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I- Matériel biologique
I.1. Les souches
Les souches utilisées dans le présent travail proviennent de différents prélèvements
cliniques du CHU de Constantine et Oum El Bouaghi (Ain fekroune, Oum El Bouaghi, Ain
M’lila) et Il s'agit de :
- 24 souches bactériennes à Gram négatif : Escherichia coli. Klebsiella spp, Klebsiella
pneumonia, Enterobacter, Morganella morgane, Salmonella et Pseudomonas aeruginosa
- 6 souches à Gram positif : Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis.
11 souches de référence ATCC (Américan Type Culture Collection) à GRAM positif et
négatif sont aussi testées au cours de notre études.
Tableau 03 : Souches d’isolement clinique testées au cours de notre étude
Bactérie Nombre des souches L ie u
Bactéries à GRAM négatif
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Tableau 04: Souches de référence ATCC testées au cours de notre étude
Citrobacter 1 AR
Klebsiella pneumonie 2 MF(700603)
Enterobacter 1 AR
Constantine
P. aeruginosa 1 MF
P. aeruginosa 1 27853
Bacillus subtilus 1
I.2. Propolis
La propolis étudiée est d’origine de JIJEL. L’extrait éthanoïque de la propolis (EEP) est
réalisé au niveau du laboratoire de phytopharmacologie du département de biologie Université
de Jijel.
II- Repiquage et identification des souches
II.1. Repiquage
Les souches sont repiquées sur leurs milieux sélectifs :
Milieu Hektoen pour la revivification et l’isolement les Entérobactéries ;
Milieu de Chapman pour la revivification et l’isolement des Staphylococcus ;
Une gélose nutritive pour la revivification des souches de Pseudomonas et
Bacillus.
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Après 24 h incubation on note les caractères macroscopiques des colonies. Un échantillon
de chaque type de colonie est prélevé ensuite purifié par repiquage successif selon la méthode de stries.
En plus de l’examen macroscopique des souches sur leurs milieux sélectifs les souches
sont soumises à des examens microscopiques et identifications biochimiques.
C’est un élément majeur dans son identification, il est réalisé en complément d’analyse
aux étapes précédentes pour caractériser son phénotype. En principe, il finalise l’identification
de l’espèce.
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Ces tests sont basés sur la mise en évidence rapide d’un caractère métabolique
fortement discriminant. Parmi ces tests on a appliqué deux pour les souches de
Staphylooques.
A.1. Catalase
C’est une enzyme présente chez la plupart des bactéries aérobies et des bactéries aérobies
anaérobies facultatives. Elle a le rôle essentiel d’éliminer, dés sa formation chez les bactéries, le
peroxyde d’oxygène H2O2, composé très toxique immédiatement hydrolysé en eau et oxygène.
Le test consiste à mettre du matériel bactérien, prélevé par une anse métallique dans une
goutte de peroxyde d’hydrogène déposée sur une lame de verre. La présence de catalase
s’exprime aussitôt par un dégagement gazeux (O2) aisément discernable.
A.2. Coagulase
Les coagulases, dont certaines sont libérées dans le milieu, ont la propriété de coaguler
le plasma sanguin. Ce dernier, ajouté d’un anticoagulant pour éviter sa coagulation spontanée
et naturelle, est mélangé dans un tube à une culture de 18 à 24 h de la souche de
staphylocoques testée. Il est examiné après incubation pour constater la formation éventuelle
du caillot de coagulation provoqué par les souches positives.
Ils forment une gamme de 4 caractères biochimiques (test de L’Indole, test au rouge de
Méthyle, test de Voges-proskauer et test au Citrate), particulièrement utilisés dans
l’identification des Entérobactéries.
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
B.1. Réaction de Voges-Proskauer VP
Elle permet de mettre en évidence la production d’acétoine (acétyl méthyl carbinol) à
partir du glucose. Cette voie fermentative définit le groupe des KES (Klebsiella,
Enterobacter, Serratia).
C’est un test qualitatif qui permet de distinguer les entérobactéries fortes productrices
d’acides mixtes (RM+) des bactéries faiblement productrices d’acides (RM-).
Ce milieu ne contient qu’une seule source de carbone : le citrate. Seules les bactéries
possédant un citrate perméase seront capables de se développer sur ce milieu. L’utilisation du
citrate peut se traduira par une alcalinisation ou une acidification du milieu, plus ou moins
importante.
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
C. Fermentation des sucres TSI
La gélose TSI (Triple Sugar Iron) permet l’identification des entérobactéries par la mise
en évidence rapide de la fermentation du lactose, glucose (avec ou sans production de gaz),
saccharose et de la production de sulfure d’hydrogène.
