Fondements de biologie

Leçon 1 - Introduction :
La biologie, science du vivant

Professeur DUJARDIN

“Biologie” RAVEN – JOHNSON – MASON – LOSOS – SINGER

Année académique 2019-2020

Xyliane
Synthèse Raven ....................................................................................................................................................... 3
1.1. La science de la vie....................................................................................................................................... 3
La biologie unifie une bonne part des sciences naturelles ............................................................................. 3
La vie ne se plie pas à une définition simple .................................................................................................. 3
Les systèmes vivants manifestent une organisation hiérarchisée ................................................................. 3
1.2. Nature de la science .................................................................................................................................... 4
La science est en grande partie descriptive ................................................................................................... 4
La science fait appel à des raisonnements déductifs et inductifs .................................................................. 4
La science fondée sur l’hypothèse élabore des prédictions et les teste ........................................................ 5
Le réductionnisme divise des systèmes en leurs composantes ..................................................................... 6
Les biologistes construisent des modèles pour expliquer les systèmes vivants ............................................ 6
Nature des théories scientifiques ................................................................................................................... 6
Recherche fondamentale et recherche appliquée ......................................................................................... 6
1.3. Un exemple de recherche scientifique : Darwin et l’évolution ........................... Erreur ! Signet non défini.
1.4. Les thèmes unificateurs de la biologie......................................................................................................... 6
La théorie cellulaire décrit l’organisation des êtres vivants ........................................................................... 6
La base moléculaire de l’hérédité explique la continuité de la vie ................................................................ 6
La relation |e| structure et fonction est à la base des systèmes vivants ....................................................... 6
La diversité de la vie naît de changements évolutifs ...................................................................................... 6
La conservation au cours de l’évolution explique l’unité des êtres vivants ................................................... 6
Les cellules sont des systèmes de traitement de l’information ..................................................................... 6
Les systèmes vivants se trouvent dans un état de non-équilibre .................................................................. 6
Diapo cours ............................................................................................................................................................. 7
Définir le vivant ................................................................................................................................................... 7
Évolution du vivant ............................................................................................................................................. 7
Définition phylogénétique du vivant .................................................................................................................. 7
Conclusion .......................................................................................................................................................... 7
Objectifs d’apprentissage........................................................................................................................................ 8
La science est en grande partie descriptive ................................................................................................. 11
La science fait appel à des raisonnements déductifs et inductifs ................................................................ 11
La science fondée sur l’hypothèse élabore des prédictions et les teste ...................................................... 11
Le réductionnisme divise des systèmes en leurs composantes ................................................................... 11
Les biologistes construisent des modèles pour expliquer les systèmes vivants .......................................... 11
Nature des théories scientifiques ................................................................................................................. 11
Recherche fondamentale et recherche appliquée ....................................................................................... 11
QCM ...................................................................................................................................................................... 12

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Synthèse Raven
1.1. La science de la vie
La biologie unifie une bonne part des sciences naturelles
L’étude des systèmes biologiques est interdisciplinaire car la solution des problèmes qu’elle pose
requiert souvent le recours à diverses approches.

La vie ne se plie pas à une définition simple

Il est difficile de définir la vie, mais les systèmes vivants possèdent 7 caractères communs :

- Ils sont composés d’une ou de plusieurs cellules ;

- Ils sont complexes et hautement ordonnés ;
- Ils sont capables de répondre à des stimulus ;
- Ils croissent, se reproduisent et transmettent de l’information génétique à leurs descendants ;
- Ils requièrent de l’énergie pour réaliser du travail ;
- Ils maintiennent relativement constantes leurs conditions internes (= homéostasie) ;
- Ils sont capables d’adaptations évolutives à leur environnement.

Les systèmes vivants manifestent une organisation hiérarchisée

L’organisation hiérarchisée des systèmes vivants progresse depuis les atomes jusqu’à la biosphère. À
chaque niveau émergent de nouvelles propriétés, qui représentent + que la somme des propriétés des
parties impliquées.

Figure 1.1. - Organisation hiérarchisée des êtres vivants.

La vie est hautement organisée, depuis l’atome jusqu’aux organismes pluricellulaires complexes. Le long de cette
hiérarchie de structure, les atomes forment des molécules, qui sont utilisées pour former des organites, qui à leur
tour forment les unités fonctionnelles des sous-systèmes dans les cellules. Les cellules sont organisées en tissus,
puis en organes et en systèmes d’organes tels que le système nerveux des oies ici représenté. Cette organisation
s’étend au-delà des organismes individuels jusqu’aux populations, communautés, écosystèmes et finalement la
biosphère dans son ensemble.

