Bacterio Tbm3

PLAN
PROCEDURE GENERALE DE L’ANALYSE BACTERIOLOGIQUE…………………………………………………………… 2

COPROCULTURE……………………………………………………………………………………………………………………………. 11
ECBU: EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES…………………………………………………………………… 18
DIAGNOSTIC D'UNE INFECTION MATERNO-FOETALE (IMF)…………………………………………………………… 22
HEMOCULTURE……………………………………………………………………………………………………………………………. 31
EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DU LIQUIDE CEPHALO-RACHIDIEN………………………………………….. 39
PRINCIPES GENERAUX DE L’ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES ALIMENTS…………………………………….. 46
EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE D’UN PRELEVEMENT URETRAL ET DU SPERME………………………. 51
EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE D’UN PRELEVEMENT CERVICO-VAGINAL……………………………….. 54
EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE D’UNE ULCERATION GENITALE………………………………………………. 58
EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE D’UNE COLLECTION SAUPPUREE OUVERTE……………………………. 61
MYCOBACTERIUM COMPLEXE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS………………………………………………… 65
ETUDE DES ANTIBIOTIQUES: CLASSIFICATION ET MODE D’ACTION……………………………………………….. 70
LE POLIOVIRUS…………………………………………………………………………………………………………………………….. 85
LE VIRUS DE LA RAGE……………………………………………………………………………………………………………………. 87
GENERALITE SUR LES METHODES D’ETUDE DES VIRUS………………………………………………………………… 94
LE VIRUS AMARIL………………………………………………………………………………………………………………………….. 101
PROCEDURES DE DIAGNOSTIC EN HYGIENE HOSPITALIERE…………………………………………………………… 113
EXAMEN CYTO-BACTERIOLOGIQUE D’UNE COLLECTION SUPPUREE FERMEE………………………………… 116
EXAMEN BACTERIOLOGIQUE DES SECRETIONS BRONCHO-PULMONAIRES……………………………………. 120
EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE : ORL,NEZ,YEUX,SINUS…………………………………………………………….. 127
LA RUBEOLE………………………………………………………………………………………………………………………………….. 135
LA ROUGEOLE……………………………………………………………………………………………………………………………….. 137
GENERALITE: PARAMETRES D’ETUDE DE LA SENSIBILITE DES BACTERIES, METHODES D’ETUDE DE
LA SENSIBILITE ET DE L’EFFICACITE DES THERAPEUTIQUES ANTIBACTERIENNE…………………………….. 140
METHODES D’ETUDE DE LA SENSIBILITE DES BACTERIES………………………………………………………………. 148
MANAGEMENT DE LA QUALITE AU LABORATOIRE DE BACTERIOLOGIE…………………………………………. 154
ROLE DU LABORATOIRE DANS LES PROGRAMMES NATIONAUX DE SANTE PUBLIQUE ET GESTIONS
DES DONNEES……………………………………………………………………………………………………………………………….. 160
LE VIRUS DU SIDA (VIH)…………………………………………………………………………………………………………………. 165
VIRUS DES HEPATITES……………………………………………………………………………………………………………………. 172
COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 1

PROCEDURE GENERALE DE L’ANALYSE BACTERIOLOGIQUE
DR MEITE SYNDOU
INTRODUCTION
• Diagnostic bactériologique : Ensemble de moyens permettant de:
• confirmer telle ou telle étiologie infectieuse d'origine bactérienne,
• suivre un traitement,
• confirmer une guérison.
• Moyens diagnostiques sont variés:
• diagnostic direct,
diagnostic indirect .
DIAGNOSTIC DIRECT
• Mise en évidence :
• de la bactérie elle-même ( culture , identification et sensibilité aux antibiotiques,
• ces composantes
• Antigènes  Méthodes immunologiques,
• Génome  Méthodes moléculaires.
DIAGNOSTIC INDIRECT :
• Mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps

spécifiques (sérologie)
OBJECTIF
Décrire les principales étapes du diagnostic biologique d'une infection bactérienne
DIAGNOSTIC DIRECT
1. La prescription
• Elle s'intitulera "examen cyto-bactériologique ’’ :
- Examen cytologique
- Examen bactériologique,
• Exemple : ECBU = Examen Cytobactériologique des
• Informations sont consignés dans un document (Demande d’analyse)
• Demande d’analyse : Il sera important de bien identifier le patient par:

- son nom,
- son prénom,
- sa date de naissance...
- profession
- Situation géographique
- Motifs
- Traitement antibiotique en cours
• Il existe une procédure standard de recherche de cellules et de germes, d'où l'appellation

suivante : "Examen cytobactériologique des urines ou ECBU".
• Celle-ci exclut toute recherche systématique de germes particuliers telle la recherche de

BAAR (Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants), de leptopsires...
• Le clinicien ne devra jamais oublier d'indiquer toute demande ou recherche particulière, en

raison de l'utilisation de milieux spéciaux.
• Diagnostic direct comprend plusieurs étapes
2 - Examen macroscopique : Décrire l’aspect du produit biologique a l’œil nu
3 - Examen microscopique
L'examen microscopique a un intérêt diagnostique au delà d'un certain seuil... Donc souvent, on
notera aucune anomalie macroscopique ou visible, d'où la nécessité de rechercher des bactéries et
des éléments cellulaires de type polynucléaire au microscope optique.
3 - 1 Etat frais (Grossissement de 400, en général):
Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte entre lame et lamelle, puis on observe au
microscope d'une part, la présence éventuelle de, le type de mobilité comme celle du "rameur" ou
celle en "en vol de moucheron".
3 - 2 Examen après coloration (Grossissement de 1000, en général) :
Un frottis fin est obtenu à partir du produit pathologique, puis coloré permettant une meilleure
visualisation des bactéries et/ou des éléments cellulaires
Coloration simple: Le frottis fin est traité par un seul colorant basique (bleu de méthylène). Cette
technique est simple et rapide, peu courante, à l'exception de l'examen de pus urétral pour la
recherche de gonocoque: diplocoques en grain de café intracellulaires.

Coloration différentielle : Compte tenu des différences structurales de la paroi des bactéries, la
coloration de Gram découverte par Hans GRAM en 1884 permet de distinguer les bactéries colorées
en violet (Gram+) de celles en rose (Gram -).
Examen après coloration spéciale
• (Ziehl-Neelsen) : Les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) compte tenu de la composition

de leur paroi sont détectés spécifiquement.
• l'usage actuel d'un colorant fluorescent (auramine) confirme l'intérêt d'une visualisation plus
facile
• May-Grunwald Giemsa: Etude des cellules
3 - 3 : Autres types de microscopie
Microscopie à fluorescence (source particulière ; lampe UV) : Fluorescence
Microscope a fond noir: Diagnostic de Treponema
Microscope électronique : Ultrastructure

4. Culture - Isolement :
• Divers milieux sont utilisés qui doivent satisfaire les besoins nutritifs et énergétiques des
bactéries à cultiver.
• En pratique, sont utilisés plusieurs milieux solides (gélosés) avec une technique particulière
d'ensemencement (isolement orthogonal ou en cadran) permettant l'isolement de clones
bactériens sous la forme de colonies .
• Pus, liquides de ponction : milieux enrichis au sang (frais, cuit=chocolat), milieu sélectif
• Expectoration : milieux enrichis au sang (frais, cuit), milieu sélectif (Chapman; Drigalski ou
sur demande: Lowenstein-Jensen)
• Urines : milieu sélectif (Drigalski), Chromogène (Uriselect)
• Selles (coproculture): milieux sélectifs (Drigalski et SS pour Salmonella et Shigella,
5. Identification - Antibiogramme :
L'identification et l'antibiogramme de la majorité des bactéries habituelles est alors précisé dans un
délai de 18-24h.
5. Identification : Recherche des caractère biochimique
• A l'aide de tests d'orientation rapide : catalase, oxydase, coagulase...

5.1. Identification
Par ensemencement d'une galerie biochimique adaptée :
Identification par un ensemble de réactions du métabolisme intermédiaire avec la galerie

commerciale
6. Autres méthodes:
Autres moyens diagnostiques (produits bactériens) :
• Recherche d'antigène soluble :
• LCR lors des méningites bactériennes
• Pneumopathie à Legionella pneumophila de sérogroupe L1.
• Méthodes moléculaires :
• Mise en évidence de la bactérie suite a une amplification et révélation de d’une

partie de son génome

DIAGNOSTIC INDIRECT
1. Principe :
• Il se base sur la réaction antigène-Anticorps. La production d’anticorps ne se développe qu'à

partir d'un délai (8 à 10 jours après le début des signes).
• Par ailleurs la spécificité est relative (réactions croisées).
• La sensibilité varie selon le type de technique utilisée:
• Agglutination
• ELISA.
• il conviendra de demander deux examens sérologiques à deux semaines d'intervalle. Dans

d'autres diagnostics, pourront être individualisés les anticorps anti-M et anti-G.
2. Techniques :
• Les anticorps sont recherchés, le plus souvent, dans le sang circulant après prise de sang, de
l'ordre de 5 à 10 ml sur tube sec sans anti-coagulant.
• Il existe diverses techniques pour déceler la présence d'anticorps.
2.1. Réaction d'agglutination
• Sérodiagnostic de Widal-Felix
• Groupage sanguin
Agglutination floconneuse
2.2. Méthodes immuno-enzymatique ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay)
• Le principe consiste à fixer un anticorps spécifique sur l'antigène d'intérêt puis à révéler la
présence de cet anticorps, soit avec un second anticorps anti-anticorps sur lequel est fixée
une enzyme (ex. peroxydase).
• Il existe plusieurs variantes
- ELISA indirect
- ELISA Compétition

- ELISA sandwich
ELISA Compétition

2.3 : Recherche d'anticorps par immunofluorescence
• Contrairement a l’ELISA, ici l’enzyme est remplacé par un élément fluorescent ,
2.4 : Autres
- Réaction de fixation du complément
- Réaction d’hemagglutination
- Western blot
- Quelques exemples de sérodiagnostic:
- Chlamydioses : IFI, Fixation du complément

- Legionellose : IFI, ELISA
- Lyme (maladie) : IFI, ELISA, Western-blot
- Mycoplasmes : Fixation du complément, ELISA
Quelques exemples de sérodiagnostic:
- Salmonelloses : anti-typhoparathyphoïdiques (Widal-Félix)
- Infections profondes à Staphylocoques : anti-staphylolysines alpha
- Infections à Streptocoques du groupe A : anti-streptolysines, anti-strepdornases,

anti-streptokinases
- Syphilis : TPHA, FTA, , ELISA
CONCLUSION
• Modifications profondes sur la stratégie diagnostique des infections bactériennes au profit

du diagnostic direct avec un raccourcissement considérable des réponses à destination des
cliniciens grâce aux automates.
• Un autre aspect encourageant des progrès accomplis est sans conteste, l'approche
moléculaire avec l'amplification génique (PCR)  Combler les limites de la méthode
conventionnelle .
• Enfin, on notera une régression des méthodes de diagnostics indirects ou de la place du

sérodiagnostic dans la démarche diagnostique en raison:
• de la mauvaise préciosité liée au décalage de la réponse de l'organisme à l'infection,
• de la faible spécificité de la réponse
• du caractère transitoire de cette réponse immunologique de l'organisme à l'infection
• Mais garde toute sa place dans les infections chronique comme les infections a VIH et VHB
REFERENCES
http://www.microbes-edu.org/etudiant/etudiants.html

COPROCULTURE
Dr SK Koffi
Introduction
 Diarrhée = Emission d’au moins 3 selles molles ou liquides ou à une fréquence anormale pour
l’individus
 Affection très fréquente, potentiel épidémique
 Touche tous les continents
 Plus fréquentes en Afrique en raison de l’hygiène précaire
 Etiologie bactérienne mise en évidence par Coproculture
 Intérêt diagnostic, thérapeutique et épidémiologique
 Etiologies bactérienne dominée par : Salmonella, Vibrio cholerae et Shigella
 Diarrhée peut être aiguë ou chronique, fébrile ou non
 Selles peuvent être liquides ou molles (non moulées), glaireuses et/ou sanglantes
 Toutes les diarrhées ne sont pas infectieuses!
 Toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas bactériennes!
 Parasites, virus et levures y jouent un rôle important
Objectifs
Définir la coproculture
Citer les principales indications de la coproculture
Décrire les étapes de la réalisation de la coproculture
Citer les principales bactéries responsables de diarrhées
Contextes
 plusieurs contextes épidémiocliniques
Renseignements cliniques indispensables !!!!!!
 Adulte ou enfant de plus de deux ans et contexte par défaut
 coproculture standard: recherche de Salmonella spp, de Shigella spp et de

Campylobacter spp (Yersinia enterocolitica si le sujet est diarrhéique)
 Enfant de moins de deux ans
 coproculture standard + recherche supplémentaire E. coli entéropathogènes
 étiologie virale prédomine dans cette tranche d’âge.

 Contextes épidémio-cliniques particuliers :
1. notion de voyage récent en «pays tropical»
2. malade sous traitement antibiotique
3. toxi-infection alimentaire collective (TIAC)
4. patients infectés par le VIH (SIDA notamment)
5. syndrome hémolytique et urémique (SHU)
6. intoxination alimentaire
7. syndrome cholériforme
8. détection de colonisation par des bactéries multirésistantes (BMR)
9. détection de portage chez le personnel de restauration
EPEC: E coli entéropathogène
ETEC: E coli entérotoxinogène

EHEC: E coli entérohémorragique
EIEC: E coli entéroinvasif
Objectifs de la coproculture
 Coproculture = isoler au sein d'une flore complexe un nombre limité de bactéries pathogènes
 La flore colique de l'adulte est dense et très diversifiée (109 à 1010 bactéries/g soit plus de
400 espèces)
- Une majorité d’anaérobie stricte

- Entérobactéries représentent 5 à 10%
- E. coli prédomine
- Entérocoques, streptocoques, staphylocoques, lactobacilles et levures sont
aussi présents mais en moins grande quantité
 La coproculture se pratique sur :

 selles liquides, molles, glaireuses ou hémorragiques
 selles solides sur indications très précises
 Recherche de toxines dans les selles (C. difficile, C.perfringens)
 A l’hôpital: recherche de bactérie d'infection nosocomiale (P. aeruginosa, Entérocoque

vancoR ou Entérobactérie BLSE)
 Epidémie: recherche de portage
- dans l'entourage d'un patient

- parmi le personnel soignant
 Chez les cuisiniers:
- le dépistage de bactéries entéropathogènes (S. aureus, Salmonella)
Principaux micro-organismes
 Recherche systématique :
 Salmonella spp :
- Fièvre typhoide, paratyphoïde

- Gastro-entérite
 Shigella spp :
- dysentérie bacillaire
 Campylobacter spp :
- Gastroentérite
 Yersinia enterocolitica :
- Gastroentérite
 Enfant de moins de 2 ans
o E. coli entéropathogènes (EPEC)
o Etiologie principale: virus (Rotavirus , Adenovirus)
 Nouveau né (méconium):
o se limite à la recherche de bactéries responsables

d’infections néonatales :
 Listeria monocytogenes,
 E. coli K1
 Streptococcus agalactiae
 Tableaux cliniques particuliers:
o diarrhée de type toxinique avec absence de polynucléaires:

 Aeromonas hydrophila et Pleisiomonas shigelloides,
responsables de diarrhées sérosanglantes
o des diarrhées hémorragiques avec risque de SHU:
 Escherichia coli 0157 et les autres E. coli producteurs

de vérotoxine
o Vibrio cholerae :
 Choléra
 diarrhées secondaires à un traitement antibiotique : dysmicrobisme
o Clostridium difficile
o Staphylococcus aureus,
o Klebsiella oxytoca,
o Pseudomonas aeruginosa,
o Clostridium perfringens producteur d’entérotoxine.
 Recherche bactéries multi-résistantes
o Malades des services à risques (réanimation ou

oncohématologie):
 Entérocoque vancoR
 SARM,
 Entérobactéries productrices de BLSE.
o Se fait dans un but épidémiologiques
 Les toxi-infections alimentaires (TIAC)

 Incubation courte (1 à 4 h) non fébriles :
o S. aureus, B. cereus ;
 incubation longue (12 à 76 h)
o Salmonella spp, Y. enterolitica,
o C. perfringens et C. botulinum.
 La recherche de bactéries ou toxines peut se faire dans les selles, les aliments, les
vomissements ou l’aspiration gastrique, parfois le sérum du malade
Prélèvement et transport
 Recueil selles dès émission dans récipient stérile
 aliquote du volume d’une noix au minimum
 échantillon muco-purulent ou sanglant est choisi lorsqu’il en existe
 Ecouvillonnage rectal

 nourrisson et petit enfant
 Biopsies de muqueuses rectales ou coliques
 Prélèvement immédiatement acheminé laboratoire
 Ou conservé au maximum une nuit à + 4°C
 Au delà de ce délai on utilise un milieu de transport (glycérine tamponnée).
Examen cytobactériologique
 Examen macroscopique:
Liquides,
Molles,
Glaireuses,
Sanglantes,
Glairo-sanglantes
Muco-purulentes
Eau de riz
 Examen microscopique:
- Etat frais : Recherche leucocytes, hématies, mobilité polaire

- Coloration de Gram: Flore prédominante, morphologie des bactéries,
bactéries incurvées, oriente les cultures
- Présence de leucocytes = diarrhée à germes invasifs
(Salmonella spp, Shigella spp, Campylobacter spp, E. coli)
- Absence de leucocytes = diarrhée à germes entérotoxigéniques
(V. cholerae, Aeromonas spp, C. difficile, E. coli)
 Flore digestive:
- Prédominance BG(-) chez l’adulte

- Prédominance CG(+) chez le nourrisson
Culture
 En fonction du contexte épidémio-clinique

 Adulte ou enfant de plus de deux ans et contexte par défaut:
 Salmonella et de Shigella (gélose SS, XLD, DCL, ou Hektoen),
 Enrichissement pour Salmonella (Mueller-Kauffmann)
 En fonction du contexte épidémio-clinique
 Enfant :
 Campylobacter spp : milieu Karmali, de Skirrow ou de Buztler). Incubés 48 heures

minimum en micro-aérophilie.
 Enfants avec selles diarrhéiques ou adulte avec polyarthrite réactionnelle:
 Yersinia enterolitica: enrichissement (milieu de Rappaport), incubées 24 h à 48 h à +

4°C et repiquées milieu de Wauters (Gélose SS enrichie en désoxycholate), milieu à
l'Irgasan-cefsulodine et novobiocine (CIN) incubé pendant 48 h à 30°C.
 Enfant de moins de deux ans
 E. coli (EPEC) milieu type EMB ou Drigalski
 contextes épidémio-cliniques particuliers:
 Notion de voyage récent en «pays tropical » et syndrome cholériforme:
 V. cholerae : recherche directe + enrichissement (eau peptonée alcaline) GNA, TCBS
Aeromonas spp sur milieu gélosé au sang ampicilline

 Malade sous traitement antibiotique
Clostridium difficile (recherche toxine dans les selles)

 Syndrome hémolytique et urémique (SHU)
 E. coli O157 : gélose Mac Conkey au sorbitol ; colonies sorbitol (-)
 Intoxination alimentaire
 Recherche toxine dans le sérum du malade et les aliments suspects.
 Détection de la colonisation par bactéries multirésistantes
 Entérocoques vancoR gélose bile esculine + vancomycine.
 Entérobactéries productrices de BLSE: Drigalski + céfotaxime (ou à partir de milieu

sélectif).

 Détection de portage chez le personnel de restauration
 Salmonella spp et S. aureus méthodes classiques
Identification et antibiogramme
 Identification sur ensemble de caractères
 caractères morphologiques
 caractères culturaux
 caractères biochimiques
 Antibiogramme
 Orienté par la nature des bactéries
 impératif pour Salmonella, Shigella, E. coli et pour V. cholerae en milieu endémique

ECBU: Examen cytobactériologique des urines
Dr MEITE SYNDOU
INTRODUCTION
• L’infection du tractus urinaire (ITU) est une des infections les plus fréquentes.
• ECBU soit une des analyses microbiologiques les plus demandées.
• Son apparente simplicité d’exécution ne doit pas faire oublier qu’il convient de respecter en
toute circonstance une méthodologie rigoureuse
OBJECTIF GENERAL DU COURS
Réaliser correctement un examen cytobactérioloque des urines
OBJECTIS SPECIFIQUES
1. Citer les indications (contextes) d’un ECBU
2. Réaliser un recueil correcte des urines pour un ECBU selon les circonstances
3. Connaitre les conditions de transport et de conservation des urines dans le cadre d’un ECBU
4. Savoir réaliser les différentes étapes de l’ECBU
CONTEXTES
• Les principales circonstances amenant le clinicien à demander un ECBU sont :
• Signes cliniques évocateurs :
o Dysurie, pollakiurie : infection basse
o Douleurs lombaires, fièvre : infection haute
• Signes moins évocateurs :
Fièvre chez femme enceinte, immunodéprimé, diabétique, enfant, personne âgée.
• Complications :
- Une cystite peut évoluer vers une pyélonéphrite avec passage de bactéries dans le sang et entrainer
un état septicémique
LE RECUEIL DES URINES

• Certaines circonstances influençant le recueil et/ou les instructions techniques et/ou
l'interprétation des résultats microbiologiques doivent être connues du biologiste.
• Le recueil doit se faire dans des conditions d’hygiène rigoureuses afin d’éviter la
contamination du produit biologique

Chez l’adulte ou le grand enfant non sondé
• Après lavage hygiénique des mains et toilette soigneuse au savon ou antiseptique doux de la
région vulvaire chez la femme et du méat chez l'homme suivi d'un rinçage :
• Eliminer le 1er jet (20 ml) d'urines pour ne recueillir dans un flacon stérile que les 20 ml
suivants au minimum en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du récipient.
• Fermer hermétiquement le flacon, l'identifier très précisément et le porter immédiatement

au laboratoire avec sa prescription et l’heure de prélèvement. En cas d’empêchement le
placer pour quelques heures à + 4°C au plus 24h
Patient avec sonde à demeure
• Plutôt que de découpler sonde, il est préférable après clampage en aval, de ponctionner avec
une seringue directement au niveau de la sonde en amont de la zone clamper
préalablement désinfectée puis de transvaser dans un flacon stérile
• Il ne faut jamais prélever au niveau de la poche.
Nourrisson
• Chez le petit enfant on doit utiliser un collecteur stérile spécifique. Ce dispositif à usage
unique adapté à l'anatomie se pose après désinfection soigneuse et ne peut être laissé en
place plus d'une heure. Passé ce délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et
remplacé par un collecteur neuf. Dès la miction terminée le collecteur est enlevé et les urines
sont transvasées soigneusement dans un flacon stérile puis acheminées rapidement vers le
laboratoire.
CONDITION DE TRANSPORT ET DE CONSERVATION
• Transport : < 2 h à température ambiante
• Conservation: 4°C au moins de 24h
• Commentaire: La qualité du prélèvement est essentielle ; le recueil et le transport doivent

être effectués selon des règles précises pour éviter la contamination et la multiplication
bactérienne
CONDUITE DE L’EXAMEN
• Aspect Macroscopique : limpide ou trouble, couleur (hématique ?), présence de sédiment ?
• Test de screening : utilisation de bandelette réactive chimique ( facultatif)
Dès l’émission des urines
Détection de la présence de leucocyte .
Détection de nitrites (présence d’une entérobactérie)
Bien respecter les temps de lecture (amélioration par lecture automatique par des petits automates
qui en plus assurent un enregistrement papier).
Bonne valeur prédictive négative (98%) si polynucléaires - et nitrites -

Cytologie: Examen à l’état frais
• Leucocytes : présence de plus de 104/ml de leucocytes ou plus de 10/mm3 (attention à

l’expression du résultat). Noter l’éventuelle altération des cellules.
• Autres cellules : toujours regarder la présence ou l’absence de
- cellules rénales
- cylindres (hyalins, hématiques, leucocytaires, granuleux)
- cellules épithéliales (ex cellules vaginales)
- cristaux : urate, phosphate ammoniacomagnésien, oxalate de calcium,...
• Bactériologie: Après réalisation d’un frottis colorés par la coloration de Gram
- Il est réalisé sur le culot urinaire après centrifugation
- Caractère morphologique de la bactérie en cause
• Mise en culture
- Sur des milieux normaux usuels ou chromogènes (ont l’avantage de faire une identification directe
des bactéries le plus souvent impliquées dans les infections urinaires).
- Ensemencer une quantité fixe pour dénombrer les bactéries (UFC /ml).
- Incuber 24 heures.
• Identifier la ou les (les infections urinaires à 2 germes sont rares mais existent) bactéries
isolées.
• Faire un antibiogramme en testant des antibiotiques qui ont une bonne élimination
urinaire.

INTERPRATATION
SEUIL DE SIGNIFICATIVITE
LEUCOCYTURIE ≥ 10/ mm3 ou 10000/ml
HEMATURIE ≥10/ mm3 ou 10000/ml
BACTERIURIE ≥ 105 UFC/ml
≥ 103 UFC/ml ( cystite aigue à E coli ou S saprophyticus)
≥ 104 UFC/ml ( pyélonéphrite, Prostatite ou infection nosocomiale
ETIOLOGIES DES IU
Infections communautaires Infections nosocomiales Infections à germes spécifiques
Escherichia coli (80%) Pseudomonas aeruginosa Mycobactérie ( M tuberculosis)
Proteus mirabilis Enterobacteriaceae
Klebsiella Enterococcus faecalis
S saprophyticus Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus Acinetobacter spp
Enterococcus faecalis Levures
CONCLUSION
• L'ECBU est un examen bien codifié dont les deux temps critiques sont :
- Le prélèvement trop souvent "victime" de son apparente simplicité,
- L'interprétation microbiologique qui doit s'appuyer sur des arguments décisionnels
irréprochables.
• Cette analyse peut bénéficier d'une méthode de criblage rapide consistant à rechercher "au
lit du malade" une leucocyturie (leucocyteestérase).
• Correctement effectué, le dépistage par bandelettes a un bon pouvoir prédictif négatif.

DIAGNOSTIC D'UNE INFECTION MATERNO-FŒTALE (IMF)
Pr MBENGUE Gbonon Valérie
Objectifs
Objectif général
 Savoir réaliser le diagnostic d’une infection materno-foetale d’origine bactérienne
Objectifs spécifiques
Connaître les prélèvements à effectuer en cas de suspicion d’infection materno-foetale bactérienne
Savoir réaliser le dépistage du SGB chez le couple mère-enfant
PLAN
 Contexte
 Épidémiologie
 Prélèvements
 Méthodes diagnostiques
CONTEXTE
• Contexte
• Épidémiologie
• Prélèvements
• Méthodes diagnostiques
CONTEXTE
• Les IMF sont un problème de santé publique partout dans le monde
• posent un véritable problème de diagnostic et de conduite thérapeutique
• Différents virus, bactéries et parasites peuvent être responsables d’infections aiguës ou

chroniques chez la femme enceinte et être transmis au nouveau-né in utéro, par voie péri ou
post natale
• Infections bactériennes transmises in utero: Listeria monocytogenes
• En période périnatale: Streptococcus agalactiae, Escherichia coli et autres bactéries

commensales du vagin
• Dans ce cours, nous allons nous interesser à S. agalactiae ou streptocoque du groupe B (SGB)

Transmission
Transmission in utero Transmission à l’accouchement
post-partum
Voie
Voie hématogène Si présent dans le Si présent dans les
Mécanisme ascendante Allaitement
transplacentaire sang maternel voies génitales
transcervicale
C. trachomatis+++
T. pallidum+++ L. monocyogenes+
Bactéries N.gonorrhoeae+++
L. monocyogenes S. agalactiae+++
S. agalactiae+
Rubéole+++
CMV+++
Parvovirus B19+++
HIV+++
VZV+
HCV+++ HIV+ HIV++
Entérovirus+
CMV HBV+++ HBV+++ HBV++
Virus HIV + (1/3 des cas)
HSV +/- VZV+++ CMV+++ HTLV+++
HBV +/- (<5% des
Entérovirus+ HSV+++ CMV+
cas)
HSV+++
HSV +/- (<10% des
cas)
HCV +/-
Parasite T. gondii ++
Streptocoque du groupe B (SGB)

 Streptococcus agalactiae en 1896 (du grec agalactia, = absence de lait) par Lehmann et
Neumann.
 Incapacité de dégrader le lactose en galactose et donc provoquait des inflammations des

glandes mammaires dues à l’accumulation du lait fermenté.
 Avant l’utilisation de la pénicilline, il était à l’origine de 90% des mammites chez les bovidés
(Keefe, 1997).
 (Classification de Lancefield) (Lancefield, 1933)  S. agalactiae comme le streptocoque du

groupe B.
 Premier isolement du SGB dans un prélèvement vaginal (PV) post partum chez une patiente
asymptômatique (Lancefield et Hare, 1935).
 Pathogène animal d’importance mineure en médecine humaine
 Années 1970, Eickhoff en 1964 et Baker en 1973 décrivent cette bactérie comme l’un des
principaux agents responsables d’infections néonatales
 S. agalactiae demeure la première bactérie responsable d’infections néonatales (Schrag et

al., 2000) devant Escherichia coli.
 S. agalactiae a été reconnu comme un pathogène émergent chez les adultes de plus de 65
ans jacente (Farley et al., 1993 ; Schuchat, 1998).

