MINISTERE DE LA SANTE PUBLIQUE

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CENTRE NATIONAL HOSPITALO-UNIVERSITAIRE DE COTONOU

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RAPPORT DE STAGE PROFESSIONNEL

Nom et prénoms du stagiaire : KUAKUVI Elvis

Licence professionnelle en Biologie Humaine- Option analyses biomédicales

Période : 31 Mars au 31 Juillet 2014

Service de microbiologie : PARASITOLOGIE du 31 Mars au 30 Mai

BACTERIOLOGIE du 02 juin au 31 Juillet
 Plan

I- Présentation du service

II- Activités réalisées

III- Méthode de travail

IV- Compétences acquises

V- Remarques et suggestions

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 I- Présentation du service

Le service de laboratoire de microbiologie du Centre National Hospitalo-universitaire /Hubert

Koutoukou Maga (CNHU/HKM) de Cotonou a servi de cadre à notre stage professionnel du 31 Mars
au 31 Juillet 2014. En effet, à l’issu de l’acquisition du diplôme de licence professionnelle en analyses
biomédicales à l’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi (EPAC) en Octobre 2013, nous avons senti le
besoin de perfectionner nos acquis (théoriques en majorité) avec les compétences techniques d’un
centre de santé d’une qualité de service irréprochable. En effet, le laboratoire de microbiologie du
CNHU est reconnu pour être l’un des plus performants, sinon le plus performant, du pays en matière
de qualité de la prestation de service et surtout de l’exemplarité des techniques de diagnostic
biologique mises en œuvre. C’est ce qui justifie notre choix de demande de stage professionnel
bénévole dans ce laboratoire.

Le service de microbiologie est composé de deux sections à savoir : la parasitologie-mycologie d’une

part et la bactériologie-virologie d’autre part. C’est un service fonctionnant 24H/24 et dont le système
de garde permet une permanence de service tous les jours de la semaine afin de mieux satisfaire les
demandes d’examens dans cet hôpital de référence à l’échelle national.

II- Activités (examens biologiques réalisés)

PARASITOLOGIE-MYCOLOGIE-SEROLOGIE

 Goutte épaisse et densité parasitaire

 Coprologie parasitaire complète (AKOP)
 Recherche de microfilaires sanguicoles
 Sérologie Dupont (HIV/ rétrovirale)
 ECBU simple (culot urinaire)
 Compte d’Addis (Hématie, Leucocytes Minutes)
 Séro-Diagnostic de Widal (SDW)
 Anti- Strepto Lysine O (ASLO)
 TPHA/VDRL
 Sérologie de la chlamydiose
 Culture mycologiques et anti-fongigrammes
 Tests de contrôle de qualité de l’OMS

BACTERIOLOGIE-VIROLOGIE

 ECBU+ATB
 Divers (ECB du pus+ATB, LCR+ATB, coproculture+ATB, PV+ATB, PU+ATB,
hémoculture, recherche de BAAR)
 Préparations des milieux de culture (géloses en boite de Pétri, milieu liquide : bouillon en
tubes)
 Continuité (lecture des cultures bactériennes positives, réalisation des tests biochimiques
d’identification bactériennes, antibiogrammes, prise des décisions et rendu des résultats
définitifs)
 Tests de contrôle de qualité externe de l’OMS

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 III- Méthode de travail

La méthode de travail générale en microbiologie s’effectue en plusieurs étapes à savoir : le recueil des
échantillons (appelés communément prélèvements), le conditionnement et le transport, la réalisation
de l’examen proprement dit, l’interprétation des observations et enfin le rendu des résultats définitifs.
La réalisation proprement dite de l’examen se fait suivant les étapes successives suivantes : l’examen
macroscopique, l’examen microscopique (état frais suivi de l’état coloré). Puis l’ensemencement des
milieux de culture, les tests d’identification et enfin l’antibiogramme si la culture précédemment
réalisée se révèle positive (cas de la bactériologie).

Chaque type d’échantillons est recueilli selon des conditions particulières obligatoires à respecter si
l’on veut avoir des résultats corrects. Le conditionnement est l’ensemble des normes (températures de
conservation, milieux de transport, matériel de prélèvement adéquat en cas de distance entre le lieu de
prélèvement et le laboratoire) requises pour ne pas souiller l’échantillon recueilli.

L’examen macroscopique consiste en l’observation à l’œil nu de l’échantillon recueilli afin d’y déceler
les éventuelles anormalités.

L’état frais consiste en l’observation directe entre lame et lamelle d’un étalement (quantité
représentative issue d’un échantillon biologique) afin de déceler la présence d’éléments figurés
anormaux pour en estimer la quantité relative.