A partir d’une colonie suspecte prélevée sur un milieu d’isolement sélectif, on
ensemence le culot par piqûre centrale et la surface inclinée par des stries serrées.
Il est nécessaire d’utiliser des cultures pures prélevées au centre de colonies bien
isolées, sinon les réactions croisées rendent l’identification impossible à réaliser.
On incube à 37°C pendant 24 heures.
L’utilisation de l’un des sucres contenus dans le milieu se traduit par une acidification
(virage au jaune du rouge de phénol). Une alcalinisation se révèle par une coloration rouge
foncé. La production de sulfure d’hydrogène à partir du thiosulfate est mise en évidence par la
formation d'une coloration noire.
La gélose TSI fournit quatre renseignements principaux :
(1) Fermentation de glucose : Culot jaune : glucose fermenté ;
(2) Fermentation du lactose et/ou du saccharose : Pente inclinée jaune : lactose et/ou
saccharose fermenté(s) ;
(3) Production de gaz : Apparition de gaz dans le culot ;
(4) Formation d’H2S : Formation d’une coloration noire entre le culot et la pente ou le long
de la piqûre.
D. La Galerie API 20E
D.1. Principe
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
La lecture de ces réactions se fait à l'aide du Tableau de lecture et l'identification est
obtenue à l'aide du Catalogue Analytique ou d'un logiciel d'identification.
Réunir fond et couvercle d'une boîte d'incubation et répartir environ 5 ml d'eau distillée
ou déminéralisée [ou toute eau sans additif ou dérivés susceptibles de libérer des gaz (Ex :
Cl2, CO2 ...)] dans les alvéoles pour créer une atmosphère humide.
Inscrire la référence de la souche sur la languette latérale de la boîte. (Ne pas inscrire
la référence sur le couvercle, celui-ci pouvant être déplacé lors de la manipulation) ;
Sortir la galerie de son emballage ;
Placer la galerie dans la boîte d'incubation (Francois Jehl, 2010).
D.4. Résultats
• Réaliser les tests nécessitant l’addition de réactifs : Test VP, TDA, IND, Nitrate réductase…
D.5. Identification
• Avec le tableau d’identification : comparer les réactions notées sur la fiche de résultats avec
celle du tableau : chaque cellule de ce tableau contient les pourcentages de positivité.
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
• Avec le catalogue analytique : Les tests sont regroupés en groupe de 3, et une valeur (1, 2 ou
4) est indiquée pour chacun. Additionner à l’intérieur de chaque groupe les nombres
correspondants aux tests positifs.
Légende :
GLU (glucose), MAN (mannitol), INO (inositol), SOR (sorbitol), RHA (rhamnose), SAC
(Sucrose), MEL (mélobiose), AMY (amygdaline), ARA (L+arabinose) - formation
d’acide à la suite de l’utilisation d’un hydrate de carbone.
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Tableau 05: tableau d’identification de la Galerie API 20 E (Francois Jehl, 2010).
TU BE REACTIONS
P O SI T I V E NÉ G A T I VE COMMENTAIRES
O NP G Jaune Incolore Lecture directe
Lecture indirecte
Ajouter 1 goutte de
VP Rose foncé ou rouge Incolore ou rose pâle VP1 et VP2 Attendre
10 minutes
Aucune diffusion, Lecture directe
GEL Diffusion du pigment incolore
GLU SAC ARA
MAN MEL RHA Jaune Bleu ou bleu-vert Lecture directe
INO INO AMY
SOR
Lecture indirecte
GLU N2 gazeux (présence Ajouter 1 goutte de
de NIT1 et NIT2 et zinc
bulles) éventuellement
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Les méthodes de diffusion ou antibiogrammes standards sont les plus utilisées par les
laboratoires de diagnostic (méthode de KIRBY BAUER recommandée par OMS) Comité de
l’antibiogramme de la société Française de Microbiologie (SFM), recommandation 2009.
Des disques de papier buvard, imprégnés des antibiotiques à tester, sont déposés à la
surface d'un milieu gélosé, préalablement ensemencé avec une culture pure de la souche à
étudier. Dès l'application des disques, les antibiotiques diffusent de manière uniforme si bien
que leurs concentrations sont inversement proportionnelles à la distance du disque. Après
incubation, les disques s'entourent de zones d'inhibition circulaires correspondant à une
absence de culture. Lorsque la technique est parfaitement standardisée, les diamètres des
zones d'inhibition dépendent uniquement de la sensibilité du germe.
