TD Chimie métabolique du vivant

Mail : oceane.paris@enscm.fr
Exercice 1

Le métabolisme des sucres a été étudié sur un micro-organisme de la fermentation alcoolique. On a mesuré la croissance
de ce micro-organisme sur un milieu synthétique contenant différents sucres à une concentration de 1 gramme/l. Un
mutant provenant de cette souche a été obtenu et la même étude a été réalisée. Les résultats de ces études sont résumés
dans le Tableau I.
Lorsqu’elle est cultivée sur galactose, saccharose et lactose, la souche sauvage accumule, en début de croissance, un
polysaccharide intracellulaire. Ce phénomène n’est pas observé lorsqu’elle est cultivée sur glucose ou fructose. Quand il n’y a
plus de sucre dans le milieu la quantité de polysaccharide diminue pour devenir nulle quand la croissance s’arrête. L’analyse du
polysaccharide a montré qu’il s’agissait de glycogène et qu’il est synthétisé par transfert de résidus de glucose provenant
d’UDP-glucose sur la chaîne en croissance selon la réaction :

UDP-glucose + (glucose)n ----> UDP + (glucose)n+1

Le mutant, qui ne diffère de la souche sauvage que par une mutation ponctuelle, accumule lui aussi du glycogène quand il est
cultivé sur saccharose ou lactose, mais sa croissance cesse dés qu’il n’y a plus de sucre dans le milieu.
Les premières étapes du métabolisme des deux di-saccharides (saccharose, lactose) sont les suivantes :

phosphorolyse
Saccharose --------> fructose + glucose -1-P

hydrolyse
Lactose --------> glucose + galactose
Le métabolisme du galactose commence par les étapes suivantes :

galactose --------> galactose-1-P UDP-glucose

ATP--->ADP

UDP-galactose glucose-1-P

De plus, le glucose-1-P peut subir l’action d’une phosphoglucomutase pour former du glucose-6-P
ou réagir avec l’UTP pour former de l’UTP-glucose.
 Biosynthèse et dégradation du glycogène

Phosphoglucomutase

Phosphoglucomutase

Glycogène phosphorylase
1. Écrire le schéma général des réactions qui permettent de décrire l’ensemble des résultats obtenus avec la souche sauvage, et en particulier la
formation du glycogène.
 Souche sauvage

En présence de glucose et de fructose ?

 Souche sauvage

(i) La souche sauvage n'accumule pas de glycogène quand elle est cultivée en présence de glucose ou de fructose : ces deux
sucres sont directement utilisés dans la voie de la glycolyse.
 Souche sauvage

En présence de saccharose et de lactose ?

Les premières étapes du métabolisme des deux di-saccharides (saccharose, lactose) sont les suivantes :

phosphorolyse
Saccharose --------> fructose + glucose -1-P

hydrolyse
Lactose --------> glucose + galactose
 Souche sauvage

(i) La souche sauvage n'accumule pas de glycogène quand elle est cultivée en présence de glucose ou de fructose : ces deux
sucres sont directement utilisés dans la voie de la glycolyse.
(ii) Quand la souche sauvage est cultivée en présence de saccharose ou lactose, la phosphorolyse ou l'hydrolyse des sucres
conduit pour moitié à la production de glucose et fructose qui rentrent dans la voie de la glycolyse.
 Souche sauvage

(i) La souche sauvage n'accumule pas de glycogène quand elle est cultivée en présence de glucose ou de fructose : ces deux
sucres sont directement utilisés dans la voie de la glycolyse.
(ii) Quand la souche sauvage est cultivée en présence de saccharose ou lactose, la phosphorolyse ou l'hydrolyse des sucres
conduit pour moitié à la production de glucose et fructose qui rentrent dans la voie de la glycolyse.

Le glucose-1-P provenant du saccharose est utilisé pour la formation de glycogène. La culture en présence de galactose
conduit à la formation de galactose-1-P qui s'isomérise en glucose-1-P qui est utilisé pour la synthèse de glycogène. La moitié
du saccharose et du lactose sont utilisés pour la synthèse de glycogène.
 Souche sauvage

(i) La souche sauvage n'accumule pas de glycogène quand elle est cultivée en présence de glucose ou de fructose : ces deux
sucres sont directement utilisés dans la voie de la glycolyse.
(ii) Quand la souche sauvage est cultivée en présence de saccharose ou lactose, la phosphorolyse ou l'hydrolyse des sucres
conduit pour moitié à la production de glucose et fructose qui rentrent dans la voie de la glycolyse.

