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Chapitre 4 : Biologie de synthèse

I. La biologie de synthèse

A la frontière entre science et technique

Génie génétique : modifier comportement cellule en y introduisant un gène existant
Biologie de synthèse
- Concevoir syst biologiques (ingénierie composants et syst biologiques qui n’existent pas dans la
nature)
- Reprogrammer +/- complètement des organismes vivants afin de leur faire exécuter des fonctions
souhaitées, même si celles-ci n’existent pas dans la nature.
- Porte sur design intentionnel de syst biologiques artificiels (couple modelage mathématique et
méthodes biomoléculaires)
- Mise au point langage spécifique proche de l’informatique

1) Ingénierie biologique
Simulation : conception → assemblage composants pour produire produit d’intérêt → intégration dans châssis
cellulaire → validation

1e cellule vivante avec génome synthétique crée par équipe de Craig Venter en mai 2010
 Démarche top gun : séquençage → stockage → synt chr → transfert dans bactérie → obtention chr
= démarche descendante

Conception du syst biologique

Equivalence entre électronique digitale et régulation génétique = portes logiques
Ex : porte « OU » → production GFP si on met soit IPTG soit tétracycline
Formule booléenne : GFP = IPTG + Te5

Table de vérité :
Entrée Sortie
IPTG Tet GFP
0 0 0
1 0 1
0 1 1
1 1 1

Autre ex :
Production protéine → soit activateur soit répresseur : protéine
produite uniquement si que activateur
= porte AND et INHIBIT : porte NOTIF
Table de vérité :
A R Gene state X
No No Inactive No
No Yes Inactive No
Yes No Expressed Yes
Yes Yes Inactive No
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2) iGEM
Compétition iGEM (International Genetically Engineereed Machine Competition)
 compétition entre étudiants sur production de nvx syst

2006 : Eau d’E. Coli

E. coli en phase exponentielle de croissance : dpd odeur (odeur de gaulthérie en croissance et banane en phase
stationnaire)
Nécessite d’utiliser de petits éléments = « châssis »

3) Biologie de synt et santé

- Chimie fine mt
- Capteurs diagnostic
- Création de biomatériaux (reconstruction tissulaire, adm mt)
- Outils médecine prédictive

a) Fabrication de mts
Mts pdts par biologie de synt (mais pas biomts) :
- Hydrocortisone (Szczebara/Aventis)
- Artémisinine (Amyris et Sanofi)
- Opiacés : thébaine et hydrocodone (Standford University)
- Vaccins

Production artémisinine :
Isolé à partir Artemisia annua → activité anti-paludique (en association : ACT = artemisinin based combination
treatment)
Pb : rendement limité, dpd conditions climatiques, … → variable !
Thérapies très couteuses pour une grande partie pop concernée (2$50 → 25$ sur l’année or max 4$/an pour
santé dans cette population)

Sources d’artémisinine
- Agriculture (↗ plantations dans monde)
- Synt chimique (trop complexe et couteuse)
- Par micro-organismes

Objectif →  cout tt par 10 : production dans E. coli puis dans S. cerevisiae (levure)

Etapes dans production à partir de micro-organismes (ex artémisinine)

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Connaissance physiologie :
- Plante :
o Identifier chimie/voie de biosynt dans plante → artémisinine = isoprénoïdes (triterpénoides)
Condensation d’unités isopréniques
2 précurseurs : IPP (isopentenyl diphosphate) et DMAPP (diméthylallyl diphosphate) →
géranyl PPi → ajout IPP : farnesyl PPi (déjà dans micro-organisme)
ADS = amorphadiene synthase → synt amorphadiène → oxydation (CYP) → acide
artémisinique → artémisinine
o Trouver et synthétiser gènes importants
Gène ADS : transfert gène natif ? (pb : codons ≠ pour même a.a → échec)
Resynt gène → améliore production amorphadiène (de 142 fois)
Amélioration voie de synt farnesyl PPi (↗ qté enzs) → ↗ amorphadiène de 3 fois
Limites : ↗ étapes pour obtenir farnesyl Ppi peut  synt de vitamines par ex
Changement de stratégie : changer de micro-organisme : voie de synt du farnésyl PPi
différente (voie du mévalonate) → ↗ de 90 fois
On ne peut pas ↗ mévalonate →  reproduction levure
 Métabolites intermédiaires endogènes peuvent être toxiques
 Optimiser métabolisation intermédiaires pour éviter leur accumulation
- Micro-organisme
o Apporter gènes nécessaires à production composé + apporter précurseurs
Amélioration procédé de fermentation et optimisation hôte → ↗ de 20 fois
o Etablir bon ct génétique de l’ensemble

Production industrielle : en 2 phases

- Production acide artémisinique dans levures génétiquement modifiées
- Transformation acide artémisinique par synt chimique (catalyse chimique et photo-oxydation) :
o Acide artémisinique réduit en dihydroartémisinique.
o Produit de la réaction placé dans un tube fin en présence d’oxygène, le tout entouré d’un flux
continu de rayons lumineux. On laisse mijoter 4 minutes 30 et on obtient de l’artémisinine
avec un rendement de 40 %.

 Prix potier de la chimie verte pour Sanofi

Dvpt plateforme de biologie de synt par Amyris = µPharm
Collaboration avec nbeuses entreprises (pharmaceutique, production de biofuel)