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Plan du contenu d’enseignement

I. Definition et role
II. Classification
III. Propriétés
3.1. Propriétés physiques
3.2. Propriétés chimiques
IV. Détermination des masses molaires
V. Méthodes de dosage des protéines
5.1. Détermination de l’azote par méthode Kjeldahl
5.2. Méthodes colorimétriques de Biuret-Lowry
5.3. Méthodes immunologiques
5.4. Méthodes immunoenzymologiques
VI. Acides aminés
6.1. Introduction
6.2. Propriétés communes des acides amines
6.3. Propriétés distinctives
6.4. Méthodes de dosage des acides aminés
VII. Association des acides aminés
7.1. Liaison peptidique
7.2. Nomenclature des acides aminés
7.3. Propriétés électro phorétiques
VIII. Structure des protéines
8.1. Introduction
8.2. Structure primaire
8.3. Structure secondaire
8.4. Structure tertiaire
8.5. Structure quaternaire
IX. Dénaturation des protéines
9.1. Introduction
9.2. Agents dénaturants
9.3. Dénaturation réversible et irréversible
X. Description de quelques protéines
10.1. Les holoprotéines
10.2. Hétéroprotéines
XI. Glycoprotéines
11.1. Définition et généralités
11.2. Nature de la partie glucidique
11.3. Nature de la liaison glycane protéine
11.4. Rôle des groupements glycaniques
PROTIDES
I. Definition et role

Le terme protide désigne les protéines et leurs produits de dégradation, c’est à dire les
polypeptides, les oligopeptides et les acides aminés.

Du point de vue chimique, les protides sont des composés quaternaires formés essentiellement
de C, H, O, N (holoprotéines) et éventuellement de S et P (hétéroprotéines).

Ce sont des nutriments à la fois énergétiques, plastiques et fonctionnels :

- Comme nutriments énergétiques, la dégradation d’un gramme de protide donne 4kcal.


- Comme éléments plastiques, les protides interviennent dans les structures de base des
organismes vivants, aussi bien chez des eucaryotes, des procaryotes et des virus. Ce
sont donc les constituants de base de toute matière vivante.
- En tant qu’éléments fonctionnels, les protides interviennent dans le fonctionnement de
l’organisme au niveau des enzymes, des hormones et des anticorps etc. Ils
interviennent aussi dans le transport de certaines substances, dans l’hémostase et
participent au déterminisme génétique.

II. Classification

Selon les éléments constitutifs de base, on distingue les holoprotéines et les hétéroprotéines.

H2O
Holoprotéines Acides Aminés
hydrolyse
H2O
Hétéroprotéines Acides Aminés + groupement prosthétique
hydrolyse

III. Propriétés
Les protéines sont caractérisées par leurs propriétés physiques et chimiques.
3.1. Propriétés physiques
3.1.1. Etat naturel
Sous formes extraites, ce sont des substances solides, incolores qui peuvent se présenter soit
sous forme de poudre amorphe, soit sous forme cristallisée.
3.1.2. Solubilité
La solubilité d’une protéine dépend de la proportion et de la répartition des groupements
polaires hydrophiles et apolaires hydrophobes de ses acides aminés constitutifs.
Ainsi de nombreux facteurs : point isoélectrique (pHi), sels neutres et la nature des solvants
vont influencer la solubilité et la stabilité des solutions protéiques.
En général les protéines sont insolubles dans les solvants organiques. Seules quelques-unes
d’origine végétale (prolamines, gliadines) sont solubles dans les solutions alcooliques de titres
élevés (60-80%), d’où leur mode d’extraction.
3.1.3. Précipitation
Les protéines sont précipitables par de l’alcool, de l’acide trichloracétique ou des
concentrations différentes de solution de sulfate d’ammonium (relargage). Cette propriété est
à la base de l’extraction de protéines et de leur purification à partir de leurs broyats et sucs.
3.2. Proprietes chimiques
3.2.1. Coloration
a. Réaction de Biuret
C’est une réaction générale des protéines et caractéristique des liaisons peptidiques,
Protéines + NaOH (10N) + SO4Cu (1%) coloration violette
La coloration peut être obtenue à froid ou à chaud; mais son apparition est accélérée à chaud.
b. Réaction Xanthoprotéique
Elle est caractéristique de façon générale, des groupements aromatiques et de ce fait des
protéines formés d’acides aminés aromatiques. Elle seule ne suffit pas pour caractériser une
protéine. Il se forme des dérivés benzéniques nitrés.
Protéine + HNO3 concentré donne un précipité blanc qui jaunit à chaud. La coloration
jaune passe au jaune oranger en milieu basique [NH4OH ou NaOH (10N)].
C’est ce passage du jaune à l’orangé qui caractérise la réaction positive.
c. Réaction à la Ninhydrine.
C’est une réaction générale des protéines et des acides aminés, et permet de mettre en
évidence tous les acides aminés présentant un groupement carboxyle et amine libres.
d. Réaction de Millon
Elle caractérise les protéines renfermant un ou plusieurs groupement(s) phénolique(s). On
obtient une apparition à chaud d’une coloration rouge avec quelques gouttes de réactif de
Millon
e. Réaction de Soufre
Elle est positive pour les protéines renfermant des acides aminés soufrés. A chaud il se forme
un précipité noir de sulfure de plomb (PbS).
Chaud
Protéines soufrés + NaOH (10N) acétate de plomb
2mn
Précipité noir de sulfure de plomb

