synthèse | formation

L’antibiogramme permet
d’estimer la sensibilité d’une
souche bactérienne à un ou
plusieurs antibiotiques et
de dépister les résistances
acquises afin d’orienter les
décisions thérapeutiques.
Quelle technique utiliser
aujourd’hui, quels en sont les
limites et les pièges ? Quelques
réponses ci-dessous et encore
de nombreuses questions.

© CHASSENET / BSIP
L’antibiogramme :
quelle approche en 2018 ?
Approches rapides de la détection des résistances

Les techniques conventionnelles de bactériologie sont fondées sur la culture bactérienne, requérant 18 à 24 h
au mieux pour obtenir l’identification du pathogène et 36 à 48 h au mieux pour obtenir un antibiogramme.
Différentes approches plus rapides de la détection des résistances peuvent être envisagées.

Les objectifs Les outils disponibles :

Pour un diagnostic dans le cadre d’une infection, l’objectif d’une
approche rapide de la détection des résistances est l’instaura-
tion d’une antibiothérapie précoce et adaptée, notamment dans
les situations d’urgence. En effet, en cas de choc septique, le
retard à la mise en route d’une antibiothérapie adaptée est
fortement lié au risque de décès. Une antibiothérapie adaptée
dans la 1re heure d’une hypotension permet 80 % de survie et
chaque heure de retard à l’instauration de cette antibiothérapie
diminue de 7,6 % la probabilité de survie [1].
Dans le cadre d’un dépistage, l’intérêt d’une approche rapide de
la détection des résistances n’est pas démontré au plan indivi-
duel, mais il l’est au plan collectif. En effet, une telle approche
permet d’éviter une antibiothérapie à trop large spectre et dimi-
nue ainsi la pression de sélection antibiotique. Le second intérêt
est de permettre le dépistage des patients porteurs de bactéries
multi- et hautement résistantes (BMR et BHRe), donc de limiter
la diffusion de la résistance par l’instauration rapide de mesures
d’hygiène adaptées et ainsi, de prévenir le risque d’épidémies.
phénotypiques ou génotypiques
Les outils phénotypiques permettent la détection directe ou
indirecte de protéine(s) impliquée(s) dans la résistance et la
détection rapide de la croissance des bactéries en présence
d’antibiotiques. Ils sont applicables à J1 (lorsque la résistance
est exprimée), mais difficilement à J0.
Les outils génotypiques permettent la détection de gènes impli-
qués dans la résistance. Utilisables à J0, ils ne détectent que
ce qui est « connu ».
Les outils applicables à partir d’une culture
bactérienne (J1)
Recherche d’une protéine
par immunochromatographie
• Recherche de la PLP2a produite par le gène mec A sur des
colonies de Staphylococcus aureus, avec des Ac anti-PLP2a.
Cette technique donne des résultats en moins de 10 à 30 min et

