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3.2. Myoglobine
3 2 1 La
3.2.1. L myoglobine
l bi a une structure
t t compacte
t ett riche
i h en hélice
héli alpha
l h
3.2.2. L’oxygène est fixé sur la myoglobine grâce à l’hème, un groupement prosthétique
3.2.3. La liaison de ll’hème
hème à la myoglobine dépend principalement de deux résidus histidine
3.2.4. La liaison de l’oxygène à la myoglobine suit une courbe hyperbolique
3 3 Hémoglobine
3.3.
3.3.1. L’hémoglobine est composée de 4 sous-unités de structure proche de celle de la
myoglobine
3 3 2 L’hémoglobine
3.3.2. L hémoglobine adulte contient 2 chaînes alpha et deux chaînes bêta,
bêta identiques deux
à deux. Cette structure confère à la molécule des caractéristiques de protéine allostérique
3.3.3. L’hémoglobine est parfaitement adaptée pour la captation, le transport et la
libération de l ’oxygène
oxygène dans les tissus : modulations de l ’affinité
affinité pour O2
3.3.4. L’analyse tridimensionnelle de l ’hémoglobine permet de définir le mécanisme
moléculaire de son fonctionnement
3 3 5 l’hémoglobine
3.3.5. l’hé l bi sertt de
d modèle
dèl pour lles protéines
téi allostériques
ll té i
3.3.6. l’hémoglobine sert de modèle pour l ’étude des pathologies moléculaires 1
2
3.2. La myoglobine
3.2.1. La myoglobine
y g a une structure compacte
p et riche en hélice alpha
p
Structure 3D de la myoglobine
y g de cachalot par
p diffraction X
Protéine de 153 résidus, de forme globulaire (« sphérique ») de 45x35x25 A.
3.2.2. L’oxygène est fixé sur la myoglobine grâce à l’hème, un groupement prosthétique
méthyle
vinyle
Unité de base D B
UMR 7101
groupement prosthétique =
C
molécule non peptidique
nécessaire à la fonction
C
apoprotéine = protéine propionate
dépourvue de groupement
prosthétique
Le fer est sous forme ferreuse Fe2+ (ferromyoglobine) et dispose de 6 liaisons de coordination
L’oxydation du fer en forme ferrique Fe3+ (ferrimyoglobine) rend la molécule inactive
La fi
L fixation
ti d’d’oxygène
è dé
déplace
l l’l’atome
t de
d ffer par
rapport au plan de l’hème 5
O2
6
Noyau imidazole
3.2.3. La liaison de l ’hème à la myoglobine dépend principalement de deux résidus histidine
0 5
0,5
Satura
0,0
0 20 40 60 80 100
Pression partielle en oxygène, pO2 (en torr)
8
1 torr = 1mm Hg 1 torr = 0,13 kPa
3.3. Hémoglobine
3.3.1.
3 3 1 L’hémoglobine
L hémoglobine est composée de 4 sous-unités de structure proche de celle de la
myoglobine
3.3.2. L’hémoglobine adulte contient 2 chaînes alpha et deux chaînes bêta, identiques deux à
deux. Cette structure confère à la molécule des caractéristiques de protéine allostérique
ligand est O2
0,5
Cette équation s’écrit :
S
Y
log = nlog pO2- nlog P50
P50 = 26 1 - Y
n estt le
l nombre
b ded Hill
0,0
0 20 40 60 80 100
Pression partielle en oxygène, pO2 (en torr)
1 torr = 1mm Hg 1 torr = 0,13 kPa
P50=20
P50=26
L’affinité
ff de Hb f
fœtale ((HbF=α2γ2) p
pour O2 est
supérieure à celle de l’hémoglobine maternelle
(HbA =α2β2).
En l ’absence d ’O2
Après fixation de O2
14
3.3.4.2.Les déplacements générés sur une sous-unité sont transmis à une sous-unité associée
α1
Contact α1 β1
β2
Contact α2 β1
β1
3.3.4.2.Les déplacements générés sur une sous-unité sont transmis à une sous-unité associée
L résultante
La é lt t globale
l b l estt un mouvementt du
d dimère
di è α1β1
1β1 par rapportt à α2β2
2β2
16
3.3.4.4. La comparaison des structures de l ’oxyHb et de la desoxyHb indiquent l ’existence
de deux états moléculaires distincts.