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 1.2. Nature de la science
Fondamentalement, la science tend à améliorer notre compréhension du monde par l’observation et
le raisonnement.

La science est en grande partie descriptive

La science tend à décrire la nature de manière de + en + exacte, par l’observation et l’expérimentation.

La science fait appel à des raisonnements déductifs et inductifs

Le raisonnement déductif prédit des résultats spécifiques sur base de principes généraux.

Le raisonnement inductif construit des principes généraux à partir d’observations spécifiques.

Figure 1.2. - Raisonnement déductif : comment
Ératosthène estima la circonférence de la terre
sur base d'un raisonnement déductif.
1. Un jour où les rayons solaires brillaient
au fond d’un puits situé à Syène, en Égypte,
Ératosthène mesura la longueur de l’ombre
portée par une grande obélisque dans la
ville d’Alexandrie située à 800 kilomètres.
2. La longueur de l’ombre et la hauteur de
l’obélisque formaient les 2 côtés d’un
triangle. Tirant parti des principes de la
géométrie euclidienne récemment décrits,
Ératosthène calcula l’angle a, soit 7° et 12’
ou encore exactement 1/50ème du cercle
(360°).
3. Si l’angle a vaut 1/50ème du cercle, il en
découle que la distance |e| l’obélisque
d’Alexandrie et le puits de Syène doit égaler
1/50ème de la circonférence de la terre.
4. Ératosthène avait appris que le trajet à
dos de chameau depuis Alexandrie jusque
Syène prenait 50 jours. Estimant qu’un
chameau parcourait une distance de 18,5
kilomètres chaque jour, il estima la distance |e| l’obélisque et le puits à 925 kilomètres (Il n’utilisait évidemment
pas les mêmes unités de mesure).
5. Ératosthène conclut donc que la circonférence de la terre était de 50 x 925 = 46 250 kilomètres. Selon les
mesures actuelles, la distance |e| l’obélisque et le puits est un peu supérieure à 800km. La circonférence réelle
est de 40 075km.

4
 La science fondée sur l’hypothèse élabore des prédictions et les teste
Une hypothèse est élaborée sur base d’observations, et doit générer des prédictions qu’il est possible
de tester.

Une expérience comporte un traitement dans lequel une variable est manipulée, et un témoin, où elle
ne l’est pas.
Une hypothèse est rejetée si ce qu’elle prédisait ne peut être vérifié par l’observation ou
l’expérimentation.

Figure 1.3. - La démarche scientifique.

Ce diagramme illustre la démarche scientifique.
Dans un premier temps, le chercheur fait des
observations qui soulèvent une question. Il
imagine alors diverses explications (hypothèses)
pour répondre à la question. Il conçoit ensuite
des expériences destinées à éliminer certaines
de ces hypothèses. Celles qui résistent dont
l’objet de nouvelles prédictions et de nouvelles
expériences sont conçues en vue de les mettre à
l’épreuve. Le processus peut être itératif (=qui
est répété plusieurs fois). L’information issue de
ces résultats expérimentaux peut servir à
modifier l’hypothèse originale de façon à la
mettre en meilleure adéquation avec ces
résultats.

Figure 1.4. - Expérience destinée à tester l'hypothèse de la génération spontanée et celle des germes.

5
 Le réductionnisme divise des systèmes en leurs composantes
Le réductionnisme tente de comprendre un système complexe en le subdivisant en ses composants.
Cette méthode est limitée par le fait que des parties peuvent se comporter différemment lorsqu’elles
sont isolées.

Les biologistes construisent des modèles pour expliquer les systèmes vivants
Les modèles fournissent un moyen pour organiser la manière dont on pense un problème ; ils peuvent
également suggérer des approches expérimentales.

Nature des théories scientifiques

Le mot théorie est utilisé de 2 manières par les scientifiques :
- Soit comme une proposition d’explication d’un phénomène naturel ;
- Soit comme un ensemble de concepts qui expliquent des faits dans un domaine d’étude.

Recherche fondamentale et recherche appliquée

La recherche fondamentale étend les frontières de la connaissance.

La recherche appliquée tâche d’utiliser les découvertes scientifiques dans des domaines pratiques,
comme l’agriculture, la médecine et l’industrie.

1.4. Les thèmes unificateurs de la biologie

La théorie cellulaire décrit l’organisation des êtres vivants
La cellule est l’unité de base de la vie et le fondement de notre compréhension de la croissance et de
la reproduction de tous les organismes.

