N N
CH3
CO
(FMN)
NH
CH3
N CO
O
N N
NH2
CH3 HO – P = O
CO
N N
O
NH
CH3
N CO HO – P = O
N N
O – CH2
O
(FAD)
C
H
d) Symptômes de carence
Une déficience de riboflavine entraîne des lésions caractéristiques au
niveau de lèvres, des fissures aux commissures de la bouche (chéilose), un
affaiblissement de la résistance de muqueuses, vascularisation anormale des yeux,
taches rouges sur la peau et formation de squames.
I.2.3. Vitamine B6 (Adermine, Pyridoxine)
a) Sources : Levure, certains grains comme le blé et le maïs, le foie, le lait,
les ufs et les légumes verts.
b) Structure chimique : la vitamine B6 possède deux fonctions alcools et
sa formule est dérivée de celle de la pyridine. Trois composés voisins dérivés de la
pyridine et que l’organisme peut transformer l’un en l’autre possèdent une action
vitaminique B6
CH2OH CHO CH2 – NH2
HO HO HO
CH2OH CH2OH CH2OH
H3C
H3C H3C
N
N N
4 CONH2
5 3 COOH
6 N
2
1N
Nicotinamide (Niacinamide)
Acide nicotinique (Niacine)
(Nicotinamide)
O = P – O – H2C
O N
(Ribose)
H H
Nicotinamide adénine
H
H dinucléotide ou NAD.
NH2
OH
OH
Remarque : si on remplace le
OH du Carbone 2 du deuxième
(Adénine) ribose dans la formule,
N N
H
7
O = P – O – H2C
OH
H
H
(Ribose)
H H H
CONH2 CONH2
+
+ 2H +2è +
+ H
N
+ N
R R
NADH ou NADPH
+ +
NAD ou NADP
NADP+ + 2H NADHP + H+
CH3 OH
CH3
OH CH3
O NH2
CH3
N
N
N N
O = P – O – CH2
Adénosine – 3’ - phosphate
O
OH
HO = P – O – OH
Coenzyme A (CoA)
NH
HN
HC CH
OH
N
COOH
H2N
N N
Acide p-amino- Acide glutamique
Ptéridine benzoïque
Ptéroyl
Acide folique
O H
HOCH2
H
OH
O N CH3 Cobalamine
CONH2
P N CH3
CONH2 CH2
OH
O CH2 CH2
CH3 CH3
CH3 CH3
CH
CH3
CH2 NH2CO – CH2 N CN CH2 – CONH2
N CO+ N
CH3
CH3
CH2 CH3
CH2
CONH2
CH CH CH2 CH2
S S
I.2.10. Vitamine BT
La vitamine BT a été identifiée à la L-carnitine ou bétaïne de l’acide -
hydroxy-y-aminobutyrique : (CH3)3 N+ – CH2 – CHOH – CH2 – COO-
Rôle physiologique : la vitamine BT est un facteur de croissance du ver de
farine Tenebrio molitor, c’est un constituant normal du tissu musculaire et participe
NH2 NH2
Acide p- Sulfanilamid
aminobenzoïque e
I.2.12. Inositol
a) sources : fruits, viande, lait, noix, légumes, grains entiers, lévure.
b) Structure chimique : on compte 9 isomères de l’inositol. Le meso-
inositol, aussi appelé myo-inositol, est celui que l’on trouve le plus
abondamment dans la nature et le seul isomère possédant une activité
biologique efficace.
OH
OH
H H H OH
Méso-inositol (C6H12O6 ou héxahydroxycyclohexane
OH H H
OH
H
OH
H – C – OH H – C – OH HO – C – H C=O
– H2
+ H2
HO – C –H HO – C –H HO – C –H HO – C –H
H – C – OH H – C – OH H – C – OH H – C – OH
HO – C – H
H – C - OH H – C - OH HO – C - H
D-glucose L-Sorbose
Sorbitol
Il faut noter que les deux formules du sorbitol sont identiques, il n’y a pas
de fonctions réductrices, et que l’oxydrile préterminal du L-sorbose est à
gauche, caractéristique de la série L.
Le sorbose est oxydé en C1 pour donner un acide cétonique, l’acide 1-
gulonique, qui se lactonise par estérification interne avec l’alcool
secondaire en C4 ; une énolisation se produit sur les carbones 2 et 3,
faisant apparaître un groupement ène-diol, constitué par la juxtapositon
de deux oxydriles séparés par une double liaison.
