Caractéristiques des levains

La flore endogène peut se développer, donc on rajoute des ferments (aussi appelées
levains).
Ces ferments peuvent être lyophilisés (= congelé sous vide)
Ferments sauvages lorsque pain au levain.
On peut congeler le levain pour le garder.

Les ferments lyophilisés sont plus couteaux à produire, les couts de stockage et de
conservation sont moins importants, ils sont moins fragiles au stockage.

Pour culture de moisissure, on a besoin des spores.

Donc on ne peut pas la cultiver en fermenteurs dans des liquides.

On ne peut pas « pasteuriser de la viande », si on veut la fermenter, il faut le faire sur une
viande crue. Alors qu’on peut fermenter un lait pasteurisé.
Fermenteur : cuve (en aérobiose ou anaérobiose). Des tuyaux amène de l’air qui est filtré.
La taille d’un fermenteur peut varier.
On réfrigère car la croissance des microorganismes est exothermique et rajoute de la
chaleur.
Lorsque les micro-organisme se multiplient, ils acidifient le milieu.

On peut rajouter des choses dans le fermenteur.

On agite pour homogénéiser le milieu et afin que les microO restent en haut de la cuve.
Le milieu de culture change en fonction de ce qu’on fermente (si c’est des antibiotiques, on
peut se permettre d’avoir un milieu couteux, si c’est de l’acide lactique, on prend du
lactosérum (déchet de l’industrie laitières).)

CBB développement.
Qd culture dans fermenteur pour en aire produire métabolite
Milieu de culture
Ph
… différents paramètres à maitriser.
Les souches ne vont pas toute sécréter les molécules souhaitées.
La consommation du régulatoire se fait pdt la phase de croissance
Rien pdt la phase de latence.
Milieu de culture prêt à l’emploi, mais si pas possible travail avec des peptone (source
d’azote) et avec des sous-produits de l’industrie sucrière. (Moins cher).
Contraintes de prix, de solubilité du milieu…
Optimisation longue (plusieurs années).

Fermenteur : cuve que l’on va chauffer dans lequel on met milieu de culture et des cellules
en les gardant une température.

Fermentation continue : plus de temps d’attente

Pour cela on rajoute en permanence du milieu afin d’être toujours en phase de croissance
Fermentation en milieu solide
Koji pour saké

Pourquoi on utilise les micro-organismes et d’où viennent-ils ?

Empirisme (utilisation non volontaire au départ)

Adapté à des niches écologiques variées
Source d’énergie peu couteuse
Production de molécule diversifié
Ils font ce que l’on ne sait pas faire (méthanisation)

Cas particulier des micro-organismes recombinants (OGM)

Génome simple pouvant être remanié

Caractéristiques recherchées
Qualités organoleptiques
Qualité technologique
Qualités nutritionnelles et hygiéniques

Il faut que les souches soient sures

Aptitudes technol des souches (en fonction des applications (résistance thermique, sel…)
Critères d’innocuité
Il faut être sûr d’un point de vue taxonomique
Pas de gène re résistance aux antibiotiques
La faisabilité industrielle

Souche pour en fermenteur :

Rendement, stabilité, faisabilité industrielle, sûre,

On commence par faire des pré culture pour ensuite ensemencer un gros volume (5k litre)
Fermentation en fermenteur jusqu’à obtenir la biomasse attendue, on filtre pour obtenir les
bactéries puis ont lyophilise

Les levures, les bactéries et les moisissures,

Amélioration génétique des souches

Mutagénèse
Agent mutagène, étalement sur milieu nutritif,
Et analyse de la mutation s il y en a une
Technique fastidieuse, aléatoire, nécessite peu de connaissance

Technique de mutagénèse moins aléatoire : Crisper cas9 (mutation génétique= OGM)

Mais ils faut connaître le génome
MGM : microorganisme modifié génétiquement
Actuellement : une bactérie à améliorer
Gène hétérologue : vient d’autres espèces, autres organismes…
Gène homologue : vient de la même espèce

Pour qu’un gène se maintienne dans la bactérie il faut un vecteur de clonage

Levures sélectionnées pour être capable de sécréter ce que l’on veut qu’elle sécrète.

On peut utiliser levures et bactéries en fonction de l’utilité

Glycolisation des protéines (dans la bactérie différent que celle dans la levure)
Des peptides actifs ?
Pour améliorer génétiquement la levure on utilise
Prmomteur
Multiplier nombre copie de ce gene
SI on a un nb de copie sortie d’un promoteur fort
Clonage tous les gènes dans Saccharo Myces ??
exemple d’instabilité
Levure n’aime pas région athé riche

