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1- Apparition de la résistance
Les antibiotiques sont utilisés dans la lutte contre les infections bactériennes depuis la
découverte de la pénicilline en 1929 et des sulfamides en 1935. Les nouvelles molécules sont
d’abord utilisées en médecine humaine puis leur emploi est étendu à la médecine vétérinaire.
L’utilisation de ces antibiotiques s’accompagne inéluctablement de l’apparition de résistances
acquises depuis fort longtemps (très peu de temps après le début de l'antibiothérapie), par les
souches d’origine humaine ou animale, rendant l’efficacité des thérapeutiques plus aléatoire.
Actuellement, elle fait l'objet de publications et de revues nombreuses qui rendent compte de
sa constante évolution.
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4-1 : La méthode de dilution en milieu liquide : Consiste à préparer une série de vue à
hémolyse avec le même milieu de culture liquide (2 ml) puis constituer une gamme de
concentrations de l'antibiotique à tester. Il reste un tube (contrôle) ou témoin de croissance de
la souche à tester. Enfin on ajoute la même quantité de germes dans chacun tube (inoculum).
La galerie ainsi préparée sera incubée à 37°C pendant 18 heures. Enfin elle sera examinée à
l'oeil nu.
Le principal inconvénient de cette méthode est la quantité de tubes à manipuler, soit 100 tubes
pour une dizaine d'antibiotiques à examiner. Une variante de cette méthode consiste à utiliser
des microcupules en plaque au lieu de tubes. Il s'agit d'une microméthode en milieu liquide.
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de base de 2. Puis sont préparées les suspensions des différentes bactéries à examiner qui sont
alors distribuées dans les microcupules métalliques (exemple d'un système à 20 cupules).
Des tiges métalliques stériles plongent dans chaque cupule. Puis par un mouvement de
translation sont déposées les différentes bactéries sous le même volume (de l'ordre du
microlitre) à la surface du milieu gélosé ou solide. Après avoir ensemencé la série de boîtes,
celles-ci sont incubées à 37°C pdt 24h. La lecture est alors effectuée: il est facile de repérer
l'emplacement de chaque souche et de noter croissance ou absence de croissance.
Cette méthode semi-automatique est peu pratique. Car tester la sensibilité à 10 antibiotiques
nécessite de préparer une centaine de boîtes contenant les diverses concentrations
d'antibiotique.
4-3 : La méthode de diffusion ou des disques en milieu solide : est la plus simple. Elle
consiste à ensemencer en surface d'un milieu solide par inondation de la souche à tester. Puis
à déposer des disques de papier buvard comprenant un antibiotique à une certaine
concentration. La boite ainsi préparée est mise à incuber pendant une nuit à 37°C. Il est
possible de voir la croissance bactérienne (au milieu de la boite) ainsi que des zones
d'inhibition de la croissance circulaires, à proximité de chaque disque.
Plus la zone d'inhibition est grande, plus grande est la sensibilité de la souche bactérienne
testée vis-à-vis de l'antibiotique étudié. Chaque zone peut être mesurée selon divers moyens:
règle, compas, pied à coulisse....La zone d'inhibition circulaire est mesurée par le diamètre en
mm, puis il sera possible de calculer la CMI de l'antibiotique pour la souche examinée en
reportant ce diamètre sur une courbe de concordance.
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5- Rôle du microbiologiste
5-1 : Connaitre les résistance naturelle / acquise : La résistance naturelle ou intrinsèque
correspond à la capacité de résister à la présence d'un antibiotique pour toutes les souches
d'une espèce ou d'un genre bactérien. C’est L’expression d’un caractère inné, partagé par
l’ensemble de la communauté bactérienne, qui rend inappropriée l’utilisation de certains
antibiotiques. La Société Française de Microbiologie (SFM) définit la résistance naturelle
comme la caractéristique d’une espèce bactérienne qui se traduit par des concentrations
minimales inhibitrices (CMI) supérieures à la concentration critique supérieure des tests de
sensibilité pour l’antibiotique concerné. Habituellement le support de cette résistance est
chromosomique.
