(Plus de 1000 espèces différents) = Grande diversité

En terme de quantité, dans le corps il y a plus de cellules bactériennes que de cellules humines eucaryotes
Les bactéries nous met en disponibilité les acides aminés essentiels
 Les différents parties du tube digestif ont des fonctions différents à cause de la
Estomac composition en bactéries qu'est différentes (à cause du pH)

pH très acide (Moins favorable à la croissance bactérienne)

Colon

pH moins acide (Plus favorable à la croissance bactérienne)

Les conditions le plus favorable à la croissance bactérienne

 Certains Rec tq TLR se trouvent également chez les bactéries

Le SI innée est pas totalement innée

TLR vient des bactéries

Barrière mécanique

Empêchant le passage des bactéries pathogènes de la lumière intestinale

vers les cell intestinales

Ou

Etat d'équilibre
Role des bactéries dans l'immunité

Barrière Stimule le SI puisqu'il

mécanique reconnait l'exogène

Sécrétion de toxines
Tq bactériocines

Stimule le SI Sp

Objectifs :
- Elimination totale
- Maintien en sous-domùinance
 A partir de

Lors l'accouchement par les voies naturelles (Flore végétale + flore de l'utérus) (Accouchement dans la maison différent à l'accouchement dans l'Hôpital ou en plain d'air)

Les secondes chances

Résultat de l'étude : La flore qui se trouve dans le lait se trouve également dans les selles des enfants
Fonctionnel à partir l'âge de 2ans
De la bouche vers l'Anus

Bactéries anaérobies (Car au niveau du colon il y a moins d'O2)

Essentiellement

+ Virus et champignons + Archées

Car il y a moins d'oxygène

 Les habitudes alimentaires
Même après 2 ans +
environnement

Par : le régime alimentaire

(Ont plus de Bacteroidetes)

Avec l'avancement d'age

Ne peut pas faire les rôles essentiels

que nous avons parler déjà
C'est un écosystème ouvert (En contact avec l'environnement en permanence) donc son étude est compliqué pour savoir qi je
trouve une bactérie est ce qu'elle fait vraiment partie de cette flore (Stable) ou bien une bactérie de passage
 (Essentiellement 2 méthodes)

Je peut passer a coté d'une bactérie car elle n'a pas

l'envi de croitre probablement parceque j'ai pas met les
conditions nécessaires à sa croissance

Concerne que 20% de la microbiote intestinale

80% de notre microbiote
intestinale est incultivable
 Car le prlvm : Les selles (Donc on va cultivés les bactéries du colon). Les
bactéries de les parties Hautes du TD nécessites des Biopsies : invasif !!!

Présent chez tous les bactéries et comportant des régions

suffisamment variables pour déterminer les espèces

Permet d'Identifier
Avec l'approche génomique
organismes
 Approche taxonomique

Qu'est la ?Quel espèce ? On quelle proportion ?

Qu'est ce qu'il fait, Fonction ?

Le consommer
L'excrété

Comment ?
 2 Stratégies

Va nous permettre de répondre à la question : Qu'est la ?

On utilisant des approches phylogénétiques ou méta-taxonomique
Pour répondre à la question 2
En ciblant des gènes à des fonctions métaboliques
moins sensible que la métagénomique ciblée pour répondre à la question 1

cherchez c'est quoi ?????

Permettant l'Analyse de Permettant l'Analyse
la microbiote du microbiome

Plus Sp et Sensible que M. globale

Permet

Par métagénomique ciblée

Par métagénomique globale

Impact des interventions utilisées d'ATB ou réduction de la flore salivaire bénéfique
 BLAST

Etude du microbiote

Etude de Microbiome

Mélanges de microorganismes Métagénome Clonage dans un vecteur Séquençage Sanger

Commencer en 2004
Le résultat de l'Article : Les Firmicutes et Bactériodetes sont les phyla bactériens les plus prédominants de la microbiote digestive
 Les plus prédominantes

La métagénomique ne permet pas de détecter tous

N'est pas détectée par

métagénomique
Solution à la limite de Métagénomique est la culture :
2 Techniques Améliore la culture de facon à cultiver les bactéries incultivables

Met les bactéries dans l'eau de mer (milieu naturel) puis laisse l'eau de mer diffuse à travers une membrane puis met la membrane
sur le milieu de culture pour la cultiver Ceci favorisent d'avantage la croissance bactérienne
par rapport à la culture de l'eau de mer directement sur le milieu de culture

Nouvelles Colonies qui n'ont été jamais vu d'avant

Le sang riche en des éléments nutritifs permettant
d'augmenter le nombre des bactéries qui sont
préalablement avec une quantité très faible

Puis on passe à la
culture
 (Températures différentes)

pour 1 seul prlvm, presque 300 conditions de culture différentes

(Conditions en Oxygènes différentes)

inhibe la croissance des bactéries prédominantes

Des souches prédominantes cachant les souches minoritaires Concentre les bactéries minoritaires

Favorisent les bactéries minoritaires

Attaquant les bactéries prédominantes (En surpopulation)

Détruisant les bactéries prédominantes

Des espèces bactériennes à culture difficiles

Des bactéries extreme

Les mettre dans les conditions extrêmes

 Sinon

L'identification des souches cultivés s'effectue par MALDI-TOF

Ou spectrométrie de masse
 Avec la culturomics

(Par rapport à ce qu'on été connu que avec la

métagénomique)
 Plus mieux que la métagénomique

289 Bactéries pas détecter

par métagénomique

Ne sont pas ni connu avec la métagénomique ni avec la cuturomics

Ne sont pas détectés par métagénomique

 Métaprotéomique
=
Métagénomique globale

Pas Bcq de choses en commun entre les 3 techniques

2 jumeaux : un maigre et l'autres obèse on transmet leur microbiotes à 2 souris soumis les 2 à un régime faible en calorie
- Souris qui reçoit le microbiote du sujet obèse développent une obésité
- Souris qui reçoit le microbiote du sujet maigre reste maigre
Le régime influence sur la
composition du microbiote
C. difficile est une bactérie multi-résistante, avec un traitement par ATB les bactéries sensibles meurent + Favorise la croissance de C. difficile qui va se multiplier
excessivement donnant une Colite pseudomembraneuse Traitement : L'enlever mécaniquement (Par grattage) / Greffe fécale par voie naso-gastrique

C. difficile est une bactérie commensale du TD mais en sous-effectif (Par les autres bactéries sensibles)
 Autorisation : Pour les personnes âgées de 62 ans ou plus pour lequel les autres moyens ne sont pas possibles

Traités par la transplantation fécale

23/42 Died pour ce qui sont traités par ATB 1/2

1/16
Jusqu'a maintenant c'est que pour La
colite pseudomembraneuse à C. difficile

La cuturomics nous a permet de démontrer qu'on sait pas tous avec la métagénomique
Finaaaallllllllllly