La base moléculaire de l’hérédité explique la continuité de la vie

L’information héréditaire, encodée dans les gènes contenus dans l’ADN, est transmise de génération
en génération.

La relation |e| structure et fonction est à la base des systèmes vivants

La fonction des macromolécules et de leurs complexes est dictée par leur structure et dépendante
d’elle. La similitude de structure et de fonction dans diverses formes de vie suggère une relation
évolutive.

La diversité de la vie naît de changements évolutifs

Les organismes vivants paraissent issus d’une origine commune d’où est née, par changements
évolutifs, une diversité de formes. Sur base de leurs ≠ces, on peut classer en 6 règnes répartis dans 3
domaines.

La conservation au cours de l’évolution explique l’unité des êtres vivants

Les similitudes fondamentales en biochimie et en génétique soutiennent l’idée que toute vie a pour
origine une source unique.

Les cellules sont des systèmes de traitement de l’information

Les cellules sont capables de percevoir des changements dans leur environnement et d’y réagir, grâce
à des protéines situées dans leurs membranes cellulaires. C’est l’expression différentielle de
l’information génétique qui est à la base de la différenciation des divers types de cellules.

Les systèmes vivants se trouvent dans un état de non-équilibre

Les organismes sont des systèmes ouverts qui requièrent un apport constant d’énergie pour maintenir
leur état de non-équilibre stable. Les êtres vivants sont capables d’auto-organisation, créant des
niveaux de complexité desquels peuvent émerger des propriétés nouvelles.
6
Diapo cours
Définir le vivant
Jacques Manod – Le hasard et la nécessité (1970)
« … les trois propriétés que nous avons reconnues comme caractéristiques des êtres vivants :
téléonomie, morphogénèse autonome et invariance. »

François Jacob – La logique du vivant (1970)

« Les êtres vivants apparaissent aujourd’hui comme le siège d’un triple flux de matière, d’énergie et
d’information. »

Marie François Xavier Bichat – Recherches physiologiques sur la vie et la mort (1800)
« La vie est l’ensemble des fonctions qui résistent à la mort. »

Baruch Spinoza – Pensées métaphysiques (1663)

« C’est pourquoi nous entendons par vie, en ce qui nous concerne, la force par laquelle les choses
persévèrent dans leur être. »

Évolution du vivant
Theodosius Dobzhanski (1900-1975)
« Rien n’a de sens en biologie si ce n’est à la lumière de l’évolution. »

Définition phylogénétique du vivant

P. David et S. Samadi – La théorie de l’évolution, une logique pour la biologie (2000)
« La théorie de l’évolution offre donc (…) une nouvelle définition des êtres vivants terrestres : un
ensemble d’objets reliés les uns aux autres par des liens de parenté. »

Conclusion
Le vivant peut être :

- Défini par son histoire évolutive qui relie tous les objets vivants ;
- Analysé dans sa diversité par sa théorie dite « synthétique » de l’évolution, qui unit la théorie
de l’évolution (au niveau des espèces) et la théorie de l’hérédité (au niveau des individus et
des populations) ;
- Analysé dans son fonctionnement en considérant les flux de matière, d’énergie et
d’information, à tous les niveaux de l’organisation biologique.

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Objectifs d’apprentissage
Définir les caractéristiques principales des êtres vivants, qui les distinguent des autres
objets naturels.

7 caractéristiques partagées par les êtres vivants :

1) Organisation cellulaire
Ils sont composés d’une ou de plusieurs cellules.

2) Complexité ordonnée
Ils sont complexes et hautement ordonnés.

3) Sensibilité : capacité à répondre à des stimulus

Ils sont capables de répondre à des stimulus.

4) Croissance, développement et reproduction

Ils croissent, se reproduisent et transmettent de l’information génétique à leurs descendants.

5) Utilisation d’énergie
Ils requièrent de l’énergie pour réaliser du travail.

6) Homéostasie
Ils maintiennent relativement constantes leurs conditions internes (= homéostasie).

Homéostasie. Tous les organismes maintiennent des conditions internes relativement

constantes, ≠ de celles du milieu environnant. (Exemple : température de notre corps
relativement constante par rapport aux écarts de température du milieu extérieur)

7) Adaptation évolutive
Ils sont capables d’adaptations évolutives à leur environnement.

8
Comprendre la structure hiérarchisée de l’organisation du vivan t.

Chaque niveau du vivant se construit sur le niveau sous-adjacent.