Streptococcus du Groupe B Infections
 Cocci, Gram positif, beta-hemolytique
 Agent d’infection invasive chez les nouveau-nés+++, femme enceinte et autres adultes
 En 1970, emmergence SGB dans l’étiologie des septicémies et meningites chez les
nourrissons <3 mois aux USA
 SGB: 1ère cause d’infections néonatales  problème de santé publique
 Syndrôme précoce (septicémie) ou tardif (méningite)
 Incidence: 1 à 3 ‰ nces vivantes dans les pays industrialisés (ex: 3 à 8 ‰ en France) et

33‰ au Sénégal
 taux de mortalité INN: 1 à 4‰ nces vivantes en Europe et de 15,8‰ en Afrique (OMS,

2006)
 Données locales
 prévalence portage maternel: 19,3%
 Place infection chez nouveau-nés hospitalisés: 27,5%
 61,5% des méningites avec un taux de mortalité de 44,1%
Colonisation Maternelle SGB

 GBS est un commensal du tractus génital chez les femmes
 Difficulté de la détection clinique, de la colonisation
o Asymptomatique
o Dynamique
o Ne peut être détecté par l’histoire de la maladie ou l’examen physique
 La colonisation maternelle par le GBS est un facteur de risque important d’infection

précoce à SGB chez les nouveau-nés et nourrissons
 Portage vaginal maternel de SGB
 Variable selon la localisation géographique (10-15% en Europe, 20-30% Amérique, 22% en

Gambie) et dans le temps
 40-50% Colonisation du nouveau-né
 Transmission mère-enfant+++ par voie ascendante par contamination du liquide amniotique

 2-4% Infection du nouveau-né

Génotypes SGB
 Biodiverstié génotypique
 10 types capsulaires (Ia, Ib, II à IX) / PCR Classique
 Type III  Séquence type ST17: Clone de virulence / PCR temps réel
SGB Référentiel :
 CDC / ANAES
 Le dépistage anté natal de la colonisation par le SGB représente le fondement de ces

recommandations
Prévention SGB: Antibioprophylaxie Intra Partum(IAP)
 Recommandations internationales
 Approche basée sur le dépistage systématique
 35ème et la 37ème SA (PR+PV/CDC)
34 et la 38ème SA (PV/ANAES)
 Approche basée sur le risque
 Critères anamnestiques majeurs et mineurs (ANAES, 2003): Chorioamniotite, Fièvre, RPM
 Score infectieux
 Antibioprophylaxie per partum +++
Le Laboratoire joue un rôle critique dans le succès de ce dépistage universel
 Traitement correcte des échantillons au laboratoire est essentiel à la réussite du dépistage

universel
 La plus part des infections précoces à SGB maintenant surviennent chez les enfants de mères
dépistées négatives (Van Dyke 2009; NEJM; 360:2626-36)
o En rapport avec un dépistage faussement négatif

 Pour prévenir le maximum d’infection, il est important d’optimiser la collecte des
échantillons et les procedures de laboratoire
Référentiel 2010, Prevention SGB: Principales Méthodes de Laboratoire
 Enrichissement, étape critique
o TOUS les échantillons prénataux doivent être enrichis en bouillon de culture pendant
18-24 heures
o L’enrichissement augmente considérablement la sensibilité de la culture
 Importance de 48 h d’incubation des subcultures pour déclarer l’échantillon négatif
 Probabilté plus élevée des faux négatifs sans 48h d’incubation
Lignes directrices, 2010 Prevention SGB: Changement des méthodes de laboratoire
 Milieu pigmenté (chromogène) de détection de SGB
o Changement de couleur en présence d’une hémolyse béta de SGB
o Disponible en bouillon et en gélose (Granada,
o Test d’amplification de l’acide nucléique (NAAT/PCR
 Sensibilité adéquate avec une étape d’enrichissement en bouillon;

suboptimale sans enrichissement
o Option de dépistage prénatal, avec enrichissement
o Option de test intra-partum si SGB inconnu en l’absence de fateurs de risque

 Révision des seuils pour le reporting de la bactériurie à SGB (>104
cfu/mL)
Collecte d’échantillon en prenatal

 Le feed-back du Lab aux cliniciens peut aider à optimiser la collecte d’échantillons
 Ecouvillonnage vaginal-rectal
o Ecouvillonnage du tiers inférieur du vagin
o Insérer dans le sphincter anal
o Un ou deux écouvillonnages sont réalisés
o NE PAS prélever à l’aide d’un spéculum
o Self collection an option
 Période: 35 à 37 semaines d’aménorrhée
Transport des échantillons

 Inoculation de milieu de transport non nutritif
o Milieu approprié vendu dans le commerce
 (Amies ou Stuarts)
o Les échantilons en milieu de transport peuvent rester viable jusqu’à 4 jours
 Meilleur sensibilité lorsque les prélèvements sont traités dans les 24h et
conservés au réfrigérateur
Enrichissement
 Retirer les écouvillons du milieu de transport

 Inoculer un bouillon d’enrichissement
o Bouillon non-pigmenté
 Bouillon de Lim, Bouillon TransVag
 Bouillon TransVag doit être supplémenté de 5% de sang de mouton défibriné
 ou
o Bouillon pigmenté
 Bouillon StrepB carrot, Bouillon Granada biphasique
 Incuber le bouillon inoculaté pdt 18-24 h à 35-37C en atm normal ou 5% CO2
Streptococcus agalactiae (Streptocoque du groupe B)
Intérêt de l’enrichissement?
 Enrichissement en bouillon de culture approprié pendant 18-24 heures
  Etape critique pour la restauration des cultures de SGB
 ~50% des femmes ont des résultats faussement négatifs si échantillon pas incubé 18-24h en
bouillon d’enrichissement
 Ensemencement direct: en plus de l’étape d’enrichissement en bouillon
 Si l’ensemencement direct est négatif pour le SGB  Bouillon d’enrichissement sélectif
Tests—Bouillon non pigmenté
 Attention: Pour les échantillons prénataux, résultats précis plus important que résultats
rapides
 Options pour d’autres tests après incubation:
o Test direct à partir du bouillon– sonde ADN, agglutination latex ou NAAT test

o Subculture en gélose (e.g., Gélose au sang de mouton, CNA, Milieu chromogénique
vendu dans le commerce) et incubation pdt 18-24 heures
 * Si subculture negative, et SGB non identifié après 18- 24 on BAP?, re-incuber et

inspecter après 48 h;
 si toujours négatif, reporter SGB négatif
Test — Bouillon pigmenté
 Selon les intructions du fabricant: Inoculation, incubation, lecture
 Si changement de couleur, reporter SGB positif
 Si PAS de changement de couleur:
o Détection uniquement des souches beta hémolytique
o Identification des SGB non hémolytiques
 Subculture en bouillon et inoculation de gélose appropriée, incubation 18-

24h, et identification colonisations suspectes
Bouillon pigmenté— Résultat positif
Milieu Granada Biphasique (BioMerieux)
Tests d’identification de SGB à partir des subcultures
 Observation de l’hémolyse sur la gélose de subculture
o Beta-hémolyse sur la gélose au sang
 mais colonies non-hémolytique possible
 Tests complémentaires sur colonies suspectes
o Coloration de Gram: cocci à Gram positif
o Catalase negative
o Identification Présomptive : CAMP positive (et hippurate positive)
o Confirmation : agglutination latex ou d’autres tests de détection antigénique (Ex:

GBS Accuprobe)
Tests d’identification à partir du bouillon d’enrichissement
 Test direct d’identification de SGB à partir du bouillon après incubation en bouillon

d’enrichissement

 Les méthodes suivantes sont utilisées pour la détection directe à partir du bouillon
d’enrichissement:
o Sonde ADN
o Test d’agglutination Latex
o Test d’Amplification de l’Acide Nucléique (NAAT)
Test Intrapartum
 Certains centres peuvent réaliser la détection intra-partum SGB par PCR
 Etape d’enrichissemnt non réalisée à cause du délai des résultats
 Diminution de la sensibilité de ces tests sans l’étape du pré enrichissement en bouillon
 PCR directement à partir de l’écouvillon en intra-partum (sans enrichissement) pour les

femmes ne connaissant pas leur statut SGB, sans facteurs de risque:
o Résultat Positif : antibio-prophylaxie intrapartum
o Resultat Négatif : pas d’antibio-prophylaxie intrapartum, en l’absence de facteurs de

risque
Résumé: Lignes directrices pour les laboratoires
 Transport des prélèvements
 Identification de SGB à partir d’échantillons prénataux: inclusion de milieux

chromogène et identification directe du bouillon enrichi (y compris utilisation de
NAAT après bouillon d’enrichissement)
 Ensemencement direct peut être réalisé en plus de l’enrichissement (mais pas à la

place)
 Laboratoires doivent reporter la présence de SGB dans les urines si ≥104 cfu/mL
 Utilisation de test NAAT en intrapartum lorsque le statut SGB est inconnu et en

absence de facteurs de risque

HEMOCULTURE
Dr Britoh-Mlan Alice
alicebritoh@yahoo.fr
OBJECTIFS DU COURS
A l’issu de ce cours, l’étudiant devrait pouvoir:
1. Énumérer les différentes étapes de la réalisation d’une hémoculture

2. Citer deux milieux de culture utilisés pour la subculture d’un flacon d’hémoculture positif
3. Citer trois bactéries spécifiques responsables de septicémie
4. Interpréter une analyse d’hémoculture
Introduction
 Le sang est un liquide biologique normalement stérile et la mise en évidence de germes dans
le sang est donc à priori anormale.
 On appelle bactériémie, la présence de bactéries dans le sang.
 Elle est diagnostiquée par une hémoculture, c’est à dire la mise en culture du sang circulant.
 Hémoculture = examen essentiel en pathologie infectieuse.
 Le sang est un milieu physiologiquement stérile
 Il est également un mauvais milieu culture pour bactéries
 Et même en cas septicémie sévère:
o il y a très peu de bactéries dans le sang.
o Et elles ne peuvent être vues directement à l’examen microscopique (Au
microscope)
Impossibilité de recourir d’emblée à la mise en culture du sang
 Délai de réponse différé (5 à 7 jrs)
Démarche diagnostique
Prélèvement
Il doit être réalisé :
◦ Tôt dans l’évolution de la maladie

◦ Avant tout traitement antibiotique
◦ En fonction de la courbe thermique (au moment des pics fébriles)
◦ Répéter les hémocultures 4 à 6 réparties sur les 48h
◦ les dernières recommandations prélèvement unique avec une quantité de sang plus
importante pouvant aller jusqu’à 40 ml de sang chez l’adulte
Conditions de prélèvement
• Porte de chambre fermée
• Port d’un masque chirurgical
• Lavage/désinfection des mains du préleveur
• Port de gants non stériles
• Désinfection de l’opercule des flacons et du point de ponction avec un produit approprié
• Ne plus palper la veine après cette étape
• Prélever le sang en contrôlant le bon remplissage des flacons
• Identifier correctement l’ensemble des flacons
• Recommandé d’utiliser des antiseptiques alcooliques
Composition du flacon pour hémoculture
 milieu liquide riche qui contient :
 Trypticase-soja, bouillon cœur-cervelle,
 Facteurs de croissance.
 Anticoagulant : polyéthanol sulfonate de Na (SPS) qui en outre
 Inhibe l’activité bactéricide du sérum, la phagocytose

cellulaire,

 Inhibe l’activité de certains antibiotiques
 Produits adsorbants : neutralisant antibiotiques.
 Mode de prélèvement
 La ponction veineuse est la seule méthode valable pour prélever le sang en vue
d’une culture
 Quantité de sang prélevée
 Adulte : 20 ml
 Enfant : A adapter en fonction du poids de l’enfant
Quantité de sang à prélever chez l’enfant
Poids de l’enfant en Kilogramme Volume de sang (ml)
≤1 0,5 à 2
1,1-2 1,5 à 4,5
2,1-12,7 3à6
12,8-36,3 5
≥ 36,3 10
Transport
 Acheminer le plus tôt au laboratoire à température ambiante
 Si l’acheminement au laboratoire est différé ne jamais le mettre au réfrigérateur mais le

conserver à température ambiante.
Réception
Vérifier la conformité :
o Concordance identité du flacon/ bulletin d’analyse ( Nom, Numéro, Date et heure de

prélèvement)
o Renseigner le registre du laboratoire
Incubation
Détection visuelle de la croissance Détection automatique de la croissance
Incubation à 37dégré pendant 7 jours Incubation à 37dégré pendant 5 jours
Lecture visuelle Lecture automatique
2 fois par jour pendant les premières 48h puis une Toutes les 10 minutes
fois par jour les 5 jours suivants

DÉTECTION CROISSANCE BACTÉRIENNE
Traitement des flacons positifs

Tout flacon détecté positif doit faire l’objet en urgence de :
◦ un examen microscopique ;
◦ une subculture ;
◦ Une identification ;
◦ un antibiogramme (pas toujours systématique).
Examen Microscopique
A-Etat frais (entre lame lamelle)
• Présence de germes
• Type de mobilité (Immobiles, mobilité polaire ou péritriche etc..)
B-Frottis coloré par la technique de Gram
• la morphologie des bactéries (Cocci, Bacilles),
• le caractère tinctorial (Gram positif ou négatif),
• le mode regroupement (isolé, amas, en diplocoque, chainette).
Communication résultat partiel
Dès que le bouillon d’hémoculture est trouble le résultat de l’examen microscopique doit être
communiquer au médecin soit oralement (téléphone) soit par écrit (fiche de résultat partiel) après
validation avec le biologiste .
Culture (Subculture)

Milieux de culture
choix orienté par les résultats de la coloration de Gram
• Gélose au sang cuit + complexe polyvitaminique
• Gélose SS ou Hektoen
• Gélose au sang frais
• Gélose Chapman
Atmosphère et température d’incubation
• Enrichie en 5% de CO2 géloses au sang,
• Température 37°C
a- Noter l’aspect des colonies
b- Réaliser une coloration de Gram de contrôle
c- Réaliser les tests biochimiques rapides (catalase, oxydase)
d- Identification de la bactérie (caractères morphologiques, culturaux, biochimiques et

antigéniques)
e- Antibiogramme
Communication du résultat
Le pronostic vital pouvant être engagé, les résultats de l’examen microscopique, comme les résultats
de l’identification et de l’antibiogramme doivent être communiqués en urgence au clinicien en
charge du malade
Interprétation
 L’identification des micro-organismes isolés par hémoculture permet de préjuger de leur

signification clinique.
 Ainsi :
◦ S aureus coli, les Entérobactéries, P aeruginosa sont considérés comme pathogènes

dans plus de 90% des cas.
◦ L’incrimination des Streptocoques α-hémolytiques et Staphylococcus à Coagulase

Négative est par contre est plus difficile.
Situations en faveur d’une étiologie bactérienne
◦ Plusieurs hémocultures positives avec un même germe
◦ Plusieurs hémocultures positives avec germes différents sur terrains particuliers
◦ La première hémoculture avec la présence de bactérie pathogène spécifique : S.

aureus, S. pneumoniae, Entérobactéries, P. aeruginosa, Haemophilus spp, N.
meningitidis, Listeria, Campylobacter spp,

Contamination probable
◦ Si une seule hémoculture bactérie flore cutanéo-muqueuse (SCN)
Exemples d’interprétation des résultats d’hémocultures avec prélèvements multiples
Signification de positivité d’un ou plusieurs flacons
Nature du µ- Nb de flacons Nb total Renseignements cliniques Conduite à tenir

organisme isolé ou positifs d’hémocultures
identifié réalisées
SCN 1 ou 2 d’une ≥2 Pas d’orientation clinique Contamination

même paire probable
P. acnes,
Service d’oncohématologie, Identification + ATB
Streptococcus α- réa, cathéter central, avec la mention « à
hémolytique infection associée aux soins interpréter en fonction
Bacillus sp de la clinique et du
prélèvement
1 Quel que soit le contexte Identification + ATB

avec la mention « à
interpréter en fonction
de la clinique et du
prélèvement
2 ou 3 de deux ≥2 Quel que soit le contexte Identification + ATB

paires sans restriction
différentes
S. aureus ≥1 Quel que soit le Quel que soit le contexte Identification + ATB
S.pneumoniae nombre total sans restriction
Strepto β-
hémolytique
Enterococcus spp
Entérobactéries
P. aeruginosa
N.meningitidis
Haemophilus spp
HACCEK
Brucella spp
Pasteurella spp
Campylobacter spp

Exemples d’interprétation des résultats d’hémocultures avec prélèvement unique
Nature du µ- Nb de Nb total Renseignements Conduite à tenir

organisme isolé ou flacons d’hémocultures cliniques
identifié positifs réalisées
SCN ≥3 4à6 Quel que soit le Réaliser sans restriction

P. acnes, contexte identification sur plusieurs
Streptococcus α- flacons et antibiogramme sur un
hémolytique flacon ( sur deux flacons en cas
Bacillus sp de SCN)
S. aureus ≥1 8 Quel que soit le Identification + ATB sans

S.pneumoniae contexte restriction
Strepto β-
hémolytique
Enterococcus spp
Entérobactéries
P. aeruginosa
N.meningitidis
Haemophilus spp
HACCEK
Brucella spp
Pasteurella spp
Campylobacter spp
Nature du µ- Nb de Nb total Renseignements cliniques Conduite à tenir

organisme isolé ou flacons d’hémocultures
identifié positifs réalisées
SCN 1 4à6 Pas d’orientation clinique Contamination probable
P. acnes, Service d’oncohématologie, Réaliser identification avec

réa, cathéter central, mention : « Valeur prédictive
Streptococcus α- infection associée aux soins positive faible ATB à la
hémolytique demande
Bacillus sp A interpréter en fonction de la
clinique et de l’asepsie du
prélèvement
2 Quel que soit le contexte Réaliser identification + ATB

avec mention : « Une seule
hémoculture réalisée : valeur
prédictive positive faible .A
interpréter en fonction de la
clinique et de l’asepsie du
prélèvement
2 -3 4à6 Quel que soit le contexte Réaliser identification sur les

flacons + antibiogramme sur
un flacon ( sur deux flacons en
cas de SCN)
.A interpréter en fonction de
la clinique et de l’asepsie du
prélèvement

Cas de culture négative
Tout flacon négatif doit analysé après le délai d’incubation (5 ou 7jours selon la technique)
• Noter l’aspect macroscopique
• Réaliser un examen microscopique
• Réaliser la mise en culture : ensemencer systématiquement une gélose au sang cuit
+ complexe polyvitaminique
• Incuber à 37°C en atmosphère enrichi en 5% de CO2 pendant 24h.
• Absence de culture = résultat négatif.
Cas particuliers
 Hémoculture polymicrobienne ( Espèces bactériennes

◦ 10% des hémocultures pédiatriques
◦ 30% des hémoculture chez immunodéprimés
◦ Interprétation: toutes les espèces ont le même potentiel infectieux
 Faux positifs
◦ Grande quantité de leucocytes
◦ Flacons trop remplis
 Faux négatifs
Long délai avant l’incubation
Conclusion
 Examen capital dans diagnostic états septicémiques
 Réalisation délicate
 Importance des précautions au moment du
◦ Prélèvement ;
◦ Choix des milieux ;
◦ Interprétation.
Références
 https://microbiologiemedicale.fr/epidemiologie-pathogenes-bacteriemie/
 Remic : référentiel en microbiologie médicale 5.1
 Manuel de procédures IPCI

EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE DU LIQUIDE CÉPHALO-RACHIDIEN
ASSISTANTE CHEF DE BIOCLINIQUE
Introduction
 La méningite = inflammation des méninges et du liquide céphalorachidien (LCR), causée par

une multitude d’agents infectieux, surtout des virus et des bactéries.
 On estime à plus de 1,2 million le nombre de cas de méningite bactérienne dans le monde
chaque année
 Sans traitement, le taux de mortalité peut atteindre 70% et aller de 4 à 8 %, même avec
traitement approprié.
 un survivant sur cinq de méningite bactérienne peut avoir des séquelles permanentes
◦ Surdité, Cécité, Paralysie,
◦ Coma, Hydrocéphalie, Epilepsie,
◦ Déficience intellectuelle, Troubles du comportement ou d’apprentissage.
 Maladie grave, constitue une urgence médicale et biologique.
 Le diagnostic et la prise en charge thérapeutique doivent être précoces d’où l’intérêt de

procéder sans délai à l’examen du LCR.
Objectifs
1- Décrire une réception correcte d’un LCR
2- Citer les différentes étapes de l’analyse du LCR
3-Décrire la recherche d’antigènes solubles
4-Interpréter un résultat de LCR
5-Identifier les éléments clés d’un résultat d’examen cytobactériologique du LCR à communiquer aux
cliniciens
Prélèvement
* La ponction lombaire est un acte médical, réalisé par un médecin.
* Recueillir 3 ml repartis dans au minimum 3 tubes stériles
* Fermer hermétiquement les tubes contenant le LCR

Transport
Réception
 Réceptionner le LCR dans le laboratoire
 Prélèvement correctement identifié + renseignements cliniques ( état immunitaire,

convulsion, contexte et recherche de microorganismes particuliers)
 Juger de la conformité du contenant: tubes stériles avec coton cardé brun ou tube sec
stérile avec bouchon rouge.
 Juger de la conformité du contenu
- au moins 1 ml de LCR par tube
 Renseigner le registre du laboratoire
+++++ sans oublier l’heure de réception
Etapes de la phase analytique
1- Examen macroscopique
2- Examens microscopiques
- examen cytologique (Etat frais)
- examen du frottis coloré au Giemsa

- examen du frottis coloré au Gram
3- Culture, identification et Antibiogramme
4-Autres
-Détection d’antigènes solubles
-Technique PCR (amplification génique)
Examen macroscopique
ASPECT
Examens microscopiques
Examen à l’état frais
But
Recherche de Bactéries ? Leucocytes ?
Hématies ? , Cellules ? )
Technique
 Homogénéiser le LCR par agitation douce du tube, puis remplir par capillarité la cellule de
Malassez , laissé sédimenté 5 mn
 Compter les éléments sur l'ensemble de la cellule à l'objectif 40X, établi ainsi le nombre
d'hématies et de leucocytes présents par mm3 mais possibilité de compter dans 05 bandes et
multiplier par 02 pour trouver le nombre par mm3.
Interprétation
 Normalement présence de Leucocytes < 10/mm3
 Si leucocytes >10/mm3  méningite

Coloration de Gram (Morphologie)
 Diplocoque Gram (-) en « grain de café »
 Neisseria meningitidis
 Diplocoque Gram (+)
 S. pneumoniae
 Coccobacille Gram (-), polymorphe
 Haemophilus influenzae
Coloration de Gram
 Rapide
 Simple
 Fiable
 Qualité dépend de
◦ L'inoculum bactérien
◦ Agent bactérien
◦ Traitement ATB précoce
◦ Compétence de l'examinateur
Cytologie qualitative coloration de May Grünwald Giemsa
 Prédominance polynucléaires neutrophiles  méningite purulente
 Prédominance lymphocytaire  méningite lymphocytaire

Culture et identification
 Milieux
◦ Gélose au sang frais à 5% de mouton
◦ Gélose au sang cuit (X) + Polyvitamines (V)
◦ Incubation dans en atmosphère enrichie en co2 une étuve à CO2 ou jarre avec
bougie
◦ Température 37°C
◦ Durée 2 à 5 jours
◦ Lecture quotidienne
Culture et identification
• Identification:
caractères morphologiques, culturaux, biochimiques et antigéniques
• Antibiogramme
Détection des antigènes solubles
 Consiste à rechercher les Ag bactériens dans le LCR
 Rapide, simple d’exécution
 Résultat non influencé par une antibiothérapie préalable
 Tests disponibles pour S. pneumoniae, S.agalactiae ,H. Influenzae sérotype b, N. meningiditis

A, B, C, Y, W135, E. coli K1
 Elle se fait sur le surnageant
 Un volume de 0,5ml est nécessaire
 Se référer aux recommandations du fabricant pour le mode opératoire (Exemple Pastorex®

meningitis)
Détection par technique PCR
 Recherche gènes spécifiques de certaines bactéries, virus.
 Technique utile si :
◦ Examen direct et/ou culture est Négatif (s),
◦ germes non cultivables ,
◦ méningite décapitée.
◦ PCR universelle:
Gène ARNr 16s
 PCR multiplex : S pneumoniae, Hib ,N meningitidis

 PCR spécifique : Entérovirus (coxsachies, échovirus), herpes, Listeria, Borrelia, leptospire,
CMV, Herpes, BK
Procédure d’analyse d’un LCR
Interprétation des Résultats
Caractères LCR Normal Méningite purulente Méningite lymphocytaire
Aspect Limpide Louche, trouble , purulent Clair, légèrement trouble
Cytologie 1 à 3 elt/mm3 1000 à 2000elt/mm3 100 à 300elt/mm3
Formule Inutile Prédominance polynucléaire Prédominance lymphocytaire
Glucose 0,5g/l Inférieur à 0,5g/l Normale
Protide 0,2 à 0,5g/l 1à 5g/l 1 à 2g/l
Agent infectieux Méningocoque Virus

Pneumocoque Mycobactéries
Strepto B Mycoplasmes
Haemophilus Rickettsies
Klebsiella Borrelia
E coli K1 Leptospires
Tréponème

Communication des résultats
 S’assurer qu’il n’existe pas de discordance (macroscopie/cytologie, Giemsa/Gram,
cytologie/Gram)
 Un résultat anormale impose un contact direct avec le médecin en charge du patient
 Les résultat doivent être communiquer le plus tôt possible (téléphones) au service clinique
 Documenter l’heure de communication ainsi que le médecin à qui le résultat a été
communiqué.
Conclusion
◦ Urgence diagnostique et thérapeutique  rôle capital du laboratoire dans la
confirmation des cas
◦ Aucun test à lui seul ne peut poser le diagnostic
◦ Culture : Gold standard
30% des cultures restent négatives
◦ Intérêt des techniques de biologie moléculaires
◦ La déclaration de la méningite purulente aux autorités sanitaires nationales est
obligatoire.
◦ La riposte vaccinale dépend surtout de l’étiologie de ces méningites d’où l’intérêt du
diagnostic biologique.

