Introduction 

Qu'elles se divisent par fission binaire (Figure 5.1) ou par une forme de bourgeonnement
(Figure 5.3), les cellules microbiennes peuvent se développer soit en suspension soit attachées
à des surfaces. Le mode de vie en suspension, appelé croissance planctonique, est le mode
de vie de nombreuses bactéries dans la nature qui habitent la colonne d'eau d'un lac.
Cependant, de nombreux autres microorganismes présentent une croissance sessile, c'est-à-
dire qu'ils se développent attachés à une surface. Ces cellules fixées peuvent ensuite se
développer en biofilms (figure 5.4).

Un biofilm est une matrice polysaccharidique fixée contenant des cellules bactériennes
intégrées (Figure 5.4a). Les biofilms se forment par étapes, en commençant par l'attachement
des cellules planctoniques. Cette étape est suivie par la production d'une matrice collante, puis
la croissance et le développement pour former le biofilm mature, tenace et presque
impénétrable.

Certains biofilms forment des feuilles multicouches avec différents organismes présents dans
chaque couche. Ces biofilms sont appelés tapis microbiens ; les tapis composés de diverses
bactéries phototrophes et chimiotrophes sont courants dans les écoulements des sources
chaudes (figure 5.4b) et dans les régions marines intertidales. Les biofilms sont une forme de
croissance courante pour les bactéries dans la nature qui sont intensément entrelacées ce qui
empêche les produits chimiques nocifs (par exemple, les antibiotiques ou les produits de
synthèse ou d'autres substances toxiques) de pénétrer. Les biofilms constituent également une
barrière contre le broutage des bactéries par les protistes et empêchent les cellules d'être
emportées dans un environnement moins favorable. Les biofilms bactériens affectent de
nombreux aspects de notre vie, notamment la santé humaine. Par exemple, les biofilms ont été
impliqués dans les infections difficiles à traiter des implants médicaux, tels que les valves
cardiaques, les articulations artificielles, et les dispositifs à demeure, tels que les cathéters
(Figure 5.4). En outre, les symptômes de la maladie de la mucoviscidose sont causés par un
biofilm bactérien tenace qui remplit les poumons et empêche les échanges gazeux. Les
biofilms provoquent également l'encrassement et le colmatage des systèmes de distribution
d'eau et peuvent se former dans les réservoirs de stockage de carburant, où ils contaminent le
carburant où ils contaminent le carburant en produisant des agents acidifiants tels que le H2S
Propriétés des biofilms :

Les propriétés et le comportement des biofilms microbiens diffèrent considérablement de

ceux de leurs homologues planctoniques. L'existence de micro-organismes en mode biofilm
confère de nombreux avantages de survie, principalement en raison de la nature et de la
composition des biofilms. L'un des principaux traits distinctifs des biofilms est le suivant leur
niveau extrêmement élevé de résistance aux médicaments, ce qui constitue une préoccupation
majeure dans les milieux cliniques.

La résistance aux antimicrobiens dans le mode de croissance du biofilm peut être jusqu'à mille
fois plus élevée par rapport au mode planctonique, rendant l'utilisation de la thérapie
antimicrobienne inefficace dans de telles conditions. Par exemple, les antimicrobiens courants
tels que la pénicilline et le métronidazole, qui sont utilisés pour les infections bactériennes à
Gram positif et à Gram négatif, peuvent ne pas être actifs contre les infections à biofilm de
ces pathogènes. De même, la chlorhexidine, un agent antibactérien chimique largement utilisé
dans les bains de bouche, serait inefficace à une concentration de 0,2 % pour certains biofilms
buccaux.

Par conséquent, des efforts considérables ont été déployés par divers groupes de recherche
dans le monde entier pour comprendre les raisons de la résistance élevée aux médicaments
observée dans le mode de croissance du biofilm. A partir de ces études, les chercheurs ont
proposé plusieurs hypothèses pour expliquer ce phénomène :

(1) une activité métabolique altérée, (2) la présence d'une substance polymère extracellulaire,
(3) présence de populations très résistantes aux médicaments appelées persisters, (4)
capacités antioxydantes plus élevées et (5) expression différentielle des gènes/protéines
(figure 1.3).

