Peptides et protéines PACES

Pr. Sylvain Lehmann

2010-2011

Prof. Sylvain Lehmann
Biochimie et Protéomique CHU St Eloi Institut de Recherche en Biothérapie et Institut de Génétique Humaine du CNRS

e-mail: sylvain.lehmann@univ-montp1.fr

COURS PROTIDES 9h 1) GÉNÉRALITÉS SUR LES PROTIDES 2) ACIDES AMINÉS : STRUCTURE et PROPRIETES 3) DERIVÉS DES AA 4) PEPTIDES ET PROTÉINES 5) ELECTROPHORÈSE ET CHROMATOGRAPHIE 6) MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONELLES 7) EXEMPLES DE PEPTIDES 8) EXEMPLES DE PROTÉINES

4. Peptides et protéines
enchaînement séquentiel et linéaire d’AA en général peptide < 50 AA, < 10 000 Da Complexité +++ : une chaîne polypeptidique de 100 résidus d‘AA = 20100 = 1.27x10130 possibilités
(le nombre d'atomes dans l'univers est estimé à environ 1080)

Il existe dans les protéines natives (protéines dans leur conformation fonctionnelle) quatre niveaux de structure.

4.1. Structure primaire des peptides et des protéines

Liaison peptidique

Absorption à 210 nm

4.1. Structure primaire
Pentapeptide: SGYAL = Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu = Seryl-glycyl-tyrosyl-alanyl-leucine

N-terminal C-terminal

Liaison peptidique est rompue par hydrolyse acide (HCl 6N à 110°C / 24h)

Mais: W (tryptophane) détruit N (asparagine) D Q (glutamine) E

Note: W pourra être dosé après une hydrolyse alcaline

4.1. Structure primaire
Cystéine

Cystéine

Agent réducteur β-mercaptoéthanol

Intra-caténaire Inter-caténaire
N-C S | S -C S-S N-C

N-

4.2.1. Structure secondaire: contraintes

Propriétés géométriques de la liaison peptidique

4.2.1. Structure secondaire: contraintes
1) 2) 3) 4) résidus proline (liaison en cis) encombrement stérique des groupement latéraux les liaisons hydrogènes impliquant (N-H) (C=O) les interactions électrostatiques AA chargés

4.2.1. Structure II exemples. L’hélice α

4.2.2. Structure II: exemples.

Hélice de polyproline

Hélice gauche et droite

4.2.2. Structure II: feuillet β plissé

Feuillet β parallèle

Anti-parallèle

4.2.2. Structure secondaire: coude β

Coude β associé à un Feuillet β anti-parallèle

2

1
-C

-N

3

4

4.2.3. Méthodes biophysiques d’étude des structures secondaires

Dichroïsme circulaire et spectrométrie IR

4.3.1. Structure tertiaire: forces

Toutes les protéines possèdent une structure tertiaire…

Liaison de coordination

Interaction hydrophobes

Interaction électrostatique

hélice

feuillet

Pont S-S

Liaison H

4.3.2. Méthodes biophysiques d’étude des structures tertiaires
RMN ou « résonance magnétique nucléaire » Cristallographie (diffraction des rayons X)

4.3.3. Le repliement des protéines

Chaîne d’AA Etats intermédiaires Etat final
(plus basse énergie)

4.3.4. Structure tertiaire: dénaturation
Repliée
Agent dénaturant

Dépliée/ dénaturée

Tendence à l’agrégation

Agents dénaturants 2. des pH extrêmes 1. la chaleur Partie hydrophile 3. des solvants miscibles (alcool, acétone) Partie hydrophobe 4. des agents chaotropiques (urée, guanidinium) 5. des détergents: anioniques (dodécylsulfate de Na: SDS), cationiques, zwitterioniques, non ioniques (Triton).
Protéines natives Repliement physiologique Protéines dénaturées Forme linéaire instable Protéines dénaturées stabilisées

SDS

4.4. Structure quaternaire

Toutes les protéines ne possèdent pas une structure quaternaire…

Structure
Primaire secondaire tertiaire et quaternaire

4.4. Structure quaternaire

Monomère et sous unité…

Ag

ent

réd uct eur

5.1. Electrophorèse 1D

5.1. Electrophorèse 1D Electrophorèse

1

2

3

4

5

1 2

3 4 5
kDa 10080604020-

1 2

3 4 5
kDa 10080604020-

1 2

3 4 5

Non dénaturant

Dénaturant

Dénaturant +Réducteur

5.1. Electrophorèse bidimensionnelle 2D

Isoelectrophocalisation (IEF)

kDa 2001005020-

Gel d’électrophorèse en condition dénaturante (SDS + agent réducteur)