PRINCIPES GENERAUX DE L’ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES
ALIMENTS
Kalpy Julien COULIBALY, MD, PhD
Médecin-Microbiologiste
Département Environnement et Santé
IPCI/ UFHB
Introduction
• Analyse microbiologique réalisée dans le but :
• Vérifier conformité produits alimentaires aux critères microbiologique afin
de détecter des microorganismes et ou substances indésirables danger
pour santé humaine
 Réduire les risques intoxication alimentaire  CONSOMMATEUR
• Limiter les pertes de production INDUSTRIEL
• Microorganismes dans les aliments  3 origines possibles :
• Intrants ou matières premières animaux ou végétaux
• Accidentelle (matériel, homme sain ou malade, insectes, air…)
• Ajout volontaire (fabrication de yaourts de fromage ou boisson)
Effets des micro-organismes sur l’aliment

• MICRO-ORGANISMES NON PATHOGÈNES EN GÉNÉRALES
o Techniques de fabrication ↘° nombre (chaleur, pasteurisation. )
 Effets bénéfiques (micro-organismes utiles):
o Bactéries lactiques (lactobacillus (yaourt, choucroute),
o Levures (saccharomyces cerevisiae vin, bière, pain)
o Moisissures (penicillium roqueforti pour le roquefort)
 Effets nuisibles :
o Altération des aliments (qualité organo-leptique, nutritives)
o Intoxication alimentaire : chimique (toxine), ou microbienne
Intoxications alimentaires microbiennes

Analyses microbiologiques
• Réalisées :
• Par Etat ou autorités: après une intoxication alimentaire  Expertise
• Industriels: autocontrôle pendant production ou vente  qualité
hygiénique et sanitaire des aliments (prévention)
• Deux grandes catégories de techniques pour ces analyses:
• Dénombrement
• Détection et identification (surtout les pathogènes)
• Principe:
• Déterminer groupe de bactéries à dénombrer ou à rechercher, selon risques
et aliments.
• Comparer à critère d'acceptation quantitatif ou qualitatif selon groupe de
bactéries
• Critères qualitatifs  Absence ou Présence de la bactérie dans le
produit.
• Critères quantitatifs  Valeur
• 2 types de micro-organismes :
• Bactéries pathogènes (généralement retrouvées )
• Staphylococcus aureus (dénombrement),
• Clostridium perfringens (dénombrement),
• Salmonella (recherche de la présence seulement)
• Micro-organismes indicateurs de la qualité hygiénique
• Flore aérobie mésophile totale :  contamination initiale de l’aliment
importante
• Si augmenté  processus d’altération fortement engagé.
• Témoins de contamination fécale : Germes habituels de l’intestin
• Coliformes (entérobactéries fermentant le lactose)
• Anaérobies sulfitoréducteurs ou leurs spores (clostridium)
• Streptocoques fécaux (entérocoques)
•
Analyse selon critères de sécurité et d’Hygiène
• Critère de sécurité
• Interprétation selon plan à 2 classes

• Critère de HYGIENE
• Interprétation selon plan à 3 classes
DENOMBREMENT
Dénombrement en milieu liquide

• Pour chaque série de culture de même dilution (3 séries identiques): ==>nombre de
tube positif
• on compose le nbre caractéristique + Table de Mac Grady  NPP

Dénombrement en milieu solide
CAS YAOURT
• Dénombrement en milieu solide:
• Coliformes totaux:
• Coliformes thermolérants:
• Dénombrement des coliformes 30°C (NF V 08-050)
• Dénombrement des coliformes thermotolérants (NF V 08-060)
• E.Coli: spécifique de la contamination fécale mais souvent moins résistante bactéries
pathogènes  recherche ensemble des entérobactéries
• Dénombrement de E.Coli (NF ISO 16649-2)
• Dénombrement des entérobactéries (NF ISO 21528-2)
• Salmonella:
• TIAC à Salmonella due à erreurs croissance bactérienne importante,

• La recherche comporte quatre étapes successives ; aucun germe de ce genre
ne doit être détecté dans l'échantillon analysé.
• Le pré enrichissement,
• L'enrichissement en milieux sélectifs liquides,
• L'isolement sur milieux sélectifs solides,
• L'identification.
• Recherche de salmonelles (NF EN ISO 6579)
• Recherche de salmonelles méthode rapide( BKR 23/04-
12/06)
• Levures
• Moisissures
CAS DE L’EAU DE BOISSON
• Germes Aérobies Mésophiles à 37°C

• Germes Aérobies Mésophiles à 22°C
• Coliformes thermotolérants
• Escherichia coli
• Streptocoques fécaux
• Anaerobies sulfito-réducteurs
• Staphylococcus aureus
• Pseudomonas aeruginosa
Milieux de cultures
• Flore (Germe) aérobie mésophile totale:
• Milieu PCA
• Milieu REC2;
• Anaerobies sulfito-Réducteurs (ASR)
• Gélose Tryptone-Sulfite-Neomycine
• Staphylococcus aureus
• Gélose Baird-Parker au Tellurite de potassium

Examen cyto-bactériologique d’un
prélèvement urétral et du sperme
Dr YEO
Juin 2020
Contexte
 PU et Spermoculture : détection des micro-organismes responsables :
 Urétrites,
 épididymites,
 prostatites,
 Ce sont souvent des IST
examen du ou des partenaires sexuels
 Exploration d’une hypofertilité
Objectifs
 Savoir diagnostiquer les IST à partir d’un PU et sperme
 Apporter une aide à la prise en charge du patient
 Contribuer à la prévenir des IST (rompre la chaine de contamination)
 Prélèvement urétral, premier jet urines
o Ne pas uriner 2h au moins avant le prélèvement
o Pas de traitement antibiotique depuis 7 jours (sauf indication explicite du
prescripteur)
 Prélèvement de sperme,
o Abstinence sexuelle au moins 3 jours
o Pas de traitement antibiotique depuis 7 jours
Prélèvements
 Respect des règles d’hygiène et de biosécurité
 Qualité des prélèvements  qualité des résultats
 Prélèvements effectués au laboratoire +++
 Urétrites :
o prélèvement endo-urétral à l’écouvillon,
o Chlamydia: grattage endo-urétral (curette ophtalmique émoussée ou au BactoPick®,
écouvillon dacron ou alginate sur tige métallique)
 Épididymites, prostatites:
o écouvillonnage urétral,
o Prélèvement de sperme,
o premier jet urinaire
 Prostatites:
o sécrétions prostatiques après éventuel massage prostatique et/ou
o premier jet urinaire.
 Orchites:
o pus d’abcès à la seringue (chirurgien),
o sperme

Transport
 Si les prélèvements ne sont pas effectués au laboratoire,
 ils doivent être transportés rapidement dans des milieux de transport appropriés
(gonocoque, Chlamydia, Mycoplasma, virus).
 Triples emballage des échantillons biologiques
Renseignements cliniques
 Renseignements cliniques et épidémiologiques, signes cliniques observés lors du
prélèvement  orientation du diagnostic
 Conditionnent la valeur du résultat, qui sera obtenu après examen cytobactériologique
direct, suivi, selon les cas, de culture, techniques de biologie moléculaire
Examen direct
 Fonction du contexte clinique :
 Recherche systématique
 N. gonorrhoeae
 Chlamydia trachomatis
 Autres:
 S. aureus
 Entérobactéries
 Etat frais (entre lame et lamelle):
o Leucocytes
o Trichomonas vaginalis
o Spermatozoïdes
 Colorations:
o Giemsa:
- polynucléaires,
- Trichomonas vaginalis,
o Gram :
- N. gonorrhoeae,
o Immunofluorescence directe:
- Chlamydia trachomatis.
Culture
 au minimum :
 Gélose au sang cuit avec et sans inhibiteurs : N. gonorrhoeae
 Gélose au sang ± ANC: S. aureus.
 Autres cultures :
 Cultures cellulaires pour C. trachomatis.
 Milieux artificiels enrichis pour M. hominis et U. urealyticum.
 Milieux pour mycobactéries dans les épididymites : M. tuberculosis
 Spermoculture:
 Culture semi-quantitative
 Dilutions successives (10-1 à 10-5)
o caractères morphologiques
o caractères culturaux
o caractères biochimiques
 Antibiogramme
o Orienté par la nature des bactéries

o systématiquement pour les germes pathogènes isolés
o N. gonorrhoeae: recherche de pénicillinase.
Biologie moléculaire
 Recherche de Chlamydia
o produits pathologiques
o Urines (premier jet)
 Nouvelles techniques :
GenXpert
o N. gonorrhoeae, CT, TV

Examen cyto-bactériologique d’un
prélèvement cervico-vaginal
KOUAME- BLAVO- T. E .B
Dr Alain YEO
Juin 2020
Contexte
 Détection des micro-organismes responsables :
 Cervicites, vulvo-vaginites, urétrites,
 salpingites, endométrites,
 portage de bactérie potentiellement pathogène pour la mère et/ou l’enfant
 IST fréquentes +++
 examen du ou des partenaires sexuels
 Exploration d’une hypofertilité
Objectifs
 Savoir séparer les agents pathogènes et flore génitale normale
 Pouvoir diagnostiquer infections du tractus génital et la vaginose bactérienne (bactéries
commensales)
 Etre capable de diagnostiquer les IST à partir PCV
 Apporter une aide à la prise en charge des patientes
 Contribuer à la prévention des IST (rompre la chaine de contamination)
 Hors période de règles
 Pas de rapports sexuels la veille du jour du prélèvement
 Pas de toilette vaginale le jour du prélèvement
 Ne pas uriner 2h avant le prélèvement
 Pas de traitement antibiotique depuis 7 jours (sauf indication explicite du prescripteur)
 Pas d’ovule depuis 4 jours
Prélèvements
 Qualité des prélèvements  qualité des résultats
 Prélèvements effectués au laboratoire +++
 aspect des lésions et de la leucorrhée (vaginose, candidose)
 Précautions chez la femme: protéger les prélèvement du haut appareil (stérile) des
contaminations par les germes du bas appareil (septique).
 vulvo-vaginites:
 Écouvillonnage sécrétions de l’orifice vaginal et cul-de-sac postérieure
 Cervicite:
 Écouvillonnage endocol
 Endométrite:
 endocol
 aspiration transcervicale par cathéter (spécialiste)

 Annexite:
 liquide d’abcès
 prélève à la seringue
 cellules tubo-péritonéales par brossage au cours de l’acte chirurgical.
 Matériel intra-utérin:
 matériel lui-même
 pus
Transport
 Si les prélèvements ne sont pas effectués au laboratoire, ils doivent être transportés
rapidement dans des milieux de transport appropriés (gonocoque, Chlamydia, Mycoplasma,
virus) et triple emballés.
Agents pathogènes
 Bactéries
o N. gonorrhoeae, G. vaginalis, Mobilincus, C. trachomatis, Mycoplasma spp
 Virus
o Herpes simplex virus
o Papillomavirus
 Parasites
 Levures
o Candida albicans

Examen direct
 C. albicans peut exister chez des femmes asymptomatiques
 L’examen macroscopique:
o Vulve, vagin, col de l’utérus, leucorrhées
o Couleur (jaunâtre, blanchâtre, rougeâtre)
o Consistance (fluide, caillebotté)
o Odeur (plâtre frais, poisson pourri)
o pH des sécrétions vaginales
o Inflammation
o Prurit (lésions de grattage)
 L’état frais, entre lame et lamelle recherchera
o Leucocytes
o Candida albicans
 Colorations
o May-Grunwald-Giemsa: polynucléaires, cellules vaginales, «clue-cells», T. vaginalis,
cellules à inclusion
o Gram : gonorrhée, candidose, flore bactérienne vaginale et son équilibre
 vaginose bactérienne, déséquilibre de la flore commensale au profit des anaérobies ou de
Gardnerella vaginalis au dépend de la flore de Döderlein (lactobacillus sp) :
 Immunofluorescence: recherche C. trachomatis.
Evaluation de la flore vaginale

 Selon 4 critères: Quentin- Nugent- Ison et Hay- Verhlest
Selon Quentin
Type I: Présence exclusive de lactobacillus(Flore DÖderlein , flore riche monomorphe)
Type II: nombreux L+ rares autres germes (flore riche polymorphe avec majorité la flore de
Döderlein)
Type III: rares L + nombreux autres germes

(flore riche polymorphe mais la flore de flore Döderlein en minorité)
Type IV: Présence exclusive d’autres germes
(flore riche polymorphe + absence de flore Döderlein
+ présence de bacilles Gram variables ou anaérobies

Score de la flore vaginale
Culture
 au minimum :
o Gélose au sang cuit avec et sans mélange inhibiteurs pour N. gonorrhoeae
o Gélose au sang ± ANC pour S. agalactiae, S. aureus.
o Gélose au sang humain pour G. vaginalis (association avec des bactéries anaérobies,
Mobiluncus spp).
o Gélose lactosée pour entérobactéries (considérées si elles sont abondantes, en
l’absence d’autres germes)
 Autres cultures :
o Cultures cellulaires pour C. trachomatis.
o Milieux artificiels enrichis pour M. hominis et de U. urealyticum.
o Gélose au sang en anaérobiose dans les endométrites du postpartum, ou
développées sur matériel intra-utérin à la recherche de Prevotella.
o Milieux pour mycobactéries dans les endométrites (rares) : Mycobacterium
Tuberculosis.
 Nouvelles techniques :
o streptocoques du groupe B
o N. gonorrhoeae,
o M. genitallium
Antibiogramme
 Systématique sur les germes pathogènes isolés du haut appareil génital,
 Gonocoque recherche de pénicillinase,
 bas appareil génital portage des streptocoques du groupe B au cours du troisième trimestre
de la grossesse

Examen cyto-bactériologique
d’une ulcération génitale
KOUAME- BLAVO-T.E.B
Dr Alain YEO
Juin 2020
Contexte
 Recherche de micro-organismes responsables d’ulcération génitales

 Ce sont des IST
 Nécessite donc l’examen du ou des partenaires sexuels.
Objectifs
 Etre capable de diagnostiquer les agents d’IST responsables d’ulcérations génitales
 Apporter une aide à la prise en charge des patients
 Contribuer à prévenir des IST (rompre la chaine de contamination)
Agents des ulcérations

 Les agents pathogènes courants:
o Treponema pallidum
o Haemophilus ducreyi
o Klebsiella granulomatis
o Herpèsvirus
o Chlamydia trachomatis
 Les agents habituellement pas pathogènes courants:
o Staphylococcus aureus
o Streptocoque Beta hémolytique
o Entérobactéries
o Anaérobies
Prélèvements
 Devant une ulcération ano-génitale :
 Recueil de sérosité au niveau de la base ou des bords de l’ulcère avec
o vaccinostyle,
o öse,
o curette
o écouvillon,
 Biopsies ou une ponction du bubon satellite
 S’il existe des pustules  recueil du contenu à la seringue ou à l’écouvillon

Transport
 Si les prélèvements ne sont pas effectués au laboratoire,
 ils doivent être transportés rapidement dans des milieux de transport appropriés
(gonocoque, Chlamydia, Haemophilus, virus).
 Échantillons triple emballé
Renseignements cliniques
 Renseignements cliniques et épidémiologiques, aspect et localisation lésions observés lors du
prélèvement  orientation du diagnostic
Différents types d’ulcérations

 Le chancre mou
o Petits bâtonnés pléomorphes Gram négatif, coccobacillaires
o Anaérobie facultatif
o Bactéries exigeantes qui nécessitent facteur X pour la croissance
o H.ducreyi est de la famille Pasteurellaceae mais n'appartient pas au genre
Haemophilus basées sur des études génétiques
o Nommé d'après Auguste Ducrey qui a isolé la première cette bactérie
Chancre mou
 IST principalement rencontrées en Asie, en Afrique et dans les Caraïbes
 Associé à bas niveau économique et travailleuses du sexe
 À ne pas confondre avec Chancre (syphilis)
 Maladie associée à une augmentation du risque de transmission du VIH
 Signes et symptômes développent 3 jours - 2 semaines après l'incubation
 Lésion commence comme un bouton  pustule  ulcère caractérisé par
 Douloureux, friable, avec un fond exsudative gris-jaune malodorant et une
rougeur à la base des lésions.
 Adénopathie inguinale douloureuse se développe dans 1 à 23 semaines,
 Homme généralement 1-4 lésions sont observées
 Femme 4 ou plusieurs lésions observées
Granulome vénérien
 Granulome inguinal (vénérienne)
o Donovanose
o Granulome vénérien
o Klebsiella granulomatis (
Calymmatobacterium granulomatis)
Granulome
o La granulation des tissus se produit lors de la cicatrisation de la plaie
 Ne pousse pas en culture
 IST endémique dans les régions tropicales et subtropicales.
o Papouasie-Nouvelle-Guinée, en Indonésie, en Inde, des Caraïbes, de l'Australie
centrale, Afrique australe
 Ulcérations génitales
o Surtout chez les hommes, chronique et légèrement contagieuse
o BG (-) intracellulaire
o Ne pas croître sur des milieux bactériologiques
 signes et symptômes surviennent 8-80 j après l'exposition
 Lésions ulcéreuses indolores à progression lente
 Les lésions sont très vascularisé et saignent facilement
 Aspect de viande rouge
 Lésions invasives extra-génitales peuvent survenir si elle n'est pas traitée

 Les surinfections bactériennes et autres IST peuvent coexister
 Augmente le risque de transmission du VIH
METHODES D’IDENTIFICATION AU LABORATOIRE

 Diagnostic comprend:
 Le diagnostic différentiel avec autres IST ulcératives comme
 Syphilis: ulcère non douloureux et dur et soulevé
 HSV: lésions commence comme vésicule et sont plus nombreux
 Diagnostic probable chancre mou basé sur 4 critères
 1 ou plusieurs ulcères génitaux douloureux
 Exsudat de l'ulcère est négatif pour T. pallidum ou la sérologie de la syphilis
est négatif
 Exsudat de l'ulcère est négatif pour le HSV
 L’aspect de l'ulcère confirme le chancre mou
 Granulome inguinal: les organismes ne poussent pas sur les milieux de routine
 Pousse sur les cellules épithéliales humaines (cellules Hep-2) et les
monocytes humains
Examen direct
 Examen extemporané sérosité du chancre (au microscope à fond noir)  mise en évidence
de T. pallidum.
 Colorations spéciales
o immunofluorescence directe,
o imprégnation argentique
o coloration de Vago.
 Coloration de Gram ou MGG : Haemophilus ducreyi,
 Possibilité d’exulcérations, de type herpétique, avec Chlamydia (maladie de Nicolas-Favre)
Culture
 La culture est impossible pour Treponema pallidum,
 très difficile pour Haemophilus ducreyi
 au minimum :
 Gélose au sang cuit ou frais enrichie
 Cultures cellulaires pour l’isolement de Chlamydia trachomatis
o Treponema pallidum
 Antibiogramme
o Orienté par la nature des bactéries
o systématiquement pour les germes pathogènes isolés

Examen cyto-bactériologique d’une collection
sauppurée ouverte
Dr SK Koffi
Introduction
 Suppuration ouverte = collection suppurée + ouverture sur l’extérieur

 Conséquences:
o Infection polymicrobienne?
o Surinfection?
o Contamination?
 Affection très fréquente,
 Etiologie bactérienne mise en évidence par ECB
 Intérêt diagnostic, thérapeutique et pronostic
Objectifs
 Définir collection suppurée ouverte
 Citer les principales indications de l’ECB d’un pus ouvert
 Décrire les étapes de la réalisation de l’ECB d’un pus ouvert
 Citer les principales bactéries retrouvées à l’analyse bactériologique d’un pus ouvert
Contexte
Examen de suppurations d’origines diverses:
 Suppurations primitives:
o Furoncles, anthrax
 Suppurations secondaire à des manœuvres chirurgicales, instrumentales, traumatismes ou
facteurs locaux:
o Escarres, mal perforant plantaire, ulcère variqueux
 Suppurations d’origine hématogène extériorisées:
o Ostéomyélite, abcès profonds fistulisés
Objectifs de l’analyse
 Poser le diagnostic étiologique des suppurations
 Isoler le ou les agents pathogènes parmi les bactéries de la flore normale
 Aider au traitement
o décision antibiothérapie
o choix antibiotiques
o suivi traitement
o guérison
Etiologie
 Dermatoses bactériennes
o S. aureus, S. pyogenes, Si tissu nécrosé (Clostridium perfringens), Acné
(Propionibacterium acnes)
 Infections chroniques (souvent polymicrobiennes)
o Plaie récente : S. aureus, Streptococcus, Corynebacterium
o Plaie >1 mois : Enterobacteriaceae, Entérococcus, P. aeruginosa,
 Infection après effraction accidentelle
 Piqûres :

o Bactéries transitaires de la flore commensale : S. pyogenes ou autres Streptocoques
β-hémolytiques, S. aureus, ….
 Surinfection brûlure:
o S. aureus, Pseudomonas aeruginosa, Entérobactéries, Bacillus cereus,
 Traumatisme avec plaie ouverte :
o Terre : Bacillus (cereus), Entérobactéries, Pseudomonas, Clostridium, Actinomyces…..
Morsure, Griffades, Léchage plaie, par animal (bactéries de la flore pharyngée de l’animal) :
Infections polymicrobiennes +++
 Morsure de chien
o Pasteurella, S. aureus, Streptocoques α et β hémolytiques, Staphylococcus
intermedius, Capnocytophaga canimorsus, …
 Morsure, griffade de chat
o Pasteurella, Bartonella henselae (maladie des griffes du chat)
 Morsure d’homme
o Anaérobies: Prevotella, Porphyromonas, Fusobacterium nucleatum, necrophorum,
Peptostreptococcus,
o Streptocoques oraux, S. aureus, Eikenella corrodens, H. influenzae
Prélèvements
Réalisation Conteneur Transport
Nettoyer la plaie, éliminer les exsudats et Ecouvillon coton stérile ≤ 2 heure

tissus nécrosés, (avec ou sans milieu de Température
Désinfecter puis rincer au sérum transport) ambiante
physiologique stérile
Prélever à l’écouvillon
Aspiration à la seringue, Seringue purgée d’air, ≤ 2 heure
Biopsie Flacon stérile Température
ambiante
Cas particuliers
 Fistule:
o Désinfecter la partie superficielle
o Aspirer à l’aiguille la partie la plus profonde
 Morsure:
o Aspirer le pus dans une seringue
o à défaut, faire 2 écouvillonnages profonds
o (écouvillon coton pour bactéries aérobies + écouvillon alginate pour anaérobies)
 Aspect (aspect granuleux, mal lié des streptocoques)
 Consistance
 Odeur (Odeur fétide des anaérobies)
 Couleur (Pus bleu de P. aeruginosa)
Examen direct
 Etat frais
o Leucocytes altérés,
o Bactéries et leur mobilité,
o Autres éléments

Culture
 Au minimum:
o Gélose au sang
o Incuber 24 à 48 h avec 5 à 10 % de CO2
 Autres milieux:
 En fonction du frottis coloré au Gram
o Chapman (Staphylococcus aureus)
o EMB (Enterobacteriaceae)
o Cétrimide (Pseudomonas aeruginosa)
o BEA (Enterococcus sp)
Identification
 Se limite aux espèces d’intérêt clinique
 Possibilité d’infection polymicrobienne (surinfection)
Staphyloccus aureus
Streptococcus pyogenes

Escherichia coli
Antibiogramme
 systématiquement pour les germes pathogènes isolés
Infections nosocomiales
 Rechercher les bactéries multirésistantes (BMR)
o SARM (S. aureus résistant à la méticilline)
o EBLSE (Entérobactérie productrice de BLSE)
o PARC (P. aeruginosa résistant à la ceftazidime)
o EVR (Entérocoque résistant à la vancomycine)

MYCOBACTERIUM
Complexe Mycobacterium tuberculosis
Pr N’GUESSAN Kouassi Raymond,
Objectifs
• Connaître les classifications des Mycobactéries
• Citer trois espèces du complexe M. tuberculosis
• Décrire les modes de transmission du bacille tuberculeux
• Connaitre le principe et les techniques de coloration
• Décrire le bacille tuberculeux après une coloration
• Décrire une colonie de M. tuberculosis sur LJ
• Citer 2 milieux opaques à l’œuf coagulé
• Citer les méthodes d’identification du bacille tuberculeux
• Connaitre les méthodes de détermination de la sensibilité du bacille de la tuberculose
Classifications des Mycobactéries

• Classification de Runyon :
– Selon délai de croissance : colonies visibles
• < 7 jours croissance rapide
• > 7 jours croissance lente
– Production de pigment jaune ou jaune orangé
• Photochromogène
• Scotochromogène
• Non chromogène
Classification de Bergey’s
Règne Procaryote ou Bacteria
Embranchement (phylum) Actinobacteria
Ordre Actinomycetales ou Actinomycètes
Sous-ordre Corynebacterineae
Famille Mycobacteriaceae
Genre Mycobacterium
Classification selon l’intérêt médical : 4 groupes
Méthodes d’études : M. tuberculosis

• Caractères morphologiques
– Bâtonnets : filaments ramifiés
– Immobiles
– Asporulés
– Non capsulés
• Propriété tinctoriale : Bacille Acido-Alcoolo-Résistant++++

• Méthodes
• Méthodes non fluorescentes

Coloration de Ziehl-Neelsen (ZN)
Méthode de référence de coloration des bacilles.
Variantes de ZN : Kinyoun et Tan Thiam Hok.
• Méthodes fluorescentes
Coloration de Dugommier (Auramine O)
Méthode de référence (coloration fluorescente)
Echelles de quantification
SYSTEME DE MICROSCOPIE UTILISE

TRANSMISE FLUORESCENCE FLUORESCENCE
ECHELLE grossis 1000x; grossis. 200-250x grossis. 400x
UICTMR/OMS 1 longueur = 2cm 2cm = 30 champs = 2cm = 40 champs =
Rapport = 100 champs 300 champs à 1000x 200 champs à 1000x
Zéro BAAR / Zéro BAAR / Zéro BAAR /
Négatif
1 longueur 1 longueur 1 longueur
1-9 BAAR / 1-29 BAAR / 1-19 BAAR /

Rares BAAR
10-99 BAAR / 30-299 BAAR / 20-199 BAAR /

1+
1-10 BAAR / champ 10-100 BAAR / champ 5-50 BAAR / champ

2+
en moyenne en moyenne en moyenne
>10 BAAR / champ >100 BAAR / champ >50 BAAR / champ

3+
en moyenne en moyenne en moyenne

• CARACTERES CULTURAUX
Conditions de culture :
– Aérobie ou micro aérophile
– Température optimale 37°.
Milieux de culture
Culture réalisée sur :
– Milieux solides
– Milieux liquides.
Milieux solides
2 types de milieux de milieux solides:
– Milieux à l’œuf coagulé :
• Lowenstein-Jensen enrichi à la glycérine ou au pyruvate,
• Coletsos, Ogawa, Kudoh.
– Milieux solides transparents (Middlebrook) :
• 7H10, 7H11 : milieux synthétiques
• Milieux enrichis en OADC (acide oléique, albumine, dextrose, catalase).
– Sur un milieu de Lowenstein- Jensen : Primo-culture
– Mycobacterium tuberculosis : les colonies apparaissent entre 2 et 6 semaines, de
couleur beige-crème, en chou fleur et rugueuse. Elles dites eugoniques.
– Mycobacterium africanum : Colonies non pigmentées de petites tailles apparaissant
à partir de 6 à 10 semaines d’aspect mâte.
– Mycobacterium bovis : Colonies non pigmentées de petites tailles apparaissant à

partir de 6 à 10 semaines d’aspect lisse.
• Milieux liquides
• Principe
• Croissance microbienne mise évidence par la diminution de l’oxygène dissout dans le milieu
ou par la mesure de la production d’anhydride carbonique marquée.
• Quelques systèmes
• Système Bactec 460 TB
• Système MGIT 960
• Fond du tube est garni d’un support en silicone imprégné d’un sel de
ruthénium qui émet une fluorescence lorsque la pression partielle d’oxygène
diminue.
• NB : les milieux liquides sont enrichis en OADC (acide oléique, albumine, dextrose,
catalase).
• Autres systèmes: Bact/Alert.