O
O
C
COOH C
C=O
C=O C=O
O
O C – OH
HO – C –H HO – C –H
H–C
H – C – OH H–C
HO – C – H
HO – C – H HO – C – H
CH2OH CH2OH
CH2OH
Forme ène-diol
Forme (Acide L-
Acide
cétonique ascorbique)
cétonique
c) Symptômes de carence : la carence en vitamine C provoque le
scorbut (ou maladie de Barlow, observeée chez le nourrisson nourri
au lait stérilisé par ébullition, la vitamine C étant détruite par la
cuisson). La maladie se caractérise par la gingivite, la perte des dents,
les douleurs osseuses, les hémorragies sous-périostées et des
muqueuses. Chez les enfants, les signes ostéo-articulaires dominent
avec des douleurs osseuses.
d) Rôle physiologique : la vitamine C permet de prévenir et de traiter les
signes cliniques du scorbut. Elle a une action métabolique générale
sur le tissu conjonctif, le cortex surrénal ; elle intervient dans le
métabolisme du fer, des acides aminés aromatiques et dans les
chaînes respiratoires.
I.2.14. Antivitamines
Les antivitamines sont des substances qui ont une structure analogue à
celle des vitamines et peuvent se substituer a elles dans la cellule sans pouvoir
cependant remplir leurs fonctions. A des concentrations suffisantes, les
antivitamines provoquent ainsi des avitaminoses. Les antivitamines peuvent être
obtenues soit en remplaçant certains radicaux essentiels pour l’activité de la
vitamine par d’autres groupements soit en introduisant de nouveaux groupements
dans la molécule.
L’exemple le plus connu d’une action antivitaminique chez les
microorganismes est celui des sulfamides ; ils prennent la place de l’acide p-
aminobenzoïque dans diverses réactions et gênent en particulier la synthèse de
l’acide folique.
Les autres antivitamines sont :
Vitamines Antivitamines
Chapitre II : Enzymes
II.1. Définition
Les enzymes ou ferments ou diastases sont des catalyseurs de nature
protéique produits par un organisme vivant.
Les catalyseurs sont des substances qui affectent la vitesse d’une
réaction ( la vitesse augmente en général de 108 à1011 fois) mais non ses produits
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finaux. Ils se retrouvent donc intacts à la fin de la réaction et agissent à très petites
doses.
II.2.1. Coenzymes
Les coenzymes se caractérisent par un certain nombre de points :
- Ils jouent le rôle catalytique dans les réactions enzymatiques ;
- Ils ne sont pas responsables de la spécificité enzymatique ;
- Ils apparaissent dans les termes de la réaction catalytique et retournent à
l’état initial par une deuxième réaction, couplée à la première. Les coenzymes
solidement fixés à l’apoenzymes sont appelées coenzymes groupements
posthétiques ; ils retournent à l’état initial en restant fixés sur leur apoenzyme.
Les coenzymes faiblement liés, par contre, sont appelés cosubstrats ; ils ne
sont régénérés à l’état initial que par une deuxième apoenzyme lors de la
deuxième réaction.
Les coenzymes peuvent être :
- Des dérivées des vitamines (voir tableau ci-dessous).
En effet, le rôle principal des vitamines est de régir, comme précurseurs
des coenzymes, à l’élaboration des enzymes.
- Des ribonucléotides triphosphates
- Des groupements héminiques
Un grand nombre d’enzymes nécessite la présence d’un métal pour agir.
Ces ions métalliques peuvent faire partie intégrante de l’enzyme (cas de Mn++ pour
l’arginase où aucun autre métal ne peut le remplacer). Ils ne sont quelquefois que
des activateurs d’enzymes.
l’enzyme. Ce site est formé d’un certain nombre d’acides aminés qui vont entrer en
contact avec le substrat.
Site actif
+ +
Dans le site actif ou centre actif, il faut distinguer le site de fixation qui
se combine au substrat et le site catalytique qui agit sur le substrat pour lui faire
subir la réaction chimique. Le centre actif contient un petit nombre d’acides aminés
et est situé à l’abri du milieu extérieur qui pourrait le modifier. Si l’enzymes possède
un coenzyme, celui-ci se trouve au niveau du site actif.
II.4. Isoenzymes
Les isoenzymes sont des variétés d’une même enzyme, qui catalysent
la même réaction globale, possèdent vis-à-vis de leur substrat des affinités
différentes, ont un poids moléculaire identique mais une configuration spaciale
différente. Ainsi, la lactale déshydrogénase (LDH) existe sous cinq formes
différentes.
nomenclature précise dont l’usage, depuis son entrée en vigueur en1961, s’est
largement répandu. Dans la nomenclature qui a été suggérée, une enzyme comporte
un numéro d’ordre, un nom systèmatique et un commun recommandé.