Scahharomyces : levure avec parois. Système d’importation

On décape la paroi (protoplaste), il ne reste plus que la mb cytoplamsique que l’on troue
avec du calcium
ADN entre
Crible de selection extrémement puissant avec des levures
Aussi
Electoporer leveures
On les laeves, on enkève les ions
On les places en milieu d’échange avecADN (electiruqe)
Provoque une absorption de l’ADN sur l’extérieur
EFSA :
Socuhe de B. subtilis dont le génome à été réduit de 36%
Incorptoratio, d’acides aminés non canoniques (que l’on ne retrouve pas dans les portéines)
Modification génétique d’un bactériophage actif contre listéria monocy…
Ajout d’un factuer d’adhésion au tractus digestif de l’homme
Molécules de toutes sortes
Des AA (utilisé en IAA ou en nut animale)= lysine, glutamate
Acide Organique (emballages)
Antibiotique (domaine pharmaceutique)
Polysaccharides sucres (xanthane)
Acide hyaluronique
Vaccin
Antitumauraux
Himuno supresseurs
Statines

Aussi produite par des OGM : insuline, hormone de croissance, enzymes (chymosine
recombinante)

Pq les organisme produite antibiotiques ?

Initialement avantage de compétition

Les antibiotiques
Leurs actions sont très diverses
La pénicyline agit au noveau de la paroi

Hémi synthèse
Étapes microbiennes et étapes chimiques

Atténués
Réassortiment coinfection : virus atténué avec virus sauvage
Mutaants
Délétion génique
Rougeole poliomyélite fièvre jaune
Rotavirus
Très bonne protection mais peuvent être dangereux
Gardé la chaîne de froid

Hépathite A
Diphtérie
Tétanos
Coqueluche

Vaccin génique
Surtout à usage vétérinaire (vaccin ADN)

Vaccin à sous unité recombinante

Vaccin recombinants
Aporter les Ag cibl »s aux cellules immunitaires dans le cadre d’une infection
Intégration dans le génonme de l’organisme vecteir
De gêne codant pour le ou les Ag idnetfiés
De gêne codant pour une cytokine permettant d’améliorer la réponse immunitaire
(Vaccine, adénovirus, herpes, salmonelles)

Traitement des biotechnologies

Vaccins qui produisent antigène par génie génétique = on clone le gène dans le micro-
organisme qui produit la molécule qui nous intéresse
On injecte un micro-organisme pour vaccin recombinants

La phagothérapie
(Application médicale utilisation micro-organismes)

Pays qui utilisent la phagothérapie : pays de l’est, notamment la Russie

Listéria = pet se développer au froid

Phages marchent bien en surface pour les maladies. (car les micro organismes ne se
deplaceent pas)
Phage 100 fois plus petit qu’une bactérie
Phages marchent aussi dans milieu liquide

Bactériophage = virus qui est capable de spécifiquement les bactérie (et pas les cellules
animales ou végétale), inoffensif pour l’homme
Solution pour lutter résistance antibio ??
Géorgie : pilier de la pratique
Entre dans le microbe, se multiplie, détruisent
Ciblée bactériophage précis
Manque de produit : pas d’entreprise de fabrication de bactériophage

Contraintes : phage virulent non-transducteur et non tempéré

On veut aussi un phage qui soit actif sur toutes les souches de l’espèce et uniquement sur les
souches de l’espèce.
Pas de gène codant des toxines ou Anti R sur le génome
Recherche de nouvelles molécules produites par les microOrganismes
Échantillon de sol > ADN > PCR (50 à 300 kb) > Cloange dans Streptomyces > banque >
screening > Molécules d’intérêt pharmaceutiques

Dans l’Agroalimentaire
Protéines P.O.U (Arthrospira, Chlorella…)
Produits alimentaires intermédiaires : Aa (Lysine…), épaisissants, édulcorants…
Spiruline : cyanobactérie

La capsule bactérienne = protection, résistance aux phages, résistance à la dessiccation,

réserve d’eau et de nutriments, absorption

Dessication = le fait de sécher

Sans polysaccharides : manque de texture dans le yaourt

Aussi des bactéries qui produisent in situ, donc pas besoin d’indiquer sur le yaourt qu’il y a
ajout d’un épaississant

Relation avec la santé ? = autant de molécule de polysaccharides que de bactéries qui en

produisent

B glucane = diminution de l’activité anti-inflammatoire

En mangeant des produits avec propriété anti-inflammatoire : diminué appariation de ces
bactéries

Production vitamines par des micro-organismes

Enzyme = pour la texture, pour capacité la pâte à lever…

Chymozine (dans la présure) peut être synthétisée

Dans l’agriculture
Les biopesticides
Bcp d’OGM sont résistant à certains insectes grâce aux gène codant des protéines CRI
Agrobactérium= pour transférer ADN bactérienne dans les plantes

On en retrouve aussi dans l’élevage, avec les flores de protections

Biopolymeres, carburants de substitution, solvants, biogaz, épuration des eaux, dégradation

de matière polluantes, fixation du calcaire, biolixiviation, biosurfactants (marché noires)

Biopolymer : plexiglas

Plusieurs microbiotes qui interagissent entre eux

L’assainissement des eaux usées

Décantation