METHODES D’IDENTIFICATION PHENOTYPIQUE
Identification phénotypique des bacilles de la tuberculose
Caractères M. tuberculosis M. bovis M. africanum BCG
Aspect des colonies Rugueux (R) Lisse (S) Rugueux (R) Rugueux (R)
Pigment absence absence absence absence
Délai d’apparition des colonies 10 - 20 30-60 30-60 10 - 20
Niacin test + - + /- -
Nitrate reductase + - + /- -
TCH Résistant Sensible Variable Sensible
Activité catalasique à 68° Absente Absente Absente Absente
• DIAGNOSTIC MOLECULAIRE
– Chromosome circulaire : 4.411.529 paires de pb
– Gènes : 3924 gènes
– Gènes exploités :
• gène Hsp65, l’ARN16S, gène gyrB, gène oxy R, gène pnCA, rpoB
• Région de différences (RD): 16 RD qui sont des régions de délétion
• Segment de conservés de gène: Spacer, ARN16S, 23SrDNA
 5 sondes qui se chevauchent– s’associent à des gènes sauvages et

ne s’associent pas à des séquences mutantes
 1 sonde témoin du contrôle du traitement de l’échantillon - SPC

(Bacillus globigii)
 Un total de 6 colorants fluorescents détectés simultanément
Diagnostic immunologique
Détection de la protéine MPT64 pour le diagnostic du groupe MTBC

TESTS DE SENSIBILITE
• Méthodes phénotypiques
Méthodes phénotypiques standardisées: Mutants résistants pré-existants
– Méthode des proportions de Canetti G et al (1963) :
• milieu solide (Lowenstein-Jensen, 7H11+OADC)
• Milieu liquide (Système Bactec 460, MGIT 960)
– Méthode des ratios de résistance compare la CMI de la souche du malade à la
souche de référence du laboratoire (H37rv)
– Méthodes des concentrations absolues : CMI de l’Isoniazide et de la
Streptomycine
– Autres méthodes en cours de standardisation: E-test, NRA method
• Méthodes génotypiques de sensibilité

– Récentes
– Plus rapides que les tests phénotypiques
– Détection :
• Gènes cibles (rpoB, katG inhA, promoteur inhA-MabA…)
• Mutations résistances fréquemment impliquées dans la résistance aux
antituberculeux de première ou de seconde intention.
Différentes techniques ont été développées :
– Séquençage entiers de gènes de résistance
– Technique d’hybridation ou ‘’Line probe assay”
• Innolipa Rif, MTBDR : Rifampicine, Isoniazide
• MTBDRplus et sl : RIF; INH Aminosides, Fluoroquinolones
– Technique de PCR en temps réel ’’Genexpert system’’
• Détection de mutations dans le gène rpoB. (gain de temps < 1 heure)
Résultats d’Hybridations sur bandelettes (Hain, MTBDRplus )
Conclusion
• Mycobactéries tuberculeuses : capacité d’adaptation
• Agent de la tuberculose : santé publique
• Souches résistantes émergentes
• Médicaments efficaces : formes pharmaco-sensibles

Etude des antibiotiques: CLASSIFICATION
ET MODE D’ACTION
PR Guessennd Nathalie
DR Tiekoura KB
guessennd@yahoo.fr
Définition : Antibiotique
§ WAKSMAN (1943) : " toutes les substances chimiques produites par des micro-organismes
capables d'inhiber le développement et de détruire les bactéries et d'autres micro-
organismes"
§ Dérivé produit par le métabolisme des micro-organismes possédant une activité
antibactérienne à faible concentration ; et n'ayant pas de toxicité pour l'hôte
Antibiotiques
définition stricte:
substances,
-produites par des micro-organismes
-actives contre les agents bactériens
antibiotiques/antibactériens ?
les antibiotiques sont des antibactériens ...
mais les antibactériens ne sont pas tous des antibiotiques,
ex: antiseptiques
Origine :
- biologique : élaborés par des micro-organismes :
champignons, bactéries
- chimique : produits par synthèse
Action : variable selon la famille d'antibiotiques
- inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne
- altération de la membrane cytoplasmique
- action sur la synthèse d'enzymes
- inhibition de la synthèse des acides nucléiques
principaux pourvoyeurs d'antibiotiques
l champignons microscopiques
• Penicillium
• Cephalosporium
l bactéries
• Streptomyces
• Bacillus
l Une des grandes « réussites » de la médecine du XX° siècle:
l ( jusqu’au XX°siècle, les maladies infectieuses ont été la première cause de mortalité de
l’espèce humaine,)

Historique
§ Découverte de la pénicilline G par A. Fleming en 1928
§ Découverte des sulfamides en 1935
§ Le terme d'antibiotique a été proposé par R. Dubos (1940).
Les grandes étapes :

§ 1885 : Ehrlich découvre l'action de certains colorants
§ 1910 : découverte du Salvarsan actif contre la syphilis
§ 1935 : Dogmagk découvre les propriétés antibactériennes des sulfamides
§ 1937 : découverte des sulfones actives contre la lèpre
§ 1928 : Fleming découvre la pénicilline ''par hasard''
§ 1939 : Florey : production de masse et purification
§ 1941 : 1er patient traité par la pénicilline
§ 1943 : Streptomycine
§ 1945 : Brotzu découvre la céphalosporine C
§ 1947 : chloramphénicol
§ 1948 : tétracycline
§ 1952 : érythromycine
§ 1958 : vancomycine
§ 1961 : rifampicine
§ 1962 : fluoroquinolones
§ Introduits en 1940, les b-lactams sont des bactéricides, naturels ou synthétiques, ( péni-
cillines, ampicillines, céphalosporines) qui agissent en perturbant la synthèse de la paroi
bactérienne.
Pourquoi une classification
• Nombre élevé de molécules

faciliter le choix thérapeutique
A une parenté structurale s’associent un mode d’action, une modalité d’action et un spectre d’action
semblable
classification en familles, groupes et sous-groupes
antibiotiques orphelins: fosfomycine, acide fusidique…
Critères de classification des antibiotiques

l Origine : élaboré par une bactérie ou un champignon ou par synthèse)
l Nature chimique: antibiotique ou antibio-mimétique
l Cible d’action (paroi, membrane…)
l Mécanisme d’action(bactéricide ou bactériostatique)
l Spectre d’action( large spectre, moyen et étroit)
Classification
o b lactamines
o aminosides
o macrolides et apparentés
o tétracyclines
o quinolones
o glycopeptides
o fosfomycine
o rifamycines
o acide fusidique

o chloramphénicol
o sulfamides
o nitro-imidazolés
o polymyxines
Les 𝜷 –lactamines
o Différentes familles :
» Les pénicillines
» Les céphalosporines
» Les pénèmes
» Les monobactames
o Une même structure
o Un même mécanisme
o Mécanisme :
» fixation sur les PLP:
» inhibition des fonctions de ces PLP
» arrêt de la synthèse du peptidoglycane
» lyse secondaire de la bactérie

Céphalosporines
Génération 1: céfalotine, céfalexine, active sur les souches Gram +, de façon limitée les Gram -
Génération 2: céfamandole, céfoxitine, céfuroxime, activité accrue sur les germes Gram -
Génération 3: céfotaxime, céftriaxone, céftazidime, céfopérazone,...activité moindre sur les Gram +
mais meilleure activité sur les entérobactéries, y compris souches productrices de béta-lactamases.
Céftazidime et céfopérazone sont actives sur Pseudomonas aeruginosa mais moins actives sur les
coccis Gram +
Génération 4:céfépime, stabilité sur plasmides et béta-lactamases. Intérêt: infections à bacilles Gram
- résistantes aux autres céphalosporines.

Aminoglycosides
1943 streptomycine
1949 néomycine (usage externe)
1957 kanamycine
1963 gentamicine - GENTALLINE ®
tobramycine - NEBCINE ®
sisomicine - SISOLINE ®
dibékacine - DIBEKACYL ®
amikacine - AMIKLIN ® -
nétilmicine - NETROMICINE ®
les dérivés des streptomyces sont à suffixe "mycine",
les dérivés d'actinomycètes monospores sont à suffixe "micine".
macrolides

tétracyclines
- apparues en 1948.
- activité antibactérienne : rickettsies, chlamydia, en plus d'actions sur des bactéries Gram positif et
Négatif.
• bêta-lactamines
• glycopeptides
• aminoglycosides
• macrolides
• tetracyclines
• fluoroquinolones
• antituberculeux
• sulfamides

Modalités d’action des antibiotiques
Mécanismes d'action
o intérêt ?
* classification des antibiotiques
* conception de nouveaux produits
* prévision des résistances

* prévision de la toxicité
o la toxicité sélective des antibiotiques pour la bactérie s'explique par l'inhibition spécifique
d'une étape précise d'une fonction bactérienne
o condition majeure d'activité : liaison à sa cible
¬ Inhibiteurs de la synthèse de la paroi bactérienne
Inhibiteurs du fonctionnement des membranes
® Inhibiteurs de la synthèse des protéines
¯ Inhibiteurs de la synthèse ou des fonctions des acides nucléiques
Définition du spectre d’un antibiotique

§ Le spectre d’un antibiotique est représenté par l’ensemble des espèces bactériennes qui lui
sont sensibles
§ Vis-à-vis d’un antibiotique donné, une espèce bactérienne est:
- habituellement sensible
- modérément sensible
- habituellement résistante
§ Site 1 : la paroi bactérienne
» les b - lactamines, les glycopeptides et la fosfomycine
§ Site 2 : la membrane cytoplasmique
» les polymyxines
Site 3 :la synthèse des acides nucléiques et ribosomes
» les aminosides et les tétracyclines
» le chloramphénicol et les macrolides
» l'acide fusidique
» les rifamycines
§ Site 4 : l’ADN
» les quinolones
Spectre : Pénicillines G et V
* cocci gram + :
• streptocoque
• pneumocoque
• staphylocoque b-lactamase -
* bacilles gram + :
• Listeria

• corynébactéries
• Bacillus
• Clostridium
* cocci gram - :
• Neisseria
* autres :
• spirochètes, leptospires, Borrelia
Spectre : Pénicillines M
* staphylocoques :
- producteurs ou non de b -lactamase
Spectre : Pénicillines A
* gram + :
• spectre identique à celui de la pénicilline G
• Entérocoques
* gram - :
• E. coli, P. mirabilis, Salmonella, Shigella
• Haemophilus , Pasteurella, Brucella
Spectre : Carboxypénicillines
* gram + :
• moins efficaces que les aminopénicillines
* gram - :
• idem aux aminopénicillines
• Serratia, Enterobacter, Citrobacter, Providencia, Morganella
• Pseudomonas
Spectre : Uréïdopénicillines
* idem aux carboxypénicillines
• meilleure activité sur Pseudomonas
• meilleure activité sur les streptocoques
Spectre : Inhibiteurs de b-lactamases

§ composés :
» ac.clavulanique –sulbactam- tazobactam
§ activité :
» se lient avec une forte affinité aux b-lactamases
» bloquant ainsi leur activité lytique
» permettant à la b-lactamine associée d'agir
Les glycopeptides
o famille des antibiotiques peptidiques isolée d'un champignon en 1956

o grand succès sur les staphylocoques résistants à la pénicilline , puis disgrâce avec l'apparition
des pénicillines M et regain d'intérêt avec la progression de la résistance à la méticilline
vancomycine et teicoplanine
Les glycopeptides : mécanisme d'action

o Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne

Les glycopeptides : spectre
§ actif uniquement sur les bactéries gram + :
» staphylocoques méti S et méti R
» streptocoques, entérocoques et pneumocoques
» Listeria
» corynébactéries
» Clostridium
La fosfomycine
o seul représentant de sa classe
o mécanisme d ’action :
* inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne
La fosfomycine : spectre
o spectre large :
l staphylocoques
l streptocoques, pneumocoques
l entérobactéries (hors Morganella)
l Acinetobacter
l Pseudomonas aeruginosa
Les aminosides
o streptomycine : isolée en 1943 à partir de Streptomyces griseus
o depuis nombreuses molécules
 une structure commune
 un spectre d'activité large
 une activité bactéricide puissante
 une diffusion tissulaire limitée
 une toxicité importante
Les aminosides : spectre

o cocci gram + :
» staphylocoques
o cocci gram - :
» Neisseria
o bacilles gram - :
» entérobactéries
» Pseudomonas
» Acinetobacter
» Haemophilus
o mycobactéries (streptomycine)
Les quinolones
o acide nalidixique : 1ère molécule synthétisée
» activité limitée à certaines entérobactéries
» activité urinaire uniquement
o recherche :
» élargissement du spectre (2ème génération)
» activité systémique
» élargissement vers les streptocoques (3ème génération)

Les quinolones : principales molécules
quinolones : spectre
Les macrolides
o C14 :
» érythromycine
» roxithromycine
» clarithromycine
o C15 :
» azithromycine
o C16 :
» spiramycine
» josamycine
Les macrolides : mécanisme d'action

o inhibition de la synthèse des protéines :
» action au niveau du ribosome
macrolides : spectre
o spectre étroit :
» staphylocoques
» streptocoques hors entérocoques
» bacilles gram + : corynébactéries, Bacillus, Clostridium, Erysipelothrix
» germes intracellulaires : Legionella et Mycoplasma
o particularités :
» clarithromycine : mycobactéries

» azithromycine : meilleure activité sur les bacilles gram - :
Haemophilus, Moraxella, Neisseria, Campylobacter et Legionella
Les lincosamides et streptogramines

o avec les macrolides groupe des MLS
o structures chimiques différentes
o mécanismes d'action très proches
o spectres antibactériens similaires
o lincosamides :
o lincomycine
o clindamycine
o streptogramines :
o association de 2 composés appartenant à 2 groupes d'antibiotiques
o streptogramine (SgA + SgB)
o pristinamycine (P II + P I)
o virginiamycine (VM + VS)
Les lincosamides et streptogramines :spectre

o lincomycine :
» staphylocoques
» streptocoques
o clindamycine :
» idem
» anaérobies (Clostridium et Bacteroides)
o streptogramines :
» idem
» anaérobies
» germes intracellullaires (Legionella, Chlamydia, Mycoplasma)
Les tétracyclines
o composés cycliques (1948)
o utilisée depuis 1955
o composés :
» tétracycline
» oxytétracycline
» doxycycline
» minocycline
Les tétracyclines : mécanisme d'action

o diffusion passive à travers la paroi bactérienne
o arrêt de la synthèse des protéines
Les tétracyclines : spectre

o en théorie spectre large :
» cocci Gram + : staphylocoques, streptocoques
» bacilles Gram + : Listeria, corynébactéries
» cocci Gram - : Neisseria
» bacilles Gram - : Haemophilus, Campylobacter, Yersinia, Salmonella, Vibrio, Brucella,
Pasteurella

» germes intracellulaires : spirochètes, Mycoplasma, Chlamydia, Rickettsia, Coxiella
Les phénicolés
o chloramphénicol et thiamphénicol
o mécanisme d'action :
» pénétration intracytoplasmique par un transport actif
» arrêt de la synthèse des protéines
Les phénicolés : spectre

o spectre large :
» cocci gram + : staphylocoques, streptocoques
» bacilles gram + : Listeria, corynébactéries
» cocci gram - : Neisseria
» bacilles gram - : entérobactéries, Haemophilus, Campylobacter, Vibrio, Brucella,
Pasteurella
» germes intracellulaires : Rickettsia
» anaérobies : Bacteroides, Clostridium
Les sulfamides et leurs associations

o dès l'origine de l'ère moderne de la chimiothérapie antibactérienne
o association avec le triméthoprime
o regain d'intérêt avec les infections des immunodéprimés
Les sulfamides et leurs associations :spectre

o gram + :
» staphylocoques
» streptocoques (hors entérocoques)
» Listeria
» gram - :
» Neisseria
» entérobactéries
» Bordetella
» Haemophilus
» Legionella
» Chlamydia
Les fusidanines
o seul représentant : l'acide fusidique
o mécanisme d'action : inhibe la synthèse protéique
Les fusidanines : spectre

o cocci gram + :
» essentiellement anti-staphylococcique
» streptocoque
o bacilles gram + :
» Nocardia
o anaérobies :

ACIDE FUSIDIQUE
§ Antistaphylococcique majeur
§ acquisition de résistance par sélection de mutants résistants
§ fréquence élevée de mutants résistants
A UTILISER EN ASSOCIATION AVEC UN AUTRE ATB
Les rifamycines
o rifamycine S, rifampicine,
o mécanisme d'action :inhibition de la transcription de l'ADN en ARN :
Les rifamycines : spectre

o très active sur les bactéries gram + :
» staphylocoques
» streptocoques
» Listeria
» Clostridium
o germes intracellulaires : Chlamydia, Brucella, Legionella
o Neisseria
o Haemophilus
o mycobactéries
RIFAMPICINE
§ Antituberculeux majeur
§ acquisition de résistance par sélection de mutants résistants
§ fréquence élevée de mutants résistants
A UTILISER EN ASSOCIATION AVEC UN AUTRE ATB
Les imidazolés
o le métronidazole :
découvert en 1957
o mécanisme d'action :action sur l’ADN
o spectre :
» anti anaérobie quasi spécifique
conclusion
§ Nombreuses familles d’antibiotiques
§ Mieux les connaitre pour mieux les tester
§ Le choix dépend de la bactérie isolée, du site de l’infection et de l’état physiologique du
malade

LE POLIOVIRUS
LES ENTEROVIRUS HUMAINS
Historique
• 1789 : Michael Underwood Medecin Britanique
• 1936, Albert Sabin & Peter Olitsky culture poliovirus cellule nerveuse embrionnaire
Caractériasation
• famille des picornavirus
• genre des entérovirus
• Les poliovirus se répartissent en 3 sérotypes (1, 2 et 3).
• multiplie dans la muqueuse pharyngée et dans l’intestin grêle et on peut le retrouver dans
la gorge et les selles
Le prélèvement
• Selles ( 2 prélèvements en 48 h )
• Conditions de sécurité ( triple emballage )
• Température 4°C
• Pot adapté
• Quantité suffisante : 2g
Techniques réalisées
• Culture cellulaire
• Typage par Séroneutralisation
• Biologie moléculaire
Culture cellulaire
Traitement de selles
• Traitement au Chloroforme
seul résiste les entérovirus

• Inoculation aux cellules
RD
L20B
• Lecture
Culture cellulaire
• RD : spécifique enterovirus
• L20B : spécifique poliovirus
Typage par séroneutralisation

• Anti sérum 1 et 2 = > polio 3
• Anti sérum 1 et 3 = > polio 2
• Anti serum 3 et 2 = > polio 1
• Exercises
• PCR Conventionnelle
• PCR temps réel

LE VIRUS DE LA RAGE
Département des Virus Epidémiques
Institut Pasteur de Côte d’Ivoire
Dr. Sylla Yahaya
La rage, encore une maladie d’actualité ???
• 1.1 Qu’est-ce qu’un virus ?

• C’est un agent infectieux très simple, défini par une structure se résumant à deux ou trois
éléments, selon les virus. Les virus sont donc totalement différents des bactéries ou des
parasites, qui sont des cellules, ce que ne sont pas les virus. « Les virus sont les virus » André
Lwoff
1 - Classification
Les virus de la famille des Rhabdoviridae (du grec rhabdos, baguette, d'après la forme "rectangulaire"
du virion) font partie de l'ordre des Mononégavirales leur génome est un ARN non segmenté (Mono)
de polarité négative (néga)
• ce sont des virus enveloppés (et par conséquent des virus fragiles)

Quelques rappels sur la rage

La rage dans le monde: Une maladie mortelle négligée
Viabilité et stabilité
 Classification du groupe de risque: Groupe de risque 3(1)
• Agents biologiques pouvant provoquer maladie grave chez l’homme et constituer un danger
sérieux pour les travailleurs. Propagation dans collectivité possible. Existe généralement une
prophylaxie ou traitements efficaces.
• Sensibilité aux médicaments: La ribavirine (virazole) révélée quelque peu efficace in vitro, et
l'interféron-γ s'est révélé moyennement efficace dans le traitement de macaques de Buffon
infectés par le virus de la rage(2,3).
SENSIBILITÉ AUX DÉSINFECTANTS

 Le virus de la rage est inactivé par exposition à l'éthanol à 70 %, au phénol, à la formaline, à
l'éther, à la trypsine, au β-propiolactone et à certains autres détergents(4).
 Le virus de la rage ne tolère pas un pH inférieur à 3 ou supérieur à 11, et est inactivé par la
lumière ultraviolette(4).
 Le virus de la rage ne survit pas bien en dehors de son hôte (dans le sang et les sécrétions
séchés), car il est sensible à la lumière du soleil et à la dessiccation(3,9)
Dangers pour le personnel de laboratoire

 Infections contractées au laboratoire:
 Deux cas d'infection acquise en laboratoire signalés, contractés par contact entre des
muqueuses et le virus aérosolisé (8).
 Au cours des dernières décennies , pas de cas d'infection acquise en laboratoire n'a été
signalé.
Moyen de prévention obligatoire : Une vaccination pré-exposition est requise pour toute personne
manipulant le virus vivant ou des échantillons aux fins de diagnostic en laboratoire.
Diagnostic clinique et biologique

 NB: TRANSMISSIBILITÉ: La transmission d'une personne à une autre est possible en principe
mais rare, et n'a été documentée que dans des cas de transplantation (cornée, rein, foie,
vaisseaux sanguins )

• Maladie caractérisée par tableau clinique avec symptômes variant selon les individus.
• (déjà bien développé par l’INHP)
 Il est difficile voire impossible de poser un diagnostic différentiel avec autres encéphalites
virales.
 EXAMEN LABORATOIRE
• Permet de donner un diagnostic de certitude.
Diagnostic biologique
 Diagnostic de certitude.
• Un prélèvement de qualité:
 bonnes conditions d’ acheminement vers le laboratoire;
 Respect de la chaine de froid
 Respect des précautions de biosécurité;
• Rapidité du rendu du résultat de laboratoire
• Diffusion sans délai des résultats
Prélèvements
Prélèvements chez l’animal
Prélèvements post-mortem
Prélèvements chez l’homme

• Présentation le cheminement du virus de la rage après morsure
Cycles du lyssavirus dans l’organismes

 Sources et échantillons:
 Salive (+++)
 liquide céphalorachidien;
 tissu cérébral (+++);
 empreintes de la conjonctive ou de la cornée;
 lavages de la gorge;
 Urine;
 Sang;
 biopsies cutanées de personnes (+++) ou animaux infectés(5,6,7,8).
Comment prélever la salive?

 Facile à prélever (dépend de l’état de stabilité du malade)
• NB : Se fait à intervalle régulier de 2 heures en 2 prises
1. Ouvrir le pot marqué « salive 1 », demander au patient crache à l’intérieur;
2. Refermer immédiatement le pot et le sécuriser;
3. Répéter opération environ 2 Heures si possible après pour le pot « salive 2 »
• Mettre les pots dans le sachet réservé à cet effet

• Conserver le sachet avec les pots bien fermé dans une glacière avec accumulateurs de glace
ou un congélateur à -20°C si le prélèvement doit être conservé avant l’acheminement au
laboratoire.
• Le préleveur doit se laver les mains à l’eau et au savon après chaque prélèvement
Comment prélever la biopsie de peau?

Biopsie de peau au niveau de la nuque
4 mm de diamètre

 Prévoir un pansement après chaque biopsie;
 trempé le punch dans de la javel diluée à 3°chl pendant 1 heure (à l’abri de la lumière)
Comment prélever en post mortem?

Biopsie par voie occipitale
Aiguille à biopsie (à baïonnette)
aiguille à ponction lombaire
Biosécurité autour du prélèvement
Biosécurité = ensemble des mesures pour prévenir et contrer dangers liés à manipulation et
utilisation de matériel biologique (microorganismes……), dans laboratoires, hôpitaux et les
industries…..
Mise en application de la biosécurité

• Formation du personnel
• vaccinations nécessaires
• Procédures et protocoles écrits DISPONIBLES
• Procédures de lavage des mains
• Interdiction de prise et stockage de boissons,
aliments, maquillage…..
• Eviter les aérosols
• Décontamination des déchets selon des protocoles établis
• En outre, kits d’urgence, rapport des accidents ou incidents
Le vrai danger : la routine !!!!!!!
Equipements de sécurité: Protection personnelle

• Blouses
• Gants
• Lunettes,
• Charlottes
• Chaussures de sécurité
• masques faciaux ...

Transport des échantillons
 Transportés avec triple emballage dans portes vaccins avec accumulateurs de glace;
 Délai d’acheminement maximum de 72 heures vers laboratoire.
Analyse biologique
Immunofluorescence
La technique de référence
Sensibilité et spécificité > 99.9%
Rapide
Personnel doit être entrainé
Mesures de précaution
Equipement individuel de protection (PPE)

Lavage et décontamination des instruments et des surfaces utilisée
Vaccination du personnel
Décontamination et élimination des déchets biologiques
Dilution de la javel a 3°chl

Généralité sur les méthodes d’étude des virus
Dr ADJOGOUA Edgard Valery
Unité des Virus du Système Nerveux
Institut Pasteur de Côte d’Ivoire
Définition
• Un virus est un agent pathogène
• ultramicroscopique
• Bien plus petit qu’une bactérie
• Non cultivable
• Un virus est un programme
• génétique, qui véhicule d'une cellule
• à l'autre le message simple: REPRODUISEZ-MOI!
• Capside: manteau protéique couvrant le
• Capsomères: unités constituant la capside
• Génome : acide nucleique
• Nucléocapside: capside + génome
• Core: association génome+ proteines
• Enveloppe: structure provenant de la membrane cellulaire entourant certaines capsides
Genome
• Acide nucléique
• ARN/ADN
• Mono/bi-caténaire
• Linéaire/circulaire
• Simple/segmenté
• Polarité+/- (ARN)
La capside
• Structure
Symetrie cubique/hélicoïdale
Complexe: pox/bactériophage
• Rôle:
Protection
Assemblage
Reconnaissance des cellules et attachement
• Symétrie de la capside
Hélicoïdale
Cubique
Complexe

Envellope
• Présence/absence
• Origine cellulaire
• Lipides
Critères de classification Lwoff, Horne et Tournier, 1962

• La nature du matériel génétique c'est à dire le type d‘acide nucléique (ARN+ ou -, ADN db
ou sb...).
• Le type de symétrie de la capside (cubique ou hélicoïdale)
• Le caractère nu (ne possédant pas d'enveloppe) ou enveloppé
• Les caractéristiques morphologiques du virion:
- Le nombre de capsomères et le diamètre de la particule virale pour les virus à symétrie cubique.
- La longueur et l'épaisseur des nucléocapsides pour les virus à symétrie hélicoïdale.
Symétrie hélicoïdale
Mosaique du tabac
Virus de la grippe

Parainfluenza
Symétrie cubique
Icosaedre
Icosaedre
Adenovirus
Virus de l’herpes

Enterovirus
Symetrie Complexe
Poxvirus
Méthode d’étude des virus
Virologie hier et aujourd’hui

• Evolution spectaculaire
• Autrefois, diagnostic d’exclusion
- Examens complémentaires mal connus
- Traitements rares
• Aujourd’hui
- Infection virales émergentes, résurgentes
- Persistantes, sévères et opportunistes
- Progrès : thérapeutique, outil diagnostic
Mission du laboratoire de virologie

• Missions du laboratoire de virologie
• Où et quand je prélève ?
• Comment je l'achemine au laboratoire ?

• Quel (s) examen (s) demandés ?
• Diagnostic étiologique
• Détermination d'un état d'immunité
• Dépistage d'une infection occulte
• Dépistage précoce d'une réactivation virale
• Diagnostic rétrospectif
• Medico-legal
• Suivi de l’efficacité d'une thérapeutique
• Résistance à la chimiothérapie antivirale
• Exploration des couples séro-discordants
VIH et VHC dans le sperme
• Caractérisation d ’une infection émergente
• Indicateur de santé publique
Epidémiologie : épidémie (nosocomiale),
prévalence, incidence, couverture vaccinale
Prélèvements
Prélèvement, (Où ) ?
• diagnostic direct ≥ diagnostic sérologique
• trouver le virus dans son site de multiplication
qui est le siège de la lésion
• site ?
biologie des virus
portes d'entrée et de sortie
QUAND JE PRELEVE ?
• le plus précocement possible
• Exceptions :
diagnostic indirect ou infection persistente
• Non respect→ résultat faux
(ou faux positif )
COMMENT JE L’ENVOIE AULABORATOIRE ?

• Virus enveloppés (inf. respiratoires et cutanées) = virus fragiles
• Virus nus (inf. digestives) = v. résistants
• Isolement (Virocult) : rapide
• Biologie moléculaire : rapide
• Sérologie: ≪pas≫ de précautions
• Non respect → faux résultat
COMMENT JE LIBELLE LA DEMANDE D’EXAMEN ?

• Comporte
coordonnées , prescripteur , date, heure de prélèvement ,renseignements cliniques
date de début , épidémie , grossesse
• Établit le « dialogue » avec le prescripteur→Choix des analyses
QUELLE (S) ANALYSE (S) ?