L’état coloré (en parasitologie généralement remplacée par les méthodes dites de concentration)
permet d’observer des éléments pathologiques qui ne sont visibles qu’avec une coloration spécifique.
Par exemple, en bactériologie, la coloration de Gram est une coloration différentielle permettant
d’observer les bactéries éventuellement présentes et de les classer en deux groupes à savoir les Gram
positif et les Gram négatif.

L’ensemencement des géloses en boites de Pétri ou des bouillons se fait en fonction du type
d’échantillons. Les cultures dites positives permettent de vérifier le résultat de l’état coloré, les tests
biochimiques d’identification (cas de la bactériologie uniquement) permettent de déterminer par la
suite quel microbe est la cause de l’infection éventuelle.

L’antibiogramme permet d’orienter le clinicien dans le choix de la thérapie à utiliser. Elle consiste à
tester la sensibilité du germe isolé à une série d’antibiotiques choisi en fonction du dit germe.

Le laboratoire de microbiologie du CNHU/HKM reçoit généralement les échantillons suivants : sang,

urines, selles, crachats, sperme, pus, Liquide Céphalo-Rachidien (LCR), prélèvement vaginal,
prélèvement urétral.

Tandis que les échantillons des patients hospitalisés sont reçus à tout moment de la journée, ceux des
patients externes sont reçus entre 8h et 12h. Rappelons ici que certains échantillons ne sont reçus que
certains jours. Par exemple, les spermogrammes ne sont reçus que du lundi au mercredi.

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 IV- COMPETENCES ACQUISES

Section de parasitologie

- Nous sommes désormais capables de réaliser convenablement la GE-DP

- Maitrise de la technique de confection de Goutte épaisse et de frottis sanguin mince, de la
coloration au Giemsa dilué à 2% et la coloration rapide au réactif RAL 555.
- Capacité d’identification correcte de trophoizoites et de gamétocytes de Plasmodium
falciparum et de Plasmodium malariae.
- Initiation à la gestion des déchets biomédicaux,
- Manipulation sous le regard d’un technicien expérimenté des tests sérologiques rapides (HIV,
ASLO, SDW, TPHA-VDRL).
- Participation à la réalisation des coprologies parasitaires (étalements à l’état frais puis lecture
au microscope ; méthode de concentration de Willis, Kato et Baerman ; reconnaissance des
œufs de parasites les plus fréquents : Ascaris lumbricoides, Hymenolepis nana, Giardia
lamblia, etc.)
- Réalisation du culot urinaire et du compte d’Addis : reconnaissance des éléments figurés des
urines (cristaux, hématies, leucocytes, levures, œufs de Schistosoma haematobium)

Section de bactériologie

 Paillasse de l’ECBU+ATB

Accueil-réception des échantillons d’urines

Il s’agissait de poser des questions aux malade afin de vérifier si les conditions du prélèvement sont
respectées (délai de trois heures entre l’émission de l’urine et l’acheminement au laboratoire, faire sa
toilette s’il s’agit d’une patient de sexe féminine) puis l’étiquetage des échantillons et des bons
d’examens en conformité avec l’ordre d’arrivée des patients et la numérotation des registres, enfin la
prise du contact du patient pour l’appeler en cas d’un éventuelle doute sur la qualité de l’échantillon
qui nécessiterait une reprise du prélèvement.

1. Ensemencement des géloses (CLED, GS et EMB)

2. Etat frais (à l’aide d’une cellule de Malassez (Hématimètre) , il s’agissait de rechercher les
éléments figurés et de les quantifier (hématies, leucocytes, cristaux, cellules épithéliales)
3. Coloration de Gram (Etalement d’une petite quantité d’urine sur lame porte objet en faisant
des cercles concentriques centripèdes.)

Technique : Violet de gentiane (1min) puis lugol qui sert de mordant (1min) ensuite Alcool (1min) et
enfin Fuschine (20 secondes).

Lecture au microscope à l’objectif à immersion puis écriture des résultats dans les registres (papier et
ordinateur)

 Paillasse des divers

Une chose essentielle que nous avons retenue est que le choix des milieux de culture se fait en
fonction de l’échantillon considéré car on s’attend à y retrouver certains germes en particulier.

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Nous donnerons donc ici de façon brève les milieux de culture utilisés pour chaque type d’examens.