5.1. Electrophorèse bidimensionnelle 2D

Coloration des protéines au Bleu de Coomassie ou au nitrate d’argent

5.3. Protéomique
Le protéome représente l’ensemble des protéines présentes dans un échantillon (prélèvement biologique, cellule, tissu) à un moment donné et dans des conditions déterminées. Son étude est appelé « protéomique »

5.5. Chromatographies

la charge électrique : dans la chromatographie par échange d'ions la taille, la forme : dans la chromatographie d'exclusion la polarité : dans la chromatographie en hydrophobe la présence de groupements d'atomes formant des sites particuliers : dans la chromatographie d'affinité

Groupements sulphonique ou carboxyliques

5.5.1. Chromatographies ioniques

Groupements diéthyl-amino-éthyl ou DEAE

5.5.2. Chromatographies gel filtration

5.5.3. Chromatographies HPLC/hydrophogbe
High Performance Liquid Chromatography (HPLC)

5.5.4. Chromatographies d’affinité

En particulier, immuno-purification/capture

6.1. Acétylation
Réalisée par des acétyltransférases, réversible par action des déacétylases

L'acétylation de plusieurs lysines des histones qui modifie leur association à l’ADN chargé (-) est impliquée dans la régulation de l'expression des gènes

6.2. Hydroxylation
Cette modification consiste à ajouter un groupement hydroxyl (-OH) à une protéine. On retrouve plusieurs type de résidus hydroxylés. En particulier l'hydroxylation de la lysine et de la proline

6.3. Phosphorylation
Sérine Ser S

Thréonine Thr T

Tyrosine Tyr Y

6.4. Glycosylation
N-glycannes
(Asparagine) Séquences consensus N-X-T et N-X-S

O-glycannes
(Sérine ou Thréonine)

Une holoprotéine est une protéine constitué uniquement d'acides aminés (polypeptide) par opposition à une héteroprotéine qui comprend une partie protéique appelée apoprotéine et d'une partie non protéique appelée groupement prosthétique.

6.5. Ancres lipidiques Myristoylation Ancrage GPI
(AG C14, Gly N-ter)

Palmitoylation
Glycosylphosphatidylinositol

(AG C16, Cys non terminale)

6.6. Clivages
Hydrolyse spécifique des liaisons peptidiques rôle dans la maturation protéolytique des peptides et des protéines
-C

N-

Aminopeptidase

Carboxypeptidase Endopeptidases

La Trypsine clive après les AA basique Lys (K) et Arg (R) (l'AA suivant ne doit pas être une Proline) La Chymotrypsine clive après les AA aromatiques (Phe, Tyr & Trp) (F, Y, W) (l'AA suivant ne doit pas être une Proline) Le Bromure de Cyanogène (CNBr) coupe après les AAs Méthionine

7.1. Aspartame

7.2. Gluthation
Le glutathion ou γ glutamyl-cystéyl-glycine (GSH) α β γ HOOC-CH-CH2-CH2-CO-NH-CH-CO-NH-CH2-COOH   NH2 CH2-SH Glu (E) Cys (C) Gly (G)

7.3. L'ocytocine et la vasopressine

Ocytocine Vasopressine

CYIQNCPLG CYFQNCPRG

7.4. Insuline

7.4. Insuline: alignement de séquence

8.1. Collagène

Structure primaire composée principalement de glycine (1AA/3) G X Y - G X Y - G X Y ... X et Y: Proline (1AA/8) et de l’hydroxyproline (3- 4-Hyp) (1AA/10). hélice gauche s'organise dans une structure quaternaire en une super-hélice de pas droit

8.1. Collagène

Maladie d’ Ehlers Danlos

Scorbut
+ H2N O=C O

vitamine C + hydroxylation

proline

8.2. Immunoglobuline G
- 2 chaînes légères (L) de types soit kappa soit lamda avec une partie variable (VL) responsable de la spécificité de reconnaissance antigénique de la molécule. La partie restante étant constante (CL). - 2 chaînes lourdes (H) d'un seul type gamma, avec également une partie variable

8.3. Hémoglobine A

8.3. Hémoglobine A

Anémie falciforme
Maladie génétique caractérisée par une hémoglobine anormale niveau chaîne ß où 6e AA : Glu Val

8.4. Le précurseur de la protéine amyloïde

Maladie d’Alzheimer Démence dont la prévalence augmente avec l’âge.

8.5. La protéine prion (PrP) Maladie de Creutzfeldt-Jakob Démence liée au changement de conformation de la protéine prion.
Sites de té liaison au ni fi Cuivre af

Pont disulfure S S N-glycannes Ancre GPI

1

23

51

90 96

180 183

199

215

231

253

B
signal Octapeptides 111/112

A

B

A

A
signal

Sites de clivage

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