• Toutes les techniques ne sont pas disponibles pour tous les virus
• Atteinte localisée a la porte d’entrée
Souvent muqueuses :

- respiratoire
- digestive
oculaire
• Prélèvement local et diagnostic direct
• Atteinte systémique (Générale )
Diagnostic direct et/ou sérologique
LE DIAGNOSTIC DIRECT
• Les méthodes rapides
• Nature
détection directe des Ag viraux (EIA,IF)
détection directe des virus : (MET)
• Performances
rapidité d’exécution (quelques mn)
petit nombre de virus détectables
• Indications
gastroentérites : rotavirus,adenovirus infections respiratoires :VRS Grippe parainfluenza
• L’isolement en culture cellulaire
• Contraintes
Laboratoire de culture de tissus, ECP, délai
court, virus cultivable
• Intérêts
Sensibilité, disponibilité de la souche,
Culture cellulaire
Isolement en culture cellulaire
Specificité > 99%
Sensibilité 94-97%
• Détection du génome viral (DGV)

• Intérêts
Identification de ≪ tous ≫ les virus
Sensibilité, spécificité, quantification (CV)
• Inconvénients
Cout ( ↑) , technicien entrainé

Indication de la detection du génome viral
• DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE
- SNC (LCR) …
- Virus teratogenes (LA) : CMV, rubéole, B19
- Infections diverses : virus classe 3/4 (SRAS,
- Cancer du col
• GENOTYPAGES : VHC, VHC, VHB
• TETS DE RESISTANCE AUX ANTIVIRAUX
• SUIVI THERAPEUTIQUE (CV), contagion
Diagnostic indirect
• LE DIAGNOSTIC SEROLOGIQUE
• Methodes
ￚ IgG (sensible) état d’immunité
ￚ IgM (IC) infection aiguë
in utero ou neo-natale
ￚAvidite (IgG) dater l’infection
• Interets
• coût (↓) , automatisation
Indication du diagnostic sérologique

• DIAGNOSTIC ETIOLOGIQUE (PRIMO)INFECTION AIGUE ou PERSITENTE
- Hepatites (A, B, C, D, E), CMV, EBV, rubeole,
- rougeole, varicelle, parvovirus B19, oreillons,
• DIAGNOSTIC DE CERTITUDE
VIH, HTLV, VHC
• DIAGNOSTIC D’UNE INFECTION OCCULTE
(don de sang, d’allogreffe)
VIH, HTLV, VHB, VHC, CMV, EBV
• ETAT D’IMMUNITE : VZV CMV polio VHA
VHB EBV

LE VIRUS AMARIL
Dr. Sylla Yahaya
Arboviroses – arbovirus
• Virus transmis par un arthropode hématophage
• D’où leur nom arthropod borne viruses
• Classification purement épidémiologique sans valeur taxonomique
• A différencier des zoonoses
• Ne correspond pas à une famille de virus, mais regroupe des virus de différentes familles
– Les principales étant Togaviridae et Flaviviridae
– Quelques virus appartenant au Bunyaviridae, Reoviridae en font également partie
– Il n’en est pas de même des Arenaviridae et Filoviridae
• Famille Togaviridae Genre : Alphavirus
– Transmis par les moustiques
– Famille Flaviviridae Genre : Flavivirus
– Transmis par les moustiques ou les tiques
– Famille Bunyaviridae Genres: Bunyavirus
Nairovirus
Phlebovirus
– Transmis par les phlébotomes, les moustiques ou les tiques
• Famille Reoviridae Genres: Orbivirus
Coltivirus
– Transmis par les phlébotomes, les moustiques ou les tiques
Cycle épidémiologique
Homme : hôte accidentel et terminal

Sauf pour la fièvre jaune, la dengue et l’encéphalite Saint Louis
Cycle sylvestre
Homme : hôte accidentel et terminal

Sauf pour la fièvre jaune

Cycle urbain
Exemples de vecteurs
Gîtes potentiels de Aedes aegypti

Tout ce qui peut contenir de l’eau après les pluies :
vieux pneus, réservoirs, tonneaux, pots et soucoupes en argile ou en plastique, parpaings, vieux
murs,
arbres creux, carcasses de jouets
ou autres objets, bidons divers,
bouteilles vides, chéneaux, fleurs et plantes grasses
Exemples de vecteurs
Moustique Aedes albopictus (ou tiger mosquito)

Asie du Sud Est, s’étend de Madagascar à la Nouvelle Guinée et au nord à la Corée.
Il est le vecteur de l’Encéphalite Equine de l’Est, la Dengue et la fièvre jaune (Amérique du Sud et
Centrale et dans le Pacifique.
Il est également le vecteur du Chikungunya et du virus de l’encéphalite Japonaise
Il pique le jour et au crépuscule
Moustique Aedes africanus
C’est le principal vecteur des arbovirus en Afrique tropicale.

Il est un vecteur efficace des virus de la fièvre jaune. Chikungunya et le virus de la Fièvre de la Vallée
du Rift a également été isolé dans cette espèce.
Il pique le jour et au crépuscule

Les principaux réservoirs animaux
• Souvent, le réservoir n’est pas encore connu
• Oiseaux: * Encéphalite Japonaise, encéphalite St Louis,
West Nile virus
* EEE, WEE, Sindbis virus
• Porcs: * Encéphalite Japonaise
• Primates: * Fièvre jaune
* virus Chikungunya,O’nyong-nyong
• Rongeurs: * VEE,
* virus de l'encéphalite à tiques (TBE virus)
Principales pathologies
• Encéphalites:
– Encéphalite Japonaise, encéphalite St Louis, virus de l'encéphalite à tiques
– EEE, WEE
• Maladies fébriles quelques fois + rash ou arthrite:
– Fièvres hémorragiques:
– Fièvre jaune, dengue,
– virus de la fièvre hémorragique Crimée-Congo
Togaviridae
Famille : Togaviridae Genre : Alphavirus

Groupe du virus de l'encéphalite équine de l'Ouest
Western equine encephalitis virus [WEEV]
Sindbis virus [SINV] sous type Ockelbo, (virus Sindbis)
Groupe du virus de l’encéphalite équine de l’Est
Eastern equine encephalitis virus [EEEV]
Groupe: virus l’encéphalite équine du Vénézuela
Venezuelan equine encephalitis virus [VEEV]
Groupe du virus de la forêt Semliki
Semliki Forest virus [SFV],
Ross River virus [RRV], (virus Ross River)
Mayaro virus [MAYV], (virus Mayaro)
Chikungunya virus [CHIKV], (virus Chikungunya)
O’nyong-nyong virus [ONNV], (virus de l’O’nyong-nyong)
Famille : Togaviridae
Genre : Rubivirus
Espèce : Rubella virus [RUBV],
virus de la rubéole
Caractéristiques virologiques
• Virus enveloppés, sphériques glycoprotéines virales E1 et E2
•
• Capside icosaédrique, constituée par la protéine C
• Taille : 55 à 70 nm de diamètre

• ARN positif simple brin
(10 à 12 kb ).
Cycles épidémiologiques des Alphavirus
Eastern equine encephalitis virus [EEEV]

Sindbis virus [SINV]
Semliki Forest virus [SFV]
Les oiseaux sont le principal réservoir, plus rarement les rongeurs, les chauves souris.
Le passage aux mammifères et à l’homme se fait par des moustiques ornithophiles/zoophiles tels
que les Aedes spp
Venezuela equine encephalitis virus [EEEV]

Western equine encephalitis virus [EEEV]
Les réservoirs sont variés, principalement les rongeurs et les petits mammifères.
Les souches virales responsables d’épidémies, chez l’homme, ou d’épizootie chez les chevaux, sont
des sont génétiquement différentes. Elles correspondent à des mutants des souches responsables de
l’enzootie. Leurs vecteurs est sont Aedes spp.
Durant l’épidémie, les chevaux sont un important réservoir pour l’amplification et la diffusion du
virus

Manifestations pathologiques des Alphavirus
Epidémiologique des Alphavirus

Syndrome fébrile + encéphalites
• virus de l’encéphalite équine de l’Est (des USA) (EEEV)

Amérique (Nord et Sud)
• virus de l’encéphalite équine de l’Ouest (des USA) (WEEV)
Amérique (Nord et Sud) + Australie + Nouvelle Zellande
• virus de l’encéphalite équine du Vénézuela (VEEV).
Amérique (Nord et Sud)
Manifestations pathologiques des Alphavirus

Infections humaines souvent asymptomatiques
Deux catégories de formes symptomatiques

Syndrome fébrile +
• symptomatologie articulaire + rash
virus du Chikungunya (CHIKV)

virus de l’O’nyong-nuyong (ONNV)
virus Ross River (RRV)
virus Sindbis (SINV)
Virus Mayaro (MAYV)
• encéphalites
virus de l’encéphalite équine de l’Est (des USA) (EEEV)
virus de l’encéphalite équine de l’Ouest (des USA) (WEEV)
virus de l’encéphalite équine du Vénézuela (VEEV).
Virus du Chikungunya
• Fièvre + polyarthrite épidémique + éruption cutanée
• Réservoir: primates
• Hôtes : homme, primates, autres mammifères et oiseaux
• Vecteur : moustiques Aedes africanus, albopictus, Mansoni spp
• Afrique sub-saharienne, Asie du Sud-Est, Sub continent indien.
• Endémique en zone rurales d’Afrique sub-tropicale, sous forme épidémique en zone urbaine
• Virus isolé pour la première fois en Tanzanie en 1952/53.
• Plusieurs épidémies :
ex: Madras 1964: 400 000 malades sur 2 millions d’habitants
autres épidémies Sénégal (1996/97); RDC (1999/2000)
Début 2005 apparition au Comores puis extension aux autres iles de l’Océan Indien
· L’isolement du virus (Centre National de Référence)
– Très pathogène pour le souriceau.
– Effet cytopathique extensif en culture de cellules de vertébrés.
– Biologie moléculaire : RT-PCR

· Le diagnostic sérologique
• Anticorps sériques détectables en inhibition de l’hémagglutination (qui met en jeu
les glycoprotéines d’enveloppe) ou en neutralisation. En fait, le meilleur test est la
recherche d’IgM spécifiques par ELISA avec immunocapture
Famille : Flaviviridae Genre : Flavivirus

Virus transmis par les moustiques
• Groupe du virus de la fièvre jaune
Yelow fever virus [YFV], (virus de la fièvre jaune)
• Groupe du virus de la Dengue
Dengue virus [DENV], (4 sérotypes) (virus de la Dengue)
• Groupe du virus de l'encéphalite japonaise
Japanese encephalitis virus [JEV], (virus de l'Encéphalite Japonaise)
St. Louis encephalitis virus [SLEV], (virus de l'Encéphalite Saint-Louis)
Murray Valley encephalitis virus [MVEV]
West Nile virus [WNV], (virus West-Nile)
Kunjin virus [KUNV], (virus Kunjin)
Rocio virus [ROCV],( virus Rocio)
Virus transmis par les tiques

Tick-borne encephalitis virus [TBEV], (virus de l'encéphalite à tiques)
sous-types:
virus de l'encéphalite d'Europe Centrale (TBEV-W)
virus de l'encéphalite verno-estivale de Russie (TBE-FE)
Omsk hemorragic fever virus [OHFV], virus de la fièvre hémorragique d'Omsk
Kyasanur Forest disease virus [KFDV], virus de la maladie de la forêt de Kayasanur
Famille : Flaviviridae
Genre : Hepacivirus
Espèce: Hepatitis C virus [HCV],
virus de l'hépatite C)
GB virus A [GBV-A]
Genre : Pestivirus
Espèce: bovine diarrhea virus [BDV]

Le génome et les protéines

Manifestations pathologiques des Flavivirus
Manifestations pathologiques
Les Flavivirus sont responsables
• fièvres éruptives avec arthralgies
• Dengue (DENV) Tropiques
• West Nile (WNV) Afrique, Moyen-Orient,
Europe, Amérique Nord
• Encéphalites
• Encéphalite japonaise (JEV) Inde, Sud-Est Asie
• Encéphalite Saint-Louis (SLEV) Amérique
• Murray Valley encephalitis (MVEV) Australie
• Rocio virus (ROCV) Amérique du Sud
• Encéphalite à tiques (TBEV) Europe, Asie
Les Flavivirus sont responsables

• fièvres hémorragiques
• Dengue (DENV) + rash + choc tropiques
• Fièvre jaune (YFV) + hépatite Afrique, Amérique du sud
• Omsk (OHFV) Sibérie
• Kyasanur Forest disease (KFDV) Inde
Physiopathologie des fièvres hémorragiques
Transmis à l'Homme par piqûre d'un moustique infecté (genre Aèdes)  lors de
injection salive (action anticoagulante).
Tropisme (tendance à se multiplier) 3 organes
- Système immunitaire anticorps non spécifique
- Foie  hépatonéphrite
- Cellules endothéliales des vaisseaux sanguins. (les monocytes, macrophages, les dendritiques)

La fièvre jaune
• Deux formes épidémiologiques: urbaine et sylvestre
– Forme sylvestre: l’homme est un hôte accidentel
– Forme urbaine: transmission entre humains est assurée par un moustique, Aedes
aegypti.
Cliniquement:
– fièvre, frissons, céphalées, myalgies et douleurs abdominales
– Certains patients peuvent présenter une infection asymptomatique ou un syndrome
fébrile
– Après 3 à 4 jours: atteinte hépatique (ictère), cardiaque et manifestations
hémorragiques.
– Mortalité élevée (50%) chez les touristes ou au cours d’épidémies
Prévention:
– Vaccin vivant atténué pour les personnes vivants ou voyageant dans les zones
d’endémie
Virus de la dengue et sa cinétique
Cinétique du virus et des anticorps de type IgM et IgG au cours d’une infection par le virus de la
dengue. Cas d’une infection primaire.

La Dengue
• 4 types de virus transmis par un moustique (Aedes)
• Cycle épidémiologique: homme – moustique – homme
• Cliniquement:
– Fièvre élevée, lymphadénopathies, myalgies,arthralgies, céphalées et rash.
– Cas sévères avec en plus hémorragies et/ou syndrome de choc :
• Dengue hémorragique (DHF)
• Dengue avec syndrome de choc (DSS)
• mortalité 5-10%
• mécanisme immunopathologique.
• causée par infection primitive ou surtout secondaire (sérotype différent)
• Prévention:
– Destruction des moustiques
– Actuellement pas de vaccin, mais essais en cours en Thailande
Physiopathologie de l’infection de la Dengue hémorragique

• Rôle des IFNs
– Taux élevés d’IFNa et d’IFNg corrélés avec protection de l’hôte.

– IFNg produit par NK, active macrophages et a un rôle dans la clearance du virus via
NO.
– Mais trop de NO  altération des cellules de l’endothélium vasculaire
• Rôle des anticorps
– Protection spécifique de sérotype
– Infection secondaire associée à risque de DHF/DSS
• Cytokines
– TNF-g ++, IL-6, IL-8 et IL-10

PROCEDURES DE DIAGNOSTIC EN
HYGIENE HOSPITALIERE
Dr KOUAME Clarisse
INTRODUCTION
 Le rôle du laboratoire dans la prévention des infections nosocomiales est importante.
 Surveillance
 Surveillance des souches des malades
 Surveillance des souches environnementales
 Surveillance des souches du portage chez le personnel
 Fonction d’alerte
Surveillance environnementale
• On surveille quoi ?
– Air
– Eaux
– Surfaces ,équipements etc.
• À quel moment, Contexte?
– surveillance programmée de salles a haut risque infectieux
– ouverture de service après travaux
– investigation au cours d’ épidémie nosocomiale
LES PRÉLÈVEMENTS
 Prélèvements microbiologiques de l’air
 Prélèvements microbiologiques des
 surfaces et matériels
 Prélèvements microbiologiques de l’eau
 Prélèvements Particulaires
Organisation générale des prélèvements

 Standardisation
 Tenue de l’opérateur adaptée au site
 Identification des échantillons
 Recueil de renseignements nécessaires à l’interprétation
 Acheminement des prélèvements au laboratoire
 Incubation, lecture, interprétation et
diffusion des résultats
Prélèvements microbiologiques de l’air

 Définir les zones de prélèvement
 Soufflage ou non
 Zone d’intervention spécifique
 Grille de reprise
 4 à 6 prélèvements de 0,5 mètre cube par salle

Prélèvements microbiologiques des surfaces et matériels
 10 points par salle d’intervention
 5 points par box ou chambre
 Privilégier les points présentant un risque infectieux le plus élevé pour les patients
 Conserver les mêmes points de prélèvements pour comparaison et surveillance
Exemples de point de prélèvement :
• Respirateur
• Bistouri
• Chariot d’anesthésie
• Scialytique
• Table d’opération
• Table d’instrumentation
• Matériel médical spécifique à l’activité de la salle
• Sol, etc…
Prélèvements microbiologiques de l’eau et des points d’eau

 Écouvillonnage des brises jet
 Écouvillonnage de la manivelle
 Écouvillonnage du lavabo
 Surface du point d’eau
 1er jet d’eau
 2ième jet d’eau
METHODE PRÉLÈVEMENT DE SURFACE

Par application de boite ou par écouvillonnage
 Par application de boite
 Type de surface : plane, lisse et sèche
 Modalités :
 Noter les conditions du prélèvement (avant ou après nettoyage et/ou
désinfection, traitement d’air en fonctionnement ou non, conditions
d’utilisation du local, etc.) l'heure et le lieu.
 Matériel utilisé :
 Boite type count tact possédant un ménisque de milieu de culture convexe
et offrant une surface de contact d’au moins 20 cm carré,
 Applicateur permettant de standardiser le prélèvement
Prélèvement de surface par écouvillonnage
– Type de surface : pour les zones difficiles d'accès, ou réalisé en complément pour
une recherche qualitative.
– Modalités :
• Noter les conditions de prélèvements.
• Humidifier les écouvillons (eau distillée stérile, sérum physiologique,
• Passer l’écouvillon en stries parallèles rapprochées, en faisant tourner
légèrement l’écouvillon mouillé. Répéter l’échantillonnage de la même zone
par des stries perpendiculaires aux premières
• Délai d’acheminement et transport :
24 heures maximum à température ambiante
• Milieu :
Milieu pour flore totale avec neutralisant adapté au désinfectant utilisé pour les surfaces. Ex:
le neutralisant pour le glutaraldéhyde est à base de tween plus lécithine ou histidine (1 à 3 %).
Température et temps d’incubation : fonction des bactéries et des fongiques

 Température et temps d’incubation :
 72 heures à une température comprise entre 25° C et 37° C à température ambiante
ou a l’étuve. Faire une première lecture a 24h. Il est recommandé de poursuivre
l’incubation sur trois jours si necessaire.
 7 jours à température ambiante pour les fongiques.
GESTION DES RESULTATS

 Le laboratoire doit assurer l’ Interprétation et la diffusion des résultats
 Critères d’interprétation pour chaque prélèvement et en fonction des services
 Résultats et interprétation définitifs des
analyses sont envoyés par écrit au service concerné.
Conclusion
 Le diagnostic bactériologique permet de lutter contre les infections nosocomiales à travers:
 Le contrôle qualité des désinfections des aires sensible et du matériel réutilisable
 La surveillance de la circulation des BMR dans l’ environnement hospitalier ( sol, air ,
matériel….)
Les procédures de diagnostic en HH impliquent: les laboratoire , le service d’hygiène, le service
clinique , la direction…..

Examen cyto-bactériologique d’une collection
suppurée fermée
SK Koffi
26 mars 2020
Introduction
 Suppuration fermée= collection suppurée + absence d’ouverture sur l’extérieur
 Conséquences:
 Infection monomicrobienne? Mixte?
 Anaerobies?
 Prélevement?
 Affection très fréquente,
 Etiologie bactérienne mise en évidence par ECB
 Intérêt diagnostic, thérapeutique et pronostic
Objectifs
 Définir collection suppurée fermée
 Citer les principales indications de l’ECB d’un pus fermé
 Décrire les étapes de la réalisation de l’ECB d’un pus fermé
 Citer les principales bactéries retrouvées à l’analyse bactériologique d’un pus fermé
Contexte
Plusieurs localisations :
 Abdominale
 Pelvienne
 Buccale
 Cérébrale
 Cervicale
 Ostéo-articulaire
 Cellulaire sous-cutané
Il peut s'agir d'une infection :
 Par contiguïté, à partir d'une flore commensale
 Post-traumatique ou secondaire à des manœuvres chirurgicales
 Secondaire à une métastase septique
Objectifs de l’analyse
 Poser le diagnostic étiologique des suppurations
 Isoler l’agent pathogène
 Aider au traitement
o décision antibiothérapie
o choix antibiotiques
o suivi traitement
o guérison

Flore bactérienne des suppurations fermées
Flores normales de l’organisme
Prélèvements
 L’isolement des bactéries pathogènes dépend de:
o Localisation de la suppuration (proche ou non d'une flore commensale),
o Mode de prélèvement (seringue, biopsie)
o Mode de transport
 Transport
o Bactérie en cause peut être fragile: Préserver la vitalité des microorganismes
o Produit pathologique est un excellent milieu de transport, si la quantité >2 ml et
patient sans antibiotique
o Quantité < 2 ml, ou transport différé = milieu de transport
o Bon milieu de transport = protéger les anaérobies de l'oxygène, empêcher la
dessiccation, et préserver la multiplication ultérieure des bactéries aérobies ou
anaérobies

Réalisation Conteneur Transport
Prélèvement à la seringue: Seringue purgée ≤ 2 heures

Désinfecter la zone à d’air Température ambiante
prélever > 2 heures
Ponctionner à la seringue Si quantité <2ml, utiliser un milieu de
transport
Biopsie Flacon stérile ≤ 2 heures

(Os et tissus): Température ambiante
Acte chirurgical > 2 heures
Milieu de transport
 Aspect (aspect granuleux, mal lié des streptocoques)
 Consistance
 Odeur (Odeur fétide des anaérobies)
 Couleur (Pus bleu de P. aeruginosa)
Examen direct
 Etat frais
o Leucocytes altérés,
o Bactéries et leur mobilité,
o Autres éléments
 Coloration de Gram +++

o Nombre relatif de leucocytes,
o Cellule épithéliales,
o Aspect monomicrobien ou polymicrobien
o Abondance des différents types de bactéries
Culture
 Au minimum:
o Gélose au sang
o Incuber 24 à 48 h avec 5 à 10 % de CO2
 Autres milieux:
 En fonction du frottis coloré au Gram
o Chapman (Staphylococcus aureus)
o EMB (Enterobacteriaceae)
o Cétrimide (Pseudomonas aeruginosa)
o BEA (Enterococcus sp)
 Culture en atmosphères différents:
o Aérobie
o CO2
o Anaérobie
- Bouillon Schaedler
- Gélose Schaedler au sang
- Gélose au sang frais + ANC

Identification
o Se limite aux espèces d’intérêt clinique
 Possibilité d’infection polymicrobienne
Antibiogramme
 systématiquement pour les germes pathogènes isolés

Examen bactériologique des sécrétions
broncho-pulmonaires
PR BONI Catherine
Introduction
RAPPEL:
Muqueuse respiratoire: cils + mucus
Flore commensale ORL
Pneumopathies communautaires
Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle
Pneumopathie atypiques
Pneumopathies chez l’immunodéprimé
Mucoviscidose
Surinfections bronchiques (BPCO)
Objectifs
 Identifier la bactérie ou les bactéries en cause
 Différencier les bactéries commensales des pathogènes
 Étudier la sensibilité aux agents antimicrobiens.
 Rechercher une colonisation (surveillance épidémiologique)
Généralités
 De nombreuses espèces bactériennes responsables d’infections pleuro pulmonaires peuvent
être présentes à l’état de commensales dans l’oropharynx et la salive.
 Ce sont notamment :
 Haemophilus influenzae,
 Streptococcus pneumoniae,
 Staphylococcus aureus,
 des bactéries anaérobies strictes.
 Branhamella (ou Moraxella) catarrhalis
 Neisseria meningitidis (ou méningocoque
 Une attention extrême doit être portée aux conditions de recueil de ces prélèvements. Il faut
éviter la présence de salive qui risque de diluer la flore pathogène et de la contaminer par
des bactéries commensales.
 Sont considérées comme bactéries salivaires :
 staphylocoques à coagulase négative,
 streptocoques autres que S. pneumoniae,
 corynéformes,
 Neisseria commensales.

 Question: Citer les principales bactéries retrouvées au niveau de la flore commensale oro-
pharyngée ?
 Exacerbations de BPCO
 – 50% cas: origine infectieuse (virale ou bactérienne)
 Diagnostic microbiologique des infections broncho-pulmonaires
 – Seule la purulence franche de l’expectoration constitue un argument fort en faveur de
origine bactérienne
 – Bactéries responsables de surinfection bronchique
 • Streptococcus pneumoniae
 • Haemophilus influenzae, Branhamella catarrhalis
 • Pseudomonas aeruginosa (Mucoviscidose ++)
 • Staphylococcus aureus, Entérobactéries
 – Examen cyto-bactériologique de expectoration en
 général inutile!
Les bactéries
 – Pneumonie franche lobaire aiguë
 Streptococcus pneumoniae +++
 Legionella pneumophila (Légionellose)
 – Pneumopathies interstitielles (P. atypiques)
 • Legionella pneumophila (Légionellose)
 • Mycoplasma pneumoniae
 • Chlamydophila pneumoniae, Chlamydophila psittaci
 • Coxiella burnetii
 – Pneumopathies nosocomiales
 Pseudomonas aeruginosa, S. aureus, Entérobactéries
 (Klebsiella, Enterobacter, Serratia), Anaérobies,
 Acinetobacter baumanii
 Legionella pneumophil
Les virus
 – Broncho-pneumonies virales
 Virus respiratoires (VRS ++, grippe)
 Varicelle, Rougeole
 – Pneumopathies interstitielles virales
 Virus respiratoires
 CMV
 SRAS
 Coronavirus
LES CHAMPIGNONS ET PARASITES

 – Mycoses broncho-pulmonaires
 Chez immunodéprimé +++
 • Candidoses
 • Aspergilloses
 • Pneumocystose
 • Rares: Cryptococcose, Histoplasmose
 • 4. Parasites
 – Localisations pulmonaires rares:
 Hydatidose,
 amibose

Question:
 Citer les différents types prélèvements réalisables pour établir le diagnostic étiologique
d’une pneumopathie infectieuse ?
Prélèvements pulmonaires
 – Expectoration ou crachat (ECBC)
 – Aspiration endotrachéale (ou bronchique)
 – Prélèvement bronchique protégé (Brosse)
 – Lavage broncho-alvéolaire (LBA)
 Attention: risque de contamination par flore salivaire +++ (ECBC ou Asp bronchique)
 • Si gravité Þ Hémoculture
 • Recherche d’Ag urinaires: Legionella +++, Pneumocoque (patients en Réa)
Examen cytobactériologique des crachats (ECBC)

 – Attention: risque de contamination par flore salivaire +++
 • Conditions de prélèvement: lavage antiseptique, puis rinçage de cavité buccale, recueil au
cours d’un effort de toux (kiné++)
 – Interprétation valide si:
 • PNN > 25/champ (microscope objectif X10)
 • Cellules épithéliales < 10/champ (microscope objectif X10)
 • Flore dominante à examen direct +++
 • Culture: Flore monomorphe > 107 UFC/ml
Aspiration endotrachéale (ou bronchique)

 Attention: risque de contamination par flore salivaire +++
 – Interprétation valide si:
 • PNN nombreux
 • Cellules épithéliales < 10/champ
 • Flore dominante à examen direct
 • Culture: Flore monomorphe > 105 UFC/ml
Prélèvements sous fibroscopie (invasifs ++):

 • Prélèvement bronchique protégé : Brosse, Cathéter Brun-Buisson (CBB)
 – Seuil de significativité pour bactéries:
 • Culture: > 103 UFC/ml
 • Lavage broncho-alvéolaire (LBA)
 – Seuil de significativité pour bactéries:
 • Culture: > 104 UFC/ml
 • Critères quantitatifs non nécessaires pour
 Legionella, Mycobacterium, Nocardia,
 Actinomyces: pas de porteurs sains
Les pneumopathies aigue communautaires (pac)

 PAC sans signes de gravité
 – Examen microbiologique inutile: non
 recommandé en ambulatoire
 – TTT antibiotique de 1ère intention
 probabiliste
 – Evaluation TTT à J3: durée 7-14jPour certains auteurs l’examen bactériologique du
crachat en routine doit être proscrit.