2,3 DPG
T R
Etat tendu T Etat relaché R
T T R R O2 R O2 O2 O2 O2 O2 O2
T T R R R R R R O2 R O2 O2
Modèle séquentiel
T T T O2 O2 O2 O2 O2 O2 O2
T T T T T T O2 T O2 O2
18
O2 O2
O2 O2
O2 O2
O2 O2
O2 O2
T T
R R T T
R R T T
19
20
3.3.6. l ’hémoglobine sert de modèle pour l ’étude des pathologies moléculaires
L’exemple de la drépanocytose (anémie drépanocytaire, Sickle cells anemia)
desoxy HbS
Deux exemples
de situations pathologiques:
CO :
blocage du site actif de l’Hb
Drépanocytose:
Pas d’atteinte du site actif
Hématie falciforme
Polymère de 21
desoxy HbS
4 L ’exemple
4. exemple de la reconnaissance du soi : les immunoglobulines
4 1 L
4.1. Les iimmunoglobulines
l b li : un vaste
t répertoire
é t i ded protéines
téi capables
bl ded reconnaissance
i
spécifique
4.2. De très nombreuses protéines participent à la défense contre les agressions
4.3. Les immunoglobulines ont toutes la même structure de base
4.4. Le motif de base, « immunoglobulinique » est principalement formé de feuillets bêta
4 5 L
4.5. Les iimmunoglobulines
l b li comportent
t t ddeux parties
ti f fonctionnelles
ti ll didistinctes
ti t
4.6. La spécificité de liaison dépend de la variabilité de composition de la séquence sur un
très petit nombre de site des régions variables des chaînes lourdes et légères
22
4.1. Les immunoglobulines : un vaste répertoire de protéines capables de reconnaissance
spécifique
Production d ’anticorps
100
Réponse AC relative (log)
10 Première injection
j Seconde injection
de l’antigène A de l’antigène A Première injection
de l’antigène B
0 10 20 30 40 50 60 temps (jours)
g
L’immunoglobuline pré-existe à l ’antigène.
p g L’organisme
g a produit
p un répertoire
p permettant
p
de reconnaître plus de 10 molécules différentes
8
23
24
4.3. Les immunoglobulines ont toutes la même structure de base
VL VL
E
Exemple
l de
d l’IgG
l’I G
C C
L L
VH VH
C C
Deux chaînes lourdes (H) H1 H1
Deux chaînes légères (L)
Chaîne H (446 résidus) = 50 kDa
reliées entre elles par des Chaîne L (214 résidus) = 25 kDa
ponts disulfure inter- Ig G = 150 kDa
C C
caténaires H2 H2
Chaque type de chaîne (H et L)
D ’autres ponts disulfure contient une partie de
intra-caténaires composition constante (C) et
stabilisent la structure C une partie variable (V)
H3 C
H3
Ces domaines p
présentent entre
eux une très forte homologie
structurale 25
26
4.5. Les immunoglobulines comportent deux parties fonctionnelles distinctes
Le clivage par la papaïne libère deux fragments Fab et un fragment Fc
Les fragments Fab présentent la capacité de lier les antigènes
Le fragment Fc présente des fonctions « effectrices » (complément, etc...)
papaïne
Antigène
Fc
27
domaine
d m in c constant
nst nt domaine
d m in variable
i bl
(chaîne légère) (chaîne légère)
28
4.6. La spécificité de liaison dépend de la variabilité de composition de la séquence sur un
très petit nombre de sites des régions variables des chaînes lourdes et légères
Ch î
Chaîne L
région variable
VL
vitamine K
Chaîne H
région
g variable
VH
5.3. Etudier un exemple de régulation de l’activité des protéines par leur environnement
30
5. L ’exemple des protéines motrices : actine, myosine et les autres
31
1μm
32
5.1. Corréler les structures anatomique et histologique à la composition biochimique
5.1.2.