CH3 CH3
+ +
NAD NADH+H
CHOH C=O
COOH COOH
Lactate Acide pyrivique
CH2 CH2
CHOH CHOH
S-adénosyl- Adénosyl-
methionine homocystéine
CO-COOH Co~S-CoA
CH2 CH2
+ +
NAD NADH + H
COOH COOH
Acide α-
cétoglutarate
CH-COOH HOOC - CH
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Isomérase
Acide malique Acide fumarique
III.1. Définition
Les hormones sont des substances fonctionnelles élaborées dans des
groupements cellulaires déterminés, déversées dans le sang et capables d’influer,
même à très faible concentration, sur l’activité fonctionnelle d’autres cellules. La
synthèse des hormones proprement dites a lieu dans des glandes spécifiques qui
déversent leur produit directement dans la circulation sanguine (sécrétion endocrine).
A côté de ces hormones proprement dites, il y a aussi des substances qui ne sont
pas synthétisées par des groupements cellulaires nettement délimités ; elles sont
connues sous le nom d’hormones tissulaires (hormones aglandulaires).
des cellules. En cas de besoin accru de l’organisme, la glande est sollicitée par une
production et une excrétion plus élevée par voie humorale ou nerveuse ou par
l’intermédiaire de récepteurs logés dans les cellules glandulaires elles-mêmes.
Des centres régulateurs importants des fonctions endocriniennes,
notamment de celles intervenant dans le métabolisme, la reproduction, l’équilibre
hydro-minéral siègent dans l’hypothalamus et sont en étroite corrélation
fonctionnelle avec l’hypophyse et le système nerveux végétatif.
C’est une globuline sécrétée par les cellules acidophiles. La STH humaine
est formée de 188 acides aminés et son poids moléculaire est de 21730. Celui de la
STH du porc est de 41600. Cette hormone joue un rôle important dans l’activation et
la régulation de la croissance post-natale chez les vertébrés. La synthèse
insuffisante de la STH entraîne le nanisme tandis qu’un excès de production après la
fin de la période de croissance entraîne un élargissement de la peau et une
hypertrophie du nez et des oreilles. Les organes internent montent également une
augmentation de volume (Splanchnomégalie). Cette affection, caractérisée par un
développement exagéré des extrémités, porte le nom d’acromégalie. Si l’excès de
production de STH survient pendant la période de croissance, on a le gigantisme.
anti-insulinique).
Chez la vache, les injections de la STH induisent une augmentation de la
production laitière.
b) Hormone adrénocorticotrope (ACTH) ou corticotrophine ou corticostimuline
C’est une hormone sécrétée par les cellules basophiles dont la fonction
principale est de stimuler la croissance de la cortico-surrénale et la synthèse des
glucocorticoïdes (cortisone, hydrocortisone…). Parmi d’autres actions de l’ACTH, on
peut citer :
r. l’élévation de la glycémie due à une stimulation de la néoglucogenèse
et à une augmentation de l’insulino-résistance ;
s. l’abaissement du taux des lymphocytes et des éosinophiles dans le
sang ;
t. la diminution de l’intensité des phénomènes inflammatoires ;
u. l’activation de la résorption des ions sodium et chlore et de l’eau dans
le rein ainsi que l’activation de l’excrétion des ions potassium.
L’ACTH joue également un grand rôle dans le syndrome général
d’adaptation au cours du stress. La séquence des 39 acides aminés constitutifs de
l’ACTH a pu être déterminée chez le mouton :
Ser – Tyr – Ser – Met – Glu – His – Phe – Arg – Tyr – Gly – Lys – Pro – Val – Gly –
1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 1 1 1 1 1
Lys –
Lys – Arg – Arg – Pro – Val – Lys – Val – Tyr – Pro – Asp – Gly – Ala – Glu – Asp –
1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3
Glu –
discuté.