f. Réaction de Molisch
Elle est caractéristique des glycoprotéines parce qu’elle permet de mettre en évidence des
groupements glucidiques dans les protéines complexes.
Dans un tube à essai, mettez du blanc d’œuf et ajoutez du réactif de Molisch (α naphtol 1%
alcoolique). Faites couler sur la paroi froide du tube 5ml de H2SO4 concentré. Il se forme un
anneau violet à la surface de séparation des 2 phases.
g. Réaction d’Adamkiewicz
Elle est caractéristique des protéines renfermant du Tryptophane.
Blanc d’œuf + acide acétique concentré (versé sur la paroi du tube incliné). On additionne
ensuite de H2SO4 concentré, on obtient alors un anneau violet à la surface de séparation des
deux liquides.
3.2.2. Ionisation et amphotérie
Les protéines sont formées par l’union entre plusieurs molécules d’acides aminés. En dehors
des liaisons peptidiques dans lesquelles sont bloquées les fonctions α acides et α amines, il
existe des groupements polaires terminaux et des chaines latérales comportant des
groupements ionisables : acides, amines, amides, alcools ou thiols.
Selon le pH de la solution protéique, la charge ou les charges de la molécule vont varier. Ainsi
en milieu très acide (pH faible), ce sont les fonctions amines qui vont réagir et la protéine va
porter une charge positive. En milieu très basique, elle va porter une charge négative. Enfin,
en milieu voisin de la neutralité, la charge nette de la molécule sera nulle.
Les protéines sont des ampholytes ou des substances amphotères. Le pH pour lequel la charge
nette de la molécule est nulle est son point isoélectrique ou pHi. Pour ce pH, on retrouve dans
la solution saline autant de charges négatives que de charges positives. Par contre le point
isoionique ou PI correspond au pH d’une solution de protéine ne contenant d/autres ions, que
ceux faisant partie intégrante de la molécule protéique. Une telle solution est obtenue en
faisant passer la solution protéique concentrée à travers une double colonne de résines
anioniques et cationiques, soit en faisant une dialyse contre de l’eau distillée
En général, le point isoélectrique et le point isoionique d’une protéine sont très voisins.

3.2.3. Mobilité électro phorétique


Selon le pH et sous l’influence d’un champ électrique ( E ), les différentes protéines
migreront de façon distincte. Cette propriété est à la base de la séparation des protéines par
électrophorèse.
Si pH < Phi la protéine migre vers la cathode (-), l’acide aminé est donc chargé
positivement.
Si pH > Phi la protéine migre vers l’anode (+), l’acide aminé est donc chargé
négativement.
Si pH = Phi l’acide aminé portera donc un nombre identique de charges négatives et
de charges positives. Il est dit neutre.

IV. Détermination des masses molaires

Voir TD

V. Méthodes de dosages des protéines

Elles sont très nombreuses :

5.1. Détermination de l’azote par méthode kjeldahl


Méthode encore valable en analyse alimentaire. Selon le cas, on multiplie le taux d’azote (N)
total par un coefficient 6,25 ou 6,30. Ce coefficient est basé sur le fait que dans la matière
vivante l’azote protéique représenterait 16% de l’azote total.
5.2. Méthodes colorimétriques de biuret-lowry
On détermine la concentration d’une solution inconnue à partir d’un courbe étalon établi à
partir de la densité optique des solutions connues. Voir TP
La quantité de protéine présente dans le milieu est proportionnelle à l’intensité de la
coloration obtenue par la réaction de Biuret.
5.3. Méthodes immunologiques
Elles sont basées sur les réactions antigène anticorps, donc utilisées pour doser les protéines
spécifiques.
Si on met un antigène en présence d’un anticorps, il se forme une combinaison de
précipitation hautement spécifique.
On peut quantifier cette combinaison de précipitation soit en mesurant le diamètre de l’anneau
de précipitation (méthode de Mancini), soit en mesurant la hauteur d’un pic de précipitation.
(méthode de Laurell).

5.3.1. Méthode de Mancini


A= Plaque de gélose + Anticorps
B= Augette centrale
C= Boite de pétri
D= Antigène
E= Anneau de précipitation

5.3.2. Méthode de Laurell

A partir d’une courbe d’étalonnage, on peut déterminer la quantité X d’une solution inconnue.
5.4. Méthodes immunoenzymologiques
Ce sont actuellement, des méthodes de pointe qui se développent au détriment des méthodes
de dosages radio immunologiques plus chères et risquant es.
Elles sont mises au point par suite des travaux de S. Avrameas.
Un réactif bifonctionnel comme le glutaraldéhyde (COH-(CH2)3-CHO), peut se combiner à 2
fonctions amines.
On peut par cette méthode fixer sur une fonction, un antigène (une protéine) et sur l’autre une
enzyme dont l’activité est facilement mesurable (une peroxydase). En contact de l’anticorps
contenu dans un tube il se forme une réaction antigène anticorps, en compétition entre une
protéine antigène qu’on cherche à doser et la même protéine qui a fixé l’enzyme.
Apres élimination de l’excès d’antigène et lavage, on détermine l’activité enzymatique
contenue dans le tube.
VI. Les acides aminés
6.1. Introduction
Une protéine est une macromolécule dont la masse molaire varie entre 6000 (Insuline) à
1.000.000 (Glutamate déshydrogénase).
Elle est formée par plusieurs petites molécules organiques (acides aminés) réunies entre elles
par des liaisons peptidiques. On peut décomposer la protéine en acides aminés soit par
hydrolyse enzymatique, acide ou basique. Ces deux dernières s’effectuent à chaud.
Le premier acide aminé : le glycocolle ou la Glycine (Gly) a été caractérisé en 1820 par
Braconnot et le dernier le Tryptophane (Trp) par Rose en 1935.
Il existe une vingtaine d’acides aminés constitutifs des protéines naturelles, toutefois, on
connait plus de 150 différents acides aminés qui existent. Ils sont soit à l’état libre dans les
cellules soit combinés à d’autres structures autres que les protéines.
Les 20 acides aminés constitutifs des protéines sont les suivants :
acide aspartique, thréonine, sérine, acide glutamique, proline, alanine, glycine ou glycocolle,
valine, cystéine, méthionine, isoleucine, leucine, phénylalanine, tyrosine, histidine,
tryptophane, lysine, arginine, asparagine, glutamine.
NB : L’appellation protéine nécessite au moins 100 résidus d’acides aminés dans la molécule.
Le cas échéant, il s’agit d’un polypeptide. Ainsi dans une protéine, un même acide aminé peut
être retrouvé plusieurs fois.