- Spermoculture (Chapman, Choc, GS)

- Crachats (aspect macroscopique, étalement sur lame puis coloration à l’auramine : Auramine
15min- Alccol-acide 2min, Permaganate de potassium 1min, et enfin quantification des
Bacilles Acido-alcoolo Résistant qui apparaissent jaunes brillants sur fond vert foncé sur le
microscope à fluorescence)

- Hémoculture (Automate BACT-ALERT : pour le prélèvement deux bouillons sont utlisés un

dit aérobie (bouchon bleu) et un anaérobie (bouchon marron) Si Culture positive entre 1 à
10jours après incubation, l’automate émet un signal sonore ; le bouillon est retiré, on fait une
coloration de Gram, on ré isole sur des géloses spécifiques puis on fait un ATB selon le type
de germe vu au Gram.

- LCR+ATB (après l’aspect macroscopique, et l’ensemencement sur GS et GC puis incubation

en aérobie stricte c'est-à-dire sous une jarre flamme allumée, on compte des éléments figurés
dans le liquide spinal à laide d’un hématimètre de Malassez et selon le nombre de leucocytes,
on fait la recherche d’antigène solubles et/ou celles des cryptocoques.)

- PV+ATB (prélèvement à faire le matin sans rapport sexuel la veille ni toilette matinal, 4
écouvillons mais 2 respectivement pour l’endo et l’exocol. Milieux de culure : Sabouraud, GS,
GC, GS+ANC et Choc, Coloration de Gram et Score de Nugent)

- Pus+ATB (Chapman, EMB, GS et GC)

- ECB du Cathéter (Vortexage puis culture dans un bouillon ordinaire)

- Coproculture (Gélose Salmonelle-Shigelle ou Hektoen, bouillon Hauffman : 1cc de lugol et

2cc de vert brillant) : colonies blanchâtres c'est-à-dire lactose négatifs à centre noir (uréase
positif) ou pas sont à considérer.

 Paillasse de continuité

- Lecture des géloses incubées la veille

- Numération des colonies bactériennes pour les boites des urines (CLED généralement)
- Réalisation de Gram-contrôle
- Ensemencement des galeries Api 20 E dans le cas des bacilles Gram négatif, test de la
catalase, de la DNAse et staphylocoagulase dans le cas des Cocci Gram positif ayant poussé
sur Chapman (qui fait penser aux staphylocoques), test à l’Oxydase
- Antibiogrammes (à l’aide d’un tableau de selection pré-établi on pose des antibiotiques selon
le germe identifié)
- Lecture des antibiogrammes et tests biochimiques (Galerie Api et Coagulase) qui ont été
incubés la veille
- Prises de décisions pour la démarche à suivre afin de mieux identifier le germe ou s’il faut
reprendre le prélèvement
- Enfin, rendu des résultats définitifs si possible.

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 V- REMARQUES ET SUGGESTIONS

Le CNHU/HKM est l’hôpital national de référence en ce qui concerne le plateau technique en général
et les laboratoires de biologie en particulier. Pendant notre séjour, nous avons constaté un dévouement
au travail et un amour du travail bien fait au sein du personnel médico-technique qu’il est utile de
saluer ici.

Cependant, un certain nombre de choses restent à améliorer afin de mieux servir les patients et aussi
en matière d’encadrement des stagiaires. Nous avons décelés les impairs suivants :

- La sécurité au sein des locaux du laboratoire étant défaillante, certains cas de vols dans la
salle de garde de la bactériologie sont à déplorés.
- L’étroitesse des locaux de la bactériologie impacte sur l’asepsie rigoureuse dans laquelle
devrait se dérouler les examens.
En effet, il est fréquent que les paillasses soient encombrées, que l’aération fasse défaut et que
l’espace de circulation au sein du laboratoire soit restreint.
- La lenteur des procédures administratives dans le cadre d’une demande de stage et aussi dans
le cadre de l’établissement de justificatifs de stage sont un frein à l’attractivité de cet hôpital
en matière d’accueil de personnel médical.

Nous suggérons que :

- Des dispositions sécuritaires soient prises afin de limiter les cas de vols dans le service de
laboratoire
Nous proposons concrètement soit de cloisonner le service de microbiologie en un unique bloc
(salle de garde et salle de travail conjointement) ou de délocaliser le service en un nouveau
bâtiment mieux aéré et mieux espacé afin que les entrées et les sorties soient mieux suivies.
- Munir le personnel de badges administratifs afin de facilement identifier les entrées et les
sorties du bâtiment
- Veiller à accélérer l’établissement des justificatifs afférents à un séjour de travail au sein du
service (afin que les stagiaires puissent justifier dans des délais raisonnables un séjour au sein
du service).

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