LE DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE

•Le diagnostic bactériologique est un ensemble de moyens permettant de confirmer telle ou

telle étiologie infectieuse d'origine bactérienne.

•Le rôle du laboratoire est de :

 confirmer une infection suspectée cliniquement
 identificatier l’agent incriminé dans cette l’infection,
 Rectifier ou de prescrire un trt ATB sur la base d’un Antibiogramme

On distingue deux types dediagnostic :

Diagnostic direct :
qui permet d’isoler et d’identifier l’agent responsable, à partir d’un produit pathologique.
Le diagnostic direct est le seul diagnostic de certitude, car il permet la mise en évidence
de la bactérie elle-même, donc finalement sa culture ou isolement qui permettra
l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques
(antibiogramme)

Diagnostic indirect :
qui permet de détecter les Ac anti-bactériens spécifiques, dans le sérum du malade
 DIAGNOSTIC DIRECT
1/ LE PRELEVEMENT : 1ERE ETAPE DU DIAGNOSTIC
il varie selon le siege de l’infection et le germe que l’on compte isoler

doit être effectuer avec du matériel stérile à usage unique en respectant les regles
d’asepsie elementaires car toute contamination du produit soit par les flores (la peau, les
muqueuses… ) ou l’environnement peut entraîner des causes d’erreur dans l’interprétation
du résultat.

2/ ETUDE MACROSCOPIQUE DU PRELEVEMENT :

o Trouble : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire
o Hématurique : urine, LCR, liquide ou autre coloration anormale pleural
ou articulaire
o Odeur : on notera celle caractéristique lors d'infections à germes
anaérobies stricts dans un liquide pleural
o Consistance : Exemple d'une selle diarrhéique

3/ ETUDE MICROSCOPIQUE DU PRELEVEMENT :

 ETAT FRAIS :
- En cellule de Malassez : Evaluation quantitative précise: nombre d’éléments /
mm3 pour l’urine, LCR et autres liquides de ponction (microscope optique X40)

- Entre lame et lamelle : visualisation de la mobilité et la morphologie des germes

(microscope optique X40)
 Examens après coloration :
- Coloration au bleu de méthylène: est une coloration très simple qui permet
d’observer les bactéries.
Elle permet de renseigner sur : la forme des bactéries - la taille - le mode de
regroupement

- La coloration de Gram(4 temps) : permet de distinguer les bactéries à Gram

négatif qui apparaissent roses et les bactéries à Gram positif qui apparaissent
 violettes. Cette différence de coloration est liée à des différences de nature de la
paroi bactérienne.
Elle permet de renseigner sur : - Le type Gram (+) ou Gram (-) - la forme des
bactéries - la taille - le mode de regroupement

- Coloration de Ziehl-Neelsen : recherche des bacilles acido-alcoo-résistants (ex. le

BK)

- Coloration au MGG (May–Grünwald-Giemsa): apprécie la richesse et la

morphologie des cellules d’un prélèvement

4/ Culture et isolement :
 Milieux d’isolement : ce sont des milieux de culture utilisés pour isoler le ou les
agents infectieux à partir du prélèvement.
Le choix de ces milieux est guidé par la nature du prélèvement et les germes recherchés. Ils
peuvent être des:
- Milieux ordinaires :ex. la gélose nutritive
- Milieux enrichis par du sang, du sérum ou autre (ex. gélose au sang cuit)
- Milieux sélectifs d’isolement (ex. milieu de Chapman)
- Milieux sélectifs d’enrichissement (ex. Eau peptonée alcaline)

- Après ensemencement , ces milieux sont incubés à 37°C .

- Le délai d’incubation dépend de la nature des germes recherchés.
- l’isolement permet d’obtenir des clones bactériens sous la forme de colonies visibles à
l’œil nu et d’aspect caractéristique (de l'ordre de 106 bactéries)

 Identification :
 l'aide de tests d'orientation rapide : oxydase, catalase, coagulase...
 Par ensemencement d'une galerie biochimique adaptée: System API
 API 20 E : entérobactéries

5/ Antibiogramme :
Tester la bactérie vis a vis d’un panel d’antibiotiques pour déterminer les sensibilités aux
antibiotiques à partir d’une colonie, résultat en 4h à 24h.
Après une incubation à 37°C, le diamètre d ’inhibition de l’antibiotique entourant les disques
permet de calculer la CMI de l ’antibiotique pour la souche examinée en rapportant ce
diamètre à une courbe de concordance.

6/ Diagnostic par les techniques de biologie moléculaire

Mise en évidence de marqueurs moléculaire:
Identification d’un gène spécifique dans un mélange de fragments d’ADN bactérien par
PCR: polymerase Chain reaction
  Recherche des Ag solubles bactériens : appliquée dans le Dc des infections
méningées et respiratoires.
On peut utiliser :
- agglutination de Latex sensibilisé aux Ac anti-microbiens spécifiques
- Immunochromatographique sur membrane

 Recherche des Ag bactériens par : Technique ELISA-SANDWICH

• Les puits d’une microplaque sontsensibilisés avec un Ac spécifique de labactérie
recherchée .
• Un échantillon de prélèvement est ajoutédans les puits .
• Le complexe Ag-Ac formé est révélé paraddition d’un Ac monoclonal marqué à une
enzyme , puis du substrat spécifique à l’enzyme .
• La DO ou densité optique , mesurée au niveau des puits, permet d’incriminer la bactérie
correspondante.

Diagnostic Indirect ou Sérologique :

la mise en évidence chez le patient, d‘Ac spécifiques développés suite à une infection
bactérienne.
Deux (02) prélèvements de sérum:
-1er : au début de la maladie
- 2ème :2 à 3 semaines.
- sur tube sans anticoagulant (tube sec).
Les sérums peuvent être conservés à – 20°C.
 On détecte une augmentation significative du titre des Ac entre le sérum précoce et le
sérum tardif
les principales méthodes utilisées sont :
• Immunofluorescence
• Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA)
• Agglutination passive

Conclusion
Les éléments récoltés de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent
souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la mise en
route d'une thérapeutique adaptée.
La culture ou l'isolement de l'agent causal sera, cependant, essentielle. Elle
permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques
(Antibiogramme).
Le diagnostic indirect sera quelquefois le seul recours diagnostique possible dans
quelques rares maladies comme la syphilis