Structure des biofilms :

Hétérogénéité :

La plupart des recherches sur les biofilms microbiens se sont entièrement concentrées sur la
compréhension de la nature des biofilms monospécifiques. Cependant, dans l'environnement
naturel et dans la plupart des infections, les biofilms existent dans le cadre d’une communauté
multispécifique (Figure 1.2)

Les diverses interactions entre les différentes espèces microbiennes dans la communauté du
biofilm comme la détection du quorum, les relations métaboliques et les compétitions peuvent
influencer les propriétés et la virulence de chacune d'entre elles. Alors que certaines espèces
présentent des effets synergiques, d'autres peuvent présenter des effets antagonistes. Certains
exemples de synergie entre microorganismes incluent la promotion de la formation de
biofilms par coagulation ; coopération métabolique, lorsqu'une espèce utilise un métabolite
produit par une espèce voisine, et la résistance accrue aux antibiotiques et ses implications
cliniques.

Un effet synergique a été observé dans les biofilms d'espèces mixtes de C. albicans et de
P. aeruginosa, qui sont plus virulents chez les patients atteints de mucoviscidose que leurs
biofilms monospécifiques respectifs.

L'architecture et l'organisation des biofilms dépendent de l'espèce :

Bien que les microcolonies constituent l'unité de base de dans la plupart des biofilms, la
structure des microcolonies peut varier considérablement en fonction de l'espèce bactérienne
formant le biofilm. Par exemple, il a été démontré que dans des conditions identiques dans
une chambre d'écoulement, P. putida forme des microcolonies lâches et saillantes (Fig. 1A),
tandis que Pseudomonas knackmussii forme des microcolonies sphériques (Fig. 1B). De plus,
lorsque les deux espèces de Pseudomonas ont été cultivées ensemble dans des biofilms à
double espèce, ils ont toujours formé leurs structures caractéristiques (Fig. 1C), apparemment
sans s'affecter mutuellement. L'architecture et l'organisation des trois différents biofilms
dépendent donc de l'espèce bactérienne formant le biofilm. De multiples facteurs sont
impliqués dans la formation de structures particulières dans les biofilms, et actuellement les
mécanismes qui sous-tendent la différence dans la structure du biofilm affichée par P. putida
et P. knackmussii ne sont pas connus.

Toutefois, dans le cas de P. putida, la formation de biofilms dans les chambres d'écoulement
est principalement gouvernée par la grande protéine adhésive LapA, alors que pour d'autres
pseudomonas, comme P. aeruginosa, la formation de biofilms dans les chambres
d'écoulement est principalement dépendante des exo polysaccharides Psl et Pel.

Les différences entre les composants de la matrice extracellulaire qui relient les bactéries dans
les biofilms peuvent donner lieu à des structures différentes des microcolonies.

Le développement des structures dans les biofilms dépend des conditions

nutritionnelles :

Comme décrit ci-dessus, différentes espèces bactériennes peuvent former différentes

structures de biofilms dans des conditions identiques. En outre, la même espèce bactérienne
peut former différentes structures de biofilms dans des conditions environnementales
différentes. Par exemple, Klausen et al. ont démontré que P. aeruginosa forme des
microcolonies en forme de champignon lorsqu'elle se développe dans des chambres
d'écoulement qui sont irriguées avec un milieu de glucose, alors qu'elle forme des biofilms
plats lorsqu'elle se développe dans des chambres d'écoulement qui sont irriguées avec un
milieu de citrate (Fig. 2). De plus, la structure d'un un biofilm établi peut changer en réponse à
un changement des conditions nutritionnelles. Nielsen et al., ont étudié la formation de
biofilm dans des chambres d'écoulement d'un mélange composé de P. knackmussii et de
Burkholderia xenovorans. Ces bactéries ont le potentiel d'interagir métaboliquement parce
que P. knackmussii peut métaboliser le chlorobenzoate produit par B. xenovorans lorsqu'elle
est cultivée sur du chlorobiphényle. Lorsque le biofilm à deux espèces a été nourri avec un
milieu contenant du chlorobiphényle, des microcolonies d'espèces mixtes composées de
P. knackmussii et B. xenovorans associées se sont formées. En revanche, lorsque le mélange
était nourri de citrate, qui peut être métabolisé par les deux espèces, ont formé des
microcolonies séparées. Après un changement de source de carbone d'un milieu citrate à un
milieu chlorobiphényle, le mouvement des bactéries P. knackmussii a conduit à un
changement dans la structure spatiale du biofilm, des microcolonies séparées vers la structure
mixte microcolonies séparées vers des microcolonies d'espèces mixtes.