OptionBio | octobre 2018 | n° 587-588 15

 formation |synthèse
permet d’optimiser la prise en charge des patients (traitement
par oxacilline versus vancomycine).
• Recherche de carbapénémases (OXA-48, KPC, NDM, VIM +/-
IMP), recherche de BLSE (CTX-M) ou recherche de résistance à
la colistine (MCR-1), à partir de colonies. De la même façon, les
résultats sont obtenus en quelques minutes et les sensibilité et
spécificité de ces tests sont voisines de 100 %.
Recherche de l’activité enzymatique d’une protéine
Par colorimétrie
Peuvent ainsi être recherchées les résistances :
• aux carbapénémases (Rapidec® CARBA NP, Neo-Rapid CARB®
kit, ␤-CARBA™ test…) : par exemple le Rapidec® CARBA NP,
utilisable sur les entérobactéries, P. aeruginosa, A. baumanii, a
une sensibilité de 97,8 % et une spécificité de 97,8 % et rend
des résultats en 30 min à 2 h.
• à la colistine : le Rapid Polymixin NP® test s’applique aux
entérobactéries. Il a une sensibilité de 99,3 %, une spécificité
de 94,9 % et rend des résultats en 2 à 3 h.
Par électrochimie
La recherche de carbapénémases par le BYG Carba test® 2.0,
qui utilise un mode de révélation par électrochimie, nécessite
de 1 à 3 colonies (106 UFC/mL) ; sa sensibilité est > 95 % et sa
spécificité, proche de 100 % ; il rend des résultats en 30 min,
mais détecte mal les enzymes GES (carbapénémases).
Par spectrométrie de masse : détection de métabolites
des antibiotiques ou de protéines
La technologie Maldi-Tof permet la détection de métabolites
issus de l’hydrolyse des ␤-lactamines. Ainsi, le MBT STAR®
Carba IVD kit détecte les carbapénémases chez les entérobac-
téries, Pseudomonas, Acinetobacter après 30 min de mise en
contact (60 min pour Acinetobacter) avec l’imipénème ; il est
utilisable à partir de flacons d’hémocultures. D’autres tech-
niques de spectrométrie (LC-MS/MS, ESI-MS/MS) sont aussi
disponibles pour l’étude des résistances.
Mesure accélérée des CMI via un microscope
Différents systèmes sont commercialisés (Accelerate Phe-
noTest™ BC kit, ASTar™ ou QMAC dRAST™) ; tous utilisables
à partir de flacons d’hémocultures positifs, ils permettent
d’obtenir des CMI en quelques heures.
Mesure accélérée des diamètres d’inhibition
Enfin, il est possible d’effectuer une lecture automatisée des
diamètres d’inhibition des antibiogrammes en milieu gélosé
(système WASPlab™), à 6 h ou 8 h pour Enterococcus et Acine-
tobacter (12 h pour P. aeruginosa) versus 18 h.
Tous ces outils, applicables à J1 à partir d’une culture bac-
térienne, sont phénotypiques. Seules quelques techniques
génotypiques sont utilisables sur des colonies bactériennes.
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Par exemple, le système microarray Chek-MDR® permet, après
extraction de l’ADN, amplification puis hybridation, de détecter
en 4 à 6 h, des résistances de type BLSE, céphalosporinases
AmpC, carbapénémases…
Les outils applicables à partir d’un prélèvement
biologique (J0)
Les outils phénotypiques sont théoriquement utilisables à
J0 : il s’agit de géloses sélectives contenant des antibiotiques
développées pour la détection des staphylocoques résistants
à la méticilline (SARM) (BBL CHROMagar™ MRSA II Becton
Dickinson ou Brilliance™ MRSA Oxoid), des entérobactéries
sécrétrices de BLSE (ChromiD™ ESBL bioMérieux), des enté-
rocoques résistants à la vancomycine (ERV) (CHROMagar™ VRE)
ou des entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC)
(ChromID CARBA SMART™ bioMérieux).
Les outils génotypiques, plus nombreux, permettent la détection
de différents types de résistance.
• Les tests détectant les SARM sont utilisables à partir de
prélèvements nasaux, écouvillonnages de plaies cutanées ou
flacons d’hémocultures positifs à cocci à Gram positif en amas,
ils utilisent une PCR en temps réel détectant le gène mec A ou
la jonction de cassette SCCmec-orfX + /- mecA. Les résultats
sont obtenus en 1 à 2 h, mais il peut exister quelques faux
positifs ou faux négatifs.
• De même, les tests détectant les ERV (BD Genhom™ VanR,
Xpert® VanA/VanB Cepheid, GenoType® BC grampositive Hain
Lifescience) s’utilisent sur selles ou écouvillonnages rectaux et
ciblent les gènes VanA et VanB.
• Ceux ciblant les gènes OXA-48, NDM, KPC, IMP-1 ou VIM
(systèmes GeneXpert® Cepheid, ou Mobidiag) détectent les EPC
à partir d’écouvillonnages rectaux.
Dans tous les cas, les résultats sont rendus en 1 à 2 h et
quelques faux +/- peuvent être observés.
• Les tests détectant la résistance à la rifampicine de Mycobac-
terium tuberculosis s’utilisent en cas de suspicion forte de tuber-
culose ou de présence de bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR)
à l’examen direct, à partir de tubages gastriques, expectorations,
ainsi que sur cultures bactériennes. Ils permettent de tester la
résistance à la rifampicine (GeneXpert® Cepheid) en 2 h ou la
résistance à la rifampicine + à l’isoniazide +/- aux fluoroquino-
lones, aux aminosides et à l’éthambutol (Hain Lifescience) en 5 h.
• Le test GenoType® HelicoDR (Hain Lifescience) recherche
spécifiquement des mutations de résistance d’Helicobacter
pylori aux fluoroquinolones et à la clarithromycine, à partir d’une
biopsie gastrique, avec un résultat rendu en 5 h.
Enfin, des approches syndromiques ont été développées, per-
mettant de détecter des panels de bactéries et virus au niveau
d’hémocultures, de prélèvements respiratoires, digestifs, géni-
taux… Certains fabricants (Curetis, BioMérieux) proposent en
plus de la détection de micro-organismes, la détection de gènes
de résistance aux antibiotiques.
 synthèse | formation