 © Plus de 90 % de ces infections sont dues à un
 nombre limité d’espèces bactériennes à savoir :
 - Streptococcus pneumoniae,
 - Haemophilus influenzae,
 - Mycoplasma pneumoniae,
 - Legionella pneumophila,
 - Chlamydia pneumoniae.
 © Ses résultats sont aléatoires en raison de la contamination salivaire.
 © Le traitement antibiotique de première intention est prescrit de façon probabiliste en
fonction de critères épidémiologiques.
 Signes de gravité ou Pneumopathies nosocomiales ( Soins intensifs ou Réa)
 – Diagnostic bactériologique indispensable: prélèvement distal protégé ++ (si impossible, asp
bronchique)
 • Présence de ¢ épithéliales Þ contamination (salive)
 • Examen cyto-bactériologique + numération quantitative des germes
 • Seuil significatif ³ 103 UFC/ml (³ 105 si asp bronch)
 • Réalisation d’un antibiogramme ++
 – Hémocultures, détection Ag urinaires Legionella et
 Pneumocoque
 – Remarque: LBA chez immunodéprimé++ (recherche de
 mycobactéries, Nocardia, virus (CMV, VZV),
 Pneumocystis, Levures…)
Les conditions de prélèvement

 Pour remédier à cet écueil important, plusieurs mesures sont préconisées :
 © éliminer les prélèvements dont l’examen microscopique montre une contamination
salivaire évidente ;
 © procéder à une analyse quantitative de la flore bactérienne ;
 © recueillir les sécrétions pulmonaires des malades ayant une pneumopathie grave au
moyen de méthodes invasives mais plus fiables : brossage
 bronchique protégé et lavage broncho-alvéolaire.
Le prélèvement
 Le recueil de l’expectoration doit respecter un protocole rigoureux :
 il doit se faire le matin, au réveil, après rinçage bucco-dentaire à l’eau distillée stérile et lors
d’un effort de toux aidé, si besoin d’une kinésithérapie.
 L’examen bactériologique doit être effectué sans délai.
Le transport
 Pour éviter la pullulation des bactéries commensales aux dépens de bactéries fragiles comme
S. pneumoniae, le prélèvement doit être acheminé rapidement au laboratoire.
L’examen microscopique
 La technique suivie, décrite par Bartlett et adaptée par Murray et Washington, permet
d’apprécier le degré de contamination par la salive.
 Elle consiste à examiner soit à l’état frais, soit un frottis coloré par la méthode de Gram au
microscope à grossissement x 100 et à dénombrer en faisant une moyenne sur 10 champs les
cellules épithéliales et les leucocytes par champ (après vérification de la morphologie à un
grossissement plus fort)

Critères d’examen
 Les résultats de l’examen microscopique permettent de distinguer 5 classes de crachats :
 Les crachats de classe 1 et 2 sont fortement contaminés par la salive. Ils ne sont pas
utilisables pour la culture. Un autre prélèvement est à demander.
 Les crachats de classe 3, 4 ont un nombre de leucocytes qui témoigne d’une réaction
inflammatoire mais sont contaminés par la salive.
 Les crachats de classe 5 sont les plus appropriés pour l'examen bactériologique.
 Ceux de classe 4 sont acceptables.
Les critères d’évaluation de l’examen microscopique
Culture et dénombrement
 Après fluidification du prélèvement on ensemence une dilution appropriée permettant un
dénombrement des bactéries au delà de 105 UFC/ml sur :
 © gélose chocolat enrichie (5 à 10 % de CO2) avec ou sans bacitracine
 © gélose au sang
 © gélose sélective pour les bacilles à Gram –
 Habituellement on se limite à l'identification et à l'antibiogramme d'une ou deux espèces
bactériennes en quantité 107 bactéries par ml.
Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle

 Elles sont fréquentes : 10 à 30 % des malades sous respirateur.
 Elles sont graves : mortalité 20 à 50 %.
 L’isolement des micro-organismes en cause est la clé du traitement
Principales espèces responsables

 Ce sont les bacilles à Gram négatif (BGN) pour 60 % des cas et les staphylocoques pour 40 %
des cas.
 Dans un tiers des cas, il s’agit d’une infection polymicrobienne.
 © Les BGN sont par ordre de fréquence :
 - Pseudomonas aeruginosa
 - Acinetobacter baumannii
 - Klebsiella - Enterobacter - Serratia
 © Les staphylocoques sont Staphylococcus aureus (30 %) et aussi S. epidermidis (10 %).
 © Les Candida spp. sont trouvés avec une fréquence croissante, jusqu’à 10 % des cas.
 © Parmi les autres espèces, citons :

 - S. pneumoniae et H. influenzae, au cours de pneumopathies nosocomiales précoces (moins
de 5 jours d’hospitalisation) ;

 probablement sous-estimée et dont l’incidence est importante lors des pneumopathies de
déglutition ;
 - Legionella pneumophila.
Le prélèvement
 le brossage bronchique protégé (BBP),
 le lavage broncho-alvéolaire (LBA),
 l’aspiration endotrachéale (AET).
Examen microscopique
 Après avoir prélevé la quantité nécessaire à la culture on réalise une coloration de Gram sur
le culot de centrifugation.
 La culture quantitative s’effectue dans les conditions décrites plus haut.
 © Un seuil de 103 UFC/ml est considéré comme significatif.
 La sensibilité et la spécificité sont de l’ordre de 70 % c’est à dire qu'il est observé environ 30
% de faux négatifs.
 © Le seuil de significativité peut être abaissé à 5.102 UFC/ml notamment chez les malades
recevant des antibiotiques.
 Chez ces malades un dénombrement bactérien < 103 UFC/ml ne peut éliminer le diagnostic
d’infection pulmonaire
Milieux de culture
 Les prélèvements doivent être ensemencés au minimum sur les milieux suivants :
 © Gélose nutritive permettant la croissance de S. pneumoniae, S. aureus et S. pyogenes.
 © Gélose nutritive permettant la croissance de Haemophilus.
 © Gélose sélective permettant la croissance de bacilles à Gram négatif et plus
particulièrement P. aeruginosa et B. cepacia.
 © Gélose permettant la croissance de champignons (Candida, Aspergillus).
 Tous les milieux sont incubés 48 à 72 heures à 37°C après une première observation à 24
heures.

Antibiogramme
 Un antibiogramme restreint est réalisé avec recherche de bêtalactamase pour :
 - Haemophilus influenzae.
 - Moraxella catarrhalis.
 © Un antibiogramme pour les cocci à Gram positif :
 S. aureus, S. pneumoniae.
 © Un antibiogramme pour les bacilles à Gram négatif :
 • Pour chaque morphotype dominant de P. aeruginosa.
 • Pour B. cepacia.
 • Pour les autres bacilles à Gram négatif non fermentants (S. maltophilia, A. xylosoxi -
dans).
 - Certaines molécules ne doivent pas être oubliées : ticarcilline, ceftazidime, aztréonam,
imipénème, tobramycine, amikacine, ciprofloxacine, colimycine.
 - D'autres molécules peuvent être testées : ticarcilline + ac. clavulanique, pipéracilline +
tazobactam, céfépime, moxalactam, cotrimoxazole, isépamicine.

Examen cytobactériologique :
ORL,Nez,Yeux,Sinus
ASSISTANTE CHEF DE BIOCLINIQUE
Plan
Introduction
I-Examen cytobactériologique de prélèvement de gorge
a-Phase préanalytique
-Prélèvement et transport
b- Analyse au Laboratoire
-Examen microscopique
-Culture et Identification
Objectifs
1- Décrire les différentes étapes de l’analyse d’un écouvillonnage de gorge
2-Citer 4 bactéries responsables d’infections ORL, des yeux et des sinus
3-Citer 3 milieux de cultures pour l’ensemencement d’un prélèvement de gorge.
Examen cytobactériologique d’un prélèvement de gorge

Phase préanalytique
Prélèvement
 Doit être réalisé avant toute antibiothérapie locale ou générale.
 L'émission du son « Aaah" par le patient permet de diminuer le réflexe nauséeux.
 On procède à l'écouvillonnage des amygdales

Tableau I :Modalités de prélèvement et de l’acheminement
Site Conteneur Nombre Transport
Amygdales ou paroi Ecouvillon Avec ou On réalise deux Transférer le
postérieure pharynx sans milieu de écouvillons : l'un prélèvement au
Abaisse langue pour éviter la transport de type pour un étalement laboratoire aussi
contamination salivaire Stuart ou Amies si la sur lame et l'autre rapidement que
Emission du son AAA mise en culture est destiné à la mise possible à
Ecouvillon de coton ou différée de plus de 2 en culture température
d’alginate : Dans le cadre heures ambiante
d’une angine à fausses ( ≤ 2heures)
membrane : écouvillon à la Si le transport est
périphérie des membranes. différé de quelques
heures la
conservation au
réfrigérateur (4 à
8°C) est préférable.
Réception
Vérifier que le prélèvement est correctement identifié
Vérifier les documents qui accompagnent (renseignements cliniques, contexte et recherche de
microorganismes particuliers)
Renseigner le registre du laboratoire sans oublier de marquer l’heure de réception au niveau du
laboratoire
Phase analytique
 Se fait après la coloration de Gram
 But:
◦ Rechercher la présence ou l'absence de leucocytes, témoins de l'inflammation,
◦ Mettre en évidence l'association fuso-spirochètienne caractéristique de l'angine de
Vincent,
◦ Décrire la flore (qualitativement et quantitativement)
◦ Guider au choix du milieu de culture
Culture
Le Choix de milieux est fonction des objectifs et de chaque contexte.
Tableau II: Principaux microorganismes, milieux de culture et condition d’incubation
Micro organisme Milieu de culture Incubation
Streptococcus gélose au sang cuit 10 % de CO2

pyogènes
H. influenzae gélose au sang cuit ou gélose chocolat enrichie en mélange 10 % de CO2
polyvitaminique avec ou sans bacitracine
S. aureus gélose au sang sans inhibiteur ou gélose ordinaire
M. catarrhalis milieu ordinaire ou gélose chocolat (détection plus rapide) 10 % de CO2,
N. gonorrhoeae gélose chocolat enrichie en mélange polyvitaminique 10 % de CO2,
additionnée d'un mélange inhibiteur (type VCAT)
C. diphtheriae Milieu de Loeffler ou milieu de Tinsdale modifié

Identification(Streptocoques)
Identification(Streptocoques)
Identification(C. diphtheriae)
◦ Au bout de 24H,l’on observe
 gélose au sang ou sur le milieu de LOEFFLER au sérum coagulé de petites
colonies grisâtres granuleuses.
 Sur milieu de Tinsdale = milieu sélectif ; C. diphtheriae donne des colonies

noires (réduction du tellure) entourées d’un halo brun-noir (H2S).

• Gram
• Bacille à Gram positif, non ramifié, non sporulé, non capsulé
• Forme de massue et groupées en amas donnant des images en
palissade, en paquets d'épingles ou en lettres de l'alphabet
• Test biochimique : Catalase +
• Identification = C. diphtheriae recherche de la toxine sur colonie par
PCR
Identification(Angine de Vincent)
Le diagnostic se fait par l’examen direct du prélèvement de gorge mettant en évidence l’association
fuso-spirochètienne. Il s’agit de :
-Bacille Gram négatif « fusiformes » = F. necrophorum
-Spirochètes (bactéries spiralées)= B. vincentii
La culture est inutile.
Identification(Haemophilus influenzae)
Colonie
 souches capsulées : colonies muqueuses
 souches non capsulées : colonies lisses, plus petites
Gram
 Petits bacilles Gram négatif, parfois capsulés
Autre
 Phénomène de satellitisme : développement de colonies d’H. influenzae à
proximité d’une strie de S. aureus sur gélose au sang (S. aureus apporte le
facteur V)
 Exigence facteur X+V. Haemophilus n'a poussé que autour du disque de
papier imprégné de facteurs X et V.
Identification(N .gonorrhoeae)
 Colonies grisâtres à bord régulier de 0,5 à 1 mm de diamètre
 Cocci à Gram négatif, diplocoques avec une face plane, une face arrondie et accolés par leur
face plane en "grains de café", parfois en tétrades ; non sporulés, immobiles

Identification(M. catarrhalis)
 Culture:
colonies non pigmentées, grises, non hémolytiques sur gélose sang, à bords nets
 Gram:
Diplocoque Gram négatif
 Caractères biochimiques
Catalase : +
Oxydase : +
Nitrate réductase +, DNAse +, test à la Tributyrine + , Saccharose – (contrairement aux Neisseria)
Interprétation
Tableau III: Principaux microorganismes responsables d’infections ORL
Bactéries
Streptococcus pyogènes (Groupe A), des streptocoques B-hémolytiques des groupes C et G
Mise en évidence par microscopie uniquement de l’association fuso-spirochètienne caractéristique

de l’angine de Vincent
Corynebacterium diphteriae
N .gonorrhoeae
S aureus, anaérobie..
Pseudomonas spp., Entérobactéries
II-Examen cytobactériologique d’un prélèvement de sinus
Définition
 Les sinus sont des cavités remplies d'air au sein des os du crâne, reliées par des orifices au
conduit respiratoire principal du nez. Il existe quatre paires de sinus(frontaux, maxillaires,
sphénoïdaux, ethmoïdaux) qui s'ouvrent dans les fosses nasales.
Prélèvement
 Produit biologique:
◦ Pus d’une aspiration de sinus au méat moyen (prélèvement est réalisé par l’ORL)

◦ Par défaut :écouvillonnage des fosses nasales (prévoir 2 écouvillons)
 Modalités de transport et d’acheminement au laboratoire
◦ Idem au prélèvement de gorge
Phase analytique
L’examen du frottis après coloration de Gram
◦ Variable selon l’agent pathogène en cause
◦ Permet souvent une bonne orientation du diagnostic.
Milieux de culture
Tableau IV: Milieux d’isolement et conditions d’incubation
Milieu Conditions d’incubation Température et durée
Chocolat enrichie sous 5 à 10 % de CO2 48h à 37°C
Gélose au sang + ANC sous 5 à 10% de CO2 48h à 37°C
Drigalski 24 h à 37°C
Gélose Schaedler au sang anaérobiose 48h au minimum
Identification S aureus
 Cocci à Gram positif en amas
 S. aureus élaborent un pigment qui donne une couleur jaune-orangé aux colonies (à gauche).
 Catalase : +
 Coagulase+
Identification (Autres bactéries)

 H. Influenzae
 Streptococcus pneumoniae
 Moraxella catarrhalis
 Streptococcus pyogènes
(Confère les identifications du prélèvement de gorge)
III-Examen cytobactériologique d’un prélèvement auriculaire

Prélèvement
 Prélèvement est effectué par l’ORL
 A l'aide de 2 écouvillons fins (alginate ou dacron montés sur tige métallique), l'un servant à
réaliser extemporanément un étalement sur lame, l'autre étant destiné à la mise en culture.
 Les modalités de transport et d’acheminement au laboratoire sont Idem au prélèvement de
gorge
Phase analytique
 L'examen microscopique après coloration de Gram peut fournir un élément diagnostic
d'orientation intéressant à communiquer rapidement au clinicien.
Milieux de culture
Tableau VII: Milieux de culture

Milieux à ensemencer
• Gélose au sang cuit ou gélose chocolat enrichie en mélange polyvitaminique,

• Gélose sélective des bacilles à Gram négatif (nourrissons de moins de 3 mois)
• Gélose permettant la croissance des anaérobies,
• Gélose sélective des bacilles à Gram négatif,
• Milieu de Sabouraud
• Géloses au sang avec inhibiteur
Identification S. pneumoniae
Identification (Pseudomonas spp)

 Bacilles Gram négatif mobiles polaire, aérobies stricts
Oxydase +,
Catalase +
 Gélose Cétrimide :
 Gélose sélective qui favorise la pigmentation de P. aeruginosa
- Milieux King A et King B favorisant la production des pigments du P. aeruginosa (pyocyanine
sur le milieu King A et pyoverdine sur le milieu King B)
 Odeur de seringa
Interprétation
Bactéries
Chez l'enfant de plus de 3 mois et l'adulte :

Mise en évidence de Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella
(Branhamella) catarrhalis, Staphylococcus aureus
Chez le nourrisson de moins de 3 mois :
Mêmes bactéries plus Pseudomonas aeruginosa, Entérobactéries (E. coli, Proteus mirabilis) et
Streptococcus pyogènes (groupe A)
 Pouvoir pathogène récemment reconnu, la présence de Alloiococcus otitidis (Cocci à Gram

positif se développant en 4 à 5 jours sur milieux au sang)

 Turicella otitidis (bacille à Gram positif corynéforme se développant en 48 heures sur milieux
au sang) doit être signalée dans les otites moyennes.
IV-Examen cytobactériologique d’un prélèvement oculaire

Prélèvement
Conjonctivite
 Bien tirer la paupière
 •Prélever avec les 2 écouvillons au niveau du bord interne de la conjonctive, en passant au
niveau de l’angle interne de l’oeil
 Mettre un écouvillon dans le milieu de transport
 Utiliser l’autre pour faire 2 frottis sur 2 lames sinon l’envoyer au laboratoire tel que
Phase analytique
Examen direct
 Deux frottis peuvent être réalisés :
◦ Premier pour la coloration de Gram qui permettra de décrire la flore dominante ;
◦ Deuxième pour une coloration de Giemsa à partir de laquelle l’aspect cytologique
sera étudié, en particulier la présence de polynucléaires.
◦ D’autres frottis pourront être réalisés selon le contexte clinique et épidémiologique
pour mettre en évidence Chlamydia trachomatis par immunofluorescence
 Milieux de culture
Idem précédents
Interprétation
Contexte habituel Contextes particuliers
S. aureus, S. pyogènes, S. pneumoniae, Adulte immunodéprimé

H. influenzae, N. gonorrhoeae, Entérobactéries, Pseudomonas, levures
Moraxella spp Nourrisson et petit enfant : C. trachomatis, P.
aeruginosa.
Conclusion
 Analyses importantes en microbiologie
 Ecouvillonnage le plus souvent réalisé par le spécialiste
 Procédure : Examen cytobactériologique de pus
 Diversité des microorganismes avec des spécificités fonction de la localisation anatomique

LA RUBEOLE
COURS INFAS 3ème ANNEE 2020
Présenté par Docteur SEVEDE Daouda, IPCI
PLAN
 AGENT PATHOGENE, RESERVOIR, SOURCE
 PATHOGENESE
 VIABILITE, RESISTANCE PHYSICO-CHIMIQUE
 CONTAGIOSITE
 INCUBATION
 MODE DE TRANSMISSION
 SYMPTÔMES
 COMPLICATIONS
 DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
 TRAITEMENT
AGENT PATHOGENE, RESERVOIR, SOURCE

 Agent pathogène : Virus à ARN monocaténaire, à polarité positive et muni d’une capside
appartenant à la famille des Togaviridae et au genre Rubivirus.
 Réservoir strictement humain.
 Source : Rubéoleux 1 semaine avant et 1 semaine après par voies aériennes
 Nouveau-nés infectés pendant 6 mois
PATHOGENESE
• Réplication virale, appareil oropharyngé puis organisme par voie sanguine.
• En cas de primo infection rubéolique maternelle, contamination embryon ou fœtus par
voie hématogène transplacentaire.
Deux facteurs interviennent en particulier :
- Âge gestationnel au moment de l’infection maternelle
- Résistance du fœtus à l’infection.
VIABILITE, RESISTANCE PHYSICO-CHIMIQUE

 Courte survie à l'extérieur de l'hôte ;
 Inactivé par la chaleur : 56 °C pendant 30 minutes, 70 °C pendant 4 minutes, 100 °C pendant
2 minutes ;
 sensible aux rayons U.V. et à de nombreux désinfectants et antiseptiques : hypochlorite de
sodium à 1 %, éthanol à 70 %, glutaraldéhyde, formaldéhyde, solvants lipidiques.
CONTAGIOSITE
• Contagiosité pendant tout le portage :
-chez personne atteinte de rubéole : +/-1 semaine de l'éruption, pouvant se prolonger 15 à 21 jours
après éruption.
-chez nouveau-né atteint de rubéole congénitale, excrétion virale se prolonge au moins 6mois
(notamment dans l'urine). Pendant cette période, il peut transmettre l’infection aux personnes qui
prennent soin de lui.

INCUBATION ET MODE DE TRANSMISSION
 INCUBATION
Temps d’incubation: environ 14 à 21 jours.
 MODE DE TRANSMISSION
Transmission par intermédiaire de gouttelettes provenant des voies aériennes supérieures et
générées par la toux, les éternuements.
Transmission aussi par contact des muqueuses avec mains, objets ou surfaces contaminés par
sécrétions d'un sujet infecté ou l'urine d'un nouveau -né atteint de rubéole congénitale
SYMPTÔMES
Phase d'invasion, souvent muette chez l'enfant, peut-être plus marquée chez l'adolescent et l'adulte
avec une fièvre modérée, des céphalées, etc…
Eruption, inconstante, débute au niveau du visage et du cou, s'étend en moins de 24 heures au tronc
puis aux membres, en respectant les extrémités
Ces signes peuvent s’accompagner parfois d’un énanthème très discret et d’une splénomégalie
modérée.
COMPLICATIONS
Rares chez l'adolescent ou l'adulte, : polyarthrites simultanées à l'éruption.
En cas de grossesse, complications fréquentes (avortement spontané et embryofoetopathie). Le
premier trimestre de grossesse est à cet égard, le plus sensible. Passé ce délai, le risque majeur, la
surdité.
La rubéole congénitale se traduit par:
- malformations cardiaques ;
- malformations neurologiques ;
- malformations oculaires ;
- un retard de croissance
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
• Diagnostic prénatal d'infection fœtale, proposé en cas de contact ou non d'une femme
enceinte non-immunisée avec un patient infecté, avec éruption ou non.
• Détection d’IgM environ 4 jours après l'apparition des premiers signes. (Une augmentation
des IgG suit rapidement celle des IgM).
• NB: Dosage IgM est peu spécifique(disparition rapide après 3 à 6 semaines)
• En l'absence d'IgM, l'argument décisif d'infection récente est le comparatif entre deux
examens successifs : séroconversion ou élévation significative du taux d'IgG entre deux
examens à 3 - 4 semaines d’écart (dans le même laboratoire). Aussi mesurer l'avidité des Ac
IgG.
• Recherche d'IgA (si négative, primo-infection exclue), afin de différencier les primo-
infections des ré-infections.
NB: Pour techniques de diagnostic biologique, voir cours sur la rougeole.
TRAITEMENT
• But: Eviter rubéole congénitale.
• Vaccination mieux indiquée mais contre indiquée chez la femme enceinte.
• Traitement symptomatique : désinfection du nez, de la gorge, des yeux ; réhydratation;
poursuite de l’alimentation ; toilette quotidienne et après chaque selle.
• Traitement spécifique des complications : essentiel pour éviter l’évolution vers la mort.

LA ROUGEOLE
Présenté par Docteur SEVEDE Daouda/IPCI
PLAN
 AGENT PATHOGENE, RESERVOIR, SOURCE
 EPIDEMIOLOGIE GENERALE
 VIABILITE, RESISTANCE PHYSICO-CHIMIQUE
 CONTAGIOSITE
 INCUBATION
 MODE DE TRANSMISSION
 CLINIQUE
 DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
 TRAITEMENT
AGENT PATHOGENE, RESERVOIR, SOURCE

 Agent pathogène : Virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Paramyxoviridae et
au genre Morbillivirus.
 Réservoir strictement humain.
 Source : Salive, larmes et sécrétions des voies aériennes supérieures et bronchiques.
EPIDEMIOLOGIE GENERALE
 Contagiosité ++, apparition en saison sèche dans régions tropicales
 Population cible: enfant, adolescent et adulte.
 Nourrissons protégés jusqu'à 6 à 9 mois par Ac maternels
 Facteurs favorisants: jeune âge, malnutrition, déficit en vitamine A, infections associées,
promiscuité, bas niveau d’hygiène.
 Epidémies fréquentes et graves chez réfugié et personne déplacée avec 15 % de mortalité.
 Forte contagiosité +/- 4 jours après début exanthème.
VIABILITE, RESISTANCE PHYSICO-CHIMIQUE

 Persistance infectiosité aérosol pdt 30 min.
 survie < 2 heures sur surface inerte.
 inactivé par la chaleur : 56°C pendant 30 min.
 inactivé par la lumière.
 Sensible à désinfectants :
- Hypochlorite de sodium à 0,5% de chlore actif,
- Ethanol à 70%,
- Glutaraldéhyde,
- Formaldéhyde.
CONTAGIOSITE, INCUBATION, MODE DE TRANSMISSION

 Contagiosité: +/- 4 jours après exanthème
 Incubation: Silencieuse 10 à 14 jours
 Mode transmission:
- Contact direct avec gouttelettes provenant voies aériennes générées par toux et éternuements
personne infectée.

- Inhalation aérosols contaminés
- Contact muqueuses ORL avec mains souillées ou surfaces contaminées par sécrétions
oropharyngées.
CLINIQUE
 Atteinte, souvent vers 9 mois;
régions tropicales, saison sèche.
 Période invasion de 3 jours avec fièvre 39-40°C (rhinite, conjonctivite), Toux, énanthème,
muqueuse buccale rouge avec petites taches blanchâtres; haute valeur diagnostic.
 Période d’état 14 jours après contage; apparition exanthème au niveau visage, début
derrière oreilles, s’étendant à tout le corps en 4 jours.
 diagnostic difficile sur peau noire Importance diagnostic biologique.
 Amélioration: 3 jours après apparition exanthème et guérison en 7 à 10 jours après début
maladie.
 Diagnostic indirect: Sérologie virale
- Technique référence pour diagnostic rougeole.
- Présence IgM spécifiques : ascension 4 fois du taux Ac totaux sur 2 prélèvements à 10 jours
d’intervalle.
NB : IgM persistent environ 60 jours après éruption.
IgM peuvent aussi être recherchés dans la salive.
- Détection IgM salivaire :
kits de prélèvements salivaires disponibles dans certains pays.
 Diagnostic sérologique
1-Test Rapide (TDR)
TDR sur sérum/plasma, sang total
Principe : agglutination passive ou immunofiltration simple
◦ Résultat : Lecture visuelle en quelques minutes sans équipement sophistiqué
◦ Limites : existe seulement pour les IgG alors que IgM plus important ; pas de bonne
sensibilité ; faux positifs avec des réactions croisées
2-Tests ELISA
Immunoenzymatique avec recherche directe (ELISA direct) ou indirecte (ELISA indirecte) d’Ag ou d’Ac
dans le sérum ou plasma.
Principes des tests ELISA :
- sandwich
- compétition
NB : ELISA compétition, plus haute concentration initiale Ag, plus faible est signal.
Classification des tests ELISA

En fonction de l’antigène
*Tests 1ère génération
*Tests 2ème génération
Tests G1 et G2 ont sensibilité de 60 à 90%.
*Tests 3ème génération
Plus sensible et spécifique (95 à 99 %)
Limites tests ELISA : Liées au technicien qu’au test; demande plus d’attention lors manipulation
Automates pour sérologie

Principes utilisés:

 Dosage Immunoenzymatique sur microparticules (MEIA).
 Dosage immunologique par polarisation de fluorescence (FPIA)
 Dosage Immunoenzymatique microparticulaire par chimiluminescence (CMIA)
TRAITEMENT
 Pas de traitement antiviral spécifique rougeole.
 Traitement symptomatique : désinfection du nez, de la gorge, des yeux ; réhydratation;
poursuite alimentation ; toilette quotidienne et après chaque selle.
 Traitement spécifique des complications essentiel pour éviter l’évolution vers la mort.