Croissance et détachement :
Des approches expérimentales principalement axées sur des techniques génétiques et
microscopiques ont jetés les bases de nos modèles actuels de formation de biofilms
bactériens. Ce travail a permis aux chercheurs de définir la formation des biofilms comme un
processus qui comprend des étapes spécifiques. Le cycle de développement du biofilm
comprendrait

(i) l'attachement initial des microbes à une surface ou les uns aux autres, (ii) la formation des
microcolonies, (iii) la maturation du biofilm, et (iv) la dispersion du biofilm. Les différentes
étapes du biofilm comprennent la physiologie bactérienne et des réponses phénotypiques
suggérant l'existence d'une biologie unique du biofilm qui n'existe pour les bactéries
planctoniques.

Le passage du mode de vie solitaire de la bactérie planctonique au mode de vie

communautaire du biofilm implique un changement dans le mode de vie de la bactérie de
sorte qu'elles initient la production d'adhésines et de composés de la matrice extracellulaire
qui les se relient entre elles dans le biofilm. La matrice extracellulaire du biofilm sert
d'échafaudage qui a une fonction essentielle de connexion et de structure de cellule à cellule
dans les biofilms, notamment la fixation des cellules, les interactions cellule à cellule et la
tolérance antimicrobienne. La matrice du biofilm produite par les bactéries contient
principalement des polysaccharides, des protéines et de l'ADN extracellulaire

La formation du biofilm initié en réponse a un environnement spécifique :

Des travaux récents sur un certain nombre d'espèces bactériennes, notamment Pseudomonas
aeruginosa, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas putida, Vibrio cholerae, Yersinia pestis,
Escherichia coli, Salmonella enterica, Burkholderia cenocepacia, Bacillus subtilis, et
Clostridium difficile indique que l'initiation de la formation du biofilm se produit en réponse à
une augmentation du niveau du second messager intracellulaire, le c-di-GMP. La synthèse et
la dégradation du cdi-GMP dans la bactérie sont accomplies par deux classes distinctes de
protéines ayant des activités activités enzymatiques opposées. Les diguanylate cyclases
synthétisent le c-di-GMP à partir de deux molécules de GTP, tandis que les
phosphodiestérases dégradent le c-di-GMP. Les domaines sensoriels traduisant divers signaux
environnementaux en c-di-GMP à des niveaux élevés. Les bactéries produisent généralement
plusieurs différentes diguanylate cyclases et phosphodiestérases de c-di-GMP, et il est de plus
en plus évident qu'elles fonctionnent dans des circuits de c-di-GMP distincts. Nos
connaissances actuelles suggèrent que différents signaux environnementaux et mécanismes
transducteurs peuvent conduire à des augmentations des pools locaux de c-di-GMP, qui à leur
tour peuvent activer la production d'adhésines et de produits de la matrice extracellulaire. Par
exemple, chez P. aeruginosa, la protéine WspA s'est avérée être un récepteur membranaire
qui détecte un signal associé au contact d'une surface. Le signal est transmis à la kinase
histidine WspE, qui catalyse le phospho-transfert vers le régulateur de réponse-diguanylate
cyclase WspR, qui produit à son tour du c-di-GMP. Synthèse des produits de la matrice du
biofilm tels que l'adhésine CdrA et les exopolysaccharides Psl, Pel et alginate, est à son tour
régulée positivement par le c-di-GMP en chez P. aeruginosa