5 1 2 L Les fil
filaments
t fi
fins sontt principalement
i i l t composés
é d’
d’actine.
ti
Les filaments épais sont principalement composés de myosine
33
34
5.2. Comprendre le mécanisme de transformation d ’énergie chimique en énergie mécanique
hélices alpha
feuillets bêta
coudes et boucles
5.2.2. La myosine musculaire est une protéine complexe de très grande taille
N-terminal
2 hélices α chaînes
Super-enroulées légères
tête
C-terminal
queue
36
5.2.2. La myosine est une protéine complexe de très grande taille
La myosine (520 kDa) est une protéine polymérique composée de deux chaînes lourdes
((220 k
kDa)) et de deux paires de chaînes
h î légères
lé è (
(20 k
kDa chacune)
h )
La méromyosine
é llourde
d est clivée
l é en deux
d
fragments par la papaïne S2 et S1 ou tête
de la myosine
37
ATP
ADP
Pi
L ’hydrolyse de l ’ATP entraîne un
changement
h conformationnel
f l
(bras de levier) 10 nm
Chaînes
légères
38
5.2.4. L ’interaction de la myosine (S1) avec l ’actine est réversible et dépend de la
fixation de l ’ATP et de l ’activité ATPase
Le mouvement de bras de levier de la tête de la myosine peut être transmis au filament d ’actine
actine
tête de la myosine
filament d ’actine
39
1 5
ATP ADP
2 4
Hydrolyse 3
de l ’ATP Pi
40
5.3. Etudier un exemple de régulation de l ’activité des protéines par leur environnement
la troponine est une protéine sensible aux ions Ca22+ . Elle change de conformation en présence
de Ca2+ et la tropomyosine est déplacée.
C T I
Actine Tropomyosine
5.3. Etudier un exemple de régulation de l ’activité des protéines par leur environnement
La mécanique moléculaire de la contraction musculaire est hautement contrôlée
à l ’échelle
échelle cellulaire I fl
Influx
nerveux Canal Ca2+ sensible au voltage
Influx
d C
de Ca2+
Sécrétion d’acetylcholine
Canal Ca2+
Ca2+ ATPase
42
Myocyte
6. Un exemple de protéine membranaire, le récepteur nicotinique de
l’acétylcholine
43
6 1 C’est
6.1. C’ t une protéine
téi intégrale
i té l de
d la
l membrane
b plasmique
l i
c est-à-dire
c’est à dire une protéine immergée dans la
bicouche lipidique et entrant largement en
interaction avec les chaînes hydrocarbonées et
y p
hydrophobes des lipides.
p
44
6.2. C’est un canal cationique régulé C’est une protéine contenant un pore
réalisant un pont aqueux entre les faces
intra- et extra-cellulaires de la
Pore Site de liaison membrane plasmique.
C’est une p
protéine-canal ou pplus
de l’acétylcholine
simplement un canal.
Le récepteur de l’acétylcholine
l acétylcholine est
sélectif pour les cations,
Na+, Ca++ et K+.
C’est
C est un canal cationique.
46
6.4 C’est la structure du pore qui détermine la sélectivité ionique
¾ Le diamètre
è du pore dans sa partie la
l
plus étroite appelée « filtre de
sélectivité » : 9-10 Angströms
47
La fixation de 2 molécules
y
d’acétylcholine sur les 2 sites de
liaison induit un changement
conformationnel de la protéine qui se
traduit par une ouverture du pore à
la fois au niveau de la région
transmembranaire et au niveau du
domaine cytoplasmique (sortie du
pore).
49
Conclusions:
3 La régulation de ce transport
3. par ll’acétylcholine
acétylcholine à travers un
changement conformationnel
50
Une pathologie humaine touchant le récepteur nicotinique,
l myasthénie
la thé i
Bl
Blocage d
du récepteur
é t par d
des auto-anticorps
t ti
Une maladie neuromusculaire
motoneurone motoneurone
- Se traduit sur le pplan clinique
q
par une fatigabilité musculaire
51