Le glucose-1-P provenant du saccharose est utilisé pour la formation de glycogène. La culture en présence de galactose
conduit à la formation de galactose-1-P qui s'isomérise en glucose-1-P qui est utilisé pour la synthèse de glycogène. La moitié
du saccharose et du lactose sont utilisés pour la synthèse de glycogène.

Þ Quand les sucres ont été consommés (glucose, fructose), la souche dégrade le glycogène (qui représente 50 % du
saccharose et du lactose) pour poursuivre sa croissance.
 Souche sauvage

(iv) En présence de galactose

 Souche sauvage

(iv) En présence de galactose

galactose --------> galactose-1-P UDP-glucose

ATP--->ADP

Uridyl-transférase

UDP-galactose glucose-1-P

Glucose-1-P → Glucose-6-P (phosphoglucomutase) → Glycolyse

Le reste du glucose-1-P est utilisé pour la synthèse de glycogène
2. Comment expliquer les résultats obtenus avec la souche mutante ?
 Souche mutante

En présence de glucose et de fructose ?

 Souche mutante

(i) La souche mutante se développe comme la souche sauvage en présence de glucose ou de fructose (même temps de
doublement, même nombre de cellules).
 Souche mutante

(i) La souche mutante se développe comme la souche sauvage en présence de glucose ou de fructose (même temps de
doublement, même nombre de cellules).

Þ Aucune enzyme de la voie de la glycolyse n'est mutée.

 Souche mutante

En présence de saccharose et de lactose ?

 Souche mutante

(i) La souche mutante se développe comme la souche sauvage en présence de glucose ou de fructose (même temps de
doublement, même nombre de cellules).
Þ Aucune enzyme de la voie de la glycolyse n'est mutée.
(ii) En présence de lactose et de saccharose la souche mutante a un temps de doublement de population identique à celui de
la souche sauvage. En fin de croissance la population cellulaire n’est que de moitié par rapport à la souche sauvage
 Souche mutante

(i) La souche mutante se développe comme la souche sauvage en présence de glucose ou de fructose (même temps de
doublement, même nombre de cellules).
Þ Aucune enzyme de la voie de la glycolyse n'est mutée.
(ii) En présence de lactose et de saccharose la souche mutante a un temps de doublement de population identique à celui de
la souche sauvage. En fin de croissance la population cellulaire n’est que de moitié par rapport à la souche sauvage

Þ Comme la souche sauvage, la souche mutante synthétise du glycogène

 Souche mutante

(i) La souche mutante se développe comme la souche sauvage en présence de glucose ou de fructose (même temps de
doublement, même nombre de cellules).
Þ Aucune enzyme de la voie de la glycolyse n'est mutée.
(ii) En présence de lactose et de saccharose la souche mutante a un temps de doublement de population identique à celui de
la souche sauvage. En fin de croissance la population cellulaire n’est que de moitié par rapport à la souche sauvage

Þ Comme la souche sauvage, la souche mutante synthétise du glycogène

Þ n’utilise pas le glycogène qu’elle a produit à partir du glucose-1-P (saccharose) et du galactose (lactose).
Pour sa croissance la souche mutante utilise 50 % du saccharose (fructose) et 50 % du lactose (glucose). Elle
 Souche mutante

En présence de galactose
 Souche mutante

(iii) La souche mutante ne se développe pas quand elle est cultivée sur galactose.

Þ Elle peut synthétiser du glycogène à partir de l’échange galactose-1-P → glucose-1-P

Mais elle ne peut pas utiliser le glycogène produit
 Souche mutante

(iii) La souche mutante ne se développe pas quand elle est cultivée sur galactose.

Þ Elle peut synthétiser du glycogène à partir de l’échange galactose-1-P → glucose-1-P

Mais elle ne peut pas utiliser le glycogène produit

Þ C’est la production de glucose à partir du glycogène qui est affectée par la mutation
 Souche mutante

(iii) La souche mutante ne se développe pas quand elle est cultivée sur galactose.

Þ Elle peut synthétiser du glycogène à partir de l’échange galactose-1-P → glucose-1-P

Mais elle ne peut pas utiliser le glycogène produit

Þ C’est la production de glucose à partir du glycogène qui est affectée par la mutation

La figure 1 montre que la biosynthèse du glycogène peut se faire à partir du glucose-6-P sous l'action de la
phosphoglucomutase qui le transforme en glucose-1-P.
À partir du glycogène, la formation de glucose-6-P utilisable dans la voie de la glycolyse nécessite la réaction inverse.
 Souche mutante

(iii) La souche mutante ne se développe pas quand elle est cultivée sur galactose.