6.2. Propriétés communes des acides amines


6.2.1. Formule générale
COOH
R- CH
NH2
NB : Tous les acides aminés se présentent sous cette forme sauf la proline et
l’hydroxyproline.
6.2.2. Propriété optique
a. Pouvoir rotatoire
Tous les acides aminés sauf la glycine ont au moins un carbone asymétrique ce qui leur
confère un pouvoir rotatoire. Tout comme les oses, on distingue 2 séries : D et L. Les acides
aminés naturels sont de la série L. On peut avoir L(+) ou L(-) et D(+) ou D(-).
Certains acides aminés comme thréonine, hydroxyproline et isoleucine ont un deuxième
carbone asymétrique.
Exemple de SERINE :

COOH COOH
H2N – C – H H – C –NH2
CH2OH CH2OH
(L) (D)

b. Spectre d’absorption
Les acides aminés présentant des doubles liaisons conjuguées dans leur molécule cas des
acides aminés aromatiques ou d’autres comme la thréonine et l’hydroxyproline absorbent la
lumière dans les longueurs d’onde comprises entre 250 et 300nm avec un ou plusieurs
maximums.
Graphique
6.2.3. Propriétés ioniques
a. Dissociation et point isoionique
En fonction du pH et selon la nature des radicaux (R), les acides aminés vont se dissocier et
porter des charges. Trois formes sont possibles :
COOH COO- COO-
R –CH R –C H + H+ R –CH + H+
NH3+ NH3+ NH2
ZWITERION
(Ion double)
Milieu acide Milieu neutre Milieu alcalin
Le point isoionique est le pH pour lequel la charge nette de la molécule est nulle.
On le calcule à partie de K1 et K2.
Les K1 et K2 sont appelés des constantes de dissociation des fonctions acide et basique.

pHi = 1/2(Pk1 +pk2)

Le point isoélectrique est le pH pour lequel la molécule ne migre pas dans un champ
électrique. Il ne correspond pas toujours rigoureusement au PI à cause de l’intervention des
ions H+ et OH- du solvant. Le cas échéant, il y a coïncidence.
b. Courbe de neutralisation

Exemple de glycine
PK1= 2,4
PK2= 9,6
pHi= 6
c. Propriétés de coloration
α- Action de la Ninhydrine
Cette coloration est basée sur la désamination et la décarboxylation spontanées des acides
aminés en présence d’oxydant doux comme la ninhydrine.
Le pourpre de Ruhemann est un pigment violet qui présente un maximum d’absorption à
570nm.
Les iminoacides donnent un pigment jaune dont l’absorption maximale s’effectue à
440nm. Cette réaction permet de doser qualitativement et quantitativement les acides
aminés.
 Qualitativement, elle permet de révéler tous les acides aminés qui donnent une
coloration violette sauf pour l’hydroxyproline et la proline qui donnent une coloration
jaune (voir TP).
 Quantitativement tous les produits de la réaction peuvent être dosés en particulier le
pigment dont l’intensité de la coloration est proportionnelle à la quantité d’acides
aminés présente.
β- Action de Chlorure de dansyle
Il réagit avec les fonctions aminées des aminoacides. On obtient les dérivés sulfonamides
très fluorescents détectables même à partir d’infimes quantités d’un aminoacide.

γ- Action du DinitroFluoroBenzène (2,4-DNFB)


Sanger a montré que la fonction amine des acides aminés réagit avec le 2,4-DNFB, pour
donner un composé jaune, facilement chromatografiable et dosable à 360nm.

δ- Action de Phénylisothiocyanate
En milieu alcalin, le réactif d’Edman donne avec les acides aminés un dérivé N-
thiophénylcarbamylé qui se cyclise en milieu acide, en donnant une Phénylthiohydantoine
facile à identifier.
Θ - Action de la Fluorescamine
La fluorescamine réagit avec les acides aminés pour former en milieu aqueux (pH 8-9), des
substances fortement fluorescentes entre 475 et 490nm. La réaction est rapide et le composé
fluorescent est proportionnel au nombre de fonctions amines dosées.

6.2.4. Désamination, transamination, décarboxylation


α- Désamination
C’est une perte de la fonction amine NH2. Elle peut être chimique ou enzymatique.
 Désamination chimique
En présence d’acide hyponitreux (HNO2), il se forme un diazoïque instable qui après perte
d’azote (N2) se transforme en un acide alcool.

Le volume d’azote éliminé est fonction de la quantité d’acides aminés présente. C’est le
principe du dosage des acides aminés par la méthode de Van Slyke.
 Désamination enzymatique
Il s’agit d’une désamination oxydative qui fait intervenir une enzyme à base de la vitamine B3
ou PP ou le pyridoxal phosphate, une déshydrogénase à NAD+.

Après hydrolyse de l’aminoacide, il se forme de l’acide α cétonique


β-Transamination
C’est une autre forme de désamination, mais ici, le groupement aminé est transféré
directement sur un acide α-cétonique lequel devient à son tour un autre acide aminé.