Généralité: paramètres d’étude de la sensibilité des bactéries,
Méthodes d’étude de la sensibilité et de l’efficacité des
thérapeutiques antibactérienne
Pr Guessennd Unité des antibiotique IPCI
Objectifs
 Connaissance des paramètres d’étude de la sensibilité
 Connaissance des méthodes d’étude de la sensibilité bactérienne
 Connaissance des méthodes d’évaluation de l’efficacité des thérapeutiques
antibactériennes
Rappels
LES ANTIBIOTIQUES = agents antibactériens
1928 : Fleming découvre la Pénicilline
Classification des antibiotiques

 Origine : élaboré par une bactérie ou un champignon ou par synthèse)
 Nature chimique
 Mode d’action
 Modalité d’action
 Spectre
 Origine :
- biologique : élaborés par des micro-organismes :
champignons, bactéries
- chimique : produits par synthèse
 Action : variable selon la famille d'antibiotiques
- inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne
- altération de la membrane cytoplasmique
- action sur la synthèse d'enzymes
- inhibition de la synthèse des acides nucléiques
Modalités d’action des antibiotiques

Conditions d'activité
o au sein de l'organisme :
* Résorbtion
* Diffusion
* Transformation
* Elimination
o au sein de la bactérie :
o pénétrer dans la bactérie
o ne pas être inactivé dans la bactérie
o être capable de se fixer sur sa cible
o la toxicité sélective des antibiotiques pour la bactérie s'explique par l'inhibition spécifique
d'une étape précise d'une fonction bactérienne
o condition majeure d'activité : liaison à sa cible

STRUCTURE BACTERIENNE
¬ Inhibiteurs de la synthèse de la paroi bactérienne

Inhibiteurs du fonctionnement des membranes
® Inhibiteurs de la synthèse des protéines
¯ Inhibiteurs de la synthèse ou des fonctions des acides nucléiques
• Site 1 :
» les b - lactamines, les glycopeptides et la fosfomycine
• Site 2 :
» les polymyxines
• Site 3 :
» les aminosides et les tétracyclines
» le chloramphénicol et les macrolides
» l'acide fusidique
» les rifamycines
• Site 4 :
» les quinolones
Définitions
• Bactéricide
• Bactériostatique
• Spectre d’action
• Large (B lactamines  Gram+ et Gram-
• Etroit: Macrolides (Gram+), Isoniazide (BK seulement)
• Antibiotiques Concentration - dépendants

Aminosides
Fluoroquinolones
• Antibiotiques Temps-dépendants
Bêta - lactamines
Glycopeptides

Résistances bactériennes vis à vis des antibiotiques
Type de résistance bactérienne

naturelle : Existence d'un ou plusieurs mécanismes de résistance innés, donc propres à l'espèce.
Elle permet de définir le spectre clinique d'un antibiotique
acquise : acquisition d'un mécanisme de résistance pour une souche d'une espèce habituellement
sensible
clinique : expression de la résistance in vivo par l'échec thérapeutique
croisée : fait référence au spectre d'inactivation d'un même mécanisme de résistance vis-à-vis de
divers antibiotiques appartenant à la même famille ou sous-groupe.
Résistance bactérienne naturelle

Pénicillines A Klebsiella, Levinea
Céfalotine Enterobacter, Citrobacter, Serratia,
Pseudomonas, Providencia, P. vulgaris, M.
morganii
Imipénème S. maltophilia, B. cepacia
Aminosides Streptocoques, Entérocoques, anaérobies,
Providencia*
Colistine Proteus, Serratia
Glycopeptides Bactéries Gram -, Pediococcus, Leuconostoc,
Erysipelothrix, Nocardia, certains
Lactobacillus, E. gallinarum, E. flavescens, E.
casseliflavus
Mécanismes de résistance aux antibiotiques

Support génétique de la résistance
chromosomique : résistance liée au chromosome (mutation)
extrachromosomique : résistance liée à un fragment d'ADN, le plus souvent plasmidique
 plasmidique : support génétique de la résistance (plasmide).
associée : résistance à des antibiotiques de familles différentes (cf résistance plasmidique

transposable)
transposable : localisée sur des transposons ou éléments génétiques mobiles, situés soit dans le
chromosome soit sur un plasmide.
Paramètres d’étude de la sensibilité

 CMI/CMB
Méthodes d’étude de la sensibilité des bactéries
Antibiogramme: Méthodologies
 Détermination directe de la CMI en milieu liquide/solide
 E- test
 Méthode des disques ou diffusion
 Antibiogramme automatisé ou automates
Méthodes
 In vitro :
o Méthodes de diffusion : antibiogramme
o Épreuve de bactéricide
o Étude du pouvoir bactéricide – bactériostatique
(LCR, Urine, Sang)
o Recherche des B lactamases
 In vivo : suivi des traitement
Méthodes d’étude de la sensibilité aux antibiotiques en routine

 Détermination directe des CMI
– par dilution en milieu gélosé
– par dilution en milieu liquide
– macrodilution
– microdilution
– par bandelette E-test

 Méthodes indirectes
– par diffusion en milieu gélosé
– disques chargés d’antibiotiques
– corrélations CMI - diamètres d’inhibition
– pente de la courbe de croissance
– automates
L’ ANTIBIOGRAMME
BUT : Trouver un traitement efficace pour le malade
Pourquoi un antibiogramme ?
 Intérêt thérapeutique
– Mesurer la sensibilité d’une souche bactérienne à un ou plusieurs antibiotiques
----> orientation des décisions thérapeutiques
 Intérêt épidémiologique
– Suivi épidémiologique des résistances bactériennes
---> évolution des spectres cliniques des antibiotiques
---> adaptation de l’antibiothérapie probabiliste
 Etudier « in vitro » l'activité des antibiotiques sur la bactérie isolée

 A réaliser uniquement sur l'agent pathogène
(pas sur la flore normale)
 Interpréter l'activité de l'antibiotique « in vivo » : Risques potentiels de succès ou
d'échec pour le traitement
Paramètres d’évaluation de la sensibilité et de l’activité des antibiotiques in vitro
 CMI: concentration minimale inhibitrice

 CMB : concentration minimale bactéricide
 CMB/CMI
 AB bactéricide
>4-8
Concentration Minimale inhibitrice (CMI)
C’est la plus faible concentration d’antibiotiques capable d’inhiber in vitro toute culture visible de
la souche étudiée pendant une période de temps définie
Elle s’exprime en mg/l ou µg/ml

Principe de la diffusion d’un antibiotique en milieu gélosé à partir d’un disque

Catégories cliniques et microbiologiques (définitions européennes)
Les résultats sont rendus au médecin en :
• Bactérie sensible : S
• La bactérie ne pousse pas en présence de l’antibiotique
• Le traitement avec cet antibiotique sera un succès
• Bactérie résistante : R
• La bactérie pousse en présence de l’antibiotique
• Le traitement avec cet antibiotique sera un échec
• Bactérie intermédiaire : I
• Résultat intermédiare
LES DIFFERENTES TECHNIQUES

 Diffusion en gélose (disques)
 Galeries ATB
 Cartes Vitek

 Méthode de diffusion en gélose
Utilisation d'un disque de papier filtre sur lequel un antibiotique a été
incorporé et séché.
– inoculation de toute la surface de la gélose avec la suspension bactérienne.
– les disques sont placés sur la surface de la boîte.
– les antibiotiques vont alors diffuser dans la gélose.
 Après 20 heures d'incubation, une zone d'inhibition apparaît autour du disque. La taille
de la zone est proportionnelle à la valeur de la CMI.
Pour être fiable la méthode doit être standardisée
STANDARDISATION :
- de l'inoculum : quantité de bactéries
- de la gélose Mueller-Hinton : composition du milieu
- de l'épaisseur de la gélose : diffusion de l'antibiotique
- de la charge d’antibiotique du disque
 Microméthode de dilution en milieu liquide
 Méthodes automatisées :
Etude de la croissance bactérienne dans un milieu liquide ou semi-liquide en présence
d'une ou plusieurs concentrations d'antibiotiques
- ATB Expression
- mini API
- VITEK

Méthodes d’étude de la sensibilité des bactéries
Pr Nathalie Guessennd
Pr Mbengue Gbonon Valerie
Dr Tiekoura Konan Bertin
Pourquoi un antibiogramme ?
• Intérêt thérapeutique
• Mesurer la sensibilité d’une souche bactérienne à un ou plusieurs antibiotiques
----> orientation des décisions thérapeutiques
• Intérêt épidémiologique
• Suivi épidémiologique des résistances bactériennes
---> évolution des spectres cliniques des antibiotiques
---> adaptation de l’antibiothérapie probabiliste
Par analogie avec l’hémogramme

Paramètres d’évaluation de la sensibilité et de l’activité des antibiotiques in vitro
CMI: concentration minimale inhibitrice
CMB : concentration minimale bactéricide

C’est la plus faible concentration d’antibiotiques capable d’inhiber in vitro toute culture visible de la
souche étudiée pendant une période de temps définie
Antibiogramme: Méthodologies
• Détermination directe de la CMI en milieu liquide/solide
• E- test
• Méthode des disques ou diffusion
• Antibiogramme automatisé ou automates
Méthodes
In vitro :
o Méthodes de diffusion : antibiogramme
o Épreuve de bactéricide
o Étude du pouvoir bactéricide – bactériostatique
(LCR, Urine, Sang)
o Recherche des B lactamases
In vivo : suivi des traitement
Réalisation de l’antibiogramme
La standardisation permet:
∞ un antibiogramme reproductible et fiable
∞ un choix adéquat d’antibiotiques
∞ un minimum de variation
∞ une bonne lecture
∞ une bonne interprétation

Différentes méthodes
Concentration minimale inhibitrice (CMI)
 De dilution
milieu solide
milieu liquide
 De diffusion
disques
E-test®
Antibiogramme
Méthode de diffusion de disques
L’antibiogramme repose sur la notion de:
CMI: concentration minimale inhibitrice

CMI= plus faible concentration d’antibiotiques capable d’inhiber in vitro toute culture visible de la
souche étudiée pendant une période de temps définie
Méthode standardisée
Selon le Comité de l’antibiogramme de la Société Française de Microbiologie
(http://www.sfm.asso.fr/nouv/general.php?pa=2)
• Milieu recommandé: Mueller Hinton
Epaisseur 4 mm et horizontal et bonne composition
• Inoculum des colonies adjacentes mais non confluentes
• Pré-diffusion et pré-incubation
Principe de la diffusion d’un antibiotique en milieu gélosé à partir d’un disque

Milieu pour antibiogramme
Matériel et réactifs :
Milieu de culture en fonction des germes
 Milieu de Mueller Hinton non supplémenté

Entérobactéries,
Pseudomonas
Staphylocoques.
Milieu de Mueller Hinton additionné de 5% de sang frais de mouton pour les streptocoques.
Gélose chocolat (sang cuit) + isovitalex pour Haemophilus et Neisseria.
Matériel
 Bactérie vivante: Colonies jeunes en phase exponentielle de croissance (18 à 24h) sur
milieu non sélectif
 Eau physiologique stérile (solution NaCl 0,85%)
 Ecouvillon tige à bout contonné pour prélever les colonies,
 densitomètre,

Ajustement de la turbidité de l’inoculum
Selon la famille de la bactérie :
• Enterobacteries et Pseudomonaceae 106 UFC/ml :
diluer l’inoculum (0.5 Mac Farland 108) au 1/100
• Streptococcaceae et Staphylococcaceae: 107 UFC :
diluer l’inoculum (0.5 Mac Farland) au 1/10.
Souches fragiles
• Neisseriaceae , Haemophilus et S. pneumoniae
107 UFC : diluer l’inoculum (0.5 Mac Farland) à 1/10: 1000µl dans 10ml
Ensemencement des boîtes

• Ecouvillonnage préconisée ( EUCAST/CA-SFM)
Tremper un écouvillon stérile sec dans l’inoculum éliminer l’excès d’inoculum
(en pressant l’écouvillon et en le faisant rouler contre les parois du tube au dessus du niveau du
liquide).
• Ensemencer sur toute la surface de la boîte à 3 reprises
 Passer enfin l’écouvillon sur le bord de la gélose.
 Laisser sécher la boîte pendant quelques minutes à température ambiante, le
couvercle étant fermé.
 Incuber à 35-37°C
Choix et disposition des disques

• Choix d’antibiotiques est fait selon le genre de la bactérie
(voir : les antibiotiques à tester de chaque espèce EUCAST/CASFM)
• La disposition des antibiotiques est faite selon
leur classification :
β-Lactamines, aminosides, quinolones et
fluoroquinolones, macrolides, lincosamides,
Permettant ainsi l’interprétation de l’antibiogramme

• Disposition des disques d’antibiotiques
o Distributeur
o Pince
Disques à 25mm de centre
• Lecture des diamètres des zones d’inhibition
interprétation

Disposition des disques d’antibiotiques
• Déposer les disques d’ ATB à l’aide d’ une paire de pinces stériles ou d’un distributeur de
disques
Respecter 25 à 30 mm entre les disques
Sur une boîte de 90 mm, disposer au maximum 7 disques et sur une boîte carrée de 120
x120mm 16 disques
• Appuyer doucement sur chaque disque pour assurer un contact uniforme avec le milieu
Laisser diffuser 15 min (prédiffusion).
• Mettre les boîtes à incuber à 37°C dans les 30 min qui suivent la préparation pendant 18 à 24
h
LECTURE
• Faire la lecture le lendemain
• Mesurer et noter le diamètre de chaque zone d’inhibition en mm
• Les résultats seront interprétés en fonction des diamètres critiques figurant dans des
tableaux d’interprétation
ADAGIO®
Automate de lecture
Les résultats sont rendus au médecin en :
LES RESULTATS
• Bactérie sensible : S
• La bactérie ne pousse pas en présence de l’antibiotique
• Le traitement avec cet antibiotique sera un succès
• Bactérie résistante : R
• La bactérie pousse en présence de l’antibiotique
• Le traitement avec cet antibiotique sera un échec
• Bactérie intermédiaire : I
• Résultat intermédiaire

PRINCIPALES CAUSES D’ ERREURS
• Elles sont liées aux :
-Inoculum
-Disques d’antibiotiques
-Milieu de culture
-Conditions d’incubation
-Lecture et interprétation
-Contrôle de qualité
Facteurs influençant les résultats

• Facteurs influençant la diffusion de l’antibiotique :
o Epaisseur de la gélose : 4 mm
o Concentration en agar
o Taille et charge du disque
o Pré-incubation / Pré-diffusion
• Facteurs influençant l’activité de l’antibiotique :

o Concentrations ioniques du milieu (Ca2+, Mg2+)
o pH du milieu
o Concentration de l’inoculum bactérien

MANAGEMENT DE LA QUALITE AU LABORATOIRE DE
BACTERIOLOGIE
DR KOUAME ELOGNE CLARISSE
OBJECTIFS
Connaitre les principes de la qualité et les implications dans les organismes qui les
appliquent
Connaitre les éléments essentiels du système qualité au laboratoire
Connaitre les différentes démarches qualité : des bonnes pratiques à l’accréditation
Plan
1. Définition et évolution de la qualité.
2. Les principes de management de la qualité.
3. Les avantages de la qualité au laboratoire.
4. Les normes qualité en laboratoire de bactériologie.
5. les éléments essentiels du système qualité au laboratoire.
Définition et évolution de la qualité

Définition de la qualité :
La qualité désigne :
L’aptitude d’un ensemble de caractéristiques intrinsèques à satisfaire des exigences.
Norme ISO 9000:2005
La qualité s’applique à :
* un produit ou un service
* une activité
* un organisme ou à une personne
Quelques définitions :
Exigence : besoin ou attente formulés, habituellement implicites ou imposés
Elle est spécifiée quand elle est formulée par exemple dans un document.
Caractéristique = trait distinctif intrinsèque ou attribué
 qualitative ou quantitative
 Physique, sensorielles, comportementales, temporelles, ergonomiques et/ou fonctionnelles
Caractéristiques qualité :
Caractéristique intrinsèque d’un produit, d’un processus ou d’un système relative à une exigence
Produit = Résultat d’un processus. Il en existe 3 catégories

 Les services (par ex transports)
 Les software ( par ex logiciel, dictionnaire)
 Les matériels (par ex pièces d’un moteur)
Client = Organisme ou personne qui reçoit un produit ou service
Fournisseur = Organisme ou personne qui procure un produit ou service
• La certification est définie par l'ISO comme une “procédure par laquelle une tierce partie
donne une assurance écrite qu'un produit, un processus ou un service est conforme aux
exigences spécifiées.” [ISO/ CEI guide 2].
• L'accréditation est une “procédure par laquelle un organisme faisant autorité reconnaît
formellement qu'un organisme ou un individu est compétent pour effectuer des tâches
spécifiques.” [ISO/CEI guide 2].
• Satisfaction du client = perception du client sur le niveau de satisfaction de ses exigences

• Amélioration continue : Activité régulière permettent d’accroitre la capacité à satisfaire des
exigences
• Conformité = Satisfaction d’une exigence
• Non-conformité = Non-satisfaction d’une exigence
Les évolutions de la qualité :

Le contrôle qualité : Dés le début du 20°s
 L’opérateur se conforme aux instructions
 L’encadrement contrôle le résultat
La maîtrise de la qualité :
A partir de 1945 (Dr Feigenbaum et Dr Deming)
 Prévenir la non qualité : Traiter en amont
 La qualité est l’affaire de tous : Implication
L’assurance de la qualité : A partir de 1960
 Démontrer la maîtrise de la qualité : normalisation
 Contrôler la conformité aux exigences spécifiées
Le Management de la qualité : Aujourd’hui
 S’intègre dans le management de l’entreprise
 Devient un outil de gestion et de progrès
Le Management par la qualité totale :
A venir …
 Chercher l’excellence
 Répondre aux exigences de toutes les parties intéressées
Les Principes du management de la qualité
1° principe : L’organisme est à l’écoute de ses clients

 Identifier ses clients et leurs attentes
 L’organisme cherche à satisfaire ses clients
 comment améliorer en permanence sa satisfaction
2° principe : L’engagement de la direction

 Développer une stratégie d’entreprise
 Donner des objectifs qualité
 Répartir les responsabilités: nomination , formation, sensibilisation.
 Allouer des ressources
3°principe : Implication du personnel

 Connaître la contribution de chacun à la satisfaction du client
 Favoriser la recherche de progrès
 Chercher à accroître les compétences: formation, évaluation et suivi
4° principe : L’approche processus

Un processus est un ensemble d’actions liées les unes aux autres qui permet à des éléments
entrants de sortir avec une valeur ajoutée.

5° principe : Management par une approche système
 Le système qualité est l’ensemble des processus liés, interactifs et cohérents qui va répondre aux
objectifs de la politique qualité
 Les processus sont rassemblés en 3 catégories :
6° principe : L’amélioration continue

Les référentiels qualité au laboratoire de bactériologie
Norme : définition
• document établi par consensus, qui fournit, pour des usages communs et répétés, des règles,
des lignes directrices ou des caractéristiques, pour des activités ou leurs résultats,
garantissant un niveau d'ordre optimal dans un contexte donné » (extrait du Guide ISO/CEI
2).
Organismes de normalisation
 ISO : International Standard Organization. L'organisme central des normes internationales
 AFNOR : L'association française de normalisation. La marque NF, les certifications, et la
formation...
 CODINOM: Cote d’ Ivoire normalisation
 CEN : Comité Européen de normalisation
 Conseil Canadien des Normes : Organisation responsable de la normalisation au Canada
 A ne pas confondre avec organismes de certification ou accréditation.
Référentiels
• Norme ISO 9001 : Systèmes de management de la qualité. Exigences. – Décembre 2000
• Norme ISO 15189 : Laboratoire d’analyses de biologie médicale. Exigences particulières
concernant la qualité et la compétence. Août 2007
• Norme ISO 17025 : Exigences générales concernant la compétence des laboratoires
d’étalonnages et d’essais – Septembre 2005
• Norme ISO 9000 : Systèmes de management de la qualité. Principes essentiels et vocabulaire
– Octobre 2005
Des normes plus spécifiques en tant qu’outils de la qualité
• Norme ISO 9004 : Systèmes de management de la qualité . Lignes directrices pour
l’amélioration des performances. Décembre 2000.
• Norme ISO 19011 : Lignes directrices pour l’audit des systèmes de management de la qualité
et/ou de management environnemental. Décembre 2002.
• FD X 50-176 : Outils de management. Management des processus. Octobre 2005.
Référentiels (sur le plan réglementaire)

• Les règlements internationaux
• Règlements nationaux:
– lois,
– décrets et
– arrêtés
les éléments essentiels du système qualité au laboratoire.

Les exigences qualité au laboratoire de bactériologie
• La norme ISO 15189 est divisée en 2 grandes parties :
– Les exigences managériales: exigences génériques liées au système de management
de la qualité.
– Les exigences techniques: exigences spécifiques liées aux activités menées dans le
LABM.
Exigences relatives au management

chapitre 4 de l’ISO 15189 (15ESQ)
• 4.1 Organisation et management

• 4.2 Système de management de la qualité

• 4.3 Maîtrise des documents
• 4.4 Revue de contrats
• 4.5 Analyses transmises à des laboratoires sous-traitants
• 4.6 Services externes et approvisionnement
• 4.7 Prestation de conseils
• 4.8 Traitement des réclamations
• 4.9 Identification et maîtrise des non-conformités
• 4.10 Actions correctives
• 4.11 Actions préventives
• 4.12 Amélioration continue
• 4.13 Enregistrements qualité et enregistrements techniques
• 4.14 Audits internes
• 4.15 Revue de direction
5. Exigences techniques (8ESQ)
• 5.1 Personnel
• 5.2 Locaux et conditions environnementales
• 5.4 Procédures pré analytiques
• 5.5 Procédures analytiques
• 5.6 Assurer la qualité des procédures analytiques
• 5.7 Procédures post analytiques
• 5.8 Compte-rendu des résultats
Le système documentaire et sa gestion
• Manuel qualité :
- description de l’organisme
- Le domaine d’application du système qualité y compris la justification des exclusions
- La politique qualité et les objectifs qualité
- La description des interactions entre les processus et leur management
- Les procédures du système ou la référence à celles-ci
• Procédure : définit l’organisation pour accomplir une activité. Qui fait Quoi ? ; Comment,
avec quel document ? ; Où et quand ?
- Mode opératoire : détaille la manière d’accomplir une tâche.
- Autres documents du système qualité : liste du matériel, note…
- Supports d’enregistrement : document permettant d’enregistrer un résultat, une activité, …
- Enregistrement : support d’enregistrement complété

Etapes d’une démarche d’accréditation
• Volonté de la direction
• Choix certification ou accréditation + choix de la norme
• Définition de la politique qualité avec objectifs annuels quantifiables
• Parallèlement, définir les moyens à mettre en œuvre
• Former l’ensemble du personnel
• Identifier les processus et nommer les pilotes de processus

• Décrire chaque processus, quantifier les risques, proposer des objectifs et des actions
d’amélioration
• Choisir des indicateurs quantifiables, les analyser, corriger et mettre en place des actions
d’amélioration
• Accréditation : déposer le dossier technique 6 à 8 mois avant
• Réaliser des audits qualité
• Si système de management finalisé, prévoir audit qualité à blanc
• Audit de certification ou accréditation.
avantages de la qualité : pourquoi se faire accréditer?

• Pouvoir répondre aux exigences du public en matière de santé et de sécurité
• Améliorer les conditions de travail et de vie des travailleurs
• Participer à des projets internationaux d'innovation ou de recherche
• Pouvoir s'implanter sur un nouveau marché grâce à une reconnaissance officielle de
dimension internationale
• Recevoir l'agrément des pouvoirs publics
Reconnaissance de la qualité : pourquoi se faire accréditer

• Offrir aux clients une garantie de pérennité conférée par la reconnaissance officielle de la
compétence technique
• Mobiliser les équipes autour d'un projet d'entreprise fédérateur
• Maintenir les compétences techniques de l'organisation
• Communiquer sur la reconnaissance par les "pairs" que représente l'accréditation
Conclusion
• La caractéristique la plus importante d'un système qualité ISO est de ne pas être statique.
• La qualité demande l’adhésion de toute l’équipe.

ROLE DU LABORATOIRE DANS LES PROGRAMMES NATIONAUX DE
SANTE PUBLIQUE ET GESTIONS DES DONNEES
Dr Meite
INTRODUCTION
• Plusieurs activités sont réalisées par les laboratoires d’analyses médicales
- Activités de prestation de service
- Activités de formation
- Activités de recherche
- Activités de sante publique
• Sante publique : Ensemble des actions et prescriptions des pouvoirs publics relatives à la
santé des citoyens
• En Cote d’Ivoire : Existe plusieurs programmes nationaux de santé publiques pour une
meilleur gestion de la santé humaine
• Le laboratoire joue un rôle maillon essentiel des différents programmes de santé
• Rôle important dans la confirmation des cas (Suivi des épidémies exemple CoViD-19)
• Rôle dans le suivi épidémiologique (surveillance de la grippe, poliovirus sauvage etc)
• Rôle dans la veille microbiologique (niveau de résistance aux antibiotiques)
QUELQUES PROGRAMMES DE SANTE PUBLIQUE EN COTE D’IVOIRE

• Programme santé mère-enfant
• Programme VIH/Sida et les IST
• Programme paludisme
• Programme tuberculose
• Programme nutrition
• Maladies non transmissibles
• Maladies émergentes, réémergentes, anciennes ou négligées
Programme mère-enfant
• Mortalité des enfants de moins de cinq ans est:
- Néonatale de 41‰ naissances vivantes
- infanto-juvénile de 125‰ naissances vivantes.
• Les principales causes de la mortalité infanto-juvénile sont les causes néonatales (35%), le
paludisme (21%), la pneumonie (20%), la diarrhée (15%), le Sida (6%), la rougeole (3%).
• Diagnostic et confirmation  laboratoire  données statistiques  mesures de
préventions
Programme VIH/Sida et les IST

• Laboratoire de Luc Montagnier  identifier le Virus du Sida
• Ce programme a permis de faire baisser la prévalence à 3,4% avec l’appui de des partenaires
PEPFAR, Fond mondial et les PMO
• Objectif Zero de l’ONUSIDA
- Zéro discrimination
- Zéro nouveau cas  rôle primordiale du labo
- Zéro décès lié au VIH
• Laboratoire essentiel de programme

• Dépistage et diagnostic sujet > 21 mois

- Dépistage et confirmation: TDR ( Determine, stat-park)
- Cas de discordance : ELISA , Western blot
• Diagnostic sujet < 21 mois  PCR
• Bilan à l’initiation du traitement
- NFS , CD4, Créatinine, glycémie, transaminases
• Suivi du traitement
- Charge virale
ROLE DU LABORATOIRE DANS LES DEUX PROGRAMMES NATIONAUX DE LUTTE ( Tuberculose et

ulcère de burili )
ROLE DIAGNOSTIC
• Le diagnostic de certitude de la tuberculose et de l’ulcère de Buruli est essentiellement
biologique.
• Le rôle principal du laboratoire est d’assurer la confirmation étiologique des cas suspects.
• Deux types de méthodes sont habituellement utilisées pour le diagnostic:
o Techniques conventionnelles:
microscopie, culture, identification biochimique
o Techniques modernes :
biologie moléculaire (PCR…)
ROLE DANS LE SUIVI DES MALADES EN TRAITEMENT

• Le laboratoire est chargé du suivi biologique des malades mis sous traitements
antimycobactériens.
• Dans le meilleur des cas tout malade tuberculeux bacillifère bénéficie de deux contrôle :
o 2e mois: évaluer l’efficacité du traitement d’attaque
o 6e mois: vérifier la stérilisation effective du foyer infectieux, permettant ainsi
d’arrêter le traitement et déclarer la guérison du malade.
ROLE DANS LA PHARMACOSURVEILLANCE

• Le risque majeur qui pourrait menacer un traitement antimycobactérien est la survenue de
résistance aux drogues utilisées (surtout les majeures).
• Le rôle du laboratoire de référence est de surveiller le niveau de sensibilité des médicaments
utilisés dans le protocole en vigueur.
• Deux procédés sont habituellement mis en œuvre:
o la surveillance de routine (annuelle) à partir des sites sentinelles, préalablement
identifiés
o Les enquêtes nationales de pharmacorésistance (5 ans)
ROLE DANS L’AMELIORATION DE LA QUALITE DES TESTS

Mise en œuvre d’une politique de:
• Mise en réseau des laboratoires de diagnostic
• Elaboration et mise en œuvre de référentiels et de procédures techniques de
laboratoire.
• Renforcement des capacités des acteurs du laboratoire:
o formations initiale et continue,
o des panels, relecture,
o contrôle interne et évaluation externe de la qualité
• Supervision des différentes activités des laboratoires du réseau.