I I
I NH2 NH2
Diiodotyrosin Monoiodotyrosi
I I
HO O CH2 – CH - COOH
I I
NH2
Thyroxine
I I
HO O
CH2 – CH - COOH
I I
NH2
Triiodothyronine
8 9 10
B uf Ala Ser Val
Porc et Baleine Thr Ser Ileu
Mouton Ala Gly Val
Cheval Thr Gly Ileu
Gly Phe
Ileu Val
Val Asn
Gln Gln
Glu His
Cys Leu
S Cys S S Cys
Ala Gly
Ser Ser
S
Val His
Cys Leu
Ser Val
Leu Glu
Tyr Ala
Gln Leu
Leu Tyr
Glu Leu
Asn Val
Tyr
Cys Cys
S S
Asn Gly
Glu
Arg
CH3
HO HO
Noradrénaline Adrénalin
e
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36
1
CH3
HO
12
CO – CH2OH
11 13
17 CO – CH2OH
1
14 16
CH3 15
1 9
2 10 8
3 5 7 O
O
4 6
Corticostéron
e Désoxycorticostérone
CHO
HO
CO – CH2OH CO – CH2OH
OH OH
O HO
Cortisol
Aldostéron
de la maladie du Cushing de l’homme dont les symptômes ont été déjà décrits.
OH
OH
O
O
HO
Testostéro H HO
H
Androstéron
Isoandrostérone
HO
Déhydroandrostéro
ne
b) Les oestrogènes
Les oestrogènes sont surtout synthétisés par l’épithélium folliculaire mais
aussi par les cellules du cortex surrénalien, dans le testicule et, pendant la grossesse,
dans le placenta. Les oestrogènes les plus connus sont : oestradiol (le plus actif),
oestrone et oestriol.
CH3
CH3
O CH3
OH
OH
OH
HO
Oestrone HO
HO
Oestradiol
Oestriol
c) La progestérone
La progestérone est synthétisée par le corps jaune sous l’influence de
l’hormone lutéotrope du lobe antérieur de l’hypophyse. Elle est également synthétisée
dans la cortico-surrénale et dans le placenta pendant la gestation. Cette hormone
prépare la muqueuse de l’utérus à la nidation, freine la maturation d’autres follicules
et diminue la sensibilité de l’utérus à l’ocytocine. Par ailleurs, la progestérone joue un
rôle important dans le développement et l’entretien de l’activité fonctionnelle des
cellules sécrétrices de la mamelle.
CH3
CO OH – CH3
CH3
O HO
H
Progestérone Prégnandiol
HORMONES TISSULAIRES
A. Neurohormones
1. Adrénaline et noradrénaline
Ces deux hormones sont libérées lors de stimulation des fibres nerveuses
2. Acétyl-choline
Cette substance est synthétisée dans les cellules nerveuses à partir de la
choline et de l’acétyl-CoA sous l’influence de la choline acétylase. Elle est libérée par
l’excitation nerveuse et entraîne une dépolarisation des membranes. Elle joue un
grand rôle dans la transmission de l’influx nerveux.
B. Hormones tissulaires du tractus gastro-intestinal
1. Sécrétine
C’est une substance polypeptidique sécrétée par la muqueuse de l’intestin
grêle. Son action se traduit par un accroissement de la sécrétion pancréatique et du
taux des bicarbonates.
2. Pancréazymine
C’est une hormone tissulaire qui stimule la synthèse des enzymes
digestives dans les cellules acineuses du pancréas.
3. Cholécystokinine
Elle est synthétisée par la muqueuse duodénale en quantité accrue au
moment de l’arrivée du chyme acide dans le duodénum. Elle stimule le péristaltisme
de la vésicule biliaire.
4. Gastrine
Elle est libérée par la muqueuse pylorique pendant la digestion gastrique.
Elle favorise la sécrétion de l’acide chlorhydrique.
5. Entérogastrine
Elle est élaborée après action du chyme gastrique acide sur l’intestin grêle.
Elle a un effet antagoniste sur le péristaltisme stomacal.
C. Hormones tissulaires à action vasomotrice
1. Histamine
Elle accroît l’irrigation en provoquant la dilatation des artérioles et abaisse
ainsi la pression sanguine. Elle provoque aussi une augmentation de la perméabilité
vasculaire, une stimulation de la sécrétion du suc gastrique et une élévation du tonus
de la musculature lisse. Il y a libération accrue d’histamine dans les maladies
allergiques.
2. Kallicréine (Padutine)
C’est une substance essentiellement synthétisée dans le pancréas et qui a
une action vasodilatatrice.
3. Sérotonine (5-oxytryptamine)
INTRODUCTION
Tous les organismes animaux prélèvent dans le milieu dans lequel ils vivent
un certain nombre de composés chimiques, qu’ils soient solides, liquides ou gazeux
que l’on nomme aliments. Ces derniers peuvent être des produits d’origines animale
ou végétale.