Acide aminé* + acide α-cétonique** acide α-cétonique* + Acide aminé**


Exemple :
H2 N CH COOH
COO-
H2N CH COO- COO-
CH3 + C=O TGP
(CH2 )2 + C=O
B6
(CH2 )2
COO- CH3
COO-

L- Alanine 2- Oxoglutarate L- Glutamate L- Pyruvate

Réaction transaminasique de l’Alanine aminotransaminase (ALAT)


Cette réaction est réversible. Elle fait intervenir des enzymes dénommés les transaminases.
γ- Décarboxylation
C’est une perte de groupements CO2. Il se forme une amine primaire. Cette décarboxylation a
lieu dans la cellule grâce à des enzymes du nom de décarboxylases. Certaines des amines
formées sont :
- douées d’activités physiologiques ou pharmacodynamiques,
Histidine → Histamine ;
Tyrosine →Tyramine ;
Tryptophane → Sérotonine
- toxiques,
Lysine → Cadaverine
- des métabolites importants dans la biosynthèse.
6.3. Propriétés distinctives
Les acides aminés diffèrent les uns des autres par la nature de leur résidu R; ce qui nous
permet de les classer en deux groupes.
Tableau de classification

GROUPES ACIDES AMINES SYMBOLES


1er groupe : Glycine ou Glycocolle Gly
R - aliphatique Alanine Ala
Valine Val
Leucine Leu
Isoleucine Ileu
2eme groupe : Phénylalanine Phe
R - aromatique Tryptophane Trp
Tyrosine Tyr
3eme groupe : le carbone α
dans un hétérocycle Proline Pro

4eme groupe : Lysine Lys


R comporte une ou 2 Arginine Arg
fonctions amines Histidine His
5eme groupe : Acide aspartique Asp
comporte une fonction acide Acide glutamique Glu
6eme groupe : Asparagine Asn
comporte une fonction Glutamine Gln
amide
7eme groupe : Serine Ser
comporte une fonction Thréonine Thr
alcool
8eme groupe : Cystéine Cys
comporte une fonction thiol Méthionine Met

Notons que tous ces acides aminés se rencontrent sous la forme L dans la protéine. La forme
D est inactive biologiquement.
Parmi les acides aminés, certains ne peuvent pas être synthétisés par l’organisme et doivent
être apportés obligatoirement par l’alimentation. On les appelle les acides aminés essentiels
ou indispensables. Il s’agit de :
Tryptophane, Lysine, Leucine, Isoleucine, Méthionine, Thréonine, Valine, Phénylalanine.
A côté de ces acides aminés, on distingue des acides aminés rares ou occasionnels mais
d’importance biologique. Il s’agit de :
Acide diaminopimélique, hydroxylysine, citrulline, ornithine, tyrosine, acide
paraaminosalicylique ….
NB : La présence dans une chaine de plusieurs résidus cystéiques voisins entraine la
formation des ponts disulfures.
2R –SH + ½ O2 R –S –S –R + H2O

Les acides aminés rares ou occasionnels


6.4. Méthodes de dosage des acides aminés
6.4.1. Introduction
Le dosage des acides aminés revêt d’intérêt dans les domaines suivants :
Nutrition : connaitre la composition en acides aminés des aliments de manière à supprimer
les maladies carencielles.
Médecine : analyse de plusieurs protéines pathologiques. Cas de Hbc et Hbs où l’acide aminé
en position no6 est changé.
Industrie: palier à la carence alimentaire en mettant sur le marché des acides aminés
synthétiques, ou pouvant rentrer dans la composition des médicaments ou des aliments
fortifiés. On peut donc obtenir actuellement des acides aminés purs dans le commerce sous les
formes D, L. Le plus souvent l’acide aminé est obtenu à partir d’une protéine naturelle par la
décomposition de cette dernière. Après hydrolyse, on obtient un mélange d’acides aminés
qu’il faudra fractionner.
6.4.2. Fractionnement des mélanges d’acides aminés
Il peut se faire par électrophorèse ou par chromatographie ou par distribution à contre courant.
a. Electrophorèse
Elle permet une séparation en groupes des acides aminés : acides aminés neutres, acides
aminés acides, acides aminés basiques.
b. Chromatographie
Elle peut être réalisée sur : gel, papier, couche mince, colonne de résines échangeurs d’ions
ou en phase gazeuse.
La chromatographie sur résines avec gradients de pH d’élution, permet une séparation suivie
d’un dosage colorimétrique. Cette technique est automatisée dans des appareils comme : le
TECHNICON, BIOCAL, JEOL, PHENIX qui permettent des dosages rapides des acides
aminés.
6.4.3. Dosage des acides aminés
Plusieurs méthodes sont utilisées :
a. Méthode microbiologique
Elle est basée sur le fait que certains microorganismes ne peuvent se développer en l’absence
de certains acides aminés qui leur sont indispensables. Leur développement est fonction de la
qualité de l’acide aminé.
b. Méthode biologique
C’est une méthode difficile à réaliser.
c. Méthode chromatographique
Il s’agit des méthodes modernes très employées. Il peut s’agir de la chromatographie sur gel,
papier, couche mince, colonne ou en phase gazeuse.
Voir TP
VII. Association des acides aminés
7.1. Liaison peptidique
L’hydrolyse d’une protéine donne autant de fonctions acides que de fonctions amines. Ce qui
fait supposer que les acides aminés sont enchaînés par ces deux fonctions. La liaison CONH
est appelée liaison peptidique. Le composé formé par cette liaison est appelé dipeptide.
Celui formé par trois acides aminés est appelé tri peptide. Et, à partir de n acides aminés on
parlera de polypeptide (avec n ≥10).
Tout polypeptide a deux extrémités : une occupée par la fonction α acide et l’autre par la

fonction α amine. L’extrémité N-terminal porte la fonction α amine et l’extrémité C-terminal

porte la fonction α acide.