Þ Elle peut synthétiser du glycogène à partir de l’échange galactose-1-P → glucose-1-P

Mais elle ne peut pas utiliser le glycogène produit

Þ C’est la production de glucose à partir du glycogène qui est affectée par la mutation

Þ C’est la réaction Glucose-1-P → Glucose-6-P qui est inhibée par la mutation.

La mutation affecte la phosphoglucomutase
 Souche mutante

À partir de cette observation, on peut conclure que la souche mutante, bien qu'incapable de se
développer, accumule du glycogène en présence de galactose.

Utilisation du fructose dans la glycolyse :

Fructokinase
Fructose + ATP Fructose-1-P + ADP

Aldolase 2
Fructose-1-P glyceraldehyde + dihydroxyacétone-3-P

Glyceraldéhyde kinase
Glyceraldéhyde + ATP glyceraldéhyde-3-P + ADP

Phosphotriose isomérase
Dihydroxyacétone-3-P glyceraldéhyde-3-P

Glycolyse
 Exercice 2

1. Des mitochondries sont incubées dans un milieu contenant du pyruvate comme source de carbone. Il y a
consommation d’oxygène. Préciser le métabolisme correspondant.
 Exercice 2

1. Des mitochondries sont incubées dans un milieu contenant du pyruvate comme source de carbone. Il y a
consommation d’oxygène. Préciser le métabolisme correspondant.

En conditions aérobies, le métabolisme consiste à la décarboxylation du pyruvate en acétyl-CoA (production de

1 NADH (+ H+)). Puis l’acétyl-CoA entre dans le cycle de Krebs et permet la formation de 2 CO2, 3 NADH (+
H+), 1 FADH2 et 1 GTP.

Les coenzymes NADH et FADH2 sont réoxydés par la chaine respiratoire (I et II respectivement) et l’énergie
libérée permet la production d’ATP (3 ATP pour un NADH et 2 ATP pour un FADH2). C’est donc de la
phosphorylation oxydative.
 Exercice 2

2. Les mitochondries sont incubées avec du malate à la place du pyruvate. On constate qu’il y a aussi
consommation d’oxygène. Par contre si l’on met de l’oxaloacétate à la place du malate nous n’avons plus de
consommation d’oxygène. Expliquer ce résultat.
 Exercice 2

2. Les mitochondries sont incubées avec du malate à la place du pyruvate. On constate qu’il y a aussi
consommation d’oxygène. Par contre si l’on met de l’oxaloacétate à la place du malate nous n’avons plus de
consommation d’oxygène. Expliquer ce résultat.

Le malate est un intermédiaire du cycle de Krebs, tout comme l’oxaloacétate.

Mais le malate peut pénétrer dans la mitochondrie grâce à la navette malate-aspartate qui assure le
transfert du pouvoir réducteur (NADH (+ H+)) issu de la glycolyse dans la mitochondrie en régénérant le NAD+
dans le cytosol.
Ceci explique que les mitochondries consomment de l’oxygène.

En revanche, l’oxaloacétate ne peut pas rentrer dans la mitochondrie et donc le cycle de Krebs ne peut pas
fonctionner et la chaine respiratoire non plus, donc pas d’oxygène consommé.
 Exercice 3

1. Donnez le bilan global de la dégradation du pyruvate chez une mitochondrie oxygénée.

 Exercice 3

1. Donnez le bilan global de la dégradation du pyruvate chez une mitochondrie oxygénée.

En conditions aérobies, le métabolisme consiste à la décarboxylation du pyruvate en acétyl-CoA.

Puis l’acétyl-CoA entre dans le cycle de Krebs et permet la formation de 2 CO2, 3 NADH(+ H+), 1 FADH2 et 1
GTP.
Les coenzymes NADH et FADH2 sont réoxydés par la chaine respiratoire (I et II respectivement) et l’énergie
libérée permet la production d’ATP (3 ATP pour un NADH et 2 ATP pour un FADH2)

Pyruvate + 4 NAD+ + 1 FAD + 1 GDP + 1 Pi + 2 H2O ➔ 4 NADH (+ H+) + 1 FADH2 + 1 GTP + 3 CO2 X2

Attention 1 NADH (+ H+) et 1 CO2 produit pour Pyruvate → Acétyl-CoA

 Exercice 3

2. Si des mitochondries sont alimentées par du malonate, on constate qu’elles ne respirent pas, alors que le
malonate pénètre bien à l’intérieur de la mitochondrie. Que peut-on en conclure ?
 Exercice 3

2. Si des mitochondries sont alimentées par du malonate, on constate qu’elles ne respirent pas, alors que le
malonate pénètre bien à l’intérieur de la mitochondrie. Que peut-on en conclure ?