Les aliments sont des substances :
- qui fournissent par oxydation l’énergie nécessaire aux diverses
fonctions de l’organisme : rôle énergétique ;
- qui sont utilisés pour l’édification ou le renouvellement de la matière
fondamentale (tissus ou liquides organiques) ou servent de réserves :
rôle plastique
On désigne sous le nom de métabolisme la transformation des aliments, l’énergie
qu’elle libère et les échanges de matière et d’énergie qui en résulte.
Composés chimiques
METABOLISME
ANABOLISME CATABOLISME
(synthèse : - énergie) (dégradation : + énergie)
CO2 H2O
( c) Décarboxylation (cycle de Krebs) (d) Oxydation (chaîne respiratoire)
SCHEMA DU METABOLISME
IV.1.1.1. Définitions
- L’enthalpie : est l’énergie totale d’un composé. Elle est représentée
par H et n’est pas entièrement utilisable pour fournir un travail.
- L’énergie libre G est la quantité d’énergie maximale, utilisable pour le
travail contenue dans des liaisons chimiques. Cette énergie libre G
est plus faible que l’enthalpie. Elle dépend de l’entropie S du système.
- L’entropie S est liée aux caractéristiques propres de la molécules, à
ses capacités de subir vibration, rotation ou déformation ; elle est
d’autant plus élevée que le système est désordonné. On a donc G =H
– TS (T= température absolue).
Ces valeurs sont difficiles à déterminer et d’un intérêt limité. Mais il est intéressant
de déterminer la variation d’énergie libre qui se produit au cours d’une réaction A B
∆G = ∆H – T∆S
Si ∆G < 0, l’énergie libre de B est inférieure à celle de A, la réaction ne peut se faire
spontanément, c’est une réaction exergonique. A a perdu de l’énergie pour être
transformée en B.
Si ∆G est > O, l’énergie libre de B est supérieure à celle de A, c’est une réaction
endergonique, elle ne peut avoir lieu spontanément, elle doit être couplée avec une
autre réaction exergonique qui cédera son énergie et permettra la transformation de
A en B
L’énergie libérée par les réactions exergoniques est utilisée pour former des liaisons
chimiques qui sont la forme biologique de récupération de l’énergie.
Les réactions de synthèse sont endergoniques ; pour pouvoir les réaliser, il faut les
coupler à des réactions exergoniques, le composé intermédiaire fondamental étant
l’ATP.
Par définition, l’énergie contenue dans une liaison est l’énergie libérée par l’hydrolyse
de cette liaison. Les liaisons peuvent être rangées en deux groupes :
Les principales liaisons riches en énergie sont au nombres de 5 : quatre d’entre elles
sont formées par un phosphate et il faut souligner l’importance fondamentale de
l’anion phosphorique dans le métabolisme énergétique, en particulier lorsqu’il est
sous forme d’ATP.
Adénosine - O―P ―O ~ P― O ~ P ― OH
OH OH OH
Ainsi que celle de l’ADP (et des autres nucléotides disphosphates). L’hydrolyse de
chacune de ces deux liaisons fournit environ 8000 à 10000 calories.
O OH
c) liaison guanidine phosphate
NH ~ PO3H2
HN = Ć
N – NH2-COOH ( ∆G = environ 10000 calories)
CH3
d) Liaison thioester
Elle est formée par le CoA lorsqu’il active un acétyl ou un radical acyl indéterminé. Le
type en est l’acétyl CoA
O ~ PO3H2
IV.2.1. INTRODUCTION
permanence les matériaux cellulaires. Mais elle peut devenir pathologique par place
comme dans les pancréatites aiguës hémarragiques (lésion du pancréas par
activation in situ de la trypsine) ou sur un plan général…… Ainsi au cours du jeûne ou
de l’acédocétose diabétique, les processus normaux sont déréglés et la dégradation
anarchique d’acides gras conduira à la cétose et à l’acidose.
L’ensemble des processus qui conduisent d’une source énergétique (par exemple le
pétrole) à son utilisation, par exemple sous forme d ‘énergie mécanique dans une
voiture automobile, a été comparé par Valadiguié et de la Farge (1979) à l’utilisation
de l’énergie issue de la dégradation des aliments par l’organisme animal. Les étapes
obligatoires sont les suivantes : extraction du pétrole brut et transport, raffinage et
cracking conduisant à l’essence, mélange air-essence dans le carburateur, explosion
dans le moteur et apparition de l’énergie, transformation et transfert de l’énergie vers
les roues.