On numérote les acides aminés d’un polypeptide en commençant par le groupement N-
terminal et en se dirigeant vers le groupement C-terminal.
7.2. Nomenclature des acides aminés
L’acide aminé C-terminal conserve son nom. Pour les autres, on remplace la terminaison ine
ou ique par yl.
Exemple : glycyl-alanyl-tyrosyl-alanine
7.3. Propriétés électro phorétiques
Les propriétés électro phorétiques d’un peptide sont celles des fonctions terminales et celles
des radicaux.
Les fonctions α acides et α amines de la liaison peptidique sont bloquées et ne réagissent pas.
L’ionisation de ces fonctions dépend du pH.
Pour chaque protéine, il existe un pH pour lequel la somme des charges positives est égale à
la somme des charges négatives. Ce pH est appelé point isoionique. Les molécules protéiques
sont instables à ce pH.
VIII. Structure des protéines
8.1. Introduction
Une protéine est formée par l’union de plusieurs molécules d’acides aminés donc par
définition est un polypeptide. Le nombre d’acides aminés naturels pouvant rentré dans une
molécule protéique est de vingt (20).
Si les protéines sont formées à partir des mêmes acides aminés, pourquoi sont-elles
différentes du point de vue fonction biologique ?
On pense que l’activité spécifique d’une protéine est liée à sa structure. Les protéines peuvent
se présenter sous plusieurs formes :
- liquide, solutions aqueuses plus ou moins concentrées,
- fibreuse, insoluble
- solide, sous forme de cristaux
- de poudre amorphe.
Grâce à l’analyse chimique, aux études cristallographiques par Rx et radiocristallographiques,
on connait la géométrie spatiale de quelques protéines, les distances interatomiques et les
angles de liaison intermoléculaire.
La première protéine fut analysée en 1955 par Kendrew (myoglobine, Mb) puis le lysosyme
par Philips et Hb (hémoglobine) par Perutz.
Selon leur forme, on distingue des protéines fibreuses ou scléreuses et globulaires.
 Protéines fibreuses ou scléreuses
Il s’agit d’une forme allongée, peu soluble dans l’eau. Elle entre dans la constitution des tissus
de soutien et de protection : cartilage, peau, phanères, cheveux….
 Protéines globulaires
C’est une forme ramassée. Elles englobent la majorité des protéines : albumine, globuline…
Quelle que soit leur forme, pour une protéine donnée, on détermine la structure primaire,
secondaire, tertiaire et éventuellement quaternaire.
- La structure primaire définit la séquence des acides aminés dans la chaine peptidique
et le nombre des acides aminés constitutifs.
- La structure secondaire définit l’organisation spatiale de la chaine sous l’effet des
liaisons non covalentes entre éléments constitutifs proches et peut comporter des
formes en hélice ou en accordéon.
- La structure tertiaire définit le repliement de la chaine sur elle-même par suite
d’interaction à l’intérieur de la molécule.
- La structure quaternaire, dans le cas des molécules complexes, définit l’association
entre plusieurs sous unités, la disposition des chaines les unes par rapport aux autres.
8.2. Structure primaire
8.2.1. Détermination de la séquence des acides amines dans un polypeptide
8.2.1.1. Détermination de l’acide aminé N-terminal de chaque chaine
Il existe plusieurs méthodes pour déterminer l’acide N-terminal.
a. Technique de Sanger
Appliquée depuis 1944 à l’insuline. Elle utilise le réactif 2,4-DNFB (2,4-
Dinitrofluorobenzene) en milieu légèrement alcalin.
Après élimination de l’acide fluorhydrique, on obtient un groupement
dinitrophénylpeptidique.
Apres l’hydrolyse acide douce, on isole par chromatographie l’acide aminé N-terminal
combiné à la 2,4-DNFB qui donne une coloration jaune et présente une absorption dans le
bleu et dans l’UV.
b. Méthode d’Edman
Elle utilise le réactif phénylthioisocyanate qui en milieu légèrement alcalin donne un
phénylthiohydantoïne (PTH), facilement isolable.
c. Chlorure de dansyle
Le chlorure de dansyle réagit avec des fonctions amines en donnant des dérivés sulfonamines
très fluorescents. Apres l’hydrolyse acide, on identifie par chromatographie sur couche mince
en gel de silice des dansyles d’acides aminés.
d. Emploi de l’aminopeptidase
Cette enzyme coupe la liaison peptidique dans laquelle est engagé l’acide aminé N-terminal
par sa fonction α acide.
8.2.1.2. Détermination de l’acide aminé C-terminal
a. Méthode d’hydrazinolyse
On fait agir l’hydrazine (NH2-NH2) sur la protéine, il se produit une hydrolyse de toutes les
liaisons peptidiques et tous les acides aminés sauf le C-terminal se combinent à l’hydrazine
pour donner des amino acylhydrazides.
b. Méthode de Claude Fromageot
On transforme la fonction acide C-terminal en une fonction alcool par hydrogénation
catalytique. Après hydrolyse, on identifie l’amino alcool qui est l’amino acide C-terminal.
c. Méthode de carboxypeptidase
On utilise l’enzyme carboxypeptidase A et B qui sont des enzymes du pancréas. Ces enzymes
utilisent comme cofacteurs le Zinc (Zn)
NB : L’enzyme carboxypeptidase A ne coupe pas le C-terminal des acides aminés Arginine et
Lysine alors que l’enzyme carboxypeptidase B coupe le C-terminal des acides aminés
Arginine et Lysine.
Soit un polypeptide A-B-C-E-D-F. Dans cet exemple l’acide amine F est en position C-
terminal. L’action d’une carboxypeptidase donnera : A-B-C-D-E + F

8.2.1.3. Utilisation des enzymes spécifiques: les


endopeptidases

Elles coupent les peptides à l’intérieur de la chaine à des places précises. Parmi ces enzymes,
on trouve : Trypsine, Chymotrypsine, Pepsine, Thermolysine etc,

-La trypsine entraine la rupture des liaisons peptidiques dans lesquelles sont impliquées les
fonctions acides des acides aminés comme lysine et arginine.