Antibiogramme « classique » lement à intégrer dans la démarche « qualité », au regard des

ou méthode rapide ? exigences de l’accréditation, et se développeront probablement
De très nombreux outils (et de plus en plus) sont disponibles, bientôt « au lit du malade ». |
permettant la détection de mécanismes de résistance ciblés.
Liens d’intérêts : l’auteure déclare ne pas avoir de liens d’intérêts.
L’antibiogramme complet est en passe d’être développé (des
valeurs de diamètre « rapide » devraient être fournies par CAROLE EMILE
biologiste, rédactrice scientifique
l’EUCAST) et nous aurons probablement besoin de tests de Carole.emile@biomnis.com
sensibilité (plutôt que de résistances). Il reste à définir dans
quels contextes ces tests sont à utiliser : pas de manière sys- source

tématique, mais en fonction des besoins des cliniciens et des D’après la communication d’Olivier Barraud (Limoges) lors de la XXII e journée de
microbiologie clinique du COLBVH, 22 juin 2018, Paris, France.
contraintes organisationnelles et financières. Ils seront éga-

| Figure 1 - E.coli
producteur de
BLSE.
L’antibiogramme et ses pièges

Entérobactéries :
interprétation de l’antibiogramme
Chez les entérobactéries, il existe une grande diversité des
résistances naturelles du fait du grand nombre d’espèces.
Ceci est compliqué par l’augmentation des résistances
acquises, notamment par les ␤-lactamases : ␤-lactamases à
spectre étendu (BLSE) (figure 1), carbapénémases ou autres
(OXA-1…) à l’origine de difficultés d’interprétation.
En outre, émergent de nouvelles résistances : aux quinolones
(QNR), aux quinolones/aminosides (AAC(6’)-Ib-cr) et à la colis-
tine (MCR-1 à MCR-5).

Résistance naturelle aux bêta-lactamines :

Six groupes sont définis :
• Groupe 0 : Pas de ␤-lactamase : Salmonella sp, Proteus
mirabilis
• Groupe 1 : AmpC bas niveau : E. coli, Shigella sp
• Groupe 2 : pénicillinase (Pase) : Klebsiella sp, C. koseri
• Groupe 3 : AmpC inductible : Enterobacter sp, Morganella
morganii, C. freundii, Hafnia alvei…
• Groupe 4 : AmpC inductible + Pase ou BLSE : S. fonticola,
Y. enterocolitica
• Groupe 5 : céfuroximase inductible : Proteus vulgaris/penneri
© LABORATOIRE DE BACTÉRIOLOGIE DE L’HÔPITAL DE MONTFERMEIL, FRANCE.

• Groupe 6 : BLSE (inductible ou non) : Kluyvera sp, Rahnella sp,

C. sedlakii, C. farmeri, C. amalonaticus…

Exemple : Serratia fonticola

Appartenant au groupe 4, cette espèce secrète 2
␤-lactamases : 1 BLSE chromosomique inductible et 1
céphalosporinase (AmpC) chromosomique inductible.
L’AmpC étant très faiblement exprimée, la bactérie présente
in vitro, une sensibilité conservée à l’amoxicilline + acide
clavulanique (AMC) et une synergie avec le céfotaxime (CTX).
Sur l’antibiogramme, les corrections à effectuer sont AMC
sensible (S) a résistant (R) et Pipéracilline (PIP) S a R ; la
résistance est naturelle ; il est inutile de recommander les
mesures d’isolement du patient.

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