1) Le niveau de la cellule
Au niveau cellulaire les atomes, éléments fondamentaux de la matière, se trouvent regroupés en
ensembles appelés molécules. Des biomolécules complexes sont assemblées en structures
microscopiques dénommées organites ; ceux-ci sont intégrés dans des unités délimitées par une
membrane, dénommées cellules. La cellule est l’unité de base de la vie. Un grand nombre
d’organismes – la plupart des bactéries et de nombreux protistes – sont constitués d’une seule cellule.
Tous les animaux et végétaux, de même que la plupart des champignons et certains protistes sont en
revanche pluricellulaires.

2) Le niveau des organes

Les cellules des organismes pluricellulaires complexes sont regroupées selon 3 niveaux d’organisation.
À la base on trouve les tissus, ensembles de cellules semblables formant une unité fonctionnelle.

+sieurs tissus ≠ sont à leur tour regroupés en organes qui constituent une unité de structure et de
fonction. Notre cerveau, par exemple, est un organe constitué de cellules nerveuses et de divers tissus
associés qui forment des structures protectrices et nourricières.

Au 3ème niveau d’organisation, les organes sont regroupés en systèmes d’organes. Le système nerveux,
par exemple, comporte des organes sensoriels, le cerveau, la moelle épinière et les neurones qui
transmettent des signaux.

3) Le niveau des populations

Les organismes individuels sont organisés selon ≠ niveaux de hiérarchie dans le monde vivant. Le
niveau de base est la population, groupe d’organismes appartenant à une même espèce et regroupés
géographiquement. L’ensemble des populations d’un type particulier d’organisme constitue une
espèce, dont tous les membres se ressemblent et sont interféconds. + haut dans la hiérarchie, on
trouve les communautés biologiques, comprenant toutes les populations des diverses espèces vivant
dans un même lieu.

4) Le niveau de l’écosystème
Le + haut niveau d’organisation est l’écosystème, constitué d’une communauté biologique et de son
habitat. Le sol, l’eau et l‘atmosphère d’un écosystème de montagne, par exemple, interagissent de
multiples façons avec la communauté biologique d’une prairie de montagne.

5) La biosphère
Notre planète dans son ensemble peut être considérée comme un écosystème, que nous désignons
biosphère.

Appréhender les notions de complexité et d’émergence liées à cette hiérarchie .

À chaque niveau d’organisation du monde vivant apparaissent de nouvelles propriétés. Ces propriétés
émergentes résultent des modes d’interaction de chacune des composantes et il est fréquent qu’elles
ne puissent être déduites de la simple observation de chacun d’elles. L’examen des cellules
individuelles d’un animal, par exemple, ne permet pas de se faire une idée de ce à quoi ressemble le
dit animal dans son ensemble : l’homme et la girafe possèdent un même ensemble de types de cellules.
La difficulté de définir la vie est liée au fait que le monde vivant manifeste de nombreuses propriétés
émergentes.

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Expliquer en quoi la théorie de l’évolution s’impose comme cadre unificateur de la
biologie.

1) La théorie cellulaire décrit l’organisation des êtres vivants

La cellule est l’unité de base de la vie et le fondement de notre compréhension de la croissance et de
la reproduction de tous les organismes.

2) La base moléculaire de l’hérédité explique la continuité de la vie

L’information héréditaire, encodée dans les gènes contenus dans l’ADN, est transmise de génération
en génération.

3) La relation |e| structure et fonction est à la base des systèmes vivants

La fonction des macromolécules et de leurs complexes est dictée par leur structure et dépendante
d’elle. La similitude de structure et de fonction dans diverses formes de vie suggère une relation
évolutive.

4) La diversité de la vie naît de changements évolutifs

Les organismes vivants paraissent issus d’une origine commune d’où est née, par changements
évolutifs, une diversité de formes. Sur base de leurs ≠ces, on peut classer en 6 règnes répartis dans 3
domaines.

3 domaines :

- Bactéries Les Bactéries et les Archées forment les Procaryotes. (Procaryote = organisme, le +
- Archées souvent unicellulaire, à structure interne peu développée et ne possédant pas de noyau.)

- Eucaryotes Eucaryote = Cellule caractérisée par la présence d’organites délimités par

o Plantes des membranes, en particulier un noyau, et possédant des chromosomes
o Champignons dont l’ADN est associé à des protéines ; organisme composé de ces
o Animaux cellules.
o Protistes

5) La conservation au cours de l’évolution explique l’unité des êtres vivants

Les similitudes fondamentales en biochimie et en génétique soutiennent l’idée que toute vie a pour
origine une source unique.