-La chymotrypsine coupe les liaisons peptidiques dans lesquelles sont impliquées les
fonctions acides de la phénylalanine, du tryptophane ou de la tyrosine.

-La pepsine coupe les liaisons peptidiques dans lesquelles la fonction amine est apportée par
des acides aminés tels que phénylalanine, tyrosine, tryptophane, leucine, asparagine, acide
glutamique.

-La Thermolysine coupe la liaison peptidique si la fonction amine qui est impliquée dans sa
formation est apportée par la leucine, l’isoleucine ou par la valine.

-La prolinase coupe l’extrémité C de la proline.

-La prolidase coupe l’extrémité N de la proline.


8.2.2. Détermination du nombre de chaines

Chaque chaine de polypeptide possède une extrémité N-terminale et une extrémité C-


terminale. Le nombre de chaine peut être déduit en approximation du nombre de ses résidus.

8.2.3. Isolement des chaines

Des chaines polypeptidiques indépendantes formant une molécule protéique sont souvent
reliées entre elles par des ponts disulfures. Ces mêmes ponts peuvent exister aussi entre deux
résidus d’une même chaine.

Ils sont gênants pour l’étude des séquences. C’est pourquoi on les coupe préalablement en
utilisant l’acide performique (HOCOOH).

Puis on isole les chaines en faisant une chromatographie par échange d’ions.

8.2.4. Scission spécifique des chaînes

Pour compléter l’action des exoenzymes dans l’étude de la séquence des acides aminés dans
la chaine polypeptidique, on emploie des endoenzymes. Elles sont spécifiques de certaines
liaisons peptidiques.
8.2.4.1. La trypsine

C’est une protéase la plus connue sécrétée par le pancréas. Elle coupe les liaisons arginyl et
lysyl au niveau de leur fonction CO.

……….Lys………… X………Y

……….Arg……….... Y……Z

8.2.4.2. La chymotrypsine (a et b)

Elle est moins spécifique. Elle est sécrétée par le pancréas et coupe des liaisons peptidiques
des acides aminés aromatiques et Leucine au niveau de leur fonction CO.

8.2.4.3. La pepsine (A et B)

Elle coupe surtout les groupements aminés des acides aminés aromatiques et leucine. Son
action n’est pas spécifique.

8.2.4.4. Conclusion

Apres ces différentes hydrolyses, on obtient de petits peptides (par exemple de 15, 5, 4 acides
aminés), isolables par chromatographie ou par électrophorèse et sur lesquels on effectue les
réactions d’Edman ou de Sanger pour reconstituer la séquence de l’acide aminé.

(Voir TD)

8.3. Structure secondaire


8.3.1. Définition

Elle représente la configuration spatiale de la chaine peptidique sous l’action des liaisons non
covalentes entre les éléments constitutifs proches.

En effet, les études aux rayons (Rx) ont montré que :

-les liaisons peptidiques ne sont pas linéaires dans la molécule protéique. Elles tendent à se
cycliser et présentent une périodicité.

-le squelette peptidique est rigide or une liaison covalente est mobile autour de son axe.

8.3.2. Rigidité du squelette peptidique

Corey et Pauling ont montré que la liaison peptidique adopte la configuration trans et possède
4 électrons pi (Π) : deux pour l’oxygène (O) et deux pour l’azote (N).
Il y a donc résonnance et la liaison σ est partiellement doublée par une liaison Π.

Les distances entre C et N dans les deux cas sont différentes. Pour une distance faible, il
existe une force de cohésion plus grande donc une liaison plus rigide. (E faible = 2Kcal).

L’existence de la forme plane implique coplanéité de liaison peptidique.

Coordonnées linéaires et angulaires de la liaison peptidique

8.3.3. Quelques exemples d’enchainements du squelette peptidique

Selon l’enchainement, nous distinguons 2 états : l’état étiré dit en feuillets plissés ou structure
β et l’état hélicoïdal ou structure en hélice α.

8.3.3.1. Etat étiré ou structure β

Les parties coplanaires de la molécule restent dans des plans parallèles. Ce qui change, ce sont
les radicaux R (chaines latérales) qui pointent dans une direction orthogonale au plan.
La formation de pont hydrogène serait possible si une deuxième chaine venait à son contact,
ce qui laisserait très peu d’espace aux chaines latérales. C’est pourquoi Pauling pense que la
structure plane est pliée en accordéon.

8.3.3.2. L’hélice α

A l’intérieur d’une même chaine, il peut se former des ponts hydrogènes quand –NH et –CO
se trouvent à une distance favorable.

Si nous enroulons la chaine peptidique autour d’un cylindre de telle sorte qu’à chaque tour, un
CO et un NH se retrouvent, il se formera des liaisons hydrogènes internes.

Dans la nature, on rencontre surtout une hélice avec 3,7 résidus d’acides aminés par tour. Ce
qui veut dire que la liaison hydrogène se forme entre le 1er et 4e acide aminé. La période de
cette structure est 5,44 Å. Distance entre C=O- - - H- N = 2,8 Å.

Les mathématiciens l’ont nommé hélice α.


Hélice α de Corey et Pauling
8.3.3.3. Formes fibreuses et globulaires

Du fait de la présence de liaisons hydrogènes intra et inter moléculaires, les chaines latérales
s’interfluencent. On aura donc des formes fibreuses étirées : c’est le cas des protéines des
tissus de revêtements des animaux (collagènes, kératines des cheveux) et des formes
globulaires repliées sur elles-mêmes (hélice α) : c’est le cas des protéines cellulaires et
circulantes douées d’activités biologiques (anticorps, enzymes)…….