Trois catégories cliniques ont été retenues pour l’interprétation des tests de sensibilité in
vitro : Sensible (S), Résistant (R) et Intermédiaire (I).
A- Les souches catégorisées S : Sont celles pour lesquelles la probabilité de succès
thérapeutique est forte dans le cas d'un traitement par voie systémique avec la posologie
recommandée dans le résumé des caractéristiques du produit (RCP) (Philippe cruaud, 2003).
B- Les souches catégorisées R : Sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilité
d'échec thérapeutique quels que soient le type de traitement et la dose d'antibiotique utilisée.
(Burnichon Nelly, 2003).
C- Les souches catégorisées I : Sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique est
imprévisible. Ces souches forment un ensemble hétérogène pour lequel les résultats obtenus
in vitro ne sont pas prédictifs d'un succès thérapeutique. (Philippe cruaud, 2003).
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
III.2. Réalisation de l’antibiogramme
III.2.1. Milieu
Milieu Muller Hinton coulé en boites de Pétri sur une épaisseur de 4 mm.
III.2.2. Inoculum
A partir d’une culture pure et jeune (18-24h) sur milieu gélosé non sélectif, prélever une
colonie des entérobactéries et Pseudomonas et deux colonies pour les Staphylocoques.
Ajuster la densité de l’inoculum à celle de l’étalent 0,5 Mac Ferland ou a une D.O. de
0,08 a 0,10 lue a 625 nm. L’utilisation d’un densitomètre est fortement souhaitable (Tony
Hart et Paul Shears ; 1999)
III.2.3. Ensemencement
(Technique par écouvillonnage technique privilégiée par OMS et NCCLS National Comité for
Clinical Laboratory Standarts)
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
La liste des antibiotiques testés selon les bactéries isolées est représentée dans les
tableaux n° : (6, 7, 8, 9). (Standardisation de l’antibiogramme a l’échelle nationale
(médecine humaine et vétérinaire) 6eme édition 2011).
Tableau06 : les Antibiotiques testés pour les entérobactéries et les valeurs critiques des
diamètres des zones d’inhibition.
ß-lactamines :
Quinolones :
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Tableau07 : les valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour les Pseudomonas.
ß-lactamines :
Amoxicilline+ AMC 30µg < 13 14 -- 17 >18
Acide clavulanique
Pénicilline G P 10µg
Aminosides :
Gentamicine GEN 10µg < 14 13 -- 14 >15
Quinolones :
Ciprofloxacine CIP 5µg < 15 16 -- 20 >21
Lincosamides :
Lincomycine L 2µg < 14 15 -- 20 >21
Glycopeptides :
Vancomycine VA 30µg ---- ----- >17
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Tableau08 : les valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition Staphylococcus aureus.
ß-lactamines :
Penicilline G P 10µg < 28 ----- >29
Aminosides :
Gentamicine GEN 10µg < 14 13 -- 14 >15
Quinolones :
Ciprofloxacine CIP 5µg < 15 16 -- 20 >21
Macrolides :
Erythromycine E 15µg < 13 14 -- 22 >23
Lincosamides :
Lincomycine L 2µg < 14 15 -- 20 >21
Glycopeptides :
Vancomycine VA 30µg ---- ----- >17
Autres :
Chloramphenicol C 30µg < 12 13 -- 17 >18
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
Tableau09 : les valeurs critiques des diamètres des zones d’inhibition pour les Enterococcus.
ß-lactamines :
Amoxicilline+ AMC 30µg < 13 14 -- 17 >18
Acide clavulanique
Aminosides :
Gentamicine GEN 10µg < 14 13 -- 14 >15
Quinolones :
Ciprofloxacine CIP 5µg < 15 16 -- 20 >21
Lincosamides :
Lincomycine L
2µg < 14 15 -- 20 >21
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Chapitre III : Matériel et Méthodes
III.2-5. Incubation
L’incubation est effectuée à 35-37 °C durant 18-24 heures en aérobiose dans une
atmosphère normale.
Les disques du papier Wattman sont déposés à l’aide d’une paire de pince stérile en
appuyant doucement sur chaque disque pour assurer un contact uniforme avec le milieu.
Un volume de 10 à 15µl de la propolis ou sa dilution (1/10) est déposé sur chaque disque.
Pour les essais des activités antibactériennes nous avons utilisé la technique de diffusion en milieu
gélosés de Muller Hinton en boites de Pétri (même technique avec antibiotiques).
IV.2. Lecture des résultats :
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