Ces étapes peuvent exactement s’appliquer aux transformations subies par les
aliments :
- 1er raffinage : digestion et absorption des aliments
- 2ème raffinage ou cracking : transformation des « combustibles » tels
que glycogène, glucose, acides gras ou acides animés, en
« carburant » (pyruvate, acétae).
- Préparation dans le carburateur : cycle citrique
- Explosion dans le moteur : chaînes respiratoires mitochondries --------
ATP
- Transfert mécanique : utilisation et transformations de l’ATP
Raffinage
La digestion commence pour certains aliments dans la bouches, pour d’autres dans
l’estomac et pour certains elle ne commence vraiment que dans l’intestin grêle.
Les produits issus de la dégradation hydrolytique digestive seront ensuite absorbés
par la muqueuse intestinale à des niveaux et selon des modalités variables.
IV.2.2.1 Glucides
IV.2.2..2. PROTEINES.
b) Absorption : les acides animés sont pris en charge par des transporteurs
membranaires spécialisés. Certains acides animés accompagnent l’ion
sodium qui bénéficie d’un gradient de concentration favorable à son entrée
dans la cellule. Les petits peptides peuvent eux aussi passer la membrane
grâce à des transporteurs particuliers.
IV.2.2.3. Lipides
lipides. Chez l’adulte, la lipase gastrique est peu active (contrairement à ce qui
se passe chez le nourrisson dont le pH du suc gastrique est plus élevé) ; la
digestion des lipides commence vraiment dans l’intestin par l’action
conjuguée des sucs pancréatique et duodénal et de la bile. Sous l’action
émulsionnante des sels biliaires, la surface de contact entre lipase
pancréatique et micelles lipidiques est multipliée. L’enzyme dégrade les
triglycérides en monoglycérides et acides gras qui passent, sous forme d’une
fine émulsion stabilisée par les sels biliaires dans les cellules de l’épithélium
de l’intestin grêle. Le cholestérol estérifié subit l’action hydrolytique d’une
cholestérol- estérase. Le cholestérol libre franchit la membrane apicale grâce
à une protéine de transport spécifique.
Les vitamines hydrosolubles de faible taille (B6 , B2 , PP, C) subissent une diffusion
passive dans l’intestin proximal. Il n’en est pas de même de la thiamine, de l’acide
folique et des cobalamines. Les vitamines B12 sont absorbées en présence du facteur
intrinsèque (glycopotéine d’origine gastrique). Un test d’exploration de l’intestin grêle
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(test de schilling à la vitamine B12 marquée par CO est très utilisé pour le diagnostic
d’une malabsorption.
a) Glycogénolyse.
La voie classique de dégradation du glycogène (Embden Mayerhof) jusqu’au
stade de l’acide lactique est anaérobie.
Le glycogène est formé de molécules de glucose reliées entre elles par des
liaisons α 1 4 avec des ramifications en 1 6 (cf. première partie du cours).
1ère étape. Les phosphorylases vont couper les liaisons α 1 4 du glucose qui se
trouve en bout de chaîne et qui a sa fonction réductrice engagée dans la liaison.
Glycogène + H3Po4 Glucose-1-phosphate + Glycogène
(n molécules de glucose) (n-1) molécules de glucose
ème
3 étape. Transformation du G-6-P en fructose-6- phosphate (F-6-P) par la
phosphogluco-isomérase ou phosphohexose-isomérase.
OH O
CH2O – P O C
OH H
C=O C OH
CH2OH CH2O-pO
OH
Phospho-dihidroxy-acétone D-glycéraldéhyde-3-phosphate
ème
6 étape. Oxydation du glycéraldéhyde 3-phosphate en 3-phosphoglycérate. C’est
une des étapes importantes de la glycolyse puisqu’elle va permettre de conserver
l’énergie de l’oxydation du groupe aldéhyde du glycéraldéhyde-3-phosphate, sous
forme d’une liaison phosphate riche en énergie, dans le produit de cette oxydation qui
est le 1,3-diphosphoglycérate. Cette réaction est catalysée par la glycéraldéhyde 3-
phosphate déshydrogénase. C’est un modèle d’oxydo-réduction phosphorylante en
anaérobiose
CHO COO ~ PO3--
--
CH2Opo3 CH2OPo3
D-glycéraldéhyde 1,3-diphospho
3-phosphate glycérate
Le dernier temps est le transfert du phosphate « actif » du 1,3-diphosphoglycérate
sur l’ADP effectué par la phosphoglycérate kinase, qui conduit à la formation de l’ATP.