8.4. Structure tertiaire


8.4.1. Définition

C’est le repliement de la chaine peptidique sur elle-même par suite d’interactions à l’intérieur
de la molécule. La chaine polypeptidique déjà ordonnée en structure secondaire se replie sur
elle-même pour former une molécule compacte à trois dimensions. Plusieurs cas de figures
sont possibles : tours α, α/β, β + α, β.

Représentation des tours α, α/β, β + α, β


8.4.2. Stabilité dans la structure tertiaire

A partir des radicaux R, se forment un certain nombre de liaisons : liaisons intramoléculaire,


covalente (ponts disulfures) et un grand nombre de liaisons de faibles énergies/ liaisons
hydrogènes, salines ou électrostatiques qui confèrent à la structure tertiaire sa stabilité.

La structure tertiaire est stabilisée par les liaisons secondaires suivantes :

a. Liaison covalente

C’est une mise en commun d’une paire d’électrons. Les seules plus importantes sont les
liaisons disulfures et les liaisons phosphodiesters.

b. Liaison ionique

Il s’agit des liaisons formées entre des groupements chargés de signes contraires. En solution,
la solvatation affaiblit beaucoup ces liaisons. La solvatation est le phénomène physico-chimique
observé lors de la dissolution d'un composé chimique dans un solvant.

c. Interactions électrostatiques

Ce sont des forces de répulsion ou d’attraction permanentes entre les dipôles ou des
groupements ionisés. C’est le cas par exemple de :

H- - - O –H O – C = O et - CH2OH CH2OH

d. Forces d’attractions du type Van der Waals

Elles sont dues à des vibrations moléculaires ou à des attractions hydrophobes entre radicaux
qui subissent une répulsion vis-à-vis du solvant aqueux.

A l’exception de la liaison covalente, ces liaisons secondaires sont de faibles énergies (1 à


7Kcal/mole) : la liaison hydrogène est la plus forte et la liaison hydrophobe la plus faible. Ce
qui veut dire que toutes ces liaisons peuvent se former et se rompre sans grande variation
d’énergie. Il faut que les atomes et les groupements soient proches les uns dans les autres.

Exemple de structure tertiaire de la myoglobine


8.5. Structure quaternaire

Elle résulte de l’association de plusieurs sous unités protéiques organisées dans les différentes
formes de structures. C’est donc l’enchevêtrement de plusieurs chaines. C’est par exemple le

cas de l’hémoglobine α2 β2.


IX. Dénaturation des protéines
9.1. Introduction

C’est une altération dans la conformation de la chaine peptidique donc un changement dans la
structure de la protéine sans destruction des liaisons peptidiques. Elle touche surtout les
structures quaternaire et tertiaire rarement la secondaire et jamais la primaire.
9.2. Agents dénaturants

Ce sont les agents physiques, chimiques et biologiques.

9.2.1. Agents physiques

Il s’agit de la chaleur, la pression, la congélation, les radiations et les ultrasons.

9.2.2. Agents chimiques

Les ions inorganiques : H+, OH- ; métaux lourds.

Les solvants organiques : acétone, alcools, éther, benzène, amides, urée, guanidine,
formamide et les détergents.

9.2.3. Agents biologiques

Les enzymes protéolytiques.

9.2.4. Conclusion

Quels que soient les agents, la dénaturation dépend grandement du pH et de la température.


Elle peut être réversible ou irréversible.

9.3. Dénaturation réversible et irréversible

Elle se produit souvent avec les protéines à groupements thiols ou à ponts disulfures.

On pense que l’urée agit en rompant les liaisons hydrogènes intramoléculaires et en formant
elle-même des liaisons hydrogènes. Dès fois, il y a des réactions d’échange des radicaux entre
groupements SH et ponts disulfures.

R1SH + R2 – S – S – R3 → R1 – S – S – R3 + R2SH

Dans de tels cas, la dénaturation est irréversible. La protéine dénaturée perd une partie sinon
la totalité de son activité biologique. Elle devient plus stable que la protéine native.
Cependant, elle devient moins soluble dans les solvants, par suite du déploiement de la spirale
protéique qui amène les régions hydrophobes en contact avec les solvants polaires d’où
diminution de la solubilité.

X. Description de quelques protéines

On distingue généralement deux groupes de protéines :

- Les holoprotéines ou protéines simples,


- Les hétéroprotéines
10.1. Les holoprotéines
10.1.1. Albumines

Leur masse molaire est comprise entre 50 000 et 125 000. Elles sont solubles dans l’eau et
dans les solutions salées à demi-saturation, coagulables à la chaleur et précipitables à
saturation.

Elles sont riches en acide aspartique et en tryptophane mais déficientes en glycine. On les
rencontre dans le lait, le plasma, le blanc d’œuf, les muscles (myogène), les légumines du pois
ou la leucosine du blé.

10.1.2. Protamines

Elles sont découvertes en 1874 par l’Américain MEISCHER dans le sperme. Leur masse
molaire est 5 000. Il s’agit des protéines les plus simples (polypeptides). Elles renferment peu
d’acides aminés et sont solubles dans l’eau, très peu solubles dans les alcalis et ne coagulent
pas à la chaleur. Elles sont très basiques avec un pHi=12 et contiennent 90% d’arginine et pas
d’acides aminés aromatiques ni soufrés. Elles se combinent souvent aux acides nucléiques
pour former les nucléoprotéines.

Exemple : Salmine des organes sexuels males du Saumon, la Clupéine des organes sexuels
males du hareng.

10.1.3. Histones

Voisines des protamines, elles se combinent facilement avec les acides nucléiques pour
former les nucléoprotéines. On les rencontre dans les spermatozoïdes, les globules rouges et
les cellules somatiques. Elles renferment la lysine (10 à 30%), l’arginine, très peu d’acides
aminées aromatiques. Cependant elles ne renferment jamais de tryptophane et de cystéine.
Elles peuvent être inhibiteurs spécifiques et naturels des gènes.