Le malonate n’est pas un intermédiaire du cycle de Krebs, il ne peut être utilisé comme substrat par les
enzymes du cycle, pas de coenzymes réduits produits, pas de fonctionnement de la chaine respiratoire et
donc pas de consommation d’oxygène.
 Exercice 3

3. Sur 2 expériences différentes, si on alimente la mitochondrie en malonate + pyruvate ou en malonate +

malate, on constate que la mitochondrie respire et forme du CO2 avec accumulation de succinate. Que peut-on en
déduire ?

Donnée : Malonate -OOC-CH2-COO-

 Exercice 3

3. Sur 2 expériences différentes, si on alimente la mitochondrie en malonate + pyruvate ou en malonate +

malate, on constate que la mitochondrie respire et forme du CO2 avec accumulation de succinate. Que peut-on en
déduire ?

Donnée : Malonate -OOC-CH2-COO-

Avec du malonate + pyruvate ou malate, le cycle de Krebs fonctionne mais il est bloqué au niveau de
l’oxydation du succinate en fumarate donc le succinate s’accumule car la succinate déshydrogénase est
inhibée.
Elle est inhibée par le malonate qui a une structure proche du succinate et le malonate joue donc un rôle
d’inhibiteur compétitif de la succinate déshydrogénase.
Exercice 4

Donner parmi les enzymes suivantes celles qui interviennent dans une (des) réactions(s) irréversible(s) du cycle
de Krebs.
Exercice 4

Donner parmi les enzymes suivantes celles qui interviennent dans une (des) réactions(s) irréversible(s) du cycle
de Krebs.

a. α-cétoglutarate déshydrogénase. α-cétoglutarate en succinyl-CoA. Production NADH H+

b. pyruvate déshydrogénase. Pyruvate en acétyl-CoA. Production NADH H+
c. citrate synthase. Oxaloacétate en citrate
d. succinate déshydrogénase. Succinate en fumarate. Production FADH2
e. isocitrate déshydrogénase. Isocitrate en α-cétoglutarate. Production NADH H+
Exercice 4

Donner parmi les enzymes suivantes celles qui interviennent dans une (des) réactions(s) irréversible(s) du cycle
de Krebs.

a. α-cétoglutarate déshydrogénase. α-cétoglutarate en succinyl-CoA. Production NADH H+

b. pyruvate déshydrogénase. Pyruvate en acétyl-CoA. Production NADH H+
c. citrate synthase. Oxaloacétate en citrate
d. succinate déshydrogénase. Succinate en fumarate. Production FADH2
e. isocitrate déshydrogénase. Isocitrate en α-cétoglutarate. Production NADH H+
Exercice 4

Donner parmi les enzymes suivantes celles qui interviennent dans une (des) réactions(s) irréversible(s) du cycle
de Krebs.

a. α-cétoglutarate déshydrogénase. α-cétoglutarate en succinyl-CoA. Production NADH H+

b. pyruvate déshydrogénase. Pyruvate en acétyl-CoA. Production NADH H+
c. citrate synthase. Oxaloacétate en citrate (Acétyl-CoA se condense avec OA. Étape d’engagement. Exergonique=spontanné)

d. succinate déshydrogénase. Succinate en fumarate. Production FADH2

e. isocitrate déshydrogénase. Isocitrate en α-cétoglutarate. Production NADH H+
Exercice 4

Donner parmi les enzymes suivantes celles qui interviennent dans une (des) réactions(s) irréversible(s) du cycle
de Krebs.

a. α-cétoglutarate déshydrogénase. α-cétoglutarate en succinyl-CoA. Production NADH H+

b. pyruvate déshydrogénase. Pyruvate en acétyl-CoA. Production NADH H+
c. citrate synthase. Oxaloacétate en citrate(Acétyl-CoA se condense avec OA. Étape d’engagement. Exergonique=spontanné)
d. succinate déshydrogénase. Succinate en fumarate. Production FADH2
e. isocitrate déshydrogénase. Isocitrate en α-cétoglutarate. Production NADH H+
Exercice 4

Donner parmi les enzymes suivantes celles qui interviennent dans une (des) réactions(s) irréversible(s) du cycle
de Krebs.