5-2 : Sélectionner les antibiotiques à tester : Le choix des antibiotiques à tester en routine
est fonction de nombreux facteurs tels que la bactérie identifiée, la disponibilité de
l'antibiotique et son utilisation possible chez l'hôte, etc. Il est important de faire appel aux
recommandations de la CA-SFM (ou EUCAST) qui propose pour chaque espèce ou groupe
bactérien :
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de Pétri, mais que ce n’est, au contraire, qu’une base de réflexion conduisant à des
informations sous-jacentes : on ne lit pas un antibiogramme, on l’interprète. Cette
interprétation commence dès lors que l’on décrète «S» à un antibiotique une bactérie pour laquelle le
diamètre d’inhibition (d) est > au diamètre critique, c’est-à-dire lorsque la CMI est < à la
concentration critique inférieure de l’antibiotique en question. Cependant, l’interprétation
phénotypique représente bien plus que cela. Elle est devenue possible puis incontournable grâce
aux progrès considérables de la connaissance des mécanismes biochimiques de résistance des
bactéries et des déterminismes génétiques impliqués.
Exemples:
• «La charge des disques de cotrimoxazole n’étant pas adaptée, les souches isolées
d’infections urinaires et catégorisées sensible saux sulfamides et/ ou au triméthoprime
doivent être catégorisées sensibles à l’association triméthoprime-sulfaméthoxazole
(cotrimoxazole) » même si elles n’apparaissent pas sensibles CASFM 2018.
• « Alerter (sans modifier le résultat de l’antibiogramme) sur l’efficacité thérapeutique
incertaine des associations amoxicilline-clavulanate, ticarcilline-clavulanate et
pipéracilline-tazobactam dans le traitement des infections autres que les infections du
tractus urinaire si au moins une des céphalosporines de 3ème (céfotaxime,
ceftriaxone, ceftazidime) ou de 4ème génération (céfépime) n’est pas catégorisée
sensible (EUCAST expert rules v. 2.0, règle 9.1 de grade B) » CASFM 2018.
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croisée). Leur mode de production, constitutive ou inductible, a permis de mettre au point des
tests de facilitation de détection par le placement judicieux des disques d’antibiotiques sur la
gélose (inhibiteurs de bêta-lactamases et C3G ou C4G, érythromycine-clindamycine…).
• Antibiotique qui peut induire des résistances croisées à la même famille d’antibiotiques
Exemple : Une souche d’entérobactérie : Si S à l’amoxicilline : donc S à toutes les Bêta-
lactamines./ Si S à l’acide nalidixique : donc S à tous les quinolones.
• Antibiotique qui peut induire des résistances associées à d’autres familles d’antibiotiques
Exemple : Haemophilus : Dans 90 % des cas, la résistance à la kanamycine est associée à la
production de bêta-lactamase.
Exemples :
• La présence d’une BLSE peut être confirmée par l’utilisation de la méthode de la synergie
entre deux disques sur l’antibiogramme standard c’est à dire un disque de céfotaxime,
ceftazidime ou céfépime et un disque contenant de l’acide clavulanique (ex. amoxilline +
ac. clavulanique : AMC) distants de 30 mm des disques de céphalosporine. La présence
d’une BLSE s’exprime par l’apparition d’une synergie en « bouchon de champagne ».
CA-SFM 2014.
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capables les bactéries et qui compliquent parfois singulièrement cette étape). Une fois le
mécanisme élucidé, on en déduit toutes les résistances croisées pour établir le panel de l’ensemble
des molécules concernées par le mécanisme de résistance incriminé. On mesure là toute
l’importance de la lecture interprétative.
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BLSE : bétalactamases à spectre étendu : sont des enzymes qui hydrolysent aussi bien les
pénicillines que les oxyiminocéphalosporines (ceftriaxone, céfotaxime, ceftazidime…) et les
monobactames (aztréonam). Les céphamycines (céfoxitine, céfotétan, latamoxef) et les
carbapénèmes (imipénème, ertapénème, méropénème et doripénème) restent actifs, alors que
les activités des C4G (céfépime, cefpirome) et celles des associations β-lactamines/
inhibiteurs classiques de bêtalactamases (amoxicilline ou ticarcilline associé à l’acide
clavulanique, ou encore pipéracilline associé au tazobactam) sont variables. Une image de
synergie (inhibition de l’activité enzymatique par l’acide clavulanique) est souvent détectée
entre les C3G et AMC ou TCC.
Le plus souvent d’origine plasmidique (gènes de résistance aux autres molécules). Différents
types (plus de 200 BLSE décrites) : – TEM – SHV – CTX-M
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