CH2OPO-- CH2OPO3
O + CO ~ PO3 -- CHOH
COO-
1,3-diphospho- 3-phosphoglycérate
glycérate
CH2-O-PO3-- CH2OPO3—
H - COH H - COPO3--
COO- COO-
3-phospho- 2-phospho-
glycérate glycérate
2-phosphoglycérate phosphoénolpyruvate.
ème
9 étape. Formation d’acide pyruvique et d’ATP à partir du phosphoénol-pyruvate et
de l’ADP.
La réaction fortement exergonique est catalysée par la pyruvate kinase.
CH2 CH3
COO- COOH
Phosphoénol
pyruvate Pyruvate
ème
10 étape. Passage du pyruvate au lactate . Chez les vertébrés, lors de la glycolyse
anaérobie du muscle, le pyruvate est réduit en lactate par les électrons
précédemment cédés par la glycéraldéhyde3-phosphate. Ces électrons sont
transportés par le NADH. L’enzyme catalysant la réaction est la
lacticodéshydrogénase.
CH3 CH3
C= O + NADH + H+ HC – OH + NAD +
COO- COO-
Pyruvate Lactate
CH3 CH3
C=O C = O + CO2
COO- H
Pyruvate Acétaldéhyde
CHO CH2OH
ATP ADP
Aux concentrations habitelles, l’hexokinase bien que moins spécifique est la plus
Biochimie spéciale Par le Prof.Dr NDIBUALONJI BB Victor
Mbujimayi, janvier 2015
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active, la glucokinase n’intervenant qu’en cas d’excès de glucose (après un repas par
exemple ; cf première partie).
(glycogénolyse et glycolyse)
a) Introduction.
Les lipides peuvent être classés physiologmement en deux catégories : les lipides de
réserve et les lipides cytoplasmique :
- Lipides de réserve : essentiellement constitués de triglycérides, ils se trouvent
en quantité variable dans l’organisme. Ils proviennent en partie des lipides
alimentaires (origine exogène) ; mais ils sont aussi formés dans l’organisme
lui-même à partir glucides ou même des protides lorsque ceux-ci sont
apportés en excès dans l’alimentation. Le jeûne, la sous-alimentation, la fin de
la gestation et le début de lactation favorisent la mobilisation de ces lipides et
leur utilisation comme source d’énergie.
En effet, les acides gras issus de la dégradation des lipides représentent une forme
de réserve énergétique très riche puisque 1 g de graisse contient une énergie
chimique correspondant à environ 9.000 colories, alors que 1 g de glucide n’en
contient que 4.000.
- Lipides cytophasmiques : constitués par des « lipides complexes » c’est-à-dire
les glycérophospholipides (phosphatides, lécithine, céphaline), les
sphingolipides (sphingomyéline, cérébrosides, gangliosides) et les sulfolipides
(sulfatides) sont au contraire un élément constant des tissus.
Ainsi, pendant le jeûne, la teneur des tissus en lipides complexes reste constante et
représente en moyenne 10% du poids sec du tissu.
Triglycéride Diglycéride
Acide gras I
Au point de vue chimique, les acides gras sont relativement inertes. Leur
réactivité s’accroît lorsqu’ils sont transformés en thioesters. Ceux-ci possèdent
un potentiel de transfert élevé : ils sont riches en énergie.
Le groupement thiol est celui du coenzyme A lié à la cystéamine qu’il contient.
Ainsi, avant de pénétrer la mitochondrie, les acides gras doivent être activés par
combinaison avec le CoA. La formation de cette liaison thioester, riche en énergie,
consomme une molécule d’ATP et se déroule en deux étapes :
CoASH + acylcarnitine
Extra
Mitochondrial acylcarnitine + CoASH
acyl-CoA + carnitine
O CH3
CH3
CH3 O
C=O
R
Acyl-carnitine
Les acides gras à chaîne courte ou moyenne ne nécessitent pas un tel transport.
Une fois l’acide gras activé et transporté dans la mitochondrie, les quatre étapes
de la β-oxydation sont :
- Déshydrogénation de l’acyl-CoA
L’acyl-CoA est déshydrogéné par l’acyl-CoA déshydrogénase à FAD
FAD FADH2
H2O
R – CH2 – CH2= CH - CO SCoA R-CH2- CH – CH2 - CO SCoA
OH
Déhydroacyl-CoA β -hydroxyacyl-CoA
- Déshydrogénation du β -hydroxyacyl-CoA
La déshydrogénation du β-hydroxyacyl-CoA est catalysée par une enzyme à NAD+,
la β-hydroxyacyl-CoA déshydrogénase
NAD NADH+H+
- Thiolyse du β -cétoacyl-CoA
CoA-SH
- Groupe du pyruvate
- Groupe de l’α-cétoglutarate, du succinyl-CoA et du fumarate
a) Groupe du pyruvate
Exemple : alanine.