a. α-cétoglutarate déshydrogénase. α-cétoglutarate en succinyl-CoA. Production NADH H+

b. pyruvate déshydrogénase. Pyruvate en acétyl-CoA. Production NADH H+
c. citrate synthase. Oxaloacétate en citrate (Acétyl-CoA se condense avec OA. Étape d’engagement. Exergonique=spontanné)
d. succinate déshydrogénase. Succinate en fumarate. Production FADH2
e. isocitrate déshydrogénase. Isocitrate en α-cétoglutarate. Production NADH H+
Exercice 5
On introduit de l’acétyl-CoA marqué au 14C (marquage des 2 carbones du groupement acétyle) dans un extrait
acellulaire permettant le déroulement du cycle de Krebs (figure ci-dessous). En supposant qu’après l’introduction du
[14C]acétyl-CoA, celui-ci est immédiatement remplacé par de l’actyl-CoA non radioactif (technique du "pulse" radioactif),
combien de tour de cycles seront nécessaire pour transformer 50 et 75 % du [14C]acétylé introduit en 14CO2.
Au 1er tour : du fait de l’asymétrie de l’aconitase les 2 14C de l’Acétyl-CoA sont en position 1 et 2 sur l’isocitrate.

100%
RA
1er tour

100%
RA
1er tour

100%
RA
1er tour

100%
RA
1er tour

50%
RA
1er tour

50%
RA
1er tour

50%
RA
 1er tour

50%
RA

1er tour : Radioactivité éliminée en CO2 : 0 % !

Au 1er tour : du fait de l’asymétrie de l’aconitase les 2 14C de l’Acétyl-CoA sont en position 1 et 2 sur l’isocitrate.

Aucun des 14C n’est éliminé pendant le 1er tour

A la fin du 1er tour la radioactivité est uniformément répartie sur les 4 C de l’oxaloacétate :
25 % / C
2ème tour
50%
RA
2ème tour
50%
RA
2ème tour
50%
RA
2ème tour
50 %
RA
25 %
RA

Radioactivité éliminée en CO2 : 25 %

2ème tour
25%
RA
50%
RA

Radioactivité éliminée en CO2 : 25 %

Radioactivité éliminée en CO2 : 25 %

2ème tour
12,5%
RA
2ème tour
12,5%
RA
2ème tour
12,5%
RA
2ème tour
12,5%
RA

2ème tour : Radioactivité totale éliminée en CO2 : 50 % !

Au 1er tour : du fait de l’asymétrie de l’aconitase les 2 14C de l’Acétyl-CoA sont en position 1 et 2 sur l’isocitrate.

Aucun des 14C n’est éliminé pendant le 1er tour

A la fin du 1er tour la radioactivité est uniformément répartie sur les 4 C de l’oxaloacétate :
25 % / C

Au 2ème tour 50 % de la radioactivité est éliminée sous forme de 14CO2 (2 x 25 %). A la fin du 2ème tour la radioactivité est
uniformément répartie sur les 4 C de l’oxaloacétate :
12,5 % / C
3ème tour
12,5%
RA
3ème tour
12,5%
RA
3ème tour
12,5%
RA
3ème tour
12,5%
RA

3ème tour : Radioactivité éliminée en CO2 : 12,5 %

3ème tour
12,5%
RA

3ème tour : Radioactivité éliminée en CO2 : 12,5 %

3ème tour : Radioactivité éliminée en CO2 : 12,5 %
3ème tour
6,25 %
RA
3ème tour
6,25 %
RA
3ème tour
6,25 %
RA
 3ème tour
6,25 %
RA

3ème tour : Radioactivité totale éliminée en CO2 : 25 % !

Au 1er tour : du fait de l’asymétrie de l’aconitase les 2 14C de l’Acétyl-CoA sont en position 1 et 2 sur l’isocitrate.

Aucun des 14C n’est éliminé pendant le 1er tour

A la fin du 1er tour la radioactivité est uniformément répartie sur les 4 C de l’oxaloacétate :
25 % / C

Au 2ème tour 50 % de la radioactivité est éliminée sous forme de 14CO2 (2 x 25 %). A la fin du 2ème tour la radioactivité est
uniformément répartie sur les 4 C de l’oxaloacétate :
12,5 % / C

Au 3ème tour 25 % de la radioactivité est éliminée sous forme de 14CO2 (2 x 12,5 %). A la fin du 2ème tour la radioactivité est
uniformément répartie sur les 4 C de l’oxaloacétate :
6,25 % / C

A chaque tour suivant, 50 % de la radioactivité restant au précédent tour sera éliminée !