6) Les cellules sont des systèmes de traitement de l’information

Les cellules sont capables de percevoir des changements dans leur environnement et d’y réagir, grâce
à des protéines situées dans leurs membranes cellulaires. C’est l’expression différentielle de
l’information génétique qui est à la base de la différenciation des divers types de cellules.

7) Les systèmes vivants se trouvent dans un état de non-équilibre

Les organismes sont des systèmes ouverts qui requièrent un apport constant d’énergie pour maintenir
leur état de non-équilibre stable. Les êtres vivants sont capables d’auto-organisation, créant des
niveaux de complexité desquels peuvent émerger des propriétés nouvelles.

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Expliquer en quoi la biologie est une science expérimentale et quelles en sont les
caractéristiques

Fondamentalement, la science tend à améliorer notre compréhension du monde par l’observation et

le raisonnement.

La science est en grande partie descriptive

La science tend à décrire la nature de manière de + en + exacte, par l’observation et l’expérimentation.

La science fait appel à des raisonnements déductifs et inductifs

Le raisonnement déductif prédit des résultats spécifiques sur base de principes généraux.

Le raisonnement inductif construit des principes généraux à partir d’observations spécifiques.

La science fondée sur l’hypothèse élabore des prédictions et les teste

Une hypothèse est élaborée sur base d’observations, et doit générer des prédictions qu’il est possible
de tester. Une hypothèse est rejetée si ce qu’elle prédisait ne peut être vérifié par l’observation ou
l’expérimentation.

Une expérience comporte un traitement dans lequel une variable est manipulée, et un témoin, où elle
ne l’est pas.

Le réductionnisme divise des systèmes en leurs composantes

Le réductionnisme tente de comprendre un système complexe en le subdivisant en ses composants.
Cette méthode est limitée par le fait que des parties peuvent se comporter différemment lorsqu’elles
sont isolées.

Les biologistes construisent des modèles pour expliquer les systèmes vivants
Les modèles fournissent un moyen pour organiser la manière dont on pense un problème ; ils peuvent
également suggérer des approches expérimentales.

Nature des théories scientifiques

Le mot théorie est utilisé de 2 manières par les scientifiques :
- Soit comme une proposition d’explication d’un phénomène naturel ;
- Soit comme un ensemble de concepts qui expliquent des faits dans un domaine d’étude.

Recherche fondamentale et recherche appliquée

La recherche fondamentale étend les frontières de la connaissance.

La recherche appliquée tâche d’utiliser les découvertes scientifiques dans des domaines pratiques,
comme l’agriculture, la médecine et l’industrie.

11
QCM
1) L’homéostasie des êtres vivants signifie :
→ qu’ils maintiennent des conditions internes relativement constantes, bien que dans un
environnement fluctuant.

2) On parle de l’homéostasie des êtres vivants parce que :

→ ils sont capables de maintenir constantes certaines de leurs conditions internes, malgré les
fluctuations des conditions de leur environnement.

3) On peut dire qu’une expérience en biologie :

→ vise à évaluer une hypothèse, pour l’accepter ou la rejeter.

4) On désigne par population :

→ tous les individus d’une espèce donnée, regroupés géographiquement.

5) La théorie dite synthétique de l’évolution :

→ relie l’évolution des espèces aux mécanismes de l’hérédité.

6) On propose une définition du vivant basée sur la théorie de l’évolution, ce qui veut dire en
pratique que :
→ à la fois 1 (les organismes vivants sont vus comme tous les descendants d’un ancêtre commun) et 2
(l’unité du vivant résulte de la conservation de structures et de fonctions à travers l’évolution).

7) La démarche dite inductive en science signifie que :

→ L’observation de cas particuliers précède les théories et les lois générales.

8) On considère que les Bactéries et els Archées constituent 2 groupes bien distincts de
procaryotes, élevés au rang de « domaines » par la classification, notamment parce que :
→ à la fois 1 (l’analyse de l’ADN indique que les Archées sont les + proches des Eucaryotes que des
Bactéries) et 2 (Les Archées présentent une membrane plasmique dont les lipides sont ≠ de ceux à la
fois des Bactéries et des Eucaryotes).

9) Pour désigner un ensemble d’individus appartenant à une espèce biologique particulière, on

peut utiliser le terme de :
→ population.

10) Dans la démarche expérimentale de la science, on peut considérer que :

→ à la fois 1 (les hypothèses sont des tentatives d’explication d’observations) et 2 (les prédictions sont
des déductions d’hypothèses à confronter aux observations).

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