Autres maladies infectieuses
• Paludisme: Confirmation biologique ( TDR, GE, Frottis, Mécanisme de résistance)  Biologie
moléculaire  Combinaison thérapeutique
• Maladies émergeantes, reémergeantes,
- Grippe surveillance de mutations
- Virus des fièvres hémorragique (Ebola, Fievre jaune)
Rôles de confirmation et de veille microbiologique du laboratoire
• Maladies négligées :
- Trypanosomiase humaine africaine, l’onchocercose, les bilharzioses, la filariose lymphatique,
le trachome et le pian persistent  Attention particulière
- Dracunculose, la lèpre, et la syphilis sont en voie d’élimination, d’éradication ou en nette
régression  sous surveillance
Maladies non transmissibles

• HTA : Bilan lipidique, bilan biologique rénal
• Diabète : glycémie et bilan biologique des complications
• Cancers : Dosage des marqueurs
Les données du laboratoires contribuent à une gestion efficience de ces différentes pathologies
ATTRIBUTIONS DU TBM
Il est le collaborateur direct du biologiste. A ce titre, il est chargé de:
• l’exécution pratique du paquet minimal d’activités en fonction du niveau du labo
dans la pyramide sanitaire,
• l’élaboration et de la mise en œuvre effective des procédures techniques:
microscopie, culture, PCR
• la gestion quotidienne des équipements, des intrants et des outils de collecte des
données,
• la gestion des déchets générés lors des activités,

• la gestion des résultats des tests au profit des demandeurs (clients).
• La gestion des données liées aux activités du laboratoires
Gestion des données

• Volet important des activités du laboratoire  Négligé par le personnel du laboratoire au
profit des activités techniques
• Les données :
- Reflet des activités au sein du laboratoire
- Contribuent à l’orientation des politiques de santé publique
• Il n’existe pas encore de logiciel national de gestion des laboratoires, cependant la mise en
place d’outils simples pour certaines maladies à déclaration obligatoire  Données
épidémiologiques ++++
• Gestion des données du laboratoire prend en compte l’ensemble des phases de l’analyse
biologique (Phase pré , per et post-analytique)
• Elle comprend plusieurs étapes:
- Collecte ou recueil des données
- Enregistrement après la mise en place d‘une base de donnée
- Analyse des données
- Gestion de l’information relative aux données

Collecte des données
• Formulaire validé (national ou propre à votre laboratoire)
• Registres du laboratoire
- bien définir les Items et les renseigner
- Conformités et non-conformités
NB: Qualité des informations permet une bonne analyse des données  une riposte adaptée à la
situation
Base de données et enregistrement

• Outils simples
- Epi info (Gratuit et simple d’utilisation après formation)
- Excel : attention aux variables pour une meilleur exploitation (éviter plusieurs
variables/champ)
- Open Elis : Activités VIH dans les laboratoires
• Outils nationaux
- MAGPI: Piloté par INHP logiciel pour Maladies à potentiel épidémique, affections et
évènements
- DHIS2 (District Heath information system version 2) par DPPEIS pour les notification en ligne
par texto
• Enregistrement : ++++++
- Nécessite de connaitre l’outils informatique
- Designer un point focal au sein du laboratoire
Analyse et gestion de l’information

• Analyse des données
- Nécessité de bien identifier les indicateurs à surveiller
- Bien choisir les variables pour une analyse correcte
- Peut être confiée à une personne qui a une formation en gestion des données
• Gestion de l’information liée aux données
- Selon l’organigramme de la structure
- Doit contribuer à l’amélioration des activités et à la prise en charge des patients
• Remarques: Important de connaitre la liste de maladies prioritaires en Côte d’Ivoires pour
une meilleurs coordination des activités microbiologiques de votre laboratoires
Liste révisée des maladies prioritaires, des affections et des évènements

Maladies à potentiel épidémique, affections et évènements recommandés par le RSI
1. Choléra 8. Fièvre jaune

2. Dysenterie 9. SRAS
3. Rougeole 10. Variole
4. Méningite 11. Dengue
5. Peste 12. Trachome
6. Fièvres hémorragiques virales (Ebola, Marburg, fièvre de la 13. Chikungunya
vallée du Rift…) 14. Anthrax
7. Grippe humaine due à un nouveau sous type 15. Fièvre
Typhoïde
16. Hépatite-B

Maladies à Eradiquer et à Eliminer
1. Poliomyélite 4. Tétanos néonatal
2. Dracunculose 5. Noma
3. Lèpre
Autres Maladies d’Importance en Santé Publique

1. Diarrhée chez les enfants de moins 8. Tuberculose
de 5 ans 9. Filarioses
2. Pneumonie chez les enfants de 10. Ulcère de Buruli
moins de 5 ans 11. Asthme
3. VIH/SIDA 12. Diabète sucré
4. Paludisme 13. Epilepsie
5. Onchocercose 14. Hypertension artérielle
6. Infections sexuellement 15. Drépanocytose
transmissible (IST) 16. Malnutrition
7. Trypanosomiase 17. Cancers
18. Rage
19. Schistosomiase
20. Décès Maternel
21. Manifestations post vaccinales indésirables
22. Accidents de la Voie Publique
23. Evénements de santé de portée nationale
et internationale

LE VIRUS DU SIDA (VIH)
Plan
 Agent pathogène
 Epidémiologie
 Transmission
 Physiopathologie
 Diagnostic
 Stratégies et algorithmes de dépistage de l’infection à VIH
 Prise en charge des PVVIH
Agent pathogène
 VIH : Virus de l’Immunodéficience Humaine
 SIDA: Syndrome de l’Immunodéficience Acquise.
 SIDA constitue le stade avancé de l’infection à VIH au cours duquel personne infectée
présente des infections ou affections opportunistes et bilan biologique perturbé.
 Fait partie de la famille des rétrovirus: matériel composé d’ARN
 Réplication nécessite étape de rétrotranscription, grâce à enzyme: la transcriptase inverse ou
reverse transcriptase: ARN en ADN afin d’intégrer le génome de la cellule hôte pour
produire de l’ADN proviral
 Deux types de VIH:
- VIH 1: le plus répandu avec 4 groupes : M, N, O, P se subdivisant en sous groupes
- VIH 2: essentiellement pays africains lusophones, en Afrique de l’Ouest, en Inde et au
Brésil
- Une même personne peut être infectée par VIH 1 et VIH2
 Portage humain
 Virus est fragile et survit peu en dehors de l’organisme
Structure du VIH
EPIDEMIOLOGIE DU VIH
 Fin 2017, dans le monde environ 36,9 millions de personnes vivant avec le VIH, dont 1,8
million d’enfants.
 Région africaine de l’OMS, 25,7 millions de personnes vivaient avec le VIH en 2017, la plus
touchée.
 Concentre également plus des deux-tiers des nouvelles infections par ce virus survenant dans
le monde.

 Prévalence pour 2018, en Côte d'Ivoire estimé à 2,9 %, (PNLS)
Mode de Transmission.
Modes de transmission du VIH

Contact sexuel non Contact avec du sang Mère-enfant
protégé contaminé (grossesse, accouchement,
(90%) (3%) allaitement)
(7%)
Le mode de transmission le plus courant est la voie sexuelle
MODES DE NON TRANSMISSION

o Salutations et baisers simples
o Utilisation de mêmes ustensiles de cuisine
o Utilisation de même couvert
o Sport
o Utilisation de mêmes toilettes, douches, bureau, et couchette
o Sueur, respiration, toux
o Piqûres d’insectes: mouches, moustiques
o Natation dans la même piscine
o Utilisation des mêmes moyens de transport
Facteurs de risques de la transmission par voie sexuelle

o Microtraumatismes lors des rapports sexuels
o Rapports sexuels non protégés pendant les menstrues
o Rapports sexuels non protégés avec partenaires multiples
o Premier rapport sexuel chez la jeune fille
o Viols et violences sexuelles
o Prostitution
o Stade avancé de la maladie
o Infections Sexuellement Transmissibles (IST) ulcératives ou non
Facteurs de risque de la transmission par voie sanguine

o Transfusion avec du sang non testé
o Toxicomanie avec échange de seringues
o Certaines pratiques : excision, circoncision, percées d’oreilles, tatouages avec le
même matériel souillé

o Accident d’exposition au sang (AES) et aux liquides biologiques.
Facteurs de risque de la Transmission Mère-Enfant du VIH

Facteurs prouvés Facteurs possibles
- Charge virale élevée

- Résistance virale (théoriquement
Viral - Sida avéré
possible)
-Certains génotypes et phénotypes viraux
- Déficit en vitamine A
- IST
- Déficit immunitaire (CD4 bas) - Chorioamniotite
Maternel -Primo-infection pendant la grossesse ou -Nombreux rapports sexuels non
l’allaitement protégés
- Utilisation de drogues par voie intra
veineuse
Facteurs prouvés Facteurs possibles
Accouchement par voie basse

Gestes traumatiques et invasifs : forceps,
(comparé à la césarienne
amniocentèse, épisiotomie, Versions par
Obstétrical programmée)
manœuvre externe,
Rupture des membranes de plus de
Hémorragie intrapartum
4 heures
Prématurité < 37 Semaines

Fœtal
d’aménorrhée
Allaitement prolongé Allaitement mixte

Allaitement
Pathologie des seins Plaies buccales
MOYENS DE PRÉVENTION DE L’INFECTION À VIH

 Prévention de la transmission par voie sexuelle
- Abstinence de tout rapport sexuel
- Fidélité dans le couple
- Utilisation du préservatif (condom)
 Prévention de la transmission par voie sanguine
- Sécurité transfusionnelle
- Utilisation de matériels à usage unique pour les soins
- Observation des mesures de prévention des infections
 Prévention de la transmission mère-enfant
- Prévention primaire du VIH chez les femmes en âge de procréer
- Utilisation prophylactique d’ARV (protocole PTME/VIH)
PHYSIOPATHOLOGIE ET HISTOIRE NATURELLE

 La phase asymptomatique
Deux semaines à quelques mois après contamination, dans le sang de différents anticorps anti-VIH
décelés, sujet dit alors “séropositif pour le VIH”.
 Le SIDA déclaré
Début maladies opportunistes: Tuberculose, cancers, toxoplasmose …
 Diagnostic direct:
Mise en évidence de tout ou une partie du VIH
 Culture virale: Isolement du virus par culture, réservé aux
laboratoires spécialisés
 Ag P24: Détection des Ag p24 présents dans sang des patients par
les tests ELISA
 Recherche matériel génétique (ADN ou ARN): Réaction de
polymérisation en chaine ou Polymerase Chain Reaction (PCR)
APPLICATIONS DE BIOLOGIE MOLECULAIRE

 Qualitatif: Dépistage précoce (enfants dès 6 semaines)
 Quantitatif: suivi biologique
- Charge virale
- Quantification ADN proviral
- Résistance virale
 MÉTHODES INDIRECTES OU SÉROLOGIQUES
Correspondent à la mise en évidence des anticorps anti VIH circulants.
 Pour le VIH 1:
- anticorps anti-gp41

 Pour le VIH 2
TECHNIQUES UTILISÉES EN SÉROLOGIE

1. Les tests de dépistage
 les tests immunoenzymatiques ou enzyme linked immuno-sorbent assay
(ELISA)
 les tests rapides
2. Les tests complémentaires
 Le Western Blot
 Les tests immuno-analyse en ligne ou line immuno-assay (LIA)
Définition des tests rapides VIH:

o Tests de dépistage détection des Ac Anti VIH
o Exécution rapide 5-30 minutes
o Simple ne nécessite pas de materiel / équipement sophistiqué
o Exécution facile procédure simple/ formation aisée
Avantages des tests rapides de dépistage au niveau du prestataire et de sa structure:

 réalisation par prestataire non personnel de laboratoire formés à cet effet ;
 Tests offrent une plus grande satisfaction car les résultats peuvent être communiqués le
même jour.
STRATÉGIES ET ALGORITHMES DE DÉPISTAGE DE L’INFECTION A VIH

DEFINITIONS:
Dans le cadre du dépistage :
• Une stratégie est une combinaison de tests en vue du dépistage de l’infection à VIH.
• Un algorithme est un arbre décisionnel ou une séquence d’utilisation de test en vue d’un
dépistage
• Algorithme de tests en parallèle

Les échantillons sont testés simultanément par 2 voire plusieurs tests différents
• Algorithme de tests en série
Les échantillons sont testés par un premier test très sensibles Seuls les échantillons positifs sont
soumis à 1 voire 2 autres tests

CRITÈRES DE CHOIX DES TESTS VIH
 Sensibilité (100%)
 Spécificité (> 98%)
 Objectifs du dépistage( sécurité transfusionnelle, surveillance épidémiologique et
diagnostic)
 Détection et/ou discrimination des VIH-1 et VIH-2
 Simplicité, coût, conditions de stockage
 Prévalence
==> Aucun test ne remplit l’ensemble des critères
Nécessité de combiner 2 ou plusieurs tests VIH
ALGORITHMES DE DÉPISTAGE DE L’INFECTION A VIH EN RCI
Algorithme DEPISTAGE DU VIH (POSTE DE DEPISTAGE)

DETERMINE
(-) (+)
VIH NEGATIF STAT PAK
(+) (-)
VIH POSITIF
VIH INDETERMINE
LABORATOIRE DE REFERENCE
Algorithme DEPISTAGE DU VIH (LABORATOIRE)

ALGORITHME NATIONAL DE DÉPISTAGE DU VIH CHEZ LE NOURRISSON
Prise en charge des PVVIH

• Prise en charge psychosociale
- Soutien psychologique (conseil pré et post test, suivi
- Soutien socioéconomique: Activité Génératrice de Revenu (AGR)
• Prise en charge juridique
o Projet de loi sur le VIH
o Référence vers les groupes d’auto support et associations de PVVIH organisés
• Prise en charge médicale
o Information médicale sur l’infection par le VIH
o Conseil
o Diagnostic et traitement des infections opportunistes
o Traitement par les ARV
o Soins infirmiers
o Suivi biologique et clinique

VIRUS DES HEPATITES
PLAN
I. GENERALITES
 Définition, Rappels anatomiques du foie, Rappels physiologiques du foie,
 Physiopathologie globale des hépatites virales, Explorations fonctionnelles et
morphologiques du foie, Hépatite virale aigue et hépatite virale chronique
II. DIFFERENTS TYPES D’HEPATITE VIRALE
Epidémiologie, Physiopathologie, Diagnostic, Traitement, Prévention
III. POINTS CLES
I.1.Définition
Inflammation diffuse du foie secondaire à une destruction des hépatocytes par un virus hépatotrope;
Aigue : dans les six premiers mois après la contamination;
Chronique: persiste au-delà de 6 mois;
Virus responsables:
 Virus dits « alphabétiques » : A, B, C, D, E et G ?
 Virus non alphabétiques : CMV, HSV
Virus à pathogénie discutée: G, TT
I.2. Rappels anatomiques et physiologiques du foie

a)Rappels anatomiques
Organe solide le plus volumineux du corps
Chez l’adulte : 1,5 kilogrammes (kg)
Situation: partie supérieure droite de l’abdomen, juste sous la cage thoracique et le diaphragme
Le foie fait partie de l’appareil digestif.
b) Rappels physiologiques
Un des organes important de l’organisme;
Organe vital; Nombreux rôles métaboliques;
cellule de base :hépatocyte;
Fonctions importantes:
-Métabolisme des glucides, des lipides et des protéines
-Synthèse de bile
-Synthèse des enzymes, de l’albumine et facteur de coagulation
-Stockage de certaines vitamines et du fer
-Epuration du sang: déchets, médicaments, toxines

I.3. Physiopathologie globale des hépatites virales
 Lésions hépatocytaires :
Effet cytopathogène du virus
Réponse de l’immunité cellulaire
 Dépôts de complexes immuns :
→Manifestations systémiques extra hépatiques
I.4.Explorations fonctionnelles et morphologiques du foie

Tests explorant capacités de conjugaison et d'excrétion : Bilirubine totale et conjugué.
Tests reflétant dommages au niveau du foie : Transaminases (ASAT, ALAT)
Tests indiquant obstacle à l'écoulement biliaire :PAL, GGT; 5’Nucléotidase
Tests renseignant sur capacités de synthèse: TP, facteur V, albuminémie
Examens morphologiques du foie: Ultra Son, TDM, IRM.
Histologie du foie : Ponction Biopsie Hépatique (PBH)
I.5. Hépatites virales aigue et chronique

Hépatite virale aigue
Période d’incubation: variable 2 à 16 semaines
Trois phases:
 Phase pré-ictérique ou prodromique
 Phase ictérique
 Phase de convalescence ou de guérison
Hépatite virale chronique

 •Le plus souvent asymptomatique, donc de découverte fortuite (don du sang, bilan
systématique, médecine du travail).
 •Asthénie, souvent fluctuante: signe principal
 •Elévation des transaminases souvent modérée et fluctuante au cours du temps et peut
même manquer par moment
 •Surtout le cas de l'hépatite chronique virale C
 •Diagnostic de certitude: ponction-biopsie hépatique: Pas de parallélisme entre élévation
des transaminases et sévérité des lésions histologiques
II. DIFFERENTS TYPES D’HEPATITE VIRALE
1. HEPATITE VIRALE A (HVA)

 Epidémiologie
Cause fréquente d’hépatite virale aigue dans le monde (50 % des cas)
Répartition géographique: Trois zones
- Haute endémicité: Afrique, Amérique latine, Indonésie (prévalence des anti-HAV : 70 à 100%)
- Endémicité intermédiaire: Singapore, Hong Kong, Europe du sud (premier contact avec le virus
tardif)
- Faible endémicité: Europe et Amérique du nord
Réservoir: Homme
Contamination : féco-orale
- Directe: Familiale, collectivités, nosocomiale
- Indirecte: eau, crudités, fruits de mer
- Parentérale : exceptionnelle
- Sexuelle ou materno-foetale: jamais

Diagnostic
 Histoire naturelle et clinique
Incubation courte : 2-4 semaines
Formes asymptomatiques fréquentes : 80% à 90%
Formes graves exceptionnelles: 0,01% des cas
Spontanément résolutive avec morbi-mortalité faible
Pas de passage à la chronicité
 Diagnostic direct :
Pas d’intérêt en routine, épidémiologie et recherche
Détection des Ag viraux dans les selles;
Détection du génome viral dans selles, sang;
Détection du virus dans selles / microscopie électronique;
 Diagnostic indirect:
IgM anti-HAV persiste très rarement après 3 mois;
IgG anti-HAV : infection ancienne et protection contre le VHA (tardif et définitif)
Traitement
 Pas de TRT spécifique
 Mesures utiles :
- Interdiction de la consommation d’alcool
- Eviction des médicaments hépatotoxiques
 Transplantation hépatique: hépatite fulminante
Prévention
 Mesures d’hygiène individuelle et collective :
Bien se laver les mains
Bouillir l’eau dans régions où le risque est important.
Bien cuire les aliments (crustacés, fruits de mer)
Traitement des eaux usées
Surveillance des réseaux de distribution des eaux
 Immunoprophylaxie
Injection de gammaglobulines standards
Protection immédiate (3-5 j)
De courte durée (≈ 3mois)
Personnes voyageant en zone de forte endémie
 Vaccination des sujets à risque :
Professionnels de cuisine, restauration
Internats,
Institution,
Sujets atteints d’hépatopathie chronique
2. HEPATITE VIRALE E (HVE)

 Epidémiologie
 Répartition géographique
L’hépatite E sévit partout dans le monde mais prévalence la plus élevée en Asie de l’Est et du Sud.
Zones endémo-épidémiques : Afrique, Asie et Amérique centrale
Exceptionnelle en Occident

 Réservoir :
Homme,
Animaux (porc, primates, poules)
 Contamination
- Féco-orale : + + +
- Sexuelle : non ( homosexuel ?)
- Interhumaine : faible (≠ VHA)
- Transfusionnelle : en zone d’endémie
- Verticale: +
 Diagnostic
 Histoire naturelle/ clinique
- Incubation 2 à 3 semaines
- Ictère fréquent, troubles digestifs
- Habituellement bénigne
- Formes graves chez la femme enceinte surtout au 3e trimestre
- Notion de passage à la chronicité
 Diagnostic biologique
 Diagnostic direct:
Détection du génome dans plasma et/ou selles.
 Diagnostic indirect:
Détection des anticorps dans sang
- IgM anti-VHE
- IgG anti-VHE
 Traitement et Prévention
•On ne dispose d’aucun traitement
•Hygiène:
–Collective : respect des normes de qualité pour les approvisionnements publics en eau;
–Individuelle: hygiène des mains
•Vaccin: homologué disponible en Chine depuis 2011
3. HEPATITE VIRALE B (HVB)

Epidémiologie
a) Virus
 Famille : Hépadnaviridae
 Enveloppe porte le motif AgHBs
 Capside formée par la protéine AgHBc
 ADN en partie double brin

b) Répartition géographique
Deux milliards de personnes infectées dans le monde
 Trois régions:
- Haute prévalence: Afrique tropicale, Asie du sud-est; transmission surtout à la naissance ou dans
l’enfance
- Basse prévalence: Europe, Amérique du nord, Australie; transmission surtout sexuelle et
parentérale(toxicomanie)
- Moyenne prévalence: Bassin méditerranéen, Europe de l’Est
c) Transmission
Sources d’infection du VHB: sang, sperme, sécrétions vaginales, salive et urines
Modes de transmission:
Parentérale:
Transfusionnelle: sang ,dérivés du sang
Non transfusionnelle: toxicomanie iv, tatouage, scarification, accident d’exposition au sang (AES)
Sexuelle: MST
Périnatale
Verticale : mère –enfant (Accouchement:+++, In utero : rare, Allaitement: presque nulle)
Horizontale : rare
Diagnostic clinique
a)Histoire naturelle/ clinique
Incubation 6 semaines à 4 mois
Formes asymptomatiques 90% des cas
Forme fulminante 0,1% des cas
Passage à la chronicité dans 10% des cas
b)Diagnostic biologique
 Diagnostic direct :
- Ag HBs, - Ag Hbe ,- ADN du VHB
 Diagnostic indirect :
- Ac anti-HBc ,- Ac anti-HBs
4. VIRUS DE L'HEPATITE D ou AGENT DELTA

 Epidémiologie
Détectable que si le VHB est présent. Virus défectif
Constitué de l'enveloppe du VHB, d'une nucléocapside contenant des protéines antigéniques
et un ARN circulaire monocaténaire.
Endémie sévit dans 3 zones :
Méditerranée orientale, Afrique sub-saharienne et Amérique latine;
Transmission surtout parentérale mais autres modes sexuelle et mère-enfant) non exclus.
En Europe de l'ouest et du nord, VHD chez toxicomanes.
 Diagnostic clinique et biologique

Infection delta et infection par virus B (co-infection), risque de forme fulminante.
Infection delta chez porteur chronique d'HBV (surinfection), risque d'hépatite chronique active.
Ag Delta dans noyau des hépatocytes
Dans sérum : Recherche Ag Delta et Ac anti-delta (IgG et IgM); technique plus utilisée pour
diagnostic infection.
 Vaccination contre le VHB protège contre l’infection delta.

5. LE VIRUS DE L'HEPATITE C (HCV)
EPIDEMIOLOGIE
 Transmission, mêmes voies que l'hépatite B.
 Voie parentérale très fréquente (transfusions de sang ou de produits sanguins, chez les
hémodialysés ou les toxicomanes).
 Transmission sexuelle semble exceptionnelle et transmission verticale mère-enfant
vraisemblable mais mal documentée.
 Il existe des cas sporadiques (10 à 30% des cas) dont on ignore mode de contamination.
VIRUS
virus à ARN, enveloppé, 50 à 60 nm de diamètre, famille des togavirus, sous-famille flavivirus; ni
cultivé, ni observé
DIAGNOSTIC
forme très peu symptomatique
incubation de 7 à 8 semaines en moyenne
Évolution vers la chronicité dans 70 à 80 % des cas; avec risque ultérieur d'évolution dans 20 % vers
la cirrhose et ensuite vers le carcinome hépatocellulaire.
En cas de guérison: Transaminases se normalisent, l’ARN viral indétectable et les anticorps
anti-HCV détectables pendant de nombreuses années.
En cas de passage à la chronicité: Transaminases peuvent se normaliser ou rester
modérément élevées. L’ARN viral reste détectable.
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE:
 Recherche d’anticorps anti HCV par test Elisa.
Evaluation de ce test: spécifique mais pas très sensible
 Recherche de l’ARN HCV par biologie moléculaire (PCR, génotypage et quantification de la
charge virale).
 TRAITEMENT
But: Eradication du virus, prouvé par la négativation de la recherche du ARN viral sérique, mais pas
totalement atteint.
Traitement de l’HCV chronique, fondé sur combinaison thérapeutique (interféron alpha-ribavirine).
Résultat récent traitement indique: guérison de plus de 80% patients infectés par virus génotype 2
ou 3 et de près de 50% pour génotype 1.
La cirrhose par HCV, une indication à la greffe de foie (Transplantation).

POINTS CLES
Terme hépatite désigne tout processus inflammatoire du foie, en règle générale
accompagnée d’élévation des transaminases.
Cause plus fréquente d’hépatite aiguë: infection virale.
Hépatite chronique: persistance anomalies biologie hépatique > 6 mois.
Diagnostic hépatite B évoqué sur notion contage ou groupe à risque; affirmé par présence
antigène HBs.
Hépatite B fait partie infection sexuellement transmissible, doit faire rechercher
systématiquement une autre infection sexuellement transmissible
Vaccination universelle contre le virus B, fortement diminué incidence de la cirrhose et du
carcinome hépato-cellulaire (CHC) dans le monde.
Objectif premier du traitement de l’hépatite virale C chronique: Eradication du virus. Sa
guérison ne prévient pas survenue de complication chez les personnes avec une cirrhose
préalable.

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PLAN

PROCEDURE GENERALE DE L’ANALYSE BACTERIOLOGIQUE…………………………………………………………… 2

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 1

• Diagnostic bactériologique : Ensemble de moyens permettant de:

• confirmer telle ou telle étiologie infectieuse d'origine bactérienne,

• confirmer une guérison.

• Moyens diagnostiques sont variés:

• de la bactérie elle-même ( culture , identification et sensibilité aux antibiotiques,

• Antigènes  Méthodes immunologiques,

• Génome  Méthodes moléculaires.

• Mise en évidence de la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps

Décrire les principales étapes du diagnostic biologique d'une infection bactérienne

• Elle s'intitulera "examen cyto-bactériologique ’’ :

• Exemple : ECBU = Examen Cytobactériologique des

• Informations sont consignés dans un document (Demande d’analyse)

• Demande d’analyse : Il sera important de bien identifier le patient par:

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 2

- Traitement antibiotique en cours

• Il existe une procédure standard de recherche de cellules et de germes, d'où l'appellation

• Celle-ci exclut toute recherche systématique de germes particuliers telle la recherche de

• Le clinicien ne devra jamais oublier d'indiquer toute demande ou recherche particulière, en

• Diagnostic direct comprend plusieurs étapes

2 - Examen macroscopique : Décrire l’aspect du produit biologique a l’œil nu

3 - 1 Etat frais (Grossissement de 400, en général):

3 - 2 Examen après coloration (Grossissement de 1000, en général) :

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 3

Examen après coloration spéciale

• (Ziehl-Neelsen) : Les bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) compte tenu de la composition

• May-Grunwald Giemsa: Etude des cellules

3 - 3 : Autres types de microscopie

Microscopie à fluorescence (source particulière ; lampe UV) : Fluorescence

Microscope a fond noir: Diagnostic de Treponema

Microscope électronique : Ultrastructure

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 4

• Urines : milieu sélectif (Drigalski), Chromogène (Uriselect)

• Selles (coproculture): milieux sélectifs (Drigalski et SS pour Salmonella et Shigella,

5. Identification : Recherche des caractère biochimique

• A l'aide de tests d'orientation rapide : catalase, oxydase, coagulase...

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 5

Par ensemencement d'une galerie biochimique adaptée :

Identification par un ensemble de réactions du métabolisme intermédiaire avec la galerie

Autres moyens diagnostiques (produits bactériens) :

• Recherche d'antigène soluble :

• LCR lors des méningites bactériennes

• Pneumopathie à Legionella pneumophila de sérogroupe L1.

• Mise en évidence de la bactérie suite a une amplification et révélation de d’une

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 6

• Il se base sur la réaction antigène-Anticorps. La production d’anticorps ne se développe qu'à

• Par ailleurs la spécificité est relative (réactions croisées).

• La sensibilité varie selon le type de technique utilisée:

• il conviendra de demander deux examens sérologiques à deux semaines d'intervalle. Dans

• Il existe diverses techniques pour déceler la présence d'anticorps.

2.1. Réaction d'agglutination

2.2. Méthodes immuno-enzymatique ELISA (Enzyme-linked immunosorbent assay)

• Il existe plusieurs variantes

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 7

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 8

• Contrairement a l’ELISA, ici l’enzyme est remplacé par un élément fluorescent ,

- Réaction de fixation du complément

- Quelques exemples de sérodiagnostic:

- Chlamydioses : IFI, Fixation du complément

COURS DE BACTERIOLOGIE - TBM 3 – INFAS ABIDJAN 2020 9

- Lyme (maladie) : IFI, ELISA, Western-blot

- Mycoplasmes : Fixation du complément, ELISA