10.1.4. Prolamines ou gliadines

Ce sont les protéines végétales. Elles sont contenues dans les graines et sont insolubles dans
l’eau mais solubles dans les solutions alcooliques titrant 60 à 80%. Elles contiennent
beaucoup de proline, d’asparagine et de glutamine mais pas de lysine.
10.1.5. Globulines

Elles sont constituées d’une seule chaine peptidique repliée sur elle-même. Elles sont riches
en acides glutamique et aspartique, lysine, leucine et glycine. On les rencontre dans le sérum,
le lait et le jaune d’œuf. Elles sont insolubles dans l’eau, mais très solubles dans les solutions
salines (exemple : NaCl 5%), les acides minéraux et les bases diluées. Elles sont coagulables
par la chaleur. On distingue les α, β et γ globulines.

Les α globulines et les β globulines se combinent facilement aux lipides pour former les
lipoprotéines. Elles s’associent parfois aux métaux (Fe) et servent ainsi de transporteur à ces
métaux (les métalloprotéines).

Les γ globulines sont les constituants des anticorps. Beaucoup d’entre elles sont associées à
des glucides pour donner les glycoprotéines.

10.1.6. Collagène

Insoluble dans l’eau, il constitue 60% des protéines de revêtement du corps des mammifères.
Il peut être transformé par chauffage en gélatine. Il est formé de 421 AA. La molécule est
formée par trois chaines spiralées.

10.2. Hétéroprotéines

Ce sont des protéines qui par hydrolyse donnent des acides aminés et d’autres corps non
protidiques appelés groupements prosthétiques. Selon la nature du groupement prosthétique
nous distinguons :

- Lipoprotéines, lipides,
- Glycoprotéines, glucides,
- Phosphoprotéines, acide phosphorique (PO4H3),
- Nucléoprotéines, acides nucléiques,
- Chromoprotéines, pigments colorés,
- Métalloprotéines, métaux.
10.2.1. Phosphoprotéines

Comme exemples de phosphoprotéines, nous citons la caséine du lait, l’ovo vitelline du jaune
d’œuf. Ce sont des protéines dont les chaines sont reliées entre elles par des liaisons
pyrophosphates.
10.2.2. Nucléoprotéines

Ce sont les hétéroprotéines les plus importantes. Par hydrolyse, elles donnent une
holoprotéine de type histone, protamine et un acide nucléique. Ces holoprotéines sont
basiques du type histones ou protamines.

10.2.3. Glycoprotéines

Il s’agit des hétéroprotéines de grande valeur.

XI. Glycoprotéines
11.1. Définition et généralités

Ils sont très répandus et se retrouvent dans les tissus animaux, végétaux et chez les
microorganismes. La plupart des protéines de la surface cellulaire et extracellulaire sont des
glycoprotéines. De même, de nombreuses hormones ante-hypophysaires telles que les LH
(lutéinizing hormone), FSH (follicule stimulating hormone), TSH (thyroid stimulating
hormone) les thyroglobulines précurseurs de T3 et T4 sont des glycoprotéines. Les antigènes
spécifiques des groupes sanguins A, B, O, présents dans les parois des hématies humaines
sont aussi des glycoprotéines. Enfin, on note que certains liquides biologiques sont très riches
en glycoprotéines ; c’est le cas de salive, urine, bile, larme et sang.

Du point de vue biochimique, on peut définir les glycoprotéines comme étant une association
par des liaisons covalentes d’un groupement glucidique de masse variable appelé glycane
avec un peptide auquel cas, on parlera de glycopeptide.

Cette association peut avoir lieu entre un glycane et une protéine : c’est le cas des
glycoprotéines. Et enfin, on parlera de glycoaminoacide, lorsque la liaison covalente est
établie entre un glycane et un acide aminé. La partie glucidique peut représenter 1 à 30% du
poids de la molécule et former soit d’un monosaccaride ou d’un oligosaccharide.

11.2. Nature de la partie glucidique


11.2.1. Nature des oses

Les oses peuvent se retrouver sous forme d’oses neutres comme le D-galactose, D-mannose,
L-fructose, L-rhamnose, D-xylulose, D-glucose. Ils peuvent se retrouver aussi sous forme d’
oses amines appelés osamines comme le D-glucosamine, D-galactosamine, l’acide D-
muramique. On peut trouver des oses sous forme d’acide uronique comme l’acide
glucuronique, l’acide galacturonique, l’acide L-iduronique. D’autres encore peuvent se
présenter sous forme d’acide sialique comme acide N-acétyl neuraminique, L-glycosyl
neuraminique.

11.2.2. Structure des glycanes

On peut trouver des glycanes linéaires ou N-glycanes, des glycanes ramifiés et des glycanes
monosaccharides :

11.3. Nature de la liaison glycane protéine

Cette nature est de deux types, on peut avoir des liaisons amides et des liaisons osidiques.

11.3.1. Liaison amide

Elle s’établit entre un ose et un acide aminé acide.

Exemple de N-acétylglucosamine et l’acide aspartique.


11.3.2. Liaison O-glycosidique

Elle s’établit entre un ose et un acide aminé alcool.


11.4. Rôle des groupements glycaniques

La connaissance des structures primaire et tertiaire des glycanes a permis de préciser le rôle
des glycoprotéines dans les mécanismes suivants :

- maintien de la structure des protéines dans une combinaison ou dans une conformation
biologiquement active,
- protection de la chaine peptidique vis-à-vis d’une protéolyse enzymatique externe,
- diminution du pouvoir antigénique des protéines avec lesquelles ils sont associés par
mascage,
- contrôle de l’inhibition des membranes par l’eau en réglant le passage des ions et
l’osmose.
- intervention dans les phénomènes cellulaires de reconnaissance.
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