Très facilement, par désamination ou transamination, l’alanine se transforme
réversiblement en acide pyruvique :
- Désamination CH3-CH-COOH CH3 – CO – COOH + NH3
NH2
- Transamination
NH2
Alcanine acide
NH2
Acide pyruvique acide glutomique
Exemple : méthionine
Plusieurs acides aminés sont catabolisés en acide propionique en C3 avant de
rejoindre le cycle citrique au niveau du succinyl-CoA. Tel est le cas de la méthionine.
- Le premier temps de la dégradation de la méthionine est la transméthylation
libérant l’homocystéine.
NH2
Méthionine Homocystéine
NH2 O
o soit par une cystathionase qui agit sur la cystathionine créée par le
couplage homocystéine-sérine et qui en retire la cystéine. C’est la voie
de biosynthèse de la cystéine expliquant son caractère non
indispensable.
Cystathionase
SH
CH2 – CH – COOH
NH2
Cystéine
NH2
Homosérine
Acide d-cetobutyrique
Qui subit en fin l’action d’une isomérase à coenzyme B12 pour donner le succinyl-CoA.
O COOH COOH
CO2
CH3 – CH2 – C ~ SCoA CH – C ~ SCoA CH2
ATP
CH3 O CH2 – C ~ SCoA
c) Groupe de l’acétylacétyl-CoA.
CO2
Acide phényl-acétique
Phényl-acétyl-glutamine
CH2 – CH – COOH
NH2
O2,NADPH,H
H2O+NADP+
HO CH2 – CH - COOH
NH2
-cétoglutarite
glutamate
HO CH2 - COOH
O2
CO2
CH2 - COOH
HO
Hormones thyroïdienne
Acide P. hydroxyphényl
Pyruvique
Acide homogentisique
(Alcaptine)
Acide acétoacétique
a) Catabolisme aérobie
Trois voies s’ouvrent devant cet acide cétonique en C3 issu du métabolisme
glucidique et protidique :
- Décarboxylation oxydative C2, principale destinée énergétique en aérobiose ;
- Carboxylation en C4 l’oxaloacétate ;
- Transmination vers l’alanine. Cette dernière voie sera étudiée plus loin avec
les réactions de transanination.
Elle conduit à l’acétyl-CoA sous l’influence d’un système enzymatique utilisant quatre
coenzymes principaux : TPP, acide lipoïque, CoA et NAD+. Les réactions sont les
suivantes :
Mg++
CH3 – C – COOH + TPP CH3 – CH – TPP + CO2
O O- CH3 CH2
C
O O
Pyruvate Oxaloacétate
b) Catabolisme anaérobie
Alors que la voie aérobie est celle du cycle de Krebs, la fermentation lactique et
alcoolique constituent le terme anaérobie du métabolisme de l’acide pyruvique.
CH3 CH3
COOH COOH
(acide pyruvique) (acide lactique)
CH3 CH3
CO C = O + CO2
COOH H
NADH2 NAD+
CH3 CH3
CHO CH2OH
a) Cycle citrique
Citrate Cis-aconitase
Isocitrate
L’enzyme catalysant la réaction est l’aconitase. Citrate, cis-aconitate et isocitrate ont
trois groupements carboxyles (triacides) ; d’où le nom de cycle des acides
tricarboxyliques.
- Déshydrogénation et décarboxylation de l’isocitrate eux α-cétoglutarate
L’isocitricodéshydrogénase catalyse cette réaction. C’est une enzyme allostérique
+ +++
activée par ADP, NAD et Mg
CH2 – COOH
CH2 – COOH
+
CH2 + NAD +CoASH CO2 +
CH2 – CO SCoA
α – cétogluttarate Succinyl – CoA
Fumarate Malate
Malate Oxalocacétate
La réaction fonctionne bien dans les deux sens. Cette dernière réaction ferme le
cycle puisque l’oxaloacétate peut recommencer à se condenser avec une nouvelle
molécule d’acide citrique.
Total : 12 ATP
BIBLIOGRAPHIE